3E66A

Crystal structure of the beta-finger domain of yeast prp8
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
PFLNSSNYAELFNNDIKLFVDDTNVYRVTVHKTFEGNVATKAINGCIFTLNPKTGHLFLKIIHTSVWAGQKRLSQLAKWKTAEEVSALVRSLPKEEQPKQIIVTRKAMLDPLEVHMLDFPNIAIRPTELRLPFSAAMSIDKLSDVVMKATEPQMVLFNIYDDWLDRISSYTAFSRLTLLLRALKTNEESAKMILLSDPTITIKSYHLWPSFTDEQWITIESQMRDLILTEYGRKYNVNISALTQTEIKDIILGQN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Splicing
molecule keywords PRP8
publication title Crystal structure of the beta-finger domain of Prp8 reveals analogy to ribosomal proteins.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 85
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12134 PRP8_domainIV PRP8 domain IV core
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 3e66A02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3e66A01
4JKCA 4JKFA 3E9PA 3ENBA 3SBGA 4ILJA 4ILGB 4JKHA 4JKEA 3E66A 4JKAA 4JK7A 3SBTA 4JK8A 4JKBA 3E9OA 4JKGA 4ILHA 4JK9A 4JKDA 4JKGB 3E9LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BR2A 2KKZA 4LC9B 4KI6A 1ISNA 1W0HA 1ASUA 2QK9A 1VSKA 1BQMA 4M3WA 3WQTA 4B08A 1NK6A 3I8BA 2Q97A 5J2PA 1HBKA 2QKKA 4OVLA 3FZHA 5JS1A 3NMUA 1TAUA 3UKRA 3IDHA 1K8KA 3OYEA 1NJIO 4B9NA 3VEZA 4QOZB 3E9LA 4H0VB 4IEIA 4FLWA 4DCHA 4FOIA 5LJVA 2E88A 2VCPA 1SL0A 4ILJA 2BANA 4DV6K 2GEMA 4CJVA 4EZ9A 2WH5A 4AM6A 4B8AB 1T44A 1JLAA 1KFSA 3V6DA 3ZSZA 1FK9A 4FJGA 4KKOA 4A61A 3X23A 3D2FA 1BWFO 3L2UA 5EX5A 1RDAA 4IZ9A 1VSHA 3TI0A 3HVRA 4B3SK 3HZ6A 4O4GA 3WXLA 1E4FT 5AQMA 4YOXA 3QEIA 1NM1A 1BL3A 2FSNA 2QXFA 3KKSA 3VERA 3F2KA 3KTQA 4BC3A 3DRPA 4FJXA 3SPZA 2YJFA 3B6PA 3QIJA 1JJ2M 1Q7YO 2XY5A 2NNWA 3I33A 4RW6A 3QNNA 1XMOK 3ID6A 4BC4A 4K41A 4FJNA 4CJUA 3QICA 2V51B 1WSIA 1XC9A 4CERA 4JHDB 5CZ1A 4GXBA 3HRGA 4A59A 3PX6A 1LW2A 5M1NA 1RTIA 3SAHA 1KLNA 5F2RA 4OLAA 2AP1A 5LL6Z 3DLHA 3NF9A 2FBTA 3AO3A 2YHXA 1HNZK 3VEXA 1GOAA 4LFCK 2VWBA 2NRWA 1JLGA 4FWQA 1BIUA 4IKFA 4JI1K 2D1KA 1NGGA 2YNFA 4FLYA 4E89A 5LY3A 3T7ZA 3NGZA 3A2FA 4K8ZA 1GLJO 3SZ2A 4L3QA 4N41A 1WLJA 1RCHA 5E26A 3SYZA 1HNVA 5AQUA 1TUYA 3AA5X 3QETA 1VK0A 3U9DA 3L2WA 1CZBA 2CQUA 1BDGA 1HKBA 3OYCA 3SAGA 1XQSC 5KQDA 1NMNA 3HPHA 2VG6A 2ZF5O 5M1OA 1HJRA 2AA4A 3TWHA 1EP4A 1MU2A 2F4VK 3VQEA 4BGBA 3I0SA 4XH4A 3PO5A 4M3UA 4IWVA 4JK7A 1ESVA 1NGIA 3B6OA 2D0PA 3O3GA 1RDWX 5GINA 1KSPA 2NUBA 2YNHA 4DR7K 4LF7K 5CYQA 4JLHA 3H1VX 4KI4A 4KTZA 5J1EA 3AGKA 3AA3A 3OYMA 2UXDK 4P7IA 1JCFA 2PY5A 4IO8A 2OTLN 2QKBA 4YOYA 2F9WA 4FWKA 4CBXA 1HNWK 1HYVA 4WQ4A 2X74A 3PZDA 3TTFA 1EF1A 1OH5A 4KTWA 1VQNN 3QEVA 1TUUA 4DKWA 4F2RA 2HNZA 2D0OA 4CIFA 4WF9L 1IKYA 1DIKA 1V4TA 4NXMK 3VTIA 3LP1A 3PVLA 4FJJA 3ENHA 1ZBUA 3GE1A 1SUQA 5AQFA 3WXJA 1W7AA 4LF4K 1U45A 1Q18A 3FR0A 4FOEA 1CLQA 2D0BA 2FBXA 3EZWA 4DFPA 3WT0A 3DXMB 3DI6A 4CZIA 4ID5A 3CM5A 1HX1A 1BIZA 3ZSQA 4BRDA 2HBLA 5T7BA 3TTDA 3SK3A 3THXB 2FC0A 3D45A 2HBKA 2E6MA 3A8YA 3TAPA 4PWDA 4DV2K 4EKUA 2HOEA 3QERA 4YOUA 1CXQA 3GOIA 1WSFA 5LMUK 3VQ4A 5KGXA 4GV6A 3H45C 4KAZA 3VQQA 2KW4A 1R59O 5CHIA 1F21A 2WBNA 1JLBA 2DPNA 5AQIA 3ZEUA 5GIOA 5C2DA 5BPNA 3LWLA 1C0MA 4LF9K 4BWMA 4HTLA 3VQ9A 5BR9A 3QB0A 3AVLA 4W5RA 4CGIA 4CFAA 3OYFA 3OVNA 3SV3A 3S3OA 4FLXA 1VQ4N 2ASPA 1V4SA 1JCGA 3DAWA 2YI1A 4CEDA 3KVGA 4JKCA 2O8DA 3KLIA 3DJCA 3WXKA 4B1UB 4CJ3A 2A1RA 1NNEA 3O3HA 4I2PA 4DMNA 2WUSA 3VPZA 3GBTA 1BOTO 3HPGA 1Q86O 1NGCA 1GC7A 1NK5A 1XHZA 1P8ZA 4B1WB 1WBBA 5GAEP 3VF2A 5HRSA 4CEBA 4DB3A 3MK6A 3NH1A 3G10A 3H3NO 4IO9L 5AZIA 3VMFB 3AVMA 3NF7A 4CZHA 3GG4A 1IBMK 4C8KA 3T3FA 1VQLN 1NKCA 3CD6N 1SZ2A 2I7NA 2X6NA 4DSKA 4CEFA 3CYMA 2G8IA 4IOAL 4B3OA 4DXAB 2QEXN 4ILGB 3J80O 3PSFA 3D2EB 2D10A 3DLLL 4PA1A 4BR5A 4JYAK 1Z05A 2QW9A 1S1XA 2HBMA 4KH6A 1IBKK 1BI4A 4BY9C 3LDSA 4AHCA 2E5LK 4M3YA 1WAJA 4N56A 1IKWA 2WONA 4DFKA 1HPZA 2GWJA 3OBWA 1K6YA 3M1FA 3MN5A 4B8CA 1IO2A 3QFUA 3MEGA 2PBDA 3LAKA 3OYAA 4M7YA 1X3MA 3ZT4A 4DQ8A 1BISA 4LSNA 5CZ2A 1OH6A 4H0TB 2ZJPL 3FGUA 4H4MA 1ACAA 2KQ2A 3CMAN 3MWPA 1NK9A 2IVPA 3VEWA 3LP0A 1QHTA 3NE6A 1NGDA 4ID1A 5JVGL 1GOBA 5CYMA 2YV0X 4DLGA 4BRKA 4NLBA 3TR8A 3ZCMA 3IVFA 3IMXA 4E7KA 3K0SA 4FW1A 1GC6A 4CJWA 3I56N 1QQOA 1KC7A 2ZGYA 3PV8A 3N4QA 1L3TA 4A2AA 3NVMA 3J81O 1RDBA 1RDUA 1DTTA 3ZT1A 4FL9A 2VWJA 1QVGM 4Z4CA 4CJ5A 4CIGA 4CZFA 2AJQA 1YITN 3QEWA 3EZ5A 4B3TK 5C0YA 5C25A 1ILYA 5AQVA 1S3XA 1TYQA 4F7GA 4JD2B 4GY2B 4X66K 4NXNK 3C6AA 3Q7BA 2IOCA 4CJFA 1TK5A 5C2FA 5AQSA 2HE7A 3DXKA 4B9MA 4ELTA 3SUOA 1BGXT 5D3GA 3SMPA 3A5LC 5AQRA 3K2PA 3O9RA 1D4XA 4QS8A 3KK3A 4CCHA 4H8KA 4C1NI 3HVTA 4OJRA 2HRJA 3H6EA 1BA1A 4V19S 1ATSA 3LDQA 4ZHRA 2A42A 2P1JA 1HKGA 2ZE2A 4M7XA 3NF8A 4ISGA 3CG7A 4DFJA 1SS6A 2QWLA 3WNEA 1X9SA 4BR0A 3C0BA 3QDKA 1RBUA 4OPKA 5KI6A 4E1NA 1E4GT 2A1SA 4OPHA 4YDUC 3VENA 5J2MA 3BGRA 3CJAA 4GVEA 4E7LA 2FDQA 1D5AA 1RBSA 3M6GA 5DM6L 2GUIA 2P9LB 4H03B 4O8KA 4FLVA 4XIUA 5BRFA 3KK1A 4WQ4C 4FWSA 4NYFA 5C15A 4DF8A 1DTQA 1DKGD 1GOCA 2EMSA 1XNQK 2P9PB 1Q82O 1S22A 4J2EA 4CK3A 1QSSA 4IFEA 1WSJA 2UYTA 4DQQA 4Q0BA 4CFDA 5BREA 4BE1A 2EX3A 2P9NA 2RHKA 1S1UA 3CQ8A 2ZJRL 2GV9A 1NKBA 2HHWA 1J54A 3OYIA 2PYJA 2P9UB 1JDEA 1BHLA 5AQNA 5KTQA 3LM9A 1SQKA 3D0PA 1RT4A 4N76A 1WAFA 3L3UA 4CZGA 3SQ4A 4F3TA 2YHYA 3M5RA 4FWPA 1YJNN 4FZZA 4KO0A 4RG8A 3BF3A 1U2VB 4UQGA 4BQLA 4CJRA 3KD1E 3K9JA 3CCSN 3VN5A 3VESA 3ZT3A 1SL1A 2BE2A 3R1XA 1U48A 4IJNA 2IVOA 2O8FB 1SGHA 4K42A 3RSEA 1XWLA 2E2OA 5FDLA 4C8MA 4CE9A 2NRRA 4CFBA 4FK0A 3VGMA 1JKHA 1RDCA 3ZT0A 2YHAA 5EXWA 1H1VA 1L3SA 4B1VA 1FXXA 3AVBA 3KHYA 3KJVA 4CHOA 4Y1DA 3VGKA 2P5GA 1JLFA 1UOCA 4FW2A 1NGJA 3MN9A 5I42A 2HMIA 4IBNA 4ELUA 3CCJN 3O9QA 4JKEA 2YHBA 1JL2A 4W5NA 4YL8A 4LF8K 3V1QA 1ITGA 1MWMA 1VBGA 3LP2A 1T6CA 2E1YA 4JEPA 4JI3K 5GADP 3HO1A 3HI0A 3PO4A 1A5VA 1RTHA 3C65A 4YOTA 2OPPA 3ZETA 1TKTA 3NGYA 1FJGK 2FLOA 1DT9A 1TAQA 3JYTA 5EY4A 1UA0A 4AHVA 1VQ8N 1NK8A 3G0ZA 5AQKA 5AFUH 2O4GA 2RN2A 3TANA 4PL8A 5F1XA 1VQ6N 3U4LA 1NJXA 3SPYA 2UU9K 2P9SA 1N32K 1P90A 4JS4A 2HHVA 3FP5A 2HHHK 4CK2A 3MEDA 4QAGA 1HQEA 3J8AA 2HW3A 3VQ8A 4KB1A 2O8BB 2PYLA 4FZYA 2HSTA 3S41A 1S6PA 4CVNE 1KAYA 3WXMB 5AZJB 1YAGA 3VQAA 4AHUA 3L8BA 1HMVA 1XI1A 2NRTA 1MK7B 1RT3A 4EAHD 1KCFA 1VQ5N 3E1YA 1KFDA 3TABA 1GLFO 3FE1A 4N5SA 3NGIA 1RTDA 3MECA 1X9WA 4DQPA 4O5BA 2G8UA 4CGGA 3AAPA 1J6ZA 5KRTA 2QA4N 1Z25A 3DRSA 4ELVA 4J2AA 2NZTA 3FFIA 3HL8A 3MCPA 4FJIA 1GLDG 1KQSM 3L4IA 3ULEB 3UKUB 4I6MB 5JLHA 1X3NA 4Z4IA 3VF4A 3MMVA 2GWKA 2KFNA 1XHXA 5SWMA 4C23A 1QQNA 4FM1A 5AR0A 1FKPA 3O1WA 4F2SA 4H4OA 3CXCM 2E2PA 1VRUA 2ITGA 1D9FA 4LY7A 4DFMA 4JKHA 4JV5K 1MWKA 1W9HA 2OYQA 4FJ5A 4JI7K 3E01A 3BF1A 3O8MA 3HM9A 4FWLA 2O8CB 5M1FA 4IFVA 2VGMA 4DQRA 3PSIA 2KFZA 1JL1A 1LV5A 2QTDA 4BRNA 4CHQA 4GVMA 3TTCA 3EKUA 3EE9A 1GG3A 4EP4A 3V81A 4CZKA 2RQ1A 2B4JA 4FM2A 4A57A 3K5OA 4HDOA 4F8RA 1S9EA 2FXUA 2XO7A 4JK8A 1LAWA 1C6VA 3RTVA 3PY8A 4OGCA 4CF2A 1XNRK 3P1GA 4JHDA 1YXQA 3CC2N 4R5PA 3CFPA 4YOWA 4KHYA 4I7FA 3JS6A 2KZZA 3K58A 1Q8IA 2AEHA 1J53A 1NJYA 1M90O 4FWRA 1NWKA 3P5JA 4HHTA 3O9UA 5BPLA 3U8XA 3IUCA 1NLVA 4LSLA 4ZRIA 4IXCA 2CGJA 2NRZA 4K43A 5FRNA 3W3DA 2VQEK 5HBMA 5IT9O 1GLEG 1K8AO 4CEZA 2D0AA 3AY9A 4JNEA 4FK4A 2RE2A 4F9OA 4B3RK 1IG9A 1RT7A 1C0GA 4AM7A 4MO4A 3KLGA 3NBPA 4M3RA 3QEPA 3BZKA 3LM2A 4OKKA 1REVA 4DF4A 2E6LA 3P4IA 5ELZA 5JS2A 1U6ZA 3DOLA 1LWEA 4DG1A 4Q5VA 4JRQA 2UUCK 3J7AP 4U7BA 1HPMA 3PIPL 3LDPA 4Z94A 2VYPA 4CZEA 3MCAB 1YUWA 3CCQN 4AQYK 1W2BM 1KRPA 3ZSVA 1L3UA 3TAGA 4KHWA 2O8EB 2P5OA 4CZJA 4DR5K 3QESA 3WA0A 1T3VA 2ITMA 1S9GA 4C8OA 2IS3A 3UB5A 1XC3A 4DU3A 4YDUA 5FPEA 3QO9A 3L2RA 4ZTFA 4WQ5C 4CHZA 2A40A 5TKWA 3OJUA 3T69A 3H46O 5K14A 3AO1A 3WUHA 4CEQA 4MLEA 4CEAA 4DTXA 4O8UA 2QM1A 4YHHK 3L6QA 1NJZA 1NKEA 3V9XA 3VF6A 3WXIA 2OTJN 1DGKN 3WNGA 3PUFA 3IFRA 3S3NA 1ATNA 4Z4HA 5M1KA 2BUPA 4OKJA 2Q3SA 2DFEA 2YKMA 3VA3A 3SUNA 5C10A 4KHSA 4RTFD 3SAFA 3AU4A 1JCEA 2I7PA 4FJMA 2CH5A 5AQQA 3AVIA 3HOSA 2RKIA 3EO3A 4YY3K 4NCGA 3ZSYA 4GV9A 2LBBA 5AQZA 3CPWM 3DLGA 4BACA 2QI2A 3RRHA 4HUGA 3GL1A 4EZ6A 4RW9A 4ICLA 2OPRA 5LMNK 1JXEA 3L2VA 3QFPA 4AILC 3A0IX 5AQWA 3P38A 1QHAA 4R79A 3I8DA 1DEJA 4DV4K 2OA8A 3TSPA 3DXMA 5C42A 3U3YA 1C1BA 3DM2A 3VQ6A 4WFBL 3VQ7A 4E1JA 3AGRA 3THXA 4JKBA 3VOVA 1NGBA 4KHUA 2HF3A 4A5AA 4FJLA 3OYLA 2CGKA 2D11A 4FVMA 5ADXH 4DQSA 4I9QA 1EO1A 4H0PA 4EIAA 3LALA 3OS1A 4BVPA 1BO5O 5HRPA 3C7NB 3ZSRA 3SBGA 4BRLA 2NRVA 3KZBA 3K5LA 1TK0A 2RPIA 2AL6A 2PFUA 1X9JA 1Z6RA 4FPAA 4N47A 1EQYA 2DFFA 3TAFA 4BWJA 4IOXA 4H5VA 4M3XA 1IH7A 4CJLA 4KREA 4E0DA 3QIOA 4PUOA 4JRPA 4CECA 5JVLA 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1EWRA 3HK2A 1IJJA 2NRHA 3ID8A 1GLAG 2FBYA 4CEOA 3J7ZO 3KLHA 4JD2A 3OYDA 2DY4A 3OA9A 4FJ8A 1TVRA 1A5XA 2QWPA 2FSKA 3CCMN 1S1TA 1ST7A 1RBTA 1HB6A 1H4RA 3VGLA 4DTUA 2EMTA 1QS4A 1LWCA 4C8LA 2P51A 1OH8A 4BDPA 4KRFA 4XH5A 4BGAA 1KVCA 4Z0UA 2H3GX 4DTRA 1OVQA 1VQON 4WQ5A 4HCCA 3P31A 3CJBA 4IFYA 4AHRA 3HJFA 3FLVA 4KHQA 1T05A 4QS9A 1ASVA 5FPNA 3EEQA 4DTJA 2W6LA 3OHRA 4JK9A 2A6AA 2G8HA 1BUPA 1YVUA 1HNIA 3MX5A 4ISFA 5SZTA 1J5OA 5HP1A 1CXUA 3CCVN 2P9LA 4DHYA 3ASMA 2XRIA 4GNIA 2I1JA 4G9ZA 4B9TA 4CJTA 3VEVA 5I3UA 3HP6A 4PKHA 2E2QA 5DM7L 3U6FA 2P9PA 2F8TA 1RDDA 3U9ZA 3G6EN 3AVKA 3PIOL 3KK7A 5AQHA 2XY6A 2A5XA 3KD5E 4OKEA 4H0XB 5DMRA 1TKZA 3QEXA 3VQ5A 2ABDA 1J9AA 1Q9YA 1VQ7N 3O9TA 1NTIA 4JKFA 4DV1K 4FJ7A 2YJEA 5C12A 2ATQA 2HNYA 2YKNA 1U04A 1S6QA 3V1OA 2GTDA 4KB0A 2V7ZA 3LL3A 3SLCA 2BTFA 2P9UA 1YIJN 1N5YA 4ZRJA 3WEEB 1SKWA 3RSEB 4OPAA 3RMBA 3DOKA 4CD1A 3SQ0A 3F9MA 1RT1A 3ULDA 4B1XB 2HHSA 3ENBA 4FJ9A 1U2VA 4Z4GA 4DR2K 2W6KA 2GUPA 3G4SN 3OYGA 1B9DA 2Y1IA 4WYBA 1NJWA 2O8FA 1RT5A 5HL7L 4DSEA 4Y1CA 2I1KA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JKC A;  4JKF A;  3E9P A;  3ENB A;  3SBG A;  4ILJ A;  4ILG B;  4JKH A;  4JKE A;  3E66 A;  4JKA A;  4JK7 A;  3SBT A;  4JK8 A;  4JKB A;  3E9O A;  4JKG A;  4ILH A;  4JK9 A;  4JKD A;  4JKG B;  3E9L A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BR2 A;  2KKZ A;  4LC9 B;  4KI6 A;  1ISN A;  1W0H A;  1ASU A;  2QK9 A;  1VSK A;  1BQM A;  4M3W A;  3WQT A;  4B08 A;  1NK6 A;  3I8B A;  2Q97 A;  5J2P A;  1HBK A;  2QKK A;  4OVL A;  3FZH A;  5JS1 A;  3NMU A;  1TAU A;  3UKR A;  3IDH A;  1K8K A;  3OYE A;  1NJI O;  4B9N A;  3VEZ A;  4QOZ B;  3E9L A;  4H0V B;  4IEI A;  4FLW A;  4DCH A;  4FOI A;  5LJV A;  2E88 A;  2VCP A;  1SL0 A;  4ILJ A;  2BAN A;  4DV6 K;  2GEM A;  4CJV A;  4EZ9 A;  2WH5 A;  4AM6 A;  4B8A B;  1T44 A;  1JLA A;  1KFS A;  3V6D A;  3ZSZ A;  1FK9 A;  4FJG A;  4KKO A;  4A61 A;  3X23 A;  3D2F A;  1BWF O;  3L2U A;  5EX5 A;  1RDA A;  4IZ9 A;  1VSH A;  3TI0 A;  3HVR A;  4B3S K;  3HZ6 A;  4O4G A;  3WXL A;  1E4F T;  5AQM A;  4YOX A;  3QEI A;  1NM1 A;  1BL3 A;  2FSN A;  2QXF A;  3KKS A;  3VER A;  3F2K A;  3KTQ A;  4BC3 A;  3DRP A;  4FJX A;  3SPZ A;  2YJF A;  3B6P A;  3QIJ A;  1JJ2 M;  1Q7Y O;  2XY5 A;  2NNW A;  3I33 A;  4RW6 A;  3QNN A;  1XMO K;  3ID6 A;  4BC4 A;  4K41 A;  4FJN A;  4CJU A;  3QIC A;  2V51 B;  1WSI A;  1XC9 A;  4CER A;  4JHD B; 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