1YTAA

Crystal structure of oligoribonuclease, the lone essential exoribonuclease in escherichia coli
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
180
structure length
180
Chain Sequence
SANENNLIWIDLEMTGLDPERDRIIEIATLVTDANLNILAEGPTIAVHQSDEQLALMDDWNVRTHTASGLVERVKASTMGDREAELATLEFLKQWVPAGKSPICGNSIGQDRRFLFKYMPELEAYFHYRYLDVSTLKELARRWKPEILDGFTKQGTHQAMDDIRESVAELAYYREHFIKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase,translation
molecule keywords Oligoribonuclease
publication title Crystal Structure of Oligoribonuclease, the lone essential exoribonuclease in Escherichia coli
rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 61
structure length 180
sequence length 180
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2005-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ytaA00
2KTQA 4B9UA 3CFPA 1C0TA 1RBUA 1VSMA 4DTUA 3CM6A 2G8VA 4W5QA 3AA3A 2W42A 3QETA 1Y97A 1EKEA 2DY4A 4LH5A 4NCBA 4FZZA 3SYZA 5D3GA 4CF0A 1LWCA 4IBNA 2GBZA 3AVAA 3ZSQA 2KW4A 2RPIA 5SWMA 4BDZA 1BI4B 3QEPA 3HT3A 2B5JA 3HM9A 1BIUA 4CE9A 4EZ6A 4F2RA 4AHSA 1TK0A 3KK2A 4KPYA 3T3FA 1TKDA 4EP5A 4XIUA 3OY9A 3QEVA 3QESA 1TL3A 3PO5A 1Z25A 4FJ9A 1JLFA 3B6OA 1VSHA 3OYJA 4KREA 4C8NA 4FM1A 1L3UA 4I7FA 2IOCA 3MXJA 1U47A 2FBTA 3LP1A 4JRPA 4KTWA 3LAMA 3VQPA 5E41A 4KAZA 1BQNA 3NGYA 3DLHA 1RT6A 1FK9A 2VG6A 1RT2A 3H08A 4LY7A 2YNIA 3RWUA 2ATQA 3D45A 1C1BA 4CF2A 2KFNA 1JLEA 2HHXA 5CZ2A 4RW9A 4L8RB 2X6SA 4B9NA 4LSNA 1NOZA 3OVNA 3HPGA 4RG8A 3U3GA 3VA0A 1DTQA 3DM2A 3HSTB 3VQDA 3MEDA 1JL1A 3NCIA 1SKRA 4FZXC 3VQAA 3OYEA 3LDSA 5JS2A 2E4LA 1WSHA 3PX6A 4Z4HA 3ULDA 2KZZA 4E7LA 3QIPA 3S3NA 2P5GA 4RW6A 3OS2A 1SL0A 1U4BA 3KKRA 1W9HA 4J2EA 1GOAA 4DQIA 4B9LA 1NK5A 4FLVA 1VK0A 2HHWA 1A5WA 3DLRA 1LV5A 2YHBA 4DFMA 1N5YA 1C1CA 1NJZA 1ASUA 4DU3A 4PY5A 3HO1A 1TKZA 3LP0A 3ASMA 4M41A 3SUPA 3SPZA 1JL2A 1RTHA 4CJ5A 5HRRA 4K8ZA 3JSMA 4CEQA 1FXXA 2HVIA 4CJPA 4H8KA 4CEZA 3U6FA 2IC3A 4OPJA 3K2PA 4QAGA 3LP2A 1S6QA 3HPHA 1KVAA 4Z4CA 4C8MA 1JLAA 4B08A 3L2QA 4ZTJA 2HHTA 1ITGA 4ICLA 3EYZA 3P83D 3V4IA 2O4IA 2QXFA 1QSYA 4LH4A 1NK0A 4F4KA 3AA2A 3C95A 4M3WA 4CHNA 2OZMA 3V81A 1ZBFA 4GVMA 1BCMA 1QQCA 3LANA 1NK8A 1L3TA 4O55A 2G8FA 4PQUA 2XRIA 4Q5VA 3OYLA 4KKOA 3WNEA 4I2PA 5CZ1A 4DTSA 3MXIA 3IG1A 3VA3A 3K5NA 4FLZA 1DTTA 1U04A 3QNNA 1TVRA 2JGUA 5CYQA 1SL2A 1NJWA 3CYMA 4W5OA 3SNNA 1ZBHA 3HVRA 2DTUA 1NK9A 1A5XA 4FW1A 1D5AA 4CJVA 5FROA 3HPOA 1XC9A 1QTMA 4DSJA 4OLAA 2Z1HA 3NHGA 4O0JA 1NKCA 3L2VA 4CIFA 1D9FA 1J53A 5FDLA 1T7PA 4KHYA 3IRXA 4FK0A 3TAQA 3MEEA 4C8KA 3O3GA 2QK9A 3QNOA 4CGGA 4OLBA 4ELTA 4F8RA 4W5TA 3TAFA 3ZT0A 4CFBA 4CJSA 3MXMA 3E01A 4B9VA 1J54A 1S1UA 4B9MA 3V9WA 1HYZA 2ZE2A 4CHOA 1WAFA 3KLHA 4FJMA 3DMJA 3LAKA 5J2MA 1QSSA 3NF9A 4AHRA 3MAQA 1KTQA 3ZSRA 1L3SA 3NF6A 3AVCA 3F73A 1SKSA 4ELUA 3ZSXA 4C8LA 2I5JA 4CEFA 5HLFA 1WNSA 3SZ2A 4KI4A 2BANA 4CESA 1CXUA 1RBTA 2OPSA 3AO5A 3RRGA 4FJKA 1JLQA 4FLTA 2A1RA 1LW2A 4OKKA 4E7IA 3TAMA 4E19A 2OYQA 4DQQA 4FJHA 4CIEA 1TV6A 3LWMA 2DFEA 1HNIA 4GW6A 3VQ6A 4CFAA 5KGXA 4E3SA 2FBVA 2OZSA 3ZSZA 4ID1A 3EZ5A 3TWHA 2Z1IA 4UQGA 4DTPA 4DF4A 4M3UA 2DFHA 1KFDA 1RBRA 4O44A 2GV9A 3NH0A 1NK7A 4HHTA 3RMDA 1WN7A 4B9TA 4KHNA 4N41A 1K6YA 3OYDA 5KTQA 2X74A 3SV4A 1C1AA 3ZSVA 2IGIA 2PY5A 1TL1A 1LWFA 2HNDA 3VQ7A 3KTQA 3AA5X 4CEBA 5J1EA 4ID5A 4CJUA 4E7HA 4DSKA 4Z0UA 4IG3A 4E0DA 3SQ0A 4DSFA 2XO7A 5I42A 4KTQA 2D0AA 3V9SA 3DOKA 1U48A 4K8XA 4RW7A 2KQ2A 1XHXA 1RBVA 2HB5A 1CXQA 3F9KA 1IG9A 4CGFA 2XY6A 3QEIA 4FM2A 2HVHA 1IO2A 2ZD1A 1BISA 1EP4A 1RDAA 2OPQA 3ISNC 4I9LA 4OGEA 1RT3A 3L8BA 3SV3A 1NOYA 3SQ2A 4DSIA 4M3ZA 2X6NA 2HNZA 3HL8A 4KO0A 1RT7A 4JS4A 3S3OA 3AO3A 1VSKA 4FJ8A 4EP4A 2DFFA 4R5PA 1KLMA 1SUQA 3PUFA 3HK2A 2D0CA 4CJQA 2XHBA 3OJUA 4DFPA 1RT4A 3K59A 4FJGA 1DLOA 3LP3A 4AHCA 3HXMA 4RW8A 1YTUA 4Z4IA 4E89A 4C8OA 2KFZA 1RTDA 1KVBA 3M8PA 3V1RA 3OS1A 1REVA 3LZJA 3VQ9A 3CFOA 1VRUA 3V9ZA 4OPKA 4B9SA 5JS1A 4CEEA 4H4MA 4CK2A 3WNGA 5K14A 4DTRA 4FW2A 5HP1A 3CM5A 5FRMA 2ETJA 4IG0A 3OYGA 4O5BA 4CIGA 1ZYQA 4FM0A 3PX0A 4QOZB 3NDKA 3K58A 1ASVA 4DWIA 2G8WA 3QEXA 3AA4A 3S3MA 3BGRA 1TAQA 3I0SA 4B8AB 1S1WA 5C42A 1B9FA 5J2QA 4HUGA 4M3TA 1S5JA 4CF9A 1UAXA 3LWLA 1HNVA 1BL3A 3TR8A 3THVA 1JLGA 1VRTA 1TKTA 1X1PA 4HTUA 3IAYA 4JS5A 4KTZA 1S1XA 1XWLA 4DQRA 1U45A 2YNFA 3C6TA 4BWJA 2BGGA 1L3VA 1T8EA 4CGHA 4NCAA 1LAVA 3OYHA 1T03A 1LW0A 1RT5A 1Z26A 3TANA 2G8KA 4OGCA 3L2RA 4M3YA 2Y1IA 3OYBA 4CK3A 1S9EA 4CJFA 1HPZA 3DRSA 4LD0A 1TGOA 2D5RA 4CJ4A 1S9GA 3SI6A 1EX4A 4IKFA 3V1QA 4CHYA 4BE1A 3ITHA 1A5VA 3AVFA 4M3RA 3V9UA 4KRFA 1XI1A 4DMNA 2LSNA 4KV8A 3ZSWA 3OJSA 1UA0A 4OKJA 3ZT4A 4I2QA 1TK5A 3AVKA 4KFBA 1X9MA 3V1OA 3PY8A 3VQEA 2EX3A 2HW3A 4HCBA 3DRRA 4N56A 3HP9A 2P1JA 4GMJB 3A2FA 4OVLA 4DTNA 3KLGA 3C94A 4PUOA 1EETA 2ZQBA 3SUNA 1L5UA 4O4GA 3K57A 2QKKA 3KD5E 2B4JA 3RMAA 1RILA 3AO4A 1X9WA 4F2SA 1X9SA 1EXQA 1N6QA 3L2UA 4FVMA 4KHSA 4DQSA 2IS3A 4MQ3A 4Y1CA 3AVNA 4RW4A 4CHPA 3RMCA 3DLEA 4DS5A 1S1VA 2RN2A 4N5SA 3P1GA 1UA1A 1U49A 1KLNA 3KK1A 4FJLA 2F8SA 2P51A 3T19A 4CCHA 2YNGA 5HROA 1BI4A 4FJNA 5KRSA 2YHAA 1S6PA 4DTJA 2PYLA 3KD1E 2O4GA 5J2PA 3IS9A 1RT1A 3SQ4A 1WSIA 3TABA 3SUOA 4FJ7A 2X78A 4HUFA 1CLQA 1RDBA 3K5OA 4DU4A 2VWJA 3KLIA 3G10A 3SCXA 3MECA 4CERA 4FLUA 3TAGA 4BWMA 1TKXA 1VSIA 1WSFA 4JLHA 3OYNA 3DLBA 3TAEA 2Q3SA 5DMRA 4YFUA 4EZ9A 2G8IA 3VQ8A 3RTVA 3S9HA 1VSFA 2XY5A 1QHTA 5CYMA 4BDPA 2Y1JA 3HP6A 1ZBLA 1WLJA 2BE2A 3UIQA 2YV0X 3M8QA 5FRNA 4DTMA 3OYIA 1SV5A 4AHTA 1D8YA 4CJTA 1Q9YA 3U3YA 5I3UA 4YNQA 3QINA 2XY8A 4LSLA 5EU7A 4FJJA 3O3HA 3ZSOA 3NE6A 4TSXA 1C0MA 3AVGA 3VQ4A 5C25A 3M8SA 3LPTA 4J2BA 4FJ5A 4FCYA 4DFKA 3KIOA 4DTXA 1QE1A 1HYSA 2B6AA 4AHVA 2F96A 2FC0A 2GUIA 2VG7A 3AO1A 4NYNA 4KI6A 3AVMA 1HJRA 1KRPA 3V9XA 3CQ8A 3LPUA 3WNHA 2ITGA 2PYJA 2F8TA 1JLCA 1IKVA 1KVCA 3K5LA 3TARA 2BDPA 4FXDA 2QKBA 3AV9A 3VQQA 2G8HA 4CGDA 4B3OA 1ASWA 4Y1DA 4CJ3A 2WOMA 5HRNA 4DFJA 2OPPA 4BE0A 3P5JA 3KK3A 2KZMA 1WSJA 4Z4GA 1LAWA 4I9QA 2HHUA 1I39A 1UWBA 2VG5A 4WE1A 4B8CA 3AVJA 1HMVA 3D0PA 1VSJA 4CHZA 4CFCA 3AO2A 4BACA 4F3OA 4DU1A 4FJIA 1IH7A 1MU2A 2IAJA 3L2WA 1J9AA 1BHLA 4CJLA 4W5RA 1KFSA 3NH1A 4KHWA 4CECA 1BQMA 4CF1A 3QIOA 4DLEA 1C6VA 4M42A 1Q8IA 2G8UA 3EY1A 4BDYA 3PV8A 3O4NA 2A1SA 3DLKA 4DSEA 5J2NA 4OJRA 2R7YA 1VSLA 4MFBA 2RKIA 3AVIA 1YVUA 3VQ5A 4ELVA 3O3FA 4HCCA 1ZBUA 3VQCA 4BE2A 3WNFA 3RRHA 4E1MA 2HHQA 3HJFA 1JXBA 3AVLA 1LWEA 1RCHA 3NF8A 2EHGA 3B6PA 3RR7A 1T05A 4Z4FA 1BCOA 2HMIA 3SUQA 4CF8A 3VQBA 2FBYA 4DQPA 4N47A 3OYMA 2HHVA 1S1TA 1IKXA 3TI0A 3NH2A 2E6MA 3CG7A 4FLWA 3T1AA 1RTIA 3NF7A 1UOCA 5KRTA 4DS4A 3L3UA 1NK6A 4KHUA 1O1WA 1CZBA 2WONA 1FKOA 3LZIA 4PWDA 3OYFA 3DI6A 3NGIA 1NJXA 3RR8A 1SL1A 4CJKA 3L3VA 3KLFA 3QERA 2JLEA 3NBPA 4OKEA 3AVHA 5HRPA 1SKWA 4QCLA 3SPYA 4G1QA 3I0RA 3KKSA 4E7JA 3DRPA 3ZT1A 4W5NA 3HYFA 1JKHA 1GOBA 4J2AA 3HVTA 1NKEA 4DTOA 3MEGA 1KSPA 3CFRA 3OS0A 3NAEA 4O0IA 2OPRA 3K5MA 4DLGA 4FZYA 1QSLA 3PO4A 4AH9A 1G15A 5KGWA 4PA1A 1GOCA 3DLGA 3OYKA 1NKBA 3BDPA 3ZT2A 3LALA 4FK2A 4CFDA 1YT3A 1J5OA 4KB0A 3ZCMA 1RDCA 2HNYA 3OYCA 1B92A 1RBSA 4CK1A 1B9DA 1RDDA 1WAJA 3JYTA 1IKYA 3QEWA 4N76A 2IDOA 4ZTFA 4F3TA 1FKPA 1WSGA 2P5OA 4KB1A 1D9DA 4FJXA 2YKMA 3QO9A 4Z4EA 2OA8A 2FBXA 4IFVA 4AILC 2YNHA 1CZ9A 1HYVA 1QS4A 4CGIA 5T7BA 3I8DA 3AVBA 2PZSA 3OYAA 2YKNA 4JRQA 1BIZA 2HHSA 3KLEA 5C24A 1HRHA 4M3XA 4Q0BA 2E6LA 1TK8A 5HRSA 3M8RA 3C6UA 1VSEA 1WSEA 1HQEA 4KHQA 4CEOA 1I3AA 4IDKA 3SJJA 4CEAA 1KCFA 1VSDA 4CEDA 2AJQA 1YTAA 3SQ1A 4ZHRA 1TAUA 2VWKA 1JXEA 5CY4A 4M45A 5SZTA 3KJVA 4H4OA 1W0HA 1BGXT 4DF8A 3NFAA 4FK4A 4CHQA 3QLHA 4CGJA 1NJYA 1F21A 1NK4A 3NGZA 2Z1JA 5KI6A 2RF2A 4DSLA 4FYDA 4CJRA 4J2DA 4NCGA 4AHUA 4CJEA 4E7KA 4IFYA 1C0UA 5HBMA 3TAPA 2D0BA 1IKWA 3RMBA 3ZT3A 3FFIA 3G0ZA 3PX4A 1RNHA 4E1NA 4FLXA 2NUBA 3DYAA 4NYFA 3ALYA 2Z1GA 4HUEA 3DOLA 3ZSYA 4DG1A 4HVJA 1XHZA 4FLYA 1Q9XA 1ZBIA 1RTJA 2XY7A 3VN5A 1HQUA 1R0AA 1JLBA 5DK5A 3O4QA 3V6DA 4CJWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HNXK 1NLVA 5LL6Z 3TPQA 1K9MO 5C10A 3ZX0A 3VEVA 3FZLA 1EKEA 4NCBA 2HBJA 4WCEL 2GBZA 2KW4A 5SWMA 4OPHA 4CZEA 4BDZA 3O1WA 1BIUA 5AFUA 4F2RA 4BR4A 4CZGA 4KPYA 4DV6K 3T3FA 1TKDA 2KKZA 3OY9A 1QQOA 4O8KA 4FJ9A 1IBKK 4FM1A 3LP1A 4KH5A 4KTWA 4JRPA 4IZ9A 2E1ZA 4GV3A 1BQNA 3H08A 3D45A 1JLEA 4FOEA 5CZ2A 5ADXA 4B9NA 1NOZA 4RG8A 3U3GA 3FLCO 1MDUB 1GLLO 2HOEA 3HSTB 3O9QA 3MEDA 2UUCK 4AM6A 2KLAA 5F1XA 3PX6A 4BRMA 4YOUA 3S3NA 2P5GA 3CCUN 1T44A 1SL0A 3VEXA 1U4BA 5TKYA 1W9HA 1GOAA 2IVOA 1NU0A 4FLVA 4JD2B 4R79A 3R8EA 5KPZA 4DFMA 1N5YA 1NJZA 4JKGB 1TKZA 3ASMA 4U67L 2BUPA 4CJ5A 1RTHA 4K8ZA 1FXXA 4H8KA 4IJAA 2ZM6K 3LP2A 2QWMA 5EXWA 4Y0WA 3FR0A 2QTDA 3L2QA 4IDHA 4X62K 2PAVA 4BRKA 1ITGA 2HHTA 3WEEB 5AZIA 3JXUA 4M3WA 3V81A 4O55A 3EE9A 2OTJN 1WUAA 3WNEA 5AQFA 2QEXN 4YORA 4JV5K 1NJWA 1ZBHA 4I6MB 4JI5K 2DTUA 3ULEB 4FW1A 4CJVA 3NHGA 1NGDA 2UXDK 1NKCA 1D9FA 4CIFA 1J53A 4WQ5A 3TAQA 1IG8A 3MN5A 3CCSN 2F9WA 3O9RA 3ZT0A 4CFBA 3A5OC 3H45C 4CD3A 1VQMN 1S1UA 5FPEA 3DXKA 1HYZA 4JHDA 3KLHA 4FJMA 3BF1A 4DV7K 1QSSA 3NF9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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