1YTAA

Crystal structure of oligoribonuclease, the lone essential exoribonuclease in escherichia coli
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
180
structure length
180
Chain Sequence
b'SANENNLIWIDLEMTGLDPERDRIIEIATLVTDANLNILAEGPTIAVHQSDEQLALMDDWNVRTHTASGLVERVKASTMGDREAELATLEFLKQWVPAGKSPICGNSIGQDRRFLFKYMPELEAYFHYRYLDVSTLKELARRWKPEILDGFTKQGTHQAMDDIRESVAELAYYREHFIKL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Oligoribonuclease
publication title Crystal Structure of Oligoribonuclease, the lone essential exoribonuclease in Escherichia coli
rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase,translation
total genus 61
structure length 180
sequence length 180
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2005-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ytaA00
2EX3A 4OVLA 4I9LA 3OYMA 3LZIA 4Q0BA 3WNHA 3NF6A 1W0HA 3S9HA 4ID5A 1LAVA 2XY5A 2Z1GA 4I2PA 1BI4B 3DOKA 4BE1A 2P1JA 1JLGA 3QNOA 2WOMA 4EP4A 3AVFA 4KI6A 1TK8A 3ITHA 3AV9A 4C8NA 4DTSA 4NYNA 1NKEA 2FC0A 3QINA 4PWDA 5DMRA 3ZSXA 4FVMA 1LAWA 1ZBUA 3TWHA 4OKKA 3EYZA 4DLGA 4DU4A 4W5RA 1KVAA 2G8HA 1IKYA 1RBVA 1A5XA 4NYFA 1UAXA 4W5OA 1WAJA 4O55A 3T3FA 1TV6A 3AVCA 1ASUA 1TAUA 2NUBA 5C42A 1XHXA 5KRSA 1NK7A 4M3XA 2HHQA 4W5NA 4B9MA 1NOZA 2ZQBA 2QKBA 4OJRA 3QEVA 3ZSQA 1CXUA 4FLYA 4H4MA 4QOZB 3NGIA 2HNYA 3L3VA 3DLHA 3I0SA 3KJVA 3TAMA 3IG1A 1XHZA 4KFBA 4O44A 4CGIA 3L2VA 5J2NA 2E6MA 3RMCA 3SQ2A 1NK6A 4OGEA 3L8BA 2XHBA 2VWJA 1LWCA 4ELVA 2GBZA 3RMDA 2B5JA 1HYVA 4IKFA 3PV8A 1UA1A 3NF8A 3QLHA 3PY8A 4CJSA 2E4LA 2OPRA 1LV5A 2HMIA 4CEEA 5HLFA 3I8DA 4DFJA 3VQQA 3O3GA 4MQ3A 4FJKA 4CF0A 2HHSA 4CGHA 1BI4A 3CG7A 4CJLA 4GW6A 1IKXA 4RG8A 5C25A 4DTPA 4E89A 2P5GA 4J2BA 3OYNA 3OYDA 1LW2A 4DSIA 3ZSRA 5D3GA 1S1UA 4DTOA 2G8UA 1VSJA 1BQNA 3MECA 4GMJB 4RW9A 3ZT4A 1VSKA 4CK3A 3V6DA 4ZTFA 3L2WA 1JLQA 4CIEA 3RRHA 4FYDA 4HUEA 4CGDA 4CJRA 3THVA 1HMVA 1Z26A 4E7IA 4O5BA 3QETA 3TI0A 1Q9XA 1D9FA 4HCBA 4QCLA 4C8OA 2DY4A 4E19A 1S5JA 4CHYA 4OPJA 3OYIA 4B9VA 1RBSA 2Z1HA 3QO9A 1RBRA 5HRRA 4KB0A 3CFPA 3SQ0A 4NCAA 4DSJA 1B92A 4N47A 2GUIA 4J2DA 3ZSWA 3V4IA 2YNIA 4BWMA 2D0AA 2XY7A 1EETA 1JLBA 4FCYA 3JSMA 4KHQA 1HPZA 1LWEA 1RBTA 1YT3A 4CFDA 1WSHA 3HK2A 1RTHA 3LP3A 3LP0A 4B8AB 4ZHRA 2D5RA 5CZ2A 4M45A 4KTQA 2BANA 3V1RA 4OKJA 2QKKA 4HUGA 3VQEA 3QEWA 3AVHA 1VSLA 1RT6A 2IC3A 3T1AA 4KHUA 4KHSA 4KB1A 5J2MA 2KFZA 4PY5A 3LANA 3NGYA 1SKSA 4DWIA 4M3RA 4CEFA 2P51A 2QK9A 3LWMA 1YTAA 2YV0X 4F4KA 2X78A 3VA3A 4JLHA 3DYAA 5I42A 1NJZA 1ZBHA 4Y1CA 5KI6A 3HL8A 4K8ZA 1X9MA 1JLFA 1TL1A 1XI1A 4F3OA 3QNNA 2XY6A 4HTUA 3VA0A 2G8VA 5KTQA 4IFVA 1MU2A 2VG6A 3NHGA 5SWMA 5CZ1A 3M8SA 3V9WA 4DQRA 3U3YA 3S3OA 3T19A 5J1EA 5C24A 1X9WA 4KREA 1L3SA 5KRTA 4CJ4A 4M3ZA 4KRFA 4FW1A 1BISA 3OYLA 3L2UA 2WONA 3OYEA 4IBNA 3F73A 3V1OA 3I0RA 3JYTA 2RKIA 3SZ2A 4DQSA 1VSDA 3AVIA 1KSPA 3HVTA 4CFBA 1WSFA 3ZSZA 2ETJA 1TKTA 1ASWA 4CEOA 1NKCA 2ATQA 3M8QA 1RDAA 3EY1A 3TAGA 4DSFA 4DS5A 4PQUA 3ZT1A 4CK2A 4CEBA 3M8PA 3HT3A 3VQ4A 1O1WA 2E6LA 4CFAA 4CE9A 4BACA 3B6PA 4CJWA 2P5OA 2BGGA 4C8MA 2DFHA 4I2QA 3KK3A 1T7PA 1BHLA 1HJRA 4CF2A 4CHZA 3DLGA 4KO0A 2X74A 4FJ5A 2G8WA 1W9HA 4CEAA 3OYKA 3ZCMA 1S6PA 3VQ5A 5J2QA 3LAMA 1BIZA 1HNVA 2GV9A 1TK0A 4WE1A 2PYJA 3LPUA 1KCFA 1UWBA 1S6QA 4I7FA 1C0TA 1J53A 1RCHA 4OKEA 3VQ8A 1TVRA 3OYBA 4DTRA 1VSIA 4LH5A 4FM2A 3HVRA 1NK5A 4B9UA 1ZBIA 4OPKA 1JKHA 3SV3A 1ZBLA 4EZ6A 1VSFA 1L3UA 1KFSA 4KAZA 2KW4A 1HYSA 4CJKA 3K5MA 3SUQA 3PX6A 3KTQA 4HUFA 4E0DA 3TAEA 2KTQA 4DU1A 2BDPA 3MXMA 1T8EA 3LALA 1X1PA 3BGRA 2KFNA 2KZZA 3HSTB 3LZJA 1SV5A 4Y1DA 4M3UA 3OY9A 4AH9A 2HNDA 3NH1A 3KD5E 4N76A 2RF2A 1QSLA 4E1MA 1CXQA 3VQCA 4CJ5A 4R5PA 4KTZA 1S9EA 1WSJA 3TR8A 3CM6A 3KLHA 2OA8A 4NCGA 2HB5A 4O4GA 1LW0A 1SUQA 3LPTA 4CJTA 3HXMA 2HHUA 4H8KA 4UQGA 4LY7A 4Z4IA 3DRPA 2OPQA 3ZT3A 4CHOA 4DF8A 3V9ZA 1WLJA 2OZSA 1QSSA 3CFRA 4BDPA 2YNHA 2Y1JA 4Z4HA 1VSHA 2A1RA 3QIPA 4CHQA 1RT4A 4Z4CA 2Z1IA 4AHUA 1WSEA 3AVLA 3K58A 4B3OA 1RT3A 3AO4A 3QERA 4FZZA 2HHXA 3L2QA 2F8SA 3L2RA 3ZSVA 3OYCA 1TGOA 3SPYA 3TARA 4FLTA 2XRIA 4IFYA 1VRUA 3AO2A 2JGUA 3OS1A 3BDPA 3KLIA 1NK8A 3NF9A 4AHSA 1VK0A 1G15A 4FLZA 2KZMA 4RW7A 1QS4A 1N5YA 1KLNA 3SI6A 1ZBFA 3K5NA 1S1WA 4YFUA 2KQ2A 1RNHA 1CLQA 1S1TA 1NK0A 2A1SA 4CF1A 4HVJA 3B6OA 3PUFA 2W42A 3DM2A 4G1QA 4M3TA 2DFEA 1JL2A 3DLRA 2VG7A 1NKBA 2HVHA 4FJLA 1QE1A 1IH7A 1YVUA 4RW4A 3SNNA 3HJFA 3DI6A 1KVCA 4F2RA 1RTJA 1JXBA 1RBUA 2FBVA 4KV8A 4KI4A 1SL1A 4DTJA 4N56A 3D0PA 4AILC 3L3UA 4AHVA 4FJJA 3OS2A 4ZTJA 1C1AA 2G8FA 4CJQA 1HYZA 1DTTA 4DQPA 3F9KA 3HO1A 4NCBA 3TAPA 4O0JA 3IRXA 1HQEA 4JS5A 5DK5A 2DFFA 1C0MA 2IOCA 4FLUA 4BWJA 2ZD1A 1KTQA 1RT1A 2YKNA 2XO7A 3DMJA 4PA1A 3RMAA 4FZXC 1BQMA 3SUNA 2Z1JA 4Z0UA 3KLGA 1KLMA 4FLWA 1D8YA 2I5JA 4L8RB 3PX0A 4CHNA 4FJMA 4DTNA 1DLOA 1RT7A 3AVNA 4BDYA 4B9NA 1WAFA 2D0CA 1EXQA 3VQ7A 3WNGA 4DQIA 1QSYA 4K8XA 4H4OA 5CY4A 3SPZA 3NBPA 1B9DA 4AHCA 3C95A 1Q8IA 4CJ3A 1WSGA 1IKWA 1VSEA 3AA3A 1J9AA 1U47A 3MEEA 4Z4FA 1JLCA 3AA5X 4BDZA 4E3SA 3RRGA 3OS0A 2FBYA 3SQ4A 1TL3A 4TSXA 3SUPA 2IAJA 5FDLA 1DTQA 1GOCA 4KTWA 3LWLA 5HRPA 4C8LA 3HYFA 1SL0A 1ASVA 1D5AA 3O3FA 1NOYA 3LP2A 4M42A 1RILA 4CF8A 4E1NA 3OJSA 2RPIA 4LSLA 1SKRA 4FJGA 2O4IA 4JS4A 2DTUA 3LP1A 2YKMA 4IG0A 1IKVA 5JS2A 4CEZA 1Z25A 5KGXA 4W5TA 3KK1A 3CQ8A 4FM1A 1WNSA 4CGGA 4FLXA 1B9FA 1SL2A 1A5WA 1T05A 1KFDA 1WN7A 5KGWA 1J54A 4GVMA 3DRSA 4CEQA 1Y97A 1CZBA 4JRPA 1U4BA 4B9SA 5CYQA 3NDKA 2YHAA 3PO5A 3C6UA 4XIUA 4AHRA 3K5OA 4FJXA 3QEIA 1IO2A 2HHVA 1BL3A 4M41A 3HPOA 4RW6A 3DRRA 1JL1A 3C94A 4DSKA 3KKRA 3NF7A 3V9XA 1IG9A 4OLBA 3RTVA 2IDOA 5SZTA 3KK2A 2F8TA 3SYZA 1C6VA 3AO1A 3NH0A 4E7HA 3IS9A 3TAFA 1L3VA 3LAKA 2IGIA 4DFMA 1VSMA 4F3TA 1S1VA 4DSLA 1L5UA 3M8RA 4DQQA 3OYJA 1UA0A 3OYGA 1KRPA 1C0UA 4FZYA 1TKZA 2HVIA 3SV4A 2PYLA 5HP1A 1GOAA 2XY8A 1T03A 4O0IA 1X9SA 1NJWA 5FRMA 1C1CA 2B4JA 3A2FA 3U3GA 3C6TA 3NCIA 3SQ1A 4DFKA 3MXIA 1TKDA 2OZMA 1RT2A 4AHTA 1U48A 4DG1A 1QQCA 2D0BA 3OJUA 2RN2A 4KHWA 4EZ9A 2QXFA 4B9LA 3QESA 1HNIA 3AVAA 3V9UA 1TAQA 3AO5A 4CJFA 2EHGA 2HNZA 3VQ9A 5HRNA 1ZYQA 4DTMA 1UOCA 4Q5VA 4EP5A 1FKPA 4JRQA 3QIOA 3SJJA 1KVBA 2OPSA 2F96A 4CGFA 1CZ9A 3MEGA 1D9DA 3ZSOA 2IS3A 4CK1A 4HCCA 4LD0A 4DMNA 3AVBA 3ALYA 3O3HA 1JXEA 1RDBA 3H08A 1LWFA 1YTUA 2O4GA 1NK9A 3RR7A 4FJ7A 4PUOA 2X6NA 2HW3A 3RWUA 4N41A 3K59A 1XWLA 3WNFA 3AVGA 4CIGA 3ULDA 4BE2A 3E01A 3KKSA 5FROA 4FJHA 1BCOA 3CM5A 3DOLA 5E41A 4CHPA 1TK5A 5T7BA 3TAQA 4CESA 4ELTA 2YNGA 4FW2A 4OLAA 5I3UA 1C1BA 3OYHA 3EZ5A 1TKXA 4CEDA 4ICLA 2G8KA 3ASMA 4CFCA 3S3MA 1EX4A 2OPPA 4CERA 2R7YA 4I9QA 3MEDA 4CIFA 1SKWA 3CYMA 4CECA 4YNQA 1U04A 1I3AA 4DU3A 2VWKA 3D45A 3ISNC 4DTUA 3LDSA 2OYQA 4KKOA 4W5QA 4FJ9A 1S1XA 2BE2A 4C8KA 3UIQA 4CJVA 1S9GA 3G10A 3MAQA 4FJIA 3VQ6A 3VQDA 1FXXA 4FM0A 5FRNA 2YHBA 2Q3SA 3DLEA 3P83D 4ID1A 4N5SA 3O4NA 4F8RA 5CYMA 4Z4GA 4B08A 2ZE2A 4FK0A 3QEXA 3NFAA 3K5LA 1R0AA 5HRSA 4RW8A 5EU7A 4DS4A 3S3NA 4B9TA 3RR8A 2FBXA 4FXDA 3NGZA 1EP4A 3HP9A 4LH4A 2JLEA 5JS1A 1JLAA 3G0ZA 4M3WA 2YNFA 3P1GA 4IG3A 4IDKA 1WSIA 4E7KA 4CJPA 3V81A 4CF9A 4KHYA 3HPHA 1N6QA 4CGJA 4KPYA 1FK9A 2ITGA 1FKOA 3MXJA 1BGXT 3WNEA 1L3TA 4KHNA 1F21A 1QTMA 4FK2A 1JLEA 3OYAA 3AA2A 3OYFA 3K2PA 3SCXA 1Q9YA 1J5OA 4MFBA 3AVJA 1U45A 2LSNA 4CJEA 3SUOA 3OVNA 3NAEA 3HP6A 3AVMA 3TANA 3P5JA 4CCHA 1NJXA 1HQUA 1RT5A 1BIUA 3VQBA 3PX4A 4J2AA 3IAYA 4FK4A 1RDDA 3AO3A 3AVKA 3NE6A 4DLEA 3KLFA 3PO4A 4ELUA 4F2SA 3CFOA 2PY5A 1EKEA 1GOBA 3V9SA 2PZSA 2Y1IA 3DLBA 3VQPA 3FFIA 4M3YA 5K14A 4LSNA 4FJNA 1BCMA 3DLKA 1RTDA 3NH2A 2HHTA 3KLEA 2AJQA 3QEPA 3ZSYA 1NK4A 1ITGA 3TABA 3V1QA 2G8IA 3HM9A 4J2EA 2X6SA 2HHWA 4Z4EA 1RDCA 1VRTA 3KIOA 3ZT0A 1REVA 4FJ8A 1RTIA 1I39A 4BE0A 1K6YA 4DSEA 4OGCA 1NJYA 4HHTA 4DTXA 4DFPA 1U49A 2VG5A 5J2PA 1A5VA 3O4QA 3U6FA 5HROA 3ZT2A 4DF4A 4CJUA 4B8CA 3VN5A 3AA4A 2FBTA 3VQAA 3HPGA 1QHTA 4E7LA 1XC9A 3RMBA 3KD1E 4FLVA 2B6AA 5HBMA 3K57A 4QAGA 4E7JA 1HRHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I9LA 4B3RK 4Q0BA 4CVNE 5KQDA 4FWSA 3S9HA 1LAVA 2XY5A 1BI4B 3IUCA 3QMLA 3DLLL 5CHIA 3VF2A 2QXLA 1LAWA 4DLGA 5LY3A 4DU4A 3SMPA 1KVAA 4W5RA 2P9UB 1RBVA 2YI1A 1WAJA 3T3FA 3L4IA 2HHQA 1XHXA 4W5NA 4LF9K 3PIOL 4QOZB 5JICA 3MN9A 4LF8K 3L3VA 1HNZK 3KJVA 4LFCK 3IG1A 4KFBA 4O44A 4CGIA 2VYPA 2UXBK 1SAZA 4BRIA 2E2NA 1LWCA 5LMUK 4WQ5C 1NG9A 4YOWA 1NGJA 4HTLA 4NXMK 3ATVA 4IKFA 4A2BA 4XH1A 2E4LA 1VQPN 3VQQA 4MQ3A 4FJKA 3TTDA 4CJLA 3CG7A 1WB9A 4RG8A 2O8BB 4BRNA 4ZTFA 1JLQA 4CIEA 1RFQA 4CJRA 1HLUA 1HMVA 3CCSN 4E19A 4OPJA 3OYIA 4B9VA 2FXUA 3ENBA 5HRRA 4NCAA 4DUYK 4BVPA 4J2DA 3ZSWA 5EX5A 2D0AA 1K8KA 2XY7A 5DM6L 3JSMA 4KHQA 3CD6N 1LWEA 1RBTA 1YT3A 4CFDA 1WSHA 3HK2A 1RTHA 3LP3A 4B8AB 1OH8A 2D5RA 4KTQA 3THWA 2QKKA 1H1VA 3AVHA 1VSLA 1RT6A 2IC3A 5AQXA 2YHYA 4PY5A 4PL8A 3NGYA 2O8FB 3LWMA 1YTAA 2YV0X 3ZLJA 2X78A 5EXWA 1VQON 4AM6A 3HL8A 1X9MA 3A8YA 1BDGA 5FPNA 4F3OA 2XY6A 2GWKA 5ADXA 5E84A 1OVQA 4WYBA 2PY5A 3U9DA 4DV0K 4F9OA 5C24A 1S3XA 5KRTA 3CMAN 4FW1A 3L2UA 2IVOA 3I0RA 3OW2M 1KSPA 2VWBA 1Q18A 2P9LB 1NKCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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