1KVCA

E. coli ribonuclease hi d134n mutant
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCNELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Endoribonuclease
source organism Escherichia coli
publication title Proposal for new catalytic roles for two invariant residues in Escherichia coli ribonuclease HI.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
total genus 53
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1996-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1kvcA00
3NF8A 2YNGA 1RT4A 1BL3A 2B4JA 5D3GA 1LAWA 1RTHA 2KZZA 4Z4IA 1J53A 2IDOA 3OS1A 1W9HA 4FJLA 2RKIA 4MFBA 3HK2A 1JLEA 3EY1A 4C8LA 1CXQA 1KVBA 5I42A 1S1VA 2F8SA 3DOKA 3QESA 4C8OA 4M3WA 4W5RA 1JXBA 3DOLA 3CG7A 3LP2A 4CGIA 1D9DA 4EZ9A 4J2EA 2DTUA 1LW0A 3ZSWA 3PUFA 1HNVA 4H8KA 3VQ9A 4E89A 4FK2A 1RBTA 3LALA 1TKTA 1RBUA 4QOZB 4NCGA 1A5XA 2Z1JA 5KI6A 1JLGA 5HRRA 1VSKA 2E6MA 4FVMA 4HUEA 4CEEA 3THVA 3NAEA 4HCBA 3V81A 4CFCA 1QS4A 2WONA 1RTIA 3DLEA 5KTQA 3DLGA 3QEXA 3SV3A 3TR8A 1RDCA 1ZBUA 5J2PA 2HW3A 1HYZA 3LANA 4E7LA 1CLQA 4E7JA 1C0MA 4RG8A 5J2MA 4CGDA 1IH7A 5CYQA 3P1GA 4MQ3A 4M3XA 4FW1A 1QTMA 4E1MA 3TAMA 3SCXA 1TK0A 3T3FA 1SL2A 1T05A 1QE1A 3AVMA 2A1RA 1KLNA 2BANA 2FBVA 3RTVA 3D0PA 1RT7A 5JS2A 2P51A 4KV8A 1WNSA 1SL1A 3RMAA 3L3UA 1HYVA 4LH5A 1YT3A 1VK0A 4LY7A 3S3OA 4M3YA 1Z25A 4CJEA 2RN2A 1WSFA 3M8QA 5KRTA 3TAGA 4OGEA 1TKZA 1LW2A 3HPOA 2DY4A 5KRSA 4CJUA 3ZT4A 3KLHA 4K8ZA 3C6TA 3F73A 1HMVA 2IS3A 4IKFA 3ITHA 3AVBA 4KTWA 4F3OA 2QK9A 2OPSA 1RBSA 2PY5A 4B9LA 3MEDA 3MXJA 1BIUA 1KLMA 4CHOA 4B9VA 4DSJA 4LH4A 3M8RA 1TL3A 3SQ4A 4TSXA 3NH0A 2HVHA 3NFAA 3ALYA 2OZSA 1UAXA 5EU7A 1T03A 3OYCA 3OYIA 3QEWA 5HLFA 3MECA 2YHBA 1NK9A 4B9SA 5HP1A 1X1PA 3V1RA 3G0ZA 4CEZA 1U4BA 3RWUA 1ASVA 4I9QA 4CIEA 4CEDA 3NDKA 4FLTA 3V1OA 4FW2A 4DSFA 1NOZA 3RRGA 1SL0A 2Z1GA 1BI4B 2O4GA 1NOYA 2JLEA 4CERA 1B9FA 2DFHA 2XY6A 2KW4A 4DMNA 1NK5A 4ZTFA 1HPZA 4DTXA 5T7BA 3NGIA 3SQ0A 3ZT0A 4HTUA 4HUGA 3SPYA 5DK5A 4FJMA 4M3TA 4O0IA 4B9UA 4FXDA 1Y97A 4CGJA 4KB1A 3DRSA 2ETJA 1Q9YA 4ID1A 1TAQA 2NUBA 1D5AA 1BQNA 3VQ4A 4CJPA 4ZHRA 4CHQA 1EKEA 1LV5A 4CJQA 4AHVA 2HNDA 1VRTA 2GUIA 4IFVA 1VSMA 3ZT3A 3KK3A 4DLGA 3AVJA 3K2PA 2BE2A 3WNEA 4FM1A 4M42A 3O3FA 1J5OA 4CGGA 1S5JA 2GV9A 3A2FA 2GBZA 2BDPA 3HO1A 3P5JA 1FXXA 4FJJA 3OYNA 2HVIA 1S9GA 5HBMA 1Q9XA 1GOBA 4CJVA 3LAKA 2OPQA 1W0HA 3M8PA 3U6FA 4OKKA 3C6UA 3S3NA 1HQEA 3WNHA 4JLHA 3V9ZA 4KPYA 1LWEA 3AO5A 2KTQA 1QSLA 2KFNA 4F4KA 1EX4A 2X6NA 1BCMA 4WE1A 1KCFA 4Y1DA 3VQAA 3OS2A 3PX0A 3BDPA 1RTJA 5C25A 4Z4FA 3ZSVA 3LWLA 4DTJA 3L2WA 4AHTA 4N76A 3CFRA 3T1AA 3HJFA 2OPPA 3KLGA 3OJSA 1VSEA 4RW7A 3CYMA 2FBTA 1NK4A 2YNHA 1C6VA 3I8DA 4DF8A 3WNGA 3ZSRA 3OY9A 3TI0A 4DTUA 1J54A 2X78A 4ZTJA 5HRSA 4OVLA 1NK6A 1KRPA 4FK0A 4KKOA 4Q0BA 3SNNA 2VG7A 2G8HA 1U49A 1UOCA 2IAJA 4Z4CA 2W42A 4DSIA 3C95A 3V1QA 4CFAA 3QO9A 1WSHA 3KK2A 3RRHA 4M3UA 4IG0A 1LWFA 3OYGA 1NK0A 4CF1A 1C1BA 1TVRA 4IFYA 3K5NA 3BGRA 5SZTA 3K5OA 3LDSA 4DTPA 1NK7A 3AVGA 1WLJA 4IDKA 4B3OA 2ATQA 4B8CA 4FCYA 3ULDA 4DTOA 1RBVA 1VSJA 2VG5A 3D45A 4W5OA 4DQRA 4CHYA 3AO1A 4FJ9A 2WOMA 4PY5A 5E41A 3ZSQA 4KRFA 1S6PA 2HNZA 3NE6A 3U3YA 4OPKA 1RT5A 1JLBA 2D0AA 3EZ5A 4GMJB 4GW6A 1NKCA 1Q8IA 1VSFA 4NYNA 1K6YA 1Z26A 3VQPA 1VSHA 4OJRA 4KHYA 3O3HA 3WNFA 1WAFA 3V9SA 2YV0X 3K59A 1NKEA 4CIFA 1JLQA 4CF9A 3QIOA 4CF0A 2G8KA 5JS1A 3VN5A 3QNNA 4F2RA 4GVMA 3ZT1A 4YNQA 1NJXA 2VG6A 3O4QA 3SJJA 3DLKA 2G8WA 4NCBA 4CK2A 4JRQA 1B92A 3ZSZA 1XC9A 3OYBA 4YFUA 4DQQA 4RW6A 3QEIA 2IC3A 5I3UA 1LAVA 1DTTA 3LPUA 3AA5X 3DLRA 3HL8A 2E6LA 4E7IA 3ISNC 3MEGA 4CJ3A 4FLUA 2Y1JA 5KGXA 4DFMA 1BQMA 4AHSA 1HYSA 1X9SA 4KREA 3AO3A 5CZ1A 3OYHA 3TAFA 3QNOA 3NBPA 1S1XA 4IBNA 1BGXT 2KQ2A 3AVFA 1VSIA 1SKRA 4AHCA 4FM0A 2ZQBA 1GOAA 3LP1A 3HVTA 1HJRA 4FZZA 4RW4A 4R5PA 4DTNA 4CJWA 4KHQA 4CGHA 4C8MA 4BDZA 4B9TA 2DFFA 1TK5A 1JKHA 5FRNA 3MAQA 1REVA 2PZSA 2D5RA 3KKRA 1KVCA 4LSNA 4B9MA 4CCHA 3T19A 3VQ6A 4KTZA 4CEAA 4B8AB 4N41A 2YHAA 4NYFA 3VQQA 3DI6A 4CFBA 2QXFA 2JGUA 3OYAA 1JXEA 4DS5A 2HHVA 1TKXA 4DSKA 1EETA 1BHLA 4DSLA 3TAPA 3DMJA 4M3ZA 2G8IA 4LD0A 5FRMA 2Z1HA 1JLAA 1IG9A 2X6SA 1QSYA 1ZBLA 1WSEA 1EP4A 4FLYA 4F8RA 2ITGA 4JS5A 1S9EA 1WN7A 3I0RA 3MEEA 3V9UA 2BGGA 1RT6A 1SV5A 1KTQA 4HHTA 4BE2A 3PX6A 4BWMA 3O4NA 1RILA 1RNHA 1U04A 2IOCA 4W5QA 1L3UA 2YNFA 4Z4EA 4PWDA 1FKPA 3FFIA 1IKWA 2FBXA 2HHQA 3LZJA 1O1WA 4E3SA 3ZCMA 3HT3A 2Y1IA 3NGYA 4KI4A 4FJIA 2F96A 3K58A 2D0BA 3SUQA 3K5LA 2OYQA 3QINA 4CEOA 4G1QA 3V9XA 4DTRA 1CZ9A 1NJZA 4LSLA 4FLWA 3E01A 3EYZA 2RPIA 3C94A 3VA3A 3OVNA 1UA1A 3PX4A 4M3RA 4J2BA 3KTQA 3NH1A 2Z1IA 3P83D 4CHZA 2RF2A 4DLEA 1L3TA 2OZMA 2AJQA 4QAGA 3LP3A 3AVIA 3L3VA 4RW9A 2ZD1A 5C42A 3ASMA 1LWCA 3TAEA 3S3MA 4F2SA 5KGWA 2O4IA 2ZE2A 3NHGA 2YKNA 2QKBA 4KFBA 5CY4A 3OJUA 3LWMA 3HXMA 1XHZA 1IO2A 1TGOA 3VQ7A 3OYLA 4EZ6A 1F21A 1QQCA 2HHTA 3DRPA 4C8KA 3AVNA 3LAMA 3OS0A 3TARA 3AO4A 4N56A 3KLEA 1WSGA 1BI4A 3PO4A 4BWJA 3UIQA 3HPGA 1I39A 4W5TA 3IG1A 2R7YA 1SKSA 4CK3A 4KHWA 3ZSXA 4CFDA 2FBYA 2A1SA 3RMDA 4FM2A 2VWKA 2KZMA 3KD5E 4FLXA 3H08A 1RDAA 1QSSA 1HRHA 4DU3A 3L2QA 3ZT2A 3IS9A 3OYJA 3NF9A 1NJYA 3AA2A 4Y1CA 4N5SA 3SUPA 3L2VA 3L2RA 4BE0A 4BDPA 1RTDA 3AVCA 2P5GA 4DTMA 1UA0A 3L8BA 1ZBIA 4AHRA 4DG1A 3M8SA 1S1WA 4KO0A 3DM2A 4CESA 1NK8A 1RCHA 3IRXA 2B5JA 1JLFA 4M45A 2LSNA 4IG3A 4CJ4A 5FDLA 3K5MA 3OYDA 3AVHA 4Z4GA 2EX3A 2XRIA 4BACA 2HHXA 1GOCA 3V9WA 3V4IA 4E0DA 3KKSA 3AA3A 3JSMA 1WSIA 4XIUA 4BDYA 3SPZA 1TL1A 4PQUA 1D9FA 4CEQA 1YTUA 3AO2A 4I2PA 3NCIA 3CFOA 3RMBA 1TAUA 3NH2A 1IKVA 1S1UA 3ZSOA 1NKBA 1KVAA 3AVAA 1RDDA 2P1JA 4ELTA 2XY8A 3TWHA 3DLBA 3SUOA 1S1TA 4FJKA 2Q3SA 1QHTA 5K14A 1KFSA 1N6QA 3OYFA 4DS4A 4AILC 4DSEA 1T7PA 4K8XA 3CM6A 2HNYA 4CEFA 3K57A 3VQEA 1L3SA 4I7FA 1TV6A 4O0JA 3NGZA 3MXMA 1FK9A 4Z4HA 1VSLA 3SV4A 2XY7A 4FJ5A 4CE9A 5HROA 1N5YA 1ZBHA 1ASUA 4HVJA 4OPJA 4DU4A 4ELUA 3B6PA 1VRUA 1FKOA 2B6AA 4AHUA 3NF7A 3F9KA 4DQIA 4KAZA 4C8NA 4E7HA 1MU2A 4ID5A 2OPRA 4E19A 3OYMA 1R0AA 1WSJA 2KFZA 3QEPA 4J2AA 4FJ8A 2YKMA 4KHNA 1XWLA 1I3AA 3CM5A 3G10A 1RT2A 3HP6A 4I2QA 3L2UA 3CQ8A 4H4MA 2HB5A 3PV8A 2G8FA 3VQCA 4CJFA 5HRNA 4KHUA 3SYZA 4OKEA 4KHSA 2HMIA 3TABA 4FJGA 3KJVA 1WAJA 3B6OA 3QIPA 4CK1A 3VA0A 4DQSA 2EHGA 5J2QA 3HYFA 3QERA 3RMCA 4PUOA 2OA8A 4CJ5A 4JRPA 1RDBA 3O3GA 3KLFA 1L5UA 5SWMA 4E7KA 5DMRA 3SZ2A 1JL1A 4E1NA 2FC0A 3NF6A 3S9HA 4FK4A 2HHUA 4I9LA 4OKJA 3HVRA 4ELVA 1BCOA 3TAQA 2X74A 3TANA 4HCCA 1S6QA 1D8YA 4FJ7A 4CJLA 4M41A 4RW8A 3IAYA 4B9NA 4CJTA 2D0CA 4Z0UA 4OLBA 4KB0A 3JYTA 3DYAA 4DWIA 5J1EA 3PY8A 1HNIA 3VQDA 2F8TA 4OLAA 4CF2A 4ICLA 1B9DA 4FJNA 4O55A 4DU1A 4DQPA 4FYDA 2P5OA 4CJSA 1J9AA 1G15A 4CEBA 3KK1A 4AH9A 3RR7A 3OYKA 2IGIA 4J2DA 4QCLA 1C1AA 1KSPA 4CF8A 4EP4A 4O5BA 4DFJA 2PYLA 4W5NA 1BISA 4DTSA 3U3GA 4F3TA 1A5VA 1RT3A 1JL2A 4CHNA 5HRPA 3SI6A 1EXQA 4FZYA 1ZBFA 1ASWA 4O4GA 1C0UA 1RBRA 3I0SA 1DLOA 1U45A 1X9MA 4H4OA 4FLZA 1IKXA 1ITGA 3HPHA 3HSTB 1XI1A 1U48A 2XY5A 2E4LA 3RR8A 4DFKA 4BE1A 1CXUA 4O44A 4UQGA 4EP5A 2G8VA 4B08A 1VSDA 2G8UA 1IKYA 5CZ2A 4HUFA 3SUNA 1SKWA 5CYMA 4FJHA 4L8RB 1XHXA 3VQBA 1A5WA 3SQ1A 3LP0A 4FLVA 3KD1E 4CIGA 3HM9A 2HHSA 3MXIA 1YVUA 4PA1A 1T8EA 2DFEA 1HQUA 1RT1A 1KFDA 2VWJA 1NJWA 4Q5VA 4DFPA 3VQ8A 1L3VA 3AV9A 3KLIA 4OGCA 3LZIA 1TKDA 4CECA 1C0TA 3ZSYA 3PO5A 1DTQA 4KTQA 3AVLA 3KIOA 5C24A 1BIZA 4FJXA 1YTAA 1SUQA 3QETA 1U47A 2HHWA 4FZXC 4CHPA 2I5JA 3AA4A 3LPTA 3QLHA 3DLHA 4DF4A 4KI6A 3AVKA 1TK8A 4JS4A 4CJRA 3SQ2A 2QKKA 1ZYQA 1UWBA 3OYEA 2PYJA 1X9WA 1C1CA 4N47A 4NCAA 3CFPA 3QEVA 3V6DA 5J2NA 2XO7A 1JLCA 3DRRA 5FROA 3VQ5A 3HP9A 4CJKA 2XHBA 4CGFA 1CZBA 2YNIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2A3ZA 5AFUH 1RTHA 2YHWA 2IDOA 5GADP 1YVNA 4FJLA 1CZAN 1ZBSA 3MN5A 5LY3A 3EY1A 1KVBA 1N34K 1NGFA 2QWOA 4AM6A 5I42A 3MDQA 3QESA 4C8OA 3D2EB 4FK2A 4IOCL 3FFKB 1TKTA 1RBUA 3VF6A 4NCGA 5HRRA 3QFPA 4CEEA 2NRXA 1QS4A 4H0VB 3QEXA 1RDCA 1ZBUA 1JJ2M 4E7LA 2V7YA 4CGDA 3P1GA 4E1MA 4DHYA 3TAMA 1ATNA 3RTVA 4KV8A 1SL1A 3RMAA 4LY7A 3MMVA 1YT3A 1VK0A 2ZWHA 3J7ZO 4JI0K 3M8QA 5KRTA 4OGEA 4BC4A 4LF7K 1TKZA 5AQHA 4CBUA 1NGHA 2IS3A 4IKFA 3IFRA 3ITHA 3SJHA 1RBSA 4B9LA 5DM7L 1DKGD 3C6HA 4LH4A 1NGDA 3SQ4A 3ALYA 4NO7A 3MECA 4K0KK 3CETA 1YAGA 3WQUA 3V1RA 3CCVN 1ASVA 4CIEA 3NDKA 4FLTA 2JLEA 2KW4A 1R59O 4ZTFA 3NGIA 4HTUA 3ZYYX 5AQSA 3CJCA 4CGJA 3TSPA 3DRSA 2GELA 3DXMB 2NRHA 4ZHRA 4IJNA 1MWKA 4CJQA 1HUXA 4GV3A 1VSMA 3KK3A 4FM1A 4M42A 1YHQN 3TTDA 3IMXA 2BDPA 3P5JA 2KLAA 1NGGA 2IIRA 2O8FA 1HQEA 5AQJA 4JLHA 3WNHA 5BR8K 4KPYA 3AO5A 3KWIA 4BRHA 2X6NA 2V52B 4Y1DA 3VQAA 3OA9A 4BC5A 3FZFA 3CFRA 4BRPA 1U6ZA 4RW7A 4DF8A 3OY9A 4U67L 4BREA 3WXKA 3ATVA 4OVLA 4FK0A 3SNNA 4NXNK 3FZMA 4LFCK 4FVUA 4CFAA 3KK2A 3HTVA 1Z6RA 3H45C 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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