3SLCA

Crystal structure of apo form of acetate kinase (acka) from salmonella typhimurium
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
401
structure length
401
Chain Sequence
HMSSKLVLVLNCGSSSLKFAIIDAVNGDEYLSGLAECFHLPEARIKWKMDGSKQEAALGAGAAHSEALNFIVNTILAQKPELSAQLTAIGHRIVHGGEKYTSSVVIDESVIQGIKDSASFAPLHNPAHLIGIAEALKSFPQLKDKNVAVFDTAFHQTMPEESYLYALPYSLYKEHGVRRYGAHGTSHFYVTQEAAKMLNKPVEELNIITCHLGNGGSVSAIRNGKCVDTSMGLTPLEGLVMGTRSGDIDPAIIFHLHDTLGMSVDQINKMLTKESGLLGLTEVTSDCRYVEDNYATKEDAKRAMDVYCHRLAKYIGSYTALMDGRLDAVVFTGGIGENAAMVRELSLGKLGVLGFEVDHERNLAARFGKSGFINKEGTRPAVVIPTNEELVIAQDASRLTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and mechanistic investigations on Salmonella typhimurium acetate kinase (AckA): identification of a putative ligand binding pocket at the dimeric interface
pubmed doi rcsb
molecule keywords Acetate kinase
molecule tags Transferase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 128
structure length 401
sequence length 401
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.2.1: Acetate kinase.
pdb deposition date 2011-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3slcA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3slcA02
3A5LC 4QS9A 5AQOA 4I6MA 3BF3A 3CJCA 1NGIA 2QM1A 3P4IA 3UKRB 5AFUA 1T44A 4JN4A 4XH5A 3MN5A 1C0FA 2CGKA 3VGKA 4BRAA 1T6DA 3W3DA 1HJOA 4BG9A 2Q31A 2F9TA 4H0YB 3A5NC 4B9QA 3FGUA 3SK3A 4FOEA 4BRIA 1NM1A 1CZAN 3DXKA 4K43A 2PAVA 3D2FA 3U9DA 4BR2A 4DCHA 1JCGA 3VPZA 4B1XB 2GTDA 1S22A 3D7EO 1SQKA 4FO0A 1BDGA 1MA9B 2ASPA 4BC4A 2QW9A 3JS6A 4EIAA 4BR4A 2BUPA 3HBTA 1X3NA 2D0OA 4BRPA 4IO8A 3VENA 3M1FA 3VGMA 1U2VB 3MN7A 2PBDA 2Q0RA 2FF3B 2CGLA 3GBTA 3GDQA 1S3XA 4BQZA 1IJJA 5AQSA 2UYTA 1BWFO 3L6QA 3EN9A 4LC9B 1T6CA 5AQWA 1U6ZA 4O8KA 1TYQA 4MLHA 2QXLA 4BC3A 2YHWA 3ID8A 4DB3A 3C7NB 1ATSA 1V4TA 5EVZA 2HF4A 2P9UA 3JXUA 5FPNA 1D4XA 3L4IA 3O6WA 2FLOA 4K41A 4Y0WA 3O1BA 4ISGA 3ZX0A 2E2QA 4IJAA 1NGJA 2CGJA 4EAHD 3H3NO 2HOEA 2E1ZA 4A61A 3I33A 1K8KB 5CE3A 3ZETA 4JAXA 2QWNA 2E88A 3CJ7A 4M63C 4BRKA 4CBUA 3ZX3A 4BVOA 3WEEA 2DPNA 1RGIA 4JNEA 2HMPA 2QWPA 1BU6O 1C0GA 4MO5A 4H5NA 5AQJA 2YJFA 5AZJA 3H6EA 3O1WA 3CHWA 4PKIA 2Q1NA 3WQTA 3H45C 5AR0A 4PL7A 2H3GX 3EKSA 1BG3A 1RDWX 3U9ZA 4A2BA 1EQYA 1MDUB 1HKBA 5AZIA 3D2EA 3A8YA 5KPZA 3GOIA 3FZHA 3GL1A 1DKGD 3WXIA 5LJVA 4M7XA 3SJHA 1JCFA 3O80A 3RSEB 4BRNA 3WT0A 4DQ8A 3TU5A 5BN9A 3LDPA 2FSKA 2Q97A 4B1YB 2P9PA 2NLXA 4RTFD 5KPTA 4ISFA 3H1QA 1IG8A 2E2OA 5JMVA 1DEJA 4C23A 3GG4A 4H0VB 3CI5A 4H5TA 3G25A 1OKJA 2P9IB 4B1WB 1LOTB 3CJ1A 5B8HA 3WXJA 3FZKA 3DWLA 2P9SA 3LL3A 1NGHA 3O5BA 3WXKA 1QQMA 1QQOA 1BOTO 1H1VA 1TUUA 5TKYA 3QB0A 3MCPA 3VOVA 1NBWA 5AQIA 3ZEUB 2D4WA 1GLEG 1HPMA 1MWKA 1KAXA 5BN8A 1HX1A 1ZXOA 4IJNA 3W0LA 3CIPA 1XUPO 4H0XB 1BUPA 5BR9A 4AM6A 2Q0UA 4BRHA 4M7YA 4CD3A 1SAZA 4FPBA 4F9OA 4BRLA 3GE1A 3LDOA 3OHRA 3QBWA 5AQPA 3CERA 4JD2B 3CJBA 1HKCA 1NGAA 2IVOA 4FWQA 4IXCA 4XEIA 3HSCA 3VEVA 4E1JA 2V7YA 5AQQA 3AAQA 3I8BA 4I6MB 4WQ5A 4BRDA 4QS7A 5BPMA 1YUWA 1V4SA 4FL9A 5E26A 4CZLA 4CZGA 4CZMA 5JICA 4FWPA 4PKGA 4RWTA 5KPRA 3C7NA 1BA0A 2GUPA 2I7PA 2P9NA 3VGLA 3IUCA 4H5RA 2QWMA 4BG8A 3QMLA 5BRHA 3DXKB 3TPQA 1Z6RA 2E1YA 4CI6A 5AQKA 1BO5O 5ADXA 3LDLA 3QDKA 1ATNA 3H46O 1K8KA 3ULEB 3QICA 1LCUA 3MN9A 3QFUA 2IVNA 3WQUA 2CH6A 4CBXA 2VCPA 3O08A 5AQUA 2QWRA 4K42A 2I7NA 3LDNA 3U4LA 3SMPA 3IMXA 1NLVA 2CH5A 1YXQA 3FZLA 4XH1A 3C0BA 3AAPA 3CQYA 2HF3A 1NGEA 1TYQB 5KQDA 2FSJA 2ZWHA 4JHDB 4BC2A 1NMDA 5AQGA 1NGBA 2P9UB 4NB4A 3UB5A 1HKGA 2NRHA 2QWOA 3MMVA 3QBXA 5I9EB 3SLCA 4CBWA 1X3MA 3ENOA 3UE5A 5AQFA 5EY4A 2P9KB 4NO7A 2Q2RA 4AM7A 4BRCA 3O4WA 2ZGZA 4BROA 3HTVA 2P9LA 2FF6A 2FXUA 4O5FA 2J4RA 1E4GT 3A0IX 4B1ZA 4BGBA 4Z94A 5KQ8A 4K25A 2AA4A 5LY3A 1HUXA 4FPAA 5AZJB 3AY9A 4EFHA 3KZBA 2IVPA 3F9MA 1E4FT 1QZ6A 3A5OC 3MDQA 4DHYA 5AQYA 4BREA 5FPEA 2A6AA 2GELA 2Q36A 3UKUB 3QFPA 3UKRA 3ZEUA 3MN6A 2A3ZA 3VEOA 4WQ4C 3IDHA 2W40A 1NGCA 2ZF5O 5AQTA 3CJAA 1WUAA 3O8MA 4FWSA 3BEXA 4FWOA 5AQNA 1XQSC 2P9PB 5JLHA 5LJWA 2F9WA 4WQ4A 4H0PA 1NWKA 4JD2A 4WQ5C 2GWJA 3MK6A 3J8AA 3ZX2A 1GLFO 3LDQA 4BVPA 4PKHA 1QHAA 1R59O 3R9PA 5ADXH 4H0OA 5AQLA 1NGFA 5AQXA 1DGKN 2VYPA 3DXMB 4GY2B 3R8EA 3S41A 2W41A 2ASOA 2P9SB 2ZGYA 5EOYA 4B1VA 2V52B 3BP8A 5FPMA 1U2VA 3FLCO 2E2PA 2YHXA 3WUHA 2OANA 2QWLA 3U8XA 1Q18A 3A5MC 3EZWA 4RCHA 1KAZA 4BRGA 5E84A 3KVGA 3IFRA 1NGGA 3R6MA 4BRFA 4CJ7A 4L3QA 4BR9A 4BRMA 4CZJA 2YJEA 4IZ9A 4J8FA 2GWKA 1J6ZA 5F2RA 1GLAG 3D2FB 4FWRA 4CZKA 3L0QA 3ULEA 4BGAA 5EX5A 3VF6A 4WYBA 4CD1A 4CZIA 1QQNA 1ATRA 5EXWA 5AQMA 2V51B 1GLCG 4A2AA 2E2NA 2VWBA 3M3ZA 2EWSA 4EHTA 1ESVA 2YHYA 3FZFA 5BPLA 3CQXA 4FSVA 2AP1A 2A5XA 1JCEA 1RFQA 3HZ6A 4QS8A 1GLLO 2IIRA 4HWIA 2A41A 1ZC6A 3VEZA 3CETA 3VF2A 3VETA 1BA1A 3VEXA 2WUSA 3LM2A 3ATUA 2P9NB 4JHDA 4BR7A 3ENHA 4KBOA 3AARA 4BR5A 2A42A 4A62A 1X9JA 1TUYA 4BQLA 4MO4A 1Y64A 2ASMA 5AQZA 1MWMA 2BTFA 3VEWA 3M6GA 2A40A 3EKUA 3HI0A 4H0TB 3VERA 2QWQA 1Z05A 4FOIA 3BF1A 3WXLA 4HTLA 4CZFA 4H03B 4PL8A 3RSEA 1NGDA 2P9KA 1YAGA 4FWNA 2E8AA 4FWLA 3DAWA 4YDUC 5BREA 3FE1A 1YVNA 1WOQA 1ZBSA 1KAYA 2NZTA 2YCHA 3BUZB 1KXPA 3FZMA 3ZETB 3CJ9A 5ELZA 5BRFA 1XC3A 2ITMA 2GEMA 2KHOA 1SZ2A 3WEEB 4EHUA 2P9IA 3EO3A 3VEYA 4GNIA 4FWMA 5AQRA 3VESA 4YDUA 3UKUA 5F1XA 4XH4A 3HM8A 3FR0A 3FFKB 4IWVA 3H1VX 5AFUH 2E20A 1G99A 3DJCA 5AQVA 5BPNA 4ISEA 4CZHA 3LM9A 1QZ5A 5AZIB 2FSNA 3B8AX 3D2EB 3SMSA 2D1KA 4BC5A 2YI1A 4FWKA 5JLFA 3VF4A 3ATVA 1P8ZA 4BRQA 1GLDG 4CZEA 3EL2A 2V7ZA 4H5WA 2P9LB 5AQHA 3KHYA 4B1UB 4MLEA 4H5VA 1GLBG 5FPDA 1GLJO 2D0PA 3DXMA 4BR0A 5F0XA 5BRDA 1HLUA 3H3OB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QTDA 3A5LC 3AO4A 4WFBL 1RTJA 4DTUA 1TL3A 2D5RA 4R79A 3UKRB 5AFUA 3MX5A 4KAZA 3HM9A 1Q81O 2X6NA 2YKNA 4JN4A 3MN5A 1KCFA 2B4JA 4B3TK 4BRAA 4BWMA 4DV3K 3W3DA 4F3TA 2F7TA 4H0YB 5LL6Z 4FOEA 4BRIA 4U67L 3V4IA 3DXKA 3OY9A 2PAVA 4IG0A 3RMCA 1X1PA 2Z1JA 4DCHA 1T05A 3VPZA 3CCSN 2BGGA 4B1XB 1S22A 1SQKA 4FO0A 2QXFA 1YITN 4BC4A 4J2DA 4EIAA 1EX4A 2BUPA 1VQ5N 1X3NA 4WF9L 5CY4A 1DT9A 3QNNA 3TAPA 3VENA 3B6OA 3CXCM 2PBDA 2FF3B 2JWLA 4BQZA 4F3OA 2E6LA 1T8EA 4CK1A 4O8KA 3CCJN 1BHLA 1RT7A 1W0HA 2YHWA 3ID8A 3M8RA 2VG6A 4FJ9A 3C7NB 2P9UA 1D4XA 4YOUA 1LWCA 2FLOA 3O6WA 4IFVA 4ISGA 1FKPA 3AVCA 4RW4A 2G8HA 2G8VA 1EKEA 5D3GA 4YOWA 2CGJA 4JRPA 3DOLA 3ZSWA 3H3NO 5HBMA 2HOEA 2E1ZA 4EZ6A 3LWLA 3DI6A 1K8KB 4LF7K 5CE3A 5C12A 3CJ7A 4IEIA 3O3HA 3JYTA 3WEEA 3KLHA 4OPAA 3NGYA 4CJSA 3ZSRA 4A5AA 1LAVA 1C0GA 3CCMN 3PX6A 2X6SA 2O8CB 3U6FA 4PKIA 1HNIA 3H45C 2XY8A 5AR0A 4E89A 1YIJN 4B3OA 4C8OA 3EKSA 1SKSA 1BG3A 1RDWX 4O5BA 4O44A 2GBZA 3U9ZA 4IKFA 3P1GA 4DKWA 1MDUB 1HKBA 1OVYA 2Q3SA 3A2FA 1B92A 3GOIA 3KLIA 4O8UA 1DKGD 3WXIA 4CJFA 4M7XA 4N5SA 3F2KA 3O80A 2DFEA 3J80O 2O8DA 4B1YB 3SI6A 2P9PA 1L3VA 2NLXA 4I7FA 3L8BA 3H1QA 1NK4A 1BGXT 1DEJA 1RDBA 4C23A 2BDPA 4CJ3A 4H0VB 3AVFA 4CGFA 1OKJA 1HQUA 2Z1HA 1HQEA 3WXJA 4K0KK 5HROA 4GV9A 1RCHA 1KRPA 3FZKA 4JLHA 3LL3A 5KI6A 1BOTO 1JLBA 3QB0A 3MCPA 4H4MA 3WNHA 3ZEUB 4B3MK 1GLEG 1HPMA 5BN8A 2DFHA 3CG7A 1XUPO 4AM6A 2Q0UA 1BI4B 4CD3A 1D9FA 4FPBA 5JS1A 2ATQA 4BRLA 4F9OA 1L3SA 1FXXA 5AQPA 3CERA 4JD2B 4X65K 2D0CA 3CCRN 1S1VA 4IXCA 2RKIA 2X78A 3RWUA 4BRDA 1TKXA 1SL1A 1VHXA 5BPMA 3VA3A 4CZGA 2NRWA 2IOCA 3G10A 3TWHA 1C6VA 3EYZA 4RWTA 4FK0A 4H4OA 1KVCA 3KJVA 3IUCA 4BG8A 3QMLA 4M42A 4GV6A 3THVA 2E1YA 2O8EB 1VQNN 4DMNA 1LW2A 5HRSA 3DLHA 5AQKA 4RW9A 3O3GA 4CHYA 1SKWA 3HL8A 3MWPA 4W5QA 3SUNA 2CH6A 3C6HA 3THXB 3O08A 5AQUA 2QWRA 1KLMA 2I5JA 1Z25A 4KHPK 3IMXA 1IBLK 1NLVA 4CK2A 3F5TA 3VQDA 1VSMA 2HF3A 4Y1DA 5K14A 3TI0A 4FZZA 2NUBA 3G4SN 1YT3A 4B9LA 2ZWHA 4BC2A 1ITGA 2NRHA 1NKEA 4CBWA 3AVJA 1X3MA 4BE2A 1J53A 2PFUA 3ENOA 3KKRA 4NO7A 2Q2RA 3ZT1A 4AM7A 2ZGZA 4E1NA 2FF6A 1S9EA 2B5JA 1LW0A 1N34K 2FXUA 3MCAB 4O5FA 3OYCA 3CM5A 1K9MO 4KREA 1TK5A 1NJYA 3OYEA 3LP0A 5LY3A 3SAGA 5C42A 3I55N 3NF6A 3CMEN 1OH6A 4DHYA 3DLKA 4BREA 5FPEA 3N4PA 1OH8A 3UKRA 4DS4A 2KQ2A 4RW6A 3MN6A 4CEDA 3NVMA 4K8ZA 1TK0A 5AQTA 3CJAA 3O8MA 5KGWA 4N76A 5JLHA 3SQ4A 4OPHA 2F9WA 4WQ4A 3VTHA 5HL7L 4KHQA 4WQ5C 3CYMA 3R3LA 4Q5VA 4ID5A 3J8AA 4BVPA 4DQQA 2WC9A 2VYPA 3DXMB 4DR6K 2ZGYA 3OYKA 4DSLA 1A5VA 2GUIA 4PY5A 2V52B 2VGMA 1SL0A 3V1OA 5M1PA 2HHUA 2OANA 3U8XA 1Q18A 5C10A 4BRGA 4MQ3A 4DV2K 1NK0A 3KVGA 4BRFA 3AVIA 1JLCA 1NK7A 1VSHA 1IBKK 5C25A 2UXBK 4DTMA 3OS0A 3SCXA 4BGAA 4JI1K 4B9VA 3VF6A 3NDKA 4CZIA 1QQNA 1ATRA 5EXWA 5AQMA 4JKCA 1QQCA 2VWBA 4JI5K 3BDPA 3KWGA 2YHYA 3SQ0A 4FSVA 3PV8A 3MX2A 3NCIA 1NOYA 4LSNA 3MXIA 4JKDA 3VEZA 2O8CA 3HPGA 5M1QA 2VGNA 3CFOA 1BA1A 1NK9A 2WUSA 4JHDA 3ATUA 4KH6A 3KLFA 1I94K 3OA9A 1KSPA 4YOVA 2BTFA 3M6GA 2A40A 2O4GA 2W42A 2P9KA 2RPIA 3ASMA 4E7KA 2E8AA 3ZSVA 2KLAA 4OPJA 1EXQA 4O0IA 4JI7K 2NZTA 1JKHA 1KXPA 4LY7A 5HOOA 5BRFA 1XC3A 3PO5A 4DFKA 3WEEB 4EHUA 1VSEA 3EO3A 1TKTA 3VESA 3UKUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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