3P38A

Crystal structure of the ns1 effector domain w182a mutant from influenza a/vietnam/1203/2004 (h5n1) virus
Total Genus 35
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
35
sequence length
123
structure length
123
Chain Sequence
KMPASRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIKMDQAIMDKTIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTGEDVKNAIGVLIGGLEANDNTVRVTETIQRFAWRN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Nonstructural protein 1
publication title X-ray structures of the NS1 effector domain from highly pathogenic influenza A/Vietnam/1203/2004 (H5N1) virus
rcsb
source organism Influenza a virus
molecule tags Viral protein
total genus 35
structure length 123
sequence length 123
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.330 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3p38A00
4OPAA 3P39A 3O9TA 3O9SA 2GX9A 2RHKA 3O9UA 3L4QA 3OA9A 2KKZA 3O9RA 3EE8A 3O9QA 3P38A 3RVCA 4OPHA 3P31A 3M5RA 3KWIA 3F5TA 3KWGA 3D6RA 3EE9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LF7K 1HJRA 1YVUA 3HOTA 2RHKA 1HQUA 5HROA 2OPPA 3CCJN 1YVNA 3TAMA 2YNGA 3ZT1A 3C6AA 4AILC 1RNHA 2E4LA 1KAYA 4WQ5C 1WAJA 5C0YA 4KKOA 5J2QA 1TGOA 2XY7A 5JMVA 3A5MC 4BRDA 1WOQA 3EYZA 3O6WA 4B8AB 2X78A 3VF6A 1NJYA 3ZSVA 4CIGA 4Z4HA 1VQ7N 4K8XA 4Z94A 3H45C 4CJUA 3QESA 1L5UA 1ITGA 4FJ7A 1HUXA 2YHYA 3W3DA 2P9SA 2I7PA 2OTLN 1B9DA 1NK9A 2D0CA 2P5GA 4WYBA 3NE6A 4IO9L 4LD0A 2F8TA 4RW6A 3KHYA 3D2FB 3TTFA 1EQYA 3DJCA 3I0SA 1NK7A 2O8EA 2HHQA 1VQMN 3V9UA 1QHTA 1YAGA 4A2BA 3MCAB 4KHUA 3SJHA 1TYQA 3ZT2A 2HVHA 4JKBA 4DMNA 4NYFA 2PBDA 4BE2A 1QZ6A 4BRCA 4DQSA 3DMJA 4CGHA 3WXJA 5M1NA 2IVPA 3CJ1A 4ELUA 3QB0A 2PYLA 3JXUA 4AHTA 1DTQA 5HLFA 3ZX0A 2G8HA 3NF8A 2P9NB 3SNNA 3VQQA 1FK9A 2BE2A 4PWDA 4XH1A 2ZJQL 1RT4A 3PV8A 4NLCA 3LZJA 4CK2A 1HQEA 2F8SA 3O4WA 4E1NA 4L3QA 5DM7L 3IUCA 5SZTA 4O4GA 3ULEA 3HSCA 4OPJA 4DV0K 3ZSZA 1JXEA 1JLFA 1ZBSA 3RWUA 4IG0A 1YI2N 1J5EK 2QKBA 2XRIA 4BRKA 2YX6A 5C2FA 4CBWA 1NGFA 4J2DA 5AZIA 4A59A 4GY2B 2RKIA 3QEWA 3WXIA 4LH5A 3QERA 4DV4K 3VQCA 3L2VA 3LZIA 1WSGA 1KSPA 3OYLA 1BOTO 3SQ2A 4OLAA 3WNEA 2BGGA 3HSTB 4J2EA 2A42A 4PQUA 4K41A 1GLFO 3C65A 3L3VA 2VQEK 3JSMA 2A1SA 3SK3A 1T7PA 4BQZA 3HO1A 4EFHA 2RE2A 3WEEB 1U45A 2FF3B 2UXBK 5GAGP 3L0QA 3TABA 1S1UA 4KAZA 3DRPA 1IG8A 3O9QA 2YKMA 3HJFA 4NO7A 4AHVA 4KBOA 3OYMA 4H0YB 3L2UA 4BDPA 1U2VA 3PO4A 4OLBA 1KTQA 4JEPA 5HL7L 5C2DA 2OPRA 4WFNL 3O3FA 5BRHA 3GL1A 3OYJA 3G25A 4CEBA 4BC2A 2Q0UA 3K2PA 3H1QA 3NHGA 4CF2A 2VWBA 4B9UA 4ZTJA 4GKKK 5M1PA 4QCLA 4FWMA 3AVAA 3EKUA 4KH4A 3MX5A 3VEZA 3QLHA 3H1VX 1Q8IA 3EEQA 2D4WA 4JNEA 3IS9A 4LF4K 4BDZA 4FWSA 1VQ9N 4BRIA 3MEDA 1GLAG 4WQ5A 3SUPA 5KRSA 4I2QA 2FBTA 3QNNA 3ZETA 3IKMA 1WBDA 1LW2A 3TAFA 3V81A 4O5BA 1NMNA 4LY7A 4HCCA 3SUNA 2BH1A 4BGAA 1R59O 3HT3A 2OZSA 1XC9A 4PY5A 4BACA 2IVNA 1M90O 2ZD1A 3A2FA 1TL1A 3WXMB 1C1BA 3NVKA 4FLWA 1VSJA 1K73O 2FSNA 1GLDG 2NNWA 4Z4GA 3AVJA 3ZSYA 4DV5K 1X9WA 3CCEN 5C15A 2BDPA 2IVOA 1E3MA 1HYVA 2W6KA 2D0OA 3KWGA 2WFBA 5AFUA 4JS5A 2HF4A 4OGCA 4GV3A 3CMAN 4FLTA 4E3SA 4JI2K 4DR2K 5AQTA 4CZLA 3M8QA 4A57A 3TWHA 5I9EB 3ULDA 3K0SA 2KKZA 2G8IA 1KXPA 5SWMA 3O1BA 4JV5K 4JI7K 4CFAA 2HBJA 3UKUA 2YCHA 3C7NB 4DR4K 1C0MA 2X74A 4IKFA 3T3FA 3BF1A 5CYMA 3QEVA 3T1YK 4BRGA 4FJ9A 4H5VA 4LSNA 1Q81O 3L3UA 3H08A 1QQOA 5BPMA 3VQ4A 3J7YP 3TTCA 3THWA 2FSJA 3F2KA 1YIJN 4YOYA 2QK9A 2KFZA 3ATUA 5ADXH 5I42A 1KD1O 3SAHA 1J6ZA 4HTUA 4DLEA 4YFUA 4E7HA 5HP1A 3TPQA 4HCBA 1RFQA 3IG1A 2QWRA 5AQVA 1E4FT 4FOIA 4C8NA 3GE1A 1HJOA 3L2QA 1JLAA 1KFSA 4PUOA 3AVIA 1U49A 2E6LA 5BN9A 2XY6A 2QTDA 3VQ9A 3B6PA 2KLAA 2GUPA 4DF4A 4U7BA 1SL1A 3SCXA 3F73A 3G71N 4NCBA 2VWKA 1ZBLA 1U6ZA 1NK8A 3GOIA 5AZJB 4BVOA 1NK5A 3DLHA 4FJ8A 3THXB 2FBXA 4HHTA 4GV6A 4XH4A 1VSHA 3MEEA 2D0PA 3HK2A 3VESA 1VK0A 1NGBA 4C1NK 4FWOA 4EZ9A 1NLVA 3VQBA 1BISA 1QVFM 4JLHA 4CW7B 4Q0BA 2HHSA 4XIUA 5KQDA 3E9OA 3LL3A 3BZKA 5GIOA 1HNZK 3D2EB 2E20A 3D2FA 3QEIA 1HNWK 3K58A 2HBKA 4JI0K 3KLIA 1I3AA 3I56N 4BR9A 4QOZB 1QSLA 2QA4N 2OA8A 3OS1A 1K8KB 2VGMA 3AA3A 4A61A 4CGDA 1LWCA 4X64K 2DFFA 3K5LA 4BR2A 4NB4A 3VN5A 4KTQA 3LM2A 1NJXA 1U4BA 4ISGA 2WBNA 2OPQA 3O80A 4RG8A 4WFBL 2VG5A 3VEYA 3LWMA 3E9LA 3QINA 4CE9A 3A8YA 1GLLO 4CZFA 5AQXA 2ASOA 3EKSA 4RW4A 1IKWA 5AQZA 4JS4A 1MWMA 4MLEA 1B92A 3LDLA 3L8BA 4X66K 2IOCA 3L2RA 2VYPA 4M3WA 2V7YA 4KH5A 2P9PA 2DFEA 3OYFA 2HSTA 2P9LB 1YJ9N 1L3VA 3QEPA 3LDOA 4BREA 3EE9A 1XMOK 4EAHD 4CJPA 1KFDA 1Q86O 4I9QA 2JWKA 1HPMA 4Z4IA 4QS7A 2DPNA 3MMVA 2WONA 5FPMA 4LFAK 5DMRA 4B1WB 2WTUA 4JI5K 4U67L 4YOXA 4CERA 4K8ZA 4H5WA 3AAPA 2GV9A 3A5OC 5KI6A 4J2BA 4Z4EA 2YHBA 3LP2A 2BTFA 1HLUA 4DG1A 4B9NA 1BA1A 3ZT3A 3CFPA 4CJFA 1J9AA 3QEXA 1VQNN 1DGKN 3MAQA 4FWPA 3H46O 1ASUA 3CHWA 4JKGA 1KVAA 1JLBA 3WT0A 4M3XA 2G8VA 1M1KO 3CCQN 2KZZA 4ELTA 2HMIA 3CPWM 3M3ZA 1X9MA 2G8KA 1WNSA 1DKGD 1VHXA 5GAHP 5E26A 5KTQA 1HKGA 4FZYA 3OA9A 4YOUA 3ZEUA 3ASMA 3EE8A 3P38A 4B08A 1BIUA 4EHTA 4FJMA 1VSDA 1RT1A 4BRMA 4M7YA 4UQGA 1VQLN 4FWQA 4M45A 1W2BM 4CGFA 2ETJA 3SYZA 5EY4A 4CJLA 4CK3A 1YTUA 4JRQA 4LF8K 5GIPA 2E2PA 3VQ5A 4Z4CA 4CEEA 3OYHA 2QWLA 1X1PA 1G15A 3N4PA 4JKCA 3J80O 3S9HA 2ZF5O 3N4QA 3TU5A 3ENHA 1LWEA 2F9TA 1XC3A 2Z1HA 3OYIA 4FJGA 4EP5A 1NM1A 4BRNA 2P9IA 5TKWA 4NLBA 4ILHA 4XEIA 4MDAA 3S3OA 4BRAA 5J2MA 1WLJA 1CLQA 4BG9A 3UB5A 1BA0A 4E7LA 2NRXA 2HNYA 3CJ9A 1QQMA 1NGJA 4M3UA 3MWPA 1VSIA 1VAZA 2GBZA 5BPLA 4KHPK 4F3TA 1GLEG 4BWJA 3I0RA 3VEXA 3O4QA 3OS0A 1S1WA 1D5AA 5FRNA 3WNFA 3RRGA 1NWKA 3LALA 3VQAA 3VQ7A 4J2AA 3DLLL 1T8EA 4CGIA 2Q0RA 4BC4A 1QVGM 3PY8A 1L3TA 4B9TA 3DLEA 3O5BA 4JKDA 1RTIA 4E19A 1I39A 4FJKA 4FVUA 1WSIA 3BY5A 2UU9K 3G4SN 3HBTA 4LFCK 4GW6A 1EETA 2O8FA 4H0TB 3IRXA 1X3MA 5B8HA 3PO5A 1KVBA 2RF2A 3HVRA 4RW7A 2CH5A 2YJEA 4JKHA 4CGGA 1MWKA 3RMAA 2QWPA 3KIOA 4AM7A 4XH5A 5JICA 3NGZA 4TSXA 4K42A 2ZQBA 4PL8A 4FOEA 1N33K 5HRPA 5BRDA 2ITGA 1BDGA 3L6QA 1BQMA 4LH4A 1BIZA 1A5VA 2ZM6K 2ATQA 4KHSA 4M7XA 5DM6L 1S1VA 3MDQA 3V9ZA 2JWLA 4Z4FA 3E9PA 2KQ2A 1L3SA 2Y1JA 3RMCA 2HF3A 1EWQA 1IKYA 4NYNA 2IGIA 1SAZA 3U3GA 3UKRB 1RDDA 2NRZA 1CXQA 2NRTA 2YJFA 2HHXA 2O8BB 4F2SA 4ISEA 1RTJA 4AHSA 3CCVN 3TANA 4KHWA 1VRUA 2ASPA 2YHXA 3MX2A 3VF2A 3THYB 5LMNK 4L8RB 3T1AA 1VSFA 5AQHA 4CGJA 4FW1A 1RDWX 5FLXO 3K5OA 5I3UA 2A1RA 1KLNA 2CH6A 1N5YA 5AQRA 3I33A 4DQQA 3TI0A 4Y0WA 3KLFA 3WXKA 3ZSOA 4K0KK 1W97L 2O4GA 1T05A 3HP6A 1Q18A 2P9UB 3R1XA 2HHTA 3KK2A 1XI1A 3DXMB 4H0VB 4CJRA 4M63C 3BEXA 4O0IA 3ZYYX 1TUUA 3J81O 2NLXA 1NKBA 3VTIA 3EN9A 4LF5K 3T1HK 3I8DA 4BR0A 3EL2A 3AGKA 4BY9C 1BO5O 1UAXA 3TAQA 4YDUC 3VETA 3MXJA 4CHQA 3LDNA 1REVA 4FYDA 4X65K 1I94K 1Z26A 1YXQA 4KB0A 2QM1A 4J8FA 1Z6RA 3CFOA 4IFVA 2YV0X 4BR4A 2EX3A 2O8DA 5KPTA 1EP4A 1K8KA 4DUZK 4EIAA 5D3GA 4NXMK 1QQNA 3NVMA 2Q97A 1HYZA 1L3UA 2UXCK 3IMXA 4FCYA 4CZIA 1ZC6A 4F4KA 2W42A 3ENOA 3O08A 4MLHA 3HTVA 2NRHA 2OCEA 3RSEA 4CF1A 1H1VA 2VCPA 4GVEA 4JD2B 1SUQA 4DR6K 3QFUA 1RBRA 3E01A 4YOVA 3IFRA 1N36K 2DTUA 3LDSA 4HUFA 3THVA 4JI4K 1QE1A 3FGUA 3M1FA 4I6MA 2I7NA 1S3XA 5LMUK 2AP1A 2PAVA 4N56A 1IBLK 1QZ5A 3ZX2A 3SZ2A 5ADXA 3SPZA 5HRNA 4KHYA 1FJGK 4OGEA 2W40A 1ASWA 3M6GA 3FR0A 1JLCA 1EO1A 1GOAA 1CZ9A 2WUSA 2QXLA 4JHDB 4OVLA 4RWTA 4AHCA 1X3NA 1K9MO 1JXBA 4GNIA 3O9SA 1S9EA 4Z0UA 4KTZA 3VPZA 4KFBA 3ATVA 3NAEA 2P9KA 2NRVA 2HVIA 2IAJA 2WC9A 1OH8A 4IXCA 3ZSQA 4YHHK 3AVMA 1RT3A 1T03A 2D5RA 3K9KA 4DSLA 1C0UA 3AV9A 1SQKA 1J5OA 4KB1A 4KRFA 5AJ3K 5GINA 1VSLA 1BI4A 4M3RA 4G9ZA 3NGYA 3G10A 3BDPA 4M3ZA 4DR7K 2O8CB 3VQ8A 1YUWA 1C1CA 3CJ7A 3TAEA 2VG7A 1NGIA 3O1WA 3EZ5A 3K5MA 3CC2N 4GVMA 4CZJA 4A5BA 3O4NA 4BR5A 1W0HA 5BR8K 3HPOA 5AQGA 3FZMA 1DTTA 3VA3A 2CGJA 1HPZA 1HX1A 4O0JA 1KCFA 4K43A 4QAGA 2ZWHA 3DXKA 4FW2A 4HUGA 4RW8A 4BR7A 1IO2A 1WB9A 1VSMA 4W5NA 1TVRA 3BUZB 3RRHA 4H0PA 4WQ4C 3GBTA 5EX5A 2ZE2A 2FSKA 3LAKA 3VENA 1XQSC 4KHNA 4DFJA 3HXMA 3DOLA 1TK8A 3VGKA 5FROA 4KO0A 4FJLA 4DQIA 3C6TA 1Y97A 2A3ZA 3S3NA 4MDBA 3KLGA 4FJNA 1BCOA 2EHGA 4GV9A 3C95A 4NCAA 4CJSA 4W5RA 3OYKA 3AVGA 4IDKA 2OANA 1QS4A 4DR1K 1ATSA 2QWQA 3EO3A 4B1VA 4B9SA 2DFHA 1B9FA 3DI6A 1YJNN 1A5XA 3LANA 3SLCA 3PX6A 3SAFA 4OX9K 3V1OA 4FPBA 1CXUA 4W5OA 2AJQA 2V52B 4A2AA 3V9XA 4FJJA 2E88A 3NH0A 3WQUA 2P9SB 1HNVA 4YDUA 4DSFA 5J1EA 3AO2A 3M8PA 2RPIA 4M42A 1KAZA 4B3SK 4DR3K 1UA0A 3VEVA 4IFEA 4FPAA 3MXIA 4DQPA 2ZGYA 3F5TA 1TYQB 4BRLA 1RT7A 3K5NA 3RTVA 4BGBA 2HBMA 4MQ3A 1TL3A 2ITMA 4MO4A 3CM5A 4DTNA 2XO7A 4MO5A 4QS8A 2NRWA 3DOKA 1LCUA 1HNIA 4OPHA 5AQLA 3KVGA 4N41A 1XNRK 3Q7BA 3DLBA 4CBXA 3V9SA 4H5RA 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2PZSA 2Y1IA 3MCPA 3R6MA 3ZETB 3SAGA 1C6VA 3J7AP 5AQSA 4LFBK 2QI2A 3KD5E 3W0LA 1JKHA 4HTLA 4B9LA 4ID5A 3CCMN 1LWFA 3MWTA 1NJZA 5AQFA 1J54A 4H4MA 1O13A 5M1KA 1DLOA 4FVMA 3CQ8A 3SMPA 5HOOA 2OTJN 4CBUA 1T6DA 4CEOA 1BWFO 5LJWA 1Z05A 1SL2A 2UUCK 1GLJO 5KRTA 4BWMA 3U3YA 1U48A 4DV7K 3MN9A 3T69A 4Y1CA 1IH7A 3SBTA 3SJJA 1SKSA 2E2NA 3AVLA 4FM2A 2VGNA 3VOVA 1VQ8N 1BL3A 2B4JA 4DSIA 1QSYA 3WXLA 1S72N 1Y64A 3P4IA 3K57A 3SQ1A 5AQOA 5AR0A 5F0XA 4FJHA 1JL1A 2P1JA 3UKUB 1XMQK 4BE1A 1KVCA 1RTDA 1R0AA 1RBUA 2OPSA 1CZAN 4DUYK 3D6RA 3D45A 4BC3A 1GLBG 2Z1JA 4IG3A 1IBKK 3O9TA 1ZBIA 1FKOA 1JL2A 1MU2A 4CFBA 4DV2K 1FKPA 3THWB 2FBYA 2HW3A 2FF6A 3O3GA 1C0FA 3CI5A 4AHRA 1LW0A 4CEQA 2E1YA 2CGLA 4CJQA 3CJBA 4AQYK 4B9MA 1D9FA 3GDQA 4CI6A 3AAQA 3FZLA 3A5NC 4W5TA 4CJ7A 1DT9A 2RN2A 3PIOL 3IAYA 4PA1A 4BRHA 4I9LA 3AGRA 2E2QA 4WE1A 5C24A 3WNGA 2VQFK 1NMDA 2HHVA 3C7NA 1SZ2A 4CD1A 3ZLJA 1S22A 3TSPA 4F8RA 3HP9A 2DY4A 3CJAA 2P5OA 4YNQA 3FZFA 4JYAK 4IFYA 3OJUA 3CF5L 2HHUA 1XHXA 3K59A 4FWRA 3DLGA 4AH9A 4DSKA 1BU6O 4DU3A 3KTQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OPA A;  3P39 A;  3O9T A;  3O9S A;  2GX9 A;  2RHK A;  3O9U A;  3L4Q A;  3OA9 A;  2KKZ A;  3O9R A;  3EE8 A;  3O9Q A;  3P38 A;  3RVC A;  4OPH A;  3P31 A;  3M5R A;  3KWI A;  3F5T A;  3KWG A;  3D6R A;  3EE9 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LF7 K;  1HJR A;  1YVU A;  3HOT A;  2RHK A;  1HQU A;  5HRO A;  2OPP A;  3CCJ N;  1YVN A;  3TAM A;  2YNG A;  3ZT1 A;  3C6A A;  4AIL C;  1RNH A;  2E4L A;  1KAY A;  4WQ5 C;  1WAJ A;  5C0Y A;  4KKO A;  5J2Q A;  1TGO A;  2XY7 A;  5JMV A;  3A5M C;  4BRD A;  1WOQ A;  3EYZ A;  3O6W A;  4B8A B;  2X78 A;  3VF6 A;  1NJY A;  3ZSV A;  4CIG A;  4Z4H A;  1VQ7 N;  4K8X A;  4Z94 A;  3H45 C;  4CJU A;  3QES A;  1L5U A;  1ITG A;  4FJ7 A;  1HUX A;  2YHY A;  3W3D A;  2P9S A;  2I7P A;  2OTL N;  1B9D A;  1NK9 A;  2D0C A;  2P5G A;  4WYB A;  3NE6 A;  4IO9 L;  4LD0 A;  2F8T A;  4RW6 A;  3KHY A;  3D2F B;  3TTF A;  1EQY A;  3DJC A;  3I0S A;  1NK7 A;  2O8E A;  2HHQ A;  1VQM N;  3V9U A;  1QHT A;  1YAG A;  4A2B A;  3MCA B;  4KHU A;  3SJH A;  1TYQ A;  3ZT2 A;  2HVH A;  4JKB A;  4DMN A;  4NYF A;  2PBD A;  4BE2 A;  1QZ6 A;  4BRC A;  4DQS A;  3DMJ A;  4CGH A;  3WXJ A;  5M1N A;  2IVP A;  3CJ1 A;  4ELU A;  3QB0 A;  2PYL A;  3JXU A;  4AHT A;  1DTQ A;  5HLF A;  3ZX0 A;  2G8H A;  3NF8 A;  2P9N B;  3SNN A;  3VQQ A;  1FK9 A;  2BE2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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