5H1SQ

Structure of the large subunit of the chloro-ribosome
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
120
structure length
120
Chain Sequence
HTRREDRTARHVRIRKKVEGTPERPRLCVFRSNKHLYVQVIDDTKMHTLAAASTMQKAISENIDYSAGPTVEVAQKIGEMIAKSCLEKGITKVAFDRGGYPYHGRVKALADAAREHGLVF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Cryo-EM structure of the large subunit of the spinach chloroplast ribosome.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S rRNA
total genus 26
structure length 120
sequence length 120
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Q PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5h1sQ01
1Q7YO 3CCVN 1VQMN 4WF9L 4IOAL 5H1SQ 4WFAL 1Q82O 1YHQN 3CC2N 4U67L 2QEXN 3CC7N 3CD6N 1VQ7N 5GAHP 1K9MO 1VQ4N 2OTLN 3CF5L 3I55N 1YITN 1VQLN 1N8RO 3CCSN 1M1KO 5GADP 1YIJN 2ZJQL 3PIPL 3CMAN 1ILYA 3CMEN 1YJNN 2ZJPL 1VQ8N 1VQNN 1QVGM 1KC8O 3CCMN 1VQ6N 5GAGP 5JVGL 1QVFM 4IO9L 3CCUN 3OW2M 3CCLN 1KQSM 3CPWM 1Q81O 1KD1O 1M90O 1VQKN 3CCQN 3G4SN 1K8AO 3PIOL 4WCEL 1YJ9N 1YJWN 4WFBL 5GAEP 1OVYA 5MLCQ 1JJ2M 2OTJN 1NJIO 1VQ5N 3I56N 4IOCL 2QA4N 3J7ZO 2ZJRL 1VQ9N 5HL7L 1W2BM 1Q86O 5DM7L 3G71N 3CCRN 3CCJN 1S72N 5DM6L 3DLLL 3CXCM 1YI2N 4WFNL 5JVHL 1VQON 4UY8O 1VQPN 3CC4N 1K73O 3CCEN 3G6EN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJPA 3A5OC 4O55A 1QQCA 4WFAL 4KB1A 4NCBA 1KXPA 4NYNA 3NF7A 4J2BA 3DOLA 2FSNA 1SL2A 4JAXA 4IKFA 1TAQA 3E9LA 4BRHA 3H1VX 2QI2A 3DLRA 4FYDA 3SJJA 3B8AX 3J8AA 3I0RA 3SPYA 3DLEA 4FOIA 1U04A 2OANA 3T19A 3K9JA 1NM1A 5FPDA 1YITN 4JK9A 1YTUA 3NVMA 1TKZA 5LL6Z 4CFBA 1SL1A 3IRXA 3KWIA 5CE3A 5JICA 2ZJQL 4K8ZA 3L4IA 4CEQA 3VEVA 4R79A 1FKPA 1YJNN 4CD3A 3LAMA 3HPGA 2HMPA 5AQWA 3TARA 1RBVA 3AGKA 4AHSA 4CGJA 3L2QA 1L3UA 3AA5X 4OKEA 3LL3A 2DFFA 2VQFK 3MECA 1WUAA 3CJAA 3WNGA 4FJMA 1U48A 4JV5K 4CIEA 1RDWX 3CCQN 1YT3A 3OTOK 3VERA 4B3RK 5E41A 4FK2A 1Q9YA 5AQNA 2QTDA 5M1NA 3OYDA 2WUSA 1SV5A 2I7NA 3L2RA 4FVUA 3QEPA 2ITGA 3JS6A 1VHXA 4JHDA 4CJEA 3SCXA 4DTMA 2Y1IA 1I94K 3CFRA 1F21A 2O8FA 3AVHA 4DTSA 4K0KK 3QEXA 4F9OA 3K57A 1DT9A 1LV5A 4ELTA 1WBBA 2W41A 3O9SA 2Q1NA 3ID8A 3ZT0A 2RHKA 1BL3A 4FJHA 4A5BA 2CGKA 4RCHA 2V7ZA 1Z6RA 4CJ7A 1XNRK 4H5VA 4IFEA 3SV3A 2YHBA 2P9NA 5KQ8A 3ALYA 4OPAA 4GV9A 2NRHA 1WAJA 1RTHA 4QS8A 5F1XA 3SAHA 2PBDA 5KGWA 5CY4A 3AVLA 4FJJA 1V4SA 4LH5A 1BA1A 5JS1A 2NRRA 4IG0A 3MAQA 2HNDA 3C7NA 5CHIA 5KI6A 1N5YA 4DS5A 1G99A 4M3RA 2ZM6K 4DR3K 3IUCA 4IJAA 3RWUA 4PUOA 3CYMA 4KH6A 5LJVA 1UA1A 4DR6K 4M7YA 2ATQA 3CJ1A 3ZSYA 3HO1A 1SUQA 3D2FB 4OPJA 3CETA 4HWIA 3AV9A 5AQUA 3CERA 4PQUA 4OX9K 1VQ8N 4BVPA 2G8IA 4V19S 1D4XA 1NJYA 3VF4A 1EQYA 3K0SA 2ASPA 3DWLA 3ZSWA 1CXQA 4HUEA 4QCLA 5GIPA 1NGGA 3MXJA 4OPKA 1KD1O 1NK6A 4B1VA 2OZSA 4CEFA 2XY7A 3IMXA 2G8HA 3TAQA 4KB0A 3V6DA 2ZE2A 3PX6A 4B8AB 2GV9A 3GE1A 1RT6A 4E1NA 4LC9B 4YORA 4B1WB 4GMJB 3P38A 4YOUA 5HRNA 3OYNA 3OYJA 3O6WA 1U49A 3V4IA 4DQSA 3J80O 4ILHA 1J6ZA 2ASMA 2JWLA 3N4QA 4CZEA 1X3MA 3KLGA 4IEIA 4CJ5A 2YNIA 5C0YA 3QO9A 3ZX2A 3V9UA 3G71N 1J5EK 4BACA 3TANA 3CCRN 4H0OA 3EZ5A 4AF1A 3BUZB 2OA8A 2RN2A 1BI4A 3AAQA 4DR5K 2HHXA 3FZMA 4FWSA 2R7YA 4JHDB 4M3XA 2YKNA 2HBLA 3IDHA 3QBWA 4QS9A 3P39A 1JLGA 4BRCA 1BIUA 2O8FB 3MN7A 3AARA 3QBXA 1Y97A 3OYBA 1L5UA 4DHYA 3HYFA 3I33A 4NCAA 1NGBA 1HYZA 3OYHA 4AHVA 3MEEA 3ZSQA 2CH5A 3VEOA 4DQRA 5E26A 1IKWA 3EKUA 4FK4A 4IEEA 3AVCA 5AFUH 3OA9A 3IFRA 1HUXA 4I2PA 1QHTA 2P9NB 5AQKA 3N4PA 4A2AA 4FCYA 1RT1A 3F5TA 5GADP 2XY8A 4KO0A 4CBWA 3Q7BA 4ILJA 2O8EB 4A2BA 3EL2A 4KFBA 4CIGA 2HHWA 3CMEN 4H0XB 4O44A 3G10A 1VQNN 3PY8A 3C7NB 5LJWA 2XY5A 4RW7A 5AQYA 3OW2M 1ZYQA 4CZFA 2IVOA 3V9WA 2Z1JA 3ZSXA 3VQ6A 3TWHA 2CGLA 1Q9XA 4CK1A 3DXMA 3CQYA 3RRHA 4CHQA 1GLFO 1NNEA 3Q7CA 4WCEL 5FRMA 1XC9A 3ITHA 2E2PA 4GV3A 2Q0RA 4JI3K 4KHNA 2GEMA 1TGOA 2NRZA 3HP6A 5ADXH 4DSFA 2HVIA 3AVKA 1BISA 1NK9A 1RFQA 1HNIA 4FVMA 5BPLA 3SJHA 4A5AA 2Q97A 4CJUA 3DM2A 3O80A 2BH1A 1C1AA 1KRPA 4CJVA 3QIPA 5DM6L 4CZHA 1S1WA 1NGAA 3ZT1A 4DQIA 2F7TA 3WXKA 3F73A 5J1EA 3EZWA 3AVGA 2F4VK 3L2WA 1H1VA 1T6CA 4DTOA 1C0UA 4BQZA 1Q7YO 4RW9A 3OYFA 4KHWA 1EX4A 4PA1A 4JS4A 4BWJA 2DFHA 5KRSA 3CC2N 3D7EO 1U2VA 4IFYA 4CBXA 2E1YA 4LF7K 4FPBA 4CHPA 3HSTB 5F2RA 1K9MO 4B3OA 4OKJA 1RDBA 4AM7A 4CZGA 4BC2A 1N32K 3CF5L 3THWA 4OGCA 1BI4B 1HKCA 1NLVA 4DV6K 1M1KO 4KV8A 4M7XA 4FWRA 3CMAN 5AQHA 3TR8A 1DTQA 1B9FA 2F8SA 1XQSC 4CGGA 3L3VA 4IJNA 3VPZA 4BC4A 1OH8A 1JCFA 1BHLA 1QVGM 2IOCA 3NMUA 3CCMN 5BRFA 4BY9C 4H03B 1ESVA 3HBTA 4CFAA 4KHQA 2G8VA 2JLEA 2IDOA 2FBTA 3JAMO 1M90O 3EEQA 3OS2A 3PV8A 4BR0A 1KVBA 2QWMA 3PX0A 1YVNA 1SAZA 4GKKK 4C8NA 3WNHA 3SZ2A 5I3UA 1ZBUA 4BR4A 3L8BA 1T8EA 5FROA 1U47A 2E2NA 3ID6A 4AQYK 3AA2A 4DFPA 3MXIA 4PY5A 4B08A 1BIZA 1VSFA 4H0YB 3U9DA 3O1WA 2NZTA 3KLFA 1NJIO 1RBTA 2Q2RA 3BF3A 4JI4K 5E84A 4HTUA 1ZBHA 1XWLA 4CCHA 1EWQA 4FWLA 3OBWA 1RBUA 4YOXA 4OLBA 2D0PA 4FLWA 4X65K 3DXMB 1IBKK 3H3OB 1T03A 3PLAA 4DCHA 3VENA 1S72N 3CXCM 2RF2A 3TI0A 1BWFO 1UA0A 4G1QA 3RMBA 1VQON 5D3GA 1XNQK 1YAGA 4FWQA 1Z26A 1K73O 2QW9A 4OLAA 5FDLA 1TKDA 5SWMA 1J5OA 3G6EN 4C8KA 4IDKA 3EN9A 3FZLA 4KI4A 3I8DA 2KLAA 1UAXA 4CK3A 4W5QA 3HVRA 3C6UA 3GDQA 3C95A 5EU7A 3ZETA 4QOZB 1LAVA 3FE1A 2OTLN 5M1OA 3UB5A 3VA0A 3LDQA 3AO5A 3JXUA 3QETA 4IXCA 1B92A 1K6YA 4QAGA 4BQLA 5AQVA 4CF8A 4X62K 4DLEA 1Q8IA 4IDHA 3DXKA 1YIJN 3MCPA 4J2EA 3TTFA 4Z4FA 2VWJA 3NH1A 4DV0K 4RG8A 4FZZA 4OO1J 4FJ7A 4CHYA 3D45A 2RE2A 3VQCA 5CZ1A 1U4BA 1U2VB 4IO9L 4BDYA 1VSLA 1D9DA 4PKHA 3VMFB 1I39A 2G8UA 5C2FA 3THWB 3LP2A 2D5RA 2VWKA 1JLAA 2YHXA 1S5JA 5EY4A 2X78A 3G0ZA 3SUPA 5JS2A 4KHSA 2Q3SA 2P9UA 4K8XA 4CEDA 5MLCQ 3T1AA 4DSEA 1VSMA 5C24A 3WEEA 4WQ4A 5LMNK 3PO5A 3QB0A 4CF2A 1ZBLA 2B4JA 5KPRA 1VQ9N 4FK0A 1WLJA 4ISEA 4DSKA 4JKEA 4FJLA 4RTFD 4NO7A 1S6PA 5DK5A 2UYTA 2X6NA 2ETJA 3CJCA 3DLLL 1QSYA 3UIQA 5HOOA 1ZBSA 3TTCA 4HUGA 3BZKA 3VTIA 4XIUA 2I7PA 1VQPN 5M1QA 3SI6A 4MLHA 3AVFA 3NHGA 3O4QA 2XRIA 5SZTA 4DTRA 4AILC 2V7YA 2YKMA 3HM8A 3HXMA 2KZZA 4FWNA 4AHTA 4WF9L 4JEPA 1OH7A 4I7FA 3O9QA 4B9QA 3ZYYX 3DAWA 5CR4A 1JL1A 2QEXN 1ZBIA 5BR9A 3BDPA 1RT5A 3AVAA 2E6LA 2E1ZA 2E5LK 2VG5A 3JSMA 2HMIA 3SBGA 1GLCG 1XMOK 5TKWA 1X9JA 3R8EA 3GL1A 2VG7A 2KTQA 3OYGA 2HF3A 4NB4A 3TAFA 5FLXO 5DMRA 3C6TA 2OPPA 1HQUA 2YX6A 5M1KA 5JVGL 4F3TA 4IBNA 1LWFA 2QWOA 3ZETB 2PZSA 3S3NA 2YNFA 5I9EB 1KQSM 2YNGA 4X64K 3TAEA 2F8TA 1NKCA 5CYMA 3OJSA 2QWRA 4YOVA 3PIOL 3DXKB 1S9EA 5HRPA 4I9LA 4CF1A 4AHUA 4Q5VA 4FJXA 4GNIA 1RTJA 3WNEA 4CF0A 1C0FA 1WOQA 3I56N 4N76A 3FGUA 4DV5K 3V9XA 1NGEA 1RGIA 4O0JA 2UXBK 4IOCL 4CFDA 2BUPA 1HJRA 1T44A 2IVPA 3THYA 3AVNA 3WXLA 4CJ4A 2NRWA 3J81O 3MK6A 2PYLA 4C1NK 4BDPA 2GWKA 1TYQA 4O5BA 1CXUA 4PWDA 4FJGA 2GELA 3HI0A 3VGLA 2OPQA 1C6VA 4XEIA 5AJ3K 5FPEA 1KLNA 3MN6A 2P9UB 1X3NA 2QKBA 1DTTA 3WEEB 1YVUA 3K2PA 2EWSA 5BN8A 4CBUA 5M1FA 5IT9O 5AQTA 4IOAL 4KAZA 1P90A 4LFCK 4FWPA 2IGIA 2Q36A 5HROA 3KVGA 4U67L 4K41A 3HPOA 1FK9A 4XH1A 1JXEA 3F2KA 4CGHA 3V9SA 1RT3A 1BA0A 4BE1A 1NGDA 5BPMA 5JMVA 4JKGA 5AQJA 1GOBA 4JKCA 1TVRA 1X1PA 1WSHA 3LDNA 3QFPA 3VEXA 2O8EA 5KQDA 1KAXA 2PYJA 3DRPA 4RWTA 4M3WA 1VSKA 1GLEG 1NJWA 3MEDA 3I8BA 2QWQA 4CERA 3KZBA 4CEZA 2HSTA 3AGRA 2XY6A 1MWMA 4OPHA 1TKXA 3CCLN 2VGNA 1XHZA 2W42A 4ELVA 3CQXA 1VQKN 4BREA 5J2MA 4JLHA 3MCAB 3T1HK 2P9PA 4EAHD 2UUBK 4HUFA 3KK7A 3V1OA 5AZJA 4M3ZA 3LALA 3UKUB 4DB3A 3D0PA 3LP1A 4WYBA 3HT3A 2OTJN 3VQDA 2IVNA 1RCHA 1SZ2A 4MO5A 5AFUA 4DQPA 3KWGA 4LFAK 3U4LA 4FO0A 3FR0A 3ASMA 3VTHA 4E1JA 4JYAK 4WE1A 3TSQA 1HQEA 3PO4A 3RVCA 3K5LA 3GBTA 4BROA 4CE9A 3OYAA 1HKGA 3QFUA 4BE0A 3H1QA 4WQ5A 4H4OA 2NRXA 3E9PA 3KLEA 3KD5E 3WXMB 3PUFA 3SUNA 4KTQA 1RT4A 3RR8A 3ZT4A 1BCOA 3GOIA 1W9HA 4C8MA 3U9ZA 4IG3A 3K9KA 3ZSZA 4A62A 1KLMA 4O8KA 4CJRA 4RW4A 4CJQA 1HNXK 3THYB 4H5TA 4DV4K 3U3GA 1O13A 1HJOA 2D4WA 1VRTA 3U6FA 4CFCA 1TYQB 1CZBA 1TL1A 4HVJA 1JCEA 4FM0A 1LOTB 3HPHA 3WT0A 1YXQA 3QNOA 5C42A 1FKOA 1HNZK 5ADXA 4KTZA 4W5NA 3P4IA 1V4TA 3SQ2A 3SQ0A 2W40A 4E19A 2DPNA 3V1RA 3OYEA 1BUPA 2OPRA 1S1TA 1ASUA 2V51B 3AO2A 2ZJPL 1QQOA 1RT7A 2B5JA 3DLHA 4CHNA 3O4NA 2HBMA 1KC8O 2YJEA 4BRMA 1N34K 4CJTA 1Q18A 4BR9A 2HNYA 3LAKA 4KHPK 3BZCA 3NGZA 2A3ZA 4IWVA 3AA4A 3EO3A 2BDPA 4DU3A 2GWJA 4JKGB 4E7LA 1JLEA 3RMDA 3KJVA 5F0XA 3MX5A 4LFBK 1EP4A 3DOKA 4Z0UA 1HPMA 4WFBL 4BDZA 4K42A 2WONA 3QICA 5AQQA 4OKKA 4M45A 1IBLK 3ZT2A 2BTFA 3QEVA 3UKRA 3EYZA 3SMSA 4FW2A 4ZHRA 4N47A 5LY3A 4DV7K 1NJZA 4BRKA 3CM5A 4Z4EA 3QLHA 4X66K 2P9PB 4M63C 3V1QA 2IC3A 1HYSA 2QWLA 4CEEA 2IS3A 3TAPA 5AZJB 4CZIA 3KK1A 4JI2K 4CIFA 4C1NI 3BF1A 2VG6A 3O8MA 3NGYA 3WNFA 4E7JA 4JKFA 1EETA 4FJNA 4PKGA 4KKOA 3LDSA 2FBXA 1Q82O 1KCFA 1L3VA 3A8YA 2B6AA 2O4GA 4I2QA 4DTNA 2OCEA 1IKXA 4H5WA 3ZX0A 1BDGA 2UUAK 1ZXOA 3OS1A 4FLXA 4LY7A 3VF6A 4FLTA 2QXLA 1E4FT 5TKYA 3HP9A 4HHTA 1VQLN 1KSPA 4JI1K 1J53A 4DG1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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 1Q7Y O;  3CCV N;  1VQM N;  4WF9 L;  4IOA L;  5H1S Q;  4WFA L;  1Q82 O;  1YHQ N;  3CC2 N;  4U67 L;  2QEX N;  3CC7 N;  3CD6 N;  1VQ7 N;  5GAH P;  1K9M O;  1VQ4 N;  2OTL N;  3CF5 L;  3I55 N;  1YIT N;  1VQL N;  1N8R O;  3CCS N;  1M1K O;  5GAD P;  1YIJ N;  2ZJQ L;  3PIP L;  3CMA N;  1ILY A;  3CME N;  1YJN N;  2ZJP L;  1VQ8 N;  1VQN N;  1QVG M;  1KC8 O;  3CCM N;  1VQ6 N;  5GAG P;  5JVG L;  1QVF M;  4IO9 L;  3CCU N;  3OW2 M;  3CCL N;  1KQS M;  3CPW M;  1Q81 O;  1KD1 O;  1M90 O;  1VQK N;  3CCQ N;  3G4S N;  1K8A O;  3PIO L;  4WCE L;  1YJ9 N;  1YJW N;  4WFB L;  5GAE P;  1OVY A;  5MLC Q;  1JJ2 M;  2OTJ N;  1NJI O;  1VQ5 N;  3I56 N;  4IOC L;  2QA4 N;  3J7Z O;  2ZJR L;  1VQ9 N;  5HL7 L;  1W2B M;  1Q86 O;  5DM7 L;  3G71 N;  3CCR N;  3CCJ N;  1S72 N;  5DM6 L;  3DLL L;  3CXC M;  1YI2 N;  4WFN L;  5JVH L;  1VQO N;  4UY8 O;  1VQP N;  3CC4 N;  1K73 O;  3CCE N;  3G6E N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CJP A;  3A5O C;  4O55 A;  1QQC A;  4WFA L;  4KB1 A;  4NCB A;  1KXP A;  4NYN A;  3NF7 A;  4J2B A;  3DOL A;  2FSN A;  1SL2 A;  4JAX A;  4IKF A;  1TAQ A;  3E9L A;  4BRH A;  3H1V X;  2QI2 A;  3DLR A;  4FYD A;  3SJJ A;  3B8A X;  3J8A A;  3I0R A;  3SPY A;  3DLE A;  4FOI A;  1U04 A;  2OAN A;  3T19 A;  3K9J A;  1NM1 A;  5FPD A;  1YIT N;  4JK9 A;  1YTU A;  3NVM A;  1TKZ A;  5LL6 Z;  4CFB A;  1SL1 A;  3IRX A;  3KWI A;  5CE3 A;  5JIC A;  2ZJQ L;  4K8Z A;  3L4I A;  4CEQ A;  3VEV A;  4R79 A;  1FKP A;  1YJN N;  4CD3 A;  3LAM A;  3HPG A;  2HMP A;  5AQW A;  3TAR A;  1RBV A;  3AGK A;  4AHS A;  4CGJ A;  3L2Q A;  1L3U A;  3AA5 X;  4OKE A;  3LL3 A;  2DFF A;  2VQF K;  3MEC A;  1WUA A;  3CJA A;  3WNG A;  4FJM A;  1U48 A;  4JV5 K;  4CIE A;  1RDW X;  3CCQ N;  1YT3 A;  3OTO K;  3VER A;  4B3R K;  5E41 A;  4FK2 A;  1Q9Y A;  5AQN A;  2QTD A;  5M1N A;  3OYD A;  2WUS A;  1SV5 A;  2I7N A;  3L2R A;  4FVU A;  3QEP A;  2ITG A;  3JS6 A;  1VHX A;  4JHD A;  4CJE A;  3SCX A;  4DTM A;  2Y1I A;  1I94 K;  3CFR A;  1F21 A;  2O8F A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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