4YOUA

Crystal structure of a trimeric exonuclease phoexo i from pyrococcus horikoshii ot3 at 2.20a resolution.
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
229
structure length
220
Chain Sequence
MRIVAADTGGAVLDESFQPVGLIATVAVLVEKPYKTSKRFLVKYADPYNYDLSGRQAIRDEIELAIELAREVSPDVIHLDSTLGGIEVRKLDESTIDRGKEIWKELSKDLQPLAKKFWEETGIEIIAIGKSSVPVRIAEIYAGIFSVKWALDNVGGLLVGLPRYMEVEIKKDKIIGKSLDPREGGLYGEVKTEVPQGIKWELYPNPLVRRFMVFEITSKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords 3-5 exonuclease PhoExo I
publication title Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus horikoshii
total genus 60
structure length 220
sequence length 229
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4youA00
5CHIA 4YOYA 4YOXA 4YOUA 4YOVA 4YOTA 4YOWA 4O8UA 4YORA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3R6MA 1NKCA 2P5OA 4FJ7A 1U6ZA 3F5TA 1SS6A 3DXKB 3VQQA 4B3TK 4IJAA 4CHPA 1IKXA 3O6WA 3SAGA 2WONA 3LP3A 1NJXA 1TUYA 2DPNA 3FR0A 4OJRA 1V4SA 5DM6L 3VF2A 1VSDA 5JICA 1CZBA 1T3VA 4DTRA 1EKEA 5AQQA 5C2DA 1TYQA 2IDOA 1N36K 4BDZA 4FYDA 3A5NC 4BVPA 5AQIA 4JD2A 5C15A 1YXQA 1ZBLA 3A8YA 3QB0A 2VG6A 4FJLA 3HOTA 5BN8A 3VGKA 2JLEA 2IVOA 2X74A 3T1HK 2YNGA 4FWPA 4PKHA 4FWNA 3AY9A 4YOYA 1ZBFA 4QS7A 2P9UB 1FW6A 2E20A 3O1BA 2KHOA 4B1VA 5LJVA 4CJUA 2ITGA 2J4RA 1NGJA 4E7JA 2G8FA 1OKJA 4FWQA 2VQFK 2F9TA 4ZTFA 1FKPA 2VWBA 3UIQA 5KGXA 1NGHA 4M3ZA 2GELA 3Q7CA 3ULDA 4JI7K 1UOCA 2NUBA 1TKTA 4DUZK 5JS1A 2CH6A 1TKZA 3VN5A 4NXNK 3PX4A 2NZTA 4LF8K 3O4QA 3O9TA 1VK0A 1J6ZA 4DF8A 4N41A 3VQ6A 2JWKA 1T05A 2V7YA 3LDPA 1KQSM 1NU0A 4A5BA 3J7YP 2B6AA 4FZXC 1VRUA 1RBTA 4WCEL 3MEDA 2VCPA 4K43A 2QXLA 1A5WA 5ELZA 4DQPA 5AFUA 2O4IA 1HYSA 4JS5A 3KLGA 4H4OA 4BC2A 1TK8A 1RTHA 1QE1A 2YI1A 1NG9A 4A5AA 3NE6A 4Z94A 3K0SA 2P9IB 4ILJA 2P9PB 3EYZA 3ENHA 4PHTX 3SQ0A 3O9QA 1HUXA 2YX6A 4FL9A 3VERA 4CJVA 3UKUB 3QNOA 4F3OA 3OTOK 3THYA 4J2EA 4WQ5A 1GLEG 4XH5A 2D0CA 2QM1A 4ILGB 4PKGA 3WNGA 1NWKA 2RN2A 1EWQA 4WFBL 1S3XA 3MWTA 3QBWA 3VQ8A 3CCUN 2IVNA 3TSQA 2YJFA 1CZAN 4WF9L 3HBTA 2G8UA 3CCJN 5EOYA 2F7TA 2PFUA 3DRSA 4MO5A 1BQNA 3KK3A 1YTAA 4DTJA 2G8VA 3DXMA 3ZETA 3O9SA 4YOUA 3LWMA 3AVFA 3F9MA 3ENOA 1HLUA 2E2OA 3O4WA 1S1UA 4Z4HA 4EIAA 1RGIA 1XWLA 1SL1A 1BOTO 2P9KB 1JLQA 1B9DA 1VSKA 4H0PA 4FJJA 1X9SA 4CF8A 1WSEA 5TKWA 3QEIA 3KIOA 2BTFA 3C7NA 4OKKA 3QO9A 1TK0A 4KV8A 2DFEA 1M1KO 3KLHA 2VYPA 3MMVA 5EY4A 1LW0A 4CHNA 1BQMA 4DS4A 1LWFA 4GKKK 1RT5A 4Z4IA 4CF9A 4HCCA 2F8SA 1TKXA 3AA5X 1RBRA 2D1KA 1X9JA 3DRRA 3OYAA 1XHZA 5BREA 1P8ZA 5AFUH 2G8HA 1HRHA 1R59O 4CK1A 1S22A 1ZC6A 4JRQA 1HQUA 4Y0WA 1XC3A 4ID5A 2D5RA 5GIPA 1HPZA 5BPMA 2HNDA 1RTDA 4CEQA 4KBOA 2BH1A 3HP9A 3FFKB 4HUEA 3HK2A 1W7AA 2ASMA 1BU6O 1HKCA 2A5XA 4FK4A 1BGXT 2A3ZA 3OYIA 1QQMA 3IRXA 3TTCA 4C8OA 4K8ZA 3RRHA 1BI4A 3D7EO 1VQMN 3OS1A 1VQ8N 5AZJB 2KKZA 3C95A 3I56N 4A57A 4ICLA 5AQOA 5BPLA 3QEWA 4ISEA 5AQUA 4BRQA 1XUPO 3QIPA 1W9HA 3OS2A 4EZ9A 3WNHA 4BROA 3T69A 1YJWN 4KHQA 3OYHA 1D9DA 1MA9B 3RTVA 3SAFA 4DSIA 2CGJA 3D0PA 2O8FB 1YJNN 1C6VA 3K5MA 1NOZA 2CGKA 1U04A 1E4GT 3AAPA 1OH7A 1RT7A 3AVNA 5KGWA 3V1QA 2NLXA 4H5VA 3M8SA 2H3GX 1XMQK 3D2EA 4FLYA 3CJ9A 3ZEUA 4U7BA 3AVGA 3VQDA 3SAHA 3HPHA 2DY4A 4TSXA 3KK7A 2HBKA 1U49A 3EN9A 5JLHA 5BR8K 3O4NA 5JS2A 3SUQA 2GEMA 4WQ4C 1GLCG 2O4GA 5AQMA 3W0LA 1KFSA 4W5QA 1VQ9N 4B1WB 2YKMA 3DLLL 4DTOA 4FVUA 4CGGA 4DV3K 3OJUA 2QW9A 3L3UA 3OW2M 4DU3A 2B4JA 3M8PA 1YI2N 3AVAA 2E1ZA 3ZSOA 1JCGA 3KKRA 2UU9K 3NMUA 1L3UA 5FPDA 1HNVA 2HVIA 5FRNA 4CZEA 5AQRA 1SUQA 4YFUA 3RRGA 5AQKA 3LAKA 1IKYA 2HHHK 4NXMK 4BE2A 3ZLJA 4CD3A 3RVCA 5CY4A 4GV9A 3OYEA 4JI5K 1U45A 1REVA 3N4PA 3MN9A 4BC4A 4DV6K 4O4GA 3EE8A 1I39A 4I2QA 1WAFA 3O3FA 3IKMA 3MWPA 4FPAA 5AQNA 2UUBK 4H5TA 3LDQA 2Q1NA 4DLEA 4AF1A 1IJJA 2O8BA 1BDGA 3U4LA 4WQ4A 3B8AX 1MWKA 5C10A 4RWTA 1T8EA 2D4WA 1HNWK 5IWAK 2DFHA 1FJGK 1LCUA 4C1NK 3CQYA 3VEYA 2A6AA 4B3MK 3KWGA 5FPEA 3SUNA 4IEIA 1EP4A 1KTQA 2RE2A 3H1QA 4IO8A 1Q81O 4U67L 3CJCA 4O5FA 4BRCA 3S9HA 1NNEA 3O9RA 4IKFA 2XY7A 4LSLA 1W2BM 3JYTA 2NRVA 3ZT1A 3T19A 5C42A 4JYAK 3SQ1A 2E2QA 3CCEN 4JEPA 3VGLA 5BRHA 3K9JA 5M1QA 5KPTA 1QHTA 5AR0A 5HLFA 3LP2A 4LFCK 5F0XA 4LF6K 4I7FA 4CCHA 2HMPA 5M1OA 4OPJA 1GOBA 5SWMA 4CIEA 5H1SQ 3J80O 2GUIA 3QDKA 5GAEP 4Q0BA 5I9EB 1VQPN 3NCIA 3OY9A 3J7AP 4DV1K 1YIJN 4QS8A 4BRFA 2XY8A 4E3SA 2G8WA 3C65A 4IDKA 2RHKA 4JAXA 3CJBA 3SV4A 3LAMA 1QQOA 4PQUA 1KAZA 1C0MA 2FF3B 4BREA 1U48A 4B1UB 3V81A 4NCGA 4PWDA 3L6QA 3BGRA 4AM7A 1ESVA 2X78A 2GTDA 4FM2A 1EETA 2P9SA 1TAQA 4YDUC 4CJTA 4AHVA 4DSEA 3OYNA 3J8AA 1BIZA 2EHGA 2LSNA 1Z25A 3CCLN 4LD0A 1XHXA 4FK2A 3CYMA 1RDWX 4GVEA 3VQBA 2XO7A 1S6PA 4DLGA 3G71N 4DU4A 4M3YA 4EP5A 4W5RA 1NKBA 1JLFA 3LWLA 3OHRA 1CXUA 4K41A 4Q5VA 4M63C 3MCPA 5BRFA 4KB1A 4FJNA 1J53A 3ZSWA 4YHHK 4JRPA 1VQLN 2ATQA 2UXDK 2KQ2A 4BRIA 2G8KA 1KLNA 3TTFA 3PX6A 4FK0A 4FW2A 2O8EA 3HM8A 5I42A 1U47A 1RT6A 4CZKA 1GOCA 4H03B 3VEVA 4F4KA 1SKSA 3I8DA 1JXBA 5LMUK 3O3GA 4WE1A 3R9PA 2HHQA 2XY6A 3H1VX 1BISA 1D8YA 3IAYA 2IOCA 1DT9A 2FC0A 4H0YB 4E7IA 3AO2A 4OX9K 3U3YA 1WB9A 3SYZA 4ZHRA 1L5UA 2QI2A 2OZMA 4K25A 2QEXN 2WTUA 4M41A 4YDUA 1EWRA 4LSNA 1J54A 3OYMA 3CFPA 5F2RA 3D2FA 2DFFA 1K8KA 4DQIA 3HVRA 3O8MA 5TKYA 4L8RB 1XMOK 3DLBA 2HHUA 1VQ7N 4CIGA 3AV9A 3H08A 2RF2A 2HOEA 2PYJA 3ULEA 4JI2K 4BRLA 1NBWA 1IO2A 1NMDA 4E1NA 2VWJA 1ASUA 3HL8A 4FJKA 4BGAA 5J2PA 3LM9A 4DCHA 3AO4A 4J2BA 3ZCMA 3RMCA 4JKHA 3A5LC 1TYQB 3HZ6A 3CCRN 4BR2A 4OPAA 2CH5A 1ATSA 1L3SA 1KVBA 1ZXOA 4EAHD 4UY8O 3C6TA 2HW3A 1LOTB 4N47A 3D6RA 2A41A 3FFIA 3E66A 4I2PA 1J5EK 3VQ7A 3O1WA 4IEEA 4PKIA 1YTUA 1TAUA 1S6QA 1WSIA 3THXA 4X62K 5AQWA 3IDHA 4MO4A 3V1OA 2BANA 3SZ2A 3H6EA 3QFPA 1HKGA 3L2VA 4PUOA 4IG0A 1L3VA 3U6FA 3VOVA 3CETA 1YJ9N 4G9ZA 1NK0A 4FLXA 1OVYA 4W5NA 4CBUA 4AHUA 2QK9A 4BGBA 3NFAA 2FBTA 4OPHA 3VQEA 3VQ4A 3CQ8A 2PZSA 1N34K 1VAZA 3LZJA 3RMAA 2QXFA 3AA3A 4JKDA 3CJAA 4MDBA 1KAXA 3WEEA 4WQ5C 1JL2A 1KD1O 3F2KA 4CJWA 3NGIA 4NYFA 3DYAA 4HUFA 1W0HA 4RG8A 4MFBA 3AVIA 1NK8A 4NB4A 3TARA 1YHQN 3DXKA 3CJ7A 4NCAA 3HP6A 5J2NA 3ALYA 3UKRB 4FSVA 4CGFA 4B3SK 4FWRA 3SMSA 1ILYA 1KAYA 2AJQA 3MEEA 3CXCM 5C2FA 4C23A 1ATRA 2HBJA 3BF3A 3ZT2A 1I94K 5KRTA 3O9UA 1QQCA 3VQPA 3A0IX 1N6QA 4IWVA 4IXCA 3THVA 5HL7L 2OA8A 3NH1A 1BCMA 3GL1A 3LDNA 4IBNA 4IFYA 4BR4A 4QCLA 4EHUA 3OYDA 4BE1A 3M8RA 4YOXA 3J81O 3SBTA 3NH2A 4O8KA 3RMBA 5T7BA 4CJPA 2FBVA 1RDAA 2ASPA 2YNHA 2P9UA 3WXJA 3ZSZA 3G25A 3QETA 1N8RO 2GWKA 2HNYA 1CLQA 3HYFA 4HUGA 2UUAK 3L2UA 4JK7A 3DOLA 4FLVA 2VGNA 3L4QA 4CZJA 5HBMA 1RILA 4K0KK 4CZGA 2AP1A 3DXMB 3ZETB 3U9ZA 5FPNA 4FWKA 4GV6A 4O55A 2BE2A 4H5WA 4N76A 5HROA 1GOAA 4I9LA 1K73O 1GLLO 3TAMA 3VPZA 4CZFA 3MX2A 1T7PA 2FSJA 2UXCK 1BCOA 2EX3A 3HPGA 3LDOA 2E2NA 2IIRA 4H8KA 1WSHA 4DTSA 3GOIA 3MX5A 5HRPA 1DEJA 5CR4A 3DM2A 4XIUA 3CCQN 4W5TA 1VSEA 2FLOA 3K9KA 1WSJA 3VQCA 4BVOA 3OYLA 3NHGA 4DR6K 1NMNA 4DFMA 3M5RA 4WFNL 3QMLA 4CEDA 1UAXA 1RDDA 4KTWA 1NGDA 3CFOA 4IDHA 4GY2B 3G6EN 3T1AA 3KLFA 1TKDA 1HNXK 1JLAA 4JHDA 5AQHA 4BRGA 2OZSA 3ZYYX 5KQDA 3ITHA 5GAGP 1Q82O 3TSPA 3UKUA 1XQSC 3DOKA 1QTMA 3V9SA 4FJ9A 2ZF5O 1NGFA 1C0TA 1HNIA 2Q36A 1V4TA 2P51A 4CFDA 4CEZA 2R7YA 4I6MB 1Q8IA 1NK4A 3DLHA 5M1KA 3O08A 4G1QA 3SPZA 3PV8A 5KPZA 3HSCA 1SZ2A 3G4SN 4DG1A 3QERA 1DTTA 3T1YK 1X9WA 3THWB 3OYJA 4J2AA 4EP4A 4FOIA 3L2QA 4B8AB 1VRTA 4CF1A 4RW6A 1KFDA 3VENA 2O8DA 1WN7A 4B9VA 1LAVA 1Q9YA 3NVKA 5DMRA 4Z0UA 1VSLA 2Z1GA 5KRSA 4O5BA 3V9WA 3EZ5A 2Z1IA 5AQZA 3WXLA 4FJHA 3AO5A 3HOSA 3CFRA 3WXIA 2PY5A 3P83D 2P9KA 1JXEA 3CC4N 4FPBA 4LFBK 2HHVA 4CK2A 4HTLA 3CF5L 4ZTJA 3TPQA 1QZ6A 1YT3A 3WXKA 1B9FA 1YAGA 3KK2A 5FPMA 1JCEA 1U2VA 4DR4K 2XY5A 3D2EB 2HF3A 1M90O 3SCXA 5J2QA 2XRIA 4DV0K 4DFPA 3VMFB 4KI6A 3O80A 2YKNA 3OS0A 3SJJA 4GV3A 3GBTA 1X3MA 1T6DA 3H46O 3SMPA 3TAGA 3EEQA 4OLBA 1SV5A 2UYTA 3C94A 3ID8A 4R79A 3OYFA 2CGLA 4N56A 2HBMA 3FZMA 2X6SA 4CEAA 4O44A 3RSEB 3TAEA 3FLCO 1QSLA 2IAJA 3R3LA 4IFVA 2IGIA 1Z26A 5FLXO 3H45C 3F9KA 3AVMA 4CHOA 5EX5A 3V6DA 3QFUA 1RBVA 4DSKA 1YVUA 4JI8K 1VSJA 4RW8A 2KZMA 2OPSA 3E9LA 1NGCA 5HOOA 1S9GA 2HB5A 2A40A 2Q0RA 2FBXA 4CBWA 1N33K 4AHRA 4XH1A 3P5JA 1HKBA 2W41A 3E1YA 4CJ4A 2UUCK 1VSIA 3HT3A 3PX0A 5C0YA 4C1NI 2P1JA 4KPYA 3LP1A 5GINA 3KWIA 4KH5A 3SLCA 2KLAA 2ETJA 3RR7A 1HX1A 4ID1A 3CC7N 2YHAA 4M42A 1ZBSA 3K57A 2YHWA 3HSTB 3LDLA 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4CGJA 4CZLA 4CEBA 4CW7B 4A2AA 3KTQA 3MCAB 1NGBA 3OJSA 5LMNK 4FW1A 3I0SA 4AHSA 1QZ5A 4M3XA 2RKIA 1XI1A 4FJXA 1WSFA 2NRZA 4Y1CA 1K9MO 4E19A 4H5NA 1N32K 4CJ5A 1RNHA 4E7HA 3EL2A 3M6GA 4E1JA 2D0AA 3SUOA 3MN5A 2Y1IA 2E1YA 3HO1A 2Z1JA 2NNWA 2D0PA 5AZIB 1UA1A 3KKSA 4CFCA 5MLCQ 1ZBUA 1C1AA 2YNFA 4DQ8A 1FKOA 1HMVA 5C24A 3CI5A 5LL6Z 2P9NA 3SK3A 2FSNA 1SL2A 1VQNN 4BR5A 1K8KB 3TSUA 1B92A 3IFRA 4DR5K 2O8CB 1T03A 2IS3A 4DR3K 3E9PA 1KRPA 4BWJA 3K59A 4BR0A 3DLKA 4HVJA 1KXPA 1NGIA 1MWMA 1MU2A 3PLAA 4FWSA 1JLEA 4YOWA 2KTQA 3MN7A 1NJZA 4DWIA 4BY9C 1K6YA 1TL3A 3SPYA 1TUUA 1K8AO 3AAQA 3ZX0A 4JI4K 5AQTA 5C25A 4PA1A 2ZD1A 3JS6A 2Q97A 4BWMA 4C8LA 3N4QA 5DK5A 3P4IA 3LDSA 4MDAA 1QSYA 2A1RA 1A5XA 1WNSA 3KD5E 4BRPA 2P9LB 3TU5A 2KW4A 4O0IA 4W5OA 5JMVA 1EXQA 1J9AA 2I7PA 3I8BA 4BRNA 2YJEA 5GADP 3B6OA 5ADXA 1IBMK 1HJOA 3NBPA 1NK5A 2ZM6K 3VF6A 4BDPA 1UA0A 1NGGA 3OBWA 5CE3A 3I55N 3QLHA 1BHLA 1RFQA 4DU1A 4JD2B 4CEEA 4OLAA 3TABA 1VQKN 3SJHA 3ASMA 3S3NA 3AVKA 1OH6A 2YHYA 3LP0A 3VEOA 1DKGD 3AVCA 2GBZA 3VEZA 4BR7A 3LPUA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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