1YTAA

Crystal structure of oligoribonuclease, the lone essential exoribonuclease in escherichia coli
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
180
structure length
180
Chain Sequence
SANENNLIWIDLEMTGLDPERDRIIEIATLVTDANLNILAEGPTIAVHQSDEQLALMDDWNVRTHTASGLVERVKASTMGDREAELATLEFLKQWVPAGKSPICGNSIGQDRRFLFKYMPELEAYFHYRYLDVSTLKELARRWKPEILDGFTKQGTHQAMDDIRESVAELAYYREHFIKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Oligoribonuclease
publication title Crystal Structure of Oligoribonuclease, the lone essential exoribonuclease in Escherichia coli
rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase,translation
total genus 61
structure length 180
sequence length 180
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2005-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ytaA00
1JLCA 1RT5A 4QAGA 1HQEA 2WOMA 4EP5A 4DF4A 4KPYA 1ZYQA 2QXFA 4E7JA 4DTUA 4HVJA 1JLFA 2P1JA 3QEWA 1JLBA 4KTQA 3RMBA 3CM6A 4CJ4A 4KI6A 3LP1A 4FCYA 3OYJA 4K8XA 4KTWA 1KVAA 2B6AA 3QNOA 3V4IA 5KRSA 3S9HA 4J2DA 1YTUA 2QKBA 3VQEA 2HHWA 4W5NA 5CYQA 1C0UA 5D3GA 1TKDA 3HJFA 3CFRA 3MEEA 4CK3A 4Z4FA 1S6QA 3AA2A 4FZXC 1J53A 4CF2A 2YHAA 3OYHA 1S1XA 4CHPA 4B9VA 4OKEA 4FK0A 4NCBA 1VSIA 1A5WA 1HYVA 3DI6A 3VN5A 3B6OA 1FKOA 3KIOA 5CY4A 2KZMA 4O44A 4CHZA 4N5SA 4XIUA 4CEAA 4C8KA 1UAXA 1JL1A 4RW8A 5HRSA 1RNHA 4DTPA 1Z25A 5FRNA 3CFOA 4CE9A 3QEPA 1I3AA 1VSEA 1X1PA 1IO2A 3ULDA 4KHUA 3KKSA 4CHNA 1FXXA 2YNGA 2BE2A 1B9FA 1EKEA 4RW7A 4CF1A 4O0JA 2W42A 2DFEA 3V9XA 1HYSA 3VQ6A 3PX6A 2XHBA 1HJRA 5J2PA 1HNIA 2VG5A 3ITHA 4C8LA 2X74A 3HP9A 3WNEA 4O0IA 3OY9A 4BDZA 1IH7A 3S3NA 4CECA 5HRNA 4BWJA 1NK0A 2G8WA 1DTQA 3RRHA 1LWCA 4Z0UA 4CK1A 4DTRA 3V81A 1SL2A 4EP4A 1KRPA 4BE1A 2OPSA 4ZTJA 4GMJB 4KREA 1U49A 4RW9A 3SV3A 4AH9A 1KVCA 1IKXA 2VG7A 4KKOA 3M8SA 3NCIA 4ZTFA 4B9UA 4AHSA 4KHYA 4CHQA 4DLGA 1WNSA 3U3GA 3S3MA 3OYLA 3I0RA 4B8CA 1C1AA 4H8KA 3SI6A 4RG8A 2E4LA 3MXMA 3K5OA 3AVKA 4WE1A 4DTXA 3LZJA 4W5TA 2G8HA 1WSFA 3AVGA 3T1AA 2HB5A 4CHYA 4LSNA 1LW0A 4M41A 3LPTA 4JLHA 1S9EA 4CF9A 5I3UA 3PO4A 2OZSA 4B9NA 4DG1A 4CJKA 1EP4A 4DSKA 1HQUA 3C6UA 4CEDA 4EZ9A 1NJYA 1MU2A 2HNDA 3G0ZA 1J5OA 3NE6A 3V9SA 3VQAA 1RILA 4KO0A 4DSLA 1TAUA 3SUQA 2HHUA 3U6FA 1O1WA 1TVRA 4B08A 3AVJA 3NFAA 3NAEA 4ELUA 3LDSA 1KTQA 1RTJA 4DQIA 3F73A 1ZBIA 3DRPA 4IG0A 2A1SA 4FVMA 1GOBA 3I0SA 3TANA 4IDKA 1X9SA 2HMIA 2FBYA 3HSTB 4AILC 2IS3A 3RMDA 1EETA 4DQRA 4M3TA 1S5JA 3LP2A 2A1RA 4PQUA 5HROA 2FBVA 3WNGA 4JRPA 3EYZA 1VRTA 3V6DA 2IAJA 1CZBA 3SUPA 1NOYA 4FM2A 1NK4A 3TAFA 4MQ3A 3AVIA 5K14A 3RMCA 1C0TA 3M8PA 2VG6A 3NHGA 4FLTA 2YNFA 1SKSA 3LZIA 4CIGA 1XHZA 2B4JA 1VSMA 3L3VA 2IGIA 1BCMA 4FLXA 4FJIA 4CGDA 3CYMA 2KFZA 1F21A 1SUQA 4CFCA 2Z1IA 4I7FA 1WN7A 2G8IA 1WSJA 1J54A 3ZT4A 5HRPA 3VQ8A 4M3UA 4N41A 3K58A 4KB1A 4YNQA 4FZZA 4F3TA 2IC3A 3AVMA 4OLBA 4Q5VA 1TV6A 3PUFA 3QLHA 3G10A 3HYFA 2YNHA 4PA1A 1S9GA 4CEBA 1LAWA 2WONA 1WSGA 4CJPA 3D0PA 2HNYA 3HPOA 3SQ0A 1X9MA 2KFNA 4KRFA 4FLWA 4DFKA 3LWMA 3DRSA 3KLFA 2KW4A 3DLBA 2VWKA 4GVMA 3KLEA 1G15A 3OYAA 3V9WA 3HT3A 4JS5A 1FKPA 1NK5A 4QCLA 3ZSXA 1HPZA 4Z4IA 2YKMA 3TAMA 4JS4A 4FJ8A 4CJFA 4CJVA 4W5RA 3OJUA 1EXQA 1T03A 1QQCA 2E6LA 4HCCA 3QINA 1RT2A 3AA5X 3HP6A 3MEDA 3HK2A 4B9SA 2IOCA 4CJUA 2XY5A 4YFUA 1VRUA 4DTNA 3VQ4A 3VQDA 4CFDA 4CGJA 5CZ2A 4K8ZA 3OS2A 3ZT1A 5DMRA 3OYKA 1U47A 1A5XA 4ICLA 2OPRA 4FJXA 3JSMA 4DQPA 3RTVA 4ELVA 4KAZA 5EU7A 2Z1JA 1W0HA 2BANA 4OPJA 3VA0A 3H08A 3C6TA 5KGWA 3TARA 4OGEA 1IKVA 3OYCA 2XRIA 4DLEA 4FJKA 4W5QA 4BE0A 3TWHA 4FM0A 2KQ2A 1D9DA 1REVA 5CYMA 1N5YA 1RTHA 4KTZA 5J2QA 3MXJA 4M3RA 3SUOA 3PO5A 4F2SA 1RT3A 3L2WA 3NDKA 1JLEA 3ZT2A 3K57A 3OS0A 3TAEA 1BIUA 4CGFA 4CF0A 3EZ5A 2JLEA 4HUGA 3LAKA 1HMVA 2YKNA 1ZBUA 3KLIA 1FK9A 1HYZA 4KFBA 1TAQA 4OKKA 3OYEA 1TK5A 2Y1IA 2OPQA 3CM5A 1KVBA 3P1GA 1RDCA 3KD1E 3KKRA 3VQBA 4F8RA 2O4GA 4J2BA 3KK3A 4LH4A 4FJ5A 3O3GA 5KRTA 4DQSA 1T05A 4L8RB 1BQNA 4DU1A 3AVBA 1EX4A 1WSHA 2Q3SA 1CZ9A 3OYBA 1L3TA 1J9AA 1UWBA 3B6PA 2G8KA 4NCGA 3RWUA 1JLGA 1I39A 4M42A 3LP3A 4DFPA 5J1EA 3L2UA 4Z4HA 4NYNA 4RW6A 1TGOA 1VK0A 3VQ5A 4FLVA 4C8NA 2E6MA 2Y1JA 4CJWA 1IG9A 4CJ3A 1NK9A 3VQ7A 3SQ2A 4E0DA 2ATQA 2GBZA 1RT6A 4DS5A 2HHVA 2XY7A 1U4BA 4F3OA 4FZYA 3MEGA 4AHVA 4KI4A 3V9ZA 3OYIA 3ZSWA 1A5VA 1LAVA 4CJEA 1D9FA 1TKXA 4FJ9A 3AO1A 2PY5A 4FK4A 1C0MA 3ZT0A 5HP1A 1ITGA 4IKFA 3K59A 3QEXA 3ZSYA 4CJRA 1NKEA 1RT1A 1ASVA 1JLAA 4CJ5A 3HXMA 4Y1DA 3OVNA 1NK6A 3SQ4A 4CF8A 2HHXA 2XY8A 1SL0A 3AVAA 3NH2A 4DS4A 3DLGA 3DRRA 2D5RA 4CFAA 2BDPA 4JRQA 2OA8A 3DLRA 1SKRA 1S1WA 4H4MA 1S6PA 2OZMA 1UOCA 1YVUA 5DK5A 2HNZA 3ZSZA 3SYZA 3PX4A 4NCAA 3HO1A 3AO4A 4OLAA 3UIQA 3OYNA 5JS1A 4Z4EA 3ZSQA 3SV4A 1K6YA 2PYJA 3RMAA 1ASUA 4CEFA 4CK2A 1RTDA 2FBTA 1Q9YA 4I2PA 4LY7A 1BGXT 1XWLA 2RN2A 1W9HA 4KHWA 1WLJA 4KHSA 2HHSA 4Y1CA 3V1QA 4OPKA 4HCBA 3QESA 1CXUA 3QO9A 2XO7A 4I9QA 3DOLA 1GOAA 1RT4A 4G1QA 3AA3A 5FDLA 4OKJA 5CZ1A 4M3WA 3DLEA 1RDBA 4BWMA 2X78A 2ETJA 3RR8A 5HBMA 3MECA 4N56A 3HPGA 3PX0A 2O4IA 3K5NA 3KK2A 4DTMA 4GW6A 4CIEA 4AHCA 3OS1A 4BDYA 4BDPA 3V9UA 2F8TA 3ISNC 2GV9A 3TAGA 3TAPA 1NJXA 1D8YA 4FJJA 5SWMA 3PV8A 4FJGA 4TSXA 1S1VA 4CIFA 1R0AA 2OPPA 3AVHA 2ZQBA 3I8DA 4FK2A 1GOCA 2YHBA 1B92A 4CERA 3LANA 3LP0A 5T7BA 3OJSA 1VSLA 2RF2A 4DFMA 1DLOA 4FYDA 4FLYA 1KLMA 4DSJA 4E1MA 4QOZB 5FRMA 4OGCA 1L3SA 4O55A 3ALYA 2QKKA 3KK1A 2EHGA 5J2NA 1BHLA 1VSDA 5HRRA 4DSEA 4FJHA 4DF8A 3T19A 1WAJA 5C42A 3QNNA 3O4QA 1B9DA 4E7KA 3VQCA 3DOKA 3V1OA 3L2QA 1TK8A 4FJNA 3NH1A 3AO2A 1T8EA 1Q9XA 3SPYA 3KLGA 1NJZA 4DU4A 3TI0A 4FW2A 3NF9A 3BDPA 4PY5A 3IG1A 3NBPA 4HUFA 4E7IA 4F4KA 4KB0A 3IRXA 1RCHA 1C1CA 2X6SA 4CJTA 2HHTA 1ASWA 1LWEA 2ZD1A 4KV8A 4E3SA 1N6QA 2PZSA 3D45A 2NUBA 3OYDA 4E7HA 1JLQA 4ELTA 3WNFA 3AO3A 4FLZA 2F96A 4N76A 5KTQA 3QIOA 1SKWA 4FW1A 3TABA 4CEQA 1RDAA 3K2PA 4AHUA 3O3HA 1C6VA 5KGXA 5HLFA 2HHQA 3L2VA 3NF8A 2GUIA 1RBTA 4CEZA 3ZSOA 3EY1A 3NGZA 3SZ2A 4DTJA 1L5UA 1SV5A 1VSHA 1Y97A 3S3OA 4B3OA 1RTIA 3IS9A 4H4OA 1NKCA 1CXQA 1ZBFA 3KJVA 1ZBLA 1KCFA 1VSKA 4R5PA 2PYLA 1JL2A 3VQ9A 3NF6A 2DFHA 3K5LA 3SPZA 4E7LA 3QIPA 3C95A 1BI4A 3THVA 3E01A 4PWDA 4LD0A 4CHOA 1TKZA 5C25A 3L8BA 2IDOA 1QSYA 4LH5A 3CG7A 4FLUA 1T7PA 1QS4A 1WSEA 2D0BA 2D0CA 4IFYA 3VQQA 2F8SA 1NK8A 3BGRA 3SUNA 4F2RA 3ZSRA 1HRHA 3ZCMA 4CESA 3F9KA 4B9MA 1Z26A 2QK9A 2P51A 2FBXA 3SCXA 4NYFA 3P5JA 3DM2A 3M8RA 3CQ8A 1QE1A 3L3UA 5I42A 1SL1A 1DTTA 1BI4B 5KI6A 2JGUA 3O3FA 3K5MA 3ASMA 3AO5A 1QHTA 1QSSA 4C8MA 4DSIA 1KFSA 1L3UA 4O5BA 1WAFA 3KTQA 3AA4A 2LSNA 3LAMA 4M3XA 4CGGA 3FFIA 1RBRA 1BQMA 3HM9A 1UA0A 4CGIA 1U45A 1L3VA 1QTMA 4J2AA 1BCOA 4I2QA 4IFVA 4HHTA 3SJJA 3P83D 2I5JA 4LSLA 3QEIA 1CLQA 2D0AA 1NOZA 4FJLA 3DMJA 1VSJA 3LPUA 1NJWA 1XI1A 1RBVA 2ZE2A 2YNIA 3TAQA 4FM1A 1NKBA 4DQQA 3QEVA 3LWLA 4MFBA 3WNHA 4DFJA 5E41A 3QETA 4EZ6A 1NK7A 2OYQA 1RBSA 1LWFA 4DMNA 1IKYA 4CJLA 4OJRA 4ID1A 4FXDA 1RT7A 2R7YA 2Z1GA 3ZT3A 2KZZA 3OYFA 3V1RA 1JKHA 4FJMA 1LW2A 1QSLA 4CEEA 1UA1A 1KFDA 1VSFA 3C94A 4UQGA 4CCHA 3KD5E 2XY6A 1TL3A 3HL8A 3O4NA 3VQPA 4CJQA 4CEOA 4BACA 4IBNA 3NGIA 1ZBHA 5J2MA 3MXIA 2YV0X 3JYTA 3AVNA 4PUOA 4KHQA 4B8AB 2KTQA 1BISA 1Q8IA 3MAQA 1U48A 4HTUA 3SQ1A 4Z4CA 1BL3A 4FJ7A 4E1NA 4M3YA 4CFBA 4J2EA 1C1BA 4E19A 3KLHA 2G8UA 2HVHA 5C24A 2P5OA 4BE2A 3IAYA 4ID5A 1BIZA 1TKTA 3NF7A 4I9LA 4Q0BA 3OYGA 3OYMA 3LALA 1S1UA 1XHXA 1YTAA 4RW4A 2Z1HA 4AHRA 4CJSA 3CFPA 3RR7A 1RDDA 2FC0A 3TR8A 3L2RA 2VWJA 4DTOA 1JXEA 4W5OA 4OVLA 1D5AA 1HNVA 1U04A 4IG3A 3T3FA 2RPIA 5FROA 3NH0A 5SZTA 3HVRA 4DWIA 3DLKA 2DTUA 3DLHA 2ITGA 3NGYA 3PY8A 4B9LA 2RKIA 3HPHA 3AVLA 5JS2A 1JXBA 3U3YA 3HVTA 3ZSVA 2G8FA 4AHTA 1YT3A 1RBUA 3AV9A 1TK0A 3VA3A 2P5GA 2DFFA 4HUEA 1S1TA 3A2FA 1KLNA 2HVIA 4M3ZA 4Z4GA 4CGHA 3QERA 2AJQA 4KHNA 1TL1A 4DTSA 3SNNA 4DU3A 2BGGA 2HW3A 3AVCA 1XC9A 3RRGA 2G8VA 4N47A 4DSFA 1X9WA 1KSPA 4B9TA 2DY4A 2EX3A 4E89A 3DYAA 4M45A 1WSIA 1LV5A 2X6NA 3M8QA 4ZHRA 3AVFA 4O4GA 4C8OA 2B5JA 1IKWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JLCA 1RT5A 4M63C 4DF4A 4KPYA 1ZYQA 4E7JA 4KTQA 1JLFA 4GV3A 3RMBA 4KI6A 5BRFA 4WQ4A 4QS9A 3V4IA 5KRSA 4J2DA 1HNXK 4DR2K 3VQEA 1KD1O 5F0XA 2OCEA 4BRHA 1TKDA 3HJFA 3MEEA 4Z4FA 4FZXC 3AA2A 4CF2A 1S1XA 1NGEA 4FWSA 4XH1A 3GG4A 1MA9B 1A5WA 1HYVA 3DI6A 1HNZK 3VGLA 1FKOA 3KIOA 5CY4A 3AAPA 4XIUA 4C8KA 3Q7CA 3O9RA 3KK7A 1IO2A 4KHUA 3KKSA 3NVMA 1FXXA 4XH5A 1E4GT 1GLAG 1MWMA 4JI0K 4DR7K 5AZIA 2FF6A 5AQHA 4O0IA 3R9PA 1DKGD 1IH7A 3CCSN 5HRNA 5LL6Z 1DTQA 1SL2A 2OPSA 4ZTJA 1U49A 3M8SA 1U6ZA 4KHYA 4CHQA 3OYLA 4AF1A 4H8KA 3MXMA 3AVKA 4WE1A 1WSFA 3AVGA 4GNIA 2V52B 4FWOA 4M41A 3LPTA 4CF9A 1S9EA 5I3UA 3PO4A 4JI3K 2O8DB 1NBWA 3G4SN 2E2NA 1P8ZA 4R79A 2VWBA 4EZ9A 1NNEA 1TUYA 1QVGM 3T1HK 1TVRA 3A5MC 3LDSA 1SZ2A 3TTDA 2ASOA 1RGIA 4BRCA 3I0SA 4IDKA 5LMUK 2VQEK 1Q86O 3HSTB 2IS3A 2A1RA 3N4QA 2UXBK 3J81O 3O9UA 5HROA 3MX2A 3WNGA 4JRPA 5DM7L 4K43A 3LL3A 2IAJA 1CZBA 4BRPA 2WC9A 5K14A 2QTDA 3IUCA 2VG6A 3NHGA 2NRRA 4CIGA 4GV6A 2QWRA 4FVUA 2IGIA 1WBBA 4CGDA 3U4LA 2E2QA 1F21A 1WSJA 4KH5A 4YOTA 1VQ8N 3MN7A 1BU6O 4O5FA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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