5H1SQ

Structure of the large subunit of the chloro-ribosome
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
120
structure length
120
Chain Sequence
HTRREDRTARHVRIRKKVEGTPERPRLCVFRSNKHLYVQVIDDTKMHTLAAASTMQKAISENIDYSAGPTVEVAQKIGEMIAKSCLEKGITKVAFDRGGYPYHGRVKALADAAREHGLVF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S rRNA
publication title Cryo-EM structure of the large subunit of the spinach chloroplast ribosome.
pubmed doi rcsb
total genus 26
structure length 120
sequence length 120
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Q PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5h1sQ01
2ZJQL 3CCRN 2ZJPL 2OTJN 1VQKN 3I56N 1Q7YO 5GAEP 5JVHL 3CC7N 1KD1O 1VQMN 5DM6L 4U67L 3CF5L 1Q86O 1YITN 2OTLN 2QEXN 1K73O 1YI2N 4IOCL 5GADP 4IOAL 1Q81O 3CCUN 1N8RO 4WCEL 3DLLL 5HL7L 5GAHP 3CD6N 1VQ7N 5MLCQ 3CC2N 3I55N 5H1SQ 4IO9L 1Q82O 1VQ9N 3CMAN 3CCMN 3CXCM 1QVGM 3CCJN 1W2BM 3CC4N 4WFNL 1VQLN 3CCEN 1JJ2M 1S72N 1YJWN 5GAGP 1VQ4N 2ZJRL 3CMEN 1NJIO 4WF9L 3CCSN 5DM7L 3G4SN 1YHQN 4WFAL 1VQ5N 3J7ZO 4WFBL 1M1KO 1M90O 4UY8O 1VQ6N 3OW2M 3CCVN 5JVGL 3G71N 2QA4N 3PIPL 1K9MO 1KQSM 1VQPN 3CCQN 1OVYA 3G6EN 1ILYA 1YJ9N 1VQON 1VQ8N 1KC8O 1YJNN 1K8AO 3PIOL 3CCLN 1YIJN 1VQNN 1QVFM 3CPWM
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1T05A 1MA9B 4JK8A 3KD5E 3BF3A 3DJCA 2P9KB 1D8YA 4KB1A 1EQYA 4CFBA 1TK5A 3L0QA 2HB5A 4BRMA 1KD1O 3VA3A 2AP1A 3AVMA 3VQ5A 1G99A 4AILC 3THYA 4FWRA 3HPOA 1QSYA 3EKSA 2E1YA 3H08A 1JL1A 3QEXA 4BVPA 2DFFA 5I42A 3CCUN 1ZBFA 4I6MA 3VETA 4AHCA 1RT1A 4DU3A 3MCPA 4W5NA 4BC4A 2QWNA 3J7YP 3NF8A 1KFSA 4B9TA 1U48A 1LW2A 1L5UA 4B9MA 3B8AX 5AQPA 4AQYK 2Z1IA 3O4WA 3CFOA 4KH5A 4N47A 2FSKA 2IVOA 3O9QA 3GBTA 3TTDA 1TL3A 1ASUA 1HYVA 2ZD1A 3NH1A 4BQLA 1NGDA 5M1FA 4ZTJA 4JI1K 3VA0A 3E01A 3PV8A 4FLWA 1T8EA 4DB3A 3ZEUB 4I2PA 3EZ5A 1W97L 5HRRA 3VQEA 3H46O 3P31A 1Q8IA 3AVIA 4EHTA 4DFPA 2ATQA 1KAZA 5F2RA 1ZBUA 1ATNA 2QWPA 3JAMO 1HNVA 3FZHA 1GLCG 1BOTO 3AY9A 3OW2M 3VF2A 3VQ8A 2A1SA 3VQ6A 5T7BA 3QBWA 3W3DA 4W5TA 1X1PA 3WNHA 5AQWA 1X3MA 5KGWA 3R8EA 1BIUA 2X74A 3KK1A 2OCEA 3CCRN 5J2NA 4ZTFA 2Q97A 2E5LK 3TR8A 3LAKA 2QWRA 3O5BA 3ZSZA 2W42A 4YHHK 4A5BA 1KXPA 2UUBK 4WQ4C 4E19A 4A57A 3KK3A 4FJHA 4NCBA 1QSLA 3LP0A 1H1VA 4U67L 3CM6A 5JLFA 4LH5A 3DRRA 3HM9A 2ZM6K 4C8KA 4K43A 3VGMA 4OVLA 1NWKA 3NCIA 5LJWA 2O8BB 3SUNA 2BE2A 4B3SK 4FLYA 2EHGA 3OYIA 2VGNA 1WAFA 4BR0A 4OGCA 1NNEA 3OYKA 3LPTA 4FM2A 3AARA 4DR1K 1LW0A 1J5EK 3GE1A 3KTQA 4FJJA 2V52B 3K2PA 5C15A 1MWKA 3DRPA 4EFHA 3O4QA 3AVKA 3CC2N 2FLOA 3L8BA 5F0XA 2Q3SA 3FZLA 4FK0A 2WUSA 1WSGA 4M41A 4NLCA 4ZHRA 3ENBA 3C6UA 1DTQA 4HTUA 2HW3A 2HHSA 4FCYA 4I9LA 5FPMA 4AHRA 3H45C 2Z1JA 3VERA 4XH1A 1VSJA 1X9SA 2HVHA 5KRSA 5LL6Z 5CY4A 4FO0A 4IEIA 2EWSA 3BP8A 3J7ZO 3AVLA 1XMQK 2KZZA 4WFBL 3KK7A 4JS5A 5CZ1A 3WT0A 2HHWA 4H0PA 4YOYA 1JLQA 3F9KA 4CF2A 4FLXA 4HUFA 5C24A 3U8XA 1B92A 3DRSA 1RFQA 1E3MA 5KPZA 3SJJA 4QS7A 4DLGA 3IDHA 5CYQA 4XIUA 1HYSA 1WSHA 4CERA 3LALA 4ICLA 1N32K 4NLBA 3K58A 1BCOA 4H0TB 4B08A 3QIOA 4YOWA 2ETJA 3B6OA 2NZTA 3QMLA 1QQNA 3D2FA 4GNIA 1IJJA 3DXKA 2HBJA 1SAZA 5LMNK 5JLHA 3QDKA 2WOMA 1YAGA 3AO1A 4DFMA 5JICA 4KHPK 4GVMA 5EU7A 1YITN 3BUZB 4CF8A 4FJ7A 3IMXA 1VSMA 3OYFA 1RDWX 3K5MA 1T6CA 4IOAL 1DKGD 4WQ5A 1REVA 1TYQB 1MDUB 3EKUA 3CJ1A 2NRZA 4BR9A 3U3GA 3EEQA 3NF9A 4NCGA 4DUZK 2QK9A 1ZBIA 5FLXO 1ATSA 4YOTA 2Q31A 1S6PA 3QEPA 1IKWA 3R3LA 4F3OA 2CGJA 4GKKK 1HPZA 1TUUA 2EX3A 3AVNA 5F1XA 4MDBA 4CGFA 3MECA 4OPHA 5BPMA 3PSIA 3SBGA 2ZJRL 4XH5A 2I7NA 2YHWA 3OYCA 3O80A 4BC5A 1TAUA 3AA2A 4JD2B 3NGZA 3RSEA 4BGBA 2GWKA 1U2VB 1VSEA 4AM6A 2ZGYA 3SZ2A 1UWBA 2HHUA 3RRHA 3DLGA 2IAJA 3UKUA 5SWMA 1KVCA 4GV3A 4AHTA 1ASWA 3QFUA 2F9TA 4KAZA 5KRTA 4O0JA 1YJ9N 3OYJA 1VQ8N 1T03A 1HKGA 1J5OA 3M8RA 1VQNN 2GEMA 4K0KK 3UE5A 1Y97A 2Q2RA 3C6AA 4FLUA 4J8FA 3UB5A 1W0HA 1OH7A 3J8AA 4QS8A 4A5AA 4DKWA 1T7PA 1NK9A 4FWMA 3SAGA 3DXMA 2GELA 3UKRB 4DSEA 1I94K 4FWOA 3HVTA 2ZWHA 1K6YA 3PX6A 2HBLA 3NDKA 3V1OA 4GY2B 4H4MA 4B9UA 5FRNA 3VQ7A 3SNNA 4BRAA 1RBTA 4E7IA 3O4NA 5GIPA 4DQIA 2NRTA 3GG4A 1GLBG 3RMAA 3VQBA 3ZCMA 3O6WA 1LCUA 4CJ5A 4FVMA 4DR5K 1X9JA 3ISNC 1N36K 2A5XA 3G0ZA 3CMAN 4M3ZA 3DI6A 2O8CA 5AQTA 1GLAG 1NJZA 2O4GA 1RT5A 1DEJA 3BF1A 4LF9K 1RT6A 4CECA 5BRDA 1HLUA 3EE8A 3F5TA 1JJ2M 2P9UA 2OZSA 3CJ7A 1BO5O 3WEEB 3CI5A 1GOBA 5M1NA 3E9PA 2E20A 3WXKA 5BRHA 1N5YA 2O8FB 1S1XA 3OTOK 4MO5A 5AQGA 2ZF5O 4IG3A 4FWNA 2GWJA 3PUFA 4C1NI 4DR6K 3L6QA 1VK0A 3O9TA 2JGUA 5TKWA 4B1WB 3CQYA 3PY8A 4PHTX 1SL0A 3QETA 1FK9A 1JCEA 1XWLA 2RKIA 1YTUA 3C65A 2FF3B 3PO5A 2D1KA 1L3SA 1BQNA 4DU1A 5CHIA 1EP4A 4DV3K 5AQIA 3V9XA 3ZT3A 1NK8A 2P9KA 3D7EO 3VESA 3IAYA 1IKYA 5HLFA 1BUPA 2VWKA 1MU2A 3WNFA 1VQMN 3KWGA 3OYAA 4KH4A 3ZSYA 1UA0A 4CI6A 5E26A 4B9QA 4B9LA 2W41A 5AQHA 5HRSA 2D4WA 4CFAA 4YDUA 5J2PA 4HVJA 4DF4A 4OPKA 1TUYA 3THXB 4IWVA 4BR2A 1DTTA 5B8HA 1FJGK 4M3WA 1HJOA 1GLFO 3AO2A 3FZKA 5E84A 3AGKA 1Q9YA 3GDQA 3LDNA 3WNEA 1GOCA 3A5MC 4O4GA 2B6AA 4KKOA 3CD6N 4JI7K 3MN5A 2YHYA 4EP4A 3UIQA 3ITHA 1VQ7N 4JKCA 1OH5A 4CHPA 3D6RA 1RDBA 4FJIA 4BRQA 4CZJA 4JI4K 5I9EB 4E1JA 3AA4A 3OBWA 3DYAA 3W0LA 3SBTA 4JRQA 4FJ8A 4CIFA 3L4QA 3CC4N 3E1YA 2Z1HA 4PKGA 3KLHA 4X66K 4KFBA 4KB0A 4JKGA 3R1XA 2HHHK 3ZEUA 3HPHA 1QS4A 4KHSA 4JI3K 3KKRA 4EHUA 4K8XA 1VAZA 4H5RA 4DWIA 4B9VA 3LM2A 2P9SA 3KKSA 2X6NA 5IWAK 3VEVA 2BGGA 4DS5A 4Z4GA 4BE0A 5BN8A 4C8MA 4H5NA 4LF4K 1IH7A 1ZC6A 2OPRA 3EO3A 3G71N 4CHYA 4JK7A 1U47A 4CK1A 3QIPA 4BRCA 1LWCA 4FWKA 4BRPA 3LDSA 1K9MO 3H1QA 4CEAA 2O8EB 3J7AP 3G6EN 3P5JA 5EXWA 5AJ3K 1TV6A 4M45A 3I33A 3OY9A 2RF2A 3A5OC 1RBSA 3KJVA 3U9DA 1JCGA 2V51B 1RNHA 4HCBA 2Y1IA 3VQ4A 1BI4B 3O1BA 3OYBA 2YNGA 3I56N 4E89A 4FJ5A 4IXCA 3THWB 3C7NA 3DLKA 4FPBA 1NOYA 1K8KB 3WXIA 4BE1A 3L3VA 2FC0A 4M3RA 2GTDA 4MLHA 4CVNE 2PY5A 2QWLA 4DV2K 3CJBA 3G25A 3JSMA 3K5LA 1XI1A 4M42A 4JKFA 2RN2A 4B3TK 3FFKB 3DOKA 4BVOA 5C25A 3V9UA 1LAWA 4M7XA 3BY5A 3ATVA 1KAXA 1HNWK 1Y64A 4E7HA 1X9WA 4ELUA 3ZT0A 1BU6O 4WQ4A 3AVHA 3QEIA 2O8DA 3U9ZA 2IOCA 3SQ2A 1TKXA 4FLVA 4CBXA 3E66A 3QINA 2E2NA 4JV5K 4JNEA 5HRPA 3RR7A 4CJ7A 5I3UA 1RTIA 3QICA 4YNQA 4HUGA 4JKDA 3NE6A 3TTCA 3CJAA 1QZ5A 3DLBA 1WUAA 3DM2A 1HYZA 5DM7L 5J2MA 5BN9A 4KI4A 3I8BA 3T3FA 1QQOA 3VF4A 1EETA 5AQUA 1TAQA 4DUYK 4J2EA 2DY4A 3GL1A 1NKEA 5K14A 4CESA 5SZTA 2PAVA 2VQEK 2D0PA 4FJLA 2G8KA 3HP9A 4F4KA 1KQSM 3C94A 1VQPN 4OX9K 3LM9A 3DAWA 1R59O 1HKCA 4KTQA 4B8CA 1N33K 3U6FA 4BC3A 3HOTA 3ZSOA 4BROA 3PIOL 2CH5A 1QVFM 3WXMB 4CGJA 4PQUA 2A3ZA 2ZJQL 1BIZA 2ZJPL 4ILHA 4PL8A 1XNRK 1RDCA 4KTZA 1HUXA 2YHBA 4KV8A 4CEBA 5AR0A 4JI5K 2P9PB 5GAEP 3VN5A 4C8OA 3ALYA 3M8PA 3K57A 4YORA 2Y1JA 1RTHA 4FJ9A 1BA1A 1IG9A 1S5JA 1HR0K 3BGRA 4JI6K 1TL1A 3V4IA 1YUWA 2XO7A 3O1WA 4CW7B 1TYQA 3D2EA 4DV0K 4R5PA 3OYEA 3K59A 5HL7L 5GAHP 1IKVA 1U4BA 3CQXA 3MEEA 2XRIA 3MX2A 2P1JA 5J2QA 3KLFA 4IZ9A 5ADXH 1A5WA 3B6PA 1NJXA 3PO4A 5AZJA 3VGLA 3M1FA 4DG1A 4CBUA 3MN9A 3ULEB 3F9MA 5M1PA 4H03B 3O8MA 3JYTA 4IKFA 5BRFA 4DSFA 3S3OA 4Z94A 1GLJO 3GOIA 4BRFA 1I3AA 2YJEA 3ZETB 2YKNA 1L3VA 1UA1A 3EN9A 4FL9A 5JS2A 1HNIA 4M7YA 5KGXA 1HJRA 2YJFA 4GMJB 4YOUA 2G8VA 3F2KA 1BISA 5AQOA 5FPDA 2G8IA 1S1UA 2YX6A 2A41A 3AO5A 1JLEA 3OYNA 2HMIA 1WSIA 1U45A 2FSNA 3HM8A 4CJUA 2VG7A 2HBKA 4KRFA 1VSIA 1M90O 3VQCA 4H4OA 1NLVA 3AA3A 4CZGA 1JLGA 3LZJA 2YI1A 4L8RB 4QOZB 1JCFA 1ILYA 5KI6A 1QE1A 2ZE2A 3IKMA 1LOTB 1RILA 3RR8A 5AQFA 4DV5K 4IFYA 1T3VA 3FFIA 2VWJA 2A1RA 4JRPA 3HJFA 4QS9A 4CFCA 4DV6K 4PA1A 2O4IA 3CM5A 4NYNA 1QTMA 4LFCK 4KPYA 4BWMA 4CJQA 3P39A 4BG9A 3TAQA 1L3UA 3TWHA 3UKRA 4JHDA 2YNFA 3LAMA 1XQSC 4KHUA 2P9NB 4JYAK 1VSLA 1WSEA 4IOCL 5DK5A 5EOYA 4M63C 5GADP 1HQUA 2WBNA 1N8RO 1WBDA 4LD0A 4WCEL 1NG9A 3VGKA 4W5RA 4L3QA 1RTJA 3MN7A 3HSCA 4AM7A 2OPQA 3QEWA 1CLQA 4FJGA 4OPAA 2FF6A 1GLLO 3HBTA 4KBOA 3VQDA 3CCMN 4Q0BA 3H3OB 4O8KA 3M3ZA 4BR5A 5BPNA 3TABA 1W2BM 3L3UA 3ZX0A 2P5GA 3AVGA 3MXMA 1XC3A 3LDPA 4E1MA 3VQPA 1S1WA 3VEXA 2P5OA 4N76A 4DTPA 4EIAA 4WF9L 4CJVA 5AQQA 3V1QA 3CERA 1NGCA 1VQ5N 1MWMA 4Y1CA 3OA9A 1E4GT 2HVIA 4CIGA 1NK6A 3S3MA 2VYPA 3ATUA 2HNZA 1TVRA 3OJSA 1JL2A 3ZSQA 3BZKA 1YVUA 1UAXA 4JI8K 4XEIA 4FJMA 4FWLA 4X62K 5AQZA 2PYLA 2QXFA 1J9AA 4CFDA 4DTMA 2NRRA 3TU5A 3MWPA 4KHQA 2KKZA 2I5JA 4EP5A 4RCHA 3QBXA 4GKJK 2ASOA 4B8AB 3SQ0A 4DTJA 2QWQA 3K5OA 1CXUA 1ATRA 5AZIA 4KHYA 1NBWA 3CF5L 3S9HA 5IT9O 4LSNA 1A5VA 2A40A 3ZX3A 4CJLA 4RW4A 1X3NA 2P9IA 3HO1A 4BREA 4DTNA 3DLRA 2P9LA 2HOEA 3MXJA 1NK4A 3NVKA 3O3GA 4CJSA 1B9DA 3ZSVA 2OZMA 4F3TA 4CJPA 5LMUK 3AVFA 4JI2K 3ZT1A 4HUEA 2VCPA 1EXQA 2ZQBA 4B3MK 2E2QA 4BGAA 3HPGA 3QNOA 2LSNA 2XY8A 1ZBSA 3VF6A 2KLAA 4W5OA 4QAGA 2FBTA 1C0FA 4DR7K 2VGMA 1V4TA 2J4RA 2CH6A 2YNHA 3QNNA 4IJAA 3SJHA 5EVZA 4J2AA 4M3YA 3ZSXA 1Q18A 4DV4K 1IBKK 4ELVA 3SLCA 1O13A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1T05 A;  1MA9 B;  4JK8 A;  3KD5 E;  3BF3 A;  3DJC A;  2P9K B;  1D8Y A;  4KB1 A;  1EQY A;  4CFB A;  1TK5 A;  3L0Q A;  2HB5 A;  4BRM A;  1KD1 O;  3VA3 A;  2AP1 A;  3AVM A;  3VQ5 A;  1G99 A;  4AIL C;  3THY A;  4FWR A;  3HPO A;  1QSY A;  3EKS A;  2E1Y A;  3H08 A;  1JL1 A;  3QEX A;  4BVP A;  2DFF A;  5I42 A;  3CCU N;  1ZBF A;  4I6M A;  3VET A;  4AHC A;  1RT1 A;  4DU3 A;  3MCP A;  4W5N A;  4BC4 A;  2QWN A;  3J7Y P;  3NF8 A;  1KFS A;  4B9T A;  1U48 A;  1LW2 A;  1L5U A;  4B9M A;  3B8A X;  5AQP A;  4AQY K;  2Z1I A;  3O4W A;  3CFO A;  4KH5 A;  4N47 A;  2FSK A;  2IVO A;  3O9Q A;  3GBT A;  3TTD A;  1TL3 A;  1ASU A;  1HYV A;  2ZD1 A;  3NH1 A;  4BQL A;  1NGD A;  5M1F A;  4ZTJ A;  4JI1 K;  3VA0 A;  3E01 A;  3PV8 A;  4FLW A;  1T8E A;  4DB3 A;  3ZEU B;  4I2P A;  3EZ5 A;  1W97 L;  5HRR A;  3VQE A;  3H46 O;  3P31 A;  1Q8I A;  3AVI A;  4EHT A;  4DFP A;  2ATQ A;  1KAZ A;  5F2R A;  1ZBU A;  1ATN A;  2QWP A;  3JAM O;  1HNV A;  3FZH A;  1GLC G;  1BOT O;  3AY9 A;  3OW2 M;  3VF2 A;  3VQ8 A;  2A1S A;  3VQ6 A;  5T7B A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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