1OKJA

Crystal structure of the essential e. coli yeaz protein by mad method using the gadolinium complex "dotma"
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
GLRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN TSAB
publication title A Complement to the Modern Crystallographer'S Toolbox: Caged Gadolinium Complexes with Versatile Binding Modes.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 61
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.4.-.-:
pdb deposition date 2003-07-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1okjA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1okjA02
3VERA 5F1XA 4FL9A 3ZETA 4K41A 1GLFO 3U9ZA 1NGEA 3IDHA 1ATRA 1U6ZA 4DCHA 4BRNA 2YCHA 2I7NA 1EQYA 4H5WA 4I6MB 2E2QA 5FPMA 4IO8A 4BVOA 3P4IA 1T44A 3H45C 4HWIA 2CGLA 3SLCA 3VETA 1X9JA 3GOIA 3HM8A 3O6WA 2CGJA 5BN9A 4WYBA 2CGKA 2ASPA 2QXLA 3WQTA 1XQSC 3VGMA 3DXMA 4RCHA 4H0PA 5AQMA 2VCPA 2YHWA 3VPZA 1QQMA 2YHXA 3F9MA 2V7YA 4HTLA 3VF6A 3WXIA 3A5LC 3TU5A 3VEXA 4BR4A 3A5NC 3VF4A 4M7YA 1QQOA 5E26A 4H5NA 3EN9A 3MN7A 4ISFA 3O80A 4IJAA 4O5FA 3VEOA 2HF3A 5AQGA 2V7ZA 4MLEA 1HUXA 3VEWA 3KZBA 2Q0UA 1U2VB 3D7EO 3M3ZA 4FWKA 3R9PA 1BDGA 5BREA 5AZJB 1E4FT 4BG8A 2ITMA 3C7NB 3HI0A 2Q36A 1CZAN 2IVPA 2H3GX 2WUSA 2A5XA 4JNEA 2E1ZA 2P9IA 3LDQA 4M7XA 3VGLA 3WEEB 5AZIA 2D1KA 3HBTA 4CZMA 1K8KB 3ATVA 1IJJA 1MA9B 4EHUA 1V4SA 4PKIA 2E8AA 2Q31A 4JD2B 4BVPA 1C0GA 4CI6A 1XC3A 1TUUA 4BRLA 2ZF5O 5KPRA 2FSKA 3EL2A 1Q18A 2HF4A 4H0YB 3A0IX 3BF1A 1BWFO 1RGIA 5AR0A 4C23A 2EWSA 3DJCA 3DXKA 4FO0A 3LDLA 3MMVA 4BG9A 3JS6A 2FXUA 5AQUA 3CETA 2VWBA 2P9PB 3IUCA 4BC2A 2P9NB 4FWSA 5BR9A 3RSEA 1D4XA 4IJNA 4H0XB 5E84A 1X3MA 3G25A 2VYPA 5TKYA 1BU6O 3VGKA 4BQZA 4F9OA 3D2FA 3ENOA 4ISGA 1NGCA 1J6ZA 1NGAA 1YVNA 3AAQA 4K42A 3SMPA 3H6EA 4PKGA 3GDQA 3ENHA 1RDWX 5JLFA 3WUHA 1NMDA 1TYQA 2QWRA 3O1BA 4XEIA 4QS9A 3MK6A 1GLDG 3UB5A 2CH5A 4BC4A 5BRFA 5FPDA 2F9WA 2P9SB 4GY2B 4BR9A 2OANA 5AQKA 1DEJA 3GBTA 1R59O 4CZKA 4FPAA 4ISEA 3IMXA 4H0OA 4CZEA 1SZ2A 4CJ7A 3QICA 3CERA 5BRDA 4CZHA 1BA1A 2AP1A 2A40A 1Z05A 3FGUA 1T6CA 3AARA 4BRDA 4IXCA 2YHYA 2A42A 4CBUA 3H46O 1Z6RA 4JHDB 4YDUA 1KAXA 4BR5A 4BC5A 3D2EA 3UE5A 5F0XA 5JMVA 1RFQA 2UYTA 4QS7A 4BQLA 2NZTA 5BRHA 1QQNA 2AA4A 2E88A 4WQ5A 1ATNA 4EHTA 5FPEA 3FZHA 1HKGA 3O4WA 5FPNA 5LY3A 4I6MA 2PBDA 1BO5O 5AQZA 3CJ7A 4IZ9A 3FZKA 3HZ6A 2E1YA 3BP8A 5AQPA 2P9LB 2ASOA 4XH4A 4BGBA 4WQ4A 2QWPA 3ATUA 3EO3A 3LDNA 3O5BA 1NGFA 3ULEB 3R6MA 4H03B 4BRQA 4B1XB 4A62A 3HSCA 4H5VA 2D0PA 1QZ6A 1HKBA 2A41A 2GUPA 5AQTA 2ZWHA 5KPZA 4Z94A 3GL1A 5ADXH 1DGKN 3DAWA 4AM6A 2I7PA 4GNIA 5ADXA 5AQLA 3CJCA 3AAPA 3TPQA 3JXUA 4BR0A 3U4LA 4DQ8A 4BROA 1NM1A 4CD3A 4DB3A 5AFUH 1U2VA 3LL3A 1HJOA 3UKRB 5AFUA 3U9DA 3ZX0A 4EFHA 5AZJA 5LJWA 3DXKB 1ATSA 4PKHA 4FPBA 2QWNA 2E20A 2GELA 3C7NA 4FSVA 1GLBG 3A8YA 5EVZA 3FE1A 3L0QA 3ZEUB 4B1ZA 4AM7A 4FWMA 1TUYA 3WQUA 3CJBA 4FWRA 3O1WA 4RTFD 4YDUC 4LC9B 4A2BA 3OHRA 1MDUB 3WEEA 4BRMA 4CZGA 1NGHA 3FR0A 2GWJA 3CQXA 2BUPA 2W41A 2IVOA 3VOVA 3UKUB 4FWOA 1HPMA 1NGIA 4BGAA 3SJHA 2GTDA 2CH6A 2Q2RA 1JCGA 2J4RA 4JD2A 4E1JA 3GG4A 3QBWA 1HKCA 1LCUA 4BRKA 2P9UB 2BTFA 3M1FA 2Q0RA 2E2PA 1GLEG 5AQVA 3BEXA 1H1VA 3L6QA 3H1QA 3MN9A 4BRIA 3A5OC 3MN6A 4WQ4C 2PAVA 3U8XA 2FLOA 5B8HA 4DHYA 5ELZA 2IVNA 1MWKA 2IIRA 2D0OA 1YAGA 5KPTA 1NGDA 2P9NA 5AQYA 3LM9A 4NB4A 3ZETB 4EAHD 2P9KA 4O8KA 1G99A 3CJ9A 4CBWA 2D4WA 4CZLA 4EIAA 3H3OB 5AQXA 3VF2A 5AQSA 4BRHA 1C0FA 3FLCO 5EXWA 4B1UB 2YJEA 5JLHA 3FZFA 3CIPA 3QB0A 1BG3A 2GWKA 2HMPA 4L3QA 3DWLA 4FWNA 4K25A 3DXMB 1YUWA 3FFKB 3AY9A 5AQIA 1GLAG 5LJVA 1NGBA 1V4TA 5AQRA 3ID8A 4FOIA 4H0TB 4K43A 4CD1A 1ZBSA 4BRFA 3O8MA 2Q97A 3VEZA 4FWPA 4M63C 5BN8A 1T6DA 2P9SA 4QS8A 2E2OA 4BR2A 3CJAA 1ESVA 3VESA 1LOTB 1IG8A 3S41A 1MWMA 4JN4A 3QMLA 1NLVA 3W0LA 5BPMA 2FSJA 1JCFA 1HLUA 2V52B 1YXQA 4B9QA 2GEMA 3EKUA 2YJFA 4BC3A 3WXJA 4IWVA 5AQFA 4KBOA 4H5TA 4BRCA 4B1VA 4A2AA 3BUZB 2Q1NA 3CQYA 1WOQA 4JHDA 2P9IB 3LM2A 4MO5A 3LDPA 1QHAA 1SQKA 5AZIB 4A61A 4CBXA 3CI5A 5AQWA 3MCPA 3WT0A 5KQ8A 1DKGD 1QZ5A 3SK3A 4XH5A 3H1VX 5JICA 5CE3A 3M6GA 3SMSA 1NBWA 2ZGYA 3ZX2A 5BPLA 2ASMA 4FOEA 1KAYA 2P9LA 4CZIA 3GE1A 2QW9A 1P8ZA 2DPNA 3QFUA 3IFRA 2FF6A 4XH1A 1S22A 1HX1A 1BOTO 1ZC6A 4CZJA 1GLCG 5BPNA 2QM1A 1BA0A 3FZMA 3HTVA 5AQQA 3ULEA 4J8FA 4BR7A 3CHWA 3L4IA 4CZFA 3BF3A 3WXKA 3H3NO 5AQJA 2NLXA 4BRGA 1JCEA 5EX5A 3RSEB 3W3DA 3MDQA 4FWLA 3WXLA 1X3NA 3A5MC 1K8KA 3R8EA 4WQ5C 4MLHA 1XUPO 4BRPA 1KXPA 3EZWA 3KVGA 3D2FB 3CJ1A 1NWKA 4PL7A 5AQHA 1KAZA 4H0VB 1OKJA 1Y64A 3UKRA 1SAZA 2W40A 4MO4A 1TYQB 2E2NA 2FSNA 1WUAA 3B8AX 3ZEUA 3VENA 1NGJA 1E4GT 2F9TA 4BRAA 3J8AA 2NRHA 1S3XA 4RWTA 2QWQA 3ZX3A 4B1WB 3KHYA 4JAXA 3O08A 4H5RA 3QFPA 3VEVA 2YI1A 3I8BA 4B1YB 2P9KB 3MN5A 2FF3B 2P9PA 5EY4A 2QWMA 3UKUA 4BREA 2V51B 4FWQA 2HOEA 3EKSA 3FZLA 3VEYA 1NGGA 4NO7A 1GLJO 3LDOA 3QDKA 5I9EB 2P9UA 4PL8A 1ZXOA 1BUPA 2ZGZA 2QWOA 5EOYA 5AQOA 5KQDA 5AQNA 4Y0WA 2KHOA 2A3ZA 3I33A 2A6AA 5F2RA 3C0BA 1GLLO 3D2EB 3QBXA 2QWLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RW9A 5F1XA 4K41A 4FK4A 3E66A 3IDHA 1Q8IA 3LAMA 5K14A 4BRNA 3TAEA 1HYVA 3MX5A 1X1PA 5FPMA 3MX2A 2GUIA 1DTQA 3GOIA 3CPEA 1ZBHA 3I8DA 1BQNA 1TL1A 2ASPA 4RCHA 4H0PA 5AQMA 5KRSA 2VCPA 1VSMA 1OH7A 2DY4A 1QQMA 3KJVA 3G71N 1WAJA 3VF6A 1BIZA 5M1FA 3A5NC 3VF4A 1HMVA 2QEXN 1IKYA 4O5BA 3MEDA 3KLIA 1OH6A 2HF3A 4DSLA 2EX3A 3VQ6A 1YJNN 4NLBA 4FLZA 3ZSVA 3D7EO 4FWKA 3M3ZA 3EY1A 1ZBLA 1BDGA 4GKKK 2R7YA 1OH8A 4AHSA 4DFKA 3SUPA 4FJ9A 1BHLA 3LP1A 4CJFA 3L2UA 3ZYYX 1VSHA 4JNEA 4RW8A 2ZJRL 3VGLA 1RDUA 2VWKA 4CZMA 3RMBA 1K8KB 1Z26A 3ATVA 3V1QA 4BE1A 1IJJA 4DFJA 3RRHA 2A1SA 1YIJN 4KB0A 2PYLA 2E8AA 4YNQA 4PA1A 4BVPA 3O3GA 4BRLA 2ZF5O 5KPRA 2HB5A 1W97L 3EL2A 4OLAA 4JKEA 3ULDA 2QA4N 4KHQA 3A0IX 4UQGA 3V9SA 2O4IA 3DRSA 3DXKA 4FVMA 3THYA 3MMVA 2KQ2A 2NRRA 1QHTA 3V9WA 4DTRA 4B3MK 2VWBA 4MDBA 4G1QA 3P31A 4W5TA 1A5XA 3AVHA 3G25A 3RRGA 4QOZB 3ZSQA 1FXXA 4DQPA 3D2FA 3ENOA 3L2RA 3V1RA 4DFPA 4C8NA 4K42A 3CQ8A 3ENHA 1RDWX 5JLFA 3KK1A 4J2AA 3K5MA 1EWQA 5H1SQ 1FKOA 4DTSA 1WSGA 4JS4A 4M3UA 2HBLA 4JEPA 2P5GA 1XMOK 4CEQA 1HQUA 4FJGA 1SS6A 2O8BA 4CZEA 4JS5A 4DQQA 4C8LA 1BQMA 4W5QA 1S5JA 1WSIA 2JWLA 3JAMO 1Z05A 4IDKA 4FJKA 1YT3A 3AARA 4W5NA 4IXCA 4I9LA 3TI0A 2ETJA 5M1OA 3ZT0A 4JHDB 4YDUA 4BR5A 3OYIA 3WXMB 3K59A 1RFQA 4LF5K 3VQPA 2AA4A 1WLJA 2HHVA 3U6FA 3ZLJA 3O4WA 5FPNA 4GMJB 2ZJPL 5LY3A 2DTUA 3PUFA 2PBDA 1BO5O 1NJXA 4IZ9A 1Q82O 2UUCK 4ICLA 3AVFA 4KREA 3QIPA 1LW2A 3U3GA 1VRTA 1S1UA 3EO3A 4BWJA 1C0TA 3LDNA 5GAEP 3OYHA 3O5BA 4CHYA 4DR5K 4LSLA 1NGFA 3ULEB 3R6MA 4YY3K 5M1NA 2O8FB 4M42A 4CW7B 4A5AA 2A41A 2GUPA 4KHPK 5AQTA 5KPZA 2W6KA 5ADXH 5C12A 4AM6A 3OBWA 4MQ3A 5AQLA 1Q9YA 4DSKA 3OYAA 4CD3A 4AQYK 2WBNA 2I5JA 3CM6A 4EFHA 1ATSA 2YNFA 4FPBA 4KI4A 3M8PA 4FSVA 5EVZA 3C7NA 1BISA 4YOXA 3M5RA 3MXIA 1TUYA 4Z4EA 2O8EB 4RTFD 4LF7K 3OHRA 3WEEA 3P83D 4CZGA 2GWJA 3CQXA 2W41A 1WSJA 1HYSA 3UKUB 1NGIA 4O55A 2GTDA 3PO5A 1JCGA 4JD2A 3G10A 3GG4A 4AILC 1P90A 3AVIA 4BRKA 5CHIA 3MCAB 4OPHA 4DU1A 1YI2N 3M1FA 4CFDA 2E2PA 1D8YA 1S1VA 3NH2A 4WQ4C 4ELUA 2PAVA 2Z1IA 3C65A 4PUOA 4F3OA 3OYMA 4DV1K 3S3OA 1YAGA 5KPTA 3S9HA 2P9NA 2YNHA 4RW4A 4EAHD 1EKEA 2Z1JA 4CE9A 3T3FA 2D4WA 4EIAA 1QE1A 3H3OB 4BRHA 1TVRA 3CM5A 4JKDA 3SUOA 4B1UB 3ALYA 3CIPA 3HPOA 2X74A 4CJ5A 1IKVA 3CC7N 1C0MA 2DFEA 4CVNE 3DWLA 5DM6L 3K5OA 4CJSA 5AQIA 4M3ZA 3D45A 5LJVA 4OO1J 3HPHA 4IG3A 4CD1A 4CHPA 4F2SA 1Z25A 2Q97A 3VEZA 4FWPA 2P9SA 3ZT3A 3VESA 1ESVA 4KAZA 4M45A 3S41A 1B9DA 5BPMA 1HLUA 4IOAL 1YXQA 4B9QA 2GEMA 3EKUA 5J2MA 5KRTA 3CCVN 1IBLK 1KLMA 4CF1A 1VQ4N 1SKRA 1RDBA 1UOCA 4JYAK 3LDPA 1VQNN 2X6SA 4A61A 4IO9L 4CBXA 3DLBA 2HVHA 3IS9A 3SK3A 1WNSA 4O4GA 3CMEN 4XH5A 3TSQA 3QEWA 1N33K 2XRIA 3CFOA 2RPIA 4B3SK 2O8DA 3J7ZO 4X64K 3F73A 4JRQA 1NNEA 3DOLA 1P8ZA 3QFUA 3IG1A 2X6NA 3IFRA 1ITGA 1S1WA 4XH1A 1S22A 1BOTO 4EZ9A 1GLCG 3THYB 3HTVA 4J8FA 4BR7A 4DV4K 3CHWA 3BF3A 1TKZA 1T05A 4IFVA 5EX5A 3W3DA 3WXLA 1BCOA 1K8KA 3HL8A 3R8EA 4MLHA 1XUPO 1A5VA 4BRPA 1WBBA 1C6VA 3D2FB 5JVHL 1NWKA 3MWPA 5KTQA 4B8AB 1A5WA 1TGOA 2B6AA 1SAZA 2W40A 3V6DA 4AH9A 3ZEUA 3SI6A 2F9TA 2WONA 4Y1DA 3V9XA 4JAXA 3DRRA 4RG8A 4X65K 3L4QA 2G8IA 2YI1A 3I8BA 2FF3B 4DG1A 3OYEA 4KRFA 3OJSA 2OTLN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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