5H1SQ

Structure of the large subunit of the chloro-ribosome
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
120
structure length
120
Chain Sequence
b'HTRREDRTARHVRIRKKVEGTPERPRLCVFRSNKHLYVQVIDDTKMHTLAAASTMQKAISENIDYSAGPTVEVAQKIGEMIAKSCLEKGITKVAFDRGGYPYHGRVKALADAAREHGLVF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S rRNA
publication title Cryo-EM structure of the large subunit of the spinach chloroplast ribosome.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 26
structure length 120
sequence length 120
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Q PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5h1sQ01
3CCVN 2ZJPL 1K8AO 5JVHL 2QEXN 3CC4N 1VQ4N 4WFBL 4IOAL 3PIOL 2OTJN 3PIPL 3CCRN 5JVGL 4U67L 1QVGM 2OTLN 3CCLN 5MLCQ 4WF9L 5GAHP 1M90O 1YJWN 3CPWM 1VQNN 3I56N 1VQKN 1YI2N 3CC2N 5H1SQ 5GAEP 3CMEN 1YITN 3G71N 1VQ6N 3CC7N 1N8RO 1VQON 1NJIO 3G4SN 1QVFM 4WCEL 3J7ZO 1K73O 4UY8O 1VQLN 2ZJRL 5GAGP 3CD6N 5DM7L 1OVYA 3CF5L 1YJNN 1YHQN 1YIJN 1Q86O 3CCQN 4WFNL 1Q82O 1VQ7N 1Q7YO 1VQMN 1S72N 1K9MO 2ZJQL 1YJ9N 4IO9L 2QA4N 3CCEN 3CMAN 3I55N 3CCUN 1VQ8N 3DLLL 5GADP 3CCJN 3CXCM 1JJ2M 1KD1O 3G6EN 1VQ5N 1M1KO 3OW2M 5DM6L 1KC8O 1VQ9N 5HL7L 1VQPN 1KQSM 4IOCL 3CCSN 1ILYA 1W2BM 1Q81O 4WFAL 3CCMN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NDKA 3VF6A 5KTQA 3ULEB 4A59A 4M3ZA 3K9KA 1J9AA 3H1VX 2XY7A 4YHHK 3SMSA 3O80A 1VQ4N 3DYAA 4CHQA 1U45A 5AQQA 1LWCA 4Y1CA 3PIPL 3T3FA 2QXLA 2O8CA 2HB5A 3QEXA 4CJRA 1SL2A 1JCGA 5AQYA 3LDPA 4BRMA 3U8XA 3SAHA 1KFSA 3D7EO 1NU0A 1GLLO 4GV9A 5GAEP 1BCMA 1SL0A 1S6PA 1TYQA 4DHYA 1YITN 2Q2RA 1BA1A 3WUHA 1Y97A 4GKJK 3OYHA 1WSHA 4JKBA 1UWBA 1HJRA 3WXMB 3BP8A 4BRAA 3THYA 2O8FB 2A40A 3N4PA 5C42A 4AH9A 2UUCK 3P5JA 1XNRK 4UY8O 3VENA 4GNIA 4FW2A 3AVJA 5FRNA 3M8QA 1KVBA 2VGMA 4Z4CA 4ID1A 3ZT3A 1DEJA 1LOTB 3D6RA 3VEZA 4FYDA 1WLJA 2P9NA 4DV3K 1JCFA 1Z6RA 1RTIA 5J2QA 4KHNA 4C1NI 3HT3A 1P8ZA 4E0DA 1GLJO 1F21A 1EETA 2OPPA 3KWGA 3LDOA 2YKMA 4OPHA 3L2UA 5AZIA 1U04A 2Z1HA 3LP3A 3ZSYA 1IBMK 3L6QA 3BF1A 3AVAA 3OS1A 2DFFA 4CK1A 3S3OA 4IOXA 3O9RA 2PZSA 2LSNA 1OH8A 4G1QA 3SI6A 5JS1A 4AF1A 1LAVA 5C25A 2P9PA 2HBKA 3KLFA 4CERA 4EP5A 4XH5A 4CJKA 4B9VA 3U4LA 4C1NK 1ILYA 3IS9A 3MWTA 4H5WA 5KGXA 4CVNE 3L3UA 3GDQA 1U47A 2IGIA 3QBXA 4B9TA 4PKHA 3FZKA 3SMPA 2Q31A 2A5XA 3ULDA 3EKUA 3HPGA 2OTJN 3E1YA 1IBLK 1WUAA 2XRIA 5JVGL 3NGIA 5BPLA 3HM9A 4AILC 4KB0A 3RR7A 3KD1E 2YKNA 4CJ4A 4BRQA 1Z25A 4OX9K 1YTUA 1C0FA 3SBTA 4LSLA 4FM2A 4O4GA 1UOCA 3MX2A 1R0AA 3BUZB 5AFUH 3SQ1A 4E3SA 1XNQK 4Z4HA 1UAXA 2BGGA 3OYJA 4BDYA 3VGLA 5CYQA 1I3AA 3HTVA 5AQRA 4CK3A 4CHYA 4KH6A 1VQLN 5I9EB 4BRIA 4U7BA 1T8EA 4DQSA 1X9WA 2NLXA 1VSFA 1S9GA 4BE2A 1YJNN 3OVNA 1S3XA 1LCUA 2IVPA 3L2RA 2O8DB 5BRHA 4F2RA 1JXEA 3NH2A 2ZQBA 2I5JA 3NF6A 3J81O 3LPUA 2QWQA 2VWBA 1RT1A 4KTQA 4CZEA 2FBYA 3SPZA 3DM2A 4HUFA 3HYFA 3L2VA 2JLEA 1CXQA 2UXDK 1JKHA 4JEPA 1S1WA 3TWHA 1S1XA 2F4VK 3FR0A 4JK8A 4BRNA 2F8SA 3O5BA 3KJVA 3QEWA 1ZBHA 2XO7A 3M5RA 4CF8A 1R59O 4CHZA 3KTQA 3QICA 4IZ9A 2YHYA 3LDNA 4Y1DA 4DFMA 1LW0A 2PY5A 3PO4A 3NHGA 4Y0WA 5HRSA 1TK0A 3L8BA 1REVA 1EO1A 4WFBL 1NM1A 3B8AX 3S41A 5CZ1A 3OYNA 3IAYA 1T3VA 3A5NC 4A62A 2QWOA 1TAUA 5LJWA 4JI1K 1ZBFA 4DS5A 1OKJA 5MLCQ 1J54A 3MN9A 2O4GA 4ISGA 4BC5A 3KVGA 4FJIA 4DQ8A 2PYJA 4DWIA 3J7AP 2WBNA 1LW2A 1HKCA 1X3MA 1Q9XA 2ZGZA 4BGAA 4B9QA 4CGHA 1BL3A 1J53A 3HVRA 4LH5A 2FSJA 5LJVA 1A5XA 2QWNA 4KTWA 4KKOA 1U2VA 3QB0A 1BHLA 3DAWA 3ZEUA 3FZFA 4B08A 3RRGA 4EHTA 1RDAA 3AVKA 4WCEL 3AARA 4A57A 5HRNA 4AHVA 2YNGA 5AZJA 4QS9A 5AQFA 1WSJA 3A8YA 3SV3A 2HBLA 4BRCA 3BEXA 2FSKA 4W5RA 1OVYA 2QWLA 1JLBA 1HUXA 1IKVA 3SAGA 1RBVA 4NCAA 3K0SA 4CZKA 3C7NA 3MX5A 3CM6A 4IWVA 3VQ8A 5JLFA 3CCEN 1DGKN 2YV0X 1X9JA 3DLLL 4AHSA 3CCJN 3VF2A 1XMQK 2VGNA 4ILGB 1WB9A 4WQ5A 1Q9YA 1NGFA 2Z1GA 1E4GT 3FZMA 4FXDA 2EX3A 4BWMA 5KPZA 3V9UA 3TTDA 2DY4A 4JI2K 3OTOK 1C0GA 3BF3A 5HL7L 1C1BA 4BG8A 4KI6A 2JWKA 1S1VA 3CQYA 4DQRA 2QTDA 3ASMA 5KQ8A 3QNNA 4DSKA 2W40A 5LL6Z 3AO2A 1QQMA 5JVHL 2DFEA 4E7LA 5C15A 4LFCK 3IUCA 1TL1A 2VQFK 2P9LB 1NK0A 4I6MB 5TKWA 3I8BA 3K9JA 1RT4A 3P38A 4YOVA 1OH5A 4IG3A 4HUGA 2OPQA 1VAZA 3BZCA 1HPZA 2UUBK 3WQTA 1QSSA 4CJEA 3MAQA 4GV3A 1YJWN 1HNZK 4CE9A 3ZT2A 1SUQA 1IG9A 3AGRA 4B9NA 1B92A 4IFVA 3CJ9A 3ZSRA 4KHPK 1RGIA 3ATUA 3LP1A 4LF6K 5E26A 2VCPA 3SLCA 1SAZA 3LDQA 1U2VB 2WC9A 3J7YP 3LANA 3M8RA 3KIOA 3VQPA 4EAHD 3G4SN 4JI7K 3AVCA 4H0VB 4FWSA 4M41A 1RBSA 3J7ZO 5AZJB 3VTHA 4PKIA 5C0YA 2GELA 3TAPA 4IDKA 4E7KA 3QEPA 5FLXO 5SWMA 4BROA 4HTUA 1YVNA 4CGJA 4BQLA 1J5EK 1RNHA 1Q82O 2XY6A 4NYNA 1NK7A 3C7NB 3OBWA 4DR7K 4WQ4C 3L3VA 3OYGA 1OVQA 4IO9L 2W6LA 3R3LA 3I33A 2G8VA 2FXUA 3T1YK 1YUWA 4I2PA 3HSCA 4GY2B 1HLUA 1M1KO 4JRQA 3T1HK 4G9ZA 5FROA 3AA3A 3MCPA 3O6WA 4CJLA 4JKDA 1ASWA 3V1RA 3QETA 2RHKA 1N36K 5AQPA 1SV5A 4E1MA 3CCSN 4B3OA 2KFNA 3THXA 3CM5A 2F8TA 1XI1A 1BIZA 3CFPA 2I7PA 5HBMA 2FBXA 4OGCA 3HP9A 2D5RA 3ZSQA 4E7JA 2BH1A 2G8HA 5ADXA 4OVLA 3CCRN 3MXIA 5AQSA 4H0YB 1C1AA 3VEVA 4CFBA 1NGAA 2P9KB 1J5OA 1DKGD 4A2BA 4IO8A 4DKWA 3CJCA 3QMLA 1HYZA 2ZE2A 1T7PA 4AHCA 5BRFA 5DMRA 1IV0A 4CJWA 1QZ5A 2PAVA 5AQLA 3ULEA 4BR5A 4OPKA 3VTIA 2VG5A 4DQIA 4FJ5A 2HHTA 1XC3A 2KKZA 3CC7N 5EY4A 3M8PA 1HYVA 4F3OA 1NJIO 4KO0A 4E1NA 4FK4A 2NRRA 1KTQA 4B1XB 5J1EA 3HP6A 3CFOA 3WXIA 1L3SA 3AAPA 1MU2A 4M42A 4HVJA 3RMDA 1NK8A 3CD6N 1JCEA 4B8CA 1DTTA 4FJNA 1YHQN 2O8BB 3OYLA 3EO3A 4CEFA 4E89A 2D1KA 4IDHA 4XEIA 1WAFA 4J2BA 2HSTA 4O5BA 3BY5A 3QLHA 3HOTA 2O8FA 3L2QA 3K57A 1DT9A 4CF0A 3HM8A 5BRDA 2KFZA 3FE1A 5I42A 2CGJA 4FWKA 1VSHA 1BU6O 5M1KA 1XHXA 4NO7A 4XH4A 4DV4K 3LALA 4KPYA 4JD2B 3E9LA 1U4BA 4M63C 4M3RA 2RE2A 2E6MA 3SQ0A 3VA3A 1VQPN 3QERA 3SUQA 1SS6A 4CGDA 3GE1A 4DV6K 1SKWA 2F7TA 4O55A 2NRXA 1VSKA 2ASMA 1W7AA 2OANA 2EHGA 3OJSA 1E3MA 1GOAA 2NUBA 4ILJA 1C6VA 3TSQA 3PV8A 3NH1A 3LL3A 3F9KA 3MECA 1IH7A 5GINA 4LSNA 4M7YA 3ZSWA 2HHUA 1NK9A 3O3HA 3QFUA 2G8KA 3MCAB 4B3SK 1WN7A 1VRTA 5M1PA 3I56N 3CC2N 5M1NA 2P5GA 3P83D 3DRSA 4LF5K 1VQ6N 3C95A 3MK6A 2GWJA 3TTFA 4H5NA 2ATQA 3THVA 4UQGA 4H5VA 4FZYA 4DTXA 3GBTA 5F2RA 3U9ZA 2Q97A 2VYPA 3A0IX 3KK3A 4MDBA 3QDKA 1D5AA 1K73O 4CGIA 1SL1A 4MLEA 4ZHRA 4B9UA 4R5PA 1YTAA 1YVUA 1WOQA 4BC3A 1EXQA 3SUNA 4AHUA 3ITHA 3OYFA 4O44A 2P1JA 4DFKA 3DRPA 4RW6A 4WFNL 2RPIA 3A5MC 5LMNK 3TAFA 3F9MA 2Z1IA 2Y1IA 3PSIA 3K5LA 2IVNA 3TTCA 1TAQA 3VMFB 3ZCMA 1SKRA 4FJ7A 1UA1A 3OHRA 3QFPA 3CYMA 4C8NA 2V51B 3I55N 4BE1A 2I7NA 2KTQA 1VSJA 5BR9A 4R79A 3OW2M 5LMUK 3TU5A 4BC2A 1HMVA 4NCGA 1KC8O 4L3QA 2QM1A 2O8DA 1UA0A 4DSLA 1NGBA 3TAMA 5AR0A 2GUIA 4FJ9A 3RTVA 2G8IA 3O1BA 3C6AA 4Z4IA 4C8MA 4DV0K 1GLFO 4A5AA 3OJUA 2QEXN 1I39A 4B9SA 1TUYA 1X3NA 4RTFD 2A1RA 2GUPA 4Z4EA 4IOAL 5KRSA 1NOZA 3PIOL 3M1FA 3WXJA 3SUPA 4H0PA 1EX4A 1QVGM 3VQ9A 4LFAK 1RDUA 4YOWA 5HLFA 1SQKA 1H1VA 3WQUA 3V9XA 2IS3A 3HPOA 5EX5A 1MWMA 3T7ZA 3ALYA 2V7ZA 3C6UA 1HRHA 1W9HA 4J2EA 4DFPA 4OLBA 3JYTA 3KLHA 3V4IA 4FOIA 2Y1JA 5C24A 3D2FA 1IBKK 4Q0BA 2DFHA 2E20A 4FWNA 2OA8A 2IC3A 1KVAA 4JN4A 2D0PA 3NH0A 4BVOA 4FJMA 3ZSOA 4CJ7A 1NJWA 4LF4K 3CHWA 4BDZA 4MO5A 4QCLA 3LDLA 1WBBA 3LM9A 4DF4A 4H4MA 3AVIA 2Q36A 4MQ3A 2ITMA 3CG7A 3GG4A 1TKXA 5AFUA 2UXBK 4RWTA 3CQ8A 3CJBA 4HWIA 1HNWK 3KKRA 4K0KK 4IFEA 1S1TA 4WE1A 3EN9A 1QHTA 3VEWA 3EL2A 3M8SA 1T6DA 3O9SA 5AJ3K 1G15A 2KQ2A 1V4TA 3D45A 3IKMA 1VRUA 3D0PA 4DSIA 1NGIA 4FJ8A 2VWJA 1QSYA 4PUOA 3AVFA 2QWPA 4FOEA 3VGMA 1QHAA 4XH1A 4BWJA 4BGBA 4JYAK 2ITGA 1Q81O 1S6QA 2JGUA 1TGOA 1IJJA 1KLNA 5BREA 2AP1A 5BN8A 4Z0UA 2HHXA 3O4QA 4RW9A 4DV2K 5AQKA 4KHWA 2CGKA 4OPJA 1RT6A 5D3GA 2ZD1A 2G8UA 4FWLA 2QWMA 4CEQA 2YX6A 3KKSA 4OGEA 3VEXA 4BR7A 2X6SA 2RF2A 4FPBA 5C10A 3D2FB 4DV7K 4LF7K 3C0BA 2P9LA 4CBWA 4I6MA 4AQYK 4YNQA 2IOCA 3TAGA 2P5OA 2HF4A 4JLHA 2UUAK 4K43A 4JI6K 4YY3K 1NWKA 2YHAA 3O9TA 3A2FA 2F96A 4NYFA 5M1QA 3PX6A 4YDUA 3AY9A 3T1AA 2P9UB 4Z94A 1WSEA 1NK6A 2HHQA 4BRPA 3WNFA 2DPNA 1I94K 1QTMA 4BRDA 1S22A 1BOTO 1HX1A 3H46O 4YOXA 3CETA 2HF3A 4JNEA 1VSMA 3K5MA 2D0BA 3MN6A 4IFYA 1RTJA 3OYMA 1WBDA 3AGKA 1BGXT 2NRHA 1FW6A 1NGCA 3OYEA 4FLXA 3L2WA 2FF3B 3B6PA 4EZ6A 3V81A 4DSJA 1ZXOA 1VQ9N 5SZTA 1FJGK 1ZYQA 1HJOA 1RT7A 4DV1K 4E7IA 1D9DA 3GOIA 1NLVA 2RKIA 3AAQA 1GOCA 3V1OA 1GOBA 4B1WB 2YHXA 3TSUA 3BDPA 1NK5A 4F9OA 1XMOK 1TKZA 3KK1A 3SV4A 2VG6A 4FSVA 2V52B 2CGLA 1S9EA 3QIOA 4LF8K 4K8ZA 5KI6A 1ITGA 3HPHA 2G8WA 2A1SA 3I8DA 4K42A 3P39A 4U67L 3AA2A 2ASPA 3WNEA 3VQ4A 2BE2A 3RWUA 1B9FA 5GAHP 2IIRA 4HHTA 1NNEA 1IKWA 4CZIA 4JKHA 3M6GA 1VQKN 2OYQA 3WXKA 2HW3A 2KW4A 4AHRA 5BR8K 1JLAA 3DLBA 4YOYA 3VN5A 4QAGA 4CIEA 5JICA 3C94A 1XHZA 1KCFA 2NRVA 4CFDA 4B9LA 3LWMA 4FWQA 3AO1A 4DTRA 4OKKA 4FJKA 5C2DA 2P9KA 3WEEB 3RSEB 3W0LA 1JL2A 3DLEA 1HNXK 1HQUA 4FJGA 1N34K 4H0OA 3ID6A 4W5TA 2QWRA 3T19A 3AO5A 5DM7L 1VSEA 1CZ9A 1GLBG 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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