1GLJO

Escherichia coli glycerol kinase mutant with bound atp analog showing substantial domain motion
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
498
structure length
494
Chain Sequence
EKKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSWTLVEVLAKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structures of Escherichia coli glycerol kinase variant S58-->W in complex with nonhydrolyzable ATP analogues reveal a putative active conformation of the enzyme as a result of domain motion.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Phosphotransferase
molecule keywords GLYCEROL KINASE
total genus 165
structure length 494
sequence length 498
chains with identical sequence Y
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1gljO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1gljO01
3UKRA 3R8EA 2E2QA 3DWLA 3KVGA 4CBWA 3L6QA 4YDUC 1P8ZA 1BA0A 2D0OA 3D7EO 4BRDA 2ITMA 1K8KA 4EFHA 4YDUA 4O8KA 3LM2A 2D0PA 2V52B 3FZFA 1NGHA 3W3DA 3SLCA 2GELA 1HJOA 3VEOA 5TKYA 2QXLA 3FE1A 4CD3A 1GLFO 3FZHA 1BA1A 3VEVA 1NGEA 4FWKA 3U4LA 5FPDA 4H5NA 4J8FA 3ZX0A 3LL3A 1QQOA 5LJWA 1G99A 5AFUA 3OHRA 3VPZA 4MLEA 1YVNA 1Q18A 3GE1A 3FZLA 2A42A 5AQTA 4XH5A 3O8MA 4BC3A 4B9QA 3QBWA 3SMPA 3ZEUA 4B1YB 3ZETB 2DPNA 3WXKA 3P4IA 2P9UB 4CZMA 2Q31A 2J4RA 3GG4A 3QICA 5AQYA 4QS7A 2A6AA 2CH5A 3LDLA 3DJCA 3JS6A 3VESA 2GWJA 3SMSA 3CIPA 5ADXA 1S22A 4MLHA 1OKJA 4PL8A 5AQIA 5EX5A 4CD1A 1NGGA 5LY3A 4FWLA 4A61A 1KAZA 1ZC6A 1NGDA 4K25A 4FWOA 3WXIA 5AQGA 5KPTA 1RFQA 3A5NC 2H3GX 3QFUA 2E1YA 2P9NA 3LM9A 4H0VB 2EWSA 1ATRA 4BRNA 4A62A 3UB5A 1TUYA 3EL2A 4MO4A 2P9SA 3GL1A 5AZIB 3O80A 4M7XA 4A2AA 1IJJA 1D4XA 4I6MA 4QS8A 4C23A 3M1FA 3FZMA 2I7PA 2P9UA 2Q97A 2E8AA 2NZTA 4BQLA 3QB0A 1NGBA 4H0YB 4FPAA 2QWOA 4CZFA 3MMVA 3LDNA 5CE3A 2CGLA 2AA4A 1NM1A 3RSEB 4BRFA 3O08A 1CZAN 1LOTB 1RGIA 4XEIA 3QFPA 4EHTA 2Q0RA 3A5OC 1V4SA 2GWKA 3ATVA 5AQHA 3D2FA 3W0LA 1GLCG 3ATUA 5AFUH 5AQXA 3FLCO 1NWKA 4CZKA 5AZJA 2VYPA 2I7NA 3CQYA 1LCUA 5EOYA 4BREA 4BR2A 1HLUA 2F9TA 2VCPA 3UKUA 5AQVA 2NLXA 4Y0WA 5BREA 2YJFA 5ELZA 3CJAA 1X3MA 1KAYA 3DXMA 1WUAA 3WEEA 1XQSC 3AAQA 2P9PB 3TPQA 4KBOA 4WYBA 5AQLA 4BR9A 4EAHD 3ULEA 4GY2B 1R59O 3MN9A 4QS9A 3BF1A 4FWNA 3MCPA 1NBWA 4ISEA 4BRMA 4CI6A 4CZLA 4B1XB 1T6DA 5JLFA 1NMDA 1GLDG 3AARA 4NO7A 3BP8A 1MA9B 1HKBA 2W40A 2A40A 2IVNA 3F9MA 1ZXOA 4FOEA 4E1JA 5BRHA 2FF3B 4FWQA 3O6WA 2CGKA 5AR0A 4FO0A 2NRHA 2ASPA 4BR7A 4B1ZA 4M63C 5ADXH 2FF6A 3U9DA 2P9LA 4BC4A 5EXWA 3VF2A 3J8AA 1U6ZA 3FGUA 3VETA 3HTVA 5JICA 3FZKA 1H1VA 2YI1A 4HWIA 2QM1A 3I8BA 5BRFA 1Z6RA 2FLOA 3UKRB 3WUHA 4DB3A 3IMXA 1MDUB 5AQOA 2HMPA 4BRKA 2ZGYA 4IJNA 4JN4A 3UE5A 1C0FA 3HSCA 5I9EB 3CJ7A 5AQWA 4PKGA 1C0GA 3BUZB 4FL9A 2Q1NA 4CBUA 5BRDA 4FSVA 3MN6A 1K8KB 5AQPA 2PAVA 3O5BA 3VF6A 3VEZA 1TYQA 2E2PA 1T44A 1JCEA 3WQUA 4RWTA 1ATSA 3QDKA 3U9ZA 4IWVA 4ISGA 3CJCA 3I33A 2QWNA 1J6ZA 3WEEB 5EVZA 3L4IA 4EIAA 2KHOA 3GDQA 4BRCA 4CZHA 1NGFA 3CJ9A 3HZ6A 3LDOA 5FPMA 4DHYA 4BR4A 1KXPA 3O1WA 4BC2A 2QWRA 3VGKA 5KPZA 2P9SB 3KHYA 5AZIA 3HM8A 4Z94A 4PL7A 2Q2RA 4M7YA 4JD2A 4XH1A 4H5VA 3D2EB 2P9IA 5BPMA 4WQ4A 4BRHA 4FOIA 5AQUA 1BOTO 3VF4A 1RDWX 3VEXA 4WQ5C 1HPMA 2E1ZA 3M6GA 1T6CA 1E4GT 3AY9A 4CZJA 2YCHA 3H1VX 3C7NB 3TU5A 1Y64A 2CH6A 3ENOA 1U2VA 4H5TA 3A8YA 1SZ2A 4IJAA 2Q0UA 5AQNA 3RSEA 1V4TA 2IVOA 3HI0A 3VEWA 1E4FT 4ISFA 3ZETA 1BUPA 2P9NB 4B1VA 4CZIA 5BR9A 4F9OA 1MWKA 1QZ6A 1YAGA 3MK6A 1GLAG 1DEJA 3UKUB 5F1XA 3AAPA 1QHAA 1BDGA 3VEYA 5JMVA 4JD2B 4H5WA 3IUCA 1ATNA 2P9PA 5E84A 2IVPA 3U8XA 3GBTA 1EQYA 1ESVA 2FSJA 1DKGD 2VWBA 4PKIA 3A0IX 3L0QA 1BO5O 5AQJA 2GUPA 4JHDB 2QWQA 4FWPA 2GEMA 3ENHA 1Z05A 2YHYA 3LDQA 1JCGA 3B8AX 4AM6A 4JNEA 3WXLA 3DXMB 1DGKN 2HF3A 4NB4A 2ZF5O 5AQKA 4FWRA 3S41A 2OANA 4IXCA 2CGJA 2D4WA 4RCHA 3R6MA 4H03B 5BN8A 4CBXA 3ZX2A 4FWSA 4DQ8A 4CZEA 1TUUA 5B8HA 4MO5A 3VGLA 3DXKA 3A5MC 4H0PA 2V51B 3KZBA 4H0TB 4H0XB 3C0BA 1SAZA 3D2FB 1S3XA 4RTFD 1GLEG 1HKGA 1NGJA 3H3NO 2UYTA 4BRPA 4BQZA 4BVOA 2IIRA 3ZX3A 2A3ZA 5F2RA 3C7NA 2D1KA 2ASOA 4H0OA 3QBXA 4BR0A 1QZ5A 3O1BA 3CJBA 1JCFA 1NLVA 1X3NA 2WUSA 3EZWA 5F0XA 2AP1A 3HBTA 4EHUA 2FSNA 3H6EA 1ZBSA 2FXUA 4K42A 1IG8A 4H5RA 2ZGZA 3H45C 3GOIA 4BG9A 5AQRA 3ID8A 4XH4A 2GTDA 3MDQA 4L3QA 5AQMA 1HX1A 3G25A 3SJHA 3WQTA 1TYQB 1HKCA 2QWMA 1WOQA 3LDPA 4BROA 1MWMA 4BR5A 4HTLA 3DXKB 3VOVA 4BGBA 2Q36A 3EKSA 3IFRA 4O5FA 2QWLA 2F9WA 1GLJO 3SK3A 2E20A 3VERA 4BVPA 2YHXA 4FWMA 1NGAA 4B1UB 1YXQA 3EN9A 4BGAA 4FPBA 3CI5A 4I6MB 5LJVA 4JAXA 4DCHA 3VGMA 5BPLA 1BU6O 1GLBG 2HF4A 4CJ7A 4JHDA 4BRGA 1YUWA 2P9KB 2E2NA 3O4WA 2A41A 2YJEA 1X9JA 3H1QA 3MN7A 3QMLA 4AM7A 4BRLA 3CETA 5AQQA 2P9IB 3M3ZA 3CJ1A 1XUPO 1GLLO 1SQKA 4K43A 5BN9A 3JXUA 1QQMA 5AZJB 3ZEUB 2E2OA 2ASMA 5FPNA 5JLHA 2W41A 2V7ZA 2FSKA 5KQ8A 1NGCA 2BTFA 3CQXA 5EY4A 4A2BA 3DAWA 4IZ9A 4BRAA 3H3OB 4WQ4C 1XC3A 3IDHA 3H46O 3MN5A 5AQSA 4B1WB 4IO8A 5FPEA 3CERA 2E88A 4WQ5A 2P9LB 1HUXA 3R9PA 2BUPA 1BG3A 3WT0A 3CHWA 4BRIA 5AQFA 3D2EA 5KQDA 2QWPA 3A5LC 3FR0A 1BWFO 4CZGA 4BC5A 2YHWA 5E26A 4PKHA 1KAXA 3VENA 3ULEB 4BG8A 4BRQA 3BF3A 5KPRA 2HOEA 3EKUA 2P9KA 1QQNA 2QW9A 5BPNA 3BEXA 2V7YA 1U2VB 4GNIA 2A5XA 3FFKB 1NGIA 3EO3A 2ZWHA 4LC9B 4K41A 2PBDA 5AQZA 3WXJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VQ8A 3KK7A 1S9GA 3L6QA 4DV7K 1P8ZA 1C1AA 2OZSA 4X66K 1JL1A 4RW4A 4CIFA 4DR3K 3LM2A 1NOZA 1F21A 3VQCA 1C0MA 1QVGM 4ZHRA 2GELA 5CZ1A 1HJOA 3SCXA 3VTHA 3QEVA 2NRXA 2DFHA 1NKEA 4B3OA 2QXLA 4AH9A 3CC7N 4CF2A 5DM7L 3P39A 5K14A 4KAZA 1S5JA 1TAQA 3SQ0A 3VPZA 5DK5A 3JAMO 3PUFA 4NXMK 4NYNA 1VQ9N 4I9QA 3KLGA 4N76A 3Q7CA 5C42A 5HROA 2DPNA 3WXKA 3P4IA 3Q7BA 1U47A 3GG4A 3CCEN 4ID1A 5AQYA 3JS6A 3DLKA 2GWJA 1NOYA 2FC0A 3SQ2A 1S22A 4CD1A 1OKJA 4PL8A 5AQIA 3NAEA 4JI3K 1VK0A 4OKEA 5LY3A 1VQON 1ZC6A 4Q5VA 4CERA 4K25A 1WSHA 1RFQA 3A5NC 4KHQA 3K9KA 3DOKA 1BI4B 1IH7A 3VQ9A 3LM9A 2EWSA 3OYNA 3UB5A 1TUYA 3EL2A 1KVAA 3QEIA 5AZIB 3CYMA 2QK9A 1TL1A 1RTIA 1N34K 3ZSQA 3ENBA 3P1GA 3TWHA 1KQSM 1VAZA 4B9NA 2RF2A 3CM6A 5GAGP 3LPUA 5C2DA 1QTMA 2QWOA 3ID6A 4ILHA 4CZFA 1RDBA 5C12A 2I5JA 3ZSRA 2ZE2A 4DSJA 1JLBA 3QFPA 2GWKA 1IBLK 1WBBA 3D2FA 3E66A 2VQFK 3NE6A 4BDPA 4FLWA 1IKVA 3AVIA 1K73O 4CIEA 4BR2A 2IOCA 1HLUA 1KSPA 3SPYA 4Z4EA 3ZSZA 4Y0WA 1NJZA 1J9AA 1VQ8N 4W5TA 4W5RA 1WUAA 3K5LA 3L2VA 2P9PB 3TPQA 1RT7A 4WYBA 4Z4CA 2B5JA 4CJKA 4KHWA 4GY2B 2BDPA 1R59O 3AA3A 3CCQN 4QS9A 3BF1A 4FWNA 4ISEA 2KFNA 2OPRA 5JS1A 5JLFA 5I42A 5GAHP 1NMDA 1XWLA 2IDOA 2HHQA 1Y97A 1HKBA 2W40A 3S3MA 5GIPA 3ISNC 3O6WA 5AR0A 2HNDA 4FO0A 5HRSA 4V19S 3V1QA 4M63C 3AA4A 3N4QA 2P9LA 3LWLA 3NCIA 3MECA 1NNEA 3AVKA 3HTVA 1H1VA 2YI1A 3KIOA 2QM1A 4FM2A 2F8SA 4B9SA 1Z6RA 3PX0A 2HBLA 5AQOA 1S1UA 4IJNA 4JN4A 4KH4A 4QAGA 1C0FA 2WBNA 5I9EB 3DLLL 1T05A 2X6SA 2VG6A 4U7BA 3EE9A 2HNZA 5C2FA 3BUZB 1OH5A 4FL9A 4FJXA 4OVLA 5AQPA 3O5BA 4JI5K 1S9EA 4JI0K 3T1AA 4IWVA 3ZSXA 3NF6A 4ISGA 3HYFA 5CY4A 4DLGA 3HO1A 1J6ZA 1RDUA 3AA2A 3C6AA 3LP0A 3ULDA 2VWKA 3SI6A 2IS3A 4NCAA 3IRXA 4BRCA 1NGFA 3CJ9A 3HZ6A 1EO1A 4K8ZA 1EWQA 5C24A 4FYDA 2HHVA 2X78A 4DHYA 4BC2A 3MEGA 3E9LA 4E0DA 5DMRA 3MXIA 3NGIA 3O9RA 2KW4A 3G0ZA 3KHYA 4DMNA 3HM8A 2Q2RA 3THXB 4M7YA 4JI8K 4JD2A 4Q0BA 4LF8K 1VQ7N 4OPHA 2LSNA 5AQUA 1BOTO 4DQRA 3VF4A 3VEXA 1RT6A 4FJIA 3L2RA 4FZZA 3I55N 3K5NA 2ITGA 4CJUA 4CZJA 3QLHA 2ETJA 4O4GA 1G15A 3MX5A 1LW2A 3AO2A 3LP2A 4CFBA 1C0TA 3ENOA 1CXQA 4H5TA 4DU3A 4GW6A 3E9OA 4JKDA 1RDAA 3CPEA 4M3RA 3PX6A 2B6AA 3HI0A 1ZBHA 4YOTA 5TKWA 2P9NB 3HK2A 4B1VA 3HPOA 4CEAA 1ZBLA 4KRFA 1SKSA 3MK6A 1DEJA 4DTJA 3OYEA 2DY4A 4B8CA 3CMAN 3VEYA 3VA0A 4H5WA 3IUCA 1WBDA 1BISA 1J5OA 1BGXT 3OYGA 3QINA 4AF1A 1X1PA 4BWJA 1EQYA 4CJEA 3SUNA 1ESVA 2EX3A 4FLUA 1VSKA 1QQCA 1TKXA 3A0IX 3G10A 5FRMA 3T7ZA 4ICLA 1VHXA 4CHOA 1REVA 1BO5O 5AQJA 4JHDB 2QWQA 4CESA 4JKBA 1XI1A 4X65K 3TABA 2YHYA 4Z4IA 1OVYA 4DWIA 5A2QO 3DXMB 4JS5A 1XNQK 3J7ZO 4FWRA 4B3SK 2CGJA 4RCHA 4FXDA 3IG1A 3QESA 5HRPA 3BZKA 4KHSA 4MO5A 2HMIA 5JS2A 3NVMA 5M1OA 5J2QA 3O9TA 3LAKA 4RTFD 3C95A 1NGJA 2YHBA 3DM2A 3DLBA 3ZX3A 2XHBA 1KC8O 4ID5A 3THWA 4E19A 1OVQA 3CJBA 5MLCQ 5SWMA 3AVNA 2AP1A 3MWTA 1ZBSA 4H5RA 2ZGZA 4FJKA 1U04A 3GOIA 5AQRA 4BG9A 3ID8A 2O8CB 1HX1A 3L8BA 3PSIA 3D45A 4J2EA 1T03A 1NK6A 4E7HA 4BROA 3B6PA 4W5QA 3VOVA 4DQPA 3VA3A 1TKTA 3SK3A 3CC4N 3V9ZA 4B1UB 4DTXA 3VQQA 3AVJA 3CI5A 1N36K 2Y1IA 4MQ3A 1GLBG 2HF4A 4CJ7A 4KHUA 4CJPA 4BWMA 4JHDA 4CEQA 2RPIA 1X9MA 1T8EA 2O8DB 4QCLA 3QMLA 3AVMA 4AM7A 4BRLA 1I94K 3CFOA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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