5F0XA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with 2'-deoxy-adp and inorganic phosphate
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
total genus 118
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5f0xA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f0xA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f0xA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5f0xA04
1K8KB 1ZXOA 2P9IB 1BWFO 3A5LC 3KVGA 4A61A 4CD3A 1SZ2A 1HUXA 2AA4A 4E1JA 4BVPA 4HTLA 1T44A 3ZETA 2VWBA 4BG8A 1HX1A 1YXQA 4BRFA 4RTFD 3B8AX 3HTVA 4H0YB 3WXKA 2VYPA 3IMXA 1BUPA 5BR9A 3ATUA 5BPLA 1GLFO 2IVPA 3DXMB 3A5NC 2Q97A 4AM6A 3QDKA 1K8KA 2E2NA 2HMPA 3FE1A 2DPNA 1Z6RA 3FZHA 1RDWX 2GEMA 2IVOA 4MO5A 4YDUC 2PAVA 2QWPA 5AZJB 5AQXA 1MWMA 2Q0UA 3DWLA 5I9EB 3FFKB 3VF2A 5B8HA 4NO7A 1NM1A 2HF4A 3BF3A 2P9LB 4Y0WA 3VGLA 2EWSA 1ATNA 3O6WA 3ID8A 4BRPA 3LDOA 4QS7A 3I8BA 2QXLA 4QS8A 3VERA 1QQMA 1NGAA 5CE3A 3MCPA 2E2PA 4DHYA 5KPZA 3CIPA 1BA1A 4KBOA 4BRGA 4IJAA 5FPEA 1QHAA 2P9KA 2V51B 2W40A 4M63C 4JNEA 1U2VA 2Q1NA 3O08A 4BREA 2P9LA 5AQJA 3WXIA 3WQTA 3VEVA 2J4RA 4WQ5A 5EX5A 2V52B 1NGGA 5KPTA 3D2FB 1ZC6A 2D1KA 3TPQA 1GLBG 4A2BA 3AARA 1NGDA 5BN8A 3HM8A 3O1BA 2QWQA 4FWPA 4H5NA 2V7YA 4JD2B 3O80A 3CHWA 2NLXA 3UKUA 1RFQA 2BUPA 3UKRB 3ZX2A 3EZWA 2ASOA 3CJ9A 1QZ5A 4CBWA 1TUYA 5LJWA 4BR5A 3H45C 1D4XA 4BC3A 3AAQA 3ENHA 1YVNA 1QQNA 4H0XB 3LM9A 1KAYA 5F1XA 3KHYA 3D2EB 3S41A 4FSVA 4CZLA 4BG9A 1JCEA 1WOQA 2CGJA 2F9WA 3VGMA 4FWQA 5AQSA 3FR0A 3GG4A 2QWRA 2V7ZA 3QMLA 5EVZA 1YAGA 3QB0A 1HLUA 4DQ8A 5AQOA 4JD2A 5AQQA 2CH5A 5EXWA 2QWMA 4BRMA 2A6AA 5E84A 3LDNA 5ADXH 5AQUA 1ATSA 2E8AA 1TUUA 3I33A 2YJEA 5AFUH 4BVOA 3ULEB 3A5OC 4FWOA 3WEEB 1DEJA 4MLHA 4WQ5C 4FWRA 4CZIA 4Z94A 4EFHA 1NGIA 4PKIA 4K41A 2P9NA 3CJ7A 4LC9B 3VETA 4FWNA 5BRFA 4BC4A 4PKGA 3HBTA 4QS9A 4I6MA 1HKCA 3P4IA 3RSEB 3CQXA 2I7NA 1QQOA 3CJCA 5EOYA 3H3OB 3CJAA 4K43A 5JLFA 2ITMA 1BG3A 1ZBSA 2FSJA 1MWKA 3MN9A 2F9TA 4BRNA 4JN4A 3AAPA 5FPMA 5AQFA 5BPNA 4IJNA 1NGBA 1Z05A 3JXUA 2P9IA 4CZHA 1ATRA 5KQ8A 1T6DA 1V4TA 3G25A 4ISEA 4H5WA 1J6ZA 4ISFA 4BGBA 3C0BA 4L3QA 1Q18A 1KAXA 4PL8A 1NGJA 2WUSA 3QFPA 3R6MA 4H0VB 3U9DA 5AQIA 1XUPO 4NB4A 3FLCO 3SJHA 4PL7A 4O8KA 5KPRA 1XC3A 5JLHA 4H5RA 2GWKA 5KQDA 4CZJA 3FZFA 1KXPA 4IWVA 1WUAA 3O8MA 3DXMA 4H5VA 3CJ1A 5E26A 3M1FA 2ZGYA 3J8AA 1DGKN 4EHUA 3GE1A 2P9PB 3EKSA 1KAZA 5BN9A 3GDQA 1NGFA 3GOIA 3WXLA 3ZX3A 1JCGA 2YI1A 3VEWA 2NRHA 3MMVA 4XEIA 5AZJA 5AQNA 5AQRA 3UE5A 2CGKA 4B1ZA 1Y64A 1NWKA 2ASMA 4EAHD 3BP8A 1CZAN 3LL3A 4ISGA 2Q31A 3LDLA 3QICA 3WUHA 1G99A 3BUZB 4C23A 2OANA 3TU5A 3U4LA 2QWNA 5JMVA 2A3ZA 4GY2B 3WT0A 2E20A 5BREA 1ESVA 1NGCA 3OHRA 3DJCA 3UB5A 5AQWA 1EQYA 3CI5A 3U9ZA 3SLCA 1H1VA 3R8EA 3VOVA 4RWTA 5EY4A 5ADXA 4BRKA 3M3ZA 3GBTA 2GUPA 4M7XA 3D2FA 1GLDG 2BTFA 2NZTA 4JAXA 4XH4A 5LY3A 2FLOA 3VGKA 2QM1A 3EO3A 4FPAA 1TYQB 4WQ4A 1LOTB 5TKYA 3DXKB 2CH6A 4B1UB 5AQKA 3O1WA 1YUWA 1BDGA 4BROA 2FSKA 3HZ6A 2ASPA 3UKRA 4BR2A 1C0GA 3FZKA 3ZEUB 4BC2A 1BO5O 4J8FA 4B1XB 3H1VX 1NGHA 1U6ZA 2UYTA 2YJFA 3ZX0A 4BRCA 3VEXA 2H3GX 1SQKA 2VCPA 3CETA 5AQHA 3D2EA 4O5FA 2ZF5O 2E1ZA 5AQZA 3SK3A 2E2QA 5AQMA 3DAWA 5ELZA 3BEXA 1QZ6A 4CBXA 4CZEA 1E4GT 4BRIA 3VF6A 4YDUA 4EIAA 2FXUA 3VEYA 3VENA 3ZETB 3O5BA 4FPBA 3LM2A 3FZMA 2HF3A 3EN9A 4PKHA 5AQPA 3ULEA 3C7NB 4BR7A 3WEEA 1DKGD 2YHYA 4FWLA 4FOEA 3QFUA 3VEZA 3KZBA 4B1VA 4B9QA 2YCHA 4WQ4C 3U8XA 4BQLA 5BPMA 3MK6A 4JHDB 1S22A 3IFRA 3RSEA 5FPNA 4FWSA 4A62A 5AQVA 1S3XA 1X3MA 3SMPA 2Q36A 3F9MA 5AZIB 3CJBA 3A0IX 3ATVA 3W3DA 3MN5A 4FO0A 3HSCA 4CZGA 3C7NA 2I7PA 1MDUB 4MO4A 1HJOA 4FOIA 4H0OA 3MDQA 1R59O 1GLEG 1IG8A 2E1YA 3FZLA 2QWLA 3IDHA 4CZKA 4H5TA 5FPDA 4JHDA 3D7EO 5AR0A 1BOTO 1P8ZA 3O4WA 1GLJO 2GTDA 3L6QA 5JICA 4H0TB 4IXCA 2P9KB 4BQZA 1U2VB 5AZIA 2P9SB 3R9PA 3A5MC 1OKJA 1V4SA 4A2AA 2D0PA 3VF4A 4WYBA 1E4FT 3ENOA 2AP1A 4DB3A 2ZGZA 2D0OA 3LDQA 4H0PA 1XQSC 4AM7A 3L0QA 4IZ9A 5F0XA 1LCUA 4BR0A 2PBDA 5BRDA 3M6GA 2A40A 5AQGA 4CZMA 2QW9A 3UKUB 5LJVA 2Q2RA 2E2OA 1GLLO 4H03B 2P9PA 4BGAA 5AQLA 3W0LA 2QWOA 2A42A 4DCHA 1X9JA 4FL9A 2P9UB 4K25A 2P9SA 4CBUA 3MN6A 2HOEA 4F9OA 2FF6A 3H3NO 4BRLA 1RGIA 1MA9B 2E88A 3SMSA 4BRHA 5AFUA 3AY9A 3WQUA 2YHXA 3VESA 4MLEA 3LDPA 5AQYA 3HI0A 2A5XA 3GL1A 1IJJA 2W41A 3L4IA 3CQYA 4XH1A 4M7YA 3FGUA 3QBWA 4RCHA 4CJ7A 5AQTA 2P9UA 4BRQA 3EL2A 2GWJA 4EHTA 1BA0A 3WXJA 4BRDA 1X3NA 4FWKA 1NMDA 3QBXA 1C0FA 4B1WB 1NGEA 4HWIA 1HKGA 3BF1A 1NBWA 2D4WA 4CI6A 3H1QA 3MN7A 1HKBA 1GLAG 2FF3B 5F2RA 4CZFA 1TYQA 2P9NB 2IIRA 3DXKA 3JS6A 2CGLA 4I6MB 3H46O 2IVNA 3H6EA 4BC5A 4K42A 3CERA 1BU6O 2ZWHA 2GELA 3VEOA 1GLCG 3ZEUA 4BR9A 4CD1A 4XH5A 2Q0RA 1NLVA 2FSNA 3A8YA 4GNIA 2A41A 4B1YB 1SAZA 1T6CA 3IUCA 1JCFA 2KHOA 4FWMA 4IO8A 3VPZA 1HPMA 4BRAA 3EKUA 4BR4A 5BRHA 2YHWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1K8KB 2P9IB 2GX9A 3A5LC 1NJZA 4J2AA 2QKBA 3KVGA 3OTOK 1SZ2A 3ZT2A 4E1JA 4KTQA 2Q3SA 3K5MA 2YBRC 5SZTA 4BG8A 2XHBA 3V1QA 4AF1A 4DF8A 3AO2A 1WBBA 1TK5A 3OVNA 1JJ2M 2G8WA 4RTFD 4LH5A 3WXKA 3IMXA 1ZFUA 5BPLA 1GLFO 4DSIA 4GVMA 1BCGA 4Y1CA 4UAEF 3FE1A 3FZHA 2E2FA 1RDWX 1YT3A 3G10A 3F73A 5AZJB 5AQXA 1MWMA 4DLEA 3DWLA 5I9EB 3VF2A 5B8HA 3AVNA 4CK1A 1T7PA 2YHAA 3VGLA 4Y0WA 1T7AA 4BWJA 2EWSA 1ATNA 3O6WA 3L2WA 4FM1A 1RT7A 3TR8A 4BRPA 1OVYA 2XY5A 5C10A 4IG3A 1RTJA 2B3CA 4QS7A 2KGQA 3L56A 4FJGA 4C1NK 1S6QA 2Z1JA 3EY1A 3SUNA 4OLAA 4AHRA 2VWJA 3TAMA 4YOVA 3V6DA 4KBOA 3CMAN 3QEXA 4I7FA 5FPEA 1NJXA 2N2QA 1QHAA 2P9KA 2V51B 1WNSA 4JNEA 3U6FA 2YIOA 1RDCA 5AQJA 4JI0K 3LAKA 1KTQA 3OYAA 1NGGA 1TVRA 5K14A 4E7LA 3G4SN 3DLHA 3TPQA 3IG1A 2QWQA 1TAUA 1VNBA 1I39A 4DU1A 1J5OA 4O0IA 3CHWA 2BUPA 1VQKN 3KTQA 4FCYA 2ASOA 4X64K 4B3TK 4KAZA 4PWDA 4CBWA 3G6EN 1ZYQA 1SKSA 4UY8O 4OO1J 1KVCA 4FJ7A 4BR5A 3H45C 5JS2A 5CHIA 4WFNL 1YVNA 3KKSA 1KAYA 4F2SA 3S41A 1JCEA 2P5OA 1WOQA 4RW8A 1VRUA 2OZSA 4X65K 1QVFM 1CXQA 3QB0A 2W6LA 5AQOA 4R79A 2O8FB 2VY6A 3S3MA 5M1QA 2YILA 4LD0A 3FFIA 1T7BA 3SAGA 2CH5A 4DTOA 4OKJA 4CF9A 3ITHA 1NK0A 3WXMB 4R5PA 3PY8A 3E01A 2E8AA 5AFUH 4W5TA 1L5UA 4KTWA 4FWOA 2VG6A 3WEEB 4WQ5C 4FWRA 1VQ6N 2LT8A 2WOMA 4EFHA 2O8CB 2HMIA 2F7TA 1N5YA 4PKIA 2P9NA 3VETA 4CIEA 4IO9L 1WSEA 4BC4A 1HYSA 3OS2A 3JSMA 3THWA 2I7NA 3LPTA 3O9UA 3PO4A 3SPZA 2FBYA 1VQMN 1N4NA 3TTFA 3L4QA 4CHNA 5JLFA 3HVRA 1SS6A 2FSJA 1MWKA 4V1DC 4LSNA 3O9SA 4CGHA 4CGGA 3AAPA 1A5XA 1Z05A 2OPQA 3VQCA 3NGIA 3K59A 1BCOA 4CZHA 2BRZA 1BIZA 1V4TA 2JDQD 4LF5K 2EX3A 4Z4CA 1J6ZA 4ISFA 4BGBA 3C0BA 1NJIO 1QSLA 4H4OA 1Q18A 3QFPA 5AQIA 1XUPO 3SJHA 4KRFA 1BMRA 3P31A 5KPRA 1XC3A 5JLHA 2GWKA 4DV5K 2KBHA 4CZJA 3VQ7A 5KQDA 1GOBA 1RTIA 4DUYK 1BCMA 1KXPA 1YTUA 3AVCA 3CCQN 2HBJA 1RTDA 3GE1A 2P9PB 5BN9A 2ZM6K 1RBSA 3S5TA 1VQ4N 3LP1A 4JI2K 4BE0A 3UE5A 3P5JA 1Y64A 4YOUA 3BP8A 4B9VA 3M8PA 4ISGA 2Q31A 3QICA 2VWKA 4B3MK 4HCCA 1RBVA 3RRGA 4C23A 1U48A 3ZSQA 3OYBA 4PQUA 3EEQA 4OGEA 1SNBA 5JMVA 2NUBA 1HNIA 1BQMA 3THXA 2R7YA 4GY2B 2E20A 2HSTA 2QKKA 1VAZA 1RBRA 2SN3A 2O8BA 3K57A 3OYJA 3CI5A 1J54A 4N76A 4DFJA 3GKUA 2UUCK 3E66A 1DJTA 3L2VA 2KJAA 2GUPA 4A57A 3S3NA 3NF9A 3KOWA 3D2FA 1POIA 4CJLA 5LY3A 2WBNA 3VGKA 2QM1A 1TYQB 4BY9C 1ILYA 1LOTB 2CH6A 1VQ8N 4B1UB 1I6GA 4CJSA 3E7UX 2AJQA 1T7EA 4AHTA 2F4VK 3K5OA 1OZZA 4B9LA 3Q7BA 4Z4EA 1DTQA 3H1VX 2HHXA 4NLCA 1NGHA 2ITGA 2UYTA 2A7TA 1NG9A 1CXUA 5CY4A 3AVFA 3MEGA 3NF8A 3F9KA 4C8NA 1TL1A 3V1OA 4LF4K 1P90A 5KTQA 3OYIA 4CFAA 2LN8A 2E0HA 2RKIA 3BEXA 1XRSB 4MDBA 1VNAA 4CBXA 4CZEA 4BRIA 4DMNA 3VF6A 4YDUA 4JKFA 4HUGA 1R0AA 1ZBLA 2I5JA 3VEYA 2KLAA 3V4IA 3O5BA 1TKTA 1J5EK 4PKHA 3WNEA 3ULEA 4CHZA 1DKGD 1IKXA 2G8IA 2IDOA 3IRXA 3QFUA 3TABA 3I55N 3KZBA 5HBMA 2X6NA 3OS0A 4WQ4C 1FKPA 5CYQA 4CESA 1RT4A 3IAYA 5FPNA 2D0AA 2Q36A 5AZIB 3A0IX 4DTJA 3HSCA 4CZGA 3C7NA 4JKGA 3OBYA 4DSFA 1MDUB 1HJOA 3AO1A 4H0OA 1FXXA 4JKHA 4NYFA 4AHUA 1GLEG 4KHUA 4EP5A 2E1YA 3FZLA 3S9HA 2QEXN 1G15A 3O9RA 4KYPA 4H5TA 4JK8A 2JWLA 2NRXA 3D7EO 4FW1A 3MECA 3HT3A 2KTQA 2GTDA 2E6MA 4OJRA 5JICA 2RF2A 4IXCA 1U2VB 2P9SB 4JS4A 1CZBA 1JLGA 4ELTA 2D0PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1K8K B;  2P9I B;  2GX9 A;  3A5L C;  1NJZ A;  4J2A A;  2QKB A;  3KVG A;  3OTO K;  1SZ2 A;  3ZT2 A;  4E1J A;  4KTQ A;  2Q3S A;  3K5M A;  2YBR C;  5SZT A;  4BG8 A;  2XHB A;  3V1Q A;  4AF1 A;  4DF8 A;  3AO2 A;  1WBB A;  1TK5 A;  3OVN A;  1JJ2 M;  2G8W A;  4RTF D;  4LH5 A;  3WXK A;  3IMX A;  1ZFU A;  5BPL A;  1GLF O;  4DSI A;  4GVM A;  1BCG A;  4Y1C A;  4UAE F;  3FE1 A;  3FZH A;  2E2F A;  1RDW X;  1YT3 A;  3G10 A;  3F73 A;  5AZJ B;  5AQX A;  1MWM A;  4DLE A;  3DWL A;  5I9E B;  3VF2 A;  5B8H A;  3AVN A;  4CK1 A;  1T7P A;  2YHA A;  3VGL A;  4Y0W A;  1T7A A;  4BWJ A;  2EWS A;  1ATN A;  3O6W A;  3L2W A;  4FM1 A;  1RT7 A;  3TR8 A;  4BRP A;  1OVY A;  2XY5 A;  5C10 A;  4IG3 A;  1RTJ A;  2B3C A;  4QS7 A;  2KGQ A;  3L56 A;  4FJG A;  4C1N K;  1S6Q A;  2Z1J A;  3EY1 A;  3SUN A;  4OLA A;  4AHR A;  2VWJ A;  3TAM A;  4YOV A;  3V6D A;  4KBO A;  3CMA N;  3QEX A;  4I7F A;  5FPE A;  1NJX A;  2N2Q A;  1QHA A;  2P9K A;  2V51 B;  1WNS A;  4JNE A;  3U6F A;  2YIO A;  1RDC A;  5AQJ A;  4JI0 K;  3LAK A;  1KTQ A;  3OYA A; 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