1OKJA

Crystal structure of the essential e. coli yeaz protein by mad method using the gadolinium complex "dotma"
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
GLRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN TSAB
publication title A Complement to the Modern Crystallographer'S Toolbox: Caged Gadolinium Complexes with Versatile Binding Modes.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase
total genus 61
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.4.-.-:
pdb deposition date 2003-07-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1okjA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1okjA02
1XC3A 4CZHA 2PBDA 1TYQB 4BR9A 1GLCG 2E2QA 2P9NA 5LY3A 3VGKA 2A41A 4Y0WA 3O8MA 1GLDG 1RGIA 5BRFA 4BQLA 3BF1A 5F2RA 3TU5A 2GWKA 1GLBG 3H3NO 3CQYA 4BR7A 2A42A 5AQWA 4J8FA 1NGCA 5AQMA 3A5MC 3CJBA 4BC3A 2GELA 1GLLO 4Z94A 1QQNA 1NGJA 3ID8A 3EZWA 1YXQA 5AQOA 3L0QA 4H0VB 4A61A 5AFUA 2GWJA 2P9LA 5FPNA 1NGIA 4BRPA 4K43A 2W40A 3M1FA 2CGLA 3LM2A 1NGGA 2CH5A 4H5VA 1HJOA 2Q2RA 1EQYA 3MK6A 4B9QA 4CZJA 1SZ2A 1NWKA 1WUAA 3VEYA 5KPRA 3EO3A 4WQ4A 5AZIA 1K8KA 2E88A 2ZF5O 2D0PA 2CH6A 1KXPA 3VEVA 4CZKA 4BRHA 2IVOA 4JHDA 4O8KA 4CZGA 1V4SA 4RWTA 4PKIA 2VYPA 3HBTA 4QS8A 5BN9A 3WUHA 3FFKB 1NGEA 2E20A 4M63C 4RCHA 3KZBA 4FWPA 3LDLA 2QM1A 3MDQA 2P9SA 4F9OA 3WXJA 3LDQA 2Q31A 4M7YA 4CZIA 3RSEB 4NO7A 4HTLA 1BG3A 4FWMA 4CJ7A 3HSCA 5BRHA 3CIPA 2P9NB 3VESA 2F9TA 3ENHA 4IXCA 5AQSA 2FLOA 3GE1A 3R6MA 3U9ZA 3W0LA 2NRHA 3QB0A 3VEOA 5ADXA 2Q97A 5BRDA 3WEEA 3D7EO 1MA9B 4BQZA 1RFQA 1ZC6A 2QWLA 2UYTA 3ZEUB 5AQKA 1TUUA 4H0PA 2J4RA 3HTVA 5KPTA 2WUSA 2W41A 1H1VA 4K42A 2I7PA 4CZEA 2EWSA 1DEJA 3ATUA 2P9KA 1HUXA 2ASPA 3C7NB 3QBWA 2ZGYA 3MMVA 4C23A 3WXLA 4CBXA 2FSJA 3U8XA 3QBXA 1MWMA 1KAXA 2E2OA 3ZX0A 1S22A 3UKRA 1BU6O 1DKGD 1NGHA 2GUPA 3QFUA 3U4LA 4BREA 1GLEG 2HF3A 2P9PB 4CZMA 3ZX2A 4PKGA 3M6GA 1X3NA 5JICA 4JHDB 4WYBA 1S3XA 5AQHA 4XH4A 2QWRA 3VGLA 4BC2A 4FOEA 3EKSA 5EOYA 1NGDA 2FSNA 3VF6A 3LDNA 1WOQA 5AQGA 4WQ5C 3WQTA 5LJVA 5JLHA 4JD2A 4BVOA 4FOIA 5ELZA 5AQIA 3D2FB 3UKUA 3CJ7A 3ZETA 4JAXA 3DXKA 1QHAA 2VCPA 1U6ZA 1C0FA 2KHOA 3GL1A 5AQTA 4QS9A 1BA1A 5BPMA 1NGAA 3BP8A 3O08A 3VGMA 3WT0A 2Q1NA 3MCPA 5AQXA 2Q36A 4M7XA 3CJCA 4ISFA 3WXKA 1GLAG 3CHWA 4FL9A 4FPBA 3SJHA 1Q18A 3CERA 4B1XB 4GNIA 4DQ8A 4BRGA 4H5NA 2E1ZA 2E2NA 2D4WA 3VF4A 4FWNA 3UE5A 2IIRA 1HKBA 3GBTA 3DXMA 4IWVA 5AFUH 3UB5A 1YUWA 5JLFA 1NBWA 1NMDA 1HX1A 3UKRB 3KVGA 4GY2B 4PKHA 2YI1A 5EY4A 1U2VA 2D1KA 4JN4A 5E26A 3VENA 3ULEB 1LCUA 3IUCA 3MN6A 1G99A 3VEWA 3O80A 1ZXOA 4XEIA 3SK3A 4O5FA 4I6MB 4FPAA 3VEZA 5BREA 2Q0UA 3HM8A 1RDWX 2YJEA 2ITMA 5AZJA 3L6QA 1BOTO 4BGBA 4BROA 5FPEA 1BA0A 3D2EA 2CGJA 5BN8A 1QQOA 4IZ9A 2FF6A 2QWMA 4BR0A 1NGBA 1V4TA 1QQMA 2QWQA 1P8ZA 2AP1A 3A5LC 4EAHD 2QWNA 4BRQA 2P9IA 3CJ9A 2QW9A 2GEMA 4PL7A 3LDOA 3HZ6A 2FF3B 3FZHA 1KAYA 1HLUA 2YHYA 5LJWA 5AQUA 4YDUC 2YHWA 4H5WA 3LL3A 3C0BA 2P9UA 3EN9A 4H0YB 1ATRA 3AARA 4BRDA 3FZMA 2VWBA 2D0OA 3FR0A 1IJJA 3BF3A 4DB3A 4FWRA 1HKCA 4IJNA 4QS7A 1GLJO 1OKJA 5F0XA 4IJAA 5F1XA 3AAQA 5EXWA 2P9LB 5TKYA 1TYQA 2I7NA 2QWPA 3B8AX 3FLCO 2ASMA 1DGKN 3A0IX 4BRKA 3P4IA 1NM1A 5I9EB 1GLFO 4BG9A 3H45C 4KBOA 4BRCA 5AZIB 4JNEA 1K8KB 4HWIA 3EKUA 4LC9B 4L3QA 4BR5A 3DAWA 4BRNA 3O1BA 3SMSA 4NB4A 4BRFA 1JCGA 1E4GT 1NLVA 4EHTA 3A5OC 3AY9A 4EHUA 4K41A 5AQPA 2P9SB 2AA4A 3H3OB 3VETA 4DHYA 5FPMA 3ATVA 5AQNA 2Q0RA 1BDGA 4B1YB 2OANA 1MDUB 1YAGA 3CI5A 1ATSA 3AAPA 3M3ZA 4CZFA 2V7YA 4MLHA 2NZTA 3F9MA 3WEEB 3MN9A 3R8EA 4BGAA 2P9UB 2YCHA 3DJCA 5B8HA 3GOIA 2HOEA 3A8YA 4IO8A 4A2AA 1QZ5A 3O4WA 3CQXA 2FSKA 5E84A 5AQFA 2HMPA 1IG8A 1T6CA 2HF4A 3QICA 4BRIA 1T44A 1E4FT 2A5XA 3MN7A 3ENOA 1HPMA 3IDHA 3FZLA 4K25A 2P9KB 3RSEA 3G25A 2ZWHA 3H46O 2IVPA 4AM7A 1QZ6A 2CGKA 4H03B 4FWLA 2QXLA 2A3ZA 4B1WB 3LDPA 3A5NC 1X3MA 2V51B 1SAZA 2E8AA 4FWOA 1CZAN 2F9WA 4RTFD 3ZEUA 1T6DA 4WQ5A 3CJAA 1R59O 3U9DA 1TUYA 3VOVA 2E2PA 3W3DA 3I8BA 4BVPA 5AR0A 5AQRA 4BC5A 2IVNA 2A40A 5AQQA 3C7NA 1C0GA 3SLCA 4H0TB 2ASOA 4JD2B 5AQYA 3ZETB 3UKUB 2BUPA 3LM9A 5EVZA 4XH5A 3DXKB 2NLXA 4XH1A 3I33A 4EFHA 3VF2A 2BTFA 2V7ZA 5CE3A 3O5BA 3FZKA 2P9PA 3QDKA 2PAVA 3VPZA 1Z05A 2E1YA 4ISEA 3HI0A 4CD1A 3VERA 4FWKA 5KQ8A 1Z6RA 3IFRA 3CETA 5ADXH 1NGFA 1D4XA 4B1ZA 4E1JA 2H3GX 3L4IA 3WXIA 3ZX3A 3QFPA 1Y64A 5BPNA 4MO5A 3QMLA 4BC4A 4CBWA 3J8AA 4FWSA 1ATNA 5KPZA 1YVNA 3D2FA 4A2BA 2ZGZA 1HKGA 3GDQA 3BUZB 4B1VA 3FGUA 4CI6A 3DXMB 2FXUA 3H1QA 2GTDA 3S41A 3KHYA 4BG8A 5JMVA 1J6ZA 1JCFA 5KQDA 1U2VB 3CJ1A 1SQKA 4BR2A 5BPLA 2YHXA 4CBUA 3JS6A 1ESVA 3FE1A 1KAZA 5AQLA 4MO4A 5AZJB 3MN5A 1MWKA 4H5RA 4BR4A 4FO0A 5BR9A 3H1VX 4CZLA 5EX5A 1BWFO 3D2EB 3IMXA 4BRMA 4FSVA 4DCHA 3O6WA 5AQVA 3ULEA 4YDUA 4H5TA 4ISGA 4B1UB 1LOTB 4BRLA 4EIAA 2P9IB 4CD3A 4I6MA 5AQZA 1X9JA 1JCEA 3H6EA 4BRAA 2V52B 4H0OA 2QWOA 3GG4A 4A62A 3EL2A 3R9PA 2A6AA 3TPQA 4WQ4C 5AQJA 3JXUA 1XQSC 2DPNA 4H0XB 3DWLA 4FWQA 4PL8A 4AM6A 3VEXA 3OHRA 3BEXA 2YJFA 1BO5O 3SMPA 1BUPA 3WQUA 1XUPO 1ZBSA 3FZFA 4MLEA 3O1WA 5FPDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NLBA 4FJHA 3SUOA 3CG7A 4FK2A 4FW1A 4BQLA 3HSTB 3S3NA 3CXCM 1N5YA 1XC9A 4B3RK 3THXA 1GLBG 1BI4A 1GOBA 2A42A 1HNXK 3G10A 3V1OA 1XMQK 1N34K 4Z94A 1QQNA 1NGJA 3ID8A 4BWJA 1ASWA 4A61A 5AFUA 1EETA 2O8BB 2P9LA 5FPNA 1UA1A 3HT3A 3M1FA 1TK0A 1TK8A 2CH5A 4H5VA 2O4IA 2Q2RA 3EY1A 3U3GA 1EQYA 1NJXA 2E4LA 4DUZK 4HUEA 3TAGA 2W6KA 5JS1A 3EO3A 1IKYA 4C8NA 4FJKA 3MX5A 3VTHA 4J2AA 4J2DA 4CJ4A 5HRRA 2A1RA 3AO4A 3VQ9A 4LH5A 1U48A 2PYLA 1V4SA 3L3VA 4KH5A 2Y1IA 4DF8A 1HNZK 3L4QA 1RT2A 3FFKB 5EU7A 4LD0A 3LDLA 2QM1A 2P9SA 2IGIA 3HP6A 1QVGM 5CZ1A 4F9OA 2KZZA 3WXJA 3AO3A 3BDPA 2NRVA 4HTLA 3HSCA 3CIPA 3VESA 4E7HA 3NCIA 4WE1A 4LF7K 4CJWA 3R6MA 3QB0A 4CFAA 1MA9B 2DFEA 3QERA 1X9MA 1BI4B 3ZEUB 2GV9A 4JI3K 4M3YA 1OH7A 3OVNA 3T3FA 3HTVA 5J2NA 4DR4K 5KPTA 3MX2A 3M8RA 4A5AA 2EWSA 3OYHA 1HUXA 4MDAA 3C7NB 2ZGYA 3CFOA 3MEDA 3MMVA 4JI2K 4CBXA 3PO5A 4KFBA 3ZX0A 1Z25A 4I7FA 4CHQA 1JLCA 1BU6O 5DMRA 1VQMN 4Z4IA 4AHUA 1GLEG 1HQEA 2X78A 3AA3A 5M1NA 4W5TA 4PKGA 2IAJA 4WYBA 1S3XA 4XH4A 3K5MA 1S6PA 5FDLA 4E7KA 4JI6K 3PX6A 3LDNA 2HBLA 4RW7A 4A57A 4FOIA 1N36K 3CJ7A 3M8QA 1J9AA 4B3TK 4JAXA 3DXKA 2VCPA 1U6ZA 5LMUK 1Q81O 1JLFA 4CFBA 3AVJA 4A59A 1R0AA 4M7XA 3LAKA 4X66K 1IKXA 3CJCA 3V6DA 2VG7A 4KHQA 4I2PA 4B3OA 3VQ6A 1LAWA 3SAFA 4H5NA 3MEGA 3V4IA 2EX3A 2ATQA 2HHUA 1WSHA 3DRSA 2WONA 4CEAA 3VN5A 4IG3A 1WB9A 3UB5A 4IWVA 3QO9A 3IAYA 4GKJK 3KVGA 4GY2B 3KLFA 3K5OA 1YJWN 3VENA 4E7LA 3CFPA 3D6RA 4FPAA 1UA0A 4OPKA 4CGIA 4V19S 2O8FB 4B9NA 3HM8A 1W97L 3K58A 3AGRA 4IOAL 1VAZA 4E7JA 4KI4A 5FPEA 1BA0A 2CGJA 2P51A 4M3UA 3AO5A 1EX4A 2VG5A 3L3UA 4BR0A 3SNNA 3CFRA 1YI2N 1NJYA 4Z4FA 1NGBA 5FRMA 3CC4N 1N6QA 1QQMA 4I2QA 4JK9A 2AP1A 4IEIA 1CLQA 3HPOA 3ASMA 4FZZA 1KTQA 2GUIA 3K57A 3LDOA 4LF8K 4YOUA 1WLJA 3SZ2A 1NK9A 1HLUA 4YDUC 1XI1A 3EN9A 3TTDA 1ATRA 3SPZA 3FZMA 3FR0A 3ZSXA 2HW3A 1HKCA 2PY5A 3AAQA 1NK8A 2G8WA 4KRFA 3V1RA 3SQ4A 3FLCO 1DGKN 3RRHA 1NKBA 1Q82O 4BRKA 3MWPA 2OPQA 1GLFO 5C25A 3H45C 2DY4A 4X65K 4BDZA 3KLEA 3SAHA 3EKUA 3C6TA 4F4KA 3NHGA 2RN2A 3C65A 3QETA 3DAWA 2BGGA 4DV0K 4BACA 3DRRA 3OS2A 4BE0A 1WSEA 1ASVA 1E4GT 1NLVA 4CGJA 1VSEA 4EHUA 4K41A 4AHVA 3O3HA 3HL8A 2KFZA 2AA4A 1TL3A 3H3OB 3VQCA 4DHYA 5FPMA 4FVUA 3LP2A 4HHTA 4B1YB 3NH2A 4OPHA 3P83D 4ZTJA 1ATSA 4DLGA 5SWMA 2XY7A 4J2EA 3ZSQA 4DFMA 1XHZA 3WEEB 4BGAA 3DLRA 2IDOA 3DJCA 5B8HA 1NG9A 2A1SA 2IC3A 4KHYA 1HNVA 1QZ5A 5E84A 2F4VK 2OTLN 2HF4A 1T44A 1C0TA 4O4GA 1HPMA 2P9KB 3RSEA 1QSLA 2YHAA 4DSKA 3PSFA 4FJ9A 3AGKA 3I0SA 4H03B 1CZ9A 2A3ZA 4B1WB 3LDPA 4YHHK 2V51B 1UOCA 1SAZA 4FVMA 5MLCQ 4WQ5A 3THVA 2B4JA 3AVLA 1J54A 4BVPA 3KIOA 4MQ3A 1QSYA 4WCEL 2F8TA 4JI1K 1C0UA 4Z4GA 3QIOA 5AQYA 4CIGA 2YNIA 2BUPA 5EVZA 4EFHA 1JLGA 1U04A 3I33A 2BTFA 2V7ZA 1W2BM 3FZKA 4E1MA 3S9HA 2PAVA 1Z05A 2E1YA 3HI0A 3AVAA 2D0BA 3E9LA 3G0ZA 1QTMA 3CETA 1NGFA 1D4XA 2JWKA 3M5RA 2B6AA 4BWMA 2DTUA 2WC9A 3NGIA 4ELTA 4CBWA 3J8AA 5KPZA 2YX6A 4A2BA 4H8KA 1KSPA 3LPTA 4RW4A 4CI6A 3FGUA 2ZJPL 3DXMB 3AVGA 1XNRK 2FXUA 3H1QA 1U4BA 3S41A 5GAHP 3MAQA 1U49A 3M8PA 4CF9A 1JCFA 2OCEA 3CJ1A 1QVFM 3DM2A 1X1PA 2QA4N 4TSXA 4DG1A 4J2BA 2QKKA 2YHXA 4CBUA 1EXQA 4DUYK 3JS6A 3FE1A 4WFNL 1NOZA 4MO4A 4MDBA 4WFAL 4H5RA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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