1GLJO

Escherichia coli glycerol kinase mutant with bound atp analog showing substantial domain motion
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
498
structure length
494
Chain Sequence
EKKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSWTLVEVLAKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Phosphotransferase
source organism Escherichia coli
publication title Crystal structures of Escherichia coli glycerol kinase variant S58-->W in complex with nonhydrolyzable ATP analogues reveal a putative active conformation of the enzyme as a result of domain motion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCEROL KINASE
total genus 165
structure length 494
sequence length 498
chains with identical sequence Y
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1gljO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1gljO01
4FWKA 4PKGA 3VEWA 1OKJA 2GEMA 3VF6A 3VERA 1G99A 1LOTB 3O1BA 1CZAN 3EO3A 2Q31A 5AZJA 2CH6A 2Q0RA 1E4GT 1MWKA 3L6QA 5KPZA 1ATNA 1HKCA 5AQJA 1V4TA 2FF6A 3BEXA 5BRDA 3H1QA 4A62A 1Y64A 3WQTA 3O1WA 2FSKA 1GLCG 4H5TA 4PL7A 3R6MA 4QS9A 2ASOA 4H0TB 3QICA 1C0FA 2HF3A 1D4XA 2P9UA 3IDHA 5EOYA 4BRQA 4BVPA 3CHWA 3D2EB 3VESA 1ZC6A 2P9PB 3M6GA 1DEJA 1NGEA 4B1WB 1JCGA 5JMVA 5F1XA 5AQSA 3SMSA 3LDOA 3UKUB 3AAQA 4BR7A 3CJ1A 2P9KB 3WEEB 2NRHA 2YCHA 3D2EA 2V51B 2AA4A 4Z94A 1GLLO 1QZ6A 2P9PA 4BR2A 3LM2A 4BRCA 5KQ8A 1YUWA 1GLFO 4XH5A 3U9ZA 3HI0A 1U6ZA 1NM1A 3GOIA 1Z6RA 4JD2B 1QQOA 4BRAA 1QZ5A 4O8KA 4YDUA 1NGGA 4B1UB 1NGCA 4QS7A 3VEXA 5AQNA 1P8ZA 3UE5A 4BROA 2YJEA 4M63C 4CZIA 2P9KA 2D0PA 3WEEA 3FR0A 3CJ9A 4LC9B 4DB3A 3KZBA 3FZLA 3UKRB 5BRHA 1TUUA 4B1YB 4MO5A 2QWLA 4FWQA 2Q97A 4FWNA 5KPTA 4BQZA 3M1FA 4CBXA 4JD2A 4QS8A 4BC2A 3FZMA 4NB4A 4BRIA 2FXUA 4BRHA 2P9LB 2D1KA 2A42A 1DGKN 4BGBA 1SQKA 4WQ4C 2Q0UA 4KBOA 5AZIB 5AQOA 3UKRA 3R9PA 1YXQA 3ZX3A 1BDGA 2UYTA 5AR0A 5I9EB 2IVPA 3U9DA 1BOTO 5EY4A 1XUPO 4O5FA 3CJAA 2FSJA 4BC3A 4C23A 1X3MA 5AZIA 4CZLA 2YI1A 1IG8A 1Z05A 4J8FA 1QQNA 4BR4A 5ADXH 3AAPA 4FOIA 4H5RA 2CH5A 1YAGA 4H03B 4CBUA 2VWBA 5AQHA 5AQWA 4FWSA 3HZ6A 3SK3A 2A6AA 3WUHA 3O5BA 2OANA 4CZJA 2YHYA 5EX5A 1ESVA 2NZTA 3J8AA 4MLHA 2P9NB 3TPQA 5ELZA 3FZFA 1NBWA 4CZEA 4FWMA 2Q1NA 3QB0A 3IUCA 4XH1A 2A41A 1WUAA 1X3NA 2QWMA 3DXKA 5BN9A 3WXKA 5KQDA 3I8BA 3HTVA 2YJFA 4EAHD 4CZMA 1GLEG 3OHRA 4H0OA 3A5OC 1QQMA 1TUYA 3JXUA 2P9NA 3FGUA 5AQGA 3SLCA 2PAVA 3VGLA 5F0XA 4RWTA 3BP8A 2H3GX 4BG9A 5JLFA 2QWPA 1HKBA 1J6ZA 1QHAA 2BTFA 2ASPA 3FZHA 2CGLA 1KXPA 2E2PA 3MCPA 3WXJA 3WQUA 2GUPA 3WXLA 3CJ7A 3FE1A 3B8AX 4BRGA 3JS6A 4H5VA 4XH4A 5FPDA 4K25A 1BUPA 1HJOA 2ASMA 3ENOA 3RSEB 4K43A 2HF4A 4K42A 4WQ5C 4ISEA 3ZX0A 3CERA 3ATUA 4H0PA 3MN5A 1ATSA 3WT0A 5AQPA 2BUPA 3ENHA 1BWFO 1SAZA 3UKUA 3CJCA 5FPEA 2ZWHA 5LJWA 2F9WA 3P4IA 4IXCA 3O6WA 4BR5A 3RSEA 4MO4A 1E4FT 3G25A 3EKSA 1HPMA 1NGHA 1IJJA 5AFUH 3BF3A 3ZETB 3DWLA 3VPZA 3U8XA 4A2AA 1U2VB 3VOVA 1GLDG 3GBTA 4CBWA 4M7XA 3L0QA 5BN8A 4I6MB 5BRFA 5JLHA 2Q2RA 4MLEA 2ITMA 1BA0A 4JN4A 4A2BA 3LDLA 1TYQB 3CQYA 2EWSA 2P9SB 3EKUA 3ULEB 3ZETA 4BQLA 1U2VA 1V4SA 4ISFA 3VF4A 2I7PA 4AM7A 1SZ2A 3VEYA 2A40A 1RFQA 3ZEUB 1JCEA 3A5LC 1GLAG 4HWIA 4I6MA 5LY3A 1MWMA 3EL2A 1NGBA 2P9LA 5AQTA 3R8EA 4BVOA 2I7NA 5F2RA 1TYQA 3ULEA 2P9SA 3CIPA 3CJBA 4K41A 4A61A 5FPMA 3GDQA 3W0LA 5B8HA 1R59O 4CD1A 5AQIA 4BC5A 3ZEUA 1K8KB 3C0BA 4E1JA 2E2OA 1BO5O 1H1VA 3VETA 3FLCO 3MK6A 5EVZA 3LDPA 2VYPA 4BRKA 3H3OB 2AP1A 2E8AA 3MN6A 4WYBA 5JICA 3VEOA 4NO7A 4CZHA 3QFUA 3QBXA 1S3XA 3M3ZA 3AY9A 4B1XB 3HSCA 2GWKA 2CGKA 3QDKA 4FPBA 3MMVA 2QW9A 3EN9A 3H1VX 4CZKA 2J4RA 3FZKA 1KAZA 2A5XA 3LDQA 2WUSA 3CQXA 4EIAA 3WXIA 5KPRA 1ATRA 4IJAA 4H0YB 3ZX2A 3VENA 1X9JA 5TKYA 4FPAA 3VGMA 1MDUB 1RGIA 4HTLA 3ATVA 4JNEA 2P9IB 5AQQA 3DAWA 4YDUC 2ZF5O 3H45C 4M7YA 2HMPA 1GLJO 2YHXA 2V52B 2QWOA 4WQ4A 3UB5A 4DCHA 4FO0A 2GWJA 3H46O 4Y0WA 1BG3A 2QM1A 3EZWA 3LL3A 2ZGZA 4B1VA 2P9IA 1NWKA 2Q36A 4H0VB 1HLUA 2QWNA 4H0XB 3TU5A 1DKGD 3KHYA 1HKGA 3H6EA 2P9UB 2QWQA 3I33A 4FL9A 4CJ7A 2V7YA 4DQ8A 4BC4A 1JCFA 5AQRA 3CI5A 4EHUA 2CGJA 3QBWA 4BRNA 2D0OA 4L3QA 5E26A 3A8YA 3O80A 3SMPA 2DPNA 2W41A 3VEVA 5BR9A 3O8MA 1NGJA 3MN7A 5BREA 2GTDA 4FWPA 5AQKA 3C7NB 3VF2A 3LDNA 5E84A 3BUZB 3IFRA 1Q18A 2E1ZA 5ADXA 5AQUA 4BRLA 4IO8A 2GELA 4IWVA 3VEZA 1YVNA 4EFHA 3AARA 5AQVA 1XC3A 1NGFA 4BRMA 1NLVA 5AQFA 3C7NA 4IJNA 2E1YA 3O4WA 3DJCA 3QFPA 4FWRA 4F9OA 1HUXA 4BREA 2A3ZA 3VGKA 2E88A 4FOEA 4JHDB 2IIRA 5EXWA 2F9TA 3S41A 4AM6A 3A0IX 4BG8A 5BPMA 1NMDA 4ISGA 1EQYA 5AQXA 1LCUA 4CI6A 3CETA 5AQLA 3SJHA 1BA1A 2KHOA 4JHDA 2QWRA 3O08A 4JAXA 2FLOA 5AQYA 4BR9A 5LJVA 4EHTA 3MDQA 4CZFA 3GG4A 3FFKB 3ID8A 1NGDA 3KVGA 3GL1A 3DXMB 1NGIA 1XQSC 1ZXOA 1T44A 1WOQA 2ZGYA 2VCPA 1S22A 1C0GA 1T6CA 5CE3A 3A5NC 2E20A 3H3NO 4WQ5A 4FWLA 1RDWX 4RCHA 3DXMA 3HBTA 3IMXA 1BU6O 1NGAA 4BRDA 2E2QA 4BGAA 4PL8A 2NLXA 4RTFD 5FPNA 3LM9A 2V7ZA 2FF3B 5AQZA 2YHWA 5BPNA 1ZBSA 4FSVA 2QXLA 3W3DA 2D4WA 2PBDA 4B9QA 1MA9B 3HM8A 1K8KA 3QMLA 4BRFA 3D2FB 1GLBG 3F9MA 2IVOA 2W40A 5BPLA 2HOEA 4IZ9A 4PKHA 3U4LA 2IVNA 4B1ZA 4CD3A 4CZGA 3GE1A 4GNIA 3MN9A 3DXKB 1T6DA 1HX1A 1KAXA 4XEIA 3A5MC 4GY2B 4FWOA 3D7EO 4PKIA 4H5WA 2FSNA 1KAYA 4H5NA 5AQMA 5AZJB 5AFUA 2E2NA 3D2FA 4BR0A 3BF1A 3L4IA 4BRPA 4DHYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TTFA 3VEWA 1OKJA 4JKCA 4G1QA 5DK5A 3VF6A 1W2BM 3A2FA 3TAMA 3EO3A 1KCFA 2HBLA 2Q0RA 1MWKA 3B6PA 4CCHA 3L6QA 3ZT0A 2Q3SA 3DRPA 3KK7A 1IBLK 3QERA 2FBYA 2QTDA 3BEXA 3MEGA 3SAFA 1KVCA 3NAEA 3WQTA 4DV0K 2HVHA 4FXDA 3LANA 2IGIA 5C15A 2P9UA 1D4XA 1RDBA 5I42A 1ZC6A 2P9PB 4DR1K 1DEJA 5JMVA 1JCGA 3AVNA 3UKUB 4JRPA 2HHQA 3OVNA 4DQSA 4KHUA 3ZSYA 3TTDA 4KREA 2P9KB 3D2EA 4CESA 1GLLO 1KLMA 4N5SA 3LM2A 3PX6A 4DTOA 1GLFO 1IO2A 1QQOA 1NGGA 4QS7A 5AQNA 4BROA 4DR5K 2YKMA 3LZJA 4LC9B 4EP5A 3FZLA 3UKRB 5BRHA 4W5TA 3HL8A 4B1YB 1K73O 2QWLA 2Q97A 3WNFA 4KTWA 5KPTA 1JXEA 1RDCA 3LDSA 2NRVA 4FM1A 4A59A 4BRHA 2FXUA 4O0IA 4A5AA 2JWKA 2P9LB 1T7PA 1RT7A 3MAQA 3DLRA 1X9WA 2KTQA 2A42A 2VQEK 1DGKN 5CZ2A 4F8RA 2F7TA 4IG0A 4WQ4C 5DM6L 5AZIB 3CC7N 3R9PA 1NK5A 1BDGA 2ITGA 3MEEA 3THXB 1NK9A 3PO4A 3L4QA 3DRRA 5JS1A 3NGYA 5EY4A 3AA5X 1XUPO 4J2AA 1WN7A 5KGXA 3PIPL 4W5QA 2FBXA 3AVGA 5GAHP 1B9DA 1Z05A 1TKZA 1QS4A 4BR4A 3QO9A 1ZYQA 2UUAK 3AAPA 4FOIA 3E9LA 3VQ8A 4DQQA 4ID5A 4JKAA 1U49A 5FDLA 4CJKA 4FJXA 4CBUA 5AQHA 4FWSA 1KVAA 2YHBA 3HZ6A 3JYTA 1ZBIA 2NNWA 3WUHA 4CZJA 3HRGA 2YHYA 3AO5A 4KV8A 2O8BA 2NZTA 3J8AA 2P9NB 3TPQA 1LAWA 1NBWA 3CM6A 3CCVN 2Q1NA 3BZKA 3DXKA 5BN9A 1Q82O 4FZYA 5KQDA 3I8BA 4FK2A 3AVCA 4M45A 3EYZA 4OPAA 4J2BA 1T03A 2QEXN 1TUYA 3FGUA 3BP8A 1WSIA 4CJRA 5JLFA 1RDUA 2QWPA 3KTQA 1HKBA 4CJ4A 4KH5A 3PV8A 2ASPA 3HSTB 4X66K 1RCHA 2CGLA 4F3OA 3WXJA 1OVQA 3THWA 4CF2A 4DTMA 1R0AA 4AHSA 1VAZA 1X9MA 1QE1A 3G71N 4H5VA 3F2KA 1CZ9A 1BUPA 3ENOA 1NKBA 3NF8A 4K42A 2UXDK 2YNFA 4CK3A 3KK3A 3RMAA 3ZX0A 2O8DA 3ATUA 4YY3K 1WAJA 3CM5A 1VQ8N 4E1MA 1SAZA 2I5JA 2ZWHA 2F9WA 4IXCA 3SJJA 3O6WA 3WXMB 1XHZA 1IG9A 3G25A 3FFIA 1D9DA 4E7HA 4DR2K 1SKRA 1HNWK 3OBYA 1SUQA 3THVA 3Q7CA 3VPZA 1U2VB 1QVFM 3VOVA 4CJEA 3OS0A 3QEIA 2Q2RA 2ITMA 2Y1JA 1BA0A 3QIOA 4A2BA 2BANA 4QOZB 2Z1GA 4I2QA 4KH6A 1TYQB 3E01A 4R5PA 1WSFA 3I0RA 3TWHA 5C0YA 1QVGM 1Z25A 1RFQA 3IRXA 4I6MA 4OO1J 3ALYA 4ELVA 3ZT2A 2G8UA 3DYAA 3AVHA 2HSTA 1HMVA 2VWKA 2BGGA 3AVJA 3ULEA 1J5EK 3U3YA 3RTVA 3CJBA 4A61A 3NDKA 3GDQA 4CECA 4EP4A 3L2UA 4JKHA 2YHAA 4DSKA 1WSJA 3MX2A 2E2OA 5GIOA 4FJNA 5J2PA 3LDPA 3MXMA 4LSLA 1JL1A 2VG6A 4FLZA 4FJLA 4CIEA 5JICA 3V9UA 4JS4A 1HNZK 3DLHA 3QBXA 4IDHA 3JSMA 3AY9A 4B1XB 3K5NA 5A2QO 4N47A 3KWGA 3MMVA 2QW9A 3PSIA 4YOYA 1UA1A 3ZT1A 4NXMK 3LDQA 4BDYA 4CEAA 2WUSA 2XY6A 1J53A 3T19A 4YHHK 1KLNA 4M3TA 5TKYA 1HJRA 4DTXA 4HTLA 3OS2A 4GKKK 3K5LA 4IEIA 4JKEA 2HMPA 4CFDA 2YHXA 4DCHA 1RTJA 4FO0A 2GWJA 3ZT4A 4DTPA 1VQ4N 2B6AA 3LL3A 4IFVA 3KLHA 3SPYA 2ZGZA 4QAGA 2QKBA 5EU7A 1HLUA 1VK0A 3VMFB 1DKGD 4OKKA 3H6EA 3I33A 4CJ7A 2E4LA 3TAEA 3AVAA 1JCFA 2D0OA 4U7BA 5E26A 4CFCA 4DLGA 3TAQA 1NOYA 4FWPA 1N8RO 2VG5A 3VF2A 1NOZA 4HVJA 3BUZB 2P5GA 1WBBA 2IAJA 4DR7K 4UQGA 1RT6A 3ZSWA 4FJGA 3DLBA 1Q18A 4O8UA 4TSXA 2HHHK 5HRPA 1I39A 2WOMA 4BRLA 2ZQBA 4EZ9A 4EFHA 1OH5A 1XC3A 4I9LA 4LFBK 1A5WA 2X78A 1IKXA 1NLVA 5E41A 3C7NA 3O4WA 1BI4A 3DJCA 3T1AA 1SL0A 4FOEA 1BIZA 4JHDB 3ZSOA 3NVKA 2F9TA 4B3MK 3A0IX 3AVMA 4LF9K 3J81O 3CCLN 4BG8A 1S9EA 2OCEA 4E7JA 5BPMA 1L3VA 3TR8A 4FVUA 1NMDA 4FJ8A 5J2MA 1TV6A 1N34K 3WNHA 2FLOA 4BR9A 4CGHA 5LJVA 4M3YA 3T1HK 3OJSA 3GG4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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