2P9KB

Crystal structure of bovine arp2/3 complex co-crystallized with atp and crosslinked with glutaraldehyde
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
356
structure length
275
Chain Sequence
VVCDNGTGFVKCGYAGSNFPEHIFPSYPMENWDDMKLLTEPPMNPTKNRAIQAVLTLYAQGLLTGVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIRIEDPPRRKHMVFLGGAVLADI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
source organism Bos taurus
publication title Insights into the Influence of Nucleotides on Actin Family Proteins from Seven Structures of Arp2/3 Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-like protein 3
total genus 69
structure length 275
sequence length 356
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2p9kB02
3.30.420.520 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2p9kB01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2p9kB03
3CIPA 4FWMA 2HF4A 3CJ9A 3IUCA 3VOVA 1MA9B 1TUYA 3MMVA 3ZX3A 3VGKA 1XC3A 3ULEA 5ADXA 4PKHA 3LM2A 2ASMA 3O4WA 4B1WB 4DB3A 3GE1A 1HUXA 1D4XA 3ATUA 3JXUA 4H5VA 4H5TA 3GL1A 3MN9A 2I7NA 2V7YA 5ADXH 1NWKA 1BG3A 3DXMB 1X3MA 3LDOA 2Q97A 3L4IA 3O8MA 2CH6A 2QWRA 2GTDA 3GG4A 3VETA 5BRFA 3VEXA 1QHAA 4A2AA 3HBTA 4CZMA 4F9OA 2UYTA 4XH4A 4PL8A 2P9NA 3FGUA 2ITMA 1IJJA 3GDQA 1QQNA 4C23A 4LC9B 1U6ZA 3WT0A 3MN5A 4KBOA 4BR5A 3VEZA 5KPZA 3A5LC 1BO5O 2F9TA 3RSEB 3CJAA 3O1WA 2BUPA 1DEJA 2ZGYA 3AARA 2GUPA 1NMDA 3D2EB 2A42A 2Q0RA 4I6MB 4BRAA 5AFUA 4DCHA 1NGAA 2CGLA 3LM9A 4FWRA 1Z6RA 2GEMA 1GLFO 5JLFA 3LDQA 3VF6A 2OANA 3GBTA 2QWPA 3EKSA 3I8BA 3ULEB 5B8HA 2E88A 3KHYA 3R8EA 4K41A 2V7ZA 5F2RA 1KAYA 3W0LA 4QS7A 4BREA 5JMVA 3CJ7A 5JLHA 2Q31A 4RWTA 5AZIA 3F9MA 4BC3A 2ZF5O 4H0XB 2P9SA 2ZWHA 2F9WA 4B1YB 1TYQA 5AQXA 3UE5A 4O5FA 1GLEG 2FSKA 2QWOA 5BREA 3LDLA 1R59O 1BWFO 2P9NB 3C7NA 4AM6A 5F0XA 3IDHA 3J8AA 2YCHA 1ATNA 4BC4A 3FE1A 3H3OB 3UKRA 3VGLA 4K43A 4MLHA 1HKBA 2P9LA 4IJNA 2E8AA 5FPMA 4M7XA 4BRMA 5KQDA 1NGHA 3DAWA 4XH1A 3VEVA 4EFHA 4B9QA 3ATVA 4JAXA 5EXWA 2W41A 4BQLA 3VEWA 3A5NC 3IMXA 3AAQA 2GELA 5BR9A 3VEOA 5FPDA 1OKJA 1Y64A 3CERA 5AQUA 4BR2A 2HMPA 4H5NA 2NRHA 4RTFD 1HPMA 4BRGA 5AQNA 3CI5A 4B1ZA 1SAZA 5AQOA 2AA4A 1Z05A 1BA1A 3QB0A 5AQMA 1DGKN 1V4SA 2ASOA 2ASPA 4BRKA 2VWBA 3ID8A 4ISEA 4FWQA 1NLVA 2YHWA 2QXLA 4BVOA 4JD2A 2ZGZA 4A62A 2Q0UA 3H3NO 3MN6A 3O5BA 3CJCA 3D2FA 3HM8A 1P8ZA 2FSJA 3FZKA 3WQUA 4CBXA 1X3NA 1HKCA 5AZIB 4CI6A 2YJFA 2P9SB 2YJEA 4BG8A 1NGEA 1TYQB 1U2VA 4B1UB 2CH5A 5BN8A 1XUPO 4BQZA 3C7NB 3UKUA 3ZETA 2IVNA 4JN4A 4XH5A 3WXJA 4H0TB 3UKRB 3FLCO 3CJBA 2QWNA 3A0IX 4H0PA 2P9LB 1H1VA 1SZ2A 4BG9A 1NGFA 3R6MA 3HZ6A 2Q2RA 3LDPA 5ELZA 1JCEA 3WUHA 4BRQA 4EHTA 4EIAA 2IIRA 1Q18A 3L0QA 1EQYA 1XQSC 3S41A 1GLBG 3FZLA 3ENHA 1BA0A 3C0BA 4AM7A 1E4GT 3SMPA 1WUAA 5AQYA 5AQJA 3SJHA 3QBWA 3BP8A 1ZXOA 4J8FA 4CBUA 1ESVA 3SLCA 4FOIA 2E2QA 2DPNA 4XEIA 3TU5A 4JNEA 3ZX2A 3U9DA 3FFKB 3WQTA 3CETA 5AFUH 4RCHA 1BU6O 2QM1A 4YDUA 4JD2B 2P9KA 4Z94A 3GOIA 3TPQA 4BR4A 5AQTA 2P9UA 1MDUB 2P9IA 2QWQA 1TUUA 2A41A 3D2FB 4A61A 4PL7A 5EVZA 4FWNA 3ZX0A 3AY9A 3WXIA 4CBWA 2HOEA 4BRIA 2A5XA 2HF3A 4BR9A 1U2VB 3KVGA 3H6EA 2E1ZA 4MO4A 5AQZA 5FPNA 3UKUB 3ZETB 5EY4A 1K8KA 5AR0A 1QQOA 3O80A 1HX1A 5AQHA 4FWSA 4FWKA 3M1FA 3VEYA 5FPEA 3A8YA 1LOTB 2D0OA 3R9PA 2FSNA 3LDNA 1NGDA 2QWMA 4L3QA 1NGIA 4M63C 5BRDA 1NM1A 2WUSA 4BRPA 1LCUA 1C0FA 2EWSA 3CHWA 1MWMA 1HLUA 4CZKA 4CD3A 1NGJA 3CQXA 3VGMA 1S22A 3A5MC 3M3ZA 1ZBSA 5F1XA 1T44A 1YUWA 2CGKA 4PKIA 5LY3A 3DXKA 4YDUC 5E26A 4NB4A 3MDQA 2E1YA 1NGGA 1DKGD 2BTFA 2YI1A 4CD1A 3JS6A 4K42A 3WXLA 3D7EO 3FZHA 3AAPA 1BUPA 2P9KB 4CZJA 5AQSA 2P9UB 4FPBA 5EOYA 2P9IB 3ENOA 5AQPA 4CZFA 2P9PA 4FSVA 3BF3A 3WXKA 3B8AX 3FZMA 4DHYA 4PKGA 3QICA 4QS8A 2H3GX 2YHXA 4FL9A 2IVPA 2A40A 5AQKA 3H45C 3ZEUA 4BRFA 3P4IA 1QZ5A 2D0PA 2D1KA 3MCPA 5AQGA 1T6DA 5AQWA 4BGBA 3U4LA 4FPAA 4WQ4A 3VESA 3DJCA 4BRHA 1K8KB 1IG8A 1QQMA 4H5RA 3VPZA 2VYPA 3FZFA 4CZHA 3DWLA 5AZJA 2E2NA 3EL2A 2QWLA 4WQ5A 1RDWX 4FO0A 4JHDA 5LJWA 3L6QA 4CZIA 2W40A 4BRCA 3H46O 3O08A 5LJVA 3HSCA 4IO8A 2GWJA 2V52B 4BVPA 2FXUA 4BRLA 2PBDA 2QW9A 3U8XA 2J4RA 2V51B 3SMSA 2VCPA 4EHUA 4FWLA 2D4WA 5BN9A 1NBWA 4CZLA 4H03B 4B1XB 4K25A 1GLCG 2NLXA 4Y0WA 3MK6A 1RFQA 2A3ZA 1E4FT 3DXKB 4IWVA 5AQFA 3BEXA 4BGAA 1JCFA 1T6CA 5AQRA 5KPRA 2IVOA 3WEEA 4A2BA 4HTLA 3BUZB 3CJ1A 5BPNA 5TKYA 4CZEA 2YHYA 1SQKA 3CQYA 2GWKA 4BROA 5E84A 4BR0A 2P9PB 3UB5A 1G99A 4BC2A 5AQLA 4BRDA 4O8KA 4IJAA 1YXQA 4E1JA 4WYBA 4WQ4C 4IXCA 4IZ9A 3ZEUB 1GLLO 2FF6A 4H0OA 3VENA 2PAVA 1ZC6A 3BF1A 3QDKA 1QZ6A 2E2OA 1GLJO 3EO3A 3OHRA 3QBXA 1YVNA 4H0YB 5AQQA 4ISFA 5KPTA 3EZWA 4WQ5C 1C0GA 2E2PA 3H1VX 3W3DA 5AZJB 4B1VA 3O6WA 1RGIA 1KAXA 4H0VB 4JHDB 4FWPA 4NO7A 2KHOA 4CJ7A 3M6GA 2AP1A 3QFPA 4BRNA 1ATRA 3H1QA 5EX5A 3VF2A 4MO5A 2FF3B 3O1BA 5KQ8A 3U9ZA 4H5WA 3EKUA 3SK3A 5I9EB 1KAZA 4HWIA 2FLOA 4CZGA 1HKGA 1MWKA 3DXMA 4GNIA 4QS9A 3QFUA 3HTVA 4FOEA 1BOTO 1BDGA 2E20A 1NGBA 3EN9A 3KZBA 1J6ZA 3LL3A 4BR7A 1WOQA 2CGJA 3HI0A 5AQVA 1ATSA 4M7YA 1HJOA 1GLAG 4BC5A 3WEEB 1GLDG 2I7PA 5CE3A 3VF4A 3A5OC 3MN7A 2Q36A 3I33A 4DQ8A 4EAHD 3QMLA 2NZTA 4FWOA 3VERA 3IFRA 5BRHA 5BPMA 3RSEA 1NGCA 5BPLA 1JCGA 1S3XA 1YAGA 1KXPA 4MLEA 3D2EA 2A6AA 4I6MA 5AQIA 3FR0A 4ISGA 1V4TA 3G25A 4GY2B 2Q1NA 1CZAN 1X9JA 5JICA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FWMA 4YOVA 2ETJA 4L8RB 4PA1A 4JI0K 1JL2A 1TUYA 1XC3A 4Y1DA 3V4IA 3S3MA 3LM2A 4YOWA 4CGDA 3SPYA 2ASMA 4DB3A 1I39A 4Z4GA 4QAGA 4E1NA 3GL1A 2I7NA 3ULDA 2F4VK 3OYJA 1VSLA 5SWMA 1BG3A 4GW6A 2HBLA 4I9LA 3O8MA 2Q97A 4CFBA 2CH6A 2QWRA 4CK2A 3DLHA 3M8PA 5CZ1A 5BRFA 4KHPK 3HL8A 1HQUA 3L3VA 3C6TA 4A2AA 5HRSA 2ITMA 1IJJA 4N47A 1QQNA 4LC9B 1HR0K 1NOZA 4B3TK 3M8SA 1WBDA 1LW2A 4A59A 2O8BA 1EWRA 3K9KA 4O4GA 3RSEB 2KW4A 2PYJA 3QERA 3K58A 1XHXA 1RTJA 2ZGYA 3D2EB 3NGIA 3LM9A 4FWRA 2GEMA 4JKGA 1LWCA 3VF6A 2IGIA 3A2FA 1TAUA 1QTMA 4CGJA 1ZBFA 3AA3A 2RN2A 1YJNN 4JS4A 3WNHA 4KTQA 3I8BA 1BL3A 1NK7A 3KHYA 3QINA 3MXIA 4R79A 4DV2K 2E5LK 3BZCA 4CJKA 1WSGA 1P90A 1NJZA 4DF8A 4YOUA 4CEDA 4CGHA 3TARA 2DTUA 5JLHA 5JENA 3AVCA 3AO3A 4KH5A 3ZT1A 4CJTA 3IAYA 1IBMK 4BC3A 1EKEA 3QEWA 2P9SA 5KRTA 3RR8A 3CG7A 1EWQA 5AQXA 2YNGA 4CF2A 2QWOA 5BREA 3LDLA 3DLGA 4AM6A 5F0XA 2VWJA 1WSHA 1VAZA 3IDHA 2XY6A 4B3SK 2ZD1A 1T8EA 4E89A 1BISA 4B9MA 3I55N 4K43A 1D8YA 2O8BB 4FJ7A 1RILA 1T3VA 4KH6A 1D9FA 4M7XA 3M8RA 4C8OA 1X9WA 3DAWA 4EFHA 4B9QA 3LANA 4BQLA 3VEWA 2BH1A 3Q7CA 3A5NC 3VEOA 1OKJA 4JKGB 1CZBA 4DUYK 4JKCA 4CJEA 2HMPA 1GOCA 1L3UA 1S1XA 4B1ZA 3PO5A 1SAZA 1OH7A 2VQEK 1BA1A 3QB0A 3H08A 3BDPA 1KFSA 3NH2A 1V4SA 3LP3A 3S3OA 4FXDA 1NLVA 4BVOA 3CC4N 2ZGZA 4A62A 3O5BA 3CJCA 3DLLL 3HM8A 1HKCA 4CI6A 3M8QA 1WBBA 3THYA 2P9SB 4DR1K 2ATQA 1RBTA 4YFUA 3E9PA 4DR7K 4OPAA 3K5NA 2CH5A 3OVNA 3RMBA 1L3SA 5FDLA 1N33K 2IVNA 4JN4A 5M1OA 4AF1A 3ZSOA 5IT9O 2QWNA 3B6PA 2WBNA 1VQ5N 3UIQA 1BQMA 1EO1A 2HNZA 4JK9A 3L0QA 3AA2A 3HVRA 1EQYA 3O9QA 3PIPL 3LZJA 1XNQK 3OW2M 1HYSA 4FJJA 3SJHA 3QBWA 5DMRA 1VQNN 4M3XA 1ESVA 1RTHA 2E2QA 1HRHA 4DU1A 3SUNA 3CETA 5AFUH 5A2QO 2G8UA 4YDUA 3KK3A 4K8XA 3MX2A 4DR3K 1K73O 5AQTA 5LMNK 1MDUB 1TUUA 4LSNA 4DSIA 5KGWA 3OS0A 1VQ4N 4FWNA 2HOEA 4BRIA 2A5XA 3THYB 1S72N 2FBYA 1SS6A 4FVMA 4GMJB 3OYFA 3MEEA 1LV5A 4JKAA 4JS5A 3BY5A 4OPJA 2OA8A 1NJIO 3CCLN 3V1RA 5DM6L 4CF0A 3TANA 1IKVA 4FCYA 1W9HA 4FJ9A 1QQOA 3CYMA 4LFAK 5MLCQ 4FWSA 4FWKA 4CIGA 4KAZA 3A8YA 3ZLJA 3LDNA 1VRTA 2QWMA 1NGIA 3TSPA 3V81A 1W97L 4M63C 5BRDA 3RRGA 4PQUA 1LCUA 3G71N 2UXCK 4OLBA 5CZ2A 5CYQA 4CZKA 4KRFA 1NGJA 4ZHRA 4KFBA 4CIFA 1ZBSA 5F1XA 1T44A 3CCQN 1ZBUA 3RVCA 4CEZA 4NCBA 3MDQA 3PX4A 1HNXK 1DKGD 4CD1A 5C12A 3AAPA 1BUPA 5GINA 3PX0A 3TAGA 1FKPA 4V19S 2FBTA 2P9PA 3B8AX 3J7YP 1NK8A 3QICA 4FJMA 2H3GX 4W5TA 5GIOA 2WONA 3THXA 4FL9A 1RDBA 2IVPA 2OPSA 5AQKA 3H45C 3T1AA 3U6FA 2D0PA 3J7AP 3U4LA 4FJHA 1K9MO 2DFFA 2YNIA 2UXDK 3EYZA 4M41A 3VPZA 5AZJA 4DR6K 4W5NA 4DV3K 3HOTA 4DMNA 5LJWA 4CZIA 4BRCA 3F2KA 3VTIA 1JLEA 3SUOA 4E0DA 2OPRA 4JEPA 4AHTA 4KHYA 1NK5A 3OYNA 1NBWA 4K25A 2JGUA 2NLXA 3TTCA 4HUFA 1VQLN 4FLYA 1RT7A 3QNNA 5GIPA 1QS4A 1SUQA 5CHIA 4DTXA 3HPHA 3OYBA 2HHIA 1RBVA 4A2BA 1KC8O 3LP1A 1IG9A 4XJXA 5TKYA 4YOYA 3D0PA 1C1BA 4CEAA 1SQKA 2NUBA 1GOBA 4DV6K 4AILC 4BR0A 2P9PB 3HK2A 5AQLA 1NOYA 3ITHA 1VSJA 4JLHA 3THXB 3JAMO 3AVLA 4IXCA 4IZ9A 3E01A 1CXUA 3CCUN 1RBUA 2F7TA 2PAVA 3BF1A 3EO3A 5AQQA 3ZSYA 4B08A 3G10A 3OYMA 4CGGA 2E2PA 5AZJB 3E1YA 2WOMA 1XMQK 1KAXA 4CIEA 2Z1IA 4NO7A 1NJWA 3NE6A 5J2NA 3V9SA 4BRNA 1ATRA 1JKHA 3K5OA 2DFEA 4H5WA 2HVIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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