4CBWA

Crystal structure of plasmodium berghei actin i with d-loop from muscle actin
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
372
structure length
367
Chain Sequence
EVQALVIDNGSGNVKAGVAGDDAPRSVFPSIVGRPRHGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRAAPEEHPVLLTEAPLNPKGNRERMTQIMFESFNVPAMYVAIQAVLSLYSSGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTEYLMKILHERGYGFSTSAEKEIVRDIKEKLCYIALNFDEEMKTSEQSSDIEKSYELPDGNIITVGNERFRCPEALFQPSFLGKEAAGIHTTTFNSIKKCDVDIRKDLYGNIVLSGGTTMYEGIGERLTRDITTLAPSTMKIKVVAPPERKYSVWIGGSILSSLSTFQQMWITKEEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Motor protein
source organism Plasmodium berghei
publication title Structural Differences Explain Diverse Functions of Plasmodium Actins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE, ACTIN
total genus 108
structure length 367
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cbwA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cbwA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4cbwA03
1R59O 3C0BA 3QBXA 3W0LA 3ZEUB 3M6GA 2QWLA 4CBUA 4DQ8A 2W40A 3I33A 4J8FA 3WEEA 2GELA 3W3DA 1BWFO 4H0OA 3D2EB 3SK3A 1E4GT 3CJ9A 5BPMA 2OANA 3SJHA 4BC5A 3DJCA 1QZ5A 5AZJB 4M7YA 4BRNA 1WUAA 5BPLA 4A2BA 4JHDA 2BTFA 4EAHD 2CGKA 2E1ZA 1HKGA 2EWSA 3VGLA 3FZKA 3CI5A 5AQZA 3FZFA 4Z94A 4BRIA 5AFUH 2ITMA 2Q1NA 1TUYA 4JD2A 3VEZA 4FWLA 1ZC6A 5AQNA 5BRDA 1XUPO 3BUZB 1QQMA 4H0YB 2V52B 4FWRA 1U2VB 2YI1A 4WQ4A 3SMPA 3M3ZA 3MK6A 1P8ZA 3ENOA 4BGAA 4EHTA 1CZAN 3ATVA 1ATNA 4EIAA 5BRFA 3MN9A 5F2RA 3H46O 4CZGA 2FLOA 4GNIA 3HTVA 3FLCO 4BR7A 2PBDA 4JNEA 1XC3A 2I7NA 3DWLA 4IJAA 1YAGA 1KXPA 1LOTB 4CI6A 3LM2A 1KAZA 3O6WA 4CJ7A 5AQWA 1HX1A 1NBWA 1SZ2A 1NGCA 4H5TA 3FZHA 2QM1A 3ULEA 3HZ6A 3LM9A 3U9ZA 2FSJA 3MMVA 4BRCA 4I6MA 5B8HA 3O1BA 4H0VB 4FWPA 5EY4A 4BRFA 2YJFA 1LCUA 2E1YA 3O5BA 4WQ4C 1NGJA 4K42A 2YJEA 3GG4A 1WOQA 1EQYA 3OHRA 1IJJA 3VPZA 3B8AX 4E1JA 4NO7A 3EN9A 5BN8A 2ZGZA 4YDUA 2Q97A 2YCHA 4BR0A 2Q31A 2HF4A 5AQMA 3BF1A 4B1ZA 3VGMA 3VF6A 3GL1A 4ISGA 3U4LA 4CZKA 5CE3A 3FFKB 3VEYA 5KPTA 3DXKB 3ZX3A 2P9LB 2P9PB 3KVGA 3TU5A 5KQ8A 2ASOA 4EFHA 2ASPA 2KHOA 4B9QA 1GLBG 3WXLA 1BU6O 3GDQA 4B1WB 5JICA 3WEEB 4XH1A 2P9UB 5ADXH 3D2FA 1K8KB 3O4WA 4PKIA 5E26A 4BR4A 2IIRA 1TYQA 1DEJA 1NMDA 1U6ZA 3C7NA 3ZETB 3HI0A 3AARA 1BDGA 3H45C 1BUPA 2W41A 3M1FA 4CZHA 4M63C 2ASMA 3A8YA 3FZLA 2NRHA 4AM6A 3DXMA 1ESVA 2FF6A 3VEOA 2QWQA 1ZXOA 1HJOA 3ATUA 4FOIA 3S41A 3FE1A 3VOVA 4HWIA 1QQNA 4FWOA 2F9WA 3LDLA 2Q0RA 3VEXA 3KZBA 1RDWX 3RSEB 2A41A 1NGFA 1X3NA 2VCPA 2P9SA 3UKRA 5AQHA 4JN4A 5FPEA 3P4IA 5FPMA 1GLEG 4CD1A 4FSVA 3WXJA 3I8BA 4O8KA 3O80A 3VF4A 4MO4A 3GE1A 1E4FT 2QWRA 1T44A 2D0OA 4H5WA 1MWKA 5AQJA 3WQTA 4WQ5A 2P9KB 1NGGA 3H3NO 4H03B 4BQZA 3FZMA 3CJ1A 1HKBA 2HF3A 2UYTA 5AR0A 4BC3A 5LJVA 3VEWA 2P9NA 1ZBSA 4H0PA 1NGAA 5AQIA 2QWPA 1GLLO 2F9TA 3BEXA 2GTDA 3GBTA 3EKSA 3O08A 3ENHA 5FPDA 3EO3A 3CJCA 3CERA 1YVNA 2V51B 4L3QA 4NB4A 4DHYA 1NGHA 1NM1A 2NZTA 3UKUB 3ZEUA 2NLXA 3MDQA 4H5RA 3D2EA 2HMPA 5JMVA 4ISEA 3HBTA 4CBWA 1BO5O 2P9IB 3H3OB 1T6DA 4PL8A 4WQ5C 3WXKA 1IG8A 2A3ZA 3HSCA 5AZJA 1GLJO 5AQOA 4FOEA 4HTLA 3VERA 3R8EA 5AQFA 2D4WA 3CJ7A 3AY9A 3LDPA 4B1XB 5F1XA 4BR9A 1HLUA 1HUXA 3F9MA 4K43A 1NWKA 5AQPA 3SMSA 3UB5A 1S3XA 3D2FB 5EX5A 3A5OC 4BGBA 4BRHA 2IVNA 3J8AA 3A0IX 4M7XA 5AQVA 4CZLA 2VWBA 1U2VA 2DPNA 3CQXA 5BN9A 5AZIB 4XH5A 3BF3A 3A5MC 2ZGYA 2FF3B 2V7ZA 1DGKN 4JAXA 4CD3A 2GEMA 1RFQA 3FR0A 4QS8A 5BR9A 2Q36A 4CZFA 2Q0UA 2YHWA 4ISFA 5JLFA 2IVOA 3H1QA 1T6CA 2IVPA 3QBWA 4FWKA 2P9SB 4BG9A 1YUWA 1BOTO 2ZWHA 3MN6A 3VF2A 1NGBA 3D7EO 3TPQA 4XH4A 4BR2A 3ID8A 3QFUA 1XQSC 1Z6RA 4JHDB 4H0XB 1RGIA 5TKYA 2Q2RA 4FPAA 5EOYA 3DAWA 4LC9B 4BC4A 2QW9A 1X9JA 1GLFO 4FL9A 2E8AA 3QICA 4JD2B 3U8XA 3QB0A 2ZF5O 5AQYA 2GWKA 4RWTA 5AQSA 4MO5A 5AQLA 1YXQA 1C0GA 1KAXA 3GOIA 3WUHA 4AM7A 4BRMA 1MA9B 3WQUA 3EKUA 4QS9A 4H0TB 3DXKA 3CETA 1V4TA 2CH5A 5AQRA 3AAPA 4A61A 2P9LA 2FSNA 2P9PA 2PAVA 5E84A 2QWMA 1NGEA 4CZEA 4XEIA 4BC2A 4WYBA 1QZ6A 3LDNA 4RCHA 5JLHA 5KPZA 3G25A 3O1WA 1D4XA 4BRAA 2P9UA 2GUPA 1K8KA 2YHYA 5ELZA 3KHYA 3U9DA 3ULEB 1JCGA 1V4SA 2FSKA 1TUUA 3H1VX 4FO0A 2CGJA 4I6MB 5EXWA 3ZETA 2BUPA 1MWMA 5AQXA 5I9EB 2QWNA 3LL3A 4K25A 3CQYA 5LY3A 5AQUA 4IJNA 3L0QA 4BRPA 1NLVA 3O8MA 3WXIA 1X3MA 5AQGA 5FPNA 3IDHA 1BA0A 4O5FA 3LDOA 5AQQA 3VENA 4FPBA 5LJWA 3RSEA 1DKGD 3VETA 5KPRA 3HM8A 3L6QA 1H1VA 2GWJA 3IMXA 3SLCA 1ATSA 3VGKA 3LDQA 4DCHA 1GLAG 4FWQA 3BP8A 4H5NA 4GY2B 3QDKA 3MN7A 4BROA 4CBXA 1NGDA 5KQDA 4B1UB 3R9PA 2E2NA 3VESA 3CJBA 5BREA 5AQTA 4FWNA 4PKHA 4IXCA 2A40A 3JS6A 4B1VA 4PL7A 4BQLA 2A6AA 3WT0A 4CZMA 2I7PA 4BRLA 2P9KA 2D0PA 1TYQB 3EL2A 2QXLA 3QFPA 3IFRA 4IZ9A 2HOEA 3C7NB 2H3GX 4EHUA 1QQOA 3VEVA 2VYPA 4FWSA 1Z05A 4FWMA 4F9OA 1GLCG 4BRGA 1S22A 3DXMB 2AP1A 1G99A 5BPNA 5ADXA 1BG3A 4B1YB 3QMLA 2A5XA 4CZJA 2E2PA 3UKUA 2E20A 4BRQA 4BG8A 1MDUB 4K41A 1Q18A 4KBOA 4MLEA 1ATRA 2AA4A 1OKJA 3IUCA 3FGUA 3UKRB 4C23A 3CHWA 1C0FA 3MN5A 3CIPA 4A62A 2CH6A 2P9IA 2A42A 2FXUA 5EVZA 4BRDA 2J4RA 4A2AA 3EZWA 3CJAA 2E88A 4IO8A 2V7YA 3ZX0A 1JCEA 1SAZA 3JXUA 4RTFD 5F0XA 4BVPA 3A5NC 3AAQA 4DB3A 4BRKA 4BR5A 1BA1A 4IWVA 4Y0WA 3H6EA 3A5LC 4BVOA 4PKGA 1QHAA 1HKCA 4MLHA 5BRHA 2YHXA 3L4IA 2P9NB 3R6MA 4CZIA 2WUSA 1SQKA 2E2OA 2CGLA 4YDUC 2E2QA 5AZIA 3ZX2A 1GLDG 1J6ZA 2D1KA 1NGIA 3UE5A 3MCPA 5AQKA 1HPMA 4BREA 4H5VA 1Y64A 4QS7A 2QWOA 5AFUA 1JCFA 1KAYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1R59O 3QBXA 3W0LA 3SAHA 4U67L 3JYTA 3OBYA 2GV9A 3L2WA 3WEEA 2UUAK 1BWFO 4H0OA 2EX3A 3SK3A 4IBNA 4FK4A 4JS5A 2OANA 4M3YA 1ILYA 4BC5A 4JKAA 5BPLA 4BRNA 1WUAA 4WFBL 2O8EB 4JHDA 1VQNN 4FZYA 1QS4A 3DLEA 2E1ZA 1HKGA 2EWSA 3VGLA 4ELVA 4PQUA 4BRIA 3D45A 2VWJA 1RTDA 4DUZK 2IDOA 3ENBA 4DV4K 1XUPO 4DTRA 1U2VB 2OTLN 3SMPA 4KAZA 1VSIA 3ENOA 4B9VA 1CZAN 4CF0A 1JLGA 2YKMA 5BRFA 2OPRA 3ITHA 4CZGA 3LP2A 4LF6K 1RTIA 3C6HA 2FLOA 1HPZA 4O0JA 2IGIA 3FLCO 1RDDA 2PBDA 5C2DA 4OKEA 2I7NA 1J53A 3NH2A 3TTDA 4CI6A 1LOTB 3THYA 4CJ7A 4ICLA 3O9TA 1NGCA 5T7BA 2QM1A 4CGFA 1YF5L 3MMVA 2YHAA 4DV7K 5GIOA 4WF9L 4I6MA 4CJWA 3K58A 4Z4IA 3OA9A 1Q7YO 1HNIA 4CK1A 3THVA 3TANA 4FCYA 3O9UA 5BN8A 1LW2A 5HRNA 3ULDA 2X6NA 4N56A 2Q97A 2YCHA 1QQCA 3E9OA 4CF2A 3TTFA 4DQPA 2GBZA 4DTSA 3VGMA 3GL1A 4C8KA 4CJTA 1HMVA 5CE3A 2QTDA 3VEYA 5KPTA 1C0MA 5KI6A 4YFUA 4DV3K 2P9PB 3MEGA 2PYJA 3TU5A 1C1BA 3TI0A 1RT6A 2GX9A 4KFBA 1QHTA 4B9LA 3LPUA 2P5OA 1B9FA 5TKWA 3OS2A 1TKXA 1U6ZA 4Y1CA 5J2QA 3OTOK 3PY8A 4CIFA 2QKBA 2RF2A 3TAFA 1A5XA 3M1FA 4RW8A 3IRXA 4Z4HA 4DSKA 2F8TA 3FZLA 4BWMA 1VSEA 1I94K 3VEOA 3AVCA 4FOIA 1VQKN 1KLMA 3ZSXA 3MEDA 4CEQA 4JN4A 1D9DA 4KTZA 3VTHA 4CD1A 4K0KK 4K8ZA 3I8BA 5K14A 1HNZK 3RMBA 3CFRA 4N76A 2O8DB 4AH9A 3O80A 5CYQA 3VF4A 4DF4A 4M3TA 4EZ9A 2D0OA 1YIJN 1FJGK 4IO9L 4JKDA 1BI4B 3TWHA 3CJ1A 2UYTA 1ZBSA 2HHQA 3NE6A 5AQIA 4DR3K 3AVLA 3BEXA 2G8UA 3O08A 3DLHA 3AVNA 3F5TA 4PY5A 4J2EA 2HMIA 4CHOA 3UKUB 3ZSWA 3ZEUA 4DQRA 4DTPA 2ATQA 1KTQA 1MU2A 5C12A 4BDZA 2HMPA 1I3AA 4M42A 1BO5O 3H3OB 1QSYA 3WXKA 5HOOA 1G15A 1GLJO 4FLTA 1NK9A 3G10A 3V1QA 4JI8K 2O8BB 4J2DA 1FXXA 3CFOA 4FJMA 4BR9A 4K43A 3UB5A 1D8YA 4B3MK 1XMQK 4CCHA 1NK0A 1DTTA 3HYFA 3HVTA 3J8AA 4ILGB 4GV6A 4ILHA 1WBDA 1GOCA 5IWAK 3DLRA 3BF3A 4B9UA 4KPYA 3D6RA 5HL7L 4CD3A 2C1IA 1LWEA 2Q36A 4M41A 4JI1K 3OYMA 1Q9XA 5FROA 4FLUA 3S3MA 4BDPA 2IVOA 1T6CA 1WB9A 4F2RA 2G8VA 3NF8A 3VF2A 3MN6A 4E0DA 4BWJA 4JHDB 1QTMA 5J2PA 5TKYA 4PUOA 2XO7A 5EOYA 4J2AA 4LC9B 5KTQA 1GLFO 3LALA 3QICA 4CFBA 5AQSA 4MO5A 4DR4K 4G9ZA 4FVUA 1C0GA 3HK2A 2HHSA 3WQUA 4Z4GA 4CEZA 4H0TB 4W5OA 3CETA 5AQRA 3QETA 5E84A 1IBKK 1NGEA 1LAVA 4BC2A 3CCLN 1VQ6N 4CJPA 5DM7L 3G25A 3THYB 1D4XA 2GUPA 5JS2A 2OPPA 1K8KA 2YHYA 4R5PA 1C0UA 1NNEA 1C6VA 3MX2A 3MX5A 3QEPA 4I6MB 2IC3A 3LP0A 3G0ZA 5FRNA 5AQXA 3J7AP 3T1AA 2W00A 1WSFA 1XWLA 5GADP 3THXA 4X66K 1NLVA 3CMAN 2BANA 5AQGA 4DFPA 2DFEA 3IDHA 3LDOA 5AQQA 1NKBA 5LJWA 3RSEA 1L3TA 1NK7A 4JI5K 4JV5K 4FJIA 2GWJA 3P83D 4WE1A 4EP5A 2DY4A 1N33K 4DCHA 4GY2B 4Y1DA 3CCQN 5KQDA 1SL0A 1TL3A 5AQTA 4Z4CA 4FWNA 1TK8A 2FBYA 5FLXO 3F73A 3NCIA 2F96A 4B1VA 4PL7A 4YOYA 3V9SA 3R1XA 2I7PA 4BRLA 2P9KA 4BE7B 1U4BA 5M1OA 2ZJPL 3EL2A 3BGRA 4X65K 1XNRK 3IFRA 4IZ9A 4LSNA 3D0PA 2HB5A 3NH0A 1EX4A 1KRPA 3OYGA 3VEVA 2VYPA 1B92A 3O4NA 3KD5E 1S22A 1G99A 4NCBA 2B6AA 1L3VA 1BG3A 3SV3A 4OLAA 2DFFA 1S6PA 3T19A 4DSEA 2E2PA 4DF8A 1YJ9N 4BE2A 2E20A 2KFZA 1HRHA 2NRZA 3QEVA 2P51A 5C0YA 1ATRA 2YHBA 4C23A 3KLFA 3MN5A 4A62A 4DU1A 4MDAA 2P9IA 2BH1A 3EZ5A 5JVHL 2FXUA 2J4RA 1KFDA 3EZWA 3HPOA 1EWRA 2E88A 2D0AA 2V7YA 1JCEA 2WONA 3Q7CA 3AVKA 3JXUA 3NAEA 3C6TA 3VQEA 4DTMA 5M1PA 4BRKA 3KK3A 2BDPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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