1NMDA

Crystal structure of d. discoideum actin-gelsolin segment 1 complex crystallized in presence of lithium atp
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
372
structure length
362
Chain Sequence
DVQALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYMMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLAYVALDFEQEMATAASSSALEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESAGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYGNVVLSGGTTMFPGIADRMNKELTALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Structure Of The Non-Vertebrate Actin: Implications For The ATP Hydrolytic Mechanism
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Actin
total genus 118
structure length 362
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1nmdA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1nmdA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1nmdA03
3FZMA 3M3ZA 3LL3A 4XH5A 5AQXA 3VEXA 4QS9A 4JN4A 3QDKA 1HKBA 3ATVA 2BUPA 4QS7A 3H6EA 4BR5A 3CHWA 3U4LA 3ZX3A 1G99A 3EN9A 5AQWA 4BRGA 3F9MA 5E84A 4FOEA 2NZTA 3CJ9A 5AZJA 3TPQA 5FPMA 5LJVA 4B1WB 5AZJB 4CZJA 2YI1A 1TUUA 3LDLA 4FL9A 1ATRA 4FPBA 5AQLA 2WUSA 4AM6A 3CQXA 1QQNA 1RFQA 3H3NO 2P9UA 5KQ8A 2D4WA 1BO5O 2P9UB 3D7EO 2ASMA 5FPEA 1DGKN 4FWLA 3G25A 5BN8A 4EAHD 1U6ZA 3LM9A 3I8BA 3GOIA 4K43A 1Z05A 4YDUA 4B9QA 3H1VX 4K25A 3SMSA 2QWRA 2E8AA 3QBWA 1GLJO 4A62A 4B1XB 4BC3A 3FE1A 4BRAA 5JLHA 1QZ6A 4BGBA 3LDOA 4FSVA 4H0PA 1E4FT 1GLLO 1ESVA 3VETA 4BQZA 5AFUA 4BC2A 3FLCO 1Y64A 5AQOA 3VF4A 5AQQA 4CZMA 3WXIA 3O80A 4O5FA 3VERA 2Q97A 5AQHA 3WT0A 3U9ZA 3KVGA 1V4TA 4JD2A 1C0FA 1XQSC 1QHAA 4JD2B 4H5NA 5JMVA 3HSCA 4H0XB 2ZWHA 5I9EB 3CJAA 4M63C 4H0VB 1NWKA 2FF3B 1HKCA 5FPDA 2OANA 3WQTA 2D1KA 3B8AX 2P9KA 3VESA 4PKGA 2CGLA 5AFUH 3CETA 3WXKA 2P9KB 4PKIA 2H3GX 1IJJA 1NGHA 2CGKA 2FSNA 3H45C 3VEYA 4WYBA 3SK3A 4CD3A 2ITMA 2W41A 3EZWA 3CQYA 3L0QA 2P9IA 4CJ7A 4H5TA 2P9IB 3HI0A 3RSEA 1NLVA 1HJOA 3QBXA 3RSEB 2I7NA 2ZGZA 2ZF5O 3A5NC 4WQ4C 2CH6A 4GNIA 4BREA 2V52B 4H5VA 1QZ5A 3VPZA 3BF3A 4BR9A 2F9WA 4HTLA 4IWVA 3HBTA 5AQZA 3H1QA 4ISGA 2VWBA 4BR4A 3ZEUA 1ZC6A 2QWNA 3EO3A 4EHUA 3O1WA 4WQ5C 3AARA 4FWKA 4Z94A 1IG8A 2CGJA 5AQKA 4JAXA 1J6ZA 1KXPA 1NGGA 3IFRA 3O6WA 1YXQA 4J8FA 2ZGYA 4DHYA 3UE5A 3DWLA 2IVNA 3CIPA 3IMXA 3MN9A 3VEOA 3VOVA 1NGCA 1HLUA 2Q0UA 3BP8A 4BC4A 1CZAN 1SAZA 4RCHA 4PKHA 1C0GA 3O1BA 3GDQA 4O8KA 4PL7A 1HX1A 2QWQA 5EY4A 1RDWX 2Q0RA 5FPNA 3FZLA 3EKUA 3O8MA 1MWMA 4H0TB 1V4SA 5AQPA 1EQYA 4PL8A 1RGIA 1BUPA 4FWRA 1NM1A 1Q18A 1GLFO 3LM2A 4ISFA 2E2QA 2GTDA 5TKYA 2P9SA 3UKRA 1Z6RA 3CJBA 2P9SB 2UYTA 4B1ZA 3UKRB 1NGEA 3C7NA 4L3QA 2YHYA 4FWMA 4BR0A 2Q1NA 3C7NB 4IJNA 3FZKA 2YHWA 4IO8A 2VYPA 4BRMA 5EVZA 5BPNA 2IVOA 3EL2A 4WQ4A 3FFKB 3H3OB 4H5RA 5AQTA 5KPRA 1SQKA 4BC5A 2GEMA 3QFUA 1BWFO 3VEZA 3ZX0A 5EOYA 4LC9B 4BRHA 5AQVA 3A0IX 4FWOA 4EHTA 2IVPA 4DQ8A 4EIAA 4C23A 4WQ5A 3IDHA 3UB5A 3BF1A 2I7PA 1SZ2A 4MO5A 1E4GT 2Q2RA 2NRHA 2QW9A 2QWOA 3W3DA 2E20A 2FF6A 5KPTA 5BR9A 4BG9A 1S22A 5AQFA 2QWMA 5B8HA 4A61A 2BTFA 5AQGA 4BRNA 2E1YA 5KPZA 3WXLA 4FWQA 5BRHA 1TUYA 2HF4A 2PAVA 4NO7A 4BRIA 1GLDG 4FWPA 3VGKA 5AQYA 1MA9B 4AM7A 3AAPA 4BR7A 1HPMA 4MLEA 4EFHA 3KHYA 1GLAG 1BA1A 3HZ6A 5AQIA 1NGJA 3ZX2A 3H46O 2AP1A 2W40A 3ID8A 5ADXA 3AAQA 4CZIA 3LDNA 4A2AA 3A5LC 2HF3A 4JHDA 1KAXA 4JHDB 2QXLA 1ATNA 4B1VA 1X9JA 1NMDA 4GY2B 3DXMA 2F9TA 4FPAA 3M1FA 4HWIA 3FR0A 3DXMB 3IUCA 4KBOA 2P9PA 3HTVA 3L6QA 3M6GA 3QICA 4XH1A 2Q31A 1WUAA 2YHXA 1NGIA 3GL1A 4RWTA 5EX5A 1DKGD 3A8YA 4CBWA 3DJCA 2ASPA 2D0OA 2HMPA 5ADXH 3CJ7A 4A2BA 3ZEUB 1HKGA 3BEXA 4BRCA 1X3MA 5EXWA 3VF6A 4IJAA 5F0XA 1JCFA 4BRPA 4DCHA 1ATSA 4BVPA 4H0YB 4IZ9A 1H1VA 3BUZB 4CZHA 2DPNA 4JNEA 3R8EA 4ISEA 3FZFA 3JS6A 3ULEA 3ENOA 3CERA 4QS8A 3LDQA 1NGBA 1K8KA 1LCUA 3SJHA 5F2RA 4MLHA 1K8KB 3O5BA 5AQSA 2QM1A 3MN6A 3MN7A 1BU6O 4CZKA 2E2PA 4BRQA 2YCHA 1P8ZA 5CE3A 1JCGA 3CJCA 4BRKA 3JXUA 3QB0A 1KAZA 1T44A 4B1YB 3U9DA 1MWKA 2KHOA 4H03B 1YAGA 3KZBA 1BG3A 3VGLA 1T6CA 1TYQA 3GBTA 3GE1A 1TYQB 4CZFA 3O08A 2V7YA 3FZHA 3QFPA 4B1UB 3A5OC 1QQMA 3R9PA 2V7ZA 3WQUA 2FXUA 3ATUA 3UKUA 5KQDA 3CI5A 3MMVA 2QWPA 3R6MA 1S3XA 3UKUB 4BROA 2PBDA 5BPMA 1OKJA 3WEEA 2A40A 4NB4A 4CZGA 2D0PA 3DAWA 3WEEB 4M7XA 1GLCG 4CI6A 5BREA 1BA0A 2NLXA 2E2OA 2EWSA 4BRLA 2AA4A 1QQOA 1ZBSA 1GLBG 4CZLA 2V51B 1R59O 2E1ZA 2GWKA 4BRFA 3VEVA 1D4XA 2A3ZA 4Y0WA 2P9LA 3MN5A 5F1XA 1DEJA 2P9LB 2IIRA 4K42A 3WUHA 3SLCA 2GUPA 3HM8A 3QMLA 4FO0A 3VGMA 4BVOA 2YJEA 2QWLA 1GLEG 3LDPA 2FSJA 2Q36A 5JICA 5LJWA 1NGAA 3AY9A 3D2FA 3FGUA 4K41A 3A5MC 3D2FB 1JCEA 5ELZA 1NGDA 5BPLA 4CBXA 4MO4A 4DB3A 3J8AA 3VF2A 3VENA 2E2NA 2YJFA 4FOIA 3OHRA 4M7YA 5JLFA 3S41A 3MDQA 5LY3A 4FWSA 2ASOA 4I6MA 4RTFD 5E26A 4I6MB 1MDUB 1X3NA 5BRFA 3P4IA 4XEIA 4IXCA 4XH4A 4CZEA 4E1JA 3DXKA 2FSKA 3EKSA 1T6DA 3L4IA 2FLOA 2A6AA 4H0OA 5AQNA 2P9NA 3DXKB 3I33A 3C0BA 2P9PB 4BGAA 2P9NB 2A41A 5BRDA 2CH5A 2GWJA 5AZIA 1NBWA 5AZIB 5AR0A 2A5XA 3SMPA 1U2VA 1ZXOA 1YUWA 2J4RA 3GG4A 1U2VB 3MK6A 3U8XA 1HUXA 3VEWA 4H5WA 4CBUA 2GELA 1KAYA 3CJ1A 4YDUC 1XC3A 3WXJA 4CD1A 1XUPO 5BN9A 1WOQA 5AQMA 1LOTB 3ULEB 3D2EA 3MCPA 5AQUA 1BDGA 3ZETA 3D2EB 4BR2A 2E88A 4FWNA 3ZETB 1BOTO 1YVNA 5AQJA 2VCPA 3W0LA 3TU5A 3O4WA 1NGFA 3ENHA 4BQLA 4F9OA 2A42A 4BRDA 2HOEA 5AQRA 4BG8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3L3UA 3P38A 4LF9K 4CFBA 3NGIA 4M3ZA 4WF9L 4ELVA 4F3TA 4KTQA 4JK9A 5JENA 4BR5A 3CHWA 1FXXA 2BDPA 3U4LA 1G99A 3EN9A 3LP3A 4DF4A 4BRGA 4FOEA 5LJVA 4CGGA 4EP4A 4DQSA 4CK2A 3SAHA 1NJIO 3DOLA 4CZJA 3PO4A 1TUUA 3LDLA 4FL9A 4MDBA 5AQLA 1XMQK 1W9HA 1A5XA 1QQNA 1HYVA 1HQUA 4AHVA 2ASMA 5C0YA 1DGKN 4EAHD 4OGCA 4W5RA 2RF2A 3MEEA 4OX9K 3NGYA 3GOIA 4E89A 4W5TA 3VA0A 2RHKA 1JLQA 4B9QA 3H1VX 4FJKA 1FW6A 2QWRA 4B1XB 5JLHA 4H8KA 4HUGA 1NNEA 5FRNA 1GLLO 3VETA 3CCEN 2I5JA 4CF0A 2O4IA 5AQQA 4CZMA 1T03A 2Q97A 3WT0A 1RTHA 3U9ZA 4JD2A 4JS5A 3EYZA 4NCGA 5JMVA 4HUEA 3ZT0A 5E41A 1R0AA 3CJAA 4M63C 4CECA 3T1HK 3WQTA 4KI4A 1VQPN 4CJPA 3VESA 4PKGA 3ZYYX 5AFUH 2P9KB 3L2RA 2CGKA 1NGHA 3EE8A 3QEPA 3AVNA 2P1JA 3OJUA 1SKRA 4GV6A 3MWPA 2ZJQL 2ITMA 1OVQA 3VQCA 5J2PA 3DYAA 1Q86O 3THXA 3CYGA 3HI0A 1NLVA 4CJEA 2I7NA 2ZGZA 4KHPK 2ZF5O 2PYJA 4JEPA 1M90O 4B9UA 4KFBA 4E3SA 1RDDA 3VPZA 3BF3A 4BR9A 1BI4A 1A5WA 2F9WA 4IWVA 5AQZA 4E7KA 4B8AB 3QESA 4BR4A 4GW6A 1J9AA 2QWNA 5M1PA 3EO3A 4DG1A 3AARA 3NH2A 2YNHA 4FWKA 5AQKA 4DV1K 1ZBHA 1J6ZA 3AVGA 1VSMA 1KXPA 3IFRA 5FROA 1YXQA 2G8WA 2ZGYA 4DKWA 3UE5A 3CIPA 1TL3A 5GAEP 4DFMA 3CCLN 2NNWA 3HRGA 3F9KA 5AJ3K 4LF6K 1IG9A 4OKKA 1SAZA 4RCHA 3CPWM 3OYBA 4IFEA 1IBMK 4PL7A 3OA9A 1VHXA 3CXCM 2W00A 4YHHK 2Q0RA 3K57A 5HROA 1V4SA 3QIOA 3CM5A 3RR8A 1KTQA 2OTLN 4I9LA 4O44A 4ELTA 4FWRA 1NM1A 4FJ9A 3SV3A 2Z1IA 1P90A 2E2QA 3THYB 1Z6RA 4CGIA 3UKRB 3HPGA 1UWBA 5MLCQ 2YHYA 4FWMA 1TKDA 1TVRA 4IJNA 3FZKA 2YHWA 2VYPA 2P5OA 3DLLL 4FJNA 5BPNA 1RTIA 2IVOA 4FK0A 4JRPA 4LFAK 3OYMA 2ETJA 5HL7L 4RW8A 1OH7A 4LC9B 2YKMA 3AVMA 3A0IX 4Q5VA 1WBBA 3IDHA 3SPYA 4H4OA 4OPKA 1E4GT 1BHLA 3R1XA 4KHSA 2QW9A 5C12A 1M1KO 4OVLA 3ISNC 2FF6A 1ITGA 1BGXT 2YNIA 5KPTA 3WNFA 1NJWA 5BR9A 3DLRA 3L4QA 1S22A 4ID5A 4CVNE 3KIOA 3LZIA 1L3UA 1F21A 3O4NA 1GLDG 4FWPA 3OBWA 5AQYA 1MA9B 1HPMA 1L3VA 2ZQBA 4EFHA 4CJ4A 4B9VA 4AHRA 3VQEA 4CHNA 4DSFA 4CF8A 3H46O 2W40A 3ID8A 3WNHA 3THWA 3AAQA 3PO5A 3TR8A 3LDNA 5CYQA 1QVGM 3I8DA 3SUNA 1X1PA 4CF9A 1KAXA 4JHDB 1W7AA 4XJXA 5DM6L 4YNQA 4I9QA 1NMDA 4BWMA 2F9TA 3K0SA 4DQQA 3LANA 4KBOA 4XH1A 3QICA 2YX6A 2FBXA 1I39A 4BE0A 2E6MA 2YHXA 4E19A 1J5OA 1NGIA 4RWTA 1DKGD 1RBVA 2WONA 3TAMA 3CFRA 2HVIA 3K58A 3VQ4A 2HMPA 5ADXH 4A2BA 4NCAA 3MEGA 1KRPA 1IKYA 1JLEA 3VQ9A 1X3MA 5EXWA 3TARA 4IFYA 5J2QA 4L8RB 4DCHA 4BVPA 1WB9A 3DI6A 2F8SA 3BUZB 1NK9A 4CZHA 3R8EA 4DR6K 3FZFA 3JS6A 1RILA 3LPTA 3ENOA 4DS4A 3LDQA 1NGBA 1K8KA 1B9DA 5KRTA 1WBDA 4MLHA 2JWLA 3O5BA 2KW4A 1YI2N 2DY4A 3MN6A 3MN7A 4CZKA 4DTRA 4C8OA 3SCXA 4BRQA 3OS0A 3MX2A 3JSMA 4JKAA 3LPUA 4IDHA 4BRKA 4DS5A 1T44A 3V81A 1EXQA 3OS1A 3C6UA 1T6CA 1WSFA 3K5NA 3CCRN 4LFBK 3GE1A 1VQ9N 1TYQB 1HNVA 2V7YA 3O3GA 3QFPA 3KK3A 4B1UB 3JYTA 4WCEL 4JRQA 3R9PA 1VQKN 3ATUA 5SWMA 4FK2A 3CI5A 3MMVA 4FJIA 1S3XA 3UKUB 3AVFA 2PBDA 3TABA 4RW4A 4FLXA 2G8HA 2UU9K 4CZGA 1S6PA 2D0PA 3AO5A 2NLXA 2EWSA 4BRLA 4R5PA 3PSIA 4CIEA 3S3OA 1QQOA 2ZJPL 2E5LK 4CHQA 3KK7A 4IOAL 1N5YA 4DR5K 3AA5X 5JS2A 4FM0A 1GLBG 3M8SA 3KKRA 4LFCK 4BRFA 2HHUA 2O4GA 4B3MK 2P9LB 2IIRA 3WUHA 4DSLA 1QE1A 3CPEA 3VGMA 3U3GA 4BVOA 2YJEA 3AA4A 3U6FA 4K8ZA 1D9FA 1Q82O 1FKOA 2FSJA 4OKJA 3D2FA 1RDBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3LDP A;  1NJY A;  4KHW A;  4JI8 K;  1A5V A;  4DV5 K;  3HO1 A;  1LWC A;  1S1U A;  3OYI A;  3A5M C;  4IOX A;  2KTQ A;  2NUB A;  1NGD A;  4CES A;  4CBX A;  1D5A A;  1C0M A;  4DB3 A;  3VF2 A;  4OJR A;  2Y1I A;  3HM9 A;  2E2N A;  4DV7 K;  4TSX A;  4IG3 A;  2Z1H A;  2O8F B;  4LH5 A;  4DF8 A;  1GOB A;  1MDU B;  3KLE A;  4W5N A;  3OYL A;  2KZM A;  2QI2 A;  2XY8 A;  4XH4 A;  2KFN A;  3DXK A;  2DTU A;  2P9N B;  5BRD A;  3VQQ A;  4I2P A;  4IFV A;  4YOX A;  4N56 A;  1NBW A;  5AZI B;  3EY1 A;  5DK5 A;  2VQE K;  4UQG A;  1U2V A;  1XWL A;  1YUW A;  1S1V A;  4CJW A;  3QIP A;  3O9Q A;  1VQO N;  3CJ1 A;  1S72 N;  4DQI A;  4Z4G A;  2VG6 A;  3OBY A;  1GOA A;  4F4K A;  4RW9 A;  1DTQ A;  3I55 N;  5BN9 A;  3D2E A;  5C2D A;  4LF8 K;  4LD0 A;  3CYM A;  3KWI A;  3TAG A;  4C8K A;  3AGK A;  3ZET B;  3ZSX A;  3DLG A;  5HP1 A;  4FM2 A;  1BOT O;  3TU5 A;  3ZLJ A;  4LSL A;  1NGF A;  3V1Q A;  1RT4 A;  4Y1C A;  1QSS A;  3ENH A;  4BQL A;  3S5T A;  2A42 A;  3MX5 A;  4FLV A;  1YTU A;  2YNF A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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