3V9WA

Crystal structure of rnase t in complex with a preferred ssdna (tta) with two mg in the active site
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
202
structure length
202
Chain Sequence
GLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSGYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease T
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 59
structure length 202
sequence length 202
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v9wA00
3HPOA 4HVJA 3P83D 2P51A 4TSXA 4CGHA 4CJ5A 3V9UA 4DQPA 3IS9A 3DLHA 3LALA 4J2BA 4Q5VA 3K59A 3K2PA 1KTQA 3LWMA 3WNEA 4CJVA 4M3ZA 4DFKA 3NBPA 4ELVA 4E1MA 4JS5A 1ASVA 2ATQA 4HUFA 1IKVA 4Z4FA 1O1WA 2OPRA 4I9LA 5CY4A 4CIEA 4Z4HA 4DQSA 4ZTFA 2VG7A 2X74A 3B6PA 3O4QA 4DTMA 1L3VA 4KTQA 3DOLA 5J2MA 3OYCA 4LH4A 4AH9A 1RT6A 3QNOA 3SPZA 1KCFA 2GBZA 3AA4A 2HHUA 4DFJA 1C1BA 1LAVA 3AVIA 4CEOA 3LPUA 4DTNA 1T8EA 2OZSA 3LANA 4DU3A 1S6QA 3MEGA 1KVBA 4ICLA 3SQ1A 2NUBA 3AO4A 1U45A 3VQPA 1KVCA 3VA3A 1RBTA 4ID5A 3RRGA 4FZYA 3PX0A 4CJEA 4OLBA 4DQRA 4O44A 3CQ8A 3AO3A 4N56A 2IOCA 3QINA 1GOCA 1BI4A 3NF8A 3VQ8A 2EX3A 2G8IA 5FROA 4FVMA 3OYEA 2YKMA 3C95A 1D5AA 1C1AA 4N5SA 3V9XA 1KLMA 1RNHA 4I7FA 4AHVA 3SUPA 1RT4A 4HUEA 1T7PA 3CM6A 3ALYA 3RMDA 4CEAA 1EKEA 1X9SA 5DMRA 3SV3A 4E7IA 4DTSA 4OGCA 3PV8A 4AHSA 4FLTA 3M8RA 1VSDA 4GVMA 4CF2A 1QSSA 1LAWA 3AVFA 4O0IA 4CF9A 1U48A 2P5OA 3DRPA 1VSLA 3NGZA 3NGIA 2VG5A 1BIZA 1RTIA 1RT1A 4W5NA 3SJJA 3F73A 3VQDA 3E01A 3TAFA 2HB5A 3V4IA 4C8MA 4HCBA 3QERA 4CHNA 2Z1GA 3ZSVA 4CEZA 3AA3A 1HYVA 3HPHA 3NCIA 1L3SA 1SKWA 3SYZA 1UWBA 4FK2A 2KQ2A 1S1VA 4DSIA 3NHGA 3PO5A 3PUFA 5KRTA 3TAGA 3NF7A 5DK5A 3RWUA 4IBNA 2RKIA 1QSLA 1KFSA 3M8SA 3DRSA 4IKFA 3P1GA 1JLCA 1RBVA 2OYQA 1LW0A 4CJTA 2A1RA 3DLRA 1BISA 1JLEA 4FJ8A 2DFHA 3AVCA 4CFBA 2KTQA 1WSIA 3OJUA 1JLAA 4RW4A 1TL1A 1WSGA 3SCXA 1B92A 2LSNA 4OKJA 3ZT0A 4CF1A 1NKEA 4E7KA 4M3UA 4OVLA 2HVIA 2X6SA 3HSTB 3ITHA 3HP9A 4CK1A 4KHQA 1XWLA 3OYLA 2RF2A 1FKOA 3ZSOA 2PY5A 2OZMA 1VSFA 3NH1A 4QCLA 1VSKA 3HO1A 3TAEA 1VRTA 1IH7A 2VWKA 2HW3A 3IAYA 3AA5X 4CFCA 1Q9XA 2HMIA 2D0AA 3AV9A 1BI4B 3K5LA 2YKNA 2B4JA 2HNYA 4CJUA 1C1CA 1VSEA 2HNDA 1QHTA 3OYAA 4DTUA 1NK5A 4NCBA 4PUOA 4KRFA 3AVLA 5SWMA 2O4IA 4H4MA 3KLHA 4F8RA 2PYLA 2O4GA 1C0MA 4JS4A 3DOKA 2IC3A 4OKKA 4C8LA 3F9KA 1XI1A 2G8HA 3QIOA 1HJRA 1UA1A 4M3WA 2HVHA 1ZBHA 2OPPA 1REVA 2YNFA 1S1UA 3LAKA 1S1XA 3AVHA 3K5NA 3L3VA 4RW8A 4CJKA 1S9EA 1CXUA 4Z0UA 3SUOA 3KK2A 1NK4A 4AHCA 3TABA 1SL2A 3PX6A 1W0HA 3LZIA 1KSPA 2XY6A 1J5OA 1S9GA 1QE1A 3HT3A 4KHWA 1L3TA 4KB0A 4J2AA 2KZZA 1Z26A 1NK9A 4C8KA 1U04A 4I9QA 3NDKA 1JLFA 1VSHA 4LSNA 3ZT2A 3DLEA 4Z4EA 5J1EA 3DYAA 4DG1A 4KTZA 4DTJA 3DLBA 4B9UA 3AA2A 3LP3A 2IAJA 2YNIA 2HNZA 3AO2A 4H4OA 3RMBA 1SL1A 3CFOA 4DTRA 1RTHA 1BCMA 3V1QA 4G1QA 4PWDA 5HBMA 3MXIA 4FJ9A 4CJFA 3NFAA 5HRPA 1HRHA 1W9HA 5K14A 1BGXT 5HLFA 4CK3A 2Y1IA 1LV5A 3ZT4A 2Z1HA 4E19A 4FW2A 2G8KA 1ZBLA 1NJYA 1LW2A 2DFFA 4PY5A 3SUNA 1HQUA 5J2NA 4NYFA 3C94A 4HUGA 4F2SA 4J2EA 2BGGA 2B5JA 4B9MA 3LZJA 3T19A 3VQ5A 5KTQA 4CHOA 2XY5A 3VQAA 1U49A 1FKPA 1B9FA 4FM2A 4LH5A 3DMJA 4M3RA 2FBVA 5FRNA 3QESA 3U3YA 4CK2A 1JL2A 3RRHA 4CHZA 1F21A 1KRPA 2PZSA 1N5YA 2YHAA 3O4NA 4FJXA 3MAQA 2FBYA 4Z4CA 2Q3SA 5CZ1A 3ZSWA 1HMVA 1ZBFA 1TKDA 3HXMA 1QTMA 3M8PA 3TARA 1YTAA 4DTOA 1GOBA 4EZ6A 3OS0A 3VQCA 5FRMA 2QKKA 3ULDA 3QNNA 1CZBA 1JLQA 2E6MA 3TAMA 5C25A 4JRQA 3U6FA 3V81A 3OVNA 1RDCA 3NF6A 3VQ6A 1CLQA 1JXEA 1XHXA 3VQEA 3NH2A 4FLZA 1LWEA 3SQ2A 3DLGA 3M8QA 1ITGA 1QSYA 1CZ9A 3HPGA 3OJSA 1JLBA 1TKXA 4BE1A 1X9WA 1WSFA 3EYZA 2P1JA 5D3GA 2F8SA 4I2PA 4M41A 3RMAA 1HNVA 1J9AA 1RBRA 1RDBA 4B3OA 2QK9A 4DQQA 4IG3A 4B9VA 4CESA 2QKBA 4RW9A 2VWJA 1RTJA 1S6PA 3V6DA 3SNNA 3BDPA 3LPTA 2HHSA 1ASUA 4EZ9A 3VA0A 2HHVA 1RCHA 2R7YA 5HP1A 3RR7A 2Z1JA 1TL3A 5FDLA 4FLWA 4NCGA 3KLIA 3V1OA 4CGGA 3SUQA 2RN2A 1HYZA 1YTUA 5CZ2A 5C42A 4BE0A 1SV5A 3QLHA 1RTDA 4B9LA 1VK0A 3ZSZA 3D0PA 3V9WA 1N6QA 4KHYA 4FXDA 4B08A 4H8KA 2KZMA 3K58A 3PX4A 4B9NA 1BQMA 4O5BA 3LP1A 1DTTA 5C24A 1NK0A 4F3OA 4FJKA 2OPSA 4I2QA 1Z25A 1LWCA 4CFAA 1Q9YA 4DFMA 4DF4A 3AVGA 4PA1A 3S3OA 3KIOA 4E7JA 1WSEA 3DRRA 4CERA 2XRIA 3MXMA 1IKWA 2X78A 2ETJA 2HHQA 4BE2A 4Z4IA 3C6TA 1NJZA 1TK5A 2KW4A 4HHTA 2OPQA 3AVAA 3OYGA 4ZHRA 3EZ5A 1JLGA 3C6UA 4O4GA 4OPKA 4FJMA 1T05A 1G15A 1ZBIA 3G0ZA 1NOZA 1TKZA 1WLJA 5SZTA 4O55A 2DY4A 1TAUA 4CGIA 1HYSA 1WSHA 2KFZA 4KHSA 4DQIA 1R0AA 3CFRA 3ISNC 3PY8A 2G8WA 3RMCA 3TAQA 3D45A 4PQUA 1TKTA 3NGYA 3KLEA 3OYMA 1X9MA 3KTQA 3OYDA 3AVNA 1UOCA 4DF8A 4UQGA 4ELTA 4GMJB 5JS2A 4CJLA 4CFDA 1WSJA 4W5TA 4YFUA 1NKBA 3KKSA 1KVAA 4K8ZA 4DSLA 3QEIA 1A5VA 1XHZA 3OY9A 2FC0A 1TVRA 2BDPA 4L8RB 1RILA 1GOAA 3ZSRA 4RW6A 4BDPA 1HQEA 3V1RA 3OYKA 3QEPA 1NK7A 4LY7A 4B8CA 3S9HA 2YHBA 3OYHA 3VN5A 1C0TA 3CYMA 3K57A 1NK6A 3QEWA 3LAMA 1T03A 3K5OA 4DSFA 2IS3A 3IRXA 4E3SA 4Z4GA 3SI6A 2KFNA 5I3UA 5CYMA 1D9DA 3ASMA 1RT7A 3B6OA 1YT3A 3WNFA 4CHPA 5J2PA 2X6NA 3EY1A 4DU1A 1A5WA 3MEEA 1FK9A 2JGUA 1U4BA 4BWJA 4LD0A 4NCAA 4DFPA 4HCCA 2GUIA 2RPIA 4RW7A 4DTXA 1QS4A 2WONA 4Q0BA 2JLEA 3ZSXA 4FYDA 1IKXA 4CF0A 4FLVA 1U47A 4WE1A 4FCYA 3S3NA 1TGOA 4M42A 4KI6A 4FJ5A 3KD5E 2F96A 2IGIA 4EP4A 2Y1JA 2G8UA 4CJQA 3I8DA 1S5JA 4J2DA 4CGDA 5CYQA 3SV4A 4Y1CA 4DSEA 3KD1E 4FJIA 1DLOA 2W42A 4ELUA 2QXFA 1HNIA 3ZT3A 3CFPA 1ZYQA 4BACA 1RBSA 3AO5A 1BL3A 4IG0A 3WNHA 1JKHA 4CECA 4FJHA 2HHXA 3T1AA 4CJRA 1TV6A 4CEBA 2EHGA 3NH0A 3HL8A 4OJRA 5HRSA 1SKRA 4F2RA 3SZ2A 5KGXA 1NOYA 1TK0A 3LP0A 4GW6A 4JLHA 4CJPA 3DM2A 4CHQA 2D0CA 3QETA 1IG9A 1EXQA 3LWLA 3L2RA 3L2WA 3VQBA 1ZBUA 3QO9A 5KGWA 3OYBA 4W5OA 1RDAA 3KKRA 4AHTA 1K6YA 5HRRA 4W5QA 3K5MA 4DTPA 4BDZA 1A5XA 4M3YA 1KFDA 4BWMA 3A2FA 1SKSA 3OYIA 3TAPA 1UA0A 3V9ZA 2XO7A 4FK0A 1BCOA 1TK8A 4DLEA 3SQ4A 4KO0A 4XIUA 4IFVA 1SL0A 3JSMA 1RDDA 3AVMA 4MQ3A 3MECA 4DSJA 1Q8IA 1WNSA 3HP6A 3S3MA 4F4KA 5KI6A 4K8XA 4N47A 3KJVA 1IKYA 3MXJA 3TR8A 1BQNA 2ZE2A 3L3UA 4AHUA 3HK2A 4C8OA 1TAQA 4AILC 2G8FA 4E7LA 3AO1A 2IDOA 4KAZA 3I0RA 2B6AA 3KLFA 4IFYA 4KHUA 4CIFA 1L3UA 4OGEA 1C6VA 1XC9A 1VRUA 4E0DA 2BE2A 4O0JA 4E89A 3L8BA 5I42A 4EP5A 4NYNA 3BGRA 1NKCA 2FBXA 3TWHA 1BHLA 3KK1A 3RTVA 4KHNA 3VQQA 4FK4A 1JL1A 2F8TA 2WOMA 1C0UA 2Z1IA 4FJGA 4FZZA 3ZSQA 4IDKA 3NAEA 3KK3A 4FLYA 3KLGA 1WAFA 4DMNA 3T3FA 3QEVA 2G8VA 1D8YA 4DS4A 1JXBA 4OLAA 3O3HA 4CIGA 4HTUA 4B9SA 3H08A 4KI4A 1I39A 3WNGA 5T7BA 5J2QA 4AHRA 3SQ0A 1LWFA 1IO2A 5KRSA 4ZTJA 5JS1A 1EP4A 3VQ7A 3HYFA 1KLNA 1RT5A 4Y1DA 3NE6A 1EX4A 2GV9A 4CGJA 4QOZB 2P5GA 4DSKA 1NJXA 4FW1A 4DU4A 3RR8A 2D0BA 1HPZA 1FXXA 3DI6A 4C8NA 5E41A 2I5JA 2XY8A 3QIPA 2XY7A 3TANA 4DWIA 4F3TA 3G10A 4KFBA 3OYJA 3VQ9A 3L2UA 1YVUA 1CXQA 4MFBA 3O3FA 3V9SA 4N76A 4E1NA 4FM1A 2FBTA 4BDYA 3ZT1A 3AVKA 4B9TA 3U3GA 3UIQA 2BANA 3HVRA 1ASWA 4KV8A 3L2QA 1L5UA 4KREA 4CJWA 1J53A 4FJLA 4M3XA 4KPYA 1MU2A 4QAGA 1WAJA 2YNHA 4FLXA 4N41A 4CHYA 3TI0A 1NK8A 4CEEA 4YNQA 2D5RA 4DS5A 4CJ4A 2ITGA 4CJ3A 3OS1A 4CCHA 3HM9A 4FJNA 3ZCMA 3MEDA 3FFIA 4RG8A 4KB1A 5EU7A 4B8AB 1BIUA 1X1PA 3IG1A 2HHWA 3ZSYA 2AJQA 3HJFA 4FZXC 2ZQBA 3VQ4A 4CGFA 3PO4A 4CF8A 1QQCA 2E6LA 2VG6A 4W5RA 4KKOA 1D9FA 4R5PA 1I3AA 2E4LA 2A1SA 3THVA 4FJJA 1VSIA 4CEQA 4FLUA 3LDSA 1J54A 3HVTA 2YV0X 4FJ7A 2DTUA 4DLGA 4OKEA 4JRPA 1B9DA 4CEFA 4CJSA 3JYTA 4FM0A 1WN7A 1NJWA 4OPJA 4KTWA 2ZD1A 4CE9A 1VSMA 3QEXA 1RT2A 3SPYA 5HROA 3OS2A 2PYJA 3P5JA 3O3GA 3AVBA 2YNGA 3NF9A 4ID1A 1EETA 3OYFA 4LSLA 2OA8A 4M45A 4E7HA 1UAXA 1VSJA 3CG7A 5HRNA 3I0SA 3DLKA 2DFEA 1RBUA 3OYNA 4M3TA 3L2VA 2HHTA 1DTQA 1S1TA 1RT3A 3LP2A 3CM5A 1S1WA 3AVJA 4CEDA 1Y97A 2XHBA 1SUQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PLAA 4MLHA 3P83D 2P51A 1V4TA 3DLHA 4J2BA 1Y64A 1KTQA 3E1YA 5EOYA 3LWMA 3WNEA 3CJAA 2P9NA 5KPRA 4Z4FA 4B3TK 4CIEA 4Z4HA 2VG7A 1L3VA 5GADP 4KTQA 5J2MA 3OYCA 2Q36A 3I33A 4LH4A 1OH7A 4AH9A 3QNOA 2GTDA 1NMDA 2QWOA 4DFJA 3AVIA 3FZHA 3LPUA 4E1JA 4DU3A 1S6QA 2H3GX 3MEGA 2QI2A 3AO4A 4ID5A 3A5OC 4DQRA 1YXQA 3CQ8A 2I7NA 1BI4A 4M63C 4GKJK 2YKMA 3C95A 2O8BB 3FE1A 1T7PA 2P9KA 2EWSA 2CGJA 3VEXA 4H5NA 3HOTA 4YOTA 2A40A 4BC4A 4DTSA 4E7IA 3BUZB 5JLHA 3PV8A 4FLTA 3M8RA 2HBMA 1QZ6A 3AVFA 4BR2A 1U48A 5BR9A 2P5OA 1VSLA 3LDPA 1BIZA 1V4SA 2IVNA 3QERA 2Z1GA 4IJAA 1HKCA 1L3SA 4FK2A 2KQ2A 3PUFA 2F4VK 4EHTA 1HKGA 4JD2A 2RKIA 3HSCA 3DWLA 3M8SA 4A5BA 1NU0A 1RBVA 2A1RA 3DLRA 3WXLA 1BISA 3FZLA 1K73O 1WSIA 3OJUA 4C1NK 4DV3K 1TL1A 1HLUA 4M3UA 5LMNK 4ISFA 1Q7YO 2OZMA 3H46O 3ZSOA 2PY5A 3TAEA 1IH7A 2VWKA 2HW3A 2P9IB 1K9MO 2HMIA 3MX2A 4BRLA 3K5LA 4CJUA 1C1CA 1QHTA 1KC8O 5SWMA 4H4MA 3O1WA 1ATSA 2O4GA 3H3OB 4JS4A 5JMVA 4GKKK 1XI1A 3K5NA 3SUOA 3T1HK 4CJKA 1S9EA 1CXUA 4Z0UA 4AHCA 1ILYA 3PX6A 1Z6RA 1W0HA 3LZIA 2NZTA 3K0SA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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