2Q1NA

Actin dimer cross-linked between residues 41 and 374
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
369
structure length
345
Chain Sequence
ETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHLTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Multiple crystal structures of actin dimers and their implications for interactions in the actin filament.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
total genus 114
structure length 345
sequence length 369
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-05-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2q1nA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2q1nA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2q1nA03
1H1VA 3AY9A 3BUZB 2AP1A 3VPZA 4CZGA 2ASMA 1NGDA 3HZ6A 4WYBA 1SQKA 2CGLA 2EWSA 3IMXA 3VEXA 3DXKA 4BC2A 4PKIA 4BR5A 2W40A 4AM6A 3CJ9A 3FR0A 5AQQA 5FPDA 4FWNA 4A2AA 2V7YA 2P9PA 1GLDG 1ZXOA 1KAXA 2AA4A 4JAXA 3P4IA 3A8YA 2A3ZA 4O5FA 1T6DA 3O4WA 4RWTA 3SJHA 1BA0A 2QWRA 4BR9A 3O08A 1NGJA 3UKRA 1BG3A 4HTLA 3BF1A 4KBOA 3UKUA 3ID8A 3QBWA 3LDPA 5AQLA 3SLCA 2YJEA 2QWNA 4RCHA 4JD2A 2VCPA 3FZMA 1Q18A 2HMPA 4H0VB 2CH6A 4RTFD 2F9TA 3O80A 3MK6A 4XEIA 1XQSC 1ESVA 1NMDA 1RDWX 2P9KA 4M7XA 3GL1A 2E8AA 5KQDA 3CJBA 4Z94A 5I9EB 1DGKN 3BEXA 2FSNA 3GE1A 5EX5A 5F0XA 4QS7A 1U2VA 1TUUA 2YCHA 2ASPA 5AQYA 3M6GA 1QQOA 5AQFA 4BG8A 1X3NA 3IFRA 5AQVA 3LL3A 3DXMB 1HUXA 3FZLA 1NGFA 3MN9A 3RSEA 4CZKA 5BN9A 4CJ7A 1MWMA 4NB4A 4CZMA 2FLOA 3UE5A 4H5RA 4JN4A 3KZBA 2FSKA 5BPNA 4BRAA 4DB3A 5BRHA 5AQWA 4CZFA 5AZIA 3QICA 4CZJA 5JLFA 4BROA 3U8XA 2VYPA 5BRFA 4DHYA 3KVGA 3AAQA 3QFPA 5KPZA 1MA9B 3ZX3A 4A62A 3U9DA 3ATVA 3LM9A 5BPLA 5LJVA 4FL9A 4JHDA 1E4FT 3O1BA 4H5WA 2UYTA 1WUAA 4EIAA 1K8KB 4FWMA 3MMVA 4BRMA 1NGBA 4H03B 2A5XA 4IO8A 5BPMA 4ISEA 5AQHA 4CZHA 5AQZA 4PKGA 1OKJA 1P8ZA 2Q2RA 4XH4A 2FF3B 1BO5O 2PBDA 2ASOA 2ZGZA 3D7EO 4LC9B 1ATRA 4K42A 5AFUH 3ZX2A 2VWBA 3EKUA 5AQKA 1C0FA 5EXWA 5BRDA 1SZ2A 3R9PA 2YHYA 5E84A 5FPMA 2V7ZA 2GWKA 3O1WA 1HKGA 1V4SA 1Z6RA 3A5MC 1BUPA 1BDGA 3I33A 3LDNA 1GLCG 3EKSA 3QBXA 1SAZA 3H46O 3MDQA 3SMPA 3WXLA 4MO4A 3I8BA 1S3XA 1T44A 5AZJA 4BR7A 5JMVA 2H3GX 2P9LA 3QDKA 4EHUA 3AAPA 5EY4A 3H3OB 2A42A 2YHXA 1GLJO 3ZETA 4FPAA 3M1FA 3CQXA 2PAVA 4A61A 5AZIB 2P9IA 4JNEA 3FFKB 4QS9A 4WQ4C 4ISGA 3J8AA 3VGKA 3LDOA 5B8HA 1NBWA 2GWJA 2QWLA 1ATSA 4JHDB 2Q1NA 5LY3A 3CJCA 4BC4A 3VERA 5ADXA 4EAHD 3O8MA 3OHRA 1NLVA 3CERA 1BA1A 2A41A 3SMSA 1JCGA 2P9UA 3WXIA 1R59O 2E1ZA 1KAYA 5AQOA 1DKGD 4I6MA 4EHTA 3IDHA 2P9SA 3IUCA 4O8KA 2Q97A 4B1ZA 3WXKA 2HF4A 3ENOA 2ITMA 1YVNA 4BRIA 1LCUA 2D0OA 1S22A 1QQNA 4K41A 1YAGA 3MN6A 4BRDA 3S41A 2Q36A 4J8FA 2CH5A 3TPQA 3CHWA 4FWOA 4AM7A 4BR4A 4MLHA 3VEOA 1QZ6A 4M7YA 2A40A 3MN7A 3FLCO 4BGAA 1IG8A 3D2EB 2J4RA 3C7NA 4H5NA 4Y0WA 4C23A 4CZEA 4BGBA 1HKBA 4IZ9A 1HX1A 2P9LB 3DJCA 2QM1A 3ENHA 4BREA 3GBTA 4BRHA 2YJFA 5AQIA 4IXCA 2E88A 2P9IB 2NRHA 3EZWA 2IIRA 2IVOA 3DXKB 3A5LC 2P9NA 1GLBG 3MN5A 1NWKA 3O5BA 4K25A 2QWPA 4BC5A 1J6ZA 5AQTA 3TU5A 4IJNA 1NGAA 4YDUC 2D4WA 2P9PB 2D0PA 5F2RA 4FOIA 3WEEA 3EL2A 4CZLA 3W3DA 2BUPA 4PL7A 4XH1A 3UKRB 2GEMA 2E2QA 3F9MA 5AQRA 3UKUB 2P9UB 4CI6A 2ZWHA 1JCFA 2Q0UA 4H0YB 5E26A 3CQYA 1XUPO 3FZHA 1GLLO 4JD2B 4K43A 2ZF5O 3ZX0A 4CZIA 1EQYA 1KXPA 2GUPA 2I7NA 3VOVA 5AQSA 2QWQA 3SK3A 3L0QA 4GY2B 2P9KB 4FPBA 5FPEA 3GG4A 3H1VX 3WUHA 4GNIA 2IVNA 4M63C 1TYQA 1U2VB 3ULEA 1IJJA 3H45C 3WQTA 3QMLA 4EFHA 1XC3A 2I7PA 4DQ8A 5ELZA 3ZEUA 3BP8A 1BU6O 3H6EA 3MCPA 1C0GA 3QFUA 2F9WA 3JXUA 1NGIA 1GLAG 3BF3A 1HJOA 3C7NB 4FWSA 4WQ4A 3G25A 3RSEB 4BRQA 3CI5A 3VETA 4FWQA 3VF4A 3AARA 3ATUA 4CBWA 1WOQA 3CETA 3EN9A 3CJAA 3C0BA 4CD1A 1ZC6A 2V51B 2FF6A 3VENA 4ISFA 5CE3A 2A6AA 5AQUA 5F1XA 5AQGA 3VESA 2ZGYA 3DXMA 1HLUA 3VGMA 5BR9A 3R8EA 4B9QA 1MWKA 2V52B 2E2OA 3WEEB 1GLFO 3VF2A 5KPRA 4PL8A 4FWLA 3LDQA 1QQMA 3WT0A 4HWIA 5EOYA 1QHAA 4WQ5C 2NLXA 1X3MA 5AQNA 4BRCA 5BREA 3B8AX 3LM2A 2HF3A 1NGEA 3UB5A 4B1YB 4BRPA 2FXUA 4BRGA 3FGUA 2D1KA 1CZAN 3H3NO 4FWKA 4BG9A 1V4TA 4CBXA 4H5TA 2QWOA 2QW9A 4BRFA 1K8KA 2QXLA 1RFQA 2KHOA 1HPMA 2YHWA 3H1QA 2Q0RA 3VEWA 5KPTA 1TYQB 3ULEB 5AFUA 1MDUB 5AQMA 4B1WB 3A5NC 1RGIA 2QWMA 3ZEUB 3JS6A 4MO5A 5AQXA 4BQLA 5AQPA 2E2PA 3HM8A 4XH5A 5AZJB 3R6MA 4QS8A 1T6CA 4B1VA 3LDLA 3CJ1A 1GLEG 4FOEA 3HBTA 5KQ8A 4FSVA 5LJWA 4H0OA 2FSJA 4YDUA 3WQUA 3ZETB 3QB0A 1U6ZA 4A2BA 3FZKA 3D2FA 1Y64A 4FO0A 3U9ZA 4BRNA 4BR0A 1NGCA 4E1JA 1QZ5A 3HTVA 3O6WA 5BN8A 2NZTA 5EVZA 4PKHA 3A5OC 1YUWA 4H0PA 1YXQA 1DEJA 1G99A 2OANA 3VEZA 4FWRA 5FPNA 3DWLA 5TKYA 4FWPA 4BRLA 5AR0A 3WXJA 4NO7A 4I6MB 3VEYA 3L6QA 5AQJA 5ADXH 1BOTO 1D4XA 2BTFA 2CGKA 2P9SB 3GDQA 4BVPA 3L4IA 4CBUA 4CD3A 4L3QA 2DPNA 1TUYA 3VGLA 4H0TB 5JLHA 3U4LA 1LOTB 2E1YA 2E2NA 1NGHA 2E20A 4DCHA 4IWVA 1JCEA 3EO3A 3HSCA 3CJ7A 4H5VA 2GTDA 3M3ZA 2CGJA 3CIPA 1ATNA 4MLEA 4BRKA 2W41A 3VEVA 1HKCA 3KHYA 4BC3A 3GOIA 3FE1A 2YI1A 3DAWA 1NM1A 4IJAA 3FZFA 4H0XB 3D2FB 5JICA 4BR2A 4B1UB 1KAZA 4BQZA 1BWFO 2HOEA 3VF6A 1NGGA 2P9NB 2Q31A 4WQ5A 3W0LA 1ZBSA 4BVOA 3HI0A 3D2EA 1E4GT 1X9JA 3A0IX 1Z05A 2IVPA 4F9OA 2GELA 2WUSA 4B1XB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RT3A 3VPZA 1RT6A 3SCXA 3MEEA 1N34K 3DRPA 4R79A 3HZ6A 4WYBA 1SQKA 2CGLA 1YJNN 3IMXA 2PZSA 4BC2A 4O5BA 4PKIA 3PX6A 3WNEA 3KIOA 5FLXO 1T3VA 3N4QA 4FWNA 3HO1A 1GLDG 4WFBL 1KAXA 2FBYA 4JAXA 2XY7A 3J81O 4MQ3A 3BF1A 3UKUA 5AQLA 3OVNA 3SLCA 2YJEA 3HJFA 4JKFA 2QEXN 2FBVA 3EE8A 5HROA 1WLJA 2VCPA 3FZMA 3ZSZA 4JKHA 4RTFD 3ENBA 3MK6A 2HNYA 1XQSC 3F73A 2P9KA 3IG1A 3MECA 1RTDA 4WFAL 1SKSA 5C2FA 4DQPA 4CESA 4CJRA 1VHXA 3S5TA 3J7AP 3O9RA 1VQMN 5AQFA 2JWKA 1XC9A 5D3GA 3IFRA 1BQMA 1D8YA 3OBYA 3LL3A 3FZLA 4K8XA 2O8CA 1NNEA 3AV9A 3U6FA 3QEIA 4JN4A 1JKHA 4HUFA 5K14A 4BRAA 1GOBA 2F7TA 1X9MA 4Z4GA 3U8XA 1HJRA 4OKEA 4WF9L 1N33K 3TI0A 3E9OA 3NGZA 3LALA 3WNFA 3ZX3A 5HRNA 3LM9A 1KVCA 2HHHK 5J2MA 4KREA 2P5OA 1A5WA 3L4QA 4RW9A 4BRMA 3NMUA 4DQQA 4H03B 3S3MA 4XJXA 1JLBA 4X65K 5AQHA 3QEWA 3V9WA 4CZHA 2QKKA 1P8ZA 3NAEA 3SUOA 2FF3B 2ZJRL 1TK0A 3M8SA 4LC9B 4F4KA 3P1GA 3M8PA 1D5AA 3EKUA 1LW0A 4CHYA 1TGOA 1SZ2A 5E84A 3I56N 1KRPA 2GWKA 3MXMA 3LP3A 1V4SA 4CEDA 1BUPA 1BDGA 1O13A 5KGWA 4JI1K 1VQ9N 1LW2A 4BDPA 3AVMA 1GLCG 3SMPA 4MO4A 1XNQK 2O8CB 3CPWM 5JMVA 3VQ7A 2GV9A 2P9LA 4RW7A 3N4PA 1TL3A 2GUIA 2XY8A 2A42A 2BANA 3A2FA 3M1FA 4A61A 2PAVA 1KVAA 3C65A 4CFCA 4KB1A 1CLQA 1VQPN 3AVCA 3VTIA 4B08A 3V9UA 4EP5A 2IAJA 2Q1NA 4BC4A 4W5NA 4CHPA 3NH0A 5J1EA 3MAQA 4FJKA 1NLVA 4JI4K 5HRRA 1BA1A 2A41A 3SMSA 4DG1A 1Q86O 2P9UA 2E1ZA 1KAYA 5AQOA 1VSKA 4I6MA 3K57A 2E5LK 4BDZA 2P9SA 3HSTB 3KK2A 4O8KA 4B1ZA 4IOCL 4FZYA 1YVNA 4BRIA 1X1PA 1S22A 1IBLK 1KQSM 1YAGA 4C8MA 4BRDA 5JS2A 4HHTA 5JENA 3TPQA 1RDUA 4AM7A 4BR4A 4I7FA 4KPYA 4OKJA 1QZ6A 1TAQA 3LAMA 4C23A 3D2EB 4H5NA 4O55A 4Y0WA 4CZEA 1WN7A 4HVJA 2ZQBA 2HVHA 1HKBA 4IZ9A 1HX1A 2P9LB 1NJZA 5T7BA 1OVQA 4A5AA 1DT9A 4NCAA 2E88A 4M3ZA 2IVOA 2P9NA 1GLBG 3MN5A 4K25A 3JSMA 4BC5A 1J6ZA 3SAGA 4JI2K 2XY5A 2D4WA 3WEEA 4CZLA 3W3DA 2G8WA 4M3YA 4PL7A 4TSXA 2O4GA 2RE2A 3UKRB 4AF1A 2E2QA 1UOCA 2P9UB 3THVA 1YF5L 4H0YB 4KHNA 1GLLO 4JD2B 2HHUA 1BGXT 5AQSA 3SK3A 4KTQA 3L0QA 4JKEA 4B9SA 1I3AA 3O4QA 4RW4A 1X9SA 1RDAA 1BCOA 4IG0A 3LAKA 2OZSA 3WUHA 2ATQA 4GNIA 3RR7A 3OYHA 4M63C 4YORA 1TYQA 3CCRN 1IJJA 4E1MA 3WQTA 4CEQA 4EFHA 1XC3A 4IOAL 2PFUA 3RMDA 3ZEUA 3OYAA 3OJUA 4CJSA 3BP8A 3HM9A 4O8UA 3RRHA 1YITN 2F9WA 3JXUA 3CYGA 3RSEB 3BF3A 3TTCA 1T8EA 1W0HA 2IGIA 4BRQA 5GAGP 3T3FA 4FLTA 1JLGA 1VSIA 3VF4A 1BL3A 1WSHA 4OLAA 4CBWA 3CETA 1K73O 5AJ3K 4W5TA 2V51B 3MWTA 5DM6L 4ISFA 2WTUA 4DTMA 3TABA 1HQUA 3LP1A 3DXMA 3L2WA 4DTRA 1MWKA 3CCEN 3RWUA 3DOLA 3WEEB 3RVCA 1RTIA 2X6SA 3VF2A 4YFUA 2LSNA 1QQMA 1Y97A 1DTTA 4HWIA 4IDHA 1RTHA 3NF7A 3WT0A 3TR8A 4C1NK 2NLXA 1X3MA 1RT2A 2D0BA 1LWFA 3ALYA 3B8AX 2JWLA 3CCQN 1N8RO 1VSHA 1NGEA 4UY8O 2PY5A 4FJHA 4I2QA 2FXUA 3TSPA 4M3UA 3FGUA 3H3NO 2YNIA 4OVLA 4ILJA 2Z1JA 2VWKA 4H5TA 4GVMA 1A5XA 3VQPA 3OTOK 1K8KA 4KHPK 1RFQA 1BQNA 2DTUA 2Q0RA 3VEWA 1TYQB 3F5TA 2O8EA 1MDUB 4DU3A 2ZJPL 2FBXA 4CJKA 2O8DA 3ZEUB 1ASUA 3JS6A 3PO4A 3DM2A 4DV6K 2PYJA 2F96A 3HM8A 1IV0A 3O9QA 4FLXA 5J2PA 1T6CA 1S6QA 4B1VA 4DF4A 2B4JA 4JKGB 3HBTA 5LJWA 4DQRA 4NYNA 3EEQA 3D2FA 4FO0A 4YOVA 4EZ9A 2B6AA 3O9TA 3DLLL 3QINA 1RT4A 1RBTA 1HYZA 3Q7CA 2NZTA 2WC9A 4PKHA 4LH4A 3A5OC 2ZJQL 1RT1A 1YXQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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