5H1SQ

Structure of the large subunit of the chloro-ribosome
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
120
structure length
120
Chain Sequence
HTRREDRTARHVRIRKKVEGTPERPRLCVFRSNKHLYVQVIDDTKMHTLAAASTMQKAISENIDYSAGPTVEVAQKIGEMIAKSCLEKGITKVAFDRGGYPYHGRVKALADAAREHGLVF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S rRNA
publication title Cryo-EM structure of the large subunit of the spinach chloroplast ribosome.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 26
structure length 120
sequence length 120
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Q PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5h1sQ01
1OVYA 1QVGM 4WFNL 4WF9L 4WFAL 1YJNN 1VQKN 2OTJN 1VQ8N 1K73O 3CD6N 5GAEP 4WCEL 1W2BM 2OTLN 1QVFM 1VQON 3I55N 1YI2N 4IOCL 5JVHL 3DLLL 3CPWM 1JJ2M 4U67L 4IO9L 1K9MO 1VQPN 3PIOL 1KQSM 3CCQN 3CCSN 1VQLN 2QA4N 1YJWN 1YIJN 1VQ9N 3CCJN 1Q81O 3CCRN 3CC2N 5GAGP 3CCLN 1VQ7N 5GAHP 1KC8O 1S72N 3J7ZO 2QEXN 1VQ6N 3CXCM 3CCUN 3CC7N 1VQ5N 4WFBL 3OW2M 3CCVN 1VQMN 3G71N 5H1SQ 1YITN 3G6EN 3CCEN 1ILYA 1VQNN 2ZJQL 5DM6L 2ZJRL 5MLCQ 2ZJPL 1Q86O 1M1KO 3I56N 4UY8O 5DM7L 3CMAN 1VQ4N 5HL7L 1M90O 3CCMN 1KD1O 3CF5L 3CMEN 1Q82O 3G4SN 1NJIO 5GADP 5JVGL 3PIPL 1YHQN 4IOAL 1YJ9N 1K8AO 1N8RO 1Q7YO 3CC4N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WLJA 3ZT4A 3CM5A 3KLHA 1CXQA 2VG6A 3BF1A 4CHPA 4K0KK 1QTMA 2OTJN 2VG5A 3QBXA 2UXDK 1S9EA 4DR3K 3SUNA 3SI6A 4J2BA 2OTLN 1C1CA 4B3OA 3O4WA 5KPRA 4DCHA 2B4JA 5IT9O 4DU4A 5SWMA 1K6YA 1XUPO 2KHOA 1TK0A 5TKWA 4IFEA 4J2EA 4FJXA 4AM7A 3SLCA 3V6DA 4RG8A 4CJSA 4H4OA 4FXDA 4OPKA 1Z6RA 2QA4N 2A6AA 1GLBG 4CZJA 2IAJA 4CERA 4KI6A 1KLMA 2QXFA 2AA4A 3OBYA 2XY6A 3TSQA 4V19S 4ZHRA 1O13A 1BOTO 4IG3A 3I8DA 2ITMA 1W0HA 3E01A 4FPBA 3QNOA 1NKBA 2F8SA 4OPAA 3FZHA 5I42A 3WNGA 1RTHA 4DS4A 3KD5E 1U49A 3ZCMA 3CFPA 4JI3K 5EVZA 3H3OB 4CZEA 5BN8A 3A5OC 3U4LA 2H3GX 5BRHA 1QQCA 3SV4A 4FJLA 4KHNA 4H0VB 4IEEA 4IZ9A 3PUFA 4XH4A 4DR2K 1ZBSA 4ZTJA 1Q18A 4BDPA 1FW6A 5AQLA 2FBTA 1JXEA 4UY8O 4BE0A 4IJAA 3SJJA 4YDUC 4ILJA 3TU5A 3L2VA 3CQYA 3G4SN 3PSFA 4K8ZA 4PWDA 4IDKA 4JK7A 3K5NA 2A1RA 1W9HA 4H0OA 3V1QA 4B8CA 3OYHA 1JLQA 3SQ0A 3DLBA 3WT0A 3SJHA 4FLWA 4PHTX 2HHXA 4FLTA 4GV3A 3WXJA 1S1VA 5EXWA 1QSYA 4A5BA 3K5LA 3SZ2A 1X9SA 4RTFD 3SQ2A 2E6MA 4MLHA 3MEEA 4CF8A 4YOUA 5AQOA 4PKGA 1RDUA 3GG4A 1BUPA 4CJWA 1JJ2M 2G8UA 4J2DA 4IXCA 2Q0UA 1ZBIA 4FO0A 1KQSM 3CCSN 1VSJA 5I3UA 1WAFA 5HRRA 3N4QA 1BCMA 2A40A 3KWGA 1JLCA 4M3YA 4L8RB 3OBWA 4BG8A 3TSPA 4GW6A 4EFHA 3NGIA 4NCGA 1X9MA 4O4GA 2ZQBA 3ZSQA 3CJAA 1BI4B 3TSUA 2UUAK 3IUCA 2G8VA 3NVKA 2BE2A 3AA2A 4RW4A 1MWKA 4JKEA 2KW4A 1MDUB 2VQFK 1ZYQA 4KRFA 2FF3B 1YITN 3ISNC 2VWBA 3FZFA 4FLXA 4DQIA 1EWQA 2P9PA 4E89A 4W5OA 3PO4A 2ZJQL 3SBTA 4KFBA 2ZJRL 2ASMA 2D0OA 4CZFA 1Q86O 3AO5A 1NGDA 4A57A 2NRWA 2OPQA 3KD1E 3LPUA 4FLYA 5FPDA 1KD1O 3O4QA 3MWTA 5KQDA 3RTVA 2HHTA 3O9QA 4HTUA 2YJFA 4C8KA 4FVUA 4OO1J 3OYFA 2CGLA 4BRDA 2KQ2A 1DTQA 3S3MA 3C6HA 3H6EA 4KHSA 4DV6K 2FBYA 4B3MK 4CD1A 2UYTA 5CE3A 4GVEA 4BRMA 1W7AA 2Z1IA 1HNXK 3A5MC 1RTJA 2YCHA 3A8YA 4O0IA 1EETA 3AVLA 4JS5A 3KK7A 3AVAA 3OS1A 4YDUA 4IOXA 4YHHK 4FJGA 3C6AA 4FOIA 1OH7A 1HNWK 2AP1A 1RFQA 3D0PA 1HQUA 4HWIA 1HPZA 2EX3A 2YNFA 4Z94A 3TARA 1A5VA 3BUZB 2HOEA 3ZETA 4U67L 1X9JA 4FM0A 4C8NA 3ENHA 2GV9A 5AQSA 3J8AA 4ELVA 2FC0A 3CJ9A 3ULDA 3QIOA 3AY9A 1IH7A 3VETA 3CJBA 4OGEA 3CCRN 3IKMA 2P9LA 4Z4GA 5GAGP 4O0JA 4FJ5A 1A5XA 4CHQA 3A0IX 3KK2A 3GE1A 3ZX2A 1ATRA 3L6QA 4KHYA 1QHAA 1U2VB 4W5QA 4Y0WA 3OYAA 4JKAA 3L4QA 3RVCA 2D0PA 4IWVA 1SKRA 1RBRA 1U04A 2P9PB 3THXA 3U3YA 4Z4CA 3V81A 3RR7A 1NGBA 1TKDA 4E1JA 1CLQA 2ZGYA 2WTUA 4C8MA 3EKUA 4TSXA 3C65A 3K58A 1KSPA 1QQMA 1NBWA 1HNZK 2RN2A 1A5WA 4I9LA 2VWJA 4DR1K 3O80A 3MN5A 4YY3K 3CF5L 4F2RA 4AHTA 1RT4A 5GADP 3QEXA 4B1YB 1VSEA 5JVGL 1TUYA 2OANA 3V1OA 3HJFA 4M3TA 4H8KA 4M3UA 4CW7B 5CYMA 3CI5A 1KXPA 4FJIA 3SAHA 1HJOA 3OYCA 1FXXA 4B9NA 2HMPA 4JI6K 4I6MB 1NGHA 1W2BM 4CK1A 5KI6A 1NLVA 3BZKA 3LZIA 5AQFA 1UA0A 4GKKK 3ZX3A 4DU1A 4IDHA 4JHDB 4YORA 2P5GA 1GLEG 1HPMA 3GL1A 1WUAA 3AAPA 4KH4A 3LDNA 4IFVA 1RBVA 3C6TA 1VQPN 3ZEUA 3SUPA 4DR5K 4YOTA 1YF5L 2D1KA 1EWRA 2WFBA 3I0RA 3K59A 1EO1A 3DOLA 4RW9A 1YAGA 2O8CB 3HP9A 2XHBA 2FXUA 5GAHP 5AZJA 4KTZA 3M3ZA 4NO7A 4DUYK 3T1YK 3GDQA 3SNNA 1VQ6N 1XHXA 4FSVA 1KAZA 1WSHA 3CJ7A 3D2EA 4DTMA 3PX0A 4BRCA 4B1XB 4DV2K 5H1SQ 1CZAN 3ZSRA 3G6EN 3THXB 3Q7CA 2EHGA 1QSLA 3ID8A 4NLBA 3FFKB 1BO5O 1P8ZA 1N6QA 4CZHA 3I56N 4CHZA 5C2DA 3HPOA 5HL7L 1NGIA 3KK1A 1BCOA 4JD2A 2YKNA 4QS8A 1N32K 3SQ1A 2V51B 1GLLO 4I9QA 3HO1A 3ZX0A 4JN4A 4AHUA 1RDCA 2E1YA 3VGLA 1G99A 1S1XA 5EY4A 2ATQA 2PFUA 2HHWA 3NHGA 2IS3A 2P1JA 4BRQA 4YFUA 1HX1A 3WQUA 4DG1A 3OYNA 2HF4A 5BPLA 3OS2A 2W41A 4AHRA 3CETA 1BWFO 1ASVA 4DV0K 2QTDA 1K73O 3NH0A 1JLEA 2F9WA 5FRMA 2WC9A 3ZT0A 4I7FA 3DXMB 4BR7A 2O4IA 2ASOA 1NU0A 1BA1A 3AVGA 2ZD1A 4CGHA 2E88A 3M1FA 4E7LA 1JCGA 2HVIA 2FSJA 4NLCA 4RW7A 4DQ8A 3NGZA 4A61A 4CF0A 3ZEUB 3NF7A 4ELUA 3OYIA 3UKUA 4CGDA 1L3UA 1NGJA 5CYQA 4DV1K 4FZYA 5F2RA 2KLAA 2V52B 3M8SA 3CFOA 3RMDA 1VQ9N 4DTXA 2F9TA 3S41A 4KV8A 3DLEA 2IVNA 1BGXT 3PSIA 3KKSA 4EP5A 4JI7K 4O44A 1OH8A 3Q7BA 1F21A 1KC8O 2HBMA 5KRSA 1LW0A 1RTIA 1SQKA 1QQNA 1R0AA 3ENBA 4EAHD 2QXLA 4KO0A 3E66A 2OA8A 3DJCA 4Y1CA 3VEXA 4CI6A 1W97L 1IKWA 3L2QA 4BVPA 3O08A 3EKSA 3RMCA 1VQMN 5GINA 3QO9A 3QICA 3HL8A 4WQ5A 5LY3A 4PA1A 2P9SA 1JCFA 4BDYA 1S1TA 1SAZA 4RCHA 1NJZA 3O9SA 4AH9A 4JD2B 2VYPA 3EY1A 1E4GT 3HVRA 1OH5A 4FYDA 3WXMB 1L3VA 4XEIA 3EO3A 4I2PA 5E84A 1GLFO 4JV5K 4JLHA 3L2WA 5HOOA 4AQYK 1NOZA 3NF9A 1LCUA 3MN6A 1QQOA 4KB0A 1JLAA 4O55A 1HKGA 4B8AB 1N8RO 1Q7YO 1KRPA 3WEEA 3WNFA 3CC4N 1OVYA 2Y1JA 4FWSA 4OX9K 5AQIA 4WF9L 3THYB 4JI4K 3R8EA 1Z05A 3U9DA 4CBXA 2V7ZA 3BY5A 4J2AA 3LP3A 3H1QA 1ATNA 1X3MA 4CEAA 2Q0RA 3CIPA 4EHTA 2PZSA 5AQWA 3C7NA 4BRHA 3KKRA 2DPNA 4DQSA 5ADXH 4PKHA 4JI5K 3R9PA 3MEDA 1YI2N 3DLLL 4H0YB 2GUIA 3WUHA 3UKUB 4BRLA 3OYEA 2VGMA 3J7AP 2DY4A 1C0GA 2OZMA 4LH5A 3OY9A 4FZXC 2IGIA 3VQ6A 3V9ZA 1Q81O 4JI2K 4NB4A 3CJ1A 3HSCA 2V7YA 4DTPA 4CIEA 2A1SA 1C1AA 4AILC 3PX6A 1D5AA 1HNIA 4CEFA 4FLVA 3HSTB 2GWKA 4A62A 3O9RA 4ISGA 3SMSA 4FWOA 3ZSOA 4DFMA 4OLAA 2O8BB 3OW2M 3DRSA 5EU7A 4PL7A 1SL1A 3DMJA 1KAXA 1RDWX 3JAMO 3RWUA 4BRKA 4W5NA 1VQNN 4Z4EA 3OYLA 1SZ2A 5CZ1A 1JKHA 5DM7L 3NAEA 4FLUA 2QWMA 3AVBA 3HOTA 3JYTA 3CMEN 4FCYA 1BHLA 3FGUA 4JS4A 1NJIO 1WBBA 3NGYA 1QZ5A 2BDPA 4CHOA 3AVKA 1U4BA 1WSFA 4JNEA 4FJKA 4H5TA 4FK2A 1GLDG 4OKKA 4DFJA 3OJSA 4PY5A 5TKYA 1R59O 1HLUA 2KFNA 5BPMA 2VGNA 4JKHA 4MDAA 4DSJA 1RT3A 3TANA 1RGIA 3EE9A 3E1YA 1WAJA 4BRAA 4E1MA 3ATUA 3HI0A 3C7NB 3ZSXA 4EP4A 2F96A 3AVJA 2A5XA 3MX5A 1WNSA 4IOCL 4FWNA 1DTTA 3MCAB 2HW3A 4H5NA 2OYQA 3E9LA 3CYMA 3ATVA 4QS7A 3VQ4A 2PAVA 4FOEA 5E41A 3FZLA 2Q97A 3K9KA 3AVCA 4Q0BA 1YJWN 1NJWA 4DQQA 1YIJN 5EX5A 2GX9A 3NH1A 3HZ6A 1MA9B 3P83D 4N47A 1RILA 4M3RA 4KTWA 4CZKA 5AFUA 5KPZA 3OS0A 2G8HA 1T8EA 1TV6A 3LDSA 4JKGA 3PX4A 1HQEA 4CVNE 3ULEA 2E2NA 4BREA 4CJVA 2QWNA 3ZSVA 1L3SA 1GOCA 4FZZA 2F4VK 2G8IA 1LAWA 3K0SA 4AM6A 1ESVA 4DMNA 3NVMA 2P5OA 2O8EA 3D2FA 1C0TA 4M63C 4FVMA 2DFFA 3J7YP 4G9ZA 4DTUA 2W6KA 3AVHA 3HM8A 4BGAA 1V4SA 5C12A 4LFAK 2O8FA 2P9UA 4E7HA 1QHTA 1NKCA 3CM6A 4NYNA 2E2OA 4CE9A 2QK9A 2D4WA 2B6AA 1BQMA 3HBTA 5J2MA 3D6RA 3OHRA 2QWOA 1EX4A 3AARA 3SK3A 3RR8A 3K5MA 2Z1JA 4OPJA 3VF6A 1ASWA 4K43A 3MCPA 4B9TA 1K8KA 3FFIA 1YJ9N 4FWKA 4XH1A 4Z4HA 3QETA 4FWRA 4E1NA 1FK9A 3CG7A 3AO2A 4G1QA 5D3GA 3QESA 3EZWA 3KK3A 3LWMA 2JWLA 2PBDA 4LF7K 3TPQA 4A2AA 5HBMA 4BR9A 1RBSA 4ILGB 3I55N 3THVA 3E9PA 4GMJB 1FJGK 3HRGA 2NRTA 1BISA 2X78A 2VQEK 1IJJA 5JVHL 2RHKA 3VA0A 4K41A 1X1PA 3C94A 4GY2B 3TABA 3CERA 5C24A 2HHQA 4F2SA 1NK8A 4ID1A 3KLEA 4UQGA 2JWKA 3SPYA 1RT5A 4Z4FA 1NGFA 1Z26A 1TYQA 4DTJA 3RSEA 1HR0K 5GIOA 1SS6A 5M1PA 5BR8K 2D0CA 1FKOA 4H0XB 3M8QA 3WXIA 4DV3K 3V9SA 4JYAK 1EKEA 4E7IA 2HHSA 3CXCM 3EZ5A 3HP6A 1YXQA 4CBUA 3HPGA 3W0LA 4CESA 4BQZA 1HNVA 3MXIA 4JI1K 5C0YA 3AVFA 5LJWA 3PO5A 3D2FB 1E3MA 3LM9A 2Q36A 1TAUA 1RT6A 3MX2A 1WN7A 5LJVA 1X9WA 5FLXO 2XO7A 1UAXA 4KTQA 1TVRA 4FJNA 4CJPA 3WQTA 1ITGA 3VQ5A 4CECA 3NBPA 1WB9A 2YHBA 4OKEA 3SAFA 1JCEA 4KI4A 5AQQA 3CQ8A 2I7NA 1XI1A 4ZTFA 3SMPA 2ZGZA 3DWLA 3ZLJA 2CH6A 2ZWHA 3A2FA 4CEZA 3OYKA 1S3XA 3FE1A 3L2RA 1XWLA 1TL1A 2X6SA 4FWLA 3KJVA 2IC3A 4LF9K 1C6VA 2P9NA 1KVCA 3VTHA 4CZGA 4E7KA 3SUOA 2O8DA 4JKFA 5F0XA 2YHWA 2YX6A 5LMNK 1NWKA 1UWBA 1V4TA 3A5NC 1XNRK 1NGEA 4JKCA 1B92A 4FW1A 1C0MA 1QVFM 2YNGA 1QS4A 1T03A 2HHHK 1KTQA 3F73A 4FK4A 1LWEA 2NRRA 3NF6A 4E19A 3TAMA 3B6PA 3O1BA 2QWQA 3LAKA 1XMQK 3JS6A 5AJ3K 3LDQA 3MMVA 2WUSA 5JS2A 4ICLA 2OPPA 3DLGA 1VHXA 3LDLA 4RW6A 1RBUA 2Z1HA 3QEIA 1TYQB 3G0ZA 5JLHA 4H5WA 3CCJN 3RSEB 5C25A 2IIRA 4QCLA 5HROA 1VQ7N 4FW2A 1IV0A 4M7XA 4CIGA 3DLRA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1WLJ A;  3ZT4 A;  3CM5 A;  3KLH A;  1CXQ A;  2VG6 A;  3BF1 A;  4CHP A;  4K0K K;  1QTM A;  2OTJ N;  2VG5 A;  3QBX A;  2UXD K;  1S9E A;  4DR3 K;  3SUN A;  3SI6 A;  4J2B A;  2OTL N;  1C1C A;  4B3O A;  3O4W A;  5KPR A;  4DCH A;  2B4J A;  5IT9 O;  4DU4 A;  5SWM A;  1K6Y A;  1XUP O;  2KHO A;  1TK0 A;  5TKW A;  4IFE A;  4J2E A;  4FJX A;  4AM7 A;  3SLC A;  3V6D A;  4RG8 A;  4CJS A;  4H4O A;  4FXD A;  4OPK A;  1Z6R A;  2QA4 N;  2A6A A;  1GLB G;  4CZJ A;  2IAJ A;  4CER A;  4KI6 A;  1KLM A;  2QXF A;  2AA4 A;  3OBY A;  2XY6 A;  3TSQ A;  4V19 S;  4ZHR A;  1O13 A;  1BOT O;  4IG3 A;  3I8D A;  2ITM A;  1W0H A;  3E01 A;  4FPB A;  3QNO A;  1NKB A;  2F8S A;  4OPA A;  3FZH A;  5I42 A;  3WNG A;  1RTH A;  4DS4 A;  3KD5 E;  1U49 A;  3ZCM A;  3CFP A;  4JI3 K;  5EVZ A;  3H3O B;  4CZE A;  5BN8 A;  3A5O C;  3U4L A;  2H3G X;  5BRH A;  1QQC A;  3SV4 A;  4FJL A;  4KHN A;  4H0V B;  4IEE A;  4IZ9 A;  3PUF A;  4XH4 A;  4DR2 K;  1ZBS A;  4ZTJ A;  1Q18 A;  4BDP A;  1FW6 A;  5AQL A;  2FBT A;  1JXE A;  4UY8 O;  4BE0 A;  4IJA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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