4AHVA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
molecule tags Transferase
total genus 58
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahvA00
1UA1A 1IKWA 4FLYA 2FBTA 3QIOA 1CXUA 1LWCA 2GBZA 2VG6A 3KLGA 3NF6A 4DTMA 1KSPA 4CGGA 3T1AA 4DQRA 4OGCA 3QEIA 4AILC 1U4BA 4LSLA 1U49A 4B9MA 3G0ZA 2G8KA 4LH4A 4UQGA 4OJRA 4LSNA 4CEFA 4FM0A 3QEXA 4FLTA 4AHVA 3NH0A 4B9UA 1JLGA 3RRGA 3ZSZA 1ZBLA 1GOBA 1UA0A 3AVMA 4H4MA 4Z4IA 1TKXA 4CJEA 5C25A 2YNHA 3M8PA 5FDLA 1S1XA 1BIUA 1RBUA 3IS9A 4AHTA 4N41A 4FK4A 4B08A 3V9UA 3TARA 4DLEA 3ZT4A 4FJ8A 3V9ZA 2YHAA 4E19A 2ETJA 3HVTA 3OYIA 3DOKA 2KQ2A 3DLHA 2OPPA 4NCAA 2OPQA 3HYFA 2G8HA 3PUFA 4W5QA 2HHTA 4DTPA 3C95A 2XY5A 3KLIA 4DFJA 4BWMA 2XO7A 2PYJA 5HBMA 3P83D 1SL0A 1TKTA 3QETA 1O1WA 4KPYA 4EZ9A 1C0TA 1G15A 5HRSA 4G1QA 2FBYA 4IFVA 3LPUA 4CHZA 3M8RA 1BQNA 4CEOA 3K5LA 3L8BA 4KI6A 4HHTA 4IKFA 1GOCA 1RTIA 3DM2A 1SKWA 3NE6A 4M3WA 4NYNA 2LSNA 4CJTA 2FC0A 3SPYA 3IG1A 3PX4A 2IOCA 3RMDA 2B4JA 3SUQA 4FJJA 2KFZA 4DU1A 1TKDA 1LWEA 1U45A 1ZBFA 1SKSA 2BDPA 4JRQA 4CK1A 1ASVA 4XIUA 1NJWA 1EETA 2P5OA 2OYQA 4DSIA 2HW3A 3VQ6A 4B9VA 1FKOA 3OS1A 3CFOA 3VQEA 3F73A 4E3SA 1HYVA 3SJJA 1ZBUA 4ELVA 3DLEA 3WNGA 3HSTB 3SV4A 1KVAA 4DSKA 4DTJA 3MAQA 1LAVA 3OYCA 4W5RA 1U48A 4CJ3A 2G8VA 2G8UA 3LZJA 5D3GA 2GV9A 2VG5A 3MXJA 4GVMA 4B8AB 2OA8A 3FFIA 3AVHA 4IDKA 3V9XA 4DTOA 5C42A 3VQBA 1RT6A 3L2QA 1QQCA 1RTJA 4OKKA 4FLZA 3S3NA 3OYDA 4CHNA 2A1RA 2HVIA 1A5VA 3U3YA 4F4KA 2WONA 2HHXA 1FKPA 2E6LA 2IS3A 4DS4A 3KKSA 1RT2A 3TAMA 3RMBA 2HMIA 3SYZA 2KTQA 3DOLA 1K6YA 4EP4A 3LWMA 1YTAA 1T7PA 3MECA 3TANA 4JS5A 4FJKA 5KGXA 4CECA 1TVRA 1VSDA 4FCYA 4I2QA 1HYZA 1L3SA 1VRUA 1GOAA 3AVAA 1NOYA 4FK0A 1QHTA 1YVUA 4C8NA 2D0CA 3M8QA 5FRMA 4KREA 1J54A 2XRIA 3VQ7A 4DS5A 4IG3A 3PX6A 1S1TA 1WAJA 4DFPA 4W5TA 3KJVA 2ZD1A 3HO1A 3LP0A 4CJFA 3O3GA 1KLMA 2HVHA 4CIFA 1EXQA 4R5PA 1IKVA 2BGGA 1HNVA 1JXEA 3LAMA 5CY4A 4CF8A 4HCBA 3OYMA 3CFRA 4RW6A 3ZSYA 4JRPA 3AV9A 1BI4B 3DRRA 3VQ9A 3G10A 4Z4FA 2YNGA 1HQEA 3NF8A 4KHQA 2DY4A 4BE1A 2RN2A 3MEDA 1ASWA 4KFBA 2G8FA 4DWIA 1LW2A 2IDOA 4M3XA 2X78A 3LZIA 4E1MA 1N6QA 1A5WA 3CYMA 3VQAA 3WNEA 1HJRA 1JL1A 4KV8A 4J2BA 2YHBA 3HP6A 3HL8A 3SPZA 1HMVA 4J2DA 1BHLA 3KLEA 3ZSWA 4CGFA 4TSXA 3THVA 4KI4A 1TAUA 4C8MA 3HT3A 1RDBA 1HNIA 4QAGA 5KI6A 3L2RA 3VQ4A 3LPTA 3SUPA 3OS2A 1MU2A 1ZBIA 1EP4A 3EY1A 3OYGA 4FJMA 1JLAA 1S1UA 1BIZA 4CHYA 3ZSXA 4HUFA 4KHNA 4CHOA 4CJRA 1TL1A 4DSEA 2B5JA 2E4LA 4OKJA 3V9SA 3V4IA 4GW6A 1VSFA 3AVFA 4CJQA 2RPIA 4DQQA 1EX4A 3H08A 1JL2A 3OJUA 4H8KA 1EKEA 1HRHA 4Y1DA 3QO9A 4PY5A 3PV8A 4FM2A 3QIPA 3DLBA 4CK2A 1X9MA 3EYZA 4FLXA 1NKEA 2VG7A 3OYJA 2Y1IA 1X9SA 4CFCA 3L3VA 1DLOA 3OYBA 4AHCA 2QKKA 4QOZB 1Q9XA 3CFPA 2HHUA 1T8EA 3RMCA 1NK6A 3KLFA 3D0PA 3PX0A 1Q8IA 1KRPA 1ZYQA 3NDKA 1JLQA 1B9DA 1HPZA 4B3OA 4E7HA 3HM9A 1IG9A 1JLEA 1TAQA 2QXFA 5CYMA 4M45A 4ELTA 2HHSA 4KHWA 2D5RA 3T19A 4CJPA 3SV3A 1TK5A 4OKEA 1Z25A 2W42A 4Q5VA 1WLJA 4ZHRA 4DFKA 2G8WA 1D5AA 3LALA 1QSLA 4Y1CA 1UAXA 4CHPA 1BI4A 3B6PA 3AVNA 3T3FA 4DF4A 3DMJA 4M3YA 2PYLA 3QERA 2IC3A 3C6TA 2F96A 3P1GA 4FJ7A 5CYQA 4E7LA 4CERA 3OYFA 1RBTA 3AO4A 3OYKA 2HB5A 3HPGA 4FLVA 3JSMA 3UIQA 3LP1A 3TAFA 3RR8A 4RG8A 5K14A 1KFSA 5FRNA 3MXIA 4ELUA 3DRSA 2ZQBA 1RBRA 4WE1A 4FYDA 3PO4A 4KHSA 5I3UA 4ICLA 1QE1A 2E6MA 1N5YA 4J2EA 3DYAA 3KD5E 4L8RB 2KZMA 4M3RA 2XHBA 4CF1A 1NJZA 2EX3A 3QNOA 2DFFA 5J2PA 5I42A 1D8YA 1RILA 1XI1A 3V1RA 2XY6A 1NK0A 3L2VA 2EHGA 1VSMA 3HP9A 1S6PA 4CK3A 4O44A 4M41A 4CFDA 1W0HA 1SKRA 4M3TA 4FJLA 3HJFA 3VA0A 3L3UA 5J1EA 3NH2A 1J53A 4FZXC 3AO2A 3I8DA 1C0MA 5KRSA 2DFEA 3KK1A 2BE2A 3VQPA 2XY7A 4HTUA 2VWKA 1JLBA 1RT3A 2VWJA 3TI0A 3C94A 3E01A 3VQQA 4CJVA 1NK4A 2RF2A 4DU3A 4FJIA 4FJXA 3I0SA 4N47A 1CZBA 4KO0A 3AVJA 1NJYA 1L3VA 4F3OA 3SQ1A 3PO5A 4KHYA 1NK5A 3B6OA 5J2MA 4YFUA 4M3UA 4CJUA 3SQ4A 1XHXA 2FBXA 2HNYA 3NH1A 1LV5A 4OVLA 4DSLA 4N5SA 1XWLA 1ZBHA 3HVRA 1KCFA 2YV0X 4PA1A 4W5NA 3OY9A 4E7JA 3OS0A 3OYHA 1L5UA 4C8OA 3RWUA 4O4GA 1NKBA 2A1SA 3CG7A 3OVNA 4LD0A 3HK2A 5KTQA 2F8SA 2KZZA 3O4QA 2Y1JA 1A5XA 2HHQA 4FJHA 2B6AA 3SI6A 3AA4A 1U04A 1VK0A 4BACA 4KTZA 4FJGA 2JGUA 2HHVA 3ULDA 3O3HA 3S3MA 3SCXA 4ZTJA 3V1QA 3TR8A 4DU4A 4RW7A 1VSEA 4CJLA 5T7BA 4CJ5A 3TABA 4FZYA 1Q9YA 4DQPA 4C8KA 3AA3A 1IO2A 2IAJA 3QEPA 3K5MA 4E0DA 3K5NA 3V9WA 4CESA 1TV6A 1BQMA 3KK2A 3BGRA 1RDCA 1WSIA 1C6VA 3NBPA 4CF0A 3LWLA 3AVKA 3SQ0A 1QSSA 3BDPA 1JXBA 1YTUA 2G8IA 4DTXA 1FK9A 1KVCA 1RNHA 4RW9A 3OJSA 4IBNA 3HXMA 4RW4A 1F21A 1J9AA 4DTRA 3ZT0A 3SUOA 2HNZA 1DTQA 3VQCA 3NF7A 3JYTA 5HROA 4C8LA 2Z1HA 3ZT1A 4E89A 4EP5A 1QS4A 1X9WA 4CGDA 1NK8A 1WAFA 2DFHA 3I0RA 4CFBA 2O4GA 3RMAA 5SWMA 4BDPA 4AHUA 3LP3A 2X6NA 3NGIA 3MEEA 1S9GA 3V1OA 1RTDA 4QCLA 3QEWA 4E7IA 1TK0A 1TKZA 1RT5A 1VSLA 1BL3A 4DQIA 4KHUA 5KGWA 5HLFA 4BWJA 1WSJA 2HNDA 3ZT2A 2HHWA 4I9LA 1T03A 2I5JA 1SL1A 3AA5X 4CFAA 3AVCA 4Z4CA 2YKNA 4CGIA 1KLNA 5HP1A 4B9SA 4CGHA 1SV5A 1C1AA 4DSFA 4OLAA 2YNFA 1REVA 5C24A 2AJQA 1RBVA 4JLHA 3L2UA 3O4NA 4CEZA 2XY8A 3K2PA 3KTQA 1RCHA 4E1NA 3QEVA 3KIOA 4DSJA 2KFNA 1CXQA 1X1PA 4IFYA 4O0JA 4YNQA 3K58A 2PY5A 4CE9A 1C1CA 4FXDA 4Z0UA 2P1JA 3ZSVA 4CF2A 3AO1A 1NK9A 1WN7A 4KB0A 1VSIA 4KTQA 4H4OA 2X6SA 3KD1E 1Y97A 1I39A 4DTUA 3AVLA 4B9NA 2GUIA 3PY8A 3EZ5A 2DTUA 4FZZA 1T05A 4CEQA 3D45A 3AA2A 1W9HA 1WSHA 3IAYA 1VSJA 4CF9A 5HRPA 3V6DA 1BCOA 3RR7A 3KK3A 4CEDA 3KKRA 3MEGA 4I9QA 4PUOA 1WSGA 1Z26A 4CIEA 1L3TA 1B9FA 4N76A 3VN5A 3ZSRA 3ISNC 4CJKA 5J2NA 1HQUA 1S9EA 4NYFA 3WNFA 5E41A 3QNNA 1WSEA 4MFBA 1QTMA 4K8ZA 3OYEA 3NGZA 4CJ4A 4O0IA 3NCIA 5HRNA 4OPKA 3ZT3A 2O4IA 3OYLA 1NKCA 4B9TA 2ZE2A 1CLQA 4I2PA 1J5OA 5CZ1A 4O5BA 3QESA 3LAKA 4DG1A 3ITHA 1RT4A 4MQ3A 3LP2A 3DLKA 4KKOA 1NK7A 1UWBA 1YT3A 2NUBA 3TAGA 2Q3SA 4FLUA 3DLRA 3S3OA 1LW0A 1UOCA 3OYNA 4LH5A 3L2WA 5DK5A 1RTHA 1NOZA 2OPSA 4O55A 4OPJA 4KRFA 4DTSA 4J2AA 3CM5A 1VSKA 1ITGA 4CEBA 3S9HA 1S1WA 2FBVA 5FROA 4DLGA 4F2RA 4KAZA 2OPRA 4ZTFA 4RW8A 4N56A 4FK2A 2OZMA 1JLFA 3ASMA 4CJWA 1IH7A 3V81A 4AH9A 4Z4EA 1CZ9A 4AHSA 4F8RA 4OGEA 4CIGA 3HPHA 4W5OA 3SQ2A 1FXXA 3NF9A 1KVBA 4I7FA 3NAEA 4JS4A 1L3UA 4Q0BA 1VSHA 4F3TA 4CEEA 4FLWA 4OLBA 4FJ9A 1DTTA 2YNIA 1LWFA 3P5JA 1VRTA 2BANA 3O3FA 1JLCA 3K57A 3NFAA 2Z1IA 4FJNA 3SNNA 1C0UA 4FW2A 1RDAA 3AO5A 4DQSA 3RTVA 4PWDA 2OZSA 4FW1A 4NCBA 1WNSA 2ITGA 1I3AA 3DLGA 3AVBA 2Z1GA 1B92A 2WOMA 1WSFA 3F9KA 4FJ5A 4GMJB 3DI6A 3K5OA 4CJSA 2R7YA 4CCHA 1RDDA 2Z1JA 4LY7A 5EU7A 4AHRA 4FM1A 4NCGA 2KW4A 2PZSA 3K59A 2QKBA 1KTQA 4B8CA 4M3ZA 4DF8A 2D0BA 5JS2A 3WNHA 4KB1A 4ID1A 3ALYA 1XHZA 2IGIA 1U47A 2QK9A 2X74A 4Z4GA 3KLHA 3A2FA 2F8TA 1NJXA 3ZCMA 1S5JA 3LANA 3TAEA 1KFDA 3AVIA 1BISA 3IRXA 2P51A 5CZ2A 4KTWA 3M8SA 3MXMA 4EZ6A 4BE0A 1RT1A 3TAPA 4HCCA 4BDZA 4IG0A 1IKXA 1JKHA 5DMRA 3ZSQA 4E7KA 1TGOA 1SL2A 4K8XA 4ID5A 3U3GA 3AO3A 1D9FA 3TAQA 1C1BA 1S1VA 4BDYA 4B9LA 4DMNA 3OYAA 4M42A 3VQ5A 1ASUA 3NGYA 4CEAA 2D0AA 3U6FA 3C6UA 5HRRA 4CGJA 2P5GA 4HUGA 4F2SA 1LAWA 1BGXT 4PQUA 1HYSA 4Z4HA 5J2QA 3QINA 4HVJA 3CM6A 4CHQA 1TL3A 2YKMA 3VQ8A 5JS1A 4DTNA 1RT7A 1IKYA 1RBSA 5SZTA 1BCMA 2RKIA 3QLHA 4FVMA 1D9DA 3NHGA 1R0AA 3LDSA 4BE2A 1XC9A 4DFMA 3DRPA 3VQDA 1TK8A 3AVGA 1S6QA 4HUEA 3VA3A 5KRTA 3SZ2A 3HPOA 1QSYA 3RRHA 3SUNA 1SUQA 2ATQA 3ZSOA 3TWHA 3CQ8A 2JLEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QWRA 3WQUA 3CIPA 3NF6A 3MDQA 4DQRA 1U49A 1OH6A 4LH4A 4CEFA 2GX9A 2VYPA 1JLGA 4FVUA 1ZBLA 1YUWA 3CCMN 4CJEA 2YNHA 4LFBK 3M8PA 1BU6O 1S1XA 1RBUA 5AQPA 1XQSC 3IS9A 4FK4A 4JV5K 3V9UA 2QWLA 3VMFB 1XNQK 1BA1A 4BRQA 3ZETB 3VTHA 2P9NB 4BRIA 4NXMK 5IWAK 3DLHA 1KAYA 2OCEA 3HYFA 3PUFA 4W5QA 2HHTA 2XY5A 4DFJA 2PYJA 3P83D 5BPMA 3ENOA 1BQNA 2D4WA 2WUSA 3D2EA 4IKFA 5JLHA 1GOCA 3F5TA 1J5EK 4FPBA 3I8BA 4YY3K 2QWOA 3RMDA 3CD6N 1YAGA 4YOVA 4JHDB 1U45A 3S41A 1ASVA 2QTDA 3A5LC 3K9JA 5ADXA 2ASOA 3CFOA 5AQFA 1YJNN 1HNZK 1VQ8N 1ZBUA 4ELVA 3TSUA 3WNGA 4CZIA 4DSKA 4DTJA 3MAQA 3OYCA 3VGLA 1Q81O 2UUCK 4CJ3A 2G8UA 3LZJA 5AFUA 2GV9A 2VG5A 3DJCA 1K73O 3THWA 4DTOA 3VQBA 4IZ9A 3L2QA 4FLZA 5BN8A 1A5VA 2HHXA 1FKPA 4KH6A 3RMBA 1K6YA 4E1JA 4EP4A 3I56N 1NMNA 4JK7A 4JS5A 4FCYA 1HYZA 1GOAA 1NOYA 4JEPA 4IO8A 4C8NA 3M8QA 3CXCM 2XRIA 5M1NA 1OH8A 1S1TA 1WAJA 1WBDA 3DXKA 4CIFA 4B3TK 4LF5K 4CF8A 2DPNA 3DRRA 4C1NI 1HQEA 4FWOA 4B1WB 4KHQA 2RN2A 2FXUA 2NRRA 4M3XA 1LW2A 2A3ZA 1A5WA 3CYMA 3VQAA 3G6EN 4J2BA 1NGHA 3SUPA 1HKCA 1MU2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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