3E66A

Crystal structure of the beta-finger domain of yeast prp8
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
b'PFLNSSNYAELFNNDIKLFVDDTNVYRVTVHKTFEGNVATKAINGCIFTLNPKTGHLFLKIIHTSVWAGQKRLSQLAKWKTAEEVSALVRSLPKEEQPKQIIVTRKAMLDPLEVHMLDFPNIAIRPTELRLPFSAAMSIDKLSDVVMKATEPQMVLFNIYDDWLDRISSYTAFSRLTLLLRALKTNEESAKMILLSDPTITIKSYHLWPSFTDEQWITIESQMRDLILTEYGRKYNVNISALTQTEIKDIILGQN'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords PRP8
publication title Crystal structure of the beta-finger domain of Prp8 reveals analogy to ribosomal proteins.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Splicing
total genus 85
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12134 PRP8_domainIV PRP8 domain IV core
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 3e66A02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3e66A01
3SBTA 4JKGA 4JKCA 3E9OA 4JKBA 4JKAA 3E9PA 3ENBA 4JKEA 4JKHA 4ILJA 4JKGB 4ILHA 3E66A 3SBGA 3E9LA 4JK9A 4JKDA 4JK8A 4JKFA 4JK7A 4ILGB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DV3K 1NI2A 4JHDA 3K5OA 5JVHL 1I39A 5A2QO 3O3HA 3ZDTA 4TKNA 3QERA 1NGJA 3U4LA 2GV9A 1S6PA 2ITGA 4DTJA 1NGHA 4B9TA 4CJSA 3IMXA 3AVMA 3C65A 2BE2A 4BR0A 3H1QA 4E1JA 3V1OA 3CCEN 1VSHA 4E0DA 2E20A 1JKHA 3C95A 3O9SA 1XI1A 1NJIO 4KRFA 4CJRA 3RWUA 1JLFA 4FJ7A 3SAFA 4M7YA 3QEPA 1N6QA 1SGHA 4JS4A 3MN9A 2JWLA 4DR2K 1K9MO 1XMQK 2FF3B 4DR5K 2WH5A 2KTQA 2OCEA 3I55N 3EYZA 5SZTA 5BRFA 1DGKN 2YI1A 3QFPA 4JI1K 4B9MA 3VQPA 1D4XA 3UKRA 4FWQA 3QNNA 4IO9L 3MWTA 2E4LA 5HP1A 1RDUA 3I8BA 1QQCA 1SKWA 4PWDA 3O4QA 4GW6A 3ZT2A 5AQZA 2Z1GA 4MO5A 4B1ZA 1SUQA 4RW4A 1VQ9N 3FZLA 5AQYA 4FLZA 4OKEA 1ZBFA 3ULEA 4IWVA 2CGJA 5AQFA 1LW0A 4Z4FA 2P9PA 2PBDA 3MCPA 1CZ9A 1KTQA 2ASMA 4DU4A 1SQKA 2O8DB 3H6EA 3PSFA 3KJVA 3DRSA 4BRAA 1L3UA 4LF5K 4J2EA 2G8UA 1A5XA 2D2QA 4CE9A 4DXAB 5D3GA 2PY5A 3FZHA 2ZJPL 1L5UA 2PAVA 2HE7A 1E4FT 4HVJA 3OYNA 5AQRA 1JLBA 2P9UB 4ZRJA 3H46O 1TL3A 4DFKA 3P4IA 1NJXA 1K8KA 4CHOA 3LM9A 4LF8K 5FPDA 3VQ5A 1Q9YA 4DQSA 1Z26A 2E8AA 4FWSA 4KHYA 2G8VA 4B9UA 1BQMA 4CJQA 3LP2A 4CW7B 3VERA 4LFBK 3EY1A 1RDCA 3R3LA 4FJ5A 2NNWA 4JI7K 1HNXK 5FPNA 4F2SA 1L3SA 2UXCK 4IBNA 1T7PA 4CJ7A 1NVLA 1RDBA 1HLUA 4BC4A 5J2MA 1BOTO 4FW2A 1HMVA 4GY2B 3N4QA 4FVMA 2NRTA 3VQBA 3M6GA 1GOBA 2NRXA 1Q82O 1BA0A 1OKJA 3ZSZA 1NU0A 3LAKA 1NGIA 4OX9K 5AZJA 4KHQA 4AHVA 2YNFA 3B8AX 3GDQA 1O1WA 2P9LB 1ATSA 4F2RA 3CHWA 1N32K 3THXA 2UXBK 1NK6A 1WBBA 5F2RA 2VG5A 3K58A 4EZ9A 3BDPA 4M3RA 4LF7K 3F5TA 4FJIA 4B3SK 3EKSA 3T19A 3LDPA 2A6AA 3ENBA 2W40A 2ZPYA 3TANA 3R1XA 3S3NA 4DSKA 3SV4A 1DLOA 4CEAA 3AVIA 3TTCA 3CFOA 3AVAA 1ATRA 1BL3A 3C6AA 3TAFA 5C2DA 1U4BA 3MDQA 1MA9B 4BG8A 5IT9O 3E9LA 4YOVA 5AQTA 3J8AA 5KPTA 3HVRA 5TKYA 4RTFD 4MDBA 1T3VA 3SMSA 3VESA 3O9QA 3SV3A 3BY5A 3EZ5A 1KSPA 5FPEA 4CJFA 3E9PA 3R9PA 4B1VA 1BI4A 4HTLA 3L8BA 4JKGB 3S41A 3D7EO 3SUPA 1N5YA 4CFCA 1C6VA 3VQ8A 1UAXA 4JI4K 2AP1A 3HPOA 1C0TA 3HOSA 3ZEUB 4MQ3A 5JS1A 1CZBA 2E1ZA 5K14A 4WQ4C 2Q36A 2GWKA 1TAUA 1KFSA 4H03B 4CGHA 4CD3A 4TSXA 2BANA 3L2RA 3D6RA 1MWKA 2QEXN 1U49A 1EKEA 1NMDA 5M1PA 4CF1A 2VQFK 4IOCL 1JXBA 1L3VA 2HRJA 2A40A 4DHYA 4GKKK 4DTPA 1RBVA 3AVLA 1E5WA 3TAQA 3WNGA 4CJ4A 1Q86O 1IO2A 4KO0A 4LD0A 4BRIA 3AY9A 1FJGK 5FLXO 1GC6A 3HYFA 4NCGA 3TSQA 1JLAA 3BF3A 4M3WA 3VETA 2CH6A 3NH1A 1EWQA 2P9NB 3CCMN 3VF4A 4H0VB 3MAQA 4IZ9A 4DU3A 3AA4A 4PKIA 5E84A 1FKPA 4FJKA 3IFRA 3DXKA 3HOTA 3DXMB 4IOAL 2X78A 1C1AA 3CIPA 2XO7A 1BO5O 3KKRA 3LP0A 1VQ5N 1KRPA 2VCPA 3VGKA 4CZJA 4AQYK 5EU7A 4E1MA 4WFBL 1X3NA 1H4RA 3DMJA 1RILA 1HNIA 4FJJA 3F2KA 3MCAB 1FKOA 1QQNA 1GGOA 5EOYA 2ZJQL 4CJWA 1XUPO 2CQUA 4H4MA 4WQ5C 4RW7A 1OH5A 1SV5A 2E2QA 3HK2A 2J0JA 3O4WA 3D0PA 2QWRA 3AO2A 3J7YP 3WT0A 5DK5A 3M8QA 4Z0UA 2DY4A 2BUPA 3M8RA 4C8KA 1U45A 4Z94A 5FRNA 1FK9A 1N34K 3LPUA 3CCSN 2PZSA 5HL7L 1ZBHA 4B9NA 4CFAA 5HRSA 2KLAA 2P9IB 1X9JA 4JK9A 4I6MA 2WBNA 2XY7A 4BDYA 1RT1A 1NGGA 5I42A 4IKFA 3OYAA 3VEOA 2X6NA 4IDHA 2GEMA 2XHBA 4PL7A 4WFAL 1HB8A 2D11A 4A62A 2XY5A 1TL1A 4YOTA 5AQOA 3QBXA 4GNIA 4CJVA 1WSEA 2OPQA 5BPMA 5BPLA 3MEEA 2RF2A 2NRWA 3FFKB 3PUFA 3SI6A 4BE0A 1GLJO 2JGUA 4FJ9A 1HPZA 2DFFA 5DM7L 3TAPA 2BH1A 2AA4A 1ISNA 1HB6A 3I8DA 2FBVA 1VSKA 3T1AA 4OVLA 5F1XA 4K42A 3E01A 3ZSYA 2PYJA 1XNRK 2HBJA 2YKMA 3G10A 2XY6A 3LPTA 1D8YA 3V9SA 4GV3A 5FROA 3K9JA 4JI6K 4RW6A 2OTLN 3ZT4A 3HM8A 3ZSXA 4LF4K 2D0CA 3I56N 5GAGP 4DFJA 3RSEA 3PIPL 2ZF5O 3RMAA 3NGIA 5BRDA 4ISFA 4CZLA 4NCAA 2FBTA 3L6QA 3RRHA 2ZQBA 2O8BB 2I1JA 2O8CB 3KLHA 1NGDA 3D2FB 4R79A 3CM6A 4NLBA 1J5EK 4JKFA 2D0AA 3TTDA 4WYBA 5J2QA 1IKXA 4C8OA 4EFHA 1JXEA 1GLEG 3OYHA 1QSYA 1S5JA 1HPMA 4JHDB 1WNSA 3CQYA 3AVKA 1E3MA 1J6ZA 4FLVA 1XQSC 4E19A 4CYEA 2Q31A 3DWLA 2JWKA 3VEZA 1D5AA 2JLEA 1XC9A 2Q0RA 3VEWA 3OYGA 1KVBA 1UA0A 2WOMA 1VQ6N 4A57A 4FZYA 4DF8A 1N36K 4WFNL 4CHQA 3PO4A 4DSEA 2GWJA 1QS4A 4X65K 3QINA 1SKSA 4DWIA 3K59A 3T1HK 4H0YB 1RT5A 1J19A 1HYZA 3KWGA 4H5TA 2UXDK 1YTUA 4C23A 1SAZA 5AFUH 4DTUA 3CCRN 4KI4A 4JKBA 2YX6A 4PUOA 4IJNA 3HP6A 3THYB 4YOXA 1NMNA 2X74A 1BIUA 1IG8A 3DLKA 2FC0A 2OZSA 4BRHA 3A5NC 4FJLA 3R8EA 4DR6K 1J54A 3LDSA 3OJSA 4LH5A 4E7IA 1JL1A 3NMUA 2IVNA 1N33K 2P9PB 3CJCA 3U7DA 4N56A 3A5MC 4BC2A 5J2NA 3SPZA 3ENOA 1VSEA 1NK7A 1VHXA 2GTDA 5HRRA 3QESA 1NWKA 3OY9A 5MLCQ 4CEBA 4KHUA 3VN5A 1IBKK 3H3OB 4ID5A 1EQYA 1QQMA 2HHWA 1W97L 3H1VX 4OPKA 3G4SN 1KAZA 3MXJA 2F8SA 1A5WA 3HPGA 1EP4A 4DKWA 2D0PA 3V4IA 4ZTJA 3NH2A 3P38A 1CLQA 1BISA 1VQ7N 3U9ZA 4EP5A 1K8KB 4DB3A 4F3TA 3KLIA 3CC4N 3D45A 4JKAA 2WC9A 3ZSVA 3M1FA 4FJHA 1TYQA 2AJQA 1SL0A 3HT3A 4IDKA 4BWJA 4CFDA 3JXUA 2PYLA 1Z6RA 3SBGA 4E1NA 4DUYK 1NTIA 4BVOA 4BR7A 4CJEA 3VF6A 3NDKA 1RDWX 3JYTA 4I9QA 4CZEA 3ATUA 2OPRA 3WXMB 3ZETB 1BU6O 5GAEP 4BRPA 2R82A 1GLAG 1X9MA 4FYDA 4K43A 2H3GX 2VWKA 3CCLN 3L2UA 4AM7A 3NBPA 4XEIA 1EETA 4M63C 5AZJB 4HUEA 2FBXA 1RTIA 4B1UB 1HKBA 5AR0A 3OYEA 2IVPA 2HF3A 3ISNC 4JK8A 1NKCA 1MK7B 3OJUA 3RR8A 1XHZA 1WBDA 2RPIA 2P9KB 5M1KA 1S22A 2VWBA 2OPPA 3OA9A 3K5MA 3Q7CA 3WXLA 1TK8A 4FWNA 5M1QA 4GV6A 3THWA 3G6EN 3LZJA 1U48A 2VQEK 3A5LC 4KKOA 3ZYYX 2RHKA 2PFUA 1Y64A 1E4GT 1YF5L 1JJ2M 3SBTA 1H1VA 1B92A 3AAPA 3O9UA 1Q18A 4B1YB 4OJRA 2KFZA 1S1XA 4DR7K 3C0BA 2V52B 1L3TA 3RRGA 1NG9A 4WE1A 4YFUA 4CFBA 2VG7A 4QOZB 1BI4B 1X9WA 1CZAN 1HX1A 3C7NA 4B3RK 3T7ZA 1QTMA 3CCVN 2A5XA 3P1GA 2OA8A 3D2EB 3DLLL 1V4TA 3LWMA 3RMDA 4KB0A 4G1QA 1S1WA 3AARA 2HNYA 3DLBA 1KAXA 3LDOA 1BHLA 2CB8A 1T6CA 3QBWA 4C8LA 1HYSA 1GLBG 3MN6A 2FSJA 3DRRA 4Q0BA 1CXUA 5AQIA 1HJOA 2ZWHA 1I94K 2Z1JA 3L3VA 1DTTA 1T03A 4KI6A 4M3UA 4JD2A 4DTNA 1C0FA 4B3OA 4H5RA 3QIPA 4FWKA 4DS5A 2O8EA 1A5VA 1RT2A 4LH4A 3KLFA 3VA3A 4DR4K 1NBWA 3CCUN 5LJWA 2IS3A 1S3XA 3X23A 2NRHA 4H8KA 3AO1A 4DUZK 3FZKA 3HL8A 1S72N 3SUQA 4CGJA 4FW1A 3O1WA 3HM9A 1W2BM 4KTWA 5M1NA 1Z25A 2VYPA 1TKDA 3EEQA 4Q5VA 1JLEA 1BCMA 4I2PA 3U9DA 4FL9A 2YHWA 1W7AA 3OS1A 3DXKB 2HHVA 3LALA 2CGKA 1TV6A 4DQ8A 2V7YA 1ACAA 5GAHP 4PQUA 4W5QA 4CHNA 3VF2A 5C25A 4RWTA 2HHSA 4FZXC 5HOOA 2E6MA 5HRNA 2BTFA 4CZKA 5ADXA 4OPHA 1NGEA 5EY4A 3CJ7A 2EWSA 1U6ZA 3O80A 3FGUA 4CJ5A 4BE1A 2A41A 4W5NA 3P39A 1LCUA 1VSJA 1BDGA 3AVNA 5C12A 4DV5K 4J8FA 3PSIA 3V1RA 3NF7A 4F8RA 2HW3A 1RBRA 2GELA 2HVHA 1KVCA 1S1VA 3K2PA 3ZT0A 4HHTA 1NK4A 2WUSA 2YHAA 4K8XA 4ELVA 2W42A 1VQKN 3TR8A 3TI0A 2COPA 4FM2A 1RT7A 4I6MB 3QEVA 3H08A 3FP5A 3QIJA 2VWJA 5KQDA 5KGWA 3LM2A 1HR0K 4B9QA 3AVFA 4CERA 4DSLA 2Q97A 3BGRA 4WCEL 2ZD1A 1EWRA 3V81A 3ASMA 4ZHRA 5BRHA 3L2WA 1RTJA 3E1YA 5BPNA 1TUUA 4LF6K 3V9WA 3WXJA 4BVPA 3TAMA 1WLJA 2FJ9A 4HUGA 3VQDA 2YNIA 3QO9A 2HSTA 3ATVA 1WAFA 4KTZA 4YOUA 4JI5K 5KPZA 3MN5A 1NNEA 2ZM6K 3V6DA 1JLGA 4DFPA 3NCIA 3QFUA 2XRIA 4N41A 5AQUA 1WOQA 4IG0A 4NYNA 1RBUA 3AO5A 3CQXA 4ISGA 3FZMA 4EIAA 3EN9A 4HUFA 2E88A 4FK4A 5CY4A 4WF9L 3TWHA 4BE2A 1EXQA 4CGGA 4A59A 2ASOA 1RTHA 2HF4A 3DLRA 3DM2A 3KK3A 3W0LA 1HQEA 2DFEA 3HI0A 3MMVA 4IXCA 5CR4A 3RSEB 1BUPA 3BZCA 2IDOA 5ADXH 3GBTA 1QSSA 1JLQA 4FPBA 4KAZA 1RT6A 1YVNA 3CJBA 4JLHA 3IS9A 3J7ZO 4KV8A 3O9RA 4CF0A 3AGKA 3WNHA 5KTQA 3A2FA 3WQTA 3CC2N 2NLXA 1U2VB 4DLEA 3T3FA 1WN7A 1DKGD 5HLFA 3BF1A 2AL6A 4CZIA 3OS0A 4NXNK 3ZX0A 4NO7A 3C6UA 1SKRA 1HNZK 3ZSOA 1QHTA 1TKZA 4H0TB 2YHBA 4OLBA 3GE1A 3SCXA 2IC3A 3FR0A 3OYFA 2G8IA 3QNOA 4DV4K 4M3YA 1NJWA 3PVLA 4FPAA 2QWPA 3CM5A 1TUYA 4BROA 3KLEA 4IOXA 1KQSM 3TTFA 3TABA 2P9UA 4ISEA 2F7TA 1RT4A 1DTQA 1TK5A 1JCEA 1YAGA 4FJXA 3VOVA 2F96A 2GUPA 4CJPA 1NOYA 2O4IA 3O8MA 3RVCA 4M3XA 1VBHA 4JNEA 5CHIA 2FXUA 3MXIA 1C1CA 4A5BA 4AH9A 3MEGA 4M7XA 1RDAA 3PY8A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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 3SBT A;  4JKG A;  4JKC A;  3E9O A;  4JKB A;  4JKA A;  3E9P A;  3ENB A;  4JKE A;  4JKH A;  4ILJ A;  4JKG B;  4ILH A;  3E66 A;  3SBG A;  3E9L A;  4JK9 A;  4JKD A;  4JK8 A;  4JKF A;  4JK7 A;  4ILG B; 
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 4DV3 K;  1NI2 A;  4JHD A;  3K5O A;  5JVH L;  1I39 A;  5A2Q O;  3O3H A;  3ZDT A;  4TKN A;  3QER A;  1NGJ A;  3U4L A;  2GV9 A;  1S6P A;  2ITG A;  4DTJ A;  1NGH A;  4B9T A;  4CJS A;  3IMX A;  3AVM A;  3C65 A;  2BE2 A;  4BR0 A;  3H1Q A;  4E1J A;  3V1O A;  3CCE N;  1VSH A;  4E0D A;  2E20 A;  1JKH A;  3C95 A;  3O9S A;  1XI1 A;  1NJI O;  4KRF A;  4CJR A;  3RWU A;  1JLF A;  4FJ7 A;  3SAF A;  4M7Y A;  3QEP A;  1N6Q A;  1SGH A;  4JS4 A;  3MN9 A;  2JWL A;  4DR2 K;  1K9M O;  1XMQ K;  2FF3 B;  4DR5 K;  2WH5 A;  2KTQ A;  2OCE A;  3I55 N;  3EYZ A;  5SZT A;  5BRF A;  1DGK N;  2YI1 A;  3QFP A;  4JI1 K;  4B9M A;  3VQP A;  1D4X A;  3UKR A;  4FWQ A;  3QNN A;  4IO9 L;  3MWT A;  2E4L A;  5HP1 A;  1RDU A;  3I8B A;  1QQC A;  1SKW A;  4PWD A;  3O4Q A;  4GW6 A;  3ZT2 A;  5AQZ A;  2Z1G A;  4MO5 A;  4B1Z A;  1SUQ A;  4RW4 A;  1VQ9 N;  3FZL A;  5AQY A;  4FLZ A;  4OKE A;  1ZBF A;  3ULE A;  4IWV A;  2CGJ A;  5AQF A;  1LW0 A;  4Z4F A;  2P9P A;  2PBD A;  3MCP A;  1CZ9 A;  1KTQ A;  2ASM A;  4DU4 A;  1SQK A;  2O8D B;  3H6E A; 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