4AHVA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 58
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahvA00
3OYMA 4J2AA 3ZSOA 3VA3A 4FZZA 1JLEA 1VSJA 4B08A 3PV8A 3HSTB 1TKZA 2FBXA 3BDPA 3VQ7A 4DQQA 1N5YA 2OPPA 3L8BA 3ALYA 4B9TA 1RBRA 2X74A 3VQPA 3CM6A 1IH7A 1KTQA 3DM2A 2IC3A 4F2SA 2FBTA 3DLEA 4ICLA 1VRUA 1WN7A 2Z1JA 4OGCA 4OJRA 3VQDA 2RKIA 4CJQA 3OS0A 3L2RA 1J53A 2ATQA 2G8WA 1ZBIA 4CECA 4E19A 2KFZA 3IS9A 3K2PA 1GOBA 4FXDA 3VN5A 4LY7A 4LH4A 3MAQA 3SCXA 3CQ8A 4FJHA 1UWBA 3F73A 4CF9A 4FZYA 1SV5A 1S6PA 4FJ9A 4BDYA 5J1EA 1TK0A 4HCCA 2KQ2A 3LP0A 3LP1A 1ASWA 1TKTA 3G10A 1S1TA 2F8TA 4ID5A 3AO1A 4M3TA 1A5VA 1TVRA 1RT3A 5FDLA 1RT5A 1UAXA 3LZIA 1Z26A 4OPKA 3NCIA 3V9ZA 2O4IA 1ZBHA 2OPQA 4CJ5A 4N56A 4M3ZA 3QEWA 4FK2A 3SUPA 3SNNA 1W0HA 3LAKA 1U47A 2BDPA 5FRNA 4O0JA 3OYHA 1REVA 4BWJA 5CZ2A 2HHQA 2QKKA 2Y1JA 1LW2A 3OYIA 3V1QA 4DTJA 3ZSYA 2YNGA 3DI6A 2IAJA 4DF4A 1TK8A 1WSFA 2HW3A 2G8UA 4M3UA 1VSKA 4TSXA 1BCMA 4EP5A 1DTQA 4C8KA 2XY7A 1JL2A 2OZMA 1VSIA 4ELVA 1WAFA 3HPHA 4E7IA 4DG1A 3DRRA 3HPGA 3RMBA 4HTUA 3RMCA 1QTMA 3KD1E 3E01A 4AHUA 2YNFA 3HM9A 4JRQA 4CGFA 2YNHA 1NKEA 1A5XA 3O4NA 2I5JA 1MU2A 5KRSA 3T3FA 3LDSA 1ASVA 4KTZA 3OJUA 4E1MA 4IKFA 2EHGA 5CZ1A 3MXIA 1VSFA 3D45A 3KK1A 3OVNA 1BHLA 3KJVA 1SL0A 3HVRA 3M8SA 3AVIA 4CEQA 3D0PA 3TAPA 3OYDA 2KZZA 4CJFA 4LSLA 3WNHA 3SI6A 4CHOA 3LPTA 1HNIA 1LWCA 4O4GA 4AHRA 3NH1A 3EY1A 1C6VA 3ZT4A 1YVUA 4DQPA 2KTQA 4HUEA 2O4GA 1NJYA 3O3HA 2Y1IA 5KGWA 3PUFA 4KTWA 3SUQA 4BDPA 3KLHA 4FYDA 1SKRA 4KHSA 3SPZA 5SWMA 4J2EA 4KTQA 4DU3A 4WE1A 1WSJA 1RCHA 2XRIA 3A2FA 1ITGA 4CJWA 1IKWA 1BGXT 4CGHA 3VQ9A 4LSNA 4Z4GA 2E4LA 3T19A 4CJ4A 2B5JA 1B9FA 3K57A 3K59A 1RBSA 3AVHA 2XO7A 4FLTA 4DFKA 5I3UA 2LSNA 4E7KA 3DLHA 2EX3A 2RN2A 3NF7A 4CGDA 3AVKA 2QKBA 3RMDA 1KCFA 1C0MA 5HRPA 2QXFA 1F21A 3HPOA 1J9AA 4HUFA 2F96A 4KHQA 4M3WA 1WNSA 4B9UA 4B3OA 4IFYA 4NCAA 4Z0UA 2OA8A 3QERA 2X6SA 4CJ3A 2IGIA 1BI4B 4DU4A 4DS5A 1HRHA 4CGJA 3VQ5A 2HVIA 4BWMA 4BE1A 3LP2A 3B6PA 4Z4HA 4DLEA 4KKOA 3DLKA 5J2MA 3H08A 2ZD1A 2YHAA 1QE1A 4M42A 3QNOA 4YNQA 1FK9A 1RTDA 4KREA 5FRMA 1VSDA 3S9HA 1RBUA 3V1RA 3OYBA 4DFJA 3AVAA 3AVCA 4CFDA 3TANA 3WNGA 4RW6A 4CEBA 3QEVA 4W5TA 1FKOA 3CFPA 1RBVA 4J2DA 3WNFA 4KI4A 1S6QA 2Z1IA 4CEOA 4XIUA 4KHYA 4ZHRA 4CJPA 3ISNC 4KAZA 4AILC 1BIUA 3M8RA 1ZYQA 4MFBA 5T7BA 2XHBA 3KD5E 2DTUA 3OYNA 3CFOA 1Z25A 2G8FA 2E6LA 1IKVA 3QO9A 4CJRA 1XHZA 1EP4A 3CYMA 4R5PA 4O0IA 3SYZA 3QNNA 5DK5A 1EXQA 1QS4A 1RT1A 4EP4A 5HRSA 3I8DA 1SL2A 2P5OA 4CK1A 4FW2A 1TV6A 1BCOA 2G8IA 1TL1A 3HYFA 4ZTJA 2OPSA 1Y97A 3OS2A 1NKCA 3RRGA 1O1WA 1S1XA 4FK4A 4PQUA 1KVBA 2Z1GA 4B8AB 5HLFA 3PX6A 4CHZA 1XC9A 4M41A 3K5LA 1TL3A 4ID1A 5K14A 3AA4A 3DRPA 1LAWA 3VQ8A 1U49A 4YFUA 3LWLA 3NGZA 2VWJA 1CZBA 4HHTA 3MXMA 2DFHA 4KHUA 1NK6A 1KFDA 3IRXA 3SUOA 2OZSA 4FLWA 4M3XA 4M45A 2AJQA 1NKBA 2VG5A 4CEAA 3CM5A 2HB5A 4B9NA 3TR8A 4Z4FA 1TKDA 4OGEA 4LD0A 4FLZA 3TABA 1RDAA 2HNYA 1ZBLA 2PZSA 5C25A 3DLGA 1RTIA 1DTTA 2Z1HA 1JXBA 3KKSA 4FLVA 4CF1A 3TARA 4B9MA 4EZ9A 3VQQA 1NK7A 4E7LA 2FC0A 4MQ3A 1RDBA 1NJWA 2IDOA 3C6UA 2D0CA 3AVNA 4EZ6A 3S3MA 4N76A 2W42A 1HQUA 4DTRA 1L3TA 4OKEA 3LALA 4KRFA 4Y1CA 3KK2A 5HBMA 3AVFA 3NF9A 3HT3A 4CF0A 5E41A 1U48A 1ASUA 1LWFA 4UQGA 1X9SA 1X9WA 4FJLA 2ZQBA 1ZBUA 4W5OA 1BQMA 3KK3A 3HXMA 1QSLA 1A5WA 3I0RA 1VSMA 2HHSA 1T7PA 3V9WA 5C24A 3VQBA 4CGIA 4GW6A 4E0DA 3P83D 3V81A 3PY8A 4DU1A 3ZSXA 4AHCA 1T05A 1D5AA 4N5SA 1RTJA 4DMNA 1S9EA 4HVJA 4DTMA 3S3NA 1FKPA 4GVMA 4QAGA 1SKWA 4FJKA 2B6AA 2HNZA 2WOMA 2P1JA 3VQAA 3OS1A 3TWHA 4FJIA 1BL3A 3I0SA 3VA0A 2HNDA 4FJ5A 4FLXA 1U4BA 3WNEA 5J2QA 4CHYA 2YKNA 1C1AA 1EX4A 1JLGA 4CJKA 3O3GA 1D9FA 3NGYA 3ZT1A 4H4OA 1HNVA 1UOCA 1QQCA 3C94A 4E3SA 3AVLA 2F8SA 4CERA 1B92A 4DSKA 2QK9A 2BE2A 3ZT0A 3TAQA 2XY8A 1KLNA 3DLBA 1T8EA 4FJJA 4DSFA 3HP6A 2DFFA 3O4QA 1S9GA 3PX4A 4DTPA 2KW4A 3EZ5A 3ULDA 4QOZB 3SV4A 1QSYA 3SZ2A 4Z4IA 3RR8A 3THVA 4H8KA 4DFMA 3SQ4A 2G8KA 4ELUA 4Z4EA 3LAMA 4IDKA 3OYJA 4FLYA 3F9KA 4DQSA 3MEDA 3ZSVA 1KRPA 1IKXA 3RMAA 5HRNA 3LPUA 3L2QA 1N6QA 1K6YA 1Q9YA 1Q9XA 2XY6A 5JS1A 4DLGA 5CY4A 2X6NA 4RG8A 4CHNA 4OVLA 1RTHA 4B9LA 3HVTA 5CYMA 3ZT3A 2ZE2A 3QESA 4CJTA 3AO4A 2HHTA 4CHPA 3OY9A 4C8OA 3NDKA 1TKXA 1D8YA 4F4KA 4RW9A 4IG3A 3SQ1A 4CFCA 1G15A 5HROA 4CEEA 3ZCMA 4JRPA 4AHSA 5KRTA 3JSMA 4BACA 1BISA 2YHBA 4CESA 3QIOA 3V1OA 3MEEA 4PA1A 2OYQA 4F8RA 2ITGA 1S1VA 1C0UA 1XHXA 3AA2A 1NJZA 4Q0BA 1RBTA 4FJGA 4I2QA 3NFAA 1KLMA 2NUBA 1RNHA 3QEXA 4K8XA 4KB0A 1WLJA 3U6FA 1HYSA 4OLBA 1L3VA 4CFBA 5I42A 3AVGA 3RRHA 3LP3A 2P51A 1JLCA 3OYEA 1C1CA 1KVCA 4LH5A 3AA3A 4Y1DA 5C42A 3AVMA 4CJSA 3V9XA 4B9VA 4M3YA 1IKYA 2BANA 3MECA 4IG0A 5J2NA 4CJEA 3NH2A 2G8HA 1GOAA 3RTVA 1BIZA 3MXJA 1U45A 3ZSQA 4AHTA 2KZMA 4KHWA 4KO0A 1L5UA 1U04A 1WSIA 3DOKA 3C95A 4E89A 1CZ9A 4DS4A 1S1UA 2VG6A 3K5NA 3ZSWA 1HYZA 4KFBA 3L2UA 2PYJA 4E7JA 3UIQA 4K8ZA 4DWIA 3K5MA 2HHWA 2E6MA 3VQCA 4OLAA 1X1PA 1JL1A 3C6TA 3OYLA 1QSSA 4HCBA 3L2VA 4NCGA 4NYNA 3DRSA 1I3AA 1JXEA 3NHGA 3OYCA 4CK2A 1WSEA 3M8PA 1J5OA 3NF6A 1D9DA 1TK5A 2YNIA 4CJLA 4GMJB 3NH0A 2YV0X 4CJUA 4IFVA 5JS2A 1KFSA 3V4IA 4I9QA 3L2WA 4B9SA 1CXQA 5FROA 4N47A 5EU7A 1SUQA 4C8MA 1SKSA 3ZT2A 2G8VA 5HP1A 4PUOA 1VSHA 2FBYA 3TAGA 5KGXA 3NF8A 2VWKA 3DOLA 3CG7A 3LANA 3L3UA 4Q5VA 2RF2A 3M8QA 1NOYA 3DLRA 4M3RA 3QIPA 2B4JA 2HHVA 5D3GA 1NOZA 3TAMA 3BGRA 1CLQA 3NGIA 2PYLA 2OPRA 1IG9A 4DTSA 1I39A 3TAEA 1YTAA 2X78A 2IS3A 4CGGA 4DTXA 4C8NA 1QHTA 4O55A 3HL8A 4IBNA 1EKEA 1RILA 4DF8A 4FJ7A 3OYAA 3K5OA 4JS4A 4E1NA 2WONA 1BQNA 4KB1A 1SL1A 3HP9A 1LW0A 4G1QA 4PY5A 4F3TA 3KKRA 2KFNA 3TAFA 4DTOA 3V9UA 1S5JA 3QLHA 4RW7A 4CJVA 3QEPA 2GBZA 4FJXA 3O3FA 4HUGA 4J2BA 2D0BA 1WSHA 4FLUA 5DMRA 2BGGA 1JLBA 3SJJA 1S1WA 3OYGA 3NAEA 4FZXC 1NK5A 4PWDA 3LWMA 4I7FA 4BE2A 3ZSZA 1NK0A 4DTUA 2FBVA 3AV9A 4O44A 3KLEA 2HMIA 2DY4A 1VSEA 3AO2A 3LZJA 4CFAA 4KV8A 3KTQA 3KLGA 1C1BA 5KI6A 4DSEA 4FVMA 4CCHA 1WAJA 4CIGA 4W5QA 3HJFA 4JS5A 1TGOA 4CK3A 4ZTFA 4W5RA 4OKKA 3FFIA 3OYFA 3IG1A 1HPZA 2D0AA 3DMJA 5CYQA 4BDZA 2HVHA 5J2PA 4DSLA 3EYZA 3G0ZA 4BE0A 2GUIA 1LWEA 3VQEA 4OKJA 3KLIA 2JLEA 2DFEA 3VQ6A 1BI4A 3ZSRA 2IOCA 4I9LA 1LV5A 1JLAA 2A1RA 3KIOA 3ITHA 2HHUA 1HJRA 1ZBFA 1HQEA 3RWUA 1RT2A 3JYTA 2P5GA 1DLOA 2PY5A 1HYVA 2JGUA 4AHVA 4CF2A 5SZTA 3QETA 4W5NA 4CE9A 3U3YA 1XI1A 2HHXA 1RDDA 1Q8IA 1NJXA 3OYKA 3B6OA 1B9DA 2RPIA 3TI0A 1NK9A 4DQIA 3RR7A 3ASMA 3P1GA 3SPYA 4CEZA 1J54A 4CEDA 4DSJA 1L3UA 3QINA 1T03A 4N41A 2GV9A 3CFRA 5KTQA 2VG7A 4DQRA 3SQ0A 4RW8A 4B8CA 3P5JA 1L3SA 1JLQA 4ELTA 3NE6A 4RW4A 3SV3A 1UA0A 3VQ4A 4KPYA 3AO5A 1RT4A 4AH9A 3SQ2A 2YKMA 3PO4A 1VSLA 3AA5X 4Z4CA 4NCBA 4F2RA 3SUNA 4CHQA 4FM2A 1RT6A 1TAQA 4DTNA 4FJ8A 3L3VA 3HO1A 5HRRA 4FCYA 1XWLA 3U3GA 4KI6A 3HK2A 1RT7A 3AVBA 3QEIA 4CEFA 4FM1A 1LAVA 1YTUA 2D5RA 1CXUA 1W9HA 4FJMA 4NYFA 4OPJA 1KSPA 4FJNA 4L8RB 4FK0A 1RDCA 1VK0A 4O5BA 2XY5A 1NK8A 4C8LA 1KVAA 4FM0A 1X9MA 2Q3SA 1C0TA 1VRTA 2ETJA 3AO3A 3KLFA 1TAUA 2A1SA 1R0AA 2R7YA 3AVJA 4DFPA 4E7HA 1EETA 3S3OA 4KHNA 1JKHA 3OJSA 3T1AA 1JLFA 1GOCA 3DYAA 4CIEA 4CF8A 3K58A 4I2PA 1IO2A 3V6DA 3PX0A 1FXXA 4QCLA 4FW1A 1WSGA 4H4MA 3NBPA 4JLHA 4CIFA 1NK4A 3V9SA 3PO5A 3MEGA 1UA1A 3IAYA 4DSIA 4F3OA 1HMVA 1YT3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FOEA 1VSJA 1MDUB 4B08A 3PV8A 4JK9A 1N5YA 2OPPA 1IG8A 1DKGD 4BG8A 4DR4K 1QZ5A 3AGRA 5KQDA 5AFUH 4ICLA 5AQRA 1VRUA 2Z1JA 4OGCA 2RKIA 1J53A 2KFZA 1HUXA 3IS9A 1GOBA 3VN5A 4LY7A 3MAQA 4FJHA 3SCXA 1KQSM 3VF4A 4FZYA 3MMVA 4BDYA 1TK0A 3O9RA 3LP1A 3G10A 1A5VA 1TVRA 3TSUA 1G99A 1RT5A 3LZIA 4CZIA 4BRKA 4CJ5A 4N56A 5AZIB 3J7ZO 3BZKA 2HBKA 1W0HA 3LAKA 4I6MA 1U47A 4M63C 1T3VA 2HHQA 3TSPA 2WFBA 1XQSC 2IAJA 1TK8A 1GLDG 3ULEB 1JJ2M 4C8KA 4ELVA 1WAFA 3HPGA 3RMBA 4C1NK 4AHUA 2YNHA 3CIPA 4H0VB 5AJ3K 3LDSA 4KTZA 4PL8A 4JI6K 3T69A 4IKFA 2HBLA 2EHGA 3ENBA 4JHDB 3KK1A 2E8AA 1SL0A 1J5EK 3HVRA 1X3MA 2NZTA 3AVIA 2DPNA 5MLCQ 4AHRA 2D4WA 4JI3K 1YVUA 3PIOL 2Y1IA 5AR0A 5KGWA 3PUFA 4CZKA 2GX9A 3KLHA 4FYDA 4IOAL 4KHSA 3SPZA 4DU3A 4B1XB 1WSJA 1NM1A 2P9IA 1IKWA 3VQ9A 4J8FA 4LSNA 1RBSA 4E7KA 3DLHA 3T1YK 3NF7A 2QKBA 3QBXA 1KCFA 5HRPA 4HUFA 4NCAA 4Z0UA 1V4TA 5F1XA 4CJ3A 3CI5A 2W40A 1HRHA 4MDBA 3O80A 5I9EB 3EKUA 4Z4HA 4DLEA 4KKOA 2HBJA 4YDUC 2ZD1A 2YHAA 4IZ9A 4O5FA 5GIPA 4DV4K 3QNOA 5FRMA 1VQKN 3O9SA 3TANA 4DV5K 1NG9A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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