1YTAA

Crystal structure of oligoribonuclease, the lone essential exoribonuclease in escherichia coli
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
180
structure length
180
Chain Sequence
SANENNLIWIDLEMTGLDPERDRIIEIATLVTDANLNILAEGPTIAVHQSDEQLALMDDWNVRTHTASGLVERVKASTMGDREAELATLEFLKQWVPAGKSPICGNSIGQDRRFLFKYMPELEAYFHYRYLDVSTLKELARRWKPEILDGFTKQGTHQAMDDIRESVAELAYYREHFIKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Oligoribonuclease
publication title Crystal Structure of Oligoribonuclease, the lone essential exoribonuclease in Escherichia coli
rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase,translation
total genus 61
structure length 180
sequence length 180
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2005-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ytaA00
2VWJA 1RBTA 1TVRA 2Z1IA 4RW6A 4E3SA 1RTDA 4DSKA 3PV8A 3LP1A 4Y1DA 1XC9A 4KHWA 3M8RA 5C24A 1J53A 4AHVA 1VSKA 2OPRA 4F8RA 3RMCA 3NF8A 4Q5VA 1QSSA 1FKPA 3AO1A 3LP0A 4Z0UA 2FBTA 5CYMA 4E1NA 4Z4HA 4DFJA 3OY9A 2DTUA 3C6TA 4EZ9A 4N41A 4I9QA 4O0JA 4BACA 4DLEA 1LAVA 1MU2A 1HYZA 2WONA 3SV4A 1QSYA 5CZ1A 1ITGA 1N6QA 2NUBA 1JLEA 3CM5A 1I3AA 4DTRA 5J1EA 2X6NA 5KTQA 3JYTA 2D5RA 3AO3A 4N47A 1DTQA 3ZT1A 3SYZA 1A5WA 4CF2A 5KGXA 1IO2A 1S1UA 2YKMA 1C6VA 1NJYA 3SQ0A 4JLHA 3SQ2A 1EKEA 4HUEA 4DTOA 4FJHA 5FROA 1CLQA 4CE9A 4KI4A 2G8WA 1VSJA 4ID5A 4CF8A 1SL0A 3DLRA 3DRSA 3JSMA 3K58A 3HPOA 2IDOA 3O4NA 3AVMA 4RW4A 4E7JA 4QAGA 1ZBIA 1JLAA 3L2QA 1L3VA 4Z4IA 5HROA 3V9XA 1BI4B 2O4IA 3NF9A 5I3UA 3KLHA 1S1XA 4CERA 3S3OA 4KPYA 3HPHA 4CJQA 4CJRA 1R0AA 1CXUA 2QKBA 1NJZA 1BHLA 4BE0A 4Z4EA 2KFNA 3PY8A 4CGIA 3ULDA 4DTJA 1UWBA 3U6FA 2RN2A 2LSNA 4E19A 1U48A 2XO7A 4FM0A 4C8OA 3SV3A 1LAWA 3ITHA 1L3SA 1KLMA 1BCMA 1FXXA 3L2VA 3VQCA 3LZJA 2HNYA 4CJVA 1RDCA 4PUOA 2OZSA 4J2AA 4LD0A 4Z4CA 1RBSA 3KJVA 4OKKA 3AVJA 3CFOA 2DY4A 4ICLA 5JS1A 1TAQA 3AVIA 5CYQA 1SKWA 3DOKA 3WNEA 4FZZA 2DFHA 4IFVA 1VSDA 1U49A 4OLBA 3MEGA 4LY7A 1RT3A 2XY5A 4FJJA 2F8SA 2HB5A 1RDDA 4CJFA 1NK0A 1VSFA 4MFBA 3ZCMA 4CJEA 1D5AA 1HYVA 5HP1A 3LAKA 3MXIA 2Z1HA 1TKTA 4FJLA 2A1RA 4QCLA 1LV5A 1S9EA 4J2BA 1O1WA 3DMJA 3OYMA 3CQ8A 3LALA 1SKRA 4J2DA 4CFAA 4M3XA 4KHNA 2HHXA 1VSEA 1TKXA 2PY5A 4FJKA 4FLXA 4CJLA 1JXBA 2B5JA 3KK1A 1TV6A 4B3OA 3O3FA 4RW8A 4O44A 1C1CA 3NGZA 2ZE2A 4DSEA 3WNGA 4E7IA 3V1QA 1WAFA 3F73A 1ZBFA 5CZ2A 3VN5A 3KTQA 4M42A 1KVCA 1NJWA 4B9TA 1QTMA 1IKYA 3TAFA 4FJIA 3HM9A 4I2PA 1C0TA 2D0CA 3L2WA 2BANA 2ETJA 1JLGA 1JKHA 2E6MA 3LANA 1CZBA 4CK3A 4DU3A 4J2EA 1HNVA 4GW6A 4CEDA 3SNNA 4B9VA 1NKCA 4ZTJA 3AA5X 4DU4A 1ASWA 2X6SA 2IC3A 3H08A 3QNNA 1KRPA 3QEPA 4FYDA 3G10A 4DMNA 3OYDA 2XY7A 3S3MA 1KLNA 3AA4A 4KHSA 4KHUA 4I9LA 3MXMA 1NK5A 4CJWA 1W9HA 3SPZA 2HHSA 1L3TA 2WOMA 4YFUA 4CEOA 3HPGA 3ZT3A 3AO2A 3RMDA 3HJFA 4CHQA 3K5MA 4KKOA 4PQUA 5KRTA 2RF2A 1RT6A 3S3NA 5J2QA 1VSHA 3RRHA 1X9WA 4PY5A 3CYMA 1WSEA 3L3UA 2G8FA 4FK0A 1L5UA 3MAQA 4HCBA 4E0DA 4ZHRA 1IKXA 2FC0A 3OYGA 5HLFA 3TAQA 4LSNA 3MECA 1NJXA 5DMRA 4B9MA 1KVAA 1RTIA 4FM1A 4W5NA 4BDYA 4GMJB 4MQ3A 1NKEA 3BDPA 1Z25A 4HCCA 4KHYA 2Z1JA 4CEBA 2X78A 4CHZA 1WNSA 1JXEA 4HHTA 4B9LA 1RT5A 3BGRA 1FK9A 3A2FA 3TAPA 2GV9A 1SL2A 4I7FA 3U3GA 4KTQA 1U47A 4CHOA 3CFPA 4H8KA 1S1WA 2PYJA 2OZMA 3DLBA 1JL1A 2B4JA 4F3OA 4DTNA 3ASMA 2G8HA 2FBXA 3L2UA 3V81A 4BDZA 4KFBA 1X9MA 1NK4A 4CGDA 3QINA 2QKKA 3OYNA 3VA0A 4CJ4A 4FXDA 3C94A 1KCFA 1SL1A 5T7BA 1F21A 3T19A 3MEDA 4OPJA 1KTQA 3RTVA 4F2SA 3HO1A 4N5SA 4JS5A 4C8KA 2AJQA 3RRGA 2YHBA 2FBYA 3OJUA 4JS4A 2B6AA 3NH2A 4CJ5A 3LPUA 4CCHA 1LW0A 4Q0BA 1G15A 2HNDA 2IS3A 3OYLA 3KLEA 2OYQA 1KVBA 4DSJA 3PX6A 3TWHA 1BISA 5FRNA 4CHNA 2KZZA 5SWMA 3OYKA 3AV9A 2BGGA 3QIPA 3ALYA 3P83D 3NH1A 1BQNA 4KV8A 4M41A 4ID1A 3OYHA 4DSLA 1A5VA 1S1TA 1Y97A 3UIQA 1TK0A 3HT3A 4M3ZA 3AVBA 1RTJA 2KQ2A 4AHRA 4RW9A 1RT4A 1T05A 4BDPA 4FK2A 1BCOA 1VSLA 2JLEA 2EHGA 4C8NA 4CF0A 3DI6A 4AHCA 3DRPA 3E01A 2HHWA 4RG8A 1HQEA 3DRRA 1D9DA 1BI4A 1ASUA 4HUFA 4DTUA 1SKSA 4KAZA 4KREA 4CFBA 4LH4A 1A5XA 3KK2A 3HVRA 2HW3A 4Y1CA 3TAGA 1TK8A 1YTUA 1JLFA 4N76A 4KHQA 1TL1A 2OPPA 1JL2A 1X9SA 1WSFA 3AO5A 3DYAA 4FW2A 4DTPA 1LW2A 4M45A 1U45A 4AHSA 3HXMA 1UA1A 3ZSOA 3CM6A 4NCGA 4R5PA 4NYFA 3LDSA 4DQPA 1CZ9A 5CY4A 4DF4A 4N56A 3QNOA 3QO9A 4W5RA 4EZ6A 4W5OA 1ASVA 4FJ8A 1SV5A 1W0HA 1IH7A 1WSHA 1WSIA 3P5JA 4DTMA 1S5JA 4DWIA 2KW4A 4B08A 3B6OA 4CEQA 1B92A 5HRRA 1B9FA 4CGJA 4CJPA 4CEZA 3SUNA 3B6PA 1NOZA 3LP3A 3VA3A 1NK6A 4AHTA 2QXFA 2D0BA 4EP5A 1RBUA 3KD1E 4BE1A 1DLOA 1HQUA 1RDBA 3AVLA 3DOLA 3NBPA 5C25A 3VQEA 2OPSA 1KFSA 1HNIA 5FDLA 4E7KA 1XHZA 3LZIA 3SQ1A 3RR7A 3ZSWA 2O4GA 2P51A 1BL3A 1VRUA 4DS4A 3C6UA 4DQQA 4KO0A 4KB1A 3SJJA 2HVHA 3OS1A 1QQCA 4OVLA 3ZT4A 5HRSA 5D3GA 1JLQA 4CK2A 3TAEA 2OA8A 4BWJA 1EP4A 4O55A 3OYFA 3THVA 1U4BA 4FJMA 4OKJA 2RPIA 3CG7A 4CJ3A 4UQGA 3V9WA 4XIUA 3D0PA 2HHTA 4AHUA 2YHAA 4E7HA 5KRSA 1NK8A 2P1JA 1C0UA 1HYSA 3TANA 4FLZA 3VQ8A 4CF9A 3DLKA 3CFRA 4OKEA 1EXQA 3NF6A 1J5OA 1RDAA 1RBVA 4AH9A 4DTSA 4DFPA 3LWLA 4FJGA 3NAEA 3D45A 3ZSVA 4NYNA 3I8DA 4JRPA 3MXJA 5FRMA 1WN7A 4M3UA 3V1RA 3EYZA 4M3YA 3KK3A 1Q9XA 4CGFA 3VQQA 4DS5A 4E1MA 1S6QA 2BE2A 4FLUA 4CJSA 3AA3A 1Q9YA 4KB0A 1Q8IA 4DQRA 4CFDA 1WSJA 3HYFA 4F2RA 3QEXA 5J2NA 4M3RA 1FKOA 4CIFA 4KRFA 2YNGA 2KTQA 1XWLA 4CIGA 5I42A 4F4KA 1TKZA 2VG7A 2YV0X 4CF1A 4IG3A 1RBRA 3VQBA 3KLFA 1D9FA 5J2PA 4H4MA 3S9HA 1RCHA 4CJTA 1L3UA 3NHGA 3KLIA 1CXQA 2A1SA 3IRXA 4PA1A 4CHPA 4CK1A 1J54A 4JRQA 4BWMA 3MEEA 1SUQA 2G8VA 3VQ5A 3QEWA 5C42A 4FJ7A 4FLWA 3ZSQA 3V1OA 3QEVA 4M3TA 2DFFA 2ZD1A 1RNHA 5HRNA 3K5NA 3O4QA 5HRPA 4ZTFA 4DTXA 1UA0A 2HHUA 4E89A 1IG9A 4OGCA 4Z4GA 1QS4A 3K5LA 4DQSA 2PYLA 1U04A 1EETA 4KTZA 5E41A 3VQ9A 3EZ5A 2ATQA 2EX3A 3L3VA 1TK5A 1BIZA 2XHBA 3TARA 3DLGA 3AVKA 2Y1IA 3QERA 2E6LA 4K8XA 2HMIA 4DSFA 4B9NA 1BQMA 2KFZA 3OJSA 2YNHA 3SZ2A 4OPKA 4DU1A 2ITGA 3NCIA 3IAYA 3O3HA 4CEFA 3AVCA 4OLAA 3LAMA 2GBZA 3I0RA 3DM2A 3WNHA 4B8AB 3K57A 3NGIA 2IOCA 1TGOA 4DG1A 3TI0A 1RT2A 1C0MA 2FBVA 3KLGA 4DF8A 3LWMA 4LSLA 2R7YA 4CESA 1RT1A 1UOCA 3SPYA 4L8RB 1I39A 2F96A 1RILA 4CGHA 4W5TA 1X1PA 3HP9A 4IBNA 4C8MA 4CGGA 4I2QA 5EU7A 1WSGA 5J2MA 4O0IA 3OYJA 1NOYA 1K6YA 1UAXA 3ZSYA 4NCBA 4IG0A 2P5OA 4FZXC 5KI6A 4IKFA 3NDKA 2VG6A 4DFKA 4IDKA 3AVGA 4KTWA 2HHVA 2P5GA 1HPZA 3VQDA 4E7LA 3TABA 4FM2A 2G8UA 1GOCA 4FJXA 3OVNA 2BDPA 4CECA 4DLGA 4DQIA 2Y1JA 3DLHA 3IS9A 1BIUA 4G1QA 4EP4A 3L2RA 1HRHA 4CHYA 2HVIA 2HHQA 3K2PA 3HSTB 4FLYA 3V4IA 2W42A 4WE1A 3PO5A 1HMVA 3O3GA 2XY8A 4B8CA 3TAMA 4KI6A 2IGIA 3WNFA 4CJUA 3T3FA 4OJRA 3AVAA 3OYEA 1IKWA 4O5BA 3KKRA 3ZSZA 5KGWA 3PO4A 3NH0A 3QESA 2XY6A 4FZYA 3HK2A 2OPQA 3G0ZA 3EY1A 3HL8A 3P1GA 4LH5A 4AILC 1EX4A 1LWFA 1NK7A 1T8EA 4ELUA 4FLTA 3RR8A 4FK4A 3LP2A 3VQPA 3T1AA 3OYCA 2PZSA 3SCXA 4H4OA 1REVA 4HUGA 3F9KA 1LWCA 4CIEA 2Q3SA 3OYIA 3V9SA 4B9SA 1HJRA 4BE2A 2XRIA 4ELVA 4FCYA 2ZQBA 4FW1A 3L8BA 3QIOA 1QE1A 1WLJA 2YNIA 4GVMA 1GOBA 3ZSRA 1QSLA 1BGXT 1C1BA 1YT3A 2VWKA 4O4GA 3ZSXA 1VRTA 3VQ6A 3K59A 1JLCA 1N5YA 4DFMA 2G8IA 2YNFA 4CJKA 1B9DA 4F3TA 3M8QA 1Z26A 5K14A 4K8ZA 3AO4A 1ZYQA 4M3WA 1RTHA 3C95A 5JS2A 1TKDA 4Z4FA 1XHXA 2I5JA 4FLVA 2F8TA 1RT7A 3NF7A 3HP6A 1S1VA 1T7PA 2DFEA 3M8PA 2VG5A 1ZBUA 3OS0A 4NCAA 3DLEA 3PX0A 3I0SA 3KD5E 4FJ5A 1KFDA 2JGUA 3NE6A 2E4LA 3ZT2A 1S9GA 5HBMA 4CEAA 3TR8A 3HVTA 1KSPA 3OYBA 1GOAA 1QHTA 3QETA 4TSXA 4HVJA 3IG1A 3AVHA 2X74A 3U3YA 4C8LA 1VSIA 3AA2A 1JLBA 3V9ZA 4HTUA 3PX4A 1J9AA 1YVUA 1TL3A 3OYAA 2YKNA 1YTAA 3AVNA 3QLHA 4YNQA 3V6DA 3RMBA 3SUQA 1D8YA 1VK0A 1XI1A 3M8SA 5DK5A 1DTTA 2IAJA 4OGEA 4ELTA 4PWDA 3RMAA 3QEIA 1LWEA 3K5OA 3SQ4A 1ZBLA 4FJ9A 1TAUA 3NFAA 4B9UA 3ISNC 1WAJA 2Z1GA 1T03A 3SUOA 4FJNA 3LPTA 4CFCA 3V9UA 1IKVA 3ZT0A 4CEEA 3KIOA 4IFYA 4DSIA 1C1AA 3VQAA 4W5QA 3PUFA 3SI6A 1ZBHA 3RWUA 2HNZA 3AVFA 3OS2A 4FVMA 1S6PA 5SZTA 4RW7A 2QK9A 3VQ7A 3KKSA 1VSMA 1NKBA 4QOZB 3FFIA 3SUPA 2G8KA 2RKIA 2GUIA 3NGYA 3VQ4A 1NK9A 2D0AA 2KZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IVNA 1RBTA 3VTIA 3WXMB 1W97L 3FE1A 3PV8A 3SAGA 3ZETA 4KHWA 2NRVA 2OPRA 1BWFO 3NF8A 3LP0A 2FBTA 5CYMA 2DTUA 5AZIB 3SV4A 1JLEA 4JK9A 2WBNA 5J1EA 5KTQA 2HBJA 4NLBA 4HWIA 4CF2A 4R79A 1NJYA 3SQ2A 4HUEA 2Q2RA 2HMPA 4CF8A 3QBXA 1GLCG 4E1JA 3K58A 2IDOA 3AVMA 1CZAN 4E7JA 4K25A 3L2QA 1L3VA 2BH1A 3KHYA 3H3OB 3P4IA 1BI4B 3NF9A 3UKUB 5I3UA 3KLHA 1OVQA 2OANA 3S3OA 4LFBK 4CJQA 4CJRA 3HRGA 1HKCA 1R0AA 2QKBA 3PY8A 5EX5A 2LSNA 3VEZA 4FOEA 1L3SA 2VGNA 5AQIA 2GWKA 1BCMA 3O08A 1W2BM 1DGKN 2HNYA 3HM8A 4CJVA 3VPZA 1G99A 1HX1A 3D2EA 4Z4CA 4PKGA 1TAQA 3AVIA 5CYQA 2FSNA 5AQFA 1SKWA 3DOKA 5F0XA 3VEYA 4IFVA 1VSDA 1U49A 3MEGA 2XY5A 2F8SA 2J4RA 2QWMA 1VSFA 4MFBA 3ZCMA 4CJEA 1HYVA 3I33A 3J81O 1SAZA 1TKTA 4QCLA 1O13A 4J2BA 3IFRA 2RE2A 1Z6RA 4A62A 4OO1J 1BUPA 3CCMN 3J8AA 5KPZA 1KC8O 3TPQA 1TV6A 2UU9K 2WTUA 4O8UA 4B3OA 4DSEA 4O8KA 1ZBFA 1SZ2A 3OBYA 4NLCA 3WXKA 4CVNE 4M42A 1KVCA 5C2FA 4FWMA 4FJIA 4YOXA 1WUAA 4DU3A 4GW6A 4GKJK 1IBMK 3FZMA 3OBWA 4ZTJA 5I9EB 5AQNA 2IC3A 3H08A 2Q1NA 5C15A 4FYDA 2XY7A 3O80A 3O9QA 3K0SA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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