5H1SQ

Structure of the large subunit of the chloro-ribosome
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
120
structure length
120
Chain Sequence
HTRREDRTARHVRIRKKVEGTPERPRLCVFRSNKHLYVQVIDDTKMHTLAAASTMQKAISENIDYSAGPTVEVAQKIGEMIAKSCLEKGITKVAFDRGGYPYHGRVKALADAAREHGLVF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Cryo-EM structure of the large subunit of the spinach chloroplast ribosome.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S rRNA
total genus 26
structure length 120
sequence length 120
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Q PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5h1sQ01
3CC7N 2ZJQL 1VQNN 1JJ2M 2QA4N 1VQPN 3PIOL 4WF9L 1S72N 5JVHL 1VQKN 1YJNN 1VQ8N 1VQ4N 3CC4N 2ZJRL 3G4SN 4WFAL 1QVFM 1Q86O 3CF5L 5GAHP 1K9MO 3I55N 1KQSM 3CCMN 3CCJN 5GADP 1YHQN 3G6EN 4IOAL 1Q7YO 5GAEP 3PIPL 1K8AO 3CC2N 1M90O 1KC8O 1YI2N 3CPWM 1ILYA 1YJ9N 3CD6N 5H1SQ 1VQMN 1W2BM 5HL7L 4IOCL 1OVYA 3DLLL 4U67L 3CCVN 2OTLN 4WFBL 4UY8O 5GAGP 4WCEL 5DM6L 3J7ZO 4WFNL 3CMAN 1NJIO 3CCRN 3CCSN 1Q81O 1YIJN 3CCLN 3CCQN 1QVGM 3CXCM 1K73O 1M1KO 1KD1O 1YITN 3G71N 5DM7L 3CCEN 2ZJPL 2QEXN 5JVGL 3CCUN 3CMEN 1N8RO 5MLCQ 1Q82O 2OTJN 1VQON 1VQ5N 1VQ9N 3I56N 1YJWN 1VQ6N 4IO9L 1VQ7N 1VQLN 3OW2M
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4K8ZA 3O3GA 1J6ZA 4I7FA 3WQUA 1RDDA 3ZT3A 4YORA 1U45A 5AQXA 3AGKA 2NLXA 5C24A 2W41A 3M1FA 5BRHA 2OPPA 2ASOA 4IJAA 1RDCA 5DMRA 5KRTA 1I39A 4BRLA 2F8SA 4MLEA 1J9AA 2CH6A 4CIEA 4DFPA 2Z1IA 3BGRA 1UA0A 3EN9A 4HTLA 1YVNA 5J2MA 1K6YA 1Q18A 5GINA 1Q86O 3KJVA 1IKVA 5GADP 4CK2A 5AQGA 5AQMA 3MECA 4BDPA 1RCHA 3QNNA 3ATUA 4EFHA 1U49A 5JMVA 1Q9YA 1JCGA 2ZWHA 1G99A 3C6AA 3L0QA 2PYJA 1A5WA 2Q0RA 4JKDA 4NYFA 4QS7A 4DTJA 4CEAA 3BZKA 2HF3A 4F3TA 2YNHA 3SAFA 3BDPA 2UU9K 4DFMA 4LH5A 4BE0A 1ZBLA 4AQYK 2QWLA 2F8TA 3RMDA 3DLLL 4KB0A 2YX6A 2OTLN 4LF9K 4DR5K 3V9WA 3B8AX 3BEXA 3R3LA 3ZEUB 3ZSOA 1NLVA 1NOZA 3RVCA 5KPRA 4AILC 3ZLJA 3ZX2A 4K43A 4LSNA 2GWKA 3RR8A 1K8KB 4X62K 2V52B 5J2PA 5AQVA 3MXJA 4OVLA 1GLAG 2BH1A 3SBTA 4N56A 5AZJA 4EP4A 4OPKA 3KVGA 1CZ9A 1EP4A 1QQCA 3AVFA 1NWKA 1HPZA 4O5FA 3CJ7A 1FKPA 1DLOA 1SV5A 4FZXC 2XY8A 4CJEA 2Z1JA 1NKCA 2HSTA 1WAJA 2EHGA 3TSUA 3D2FA 1BGXT 1RBSA 4DR3K 4DTOA 4FK2A 3TU5A 3TANA 4CEBA 4A2BA 2B5JA 4DWIA 3NDKA 4LF4K 1NMDA 3J8AA 2EWSA 3SQ4A 1BL3A 3DM2A 4BC2A 3DRSA 4QAGA 3ASMA 1L3TA 5F0XA 3LP1A 4IFYA 3T19A 2E4LA 1JLAA 4PL8A 2O4IA 3OYMA 2O8DA 3SUOA 3LANA 4BR4A 4DR6K 1JLQA 3MN5A 2D0PA 4CEEA 1JLEA 3JS6A 3OYBA 3HTVA 2UXDK 3PX4A 1R59O 1GLCG 2BGGA 2QWPA 3WXLA 3PIPL 3AO1A 1C0UA 4BVPA 3NH1A 2A41A 5BPLA 3ULEA 2G8HA 5M1KA 4HTUA 3E9LA 3ZETA 3MK6A 4LC9B 4Q5VA 4CIGA 2D0OA 3E9OA 2XY7A 2FSJA 5SWMA 3SI6A 3HVTA 4EAHD 4GNIA 3EY1A 1FJGK 3HSTB 4K0KK 4KHYA 4DU4A 1VSJA 5F2RA 5EY4A 3LDOA 4RG8A 2Y1IA 1ASUA 2QWOA 4JKAA 3ATVA 5LY3A 3V81A 1HNVA 4CJ4A 3CCQN 1NJZA 4B9LA 2HVHA 1JLFA 1WNSA 4JN4A 4M3ZA 3HK2A 3NGZA 3U9DA 3O9SA 4EZ9A 3THYB 5AQUA 4FJIA 4CZFA 2QEXN 1O1WA 4CI6A 3NF8A 4J2EA 3C6HA 2NRXA 3FFKB 3OS2A 2IC3A 3T3FA 4JI5K 1ZBSA 2BUPA 4BRAA 2P9IA 4DQPA 4Z4IA 3SK3A 4JKGA 1GLLO 4DR4K 1SAZA 4JHDB 4PQUA 4XH1A 2ZJQL 2RPIA 3VA0A 3PIOL 1LWEA 4FYDA 3SQ2A 2CGLA 4GKJK 1C0TA 1W97L 4LF8K 5AQNA 3VQCA 3I0RA 4PL7A 1MWMA 3ZT0A 2Q31A 4I6MA 3WXMB 2F7TA 1UAXA 2I7PA 3VF4A 3NH2A 2O8BA 1XNQK 4DMNA 4IKFA 4QOZB 4FLYA 3SJHA 3NVKA 2X6SA 1HJOA 2DY4A 3CJAA 3U4LA 4JS5A 5KPTA 1X1PA 4C1NI 3VQDA 2CGJA 1NOYA 2KLAA 4O8UA 4JI0K 4YDUC 1EO1A 4CE9A 5FPMA 4W5QA 3OYNA 4FPBA 1QZ5A 1ATSA 2OPQA 1KVAA 3CI5A 4BY9C 1TKZA 4DV2K 1BCOA 1GLFO 3VQEA 4FWLA 4DB3A 4NO7A 2Q0UA 4CK1A 2QK9A 1Z25A 1BHLA 3OJUA 5JS1A 4Z0UA 3VGLA 1TUUA 1UA1A 3DLEA 3M6GA 3D7EO 3P5JA 2F4VK 3S3OA 1RT7A 3OYIA 3VQ5A 3C6TA 2I7NA 4W5RA 1G15A 3O6WA 3HPGA 1P90A 5SZTA 3W3DA 4B3OA 2IVOA 1QS4A 1C6VA 3DRRA 2ZJPL 3DJCA 2A3ZA 2YJEA 2HHXA 3QETA 3J7AP 4YNQA 1BG3A 1QQOA 3OYKA 2OTJN 1T6CA 3TSQA 2ZQBA 1VSHA 3PV8A 2O8FA 1HLUA 3MCPA 4BR7A 4CGJA 3SNNA 1NK5A 5HRSA 3OW2M 3WQTA 2RE2A 5BR9A 4FVUA 4JV5K 3QEWA 1WN7A 3GDQA 1KAYA 3LDLA 4FJ7A 2OYQA 4O44A 5JLFA 2KTQA 3THYA 5EX5A 3KZBA 3VQQA 3PX6A 4CK3A 3KK1A 1ATRA 3OTOK 4KPYA 1YTAA 5M1PA 5E26A 3CM5A 1BU6O 4B3TK 3O1WA 3A5NC 3BP8A 3OYLA 4FWKA 3HP6A 2UUCK 3P38A 2P9LB 3MWTA 3JSMA 3ZYYX 1JXBA 1S6QA 4JRQA 4NLBA 1S5JA 4F4KA 1QVFM 4Z4EA 4CIFA 1QQNA 2NRVA 2W40A 3KTQA 4Z4GA 4KRFA 2YCHA 3C65A 3AVIA 3P83D 4CCHA 4BRQA 4O5BA 3AA5X 3MWPA 1JL1A 3DXKB 1KAZA 3DXMA 4IXCA 3K9JA 1T8EA 4IO8A 1YJ9N 1TK0A 4J2AA 2GV9A 5AQZA 2IVNA 2XO7A 4OKKA 3OBYA 3QICA 3DYAA 4M45A 3L4IA 3O08A 1U48A 4I9QA 3L2WA 2Q3SA 3M5RA 5FPDA 1Q81O 2E6MA 3AVLA 3HO1A 3ZT2A 4FJXA 4OX9K 4Z4FA 4JKHA 5HLFA 2YHXA 3HM9A 4JAXA 2PFUA 4M3TA 4BRCA 3R1XA 3NF6A 3VQ6A 4FLVA 1Q82O 3W0LA 4LSLA 3ULEB 3JXUA 3L3VA 5T7BA 4C8LA 4NXMK 3CQYA 1JKHA 4HUEA 3HOSA 1TGOA 5BRFA 1JCEA 5CHIA 3NGIA 1TUYA 1QSSA 3PY8A 4FJ8A 1NGJA 1VSKA 3A2FA 4CEZA 3LP3A 4FLXA 5JVHL 5AR0A 2XRIA 2E2QA 3FE1A 1L3VA 4DV6K 3SPZA 3VF2A 3VENA 1VK0A 3E9PA 3QEPA 2IDOA 3P4IA 4BC4A 3AARA 3E01A 4DV5K 3QIOA 4FZYA 1T6DA 2Q36A 2QWQA 3HXMA 1RBVA 4FWMA 3THWA 2BTFA 3H1QA 4BREA 1YAGA 5KGWA 1YHQN 3VEZA 3U8XA 3KWIA 4JKEA 1RT5A 2A5XA 3NF7A 4CHYA 3I33A 3MX2A 5M1QA 2F96A 5AQQA 5GAEP 4CEDA 1XMOK 1Q9XA 1B9DA 4IEEA 4HCBA 4B9QA 3AA2A 3UIQA 4B3MK 5TKYA 4DQ8A 1S3XA 3Q7BA 3AO4A 3MCAB 1MU2A 3E66A 5FDLA 4Q0BA 2WTUA 1VQMN 1W2BM 4BC3A 4W5OA 2RKIA 4DV3K 4E7IA 1X9JA 4F2RA 3LP2A 1SKWA 3QBWA 4DV1K 3O3HA 5B8HA 4XH5A 4NB4A 4F2SA 3NHGA 3TAGA 1M1KO 3NMUA 3HT3A 1V4TA 3K5OA 4CBWA 3CHWA 1X9MA 3VMFB 3H45C 3WEEB 4OJRA 4CFDA 1WBBA 1U04A 3CJCA 1EQYA 1P8ZA 2OANA 2V7ZA 2YHAA 2YNGA 4F9OA 3EO3A 4FWPA 4MDAA 5AQIA 3AVKA 5M1OA 3PLAA 1WSEA 3LAMA 1VQ7N 4CZMA 5JLHA 2AJQA 4CJQA 4J8FA 3V1QA 4CHQA 2PAVA 1VQPN 2A6AA 4R5PA 1VRTA 3V1OA 4JD2A 3MN9A 5I3UA 4PKIA 2HNDA 2I5JA 3M8RA 4K8XA 2VWJA 1J5OA 4FJMA 1WSJA 2NZTA 1XUPO 1TAQA 3OYAA 4Z94A 4H0TB 5TKWA 3SAGA 3WNGA 4HVJA 3IDHA 4B1XB 4WFAL 3ZT4A 3JYTA 1BISA 3G6EN 1NJYA 3KLGA 3V9XA 5CZ1A 1TK8A 1VSIA 1BA1A 3VA3A 4CBUA 4I2PA 5BRDA 3EL2A 1TYQB 1Q7YO 4BRGA 3DWLA 2JGUA 3IG1A 1RBUA 1Y97A 4H4OA 1RTDA 3AO2A 3TAMA 4KFBA 4BR5A 1C1CA 3KLFA 2P9IB 3QESA 3CD6N 2KQ2A 4H4MA 3RTVA 4CJLA 1YT3A 2V7YA 2DPNA 3WUHA 4CERA 3DOLA 4JK7A 1F21A 3DLBA 4CJWA 4FWQA 3VEOA 4BR0A 4CBXA 4WCEL 2IIRA 3NF9A 4BVOA 1SL1A 4B8CA 3C95A 1N32K 4M7XA 1TKXA 4K41A 1N36K 4IBNA 1CXUA 1K73O 1WLJA 1NKEA 3ZCMA 1HR0K 3ISNC 3CIPA 1TKDA 4AH9A 4ILGB 3SLCA 4BWMA 3NBPA 1JCFA 3JAMO 4FLTA 3K57A 2WUSA 1UWBA 2FSKA 2HF4A 1JXEA 4FWSA 2OZMA 3RRHA 3L3UA 4GY2B 4IO9L 2YV0X 4M3RA 5FRMA 3ID6A 1L5UA 3HJFA 2YKMA 2X78A 4DQIA 3TAPA 2NRHA 3VQBA 1T03A 4FJLA 5AZIA 2PYLA 5HRRA 1RDUA 4DTXA 2UXBK 4FJKA 3O4NA 4CFBA 4UQGA 2D0BA 2FXUA 1ZBHA 1RILA 1NGEA 2KZMA 4JI1K 3IKMA 3ALYA 4JI2K 1Z26A 3HI0A 4BACA 3M3ZA 2O8EB 2QKKA 4CF9A 5AFUH 2RF2A 1D5AA 3CERA 1JL2A 4CEOA 4KHPK 5ELZA 3MMVA 1KFDA 1DTQA 3KKRA 1X9WA 5I9EB 4CEQA 4B1YB 4HHTA 4C23A 4IOAL 2D1KA 3ID8A 4CZEA 5KQDA 4OKEA 2E6LA 4GVMA 4H0OA 2B6AA 3O5BA 3HPHA 1L3SA 1NU0A 4CJRA 2W6LA 3L8BA 3GE1A 3AVGA 1KRPA 1IBKK 4LH4A 1C0GA 2A40A 4B08A 3HL8A 5AQFA 1QSLA 2FBXA 5CZ2A 1HKGA 4FVMA 3OBWA 4DR7K 1OH8A 4DSFA 2XY6A 4WQ5A 3OYJA 3D6RA 4KI6A 3QEXA 3BY5A 3OYCA 4DV7K 2GUPA 2ZE2A 4I2QA 1OVQA 4DS5A 4OLBA 1S9EA 1LWFA 2A1SA 3S3MA 3VGMA 3CCEN 3G25A 3H08A 4HUGA 4DTMA 4MQ3A 4ZHRA 4FJNA 4H5WA 4DCHA 2HMIA 3VGKA 3VQPA 1C0FA 2O4GA 4IWVA 1RNHA 4EZ6A 3LPUA 4Z4CA 1A5VA 1YF5L 1SKSA 1TKTA 4CHOA 2VWBA 1XQSC 1BA0A 1LWCA 3L2VA 1WAFA 4FXDA 4R79A 4YDUA 3T1AA 5C12A 1RBRA 3LDNA 2ASPA 3FR0A 5AQTA 4DHYA 5CR4A 5C25A 3D2EA 1S1TA 2DTUA 3ULDA 1IKXA 4KTQA 1Z05A 3P1GA 2ASMA 3HZ6A 2NRTA 4B3RK 4CHNA 3AV9A 4JRPA 3AO3A 4CZJA 4B1UB 2IOCA 3CCMN 2CGKA 3C6UA 4L8RB 1NBWA 5D3GA 3KKSA 3HRGA 1HYVA 2VG7A 1ZBFA 2RHKA 3ZX3A 4AF1A 4CJ3A 3RMBA 2QWMA 2CH5A 3AY9A 3CFOA 4YFUA 4JI7K 2NRZA 4IDHA 4ZTFA 3DOKA 4JI6K 2G8VA 4RW4A 2HB5A 1HNIA 5C0YA 1GLBG 3ZSXA 4KKOA 4M41A 3SUPA 2BANA 3SQ0A 4JHDA 3FZMA 3EKUA 4IOCL 4OPHA 4E7LA 4U67L 2O8EA 4JEPA 1REVA 3NGYA 5JS2A 4UY8O 5E84A 3M8PA 1NNEA 4H5VA 4RW8A 1XNRK 4J2DA 3FZLA 4DLGA 3SYZA 3MDQA 2FBVA 5AZIB 3L4QA 1QVGM 4DU3A 2XY5A 1KAXA 2J4RA 5I42A 3PSIA 2YI1A 4AHTA 5CY4A 2QWNA 3U3YA 3THWB 1VAZA 3EE8A 3P39A 4F3OA 1RDBA 4BRIA 3I56N 1YJWN 4OLAA 1N33K 4GKKK 1OKJA 5AQWA 3TI0A 2QW9A 3K5MA 2VG5A 3QDKA 2A42A 3LWMA 4H0PA 3MEEA 4N47A 4KREA 4CW7B 4FCYA 3L2QA 4DF4A 1I94K 3ZEUA 3ZSRA 4I9LA 3VEXA 3DLRA 4JKCA 4CF1A 1S72N 1HUXA 1IO2A 3SPYA 1BQMA 3NH0A 4GV3A 1U47A 5ADXH 1TV6A 1X3NA 2AP1A 2KFZA 1X9SA 4LY7A 4AHCA 2QKBA 2FBYA 1YTUA 2KW4A 1FW6A 3AGRA 2VQFK 5AQLA 3CG7A 4IDKA 4V19S 2ZJRL 1RT4A 5FPNA 3ZX0A 3HPOA 5C42A 1TL3A 4K42A 3LM9A 3RSEA 1KQSM 4DTNA 1RTJA 4CVNE 2HNZA 4YOVA 1NGDA 2UUAK 4PKHA 2WOMA 1M90O 3IS9A 4AHVA 3OVNA 1ESVA 3M8SA 1RT2A 1YUWA 1ZBUA 2VCPA 1KC8O 5CYMA 2P9KA 4PWDA 3AO5A 4FL9A 5A2QO 2HNYA 5ADXA 4ILHA 3DAWA 3T7ZA 1S9GA 3CPWM 4FM0A 4Z4HA 4MDBA 2F9WA 4DSKA 2E2NA 2E1ZA 5H1SQ 4ID1A 1KSPA 1GOCA 4NYNA 1TVRA 3RMCA 4DUZK 3TWHA 2QXLA 1U4BA 3MXIA 1VRUA 2GX9A 4J2BA 1YIJN 5BPMA 4CJVA 4N41A 4NXNK 3DLKA 4KH6A 2NRRA 4C8KA 3FZHA 5HRPA 4EHTA 2GELA 1SQKA 3L2UA 4ELUA 4BRHA 3EZ5A 4H03B 4AM7A 1QHAA 1WOQA 1BI4A 3THVA 4FWNA 1JLBA 2FLOA 1IBMK 1J53A 1VQLN 1EWQA 4C8OA 5AQSA 3ZSZA 1VSFA 2P9SA 3FLCO 1H1VA 3GG4A 4K25A 1VQNN 5HP1A 3TTDA 4AM6A 3U6FA 4DSIA 3NAEA 1HKBA 2WBNA 4CHPA 3S41A 5GIPA 1NK8A 4FJJA 3K58A 2EX3A 1YVUA 1VQ8N 1X3MA 1W9HA 1VSEA 1XWLA 4C8NA 1SZ2A 4DSLA 4CZHA 3K59A 1S1UA 1I3AA 1VSMA 1WUAA 3D45A 1B9FA 4KTWA 2ETJA 2P9PB 5LJVA 1HNZK 4CZKA 4AHSA 3VETA 3MN7A 4FLUA 1BQNA 2KKZA 1NGHA 4Y1DA 2B4JA 1BWFO 3LPTA 4B9VA 1CZBA 2WONA 2BDPA 1NJXA 4A59A 4WYBA 1TL1A 2LSNA 4JD2B 5CYQA 3SUQA 4BDYA 1K8KA 3MN6A 4DV4K 4DG1A 1D9FA 4E7HA 2D0CA 2GUIA 4HUFA 2G8FA 5AQYA 3O3FA 4WQ4C 3WNEA 3L2RA 1YI2N 3O8MA 2OZSA 4CD1A 3LM2A 2IS3A 1NKBA 3SMPA 4BR2A 4OGCA 2ZGZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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