3E66A

Crystal structure of the beta-finger domain of yeast prp8
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
PFLNSSNYAELFNNDIKLFVDDTNVYRVTVHKTFEGNVATKAINGCIFTLNPKTGHLFLKIIHTSVWAGQKRLSQLAKWKTAEEVSALVRSLPKEEQPKQIIVTRKAMLDPLEVHMLDFPNIAIRPTELRLPFSAAMSIDKLSDVVMKATEPQMVLFNIYDDWLDRISSYTAFSRLTLLLRALKTNEESAKMILLSDPTITIKSYHLWPSFTDEQWITIESQMRDLILTEYGRKYNVNISALTQTEIKDIILGQN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of the beta-finger domain of Prp8 reveals analogy to ribosomal proteins.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Splicing
molecule keywords PRP8
total genus 85
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12134 PRP8_domainIV PRP8 domain IV core
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 3e66A02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3e66A01
4JKDA 4JKEA 4JK7A 4JKAA 3E66A 3E9PA 3E9OA 4JK8A 3SBTA 4ILHA 4JKGA 3ENBA 4JKGB 4ILGB 4JKBA 3SBGA 4JKFA 3E9LA 4ILJA 4JK9A 4JKCA 4JKHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1EX4A 1S1UA 5A2QO 3ZSVA 3LDQA 3K0SA 4BE2A 4GV3A 3L6QA 4YOUA 4CF1A 1VQ5N 5F0XA 4IJNA 4K43A 4W5RA 1ESVA 3O1BA 2IC3A 4C8NA 4B9VA 4W5OA 4FJGA 4J2DA 3SI6A 2AA4A 5CYQA 4B8AB 3ZDTA 4JKCA 3GL1A 4DQRA 4FK0A 4O55A 4Z4HA 4WCEL 4N41A 1SKWA 3KZBA 1B9FA 4DFJA 2P9IB 3QFPA 3RMBA 3CPWM 3GDQA 2VQFK 1E5WA 1NGAA 1MWMA 1T3VA 3K5MA 3ZX0A 5FLXO 3WXJA 4F2RA 1D9DA 3LP2A 2FBVA 3K57A 1NGJA 4PWDA 1QZ5A 1ASWA 3DOKA 1RBUA 4GV9A 2DFHA 1TKXA 3E01A 3QEWA 3FR0A 4MO4A 1L5UA 2E20A 3LP0A 4M3WA 3NH2A 3HP9A 4FM0A 3KD1E 4IDKA 5CY4A 4CFBA 5ELZA 3O3FA 4QS8A 3VA0A 1NI2A 4LF6K 4CZEA 5BPMA 4JYAK 4M7YA 1XNRK 1W0HA 2NRTA 4FVUA 4A59A 4DTXA 1GLDG 3BP8A 3W0LA 4RW4A 1SS6A 3K5NA 2NRXA 5EU7A 4U7BA 2RE2A 4I6MB 4NCBA 3NMUA 4BRHA 4E89A 1YJWN 4CIGA 4G1QA 5CR4A 4B9LA 1KXPA 2XHBA 2DPNA 3VQCA 1DEJA 1NGCA 1GC7A 4IOXA 1I39A 1IG9A 4Z4CA 4DR4K 3CCQN 4DQPA 4B3MK 1NK5A 3H3OB 4KH4A 2YJEA 2BTFA 3AVHA 3FZMA 4FLVA 3MX5A 3QEPA 4HHTA 3VPZA 5CYMA 2KZZA 5M1FA 4OGEA 4CEAA 4A57A 1KTQA 3O9TA 3NGZA 4BGBA 4YFUA 1WUAA 4C1NK 4BDPA 2O8FA 4AHUA 3KIOA 1N33K 2YJFA 3THWB 2GWJA 3QETA 3UE5A 5JS2A 5HLFA 1XMQK 4CZMA 1TKDA 1BISA 2ZM6K 1D8YA 3VQBA 1HQUA 1Q7YO 4EFHA 3JS6A 5TKYA 3V6DA 1QQMA 4BRCA 1GLBG 4Z4FA 1HJOA 1SUQA 5HRNA 3L4QA 3E66A 1NWKA 4NB4A 3CQ8A 1VQPN 1GLEG 3DLEA 2D2QA 3RSEB 5GIPA 3IRXA 4BROA 2QKBA 2KFZA 1GC6A 3CCJN 3IKMA 4FWSA 3TR8A 2CGKA 3J81O 3G71N 1C0UA 1KRPA 1S1VA 3AVGA 2I7NA 4M3RA 1MIXA 2G8IA 1RT5A 2GBZA 1YUWA 4C8OA 3I8BA 5M1QA 1WLJA 3M3ZA 1HLUA 4DV3K 3ULDA 5C12A 3CMEN 1K8KB 3CCEN 4K8ZA 5CZ1A 3MDQA 4G9ZA 2PFUA 2O8DA 3H6EA 2ITGA 4M63C 5CHIA 1KAYA 2YHAA 4FWNA 4B9QA 4DTRA 4M3UA 2YVCA 5AZJB 3VQ6A 1K8AO 2HHXA 4FK2A 3PVLA 3KK3A 3VF4A 4IWVA 3VETA 2P9SA 4JKAA 5FPNA 3SUPA 4NYFA 3DWLA 5ADXA 1GGOA 3VQ7A 3KLGA 5EXWA 3D2EA 1RBTA 3PO5A 2QWLA 4WYBA 3SJHA 3ITHA 5LMUK 3VQDA 5KQDA 3IAYA 2DFFA 3P5JA 4DU4A 3NH0A 1QVGM 3SAHA 1X3MA 3MAQA 1Q82O 3V9XA 1KFSA 4WE1A 2PBDA 4I6MA 2AP1A 3TAMA 3BF1A 4IG3A 1WNSA 4DV4K 3C94A 1WB9A 4B1UB 3OS2A 3QEVA 3E9PA 1BI4B 3SQ4A 4CZLA 1TUYA 4LSLA 1HR0K 3IG1A 1DT9A 1TL3A 4N76A 3HI0A 5C42A 4X62K 4I7FA 4W5TA 1ACAA 4FXDA 3TTCA 2R82A 3OA9A 3NF6A 1A5WA 1BL3A 4DLGA 4Q0BA 1ISNA 1BCMA 5J2MA 3U3YA 1RNHA 1IBMK 2O8FB 4KB0A 4TSXA 4Y1DA 4DSKA 2IVOA 3VN5A 3N4PA 1QE1A 4JV5K 5K14A 5D3GA 3SAFA 4ZRKA 1HRHA 4JAXA 3VENA 3HL8A 1C1BA 2GV9A 2RPIA 3AGKA 1RTJA 4FJHA 1Y97A 1NGFA 3OYAA 5KPTA 3B6PA 3M5RA 3RWUA 5IWAK 1NKEA 4YDUC 3SCXA 3K59A 2P9IA 1VQ8N 1NNEA 3GOIA 2ETJA 3WA0A 4LF9K 3L2QA 5AQQA 1TV6A 3IDHA 3KKRA 4PL7A 1ASVA 4YOVA 3LWMA 3T69A 4ELVA 3M8PA 3LZJA 3R6MA 3P39A 1VQON 3DI6A 1UAXA 2X0SA 4LH4A 1D5AA 4ILGB 5F1XA 3CJCA 3M1FA 2QWRA 1NK8A 1E4GT 1RILA 3C6AA 4CHNA 4WQ5A 4MQ3A 4DWIA 4F8RA 4J2AA 5AQUA 3TAFA 2BE2A 1YAGA 3O80A 4OO1J 4FJ9A 5HRPA 4A61A 3VQ9A 2FBTA 3VGLA 3U9ZA 3C95A 4DS5A 1Q81O 4JI7K 3AVLA 4DG1A 2WONA 1JLGA 4OKEA 1Q18A 1XQSC 1OH6A 3QLHA 1MK7B 4CD1A 3BY5A 3ZETB 1RGIA 2OZSA 3V4IA 5KQ8A 4BG9A 5BPNA 5M1OA 3RMDA 4IJAA 3KD5E 3AARA 3IFRA 4XH4A 4CJ5A 4KTQA 1W97L 4DXAB 4DS4A 4CHPA 1U45A 3MXMA 3UKUA 2F9WA 1W7AA 1TK5A 2DIKA 3NCIA 3LL3A 1K6YA 3M8SA 3TAPA 3OYMA 1J9AA 4E7LA 3THYA 1NMNA 2WOMA 1LAWA 3VQ8A 4PKGA 4ICLA 3EYZA 2E8AA 4A2AA 1U04A 1MIZB 1VQKN 1SGHA 3I55N 4V19S 4CK3A 4MLEA 1NK6A 1JCGA 1N32K 3CETA 4GKKK 1S72N 4E1NA 1RTHA 4DB3A 3OYDA 3L3UA 2QKKA 3V9UA 5HOOA 1TKZA 3EO3A 4P7IA 3PO4A 2UXCK 2DY4A 2W6LA 4I9LA 3UKRA 4HWIA 1YJ9N 3QERA 3I8DA 1BHLA 4IO9L 1VQ6N 3VEZA 4YOTA 4AH9A 4DHYA 3HM8A 3H45C 3QBWA 1NK0A 5BN9A 4ISGA 5DMRA 3L2VA 3WNFA 1OVYA 3EZ5A 3ZSZA 2QM1A 4H0TB 3KHYA 3CG7A 4DQSA 1RBRA 4PL8A 3CFPA 5AZIB 2Z1IA 4B1VA 2F4VK 1P90A 4BE0A 4JKEA 1MU2A 3O08A 4PA1A 3DM2A 4CJWA 1UA0A 3THXB 3TANA 3LPTA 4DFPA 5HL7L 5M1PA 4NY0A 1N36K 2WFBA 3AA5X 1HYSA 2V7YA 1C0MA 5AQTA 4NCGA 3T7ZA 4FJNA 4FWPA 4LY7A 1FXXA 3WNHA 1MA9B 4F7GA 2A5XA 2E2QA 3EN9A 1NG9A 3DJCA 3K9JA 2ZJPL 4GKJK 3AVJA 4FLTA 3U8XA 1CZAN 3MECA 4M45A 3DLGA 3GBTA 4CJPA 5ADXH 1CXQA 3ZEUB 4FZZA 2UUBK 2GTDA 2GUIA 2Q0UA 3G0ZA 3SUQA 1O13A 5FPDA 2JGUA 1SAZA 4CW7B 4FZXC 2XO7A 4OPHA 3VQQA 1QSSA 2O8CA 4N47A 1VQ7N 3MN5A 2O8CB 3UKUB 1YI2N 3QIPA 3R9PA 2ZD1A 1VSFA 4RWTA 1SL2A 4DR3K 3A5LC 2HOEA 2P9UB 4OJRA 5I42A 4EZ9A 4I2PA 3HTVA 4XIUA 1YVNA 1N8RO 3CI5A 1CLQA 1C0TA 1S1XA 1TYQB 4DTMA 4KHPK 3FLCO 1HNZK 2P9KB 1JCFA 4OLAA 1C1CA 5BRDA 4PY5A 5E84A 3LAKA 2H3GX 2XY8A 2YNHA 1KFDA 1QZ6A 5AJ3K 2ITMA 3MK6A 4M3YA 3FE1A 1RT7A 2V51B 3T1AA 1TK8A 2IVPA 2YHYA 2ATQA 4BRFA 4E1JA 2JWLA 1X9JA 4Q5VA 2CH6A 4IDHA 1GOAA 3I0RA 1DIKA 2J0KA 1EF1A 1I94K 2IGIA 4ISFA 2D1KA 3DYAA 1X1PA 3IS9A 3C6HA 2ZPYA 2F9TA 4H0OA 5FPMA 4HDQA 1VBGA 4GMJB 3DAWA 4BC3A 3B8AX 4CJRA 2X6NA 3ZSQA 2HF4A 4IFEA 2UXDK 5FPEA 3BINA 2HBLA 4N5SA 5HBMA 3LDSA 1EQYA 3AVCA 4OGCA 2Y1IA 1WSEA 5AZJA 4QS7A 4LD0A 3LM2A 3P31A 3A5NC 1BGXT 1KAZA 1S5JA 5T7BA 3MCPA 3DRSA 2AL6A 1P8ZA 3HPGA 1A5VA 4HUGA 3OJSA 3O8MA 1VSMA 3MXJA 3K5LA 5GAHP 2I5JA 3U4LA 3LM9A 3WEEB 2DFEA 2X78A 5C2DA 3VEYA 3U6FA 3AA2A 3BGRA 3SBTA 4DV6K 4CFDA 3TSUA 3HZ6A 1SZ2A 3O9QA 4XH5A 4FWRA 4CJQA 5BRFA 4JKGB 3DLRA 5AQJA 4FJKA 4BC2A 3AVNA 3G9WA 3D6RA 4FJJA 3OHRA 1NJXA 3HM9A 2UUCK 4TKNA 4FM2A 4C8MA 2J4RA 4J2EA 3D45A 3QB0A 3OVNA 4DTJA 5LJVA 3P83D 2A1RA 1YJNN 5E41A 1VQNN 2EX3A 3R3LA 2ZGYA 4B1YB 1E4FT 1IBKK 4CEOA 2YNIA 3DOLA 2OPRA 3CMAN 3R1XA 4JD2B 4FLZA 3I0SA 4LC9B 4CIFA 1I3AA 2CQUA 1RDAA 1NGDA 3DRRA 3FFKB 5AQGA 4CZGA 4FJMA 2BGGA 5HRSA 3QNNA 3BZCA 4FLUA 5EY4A 1VQ4N 4OPKA 3O4WA 4CF2A 5DM6L 3OS1A 5CE3A 3ID8A 5GIOA 4DU3A 2KQ2A 1ATNA 1VRUA 4L3QA 3ENBA 2ASOA 3SBGA 1NJIO 1ZBHA 1C1AA 3EKSA 3V9SA 4H4OA 4RCHA 1A5XA 1NOZA 3CJ1A 3UKRB 1HYZA 4DUYK 4L8RB 2OANA 5M1NA 3AVFA 3AY9A 2BUPA 1NBWA 3L3VA 3C0BA 5KRTA 1CXUA 3OYJA 4KHNA 2FBYA 2HVHA 3C7NB 1YHQN 2XY5A 2AJQA 2YCHA 5AFUH 2XY7A 2UUAK 4R5PA 1CZ9A 3CCSN 3VMFB 4CYEA 4JI4K 5AQYA 5DM7L 1T6DA 5KPZA 2Q36A 1T05A 2NRHA 2O4GA 3QEIA 1K8KA 4JI1K 4CGJA 3THXA 4BREA 3QNOA 4KBOA 4FWKA 2PYJA 4AHTA 4BRLA 5LL6Z 3ZT2A 1D4XA 2JWKA 2HW3A 4Y0WA 4KAZA 1U49A 3NF7A 2LSNA 3B6OA 4DF4A 4JI8K 4B8CA 3O9RA 5JVGL 2VYPA 3KWIA 1NKBA 3OYNA 4I2QA 5AQOA 3J7ZO 3TWHA 5EX5A 2FF3B 1IJJA 4QAGA 2OYQA 4GW6A 4BY9C 4JKGA 4CK1A 3C65A 4CHQA 1JXBA 4CF0A 1XHZA 1HBKA 4CEZA 2WH5A 3KVGA 1BIZA 2P9PB 4DTOA 3U3GA 4DV0K 2Q1NA 3MN7A 4DKWA 1IO2A 1VSIA 1R0AA 5CZ2A 4BR9A 1N6QA 5M1KA 3VQAA 2ZE2A 2D0BA 1DLOA 2KZMA 4FWMA 4M3TA 1BU6O 4YL8A 3ZSWA 4BVOA 1JLAA 2FSNA 2COPA 4ZTFA 4IXCA 2QEXN 1NJWA 1C6VA 4FK4A 1R59O 1IKWA 3LZIA 2WC9A 4BR2A 3SZ2A 3EZWA 4B9UA 4KTZA 4JEPA 3CHWA 5AQSA 4CZFA 1JDEA 3LP1A 1S3XA 3ID6A 2HE7A 4FW1A 4IFVA 2Q97A 4JI2K 3THVA 3HOTA 4Z4GA 3OYBA 2CH5A 4FL9A 2GUPA 4FCYA 3NGIA 3V81A 4ZRIA 2I1KA 3ASMA 2QWMA 3EPYA 5C25A 2ASMA 2RHKA 1Q9YA 3IVFA 3MX2A 4X65K 4M42A 4DFMA 1VSHA 4OVLA 1KLMA 3EL2A 3OBWA 5I3UA 3CQYA 3JSMA 1JL2A 3H3NO 3CF5L 3WNEA 2RQ1A 1BCOA 3MEDA 5JLHA 3W3DA 5FRNA 1JL1A 3KKSA 2GEMA 4BG8A 1ASUA 3VESA 3J7AP 4KHQA 1L3VA 1HQEA 5EOYA 2E5LK 1QQOA 1JXEA 2F8SA 1LWCA 5HROA 3KLFA 3ZSRA 1VSJA 3VQ5A 3G25A 1XI1A 3LALA 4AM6A 3MWTA 3TAGA 2VWJA 1C0FA 1BA0A 3T19A 2AEHA 3QEXA 3OYKA 1BQMA 4CJLA 4LFAK 4FPAA 4O5FA 3VERA 4BDZA 1ZC6A 1GG3A 3MWPA 3PIOL 5GAGP 1Y64A 3M8RA 3ZEUA 5JVHL 4CJKA 1SKSA 1NKCA 2FDQA 3KTQA 4BRKA 4HTLA 3GE1A 1VAZA 4E3SA 3RTVA 4OX9K 2NRWA 3AVAA 2A3ZA 2OTJN 3SK3A 3ZETA 3Q7CA 3S9HA 2P9LA 3CCRN 4WQ4A 4DV5K 2KTQA 1KC8O 3P4IA 2RKIA 3ZX3A 1BA1A 1HKGA 3OJUA 5AQWA 4JK7A 2BANA 3QO9A 4H0XB 3L0QA 1VSDA 1K73O 3HOSA 4DSFA 2HRJA 3O1WA 2VGMA 1W9HA 1UWBA 1U6ZA 3CCLN 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JKD A;  4JKE A;  4JK7 A;  4JKA A;  3E66 A;  3E9P A;  3E9O A;  4JK8 A;  3SBT A;  4ILH A;  4JKG A;  3ENB A;  4JKG B;  4ILG B;  4JKB A;  3SBG A;  4JKF A;  3E9L A;  4ILJ A;  4JK9 A;  4JKC A;  4JKH A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1EX4 A;  1S1U A;  5A2Q O;  3ZSV A;  3LDQ A;  3K0S A;  4BE2 A;  4GV3 A;  3L6Q A;  4YOU A;  4CF1 A;  1VQ5 N;  5F0X A;  4IJN A;  4K43 A;  4W5R A;  1ESV A;  3O1B A;  2IC3 A;  4C8N A;  4B9V A;  4W5O A;  4FJG A;  4J2D A;  3SI6 A;  2AA4 A;  5CYQ A;  4B8A B;  3ZDT A;  4JKC A;  3GL1 A;  4DQR A;  4FK0 A;  4O55 A;  4Z4H A;  4WCE L;  4N41 A;  1SKW A;  3KZB A;  1B9F A;  4DFJ A;  2P9I B;  3QFP A;  3RMB A;  3CPW M;  3GDQ A;  2VQF K;  1E5W A;  1NGA A;  1MWM A;  1T3V A;  3K5M A;  3ZX0 A;  5FLX O;  3WXJ A;  4F2R A;  1D9D A;  3LP2 A;  2FBV A;  3K57 A;  1NGJ A;  4PWD A;  1QZ5 A;  1ASW A;  3DOK A;  1RBU A;  4GV9 A;  2DFH A;  1TKX A;  3E01 A;  3QEW A;  3FR0 A;  4MO4 A;  1L5U A;  2E20 A;  3LP0 A;  4M3W A;  3NH2 A;  3HP9 A;  4FM0 A;  3KD1 E;  4IDK A;  5CY4 A;  4CFB A;  5ELZ A;  3O3F A;  4QS8 A;  3VA0 A;  1NI2 A;  4LF6 K;  4CZE A;  5BPM A;  4JYA K;  4M7Y A;  1XNR K;  1W0H A;  2NRT A;  4FVU A;  4A59 A;  4DTX A;  1GLD G;  3BP8 A;  3W0L A;  4RW4 A;  1SS6 A;  3K5N A;  2NRX A;  5EU7 A;  4U7B A;  2RE2 A;  4I6M B;  4NCB A; 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