1YTAA

Crystal structure of oligoribonuclease, the lone essential exoribonuclease in escherichia coli
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
180
structure length
180
Chain Sequence
SANENNLIWIDLEMTGLDPERDRIIEIATLVTDANLNILAEGPTIAVHQSDEQLALMDDWNVRTHTASGLVERVKASTMGDREAELATLEFLKQWVPAGKSPICGNSIGQDRRFLFKYMPELEAYFHYRYLDVSTLKELARRWKPEILDGFTKQGTHQAMDDIRESVAELAYYREHFIKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of Oligoribonuclease, the lone essential exoribonuclease in Escherichia coli
rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase,translation
molecule keywords Oligoribonuclease
total genus 61
structure length 180
sequence length 180
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2005-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ytaA00
3JYTA 3MEEA 3TAGA 4CHNA 3THVA 2QKKA 4K8ZA 4KHYA 3DLHA 1KTQA 1S6QA 2Z1HA 4CIEA 4CF8A 3CFOA 5T7BA 1UOCA 2Y1IA 5J2MA 1NKCA 1REVA 2Z1GA 2YNFA 1CXUA 3L3UA 2OA8A 4FLUA 4OKEA 1RDCA 3ISNC 4ZHRA 4OGCA 3RMAA 1LW2A 2ITGA 4I9LA 1Y97A 3AVMA 3SCXA 1L5UA 1RDAA 4CHQA 4CE9A 1SUQA 2ATQA 1EETA 4MQ3A 3SUPA 1D5AA 4J2DA 4CJVA 4KPYA 1X1PA 3O3FA 3L2QA 1QS4A 2YHBA 3DYAA 3AVNA 4O5BA 1GOBA 4ICLA 2HHXA 5HRSA 1C6VA 2WOMA 4PA1A 3HJFA 3HXMA 4AHUA 4NCBA 1U04A 1XHZA 1IKWA 1BCOA 2P5GA 4IDKA 1S6PA 1I39A 1QSLA 4NCAA 4CJ5A 4FJ7A 1WSJA 4FK0A 1DTTA 1FKPA 1WSIA 3B6PA 4CFDA 1C1AA 1S5JA 3K5NA 1J5OA 3ZT4A 4B9NA 4KO0A 3E01A 3ZT0A 3LP3A 4DTNA 4W5RA 3SI6A 2XY7A 4KI6A 4IG3A 3IRXA 3KLEA 3KK3A 4HUEA 4OKKA 2HNDA 4I7FA 4DSEA 1NOYA 3TAQA 1EX4A 3NBPA 1SL1A 1QSSA 4B9MA 2FBXA 2G8UA 2P5OA 3DLRA 4E7HA 2OPQA 4HCBA 4DG1A 1JLAA 1JXBA 3O4QA 3V9UA 4CK3A 4FM2A 3MXIA 2YKNA 4KTQA 3BDPA 1IO2A 4C8LA 1JLQA 4C8OA 3QEIA 4DSKA 2HHUA 3P83D 3PUFA 4BE2A 2D0CA 1JLFA 1D8YA 1RBSA 3AVIA 4CJQA 4FLWA 4B3OA 4QAGA 3M8QA 4CF2A 3F73A 1NKEA 2QKBA 3DRSA 5JS1A 2D5RA 2DFEA 3CYMA 5SZTA 1VSKA 1NJYA 2QXFA 3FFIA 3V4IA 2VG6A 4IG0A 4DS4A 3QLHA 1NK4A 2XY8A 4CEDA 4LSLA 3DRRA 3V81A 1TV6A 1ITGA 4FYDA 4DFKA 3QEWA 2P51A 3ZSYA 1ZYQA 4DTPA 3JSMA 4CJ4A 3C6TA 1HRHA 4Q5VA 1L3TA 4J2EA 4KHUA 3SPZA 2X6SA 1XWLA 3V9SA 4E0DA 3LP0A 2EX3A 3OYIA 3PO4A 3VQQA 5C42A 1CLQA 5HBMA 2OZSA 4FLYA 4O0IA 4CJKA 1TAQA 4C8KA 3K57A 1B92A 3U3GA 2JGUA 4CESA 5SWMA 3D45A 1JXEA 2WONA 1TGOA 4KTWA 4CEFA 5I42A 4IFVA 3K5OA 1WAFA 4Y1CA 3AA3A 4Z4HA 4FJJA 3KKRA 3BGRA 3S9HA 2HB5A 4I9QA 3HVTA 5FROA 3NH0A 2RKIA 4CFBA 3S3OA 2W42A 2HVIA 1J9AA 3K2PA 2PZSA 4CIGA 4N47A 3QETA 3O3HA 2Y1JA 2Z1JA 2VWJA 4CGDA 3QEXA 3PX4A 1NJZA 3PY8A 1EP4A 3LDSA 1L3UA 1D9FA 4OKJA 4CJPA 2BDPA 4XIUA 4DSIA 1VSIA 3B6OA 2VG5A 1IG9A 4HUFA 3AVBA 4WE1A 3AA4A 4B9VA 3WNEA 3O4NA 4CGJA 4OLAA 4GVMA 4CGFA 2HNZA 3DM2A 4DTRA 3M8PA 3V9XA 1GOCA 4E19A 3OYFA 1EKEA 1YTAA 3NGZA 4M3ZA 4Z4FA 1S1XA 4CJTA 1HJRA 4M3TA 4YFUA 1TK8A 4KHQA 1SL0A 1C1CA 1WNSA 1VSFA 3ZSXA 1HMVA 1RTJA 2GUIA 4FJ9A 1ASUA 3OVNA 2X74A 3AO5A 4CJRA 4M3WA 3AA5X 3P1GA 4RW9A 4M3YA 2KTQA 4RW7A 4W5TA 4N76A 4DFMA 2RF2A 3V1QA 4IKFA 4H4MA 5C25A 4LY7A 3TR8A 3WNHA 4DSFA 1BL3A 4FJKA 3AVGA 5JS2A 4AILC 4KKOA 1NJWA 3DOLA 3MXJA 3AVHA 3NGYA 3OJUA 1NK7A 4E7KA 3ZSOA 4CEQA 3QESA 4KFBA 1S1UA 3RMDA 4CJLA 1KVBA 4DS5A 1SKRA 4DWIA 1QHTA 1RBVA 2E6LA 3ASMA 4G1QA 4FXDA 4PWDA 2HHSA 4MFBA 2KFZA 5HROA 4JLHA 4Z4IA 3DMJA 4YNQA 1RT7A 4KHNA 2A1RA 2Z1IA 2ZD1A 2EHGA 4UQGA 1RBRA 1RNHA 3SV3A 1JKHA 2D0BA 5CYQA 3C95A 4KI4A 1BQMA 1DTQA 3HSTB 4N5SA 4TSXA 4FM1A 1Z25A 5C24A 3RTVA 4W5NA 1XI1A 4Z0UA 4KHWA 4DLEA 1TK5A 3RWUA 3HT3A 3V1RA 3EZ5A 2QK9A 3OYKA 1CXQA 2YNGA 1RDBA 1UWBA 3O3GA 3QEVA 1VRTA 2ETJA 1RTHA 4I2PA 1VRUA 3L8BA 2YKMA 3MEGA 4GMJB 4Z4CA 3CG7A 1TVRA 3HPHA 4KV8A 1O1WA 2E6MA 4FK2A 3TANA 4DQSA 2I5JA 1HPZA 4CFCA 3EY1A 3NGIA 1IKXA 3VQDA 3VN5A 2HHWA 3RR8A 3AO4A 1S9GA 5FRNA 1RCHA 1IKYA 1TKXA 3AVLA 4NYFA 4C8NA 4BWJA 1ZBIA 3RRGA 2RN2A 5HRRA 4F3TA 1KSPA 3SQ4A 2PYLA 2DFHA 3RMCA 4KTZA 2B5JA 3HVRA 3F9KA 2NUBA 4NCGA 1NJXA 4IBNA 4LD0A 1KCFA 4CGGA 1LWEA 1HYVA 4FW1A 3SZ2A 2FBYA 5DMRA 1CZ9A 1DLOA 4CF1A 4EP4A 4JRPA 2IGIA 4M42A 1BISA 2YHAA 1RDDA 1RT3A 1N6QA 3L2UA 1NK0A 1VSMA 3I0SA 4HVJA 4HHTA 4JS5A 4EZ9A 4K8XA 3OS1A 1RT2A 3VQEA 3HP6A 3VQ5A 3CM6A 3K5LA 3OYJA 1U48A 1KFDA 4DU3A 1NK8A 1VSJA 3OYAA 4FLTA 4QOZB 5K14A 2A1SA 4CERA 4CHPA 2F8TA 1RT4A 5HLFA 1HQEA 1SL2A 1UAXA 4E1MA 3SQ2A 4FLZA 4FJIA 4CFAA 4FJXA 4O44A 3ZSZA 5KRTA 3NFAA 4PY5A 1TL3A 1EXQA 3AVFA 4CJSA 3CFRA 1C0MA 3DLEA 4O4GA 4M3RA 3TAMA 3L2VA 4E7JA 4CEOA 1XC9A 3QEPA 4M3XA 4FJNA 1ZBHA 2YV0X 2DFFA 2R7YA 4BE0A 4CJFA 3ZCMA 3ZT2A 5HRNA 3MXMA 1WN7A 3CQ8A 2JLEA 3SUNA 4CHZA 1BQNA 3K5MA 4DF8A 5KRSA 3LWMA 2RPIA 3M8RA 1T05A 2KFNA 4CK2A 1TKDA 4IFYA 2G8FA 1X9WA 2IC3A 3SNNA 3WNFA 1Q8IA 3QIOA 1A5VA 4OPKA 4E7IA 3C94A 4M41A 2DTUA 4H8KA 4JRQA 4B8AB 1ZBLA 4OGEA 1JL1A 2XO7A 4CJUA 5E41A 3ZSRA 2KZZA 1WSHA 3IG1A 2KZMA 4JS4A 4CEZA 4CK1A 3LZIA 1YT3A 2BANA 1S1TA 4BDZA 3TI0A 2HHQA 4FJGA 4W5OA 1SKWA 4OPJA 4DSJA 5FRMA 1BGXT 2IOCA 3ZT1A 3OYMA 4AHVA 3PV8A 4H4OA 2ZQBA 1IKVA 5D3GA 5KGXA 3TWHA 3T3FA 1LAVA 1TKZA 1MU2A 1UA1A 3L2WA 2KQ2A 3RMBA 1R0AA 2X6NA 3OJSA 4KHSA 4DTXA 2DY4A 3NAEA 1KLMA 4B08A 1UA0A 3HYFA 1VSDA 2YNIA 5CZ1A 4E1NA 1RTDA 5KI6A 3DLKA 3UIQA 2O4GA 3HO1A 2F96A 5CZ2A 1X9SA 4PQUA 1VSLA 3ITHA 3SV4A 1X9MA 4DTUA 4KAZA 1LWCA 3AO1A 3ZSWA 1B9FA 3I0RA 4RW6A 3NHGA 5J2PA 4FZXC 1JLEA 3LANA 5J2QA 3AVKA 3SQ0A 3SUOA 2O4IA 3VQ8A 3NH1A 4DQRA 1LV5A 4B9UA 4DTMA 4BDPA 4OLBA 3OS0A 4DSLA 1QSYA 4HTUA 3OYBA 3H08A 4FK4A 4J2AA 3LAMA 1JL2A 4ELTA 3HM9A 1S9EA 4DQIA 1TK0A 1BI4B 1KRPA 4B9LA 2F8SA 3I8DA 3L3VA 3QO9A 3VQ7A 1ASWA 1JLBA 4RW8A 1U4BA 1F21A 2KW4A 5FDLA 1LAWA 3KTQA 1KFSA 5CYMA 4BDYA 3S3MA 3OYCA 4KRFA 1RBUA 1Z26A 2GBZA 3G10A 4AHSA 3VQ9A 3TAFA 3ALYA 3U6FA 3PX0A 4FZYA 4HUGA 4M3UA 3CFPA 4DFJA 1BHLA 4KREA 1JLGA 1HYZA 3EYZA 4R5PA 3KD1E 1T7PA 4E3SA 2IS3A 4BWMA 1RILA 4EP5A 3TABA 1HNVA 1QQCA 1KVAA 1KLNA 4B9TA 4FLVA 2XY6A 3S3NA 4LH4A 2E4LA 4OVLA 3VQAA 3V6DA 1N5YA 3LP2A 1K6YA 4O55A 1HYSA 4C8MA 2XRIA 3SJJA 3HPGA 4ZTJA 4O0JA 1A5WA 2G8KA 2FBTA 1JLCA 2IAJA 4CJEA 2VWKA 1ASVA 4DFPA 3IAYA 4CCHA 4FJLA 4Q0BA 1C0TA 4BACA 4FM0A 3KJVA 1WSFA 2OPPA 3OY9A 3PX6A 4F8RA 3HK2A 3U3YA 1U49A 1BI4A 1S1VA 4ZTFA 3NF9A 1NK9A 1KVCA 4CHOA 3NE6A 2PY5A 4ID5A 4Z4GA 4NYNA 4FCYA 3AV9A 3AVAA 1RBTA 3A2FA 1C1BA 2G8IA 3NH2A 4LH5A 4FLXA 1B9DA 2OPRA 3NDKA 3ZT3A 3VQBA 4DTOA 4N56A 5DK5A 3P5JA 3IS9A 4GW6A 2BE2A 1BIZA 4CF0A 4F3OA 1XHXA 4DMNA 3ULDA 4CEBA 3ZSQA 3DRPA 1NOZA 4E89A 3LALA 2AJQA 3G0ZA 3LAKA 3V9ZA 3NF6A 1RT1A 5HRPA 1ZBUA 2OZMA 1U45A 4ELVA 2B6AA 4F2RA 4I2QA 3AO3A 3VQ4A 2HNYA 3DLGA 3OS2A 3OYGA 3M8SA 1Q9XA 3NF8A 1ZBFA 1RT6A 3VA3A 5J2NA 3MEDA 3T1AA 1FK9A 1A5XA 3LPTA 1L3VA 2IDOA 3KK2A 4CEEA 3LPUA 4DQPA 4EZ6A 3DI6A 3SQ1A 3VA0A 3LZJA 2G8WA 2BGGA 1W9HA 3NCIA 3VQCA 3QIPA 1WAJA 4CEAA 3MECA 3HPOA 2PYJA 4PUOA 4Y1DA 4DF4A 4DU4A 2B4JA 3K58A 4DQQA 3CM5A 1I3AA 1GOAA 4CJWA 3VQPA 2HVHA 3OYEA 3SYZA 3D0PA 3KLFA 3QNNA 3NF7A 1J54A 1WSGA 4HCCA 4FW2A 1VSHA 2GV9A 1LW0A 4AHRA 4QCLA 4F4KA 2D0AA 1TAUA 1HQUA 1IH7A 3OYLA 5HP1A 4FZZA 4M45A 4ID1A 1T8EA 1TL1A 4RG8A 4FJHA 2X78A 4F2SA 1HNIA 2HW3A 2XY5A 3RR7A 1D9DA 1S1WA 1BCMA 3KLIA 2ZE2A 4FJMA 5CY4A 4DTJA 1QTMA 3T19A 2G8VA 3OYHA 3C6UA 4CHYA 3TAPA 4LSNA 4OJRA 2HHTA 1NK6A 2HMIA 3AO2A 3LP1A 4W5QA 3KLHA 2OPSA 4AHCA 3RRHA 3QERA 1RTIA 3WNGA 3HL8A 1NKBA 1VK0A 1QE1A 4AHTA 4CJ3A 3VQ6A 4CECA 2FC0A 4N41A 3HP9A 3DOKA 3KK1A 1L3SA 3PO5A 1NK5A 1TKTA 1WLJA 1FKOA 4B9SA 1SV5A 4CGHA 2P1JA 3AVJA 3OYNA 3AA2A 4BE1A 1LWFA 1RT5A 2LSNA 5KGWA 5I3UA 4FVMA 2YNHA 2OYQA 3QINA 3V1OA 5J1EA 3KLGA 4L8RB 1BIUA 4CGIA 1Q9YA 3TAEA 1FXXA 4FJ5A 4E7LA 1C0UA 1G15A 4FJ8A 4CIFA 3KKSA 3LWLA 3QNOA 5EU7A 4J2BA 4CF9A 1WSEA 4DLGA 4DU1A 3K59A 3V9WA 1J53A 3ZSVA 4ELUA 1CZBA 2FBVA 2Q3SA 3KIOA 3OYDA 4DTSA 3SPYA 1SKSA 4KB1A 1VSEA 1U47A 4KB0A 1YTUA 2HHVA 1YVUA 3TARA 2G8HA 2VG7A 4Z4EA 1T03A 3MAQA 4AH9A 2XHBA 3AVCA 4RW4A 5KTQA 3SUQA 4B8CA 3DLBA 1W0HA 3KD5E 3L2RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CHNA 3SMPA 5KPTA 4EIAA 1UOCA 5J2MA 2Z1GA 2WC9A 4FLUA 1S22A 4OKEA 2CH6A 4OGCA 1LW2A 2F7TA 4IEEA 3ZX0A 4CHQA 4MQ3A 1D5AA 4H0VB 3QFUA 4J2DA 3O3FA 5LMNK 3VTIA 4O5BA 4WFBL 4JK8A 1GOBA 4DR2K 1J6ZA 3HM8A 1IKWA 1QQNA 1I39A 1U2VA 4NCAA 4JI8K 1DTTA 3B6PA 1WSIA 3P38A 1J5OA 3K5NA 3E01A 5C2DA 4HUEA 3VERA 2KHOA 4WFAL 1SL1A 2FBXA 3L4IA 2P5OA 4YOVA 4YOWA 3KK7A 4PKHA 2O8CA 2YKNA 5BRHA 4BROA 4F9OA 3PUFA 1D8YA 3AVIA 3IKMA 4CJQA 2QKBA 3CYMA 4IG0A 4FWQA 4QS8A 2A6AA 3WEEB 2CH5A 5GINA 1TV6A 4IJAA 2HBLA 4YDUC 5ADXH 5BPLA 1ZYQA 4DTPA 3H1QA 3UKRB 2QWNA 3R1XA 2X6SA 1XWLA 3PO4A 2EX3A 5C42A 4BGBA 2GEMA 2IVPA 4KBOA 1T6DA 1TAQA 3D45A 2VWBA 3F2KA 3IDHA 4WQ5C 5I42A 3K5OA 3BGRA 3PIPL 3S9HA 4CBUA 4I9QA 3HVTA 1KXPA 2RKIA 4CFBA 3S3OA 3MDQA 4BC4A 1QHAA 4WF9L 3CC4N 3QETA 3SAFA 3O3HA 3PX4A 2Z1JA 3PY8A 1U6ZA 1EP4A 4OKJA 1P90A 3VGKA 3MWPA 3FGUA 3CCVN 1JCGA 3VEWA 2QWMA 3DJCA 4FWMA 2VG5A 1VQPN 2P9UB 3O4NA 4OLAA 3KWGA 4CGFA 4LC9B 3DM2A 4C1NK 5F2RA 4E19A 5AQQA 4M3ZA 4Z4FA 1S1XA 2P9SB 1KD1O 4GKKK 4M3TA 1SL0A 4FJ9A 1HMVA 3A0IX 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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