3O3FA

T. maritima rnase h2 d107n in complex with nucleic acid substrate and magnesium ions
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
222
structure length
222
Chain Sequence
GIDELYKKEFGIVAGVDEAGRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEGINDSKQLSPAKRERLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVNGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGARKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna-rna hybrid
source organism Thermotoga maritima
publication title Crystal Structures of RNase H2 in Complex with Nucleic Acid Reveal the Mechanism of RNA-DNA Junction Recognition and Cleavage.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
total genus 82
structure length 222
sequence length 222
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3o3fA00
3OYIA 1YTAA 4CERA 3SUQA 1F21A 1S6PA 4PA1A 3NF8A 2YHBA 4CFDA 3TWHA 3CFOA 3RR7A 4CF9A 1T7PA 3PO5A 4F3OA 4O55A 4DU1A 1NK6A 1EX4A 4L8RB 4CEAA 4JS5A 4HTUA 1FK9A 4C8KA 4I9LA 1S1VA 5CYMA 3T19A 3QESA 3TAFA 2IOCA 1LAVA 1EETA 4JRPA 1NKBA 3LP3A 4NCAA 4CF1A 2ETJA 3ZSZA 1TL1A 4PQUA 2IGIA 2G8VA 5HRPA 5HBMA 3MEGA 3HP6A 3SCXA 1SL1A 2FBXA 1LWEA 4OLBA 4DTOA 1UA0A 4W5RA 2ZD1A 1C0MA 3DRPA 3HPHA 4LD0A 3S3NA 4OKEA 4OGCA 1X9MA 4CHOA 4FJXA 2YKNA 1ASWA 4CF8A 2OPRA 4FM0A 4PUOA 3HO1A 4IG3A 3FFIA 1RCHA 1L3TA 1JLGA 4B9LA 1C1CA 4E7HA 3OJUA 1U47A 4B9VA 4CJKA 1TKXA 4CFCA 4FZXC 4Z4EA 2Z1HA 3OYNA 1YT3A 1ZBFA 2G8WA 4KO0A 4M3UA 2JLEA 3IS9A 2X78A 3TAGA 4ZTFA 3DRRA 3HM9A 1GOAA 4CFBA 2PYJA 1A5WA 4DSLA 5FRMA 2VWJA 4Z4GA 1S1XA 1XHZA 5J2PA 3ZCMA 1Q8IA 2E6MA 2KQ2A 4FM1A 4YFUA 4DSEA 1VSHA 3LP2A 3T3FA 1D5AA 1W0HA 3PY8A 1WNSA 3OYFA 2PY5A 3OYHA 2P5GA 4MQ3A 1EXQA 3TR8A 3VQEA 4FVMA 2IS3A 3THVA 2ATQA 1FXXA 4AHVA 4DLEA 4B8CA 3TAPA 4O4GA 4DTRA 1CZ9A 2XY8A 1TK0A 1RDAA 4W5OA 3ZT0A 1UWBA 3QIPA 1DLOA 1BIZA 3MEEA 4CGIA 5T7BA 3NF7A 4IBNA 4LH4A 3OYCA 3ULDA 3K5LA 4I7FA 2HVIA 4IG0A 1IKWA 1ZBUA 1HYSA 1BI4B 3HL8A 2HVHA 4O0JA 3OS2A 3OYJA 3KK1A 1NJXA 4E7LA 3PX0A 3SUNA 3LZIA 4AILC 1REVA 3PUFA 3NF9A 1VSMA 3P5JA 2KFZA 4Z4IA 3D0PA 4CHZA 3AO5A 2IC3A 5CZ1A 2W42A 2B6AA 4AHSA 3OYGA 4ELUA 1XWLA 3RMAA 4M45A 1JLBA 3CM6A 3SQ2A 3QEVA 4O44A 1BQMA 3O3GA 3VQ7A 3L2WA 3OY9A 1VSKA 1HNIA 3OYKA 4FW2A 3F73A 4G1QA 3ZSYA 3MXIA 1L3VA 4Z4FA 2GUIA 4B9SA 4QOZB 1QTMA 4HCBA 1LW0A 3RR8A 1VSJA 3AVKA 3AVHA 2F8TA 4KREA 1KRPA 4DMNA 1RTDA 4EZ9A 3ZSRA 1C0UA 2FBVA 3SV4A 1JLQA 3DLBA 4RW6A 4FJMA 4I9QA 3SZ2A 4DSIA 5DK5A 1IH7A 4CEDA 3DLKA 2PYLA 2OA8A 4KI4A 2WOMA 3LWMA 4CGHA 4CJSA 1VRUA 3PX4A 3L3UA 2XY7A 4ZTJA 4FZZA 1RNHA 2YV0X 4FLXA 4E3SA 3KLHA 4DTMA 3U6FA 3RMDA 4PY5A 3U3GA 3HK2A 4NCGA 4CEQA 1U4BA 4KTWA 4KPYA 4ZHRA 5D3GA 4W5NA 3P1GA 3L8BA 4N76A 3OS1A 3HJFA 3RMCA 3TARA 4CIEA 3F9KA 3OYAA 2Y1JA 3OYMA 4KI6A 3VQCA 2DFFA 5J2NA 1XI1A 1Y97A 4DG1A 3MXJA 1ITGA 3M8SA 1ASUA 4UQGA 3SUOA 3SI6A 2OZSA 2D5RA 3OYLA 1I39A 1RBVA 4FJNA 3O3HA 2Z1JA 3LANA 3TI0A 4KTZA 4FJJA 3VN5A 3AVMA 1RBRA 4ICLA 3RWUA 2D0CA 2XO7A 4CJPA 1RT1A 1KCFA 2KW4A 4CEZA 1J9AA 3S3MA 1VSDA 3D45A 3AVAA 1HRHA 3VQBA 2I5JA 4CGFA 3C95A 1U04A 4ELTA 1LWCA 2GV9A 4DFJA 1J54A 1D9FA 4B08A 2A1RA 4PWDA 4DFPA 1UOCA 4FJLA 1NK4A 4Z0UA 3OJSA 5HLFA 3ZSVA 1XC9A 4KB0A 4KHSA 1KVBA 3WNEA 1S1WA 4J2EA 2HNDA 3AA4A 1KVAA 2R7YA 1BIUA 3AO3A 2HHSA 3LAKA 1W9HA 3AVJA 3NAEA 1TKTA 3A2FA 2VWKA 3VA3A 3I8DA 3RRHA 1HPZA 4RW8A 2PZSA 3ISNC 2Z1IA 5C24A 1C6VA 4FW1A 5E41A 1RT4A 1HQEA 1MU2A 3LALA 4JLHA 4DTSA 4CEFA 2B5JA 3JSMA 4DFKA 5KRSA 2RN2A 2FC0A 4LSLA 1K6YA 4AHUA 1BCMA 3QNNA 3LP0A 4JRQA 2YNIA 4OLAA 3V9XA 2XY5A 3QEPA 1NK0A 2P1JA 4M3YA 3QLHA 4FK4A 3IRXA 3AA2A 4C8NA 4NCBA 4Q0BA 4FYDA 4KHWA 3SNNA 3O4QA 4KV8A 5KTQA 4CJLA 1NK5A 4ID1A 4J2DA 1WLJA 3MECA 3DI6A 4CHQA 4CESA 3SQ4A 3L2VA 1JXEA 4CECA 3AV9A 1IG9A 3KTQA 4XIUA 4FLZA 4DS4A 2X74A 1JLEA 4CGJA 2HMIA 3VQQA 2WONA 1KVCA 2O4GA 4CFAA 1RBSA 1HNVA 2BE2A 4OGEA 1ZYQA 2HHUA 2YKMA 4KHYA 3QEXA 1LAWA 4F8RA 3MEDA 3ZT2A 2D0BA 1NKCA 3QNOA 4FK2A 1DTTA 2KTQA 4JS4A 1ZBLA 4LH5A 4CGDA 1CXQA 1LWFA 4E7KA 5FRNA 3K59A 1I3AA 2GBZA 4HUFA 2XRIA 4HHTA 2HHTA 1B92A 3G0ZA 4CIFA 3QEWA 1G15A 3VQPA 4EP5A 5SWMA 1JLAA 3OS0A 4CK2A 4CHPA 4M3TA 3HSTB 4Y1DA 3LAMA 4CJQA 3NFAA 4M3WA 4B3OA 5K14A 3LDSA 4M3XA 1X9SA 4J2AA 4B8AB 4N41A 4CE9A 3NH2A 1Q9YA 3QEIA 4FLUA 1T05A 4IFVA 3P83D 2YNFA 4KRFA 2FBYA 3CQ8A 1S5JA 3ALYA 3V1RA 1DTQA 1BI4A 2Z1GA 4I2QA 4FJ8A 1HQUA 1KTQA 4DU4A 5JS2A 4HCCA 1JLFA 4DTUA 2KFNA 1TK5A 2XY6A 4DTJA 4FK0A 3KLGA 2D0AA 3IAYA 4HUEA 5FROA 5EU7A 3VQ4A 4E89A 4N56A 3AVFA 4B9UA 1YTUA 3L3VA 4RW9A 3NDKA 2BANA 3B6OA 1VSFA 1SL2A 1L5UA 4CJVA 4E19A 3HYFA 4AH9A 4FLTA 2HB5A 4RW7A 4BDPA 3G10A 1JXBA 3NH0A 4FCYA 4M3ZA 3K5OA 4FJHA 1FKPA 3LWLA 4CCHA 1EKEA 1SL0A 3VQ5A 2O4IA 2AJQA 1QQCA 1QS4A 4FJ5A 1ZBHA 2LSNA 3DLEA 3BGRA 3QERA 1JL2A 1C1BA 3KKSA 5C25A 5J2QA 3PX6A 1NK8A 1KSPA 4BWMA 4ELVA 4BDYA 3ZT1A 3TAQA 3C6UA 2OYQA 3EZ5A 3OYDA 1U48A 3RRGA 3HVTA 4W5TA 1LV5A 1C0TA 3CG7A 3OVNA 3E01A 1SV5A 3O3FA 1IKYA 3ZSOA 1BHLA 4C8MA 3L2UA 3NCIA 3QETA 4C8LA 4FZYA 4IKFA 4FJ9A 2F8SA 4QCLA 4CK3A 3NGYA 3VQAA 3I0RA 1L3SA 4RG8A 2P5OA 2QXFA 1LW2A 2FBTA 1JKHA 2X6NA 3M8QA 4O5BA 1NKEA 4C8OA 2RPIA 3DYAA 3KKRA 3C6TA 1N5YA 3K58A 2G8IA 1CZBA 4I2PA 5KGWA 4DF4A 2HW3A 1RTIA 3U3YA 4BE1A 1T8EA 3CYMA 4KFBA 1BL3A 1L3UA 2G8HA 1A5VA 3VQDA 3DLHA 1HYVA 3CFPA 2BGGA 4E7JA 1FKOA 4B9NA 3OYBA 1TVRA 4CEEA 3HT3A 2Q3SA 4DWIA 3KD1E 4DQQA 1U49A 3MAQA 3NGIA 4LY7A 4CJWA 2RKIA 3PO4A 4KHUA 4RW4A 4CJ5A 4GMJB 4CK1A 4OPJA 4HVJA 4DS5A 4KAZA 2QKBA 3M8PA 2EX3A 5C42A 3CFRA 4FXDA 2YHAA 3NHGA 4BDZA 4FJGA 2HNYA 3JYTA 2QKKA 5I42A 3AVGA 4M41A 1KFSA 2OPQA 5CYQA 1SKRA 1UAXA 5I3UA 2QK9A 1SUQA 3DLGA 4Z4HA 3LZJA 5KRTA 5HRSA 3ZSWA 1RT7A 3VQ6A 3AVNA 2E4LA 3KIOA 4CEBA 3L2QA 1TK8A 1NJWA 4BWJA 4E1MA 3AVBA 1EP4A 1RT6A 3DOKA 3S3OA 1S1UA 4E1NA 5KGXA 3SQ1A 4CF2A 4BE2A 1KLMA 3KD5E 3V9ZA 3AO2A 4DTPA 1SKSA 4CJUA 2DTUA 2IAJA 3H08A 4OJRA 4AHTA 3V9WA 1RBTA 1NOYA 3T1AA 1KLNA 3CM5A 1T03A 4MFBA 3QINA 1ZBIA 2DY4A 1RTHA 2VG5A 4F2RA 2OZMA 1RT3A 4K8ZA 2G8KA 1VRTA 1VSLA 4DTNA 3SV3A 1RILA 1TAUA 3MXMA 1QSSA 3NH1A 1Z26A 3KJVA 4F4KA 2HHQA 4KHNA 3KK3A 4FJ7A 3DMJA 4KHQA 2B4JA 2OPPA 4FLVA 1TGOA 3AVIA 3NGZA 2OPSA 3V81A 4CJ4A 3UIQA 5FDLA 3AO1A 3OYEA 5HROA 1UA1A 4O0IA 1RTJA 1GOBA 4KTQA 1NJZA 1VSEA 2JGUA 3ZSXA 4EP4A 3HPOA 4DSJA 4LSNA 2KZZA 3EYZA 3KK2A 2VG7A 3ZSQA 3TAMA 4CIGA 3V9SA 4DFMA 4H4OA 5SZTA 4FLWA 1TKDA 2G8FA 4FJIA 1QSYA 1WN7A 3V1OA 5CZ2A 3B6PA 4AHCA 4BE0A 4OVLA 3KLEA 1NOZA 3WNFA 4FM2A 3C94A 4CEOA 3TANA 4H4MA 5HRRA 4F2SA 4KB1A 1D8YA 1R0AA 1S6QA 1HYZA 2HHXA 3ZT4A 3RMBA 1RBUA 1QE1A 3SUPA 3PV8A 2ITGA 3BDPA 3EY1A 1HJRA 1BISA 4W5QA 3TABA 3SPZA 4CJRA 2HHVA 3HPGA 3QIOA 1SKWA 3LPUA 1BGXT 3VA0A 4Q5VA 4GVMA 1TL3A 1RDDA 1X1PA 4GW6A 1J53A 1O1WA 3VQ9A 4IDKA 4K8XA 3LPTA 3TAEA 2F96A 3DOLA 4FJKA 4DQSA 1HMVA 3AVLA 3V4IA 1KFDA 3AVCA 2BDPA 4Z4CA 3NF6A 4DTXA 1WSHA 3SPYA 1WSEA 2RF2A 4R5PA 3SJJA 1XHXA 4CF0A 1J5OA 4EZ6A 5CY4A 5J1EA 3HVRA 2Y1IA 3AO4A 3IG1A 4YNQA 4CJ3A 3SQ0A 1VSIA 1Z25A 1IO2A 1B9FA 2EHGA 3AA3A 4B9MA 3L2RA 2YNGA 2X6SA 4B9TA 1A5XA 3SYZA 1NJYA 4CJEA 1S1TA 4N5SA 3HP9A 3NBPA 3QO9A 4KKOA 5KI6A 2VG6A 4BACA 3ITHA 3DLRA 1TV6A 4F3TA 5DMRA 4N47A 4HUGA 1CXUA 4FLYA 4H8KA 4ID5A 1X9WA 2HHWA 2IDOA 3HXMA 4QAGA 1D9DA 1JL1A 1VK0A 3NE6A 1Q9XA 1CLQA 1QSLA 4DSKA 2DFEA 4OPKA 3V9UA 2KZMA 1BQNA 3ZT3A 1IKXA 3AA5X 3O4NA 1WSIA 3WNGA 3RTVA 2G8UA 1C1AA 1N6QA 4DLGA 3DRSA 4TSXA 3K2PA 4DQIA 1YVUA 3M8RA 1RDCA 4DU3A 2P51A 3VQ8A 3S9HA 3KLIA 3LP1A 4NYNA 5HRNA 3KLFA 1RT5A 1ASVA 4WE1A 4Y1CA 4E0DA 1WSJA 1WAJA 1RDBA 4DQRA 1WSFA 3V6DA 1WSGA 1TAQA 1U45A 2HNZA 4OKJA 3V1QA 1RT2A 5J2MA 5JS1A 4J2BA 4CHNA 4IFYA 2A1SA 1NK9A 4DSFA 1NK7A 4DQPA 4CJFA 1B9DA 3K57A 1IKVA 1TKZA 3ASMA 2NUBA 1BCOA 3K5NA 4CGGA 5HP1A 4DF8A 1QHTA 2E6LA 4M42A 2XHBA 1S9EA 4AHRA 4OKKA 3WNHA 3K5MA 2YNHA 1WAFA 4E7IA 3DM2A 3I0SA 4CJTA 1GOCA 4NYFA 1JLCA 4M3RA 4CHYA 2ZE2A 2DFHA 1S9GA 2ZQBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YTAA 3NF8A 3R6MA 4CFDA 3TWHA 3PO5A 4CF9A 4H03B 4O55A 3T19A 3Q7BA 2IOCA 1KC8O 1EETA 1NKBA 3LP3A 5BRHA 1KAYA 3H1QA 4NCAA 4CF1A 5MLCQ 4BRPA 2IGIA 1NGDA 4JV5K 3SCXA 2JWLA 4OLBA 1VQMN 4W5RA 2ZD1A 1C0MA 1KD1O 2YKNA 4PUOA 3HO1A 4IG3A 3FFIA 1L3TA 4B9LA 4JKAA 1C1CA 3G71N 4B9VA 5F1XA 4CJKA 4Z4EA 3E66A 2G8WA 3A5NC 1C0GA 3TAGA 4ZTFA 3DRRA 1GOAA 4YOWA 5C2DA 3PSIA 1GLDG 1ESVA 4BR2A 4YOTA 2D0PA 4HTLA 4O5FA 3C6AA 4BC3A 3TSPA 3LP2A 4A2BA 4O8KA 2FSKA 2VQFK 3W0LA 1EXQA 3TR8A 3J7YP 2IS3A 3THVA 2ATQA 3VERA 4DLEA 3TAPA 4O4GA 4BG9A 3GE1A 1ATNA 4GKJK 3E1YA 1HKCA 1RDAA 3BUZB 3MK6A 1UWBA 3L4QA 5T7BA 4I7FA 4BC5A 2HVHA 1NGBA 4O0JA 5AQPA 3I33A 3J7AP 3NF9A 3T7ZA 1Y64A 3AO5A 2IC3A 2W42A 5M1QA 1WUAA 4AHSA 1Q81O 3CM6A 3T1HK 2NRXA 3OY9A 4X62K 4B1VA 1L3VA 2GUIA 3VENA 2IIRA 3N4QA 1VSJA 3AVHA 1GLCG 4IO8A 3WUHA 4LFCK 4KREA 2UUCK 1KRPA 2AP1A 5AZJA 4IZ9A 3HZ6A 3SZ2A 1EWQA 1IH7A 1QHAA 5DM6L 2IVOA 2DPNA 3C6HA 1OVYA 3L3UA 2XY7A 4CBWA 3CPEA 1GLAG 1RNHA 3WT0A 2A6AA 4CEQA 4KPYA 5D3GA 4ZHRA 3P1GA 5ELZA 3OS1A 4X64K 2Y1JA 3VQCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1YTA A;  3NF8 A;  3R6M A;  4CFD A;  3TWH A;  3PO5 A;  4CF9 A;  4H03 B;  4O55 A;  3T19 A;  3Q7B A;  2IOC A;  1KC8 O;  1EET A;  1NKB A;  3LP3 A;  5BRH A;  1KAY A;  3H1Q A;  4NCA A;  4CF1 A;  5MLC Q;  4BRP A;  2IGI A;  1NGD A;  4JV5 K;  3SCX A;  2JWL A;  4OLB A;  1VQM N;  4W5R A;  2ZD1 A;  1C0M A;  1KD1 O;  2YKN A;  4PUO A;  3HO1 A;  4IG3 A;  3FFI A;  1L3T A;  4B9L A;  4JKA A;  1C1C A;  3G71 N;  4B9V A;  5F1X A;  4CJK A;  4Z4E A;  3E66 A;  2G8W A;  3A5N C;  1C0G A;  3TAG A;  4ZTF A;  3DRR A;  1GOA A;  4YOW A;  5C2D A;  3PSI A;  1GLD G;  1ESV A;  4BR2 A;  4YOT A;  2D0P A;  4HTL A;  4O5F A;  3C6A A;  4BC3 A;  3TSP A;  3LP2 A;  4A2B A;  4O8K A;  2FSK A;  2VQF K;  3W0L A;  1EXQ A;  3TR8 A;  3J7Y P;  2IS3 A;  3THV A;  2ATQ A;  3VER A;  4DLE A;  3TAP A;  4O4G A;  4BG9 A;  3GE1 A;  1ATN A;  4GKJ K;  3E1Y A;  1HKC A;  1RDA A;  3BUZ B;  3MK6 A;  1UWB A;  3L4Q A;  5T7B A;  4I7F A;  4BC5 A;  2HVH A;  1NGB A;  4O0J A;  5AQP A;  3I33 A;  3J7A P;  3NF9 A;  3T7Z A;  1Y64 A;  3AO5 A;  2IC3 A;  2W42 A;  5M1Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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