5JVHL

The crystal structure large ribosomal subunit (50s) of deinococcus radiodurans in complex with evernimicin
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Avilamycin and evernimicin induce structural changes in rProteins uL16 and CTC that enhance the inhibition of A-site tRNA binding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal RNA
total genus 17
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-05-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jvhL01
3CCVN 2ZJPL 1YIJN 5JVGL 3CD6N 1QVGM 2QEXN 1VQKN 3G6EN 1YJNN 2ZJRL 1Q82O 4WFBL 1Q7YO 5DM6L 1YI2N 1QVFM 1VQNN 4WFNL 3CPWM 1M1KO 4U67L 5GAGP 5DM7L 1VQMN 3G4SN 4WF9L 3J7ZO 5GAHP 3CMAN 2ZJQL 1K9MO 3CMEN 1YJ9N 1VQPN 2QA4N 3CC2N 5H1SQ 3CCQN 5JVHL 1M90O 3CCJN 5MLCQ 3OW2M 1YITN 3CCUN 3CF5L 3DLLL 1KC8O 1K8AO 1VQ4N 2OTJN 1OVYA 4WFAL 1K73O 1VQON 3CC7N 5GADP 1VQ8N 1KD1O 3G71N 3CC4N 5GAEP 3I56N 3I55N 1YHQN 3CCRN 1VQ6N 1W2BM 1N8RO 4IOAL 3PIPL 1VQ5N 4WCEL 1VQLN 1JJ2M 3CCMN 3CCLN 4IO9L 5HL7L 4IOCL 4UY8O 1Q86O 1VQ7N 1KQSM 2OTLN 3CCEN 3PIOL 1NJIO 1ILYA 1S72N 1VQ9N 1Q81O 3CCSN 3CXCM 1YJWN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K5LA 3CM6A 3DOKA 2D1KA 1SKWA 1OH6A 3TPQA 1TAUA 4YOWA 4BVOA 1VQKN 3AA3A 3DXMB 4DTOA 4DTJA 2O8BB 3CYMA 3EO3A 3W0LA 3E01A 3WT0A 5IWAK 3M8RA 3EKUA 3B8AX 5AQXA 3KTQA 5DM7L 1X9WA 2QXLA 4CJLA 4NO7A 4CJQA 2YNFA 3WQTA 2QWLA 1Y64A 5EY4A 3C65A 3CC2N 4DFPA 1S9GA 3C7NB 3HP6A 1S1UA 4E7LA 4LF6K 4BR7A 2H3GX 4FJGA 3TTDA 3FFIA 3V9SA 2OPPA 2P9UA 1JLCA 2IAJA 2OTJN 3AO2A 2GWKA 4H5VA 1NU0A 2A41A 4JYAK 4H5TA 3PO4A 2CGJA 2GUPA 1BQMA 1KD1O 3K5OA 3AVBA 1D5AA 1RT6A 1K8KA 2E6MA 1A5WA 3QDKA 2V51B 5ADXH 3BUZB 4KH4A 1HMVA 4F8RA 4CJVA 3V1RA 1NLVA 2Z1JA 3ZT1A 3AAPA 1RTJA 4KI4A 2F7TA 2P9IB 3P5JA 1QQCA 3AGKA 2G8VA 5KTQA 1VQ5N 4CJ7A 1C6VA 3H1QA 3M6GA 2VCPA 4AM6A 1WN7A 3AO3A 4V19S 3VOVA 3WNFA 2ETJA 3VEWA 4ELTA 4JKDA 5T7BA 5FPNA 1S5JA 3T19A 3D0PA 3CERA 4XH4A 5BREA 4X64K 4U7BA 2Q31A 3THYA 1QSSA 1YVNA 1DGKN 3ZEUA 2OPSA 4WQ5C 4CGGA 4CZEA 1NBWA 1CXUA 4RWTA 3LZIA 1QVGM 1YUWA 4BRAA 4UQGA 4R5PA 1NK0A 4WQ5A 3DYAA 3HXMA 3GG4A 3TI0A 4N41A 3U8XA 1NGIA 2KHOA 1NGEA 3TTCA 1S1VA 4FWSA 4BGAA 2D0CA 4FK4A 2O8FA 1FKPA 1ATSA 5EU7A 3CI5A 3ZSYA 3VMFB 3M8PA 4CFAA 4QAGA 2BDPA 2LSNA 3PY8A 1Q9YA 2QXFA 1ASWA 5DMRA 5K14A 3RR7A 1VAZA 3QEWA 3V1QA 3NDKA 1X1PA 1CLQA 5B8HA 1HUXA 3R6MA 3CCJN 1HLUA 3ZETA 1JLEA 3C6AA 4N47A 3HJFA 3O08A 3CCUN 1VSIA 4LF4K 4FWOA 2HBJA 3RTVA 1IBLK 1EWQA 3OJUA 3QFUA 4M3RA 4QOZB 3G10A 2OA8A 3VQ7A 2Q2RA 3ITHA 3SJHA 5KRTA 4DR6K 3QBWA 4XH1A 1KTQA 5I3UA 1W2BM 2NRZA 3BF1A 1ZBHA 5EOYA 1LWCA 4B3RK 1RDCA 2PFUA 1RT3A 4F2SA 2FSNA 1KRPA 3OYDA 3DOLA 5AQKA 2VWJA 3RMCA 3OJSA 3RMAA 4PUOA 1GLEG 1HX1A 4CFDA 3TSPA 4Q0BA 4GVMA 4O44A 4I9QA 4AHSA 3A8YA 3DMJA 2FC0A 3JYTA 4FCYA 4OKKA 3QEVA 3TAGA 3IDHA 4DHYA 3CXCM 2O8CA 4G1QA 5BRFA 4B8CA 5FDLA 3BDPA 3LPTA 4WYBA 4CI6A 3QBXA 1MU2A 1B92A 3G6EN 4KHWA 3ZSWA 3PUFA 4ID1A 3THXB 1DTTA 4CFCA 2B6AA 4RW4A 4EFHA 3U3GA 3K58A 1YI2N 4LF5K 3L2QA 4CEFA 1L3SA 4CF2A 1VHXA 4A2BA 3CMAN 4KAZA 2YJFA 3VQDA 3KD1E 3AO4A 2EX3A 3NH1A 4BRMA 5BR8K 4HTUA 4YOUA 5C0YA 1JCEA 3J81O 1IKWA 3DXKB 3KLEA 4PKHA 1SKSA 3BGRA 1TVRA 4DSIA 3EYZA 1V4TA 3ENOA 5AZIA 4FM0A 4OPAA 3ATUA 4DFMA 4H4MA 3KWIA 3LP3A 4LF8K 1VRUA 4JV5K 2YKMA 1KAXA 3OYLA 3ISNC 2G8UA 1Z6RA 3AAQA 1LWFA 3H46O 4OLAA 1VQ8N 4K0KK 4PA1A 2BH1A 2QI2A 4FOEA 3V6DA 3KK1A 5F2RA 1E3MA 3O5BA 3I56N 2FLOA 4KHPK 4Z4FA 3SLCA 1FKOA 3SJJA 3AARA 1R59O 4BR2A 1QQNA 3ULEA 1HKBA 2HVIA 3V9WA 3QIPA 3RR8A 2PZSA 2GTDA 2GEMA 3CJCA 4CE9A 4JS5A 4N76A 2VG7A 1O13A 2BTFA 2W41A 4BROA 1QZ6A 1UWBA 2WBNA 3ZCMA 4JRQA 3CM5A 3E9LA 3AVNA 1NJZA 3EZ5A 1CZ9A 4MO5A 1RT1A 1Q81O 3U4LA 3QICA 2HHUA 3K59A 4CD3A 2NRWA 3U3YA 4B3MK 2DY4A 1W97L 2AA4A 1GLBG 4IO8A 4ELUA 4JKHA 5JS1A 3SBTA 3NVMA 3OBWA 4FO0A 4H0TB 2HNZA 1K8KB 2EWSA 3C6TA 1SQKA 1WOQA 4H0OA 4W5OA 1MDUB 4BG8A 3NH2A 3KK7A 1S6QA 4FXDA 4ILHA 3KK2A 3MEEA 1RTDA 1BCMA 3ZSQA 5HOOA 3LAKA 4CEAA 1BWFO 4IEEA 4ID5A 2ZJQL 4DS4A 4YORA 3CMEN 3BZCA 3CFRA 2I7NA 3SAHA 1HR0K 4HUEA 4Z4IA 1RFQA 1V4SA 4GW6A 1NG9A 4M41A 4BE2A 3QO9A 3CJBA 3I0SA 5BPNA 4LFBK 2RHKA 3SAGA 4F3OA 3QLHA 3ZEUB 4IDHA 3MN5A 1U49A 4OO1J 1X3NA 2P9IA 1VQ4N 1Y97A 4M7YA 2VWBA 1VSKA 4H8KA 3P4IA 1OVYA 2Z1GA 3LDPA 5GADP 2E1YA 5A2QO 2HNYA 3C94A 2HHXA 1OH8A 3IS9A 3WNEA 4MDBA 1BISA 3SYZA 1D9DA 5EXWA 2O8FB 4GKKK 4GV3A 3CCRN 1SKRA 1TYQA 4B9MA 2PYLA 3HP9A 4ZTFA 3IFRA 3PIPL 2O4IA 2YX6A 1BIZA 3TAEA 1S6PA 3FR0A 5IT9O 1NK7A 4CJSA 3WNHA 1T03A 3Q7BA 4MLEA 5M1PA 4KRFA 1VQ7N 1DT9A 3NBPA 3KK3A 2A3ZA 1S3XA 1TUUA 4KFBA 3DLHA 4J8FA 4H5WA 4DFJA 3ZETB 4ILGB 1ILYA 1BA0A 1Q9XA 5AQPA 1HRHA 4H0PA 4LD0A 4YOYA 1NNEA 3VGLA 3E66A 3QNNA 4YFUA 4M3WA 3OYCA 2AP1A 4YY3K 3VA0A 4E1MA 4A5BA 1X9SA 4O55A 3SQ4A 5AQGA 2FSJA 3K5NA 2ZD1A 3SUQA 1YVUA 3OS0A 2E88A 4DV3K 4Z4HA 2V52B 5HRNA 1TK5A 2DTUA 4Z4CA 1TL1A 4DSJA 4F3TA 3OYKA 3OYIA 4GVEA 1ZBFA 1KAYA 4FWNA 3H3NO 3WNGA 3AVAA 3MWTA 3S9HA 4FPAA 3SPZA 4A62A 2QA4N 1C0FA 3AA2A 4FJNA 4OKJA 3CG7A 2HBKA 2IC3A 1WLJA 2Q3SA 3KKRA 4JD2A 1BHLA 1GLCG 1KAZA 4B1WB 4DTXA 1NOYA 5C2FA 3C0BA 2KQ2A 1NOZA 4BQZA 1IO2A 5M1FA 2KTQA 2BGGA 1ESVA 4CK2A 4CEBA 5AFUA 1SZ2A 2OYQA 4OGCA 3OW2M 4EP4A 3R3LA 2O8CB 4DR3K 2UXDK 4BWJA 1GLLO 3O4NA 4G9ZA 4H4OA 3AV9A 3MAQA 3MECA 4BACA 4KV8A 3TAFA 4OX9K 5D3GA 4NCGA 4M3ZA 4CJEA 1CXQA 3LDNA 3V9XA 3RMBA 5JLFA 3DRSA 3JS6A 3AO1A 3CC7N 3CETA 2VQFK 3AVIA 4CZGA 3O4WA 3KLHA 1RDAA 3HO1A 2F4VK 4JNEA 3E1YA 2CH5A 1HJOA 2KFZA 3KJVA 4BY9C 3S41A 1RDWX 1T44A 3K9JA 4B9VA 3PO5A 1N34K 4DQSA 1BU6O 3AVCA 3OYBA 4BRHA 3ID6A 3KD5E 4M3XA 3HVRA 2XY5A 1TKZA 2FBTA 4C23A 4J2BA 5I42A 1F21A 2ZM6K 1ZBUA 3HTVA 1NJIO 1IV0A 4I2PA 5AZIB 5C24A 4DFKA 2DPNA 3CCVN 4Z4GA 4J2AA 4FZZA 5JVGL 2HBMA 3DLRA 1RDUA 3CD6N 4CJPA 1SV5A 2QWMA 4AQYK 1J54A 1R0AA 5KI6A 5J2PA 3AA5X 4BQLA 4FJJA 3NF7A 4H03B 2XY8A 4Y1CA 1ZXOA 1NGGA 4H5RA 3CPWM 5AR0A 3SPYA 5F1XA 3OYMA 5LMUK 5GAHP 3TU5A 4QS7A 4O0JA 4DQRA 1NGAA 4JI8K 3A5LC 3OS1A 4DR1K 2BANA 2YV0X 4CEQA 3LDSA 1BO5O 2P9SA 4W5QA 2E2NA 5FPDA 2HF3A 4O8KA 3PX4A 4FJ9A 2UUBK 4KTZA 3HYFA 5C10A 4KHQA 4BC3A 2QWQA 4BG9A 4FJLA 3TABA 4IJAA 4CJFA 2W42A 2HHHK 1OVQA 1LWEA 2E2QA 1BGXT 4FWPA 4CEZA 5CE3A 2QKBA 4W5RA 4FVMA 3VQ8A 3S3OA 5SWMA 4LF9K 4BREA 3BP8A 1EX4A 4JI1K 4DUYK 3SNNA 4A5AA 3MCAB 3N4PA 1EXQA 2P5GA 3AVMA 1FXXA 4FYDA 4DF8A 1ATNA 4DR4K 4BRFA 5AQOA 3VETA 3CQ8A 3GBTA 4M45A 4IOAL 5BRDA 3AVFA 1NKCA 1VSJA 5JLHA 1WNSA 5AQQA 3P83D 3LAMA 2IGIA 2YI1A 3K2PA 4CHZA 1C1AA 4WE1A 2YNIA 2YHXA 2HBLA 5KPZA 5AQFA 3ZT0A 4A59A 3AVJA 3VESA 2YNGA 2B5JA 2WFBA 4GV6A 2P9LA 3KIOA 3UE5A 2E2OA 3TAPA 2G8HA 2GV9A 1RBSA 3NF8A 1VSEA 4GMJB 1T6CA 1HKGA 4R79A 2E8AA 1NMNA 2QTDA 4Y1DA 3NE6A 2XY6A 1NM1A 2HVHA 5M1QA 2F9WA 3D45A 3OYJA 4HTLA 2KZMA 5KPTA 4L3QA 1HQUA 1IG9A 4GV9A 1TYQB 5HRPA 3L2WA 4FJKA 2UYTA 4ICLA 3O3GA 1C1CA 2CH6A 1HPZA 2X6SA 2G8WA 1T7PA 4B9TA 4YDUC 4JAXA 4I9LA 3UKRB 3M8QA 3DWLA 3JAMO 4JKCA 4LSLA 3NGYA 4M7XA 3LPUA 4YDUA 3VQEA 3C95A 4BRCA 3OYNA 4CIGA 4BR0A 2P5OA 2Z1HA 3ZX0A 5KQDA 4E7IA 5BR9A 4Z4EA 2Q36A 3O9QA 3RSEB 4FLVA 5C25A 1KC8O 3DLKA 4I7FA 4EIAA 4CZFA 3SV4A 3QEXA 5EX5A 4E1JA 2B4JA 4E7HA 1VQON 1VRTA 3O9UA 3J8AA 5C15A 2WTUA 4JKGA 2VG5A 1J5EK 5AQUA 1EWRA 4FW2A 1YHQN 3D2FA 1U4BA 4FM2A 3HSTB 3FFKB 4DMNA 2ASMA 3NHGA 4Y0WA 3T7ZA 4DWIA 4QS9A 4BR5A 2PY5A 4JD2B 3ALYA 2WUSA 1KQSM 4H5NA 4M3YA 3VA3A 2O4GA 4JK9A 3MXMA 4KHYA 2W6KA 2KW4A 1RILA 1TKXA 4A61A 3HOTA 3U6FA 4CGHA 4CF1A 4AHTA 1RBUA 1EKEA 1ZBLA 1EETA 2UU9K 4DS5A 1QS4A 2P9KA 3CQYA 4IEIA 5FPMA 3A5NC 3LP1A 1E4FT 2NUBA 5HRSA 2ZJRL 1Q82O 1P90A 4FLXA 4LH4A 3L2RA 2OCEA 4CCHA 4KTWA 1XNQK 3BZKA 3SUPA 3JSMA 4FJ8A 2YHYA 4CEDA 3VGMA 1WBBA 1C0UA 3LDOA 3O80A 3ULDA 3C6HA 4BC5A 1VQPN 3IUCA 3T3FA 1BCOA 1W7AA 3FGUA 3ZYYX 4OGEA 3V9ZA 2HW3A 3T1YK 3QIOA 4BRQA 3CCQN 5JVHL 2ATQA 3K9KA 3UB5A 3S3NA 4B3SK 3CIPA 4AILC 4J2EA 5LJVA 1H1VA 4ILJA 3AVKA 4FWRA 3OYFA 4PQUA 2IVPA 2RF2A 3GDQA 4M3TA 4B3OA 1XQSC 1S1WA 5AQLA 4KHSA 4DSFA 1HPMA 3DM2A 4KO0A 3AVHA 3L3UA 5KGWA 4JKFA 3MN6A 2E6LA 1J6ZA 3WEEB 1HNIA 3QB0A 3AGRA 3JXUA 3VQAA 4CGIA 2D5RA 3L2UA 1HYZA 2FXUA 4CJTA 1RT5A 2BUPA 5JICA 4CESA 4K43A 2P9SB 2O8DA 3F2KA 3GL1A 3QEIA 3J80O 3PIOL 1C0MA 4B1VA 2HNDA 3V4IA 3H3OB 3NH0A 5AJ3K 3TARA 4CJ5A 5AQHA 4B9NA 3WQUA 2ZJPL 2WONA 4IJNA 4M3UA 3NAEA 3WXIA 4JK8A 1O1WA 2P9PB 1K6YA 3FLCO 5HBMA 2VYPA 4LFAK 1YT3A 5BPMA 3DLBA 3J7AP 5LMNK 1U2VB 5GINA 4NLCA 4JHDA 4CF8A 5C42A 3M8SA 1DTQA 3Q7CA 1M1KO 1VQMN 3LDLA 1RT7A 4CHNA 5I9EB 3J7ZO 3CJ1A 4B9UA 1QHTA 4CBWA 4RW6A 3CFOA 5M1OA 3VTHA 5LY3A 1A5XA 4DLEA 4J2DA 2P9LB 3D7EO 4FJXA 1HNZK 3UKUA 3EL2A 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 3HPO A;  2NRR A;  3KWG A;  2X78 A;  3IG1 A;  4C8L A;  4HWI A;  3A5O C;  3P38 A;  4AHR A;  1YIT N;  1UA1 A;  2OZS A;  3LM2 A;  1IKX A;  2D4W A;  1JXB A;  2W6L A;  3KKS A;  4YOV A;  4PKG A;  4PWD A;  1ZC6 A;  4QCL A;  1WB9 A;  4FWK A;  3HBT A;  1TKD A;  4WFA L;  1DKG D;  1D9F A;  4CZI A;  4B9S A;  4FK0 A;  1RDB A;  3THX A;  3AA4 A;  4WQ4 A;  2HOE A;  5DK5 A;  3M5R A;  3MCP A;  4DTN A;  4DSK A;  4A57 A;  2JGU A;  3KVG A;  2JLE A;  1WBD A;  3L4Q A;  3SK3 A;  2A5X A;  1J5O A;  1VQ6 N;  2DFF A;  1Z26 A;  5LJW A;  1L3V A;  1XMQ K;  3SCX A;  4DV0 K;  4DKW A;  3VGK A;  4JKB A;  3ZSO A;  2ITG A;  5J2M A;  2GWJ A;  3T69 A;  4B1Z A;  1JJ2 M;  3H45 C;  1NGC A;  1JLB A;  5HL7 L;  2HHW A;  2P51 A;  3QES A;  3H1V X;  1XMO K;  3OVN A;  3HSC A;  2YHB A;  3DXK A;  3KZB A;  3U9Z A;  1MWM A;  5BRH A;  4CEC A;  3PSI A;  4BRD A;  4ZTJ A;  4TSX A;  2QM1 A;  3ENB A;  3ULE B; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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