1YJWN

Crystal structure of quinupristin bound to the g2099a mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RIBOSOMAL RNA
publication title Structures of Mlsbk Antibiotics Bound to Mutated Large Ribosomal Subunits Provide a Structural Explanation for Resistance.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome/antibiotic
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yjwN00
2OTJN 3CCJN 4WFBL 5GADP 3G6EN 5DM7L 5GAGP 1YJ9N 3CF5L 2ZJRL 3J7ZO 5HL7L 3I56N 3CCEN 2ZJQL 4IOAL 1K73O 3CPWM 4IOCL 1Q86O 3PIOL 1KC8O 5H1SQ 1M90O 3CMAN 1YITN 3CCSN 1QVFM 5GAHP 5JVGL 4WFAL 1N8RO 1VQKN 1YJNN 2ZJPL 3CC4N 1VQ4N 1VQ5N 4IO9L 3G71N 1KQSM 3CCUN 1NJIO 1VQ9N 1VQNN 3OW2M 1S72N 1JJ2M 4WCEL 1VQON 3CXCM 5DM6L 1YIJN 1VQLN 2QA4N 1QVGM 1M1KO 3CD6N 1ILYA 5GAEP 1YJWN 3CC7N 3CC2N 1YI2N 3DLLL 1VQ8N 1VQ6N 2OTLN 3CCRN 1VQ7N 1OVYA 1W2BM 4WFNL 1Q82O 3CCQN 1Q81O 1Q7YO 3CCLN 1K9MO 1YHQN 3CMEN 3CCVN 3CCMN 2QEXN 5MLCQ 4UY8O 1KD1O 3PIPL 3G4SN 1K8AO 4U67L 3I55N 5JVHL 4WF9L 1VQPN 1VQMN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D0OA 2ASMA 1A5WA 4CEEA 1XHXA 4C23A 4DTOA 4FZYA 4F3OA 1OH6A 3W0LA 1SQKA 4GV6A 4CZFA 3GDQA 3WEEA 4X65K 2D0AA 2FF6A 2UYTA 1RTJA 3SV4A 1N33K 3M5RA 1CZAN 2Q31A 3MN9A 1S1UA 3NVMA 2OPQA 2E8AA 1M90O 3BP8A 3CMAN 3K9KA 2WBNA 4L8RB 2PZSA 3G71N 4PUOA 4HHTA 3TR8A 1F21A 3E01A 3QNOA 5LL6Z 1TK0A 4DFKA 1V4SA 1TL1A 3IS9A 4W5QA 2YHYA 3VESA 3K5LA 3HRGA 2O8CB 2RPIA 3V6DA 3CERA 1N6QA 3DOLA 4A61A 2E88A 3TU5A 3AO4A 3CC7N 3HZ6A 4CK2A 5AQJA 2Q1NA 1NBWA 3O9QA 4H4MA 4QAGA 1EO1A 3DRRA 2QWLA 4Z0UA 2WTUA 1BGXT 3NE6A 3RTVA 1UA1A 3L0QA 1D9FA 4OPKA 2HNYA 3KK2A 3TI0A 2HOEA 4DSEA 3KLGA 3ZSVA 1Q82O 1N5YA 4LF7K 5C2DA 3OYFA 1J9AA 2OZMA 3VGMA 5EVZA 2HMPA 3H3NO 3QIPA 5AR0A 4FOEA 5A2QO 3VA3A 1YTUA 1H1VA 1KD1O 1DGKN 2G8VA 2OCEA 3ZT3A 2O8BA 3DLRA 1HUXA 4DB3A 4IG3A 2GV9A 2W42A 2X74A 1S5JA 4DF8A 3PX4A 2P9UA 3HPGA 3VQ5A 3LM9A 3HT3A 3RMCA 4J8FA 1SAZA 2P9LB 4CHPA 5AQPA 3F73A 2O4GA 4IFYA 3CCJN 3ISNC 4PA1A 1NOYA 1W7AA 4YHHK 1RT5A 1Z05A 3J7ZO 3CFRA 4F4KA 5KRTA 3OYKA 3VQAA 4LY7A 4DSKA 3QEVA 4BRLA 3CPWM 4CJ7A 2UUBK 4CGFA 4MLHA 4KPYA 4AHUA 1TKTA 2ZD1A 1NG9A 4DQPA 3T1AA 2F9TA 1TV6A 3QDKA 4LFCK 2FLOA 2Q3SA 1VSDA 4CF1A 4DSFA 1WAFA 1HR0K 3D6RA 1L5UA 4N47A 4WCEL 4ZHRA 4BACA 5M1FA 2YNGA 4DV7K 2E2QA 3M8PA 2BE2A 4BR0A 3OS2A 3THVA 2FBYA 4R79A 5HRRA 4M3UA 4Q0BA 1XMOK 2F8SA 4BVOA 4B3TK 1VSJA 2HVHA 1BL3A 4W5NA 5J1EA 5AQSA 1K8KB 4FJKA 1C1AA 3ID8A 1X3MA 4DR3K 1JLFA 3OY9A 2G8UA 1J54A 1JLQA 4IG0A 4BE1A 3MEDA 4O8KA 2VGNA 3K57A 3DJCA 1BU6O 1VQ6N 4B08A 4JK8A 1C6VA 3CG7A 2QXFA 3OHRA 4BRNA 4CJEA 4O4GA 1JL2A 4NLBA 2AJQA 1NJWA 4NCGA 2YNIA 5JICA 2GUIA 1RBVA 1VHXA 4FLUA 1BQMA 1C0GA 3LP0A 1ZBIA 1OVYA 4HTLA 2ETJA 3SAFA 3VERA 5FROA 5FDLA 4E1MA 3H08A 1KVCA 1N32K 4A5AA 3HPHA 4DQQA 1FXXA 1K9MO 2LSNA 4DWIA 3CMEN 4W5RA 2E2OA 2P51A 4Y1DA 2CGLA 1NGJA 4FK2A 4JHDA 4KTQA 1JKHA 4IEEA 3LAKA 1T3VA 2AA4A 1K8AO 4YDUA 1HNXK 4IXCA 3SPZA 4MFBA 3SJHA 4DV6K 3DXMB 3P4IA 1UOCA 4CCHA 4DSLA 4FLZA 1HNWK 3AAQA 3LDNA 2YKMA 4M7XA 3LL3A 4ISEA 4MO5A 1E4FT 1T8EA 4CIEA 1LW2A 1KCFA 2QTDA 1LWCA 4EP4A 2VYPA 3THYA 3THXB 2G8KA 5C0YA 3AVIA 4HTUA 1EXQA 3ZEUB 3KD1E 4IOCL 1B9FA 4K42A 4AHTA 3PV8A 1SV5A 1BHLA 4H0TB 4LFAK 3EE8A 1BIUA 3E9LA 4NLCA 3L4IA 2G8IA 3KK1A 4FCYA 2WUSA 3C65A 3VTIA 3CJAA 3L2QA 3IRXA 1VQ4N 4B3MK 3RVCA 1G99A 4I9QA 3GE1A 5F2RA 3G25A 1VQNN 2YHAA 3OYLA 2UUCK 3SBTA 4YOWA 3WNEA 3CXCM 1VQON 3E9OA 3LM2A 4DU1A 5DM6L 2YJFA 4LSLA 4KBOA 2Y1IA 1QHAA 2A42A 2WC9A 3ID6A 5LY3A 4RW4A 3MECA 5GINA 3U3GA 1U49A 1RBSA 1S9GA 3EN9A 4FOIA 4ISFA 4K0KK 3O9RA 3CC2N 3FZKA 1QQMA 2ASPA 4MLEA 3DXKB 1VK0A 3G0ZA 4CI6A 5TKYA 1EETA 2OTLN 3KTQA 4BE2A 5HP1A 3D2EA 3E1YA 4E19A 1NNEA 3CFPA 4AHRA 1GLEG 3MCPA 1HYVA 3QEWA 4BC3A 3CM5A 1BCOA 3U4LA 3DLGA 3LWLA 1BUPA 1CXUA 4N76A 2VWKA 3NH2A 4KREA 1TYQB 4M3ZA 2PYLA 3AVCA 1NKCA 3RMDA 1T7PA 1NKEA 5BN8A 2D0CA 3NCIA 2O8DA 2QWOA 2E6MA 1XC3A 3ZSWA 2F9WA 4TSXA 1REVA 1BIZA 5T7BA 5DK5A 3KJVA 2P9NA 3KHYA 4BGBA 2VCPA 1HKGA 2HNZA 4E7HA 1NGAA 2RKIA 4YOUA 4DV3K 3AA3A 3AA4A 3QETA 5AZIB 1K73O 1XUPO 4NYFA 4FM1A 2O8EA 4G9ZA 1ATSA 1RT7A 5FPEA 2P9IA 4FWMA 3E66A 2KZMA 3DOKA 1BOTO 1WN7A 2XY6A 2A41A 4FJLA 5LMNK 1FJGK 2KFZA 5CYQA 3DYAA 4E7KA 4Z4IA 5KQDA 3OYHA 5I3UA 1GOBA 4LF8K 1M1KO 4JNEA 3FZMA 4ZTJA 2UUAK 1KLNA 4YNQA 4C8NA 4OGCA 3D2FA 4YOTA 1X9WA 1BI4A 3NVKA 5AQUA 3L4QA 1OKJA 3O3FA 2QXLA 3VGLA 2P9PB 3TAPA 3QEIA 4RTFD 3ZX2A 4B8CA 4BR5A 4WQ5C 4EIAA 2J4RA 3VTHA 1JCFA 3HSCA 1NK5A 4RW9A 3MN5A 4CJVA 1W9HA 1RDBA 4F9OA 4JEPA 3VEYA 4DR6K 2OANA 1CXQA 1GLLO 3K5NA 2HB5A 1RBTA 3CCMN 4V19S 4B9NA 1QQNA 1XI1A 4CBWA 3OJUA 3UKUA 3WXKA 2P1JA 3EYZA 2RN2A 3VQQA 3HOSA 1VQMN 2P9SB 3VMFB 5AQQA 3PY8A 2I5JA 3J8AA 3NGZA 3ULDA 3QEPA 5AQWA 2QW9A 4LD0A 4KKOA 1Z26A 1JLEA 5GAGP 5AZJA 3TTCA 3S9HA 1JL1A 4JI2K 3WXIA 3CIPA 4OKEA 1RDUA 4YFUA 2XY8A 1BWFO 4YORA 1OVQA 3VQ8A 4E7JA 2DFEA 4CZGA 4OPAA 2O8EB 3SQ2A 3TAQA 4H03B 2RE2A 4EHUA 3FZLA 3AARA 4JK9A 3TAEA 2Z1JA 3SNNA 4BWJA 3L2VA 4FPAA 4CEOA 4KI4A 5ADXH 4U7BA 4FJGA 5ADXA 1X9JA 4E1JA 4OO1J 3ALYA 4FLYA 1TK8A 2NRVA 1LAWA 3FZFA 4CFBA 4B1UB 4J2DA 2YKNA 4X64K 3TANA 1X9SA 3AVJA 4IJAA 2FC0A 3O4QA 1ATRA 5M1KA 1BG3A 3K58A 5AQIA 3SBGA 2YHBA 3G10A 2NRHA 4Z4CA 1Q18A 3ZSOA 1WSEA 5CHIA 3P83D 1ZBFA 2QWPA 4AHCA 4A59A 4Z4FA 3DLEA 3S41A 4DMNA 4DQSA 3FZHA 3KD5E 4KHWA 2CGJA 5BPLA 4BRKA 2BH1A 4O0JA 4K43A 1VQ7N 1YTAA 3KLEA 1RGIA 4HUGA 2O8CA 2E20A 1YHQN 3AVLA 2X6NA 4JS5A 1ASWA 3WQTA 1QSLA 2PBDA 1L3TA 2ITGA 1C0TA 2A1SA 3AO2A 3A5LC 5JVHL 3SCXA 1C0UA 4C8LA 3VQDA 4JLHA 1GLAG 4CIFA 1RILA 4BRAA 5AQZA 2FBXA 3M8QA 3VEVA 4IWVA 3PX6A 3D7EO 3C0BA 2IVOA 1JLGA 4DV2K 4BC5A 3QB0A 3KIOA 4XH4A 3SMSA 3M8SA 3NBPA 1Z25A 2F4VK 3NMUA 4B1ZA 4DU3A 3PIOL 2V52B 1GOAA 1NGEA 4MQ3A 3T3FA 4EZ6A 3O9UA 1QVFM 4H5VA 1YUWA 2BTFA 2P9LA 3CPEA 4BG8A 4CJKA 3QEXA 1N8RO 1O1WA 3TSPA 3I33A 3H3OB 1SL2A 4X62K 3HOTA 2Z1IA 1EX4A 5HLFA 1NJIO 1EQYA 1NK4A 4KH6A 5LMUK 2DFFA 3R6MA 4DKWA 3V9SA 3EZ5A 4CECA 4JI4K 1OH8A 3QBWA 1WAJA 5C42A 3LP2A 3T7ZA 2FSJA 4AQYK 4BRPA 4BVPA 4DTPA 4JI3K 3OJSA 3T19A 2A1RA 4EAHD 3J7AP 3R3LA 2KHOA 4BRFA 4KHUA 1ZBHA 1SUQA 4ILHA 2P5OA 4GVEA 4PHTX 2A5XA 1U45A 3D45A 2ATQA 1TGOA 4XH5A 3AA5X 4IEIA 3H46O 4XH1A 5FRMA 5JMVA 1VAZA 3VETA 4YY3K 5GIPA 3U9DA 4JKGB 4KB1A 3O3HA 4JI5K 2UXCK 2V7YA 3CI5A 3M1FA 3JS6A 2NRWA 1NGFA 3ZT4A 3K2PA 1K8KA 3ENOA 3LZIA 5CZ2A 3CCVN 1XNRK 4CZHA 3WNFA 5IWAK 1IBMK 4FYDA 4O55A 5BRHA 3RSEB 2WONA 3AVHA 4IDHA 1HYZA 2B5JA 1VQPN 3S3MA 4KHQA 3TSQA 1HLUA 4K8ZA 3BGRA 4LC9B 4H0XB 4WFBL 1WOQA 2ASOA 3J80O 1HPZA 3A5MC 3MAQA 1J53A 3RMBA 4JRPA 4CD1A 1J5OA 3CCEN 3U3YA 1CZ9A 4CVNE 4B9SA 3TWHA 2D5RA 4CEZA 1WB9A 2W6KA 2Z1GA 5BPMA 4QS8A 3BZKA 4CJRA 4DFJA 3DXMA 4IKFA 2HHSA 3HVRA 2BUPA 4WFAL 3KVGA 2F96A 2YHXA 3FE1A 1ATNA 3FFIA 2Q0RA 3IAYA 5HOOA 3KK3A 3BY5A 4DTNA 2HVIA 1WLJA 3THXA 5HRPA 3ZEUA 4CJLA 1YIJN 1VSEA 1VQLN 1NU0A 1D4XA 4AM6A 3NF8A 1VSHA 4B3SK 1T6CA 4BRIA 2KFNA 4LF6K 1IKXA 4CFAA 4XEIA 3NDKA 3IFRA 3NF6A 4KO0A 2VQEK 4JD2B 3SQ4A 1JLBA 2JLEA 3V81A 4M42A 3ASMA 2Q97A 3TAMA 3HM9A 1JXBA 3U9ZA 2FF3B 1NMDA 2YNHA 4LF5K 3VA0A 3P5JA 3OYEA 1SZ2A 1U47A 4ZTFA 3O1WA 1QQOA 1YVNA 4IO8A 3O9TA 3OS0A 3DLBA 1Z6RA 3OYDA 4NO7A 2HHHK 4H5WA 5FPNA 3KWIA 3ZYYX 1ZBLA 4PY5A 3MEEA 3DXKA 3C7NB 2OPRA 3TAGA 4U67L 3EKSA 3NHGA 1UA0A 2FBVA 3SUQA 1C1CA 4OKKA 1Q9XA 5M1NA 3QNNA 1ASVA 3S3OA 2P5GA 1ZXOA 3F9MA 3EO3A 1FW6A 1V4TA 4H0YB 5BREA 2VQFK 4RW8A 1LAVA 4FM2A 5DM7L 1RT4A 3LDOA 3A5OC 3ZSYA 3F9KA 3M8RA 3MMVA 3LDQA 1TYQA 3PX0A 3PSFA 4BR4A 3VQEA 3O5BA 4BR7A 3C6HA 4KHSA 5KTQA 3BF1A 3OYMA 3SQ0A 3CFOA 3OYBA 1IG9A 3LP1A 1SKRA 4CJQA 4RWTA 3OS1A 2RF2A 1NGCA 4DR5K 3RWUA 3UKRB 1NOZA 4GW6A 4CIGA 4EZ9A 4FK0A 4BRDA 1NLVA 3I0RA 5JLHA 5SZTA 4ID1A 3ZSXA 1NJYA 3OW2M 2FXUA 3B8AX 4WQ4A 4KHPK 1TUYA 2GWKA 5AZIA 2IS3A 3R8EA 3NH0A 4BROA 4I6MB 4BRMA 3VEOA 2X78A 4E0DA 2RHKA 1EP4A 2ZWHA 5AQYA 3UB5A 3UIQA 4FPBA 5LJWA 3OTOK 3CJBA 1JXEA 3JYTA 3V9XA 1YI2N 1XMQK 2KW4A 3O1BA 3EY1A 4BREA 4CZLA 5HRNA 1D5AA 3KWGA 2IC3A 3VQ6A 3DMJA 3RMAA 2CH6A 2VG5A 4FM0A 4JKFA 1VSLA 4OPHA 3CHWA 1LWFA 4CJWA 5I42A 3OVNA 1T44A 2HW3A 3P1GA 3HTVA 1HJRA 4N41A 5BRDA 3TTFA 5AQTA 4O44A 4C8MA 3ZX3A 1X1PA 1D8YA 4FZZA 1GLFO 4CE9A 2G8HA 1TUUA 3SK3A 4BE0A 4M3WA 4UY8O 4DV0K 3C6UA 2P9PA 3G4SN 4JKEA 4G1QA 2E5LK 4PKGA 3I55N 1DKGD 1EKEA 2OTJN 4FJHA 1B9DA 3I8DA 2HNDA 3LZJA 3ZSRA 3WUHA 1VSFA 3H45C 1LOTB 4CHYA 3VF4A 2Y1JA 4GV9A 5ELZA 3VQCA 4JYAK 4QOZB 2VG7A 1RTHA 4CF0A 1GLDG 1HMVA 4IOAL 3WXJA 2ZF5O 4DR2K 4CGJA 2IAJA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2OTJ N;  3CCJ N;  4WFB L;  5GAD P;  3G6E N;  5DM7 L;  5GAG P;  1YJ9 N;  3CF5 L;  2ZJR L;  3J7Z O;  5HL7 L;  3I56 N;  3CCE N;  2ZJQ L;  4IOA L;  1K73 O;  3CPW M;  4IOC L;  1Q86 O;  3PIO L;  1KC8 O;  5H1S Q;  1M90 O;  3CMA N;  1YIT N;  3CCS N;  1QVF M;  5GAH P;  5JVG L;  4WFA L;  1N8R O;  1VQK N;  1YJN N;  2ZJP L;  3CC4 N;  1VQ4 N;  1VQ5 N;  4IO9 L;  3G71 N;  1KQS M;  3CCU N;  1NJI O;  1VQ9 N;  1VQN N;  3OW2 M;  1S72 N;  1JJ2 M;  4WCE L;  1VQO N;  3CXC M;  5DM6 L;  1YIJ N;  1VQL N;  2QA4 N;  1QVG M;  1M1K O;  3CD6 N;  1ILY A;  5GAE P;  1YJW N;  3CC7 N;  3CC2 N;  1YI2 N;  3DLL L;  1VQ8 N;  1VQ6 N;  2OTL N;  3CCR N;  1VQ7 N;  1OVY A;  1W2B M;  4WFN L;  1Q82 O;  3CCQ N;  1Q81 O;  1Q7Y O;  3CCL N;  1K9M O;  1YHQ N;  3CME N;  3CCV N;  3CCM N;  2QEX N;  5MLC Q;  4UY8 O;  1KD1 O;  3PIP L;  3G4S N;  1K8A O;  4U67 L;  3I55 N;  5JVH L;  4WF9 L;  1VQP N;  1VQM N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2D0O A;  2ASM A;  1A5W A;  4CEE A;  1XHX A;  4C23 A;  4DTO A;  4FZY A;  4F3O A;  1OH6 A;  3W0L A;  1SQK A;  4GV6 A;  4CZF A;  3GDQ A;  3WEE A;  4X65 K;  2D0A A;  2FF6 A;  2UYT A;  1RTJ A;  3SV4 A;  1N33 K;  3M5R A;  1CZA N;  2Q31 A;  3MN9 A;  1S1U A;  3NVM A;  2OPQ A;  2E8A A;  1M90 O;  3BP8 A;  3CMA N;  3K9K A;  2WBN A;  4L8R B;  2PZS A;  3G71 N;  4PUO A;  4HHT A;  3TR8 A;  1F21 A;  3E01 A;  3QNO A;  5LL6 Z;  1TK0 A;  4DFK A;  1V4S A;  1TL1 A;  3IS9 A;  4W5Q A;  2YHY A;  3VES A;  3K5L A;  3HRG A;  2O8C B;  2RPI A;  3V6D A;  3CER A;  1N6Q A;  3DOL A;  4A61 A;  2E88 A;  3TU5 A;  3AO4 A;  3CC7 N;  3HZ6 A;  4CK2 A;  5AQJ A;  2Q1N A;  1NBW A;  3O9Q A;  4H4M A;  4QAG A;  1EO1 A;  3DRR A;  2QWL A;  4Z0U A;  2WTU A;  1BGX T;  3NE6 A;  3RTV A;  1UA1 A;  3L0Q A;  1D9F A;  4OPK A;  2HNY A;  3KK2 A;  3TI0 A;  2HOE A;  4DSE A;  3KLG A;  3ZSV A;  1Q82 O;  1N5Y A;  4LF7 K;  5C2D A;  3OYF A;  1J9A A;  2OZM A;  3VGM A;  5EVZ A;  2HMP A;  3H3N O;  3QIP A;  5AR0 A;  4FOE A;  5A2Q O;  3VA3 A;  1YTU A;  1H1V A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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