1OKJA

Crystal structure of the essential e. coli yeaz protein by mad method using the gadolinium complex "dotma"
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
GLRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN TSAB
publication title A Complement to the Modern Crystallographer'S Toolbox: Caged Gadolinium Complexes with Versatile Binding Modes.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase
total genus 61
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.4.-.-:
pdb deposition date 2003-07-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1okjA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1okjA02
5FPMA 3CHWA 4CD1A 2J4RA 1DEJA 3ZETA 3H3OB 2HOEA 1TUYA 1K8KA 3L6QA 2FSJA 1ATRA 2HF3A 3CETA 3WXKA 1BO5O 2IVPA 2E8AA 3GG4A 2ASOA 1S3XA 3F9MA 2V52B 2YJEA 3CIPA 3FZMA 4BR4A 3W0LA 4CBUA 4CI6A 5B8HA 3SK3A 4CZLA 1SQKA 3DWLA 4QS9A 4IWVA 5I9EB 2P9NA 2QWOA 1HKCA 1HX1A 2YHWA 3QBWA 1X3MA 4IXCA 4E1JA 2D4WA 4RWTA 1BWFO 4I6MA 2CH5A 4FWQA 5AZIB 4M63C 3CQXA 3ZEUA 2EWSA 3U8XA 3FZLA 3AAQA 5BPMA 4H5NA 4B1WB 1QZ6A 4A61A 2IVNA 5AQIA 3KHYA 5BR9A 3L4IA 5FPDA 5BRHA 4BR9A 3JS6A 3WUHA 3A5MC 3MDQA 3CJ1A 3MN7A 4B9QA 1YUWA 4JHDA 4CZFA 4EFHA 4FWNA 4RTFD 1T6CA 4BG9A 4XEIA 3CI5A 4K43A 2P9SA 3BF1A 2P9IA 2Q31A 4FOIA 5AQQA 4B1XB 3RSEB 3SMSA 3QMLA 3MN5A 1KAXA 3G25A 2QWQA 2E2OA 3B8AX 4O5FA 1NLVA 4FWSA 2NRHA 3SJHA 3DXKA 4WQ5C 1GLJO 3BEXA 1LCUA 1SAZA 1C0GA 3LDNA 4WQ4A 1TYQB 3MN6A 2P9KA 3ID8A 3CJ7A 3O1WA 3GOIA 5ELZA 2FF6A 5AQKA 4PL8A 2HMPA 3ZX2A 1HLUA 4FWKA 2D0PA 2IVOA 4H5TA 3WXLA 4BRDA 4FWPA 2ASMA 2F9WA 5AQOA 3VEYA 3VETA 4BQLA 4BRAA 3IUCA 3DJCA 4YDUC 4FWOA 5AQVA 2A41A 4FWLA 1KAYA 2Q97A 3O1BA 2VCPA 4BRMA 4IO8A 2HF4A 3H46O 4WYBA 5EVZA 3M1FA 4M7YA 3QB0A 4JAXA 1J6ZA 5KPZA 2CGJA 4MLEA 3VEOA 2GWJA 5BN8A 4NB4A 2ITMA 4NO7A 4AM7A 1QQOA 3W3DA 2UYTA 4XH1A 1HKGA 4B1VA 4BREA 2YCHA 5AZIA 4FL9A 4H0OA 1C0FA 2GUPA 2AP1A 4BC5A 3IFRA 2CGKA 2A40A 3CJ9A 4Y0WA 1GLFO 3HBTA 5AQNA 4EHUA 1CZAN 4ISGA 3VEVA 3IMXA 4BR5A 4EAHD 5LY3A 1Z05A 1Y64A 5AQFA 4GY2B 3R9PA 3AY9A 5AZJB 5ADXH 4K25A 4DB3A 3RSEA 2FSNA 5AQZA 3WQTA 4MO4A 2Q2RA 5ADXA 3D2FB 2CGLA 3H1QA 5AQHA 3MCPA 4BRIA 4CZJA 1ZXOA 1HPMA 1T6DA 1XC3A 2Q1NA 4RCHA 3WEEB 1TYQA 3M3ZA 4A62A 1NGJA 4IJNA 2QM1A 5AQSA 2PAVA 4Z94A 3TU5A 2A42A 1KAZA 1YAGA 4BR2A 1ATSA 1QQNA 4A2BA 5JLFA 3BP8A 3EKSA 3FGUA 3KVGA 3ZX0A 2BUPA 3QFUA 2KHOA 3LM2A 4BG8A 1DKGD 4IJAA 2V7YA 5AQWA 5KQ8A 5AQUA 1HJOA 3ZX3A 2QWNA 3MK6A 4JD2B 5JMVA 2P9PB 1KXPA 3UE5A 1NGFA 3KZBA 4O8KA 3VERA 4QS7A 5BPLA 2P9UB 2W41A 3VGMA 3LDQA 3O4WA 4XH4A 3O80A 1E4GT 5AQTA 4K41A 1NGDA 1NGGA 3CJCA 3FLCO 4KBOA 2ZWHA 5BRDA 2I7PA 1GLAG 3FZKA 3FE1A 1GLBG 1RGIA 3HZ6A 2E88A 4FSVA 4EIAA 1EQYA 2FF3B 5LJVA 1RDWX 1WUAA 4BRFA 3LM9A 1NM1A 4JN4A 1BOTO 1NBWA 3IDHA 2QWRA 1R59O 3CERA 3O6WA 3GDQA 3FR0A 1NGBA 1IJJA 4LC9B 1P8ZA 2YHXA 3A5OC 2VWBA 3EL2A 3DAWA 3A5NC 2GTDA 1GLCG 1E4FT 1JCFA 2FXUA 1U2VB 4BC2A 2VYPA 3ENHA 3ULEB 3HM8A 5LJWA 5AZJA 1NMDA 1X9JA 4CZHA 2E2QA 1MWMA 3LDLA 3OHRA 2AA4A 4ISEA 3I33A 3VEWA 2NZTA 3D2FA 2QWMA 4L3QA 5KQDA 2ZF5O 4QS8A 3CJBA 4K42A 5AFUH 4BRQA 4BVPA 4F9OA 2E1ZA 3M6GA 5TKYA 3D7EO 3WEEA 2Q0UA 4IZ9A 4MO5A 2QWLA 4BRKA 2GELA 2ZGYA 2A5XA 4BRGA 3WT0A 1MDUB 5FPNA 3MN9A 2I7NA 4MLHA 4BC3A 2H3GX 2YHYA 3WXIA 4BROA 4GNIA 4H03B 1JCEA 2A6AA 5E84A 3R8EA 4H0XB 3I8BA 4JD2A 1BUPA 3EN9A 4BVOA 2P9PA 3LDPA 3EO3A 4H5WA 1MWKA 5FPEA 1ATNA 2P9UA 3HSCA 4CZMA 2YJFA 2E20A 3CQYA 3UKRB 2DPNA 4C23A 1BG3A 2FLOA 3EKUA 4BR7A 4BGAA 1V4TA 1XUPO 1NGCA 2V7ZA 3GE1A 1NGEA 5JICA 3EZWA 4FWMA 3A8YA 3U4LA 4DQ8A 2YI1A 4CZEA 2Q36A 1IG8A 1GLLO 5AQXA 3VOVA 1QHAA 5F2RA 1QQMA 4HTLA 4BGBA 3GBTA 2W40A 3H6EA 2E2NA 4PKIA 5EX5A 1DGKN 4JNEA 1T44A 3LL3A 3WXJA 1NGHA 1XQSC 3WQUA 3C7NB 3VESA 4AM6A 4FPBA 3D2EB 2IIRA 1TUUA 2BTFA 4ISFA 4BRCA 2OANA 5AQPA 2E2PA 5EXWA 1ESVA 3FZHA 1U2VA 1BA1A 5BREA 4PKHA 3ULEA 1NGIA 5AQMA 2P9LB 3UB5A 3O08A 4M7XA 5CE3A 2QWPA 1OKJA 2GWKA 3VEZA 1S22A 4B1YB 2NLXA 2A3ZA 3FFKB 3A0IX 5AQJA 3SLCA 3VPZA 4BC4A 3MMVA 3P4IA 4H5VA 5F0XA 4XH5A 5JLHA 2WUSA 1NWKA 1WOQA 5AQLA 3ATUA 4H0PA 4H0VB 3O8MA 1QZ5A 3UKUB 4J8FA 1BU6O 1H1VA 3VEXA 3DXMB 3GL1A 1Q18A 4BRHA 4CZGA 1ZC6A 1MA9B 3AAPA 3ZETB 3BUZB 3JXUA 3VGLA 2D0OA 2ASPA 1K8KB 2ZGZA 3FZFA 4BQZA 4CBWA 4BR0A 4H0YB 5EOYA 3LDOA 1X3NA 3HI0A 4WQ5A 3ATVA 3HTVA 1Z6RA 3O5BA 4FOEA 4WQ4C 3BF3A 1SZ2A 3U9DA 4BRNA 3H3NO 3UKRA 1V4SA 4PKGA 4CJ7A 1BA0A 3VENA 3VF6A 2GEMA 5KPRA 4DCHA 3J8AA 3R6MA 4A2AA 5BPNA 2CH6A 5AQGA 2D1KA 2P9NB 4FO0A 2Q0RA 1HUXA 4B1UB 3A5LC 4YDUA 4FPAA 2QXLA 5KPTA 4DHYA 4BRLA 4CBXA 3CJAA 3H1VX 4I6MB 1NGAA 4B1ZA 2E1YA 5EY4A 5AFUA 3ZEUB 2FSKA 4CZKA 1GLEG 2QW9A 3C7NA 3L0QA 5E26A 3D2EA 1ZBSA 4CD3A 1GLDG 2PBDA 5AQYA 1YXQA 4CZIA 4FWRA 1U6ZA 1JCGA 1YVNA 3AARA 4JHDB 3SMPA 3VF2A 2P9LA 4BRPA 1HKBA 5BRFA 5F1XA 2P9SB 2P9IB 3S41A 4H5RA 5BN9A 3C0BA 3QICA 1RFQA 3ENOA 1G99A 5AQRA 4EHTA 2V51B 3H45C 3QDKA 3DXKB 4HWIA 5AR0A 1LOTB 3VF4A 3QFPA 4PL7A 2P9KB 3TPQA 3VGKA 4H0TB 1D4XA 1BDGA 3UKUA 3U9ZA 3QBXA 3DXMA 2F9TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JKEA 5FPMA 2OZMA 3CF5L 2GV9A 3SUPA 4CHPA 4CD1A 1NNEA 4J2BA 3H3OB 4DR3K 1ZBIA 1TUYA 2FSJA 2O4IA 3ZT0A 4E7LA 2UUAK 4PQUA 2YNHA 2HF3A 2XY6A 3ZSQA 4OO1J 4ID1A 3OYDA 2ASOA 4KHWA 3FZMA 5KGWA 1XC9A 2DTUA 4W5OA 2KFZA 2JWKA 4QS9A 5I9EB 4KKOA 3O3GA 4CEOA 4BY9C 1TL1A 1LWCA 1HX1A 4CHOA 4ELVA 4IXCA 1D5AA 3I0SA 1VQ5N 1UAXA 3CFPA 1JLQA 3ENBA 1KFDA 3SQ2A 4JK9A 5BPMA 3SZ2A 3F2KA 3SAHA 4H5NA 4OKKA 3ZT1A 1JLCA 3OTOK 2KKZA 4Q0BA 5BR9A 4DV4K 3L4IA 3LANA 2IDOA 3CC2N 3A5MC 3MDQA 4B3SK 4J2AA 3VTHA 4CFDA 3MN7A 1YUWA 4JEPA 4LF6K 2O8DB 4FWNA 1T6CA 4BACA 3K9JA 3CI5A 5KTQA 4K43A 2P9IA 4HTUA 3RSEB 3ITHA 5H1SQ 3AVLA 3C6UA 1NLVA 3TAFA 3AVJA 1TK8A 3BEXA 3ZLJA 4WQ4A 1EKEA 3AVAA 4CHYA 3CJ7A 1YJWN 2FF6A 5AQKA 4PL8A 2D0PA 2IVOA 2O8CB 4BDYA 5CYQA 1IH7A 5AQOA 3V1OA 3VETA 4IDKA 4GV9A 1A5VA 5SWMA 2OTJN 5AQVA 1LW0A 3BGRA 2A41A 4CEZA 2IS3A 4B9LA 3O1BA 3LZIA 3ZSVA 1JL1A 2VCPA 4DSLA 1G15A 2BE2A 4M7YA 1IV0A 4MLEA 5DK5A 2GWJA 5BN8A 4NO7A 3V6DA 1B9DA 3T1AA 3KKSA 2VG5A 3CD6N 2YKMA 1S6PA 2RKIA 2D5RA 3CCQN 4ELTA 3J80O 1NJYA 2YCHA 5AZIA 4N76A 1S1UA 1RTDA 2AP1A 4YOXA 4FM0A 3OA9A 2HBKA 2QK9A 3AVCA 4N47A 1X9MA 3CJ9A 4CHQA 1GLFO 3CCMN 5AQNA 4RW4A 4EHUA 1CZAN 2HB5A 4AHTA 4E7HA 4BR5A 4LY7A 5KGXA 2IOCA 1VQ8N 1VQ9N 3MX5A 4B9TA 3TWHA 3AY9A 5HL7L 4DQQA 1IG9A 2FSNA 1Q9YA 1NMNA 3AV9A 1TKXA 2Q2RA 3AVNA 4NCGA 3D2FB 4HUGA 3QINA 1ZXOA 1HPMA 2QXFA 4RCHA 1B9FA 4H4MA 1TYQA 2QKKA 3LPUA 2PAVA 3OYLA 3CFRA 1KAZA 3KK2A 1O1WA 4YHHK 3THWA 3KK3A 4IOCL 3BP8A 3EKSA 3P5JA 3ZX0A 4JI4K 4FJLA 3ZSZA 4OLAA 3B6OA 5GIOA 3QERA 2X74A 4ZTJA 3RVCA 3L4QA 1CXQA 3V9SA 1NKBA 4O8KA 2XY5A 3VERA 1FKPA 4QS7A 5BPLA 1VSEA 2P9UB 4XH4A 1RDBA 1Y97A 3SYZA 1RTJA 3EY1A 1NJZA 4B9MA 1HYVA 4DLEA 3CJCA 4KBOA 4X62K 3TR8A 1IKYA 4I2QA 3KLEA 3G4SN 1ASUA 4X66K 1GLAG 1S6QA 4OJRA 1XHXA 2E88A 4FJMA 3AVMA 3VMFB 3MAQA 4DV7K 4KTWA 4GMJB 4WFAL 3RR7A 3QIPA 1BOTO 1NBWA 2QWRA 3CERA 4FLTA 4IDHA 2VGNA 3ZSWA 2HW3A 3C6TA 1IJJA 4LC9B 3VQBA 3VQ9A 3PO5A 2VWBA 3TAGA 1Z25A 3A5NC 3SQ0A 2BGGA 4ZTFA 1JCFA 2FXUA 1U2VB 4CJUA 4UQGA 3THXA 4O55A 3SUQA 3HM8A 5AZJA 2EHGA 2E2QA 4YY3K 1MWMA 1HRHA 3LDLA 4DFKA 3LDSA 1KVAA 2NZTA 5K14A 3P83D 3OYKA 5KQDA 3LWMA 3ZT3A 3CJBA 5AFUH 4F9OA 1U45A 4CEAA 3KD5E 3M6GA 3TSUA 2GELA 1ASVA 3PIOL 3NF9A 5FPNA 3I55N 2YHYA 4GNIA 5GAEP 1S5JA 1KQSM 3L3UA 3ZSOA 4E89A 3T3FA 1P90A 1HYZA 3R8EA 3EN9A 1FW6A 3SPZA 4CJRA 3EO3A 3C65A 1MWKA 5FPEA 1ATNA 1U48A 4Z4CA 4KB0A 1HNXK 2PZSA 1W7AA 1NGCA 2Z1JA 1HJRA 5C25A 1VHXA 4CZEA 1RBSA 1N32K 1QHAA 3HP9A 4BGBA 2W40A 3H6EA 1Q82O 4JNEA 1T44A 3LL3A 4AH9A 1NK7A 1XQSC 3HPHA 5C42A 3WQUA 4FJNA 4AM6A 1FK9A 4JKDA 4FPBA 2QEXN 1XI1A 1D8YA 3OS1A 3SUOA 3BDPA 2BTFA 3BZKA 2UUCK 3AA3A 2YNIA 4C8MA 2OANA 2OPQA 3DI6A 1C1AA 4E0DA 3ULEA 2P9LB 4FJGA 5CE3A 4M7XA 2QWPA 1OKJA 3OY9A 3VEZA 4K0KK 2NLXA 4GKKK 2DY4A 2HHQA 3SLCA 2X6SA 4C8NA 1M1KO 4BE0A 1BL3A 1KLMA 4H5VA 4Z4EA 1FJGK 1GOAA 4IOXA 3UKUB 4J8FA 3QIOA 4IFEA 4DWIA 3NF6A 3DXMB 3M5RA 3AGKA 3GL1A 5HLFA 4CGGA 2KFNA 1C0UA 3VGLA 2ZGZA 4BQZA 1W97L 3V1QA 3MX2A 2F7TA 3TAEA 4W5NA 5SZTA 3HI0A 1ZBHA 3ATVA 2HVIA 3O5BA 1RT7A 4E19A 1SZ2A 4CERA 4BRNA 3UKRA 3HSTB 1V4SA 1DT9A 4KHQA 4NYNA 4I9LA 3NH2A 1OH5A 5KPRA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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