The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
N(6)-methyladenosine in mRNA disrupts tRNA selection and translation-elongation dynamics.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-12-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2E5L K; 1HNW K; 4B3T K; 3J7A P; 4JI2 K; 2UU9 K; 1N36 K; 1IBM K; 4DR7 K; 4DV5 K; 4DUY K; 4JYA K; 4B3R K; 4KHP K; 4JI0 K; 5LMN K; 4LF6 K; 1N33 K; 5LL6 Z; 3T1H K; 4LF5 K; 4JI8 K; 3J80 O; 4JI5 K; 4X64 K; 4YY3 K; 1IBK K; 4JI3 K; 4NXN K; 4LF8 K; 4DV1 K; 5LMU K; 3J7Y P; 3T1Y K; 4DR1 K; 4DR5 K; 4JI1 K; 3JAM O; 4DR4 K; 4JI4 K; 4CVN E; 4X65 K; 2HHH K; 4B3M K; 4YHH K; 1J5E K; 4JV5 K; 4DV2 K; 2VQF K; 4GKJ K; 5IT9 O; 2UXC K; 2UUC K; 4GKK K; 4LFB K; 2VQE K; 4DV4 K; 4CW7 B; 4LF7 K; 4OX9 K; 4DUZ K; 2UUA K; 4K0K K; 4DV0 K; 4LFA K; 2UUB K; 4LF9 K; 1I94 K; 5IWA K; 4DV3 K; 4DR2 K; 4DV7 K; 4DR3 K; 4X66 K; 1HR0 K; 4NXM K; 1XMQ K; 1XNR K; 2UXD K; 3OTO K; 1HNZ K; 4LFC K; 4JI6 K; 3J81 O; 5FLX O; 5BR8 K; 4X62 K; 1IBL K; 1HNX K; 1FJG K; 1N32 K; 4DV6 K; 4DR6 K; 2ZM6 K; 4AQY K; 5AJ3 K; 4V19 S; 1N34 K; 1XMO K; 4LF4 K; 4B3S K; 5A2Q O; 4JI7 K; 1XNQ K; 2UXB K; 2F4V K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2HOE A; 1S1U A; 3R8E A; 4H0T B; 3DOK A; 3OYN A; 2F96 A; 2A1R A; 3ID8 A; 2VYP A; 4M3R A; 3O4W A; 4JK7 A; 3UKR A; 2PBD A; 1RT5 A; 2HF3 A; 3ZSW A; 5M1P A; 1HLU A; 2WBN A; 4IJA A; 2DFF A; 4JI8 K; 3A5L C; 4JKG B; 4CK1 A; 3HVT A; 3ASM A; 3LAL A; 3DLB A; 1I3A A; 4F2R A; 3M8R A; 3THX A; 3TAF A; 4ISF A; 4DQS A; 4LF8 K; 4OKK A; 3ZSO A; 2A42 A; 2ZD1 A; 3AVG A; 3SLC A; 1XQS C; 1B9F A; 4ZTJ A; 4O4G A; 3IFR A; 1SZ2 A; 4NYN A; 2FBV A; 2D5R A; 3PY8 A; 1C0F A; 3O1B A; 3LDP A; 4CJE A; 1H1V A; 1VRU A; 3LL3 A; 3NCI A; 2IVO A; 4CEA A; 1YIJ N; 2ZE2 A; 2BDP A; 4ISE A; 1TK8 A; 3EL2 A; 3N4P A; 2KKZ A; 2WTU A; 4AHU A; 3WNE A; 2QA4 N; 4BRH A; 4DF4 A; 1MDU B; 3TAB A; 2Q0U A; 5M1O A; 4A59 A; 4LF9 K; 3RRH A; 1JL2 A; 5C2D A; 4DV7 K; 3EY1 A; 5D3G A; 1WOQ A; 3LZJ A; 3MX5 A; 5AZJ B; 2Z1H A; 4YOR A; 3T69 A; 4W5Q A; 1D9D A; 3BEX A; 4H0V B; 2FLO A; 5AQJ A; 2X78 A; 3VQA A; 4CZE A; 3NH2 A; 2E88 A; 3WNH A; 3M6G A; 2ZJQ L; 1IG9 A; 1RDU A; 4C8K A; 2KQ2 A; 3MWT A; 4KTQ A; 4JKA A; 1N32 K; 1NJZ A; 2P5G A; 5BRE A; 1T7P A; 1ZYQ A; 4A5B A; 5AJ3 K; 1D9F A; 1TUY A; 1QQO A; 2P9I B; 3EE8 A; 2P9S B; 1K73 O; 3AO4 A; 3DRS A; 3HOT A; 2Q0R A; 4M3W A; 2VWB A; 2ZF5 O; 5C15 A; 4C1N I; 4FJN A; 4CJV A; 3VA0 A; 3CCV N; 3DLG A; 3HM9 A; 1YJN N; 4B8A B; 1TKX A; 4O0J A; 5HP1 A; 4LSN A; 5E84 A; 3SJH A; 4ELU A; 3F2K A; 3IS9 A; 5AQP A; 1WNS A; 4KHS A; 4FLX A; 2QKB A; 3CCS N; 1Z26 A; 3TAN A; 4CEF A; 2E4L A; 2ETJ A; 3CQX A; 4DR1 K; 1N8R O; 3TI0 A; 2Q3S A; 1HYS A; 3V9Z A; 1IKW A; 3P83 D; 4BE2 A; 2FXU A; 4W5T A; 1NOY A; 4I6M B; 2QXL A; 4FZY A; 3VGM A; 1GLB G; 3U8X A; 5AFU A; 4NCA A; 5HRS A; 1NG9 A; 1Q81 O; 1NBW A; 2G8W A; 4O8U A; 2O8B B; 1NNE A; 4K8X A; 1RBU A; 3K9J A; 1QS4 A; 1VQN N; 3VEW A; 3NVK A; 3TTD A; 1NGA A; 5BRD A; 1RT6 A; 1JLF A; 3C6T A; 5HRP A; 5AQS A; 5HL7 L; 1NWK A; 1CXQ A; 2HHV A; 3OYA A; 3OYG A; 2E6M A; 2UUB K; 3ZYY X; 2NRR A; 5JS1 A; 2EWS A; 3V6D A; 5AQF A; 4NCG A; 4C1N K; 4KHU A; 4C23 A; 1TKD A; 1OH5 A; 1BQN A; 3F5T A; 2IAJ A; 4CZK A; 1JXE A; 4GV6 A; 4YOV A; 3KIO A; 1Y64 A; 5F0X A; 4M3X A; 4KO0 A; 1IO2 A; 4DSE A; 4I2Q A; 4DB3 A; 3ATV A; 4HTL A; 1OH6 A; 4J2A A; 1EO1 A; 4CF9 A; 2P9U B; 2GUP A; 1WSG A; 3SUO A; 3KLH A; 4EHT A; 3SAH A; 4RG8 A; 4O5F A; 3DXM B; 4CHZ A; 5AQY A; 2IOC A; 4LF4 K; 3VEY A; 2NZT A; 1CXU A; 3CM5 A; 1BIS A; 4Y1D A; 3D2E A; 3LAN A; 4MLE A; 3HVR A; 4OO1 J; 2VWK A; 4CBX A; 3I0S A; 5SWM A; 4BRA A; 1DEJ A; 3E9P A; 2E2P A; 3NAE A; 3TTF A; 3CJ1 A; 3TAE A; 4ILG B; 1HKG A; 2B6A A; 4CJL A; 3FE1 A; 3QEV A; 5HOO A; 3DM2 A; 3CCM N; 4BE0 A; 3B8A X; 1ASU A; 3LM2 A; 1X3N A; 2ZGY A; 1C1A A; 4FK2 A; 3O3F A; 3O80 A; 4KI6 A; 1IBK K; 2IVN A; 3WUH A; 2OZS A; 1NMD A; 4Q5V A; 1Q9X A; 2NUB A; 3K0S A; 3J7Y P; 4H4O A; 2BTF A; 3H46 O; 3B6P A; 3VQC A; 4PL7 A; 4LSL A; 1RT4 A; 3VQ8 A; 3NHG A; 1U2V A; 3DRR A; 4F8R A; 4DQI A; 3TAM A; 3SQ2 A; 3DLL L; 3MEC A; 1M90 O; 2WC9 A; 4GVM A; 3VN5 A; 1QSY A; 1BL3 A; 3DOL A; 3C95 A; 1FXX A; 5IT9 O; 1NJY A; 3KK1 A; 4XH4 A; 3AGK A; 4LFB K; 1S22 A; 4GV3 A; 1WB9 A; 1S72 N; 3MN9 A; 3PX6 A; 3ULE B; 1SKS A; 4DG1 A; 4E19 A; 1S6Q A; 3L2Q A; 4J2B A; 3NBP A; 4BRI A; 4X66 K; 4A2A A; 3SQ4 A; 1RTH A; 1IKX A; 3DLR A; 1XUP O; 4BRM A; 2YHA A; 3ZET A; 2D0O A; 4IDK A; 3AO1 A; 4FXD A; 2I7P A; 1WLJ A; 1NKE A; 2P9L A; 4IFE A; 4EIA A; 3VEZ A; 2G8I A; 4CZM A; 2HHQ A; 3C65 A; 3SJJ A; 4WQ4 A; 4V19 S; 3CJ7 A; 1MWM A; 4QAG A; 3QNN A; 3H6E A; 1FK9 A; 3T1A A; 5HRR A; 1YHQ N; 1T6D A; 4FWM A; 4KH5 A; 2RF2 A; 5FPD A; 3VES A; 4M3T A; 2D0C A; 4DTN A; 3C6H A; 2UU9 K; 1N36 K; 2E1Y A; 3F9M A; 1RT7 A; 1REV A; 3IAY A; 1WSH A; 3AAP A; 2CGK A; 1JL1 A; 2P9P A; 3CJ9 A; 2O8F A; 4H03 B; 3PO4 A; 2OTL N; 5AQX A; 3WQU A; 4YFU A; 3I0R A; 1EET A; 3OYL A; 5LJW A; 1E4G T; 4CEO A; 3ZEU A; 3ZT3 A; 4U7B A; 1NOZ A; 1U04 A; 4H8K A; 1FW6 A; 3AVB A; 3MN7 A; 4BRG A; 4KHW A; 2QWN A; 3GDQ A; 4L8R B; 3RR7 A; 4JI1 K; 4CHY A; 3K5L A; 2HVI A; 4CJP A; 3AVN A; 3M8S A; 1NGC A; 3G71 N; 1KCF A; 3QBX A; 2W40 A; 1JCE A; 1Z6R A; 3U9Z A; 4BQL A; 3THY B; 4DFK A; 1BCO A; 3R1X A; 4DF8 A; 4BDZ A; 3QLH A; 3A8Y A; 3JS6 A; 2UUC K; 2VQE K; 3KLF A; 4OGC A; 4HUF A; 1VQ9 N; 3KVG A; 2EHG A; 4FL9 A; 4DUZ K; 3GL1 A; 3ZSQ A; 1DGK N; 2W6K A; 5DM7 L; 4TSX A; 1QTM A; 1G15 A; 3O4Q A; 2G8F A; 2D0P A; 1HMV A; 3FLC O; 3G25 A; 3M3Z A; 3MWP A; 1Z25 A; 4O8K A; 1SV5 A; 4NXM K; 3TAG A; 1YAG A; 2QWR A; 2FSK A; 5TKW A; 3OTO K; 3A0I X; 5C25 A; 3OYD A; 4BR0 A; 3HBT A; 2G8U A; 3CCE N; 3QIC A; 1YTA A; 4CF2 A; 1W0H A; 3IMX A; 5AQM A; 5CR4 A; 4RWT A; 3NH1 A; 3BUZ B; 2P9K B; 2E2Q A; 2HST A; 3I55 N; 1BI4 A; 3KK2 A; 4CEQ A; 2GEL A; 4Z4F A; 2UYT A; 3GOI A; 4OLB A; 5C10 A; 2YNH A; 3TR8 A; 4CER A; 4DR6 K; 3DAW A; 5JLF A; 2Y1J A; 4FWQ A; 4CGG A; 3LDS A; 1LOT B; 5AQG A; 1YVN A; 1HNW K; 3CQY A; 3RSE A; 2GEM A; 3UKU B; 2A6A A; 3RMB A; 2HHW A; 1D5A A; 4DUY K; 4E7K A; 2O8C A; 5LMN K; 4CGF A; 1BOT O; 4MO5 A; 2Z1J A; 1J54 A; 4CGI A; 1G99 A; 3H45 C; 1VQO N; 2XY6 A; 5MLC Q; 1JXB A; 4FWK A; 4FJ5 A; 3UKR B; 5GIP A; 5KRS A; 4OJR A; 2ITM A; 1BIU A; 2YNI A; 1IV0 A; 1HRH A; 4GW6 A; 2BAN A; 1TV6 A; 2IC3 A; 1OKJ A; 3T1Y K; 3VEX A; 5GAD P; 2A1S A; 4DR5 K; 2F8S A; 2H3G X; 4NLB A; 1SL0 A; 1NGJ A; 3PSI A; 4CF8 A; 1KRP A; 3EYZ A; 3SCX A; 3M1F A; 3O9R A; 5AQZ A; 2BGG A; 4DHY A; 1J5E K; 3RWU A; 5ADX H; 3PX0 A; 4WFA L; 1HJR A; 4J2E A; 3TSQ A; 2FBY A; 3O08 A; 1ZBS A; 1T3V A; 4H5V A; 4OGE A; 1T03 A; 4PA1 A; 2KZM A; 3DLH A; 2YJE A; 3OYE A; 2YKN A; 3TAP A; 4M41 A; 1Q82 O; 4W5O A; 1NK8 A; 3ZSV A; 3R6M A; 5KGX A; 1VQ6 N; 4U67 L; 1OH7 A; 1EWQ A; 4E7L A; 1EKE A; 3ZX3 A; 1XNR K; 3NE6 A; 3CCR N; 3DXK A; 1X1P A; 1UAX A; 1HJO A; 4IWV A; 2P9N B; 3AVA A; 4IOC L; 3JXU A; 4CZJ A; 4YOU A; 2OPS A; 4JNE A; 4AHV A; 4IBN A; 1Y97 A; 3RRG A; 1QZ6 A; 1HX1 A; 3EZW A; 1TGO A; 1WSJ A; 4BRQ A; 5M1F A; 1XMO K; 3F9K A; 1N34 K; 2RKI A; 5GAE P; 1S1T A; 3V4I A; 5AQT A; 4GV9 A; 4ICL A; 1ZC6 A; 2Y1I A; 2HHU A; 3MN5 A; 3J7A P; 4ILH A; 3AVH A; 1ASW A; 3P1G A; 3KK3 A; 5F1X A; 2G8K A; 1VHX A; 4BWJ A; 4WE1 A; 2YHB A; 3WXJ A; 4QCL A; 1U6Z A; 1N5Y A; 3T1H K; 1S1X A; 1XC9 A; 5AFU H; 1YUW A; 3VEN A; 1ESV A; 3CFR A; 1HNV A; 3A5O C; 2NRT A; 4MQ3 A; 4DCH A; 1IG8 A; 1J6Z A; 5LMU K; 4WFN L; 2OCE A; 1BCM A; 3MXJ A; 1D4X A; 2YX6 A; 4PQU A; 3CFO A; 4K41 A; 1JLA A; 2OA8 A; 1EP4 A; 2IVP A; 1X3M A; 4JV5 K; 3IRX A; 5EY4 A; 1BHL A; 4EFH A; 4HWI A; 3CM6 A; 3QET A; 4BR9 A; 1Q8I A; 2Z1G A; 1W7A A; 2GBZ A; 1X9M A; 1VQK N; 3MX2 A; 3EEQ A; 2XRI A; 1JLE A; 4ISG A; 3QFU A; 3ZT1 A; 3HPG A; 4CJF A; 3HI0 A; 4GY2 B; 4DMN A; 1A5W A; 2VG5 A; 3C7N A; 3C0B A; 3CCJ N; 4IEE A; 3O3H A; 4DLG A; 3CI5 A; 1V4T A; 1KLM A; 3QDK A; 2Z1I A; 3HP6 A; 5J2P A; 3S3N A; 3LM9 A; 3OYM A; 2DFH A; 1LV5 A; 1O1W A; 2ZWH A; 3VGL A; 3GBT A; 5ELZ A; 5AQV A; 3WEE A; 4FJM A; 3HO1 A; 3L4I A; 2IDO A; 4Y1C A; 1YVU A; 4B9U A; 4FK0 A; 3KZB A; 2Q2R A; 3CMA N; 1NM1 A; 4RW7 A; 5E26 A; 1IBM K; 4DR7 K; 4JYA K; 3KLG A; 1JLB A; 4JAX A; 1RT3 A; 3QBW A; 3WNG A; 1VQ4 N; 3KLE A; 2J4R A; 4M3Y A; 2RE2 A; 3KLI A; 4DU1 A; 3HST B; 3C6U A; 4E7H A; 1V4S A; 3HL8 A; 5FRO A; 5J2M A; 1KTQ A; 4FWP A; 1BGX T; 3VTI A; 1NKC A; 1E4F T; 4JD2 B; 1NK0 A; 1QQM A; 3L2U A; 3DLE A; 3R9P A; 2QM1 A; 4JKC A; 1CLQ A; 4FWN A; 2QXF A; 3VTH A; 4B3M K; 3U3Y A; 3ULD A; 1HKC A; 4FSV A; 4DV2 K; 3M8Q A; 1K8K A; 1JLC A; 3P4I A; 1S3X A; 1RBV A; 4DTM A; 4GKK K; 3S9H A; 2VG7 A; 4FWL A; 4CES A; 4RW4 A; 1U2V B; 1C1B A; 3NGZ A; 2RN2 A; 1XC3 A; 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4JI4 K; 2KW4 A; 5AQL A; 4I9L A; 4PL8 A; 3I33 A; 3L3U A; 4XIU A; 4HCB A; 1VSI A; 5AZI B; 5JLH A; 1WSF A; 4IOA L; 1L3V A; 5BN8 A; 1VQL N; 4JHD A; 2P9I A; 2P9S A; 4BQZ A; 2E8A A; 2QKK A; 4LF7 K; 4QS8 A; 3H08 A; 4M3Z A; 4K0K K; 3HPO A; 1U47 A; 3VF2 A; 5J2N A; 1RBR A; 3QEX A; 3VA3 A; 3SPY A; 1WBD A; 4CHP A; 2YV0 X; 4M63 C; 3D45 A; 2PYJ A; 3NVM A; 4CBU A; 1M1K O; 1WSE A; 1EX4 A; 4KH4 A; 4JI6 K; 1IKV A; 1TAQ A; 1QZ5 A; 4BGA A; 1BU6 O; 4B1X B; 2E2O A; 3BZC A; 2ITG A; 4DU3 A; 5HLF A; 4DSL A; 3FZK A; 3VGK A; 4IFY A; 5DK5 A; 4BRO A; 1GOB A; 4BR7 A; 1VQ5 N; 1NGG A; 3VQ4 A; 2F8T A; 3IKM A; 4KAZ A; 5AQW A; 2Q31 A; 4G1Q A; 5FRM A; 4FLV A; 2AA4 A; 3C6A A; 4NO7 A; 3VQ9 A; 3NF7 A; 5CZ2 A; 5AQR A; 2HW3 A; 3BP8 A; 3AVJ A; 2E5L K; 4FOI A; 3SMP A; 2OAN A; 4E7J A; 5DM6 L; 2CH5 A; 4PY5 A; 2O8B A; 4CCH A; 4IJN A; 1NK9 A; 3AGR A; 4WYB A; 4MFB A; 1RGI A; 2EX3 A; 4WF9 L; 5KRT A; 4IXC A; 3THW B; 2HMP A; 1SKW A; 2ASM A; 4IO9 L; 3CCU N; 5FDL A; 3ZLJ A; 1VQ8 N; 3CC2 N; 4FYD A; 4DS4 A; 4B08 A; 1KVC A; 3IDH A; 3HZ6 A; 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