5F0XA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with 2'-deoxy-adp and inorganic phosphate
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
b'DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
total genus 118
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5f0xA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f0xA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f0xA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5f0xA04
3DXKA 3H3OB 3A5MC 4XH4A 2ASMA 4L3QA 2D0PA 2E2NA 1MWKA 1ESVA 1J6ZA 4CD3A 4FOIA 4JHDA 4H5RA 3L0QA 4FWNA 5KQ8A 3BF1A 5FPDA 3VF2A 4CZIA 3UKRA 3BP8A 4Z94A 3WXJA 4H0YB 4BC5A 2NZTA 3MN7A 4BREA 1T44A 2VYPA 2A42A 2Q0RA 2ASPA 5BRFA 2YHXA 5FPMA 4H03B 1Z05A 4BRQA 1D4XA 2DPNA 5BREA 5CE3A 3DWLA 4K41A 3KZBA 4BGBA 3VGMA 4WQ5A 4KBOA 5BPLA 1YXQA 4B1WB 2FSNA 3CQYA 4CBXA 3FZMA 4EHTA 3C7NA 5AR0A 4FWSA 3ULEB 4JN4A 4IWVA 1GLEG 4BRGA 1RFQA 1BA0A 5EX5A 3DJCA 2QW9A 2EWSA 5B8HA 5AQNA 3ZX3A 3ZEUB 5ADXA 1K8KB 3O6WA 1NM1A 1YAGA 1Y64A 3LDPA 3CJ7A 4JAXA 3UE5A 3ZX2A 4FWLA 3CJ1A 5FPEA 2P9NB 4NB4A 1ATSA 2HOEA 3DXMA 1ATRA 4WQ5C 4CZFA 1GLCG 3MDQA 1NGIA 4FWQA 5F2RA 4CZEA 1HKGA 4PL8A 4BR0A 4H0VB 5AQLA 1TUUA 5EOYA 1WUAA 4CZLA 1GLLO 4FO0A 2YI1A 1SQKA 3U4LA 4MLHA 5BRHA 1JCFA 1XQSC 4XH5A 2P9PB 3ENHA 1T6DA 3MN5A 2E2PA 2IVPA 4IJAA 1U2VB 4H0PA 5BPMA 4H0XB 4LC9B 4A2AA 2GELA 2QWPA 1QZ5A 1NGCA 3R6MA 4BRIA 4BG9A 3OHRA 3EKSA 5AQTA 4BR9A 5LY3A 1YUWA 5LJVA 1NLVA 3ATVA 2BTFA 3L6QA 3CHWA 3VF6A 3GBTA 1BDGA 3MCPA 3VEZA 3WXKA 2GEMA 4AM7A 3CJBA 2F9TA 2Q31A 5TKYA 1NBWA 1HPMA 3ZX0A 3WXIA 1HUXA 2YJEA 3BUZB 3FLCO 2J4RA 3GE1A 1TYQB 2YJFA 4O5FA 2QWOA 2QWRA 2GTDA 3WQTA 4J8FA 3FGUA 3ULEA 3AY9A 4BVOA 3LDQA 2E2QA 2E20A 1KAXA 2P9KA 1XC3A 3LDOA 3HZ6A 5BRDA 4FWKA 3O8MA 3H1VX 3VENA 1ZXOA 3EZWA 1QQNA 5EVZA 2QWMA 1MDUB 4WQ4A 3ID8A 3ZEUA 5AQFA 2QWLA 1K8KA 4JNEA 1KXPA 1JCGA 3UB5A 1GLBG 1ATNA 2GUPA 4BC3A 3MN6A 3VPZA 4B9QA 4H5WA 2P9NA 3WQUA 3VOVA 2V52B 1S3XA 5AQWA 3MN9A 5AQKA 5AQQA 2FF6A 2YCHA 3FZFA 2BUPA 4DQ8A 2NLXA 2A5XA 4H5NA 3SJHA 1DEJA 5AQHA 5KPRA 4XH1A 2E1ZA 1NGFA 2V7ZA 3QB0A 4RCHA 1NWKA 1BO5O 3H6EA 4PKHA 4B1XB 3EKUA 3ZETB 2E88A 2P9PA 2QWNA 5KPZA 3B8AX 2QM1A 3GDQA 3BF3A 1IG8A 5E26A 1C0GA 1U2VA 2ASOA 1NMDA 2WUSA 4WQ4C 4BVPA 1E4FT 3H1QA 3SK3A 1NGJA 4B1ZA 2D4WA 5AQRA 5BPNA 5AZIB 2QWQA 3M3ZA 3A5OC 1RGIA 2F9WA 2D0OA 4IXCA 3S41A 2A40A 1EQYA 4BRPA 4CBUA 3SMPA 3LM9A 4BC4A 1R59O 2IIRA 2UYTA 4JD2B 4B1YB 4K43A 3VERA 5JLHA 3MMVA 1GLJO 1MWMA 4QS9A 4EAHD 3ENOA 3WUHA 3VETA 3D2EB 3VESA 2E2OA 4FWMA 4AM6A 3C0BA 4HTLA 2A41A 2FSKA 3AAPA 3BEXA 3D7EO 3WEEB 1TYQA 3QMLA 5AQUA 3P4IA 4BRDA 3LDLA 1NGBA 5JICA 3CJCA 2AP1A 4CBWA 1C0FA 3VEWA 2A6AA 2PBDA 1YVNA 4DB3A 3M1FA 4EHUA 2YHYA 3FFKB 3GL1A 4F9OA 4YDUA 1E4GT 3M6GA 3O80A 3WT0A 2FSJA 4M7XA 3EN9A 4CZJA 3UKUB 3VEOA 3CETA 3FZHA 2P9UB 4BQZA 2CH5A 5AQIA 2CGLA 2Q97A 4H0OA 4ISEA 2VCPA 2OANA 2A3ZA 2W41A 4C23A 3QFUA 4BRCA 2P9LB 3LDNA 3TPQA 1QHAA 4M7YA 2I7PA 3WXLA 5JMVA 3JXUA 4A2BA 5KQDA 2ITMA 4BR4A 3CQXA 4XEIA 3H3NO 4BR2A 3AARA 3HM8A 4EIAA 4FWPA 5FPNA 4FL9A 3ZETA 4K42A 2PAVA 1Z6RA 4QS7A 3JS6A 1QQMA 4YDUC 5AQXA 2H3GX 4BRLA 1QZ6A 2YHWA 3R9PA 3EL2A 4E1JA 1HKCA 1LOTB 5AZJB 4ISGA 1RDWX 2W40A 3RSEB 4BROA 1NGEA 4BR7A 4CZGA 3J8AA 3LL3A 5AZIA 3VF4A 5BR9A 3CJAA 5ELZA 2NRHA 3A0IX 3MK6A 3SLCA 2VWBA 4IO8A 1BWFO 1GLAG 4A61A 5AFUH 4DHYA 5AQOA 3QICA 4H5TA 1S22A 3EO3A 2IVOA 2HF3A 3SMSA 3CJ9A 3QBXA 1TUYA 4PL7A 1HKBA 2HF4A 4BRKA 1H1VA 4IJNA 2P9IB 1Q18A 4NO7A 4I6MB 3I33A 1X3MA 4BRHA 3GG4A 3D2EA 1CZAN 4CZHA 3FZKA 4H0TB 2GWJA 3WEEA 4CD1A 4M63C 3G25A 3FR0A 1P8ZA 3D2FB 3IFRA 4DCHA 1X3NA 2AA4A 1BG3A 1GLFO 1SAZA 4EFHA 3U9DA 1HJOA 5BN8A 4BG8A 4CI6A 5AQZA 4CZMA 3QFPA 2P9SB 3CI5A 2ZF5O 4B1UB 2QXLA 1ZBSA 3TU5A 4BGAA 5LJWA 1LCUA 4PKGA 3O1WA 3UKUA 4BC2A 5JLFA 2P9UA 4HWIA 3U9ZA 1QQOA 1MA9B 2Q36A 4FPAA 4BRNA 5EY4A 4PKIA 4IZ9A 3R8EA 2P9LA 1OKJA 1V4SA 2CGJA 4CZKA 3DXKB 4MLEA 1KAZA 3IUCA 2P9KB 4A62A 5AQJA 5EXWA 3A8YA 3HSCA 4GNIA 3O5BA 3QDKA 2GWKA 4RWTA 2ZGYA 3VGKA 4K25A 3QBWA 1JCEA 1T6CA 4BRMA 4JHDB 2I7NA 3I8BA 4H5VA 4WYBA 4FPBA 2E8AA 5BN9A 3A5LC 3UKRB 5AFUA 5AQSA 3VEYA 4FWRA 2CGKA 2HMPA 2CH6A 2Q0UA 3IDHA 3HBTA 3CERA 3DAWA 3IMXA 3RSEA 5AZJA 4CJ7A 1KAYA 1HX1A 4GY2B 3L4IA 5AQYA 3H45C 3VEXA 1HLUA 1XUPO 4BQLA 3U8XA 1ZC6A 3VGLA 2KHOA 1V4TA 1NGAA 3AAQA 3CIPA 3O4WA 1SZ2A 3W0LA 3KVGA 1NGDA 5F1XA 3H46O 2V51B 2E1YA 1NGGA 3C7NB 1GLDG 4BRAA 5AQPA 2P9IA 1BU6O 1U6ZA 4I6MA 2FLOA 4QS8A 3W3DA 3GOIA 4BRFA 3HI0A 2V7YA 5E84A 5KPTA 4FOEA 4MO4A 5AQVA 2FXUA 1BA1A 3D2FA 4B1VA 1X9JA 1DGKN 1G99A 4BR5A 4ISFA 4FWOA 2IVNA 2FF3B 3KHYA 2P9SA 2ZWHA 3DXMB 2Q2RA 1BUPA 5AQMA 3VEVA 3O08A 3ATUA 2Q1NA 5F0XA 1NGHA 1BOTO 3A5NC 5ADXH 2D1KA 1IJJA 3FZLA 3F9MA 3FE1A 5I9EB 5AQGA 3LM2A 2ZGZA 4Y0WA 3O1BA 4JD2A 1WOQA 4RTFD 4MO5A 3HTVA 1DKGD 4FSVA 4O8KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3H3OB 1B9FA 3SV3A 3MWTA 1VSFA 2D0PA 3MWPA 1RTJA 3EZ5A 3OYFA 3SQ0A 1ESVA 4J2AA 1FW6A 3THYA 4FWNA 3OBYA 4H4MA 4KAZA 1IKXA 4Z94A 4H0YB 3G4SN 1X9WA 1ZVGA 2ASPA 4E19A 2OCEA 5FPMA 2UU9K 4DQRA 2HNYA 5CY4A 4BRQA 3RMAA 1XMOK 1D4XA 4IFEA 1VSEA 3DWLA 4CK2A 1BCOA 3DI6A 4CE9A 1IBKK 1WBBA 4AHUA 4WQ5A 4FXDA 3E01A 2QK9A 4IDHA 3DLGA 4BE0A 3BZCA 1RT2A 2VGNA 5KGXA 3H08A 1NK6A 1MR4A 3KHWA 1S72N 3VN5A 4BRGA 3G71N 4M3TA 2M8BB 2W6LA 2EWSA 3ZT1A 1WSJA 3K59A 1VNBA 3ZX3A 3TWHA 4F2RA 4N76A 1KCFA 3O6WA 1M90O 1YAGA 4DQPA 4CHQA 3LP2A 3IS9A 4IG0A 3DLLL 3SCXA 4K8XA 2N66A 2OZMA 1NGIA 4FWQA 2IS3A 3E9OA 5AQLA 1AYJA 1TUUA 5EOYA 4DWIA 2N69A 2E2FA 3TSPA 2HMIA 1C1AA 1SQKA 1BIZA 2B6AA 1JCFA 2F7TA 4M3XA 1FKPA 1EXQA 2HB5A 4CEBA 1U2VB 4PA1A 3OYGA 3O4QA 1UA1A 3UIQA 1NJXA 2GELA 1NU0A 1L3TA 4BY9C 4CJSA 1VQ5N 4UY8O 1NGCA 4BRIA 3C6AA 2VGMA 1YUWA 1KVAA 2HBMA 1BRZA 5LJVA 5C42A 1SN4A 3L3VA 3DRSA 3T1YK 2BTFA 4C8LA 1BDGA 1T1TA 3MCPA 1LV5A 4BDPA 1C1CA 3CM6A 3SAFA 2F9TA 4AQYK 3AV9A 1HJRA 1NBWA 4B3RK 1HPMA 2YIOA 4OGCA 1HUXA 2YJEA 3BUZB 1TYQB 2YJFA 2QWOA 4E7KA 4I2PA 2QWRA 1RT5A 4J8FA 4WFBL 1S1XA 3IG1A 3ULEA 5J2MA 4BVOA 4LF7K 2G2KA 1OVYA 1IBMK 3OS2A 3O8MA 3OA9A 4PQUA 4Z0UA 4J2EA 3SNNA 2QWMA 4JKEA 3F2KA 3ZEUA 2HNDA 3CCUN 4YOUA 4ELUA 1K8KA 1GLBG 1S9GA 2GUPA 4CIEA 3SF4D 3QLHA 1ITGA 3WQUA 1S3XA 4RW4A 1S1VA 4JYAK 5AQKA 2FF6A 4DV6K 2NNWA 4ICLA 4DSJA 2BUPA 2NLXA 2KLAA 5AQHA 4QAGA 5LMUK 3QB0A 1XC9A 3CPWM 5C2DA 1NWKA 4PKHA 3SQ2A 4Z4IA 4E89A 3G6EN 2IGIA 4JRQA 3AVIA 4FW2A 5KPZA 4BE2A 4CGDA 1N34K 2WUSA 4WQ4C 3SK3A 3HOTA 2F8SA 2D0OA 1T7PA 5HBMA 2A40A 1EQYA 1JL1A 3D45A 1L3SA 5HRRA 1B92A 3T7ZA 5FRMA 1SL2A 3AVHA 5DM6L 4DR5K 2F96A 1KVBA 4QCLA 5LL6Z 5JLHA 4DSIA 1GPTA 4M3WA 3AVFA 2PFUA 4JI2K 3ENOA 4AM6A 2XHBA 2N2QA 3SUQA 2X78A 3P5JA 1UOCA 4BRDA 4F4KA 4GKKK 5JICA 4IOAL 1CXQA 2AP1A 2HHSA 5C15A 3ZSRA 1D5AA 2NRWA 3O9QA 4ELVA 3LAKA 4EHUA 2YHYA 3FFKB 3PSIA 4F9OA 5CR4A 4YDUA 1E4GT 1IH7A 4FJGA 3O80A 1EO1A 1UWBA 4CZJA 1VQPN 3UKUB 3VEOA 3DYAA 4DS5A 2Q97A 4IEIA 3HL8A 4ISEA 4K0KK 3AVBA 2A3ZA 1IG9A 1LQHA 1QHAA 3QEIA 1KSPA 1VQKN 4KHSA 1D8YA 2QXFA 4A2BA 5AJ3K 4BR4A 1C0UA 2O8FA 3H3NO 3HVRA 3OTOK 4LFBK 4CK3A 4FWPA 1ZFUA 5I3UA 4LF5K 1XNRK 2HNZA 3OYJA 3J8AA 2E6LA 5AZIA 2X6NA 2PYLA 4V1DC 2NRHA 3CD6N 3KOXA 3RTVA 1IBLK 4DTSA 3CCEN 3T1AA 1KD1O 1JL2A 3WNEA 3EO3A 4FJ5A 4E7IA 1VQNN 1NJZA 1LAWA 4PL7A 2HF4A 1ASUA 4BRKA 4IJNA 2JDQD 4KHQA 1S1WA 3SV4A 1X3MA 3D2EA 4KB0A 4ID1A 4YY3K 3FZKA 2FC0A 2VG7A 4CJTA 3FR0A 4JLHA 4CHPA 2YNHA 4DCHA 1SUQA 1X3NA 2AA4A 1CXUA 3O9RA 3HRGA 1YT3A 2O8EB 4HE7A 4OO1J 3JYTA 4EFHA 1WSFA 1HJOA 5BN8A 5GAHP 1IKYA 1NRAA 3KOWA 5AQZA 4CZMA 2F4VK 3CCSN 3CI5A 3NHGA 1RT6A 4I2QA 2VG6A 4B1UB 1VQON 1YVUA 3E9LA 4BGAA 5LJWA 5TKWA 2WBNA 4PKGA 1I2UA 2P9UA 4HWIA 3ALYA 4DKWA 1YJ9N 1HR0K 1WAJA 4JI5K 4FPAA 1KRPA 5EY4A 4PKIA 3BGRA 1NK8A 2P9LA 4CFAA 4MLEA 1KAZA 1KQSM 4AAZA 3IUCA 2P9KB 4JV5K 3ISNC 1YI2N 4V19S 4GNIA 3O5BA 3P83D 3V9WA 4JI0K 2ZGYA 3G0ZA 4K25A 2R7YA 2LSNA 4CJEA 3I8BA 3K0SA 4NXMK 4IEEA 4WYBA 2OTLN 5BN9A 1FH3A 3J80O 4DU1A 5KK4A 4A5BA 4BE1A 1ZBFA 3CERA 2O8CA 3RSEA 4CK1A 5AZJA 3D0PA 4LF8K 3A2FA 5AQYA 3M8QA 3O9SA 3C95A 1HLUA 1OH5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3H3O B;  1B9F A;  3SV3 A;  3MWT A;  1VSF A;  2D0P A;  3MWP A;  1RTJ A;  3EZ5 A;  3OYF A;  3SQ0 A;  1ESV A;  4J2A A;  1FW6 A;  3THY A;  4FWN A;  3OBY A;  4H4M A;  4KAZ A;  1IKX A;  4Z94 A;  4H0Y B;  3G4S N;  1X9W A;  1ZVG A;  2ASP A;  4E19 A;  2OCE A;  5FPM A;  2UU9 K;  4DQR A;  2HNY A;  5CY4 A;  4BRQ A;  3RMA A;  1XMO K;  1D4X A;  4IFE A;  1VSE A;  3DWL A;  4CK2 A;  1BCO A;  3DI6 A;  4CE9 A;  1IBK K;  1WBB A;  4AHU A;  4WQ5 A;  4FXD A;  3E01 A;  2QK9 A;  4IDH A;  3DLG A;  4BE0 A;  3BZC A;  1RT2 A;  2VGN A;  5KGX A;  3H08 A;  1NK6 A;  1MR4 A;  3KHW A;  1S72 N;  3VN5 A;  4BRG A;  3G71 N;  4M3T A;  2M8B B;  2W6L A;  2EWS A;  3ZT1 A;  1WSJ A;  3K59 A;  1VNB A;  3ZX3 A;  3TWH A;  4F2R A;  4N76 A;  1KCF A;  3O6W A;  1M90 O;  1YAG A;  4DQP A;  4CHQ A;  3LP2 A;  3IS9 A;  4IG0 A;  3DLL L;  3SCX A;  4K8X A;  2N66 A;  2OZM A;  1NGI A;  4FWQ A;  2IS3 A;  3E9O A;  5AQL A;  1AYJ A;  1TUU A;  5EOY A;  4DWI A;  2N69 A;  2E2F A;  3TSP A;  2HMI A;  1C1A A;  1SQK A;  1BIZ A;  2B6A A;  1JCF A;  2F7T A;  4M3X A; 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