3SLCA

Crystal structure of apo form of acetate kinase (acka) from salmonella typhimurium
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
401
structure length
401
Chain Sequence
HMSSKLVLVLNCGSSSLKFAIIDAVNGDEYLSGLAECFHLPEARIKWKMDGSKQEAALGAGAAHSEALNFIVNTILAQKPELSAQLTAIGHRIVHGGEKYTSSVVIDESVIQGIKDSASFAPLHNPAHLIGIAEALKSFPQLKDKNVAVFDTAFHQTMPEESYLYALPYSLYKEHGVRRYGAHGTSHFYVTQEAAKMLNKPVEELNIITCHLGNGGSVSAIRNGKCVDTSMGLTPLEGLVMGTRSGDIDPAIIFHLHDTLGMSVDQINKMLTKESGLLGLTEVTSDCRYVEDNYATKEDAKRAMDVYCHRLAKYIGSYTALMDGRLDAVVFTGGIGENAAMVRELSLGKLGVLGFEVDHERNLAARFGKSGFINKEGTRPAVVIPTNEELVIAQDASRLTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and mechanistic investigations on Salmonella typhimurium acetate kinase (AckA): identification of a putative ligand binding pocket at the dimeric interface
pubmed doi rcsb
molecule keywords Acetate kinase
molecule tags Transferase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 128
structure length 401
sequence length 401
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.2.1: Acetate kinase.
pdb deposition date 2011-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3slcA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3slcA02
1NM1A 3IFRA 4CZLA 1BG3A 2YHXA 4CJ7A 4IJNA 5E84A 3H1VX 1HKBA 4H5RA 5AQKA 3MDQA 3BUZB 1Y64A 3DXMB 3TPQA 5F2RA 3O4WA 4ISFA 4EFHA 2A6AA 5AZJA 4WQ5A 1GLEG 4CI6A 3AAQA 2D1KA 3VETA 3O5BA 1LOTB 4RWTA 3C0BA 2P9LB 2QWOA 3VGLA 1KAZA 4B1UB 3QB0A 3GDQA 5AFUA 3IDHA 1EQYA 1GLBG 3CI5A 3SK3A 3SLCA 3ULEB 4H0TB 3J8AA 1OKJA 1HPMA 4BR4A 3I8BA 3HSCA 3FZHA 4BC5A 4EIAA 3DXMA 3MMVA 2FF6A 1ATNA 2GWJA 4WQ4C 5EXWA 4EHTA 2YJEA 4BG8A 1T6CA 4BR5A 2CGJA 2CGKA 3FZKA 4FPAA 1KXPA 2YI1A 3QICA 1NWKA 5JMVA 2PAVA 1DEJA 3B8AX 5AQTA 4BVOA 4QS7A 3WXIA 2P9IA 2P9LA 4H5VA 4BQLA 5FPEA 2H3GX 2J4RA 3LDQA 4M7XA 3GE1A 3ULEA 3FGUA 4BC3A 4PKHA 1TUUA 3AAPA 3M3ZA 1LCUA 2FSJA 4BC4A 3WXJA 1NGIA 4FWOA 3L0QA 3AARA 4FOIA 3VPZA 3VEXA 2GTDA 5JLFA 5I9EB 2E1ZA 4PKIA 4F9OA 5EOYA 4CBWA 1JCGA 2FSNA 3MN7A 4RCHA 2A41A 4BRIA 3JS6A 2FSKA 5BRFA 1NGJA 3QDKA 3FZMA 1QQOA 5AQMA 4BRKA 4A62A 4FOEA 3A5LC 5JICA 1GLDG 5BN8A 4K25A 3U8XA 4FWMA 3U4LA 3QFUA 2E2OA 1C0FA 3ATUA 5AQRA 4YDUA 2IVOA 4M63C 4Y0WA 4B1WB 1SAZA 2QWNA 2ZGZA 2UYTA 1YXQA 4MO5A 4O5FA 3GBTA 3F9MA 2ASOA 1MA9B 5ADXH 4FWKA 3GG4A 2I7NA 3VEYA 3M1FA 1Q18A 1S3XA 3O80A 5BPNA 3A5OC 4H5TA 3ID8A 4H0XB 2FF3B 2W40A 2VCPA 4FWRA 2Q2RA 3G25A 1GLCG 4DQ8A 2E2PA 3A0IX 2ZWHA 2E8AA 4BG9A 4CD3A 2A40A 4A2AA 1XQSC 5BREA 1E4FT 1NGAA 3VF6A 3WUHA 3H45C 3H6EA 2YHYA 2E1YA 3SJHA 4BVPA 1IJJA 1D4XA 2HOEA 4CBXA 1NMDA 4IO8A 2NZTA 1JCEA 1ESVA 4B1XB 3BF3A 4AM6A 3DWLA 3WQTA 4BRAA 4CZJA 3L4IA 4B9QA 4CZGA 4JD2A 5KQDA 3H3OB 1X3MA 5KPRA 1ZBSA 4DHYA 2QW9A 5AQWA 3LDPA 3QBXA 1KAXA 5AQHA 2GUPA 1QQMA 5BR9A 3LM2A 3CJBA 3U9DA 1HX1A 1RDWX 2OANA 3CIPA 5AQQA 3VGMA 1ATSA 2P9IB 2VYPA 4K42A 3CJCA 1WUAA 5CE3A 1T6DA 2P9SA 5JLHA 2E2NA 3FR0A 2V51B 4BR2A 3CJ1A 1TYQA 3HI0A 2AP1A 1NGHA 1NGFA 3WEEB 1V4SA 4FO0A 1P8ZA 2QWQA 5FPDA 3CJ9A 2CH5A 2Q31A 4BQZA 2P9PA 5AQVA 3CERA 5AQIA 5AFUH 4BRDA 1BA0A 1BO5O 2QWPA 4IXCA 4ISEA 2QM1A 4H0VB 3L6QA 3FFKB 2ASMA 2HF4A 3VENA 5E26A 3W0LA 2D0OA 3MN6A 4A61A 2I7PA 2HF3A 3EZWA 2E2QA 1XUPO 1BA1A 1U2VA 4B1VA 3A8YA 3WEEA 4BRPA 1K8KB 2D0PA 4BRCA 1NGGA 2BTFA 4FWNA 4HWIA 2FLOA 4CZHA 4CZMA 3D7EO 2P9UA 2ITMA 4DCHA 2A42A 4I6MB 4WQ4A 1V4TA 5EY4A 5F0XA 2E20A 1NGBA 3S41A 1NLVA 1GLFO 3RSEB 2IVNA 5AQZA 1RFQA 2A5XA 4H5NA 1DKGD 1DGKN 4WYBA 1HKCA 3O08A 3WQUA 4M7YA 3VEOA 4JAXA 1TUYA 4FWQA 3A5NC 4LC9B 3HZ6A 1H1VA 1K8KA 5AQNA 4IZ9A 4H0OA 3ENOA 4BR7A 1X3NA 4H0YB 3ATVA 5FPNA 3VERA 4CBUA 1ZC6A 3O1WA 4K43A 3MN9A 5KQ8A 2QWRA 3FZLA 4FWPA 3ZX0A 1YAGA 1MDUB 4I6MA 3D2EA 3KZBA 2HMPA 4GY2B 5AQYA 3RSEA 4FPBA 3LDLA 4XH4A 3R6MA 2V52B 3FLCO 4Z94A 2ASPA 4IJAA 3SMPA 4J8FA 3ZX3A 3VEVA 4FL9A 4JD2B 4CZFA 3CQXA 4NB4A 2A3ZA 5F1XA 3CQYA 1S22A 1C0GA 3M6GA 2P9NB 3BF1A 3DAWA 1ZXOA 4JHDB 3ZEUB 3UKRB 3IUCA 4QS9A 4WQ5C 5ELZA 4BR9A 1E4GT 1YVNA 3LL3A 3R8EA 2YCHA 1BUPA 4XH5A 4EAHD 2P9SB 3VEZA 1NBWA 1QZ5A 4KBOA 3ENHA 1BDGA 4ISGA 3UKUA 5BPMA 1MWMA 1MWKA 4H0PA 2IIRA 3BP8A 4BRLA 3ZX2A 1TYQB 2W41A 3EL2A 3VGKA 4BRQA 4RTFD 2P9NA 4BRMA 2PBDA 4XH1A 4MLEA 1GLLO 4JHDA 3ZEUA 3LDOA 4PL7A 2AA4A 2ZF5O 4K41A 3UKRA 4PKGA 2P9PB 4DB3A 5LJVA 4XEIA 3GL1A 2Q0UA 5BRDA 2GEMA 1RGIA 3O8MA 3WT0A 1NGCA 1QZ6A 5AQOA 3EKSA 2Q97A 2CH6A 1ATRA 2NRHA 4NO7A 4O8KA 3CETA 1U2VB 5TKYA 4BREA 4E1JA 3EO3A 1R59O 3HBTA 1BOTO 2KHOA 4PL8A 1QQNA 3O1BA 3VF4A 3EKUA 4H5WA 5AQGA 4BGAA 4BRFA 1HKGA 2V7ZA 3KVGA 2P9UB 1J6ZA 2D4WA 2Q36A 3H1QA 4FWLA 3UE5A 3UB5A 1SZ2A 2FXUA 2E88A 4BGBA 3CJAA 1X9JA 3QBWA 5LJWA 2DPNA 2GWKA 2VWBA 2GELA 4AM7A 5KPTA 1KAYA 3W3DA 1NGDA 4YDUC 3LM9A 4B1ZA 3QFPA 1JCFA 3VESA 2IVPA 2QWLA 1HUXA 2NLXA 4JN4A 3VEWA 3MN5A 5AQSA 3D2EB 3D2FB 3TU5A 3QMLA 1WOQA 5AQFA 5AQUA 4BRNA 2WUSA 5LY3A 3AY9A 1T44A 4A2BA 5FPMA 4CD1A 1Z6RA 3CHWA 3WXKA 4H03B 3EN9A 3FE1A 4C23A 1HLUA 4CZIA 3SMSA 1G99A 4HTLA 4BC2A 3U9ZA 2CGLA 5BPLA 2QWMA 3I33A 4FWSA 2EWSA 3MCPA 4MO4A 5ADXA 4CZEA 5AR0A 4BRHA 3C7NB 3OHRA 2ZGYA 3DJCA 3D2FA 5AZIB 4BRGA 1HJOA 4BR0A 2P9KB 3ZETB 3HM8A 3P4IA 2QXLA 3UKUB 4JNEA 3FZFA 1NGEA 3H3NO 4QS8A 3DXKB 2BUPA 3HTVA 4MLHA 3VF2A 1GLJO 2YJFA 3JXUA 3LDNA 3O6WA 1XC3A 1CZAN 5BN9A 3R9PA 1GLAG 1SQKA 1U6ZA 5AQXA 5EVZA 3KHYA 4EHUA 3A5MC 3C7NA 5BRHA 5EX5A 1YUWA 5AZIA 1BWFO 4CZKA 5AQPA 4FSVA 2F9WA 2F9TA 2P9KA 1QHAA 3ZETA 4L3QA 4IWVA 3VOVA 5KPZA 4B1YB 5AQLA 3MK6A 2Q0RA 3BEXA 3H46O 3DXKA 3GOIA 2YHWA 5AZJB 3IMXA 4BROA 2V7YA 5AQJA 1Z05A 4GNIA 1IG8A 3WXLA 2Q1NA 5B8HA 1BU6O 3CJ7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NM1A 4KH6A 5GINA 3IFRA 4CZLA 3L8BA 3NF9A 3SJJA 4H5RA 3BUZB 1Y64A 2OA8A 2HBKA 4FW1A 5AZJA 3QIOA 1GLEG 4CI6A 3AAQA 3VETA 1LOTB 3VQ6A 1Q9YA 2PY5A 1OH5A 3TAFA 5AFUA 4HUGA 5H1SQ 4CGIA 3SK3A 4DV5K 1NJYA 1FJGK 2OTLN 3HXMA 1OKJA 1HYVA 3V1RA 4RW9A 4E7KA 3I8BA 1ZBUA 2Y1IA 1FW6A 4EIAA 3DYAA 3L2VA 2HNYA 2JGUA 5GIOA 2A1RA 3KWIA 2CGKA 5LL6Z 3FZKA 4FPAA 4LF8K 3C6TA 3B8AX 4BVOA 1HJRA 3QEWA 3BGRA 2P9IA 2P9LA 5FPEA 4BQLA 3V6DA 4DSFA 2H3GX 2J4RA 3GE1A 1VAZA 4BC3A 3M3ZA 1LCUA 3WXJA 3NF6A 1RBRA 2F8TA 4HCBA 4KHNA 5C0YA 1EP4A 3PIOL 3AARA 3P83D 5IWAK 3O3FA 1YJWN 2E1ZA 4CBWA 2FSNA 4BRIA 2A41A 5TKWA 3K5MA 4E3SA 5AQMA 3AGKA 4BRKA 4ELUA 1VQMN 4A62A 4CEQA 3PX0A 4FOEA 3ZSXA 2X6SA 4KHUA 4K25A 3U8XA 3L2QA 4FWMA 2XY6A 2E2OA 2YKMA 4YDUA 4IBNA 3LPTA 4FW2A 2G8IA 4JRPA 4Y0WA 3BZCA 1SAZA 2O8EA 2QWNA 3HK2A 2ZGZA 3P5JA 2RHKA 1YXQA 4O5FA 4CHZA 4CGGA 3NFAA 4F8RA 2E6MA 3MX2A 3M1FA 4FXDA 1Q18A 4JKCA 5I3UA 3A5OC 4H5TA 3OYDA 3KLEA 3TSPA 3MXJA 4CJPA 2VWKA 2E2PA 5M1QA 3A0IX 4LF9K 2A40A 1XQSC 2O8FB 3WUHA 3H45C 2YHYA 4W5TA 4E1MA 4MQ3A 3SJHA 4BVPA 1VRTA 4AH9A 3EZ5A 1D4XA 5E41A 4BDZA 2NZTA 4B1XB 1ASVA 3O9RA 5M1FA 4KTWA 4BRAA 4CZJA 3DLBA 3O9TA 3AO1A 3I0SA 4B9QA 4JD2A 1NG9A 3H3OB 3PSFA 4PUOA 1C0TA 3N4QA 5HRPA 3O3GA 3TI0A 5AQWA 3V1OA 3QBXA 1QQMA 3ZSRA 2D0AA 5CYMA 4W5OA 5HBMA 3CCSN 4CGFA 3KK3A 2YNGA 1WUAA 3WNGA 1T6DA 4AHSA 5LMUK 4E7IA 1JLAA 1E3MA 1ZBFA 1Z25A 1FKOA 4FJNA 4ZTJA 5HP1A 1J53A 1RDCA 1NGHA 1NGFA 4O0IA 1V4SA 4K0KK 3THXA 2HBJA 2QTDA 4CF1A 3QEVA 4YORA 3KD5E 2OPPA 2CH5A 4GV3A 5AQVA 3HPHA 4M3ZA 3G0ZA 1BA0A 2QM1A 4WFAL 4DU3A 4KTZA 3DRRA 3M8PA 3VENA 5CR4A 4JV5K 3Q7BA 4X64K 4M42A 1ZBIA 2HF3A 1S9EA 1U2VA 3EY1A 5JS2A 1VQKN 2G8VA 3E9PA 4BRCA 4J2AA 2O8BA 2YNFA 4CZMA 5FLXO 3T3FA 4DCHA 3SQ4A 4GW6A 4JI0K 3HP6A 4YFUA 3K9JA 1NK0A 2O8DB 2A5XA 1NJXA 3WQUA 2IOCA 3VEOA 1VSEA 3OYIA 4B9MA 4CJUA 4CIGA 1K8KA 3RTVA 1S1TA 3V9SA 4IZ9A 2UUCK 3VERA 4H0YB 3O1WA 4K43A 4LH4A 1MDUB 3D2EA 1BHLA 4DTPA 2A1SA 1Q7YO 3C95A 3ZCMA 3ULDA 4FJGA 4CK3A 3OBYA 3FLCO 3R1XA 2D5RA 3AVJA 4OLBA 1VQ4N 4DR7K 1C0GA 3M6GA 4B08A 1OH8A 3BF1A 3DAWA 1KFSA 1XNQK 3K58A 1RT1A 3ZEUB 3SUOA 2KLAA 3UKRB 4FJ8A 3SAHA 5ELZA 4JKEA 5DMRA 3CC7N 1E4GT 1SS6A 3WNHA 1U4BA 1Y97A 1MWKA 1IKYA 4PQUA 2IIRA 3BP8A 3ZX2A 4F2RA 3HOSA 1TYQB 3HPGA 4CGHA 4BRQA 4RTFD 4JS5A 4MLEA 4JHDA 1HPZA 3LDOA 3J81O 3QERA 4DU1A 4N47A 4CJ4A 3AO4A 2PFUA 5LJVA 3SV3A 3V9XA 1Q9XA 4A5BA 2GEMA 5JVGL 3HRGA 3WT0A 1QZ6A 5AQOA 4DTJA 3SUPA 2NRRA 3VTIA 3CETA 1CLQA 4N76A 4B8AB 3LANA 1UA0A 3VF4A 3EKUA 2VQFK 3KVGA 4EZ6A 1VSLA 2P9UB 1J6ZA 3EE8A 3O9UA 2E88A 3T1AA 3C6HA 2QI2A 2GWKA 2VWBA 3TTFA 1CXQA 1TVRA 1D8YA 3RMCA 2XO7A 5BR8K 1KAYA 1NGDA 4YDUC 3LM9A 4DV6K 4DS5A 4EP5A 1RDBA 3VESA 3TAGA 1JLBA 3MN5A 1QE1A 4MDAA 3D2FB 5AQUA 1T44A 4A2BA 5KGXA 4Z0UA 4IOAL 2WTUA 1HLUA 3HVRA 1MU2A 3IKMA 1ASWA 4BC2A 1TV6A 4PA1A 5BPLA 1VSFA 4YOXA 5HL7L 4DUYK 3AGRA 5AR0A 3NGYA 4BRHA 3C7NB 3OHRA 2ZGYA 3SQ0A 3QEXA 1VQ9N 4FZXC 3EEQA 4BR0A 3AA2A 1NK5A 1NK6A 2G8KA 2QEXN 1WN7A 2FBXA 4JNEA 3ZT2A 4GVEA 3THYA 2DFFA 4QS8A 3HTVA 5GADP 3VF2A 3MEEA 1GLJO 4IOCL 2YJFA 3O6WA 3LDNA 1JJ2M 3AVFA 3SI6A 4KI6A 4CFBA 1XC3A 1CZAN 5BN9A 3OA9A 4A59A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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