1YTAA

Crystal structure of oligoribonuclease, the lone essential exoribonuclease in escherichia coli
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
180
structure length
180
Chain Sequence
SANENNLIWIDLEMTGLDPERDRIIEIATLVTDANLNILAEGPTIAVHQSDEQLALMDDWNVRTHTASGLVERVKASTMGDREAELATLEFLKQWVPAGKSPICGNSIGQDRRFLFKYMPELEAYFHYRYLDVSTLKELARRWKPEILDGFTKQGTHQAMDDIRESVAELAYYREHFIKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of Oligoribonuclease, the lone essential exoribonuclease in Escherichia coli
rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase,translation
molecule keywords Oligoribonuclease
total genus 61
structure length 180
sequence length 180
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2005-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ytaA00
3EYZA 4IG3A 1WN7A 2E4LA 3OY9A 3TR8A 4DQQA 3DM2A 3OJSA 2ZE2A 4M3XA 4IG0A 3TAEA 2DFEA 3CQ8A 3ISNC 4Q5VA 1Z25A 3OYIA 1NKCA 1L3SA 4CK3A 2QKBA 4CHYA 3ITHA 4GW6A 5C24A 4J2EA 2OPSA 5CZ1A 3SUPA 4CJUA 3OS2A 3P5JA 4DSKA 3KIOA 4LY7A 3KLHA 3HSTB 4G1QA 4B9SA 3K2PA 3LDSA 4B8CA 1JXBA 4FJMA 4HUGA 2HNDA 2FBTA 4C8MA 1KVAA 2WOMA 3CFOA 3G10A 3E01A 4ICLA 5CZ2A 2PZSA 4E0DA 1FK9A 4CEZA 1RT2A 2B6AA 3QETA 3FFIA 3MEDA 3ZSVA 4H8KA 1GOCA 4LSLA 3JSMA 3OYEA 3PY8A 1RBSA 1WLJA 2X74A 2Z1GA 1WSJA 2YKMA 4FJLA 5I42A 5J2PA 1SKWA 3V1OA 4M3WA 3DLEA 1YT3A 4CEDA 1KVCA 4CJFA 3O3GA 4CJ4A 2ZD1A 2G8KA 3U3GA 3RR7A 4KHQA 3CM5A 3HO1A 4Z4HA 3NGZA 3QEXA 1A5WA 4AHVA 3OYHA 4FZZA 1BHLA 3PX6A 4M45A 4IFVA 2KW4A 4B08A 4CHPA 2G8FA 4FCYA 1S9GA 4DFJA 3NF9A 4RW4A 3DMJA 1NKEA 3CYMA 2XRIA 3ALYA 3AA3A 3QEPA 1T05A 4Z4IA 4N5SA 4KI4A 1VSKA 1NJYA 2WONA 4KFBA 4KHWA 4BWJA 1RTDA 4ELUA 3RR8A 1ZBHA 3VQBA 2D5RA 1S9EA 3TAFA 1U49A 1NK5A 3NH0A 2R7YA 4CJ5A 2O4IA 4I2QA 1RILA 3DI6A 3HP9A 1LAWA 5K14A 3HL8A 2G8UA 1RNHA 1S5JA 1XWLA 1T03A 3LP0A 2YNGA 4C8OA 1K6YA 4OGCA 4PWDA 4AILC 1S1TA 3PV8A 4BDZA 4DF8A 1Q8IA 1DTQA 4K8ZA 4OPKA 4M42A 2O4GA 3TABA 4O0JA 1TL3A 4PQUA 3AV9A 4RW6A 2IDOA 3L3UA 5SZTA 2HHXA 4KO0A 4BDPA 4RW8A 3AO5A 4F4KA 4M3UA 3SJJA 2FBYA 1T7PA 3VQQA 3ZSOA 4CEFA 3RRGA 3WNGA 3TAQA 4ID5A 1QQCA 4IDKA 4KTQA 3TARA 1ZYQA 3VQPA 2HNZA 3AA5X 5KRTA 1S1XA 3NH1A 3V9UA 4DTSA 3DOKA 1D9FA 4NCAA 2FC0A 3U3YA 1LAVA 4CJSA 4CIGA 2BE2A 1BIZA 1VSLA 4H4MA 1VK0A 3AA2A 4FLYA 3ZT1A 4CFAA 3D0PA 1LWFA 3UIQA 2HHQA 4W5RA 3NAEA 3MEEA 3OYNA 4N41A 1JLEA 5KI6A 4FXDA 4B9MA 3LPUA 4DMNA 2G8HA 2YNHA 2P5GA 1KVBA 1BIUA 4E7LA 4GMJB 4DTPA 1C1CA 2Z1HA 2DTUA 3VQ6A 3M8RA 1LV5A 5C25A 4Z4FA 1KLMA 1NOYA 4CF9A 3MXMA 3AA4A 3C6TA 4CEBA 1QHTA 4O4GA 4BDYA 4DTMA 4DLGA 1HPZA 4M3ZA 1NK7A 3IAYA 2RF2A 3DLRA 1ITGA 4QOZB 4CJQA 4DTNA 1QTMA 2Z1IA 1S1VA 3O4QA 1IO2A 3SPYA 4CJRA 4DFPA 5JS1A 3DLKA 1J53A 3PX4A 2PYLA 4OJRA 2IC3A 3VQ7A 4CGJA 3U6FA 1JLAA 1HRHA 1VSJA 1RTHA 1F21A 1RT4A 2E6LA 4Z0UA 3ZSYA 4LH5A 3HVTA 4KHSA 4E7HA 3C94A 2YHAA 1WSHA 2IGIA 3CG7A 3ZSRA 4KTWA 4CEEA 5KTQA 4M3YA 4ZTFA 3OYJA 3ZT0A 4CJ3A 4DLEA 4EZ6A 3QIPA 1VSEA 3HVRA 4FJ9A 3NGIA 1O1WA 1C1AA 1J54A 1RT1A 4CK2A 3KD1E 1HJRA 3V81A 3DRPA 3C6UA 3BDPA 1NOZA 2YNIA 2XO7A 2X78A 4FJ7A 5HLFA 3AVJA 1BISA 3MXJA 4CGHA 5CYMA 3K5OA 3OYAA 3IS9A 3NCIA 2AJQA 5HP1A 2KQ2A 5FDLA 3HPGA 1CXQA 1SL1A 1S1WA 2DFHA 3AVNA 1RT5A 3ZT3A 4AHRA 4CESA 3KLGA 3KK2A 5FROA 4CCHA 4CERA 4F3OA 4W5TA 3QESA 4F3TA 1HNIA 4J2BA 1JL2A 5CY4A 3THVA 3OJUA 4BE2A 2HMIA 1S6QA 4Q0BA 4PA1A 3AVBA 3WNHA 1TV6A 1UOCA 2VWKA 1C0TA 1VRUA 3L2RA 4FLXA 2Y1JA 1REVA 1TKDA 2G8WA 1KCFA 3OYMA 2BANA 4J2DA 3AO4A 2OZMA 2XY5A 4W5OA 4CEOA 1WSGA 1BGXT 1VSMA 3V6DA 2P51A 1X1PA 3NF8A 4O0IA 3QEWA 3HJFA 1A5XA 1JKHA 2HB5A 3L2UA 2PY5A 4HVJA 3PO4A 5DMRA 3BGRA 2F8SA 2VG7A 1Z26A 4Z4CA 4KI6A 3S3OA 2Q3SA 4CJTA 4FLTA 4O44A 3LALA 1L3VA 1J5OA 4DS4A 4RW7A 3VN5A 4CEAA 4FW1A 3AVLA 1HYZA 1Y97A 1NK6A 3ZSWA 2OPQA 3S9HA 3AVAA 3LP1A 3ZCMA 2G8VA 3WNFA 3RMBA 3LP3A 3IRXA 1T8EA 3LZJA 1RBUA 4Y1DA 2PYJA 4OVLA 4DSLA 1EXQA 4KB0A 2JLEA 5HRRA 4W5QA 3V4IA 4AHSA 1KRPA 3NGYA 4HUEA 1G15A 1KFDA 2YHBA 3SQ0A 5KGWA 1I39A 2RPIA 4M3RA 4B8AB 4HHTA 3DYAA 3KKRA 3SYZA 4FJIA 1D9DA 2A1SA 2EHGA 5KGXA 4KHUA 3B6PA 4Z4EA 3I0SA 1QSSA 1RT3A 2VG6A 1GOAA 1DTTA 3T19A 1WSIA 4AHUA 4CHZA 2W42A 4CGFA 3SUQA 1IG9A 4DQIA 4I9QA 1X9SA 4I7FA 3T3FA 3F9KA 4YNQA 4O55A 1X9WA 1VSIA 4DG1A 3SV3A 1R0AA 4Y1CA 4W5NA 4LSNA 4CIFA 3S3MA 4IKFA 4CF1A 3QLHA 1IKXA 3SI6A 2LSNA 1KTQA 3B6OA 3QINA 3K5NA 1ZBLA 1ZBIA 3O3FA 4ZHRA 1IKWA 2XY6A 4FJJA 2GUIA 4AH9A 1C1BA 2Z1JA 3AVKA 1JLQA 5HRSA 3TWHA 1TVRA 1U4BA 1RBRA 3OS0A 3L2QA 3NHGA 4N76A 4H4OA 3NH2A 2HVHA 4E89A 1Q9XA 4B9LA 4FZXC 3ZSZA 1B92A 4AHCA 4CJKA 5SWMA 3S3NA 1KFSA 1RBTA 1RT7A 4KHNA 4YFUA 2HW3A 1IKVA 5J1EA 3L2VA 1KLNA 3RRHA 2IOCA 3D45A 4CF0A 3MECA 4XIUA 3OYCA 4OPJA 2RKIA 4JS5A 1W0HA 3OYKA 4CFCA 5I3UA 1QSYA 4KAZA 3HK2A 1IKYA 4CF8A 3EY1A 3TAPA 1RDBA 3MEGA 1CXUA 4MQ3A 3OYFA 2HNYA 4LD0A 1VSFA 3ZSQA 3NDKA 4FLWA 5D3GA 4CF2A 3TAMA 2Y1IA 3SQ2A 3RTVA 3AO1A 4FM0A 2HVIA 3SUNA 1VSDA 3LAMA 1Q9YA 1NJWA 4DF4A 1SKRA 1ZBFA 1YTUA 4OLAA 3PUFA 4BE0A 4F2RA 3EZ5A 4M3TA 2KZZA 4HCBA 3AVMA 4C8NA 3F73A 3HP6A 1RDCA 2RN2A 4QAGA 1ZBUA 2D0CA 4M41A 3LZIA 1SKSA 4KB1A 4KTZA 1LWEA 4CGGA 3RMCA 3HM9A 4ZTJA 4AHTA 1SL2A 2P5OA 4B9TA 3RMDA 3VQDA 5J2MA 4FLVA 3TI0A 3K59A 2NUBA 2JGUA 4E19A 4DU4A 4C8KA 4F2SA 5T7BA 4Z4GA 3AVIA 4DQPA 1RBVA 2GV9A 2YKNA 3T1AA 4RG8A 3P83D 3OYBA 4QCLA 4CHNA 3I8DA 1YTAA 2VG5A 3DOLA 2FBVA 4OKKA 1C6VA 4BWMA 3CFRA 3MXIA 2BDPA 1BCMA 4ELVA 2HHTA 4ID1A 1ASWA 2KFZA 2QXFA 1A5VA 1BQNA 5CYQA 2A1RA 3AVGA 4E1NA 1JLCA 4DU1A 1MU2A 3V1QA 4CHOA 2IS3A 4E7JA 3M8PA 5J2QA 1JXEA 1TGOA 3AVCA 4GVMA 1IH7A 1J9AA 3QO9A 4O5BA 5C42A 5EU7A 4FM2A 4FK0A 3V9XA 2KFNA 2ATQA 3A2FA 5FRNA 5HROA 4CE9A 3VQ9A 1ASVA 1BI4B 4CHQA 1UA0A 1X9MA 1N6QA 2D0BA 4DQSA 4F8RA 4DTJA 1QE1A 3KK3A 4N56A 4DQRA 4HCCA 4DFMA 1JL1A 4OGEA 4I2PA 3IG1A 1HQUA 3M8QA 2HHUA 4CJLA 1SUQA 4DTXA 3JYTA 1TAQA 1D8YA 3KKSA 4MFBA 3PO5A 2ITGA 3V9SA 4KHYA 4KKOA 1WAJA 3O4NA 4UQGA 5J2NA 3K58A 1U48A 1UWBA 1NKBA 1CZ9A 1RT6A 1RTJA 1WSEA 1RCHA 1HYVA 1NJZA 4WE1A 4HUFA 1QS4A 3I0RA 3LAKA 4E7IA 3V1RA 4FJXA 2P1JA 4OLBA 3WNEA 4FJ8A 4FVMA 1I3AA 4L8RB 1L3TA 4DWIA 1TK8A 1S1UA 4B9VA 2HHVA 4CJEA 3ZSXA 3QNNA 2BGGA 3VA3A 4JRPA 2F96A 3KTQA 1BL3A 1ASUA 2XY8A 1HMVA 3AO2A 2B4JA 1JLGA 1GOBA 3NBPA 3LPTA 3VQ5A 3ULDA 4CJWA 2YV0X 3HYFA 5HRNA 4DSFA 3QEIA 1EETA 3LWMA 4DS5A 4OKEA 4I9LA 2YNFA 1WAFA 1U45A 1TK5A 3QEVA 4FLUA 1D5AA 3V9WA 2DY4A 1RDAA 3HXMA 4E3SA 4FJGA 1HNVA 3NF6A 4J2AA 1YVUA 3ZT4A 5KRSA 1HYSA 4DSEA 1NJXA 1NK8A 1TKXA 3SV4A 3NFAA 1LW2A 1LW0A 2B5JA 3DLGA 3DRSA 4RW9A 1FXXA 3OYGA 1VRTA 3QNOA 3SQ1A 2OYQA 3RWUA 1C0UA 1BQMA 4KRFA 3O3HA 3SCXA 4PUOA 3M8SA 3L8BA 3SPZA 3LP2A 4ELTA 5DK5A 3G0ZA 1B9DA 4FJ5A 3VQEA 3LWLA 3HPOA 1TKTA 3KLEA 4CFDA 1TKZA 4BACA 1QSLA 4FJKA 1U47A 2QK9A 4LH4A 3K5MA 2KTQA 4E1MA 3SNNA 4NYFA 4K8XA 1C0MA 4IBNA 1W9HA 1S6PA 4DTUA 4DFKA 5JS2A 1B9FA 4BE1A 4CFBA 3SQ4A 3OS1A 5E41A 3VQ4A 2X6NA 2OPPA 1WNSA 4CK1A 4JRQA 3VQAA 3KK1A 1TL1A 4KPYA 4NCBA 3K5LA 3AVHA 4FJNA 2ETJA 2XY7A 3KLIA 4CGDA 2G8IA 4CECA 4HTUA 3RMAA 4FK2A 3VQ8A 3TANA 4NCGA 1RDDA 1KSPA 4CGIA 2X6SA 3QERA 3L3VA 3CFPA 1UA1A 3ZT2A 4FM1A 2EX3A 2QKKA 1EX4A 5HRPA 3PX0A 1DLOA 1XI1A 4DSIA 2HHSA 3KD5E 3HPHA 4C8LA 4DTOA 4JLHA 4FJHA 4DU3A 1XHZA 4CJPA 4B3OA 1N5YA 1EP4A 4KV8A 4CJVA 4NYNA 4E7KA 2HHWA 4R5PA 1L5UA 2ZQBA 3K57A 2I5JA 3SZ2A 1SL0A 3C95A 1FKOA 3L2WA 1NK0A 5HBMA 3QIOA 1VSHA 4N47A 1NK9A 1HQEA 3H08A 3NE6A 3TAGA 4FK4A 2VWJA 1TK0A 1JLBA 3MAQA 4TSXA 1EKEA 4DTRA 3VQCA 3SUOA 1XHXA 3P1GA 3DLBA 4FW2A 2OZSA 3VA0A 4FLZA 5FRMA 4EZ9A 4FYDA 2IAJA 1BCOA 1CZBA 1JLFA 4EP4A 1L3UA 3HT3A 1RTIA 1FKPA 1BI4A 1NK4A 3OYLA 1U04A 4DSJA 4CIEA 1SV5A 3OVNA 1XC9A 3DRRA 1WSFA 3NF7A 1TAUA 3ASMA 4B9NA 2FBXA 2E6MA 4PY5A 2D0AA 4EP5A 3KJVA 4B9UA 2XHBA 2KZMA 3KLFA 4CEQA 3CM6A 2OA8A 2GBZA 4KREA 2DFFA 3V9ZA 4OKJA 4FZYA 3AO3A 4JS4A 1UAXA 1CLQA 3LANA 2F8TA 3AVFA 2OPRA 3DLHA 4IFYA 3OYDA 1LWCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EYZA 4DQQA 2W6LA 4NXMK 1VQ6N 2ZE2A 2YJFA 3CQ8A 1Z25A 4A57A 2ZJPL 1NKCA 5LL6Z 4XH4A 3O80A 4J2EA 4YDUA 3G6EN 3OS2A 1KD1O 4LY7A 3KLHA 1HLUA 3HSTB 3LDSA 4HUGA 5CZ2A 3G10A 4CZHA 3QETA 1WOQA 3FFIA 3Q7CA 5F1XA 2QEXN 3ZSVA 1RFQA 4XEIA 3ZYYX 4LSLA 3OYEA 3PY8A 2X74A 2PFUA 2Q31A 1Q81O 1YT3A 5CR4A 4CJFA 2G8KA 3RR7A 4A62A 4PL8A 3QEXA 1VQ7N 3DXMB 3UKRB 4H0YB 4FCYA 3NF9A 3ATUA 1QZ5A 4CI6A 3QEPA 4Z4IA 1KAXA 4N5SA 1VSKA 1NJYA 2WONA 2FF3B 4BWJA 3I55N 5AFUH 1VQON 1NMDA 1S72N 2O4IA 3HP9A 1RNHA 3ULEA 1S5JA 1XWLA 2OTLN 2QTDA 2YNGA 4PWDA 1K6YA 4BG8A 2RE2A 3L4IA 5BN8A 3TABA 1OH5A 1EWQA 3AV9A 1VHXA 4KO0A 4RW8A 4BQZA 1T7PA 3R9PA 3RRGA 1RDUA 3TAQA 4C1NI 4KTQA 3LM9A 3VQPA 2HNZA 3MN6A 4CJ7A 1D9FA 5TKWA 1NGBA 4CJSA 3BUZB 4BRNA 1BIZA 1VSLA 2QWMA 3J8AA 4JAXA 1JLEA 2YNHA 4GMJB 4JK8A 5C15A 3M8RA 4Z4FA 5C25A 3CXCM 3E66A 4CEBA 4DR3K 4PHTX 1Z05A 4LF8K 1HNWK 4BDYA 2WTUA 4DLGA 5AQLA 2RF2A 4QOZB 4DQ8A 4LFBK 1S1VA 3CCUN 1IO2A 3SPYA 4JD2A 4OO1J 3DLKA 1J53A 4BC5A 4OJRA 3U6FA 1HRHA 1VSJA 4K41A 3ZSYA 4Z0UA 3HVTA 2HF4A 2YHAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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