4YOUA

Crystal structure of a trimeric exonuclease phoexo i from pyrococcus horikoshii ot3 at 2.20a resolution.
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
229
structure length
220
Chain Sequence
MRIVAADTGGAVLDESFQPVGLIATVAVLVEKPYKTSKRFLVKYADPYNYDLSGRQAIRDEIELAIELAREVSPDVIHLDSTLGGIEVRKLDESTIDRGKEIWKELSKDLQPLAKKFWEETGIEIIAIGKSSVPVRIAEIYAGIFSVKWALDNVGGLLVGLPRYMEVEIKKDKIIGKSLDPREGGLYGEVKTEVPQGIKWELYPNPLVRRFMVFEITSKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-5 exonuclease PhoExo I
molecule tags Hydrolase
source organism Pyrococcus horikoshii
total genus 60
structure length 220
sequence length 229
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4youA00
4YORA 4YOUA 4YOTA 4O8UA 4YOVA 5CHIA 4YOWA 4YOYA 4YOXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QSYA 1JL1A 4IXCA 5I3UA 1BDGA 3UKUA 4IO9L 3THVA 2ZGYA 2UXCK 1MWMA 4MLEA 5FPNA 2ETJA 4CHOA 1OH6A 4FZZA 1WOQA 3ISNC 4ISEA 4CHQA 1RBSA 3CYMA 1EQYA 5HRPA 5GAHP 3KWIA 1NMDA 5GAEP 5GADP 5J2NA 3LAMA 4AILC 2HVIA 2WFBA 3CJAA 2Q1NA 3KK7A 4BC4A 1YVNA 1NGCA 4RW6A 3P38A 4YNQA 2PZSA 1GLFO 2FSNA 2YKMA 3C65A 3CM6A 2HOEA 3RRHA 1QTMA 3TAQA 5JMVA 3TSPA 5AQGA 1Q86O 4B8CA 4K0KK 1EKEA 2A1SA 3SJJA 4DF4A 1BA0A 2IS3A 1SL1A 3E66A 2HBLA 1SV5A 1J6ZA 3FGUA 4CZFA 3HP6A 3A0IX 2HHXA 2FBXA 4FZYA 3EEQA 2KTQA 4B9NA 4CZIA 3OYMA 4X62K 4LF6K 1BGXT 4MDBA 4C1NK 3E9OA 2P5GA 3Q7BA 5KPRA 4JYAK 2KZZA 3LP0A 1MWKA 4PUOA 4BGAA 4FWOA 4M3RA 3J7ZO 4H5TA 4LSNA 5AQUA 4XIUA 4DR4K 3OTOK 3O4WA 3LALA 2H3GX 3THXB 5BREA 3CFOA 4NXNK 2V51B 1C6VA 5BPLA 2FBYA 4FWRA 1NLVA 1OVYA 4O44A 4HHTA 1U45A 1MA9B 1IBLK 4KPYA 3HBTA 4DTOA 1U48A 3SYZA 1BQNA 4CJ7A 3ZX3A 4CFBA 4BE0A 4DU3A 5D3GA 4FW2A 3ENHA 3G0ZA 4HWIA 3OYGA 1IKVA 3P83D 4YY3K 3UB5A 3BY5A 4BR7A 4LY7A 2J4RA 1YT3A 4H0VB 4CK3A 1Q18A 4ID5A 1QQOA 4B9VA 2O4IA 4IFEA 4JI6K 3ZT4A 4DFJA 1BISA 4ELUA 3QBXA 1EP4A 3V9UA 4AH9A 2QK9A 1HKBA 1NJZA 3CCQN 2IC3A 5FPDA 1UWBA 3O3FA 4DTMA 3GBTA 5BR9A 4H03B 5HLFA 3AO1A 2P9UA 4BROA 4CHYA 1ASWA 2YKNA 3HM9A 2WUSA 3IS9A 4QOZB 1VSHA 3ZSRA 4CECA 1HX1A 2YJEA 3EKSA 4HVJA 4DR7K 2QA4N 5IWAK 4JEPA 3ZETA 4L8RB 5EOYA 4IKFA 4FM0A 4O55A 2P5OA 5J2PA 4KI6A 4KHYA 1YXQA 5LY3A 5GINA 3J81O 1JLQA 4B3SK 2E8AA 1BI4A 5M1NA 2V7ZA 1N32K 2BTFA 4MFBA 1L3VA 4B9TA 2HNZA 4DS5A 4BR0A 4FJIA 2CGLA 4CFAA 1JCEA 4FJ8A 4BE2A 4C8KA 1LW0A 1QQMA 1KD1O 2QKKA 3DRSA 3I56N 1NK4A 4FK2A 2HBKA 4CZMA 4Z94A 2Z1JA 3W3DA 4DCHA 4DS4A 3TAEA 4GMJB 2P9SB 3AVNA 3DXKB 3MWTA 3VPZA 1D9FA 3QLHA 1RILA 5AZJA 1C1AA 4V19S 1J53A 5M1KA 5ADXA 4EAHD 4E0DA 1C1CA 3HPHA 4CJEA 3OYAA 4LF8K 1C0FA 5AQKA 1W9HA 2YHBA 3P4IA 3H45C 2GWKA 4QCLA 5AQLA 2P9NB 5HRSA 1B9FA 1VQNN 4BRIA 4RWTA 3G4SN 3DJCA 3E1YA 3V1OA 3VTHA 1ESVA 1TUYA 1TKXA 3ATVA 4CEFA 3G25A 4FPBA 1NK0A 3AVAA 3VEXA 2OANA 3NDKA 4ZTJA 5BRHA 4I2QA 1OH8A 2HMIA 5JLFA 3QEPA 1RNHA 2VGMA 4YOWA 1TL1A 1VQ5N 1NGHA 2O8FA 5A2QO 3HSTB 3G71N 3VF4A 1WBBA 1HYVA 1R0AA 3SUOA 1Q9YA 1VSKA 2E2PA 4JI1K 3LAKA 1HQEA 3SQ4A 1VQ4N 4KHPK 4YOUA 1QVFM 4K8XA 1ZBSA 4AHTA 2Y1JA 4CW7B 4DV2K 2KZMA 2BANA 1HUXA 4BC2A 1UA0A 2QW9A 4FVUA 3OVNA 4BRNA 1U47A 4FJ7A 1XHXA 1RT6A 4EZ6A 4KHWA 5C0YA 4BACA 3FZKA 1S1WA 1J5OA 4BRHA 4I9QA 4OO1J 4HUGA 2UUBK 3MXIA 5AQXA 4J2DA 1JKHA 1YTUA 4BRPA 3CETA 2I5JA 3F9MA 5M1OA 1RDUA 3L2RA 4KFBA 3B8AX 4FJHA 3EN9A 1LV5A 1L5UA 2KW4A 4AQYK 4M3ZA 5F1XA 4DTJA 1WAFA 1IKWA 2YNFA 1DGKN 3E9PA 4E1MA 1Z26A 4XH5A 4FJKA 3VTIA 3KK3A 2VG5A 2HBJA 4WFAL 5C25A 2PYLA 3UIQA 4CVNE 3SV4A 3QDKA 3F73A 3VA3A 1P8ZA 1RCHA 1KLMA 4QS7A 2KKZA 4MDAA 4Y0WA 3T19A 1C0TA 3PUFA 4W5QA 4FPAA 3OYFA 1HKCA 4X65K 3J7AP 4DTNA 1JLCA 5JVHL 3LM9A 2Q31A 3ULEB 1ATRA 1U04A 2P9IA 3Q7CA 3W0LA 3SQ0A 4DSLA 1VQON 1RTDA 3K5OA 5DM6L 3R9PA 1TVRA 3I0RA 3CMAN 4Z4HA 3THXA 3O3GA 3HM8A 4CGJA 4DQQA 5MLCQ 3MN7A 2A40A 3D2FB 4B1XB 3I0SA 3ZSOA 4B8AB 4Z0UA 3WXLA 4GW6A 4XEIA 4M3UA 3AA5X 1KSPA 2Q3SA 4FWNA 3U9DA 4BVPA 4CK1A 4FJMA 5AR0A 4B9LA 1HRHA 3VOVA 2YNIA 1S6PA 1S72N 5CE3A 2E5LK 4E89A 2ZM6K 5M1FA 1IKXA 4JI7K 1LWCA 1KQSM 1YJ9N 1YI2N 4FJXA 2FF6A 4LH5A 1Z6RA 5HL7L 1NGGA 2QWLA 4N76A 1RDBA 4GV3A 2G8VA 4IJAA 4A61A 3JS6A 2NRVA 4DR1K 3N4PA 5EU7A 4CZHA 4B1YB 3KZBA 4J2EA 4CE9A 3FE1A 3SQ1A 1K8KB 2VWKA 3DLGA 4DSKA 3V9WA 2FC0A 4BC5A 3S3OA 4OJRA 1I39A 2CGJA 5DMRA 3WNGA 3T1HK 4BR2A 2VQEK 4DKWA 5I9EB 4E3SA 3CJ7A 5AQIA 5H1SQ 4JRQA 1WB9A 3CF5L 5LMNK 2E2QA 3QIOA 4Y1DA 5FLXO 2RPIA 3VQDA 1KVBA 1WSHA 3O8MA 2HSTA 4J2BA 2HHSA 3KLIA 4FOIA 4CJFA 1U6ZA 1TK5A 3OYBA 4XH1A 1O13A 4JI8K 1ILYA 3WT0A 1T03A 4BR5A 2PBDA 1X9JA 3EKUA 4PA1A 5FPEA 2WONA 1NJYA 3VENA 2IVOA 3VGMA 4M7YA 4F4KA 2HW3A 2VYPA 4K25A 4RW8A 4RW7A 3AVGA 3E01A 1RDWX 1VRTA 5M1QA 2HF3A 3PIPL 1N33K 5ELZA 1TKDA 3MWPA 2P9SA 1FJGK 3DXKA 3LDQA 3CCJN 4I7FA 3AVJA 3VEZA 4JKEA 4HUFA 5I42A 4LF9K 1M90O 2O8BB 1ZBFA 3RR8A 3SUNA 2ASMA 3KD1E 1RTJA 3L4QA 4ELTA 2P9NA 3MN9A 3SLCA 1YVUA 5CZ2A 4NCGA 3HRGA 4JKFA 4I6MB 1J9AA 1GLLO 3H08A 3F9KA 2FBVA 4H0TB 3K9KA 2YHAA 3PSFA 1I3AA 4ICLA 3LDSA 4AHRA 4FL9A 4YHHK 2Q2RA 3S3MA 4JKGA 2A42A 4H4OA 4B9UA 4I2PA 3AVFA 1LAWA 4TSXA 4DFKA 1P90A 2UXBK 1SL0A 2GUIA 3BF3A 1NK9A 4F8RA 4FWLA 2G8UA 4CGFA 3SAHA 3VEYA 1QVGM 2E1YA 4O0IA 3GE1A 4X66K 1XNRK 4FJ5A 3FZFA 3EZWA 4CJQA 2P51A 3C6TA 3OY9A 3NHGA 3C6UA 4JK9A 3SCXA 5J2MA 2FBTA 2HHUA 1HNVA 2E4LA 4QAGA 4BRKA 3DI6A 3OYNA 4N5SA 4E7KA 1YJWN 1L3TA 2DFHA 3PY8A 1NGDA 1QSLA 1RT4A 3J8AA 3L2QA 2HNDA 1MU2A 3GDQA 2F4VK 4E1NA 4WYBA 2D5RA 4EP4A 1GLEG 3M8SA 1KAXA 4YOTA 1L3SA 4KBOA 5DK5A 2BDPA 4HTLA 1VHXA 2HHHK 3SV3A 3PX4A 4Z4EA 1YTAA 5BPMA 1NBWA 3TU5A 3NF9A 3WQTA 3K5MA 1RGIA 2E6MA 4JNEA 5JLHA 4O8KA 2P9KB 3MEGA 4EIAA 2HHTA 4PKGA 3U4LA 4IG0A 3MCAB 3SMPA 1X3MA 3CERA 2RN2A 4O0JA 1E3MA 1E4GT 3BZKA 2V7YA 2VQFK 1CXQA 3EY1A 3H46O 1OKJA 2O8EB 3GL1A 1JLAA 1RT2A 4Z4FA 3THYB 4LD0A 4YFUA 3RVCA 4KREA 1CXUA 3FFKB 3OBWA 5FDLA 3ULEA 3EL2A 3L2WA 1VQMN 3VETA 4CFDA 4DR5K 3O5BA 2YCHA 3DYAA 4FLYA 4ZHRA 3EO3A 3M5RA 4EHUA 4A57A 4UY8O 1ZBIA 2OA8A 2B6AA 4B3RK 1BG3A 4YDUC 4XH4A 4DV0K 3NGYA 4BRAA 1RDCA 3D2FA 1MDUB 3KD5E 3P5JA 3PO4A 4BRGA 1HJRA 3NE6A 3DOKA 3CG7A 4CZKA 3IDHA 4N41A 4CGDA 1W97L 4GKKK 2A1RA 4FO0A 1QQCA 1YAGA 3AVCA 3KLEA 3K57A 3D0PA 3BUZB 5GIPA 2A3ZA 3CCUN 5J2QA 2P9IB 3ITHA 1VQPN 1C0MA 1UA1A 4B3OA 4M3XA 4C8LA 3A5NC 4AHSA 4DR2K 4NB4A 3AO4A 4G1QA 3DLLL 3HPOA 4Y1CA 3LL3A 4E7JA 3CM5A 4LH4A 4CERA 5GAGP 3LDLA 2IAJA 3AGKA 2GTDA 3HPGA 1K8KA 4E7LA 2G8IA 5AQPA 2P9LB 4AM7A 1T05A 3RMDA 1ITGA 3IAYA 2FXUA 4ISGA 5LJWA 1HNXK 4BE1A 1KVAA 3RMCA 1ASVA 4CIGA 4KO0A 4NCAA 1GOBA 1RTIA 3LWMA 4FZXC 3DLRA 3MEDA 3SNNA 4FYDA 3IRXA 2F9WA 2YNGA 4M3YA 4O5BA 1HQUA 3OYHA 3I8DA 1LWFA 3HO1A 1S6QA 3AVBA 2KFNA 1EXQA 3ID8A 3QB0A 5SZTA 1HNWK 3AGRA 1QSSA 5TKWA 1NJIO 3QEVA 1C0GA 4A62A 1BU6O 1RT7A 3AAPA 3LDOA 1XMOK 3MECA 2XY5A 5F0XA 3AO3A 3CFPA 5KQDA 1VSMA 3PIOL 2X6NA 2WC9A 1NM1A 1KAZA 3OA9A 4B9QA 4QS9A 1TGOA 3I55N 2BE2A 2O8BA 5SWMA 3QEIA 4DR6K 5EXWA 3T1AA 3OJSA 3ZSQA 3RTVA 3OYKA 4R79A 5ADXH 5KRSA 3B6PA 4JKHA 4I6MA 1DKGD 3SBGA 3THWB 4DB3A 2IIRA 4HUEA 3D7EO 1LCUA 1YITN 3VMFB 3MXJA 3TTCA 4FWPA 1U2VB 5BPNA 3CQ8A 3KVGA 2XRIA 4JK8A 3L6QA 2BUPA 4BRFA 2Z1IA 2A41A 4DQSA 3DWLA 1FKOA 4KI4A 2YJFA 2E2NA 4B1UB 2NRRA 2OZMA 2PAVA 4O4GA 2JGUA 3OYCA 4PL7A 3DLKA 2F8TA 3LP3A 1TAUA 1NGFA 3C7NA 1SUQA 2Y1IA 3K2PA 3LANA 1VSJA 4H0YB 1IBMK 2D4WA 3OBYA 4YDUA 4FLVA 5T7BA 2D0AA 4JI0K 1SKRA 3HP9A 5FRNA 2QTDA 3D2EA 3J80O 3S41A 4JI4K 2E20A 4K42A 1FXXA 1VSFA 4CF0A 1KRPA 4JKGB 4FJGA 4CFCA 4E7HA 3NF7A 4ID1A 4L3QA 1T7PA 4WE1A 3CJBA 3LDNA 1NMNA 4CF8A 1S9EA 3A5MC 4DTRA 1KXPA 3V1QA 3J7YP 1J5EK 4B3MK 4GV6A 2PY5A 4IFYA 3VN5A 4BRMA 1TUUA 3TPQA 4WQ5C 4NYFA 5FPMA 5AQSA 4A2AA 1NKBA 2DFEA 2DTUA 1TYQB 4F9OA 3QESA 4CJLA 3CQXA 2P9KA 3SPZA 1XC9A 5FRMA 4DQ8A 3MN6A 3OS2A 3U8XA 3O9TA 3WXIA 4KTWA 4BR9A 3VQ9A 2X74A 2O8EA 4DTSA 3THYA 4WCEL 4CHZA 4JI5K 2O8DB 5CYMA 3H6EA 4ILHA 4BGBA 1GLAG 4NLCA 1N5YA 2VWJA 4CEEA 3HVRA 4MQ3A 4DMNA 5DM7L 3HZ6A 3G10A 4RTFD 2FF3B 1BHLA 1I94K 3WUHA 4GVMA 5BN8A 1D8YA 4AHCA 2XY7A 2QWQA 3U3YA 1HPMA 1T6CA 4C8NA 3ZSYA 3HVTA 3KK1A 4CGHA 3VQAA 4H0OA 3R6MA 1ATNA 3BGRA 3M8QA 3F5TA 3GOIA 1Q7YO 5IT9O 1T44A 3PO5A 3VQQA 5JICA 3U6FA 1XHZA 2F96A 1ASUA 4IZ9A 2OPPA 2QXLA 3AARA 4MO5A 4RW9A 3NH2A 4DSJA 3O4QA 4JKDA 3VQ7A 4C1NI 2A5XA 4B1ZA 3GG4A 4BQLA 4DLGA 3ALYA 2PFUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YOR A;  4YOU A;  4YOT A;  4O8U A;  4YOV A;  5CHI A;  4YOW A;  4YOY A;  4YOX A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QSY A;  1JL1 A;  4IXC A;  5I3U A;  1BDG A;  3UKU A;  4IO9 L;  3THV A;  2ZGY A;  2UXC K;  1MWM A;  4MLE A;  5FPN A;  2ETJ A;  4CHO A;  1OH6 A;  4FZZ A;  1WOQ A;  3ISN C;  4ISE A;  4CHQ A;  1RBS A;  3CYM A;  1EQY A;  5HRP A;  5GAH P;  3KWI A;  1NMD A;  5GAE P;  5GAD P;  5J2N A;  3LAM A;  4AIL C;  2HVI A;  2WFB A;  3CJA A;  2Q1N A;  3KK7 A;  4BC4 A;  1YVN A;  1NGC A;  4RW6 A;  3P38 A;  4YNQ A;  2PZS A;  1GLF O;  2FSN A;  2YKM A;  3C65 A;  3CM6 A;  2HOE A;  3RRH A;  1QTM A;  3TAQ A;  5JMV A;  3TSP A;  5AQG A;  1Q86 O;  4B8C A;  4K0K K;  1EKE A;  2A1S A;  3SJJ A;  4DF4 A;  1BA0 A;  2IS3 A;  1SL1 A;  3E66 A;  2HBL A;  1SV5 A;  1J6Z A;  3FGU A;  4CZF A;  3HP6 A;  3A0I X;  2HHX A;  2FBX A;  4FZY A;  3EEQ A;  2KTQ A;  4B9N A;  4CZI A;  3OYM A;  4X62 K;  4LF6 K;  1BGX T;  4MDB A;  4C1N K;  3E9O A;  2P5G A;  3Q7B A;  5KPR A;  4JYA K;  2KZZ A;  3LP0 A;  1MWK A;  4PUO A;  4BGA A;  4FWO A;  4M3R A;  3J7Z O;  4H5T A;  4LSN A;  5AQU A;  4XIU A;  4DR4 K;  3OTO K;  3O4W A;  3LAL A;  2H3G X;  3THX B;  5BRE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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