4BRHA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii (closed) in complex with mg and thiamine phosphovanadate
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
MDTNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic snapshots along the reaction pathway of nucleoside triphosphate diphosphohydrolases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 121
structure length 361
sequence length 361
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brhA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brhA02
3CJAA 1LCUA 5AQYA 1Q18A 4BC3A 1MWKA 1MDUB 4BC2A 3CJ7A 4BRKA 3FLCO 3VF6A 3CERA 3O8MA 2QWMA 3I8BA 2QWLA 3BF3A 3LL3A 4E1JA 5E26A 1D4XA 2E1ZA 3F9MA 2I7NA 2IVNA 3IMXA 3O1BA 1HKBA 1XC3A 3DAWA 3HBTA 5AQFA 5AQUA 3EN9A 4B1UB 1YXQA 4H0TB 4BGAA 5ADXH 1GLAG 2QWOA 4H0VB 1QHAA 3ID8A 3O1WA 3QDKA 4CBUA 4DQ8A 3HTVA 2ASOA 4FWSA 1KAXA 3UKRA 4CBWA 4BRIA 4BROA 3ZX3A 4XH4A 4BC4A 3H46O 2H3GX 2P9IB 1U2VA 3HZ6A 2A42A 4IZ9A 4BR9A 3CJCA 5AQTA 2D1KA 5AQNA 5AQZA 3CI5A 5KQDA 3QBXA 5ADXA 1GLEG 3KVGA 2FSKA 2P9PA 4NO7A 5BREA 2W40A 5AQHA 4FOIA 3GDQA 4FWKA 3VOVA 1XUPO 5AFUH 4AM6A 4CJ7A 3A5OC 4BRQA 4BR4A 3ULEB 2E20A 1OKJA 3A5LC 2E1YA 4QS8A 1NWKA 2FLOA 5FPNA 4BQZA 3UB5A 3MN5A 3VEYA 1S22A 1BDGA 1KAYA 3FZKA 3WEEB 1RGIA 2A3ZA 1HX1A 4FWPA 4CZJA 1V4TA 3IFRA 2HMPA 2QWNA 5FPDA 2CH5A 2D0PA 2WUSA 3D2EA 1HUXA 3AAQA 3VEOA 4XH1A 3JS6A 3SMSA 4BG8A 3W3DA 5AFUA 4FWOA 2AP1A 3AARA 3GBTA 3CJ9A 3VGKA 3SJHA 3MN7A 1GLBG 5LY3A 5AQRA 1T6DA 5AQXA 4BQLA 4WQ5C 3B8AX 2P9UA 2Q0UA 2V7YA 3C7NA 3SK3A 1GLDG 2E2PA 3GG4A 4FPBA 1RDWX 3M6GA 4BR7A 4PL7A 3J8AA 4JHDB 4JN4A 1QZ6A 1DEJA 4BRPA 2HF4A 3MDQA 4BGBA 4FL9A 4L3QA 3FZLA 5F2RA 5AZJB 4H5WA 4IXCA 3AY9A 1MA9B 1NGGA 1YVNA 5AQGA 4LC9B 2EWSA 4BRDA 2QW9A 1ATSA 4CZHA 1BU6O 1DGKN 2J4RA 3RSEA 2A41A 3VF2A 2YI1A 3CETA 3MMVA 4MLEA 3FZHA 3IDHA 1IJJA 2GTDA 4ISEA 4DHYA 3D2FA 2QXLA 2V52B 3A0IX 2QWQA 3VEZA 2VYPA 3ZEUA 4ISGA 3R8EA 1NGIA 4B1WB 4CZKA 3BP8A 4GY2B 3GOIA 3ENOA 4FPAA 5BN8A 4EFHA 1ZC6A 4EHTA 2GWJA 3LDNA 1NGBA 2A5XA 2BTFA 4EAHD 3SMPA 2I7PA 4H5VA 3L6QA 5AQVA 3UKRB 2FXUA 4PKHA 3VENA 5AZIA 3S41A 3O4WA 3VESA 1SZ2A 5AQWA 3QFUA 4B1XB 1EQYA 3DJCA 3U4LA 1U2VB 3VF4A 3MCPA 2E8AA 3QMLA 2QM1A 4MLHA 4BR0A 3LDPA 1NGDA 4A2AA 4J8FA 3CJBA 1NLVA 3BUZB 5BPLA 2P9KA 1JCEA 1U6ZA 4CZLA 1QZ5A 4HWIA 2P9PB 2Q97A 3DWLA 4B1ZA 1QQMA 1NGEA 5AQLA 2W41A 3WQTA 3H3OB 2YHXA 3WQUA 5KPTA 3CHWA 4JNEA 4BRCA 4IJNA 3TU5A 4O5FA 5BRHA 3U8XA 2P9SA 3EKUA 3ZETB 4Y0WA 1TYQB 1SAZA 2ZGYA 2HF3A 4I6MA 3G25A 5EOYA 1GLLO 3IUCA 4FOEA 3D2EB 2Q2RA 3JXUA 5AQSA 4K41A 5EXWA 2NRHA 3UKUA 1SQKA 2E88A 3DXKA 5ELZA 2E2OA 4AM7A 3QICA 3BEXA 1TUUA 5AQOA 1LOTB 5KQ8A 1R59O 4H0PA 2Q1NA 5LJWA 4CZMA 1BA0A 1ZBSA 4XEIA 4H5RA 5TKYA 1E4FT 2P9IA 2P9UB 4BG9A 2NZTA 3C7NB 4H03B 4IWVA 2P9NB 4JD2B 5JICA 2GWKA 2Q31A 2IVOA 1KXPA 3R6MA 4CZEA 4DCHA 5KPZA 3CQXA 2ZGZA 2OANA 4DB3A 1YAGA 4K42A 1NGAA 4NB4A 4BRGA 4WQ4A 4A2BA 2F9WA 2FSJA 5CE3A 4FWQA 4B1VA 4K25A 3RSEB 4YDUC 3ULEA 4K43A 2P9LA 4MO4A 4RWTA 1P8ZA 3MK6A 5AQKA 3AAPA 2E2NA 5EVZA 4BR2A 3HI0A 3DXMA 4BRMA 3D2FB 4BRFA 1C0FA 3QBWA 3WEEA 3L4IA 2FF3B 3ZEUB 4A61A 4CBXA 4JAXA 3ZX2A 1X3MA 3ATUA 1Z6RA 2CH6A 3OHRA 3WUHA 3FZMA 4B1YB 4IJAA 4BC5A 2CGJA 3H3NO 3H1VX 1HKCA 3P4IA 4H5TA 2NLXA 3FR0A 4F9OA 1BO5O 5AZIB 2Q0RA 1T44A 5AQPA 1RFQA 2PAVA 3C0BA 1ATNA 2F9TA 2QWPA 3D7EO 3LM2A 4KBOA 2BUPA 4FWLA 1JCGA 2AA4A 2HOEA 3L0QA 3MN6A 1X9JA 1HKGA 2CGKA 3FFKB 4HTLA 3VEWA 2YHYA 2P9KB 2ZF5O 3CQYA 3VPZA 3FZFA 1ZXOA 4XH5A 4H0OA 1BA1A 1BOTO 3U9DA 5FPMA 5AQMA 3LDQA 5EY4A 3A5NC 5B8HA 3A5MC 3O08A 4BRAA 1GLJO 3HSCA 3WXKA 4CI6A 3WT0A 5BPMA 4BR5A 1S3XA 1K8KA 1T6CA 2ZWHA 2FSNA 3VERA 5BPNA 1MWMA 3EO3A 1NGFA 3HM8A 4FO0A 4CZFA 2P9SB 3VEVA 4O8KA 5KPRA 1GLFO 2DPNA 4WYBA 1QQNA 2GELA 1BWFO 4H0YB 2YJEA 4I6MB 2YHWA 3H6EA 5EX5A 3GL1A 1NBWA 3CIPA 4M63C 1G99A 4M7XA 3WXJA 3TPQA 3UKUB 2FF6A 3DXKB 1BUPA 3KHYA 4FSVA 5JLHA 1YUWA 5FPEA 4MO5A 5BRDA 1E4GT 3O80A 4QS7A 3O6WA 4CD3A 4FWMA 1CZAN 3R9PA 5BRFA 5I9EB 3LDOA 4BVOA 2A40A 2D4WA 1J6ZA 5E84A 3CJ1A 3VETA 1ESVA 1WUAA 4FWNA 5BR9A 3FE1A 3UE5A 1C0GA 3LM9A 4IO8A 4A62A 4QS9A 2YJFA 2E2QA 4GNIA 2VWBA 4BRLA 4C23A 5AQQA 3WXLA 2UYTA 1X3NA 1Y64A 4CD1A 3ENHA 1Z05A 5F1XA 4WQ4C 4ISFA 1XQSC 2D0OA 4BRHA 2P9LB 3VEXA 3M1FA 3QFPA 1NM1A 4EHUA 3WXIA 3A8YA 3DXMB 2VCPA 2GEMA 2YCHA 4EIAA 3ZETA 3EZWA 2ITMA 4BREA 1TYQA 3BF1A 3H1QA 3ATVA 3W0LA 1V4SA 2KHOA 4RCHA 3QB0A 4RTFD 3LDLA 4H5NA 4M7YA 4FWRA 1NGHA 3ZX0A 1DKGD 5JLFA 5LJVA 2A6AA 1GLCG 1HJOA 1KAZA 4BVPA 3MN9A 3VGLA 4B9QA 3EL2A 2ASMA 5JMVA 1NGJA 1NGCA 1HLUA 2GUPA 2V51B 2P9NA 4JD2A 3SLCA 1H1VA 4Z94A 1HPMA 4H0XB 1NMDA 2Q36A 4PL8A 1QQOA 3I33A 4WQ5A 2V7ZA 2CGLA 2IIRA 2PBDA 1BG3A 4YDUA 1WOQA 5F0XA 1K8KB 5AQIA 1ATRA 3KZBA 3U9ZA 3VGMA 4PKIA 4JHDA 5AR0A 5AQJA 4CZGA 4PKGA 3EKSA 3H45C 3O5BA 5AZJA 1IG8A 3GE1A 1JCFA 4BRNA 4CZIA 3FGUA 3M3ZA 2ASPA 5BN9A 1TUYA 2QWRA 2IVPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NJZA 1SL2A 5AQYA 1KTQA 1MWKA 3KKRA 4BRKA 1FKOA 2QWMA 2QWLA 3BF3A 3F73A 5E26A 2HBLA 2PZSA 3TAPA 2IVNA 3DAWA 2LSNA 1FKPA 1RTHA 1YF5L 3ASMA 4E7JA 4H0VB 3ZT3A 4OKEA 3SPZA 3U6FA 1T05A 4KRFA 1OVQA 3LALA 2H3GX 3HK2A 2NRTA 4CF1A 3HZ6A 4DQPA 4IZ9A 3AVIA 5AQTA 1VQLN 1A5XA 1BHLA 2NRWA 1IBKK 4BWJA 5DM7L 1GLEG 1U47A 2P9PA 2W40A 4K8XA 3KLGA 3AA4A 3VOVA 3LAMA 1WBBA 3SZ2A 5HROA 1VQ4N 3A5OC 2IGIA 4BRQA 4BR4A 4I2PA 3ULEB 4CHYA 3TSPA 4BQZA 4QS8A 5FPNA 1E3MA 1ITGA 3MN5A 3AVBA 4FLYA 2UXBK 3KLHA 4JRQA 2A3ZA 4RW9A 5GADP 4CZJA 4KH5A 3DI6A 4B3SK 1Q81O 2HVHA 4HUFA 2D0BA 4DR4K 3D2EA 1HUXA 4XH1A 3KK7A 3CFOA 4JKAA 4KHWA 1I94K 4OX9K 3PX6A 3IKMA 3L4QA 5AFUA 2AP1A 3GBTA 3VGKA 4LFAK 4CGDA 4U67L 2XY7A 4Z0UA 3RMCA 5LY3A 1EWQA 5AQXA 4WQ5C 3ZSZA 3G10A 4YFUA 5D3GA 4PY5A 1O1WA 4JN4A 4FZXC 3FZLA 2IOCA 4CW7B 4LF4K 2IAJA 4CEFA 2EWSA 4DS5A 3O3HA 4F2SA 1UOCA 1ATSA 1HR0K 1BU6O 4B9MA 3CETA 1BL3A 4M3TA 2GTDA 4DHYA 1VAZA 4JK8A 2QXLA 2V52B 3AO1A 3ID6A 4FJKA 4DQIA 4B8CA 3VEZA 2GUIA 3DLGA 3CFRA 3E66A 3MEGA 1WSGA 5BN8A 4WFNL 4EHTA 5T7BA 4IOCL 1NOYA 5H1SQ 5M1QA 3L6QA 3VA0A 3CPEA 2FXUA 4PKHA 3VESA 1SZ2A 4A59A 1S1UA 3U4LA 5M1PA 1U2VB 3VF4A 2HB5A 2IC3A 3LDPA 4J8FA 1T3VA 1TV6A 3ALYA 4HWIA 3CCUN 2G8HA 3CMAN 4AHCA 4OPKA 3CCSN 3F5TA 1QQMA 2Z1HA 1D9DA 1RTIA 4HCCA 4B9LA 3CHWA 4OPHA 3LPUA 4IOAL 4BRCA 4WF9L 4M42A 4O5FA 3EE8A 3P39A 4OPJA 3G0ZA 3OA9A 4Y0WA 2FBXA 4GVMA 3K5NA 4I6MA 3SPYA 3AO2A 1KVCA 1IO2A 4BWMA 3SQ0A 2O8CA 1K6YA 2E88A 3DXKA 4FLXA 2O8DA 2E2OA 1ASWA 4AM7A 1SL0A 2Y1IA 1U4BA 4H8KA 1KVBA 3AGRA 4DKWA 3M8PA 4H0PA 3ZSOA 4DQSA 1BA0A 1LWFA 1RBRA 2P9UB 2NZTA 3C7NB 3K2PA 2XRIA 3OYHA 5JICA 3NF7A 1HQUA 4CFAA 4KREA 3Q7BA 2GX9A 4YOWA 3CQXA 3JSMA 2ZGZA 2OANA 1WSFA 1NGAA 4NB4A 4BRGA 2DFHA 3THWB 1LW2A 1Q82O 3ULEA 1T8EA 5AQKA 4DTSA 5EVZA 1VK0A 4I9LA 3HI0A 4AF1A 3LPTA 4DV6K 3RWUA 3D2FB 1RT7A 3L4IA 2FF3B 4ELUA 4A61A 3SUOA 3EZ5A 5C24A 1Z6RA 3ZSRA 3FZMA 4B1YB 4IJAA 4BC5A 2UU9K 2CGJA 4AH9A 4FXDA 4HVJA 1W2BM 1KLMA 4KH4A 2NLXA 3T69A 4HUEA 2Q0RA 5AQPA 3C0BA 3SV3A 3G71N 3D7EO 3LM2A 3N4QA 3JYTA 2HOEA 3R3LA 5HOOA 4DR6K 3MN6A 3VEWA 3LZJA 3K9KA 2YHYA 2P9KB 2QKKA 2A1SA 1RT2A 1K8AO 2YNGA 3LDQA 3CC4N 4KO0A 3A5NC 3AVMA 5B8HA 1SL1A 3A5MC 4F2RA 4R5PA 4CI6A 4BR5A 4ZTJA 1K8KA 4CJFA 1KQSM 1NK5A 4N76A 3VERA 1MWMA 4Q0BA 1TAQA 5E41A 4OLAA 4O8KA 5DMRA 4A5AA 3J81O 4FK4A 3LAKA 2YJEA 3SV4A 2PY5A 1NBWA 1DT9A 1J9AA 3WXJA 3OYLA 4FLVA 2FF6A 4DSLA 3M8RA 2WOMA 1UAXA 1J54A 4MO5A 1E4GT 4CFBA 1NOZA 3KK2A 4NLBA 1ASVA 3C6HA 3CYMA 3KWIA 3LP3A 4BVOA 2WC9A 4LF8K 2D4WA 2E6MA 1J6ZA 5E84A 1VSJA 1SKSA 4CIFA 5LL6Z 3TABA 2YHBA 4O0IA 3LM9A 1ZBUA 4QS9A 4DV7K 2YJFA 4AQYK 2BDPA 1J5OA 4TSXA 1WSHA 3EY1A 2PYLA 4ISFA 1XQSC 2D0OA 1ZBIA 5HBMA 3QFPA 1KVAA 4EHUA 2OTLN 3K5OA 2GEMA 2YCHA 4JKFA 2JGUA 4B3MK 3JAMO 1TL3A 1BIUA 3BF1A 2QI2A 2WONA 3ATVA 1VHXA 3WNFA 4RW7A 3V9ZA 3QEIA 3C6AA 3LDLA 4A5BA 1QSYA 1KSPA 2QTDA 4M7YA 1S6QA 3LDSA 3OYNA 5JLFA 1UA0A 2O8BA 3RMDA 3SQ2A 1S1WA 1BISA 3WXMB 3CD6N 5CYMA 5JS1A 1HLUA 2W6LA 1BI4B 4LF7K 1QSSA 1H1VA 2AJQA 1FK9A 3CCRN 2IDOA 4MDBA 5J2NA 1C6VA 1NKCA 3K5MA 1QQOA 2V7ZA 4W5TA 4ELTA 4KHSA 2BGGA 1JLBA 2CGLA 4CERA 4NCAA 3UIQA 1BG3A 1KC8O 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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