4CJVA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjvA00
3OYFA 5HRPA 4IFVA 1KSPA 5KTQA 1B9DA 3K5LA 4IDKA 4NYNA 3VQ7A 3VA0A 1U04A 4CEDA 1QHTA 1K6YA 2JGUA 1JLEA 3F9KA 3MEEA 1HJRA 4G1QA 5C42A 4FLWA 4CEQA 4DWIA 3U3GA 2PZSA 2PYLA 3LANA 4DSJA 1TKTA 3QIOA 4RW4A 4CGHA 1LV5A 1IG9A 1JL2A 4BACA 4GMJB 3ZT1A 4IBNA 4CESA 1S1TA 3NCIA 3QETA 3C94A 3OS0A 3AVNA 5KGXA 1RT7A 1RT1A 4KKOA 1A5VA 1IKWA 3M8RA 3MXMA 4OGCA 1S1XA 4OPJA 4FZZA 2F8TA 1C1BA 3PY8A 2QXFA 1L3VA 4FJGA 1ZBLA 3AVGA 3VQBA 2PY5A 1KLNA 3D45A 3AO2A 3WNFA 1NK7A 4FLYA 4ELUA 1HQUA 2NUBA 4CF9A 4CJRA 3TWHA 1YTUA 3KJVA 3VQDA 1NK6A 4CGGA 5HRSA 3K2PA 3P1GA 5CYMA 2HHVA 4AHVA 4FVMA 1T03A 1EKEA 1Y97A 2YHAA 3K59A 4DFKA 4M42A 3OYKA 4DF8A 1FK9A 2YNGA 3HSTB 3MXJA 5E41A 3A2FA 3TABA 3OVNA 3NF6A 1U45A 4I7FA 2LSNA 3NFAA 1BHLA 4CJUA 3VQEA 4KHNA 5HLFA 1VSHA 4LH4A 3CG7A 3QNOA 2HHWA 2KFNA 2EX3A 2VG7A 4RW7A 4B3OA 3RTVA 2HHXA 1NK0A 5HRNA 1RTDA 4CEBA 1RTJA 3HP9A 3P83D 1N6QA 3AA2A 4J2EA 3HK2A 4DSLA 4RW9A 3EYZA 1RILA 1EP4A 1LAWA 2HB5A 2OZMA 3IS9A 2VWKA 5CZ1A 1X9WA 4CJTA 1IH7A 3O3HA 3NDKA 3SUPA 1UA0A 3LWMA 1VK0A 4KAZA 3S3MA 4B8CA 4CJPA 3T1AA 3AO3A 1RT2A 5I42A 2OPRA 4W5QA 1EETA 4Z4CA 3AVAA 5JS1A 1C1CA 2I5JA 3QINA 1JXEA 3VQPA 4E7JA 1X9SA 1TK0A 2G8HA 1U48A 4CJFA 1VSIA 4DTPA 2AJQA 2X78A 1QSSA 1ASWA 3LP1A 1J54A 3AO5A 1J5OA 1QSLA 1C1AA 5KI6A 3PUFA 2IDOA 4H8KA 3M8SA 4OLBA 4MFBA 3VQ4A 1TK5A 3QEXA 4CHZA 1Z26A 5JS2A 3CM5A 4O0IA 3V9ZA 3QERA 4R5PA 3KTQA 1KTQA 1NK5A 5FRMA 4E7LA 4KTZA 2FBTA 4PA1A 2YHBA 4Z4HA 4CF2A 2ZQBA 5I3UA 4FCYA 1I39A 1S6QA 2ETJA 2GV9A 2F96A 2XY8A 3DLGA 3MEGA 4Y1DA 1LW2A 5SWMA 3V9UA 4DU4A 4DU3A 3K58A 4LH5A 2BE2A 4DQQA 3U3YA 3DM2A 4CHPA 1LW0A 1L5UA 1GOBA 3LPUA 4LSNA 1WSEA 4Z0UA 4KHWA 1C0TA 1VSJA 4FJHA 3NBPA 3LDSA 3F73A 1TL3A 4AILC 3ITHA 4CECA 3OYGA 4ZTJA 4FZYA 2ZD1A 3MECA 4KO0A 4DMNA 2KTQA 3MAQA 4KI6A 3DRPA 3AVJA 3LZJA 1ZBUA 1BIUA 3ZT3A 3I0SA 3I8DA 4BE0A 3DMJA 1LWCA 1TK8A 2HVHA 3L2VA 4JS4A 3QEPA 1NJZA 3RMDA 4IG3A 3ZSYA 3HPOA 1BCOA 2D5RA 4FM0A 4DTUA 3O3GA 1HNIA 1ZBFA 4CIGA 3S3OA 1FXXA 5FRNA 2X6SA 3V9SA 4DG1A 3DOLA 3TI0A 4K8ZA 3HXMA 4M45A 4FLTA 1JLCA 2QKKA 4CE9A 3ZT0A 4NCBA 3K5NA 5HP1A 4IFYA 4HUEA 1RDCA 2BGGA 1IKVA 4DTSA 1B92A 2IC3A 1IKXA 3HPGA 2XY6A 4LSLA 2DFEA 4CIEA 4CHYA 2BDPA 1J9AA 1FKPA 2QK9A 4CK2A 3OY9A 1Z25A 1KFSA 3PX4A 2E6LA 1KRPA 1RDDA 2ATQA 4DLEA 1EXQA 3RMCA 2P1JA 2D0BA 4H4OA 4AHCA 4CK3A 1JLBA 3SQ0A 1X9MA 1NKCA 4FJXA 4FK4A 4CFCA 2KZZA 1B9FA 1S1UA 2Q3SA 3VQ5A 3HO1A 1L3SA 3PX0A 1JLQA 1NKEA 3OYMA 3V6DA 1SKRA 4RW6A 2OPPA 3QEWA 3O3FA 2YKNA 3QEIA 4E0DA 2YNFA 3PO4A 1XHZA 4CEEA 2KW4A 4DQSA 1UWBA 2G8WA 1RCHA 4FJKA 1XWLA 3ZSWA 4J2DA 3CQ8A 1N5YA 4HCCA 4N47A 2ZE2A 4F3OA 1G15A 3H08A 4N5SA 3KK3A 2VG5A 4QCLA 4BDPA 4I9LA 4ELVA 4O55A 1SKSA 3DLBA 1S1WA 3L8BA 1BI4B 2WOMA 3AVLA 4W5RA 4FK2A 4NCGA 2BANA 1ZBIA 4DTXA 3QEVA 3EY1A 4FLXA 5J2MA 1ZYQA 3LZIA 1YT3A 3LAKA 1T7PA 2KQ2A 2YNIA 4H4MA 1L3TA 4M3TA 3BDPA 4C8KA 4CGIA 2R7YA 2HNDA 3HYFA 1TAQA 1LAVA 1Q8IA 4E3SA 4DSFA 1FKOA 3ZSOA 4CEOA 4AHSA 2KZMA 2RPIA 3DLKA 1J53A 3V9XA 4O0JA 2HHQA 4Z4FA 3KK1A 4HUFA 3KD5E 3QNNA 1TKZA 4Z4GA 2Z1HA 5EU7A 3OYBA 4M3ZA 4BWMA 3SI6A 4RG8A 4XIUA 3TAMA 4M3XA 4W5NA 3OS2A 1RBSA 2OPSA 3AVCA 4Q5VA 3DYAA 4PQUA 3DLRA 2DY4A 1KCFA 2B4JA 3AVBA 4ELTA 1KFDA 3ZSRA 3VN5A 1RT6A 1WSGA 3NGIA 4B9TA 1VSKA 3OJSA 3RMAA 1BGXT 4FJIA 1GOAA 3OS1A 4FLUA 3DRRA 1SUQA 4C8LA 4KI4A 3NF7A 4HHTA 1SL1A 2OYQA 3L2WA 3L2QA 1BL3A 4M41A 4CJSA 4FLZA 1W9HA 1WNSA 1GOCA 4DTNA 4FJLA 4KRFA 3AO4A 1O1WA 3CM6A 4HUGA 1VSDA 1D9FA 1NOYA 4M3YA 1SL2A 1VSLA 3VQQA 3FFIA 5C25A 2D0CA 4N56A 3OYNA 4DQIA 2Y1JA 1DLOA 2B5JA 1XHXA 3WNGA 1JLFA 1VSMA 1JLGA 4CF0A 4DLGA 4CJ5A 3PV8A 4QOZB 1CXQA 3P5JA 1BCMA 2ITGA 4FZXC 4FJ8A 4FM1A 3TAFA 1RTIA 4DTOA 3SYZA 2P51A 5FROA 4I2QA 2YKMA 1HMVA 4E7IA 3CFRA 3OYAA 4OKEA 1NK8A 2G8VA 3DLEA 2DFFA 2OZSA 3QESA 4F4KA 4Z4EA 4HTUA 4DU1A 1BIZA 4CJKA 4CF8A 4E1MA 4KTQA 1VRTA 4CERA 4DF4A 1SKWA 3QO9A 1W0HA 3NGZA 1JLAA 4CFBA 2E6MA 1KVAA 3B6OA 5J2PA 4CHOA 5DK5A 3ZT2A 3TAPA 4ZHRA 3ZT4A 2RKIA 1HRHA 4FJ7A 1CXUA 1BI4A 3NH0A 4O5BA 4BWJA 2KFZA 4E7KA 3ASMA 1S9EA 3AA4A 2VG6A 3L3VA 4OKJA 3ULDA 2A1RA 4HVJA 5T7BA 2XO7A 2FBXA 4GVMA 3KK2A 3TAQA 4CGDA 2HHTA 1WAFA 1KVCA 1C0UA 1CZBA 4OPKA 4AH9A 1WAJA 4DFMA 1LWEA 5SZTA 3IAYA 4IKFA 4B08A 4YNQA 4DSEA 4DS4A 3THVA 3NHGA 3NAEA 2PYJA 3SUQA 2B6AA 3LP2A 3MEDA 1L3UA 3TARA 1QE1A 2HW3A 3HPHA 2WONA 4KV8A 1D8YA 1IO2A 1QSYA 4JRQA 1C6VA 3LALA 4OJRA 3OYCA 3SJJA 4B9LA 3NF9A 1XI1A 4FJ9A 2XHBA 3S3NA 5HROA 1ASVA 1BQNA 3IRXA 4MQ3A 3ZSVA 1CLQA 3KLEA 4FJ5A 4BDZA 1TKXA 3HP6A 4CJWA 3SZ2A 1ASUA 4E19A 3KLIA 2W42A 5C24A 2P5GA 1LWFA 3SCXA 1TKDA 3IG1A 4DSKA 3VQAA 5K14A 5KRSA 1A5XA 3E01A 3V4IA 5J2QA 4DTRA 4CJVA 4EP4A 4BE1A 4CGFA 4B9UA 4NCAA 1HYSA 3TAGA 4B9SA 3SQ4A 5CY4A 2DTUA 3AVFA 3L3UA 3SV4A 2D0AA 1NJYA 1NJXA 1XC9A 3HVTA 3VQCA 3KLHA 1NK4A 2OA8A 2JLEA 4W5OA 4CF1A 3OYJA 4CJ4A 4F2RA 4FLVA 3ZSQA 2G8UA 4FYDA 3AA3A 2QKBA 3S9HA 2EHGA 3CFOA 3QLHA 3HVRA 4Q0BA 1D9DA 4O44A 3O4QA 2E4LA 4AHRA 1Q9YA 1QQCA 3ALYA 3T19A 3B6PA 1UOCA 3VA3A 3DLHA 4J2BA 2DFHA 4N76A 4FK0A 3PX6A 4CIFA 1YVUA 4JLHA 4UQGA 3CYMA 3L2UA 3SPYA 1X1PA 3SPZA 4FW1A 3RR8A 2O4GA 4ID1A 4E1NA 1DTTA 4DS5A 3AVIA 4KHUA 1F21A 2O4IA 1MU2A 1T05A 4N41A 4DQPA 4KHSA 3V81A 1UA1A 4FJJA 4PWDA 3BGRA 4W5TA 1VSEA 4CFDA 4M3UA 4J2AA 2VWJA 1ITGA 3ISNC 3CFPA 1U4BA 3VQ8A 1NK9A 2GBZA 3O4NA 3NF8A 4FW2A 3TANA 1HYZA 4M3WA 1S9GA 3JSMA 2GUIA 4O4GA 4B9VA 5J2NA 4CGJA 2YNHA 1RDAA 4ICLA 2OPQA 5J1EA 1JKHA 3KLGA 1RBRA 5HRRA 3NE6A 3RWUA 3RRGA 4CCHA 1A5WA 4DTMA 3D0PA 4KB1A 3KD1E 4DTJA 1JXBA 4HCBA 2IS3A 3VQ9A 2Y1IA 2IOCA 4CFAA 1NKBA 4OKKA 3LWLA 3RR7A 4RW8A 1WSIA 3AVKA 4OLAA 3V1RA 1CZ9A 4EZ6A 3SUNA 3ZSXA 2G8FA 1KLMA 1WN7A 2XRIA 2HMIA 4JS5A 1WLJA 4CJ3A 2IAJA 4AHTA 4CEAA 3C6UA 3NH2A 2P5OA 4B9MA 5FDLA 3M8QA 1HPZA 3V9WA 4DSIA 4CJQA 3SV3A 4C8NA 4LY7A 2G8KA 3G10A 4DFPA 5CYQA 4CEZA 5HBMA 3OYLA 4L8RB 1RTHA 4E89A 4EZ9A 3I0RA 4B9NA 3U6FA 1T8EA 1HYVA 3WNEA 3C6TA 3NH1A 1QTMA 3VQ6A 2Z1GA 4WE1A 2FC0A 1UAXA 3AV9A 1WSFA 4CHNA 3WNHA 3OYHA 2XY7A 1RT3A 1VSFA 1WSHA 3K57A 3AVHA 4FM2A 4KREA 1TL1A 4JRPA 2YV0X 1RDBA 1U49A 3OJUA 3SUOA 1Q9XA 1RBUA 4EP5A 1TVRA 4KFBA 1VRUA 4BDYA 1HNVA 4K8XA 4PY5A 3KKRA 1I3AA 4FXDA 4CJLA 1SV5A 1NOZA 3TAEA 1RBTA 3MXIA 1RT4A 1RT5A 3OYDA 4Z4IA 3PO5A 2XY5A 3SQ1A 4KB0A 3V1OA 3SQ2A 4CEFA 4F8RA 3KLFA 3T3FA 1D5AA 3OYIA 1R0AA 3QIPA 4LD0A 4KHYA 1BQMA 3DOKA 1S6PA 3V1QA 1JL1A 3KKSA 3AO1A 3TR8A 3LP3A 2HNZA 3HL8A 3UIQA 1U47A 1WSJA 1DTQA 2HVIA 1RNHA 2HNYA 2IGIA 3K5OA 3M8PA 4IG0A 3LAMA 4KHQA 3G0ZA 1SL0A 1C0MA 2X6NA 3ZSZA 4M3RA 3HJFA 4DQRA 5CZ2A 2A1SA 2FBYA 2RF2A 5D3GA 2HHUA 4FJMA 4E7HA 4I2PA 4Y1CA 4BE2A 4I9QA 4FJNA 1TV6A 1ZBHA 5DMRA 4KPYA 1TGOA 2Z1IA 4NYFA 3LPTA 4YFUA 4C8MA 4B8AB 5KRTA 1HQEA 1S5JA 1YTAA 4TSXA 4C8OA 1KVBA 2X74A 3AA5X 4OVLA 3JYTA 1S1VA 3L2RA 3EZ5A 4QAGA 3RRHA 4F2SA 1BISA 4PUOA 3C95A 1TAUA 1REVA 3HT3A 3AVMA 3KIOA 3NGYA 3LP0A 2G8IA 4CK1A 4AHUA 4F3TA 4ID5A 4ZTFA 4GW6A 4DFJA 1IKYA 5KGWA 3DI6A 3HM9A 3SNNA 1NJWA 4OGEA 3K5MA 4CJEA 3DRSA 3RMBA 2HHSA 1EX4A 1RBVA 2Z1JA 1QS4A 2RN2A 4KTWA 4CHQA 3OYEA 2FBVA 2F8SA 3ZCMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BGAA 4CBUA 5BR8K 3OYFA 5F1XA 5HRPA 3AAPA 3VQ7A 4WCEL 2QEXN 1JLEA 1YJWN 3CCEN 4DWIA 1NG9A 3C6AA 3A5OC 4DSJA 1JL2A 4FOIA 2O8BB 4AQYK 4IBNA 3CCQN 3OS0A 3AVNA 5AQVA 1C0GA 1IKWA 3M8RA 2WC9A 4OGCA 3OBYA 2P9KB 4CZFA 2PY5A 3VQBA 3CJ7A 3D45A 1NMDA 1HQUA 4CF9A 3CJBA 3TWHA 1YTUA 1OKJA 3VTIA 4CGGA 4KH6A 5AQJA 3ID6A 4B9QA 3HSTB 1HJOA 3MXJA 4EHTA 3NF6A 1U45A 1QVFM 3FR0A 3IDHA 2A6AA 3VTHA 3QNOA 2EX3A 3MWPA 1VQ8N 1RTDA 3J7YP 4DR1K 3HK2A 4BC5A 2OZMA 1LAWA 2NRZA 2VQEK 1X9WA 3NDKA 1E3MA 4DUZK 3LWMA 2FXUA 4FWSA 4CBXA 1NWKA 3CCMN 2BTFA 3T1AA 1GLFO 3MDQA 2OPRA 2D4WA 3QINA 1TK0A 3EE8A 1X9SA 5BREA 4CJFA 3VENA 1NJIO 1ASWA 3AO5A 1C1AA 3A8YA 3M8SA 4MFBA 4B1VA 2HOEA 3QEXA 1Z26A 3CM5A 3KTQA 5C15A 4E7LA 3TSPA 2YHXA 1KQSM 2ZQBA 3FZLA 1I39A 3DLGA 4KHWA 3MEGA 4Y1DA 3T1YK 2BE2A 4CHPA 1L5UA 1VSJA 2ZGZA 4B1ZA 1TL3A 4CECA 3OYGA 4FZYA 2KTQA 5GINA 4KI6A 3LZJA 4BE0A 3I8DA 1YI2N 2P9UA 4XH5A 3U9ZA 1KAXA 3CQXA 3HPOA 1BCOA 4FM0A 3O3GA 3L6QA 1HNIA 3S3OA 2WTUA 3DOLA 2QKKA 4ILGB 4CE9A 4NCBA 4H0YB 5HP1A 4IFYA 4A5BA 4DTSA 3PSIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BGA A;  4CBU A;  5BR8 K;  3OYF A;  5F1X A;  5HRP A;  3AAP A;  3VQ7 A;  4WCE L;  2QEX N;  1JLE A;  1YJW N;  3CCE N;  4DWI A;  1NG9 A;  3C6A A;  3A5O C;  4DSJ A;  1JL2 A;  4FOI A;  2O8B B;  4AQY K;  4IBN A;  3CCQ N;  3OS0 A;  3AVN A;  5AQV A;  1C0G A;  1IKW A;  3M8R A;  2WC9 A;  4OGC A;  3OBY A;  2P9K B;  4CZF A;  2PY5 A;  3VQB A;  3CJ7 A;  3D45 A;  1NMD A;  1HQU A;  4CF9 A;  3CJB A;  3TWH A;  1YTU A;  1OKJ A;  3VTI A;  4CGG A;  4KH6 A;  5AQJ A;  3ID6 A;  4B9Q A;  3HST B;  1HJO A;  3MXJ A;  4EHT A;  3NF6 A;  1U45 A;  1QVF M;  3FR0 A;  3IDH A;  2A6A A;  3VTH A;  3QNO A;  2EX3 A;  3MWP A;  1VQ8 N;  1RTD A;  3J7Y P;  4DR1 K;  3HK2 A;  4BC5 A;  2OZM A;  1LAW A;  2NRZ A;  2VQE K;  1X9W A;  3NDK A;  1E3M A;  4DUZ K;  3LWM A;  2FXU A;  4FWS A;  4CBX A;  1NWK A;  3CCM N;  2BTF A;  3T1A A;  1GLF O;  3MDQ A;  2OPR A;  2D4W A;  3QIN A;  1TK0 A;  3EE8 A;  1X9S A;  5BRE A;  4CJF A;  3VEN A;  1NJI O;  1ASW A;  3AO5 A;  1C1A A;  3A8Y A;  3M8S A;  4MFB A;  4B1V A;  2HOE A;  3QEX A;  1Z26 A;  3CM5 A;  3KTQ A; 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 4WFN L;  4FM2 A;  4NO7 A;  2ZGY A;  1RDB A;  3SUO A;  3J7Z O;  1RBU A;  4EP5 A;  3QML A;  2AA4 A;  4FXD A;  5M1N A;  1X3M A;  3SAH A;  1RT4 A;  4Z4I A;  3PO5 A;  1TUY A;  3SQ1 A;  1Z05 A;  3OYI A;  3QIP A;  1YHQ N;  4KHY A;  1W2B M;  1S6P A;  3HI0 A;  1JL1 A;  3V1Q A;  1Q7Y O;  3KKS A;  5JIC A;  3CCL N;  4OPA A;  2D1K A;  1DTQ A;  4IG0 A;  3M8P A;  4ISG A;  3LAM A;  3G0Z A;  1SL0 A;  1C0M A;  4DR5 K;  3HJF A;  5D3G A;  4B1X B;  4FJM A;  1T6D A;  1YF5 L;  3N4P A;  4AF1 A;  1TGO A;  2Z1I A;  3G4S N;  3GG4 A;  4G9Z A;  4YFU A;  3O9Q A;  3F2K A;  1HQE A;  1YTA A;  2W41 A;  3AA5 X;  1S1V A;  5BN9 A;  2QWL A;  4F2S A;  3HT3 A;  4HWI A;  3NGY A;  3SK3 A;  5BRD A;  2QWR A;  4ZTF A;  1IKY A;  3DI6 A;  3HM9 A;  3SNN A;  4OGE A;  4NLC A;  3K5M A;  4CJE A;  4U7B A;  3G71 N;  4JD2 A;  1RBV A;  5GAE P;  3SAF A;  2ZJP L;  2PAV A;  4CHQ A;  1KC8 O;  3OYE A;  3ZCM A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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