3ZSOA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 56
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-06-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zsoA00
2YNGA 2OA8A 4M3WA 2A1SA 2Z1HA 3RR8A 3OYCA 4DTNA 1JKHA 3OY9A 1Q8IA 1UOCA 1REVA 2OPRA 4O55A 4JRQA 3KJVA 4BACA 4FCYA 1U49A 1QSYA 4KHUA 4Z4GA 3ZT1A 4IG3A 4DSKA 4CJPA 4CJTA 3QINA 3AVIA 2QKKA 1T8EA 1KFDA 2YHBA 3TARA 3HP9A 1HNVA 4Z0UA 4KPYA 1RBVA 4CJUA 1L3UA 2X74A 3PO5A 2RPIA 3DLBA 1CLQA 3RRHA 2G8UA 4LD0A 4E89A 3SZ2A 1XC9A 2HHSA 4FJXA 1BI4A 1S9GA 1WSGA 4FJJA 3K5NA 1HRHA 3SPZA 1EX4A 1SL2A 3RR7A 2E4LA 1C0TA 2OZMA 1RTHA 4KAZA 4FZYA 5D3GA 1BIZA 2KZZA 3AO5A 3PX6A 1S1VA 3AVFA 4CERA 3PV8A 4NYFA 1S1TA 1RT7A 4CEEA 3C95A 1NJXA 4W5NA 1JL2A 3WNHA 3OYJA 4FJ5A 1QHTA 1WAFA 1U45A 1IKVA 3AVNA 3P1GA 1FK9A 2G8FA 4C8LA 3H08A 2QKBA 5JS2A 3F73A 4CK3A 3HO1A 1HYSA 3FFIA 1B9DA 2HVHA 1TK0A 4ICLA 4FZXC 4HUGA 1S1XA 4HVJA 1GOCA 3SI6A 2E6MA 4KFBA 3OYBA 5KRSA 3V9UA 3OYGA 3OYMA 4I2PA 3LWLA 3CFOA 3I8DA 1CZ9A 1VK0A 1WSHA 4DFJA 2YV0X 2WONA 1S1WA 3HM9A 2X6SA 4CECA 2XY5A 4FLWA 1NK5A 1YVUA 3NF8A 1WLJA 1T05A 1D9FA 1YTAA 4B9VA 3DLRA 1ZBHA 4W5TA 1VSJA 3T1AA 3O4NA 3O4QA 1WSEA 1JLCA 2OPQA 4DQSA 4H4MA 2YHAA 1RT3A 5C25A 1JLAA 4PWDA 3LP3A 3EYZA 3QNNA 3V1OA 3CQ8A 2YKNA 3L3VA 2HMIA 3V4IA 4DQQA 1C0UA 3ZT0A 3VQCA 2BDPA 3DLHA 3NH1A 1TKZA 3LDSA 4B8AB 4DSEA 4RW4A 3HSTB 3I0SA 4ID5A 2DFFA 3OS1A 3OYIA 3NDKA 4CGIA 3NE6A 4KTZA 4CFCA 4J2EA 1HNIA 2GV9A 4CGDA 5FRNA 3ULDA 4CJ5A 5CYQA 4F2RA 2HB5A 3G0ZA 2IC3A 4EZ6A 2XO7A 3SJJA 5KGXA 4DF4A 1SV5A 2VG5A 1GOAA 4BE2A 4OGEA 1VSDA 4Z4CA 3AA3A 3NFAA 3TAPA 1X9WA 1Q9XA 1G15A 2QXFA 4LSNA 3KKSA 4OKKA 1VSIA 4E7KA 3QERA 2KQ2A 3HXMA 1LWFA 3SQ2A 3G10A 4CGJA 4J2BA 4B9MA 4DG1A 1NKEA 1Z25A 4FLYA 4OJRA 4M3RA 2EX3A 1HYZA 3ZSOA 3HPOA 4RW6A 3ZSVA 2G8KA 5T7BA 1X1PA 4IDKA 4L8RB 4AILC 4FZZA 3SCXA 1YTUA 3VQ8A 3C6UA 3DOLA 1TK5A 3QIPA 1CXQA 5HBMA 4FJLA 3PY8A 5HP1A 4FJ7A 4LH5A 4DLGA 4N5SA 3NGZA 3O3GA 3DRRA 4FYDA 3HJFA 2HNZA 3KKRA 4Y1DA 4CFBA 2R7YA 1RTIA 1WSJA 4DF8A 2XY6A 4E1MA 3VQ7A 3KK2A 3KLEA 1SL0A 4IFVA 1NK9A 4DU4A 1WSFA 4LH4A 4I2QA 4E7HA 3AVBA 4CCHA 2Z1JA 3RRGA 2HHTA 4CGFA 5C42A 1I3AA 4NCGA 2VG7A 4CJ3A 4W5RA 3LWMA 3NCIA 1C1BA 3VA3A 4N56A 4FK2A 1RT5A 4CEFA 4DSJA 1IKWA 1DTQA 4E19A 1KSPA 4M3XA 2DY4A 4BDPA 4CJRA 2IDOA 3D0PA 1WNSA 4E7JA 1R0AA 4W5OA 2PYJA 2GBZA 2I5JA 4B9TA 2DTUA 2G8VA 4BDZA 2D0AA 3MAQA 4DTOA 3KLHA 1SKRA 4DS5A 1RNHA 3KLGA 1NJYA 1K6YA 3LP2A 2AJQA 1C1AA 1A5VA 1XHZA 2F96A 4FK0A 4KV8A 3O3FA 3HVTA 4ID1A 2F8SA 3NBPA 4FLUA 3QNOA 2HHVA 3TAFA 3OYAA 3AV9A 3TANA 3TAMA 5I42A 2HVIA 3V81A 3L8BA 3AO4A 4JS5A 1TAUA 1RTJA 3ZT3A 4OKEA 4JRPA 2DFEA 3WNGA 2O4IA 4FJIA 3VN5A 3L3UA 3K5OA 4GMJB 4LY7A 4CEOA 3LZJA 4JS4A 1S6QA 3SNNA 3IAYA 4K8ZA 4I9QA 2YNHA 3ZSZA 4Z4EA 2IOCA 4CHQA 1EETA 2Z1IA 1ASWA 1HMVA 4KKOA 4I7FA 1RT2A 4JLHA 4Q5VA 3QEXA 4R5PA 1U48A 1KTQA 4B9LA 2W42A 1JXBA 4KHQA 1ZYQA 1L3TA 4KTQA 1XWLA 4FLVA 1CZBA 4E0DA 5HROA 4MFBA 3RTVA 3K59A 1SUQA 3ALYA 1KCFA 2NUBA 3SQ4A 3OYHA 1ZBIA 4CE9A 3AVMA 4N47A 3NGIA 1QTMA 4E3SA 4GW6A 4IKFA 4M3YA 2HW3A 3AO1A 1BHLA 1A5WA 5E41A 4CF1A 1BQMA 1RCHA 1VSKA 3TI0A 1RDDA 4HTUA 1DTTA 1RT1A 3KLFA 4M41A 4NYNA 4FJHA 4DWIA 3ITHA 2KTQA 3VQPA 1RT4A 4KRFA 5HRNA 1UWBA 1TL1A 5KI6A 2XHBA 3M8PA 3V9XA 2FC0A 4CESA 3AVGA 3SQ1A 3UIQA 3DRSA 2PY5A 3A2FA 4EZ9A 1RBTA 1RBSA 4O44A 3OJUA 3U3YA 1TKDA 3CG7A 4BE1A 1JLFA 4FLZA 4DTXA 1BISA 1IO2A 1HQUA 3MEEA 3JYTA 4F8RA 4KHNA 3LP0A 3OVNA 4FXDA 1KLNA 2ETJA 5CZ2A 2F8TA 1F21A 1RBUA 3AVJA 3MEDA 2B6AA 4ELUA 3DYAA 1EP4A 1LWEA 1J9AA 4OGCA 3ZSRA 4CF8A 4CFDA 1N6QA 4PUOA 1ITGA 5J2NA 1NKCA 4KI4A 4CEBA 4C8NA 1WAJA 3BGRA 2JLEA 4Z4FA 2ZE2A 5SZTA 1LW2A 4OVLA 2RF2A 2OPPA 4QAGA 1NOZA 3TR8A 4OPKA 3ZSWA 1UA1A 3PUFA 4GVMA 1YT3A 3KTQA 3E01A 5HRSA 5C24A 4CJQA 2ZD1A 4BE0A 4DU1A 3PO4A 2Y1JA 3L2RA 1JLQA 3L2WA 4KHYA 1HPZA 3K5LA 3LAKA 2B5JA 3HPHA 1XHXA 4KO0A 3M8RA 3K5MA 1NK4A 3KK3A 1RBRA 3QIOA 1U4BA 4IFYA 3PX4A 3TAEA 1LV5A 4M3TA 1I39A 3OYEA 3KK1A 3AA4A 3KLIA 3NAEA 4HUFA 1X9MA 2YKMA 1L3VA 4DSLA 2IGIA 3U3GA 2FBXA 3ZCMA 4CF9A 3LANA 1CXUA 5KGWA 2O4GA 4DQRA 2GUIA 3OYDA 3U6FA 4CIGA 5I3UA 5CZ1A 3DLGA 1XI1A 1NOYA 2LSNA 3QEWA 2OYQA 3B6PA 3TAGA 4CIEA 1S5JA 4Y1CA 3THVA 4OLBA 4J2AA 1BGXT 4AHSA 1ZBUA 4KHWA 3P83D 5DK5A 3DM2A 4O5BA 4CGHA 4ZTJA 3VQ6A 2D0CA 3AVLA 3QETA 1JLBA 4B9SA 4CK1A 1DLOA 2FBTA 4CHYA 3BDPA 4AH9A 1WN7A 1BIUA 1NK6A 3NF7A 4WE1A 4DTJA 1SL1A 4G1QA 4H4OA 5HLFA 1S9EA 2VG6A 1B92A 3M8QA 5KRTA 3EY1A 3V9SA 1A5XA 2BGGA 4K8XA 1C0MA 1FXXA 3DLKA 4CF0A 1VSLA 3ISNC 2DFHA 5CY4A 3OYKA 4FM2A 3SUNA 3VQ9A 1VSHA 3PX0A 4FJNA 4FLXA 3MECA 1QQCA 1SKWA 2OZSA 3SUOA 2ATQA 2XRIA 3DLEA 1QSLA 2D0BA 1LW0A 3HPGA 3MXJA 3ZT2A 2HHUA 1BL3A 4Z4HA 2XY7A 1RDAA 4CJWA 4BDYA 1C1CA 4YFUA 2RKIA 4DU3A 4DQIA 4AHCA 3CFPA 2D5RA 4CIFA 4CEAA 3L2UA 3T3FA 4AHVA 2OPSA 4TSXA 5J1EA 4O0IA 4FM0A 1D9DA 4LSLA 3ASMA 4DQPA 4RW7A 4NCAA 3C94A 4RG8A 1HJRA 2X78A 5HRPA 2PZSA 3V1RA 1S6PA 1TL3A 4IG0A 1HYVA 1ZBFA 3B6OA 3CM5A 1TV6A 4FVMA 3M8SA 5JS1A 4KTWA 4BWJA 3LAMA 4CHZA 3L2VA 2P5GA 3OS0A 2ZQBA 4M42A 1NK7A 1O1WA 4ZHRA 4E7IA 4DFMA 1BQNA 2A1RA 4DSFA 3MXIA 3RMCA 1Q9YA 1NK0A 4F2SA 1Y97A 1Z26A 2HHXA 3LPTA 3EZ5A 1W9HA 3OYFA 1B9FA 4B9NA 4PQUA 1RDBA 2KFZA 4I9LA 3K58A 3VA0A 1TKTA 5J2QA 1J53A 3AA5X 1D8YA 2KW4A 1IKXA 2BANA 4MQ3A 4EP4A 4DTPA 4Z4IA 4ZTFA 4DSIA 4F4KA 4KHSA 4HCCA 3KIOA 1RILA 1BCMA 1TVRA 4AHRA 1BI4B 4HCBA 1T03A 5J2MA 4F3OA 2EHGA 4B8CA 4O0JA 1HQEA 4CJSA 4ELTA 4QCLA 1QE1A 3IRXA 1FKPA 4CJ4A 3I0RA 4CJVA 4DLEA 2WOMA 3QESA 1IKYA 2VWKA 3V9ZA 1X9SA 1IG9A 3KD1E 1KVBA 1NJWA 1JXEA 3ZT4A 3VQEA 4CK2A 1NK8A 4M3UA 1VSFA 4KREA 4F3TA 3HL8A 2E6LA 2YNIA 3CM6A 3VQDA 4CGGA 4CEZA 2XY8A 3KD5E 1JLEA 3QO9A 4J2DA 4PY5A 2G8WA 4OPJA 3V6DA 3RWUA 2G8IA 2Y1IA 4FW1A 3OJSA 3VQ5A 3V9WA 3C6TA 5K14A 4FJ8A 5FDLA 4HHTA 3NGYA 4BWMA 1KVAA 5CYMA 3AO2A 3MEGA 3ZSYA 3S3OA 3OS2A 2P51A 3HT3A 3HK2A 5HRRA 3SV4A 1L5UA 1VRTA 3SUPA 5J2PA 4NCBA 4C8OA 3MXMA 3TAQA 2G8HA 2KFNA 3K2PA 1JL1A 3LP1A 3AVKA 2VWJA 1SKSA 3AO3A 3S3NA 3V1QA 1IH7A 2P1JA 4CJEA 4E1NA 2Z1GA 3DMJA 4DTMA 4C8KA 2ITGA 4PA1A 1FKOA 1KLMA 1U04A 4M45A 1UA0A 3DRPA 1KFSA 3D45A 3P5JA 4FW2A 2P5OA 4FJGA 1C6VA 4OLAA 2HHQA 3S3MA 3NH2A 1RTDA 2HHWA 4FLTA 1EXQA 4CJFA 4CJLA 3RMBA 3K57A 2QK9A 3O3HA 4IBNA 3SYZA 3ZSQA 1LAWA 3QEVA 5DMRA 3IS9A 1VSEA 2PYLA 5EU7A 3HYFA 4AHTA 1TGOA 3VQAA 3ZSXA 1LWCA 3AVCA 4CEDA 4CFAA 3DOKA 3QEPA 4RW9A 1ZBLA 4CHOA 3OYNA 1TKXA 4O4GA 4AHUA 4XIUA 3L2QA 1ASUA 3T19A 5SWMA 2IS3A 4C8MA 4HUEA 1TAQA 3QLHA 3JSMA 1RT6A 3NF6A 3TWHA 4E7LA 3SPYA 3AVAA 3CFRA 4B08A 1KRPA 3NF9A 4DTUA 3SV3A 1T7PA 4DTSA 2KZMA 3NHGA 3LALA 2BE2A 2X6NA 2Q3SA 1QSSA 4CJKA 1NKBA 2RN2A 2IAJA 3RMAA 3DI6A 4CEQA 5FRMA 2YNFA 3VQ4A 1VSMA 4DFPA 2JGUA 4ELVA 3WNFA 4RW8A 3HP6A 2HNDA 4B9UA 4N41A 4M3ZA 1EKEA 1D5AA 3LPUA 3NH0A 3RMDA 1ASVA 1MU2A 4QOZB 1TK8A 3WNEA 1RDCA 4UQGA 3OYLA 1JLGA 1NJZA 3CYMA 4YNQA 1J5OA 1KVCA 4W5QA 1QS4A 1UAXA 2FBVA 3SQ0A 1U47A 1J54A 4CF2A 3VQQA 4B3OA 4FJKA 1VRUA 4CHPA 5FROA 4CHNA 4EP5A 4KB0A 4H8KA 4FM1A 3F9KA 3LZIA 4DTRA 3VQBA 3S9HA 5KTQA 3QEIA 4FJMA 1LAVA 3IG1A 3SUQA 1N5YA 1L3SA 4N76A 4DS4A 4KI6A 1WSIA 3HVRA 3TABA 3AA2A 3AVHA 1BCOA 2FBYA 1W0HA 2B4JA 4DFKA 4FK4A 4KB1A 4DMNA 4FJ9A 1S1UA 4Q0BA 2HNYA 4OKJA 1GOBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YNGA 3VEZA 4MO5A 2QI2A 1K8AO 3VMFB 4JRQA 4BACA 3H46O 1VQKN 3CERA 2QWQA 2P9UA 4CJPA 2NRRA 1FJGK 1JCGA 2E1YA 1KFDA 3TARA 3Q7BA 4KPYA 4Z0UA 1IJJA 4JHDB 2X74A 1L3UA 3PO5A 2O8EA 2RPIA 1Q82O 1CLQA 3RRHA 4YOUA 2HHSA 2QEXN 3E9OA 1S9GA 4H03B 1SL2A 1EX4A 4OLAA 3RR7A 2OZMA 1RTHA 4FZYA 2YX6A 4NYFA 3C95A 4K43A 3OYJA 3THWA 4FJ5A 1WAFA 1IKVA 1P8ZA 2G8FA 1QZ6A 4BRMA 3F73A 4EFHA 3U9ZA 1HYSA 1B9DA 1TK0A 5AQMA 4HUGA 1S1XA 3SI6A 2E6MA 3MWTA 4DV1K 5KRSA 3LWLA 4B1VA 2PAVA 5FPMA 1BDGA 3NF8A 2HBKA 1YTAA 3U8XA 3C7NA 1VSJA 1WSEA 1JLCA 2OPQA 2O8DB 1FW6A 5C25A 4PWDA 3O9SA 2YKNA 2HMIA 4DQQA 3ZT0A 4WQ5A 3VQCA 2BDPA 1TUUA 3DLHA 1TKZA 4B8AB 2YI1A 4CD1A 4FPAA 4DSEA 4EHUA 3SQ0A 3I0SA 3OS1A 3OYIA 3WXLA 3ZETB 1HNIA 3G25A 2W40A 4CJ5A 5CYQA 4F2RA 2HB5A 2XO7A 3CCLN 5M1OA 4YHHK 3SJJA 5KGXA 5AQHA 1T6CA 1G99A 4OGEA 3NFAA 1Q9XA 3LDQA 3J7AP 3WUHA 3R6MA 3HXMA 1K8KB 3L4QA 4J2BA 2VGMA 3CETA 4M3RA 2P9LA 4RW6A 1YTUA 3CD6N 2A6AA 4JI3K 5FLXO 5HBMA 4FJLA 3O08A 1V4TA 3SK3A 3QFPA 4FJ7A 3A5MC 3HJFA 4FO0A 5M1KA 3VGLA 1WSJA 3KK2A 2E1ZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4CF1 A;  1RCH A;  1VSK A;  3OA9 A;  5AQU A;  4C1N I;  3ENB A;  5F1X A;  1RT4 A;  1EWR A;  4BRO A;  2ASM A;  2XHB A;  4CES A;  1ATN A;  3ID8 A;  2PY5 A;  3U3Y A;  4DB3 A;  3CG7 A;  4DTX A;  3C6A A;  1KLN A;  3U9D A;  4FWR A;  2IVN A;  1M1K O;  4IEI A;  3AVJ A;  3MED A;  2YCH A;  3O9Q A;  1W2B M;  2B6A A;  1LWE A;  1J9A A;  4DV5 K;  4CFD A;  4PUO A;  1ITG A;  3HM8 A;  3MX5 A;  2QA4 N;  4BC4 A;  1LW2 A;  1S72 N;  2RF2 A;  1GLA G;  3ZSW A;  1UA1 A;  1YT3 A;  5HRS A;  3TSU A;  3EE8 A;  4CJQ A;  2HBM A;  3KHY A;  3M1F A;  2ITM A;  3L2W A;  1T3V A;  2B5J A;  3K5M A;  3DLL L;  1NK4 A;  3KK3 A;  1NGH A;  3TAE A;  1NU0 A;  5GIN A;  4B3M K;  1DKG D;  3D7E O;  3TSP A;  4BRA A;  3OYE A;  3KK1 A;  1X9M A;  3MWP A;  4JI2 K;  2IGI A;  3MN9 A;  3CCS N;  4CIG A;  5CZ1 A;  1NOY A;  2A41 A;  2OYQ A;  4GNI A;  3CC4 N;  3TAG A;  4CIE A;  3L4I A;  4DV7 K;  3H1Q A;  4BRI A;  4JYA K;  3MX2 A;  3DM2 A;  4CGH A;  1OH6 A;  4ZTJ A;  3CMA N;  1JLB A;  2OTJ N;  4GV3 A;  4CHY A;  3L6Q A;  1DEJ A;  5HLF A;  1BU6 O;  3EO3 A;  3N4P A;  1A5X A;  3VER A;  4C23 A;  1C0M A;  3DLK A;  4FM2 A;  4JKC A;  1GLB G;  2DFH A;  1Q18 A;  1IBK K;  3PX0 A;  4CZE A;  3E66 A;  3SUO A;  3HPG A;  3MXJ A;  3ZT2 A;  1VQ7 N;  1Z6R A;  2F9T A;  1C1C A;  3EZW A;  4AHC A;  5BPL A;  2D5R A;  4CEA A;  4CZH A;  3T3F A;  4AHV A;  4O0I A;  4NO7 A;  3A5N C;  4CJ7 A;  3SAH A;  4NCA A;  3C94 A;  5HRP A;  3KVG A;  3AAR A;  4JK8 A;  3SMS A;  3FZF A;  1E3M A;  1HYV A;  5A2Q O;  3M8S A;  3L2V A;  3LAM A;  1JCE A;  2E2Q A;  4M42 A;  5CHI A;  5EVZ A;  2GEL A;  1KD1 O;  4HTL A;  2A1R A;  1Q9Y A;  4UY8 O;  4F2S A;  4J8F A;  3SAF A;  3EZ5 A;  3CQX A;  1B9F A;  1GLD G;  4I9L A;  5J2Q A;  1J53 A;  5BPN A;  1Q86 O;  1IKX A;  4CBX A;  4Z4I A;  4F4K A;  4HCC A;  4LF7 K;  3OBW A;  3THY A;  1RIL A;  1BCM A;  3SAG A;  1BI4 B;  5J2M A;  4CJS A;  1BA0 A;  1QE1 A;  3H3O B;  1NK8 A;  2WC9 A;  3QES A;  2VWK A;  4CK2 A;  4F3T A;  3VQD A;  2E6L A;  2YNI A;  3KD5 E;  1NM1 A;  1WBD A;  4OPJ A;  3V6D A;  3ULE B;  4FW1 A;  4WFA L;  2F4V K;  5K14 A;  2V7Z A;  4IXC A;  3NGY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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