1OKJA

Crystal structure of the essential e. coli yeaz protein by mad method using the gadolinium complex "dotma"
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
GLRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
publication title A Complement to the Modern Crystallographer'S Toolbox: Caged Gadolinium Complexes with Versatile Binding Modes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN TSAB
total genus 61
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.4.-.-:
pdb deposition date 2003-07-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1okjA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1okjA02
3WEEA 3H3OB 1GLBG 3TU5A 3ZETA 2NRHA 4FSVA 4JHDA 3ULEB 3EZWA 2CGJA 2QWRA 4IZ9A 3VEWA 2A41A 5JLHA 1TYQB 2E1YA 3CETA 3IMXA 3EL2A 4CBXA 2P9KA 2A42A 3HBTA 3TPQA 3A5LC 1C0FA 4LC9B 2IVPA 4GY2B 1S3XA 2BUPA 1NGDA 4MLEA 2GELA 3BUZB 3SMSA 3O80A 1DKGD 1U2VB 4FWMA 4PKHA 1YVNA 5AQSA 3VESA 4BC2A 5AR0A 3ID8A 4MO4A 4F9OA 5KPZA 4DCHA 3H1QA 3EO3A 5AQFA 1ZC6A 3GBTA 1LOTB 2H3GX 1K8KA 2E20A 4WYBA 3ZX0A 2FLOA 3KHYA 1BO5O 4M63C 3D2FA 4CZHA 4BROA 3DAWA 1IG8A 4QS8A 4BG8A 4CD3A 5F1XA 1JCGA 1SQKA 4H5NA 3VETA 2ASPA 2PAVA 3DJCA 3O4WA 4A61A 3DWLA 3A5NC 1GLEG 4BRLA 1NMDA 4DHYA 3H6EA 2YHYA 4O5FA 3FZMA 4EAHD 3DXMB 1XQSC 3VERA 1QQOA 4H0TB 4BRQA 3FZKA 3MN9A 3UKUB 2OANA 5BPMA 5AQVA 4BR2A 4ISEA 1SZ2A 3CIPA 3F9MA 3CI5A 4FPBA 3GG4A 4BR5A 1QZ5A 5F2RA 1RGIA 4BRNA 2YHWA 1R59O 2CGLA 4BRCA 4HTLA 4C23A 5AZJA 4CBWA 4PL8A 1QQMA 3FFKB 4QS7A 5AQJA 3DXKA 2P9LB 1X3NA 3VENA 4BQZA 5FPEA 4BR4A 4JN4A 3M3ZA 5EOYA 1E4FT 4JD2A 3WEEB 1Q18A 4AM7A 2V52B 3JXUA 3WQUA 3ZETB 1QQNA 3BF3A 4JHDB 1RFQA 3CJ1A 3O1WA 4FWOA 4K42A 1WUAA 3LDQA 3RSEB 2E1ZA 2GWKA 4FWPA 1X3MA 3IDHA 4JAXA 5F0XA 3H45C 5AQYA 2P9PA 2P9KB 5AQIA 1U6ZA 1HX1A 4JNEA 3CJAA 1YAGA 4BRFA 2P9NA 1ZXOA 5BRHA 3MK6A 4O8KA 4MO5A 2YHXA 4BRMA 5AQPA 2YJEA 4KBOA 1CZAN 5AQKA 4CZGA 1NGFA 3M6GA 2F9WA 3D2FB 5AQRA 5BRFA 4B1VA 5AQHA 5CE3A 2HOEA 3P4IA 4I6MA 1ESVA 4A2BA 2I7NA 5E84A 3U4LA 2V51B 3IUCA 3A8YA 1D4XA 3O1BA 2Q36A 5FPMA 2FF6A 3MN7A 4EFHA 2QWQA 3CJ9A 4PKIA 2QWNA 4MLHA 3UKRA 1YXQA 3ENOA 3MN5A 3LM9A 4FWNA 1WOQA 3GL1A 4AM6A 1V4SA 4XH1A 1QZ6A 3LDNA 1ATNA 4IWVA 1GLCG 5LJVA 2Q1NA 4GNIA 2W40A 1X9JA 2PBDA 3HZ6A 3H3NO 5AZJB 2P9UA 1NWKA 3DXKB 4WQ5A 1BU6O 1NBWA 4IXCA 5BREA 5BPLA 1IJJA 5BRDA 3VPZA 3CJBA 3G25A 2Q0UA 3H1VX 2AA4A 4FPAA 3BF1A 2E8AA 2AP1A 4BGAA 3HI0A 1Z05A 4RWTA 3FR0A 5KPTA 3S41A 3VEYA 3BP8A 2ZF5O 3R6MA 2CGKA 1LCUA 2V7YA 1SAZA 3QBXA 4L3QA 4BRIA 1BA0A 2P9IA 3VF4A 1MA9B 4EIAA 2YJFA 2P9NB 5ADXH 2WUSA 3I33A 3O08A 3GDQA 4NB4A 4WQ4A 4IJNA 3WT0A 1NGIA 4RCHA 3SMPA 4BQLA 3LDLA 3VOVA 3FLCO 5ELZA 3EKUA 1HKBA 2HMPA 3W0LA 1MWKA 1HLUA 5AQTA 4B1ZA 1QHAA 3D2EA 5KQ8A 4HWIA 2E2NA 3GOIA 2NZTA 4QS9A 1ZBSA 3EN9A 3C7NA 1KAZA 3L0QA 4CI6A 4PKGA 1DEJA 2E2PA 4FWQA 3AAQA 3UKRB 5BPNA 4FWLA 3ZX2A 3CERA 1NGGA 3QB0A 3HTVA 1NGBA 4YDUA 3WQTA 4B1UB 2QM1A 4BRKA 5JICA 5ADXA 5JLFA 2ASOA 5EX5A 5KPRA 5AQZA 3O6WA 1HUXA 3GE1A 2D1KA 4M7XA 5AQMA 4K43A 4BRPA 4CZLA 3U8XA 2EWSA 5LJWA 2ZGZA 4B1WB 1KAYA 2HF4A 3QMLA 2FSNA 3AAPA 5E26A 3WXJA 5LY3A 1KXPA 2KHOA 1V4TA 1K8KB 3CHWA 2CH5A 5AFUH 2I7PA 2VYPA 3CJ7A 3SJHA 1GLJO 4K25A 1MDUB 2ITMA 3VEOA 4H5TA 1Z6RA 3W3DA 2DPNA 5BR9A 4H5VA 3C0BA 3VGKA 4XEIA 3VEVA 1GLDG 4BR9A 3QBWA 5AZIA 2GWJA 2V7ZA 3R8EA 3FE1A 4H0PA 3WUHA 4BGBA 1S22A 2A6AA 3MDQA 4Y0WA 1HPMA 2Q31A 3UKUA 2BTFA 3U9DA 3VGLA 5EY4A 1Y64A 4CJ7A 3D7EO 4B9QA 1BA1A 2A40A 3WXLA 4XH5A 3VGMA 2IVNA 1MWMA 3WXKA 4FO0A 2ZWHA 2A3ZA 3ATUA 3ENHA 3VF6A 2P9SA 4H0YB 2NLXA 1KAXA 4IJAA 1XUPO 5AFUA 2QXLA 1NGCA 3QFUA 4H0VB 4EHTA 4BC5A 1OKJA 3C7NB 1BDGA 4WQ5C 2W41A 2UYTA 2E88A 1HKGA 1GLFO 2QWPA 3MCPA 4A62A 2E2OA 3A5OC 1NGJA 4JD2B 4BVPA 1GLAG 3J8AA 3U9ZA 5FPNA 3M1FA 1GLLO 3RSEA 3LDOA 4CZIA 4DB3A 3VF2A 3ATVA 4CBUA 2FF3B 4CZEA 3CJCA 2P9PB 3L4IA 4H5RA 3L6QA 2QWMA 5I9EB 3QFPA 2CH6A 3UB5A 2ASMA 2E2QA 1ATRA 5AQGA 5AQQA 1H1VA 4CZJA 3KZBA 1P8ZA 5AQWA 2Q0RA 3LL3A 5AQXA 3SK3A 4BG9A 3LM2A 2Q97A 2IIRA 4WQ4C 3AY9A 1BG3A 3MMVA 2ZGYA 1YUWA 3BEXA 5EXWA 1E4GT 3MN6A 1BWFO 5AQLA 4FOEA 2IVOA 2Q2RA 3ZEUA 2VWBA 4I6MB 4NO7A 5AQUA 5AZIB 5TKYA 1G99A 5BN9A 3WXIA 1ATSA 3VEZA 4PL7A 2QWOA 1JCEA 3FZFA 1BOTO 2D0OA 1T6CA 2YCHA 4FL9A 1EQYA 5AQNA 4B1YB 4YDUC 4CZFA 4XH4A 1DGKN 5KQDA 3FZLA 4CZMA 5B8HA 3ULEA 4BR0A 2VCPA 4BC4A 5BN8A 2P9SB 3QICA 3FGUA 3KVGA 3O8MA 3A5MC 4K41A 1BUPA 1TYQA 2QWLA 3R9PA 4FWSA 4FOIA 2P9UB 1JCFA 4CZKA 3OHRA 3AARA 4M7YA 3VEXA 4EHUA 2FSKA 1U2VA 5JMVA 3FZHA 1RDWX 3QDKA 4BRDA 4BC3A 5EVZA 4RTFD 4B1XB 4BRGA 4A2AA 3IFRA 4ISGA 2F9TA 1NGAA 1XC3A 3H46O 3SLCA 2D4WA 1J6ZA 3A0IX 1NM1A 1HJOA 2D0PA 4CD1A 3CQYA 2YI1A 3HSCA 2P9IB 2J4RA 4IO8A 1NGEA 3HM8A 4BRHA 4BRAA 3ZX3A 1HKCA 4BR7A 2HF3A 3DXMA 3CQXA 4DQ8A 3B8AX 1NLVA 3I8BA 3JS6A 4ISFA 3UE5A 1NGHA 4Z94A 2A5XA 4J8FA 1TUUA 2GEMA 4H0OA 2FXUA 3ZEUB 4H0XB 4E1JA 3D2EB 1TUYA 5AQOA 2QW9A 2GTDA 3EKSA 4H5WA 2GUPA 2P9LA 3LDPA 1T44A 3O5BA 5FPDA 4FWRA 4H03B 4BVOA 4BREA 1C0GA 2FSJA 1T6DA 4FWKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C0MA 1YJ9N 3I8DA 4CJ5A 3RR7A 4J2AA 1RBRA 1X9WA 4DS4A 2QWRA 1N8RO 2E4LA 1KCFA 5JLHA 1RNHA 2E1YA 2GX9A 4CJ3A 1A5VA 2VQFK 4FJLA 3KWIA 4CBXA 1IV0A 4DTPA 1HJRA 3K5OA 1LWFA 2BUPA 4B3MK 3CFOA 2A1RA 4FWMA 5AQSA 1YVNA 3VESA 1IKWA 5AR0A 3ID8A 3RTVA 4Q5VA 4DCHA 1JLAA 5AQFA 1ZC6A 3GBTA 1LOTB 3OYFA 3K9KA 4LF7K 3BDPA 2FLOA 1J5EK 3DAWA 3S9HA 4QS8A 2O4GA 1VQPN 4CD3A 4X65K 2HBKA 1W2BM 3O4WA 2PAVA 3DJCA 1GLEG 1NMDA 2HMIA 4LF4K 3FZMA 1S1TA 3T3FA 3VERA 2B6AA 3OYGA 3CC7N 1QQOA 3TSQA 5KGWA 2VWJA 4ISEA 3ZT1A 1EX4A 3F9MA 3WXMB 1NK0A 3O3HA 3V6DA 3O9TA 4BRNA 4CGJA 4E7HA 4KTZA 1Q86O 1S9GA 1S1XA 2YHWA 1R59O 4NCGA 4HTLA 4AF1A 4CK2A 2WFBA 4TSXA 3FFKB 4GMJB 1VQ6N 4RW9A 3ZSYA 1J54A 4CF8A 4OLAA 3C6UA 4BR4A 2O8FA 3THWA 4B8AB 1JKHA 1U04A 3VQDA 3EE9A 3TABA 1BCMA 3ZETB 1B9DA 3BF3A 5M1KA 1WUAA 3L8BA 1XNRK 2GWKA 1YJWN 1ZBIA 5F0XA 5AQYA 3VQ5A 4F2RA 2P9KB 4KHQA 3CFPA 4JLHA 3JSMA 1YAGA 3P38A 3SQ2A 1ZXOA 1DTQA 3SJJA 2HHQA 5BRHA 4KI6A 1RT5A 5FLXO 4BRMA 2YKMA 4F3OA 2YJEA 1HNVA 4KBOA 4CZGA 4ILHA 1NGFA 3OJUA 4JS4A 1EETA 4B1VA 1U48A 3LPUA 4LY7A 4IDHA 1ZBHA 3TI0A 3CPWM 4CJUA 3WNHA 1YITN 2UU9K 4CEQA 3U4LA 3IUCA 3TWHA 4O0JA 4Q0BA 3HSTB 4JRQA 1S6QA 2FF6A 3MN7A 1HYSA 1C6VA 4FJIA 5I3UA 3MN5A 5AJ3K 3N4QA 3S3MA 1GOAA 3OYLA 3OJSA 4DQQA 1KFDA 1CZ9A 4FK0A 1WN7A 4Z4HA 2Q1NA 3H3NO 4C8OA 2P9UA 3DXKB 1ASWA 3NHGA 1Q81O 3EY1A 4FLYA 4YOUA 4FJ8A 4KB0A 4CHYA 2E8AA 4E19A 2AP1A 1RT4A 4RWTA 4GV9A 1SUQA 4WFBL 1NK4A 3VA0A 3OBYA 3R6MA 4CFAA 3SAHA 1CLQA 4CJRA 3S3NA 4O55A 4L3QA 4BRIA 3WNEA 5LL6Z 3VF4A 4CEBA 4DR2K 5CZ2A 3AV9A 1VSKA 2XY7A 4DTRA 1FK9A 3C6AA 4KHSA 1NJWA 4Y1DA 4LSLA 3KLHA 5MLCQ 1IKXA 3SMPA 3SI6A 3LDLA 4JKFA 3F5TA 1HKBA 3AO4A 4KTQA 4CEAA 2BDPA 2G8KA 1YJNN 4M42A 5KQ8A 1C1AA 4HWIA 4OVLA 3NVKA 3AA3A 4A5AA 1ZBSA 2YKNA 3L0QA 4ICLA 2E2PA 3AAQA 1YI2N 1UWBA 4DV6K 1NGGA 4E1NA 4YDUA 4JK8A 3DMJA 2G8VA 5IWAK 4CJEA 2RHKA 2ATQA 4GV3A 3ALYA 3E9LA 4CEEA 3ENBA 4RW4A 3PIPL 3KD5E 4Z4GA 1FXXA 1A5WA 4M7XA 3U8XA 4B9MA 3RRGA 1QVFM 4B1WB 4C8MA 3TAFA 4B9LA 4JI5K 1U4BA 5E26A 4HCBA 1QS4A 3ZSZA 3VMFB 5HOOA 3MX5A 4JKGB 5AFUH 3CJ7A 1W9HA 3AVGA 4K25A 3BZKA 4I9LA 3VEOA 4H5TA 4LH4A 3C0BA 5CR4A 1HYVA 4V19S 4JKCA 5AZIA 4DR6K 4DUZK 3TAGA 4H0PA 1S22A 4W5TA 1UA1A 2KZZA 3MDQA 4OPAA 5C12A 2BTFA 1RTJA 3VGLA 4DV0K 1Y64A 4UY8O 1E3MA 4ID1A 4DU1A 2A40A 4FJXA 3WXLA 1QHTA 3VGMA 1GOCA 1MWMA 1Q9YA 3HJFA 1LW2A 4FVMA 3ATUA 4DV5K 3Q7CA 3VF6A 1VSJA 4H0YB 1KAXA 4IJAA 3AO1A 4AHVA 4H0VB 4MDAA 1OKJA 4H4MA 1BQMA 1BDGA 4WQ5C 5GAEP 4HVJA 1HKGA 3G10A 4A62A 3CC2N 3A5OC 5KI6A 3THWB 4DU4A 3LZJA 3I0RA 4DWIA 4N56A 4ZTFA 3CCEN 2HW3A 2FF3B 3F73A 2ITGA 1HNXK 3CJCA 1BISA 2VGMA 1JLBA 1ATRA 5AQGA 4DTOA 3KZBA 4R79A 1EKEA 5AQXA 4BG9A 3Q7BA 2Q97A 3TTDA 2ZGYA 1XWLA 4AHSA 1YUWA 1UAXA 1Z25A 4JS5A 1E4GT 1WAJA 2NRXA 4RW8A 5AQLA 1XHXA 3SV3A 4JI6K 4U67L 4PL7A 1WBBA 4PWDA 1Z26A 4FJMA 1ZBLA 3ZYYX 3M5RA 4CEZA 4OX9K 2IC3A 1OVYA 3SQ0A 1WLJA 1U45A 2WTUA 4F8RA 2P9SB 3QICA 3KVGA 5C10A 3A5MC 1YVUA 3CCSN 4DV1K 4L8RB 3PX6A 4NCBA 2HVHA 4H8KA 2P9UB 2QKKA 3DRSA 3AARA 4DTMA 3IRXA 4OKJA 2KTQA 2P1JA 1BQNA 1DLOA 4DSEA 3PUFA 3LDSA 4CIFA 3EEQA 5KTQA 3SAGA 4E7IA 3SZ2A 1RBTA 1VQKN 3H46O 1T3VA 1RDDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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