4YOUA

Crystal structure of a trimeric exonuclease phoexo i from pyrococcus horikoshii ot3 at 2.20a resolution.
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
229
structure length
220
Chain Sequence
MRIVAADTGGAVLDESFQPVGLIATVAVLVEKPYKTSKRFLVKYADPYNYDLSGRQAIRDEIELAIELAREVSPDVIHLDSTLGGIEVRKLDESTIDRGKEIWKELSKDLQPLAKKFWEETGIEIIAIGKSSVPVRIAEIYAGIFSVKWALDNVGGLLVGLPRYMEVEIKKDKIIGKSLDPREGGLYGEVKTEVPQGIKWELYPNPLVRRFMVFEITSKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords 3-5 exonuclease PhoExo I
publication title Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus horikoshii
molecule tags Hydrolase
total genus 60
structure length 220
sequence length 229
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4youA00
4YOYA 4YORA 4O8UA 4YOVA 4YOXA 4YOTA 4YOWA 5CHIA 4YOUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KD1O 2Z1GA 3ULEA 2NRVA 4B8CA 1ZBIA 4YFUA 1U47A 1YIJN 4FJMA 2E2QA 4IOAL 4YOUA 3CJ7A 3LDNA 2E20A 3RMDA 2BH1A 1WB9A 5AFUH 4M7YA 3PSFA 3CETA 2QKBA 3VEXA 4DS4A 3QDKA 3TARA 2JGUA 3IRXA 4GVMA 4BRIA 1MU2A 3F5TA 3I0RA 3IUCA 1IH7A 4IG3A 2UUBK 3KZBA 5M1FA 1ITGA 2P5OA 1BHLA 1QQNA 3O80A 3HI0A 1M90O 2A1SA 3OVNA 4OKJA 4CFCA 5LY3A 1RTDA 4F3OA 4KB0A 2QWLA 4AHVA 3CJ1A 4DTXA 2X74A 4KO0A 2P9SA 1XC9A 4FZZA 1P90A 1X3MA 3ATVA 3D2EB 1GLFO 2FBTA 4PKGA 1LWEA 4CF2A 5F2RA 1QZ5A 2GEMA 3L2WA 3SV3A 4JYAK 4N47A 3Q7CA 2OPRA 3DLRA 4YDUC 3ZT3A 5M1QA 1YTUA 4KH6A 3CCUN 3U9ZA 2PYJA 1JLGA 3RR7A 4DV3K 4BWJA 4IBNA 4DSIA 3IDHA 3CQXA 2VG6A 4A59A 4CBWA 4NLCA 4CEDA 2NNWA 3GDQA 2QEXN 1L3VA 1HJOA 1WAJA 3S3NA 2O8BA 4E0DA 1HYVA 4DR7K 2O8FB 5FLXO 2W6LA 4DQSA 1HNVA 3D45A 1KCFA 1K8KA 1RCHA 2VGMA 3TSUA 2A42A 3GBTA 3W0LA 4RW6A 4CGJA 1EO1A 4QS7A 3NF6A 3LDOA 4KHSA 1RBTA 1B9FA 2CH6A 3PUFA 3MAQA 3AVBA 3BF1A 2ATQA 2E8AA 3C7NB 3KVGA 1YJ9N 3DRSA 1R59O 2PYLA 3BF3A 1ILYA 3U4LA 3THYB 2ZGZA 1TYQA 1SS6A 3SAGA 1G99A 3H1QA 3SPYA 4CEFA 2ZGYA 4CK1A 4OX9K 2IAJA 4BRGA 2UUAK 3RWUA 3VF4A 4E1MA 4FOIA 4BRQA 4O55A 3D6RA 1CZBA 1Z26A 5EVZA 2ZE2A 5M1KA 5AQIA 2CGJA 2IVNA 2P9NB 3VA3A 1D5AA 3KKSA 3RSEA 4E7HA 1RDAA 1BL3A 1K73O 1JCGA 2NUBA 1ASWA 3OS0A 1XNRK 4BQZA 1VAZA 4AHRA 3IAYA 3NFAA 4H5VA 2P9IA 3KLEA 4CW7B 4JI8K 4DLGA 1EWRA 2YI1A 4M41A 2UXBK 5GAHP 3PIPL 3HP6A 1SL1A 1YHQN 1HLUA 4C8OA 5GADP 4DV4K 4ELVA 3DXKA 4DU1A 3MN9A 1GLAG 3QICA 4PL8A 2I7PA 1C1CA 3AARA 3JXUA 1CXUA 2JWLA 3TAFA 2D0PA 2Q3SA 5C2FA 3D7EO 3I55N 1TL1A 3P31A 3VTIA 4B9LA 4KB1A 3ZETA 1HX1A 2G8FA 5GINA 4W5TA 4H5WA 4CGIA 3K9KA 4JI2K 4AM7A 4OLAA 2XO7A 4BQLA 5F0XA 4DFJA 4NLBA 1XHZA 1S1UA 3VQAA 2QWOA 3A0IX 1WOQA 4BRKA 5CE3A 2QK9A 1JKHA 5KQDA 2HSTA 3MWPA 1CZAN 5BRFA 5C0YA 5DMRA 1J5OA 1N6QA 1BUPA 4U67L 3E9PA 1X1PA 3TTFA 4UQGA 4EZ9A 4MFBA 2ZWHA 3UKUB 3KK7A 3TU5A 1HNWK 1WLJA 2P9LB 2HBKA 3J7AP 3CCSN 2E2PA 4KKOA 5F1XA 1U4BA 4BRMA 4C1NI 4CK2A 3K57A 4BRNA 3H46O 3OW2M 3P1GA 2KZMA 3ZX3A 4M3TA 3NF9A 4LC9B 1V4SA 1YVUA 4DV2K 5KTQA 1QS4A 2WONA 4XH4A 3J80O 4Y1DA 5BR8K 3FR0A 1WSEA 1MWKA 3HT3A 1HQEA 1Q8IA 1VRUA 1RDWX 3PO4A 1RT1A 3K5NA 2O8CA 3OA9A 3M8SA 3L4IA 3A5LC 3T1YK 4PL7A 3EKSA 1NGJA 5BN8A 1QVFM 3VETA 4BGAA 4XIUA 4X62K 3S3OA 4EHUA 1HPMA 1KVCA 1RDUA 3SMPA 2WUSA 2OA8A 1S5JA 1WSFA 4FLWA 2B4JA 4DTJA 3V1OA 4TSXA 3O1BA 4ID1A 1VQMN 2D0OA 3WXLA 4JS5A 2P9PB 1OH5A 4PHTX 3WUHA 3CI5A 2LSNA 1WUAA 3VQDA 3VESA 4E19A 1RT6A 5TKYA 3KK2A 3SUNA 4CJ5A 4WQ5A 4FWKA 4BWMA 4CIGA 1ATRA 4W5NA 4ZHRA 1DKGD 3KJVA 2VG7A 5FDLA 3TAMA 1I39A 3SAHA 5AZJA 1GLDG 4CEOA 3T1AA 4O5FA 3A8YA 3M5RA 1LOTB 5SZTA 3AVNA 2A3ZA 1XC3A 3WXIA 4H4MA 4CFAA 3KWGA 4CEQA 2QM1A 1CLQA 1QVGM 1BO5O 5AQLA 1RNHA 3O4QA 3U3YA 4LY7A 4HUGA 4R79A 4KTQA 4QOZB 3AVJA 1SZ2A 4IO8A 4EZ6A 4A57A 1EXQA 3CCEN 1OH7A 3CCVN 3HVTA 2QKKA 3AO2A 3R8EA 2ASMA 3KTQA 1BIUA 2HNDA 3ZLJA 4DSFA 3DXMA 1BDGA 5KPZA 2KW4A 1FK9A 3MN6A 3AA4A 3VMFB 4AF1A 2VWJA 4BRHA 4DR3K 5JVGL 1NK9A 5D3GA 1A5XA 2ZQBA 2PZSA 2F9WA 3THXB 4CGFA 5HOOA 5LMUK 3AO5A 3F73A 4JKBA 1U2VA 4B1VA 4NCAA 3SV4A 4FM2A 1ZC6A 4BE1A 4B1ZA 3FZHA 3L3UA 1HNZK 4JN4A 4YOYA 3AVKA 1B92A 3AA3A 4BRAA 3SAFA 4M7XA 3ZT4A 5AZIB 4KHPK 3VGLA 4IG0A 3CCJN 3Q7BA 1XI1A 1TUUA 3OYEA 2QWRA 3OBYA 3RMBA 4K8ZA 4GV3A 3AY9A 1YUWA 3AVFA 3SUOA 1H1VA 3O9QA 4DV1K 2HVHA 2Y1IA 4J2DA 3TPQA 2YNFA 1HPZA 4JEPA 4ISEA 4A61A 1BCMA 2FF6A 4FLYA 3T1HK 3ZX2A 3M3ZA 4DV0K 3HYFA 4FJ8A 4KHNA 2P1JA 2WBNA 2RPIA 4OKKA 2XRIA 3RVCA 3CJ9A 3ENHA 1A5WA 4H8KA 1MWMA 3O4WA 5BPMA 3AVCA 2E1ZA 2QTDA 3K2PA 4KPYA 2P9UA 4ELTA 3C6HA 3ATUA 4E7JA 3UB5A 5EU7A 2DFFA 3DM2A 4OGEA 4QCLA 5I9EB 5KPRA 4M3YA 4B9NA 4BR7A 1Q18A 5HRRA 3DMJA 4RW8A 3QMLA 4FO0A 3SCXA 3OHRA 4JK7A 1DTQA 4DFMA 2RF2A 2O8EB 4OPAA 3D2FB 3QEXA 3LALA 4FJIA 3CXCM 3OBWA 5KRSA 4CF0A 3CQYA 4FJJA 2CGKA 3K5MA 4FWMA 3VQ6A 3AO1A 4B9VA 4B3MK 4DTMA 2FLOA 4B9UA 3M1FA 2DPNA 2QWNA 3H3OB 4IFEA 4PY5A 4DKWA 1NGCA 4JKDA 1B9DA 3QIPA 4JHDB 2YHAA 4H0XB 3FZKA 3ZT2A 4YORA 3CPEA 4FM1A 3HO1A 2XY6A 1W7AA 1KFSA 4I7FA 3HZ6A 4DTRA 1VSJA 4RW4A 3LAKA 1BOTO 3PIOL 2HHWA 3V9XA 4BG8A 3KD1E 4N5SA 2G8UA 3DLEA 1IKYA 1NK7A 4DFKA 1IV0A 2P5GA 3OYBA 1HUXA 3NVMA 3VQ7A 4CJWA 4JRQA 2HMIA 5BRDA 4OPKA 1J53A 1S1XA 1S1WA 5J1EA 4PWDA 4MDBA 2OZSA 1LAWA 4BRDA 5M1OA 3WXJA 4MLEA 3P5JA 4FWRA 2DFHA 4MLHA 4WF9L 3THWA 4I6MA 3V1QA 1BA0A 4Z4IA 3SK3A 1WAFA 1LW2A 2FXUA 3DOLA 2D0BA 4BREA 1NOZA 4WQ4C 1NJWA 4B9QA 5LJWA 2Q0RA 3DLGA 1VHXA 4C8MA 2YHYA 1NJYA 4DMNA 4B3TK 4KI6A 1I3AA 3UIQA 4DQ8A 2OZMA 5JLHA 2GBZA 3KWIA 5JMVA 4FZXC 3QO9A 4FPBA 3SZ2A 1TVRA 5KGXA 2ZJPL 1YAGA 4WFNL 4XEIA 3MXMA 1OH8A 2W42A 4CHNA 3VF2A 1Q9YA 4ILHA 4FWQA 3WEEB 3BGRA 1UA0A 3IKMA 4B1UB 3HOTA 1VQ5N 1E3MA 3CCQN 1KAYA 4YY3K 3N4QA 2GX9A 1T05A 3TANA 4JKHA 4FVMA 4KHUA 3DYAA 3U8XA 3B8AX 3MECA 5HBMA 4DQQA 1QQMA 3TSPA 4KHYA 1S6QA 1VSLA 5AR0A 3V81A 4RCHA 4FYDA 1HKBA 1NMNA 3MMVA 2GWKA 4JI0K 1E4GT 3NF8A 4HCCA 3DI6A 4ID5A 4JKGA 3VEVA 1T3VA 2HF3A 2VYPA 1BG3A 4DR6K 1RDDA 3O3FA 1TUYA 2EWSA 4KH4A 4YOXA 5AJ3K 3L8BA 3O8MA 3KK3A 3ENBA 4FW2A 3ZEUA 1YXQA 3ZSRA 3CYMA 4DQIA 3I8DA 3M8QA 4FJLA 4BVPA 1WN7A 2O8DA 1VRTA 4JI4K 4GNIA 1FW6A 1W97L 2Z1IA 3UKRA 4CZLA 2B5JA 4LF7K 4FWLA 4LF9K 1RBSA 5M1PA 3QLHA 3TI0A 2IC3A 4I9QA 4OLBA 4K41A 3FLCO 3IS9A 4RWTA 4H0PA 4WCEL 4ZTFA 4CCHA 3AVAA 1T44A 1HMVA 3LWLA 4X66K 2RKIA 3OY9A 3CF5L 1N33K 3CMAN 4FLVA 1IBMK 4BE2A 3F2KA 1NGBA 4CVNE 2DTUA 3H6EA 1S22A 3ZSZA 3KLFA 3RR8A 2QWQA 4CESA 1UA1A 3QNNA 2Q36A 3LL3A 4CEZA 5FPNA 1Y97A 4Q5VA 2YCHA 4FW1A 1KXPA 1NGGA 4ZTJA 5CHIA 1BQMA 4H5NA 3HP9A 1T6CA 2XY8A 4CJ4A 5I42A 1NLVA 2F9TA 3HRGA 3T3FA 1EP4A 4JLHA 1IO2A 4BC4A 1NKBA 3CCLN 1LW0A 1ZBFA 1RDBA 3EYZA 2E4LA 4IDHA 3VENA 3HOSA 2VCPA 2A1RA 4CD3A 2AA4A 3AGKA 1TKDA 3TWHA 3P4IA 4FL9A 2WTUA 4DTUA 5AQNA 3NCIA 2YKMA 1NNEA 5EOYA 3ULDA 3LDQA 4B9TA 2JLEA 2OTLN 1QHTA 3EEQA 4DV6K 4F4KA 3DOKA 1E4FT 1NJIO 2D5RA 3A5MC 1D8YA 4C23A 1EKEA 3VQ9A 4LF4K 2IS3A 3THVA 5J2NA 4BRPA 3SBGA 4Z4CA 4Z4HA 1FJGK 3TAPA 4FWOA 4Z4GA 3NH2A 3MN5A 2QWMA 4YDUA 4CIEA 4JI1K 4JD2A 2Q2RA 4DF4A 2A5XA 4FJ9A 2IOCA 5FPDA 4CGHA 3VQQA 1IJJA 3CFOA 1VSIA 1HR0K 3G25A 3SMSA 1J5EK 1KQSM 4CJPA 3CPWM 1L3SA 4WE1A 4OVLA 2EHGA 2NLXA 4CEAA 2HHSA 4JKEA 4DS5A 1U45A 4X65K 1NK5A 1GOAA 3M8RA 1TK0A 1BI4B 1KSPA 2KLAA 1ESVA 4BR9A 4H0YB 4HTLA 3CC2N 3SUQA 1KAZA 4CECA 3CCRN 2XY7A 3FGUA 3P39A 3SYZA 3CIPA 2B6AA 3HXMA 1KLMA 1TKXA 4HTUA 1JLBA 4K8XA 1S6PA 3VQCA 3WNFA 4EIAA 2HBJA 5BN9A 1NMDA 2QWPA 5GIOA 4H03B 5KPTA 1IKVA 4IEIA 5AQZA 1MA9B 2BGGA 3NGZA 3QIOA 2VQEK 2QW9A 3PX4A 5K14A 4BG9A 1HKCA 3V9SA 4IFYA 1K6YA 4BDZA 4B9MA 4BRLA 3K5OA 4JRPA 2HOEA 2KZZA 1VQNN 4FJXA 1XUPO 3MDQA 2P9KA 3EE8A 1XQSC 4Q0BA 4AHCA 4CJTA 1ATNA 1Z05A 2GWJA 3SQ2A 4OPHA 4XH5A 3JSMA 1QZ6A 2V7YA 4Z0UA 3T19A 1TK8A 3VF6A 1Q7YO 3AVHA 4PUOA 4DSJA 3VPZA 5KRTA 3T7ZA 1TK5A 3FZFA 4JNEA 2OPPA 4CEBA 3CJCA 3MCAB 5SWMA 3NGYA 4KFBA 2G8VA 1KAXA 4M3XA 3LPTA 1RBVA 3LP0A 4AH9A 4KTZA 3NF7A 5AQMA 4NB4A 1N32K 4FXDA 4I2PA 3VEWA 2AP1A 5HRNA 4DU3A 3QEWA 1C1BA 3ZT0A 4BC2A 4LSLA 3BDPA 4I2QA 3S3MA 4O0IA 1NK8A 3P83D 5AQHA 3O3GA 3LP3A 1NGDA 2HHXA 3GE1A 2BDPA 1W9HA 2GUPA 1VSFA 2I7NA 4O4GA 1NKCA 1IBKK 5E26A 3OYAA 3D0PA 4FWPA 1RT2A 1VQ6N 4H0TB 1SL0A 3O9UA 4CF9A 3E1YA 4CJQA 1U6ZA 4OKEA 5J2QA 4IKFA 4FLUA 3QNOA 4JI5K 1HJRA 2FC0A 1S1TA 3D2EA 3G4SN 4FWSA 5AQFA 3EY1A 3HPGA 4OJRA 4DHYA 3OYKA 3J81O 1YJWN 1NKEA 5CY4A 3BZCA 4RW7A 1QTMA 4NYFA 4PA1A 3MX2A 4CEEA 1VQPN 3S9HA 5AQRA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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