4YOUA

Crystal structure of a trimeric exonuclease phoexo i from pyrococcus horikoshii ot3 at 2.20a resolution.
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
229
structure length
220
Chain Sequence
MRIVAADTGGAVLDESFQPVGLIATVAVLVEKPYKTSKRFLVKYADPYNYDLSGRQAIRDEIELAIELAREVSPDVIHLDSTLGGIEVRKLDESTIDRGKEIWKELSKDLQPLAKKFWEETGIEIIAIGKSSVPVRIAEIYAGIFSVKWALDNVGGLLVGLPRYMEVEIKKDKIIGKSLDPREGGLYGEVKTEVPQGIKWELYPNPLVRRFMVFEITSKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords 3-5 exonuclease PhoExo I
publication title Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus horikoshii
molecule tags Hydrolase
total genus 60
structure length 220
sequence length 229
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4youA00
4YOWA 4YOVA 4YORA 4YOXA 4O8UA 4YOYA 4YOTA 4YOUA 5CHIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DXMB 4CBXA 1WSGA 3HVRA 3N4QA 1OH8A 3QETA 4ISGA 5K14A 3VQ6A 4B9LA 4RW6A 1JLBA 2FSNA 2X6NA 4CHNA 3EZWA 1O13A 2QWQA 3V9WA 3MN5A 5GAEP 4DSKA 1RDWX 3O3HA 3NGYA 3ENOA 3VERA 1W0HA 5SWMA 3CCMN 1D8YA 2DFEA 3LAKA 4I7FA 1TKDA 3QNNA 4JKHA 1F21A 1YT3A 1X9SA 3P31A 3RMCA 3THYB 4WFBL 4KTZA 2PYLA 4CGGA 1XUPO 2VWKA 1TL3A 2JWKA 3DM2A 3KVGA 3U4LA 3WXLA 4CJ4A 4OPAA 1HQEA 1K8KA 5AQFA 4OKJA 2OPRA 4DQRA 3T19A 4DF4A 4H0TB 4FL9A 3JSMA 4ZTFA 1N33K 5C10A 4CZMA 3C6TA 3GL1A 4O44A 5C2FA 4NYNA 1REVA 1WSHA 3VENA 3VQQA 3AVIA 3ZEUA 2ZQBA 4DR3K 4EZ9A 2O8FA 2O8DB 4CI6A 4WFAL 1T7PA 1SS6A 1WAJA 4JI1K 4IDKA 2UXBK 1GLEG 1J53A 5AQQA 3EZ5A 3H45C 4O0JA 4N76A 3OS1A 4IG0A 4IFEA 4JAXA 4H5WA 1RBUA 3TI0A 3KD1E 4H0OA 5E84A 1SKWA 5J2PA 3PX6A 4FWSA 1NOYA 3SUPA 4WQ4A 3OYEA 2FBYA 3O9QA 4E1NA 5B8HA 2E88A 3HSTB 5C2DA 1EXQA 3KK1A 4EP4A 1D5AA 3DLHA 3ATUA 1QZ5A 3OA9A 4EZ6A 1HNVA 1JLFA 1TGOA 1BUPA 3HBTA 2QWOA 3UKRA 2FBVA 1JLCA 4DU3A 5CYMA 3K57A 1YVNA 4CK1A 1NK7A 4O4GA 1C1BA 4CECA 3M3ZA 4B1XB 4IOAL 3BF3A 4FLWA 1EO1A 4DV7K 2PAVA 2P5GA 3L2UA 1KSPA 2PY5A 4CK3A 4CZFA 2O8FB 2E2QA 5T7BA 2HHXA 3NVMA 3VEXA 5AQVA 4CZGA 3SUNA 2E2OA 1IG9A 2W6KA 4LD0A 4DKWA 4CF0A 5CE3A 3Q7CA 5DMRA 2HOEA 4N5SA 3BGRA 4CGIA 2Q31A 1QQCA 3O6WA 4E19A 2LSNA 4CE9A 2HBJA 1CLQA 5KGWA 3DXKA 4BC2A 3E9OA 4M7XA 4CF2A 1QSLA 4MO4A 3LDPA 3O9UA 2KHOA 4H5TA 1Q81O 3DYAA 4KBOA 1VQON 3LWLA 4JK8A 1RT4A 1OVYA 1A5XA 3CCEN 3V81A 2RE2A 4LF4K 3AO4A 2WOMA 1YHQN 3H3NO 3VPZA 1YAGA 4ID1A 2QKKA 1VSEA 4G9ZA 4E7KA 5C0YA 1RT2A 4B9TA 4GVEA 3WUHA 5AQPA 1NNEA 2Q97A 3AARA 4LH5A 4FZZA 5AQYA 3RR8A 5J1EA 2B5JA 5CYQA 4I9QA 4BRQA 1VQLN 1S1TA 1VQ4N 3O9RA 5KTQA 3QICA 5FPDA 1Q18A 3G71N 1LCUA 4YORA 3VQDA 4CJLA 4XH5A 5AZJA 3TWHA 4BDYA 2HVIA 2NRVA 4FWNA 3HI0A 3VOVA 3H08A 4EP5A 3V4IA 4IBNA 4MO5A 3QO9A 3U3GA 3QLHA 1BL3A 4JKGA 5FRMA 4FJNA 4QAGA 3ZSZA 2E1ZA 4OLAA 1LAWA 2P51A 2HBMA 1NKEA 3V1QA 1UWBA 1JLAA 3SV4A 4JN4A 4M45A 5JLHA 5M1FA 2QWLA 3B6OA 1U48A 3PY8A 5CZ2A 4KI6A 4W5QA 1BG3A 1UAXA 4FK2A 1E4GT 4K41A 2F9TA 1L3VA 1NGCA 3ASMA 3CCQN 5LL6Z 1Y97A 4EHTA 3PO4A 1WSIA 4DLGA 2KLAA 1YTAA 4BRDA 4AHVA 1QE1A 3O9SA 2YHYA 4KKOA 2NRWA 4AM7A 1GLJO 3AVHA 1C0GA 2P9LA 4O0IA 1IG8A 3CFRA 4LY7A 4IG3A 3MDQA 3AVAA 3MN9A 3O4NA 3H46O 5M1NA 4CESA 4X66K 3CJ9A 1B92A 4IO9L 2P9KA 4JRPA 5M1OA 3MWPA 3VQPA 3VGKA 4DR6K 1K8AO 3BEXA 4JKGB 1HJOA 4DSIA 5GINA 3F5TA 1IBMK 4BRFA 4B9QA 1NWKA 2IVOA 3P38A 2A40A 3ZCMA 3A8YA 3U9DA 2YNFA 2YKNA 3MAQA 1LOTB 3QEPA 1C0FA 4Z94A 3EY1A 4CVNE 3MEDA 3KWGA 3KHYA 3RMBA 3HOSA 3MEGA 3R3LA 4CEOA 4CFDA 2Z1GA 4HUGA 3VA3A 3VN5A 1TV6A 3V1RA 3KTQA 1MU2A 2P9LB 5M1PA 2VG6A 3HVTA 3HT3A 1X1PA 4E89A 4B9MA 2UXCK 5AQLA 4AHSA 4AILC 2ASMA 3E9PA 2JGUA 4BQZA 3LM9A 4CJKA 3BZKA 5HROA 3AAPA 4OKEA 3DLKA 3ZT3A 4LF5K 3CETA 3THXB 5EU7A 1TK8A 4M3YA 3ZSWA 4KHUA 2WBNA 1KQSM 1YTUA 2ASOA 5BR9A 4YOXA 4IJAA 4F4KA 3QFUA 3TSUA 4H5NA 1NJIO 2Q36A 1VQ6N 1ITGA 5KPZA 1ZBIA 1TKXA 4FK4A 4BC5A 1NGDA 3BP8A 2O4IA 3VETA 3CJBA 1DGKN 3HYFA 3K9JA 4BRAA 3G6EN 4Y1DA 3CYMA 3L4QA 4CZLA 3J80O 3Q7BA 1BU6O 3WQTA 4A59A 2NRRA 4RW8A 4ID5A 4XEIA 1KVBA 4OVLA 1QTMA 2W6LA 3DLRA 1QQMA 3GG4A 4OKKA 3WXIA 1NGJA 3OYFA 3HL8A 2E6LA 4CD1A 4CFCA 1RT6A 1EQYA 2P9IA 4AF1A 5FPNA 3P5JA 1KC8O 3I33A 4KH5A 3VTIA 2E20A 5AQRA 3OYAA 2D0PA 3IKMA 4DMNA 3L2WA 1SL0A 3L3VA 4PKHA 4O8UA 4O5BA 1Q7YO 4AQYK 2RHKA 3ZT4A 4AHUA 1IKXA 2VG7A 1S9GA 2VGNA 3LM2A 1D4XA 1ZBLA 1BO5O 1TYQA 4FWLA 4O5FA 1IBKK 1ZXOA 1A5VA 2RKIA 3W3DA 4CEQA 2PYJA 3UKUA 1MA9B 3OVNA 3ALYA 1U47A 3WQUA 4M3WA 4E7HA 1YI2N 3CCSN 4E3SA 4DFKA 3FZFA 4FJIA 4LF7K 3QMLA 2D4WA 4AHRA 3LZJA 5AQIA 1HNXK 4BE0A 2O8BA 3DRSA 1X9JA 3N4PA 5F1XA 4BE1A 4FJ7A 1DTTA 3R6MA 1RBRA 3NF8A 2X78A 2HHQA 2P9IB 4M3ZA 3CCRN 1Y64A 3TTFA 4CGFA 5H1SQ 2QXFA 3OHRA 3OYDA 1U2VA 3K0SA 2UXDK 3MMVA 4W5TA 3C7NA 5KGXA 2D0OA 3ZX2A 2GELA 3HPOA 3LDSA 1HKCA 4LC9B 4DSJA 1BIUA 4CZKA 5E41A 3O3FA 3A2FA 3M6GA 4FO0A 3VEWA 1XI1A 4CZHA 2IGIA 2G8KA 3A5LC 4GKJK 3FE1A 5CZ1A 4Z4HA 4B3RK 2GWJA 2YJEA 2F9WA 3M1FA 3CQXA 3UKUB 4FJXA 4RCHA 4FVUA 2VGMA 4B1UB 1WAFA 1HYZA 1BQNA 4YDUC 1S9EA 4KH6A 3V9SA 3MEEA 1EETA 3VQBA 1D9FA 4A5AA 4J2BA 2HF4A 3PO5A 2YX6A 5AQHA 1EP4A 4L3QA 3SCXA 3MXJA 3LPUA 5ELZA 4FJGA 1U2VB 3KK3A 5GAHP 2XY6A 5HRPA 5EX5A 1RTHA 2FC0A 3VQCA 4QS8A 3CHWA 5AQJA 2OANA 3IG1A 2ETJA 2O8EB 1NGAA 5FRNA 1WLJA 3TAQA 4FLZA 4N41A 5AQGA 4BC3A 5JS2A 2VWBA 3PUFA 2WUSA 3P4IA 1RTJA 1S1VA 1DEJA 2QM1A 3H1VX 3ZT2A 1RILA 2PFUA 5CHIA 4F9OA 3L2RA 3DLLL 3VESA 4YNQA 4KO0A 3L0QA 4GMJB 3S41A 3V6DA 3KKSA 1NGEA 1VSKA 2Q0UA 1N36K 2ZGYA 2P5OA 4K25A 1ATRA 5JLFA 4M41A 4E0DA 3PV8A 3TARA 3O5BA 1GLFO 2G8IA 4J2AA 3A5NC 1VAZA 3SJJA 5JICA 3EN9A 4CGDA 3DRPA 2QI2A 4DSFA 1Z26A 1G99A 3WEEB 1EWRA 3L6QA 3F73A 5CY4A 4CEEA 4CCHA 3HOTA 3SV3A 3FZMA 1RT5A 3QIOA 5BPMA 4E7JA 4BR0A 1HNWK 4F2RA 2NRHA 2F7TA 3K5OA 3CQYA 3EL2A 4CHOA 2P9SA 3AVBA 3C65A 3EEQA 2W40A 3O80A 1BI4A 1HQUA 3D6RA 4DV4K 1KAYA 3NF6A 4N47A 2UYTA 1WB9A 1OKJA 3D2FA 3K5NA 1VSIA 2AJQA 3SBTA 2BH1A 3EE8A 1W97L 4M3UA 2NLXA 3WNHA 4JI5K 1WBDA 4KPYA 1JXEA 4JNEA 4MLEA 3U6FA 4DQPA 1U04A 2X74A 4Z4GA 3O4WA 3SAHA 3S3OA 4CJQA 3SQ2A 3HRGA 3CCJN 3D7EO 1SL2A 1LW2A 2IS3A 2ITMA 1YXQA 4H03B 3GBTA 3L8BA 1HNZK 3J8AA 4X64K 2YI1A 5C24A 1NK9A 4I9LA 4I6MA 4WQ5A 3ZSXA 4Z4EA 2J4RA 1RTIA 4CIEA 1DLOA 4JKBA 4OPKA 1GOAA 1NJXA 3CG7A 3P39A 2WFBA 1FK9A 4ELVA 1JLGA 4J2DA 4DV6K 3I0RA 3ITHA 2QKBA 4OO1J 4J2EA 4CJFA 3TAPA 2P9SB 2DPNA 4W5OA 4WYBA 5AQMA 1HKGA 3I8BA 3HSCA 1C1CA 4TSXA 4BRPA 2QWPA 1HYSA 4F2SA 1GOBA 4ELTA 3TANA 4FJJA 3OYNA 1XNQK 3SPZA 4CJRA 3LP3A 3OYLA 1W2BM 2FXUA 2QWMA 3JS6A 3A5OC 4E1MA 1NMDA 3VF2A 1NLVA 4B3OA 4DF8A 4CJ7A 2KKZA 3ATVA 3L3UA 3S9HA 5LMUK 1T6DA 5AQOA 4FVMA 2Z1JA 4IEIA 1K8KB 4LF9K 4JD2A 2Q1NA 2GWKA 1S72N 4M3TA 4JKCA 3SAFA 4X62K 4CGHA 3NMUA 2P9PA 4ISEA 2G8WA 4ICLA 5J2NA 4FCYA 3THWA 3ZEUB 2QEXN 4B1WB 4K8XA 1VSJA 4BREA 3NFAA 2UUAK 3K5MA 4H5RA 4WQ4C 2YJFA 2HHHK 3SQ1A 4DWIA 1IKVA 1O1WA 1GLAG 3B8AX 3AA2A 3EKSA 4H5VA 1WN7A 2B6AA 3AO2A 2ZM6K 2HHSA 2KFZA 3ULEA 4Q0BA 3G4SN 3O08A 3VQ7A 3WNGA 1Z6RA 1GOCA 1X9MA 2YHAA 4QS9A 2A1RA 4KHYA 1C6VA 3HO1A 5ADXA 4NO7A 2Q0RA 2HBLA 1SZ2A 1QSSA 2CGJA 3LALA 2HVHA 1BGXT 4YFUA 3DJCA 2OZSA 5I9EB 3FZKA 4DV0K 1RDUA 1C0UA 3AO1A 4JK9A 3UKRB 1KLNA 5CR4A 3AVCA 5EXWA 4B3TK 4ISFA 1KRPA 4NLCA 4BRCA 4OPJA 2D1KA 3RRGA 2HHUA 5ADXH 3R9PA 2IAJA 2NNWA 4GNIA 4FLXA 3KLHA 2XY8A 2GBZA 1DTQA 3TSPA 3H1QA 1H1VA 2WC9A 4FW2A 3OYHA 1Q8IA 4CEFA 4Q5VA 1T05A 1XNRK 4K42A 3KLIA 4FWPA 4DLEA 4KHNA 3AVKA 1IH7A 3ZLJA 1C1AA 4HCCA 4LH4A 3I56N 3MK6A 4JKAA 1J6ZA 4IOXA 3AAQA 1ASWA 3T69A 1RBTA 3C6AA 2G8VA 1SUQA 5HBMA 3HJFA 2ZE2A 5A2QO 1X3MA 3DXKB 4FJ5A 4BG9A 2OTJN 1U6ZA 2VQEK 3AA5X 3AVJA 1SQKA 3M8SA 1S6QA 1GLCG 3CPEA 3MX2A 1XMOK 2ATQA 4DV1K 3ULDA 4FXDA 4BWMA 4CJ3A 1JJ2M 4CZEA 2HHWA 4CF8A 4QOZB 3DRRA 1RDDA 3F9MA 2A42A 4JYAK 5JMVA 3VEVA 3OYMA 2RPIA 4QCLA 4JK7A 3FR0A 1NBWA 4I2QA 3VQEA 3DAWA 5JVHL 2GUPA 2E2PA 4PL8A 4KI4A 2HNZA 4JLHA 1VSMA 3SMSA 3CCUN 3FZLA 1RT3A 4RTFD 4Y1CA 3KLGA 4BR5A 3MECA 4HUFA 4LF8K 3KLFA 3BF1A 1G15A 4FW1A 5AQTA 3WT0A 3ID6A 4UY8O 1ATSA 4AH9A 3KK7A 3BUZB 5AZJB 4H8KA 5HRSA 2OZMA 4Y0WA 3D45A 2A5XA 1NGGA 2FBTA 4B8CA 3NGIA 1HMVA 1XC9A 1HX1A 4FOIA 4ILJA 1Q82O 1I94K 5LJWA 2Y1IA 2ZJRL 1MWKA 1JCGA 4JI2K 4DQ8A 1OH6A 4GW6A 2BGGA 4V19S 4ILHA 4CBUA 1NU0A 3V9XA 3QNOA 4OX9K 2NUBA 3SBGA 3VQ8A 2E1YA 2FSKA 1CXQA 2P9NA 1CZ9A 3PLAA 3LDNA 3OJSA 2G8UA 1T44A 5F0XA 4B1VA 4NCAA 3THVA 3VF6A 1MWMA 3RTVA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YOW A;  4YOV A;  4YOR A;  4YOX A;  4O8U A;  4YOY A;  4YOT A;  4YOU A;  5CHI A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DXM B;  4CBX A;  1WSG A;  3HVR A;  3N4Q A;  1OH8 A;  3QET A;  4ISG A;  5K14 A;  3VQ6 A;  4B9L A;  4RW6 A;  1JLB A;  2FSN A;  2X6N A;  4CHN A;  3EZW A;  1O13 A;  2QWQ A;  3V9W A;  3MN5 A;  5GAE P;  4DSK A;  1RDW X;  3O3H A;  3NGY A;  3ENO A;  3VER A;  1W0H A;  5SWM A;  3CCM N;  1D8Y A;  2DFE A;  3LAK A;  4I7F A;  1TKD A;  3QNN A;  4JKH A;  1F21 A;  1YT3 A;  1X9S A;  3P31 A;  3RMC A;  3THY B;  4WFB L;  4KTZ A;  2PYL A;  4CGG A;  1XUP O;  2VWK A;  1TL3 A;  2JWK A;  3DM2 A;  3KVG A;  3U4L A;  3WXL A;  4CJ4 A;  4OPA A;  1HQE A;  1K8K A;  5AQF A;  4OKJ A;  2OPR A;  4DQR A;  3T19 A;  4DF4 A;  4H0T B;  4FL9 A;  3JSM A;  4ZTF A;  1N33 K;  5C10 A;  4CZM A;  3C6T A;  3GL1 A;  4O44 A;  5C2F A;  4NYN A;  1REV A;  1WSH A;  3VEN A;  3VQQ A;  3AVI A;  3ZEU A;  2ZQB A;  4DR3 K;  4EZ9 A;  2O8F A;  2O8D B;  4CI6 A;  4WFA L;  1T7P A;  1SS6 A;  1WAJ A;  4JI1 K;  4IDK A;  2UXB K;  1GLE G;  1J53 A;  5AQQ A;  3EZ5 A;  3H45 C;  4O0J A;  4N76 A;  3OS1 A;  4IG0 A;  4IFE A;  4JAX A;  4H5W A;  1RBU A;  3TI0 A;  3KD1 E; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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