3SLCA

Crystal structure of apo form of acetate kinase (acka) from salmonella typhimurium
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
401
structure length
401
Chain Sequence
b'HMSSKLVLVLNCGSSSLKFAIIDAVNGDEYLSGLAECFHLPEARIKWKMDGSKQEAALGAGAAHSEALNFIVNTILAQKPELSAQLTAIGHRIVHGGEKYTSSVVIDESVIQGIKDSASFAPLHNPAHLIGIAEALKSFPQLKDKNVAVFDTAFHQTMPEESYLYALPYSLYKEHGVRRYGAHGTSHFYVTQEAAKMLNKPVEELNIITCHLGNGGSVSAIRNGKCVDTSMGLTPLEGLVMGTRSGDIDPAIIFHLHDTLGMSVDQINKMLTKESGLLGLTEVTSDCRYVEDNYATKEDAKRAMDVYCHRLAKYIGSYTALMDGRLDAVVFTGGIGENAAMVRELSLGKLGVLGFEVDHERNLAARFGKSGFINKEGTRPAVVIPTNEELVIAQDASRLTA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and mechanistic investigations on Salmonella typhimurium acetate kinase (AckA): identification of a putative ligand binding pocket at the dimeric interface
pubmed doi rcsb
molecule keywords Acetate kinase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
molecule tags Transferase
total genus 128
structure length 401
sequence length 401
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.2.1: Acetate kinase.
pdb deposition date 2011-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3slcA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3slcA02
4QS8A 2E1YA 4NO7A 1KAYA 1RFQA 1V4TA 3O6WA 3CIPA 3LDQA 4RWTA 5EY4A 5LJWA 3H1QA 2FLOA 4FWOA 2P9IA 2HOEA 4BR4A 2E88A 3D2EA 5BN8A 3WXJA 3EN9A 4BRFA 4O5FA 3LDNA 4YDUA 4JNEA 2GELA 1HJOA 4EAHD 3EKSA 1C0GA 5EX5A 4H5NA 4RTFD 4BC3A 4EFHA 1BUPA 2Q36A 3D2FA 5AQTA 3L6QA 2WUSA 3UB5A 3FE1A 1BA0A 3H3NO 5LJVA 4FWQA 1NGDA 4BRPA 4A61A 1GLLO 4PKHA 5ELZA 4JD2B 1EQYA 4AM7A 1OKJA 2A42A 4BRHA 1NGBA 4H0PA 5AQOA 5AQGA 4CZKA 1RDWX 2F9WA 3M1FA 3TPQA 3A0IX 4IJNA 1ZBSA 2J4RA 2ZWHA 3ULEB 3C7NB 4K25A 1NGEA 1J6ZA 5AQYA 1XUPO 5AQSA 3VEYA 4GNIA 3WXLA 5BREA 1IG8A 2P9LA 3A8YA 3VEXA 1NGFA 1TUUA 2A3ZA 1ZXOA 3FZHA 4BR9A 3R6MA 4J8FA 3WQUA 4CJ7A 2YHWA 4BGBA 4CD1A 5TKYA 5AFUA 3SMSA 2P9SA 2V7ZA 2P9PB 4O8KA 3ZEUB 4BRCA 3U8XA 2D4WA 5AQLA 4K42A 3FFKB 4FWRA 5LY3A 4BRGA 1NGJA 4BC2A 4A2BA 2QWMA 4YDUC 3VERA 2Q1NA 2I7PA 4L3QA 4H0YB 3RSEB 5AZIA 1Q18A 2QXLA 5BRDA 3QMLA 1LOTB 3MN9A 4I6MA 1T44A 4FWPA 1MDUB 1X3MA 4CBXA 2ASMA 2P9UA 4F9OA 1K8KB 2D0PA 1NWKA 1BO5O 2YCHA 5AQVA 3FZMA 4MLEA 3CJ7A 3R9PA 4BQZA 5E26A 1YVNA 4FO0A 3HTVA 2P9NB 1YAGA 3VF6A 3GOIA 4PL8A 5AQRA 4BR0A 3CQYA 3QFPA 2AP1A 1DEJA 4M63C 2V52B 5AQUA 5KPZA 3LDPA 3O8MA 4FOIA 3A5MC 2D1KA 3LM2A 5BPLA 4Z94A 4H5WA 1YUWA 4IWVA 2E1ZA 4GY2B 4H5RA 4BR7A 3IFRA 3WQTA 2YJEA 5FPNA 3A5NC 1NGCA 4BRKA 2FSKA 2QWQA 4FSVA 4CZJA 1DKGD 4CZLA 4BG9A 3O80A 2EWSA 4BC5A 4CZGA 5ADXH 3OHRA 3KZBA 3FZLA 3M6GA 4JN4A 3EO3A 1U6ZA 2DPNA 3QB0A 5AQQA 5BRFA 4IXCA 1NLVA 2CGKA 4FWNA 4IJAA 2P9KA 4DCHA 3H45C 3VGKA 2E20A 3MN7A 4FPAA 1H1VA 1HKBA 3LL3A 5F0XA 4BRIA 1E4FT 1Y64A 2VCPA 2ZF5O 3WUHA 4AM6A 3VF4A 1ZC6A 3CETA 1T6CA 1QHAA 2Q97A 1MWKA 3CJ1A 4BGAA 3GL1A 3VPZA 1SQKA 3CQXA 2UYTA 4BRAA 3H46O 3ZETA 3O08A 4FL9A 4K43A 1BWFO 4BVOA 1HKGA 2KHOA 4Y0WA 4BRMA 1NGHA 5F1XA 4BROA 2NRHA 3VGLA 4JAXA 1JCGA 1XQSC 4WQ5A 3IDHA 2VWBA 5AQNA 4A2AA 4QS9A 1U2VB 2FXUA 3WEEB 3CHWA 1ATNA 3DXMA 1BOTO 3C0BA 4KBOA 3FZFA 2QW9A 3VOVA 1ATSA 4CBWA 1QZ5A 3VESA 3H3OB 3KVGA 4H5TA 2QWPA 2ASPA 3UKRA 5JICA 5AQJA 4JHDA 1LCUA 2OANA 4HTLA 4DHYA 4PKGA 4RCHA 1HX1A 1S22A 4MLHA 3VENA 1RGIA 2P9IB 3CJBA 5AQKA 4BC4A 4EIAA 3D7EO 1MWMA 2A5XA 2YI1A 3D2EB 3JXUA 3M3ZA 5KPTA 3DXKA 1WUAA 5AR0A 4BR5A 2I7NA 3U4LA 2H3GX 2GWKA 3A5LC 3ATVA 2QM1A 3MN6A 3QDKA 1P8ZA 3D2FB 2Q0UA 5AZJA 3FLCO 4WYBA 4FWKA 3ZX0A 2BUPA 1IJJA 5AQWA 1XC3A 2A40A 5KQ8A 3W0LA 1TYQA 4IO8A 1GLCG 3VEOA 1DGKN 5KQDA 3DJCA 2E2NA 4WQ5C 3QBXA 5AQXA 4B1XB 1HPMA 4CBUA 2E8AA 3HBTA 2QWOA 3H1VX 4PL7A 2ITMA 3BUZB 3A5OC 3UKUA 2P9LB 4C23A 3BF3A 5AFUH 3CI5A 3U9ZA 2GEMA 3DAWA 1V4SA 3MMVA 3VEWA 3ATUA 4H0VB 2QWRA 2W40A 1YXQA 4ISEA 4WQ4A 3SJHA 2P9SB 2GUPA 4XH5A 4MO5A 3I33A 1GLAG 2CGLA 3HM8A 2YJFA 4MO4A 1BDGA 3G25A 5JLHA 1GLJO 1KAXA 1NM1A 2YHYA 1T6DA 1BG3A 4BREA 5BPMA 2VYPA 3O4WA 3L4IA 2A41A 4B1WB 1SZ2A 2A6AA 5AZIB 3ZX2A 3EKUA 3W3DA 2AA4A 3VEVA 3QFUA 4I6MB 5AZJB 1KXPA 1E4GT 4ISFA 3ENOA 2GWJA 5KPRA 5AQPA 3MCPA 2P9UB 2ASOA 3LM9A 1ESVA 1C0FA 3BF1A 2NLXA 4BVPA 5AQHA 3ENHA 4H03B 2FSNA 1X3NA 4XH4A 2CH6A 4JD2A 4BRNA 3FZKA 2V51B 3MK6A 3ZX3A 3ULEA 3C7NA 1QQNA 2BTFA 1BU6O 3HSCA 4FWSA 4WQ4C 3VGMA 3WXIA 2IVNA 3CERA 5AQZA 4H0XB 5AQFA 4E1JA 4XH1A 4BR2A 1HUXA 4DQ8A 3DWLA 1JCFA 2IIRA 2Q0RA 4H0TB 2P9PA 3ZEUA 4CZFA 2QWLA 2IVOA 1NGGA 5FPEA 1Z6RA 1GLEG 4FWMA 3GBTA 3J8AA 4M7YA 2ZGZA 3RSEA 3MDQA 1GLFO 2E2QA 4XEIA 4ISGA 2PBDA 3BP8A 4BG8A 4EHUA 2P9KB 3LDOA 3CJAA 1K8KA 3HZ6A 4CZMA 2HMPA 4FOEA 3HI0A 3AY9A 3AAPA 3H6EA 1NGIA 4CZIA 2P9NA 4H5VA 1G99A 1D4XA 1SAZA 4FPBA 3SLCA 1MA9B 4NB4A 4DB3A 1NGAA 1QQOA 1WOQA 3MN5A 1S3XA 2YHXA 3GG4A 5JLFA 1GLDG 2NZTA 4QS7A 3R8EA 3ZETB 2ZGYA 1HLUA 3O1BA 3UE5A 5E84A 5EVZA 3B8AX 3O1WA 1X9JA 2E2PA 2D0OA 4CI6A 4B1VA 1CZAN 2Q2RA 3ID8A 4BQLA 3I8BA 5JMVA 2HF4A 3DXMB 3GE1A 4LC9B 3SK3A 3VF2A 4BRLA 3QBWA 2W41A 3O5BA 4M7XA 5AQMA 1NMDA 2CGJA 3UKRB 5B8HA 1GLBG 1QQMA 3U9DA 5CE3A 4B9QA 3WT0A 4JHDB 4A62A 5ADXA 1Z05A 1NBWA 3BEXA 1ATRA 1QZ6A 3IUCA 4BRQA 5EOYA 5EXWA 4PKIA 4BRDA 2FF3B 3JS6A 4CZHA 2IVPA 3DXKB 1TUYA 2HF3A 4CZEA 3CJ9A 4B1YB 5I9EB 1R59O 2V7YA 3AARA 3S41A 4IZ9A 5BRHA 1HKCA 1JCEA 1TYQB 3F9MA 5F2RA 3IMXA 2GTDA 1KAZA 4HWIA 3P4IA 2PAVA 3AAQA 3FGUA 3QICA 3L0QA 5BN9A 3FR0A 5AQIA 2FF6A 2QWNA 3EL2A 3EZWA 4B1UB 3KHYA 2CH5A 1U2VA 2Q31A 4B1ZA 5BR9A 5BPNA 5FPDA 1BA1A 3VETA 3WEEA 3SMPA 3UKUB 3CJCA 4K41A 3WXKA 4CD3A 3LDLA 3VEZA 4EHTA 4H0OA 2F9TA 5FPMA 3TU5A 3GDQA 4FWLA 2FSJA 2E2OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CZ1A 2E1YA 1KAYA 1RFQA 1V4TA 1KLNA 4RWTA 5LJWA 3HRGA 4A59A 4EZ6A 2YX6A 2W6KA 2Z1IA 4BR4A 1JXBA 4KHWA 2VWKA 2IDOA 4DWIA 2E88A 2QTDA 4CEZA 4BRFA 1YIJN 3AVGA 4O5FA 4DFKA 4JNEA 3EYZA 3HP6A 2KW4A 3ZSXA 1C0GA 4H5NA 4RTFD 4PQUA 3K0SA 2QKKA 4OVLA 2Q36A 3D2FA 5AQTA 3AV9A 1L5UA 4PY5A 2B4JA 5C0YA 1ZBHA 1VSFA 1NGDA 2QK9A 1OKJA 2OPRA 4BRHA 1ASVA 1NGBA 1TL1A 5AQOA 5AQGA 2F9WA 2VGMA 3HP9A 2J4RA 3K5OA 3IKMA 3OBWA 1Q86O 3C7NB 2GV9A 3VEYA 5AQSA 4GNIA 1NK6A 4AF1A 4LF7K 3P5JA 3FZHA 4BR9A 4M3ZA 4J8FA 3OW2M 4LH4A 2YHWA 2G8KA 3ZEUB 5E41A 2D4WA 2F4VK 3FFKB 4M42A 2QA4N 5LY3A 4BRGA 3O9RA 1NGJA 3F5TA 4BC2A 1XMOK 3KLEA 4KHNA 4YORA 3JSMA 3QIPA 4H0YB 3RSEB 1LOTB 1Z25A 4FWPA 4DTNA 4CBXA 1K8KB 2D0PA 1QVGM 3A2FA 3VQ7A 1YVNA 4BY9C 4FM1A 3SBGA 3CQYA 4JEPA 3MECA 5KPZA 5EU7A 3O8MA 3HOTA 2O8BB 1JLGA 2D1KA 4Z94A 2ZE2A 1LV5A 4Z0UA 4KH4A 2HB5A 3WQTA 4M3YA 2YJEA 3KWIA 3ZSZA 3A5NC 2G8UA 1NGCA 3NBPA 5JVGL 1NKBA 4C1NI 4CZLA 1SL0A 5M1KA 3EE8A 3KWGA 1RDDA 3M6GA 4JN4A 4DR1K 3V9WA 2YV0X 3CMAN 1KCFA 2DPNA 5D3GA 1HR0K 1W2BM 4FWNA 4B8CA 4CJ3A 3H45C 3C95A 3UIQA 3VGKA 4RW8A 3TAGA 4CJVA 5FRNA 3S3OA 4FPAA 1HKBA 1L3TA 2NRVA 4AM6A 4DV2K 4RW6A 3VF4A 1ZC6A 2E6MA 1QHAA 3DOLA 2IOCA 1NJIO 3OA9A 1M90O 4DTSA 3H46O 1C0UA 1DTQA 3ZETA 1BHLA 3PUFA 1Q7YO 2RHKA 1D9FA 3HK2A 4BROA 2NRHA 4K8XA 3KTQA 4JAXA 3IDHA 1W7AA 1QHTA 4CEBA 3MAQA 2ZJPL 2NRTA 3WEEB 3DXMA 1RDBA 3FZFA 3SV4A 4AQYK 1QZ5A 1KRPA 3KVGA 2YKNA 3UKRA 3C65A 3QO9A 4CJEA 4CJPA 1T3VA 3EE9A 2QXFA 1LCUA 4DHYA 1VAZA 5M1PA 3VENA 3NGZA 1QSLA 2E4LA 2P9IB 1UA0A 3CJBA 4OLAA 4I2QA 1LWFA 2A5XA 3M3ZA 5AR0A 2W6LA 2WONA 3NF7A 4FJGA 5JVHL 2I7NA 3U4LA 1DT9A 3TAEA 4KRFA 3O9UA 1P8ZA 2RN2A 3RR7A 3DM2A 1K73O 4LH5A 2HBLA 4N56A 4KTQA 4CJQA 3DLRA 4GV3A 2GUIA 4IO8A 3C6TA 4YOYA 1YITN 2OPPA 3AA2A 1HPMA 4OJRA 5SWMA 2D0BA 4WFBL 4EZ9A 4CESA 3THYA 1VRUA 2BE2A 3V9ZA 4A57A 2BGGA 1S72N 1OH8A 2GEMA 4DR7K 1V4SA 2RKIA 3DLLL 4DTUA 3SQ4A 1VQ8N 1ZBUA 4N41A 4H0VB 4CEDA 4FJJA 1IO2A 4CGHA 4CF8A 3KJVA 4DU4A 4ELUA 3M8QA 2GUPA 4F3TA 4XH5A 2CGLA 4CK1A 1KVAA 3B6OA 1QSYA 3SAGA 1WBBA 1T6DA 4BREA 2BANA 4HCCA 4W5NA 1ZBLA 1SZ2A 3SPZA 4DV5K 3OYIA 3QFUA 1JLQA 4YHHK 3ZSVA 3ENOA 5AQPA 3ZLJA 3FFIA 5SZTA 2RF2A 1XNQK 3RMCA 4E3SA 5AQHA 3ZCMA 3ZSRA 1RBUA 4AHTA 4H03B 4XH4A 5HROA 4DSIA 4GKKK 4FK0A 3V6DA 5I3UA 3NF6A 1JLEA 2V51B 4BDPA 1JLCA 4R79A 4DUZK 3U3YA 1YF5L 3M5RA 3THXB 1QQNA 1T8EA 1OVYA 4C8KA 3L8BA 3HSCA 3MXMA 4LF4K 1FW6A 2EX3A 4JI5K 1TK8A 1EKEA 3WXIA 3CERA 4H4OA 2NRWA 5AQFA 1VSJA 4E1JA 4DV7K 4JI8K 3CPWM 4CEOA 1FJGK 3V81A 3CCUN 1J54A 3QNNA 5JS2A 3G4SN 4FWMA 4DU3A 2ZGZA 3SAHA 3MDQA 2F7TA 1GLFO 4ISGA 2PBDA 3BP8A 4ILJA 1T05A 4E19A 1CZ9A 3KLFA 4JKEA 3PX4A 3LDOA 3CJAA 3DLGA 1X9WA 1A5VA 4OLBA 3NE6A 1L3VA 3VQ5A 1C1AA 1G99A 1D4XA 4FPBA 4DB3A 4WFAL 1E3MA 4CEQA 3MN5A 2NZTA 2X78A 2ZGYA 3UE5A 4F3OA 4W5RA 4MFBA 1WSJA 3J7AP 4RW9A 3AVBA 1RT7A 2Q2RA 1VK0A 1S6PA 4BQLA 5JMVA 3ZT0A 4CJSA 4JS4A 4BRLA 1LWEA 1DTTA 1WNSA 3KLGA 3O5BA 1VQ9N 1GOBA 4PA1A 1QQMA 4JHDB 3DMJA 2KFNA 2UU9K 4CERA 5ADXA 4ZTFA 3ZT3A 1O13A 4O44A 4WE1A 1OH7A 1GOAA 1NBWA 2NRRA 1RT3A 3OS0A 4J2BA 4JKFA 1ATRA 4IFVA 4E1MA 2OA8A 4BRQA 3V1OA 1VQMN 1IBKK 3ID6A 2HHTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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