5H1SQ

Structure of the large subunit of the chloro-ribosome
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
120
structure length
120
Chain Sequence
b'HTRREDRTARHVRIRKKVEGTPERPRLCVFRSNKHLYVQVIDDTKMHTLAAASTMQKAISENIDYSAGPTVEVAQKIGEMIAKSCLEKGITKVAFDRGGYPYHGRVKALADAAREHGLVF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S rRNA
molecule tags Ribosome
publication title Cryo-EM structure of the large subunit of the spinach chloroplast ribosome.
pubmed doi rcsb
total genus 26
structure length 120
sequence length 120
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Q PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5h1sQ01
3CCJN 2QEXN 3CMEN 4UY8O 1YI2N 3OW2M 1YJWN 2ZJPL 1K73O 3CCRN 1YJ9N 1OVYA 3CCMN 1N8RO 1VQ7N 3G71N 4WFBL 3DLLL 3CF5L 1KQSM 1ILYA 5GAHP 3G4SN 1Q82O 5GAEP 2QA4N 1YITN 1K8AO 5GAGP 3CPWM 2ZJQL 1JJ2M 1VQON 1KC8O 3CCUN 3CCLN 3CCSN 1YJNN 1Q81O 3PIOL 3J7ZO 2OTJN 3I55N 1VQ9N 3PIPL 1YIJN 1M1KO 1VQKN 1K9MO 2OTLN 1Q86O 1VQLN 1VQ4N 5HL7L 1VQ5N 3CCEN 4IOCL 3CMAN 4WFNL 3CXCM 5H1SQ 4U67L 1VQPN 1M90O 5GADP 1S72N 5MLCQ 1QVGM 5JVHL 3CCVN 4WFAL 2ZJRL 1KD1O 1VQNN 3I56N 3CD6N 3CC7N 5DM6L 3CCQN 4IOAL 1QVFM 1VQMN 1W2BM 4IO9L 1VQ8N 4WCEL 1VQ6N 4WF9L 1YHQN 1NJIO 5JVGL 3CC4N 1Q7YO 3G6EN 5DM7L 3CC2N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CIEA 3WXIA 2NRWA 2D5RA 3C6HA 3VQAA 2G8FA 3M8RA 4E1NA 1XWLA 3OY9A 3ULDA 1NJYA 4BRNA 4BQLA 5C15A 3K9KA 3TANA 2GX9A 5HRSA 4B9MA 1NBWA 1YXQA 3RR7A 3TAEA 1I94K 1IKYA 5J2QA 3S3MA 2IC3A 1KFDA 1RDDA 3TTFA 4CF2A 3KLFA 4EFHA 5BRHA 4FK0A 3B6OA 5C24A 3PV8A 2KTQA 4KFBA 1SL2A 5M1OA 3K57A 3K5LA 1K8AO 3C95A 1SKSA 2E2OA 3GBTA 1JJ2M 3KWIA 2E1YA 1BUPA 3KK1A 2A1RA 1BHLA 2FBXA 3VEVA 4KH5A 4CW7B 2Q1NA 4U7BA 3U3GA 1IV0A 3ULEB 5FLXO 4JN4A 2IVOA 1VQ9N 2VWKA 3QB0A 4RW8A 2XO7A 1K8KB 5AZJA 1RDBA 4WQ5A 4YDUC 1CLQA 2KHOA 3EE9A 2E1ZA 5C0YA 4CZHA 3NVKA 4DS4A 3F9KA 3HL8A 5CR4A 3THYA 5JVHL 3ZX2A 3O9SA 3AVFA 3L8BA 2HHQA 4CIGA 3M8SA 3NGIA 3SI6A 2R7YA 3NH2A 4FZXC 3CCQN 4M3UA 5HP1A 3OJSA 3ALYA 3L2RA 2A42A 4BGAA 4BR2A 1E3MA 1UA1A 1QQNA 4RG8A 1O13A 3PUFA 3NGZA 4TSXA 1MWMA 3A8YA 4OX9K 4JEPA 2PYJA 3NBPA 3NF8A 3ZETA 3CFPA 4J2AA 3C7NA 1YHQN 4Z4FA 2F96A 4IDKA 1K8KA 3QFPA 1N32K 2DPNA 2UU9K 4FOEA 2FSNA 1RT4A 2RPIA 4WQ5C 4YDUA 3TAFA 3QEVA 2FSJA 4NYNA 2E6MA 4JKFA 3VQDA 3SPZA 3ENHA 1QTMA 1RTIA 4GKJK 2XRIA 4H0YB 3BZKA 1C1AA 3SZ2A 3C7NB 4M3RA 2P9PA 4ID5A 4BVPA 5AQLA 2OZMA 4MQ3A 4V19S 1U2VA 1SUQA 1W9HA 4Y1CA 1XNRK 4EP5A 3DXKA 1Y97A 4YOYA 3T7ZA 2O8EB 5AQWA 1J54A 1IBMK 2O8DB 2QXFA 2P5OA 3RMDA 1KC8O 3KK3A 2P51A 2XY8A 3K58A 2NNWA 4BR7A 5AQSA 3HRGA 4OVLA 2QW9A 1HUXA 3TAMA 4LH5A 3AVJA 3OS0A 2P5GA 2Z1JA 2D1KA 3J81O 5J1EA 1SS6A 4A59A 1S9EA 3CJ1A 5AQIA 2VWJA 1X1PA 4OLBA 2NRHA 4Y0WA 3WQUA 1OVQA 4JI5K 4CK3A 3ZETB 2IGIA 1HNZK 4CK2A 2P9UB 2ZQBA 2WTUA 3H1QA 4JKHA 4QCLA 1NK9A 4DCHA 3M3ZA 1TVRA 4IOAL 1E4FT 5BREA 2VGMA 4DWIA 2WBNA 3FR0A 4YOTA 2DTUA 3NF6A 1VQ6N 2HSTA 1N33K 1MA9B 2VQFK 1KVBA 3OJUA 4JK8A 3AVAA 4CZFA 2KQ2A 4C8OA 3K9JA 4H0TB 1LWEA 3DLKA 1GLFO 5FROA 3N4PA 2QXLA 4DQQA 5C10A 1EP4A 2OCEA 3H3OB 1KQSM 2FF3B 4CFDA 1HPMA 4B9SA 4BE1A 3TSPA 5D3GA 4O0JA 4XH5A 3WT0A 3LZIA 1BCMA 1TKXA 5AJ3K 3ASMA 4EIAA 3EKUA 4DV3K 1ZYQA 4ISEA 2GWKA 4MDBA 1LW2A 3DJCA 2NUBA 2VG6A 3QERA 4OKKA 4FM1A 1BA0A 4NCBA 5CYQA 3U3YA 4BRDA 1XNQK 1K6YA 4C23A 3BDPA 4KHUA 1KTQA 3GG4A 3OS2A 1Q86O 1QQOA 3NGYA 4IJAA 3VQPA 4A57A 4CHOA 3MAQA 2ZM6K 4F3TA 4HUEA 3CXCM 1TV6A 1JLCA 1TAUA 2P9PB 4JKCA 2Z1GA 3DLBA 1VSEA 1WNSA 2ZJRL 1S9GA 4J2EA 1BIUA 1BIZA 2FC0A 1YF5L 4DHYA 4FJ8A 4CVNE 3MWTA 3H46O 1ATNA 3JYTA 4KTQA 3SMPA 3EO3A 4FW1A 3SQ1A 2D0PA 3WXKA 4HHTA 1X9MA 1N5YA 3DXKB 5AQVA 4CJLA 4IOXA 4B9QA 1TL1A 1JLFA 1HJOA 3TPQA 1LCUA 4WF9L 3P31A 3EE8A 2KKZA 1QSYA 4DR5K 3THVA 1NJIO 5SWMA 1JCEA 3C6UA 3ZSZA 2PBDA 3CQ8A 4DQRA 1OH6A 3FZHA 2PY5A 1LW0A 2OPPA 1IO2A 3CC2N 1NGJA 1ESVA 1S1WA 1U48A 2CH5A 1BQMA 4JHDB 1T8EA 4H4OA 3CCMN 2NZTA 4DQSA 3KLIA 5BN8A 3AVNA 3CM5A 1C0UA 2X74A 4WFBL 3DLLL 3VESA 3DLHA 1G99A 3HOSA 1T05A 1ASVA 3HI0A 2HHTA 3VQ7A 2KLAA 1NK6A 1O1WA 4AHTA 4CK1A 4JYAK 5AZJB 4DSFA 1S3XA 4R79A 4FJLA 1T3VA 3NE6A 3T1HK 5BPLA 4I9LA 4AHVA 3D2FB 2BTFA 3UKUA 3CCSN 3V9SA 3DWLA 1NGBA 2GBZA 3KTQA 3JXUA 2VG7A 3VF4A 1RBVA 4OGCA 2VGNA 3ZSRA 3ZT2A 3GDQA 4CZEA 3PIPL 1TKTA 2HMPA 5KI6A 3I0RA 3G25A 1VQ5N 4DF4A 1ASUA 1U47A 4E19A 2ITGA 2DFFA 3MEGA 1NG9A 4H5NA 1BA1A 3N4QA 4GKKK 5BR8K 4M3TA 2Q97A 3S3OA 4O4GA 4OGEA 1Z25A 4CEQA 4JD2A 4JNEA 3T19A 4NCGA 2YV0X 1KLNA 4IFYA 3C0BA 4PL8A 3ZT1A 2KZMA 3WXMB 2GUPA 1BDGA 3RTVA 4ELUA 2G8WA 4FK4A 4E1JA 1LWFA 3AVBA 1BWFO 2GUIA 4FJJA 3QO9A 3SUNA 2FXUA 2FBTA 3UKRA 2P1JA 3CQXA 4IO9L 2FF6A 4DTNA 3ISNC 4B1ZA 1XQSC 2HMIA 2WFBA 2Y1JA 2ZD1A 3AA5X 1BL3A 3JS6A 2HOEA 2JGUA 1GLBG 4KHSA 4G1QA 3AVIA 4EAHD 3IDHA 3LWLA 5GIOA 1FKOA 1ZC6A 4CFCA 5JS1A 4I9QA 3QIOA 3SUPA 1C0MA 4AHRA 3KKSA 1QQCA 1VRUA 4MO4A 3C65A 4QAGA 5M1NA 1V4TA 1X9SA 4CJRA 5CHIA 2YHYA 3SAGA 4Z4CA 3S41A 4GNIA 1C1CA 4B8CA 1JXEA 1TK8A 3MXJA 4KRFA 4PKIA 2P9KA 3L2QA 2W40A 3G4SN 4FXDA 3P5JA 4OJRA 4FM2A 4GW6A 3KJVA 4CD3A 4E7LA 1RT7A 2ZWHA 3VOVA 3NHGA 3OYLA 5J2MA 3AA3A 1HYZA 5AQTA 3HM9A 4H4MA 4FWLA 5F1XA 4XH4A 1FW6A 1L3SA 3VEZA 3LANA 5EOYA 4FWPA 3VMFB 4BVOA 2O4GA 1UOCA 2X6NA 2WONA 4DTSA 5C2DA 4BG9A 5J2PA 2A6AA 4WE1A 2QI2A 5KRSA 1REVA 3OBYA 4CJ3A 4IWVA 1NKEA 5B8HA 2HBLA 3VQEA 1VQLN 3SPYA 1JL2A 4CJWA 2YHBA 2HF3A 1S5JA 4NCAA 3QINA 3VF2A 3QMLA 4FWSA 5E41A 1RT6A 4W5NA 4BREA 1VQNN 3I56N 1BQNA 3DOLA 4QS9A 3CD6N 3T1AA 3SV3A 4LF6K 3HVRA 3I0SA 2Q31A 4FOIA 3V9XA 1JLAA 4EZ6A 5KTQA 1NMNA 4IFEA 2HNDA 4DB3A 4CGIA 1D5AA 4EP4A 4BRHA 4PWDA 2VG5A 1TK0A 4FZZA 2HHWA 2OYQA 5EVZA 4BE0A 1R0AA 3HM8A 3OTOK 2E2NA 2O8FB 4FWOA 3THWA 2Q3SA 2GV9A 3M5RA 4M45A 3F5TA 4H8KA 4FLZA 5CE3A 2YNFA 1P90A 3OVNA 4X65K 4B9LA 5FPMA 3ZX0A 2QK9A 2QEXN 4C8LA 1IKWA 5KPTA 4CJEA 3ZEUA 5FPEA 4O44A 2Q0RA 3FZLA 4KI4A 1JLBA 3VEOA 4CGHA 3G71N 2YJEA 4OKJA 4B9NA 1SKWA 2I7PA 3IUCA 5EU7A 4QS8A 4WQ4C 5GIPA 3FFKB 1YUWA 1L5UA 3I8DA 3HPOA 1RDCA 1TKZA 4Z4EA 1RT2A 1QZ5A 3L6QA 2BDPA 3TR8A 5LJWA 4Y1DA 4B1WB 1TK5A 1X9JA 1FK9A 1WSGA 3QICA 3S9HA 4IJNA 1JLEA 5EX5A 2Q2RA 1YJNN 4LD0A 4YFUA 1RGIA 4WYBA 3L4IA 2GWJA 2BE2A 3QEPA 4KREA 3PIOL 1BI4B 3ID8A 2XY6A 5AFUH 4BRGA 1BO5O 4FPAA 3BF3A 3O5BA 3SUQA 2DFHA 4KAZA 4IOCL 4EHTA 4J2DA 3F73A 4U67L 5GADP 2E5LK 1QVGM 1HNIA 2D0BA 5EXWA 3SK3A 2F9WA 4H5TA 3ENOA 1RTJA 3R3LA 2XY5A 4Z4GA 2IS3A 4DU3A 1BOTO 3MK6A 2XY7A 4BWJA 4M3WA 3P83D 3UE5A 2V52B 2HVIA 1C1BA 4FLXA 3AO3A 5AZIB 4IZ9A 3V1OA 3OYCA 1W2BM 3VERA 1LAVA 1LWCA 4O8UA 3D0PA 1T6DA 1X3MA 4JD2B 3RWUA 1C6VA 2Z1HA 2P9LB 2QKKA 1GOCA 1XC9A 5BR9A 4PKHA 1U04A 2EWSA 5FRNA 2A3ZA 4BR4A 4DQPA 4I2PA 4DUYK 5HLFA 3UB5A 4UY8O 4HTUA 4FJIA 3HBTA 4CHYA 5DK5A 3VEWA 3V9WA 3OYFA 5AQZA 4FJMA 3M8PA 3UKRB 3SUOA 1GLLO 4FJNA 3DLRA 2NRVA 3CETA 4FK2A 4BRCA 2P9IA 3O6WA 3RMAA 3BY5A 4CJ5A 2F8TA 1VSKA 2W41A 2B6AA 3VGKA 2QA4N 2RN2A 1Q82O 3LM2A 4PY5A 4GV9A 3PO5A 4DMNA 4MLEA 4DF8A 4CIFA 2IDOA 5HRNA 2AJQA 4N76A 4NO7A 3WEEB 3EYZA 3LZJA 4YOVA 3WXJA 3OYHA 3O3FA 4DKWA 4HWIA 1NKCA 4B3RK 2YNHA 3ZX3A 4LF9K 4W5TA 4FPBA 1JL1A 3ITHA 3SQ4A 4X64K 4FJ7A 3O3HA 2ZGYA 1OH8A 3O4QA 3G10A 5FPDA 1K9MO 2OA8A 4DR3K 2I7NA 1J5EK 5AQYA 4Z4HA 3V1QA 4WFNL 3HPHA 3D2FA 1DEJA 4DV5K 3KLHA 4FWKA 5KGXA 2HB5A 4F2RA 2WOMA 1KD1O 1NMDA 4K8ZA 4MDAA 4CD1A 1Q18A 2PZSA 3HO1A 2VWBA 3BP8A 1VHXA 4BGBA 1WBDA 3O1BA 3L4QA 2FLOA 4KH4A 4CJQA 1I3AA 1CZBA 1VQ8N 3OYIA 3FGUA 2F7TA 1NLVA 3L3VA 3QEWA 1DLOA 3LAMA 2IOCA 1W0HA 5AQMA 4KPYA 2BH1A 3G6EN 2O8BB 4F9OA 5JICA 2P9KB 2IAJA 3T3FA 4DFPA 2HW3A 1S22A 4FO0A 4DR7K 1H1VA 3J7YP 1A5WA 5TKWA 4B8AB 4RW4A 5I3UA 3KZBA 1OVYA 3HTVA 3A5MC 3U9ZA 3O8MA 4CZGA 2E20A 5IWAK 4KH6A 4RW9A 3E01A 3CJCA 4B3TK 3OYAA 1U6ZA 4DV6K 4A2BA 2V7ZA 4KTWA 3V4IA 4H0OA 4KHQA 4AILC 3OYEA 4MO5A 4Z94A 3O4WA 3RSEB 3CHWA 1ZBIA 1KFSA 3TSUA 1XHXA 1S1XA 2X78A 2JWLA 4LY7A 1JKHA 3CCLN 1ZBSA 1Z6RA 3TSQA 2ASOA 3VPZA 4LF4K 2JLEA 1XC3A 5T7BA 4O0IA 4FLTA 1GOBA 1VSHA 3LPTA 4N5SA 2GTDA 3D6RA 4JRQA 3NDKA 4JI0K 1RFQA 3IFRA 2UUAK 4HCCA 1QS4A 4BC4A 1MDUB 2QWMA 4BRIA 4Q5VA 3I8BA 3SJJA 4O8KA 3K59A 2WC9A 3LL3A 4JRPA 3MEEA 4BC2A 4NXNK 3VF6A 5BRFA 1DTTA 1KVAA 3O9RA 3O9TA 1QZ6A 1WB9A 5C42A 4IG0A 2YHWA 4DFJA 1VQMN 3SBGA 4CHPA 5AZIA 1FXXA 3SJHA 3WNGA 5GINA 5LL6Z 4ELTA 2ITMA 2QTDA 4IG3A 4ZTFA 4DV0K 2HNZA 1NGEA 3MXIA 1QHTA 2JWKA 3VQ6A 3PX0A 3PX4A 4DV2K 3Q7BA 3MN6A 3A5OC 4M63C 1NKBA 2E88A 4BRFA 3MEDA 3THXA 5LJVA 5HROA 4CEBA 2ZJPL 2F8SA 3RVCA 4CGDA 4I6MB 1HRHA 1BISA 4JS5A 3GOIA 1YTUA 2X6SA 4E7HA 3L2UA 3D2EA 3SBTA 4J2BA 4CF0A 4YOWA 5M1PA 4HVJA 4BDZA 1SQKA 1Q9XA 4DSIA 2FBYA 4DR4K 3EY1A 2Z1IA 4F2SA 3OHRA 1NU0A 1YAGA 4A5BA 4LF7K 4PL7A 3LP0A 3AO1A 4CHNA 3PO4A 4JKAA 4CGGA 4A62A 4KV8A 5CZ1A 5A2QO 3A5NC 3QESA 4LC9B 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CIE A;  3WXI A;  2NRW A;  2D5R A;  3C6H A;  3VQA A;  2G8F A;  3M8R A;  4E1N A;  1XWL A;  3OY9 A;  3ULD A;  1NJY A;  4BRN A;  4BQL A;  5C15 A;  3K9K A;  3TAN A;  2GX9 A;  5HRS A;  4B9M A;  1NBW A;  1YXQ A;  3RR7 A;  3TAE A;  1I94 K;  1IKY A;  5J2Q A;  3S3M A;  2IC3 A;  1KFD A;  1RDD A;  3TTF A;  4CF2 A;  3KLF A;  4EFH A;  5BRH A;  4FK0 A;  3B6O A;  5C24 A;  3PV8 A;  2KTQ A;  4KFB A;  1SL2 A;  5M1O A;  3K57 A;  3K5L A;  1K8A O;  3C95 A;  1SKS A;  2E2O A;  3GBT A;  1JJ2 M;  3KWI A;  2E1Y A;  1BUP A;  3KK1 A;  2A1R A;  1BHL A;  2FBX A;  3VEV A;  4KH5 A;  4CW7 B;  2Q1N A;  4U7B A;  3U3G A;  1IV0 A;  3ULE B;  5FLX O;  4JN4 A;  2IVO A;  1VQ9 N;  2VWK A;  3QB0 A;  4RW8 A;  2XO7 A;  1K8K B;  5AZJ A;  1RDB A;  4WQ5 A;  4YDU C;  1CLQ A;  2KHO A;  3EE9 A;  2E1Z A;  5C0Y A;  4CZH A;  3NVK A;  4DS4 A;  3F9K A;  3HL8 A;  5CR4 A;  3THY A;  5JVH L;  3ZX2 A;  3O9S A;  3AVF A;  3L8B A;  2HHQ A;  4CIG A;  3M8S A;  3NGI A;  3SI6 A;  2R7Y A;  3NH2 A;  4FZX C;  3CCQ N;  4M3U A;  5HP1 A;  3OJS A;  3ALY A;  3L2R A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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