5F0XA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with 2'-deoxy-adp and inorganic phosphate
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
total genus 118
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5f0xA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f0xA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f0xA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5f0xA04
2E88A 3D2FA 2GWKA 4AM6A 3SJHA 4LC9B 1V4SA 2E1ZA 3F9MA 3VEZA 3VF2A 1HPMA 1Z05A 2UYTA 4BQLA 5BN8A 4CZHA 3VERA 3ATVA 4B9QA 4EFHA 5F2RA 2ASOA 1P8ZA 4HWIA 3O1BA 3CJ9A 4H5NA 3MDQA 4WQ5A 3VF4A 4JN4A 5BRHA 5FPDA 5F1XA 1WUAA 3KVGA 3WXLA 1HUXA 1C0FA 5TKYA 2QWOA 3VESA 1KXPA 4FWKA 1ATRA 5B8HA 3MN9A 4WQ5C 1BUPA 4EIAA 3VEVA 3FZLA 2QM1A 2ASMA 3LDQA 3O8MA 4DCHA 3AAQA 3LDOA 3IDHA 3HSCA 3O08A 3VGKA 2FSNA 4B1UB 3C7NB 5AQKA 4BC3A 1KAYA 1OKJA 2D0PA 4A62A 4DB3A 2ASPA 3QICA 1K8KA 1NMDA 3H45C 3BP8A 5ELZA 4BRPA 3H1VX 3QMLA 1BA1A 4ISEA 3RSEA 3C7NA 3UKRA 3WQUA 2VYPA 3TU5A 3CETA 1DGKN 1HLUA 4E1JA 1DEJA 1QZ5A 2FF3B 4H0VB 1ESVA 3VGLA 2PAVA 4I6MB 4JHDB 4BRHA 3CQXA 3JXUA 3QDKA 1QHAA 4XH5A 1GLJO 1V4TA 5AQGA 3I8BA 1JCGA 4I6MA 4B1WB 2HMPA 1GLAG 3QFUA 5AZJB 2V7ZA 3OHRA 4IJNA 4YDUA 4BRLA 3ZETA 4BGBA 5AQTA 3D2EB 4EAHD 1MA9B 3TPQA 5EX5A 4BRDA 3QFPA 5AZJA 1NGAA 1GLEG 5AQQA 1TUYA 1U6ZA 2GWJA 2ZWHA 3CHWA 3D2EA 3GL1A 1T6DA 1LOTB 4YDUC 5KQDA 1MDUB 1X3NA 3BUZB 3CQYA 4WQ4A 5KPTA 2FLOA 5CE3A 4M7XA 1U2VA 1GLDG 1NGHA 4H5VA 2ZGYA 4A2AA 4O8KA 3WEEB 1BU6O 3L0QA 4FOIA 4FWMA 2P9IB 4A61A 1XC3A 3A0IX 3ZX0A 1BOTO 4WQ4C 2FXUA 4FWNA 4BQZA 1HX1A 5BR9A 2FSJA 3WEEA 3B8AX 4IO8A 5AQUA 2P9IA 3VGMA 4K42A 2AA4A 2Q0RA 2I7PA 3LM2A 3EL2A 5AQMA 4CI6A 2FF6A 4B1XB 3M3ZA 5E26A 3M6GA 3R6MA 4RWTA 4PKIA 3MMVA 3A5MC 1WOQA 2P9UB 3HI0A 3QB0A 1QQMA 2YJEA 1YAGA 3SK3A 1BO5O 3DXKB 4H0PA 4PKGA 2HOEA 2E2QA 3FFKB 4MLHA 5EY4A 3CIPA 5BPLA 2P9UA 2V52B 5LJVA 2CH6A 3EKSA 3QBWA 3GDQA 3O4WA 3P4IA 2GUPA 4BR0A 3DXKA 4IXCA 4BRGA 4FPAA 4BRNA 3MCPA 1NWKA 2CH5A 4BRQA 3O80A 2IVOA 4BRCA 2KHOA 4O5FA 5KQ8A 3A5LC 4H5TA 3IMXA 2NLXA 4CZKA 3LL3A 2NRHA 2QWRA 4CZIA 3A5NC 4B1VA 4WYBA 1ZBSA 4J8FA 4CBWA 3R9PA 1NBWA 2P9KB 2QWPA 2YHXA 4DQ8A 4BC2A 2IVPA 3ZX2A 3MN6A 1K8KB 4JNEA 1HKBA 3CJCA 4XEIA 2QW9A 5KPZA 1EQYA 2YJFA 5E84A 1YVNA 4GY2B 3RSEB 3U4LA 1H1VA 3G25A 3UKRB 1TYQA 4BG8A 2P9KA 1DKGD 4BR9A 4BR2A 4CD1A 3BF3A 4IJAA 3LDPA 4FO0A 2A42A 4EHTA 2ITMA 3GE1A 1NGDA 3VENA 1D4XA 1RDWX 2EWSA 3VOVA 4F9OA 4XH4A 1E4FT 3WXKA 4Z94A 4PL8A 3LDLA 2YCHA 3WUHA 1NGIA 2QWNA 2A5XA 4CZGA 3UKUA 2P9LB 3U9DA 2D1KA 3DJCA 3ZETB 3KZBA 3A8YA 5JMVA 4MLEA 4M7YA 4BRMA 2OANA 3WXJA 5AZIB 4ISGA 2P9LA 4ISFA 2QXLA 1HKCA 4PKHA 3U9ZA 4EHUA 2VCPA 3FR0A 2QWLA 5AQFA 2Q1NA 4QS8A 5AZIA 1JCFA 4FSVA 1U2VB 1YUWA 3O5BA 4IWVA 2BUPA 4NO7A 5JLHA 2YHYA 4FPBA 4CJ7A 3WT0A 5KPRA 5EXWA 1BWFO 4NB4A 4CD3A 1X3MA 3MN5A 1KAZA 3M1FA 1NLVA 3A5OC 4M63C 4CZLA 2W41A 2P9SA 3LM9A 2Q2RA 3GBTA 3KHYA 3CJ1A 1BG3A 1NM1A 4BR7A 5I9EB 1ATSA 3WXIA 2PBDA 4BREA 3R8EA 5LY3A 1MWKA 3UB5A 3I33A 4PL7A 4H5RA 3VF6A 2Q36A 4BVOA 3EO3A 3GOIA 2GTDA 4FWRA 4MO5A 2F9TA 3ENOA 1E4GT 5FPEA 3EZWA 4FWSA 3JS6A 5AQNA 1G99A 2AP1A 1R59O 3CERA 4A2BA 4CBXA 4DHYA 3SLCA 3HTVA 2GELA 5F0XA 5JLFA 5JICA 2W40A 3MK6A 4FWLA 3L6QA 2J4RA 4CZMA 3H6EA 4H0OA 1J6ZA 1YXQA 2A3ZA 2CGKA 2VWBA 3VEWA 4BR5A 4H5WA 1T44A 1SQKA 3ZEUB 4BRFA 2D4WA 1IG8A 2Q0UA 1XUPO 1TUUA 1NGCA 1S3XA 4B1YB 3ZEUA 3ATUA 4AM7A 3FZHA 1ZXOA 5AQPA 2QWQA 3ULEB 4JAXA 2ZGZA 1NGJA 1TYQB 1QQOA 4MO4A 3W0LA 5AQVA 3VEXA 4RTFD 5BRDA 2ZF5O 5BPMA 3ULEA 4GNIA 2HF3A 1BA0A 2E2PA 4CBUA 3BF1A 1BDGA 3VETA 3CJ7A 1GLBG 4H03B 3ENHA 5BRFA 5AFUH 5LJWA 1XQSC 5FPNA 3DWLA 2HF4A 3EN9A 1HKGA 3J8AA 4H0TB 3ID8A 1IJJA 2DPNA 3L4IA 2V51B 4BRKA 3UKUB 4CZEA 3O1WA 4K25A 1X9JA 3WQTA 5FPMA 5AQZA 3UE5A 2E1YA 4BRAA 2P9PB 3VEOA 4CZFA 5AQIA 3HM8A 5AQYA 2QWMA 5AR0A 1S22A 4IZ9A 4BVPA 3H3OB 4FL9A 3H3NO 1KAXA 2P9PA 3AARA 2GEMA 5AQRA 3AAPA 4BROA 5AQLA 1NGBA 2E2NA 1QQNA 4QS7A 3VPZA 5AQSA 2P9NB 3CJAA 3HBTA 5BPNA 3IFRA 1NGGA 4BRIA 5ADXH 2IVNA 1NGEA 3CJBA 4BG9A 2V7YA 2FSKA 2P9SB 3H1QA 3DAWA 2P9NA 3QBXA 2YI1A 4JHDA 3SMPA 2D0OA 1Z6RA 1Q18A 3IUCA 1T6CA 4CZJA 2NZTA 5AQJA 5BREA 1SZ2A 3U8XA 2I7NA 3H46O 1CZAN 3BEXA 4Y0WA 3O6WA 4BR4A 5AFUA 1JCEA 3C0BA 5BN9A 4FOEA 3LDNA 1ATNA 4B1ZA 4L3QA 2E2OA 2IIRA 3FZKA 2Q31A 5AQWA 3CI5A 1NGFA 1QZ6A 3W3DA 2A6AA 4BGAA 5AQOA 4JD2B 1HJOA 3FZMA 2H3GX 3HZ6A 4FWQA 1LCUA 1ZC6A 5EOYA 3ZX3A 2CGLA 3MN7A 4FWPA 2E20A 3VEYA 4KBOA 4JD2A 4H0XB 3EKUA 4K43A 3DXMB 2BTFA 3FGUA 2YHWA 3GG4A 3FLCO 5AQXA 4QS9A 2A41A 3S41A 1GLCG 3FZFA 1RFQA 2CGJA 4BC5A 1SAZA 3DXMA 4FWOA 3SMSA 5ADXA 3D7EO 4K41A 1GLFO 2A40A 1MWMA 1RGIA 3D2FB 4HTLA 4RCHA 1Y64A 3AY9A 2Q97A 4C23A 5AQHA 1GLLO 5EVZA 1C0GA 4BC4A 2F9WA 4XH1A 2WUSA 2E8AA 4H0YB 3FE1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3D2FA 3CM5A 4ELTA 3NAEA 4I2QA 1V4SA 1SEGA 5M1QA 3V9XA 4GV6A 2E1ZA 3F9MA 4NCAA 1WSFA 1HPMA 2UYTA 2A7TA 3P1GA 3U3GA 1WSIA 4CVNE 4HTUA 3QNOA 3K2PA 3WNFA 3DOKA 4DTXA 3VF4A 1NK8A 3THYA 4JN4A 4AAZA 1WUAA 1JL2A 4FJGA 4FJLA 3VESA 1VSJA 2HHIA 1ATRA 3C6UA 1VQ4N 3V1QA 5IWAK 2LT8A 1FXXA 4KFBA 3EYZA 3MN9A 3TTDA 4WQ5C 1JLEA 3VEVA 3MX5A 4LF7K 4DCHA 1ILYA 2FSNA 3A2FA 1M90O 4GVMA 3VQQA 4BC3A 4DB3A 1U4BA 2O8BB 1FKPA 2KQ2A 4BRPA 3QMLA 3AVCA 3L8BA 3RSEA 3C7NA 4AQYK 2XY6A 4E1JA 1DEJA 2UU9K 3VGLA 1ESVA 1D9FA 4M3XA 4EZ6A 4C8MA 4I6MB 1VSHA 1D9DA 3CQXA 3TARA 2A1RA 3JXUA 2X78A 3QETA 4KRFA 2LJMA 1VQPN 4DR6K 4M3RA 4XH5A 1YJ9N 3ZSQA 5AQGA 3I8BA 1G15A 4IFYA 2HMPA 1GLAG 3M8RA 2V7ZA 3OHRA 4IJNA 2HHTA 4BGBA 1BCMA 5AQTA 3MECA 3G71N 4AILC 5I42A 1UA0A 3E01A 4IEEA 3CHWA 4IDKA 4B8CA 5KRSA 1LOTB 1N34K 3CQYA 4BECA 3M8PA 4CEFA 4JI0K 4OKKA 3SUQA 2OTJN 3HYFA 3DLEA 2UXDK 3E7RL 4H5VA 2ZGYA 1NE5A 1BU6O 1LWFA 2P9IB 4A61A 1XC3A 3A0IX 3THXA 4N5SA 1VSKA 1Q86O 4DV6K 2FSJA 1BCGA 3B8AX 3J7AP 5AQUA 3L2VA 2Q0RA 2UUAK 2WOMA 5AQMA 4BE1A 3P38A 5A2QO 1CN2A 2P5OA 2O4GA 5FROA 1WOQA 4YNQA 5DM6L 2YJEA 2XO7A 2IAJA 4H0PA 2HOEA 4MLHA 4CJRA 1TKDA 1QTMA 4GW6A 2GV9A 4M3ZA 2KBJA 1NKBA 1C0UA 1BL3A 2RPIA 4WCEL 5HRNA 3DXKA 4IXCA 3SNNA 2LSNA 1YVUA 3NBPA 3Q7BA 2I5JA 1KRPA 5HOOA 1HPZA 2KZMA 2IVOA 5GAGP 1POIA 3BZCA 5KQ8A 5J2NA 4DTNA 4H5TA 1XMQK 3KOWA 3I8DA 3IMXA 2NLXA 1WSEA 4CZKA 2QWRA 2W6KA 4CZIA 4B3MK 4XJXA 1RBRA 4O4GA 1DTTA 3O4QA 3TAFA 3HP6A 4FLUA 4AF1A 4CBWA 1I3AA 1RT1A 2EX3A 4CEQA 2P9KB 3PSFA 4KHSA 4CEOA 4DQ8A 1K8KB 3CJCA 4YHHK 2QW9A 2O8FB 1YHQN 4U7BA 4IKFA 3LALA 4GY2B 3U4LA 3JYTA 3UKRB 4FK2A 4CESA 3L3VA 4CD1A 1HYZA 3LDPA 4DF8A 4JI6K 2ITMA 3OY9A 1KFSA 3V9WA 2QKBA 1RDDA 1CZ9A 3L2WA 4JLHA 2YCHA 3RRHA 3C6HA 3MEGA 4RW4A 4DV7K 4KKOA 2VQFK 3ZETB 3KZBA 3A8YA 4M7YA 3CCSN 3I0SA 3RR8A 1VQMN 2QXLA 2LY5A 1U45A 2VCPA 1C0TA 2KPYA 2QWLA 3LWMA 4MFBA 1TVRA 5AZIA 4CJLA 4FK4A 1BRZA 3QEWA 3C94A 3QERA 1BI4B 4B9LA 3WT0A 5J2QA 2NRVA 5EU7A 5C12A 4DMNA 3MEDA 1GOAA 4E1MA 3OYEA 4E89A 3SUNA 4J2EA 3KD5E 4DSKA 1T7AA 3EZ5A 3LM9A 1YTAA 2NRXA 2C1IA 4CJ5A 3CJ1A 1BG3A 1YJNN 5J1EA 1J5OA 4E7HA 1BQNA 4BREA 1KVBA 4W5TA 3RWUA 1UWBA 4DR7K 3VF6A 3DLBA 4ID1A 3EO3A 1ZUTA 4FWRA 4AH9A 2G8VA 2F9TA 3I56N 2Z1JA 2HBLA 3OYJA 1X9MA 4JEPA 1G99A 3OYMA 4DHYA 4CBXA 1T0ZA 4CW7B 1EX4A 1JLFA 1L3VA 2O8CA 1JZAA 2YKMA 4OGCA 5GAHP 3M5RA 3QESA 4FWLA 3L6QA 1ASUA 2J4RA 3H6EA 2KFZA 1TKZA 2CGKA 2VWBA 4BR5A 1XC9A 2MZ0A 4FW2A 4FLWA 4YOXA 1Q9YA 1IBKK 4CGGA 1T44A 3DYAA 4Z4CA 1VSIA 3AVHA 2O4IA 2HBMA 1IG8A 1XUPO 1TUUA 1VSMA 5MLCQ 3GKUA 1S3XA 4B1YB 2MN5A 1ZXOA 3P31A 3WXMB 3QEXA 3SF4D 4HHFA 2W00A 1NGJA 1TI5A 3L2RA 4F2SA 4MO4A 4AB0A 1B9FA 4E0DA 1SN4A 5BRDA 2ZF5O 3L2QA 3HK2A 1YT3A 1T05A 1EO1A 4H03B 3ENHA 4CJUA 5BRFA 5LJWA 3KLGA 1XQSC 1BIUA 3V4IA 2HF4A 1FW6A 2XRIA 1KVAA 1ZYVA 3ID8A 1XNRK 3L4IA 3DRPA 4W5QA 1IBMK 3KOZA 3AA3A 3O1WA 3F2KA 4CJVA 5AQZA 4AHRA 4M3UA 5I3UA 4BRAA 2P9PB 4CZFA 1L3TA 3PX6A 4FJXA 4B3TK 3TR8A 1X9SA 3ZSOA 3AA2A 1ZBFA 3H3OB 1A5XA 1LQQA 3AARA 1ASWA 2XHBA 4NLBA 2O8BA 5JVGL 2OPRA 5AQLA 3T1YK 1KVCA 1REVA 2E2NA 4QS7A 5AQSA 4LFBK 5HRSA 5H1SQ 3CJAA 1L5UA 1T1TA 4JRQA 4KI6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3D2F A;  3CM5 A;  4ELT A;  3NAE A;  4I2Q A;  1V4S A;  1SEG A;  5M1Q A;  3V9X A;  4GV6 A;  2E1Z A;  3F9M A;  4NCA A;  1WSF A;  1HPM A;  2UYT A;  2A7T A;  3P1G A;  3U3G A;  1WSI A;  4CVN E;  4HTU A;  3QNO A;  3K2P A;  3WNF A;  3DOK A;  4DTX A;  3VF4 A;  1NK8 A;  3THY A;  4JN4 A;  4AAZ A;  1WUA A;  1JL2 A;  4FJG A;  4FJL A;  3VES A;  1VSJ A;  2HHI A;  1ATR A;  3C6U A;  1VQ4 N;  3V1Q A;  5IWA K;  2LT8 A;  1FXX A;  4KFB A;  3EYZ A;  3MN9 A;  3TTD A;  4WQ5 C;  1JLE A;  3VEV A;  3MX5 A;  4LF7 K;  4DCH A;  1ILY A;  2FSN A;  3A2F A;  1M90 O;  4GVM A;  3VQQ A;  4BC3 A;  4DB3 A;  1U4B A;  2O8B B;  1FKP A;  2KQ2 A;  4BRP A;  3QML A;  3AVC A;  3L8B A;  3RSE A;  3C7N A;  4AQY K;  2XY6 A;  4E1J A;  1DEJ A;  2UU9 K;  3VGL A;  1ESV A;  1D9F A;  4M3X A;  4EZ6 A;  4C8M A;  4I6M B;  1VSH A;  1D9D A;  3CQX A;  3TAR A;  2A1R A;  3JXU A;  2X78 A;  3QET A;  4KRF A;  2LJM A;  1VQP N;  4DR6 K;  4M3R A;  4XH5 A;  1YJ9 N;  3ZSQ A;  5AQG A;  3I8B A;  1G15 A;  4IFY A;  2HMP A;  1GLA G;  3M8R A;  2V7Z A;  3OHR A;  4IJN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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