4YOUA

Crystal structure of a trimeric exonuclease phoexo i from pyrococcus horikoshii ot3 at 2.20a resolution.
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
229
structure length
220
Chain Sequence
b'MRIVAADTGGAVLDESFQPVGLIATVAVLVEKPYKTSKRFLVKYADPYNYDLSGRQAIRDEIELAIELAREVSPDVIHLDSTLGGIEVRKLDESTIDRGKEIWKELSKDLQPLAKKFWEETGIEIIAIGKSSVPVRIAEIYAGIFSVKWALDNVGGLLVGLPRYMEVEIKKDKIIGKSLDPREGGLYGEVKTEVPQGIKWELYPNPLVRRFMVFEITSKS'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords 3-5 exonuclease PhoExo I
publication title Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus horikoshii
molecule tags Hydrolase
total genus 60
structure length 220
sequence length 229
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4youA00
4YOUA 5CHIA 4YOWA 4YOTA 4YOYA 4YOXA 4YORA 4O8UA 4YOVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CFPA 3O9TA 4CZJA 4I9QA 5FLXO 2R7YA 5C2DA 4WYBA 3QBXA 1LAVA 2BH1A 1NK4A 4M42A 3PX4A 5SWMA 1A5VA 5J2NA 3ZT1A 3CC2N 3QDKA 3OYNA 1U47A 1WAJA 1TVRA 2V7ZA 5FPDA 2X6NA 3TWHA 3I8DA 4BRQA 4F4KA 4IO8A 4DTJA 1HYSA 1RTIA 3R6MA 4Q5VA 4GV6A 5CY4A 1EETA 3RRHA 3IUCA 3THVA 3QETA 3S9HA 4I2QA 3O3GA 3MWPA 1JCGA 2QK9A 2D0AA 2UYTA 5M1KA 2E2OA 1NGFA 1RBTA 1NJZA 3KLIA 4YOYA 2YHAA 2A1SA 3CCMN 2UUAK 4H8KA 3K59A 4BR0A 1SKRA 5AQSA 1T6CA 2UU9K 1KQSM 3LP0A 3RMBA 1YJWN 2ATQA 3NH2A 3ULDA 4J2EA 4IJNA 2IGIA 3MN5A 4ID5A 3VF2A 2VGMA 3HM8A 4M41A 3OYKA 4BC2A 4AQYK 1VSLA 4CGFA 4FWNA 3G4SN 1WBDA 2UUBK 4H4MA 4CEDA 3ZETB 3M1FA 3OTOK 4NXNK 2YNHA 4CHNA 1U48A 4FJHA 1XMQK 4DR2K 3OYFA 3IAYA 2AP1A 1W2BM 3S41A 1TYQA 4JI8K 2FBYA 4CZHA 3AVJA 3ZSOA 4KRFA 4KKOA 1QQMA 4CFAA 3MN9A 2O8DB 3O1WA 1GLDG 1UAXA 4CFDA 1X9WA 2G8IA 3NGYA 2Q3SA 4CEFA 5BN9A 3NH1A 3MXMA 2OTLN 4I6MB 4B9LA 1G15A 4FYDA 3GBTA 5FPMA 5A2QO 3SUPA 1BA0A 2NNWA 4HTLA 3HO1A 3H45C 4YOUA 4C23A 1SAZA 2NRRA 3WT0A 3VEYA 4I6MA 5DM7L 4YOWA 4DFKA 3F73A 3GL1A 2ZQBA 3HOTA 1U6ZA 4Z4GA 2NRZA 4C8MA 4NB4A 4Z4CA 4K43A 3GE1A 3NHGA 1E4FT 4B08A 1OH8A 4UQGA 2D0OA 4KTZA 5BRFA 3TAGA 1VSHA 4Y1CA 1DGKN 3ULEA 5LJWA 3O4WA 4DTRA 3QIOA 4YOVA 1W0HA 3UKUB 1JLBA 1VQKN 1ZBHA 4NCBA 3K9KA 4A59A 1J5OA 4ILGB 4A2BA 4PY5A 4IBNA 4DTOA 5M1PA 4BWJA 3IMXA 1BOTO 1Q8IA 1VQPN 1S6PA 4GVMA 3UKUA 3THXB 3GDQA 1YXQA 3CMEN 3OBWA 3F5TA 3MECA 3HPGA 4Z4IA 2VWBA 3H46O 1B9FA 4F2SA 3VEWA 2Q1NA 1E3MA 5AZIB 3L4IA 3VESA 3S3MA 4E7KA 2W6LA 4JKGB 4I9LA 3VQ9A 4ZTFA 1EP4A 2Z1IA 3L3VA 5AZIA 1HNXK 1HKBA 3HBTA 3QMLA 1QVGM 3KD5E 3T69A 4M3YA 1YJNN 3D2EB 3T7ZA 4BRCA 3QINA 3CXCM 2E1YA 3B6PA 1KFDA 4AH9A 1S1XA 3J7YP 4K42A 4BRLA 1YIJN 2HHUA 5TKWA 1WLJA 5DMRA 3LDOA 5C12A 4DUZK 4CJ4A 1ESVA 2HBMA 2PBDA 3QO9A 3VQ8A 2Q2RA 5C0YA 2QKKA 4B1VA 4E7JA 3LP2A 4DLGA 5HRNA 5JLFA 2VQFK 4C8NA 4CHPA 4J2DA 3HT3A 4DR1K 4H5VA 5HP1A 3EZWA 1VQ9N 2E5LK 3SQ4A 4C1NI 4OPAA 2P9PB 4KH5A 4L3QA 1OKJA 4JI4K 3NBPA 3NGZA 3MWTA 5M1QA 4K8XA 3TSQA 4J2AA 1WAFA 4ILJA 4CJEA 3CMAN 3CFRA 4JHDB 4FLTA 3VTHA 2HMIA 4BY9C 4JKHA 4E3SA 4JHDA 4FWSA 3EN9A 3R9PA 5AQGA 2A1RA 1K6YA 1P8ZA 5EU7A 3HVTA 4CHZA 3CCRN 5AQRA 3WQTA 4O5FA 2P9SB 3CJAA 2YHYA 3OS2A 2XO7A 4BQZA 2QWLA 1JLGA 4DQPA 2P9SA 3BP8A 3FZHA 4CK2A 3M8QA 4GW6A 1ILYA 3R3LA 1RTHA 4KI4A 3PO5A 4NXMK 5CHIA 4H4OA 2P5GA 3LWMA 5KGXA 3C6UA 4LH4A 2P51A 3H1QA 5AQJA 4HCBA 1S5JA 4B9SA 4CZIA 3CIPA 3OS1A 1TUUA 3KK3A 3QIPA 4GKKK 2P9KA 5DK5A 4CEZA 3DXKB 3R1XA 2QI2A 4E89A 3N4QA 2OZSA 3QESA 1L3VA 3RWUA 3BEXA 4HUEA 3KJVA 1LAWA 3U3YA 1NGAA 2KZZA 1HJOA 4CERA 3AVBA 2Y1JA 1YT3A 4EP5A 1ZBLA 4JS5A 3NVKA 4PL8A 4LD0A 2DFEA 1D5AA 3OJSA 2FF6A 4BGBA 5AQOA 4O0IA 5JLHA 3JXUA 1BQNA 3DLGA 4CF0A 3H3OB 3DYAA 4DFJA 4PUOA 3M5RA 4FJ7A 4IO9L 4CZEA 2YHBA 3CI5A 4FLZA 3E01A 5HBMA 1E4GT 3VF6A 2KW4A 5BPLA 3OYEA 1QSYA 1I39A 3CHWA 4JKEA 2QWNA 4F8RA 4FJ5A 2ZM6K 2ASMA 4FM0A 1HNIA 4E1NA 2O8BB 2E20A 4BC5A 1IG8A 1HPMA 3VGLA 3M8RA 2O8FA 3FZLA 1RT5A 1JLCA 5AQWA 4AM7A 1YITN 4FWQA 5M1FA 1TKTA 2P9IB 5LJVA 4BRFA 4FJIA 1DEJA 3MXJA 4JS4A 4CZMA 4BRAA 3O1BA 4DTMA 4QS7A 1QZ5A 2VCPA 4ELVA 1T7PA 3B6OA 2UXCK 3B8AX 2X6SA 4XEIA 3HZ6A 4ID1A 4E1MA 2KHOA 3CJ7A 1RBSA 5LMNK 2ITGA 3DOLA 3LL3A 5CR4A 1SQKA 2IS3A 3QLHA 4CIFA 4FK4A 3KLGA 2ITMA 4BG9A 4H5WA 4Y1DA 2DTUA 1SZ2A 4NLBA 4U7BA 4BWMA 5BR8K 4AHUA 4OPJA 3AVMA 3S3NA 3V81A 1OH6A 4WQ5C 3QEVA 4JK8A 3MXIA 3AO2A 3I0RA 4HCCA 1LW0A 1GLLO 3I0SA 3NE6A 4CFCA 4YOXA 3G71N 1C1BA 1ZXOA 1M90O 4DR7K 3WUHA 1BDGA 4K41A 3P39A 4Y0WA 4BRGA 4PKHA 1TUYA 2G8WA 1Y97A 2HF3A 1ASVA 4EP4A 1JKHA 2A42A 1KVCA 1HYVA 3QEXA 1HR0K 4OKEA 2P9UA 3MCAB 2QEXN 1T05A 2DY4A 3IFRA 3AAQA 3OYMA 2P9LB 5AQXA 1JJ2M 4RW6A 3VPZA 4CEOA 5E41A 1HKGA 3A5MC 3VENA 1OVQA 4IFEA 3V1RA 2F9WA 3P4IA 3OW2M 4DSKA 4RW4A 3EE9A 4PHTX 4CJ3A 2G8VA 2F4VK 3ATVA 3V9SA 2HVIA 4CJRA 3MMVA 3DRPA 3OVNA 4FK0A 4FLYA 1RT4A 4E7LA 4DS5A 2O8EA 4IEIA 2O4GA 1IG9A 3QEPA 3KLEA 4CD1A 2YNGA 4FJMA 4MDAA 1YF5L 1UA0A 1LCUA 4JI3K 1D4XA 2QW9A 1KXPA 2XY8A 2E88A 1U04A 2I5JA 2Z1HA 4BC3A 5AJ3K 2V51B 4DR6K 2XHBA 1WB9A 1NGGA 2Z1JA 4LSNA 4RW8A 1RBVA 4YORA 1VSMA 3AVIA 4JLHA 2HNZA 4BE0A 1NKEA 4C8LA 4K8ZA 4JKFA 4H0VB 4BG8A 2HHXA 5I3UA 3T1YK 3CCEN 3NF6A 3CCUN 4I7FA 4L8RB 3FZMA 1NGIA 4DQ8A 4OGEA 2VGNA 3F9KA 2Z1GA 1IV0A 3WXKA 4H0TB 4B9UA 2FSJA 4DQRA 3A8YA 4IZ9A 3BUZB 2D0CA 4O44A 3ZEUA 3HVRA 1QQOA 4V19S 4JNEA 2KLAA 3SCXA 1IKWA 1GLCG 3GG4A 1NJIO 4C8OA 3ZSZA 1NLVA 4CHQA 4CJ5A 3CD6N 3LDLA 3MAQA 4CJLA 5GINA 5D3GA 2KQ2A 4Z94A 2A5XA 3A5LC 2WFBA 4ISGA 1Q9YA 4H0PA 4IKFA 1RT2A 3UKRA 4FJ9A 3ZT4A 1QVFM 4BR2A 1BIZA 3LDPA 4YDUC 3MK6A 4ELUA 1SL2A 4BRMA 4DV7K 3L8BA 5KRSA 2YI1A 4MLEA 1BISA 1C6VA 1RDBA 3HXMA 3V9XA 1NK7A 4CVNE 4RW7A 3U4LA 1KVBA 3CF5L 4BDZA 3NFAA 1FKPA 5HRRA 3C7NB 4DU1A 1K8KB 3JYTA 3THYB 1BGXT 5I42A 2B6AA 1U4BA 1VRTA 1HRHA 3RVCA 3CCSN 3DJCA 4IOCL 3VEVA 3QICA 1TKXA 2IVOA 3NF8A 3ZSXA 4WQ4C 3NH0A 1L3TA 2ZJRL 2DFHA 1KAZA 3FZFA 4B1WB 4W5QA 3SBTA 3SAFA 4CHOA 1BHLA 3TTFA 1LWEA 4JKCA 3I56N 1WSJA 3PX6A 3AO3A 4BQLA 2Q31A 4JAXA 2CGKA 3LALA 3DLBA 4JKBA 4MO4A 3SJHA 1SV5A 3SUNA 1IBKK 4FM1A 3DI6A 4BDPA 4IOXA 3HL8A 1VQ8N 4H5NA 1MU2A 2IOCA 4BVPA 2I7NA 4M63C 1K9MO 3HM9A 5T7BA 4WCEL 4DTSA 2VWKA 4JN4A 4B1ZA 4GV9A 1VQMN 2BGGA 1C1CA 3G0ZA 1VSIA 3O9QA 1S72N 3AGKA 4JYAK 5AQZA 2XY6A 2J4RA 2CH5A 4B3MK 5E84A 4FW2A 5AQUA 3AVAA 1Z25A 4FZZA 5J2MA 3EKUA 4K25A 4DF4A 4JRPA 5CE3A 5JS2A 3WQUA 4CJVA 4OLAA 3KK1A 5GIOA 2QXLA 4IJAA 2YJFA 2YNFA 1ATRA 3AVLA 4O8UA 2QXFA 3SPZA 3AARA 3MN7A 1GOCA 5AR0A 1WOQA 3C94A 2Q97A 3UE5A 1WSEA 3AY9A 2WUSA 5AQHA 4ZHRA 1BUPA 1T03A 3SUOA 4QS8A 2RF2A 4CF9A 2E2PA 3DLLL 2E2QA 5CYQA 3T1AA 3ZETA 3D2FB 4DS4A 1Z6RA 4FW1A 1XMOK 3RRGA 1RCHA 3VQ7A 1NBWA 4EHUA 1UOCA 1HLUA 3PV8A 1NOZA 2CH6A 2IVPA 4E0DA 4B9QA 2O8DA 4LF4K 2E8AA 3WNFA 3OYDA 3BZKA 4JKDA 1V4SA 2F96A 3VQEA 1MA9B 1Q82O 2YHWA 1Q86O 1T44A 1RT3A 3FFIA 4DUYK 1RT6A 1JLEA 1Q18A 4EZ9A 4DR5K 4DSJA 3AA4A 3V1OA 3SJJA 1IBLK 5EOYA 1YHQN 4FVUA 3P83D 3RSEB 3L2UA 4YFUA 4N56A 1GOBA 2G8UA 1XNRK 3VQQA 2UXBK 4B9NA 2G8HA 4B1YB 4CGHA 3V6DA 3CCJN 2OPQA 5CYMA 1BO5O 3CERA 2NLXA 4CW7B 4UY8O 3DRSA 3FE1A 4A5AA 4F3TA 1WNSA 2D0BA 1VQON 1BL3A 1VQLN 3OHRA 4DU3A 4LF7K 1GOAA 2AJQA 5JICA 3THXA 3L4QA 1BIUA 3HRGA 3SAHA 1HX1A 2NZTA 4OO1J 4FLWA 1REVA 1T3VA 3DOKA 3ID8A 1WSHA 1VQ5N 1GLEG 3MX2A 1KC8O 1X3MA 4CI6A 4JKGA 1LWFA 1N32K 3K5MA 4W5TA 3SK3A 4QOZB 3CPWM 3QFUA 1HKCA 2AA4A 4FJ8A 3D2EA 1EKEA 4KH4A 2WTUA 4JK7A 4OKJA 3VQPA 4IFYA 1YUWA 4IFVA 1MWMA 1N6QA 3ZX0A 3THWB 2PYLA 4B3RK 1RT1A 1UWBA 2VG7A 5KI6A 5EY4A 3Q7BA 1LW2A 3H08A 3VQAA 3AAPA 4Q0BA 2ZGYA 4DFPA 3C65A 3ENHA 4NCGA 1J5EK 4XH4A 5BPMA 2ZD1A 4AHRA 5AZJB 5CZ1A 3AA3A 4BRNA 3KHYA 2P9PA 3J7ZO 4N5SA 1DLOA 4QCLA 2A3ZA 1D9FA 5AZJA 5TKYA 4WFNL 3VQ4A 2RKIA 4DFMA 2NRTA 1NGDA 1NGEA 2QWQA 3TAPA 1ZBFA 4CIEA 5K14A 5C10A 2OYQA 2GTDA 3HP9A 2HHTA 1P90A 3AGRA 1FW6A 3MEDA 3AVCA 3AVHA 4KREA 3I33A 1DKGD 3ID6A 3VQDA 5HRSA 4B9MA 3M8SA 2FXUA 3SQ2A 5J2QA 1JXBA 1TV6A 4JI5K 1S9GA 4F9OA 2NRXA 2QWRA 1CLQA 1KLNA 3ATUA 2GUPA 3LDQA 3MEGA 1BU6O 3V9UA 2ZGZA 4MLHA 4PQUA 5LL6Z 4CBXA 4O4GA 1NG9A 1NU0A 1QE1A 3WEEB 1I3AA 2GV9A 3HSCA 3U6FA 3TI0A 5FRMA 4AHTA 4HTUA 3VQ6A 4CBUA 4CJWA 2G8KA 4CF1A 3AVNA 2ZJPL 1R59O 3VA3A 1KRPA 2BE2A 4LFBK 1GLBG 3R8EA 4MO5A 4E19A 2VG5A 1XNQK 3S3OA 3DXKA 3TU5A 4OVLA 2YKMA 3EYZA 3OYJA 2HW3A 1NJWA 1XQSC 3OS0A 4JI1K 4GV3A 1VSDA 5JVGL 2B4JA 3SYZA 3BY5A 3VGKA 1EWQA 1ZBUA 4H03B 1S1VA 3EKSA 3AVFA 1C0MA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YOU A;  5CHI A;  4YOW A;  4YOT A;  4YOY A;  4YOX A;  4YOR A;  4O8U A;  4YOV A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CFP A;  3O9T A;  4CZJ A;  4I9Q A;  5FLX O;  2R7Y A;  5C2D A;  4WYB A;  3QBX A;  1LAV A;  2BH1 A;  1NK4 A;  4M42 A;  3PX4 A;  5SWM A;  1A5V A;  5J2N A;  3ZT1 A;  3CC2 N;  3QDK A;  3OYN A;  1U47 A;  1WAJ A;  1TVR A;  2V7Z A;  5FPD A;  2X6N A;  3TWH A;  3I8D A;  4BRQ A;  4F4K A;  4IO8 A;  4DTJ A;  1HYS A;  1RTI A;  3R6M A;  4Q5V A;  4GV6 A;  5CY4 A;  1EET A;  3RRH A;  3IUC A;  3THV A;  3QET A;  3S9H A;  4I2Q A;  3O3G A;  3MWP A;  1JCG A;  2QK9 A;  2D0A A;  2UYT A;  5M1K A;  2E2O A;  1NGF A;  1RBT A;  1NJZ A;  3KLI A;  4YOY A;  2YHA A;  2A1S A;  3CCM N;  2UUA K;  4H8K A;  3K59 A;  4BR0 A;  1SKR A;  5AQS A;  1T6C A;  2UU9 K;  1KQS M;  3LP0 A;  3RMB A;  1YJW N;  2ATQ A;  3NH2 A;  3ULD A;  4J2E A;  4IJN A;  2IGI A;  3MN5 A;  4ID5 A;  3VF2 A;  2VGM A;  3HM8 A;  4M41 A;  3OYK A;  4BC2 A;  4AQY K;  1VSL A;  4CGF A;  4FWN A;  3G4S N;  1WBD A;  2UUB K;  4H4M A;  4CED A;  3ZET B;  3M1F A;  3OTO K;  4NXN K;  2YNH A;  4CHN A;  1U48 A;  4FJH A;  1XMQ K;  4DR2 K;  3OYF A;  3IAY A;  2AP1 A;  1W2B M;  3S41 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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