4BVOA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form vi (part-open) in complex with polytungstate pom-1
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
356
structure length
356
Chain Sequence
PCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
publication title Structures of Legionella Pneumophila Ntpdase1 in Complex with Polyoxometallates.
pubmed doi rcsb
source organism Legionella pneumophila
molecule tags Hydrolase
total genus 112
structure length 356
sequence length 356
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bvoA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4bvoA02
1R59O 1P8ZA 1SZ2A 1RFQA 3O5BA 5KQ8A 5B8HA 1NGIA 5AQRA 3A5OC 5FPEA 4ISFA 1BWFO 4FPBA 1E4GT 3HI0A 1RGIA 4IJAA 3CERA 2Q0UA 3D2FA 5AQWA 4GNIA 2EWSA 5AQGA 2W41A 1NM1A 3DXMA 4H0VB 5AZJB 2FLOA 3GE1A 3IMXA 5AR0A 3SJHA 3MCPA 4J8FA 3A8YA 1HKGA 4M7XA 4BR2A 2YCHA 4EAHD 1T6DA 2A42A 4XH5A 3MN5A 4BRIA 1GLDG 3VEXA 1E4FT 3RSEB 4BRNA 4PKIA 2VCPA 1NGEA 3H1VX 2ITMA 2P9LA 5BPNA 1U2VA 2E88A 2ZGYA 4H5VA 4CD3A 3CJBA 3MK6A 4CZKA 4H5NA 2QWMA 3C0BA 4FOEA 3BUZB 1JCGA 3H3OB 4BGAA 3CJ1A 1XC3A 3LM9A 2ZWHA 1NGHA 1Y64A 4H0PA 3M6GA 3JS6A 2QWNA 3ZX0A 2ZGZA 1NLVA 3GBTA 2QXLA 5BN8A 1CZAN 2E20A 3QBWA 3G25A 3HTVA 4BR9A 2P9KB 3QFUA 3CJAA 4M63C 4JN4A 4B1VA 1BOTO 3FZKA 3UKUA 4BRGA 3KVGA 4BC3A 4M7YA 1XQSC 1HPMA 5FPNA 2NZTA 2BUPA 1ATSA 1DGKN 5EXWA 3SMPA 1WOQA 4FWRA 2HOEA 4O8KA 1IJJA 3UB5A 1JCEA 4XEIA 3LDPA 1BU6O 1TYQB 1ATNA 1X3MA 1NGCA 1MA9B 3CJCA 1ATRA 4CZLA 5AZJA 3I33A 4B9QA 5BPMA 4FWLA 3D2FB 1NGAA 3R9PA 4O5FA 3O1WA 4A61A 2E1ZA 2YHYA 3WXIA 4MO4A 3DXMB 3FR0A 1EQYA 3S41A 2QM1A 3RSEA 5AQHA 2GUPA 4BVOA 2HF3A 5AQZA 3VF4A 3FZLA 4BGBA 3WT0A 4H0YB 3EKUA 3FZMA 4BRKA 2AP1A 2FSKA 1KAXA 5ADXH 5LJVA 2W40A 5AZIA 2NRHA 2Q97A 1GLEG 3O8MA 4PL8A 4BROA 4ISEA 2A41A 5JLHA 4FWMA 2E2QA 5ELZA 5AQVA 3LM2A 3DXKA 3FLCO 3TU5A 3W3DA 1HX1A 3ZETB 2P9KA 3IUCA 4K41A 4EIAA 1ZXOA 2IVPA 1J6ZA 4QS8A 2YI1A 3VEYA 2WUSA 2CGKA 3ID8A 4H5RA 1Z05A 3QMLA 4H5TA 1HJOA 5EY4A 3AY9A 2A40A 4QS9A 4B1ZA 1BA1A 2QWPA 2GEMA 5AQXA 1BUPA 2E2OA 1TYQA 4BC5A 4AM6A 3GG4A 2QWOA 3ZEUA 3WUHA 2FXUA 4BG9A 1GLCG 4WQ4C 5F2RA 3DWLA 1ZBSA 3H1QA 4WQ4A 4CJ7A 3A5NC 2Q2RA 3A5LC 3LDOA 3MN6A 3GL1A 1HKBA 2Q0RA 3CIPA 1C0FA 4K42A 2BTFA 3EKSA 4BVPA 5EVZA 5EOYA 4K43A 3BEXA 3GDQA 3H46O 3SK3A 3QDKA 1QQOA 1NGDA 3VESA 4EHTA 2P9SB 4BR5A 2J4RA 3DJCA 2IVOA 1QQNA 5F0XA 3U9DA 2V7YA 4H0TB 3MN9A 3OHRA 3ATVA 4CD1A 5AZIB 2HF4A 2GELA 3LDQA 1X9JA 4BR7A 3O1BA 4QS7A 2V52B 3ZETA 5LY3A 3W0LA 3DXKB 4EHUA 3R6MA 5CE3A 2QWRA 4AM7A 2ASMA 3AARA 1BDGA 4CZJA 3LL3A 4FWKA 3UE5A 3A0IX 4MLEA 1V4SA 3D2EA 5ADXA 3WXLA 4K25A 4FSVA 1S22A 4FWPA 1NGBA 4BRPA 4H0OA 4BRLA 3L0QA 2FSJA 5AFUH 1GLJO 3LDNA 1HKCA 5FPDA 5BREA 3VPZA 3WQUA 4H0XB 2D4WA 5AQJA 2DPNA 2V7ZA 4ISGA 4YDUC 3VETA 2FF6A 1MDUB 4GY2B 1XUPO 2P9NB 4JD2B 1NGFA 5AQSA 3ZX3A 3ZEUB 3VEZA 3BF3A 3VEVA 3TPQA 4JAXA 1SQKA 2ASPA 3CHWA 1YUWA 1QHAA 2I7NA 4BREA 2P9UA 1YAGA 1QQMA 1H1VA 3LDLA 3HM8A 3J8AA 5KPZA 3QBXA 4CI6A 3EZWA 1NMDA 3MMVA 2AA4A 2P9SA 3B8AX 2CH5A 3H3NO 4Y0WA 2YJEA 4KBOA 3ATUA 5E26A 3HZ6A 2UYTA 4LC9B 1V4TA 1YVNA 3M1FA 1RDWX 4NO7A 3M3ZA 3VEOA 1ESVA 3VF6A 3CQXA 2HMPA 1LOTB 4B1XB 3VEWA 5F1XA 3CQYA 2IIRA 3WEEB 2GTDA 3ENOA 3A5MC 4E1JA 3KHYA 3O4WA 4PL7A 3D2EB 5BR9A 3BF1A 2ZF5O 2F9TA 4I6MB 4DB3A 1QZ6A 2NLXA 3C7NB 4PKGA 1YXQA 2QWQA 2YHWA 3CJ9A 1GLAG 1U6ZA 4FL9A 3CI5A 2P9IB 5AQTA 1BA0A 3SLCA 5AQIA 2QWLA 3UKRB 4BQZA 2P9NA 5BRFA 3ULEB 2E2NA 4JD2A 2KHOA 3F9MA 3H6EA 4B1YB 4DHYA 4IJNA 5BRHA 4BC2A 2CGJA 3SMSA 3VF2A 3IDHA 3D7EO 2PAVA 1ZC6A 4JHDB 3BP8A 3FGUA 5AQOA 4B1UB 3VENA 5AFUA 4BQLA 4BR0A 4H03B 3FZHA 1GLFO 2P9UB 1HUXA 2QW9A 3ZX2A 4C23A 3MDQA 1DEJA 1HLUA 3EL2A 4MLHA 4CZFA 1GLLO 1MWKA 1DKGD 5KQDA 3VERA 1TUUA 4FWSA 4FO0A 4BRAA 4IXCA 2Q36A 2A3ZA 4PKHA 1T44A 2FF3B 3CJ7A 5AQPA 5JICA 3HSCA 5AQFA 4A2AA 1GLBG 2P9PB 4HWIA 2VYPA 5FPMA 1D4XA 3O80A 3WEEA 2D0OA 3JXUA 5EX5A 3AAQA 1LCUA 3CETA 2A5XA 2GWJA 4BC4A 3QB0A 3VOVA 2CH6A 1X3NA 5TKYA 4WYBA 1T6CA 3WXKA 1KAZA 4I6MA 4CBXA 1TUYA 5AQKA 3C7NA 5BRDA 1QZ5A 5BN9A 3O08A 4XH1A 2P9IA 3U8XA 4FWNA 3UKRA 3ULEA 5JMVA 5AQMA 3L4IA 4A2BA 1SAZA 1WUAA 2V51B 3QICA 2FSNA 2IVNA 1Z6RA 1BO5O 1C0GA 5KPTA 4RWTA 4IZ9A 5JLFA 2A6AA 3FZFA 4YDUA 3HBTA 3VGKA 5AQQA 4JHDA 1K8KB 4CZHA 4IO8A 3VGLA 2D1KA 4A62A 5E84A 3VGMA 1NWKA 3O6WA 5AQUA 4JNEA 2Q1NA 2Q31A 4CZIA 2E2PA 3I8BA 4FWOA 4BRMA 4BRHA 3GOIA 3WQTA 1BG3A 1KAYA 3U4LA 3IFRA 5BPLA 5KPRA 3DAWA 5I9EB 4CBWA 2VWBA 2P9PA 3R8EA 4BRCA 3AAPA 4RTFD 1IG8A 4CBUA 4HTLA 4WQ5C 3KZBA 4BRDA 1Q18A 2I7PA 3FE1A 4NB4A 3H45C 4WQ5A 1NGJA 5AQLA 4XH4A 2OANA 1KXPA 4RCHA 4CZEA 2H3GX 4L3QA 2GWKA 4FPAA 1NBWA 2PBDA 3EN9A 1JCFA 3FFKB 2CGLA 5AQNA 3P4IA 3WXJA 3MN7A 4B1WB 4EFHA 2P9LB 2YJFA 4H5WA 4FOIA 4IWVA 1U2VB 2E1YA 4BRQA 4DCHA 4BRFA 2E8AA 4Z94A 2D0PA 4MO5A 2ASOA 4CZGA 4FWQA 1MWMA 1NGGA 2YHXA 1G99A 5LJWA 4CZMA 4F9OA 1OKJA 1K8KA 5AQYA 2F9WA 4BR4A 1S3XA 4BG8A 3ENHA 4DQ8A 3UKUB 3U9ZA 3QFPA 3L6QA 3EO3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RBTA 4CEBA 2HHWA 4FJIA 5B8HA 4BACA 3MWTA 4ISFA 3KK1A 4DTMA 4R79A 1KVCA 3ZT4A 1E4GT 1RT3A 3CERA 4OVLA 5J2NA 2WOMA 4NXNK 5AQGA 1NM1A 1DT9A 3LPTA 4BR2A 2YCHA 2A42A 2OCEA 4C8OA 3QIPA 4GV9A 3VEXA 3V9ZA 3VQPA 3RSEB 3H1VX 2G8FA 2E88A 4H5VA 4B3MK 4CD3A 3MK6A 4KB0A 3G10A 2VWKA 3K9KA 2B6AA 2OPPA 2G8IA 3JS6A 5IWAK 4FLUA 3V9WA 2ZGZA 1VSDA 4DV4K 2E20A 3LWMA 4LF6K 1WNSA 2YV0X 3QEXA 4M3UA 1EETA 1W0HA 3ISNC 1BI4A 4BC3A 4M7YA 1HPMA 4FJMA 4CJ4A 1VQ7N 3AVCA 3VQEA 5FRNA 3VTIA 4FLYA 3CCEN 2UXCK 4DR6K 3FFIA 3UB5A 4B3OA 1JCEA 2QKBA 2E5LK 3E1YA 1YJWN 1X3MA 1NGCA 3D0PA 4CZLA 1ATRA 1B9DA 4FWLA 3D2FB 1NKCA 3R3LA 3J81O 1HQEA 4JRQA 1XC9A 3DXMB 3FR0A 2W42A 3RSEA 1QSSA 1WSHA 3PV8A 1A5XA 3AVAA 3CMEN 4JKHA 4H0YB 1GOBA 5E41A 3HRGA 3KTQA 1N36K 3ZLJA 1FKOA 3KK2A 2ZQBA 4PWDA 5ADXH 2X6NA 1Q82O 2NRHA 2UXDK 1VSFA 2A41A 4AHTA 4JI2K 3OYLA 3J7YP 3LM2A 4FLTA 2I5JA 2F4VK 1TK0A 2G8VA 4CE9A 4DTJA 1QSLA 1HX1A 3WNEA 3ZETB 4C8KA 4CHOA 1Q86O 1ZXOA 3LAKA 3CPWM 1J6ZA 3I55N 2YI1A 2CGKA 3G6EN 3NE6A 4M3RA 1VRUA 1HJOA 3MEDA 4ILJA 2D0BA 5EY4A 1HNWK 3AY9A 4QS9A 3HVTA 4EZ9A 4CFBA 3I8DA 2QWOA 3ID6A 3E9OA 2XHBA 2QI2A 4WQ4A 3SUPA 4JKBA 3VQBA 2Q2RA 3MN6A 3T69A 4DQIA 1KTQA 3GL1A 3CIPA 3ITHA 4IBNA 3CFRA 2KFNA 4ZTFA 3VQ8A 4J2DA 1NGDA 3VTHA 3HP9A 5F0XA 4LFCK 4DQQA 1KQSM 4Q0BA 1WSEA 1W2BM 2Z1IA 3L2WA 2HHHK 4BR7A 3NF6A 3O1BA 1FJGK 3ZETA 3DXKB 3M8RA 4EHUA 4CEAA 5CE3A 3J7AP 5DK5A 2F8TA 4YOTA 1TKDA 4JKGB 4CHZA 4BWMA 3CM5A 1EKEA 2P5OA 1Z26A 2PFUA 1CLQA 4IOXA 1S22A 1NGBA 4CF9A 4ZTJA 1EO1A 2O4IA 1NJXA 2FBVA 5HL7L 5I42A 1HKCA 4WFBL 4LF9K 2DPNA 4ISGA 1UOCA 3B6OA 4GY2B 1RNHA 1XUPO 4E7LA 1HQUA 4LF4K 3ZX3A 4KHSA 3TPQA 1SQKA 1W7AA 3KKSA 3CHWA 1BCOA 3DLBA 1U04A 1WSJA 1WAJA 2I7NA 5HRNA 3VQCA 2P9UA 3OYJA 1NNEA 1GOAA 4DTNA 3VQ6A 3ZT3A 4EZ6A 3U6FA 5CYMA 1M90O 4KTZA 4B3TK 4K8ZA 2AA4A 3OYBA 3CC4N 3KJVA 4Y0WA 2YJEA 1YIJN 3TTCA 4KI6A 2UYTA 2KLAA 2P5GA 2XO7A 1RT5A 3C95A 3VEOA 1ESVA 3CQXA 4Z4EA 1KC8O 5DM7L 4B1XB 3VEWA 1WSFA 5F1XA 4DLEA 1KFDA 4JKGA 2VG6A 3TAEA 4E19A 4N76A 1WBDA 2YKMA 3O9RA 1KSPA 3O4WA 4E7JA 4PL7A 4FJ8A 3BF1A 2ZF5O 4OPJA 4I6MB 1Q81O 2GBZA 2ZE2A 4HUEA 3CJ9A 3DRSA 1U6ZA 1RT1A 3CM6A 1ZBIA 5M1KA 2O8EB 3SLCA 4I2PA 3F9MA 3AVFA 3LPUA 2F7TA 3VQDA 1QTMA 3DOLA 4FLZA 3HPOA 5HOOA 4YOXA 3SMSA 3VQAA 1L3UA 3VF2A 3E66A 1T03A 2PY5A 1K73O 3AGKA 2DFEA 5J1EA 3FGUA 3VENA 5AFUA 5J2PA 1JL1A 2QW9A 1NU0A 1HUXA 2WFBA 4FYDA 2YNIA 3AA2A 4JKEA 1SL0A 2QTDA 1GLLO 5KQDA 4X64K 3OS2A 1CXUA 1HYZA 4IKFA 3O9SA 2UUBK 4IXCA 2Q36A 1T44A 4AHRA 5M1PA 3LZJA 4YOUA 4DQSA 1TL1A 1C0MA 5C2DA 1T8EA 3JXUA 5EX5A 3IG1A 1JXEA 3AAQA 5JVHL 4WF9L 2GWJA 4OPAA 3SQ4A 1TKXA 4DTOA 1IH7A 1X3NA 2CH6A 4HUGA 4I6MA 3V1RA 5GAGP 3THVA 3AVMA 3MX5A 3L2VA 4CJFA 4M3TA 4YY3K 2O8EA 3K5NA 1S1WA 1VQ4N 3V1QA 4PQUA 4CEDA 3HXMA 4DS4A 1SAZA 1RT7A 2RKIA 5KPTA 3HO1A 1LWCA 4A5AA 5EU7A 4BDZA 4E3SA 1UAXA 2D1KA 2NRWA 2OZMA 4IFYA 1NWKA 4KHYA 5CYQA 4FVMA 1VQKN 3DI6A 2Q31A 2ZD1A 3AVKA 3PIPL 2YHBA 4FWOA 3OYHA 4BRMA 4DV1K 2NRRA 1LWEA 3WQTA 3IFRA 3AO4A 3K2PA 5BPLA 4CFAA 3DLEA 3MEGA 4CJPA 3MXJA 5GINA 3R8EA 3AAPA 3TARA 1HR0K 1SKSA 2HHQA 3KK3A 5C15A 4CZEA 4L3QA 2KW4A 1NBWA 4DU1A 3QLHA 3QESA 2CGLA 2YKNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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