3SLCA

Crystal structure of apo form of acetate kinase (acka) from salmonella typhimurium
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
401
structure length
401
Chain Sequence
HMSSKLVLVLNCGSSSLKFAIIDAVNGDEYLSGLAECFHLPEARIKWKMDGSKQEAALGAGAAHSEALNFIVNTILAQKPELSAQLTAIGHRIVHGGEKYTSSVVIDESVIQGIKDSASFAPLHNPAHLIGIAEALKSFPQLKDKNVAVFDTAFHQTMPEESYLYALPYSLYKEHGVRRYGAHGTSHFYVTQEAAKMLNKPVEELNIITCHLGNGGSVSAIRNGKCVDTSMGLTPLEGLVMGTRSGDIDPAIIFHLHDTLGMSVDQINKMLTKESGLLGLTEVTSDCRYVEDNYATKEDAKRAMDVYCHRLAKYIGSYTALMDGRLDAVVFTGGIGENAAMVRELSLGKLGVLGFEVDHERNLAARFGKSGFINKEGTRPAVVIPTNEELVIAQDASRLTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and mechanistic investigations on Salmonella typhimurium acetate kinase (AckA): identification of a putative ligand binding pocket at the dimeric interface
pubmed doi rcsb
molecule keywords Acetate kinase
molecule tags Transferase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 128
structure length 401
sequence length 401
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.2.1: Acetate kinase.
pdb deposition date 2011-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3slcA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3slcA02
1BA0A 4BRIA 5AQQA 2CGLA 4AM7A 3BUZB 1GLLO 3IUCA 4CZKA 1BU6O 1BA1A 5AQUA 4BROA 5JMVA 3WXKA 3DWLA 3R6MA 2PAVA 2P9LB 3GE1A 1KXPA 1QZ5A 4GNIA 3ENOA 2ZGZA 2FF3B 3CHWA 4K42A 2Q97A 1KAZA 3SK3A 4JD2B 3JXUA 3A0IX 3ENHA 3ZEUB 4BRMA 2GTDA 3GBTA 2Q36A 4RWTA 3SMSA 5CE3A 1ESVA 4IJAA 2FF6A 3VF6A 4XH5A 4CBUA 1GLCG 4BQZA 1U2VB 3UKUB 3CJBA 2NRHA 1MWMA 4H0PA 3TPQA 2HOEA 3LM2A 3QDKA 4ISEA 5AQOA 4BGBA 2P9IB 1BO5O 4XH1A 1TUUA 5ELZA 1E4GT 3GL1A 1Z6RA 2GWJA 4O5FA 3WEEA 5BPMA 4FPAA 3O1BA 2HMPA 3R9PA 2QWMA 3BEXA 3WQTA 5LJVA 2IVNA 4WQ5A 4MLHA 4FWSA 1T44A 4B1YB 4DHYA 3QFPA 5AQMA 3ZETA 2W41A 2FXUA 4EHTA 3HI0A 4H5TA 4K41A 3FZHA 3EO3A 3AAQA 5EX5A 1RFQA 3O6WA 4CZJA 3CIPA 1NMDA 4DQ8A 3D2FA 2YCHA 3P4IA 4H5WA 1X3MA 1NGFA 1IG8A 2A42A 4BRNA 1V4SA 1SQKA 3VEZA 3GDQA 2I7NA 2FSJA 4B9QA 3WT0A 1U6ZA 1NGGA 4FWNA 4H03B 4FWOA 3A5OC 2E88A 3VPZA 4BVPA 3QMLA 1QQOA 2P9SA 3FGUA 2OANA 2D0OA 1EQYA 2HF3A 1GLAG 2YHYA 3C0BA 3L4IA 3U9DA 3HZ6A 3LDQA 2NZTA 3RSEB 4FWLA 2AP1A 1OKJA 5B8HA 1IJJA 1J6ZA 3W0LA 5AQKA 4BR9A 1X3NA 3WUHA 1T6CA 3HTVA 5F1XA 3FLCO 3QB0A 2QWRA 5BRFA 1NGDA 2PBDA 4H5VA 4BRCA 3A8YA 4J8FA 4B1ZA 3FZKA 4Y0WA 4HTLA 2D1KA 1QHAA 2A5XA 2VWBA 4FWRA 1ATSA 2QWNA 3EKUA 4PKGA 3LDNA 3VERA 3MN6A 2ZWHA 3AY9A 3UE5A 4H5NA 1KAYA 2CH6A 5KQ8A 4WQ4C 5ADXH 4MO5A 2Q0UA 2P9NA 3ULEA 1MDUB 3WXIA 5F0XA 1GLJO 2GUPA 5AQWA 3H6EA 4CZFA 4FWMA 1K8KB 3VGKA 3U8XA 3OHRA 4CZMA 4A2BA 2E2OA 4MO4A 4H0TB 4M63C 4BR2A 1SAZA 2P9PA 4CD3A 3ZX2A 1CZAN 4BREA 3VGMA 4BRQA 1C0GA 3L6QA 3B8AX 1G99A 4CZHA 2UYTA 3LDOA 3ATUA 1GLFO 2KHOA 5KPRA 4BRFA 2A3ZA 2E2NA 3ZX0A 4BRKA 2YI1A 1BG3A 3VF2A 3W3DA 4B1UB 2A40A 3LL3A 2IIRA 2F9WA 4CI6A 5BPLA 1HUXA 3SMPA 3M1FA 2V7YA 4FOIA 2DPNA 1NGBA 2I7PA 4M7YA 3O4WA 3MN9A 4BRLA 2FSKA 1TYQA 3HSCA 1YVNA 2QWLA 3VENA 3D2FB 3C7NA 5JICA 2E20A 3H3NO 2Q2RA 4ISFA 4PKHA 2CH5A 3UKRB 2VCPA 1DEJA 1HKGA 5BR9A 3O08A 3M6GA 1ZBSA 3FZMA 4EIAA 4H5RA 2P9SB 1E4FT 3GOIA 1RDWX 3LDPA 4PL8A 4A62A 2E1ZA 1NBWA 5AQHA 2V51B 3D2EB 5AQLA 1NGIA 3EL2A 3ATVA 3ZX3A 1D4XA 4FWKA 4BC4A 4FO0A 4L3QA 3SLCA 4I6MB 3MMVA 2P9KA 4KBOA 5AFUA 4AM6A 4BR0A 1NM1A 3MCPA 4H0XB 2ZGYA 4K25A 4CBWA 1LCUA 3IDHA 4H0OA 2E1YA 2ITMA 2P9UA 4FPBA 4PKIA 5AZIB 3H3OB 5E26A 3EKSA 4CZGA 3A5MC 3AARA 3H45C 4BRHA 1Q18A 4JNEA 4B1XB 4E1JA 2Q31A 1KAXA 2YJFA 3CETA 4NB4A 3VF4A 3O80A 4BGAA 2P9IA 5AQNA 3HM8A 5AZJA 1NGEA 3WXLA 3VGLA 5EVZA 4O8KA 2ZF5O 3MN5A 2VYPA 1GLEG 4IJNA 3VEYA 3WEEB 1HKBA 1HPMA 1S3XA 3F9MA 3QFUA 2P9NB 3ULEB 2D0PA 3I33A 4YDUC 4JHDA 3MK6A 4B1VA 3I8BA 1JCGA 3FR0A 3GG4A 1BUPA 2A6AA 3H46O 3FFKB 4FWQA 3DXKA 4IO8A 1WUAA 1BOTO 3MN7A 4BRAA 4EAHD 3CJ1A 1RGIA 3WXJA 5BN9A 4IZ9A 4HWIA 4BVOA 3KHYA 4DB3A 4BRDA 5LY3A 1X9JA 1HLUA 3WQUA 1JCEA 1ATNA 3VESA 4BC5A 3FE1A 3L0QA 4BR5A 4XH4A 5JLHA 2CGJA 2F9TA 3IMXA 2A41A 4A61A 5FPEA 2YHXA 1GLDG 2D4WA 1SZ2A 3RSEA 1TYQB 3ID8A 1BDGA 3C7NB 2E2PA 1HKCA 1DGKN 3UB5A 4Z94A 1MWKA 3BF1A 3DJCA 4WQ4A 2QXLA 3KVGA 1P8ZA 3CQXA 3TU5A 3EN9A 4FOEA 5AQFA 4H0YB 4CZIA 2FSNA 4NO7A 1Y64A 4A2AA 3DXMA 1HJOA 3CI5A 3ZETB 1YAGA 4XEIA 4JN4A 3AAPA 4BC3A 3BF3A 5FPMA 3DAWA 1LOTB 4IXCA 4RCHA 3O1WA 3R8EA 4DCHA 4BG9A 3M3ZA 3CQYA 1ZXOA 2V7ZA 4BC2A 2P9KB 5BPNA 2YJEA 1XC3A 4WYBA 2QM1A 3QBXA 4MLEA 2ASPA 2E8AA 3H1QA 4ISGA 3LDLA 5TKYA 2ASMA 3FZFA 4IWVA 2P9UB 4WQ5C 2QWPA 5AQVA 1S22A 1TUYA 5AQGA 3IFRA 1K8KA 2GWKA 2IVPA 3QICA 5FPNA 1QQMA 3H1VX 3U9ZA 1H1VA 3O5BA 4CJ7A 1NWKA 2BUPA 2P9LA 1HX1A 2WUSA 3VEWA 3MDQA 5AZJB 4QS8A 1JCFA 1NGCA 2FLOA 1XQSC 3A5LC 3VETA 1WOQA 4JD2A 1ZC6A 3CJ7A 3VEXA 4JAXA 3FZLA 5ADXA 3ZEUA 2GELA 5AQYA 1QZ6A 4BRPA 4BR4A 1NLVA 4B1WB 4JHDB 5BN8A 3VOVA 3S41A 4BRGA 1U2VA 3UKUA 4CZEA 3JS6A 5AQRA 5KPTA 5E84A 5I9EB 5AQTA 1T6DA 2QW9A 5AQSA 3DXKB 2H3GX 4K43A 2YHWA 1NGJA 4RTFD 3G25A 4QS9A 5BRDA 3CJCA 2V52B 5JLFA 1GLBG 3UKRA 5EXWA 5AQZA 4BR7A 2QWQA 5AQXA 4FWPA 4C23A 2ASOA 3CERA 3KZBA 4H0VB 2IVOA 1V4TA 3BP8A 4CD1A 3D2EA 3QBWA 3A5NC 3HBTA 3SJHA 2P9PB 4I6MA 5AR0A 2HF4A 3J8AA 5BREA 3LM9A 4BQLA 4F9OA 1BWFO 1YXQA 2Q1NA 4CBXA 2GEMA 2J4RA 3VEOA 5KPZA 4QS7A 2AA4A 1QQNA 1XUPO 4CZLA 3EZWA 3CJAA 5AZIA 4EHUA 5AQJA 5FPDA 2E2QA 4GY2B 1C0FA 3DXMB 4FSVA 2Q0RA 4YDUA 5F2RA 3VEVA 4PL7A 4LC9B 2BTFA 4BG8A 1DKGD 5EOYA 1YUWA 2NLXA 5AQPA 5EY4A 5LJWA 3O8MA 5BRHA 5AQIA 2CGKA 2QWOA 4M7XA 2W40A 5AFUH 1NGHA 2EWSA 4FL9A 3CJ9A 1Z05A 5KQDA 4EFHA 1MA9B 3U4LA 1R59O 3D7EO 1NGAA 1ATRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BRIA 5AQQA 4OO1J 2GV9A 4QOZB 1IBMK 3WNFA 1WAJA 3V6DA 4CVNE 3GE1A 2VG5A 2B5JA 1Q8IA 1HNWK 3AVBA 1J53A 1RNHA 2FF3B 3L4QA 2IOCA 4K42A 3RVCA 3K5LA 2G8FA 3A0IX 3ENHA 1K9MO 4PQUA 3ZEUB 4BRMA 2Q36A 4BACA 4ZTJA 1G15A 4BDYA 1TK8A 3O9UA 4IJAA 4CBUA 3VF6A 4B8AB 3SQ4A 4BQZA 1U2VB 3PO5A 1C1AA 3UKUB 1CZ9A 4OJRA 2HOEA 2HHVA 2YNIA 4BGBA 1YIJN 4DQPA 2O8BB 1TUUA 1E4GT 2F96A 3MWPA 4NXNK 2O8EB 2ZM6K 1NK5A 1VSIA 4M3YA 2UU9K 4KHWA 3WQTA 2IVNA 3HSTB 4FWSA 4OPAA 5IWAK 4K41A 3FZHA 5M1KA 3O3GA 1VQ7N 4Y1DA 1VSJA 3O6WA 4CZJA 1NMDA 4DQ8A 3D2FA 4BWMA 1S6PA 4CEQA 4IG0A 1U48A 2RF2A 4BRNA 3VEZA 4KB1A 4HCCA 2FSJA 4KI4A 1N6QA 3D0PA 1IKVA 3A5OC 3S3OA 4KHSA 4BVPA 5SWMA 3QERA 4E1MA 4OPHA 3THXA 4JI1K 3KK7A 3L4IA 2KLAA 5LMNK 3LDQA 1VQLN 3TTDA 2NZTA 3RSEB 3RMAA 4FWLA 5B8HA 3ZT1A 1IJJA 1TL3A 2OZSA 3AO1A 4QAGA 5AQKA 4KTQA 4FJIA 1XMQK 4BR9A 1X3NA 1N8RO 3AO2A 3WUHA 2IDOA 3KIOA 5F1XA 1WNSA 2G8UA 2O4IA 4Z4CA 3SBGA 4NLCA 3HT3A 3VQEA 4YY3K 2PBDA 4WFAL 1P90A 4JRPA 3CF5L 1JLFA 3OYCA 5JS1A 3FZKA 4KRFA 1HNZK 1QS4A 4W5TA 4GV9A 1ATSA 2QWNA 2HBJA 3EKUA 4FJJA 3LDNA 3AY9A 4FZYA 3AVJA 4CF9A 1NK0A 1IG9A 5C10A 3I0SA 5KQ8A 4YOTA 4WQ4C 5ADXH 4CIFA 3EE9A 3O9QA 4JV5K 3WXIA 4LF9K 1HNIA 4FWMA 1K8KB 4J2AA 1ASWA 4CZMA 3ZT0A 4CERA 4DU1A 3VQBA 3V9XA 4BR2A 4JKGA 3HVTA 4BRQA 3OYHA 3B8AX 1VQ8N 1QSLA 1G99A 4CZHA 2UYTA 3HJFA 5J1EA 4W5OA 4JK7A 2A3ZA 3ZX0A 4PUOA 4BRKA 4JEPA 1BG3A 4B1UB 1RBVA 2HBKA 4WF9L 2F9WA 1EO1A 1HUXA 4MFBA 1KVAA 3HL8A 3KLIA 2V7YA 2WC9A 4FJ9A 4FOIA 1NGBA 2QI2A 1U4BA 4FJHA 3MN9A 3HSCA 5KGWA 3VENA 3D2FB 3LPTA 2E20A 3CPWM 3BDPA 1IKXA 4ZHRA 1JXEA 3G6EN 3V9SA 4K8ZA 3H3NO 2Q2RA 4FM1A 4EP4A 4PKHA 4IEIA 3O08A 3M6GA 1ZBSA 4AHCA 3CCRN 4FLYA 1RDWX 3LDPA 3HPOA 2E1ZA 3NH1A 3SV3A 4FLTA 3D2EB 3LP0A 3JAMO 2F7TA 3ATVA 1D4XA 3IKMA 4ELTA 4FO0A 4L3QA 2E6LA 4CJ3A 3HO1A 4AM6A 3NH2A 1NM1A 4Y1CA 4H0XB 3TAMA 3DMJA 4DV6K 1U45A 4CHQA 3HVRA 4FPBA 4PKIA 1J5EK 1S9GA 4FJKA 1EETA 4A57A 1JJ2M 4OGCA 1Q18A 4JNEA 4DF4A 2P51A 4R5PA 3CETA 1HQUA 1TGOA 3O80A 4FJMA 4DQIA 1JL2A 4DLGA 5AQNA 3LZJA 3WNEA 5AZJA 1NGEA 4RW6A 3NF7A 3CFRA 3G71N 1WSJA 4HUEA 2D0BA 1GOAA 4IJNA 1QSYA 1HKBA 1WAFA 4B3MK 4CJPA 3AA5X 5GAEP 4JI0K 2ATQA 2D0PA 4DS4A 1S9EA 3I8BA 4NCGA 1NK7A 3FR0A 3CCQN 2PYJA 2A6AA 3OYFA 1E3MA 3RRGA 2P5GA 4JKGB 5CR4A 1VSLA 1WUAA 4BRAA 1NKBA 4DR7K 5GAGP 2XY6A 3ZSZA 1S1VA 4CJKA 4IZ9A 4HWIA 3M8SA 3AV9A 1TV6A 4JI8K 4DB3A 3OVNA 4FLZA 4LFBK 3WQUA 1ATNA 3J7YP 2O8DA 1KC8O 3SV4A 4DTSA 2YHXA 3LWMA 3AVLA 3IG1A 2D4WA 3HPHA 4M41A 3V9UA 1OH7A 3VQPA 4LFAK 1UA1A 1DGKN 3KWGA 1LAVA 1MWKA 4WQ4A 3NF9A 3CQXA 3TU5A 3EN9A 4FOEA 2HNDA 3L2RA 3C95A 1M1KO 1Y64A 3MCAB 1TKTA 1NOYA 3T1YK 3ALYA 1HJOA 3CI5A 2ZJRL 4XEIA 1U47A 4JN4A 3AAPA 5FPMA 3E1YA 1LOTB 4F8RA 1RT1A 1LWCA 1ZXOA 3ID6A 4BC2A 5BPNA 2YJEA 2Z1IA 4A5BA 3OW2M 3QEVA 2QM1A 1JLEA 3QBXA 3H1QA 4ISGA 3P39A 3QEXA 3CMAN 1TVRA 3ZT2A 1WSFA 2VGNA 5KTQA 3HP9A 4G9ZA 1LWFA 1U04A 3IFRA 2GWKA 3G0ZA 1QQMA 4CF0A 3HOTA 2QEXN 1F21A 4GKKK 3SBTA 3V1QA 1DTQA 1C1CA 3KK2A 1S1TA 4FJ5A 1I94K 2NRXA 3M5RA 2X78A 5AZJB 5JS2A 3TR8A 1NGCA 2DFHA 3A5LC 3O4NA 3VETA 4C8KA 1TKZA 4DWIA 1SUQA 3T69A 1SS6A 4JAXA 4GVEA 1YJWN 4LF8K 1JLCA 4BRPA 2IAJA 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1BIZA 3VQ5A 3NAEA 1XNQK 1EXQA 2QWMA 3BEXA 2HHQA 1NK4A 4MLHA 1T44A 3QFPA 4Z4GA 2FXUA 4EHTA 4H5TA 1X9SA 3EO3A 4DU4A 4E3SA 1TKDA 1ASVA 4M3ZA 2BDPA 4AILC 2YCHA 2NRVA 4NLBA 1IG8A 2JWLA 2I7NA 3L2QA 4B9QA 2X74A 1U6ZA 3KTQA 4ID1A 1T7PA 4FM2A 2P9SA 2OANA 3QIPA 2AJQA 2HF3A 4ICLA 2OZMA 4JKFA 5LL6Z 3HZ6A 4CEDA 4CFCA 1Q81O 3S9HA 4JS5A 4I9QA 1OKJA 3Q7BA 4YNQA 2DTUA 4DV1K 3CCEN 1T6CA 4LSNA 4IOCL 1X1PA 3ZSVA 3TSPA 1HRHA 1NGDA 4BRCA 3MX2A 4B1ZA 3K9KA 4HTLA 4I9LA 2QA4N 2D1KA 1QHAA 2VWBA 4FWRA 3Q7CA 5T7BA 3LZIA 1BCOA 4FJXA 4DV2K 4PKGA 3VERA 3MN6A 4H5NA 1KAYA 3LANA 2Y1JA 1KLNA 2ZD1A 4CF8A 4IBNA 1NMNA 3ISNC 2Q0UA 1NK8A 3ULEA 4W5RA 1RBUA 5F0XA 3EY1A 4U67L 1GLJO 4CZFA 3THYA 1DLOA 3CFOA 3C65A 3VGKA 4C1NK 1WBBA 3SUPA 4H0TB 4M63C 3PV8A 5H1SQ 1CZAN 4FLXA 4BREA 3VGMA 4WFBL 3KD1E 1VQKN 1BHLA 1GLFO 1B9FA 5KPRA 2BH1A 3NGIA 2YI1A 1YF5L 3LAMA 2A40A 1VAZA 3J80O 5GIOA 2LSNA 4DF8A 2IIRA 2O8FA 4CI6A 4OKEA 3NH0A 3SMPA 2UUCK 1D9FA 1M90O 1HJRA 1RT7A 2I7PA 4M7YA 3O4WA 4BRLA 1YVNA 2Z1GA 5JICA 3DRSA 1D9DA 4ISFA 1QHTA 4I2PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1VQN N;  1HLU A;  3VES A;  4LFC K;  3FE1 A;  3L0Q A;  4U7B A;  5JLH A;  2CGJ A;  2F9T A;  5DM7 L;  4FJG A;  3MXI A;  3IMX A;  2A41 A;  1GLD G;  3MEC A;  1KCF A;  1SZ2 A;  1TYQ B;  3ID8 A;  3AO4 A;  2UXC K;  3AGR A;  4C8L A;  3UB5 A;  3QEW A;  2VWK A;  3NVM A;  3DJC A;  4O5B A;  4CIG A;  1ASU A;  4E7J A;  4F4K A;  4CZI A;  3OY9 A;  1KD1 O;  4DTJ A;  3ZET B;  4FJ8 A;  1YAG A;  2D0C A;  4O0J A;  3I56 N;  1VQM N;  3PX0 A;  4KH5 A;  4IXC A;  3O1W A;  3TSQ A;  4LY7 A;  3M3Z A;  3WNG A;  1VRT A;  2V7Z A;  3SCX A;  4DSJ A;  4OKK A;  1RT2 A;  2NNW A;  4MLE A;  2OTJ N;  1WSE A;  2ASM A;  4GVM A;  4ID5 A;  2Q3S A;  2P9U B;  3B6P A;  1WSH A;  3ZSR A;  1S6Q A;  2Z1H A;  1TUY A;  4ELU A;  1SKW A;  2KQ2 A;  4BE2 A;  4DTX A;  3H1V X;  4NYN A;  3NHG A;  5KI6 A;  3VQC A;  5IT9 O;  1N5Y A;  3CCL N;  4KHN A;  4PY5 A;  3ZT4 A;  1VSK A;  1Q9Y A;  4QS8 A;  1L3U A;  1JCF A;  4O55 A;  1XQS C;  1WOQ A;  3CJ7 A;  1FXX A;  3FZL A;  3SQ1 A;  3ZEU A;  1NKE A;  1QZ6 A;  5GAH P;  1EX4 A;  3S3M A;  1T8E A;  4DFM A;  3TAE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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