3ZSOA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQT'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
source organism Human immunodeficiency virus
molecule tags Transferase
total genus 56
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-06-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zsoA00
4L8RB 1W9HA 4I2QA 1YVUA 4NCAA 3HXMA 4KRFA 3DM2A 2X78A 3CM6A 3NF7A 4CFDA 2B6AA 1U49A 2NUBA 3CQ8A 3C6UA 3WNGA 1RT3A 2RF2A 4RW8A 2PYLA 1TAQA 4CJSA 1TV6A 1NKCA 4AHSA 3A2FA 4LD0A 4R5PA 1KVBA 3PV8A 4EZ9A 4Z0UA 3K5NA 4F2RA 1ASVA 3QNNA 4ICLA 1NKEA 3K5MA 4FZYA 2WOMA 3QIOA 2HNDA 3AO1A 3SQ0A 1LV5A 4CHYA 1S1UA 3CFPA 1NK9A 3OYDA 3BGRA 3P1GA 3OYIA 1SL0A 3VQBA 4CJKA 4JRPA 4M3UA 2VG7A 1EP4A 2YNGA 3OY9A 1U4BA 1U45A 1SKRA 3TAGA 1N6QA 3PO4A 2OPQA 1TL3A 3SQ2A 1L3SA 4Q5VA 1A5WA 1K6YA 4CK1A 3ZCMA 4DSEA 1I39A 4FM0A 1X9WA 3G0ZA 2A1RA 3ZSZA 3OVNA 3ZT0A 2F96A 1HYVA 1TKXA 5I42A 1NK7A 4Y1CA 1D9FA 1KFSA 4PWDA 3KLEA 1YT3A 4NYNA 3NE6A 3HPGA 4KTWA 3U3GA 1REVA 4FJNA 2EHGA 4AHUA 4DU1A 4FXDA 1LWFA 4E7JA 1ASWA 4CEBA 1KTQA 1Q9YA 1J9AA 4IFYA 3O4QA 4M41A 3ZSWA 4TSXA 2OPSA 1BQNA 3O3HA 4DTRA 3MXIA 4W5TA 3D0PA 3KK3A 5FRNA 2RPIA 3V4IA 4C8MA 4C8OA 1HQEA 2YNIA 3HVTA 1LAWA 3EYZA 4CF8A 1D8YA 4FJIA 1GOAA 4OPKA 3V9ZA 3PO5A 3LPUA 4OGCA 3F73A 3SJJA 4O44A 1T03A 4CK2A 3C95A 3QEVA 3OJSA 3LANA 3T19A 3LDSA 1D9DA 3VN5A 1JLGA 1VSEA 4J2BA 1NK6A 4HUFA 4PUOA 5HBMA 2A1SA 3HT3A 2HHSA 4N76A 3RR7A 4DLGA 4DSJA 1VRTA 4FZXC 1BCMA 3V1OA 4CECA 4KHSA 1JLBA 3KTQA 2ITGA 4Z4EA 3AVAA 3NGYA 4Z4HA 2YKMA 4HCCA 1C6VA 1TVRA 1ZBIA 4FCYA 3NBPA 4DQIA 4K8XA 1IKWA 1VSDA 3SUOA 1SUQA 4H4MA 3V1RA 3KK2A 1SL1A 4J2DA 3DLEA 3H08A 4JS5A 4IBNA 3VQ5A 1RCHA 3TR8A 4CHNA 4DTPA 5J2PA 3BDPA 5FRMA 3AVFA 2IAJA 2I5JA 4BWMA 1HNVA 4CIFA 4F4KA 3LAKA 4CJ3A 5J2MA 3ZSVA 3LP3A 1RDDA 4AHTA 1VSHA 2PZSA 2PYJA 4KAZA 1L3UA 4FK4A 2E6MA 2RKIA 3P83D 3AA3A 5HP1A 3SQ1A 4CE9A 3L3VA 4ID1A 5KTQA 3D45A 3RR8A 4KV8A 4CGGA 2FBXA 4DF4A 4E7IA 4DSLA 1BI4A 4DU3A 1RBTA 3VQDA 4ID5A 1ZBFA 4AHVA 4DQSA 4Z4CA 3K58A 3ZSYA 4CJEA 4N56A 4DFMA 4N47A 1U48A 3HYFA 1J54A 1KVAA 4H4OA 3V9XA 3VA3A 1QTMA 2QK9A 2HHWA 4CGIA 3QERA 1TL1A 3AO4A 1HYSA 3TARA 3NF8A 2G8KA 4FJ7A 1CZ9A 4DMNA 3AV9A 5CY4A 4B9TA 1DLOA 4BACA 4OKJA 1RTIA 3LZJA 3HPOA 2P51A 4EP4A 3L2QA 4HTUA 3SPYA 3VQQA 2G8UA 4B9SA 3NDKA 4B8AB 4E19A 2G8VA 2Z1GA 3IRXA 4AHRA 3U3YA 3S3MA 4C8LA 3E01A 2HHXA 4BDZA 4IDKA 5J2QA 4I7FA 3LPTA 3I0RA 4CJQA 4CEZA 1JL1A 2XY7A 4FJHA 5KRTA 3QLHA 3L2UA 3TAEA 3AVJA 1X9MA 3KD5E 1C1CA 4CF0A 1J5OA 1S9EA 2DFEA 2XY5A 4EZ6A 5HROA 3C94A 3AO2A 4W5OA 5HRSA 4FYDA 1BQMA 5CZ1A 3OYMA 2OPRA 1J53A 3VQPA 4CJRA 3DOKA 4HVJA 4IFVA 1WAJA 3ALYA 3VQAA 3ZSRA 4CEDA 4OKKA 1WSIA 3TABA 1UWBA 1BIUA 1QSSA 1NK8A 1RILA 1RBRA 2HNYA 3KLIA 3I0SA 3PX0A 4W5QA 4B9UA 2YKNA 3HPHA 1SKWA 3G10A 4OJRA 3OS2A 2BE2A 3DLKA 4RW6A 4LY7A 2O4IA 1IKYA 2D0CA 1GOCA 4C8KA 1WSGA 2Z1IA 3OYHA 3OJUA 4Y1DA 4OPJA 3V9WA 3ZT1A 2OYQA 4OLBA 1MU2A 4DTSA 3SCXA 4M3XA 1NJYA 3V9UA 1C1AA 4E7HA 1FXXA 3NH0A 1HPZA 3VA0A 4DTUA 4CJUA 2DY4A 3K5OA 4CJPA 4M3ZA 1A5VA 3ZSOA 4FW2A 3T1AA 2ZD1A 3SV3A 3L3UA 1YTUA 3P5JA 3AVIA 1G15A 1LWCA 4M42A 3RTVA 1RBSA 2Z1HA 4FZZA 3AA5X 4OVLA 1WSHA 4CHPA 4FW1A 3LALA 4DWIA 4JLHA 4BE2A 3V9SA 2KFNA 1U04A 1VSJA 3SPZA 3QEXA 3RRGA 4PQUA 2X6SA 1QQCA 3TAPA 1GOBA 3PUFA 1KLNA 3KK1A 1ITGA 4J2EA 5C42A 1DTTA 3SZ2A 4FJMA 4M3YA 1C0TA 4CJLA 4GMJB 2KFZA 1CLQA 3AVMA 1QS4A 3OYEA 1TKTA 1KSPA 3IAYA 4UQGA 3WNFA 4C8NA 4BDYA 1JLCA 2F8SA 3QO9A 5FROA 2Q3SA 4FJJA 2HHVA 1HQUA 2YHAA 3QIPA 4M45A 3OYKA 4DU4A 5EU7A 3SUQA 3AO3A 4Z4IA 4W5NA 4O55A 4IG3A 4GW6A 3CFOA 4JS4A 4FK0A 2DFHA 3QESA 4Z4FA 2YNHA 4Q0BA 2D0AA 1WN7A 2YHBA 3KIOA 3ISNC 2XO7A 5J2NA 3ASMA 4E1NA 2QKKA 1D5AA 3OYAA 3UIQA 4CESA 4DFKA 5J1EA 1RTDA 3TI0A 2QXFA 3DRRA 4G1QA 4MFBA 5CYQA 4M3TA 3VQ9A 3LP2A 4FJKA 2LSNA 3VQ8A 1Z26A 3O4NA 2G8WA 3HP9A 4YFUA 3PY8A 2XY6A 2QKBA 1S1WA 1VSMA 4FJXA 2FC0A 1BIZA 1B92A 3L2RA 2HMIA 4FLTA 1RTJA 2KZZA 3IG1A 1L3VA 1RT6A 2OA8A 1WNSA 3AO5A 1BHLA 3I8DA 4CHZA 4DTNA 2VWJA 4QCLA 1JXBA 3OYNA 1LW0A 3KLGA 4DLEA 1RBUA 2FBYA 1ZYQA 3DLHA 1S1VA 3ITHA 3VQ7A 3TAFA 1Y97A 3DRSA 3ZT2A 3RMBA 4LSNA 3DI6A 1XHZA 4BDPA 1CXQA 2VG6A 4E89A 1KVCA 4CIGA 4YNQA 3WNHA 4DFPA 2D5RA 2BDPA 3TAMA 1Q8IA 1XWLA 2O4GA 2HNZA 2R7YA 3M8RA 5C24A 1Q9XA 5D3GA 1T7PA 2X6NA 3V6DA 4NCGA 1VRUA 1UOCA 3T3FA 4W5RA 1I3AA 1VSLA 4F2SA 3VQEA 1WSJA 3EY1A 4E3SA 3HO1A 3V81A 1RTHA 1VK0A 3CFRA 1IO2A 4I2PA 2ATQA 4RW7A 5SWMA 1RT5A 4CCHA 2OZSA 3NGIA 4B9MA 4KHUA 3JSMA 3DYAA 3MECA 1SV5A 4EP5A 4B9NA 4B08A 4FJGA 1T8EA 2HVHA 4FVMA 4DSIA 4CK3A 1KCFA 5CYMA 1EKEA 4WE1A 5KGXA 4O5BA 3LAMA 1T05A 3DLRA 3NCIA 4BWJA 1ZBUA 1Z25A 2B4JA 1JKHA 3DOLA 1S1XA 4ZTJA 4FK2A 1N5YA 3AA2A 3RRHA 2P1JA 2HHQA 3F9KA 3DLBA 3QEWA 4DSKA 1NK0A 3VQ4A 4I9LA 4E7KA 4BE0A 3AVLA 3DMJA 4CJVA 2IGIA 3CG7A 4KI6A 3AVCA 4KTZA 4DQPA 1F21A 5HRPA 4KHQA 3AVHA 1IKXA 1ZBHA 3ZSQA 1BISA 3HK2A 2JGUA 2YNFA 4AILC 2X74A 3TANA 4ELTA 2G8IA 5HRRA 1UAXA 3K59A 1RT2A 4Z4GA 1TGOA 3C6TA 3NF6A 3MEDA 1QHTA 1SL2A 5DMRA 3MAQA 4DF8A 1TKZA 2BGGA 1RBVA 3PX4A 1JLQA 4FLVA 4KB1A 4MQ3A 3HJFA 4KHWA 1EX4A 4KB0A 3ZT4A 2ETJA 1NJZA 2HB5A 2IS3A 4CFAA 1IH7A 3SUNA 1HMVA 2P5OA 4O0JA 5JS2A 2GUIA 1S1TA 4CJ5A 4B9VA 3NFAA 4CERA 4CIEA 4FJ5A 3O3FA 3M8SA 4LSLA 1RDAA 3AVGA 4CF1A 3NH1A 4DSFA 2XY8A 3CYMA 3KLHA 4ELVA 2HVIA 2HHUA 3PX6A 1ZBLA 3HP6A 1QE1A 2D0BA 3B6OA 1UA1A 1HNIA 2ZE2A 1JLFA 1X1PA 1TK5A 4QOZB 1TK0A 1WAFA 2PY5A 4CHOA 3NHGA 2DTUA 1XC9A 3HM9A 1EETA 1RDCA 2KW4A 4NYFA 4KREA 3RMAA 4I9QA 4M3WA 4HCBA 1C1BA 4OKEA 4KHYA 5KI6A 4GVMA 3LWLA 3OYGA 4OLAA 2Y1IA 4H8KA 4PY5A 1S5JA 3S3NA 2G8HA 4KKOA 3RMCA 2KZMA 1RDBA 4DQQA 4BE1A 4M3RA 4CGDA 5SZTA 4F8RA 4KPYA 3RMDA 5HLFA 2WONA 4CHQA 4CJFA 4ELUA 1JL2A 2KQ2A 1LW2A 4RW9A 4CFBA 1LWEA 4KO0A 5KGWA 1JXEA 1EXQA 2BANA 4DTMA 4FM1A 1IKVA 1HRHA 4DG1A 1NKBA 4CF2A 3JYTA 4O4GA 4IKFA 4E1MA 1R0AA 2GV9A 4LH5A 1SKSA 5CZ2A 4FLXA 1XI1A 4K8ZA 3WNEA 3O3GA 5JS1A 2W42A 3LP0A 3S3OA 3OS0A 1BCOA 3VQCA 1B9FA 3ZSXA 1YTAA 3V1QA 1CXUA 3ZT3A 4N41A 3AVKA 3KKRA 4E0DA 4XIUA 1L3TA 1L5UA 5C25A 2ZQBA 1TAUA 1KLMA 3FFIA 1CZBA 1VSKA 1XHXA 3DLGA 1BL3A 1HJRA 4FJ9A 4DTXA 3OYJA 3SNNA 2XRIA 3MEGA 3OYCA 2EX3A 4CF9A 1NJWA 2DFFA 4HUGA 4OGEA 4CEAA 3AVBA 4HUEA 2KTQA 3LP1A 2E6LA 4HHTA 3ULDA 1VSIA 1C0MA 5K14A 4CFCA 3NGZA 5I3UA 2G8FA 4FJ8A 4RG8A 3OYFA 3SV4A 4B3OA 2OZMA 4AH9A 1NJXA 1RT1A 2IDOA 1QSLA 1HYZA 1O1WA 1A5XA 3HSTB 2RN2A 2VWKA 3NAEA 1S9GA 3LWMA 1KFDA 1RT4A 4AHCA 4CJ4A 3KJVA 1LAVA 4FLYA 4LH4A 4CEQA 4FLUA 3SQ4A 3TWHA 1UA0A 1NK4A 2AJQA 3OYBA 3HVRA 3NF9A 1FK9A 3THVA 1S6PA 1BGXT 3LZIA 3HL8A 1BI4B 1JLAA 4DS5A 2B5JA 1FKOA 5DK5A 4DTOA 4KFBA 3NH2A 1NK5A 5HRNA 4NCBA 1RT7A 1VSFA 5T7BA 3TAQA 4F3TA 1NOZA 3QEPA 4FM2A 3K57A 3SI6A 2E4LA 4FJLA 1WSEA 3KLFA 4B8CA 4CEFA 3DRPA 3MEEA 3MXMA 2YV0X 4CJWA 4DS4A 1IG9A 4F3OA 4KHNA 3MXJA 4IG0A 4ZHRA 3L2VA 4RW4A 3L2WA 4ZTFA 3RWUA 3OYLA 4KI4A 4CGFA 3L8BA 1C0UA 3CM5A 1NOYA 1ASUA 1RNHA 1W0HA 3QNOA 3U6FA 1TKDA 3K5LA 4CGHA 3VQ6A 4CJTA 4CEOA 3EZ5A 4JRQA 3KKSA 3S9HA 1X9SA 2F8TA 2XHBA 3SYZA 4B9LA 3B6PA 2Y1JA 4O0IA 2JLEA 2OPPA 3K2PA 2P5GA 1FKPA 3QETA 1U47A 4E7LA 3IS9A 4DQRA 1TK8A 5KRSA 3SUPA 2IOCA 1DTQA 2HHTA 1WSFA 5FDLA 3QINA 4DFJA 2IC3A 4CEEA 4CGJA 5E41A 4FLZA 3QEIA 3OS1A 1JLEA 2GBZA 3AA4A 3M8QA 4PA1A 4DTJA 4KTQA 2HW3A 1WLJA 3AVNA 2VG5A 3M8PA 2FBVA 3KD1E 4FLWA 1S6QA 2Z1JA 4QAGA 4J2AA 1QSYA 2FBTA 1B9DA 1KRPA 4N5SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4L8RB 1W9HA 4I2QA 1YVUA 4KRFA 2A42A 3HXMA 2ZJQL 1XNQK 2X78A 3VEVA 3CQ8A 4RW8A 3PSIA 1HPMA 4DUZK 3PV8A 1KVBA 2IVNA 4FZYA 2HNDA 1LV5A 4CHYA 3OYDA 4CZIA 3HOSA 2Q31A 4CJKA 2YNGA 2OCEA 2E88A 3TAGA 3GDQA 3AAQA 3SQ2A 4R79A 5BPNA 4Q5VA 4DSEA 4JKGB 4XH4A 3ZT0A 5I42A 1NK7A 5LMNK 3NMUA 2QXLA 4KTWA 1EWQA 1BA1A 4DU1A 3HTVA 4E7JA 5AZIB 1Q9YA 2O8FB 4Y0WA 1DT9A 5LMUK 4TSXA 3O3HA 4W5TA 1HNXK 2RPIA 1YJWN 4ILHA 3FZLA 4FWMA 1D8YA 5AQIA 3A5OC 4LFAK 1GOAA 3PO5A 3F73A 3SJJA 3DJCA 4B1ZA 3LM9A 3W0LA 5EVZA 1T03A 3HBTA 3QEVA 4IXCA 2KHOA 3LANA 3LDSA 1NK6A 4HUFA 2A1SA 2KLAA 2YX6A 4DLGA 3CERA 3ENHA 4FZXC 3V1OA 4KHSA 1VQNN 5LJVA 3THYB 3NGYA 1Q81O 2YKMA 1TVRA 4LF7K 1HNWK 3CC4N 3CPEA 1IKWA 1VSDA 4J2DA 3H08A 4JS5A 4IBNA 3BY5A 3TR8A 3GBTA 4G9ZA 2I5JA 4BWMA 3JAMO 4CJ3A 3LP3A 1RDDA 4AHTA 1OH5A 4B3MK 4HTLA 3VETA 2PZSA 2HHHK 4FK4A 4PKGA 3I55N 2VWBA 5AQGA 4B3TK 4CGGA 2FBXA 3UKUB 1BI4A 3HM8A 1P8ZA 2QEXN 3ZSYA 3EO3A 1OH8A 1J54A 2QK9A 3QERA 5HL7L 1KD1O 4JKBA 3VEOA 2VYPA 3NF8A 1N32K 3UE5A 4DMNA 3AV9A 3SPYA 2P51A 4M7YA 3L2QA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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