4CJVA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords INTEGRASE
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjvA00
3SQ0A 3NF6A 2GUIA 3QEPA 3THVA 1LW0A 4B8AB 2G8FA 1Z25A 3P83D 1RDBA 2HHTA 5KGXA 3LDSA 4HHTA 2KZZA 3DMJA 4TSXA 3NH0A 2EHGA 4ID1A 5JS1A 4IG3A 4OPJA 3AVJA 1GOBA 4H4OA 1U4BA 3SPZA 4BE2A 3VQBA 3NGYA 4ELTA 4CK1A 3PV8A 3HO1A 3B6PA 4W5OA 2D0BA 2B6AA 1B9DA 3ALYA 3SUOA 4G1QA 1TKXA 4DSFA 1LAVA 3OYDA 3DLKA 2G8WA 3P5JA 3V6DA 3PO5A 4E7IA 2F8SA 2YKMA 3OYGA 4I9QA 2BANA 1RCHA 4CF2A 3V9SA 4AH9A 4AHCA 1ASWA 4MFBA 4OJRA 2IGIA 4DFPA 1X9MA 3OJUA 4L8RB 1RT7A 3VQDA 4DF8A 3OYJA 4HUEA 2HHUA 1TVRA 5C25A 1TAQA 1LW2A 1JLEA 3ZSVA 1LV5A 2GV9A 3F9KA 1S6QA 4RW8A 1JLQA 1NKCA 2FBXA 4FJ8A 1BGXT 1C0TA 4FYDA 1YT3A 1R0AA 4BDZA 3KLIA 1VSFA 3TAQA 1B92A 4CECA 4C8OA 3CQ8A 1SKWA 4HVJA 3V1OA 4CJ3A 1TV6A 1RT3A 3MEDA 2PYJA 1W0HA 2OPSA 4IBNA 3MXJA 1EX4A 1U45A 3KLFA 3M8SA 1SKSA 1D9FA 3CG7A 3IRXA 3ZT4A 4CJTA 1T05A 1NOZA 3IG1A 3OYAA 1Q9XA 4W5RA 1RT1A 3OYIA 4CHQA 1JL1A 3LPTA 4CCHA 3KK2A 4LH5A 1NOYA 2HW3A 3ASMA 2G8VA 1IKYA 2DFEA 2VWJA 5SZTA 3QIPA 2LSNA 2RF2A 3P1GA 3ZSQA 3JSMA 4DTUA 3V4IA 4DSKA 3SJJA 5FRNA 4O0IA 3SUPA 4FK4A 3IS9A 4FLUA 4DQPA 4DG1A 4JRQA 1KLNA 3K58A 4M3WA 3S3MA 4OLAA 4DFKA 1LAWA 2XHBA 3TI0A 1T7PA 3O3GA 4YNQA 4CERA 4LSLA 3RR8A 3QIOA 4B9TA 2HMIA 5CY4A 3TAEA 3RMCA 2O4GA 5HBMA 3NCIA 1NJZA 1BL3A 2NUBA 2WONA 3F73A 4FM1A 1J53A 4Z4GA 4ELUA 1RTJA 3V81A 1QE1A 4YFUA 3AO1A 1NKBA 4DTJA 2HHVA 3TAFA 1TK0A 3DYAA 2BGGA 2O4IA 3L3UA 4QOZB 4ELVA 4C8KA 4F3TA 1WLJA 3EZ5A 3LWMA 1VSDA 1WSHA 4M3TA 5HLFA 1ZBFA 4KHWA 3L8BA 4HCCA 3QETA 3L2WA 3KJVA 3EYZA 4E0DA 5CZ1A 1S6PA 1NK8A 4DSIA 1FKOA 1YTAA 4NCGA 4B08A 4FLZA 4DTXA 4E7KA 5DK5A 1ZBIA 2FBTA 3PY8A 5J2NA 1KCFA 2YNFA 3T1AA 1BIUA 3ZSWA 2KZMA 4CGFA 2QKBA 4FJGA 4M41A 3LWLA 1BHLA 2YNIA 4O44A 3DLEA 3KLHA 1J54A 3A2FA 4KTZA 3HL8A 4C8MA 4E19A 1UOCA 3OS2A 3SV3A 5K14A 4B9LA 2HHWA 3VQ4A 4BE1A 1QTMA 3NH1A 4B9MA 2ATQA 2VG6A 3BDPA 4Z4FA 4DFMA 1HYSA 1SL1A 3V9WA 1C6VA 4OGCA 4FJ7A 4I7FA 4R5PA 3DOLA 1TL3A 3ZT1A 1HJRA 1HNVA 5DMRA 4CIGA 4DSLA 2IDOA 3HVTA 4M3YA 4M3ZA 3KLEA 3LAMA 3HXMA 1W9HA 1X1PA 3AVMA 3SNNA 4CEFA 4OKJA 4CHPA 5CYQA 4Y1CA 1C0MA 4E1NA 4CHYA 4FJJA 3OJSA 1S1TA 3CM5A 5C24A 1D9DA 2HNDA 3AV9A 3NF9A 1WAJA 2HNYA 2QXFA 4NCAA 2P1JA 4XIUA 4FJ5A 3LZJA 2HVHA 4KV8A 3AVKA 1EXQA 1NJWA 4DTSA 4CFDA 3NHGA 5HROA 1ZBLA 3KLGA 4NYFA 1VRUA 1RNHA 3MECA 1IKXA 3WNEA 3ZSOA 1ZYQA 1WSIA 3JYTA 2BDPA 2DFFA 1BQNA 1KRPA 2OYQA 4CJLA 4DU4A 1L3VA 2HHXA 1B9FA 4DWIA 4CJ4A 4O0JA 1TGOA 3I8DA 2X6SA 4FLTA 3M8PA 2HVIA 1LWFA 4O5BA 1L3SA 4DSEA 3NBPA 1MU2A 2X6NA 3CFOA 5HRSA 4KB1A 2WOMA 5CYMA 4LY7A 1REVA 4F4KA 1RDAA 1NK9A 1S1VA 3UIQA 4FLXA 1TAUA 3O4QA 1JXEA 1TL1A 1G15A 3ZSXA 4CJWA 3VA3A 2YHBA 2Y1IA 2XRIA 3NGIA 3AA3A 3MEGA 4CJSA 1NJXA 4B9VA 4F8RA 4FW1A 3L2RA 4JS5A 1NK0A 1VSKA 3K59A 1KVBA 3MXIA 3DLGA 1SKRA 4DF4A 4F3OA 4FM2A 3QO9A 3PX6A 3LP2A 4IG0A 4N56A 1WSJA 1FKPA 4Z4HA 3H08A 3EY1A 1RBTA 1IKVA 2IAJA 4CJVA 4CJKA 3SUNA 3AVAA 3OYCA 4BDYA 1KFSA 5HRRA 1KLMA 1WSFA 4DU3A 3TAMA 2PY5A 2FC0A 1ZBHA 3KKSA 1U48A 4ZHRA 4RG8A 2G8KA 1HQUA 3CFRA 3TAGA 2OA8A 4KAZA 3OYHA 4FXDA 4NYNA 2KFZA 4DQRA 3ZT2A 2KFNA 1Y97A 4JLHA 5KTQA 3LP3A 4M45A 4FLYA 3E01A 4KO0A 5CZ2A 3OYLA 2Z1IA 2OZMA 1HMVA 1IH7A 5J1EA 3VQQA 4W5QA 1RBVA 1IG9A 4NCBA 1VSJA 1YVUA 1TKZA 1F21A 3SQ4A 4AHRA 4FLVA 1O1WA 4FZXC 4DQQA 3OS0A 4WE1A 5HRPA 3RR7A 1LWCA 2XY6A 3VQ5A 3K5MA 3PO4A 4BDPA 3V9XA 2IC3A 1UAXA 4IFVA 2FBYA 3NFAA 3VQEA 1RBUA 3AVLA 4N5SA 1EKEA 4CFCA 2D0CA 2D5RA 3RTVA 4FLWA 3NF7A 1U47A 3TARA 5KI6A 1C1CA 3HPOA 4DFJA 2HB5A 2RPIA 1VSIA 1NK6A 1EETA 2ZQBA 4CFAA 3O3FA 1QQCA 3L2UA 4KHYA 1I3AA 4LSNA 3ZT0A 4E89A 1RTHA 4PA1A 3HP9A 3BGRA 2DFHA 2E4LA 2YNGA 3OY9A 4DMNA 3LP0A 3VA0A 1KFDA 3V1QA 3TABA 1JLGA 4Z4EA 3DLBA 3RRGA 1NJYA 3QNOA 4AILC 1QS4A 4OPKA 2VG5A 5J2MA 4KHQA 3OYFA 2IOCA 3AO2A 1UA1A 4FVMA 3RMAA 4KTWA 3CFPA 4CFBA 3K57A 4Z4CA 1X9WA 4M3XA 1ASVA 5E41A 4FZZA 4W5NA 1I39A 2HHQA 1A5VA 4BWMA 1D5AA 1KVCA 1JL2A 3FFIA 4I2PA 1QSSA 1Q8IA 2DTUA 1S1UA 3TWHA 3G0ZA 1XHXA 1VSLA 3K5NA 1TK5A 2HNZA 3VQ7A 1DTTA 3AVHA 3KKRA 3HSTB 1CXUA 1K6YA 3QERA 4KHNA 3ZSRA 1RTIA 4CJRA 1U04A 4O4GA 4CEEA 4ZTJA 3CM6A 4E7JA 4BACA 2PZSA 5SWMA 4OVLA 2PYLA 2G8UA 4CIEA 1TK8A 4FJ9A 2VG7A 3V9ZA 3DRSA 3TR8A 4CGGA 3U3YA 1S1WA 2EX3A 4CJPA 1RDCA 5J2PA 3KD5E 3S9HA 4PWDA 3QLHA 1BISA 4CJFA 4CK3A 3AA2A 4CJQA 3U3GA 4E1MA 4FW2A 2F96A 3AO5A 1VRTA 1ASUA 3ITHA 4RW6A 1NKEA 4J2DA 1VSHA 3U6FA 2XY7A 3HPHA 3WNFA 3B6OA 3SI6A 4N41A 2QKKA 2XY8A 2W42A 3SQ1A 4CF9A 4J2BA 3S3NA 2P51A 3QNNA 2Z1GA 1ITGA 3QINA 3I0RA 4CGJA 3L2VA 5HP1A 4KB0A 1S1XA 3VQCA 1D8YA 4OLBA 2JGUA 3NGZA 3C94A 4LD0A 1SUQA 5D3GA 4AHUA 3V1RA 4Q0BA 1EP4A 3KK3A 3K5LA 3SYZA 2XY5A 2P5OA 3S3OA 1N5YA 4J2EA 3TAPA 4EZ6A 5EU7A 4FJHA 1NK5A 4J2AA 4E7HA 4DTNA 2KQ2A 3D45A 2YNHA 2KTQA 4DTMA 3DLHA 4CGHA 3MEEA 2A1SA 4B9UA 2Q3SA 2ZD1A 1CZ9A 2IS3A 1RT4A 3WNHA 4KREA 5KGWA 1HPZA 1RT2A 1WSEA 4RW7A 3ULDA 3QESA 3TANA 1C1AA 2G8HA 1JKHA 4K8ZA 2QK9A 3NDKA 4H8KA 3AA5X 3AO3A 2OZSA 4KHUA 2X78A 4JRPA 4CESA 4DLGA 4EZ9A 5FRMA 4K8XA 3VQ9A 1S5JA 5HRNA 4PQUA 3RMBA 3OYKA 2BE2A 1BCOA 3I0SA 4BE0A 3HVRA 3KD1E 4KPYA 2AJQA 4CEZA 4H4MA 2Y1JA 1L5UA 3OYMA 4HUFA 4OKKA 1RBSA 3NH2A 1XC9A 4EP5A 1CZBA 3VQPA 1RT5A 1IO2A 2X74A 1SL2A 4KRFA 4O55A 4B9SA 4F2RA 2R7YA 2RKIA 3O4NA 4AHSA 1U49A 1ZBUA 1KTQA 3OVNA 4CHOA 3SPYA 1FXXA 3AVCA 3DI6A 3VQ6A 4DTPA 3MXMA 1SL0A 3DRRA 4N47A 1BQMA 4CJ5A 1X9SA 3CYMA 5C42A 4FJMA 2D0AA 2HHSA 4DTRA 1NK4A 3AO4A 3K2PA 2YHAA 4CEOA 4HTUA 3ZCMA 1FK9A 2I5JA 3PX4A 1S9EA 4DS4A 2B4JA 4CGDA 2Z1HA 3ZT3A 4UQGA 1XI1A 3AVFA 3C6UA 1VK0A 2JLEA 3AVBA 1RDDA 3ISNC 4IDKA 4B3OA 3OYEA 3KIOA 4FCYA 4I2QA 3QEIA 3NE6A 3VQAA 3HM9A 4CF8A 3VQ8A 3AVNA 1S9GA 3NAEA 4CEDA 5I3UA 2DY4A 3SCXA 4QAGA 1N6QA 1JLFA 3L2QA 3HYFA 4CE9A 3PX0A 4Q5VA 3LALA 4OKEA 1YTUA 4KI4A 5JS2A 1JLBA 1RILA 4RW4A 2Z1JA 3DOKA 1HQEA 4B9NA 4CK2A 3RMDA 1DTQA 1Z26A 4ICLA 5I42A 1VSEA 3LP1A 3DM2A 4CJUA 4M3UA 5KRTA 1HRHA 4DQSA 3C95A 1JLCA 2E6LA 4DS5A 4KTQA 4E3SA 4I9LA 3RWUA 1BIZA 4MQ3A 5J2QA 2XO7A 1J9AA 1T03A 4CJEA 4C8LA 3C6TA 4HCBA 2P5GA 1HNIA 2E6MA 4OGEA 5T7BA 3O3HA 3QEXA 3K5OA 3HPGA 3L3VA 4RW9A 3T19A 4KKOA 4JS4A 3VN5A 1NK7A 4QCLA 4DLEA 4GMJB 1IKWA 1CXQA 1HYVA 2ZE2A 4ID5A 4CHNA 3KK1A 1J5OA 2ETJA 3WNGA 4CF1A 3KTQA 4CEQA 3AVGA 3SUQA 1DLOA 1KVAA 4FJIA 2YKNA 1BI4B 1BI4A 2B5JA 1XWLA 3QEVA 1HYZA 3SQ2A 1GOCA 2GBZA 3LANA 4DQIA 4DTOA 1WN7A 3M8RA 4CEBA 3V9UA 3QEWA 4IKFA 4FK2A 1RBRA 1L3TA 1CLQA 3AVIA 4KHSA 4FJLA 4Y1DA 2KW4A 3LZIA 4DSJA 4PY5A 3T3FA 4GW6A 1KSPA 4CIFA 4EP4A 2OPQA 4IFYA 4BWJA 3ZSYA 3NF8A 1BCMA 5FDLA 3AA4A 2VWKA 3LAKA 3ZSZA 3LPUA 4Z0UA 4CEAA 4LH4A 1WAFA 3RRHA 4W5TA 4F2SA 4FZYA 4KFBA 1SV5A 4FJKA 1RT6A 2RN2A 1QHTA 4CF0A 3D0PA 1TKDA 1GOAA 4AHVA 4KI6A 1A5XA 2G8IA 4CGIA 1UWBA 4E7LA 4AHTA 1Q9YA 1VSMA 3HJFA 1A5WA 1LWEA 2F8TA 3HT3A 4FK0A 1C0UA 3G10A 4GVMA 3PUFA 3HK2A 3OS1A 1T8EA 4ZTFA 1XHZA 4FJXA 1JLAA 2YV0X 1QSLA 1WSGA 4M3RA 4B8CA 2A1RA 3DRPA 5FROA 1C1BA 1TKTA 2OPPA 2OPRA 4CHZA 3OYBA 4HUGA 3SV4A 3OYNA 1RTDA 4M42A 1JXBA 3M8QA 3HP6A 4N76A 4FJNA 3MAQA 4DU1A 1WNSA 4FM0A 1UA0A 2FBVA 1QSYA 3SZ2A 1L3UA 4C8NA 5KRSA 4PUOA 2ITGA 4Z4IA 3IAYA 3DLRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NNWA 2P9UB 2P9UA 4B3MK 2G8FA 4KH5A 1P90A 3LDSA 4HHTA 3DMJA 3O6WA 3FZMA 5JS1A 4IOAL 4IG3A 4OPJA 4JI5K 4DQ8A 3SPZA 4BE2A 3VGLA 2UXDK 4MLEA 1EO1A 1NNEA 3OYDA 3P39A 4OPAA 4AH9A 4BG9A 1ASWA 4MFBA 4DFPA 4WQ4A 4DF8A 2HHUA 1TVRA 2CH5A 1JLEA 2GV9A 1JLQA 1XMOK 1H1VA 1YT3A 4BDZA 3KLIA 2QWRA 3H3NO 1QQNA 1SZ2A 4C8OA 2ZWHA 4AM7A 3V1OA 4B9QA 3CCLN 1TV6A 1BA0A 1U45A 3CERA 4G9ZA 3CG7A 3IRXA 1S72N 3VERA 4BGBA 4W5RA 3VENA 1JL1A 5KPRA 4LH5A 1IKYA 2DFEA 2FXUA 2E20A 4JKHA 3V4IA 4DTUA 4WQ5A 4O0IA 4BVPA 2QWLA 4JRQA 5FPDA 3K58A 4M3WA 3S3MA 3CIPA 2NRTA 4DFKA 4OLAA 2XHBA 2UUCK 3O3GA 4LSLA 4GY2B 3QIOA 4B9TA 2E2NA 3MCPA 3NCIA 4JI7K 1GLCG 3KHYA 4FM1A 4KHPK 3NVKA 4BR4A 3AO1A 2HHVA 3L3UA 4QOZB 3KWGA 1WLJA 3FZLA 1QZ5A 4BRMA 5FPNA 3CCQN 1S6PA 1FKOA 1YTAA 3AGRA 4E7KA 3PY8A 3ZETB 3ZETA 3LL3A 1KCFA 4JKGA 4JKGB 5AQJA 3T1AA 3ZSWA 4LF5K 5AFUH 4M41A 4FJGA 2A41A 3DLEA 3KLHA 5AQLA 3HL8A 4E19A 4LF4K 1UOCA 3SV3A 3SBTA 4GV6A 3DJCA 1HYSA 1SL1A 1WUAA 3KK7A 1C6VA 3EO3A 4R5PA 1HNVA 4A5BA 4DSLA 4M3YA 4FWSA 3H45C 4NXMK 3HXMA 4E1NA 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 1EWQ A;  5KRT A;  2W6L A;  1JLC A;  2E6L A;  4KTQ A;  4FWO A;  4I9L A;  1BIZ A;  4MQ3 A;  4BR7 A;  3OBY A;  3L0Q A;  1Q86 O;  1HKG A;  4C8L A;  1I94 K;  2P5G A;  3WQU A;  3K5O A;  1N8R O;  4QCL A;  4A61 A;  3QBX A;  4GMJ B;  2WBN A;  3KK1 A;  1HYV A;  2ZE2 A;  4ID5 A;  4CHN A;  3WNG A;  4CF1 A;  1DLO A;  3LM9 A;  4MO5 A;  4GKJ K;  3SQ2 A;  3LAN A;  3M8R A;  4CEB A;  4IKF A;  3AVI A;  4WF9 L;  3LZI A;  3N4Q A;  4BWJ A;  4FWQ A;  3AA4 A;  2VWK A;  3LPU A;  4Z0U A;  4EHT A;  5BPN A;  5BR9 A;  3RRH A;  4F2S A;  3OTO K;  4CF0 A;  5CR4 A;  3FE1 A;  3Q7C A;  3IDH A;  4E7L A;  4AHT A;  2YHY A;  3U9D A;  3WUH A;  1A5W A;  2F8T A;  3HT3 A;  4FK0 A;  1NM1 A;  5LMU K;  5CHI A;  4JI3 K;  2GWK A;  2YV0 X;  4U67 L;  1WSG A;  3EL2 A;  4B8C A;  1T05 A;  4OPH A;  2OPP A;  1GLB G;  5FRO A;  5A2Q O;  4FJN A;  4A2A A;  2VGM A;  3CJC A;  3VEW A;  4JI6 K;  3IAY A;  3DLR A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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