1BOTO

Crystal structure of the complex between escherichia coli glycerol kinase and the allosteric regulator fructose 1,6-bisphosphate.
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
KKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSSTLVEVLAKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGGKGGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
publication title Crystal structure of a complex of Escherichia coli glycerol kinase and an allosteric effector fructose 1,6-bisphosphate.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (GLYCEROL KINASE)
total genus 178
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence Z
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-08-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1botO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1botO01
4M7YA 3VEOA 4H5TA 3WXIA 1LCUA 5BN8A 3QBXA 1GLCG 4ISEA 3AAQA 3QDKA 4FWSA 4CZEA 4FPBA 2E1YA 5AQYA 3QBWA 3ATVA 2KHOA 4LC9B 4BR9A 1U2VA 1U6ZA 4QS7A 3D2FA 4EIAA 3F9MA 4L3QA 1T6DA 4CZMA 2A3ZA 3P4IA 3MN9A 5KPRA 4AM6A 1Z05A 3FZLA 1ZC6A 4AM7A 2P9LA 3H46O 2CH6A 3L6QA 4BRCA 4CZKA 4GNIA 4JHDA 2P9SA 5EVZA 3QFPA 1GLDG 2A5XA 3O6WA 1MA9B 3CJ1A 1NGDA 4BG9A 5BPMA 4BC4A 1MWMA 2QWQA 1HJOA 3A5OC 4FWNA 5BR9A 3FR0A 5AQHA 5AQLA 3WEEA 3QFUA 5AR0A 2W40A 2YJFA 3M6GA 3VF6A 3CQYA 4IZ9A 4B1ZA 3D2FB 1HKBA 1NGEA 2GUPA 1HLUA 2E20A 4KBOA 3VETA 4BG8A 1BO5O 2FF3B 3DWLA 2P9LB 1H1VA 4HWIA 2VWBA 5AQQA 2NRHA 4EHUA 2Q97A 5JLHA 5F0XA 2P9UA 3JXUA 4MLEA 1RGIA 3HZ6A 4JHDB 4A2BA 3MDQA 3DXKA 1RDWX 1JCGA 2BTFA 2Q0RA 4IXCA 3WT0A 4BRAA 2CGKA 4XH1A 1KAZA 3ZEUA 1GLBG 2YHYA 2UYTA 1QQNA 5AQIA 3CETA 3H3NO 3BEXA 1NGAA 1IJJA 3WEEB 4K42A 2D0PA 2W41A 4BRFA 1BG3A 3TU5A 4PKGA 3IFRA 5BREA 1OKJA 2E88A 4K41A 4EAHD 3G25A 5AZJA 3HM8A 1SAZA 4FWKA 1HKGA 5JMVA 2A6AA 5AQNA 3CHWA 1KXPA 1NGIA 3CI5A 2P9UB 5AQFA 4CZHA 2V51B 4WQ5A 1NLVA 1NGHA 3FFKB 2ASOA 3VENA 3DXKB 1Z6RA 3ZX0A 4CZLA 4YDUA 1K8KA 4FWPA 1WOQA 4NO7A 4FWLA 5AQJA 1BWFO 5ELZA 4BC5A 4WYBA 5E84A 1X3NA 1BU6O 4CBXA 1NGJA 3ZETA 2DPNA 3BUZB 4M63C 4PL8A 5BN9A 4BR0A 4RCHA 4JNEA 2IIRA 5F2RA 3C0BA 3U9DA 5AZJB 2QWMA 5AQZA 5ADXA 3MCPA 2E8AA 4JN4A 3VEYA 3IDHA 3VEWA 3ID8A 2ASPA 4DHYA 3U9ZA 2QWNA 1YAGA 1YUWA 2QWRA 5AQRA 2FSNA 3OHRA 2Q2RA 2A40A 1K8KB 5KPTA 5JICA 1Y64A 1BUPA 5AFUA 1HKCA 5EXWA 3S41A 2A42A 4HTLA 2Q1NA 2OANA 4MO4A 2YI1A 3LM2A 4CI6A 4BRNA 4B1VA 3UB5A 2J4RA 5AQSA 3ZETB 4MLHA 4A62A 2YHXA 2HMPA 4CBWA 2FF6A 2GTDA 1ATRA 1NBWA 3AARA 3CJ9A 3J8AA 1S22A 3ZX3A 1BOTO 3HSCA 1DGKN 2P9IA 3KHYA 1X9JA 1YVNA 5AQGA 4DB3A 3WQUA 2E2QA 2NLXA 1E4GT 1CZAN 3C7NA 5BRDA 2PBDA 1ZXOA 2AP1A 3GL1A 3LDOA 3H3OB 2I7NA 4XH5A 2BUPA 4CZGA 1EQYA 3O08A 2FXUA 4BRLA 2I7PA 3ATUA 3H1VX 3JS6A 4E1JA 4GY2B 5FPNA 4Z94A 3H1QA 1TUUA 1G99A 3EZWA 3EL2A 3I33A 5AQTA 1C0FA 3LDNA 3UKUA 1ATSA 1J6ZA 3UE5A 3R8EA 3CQXA 3ZX2A 3H6EA 1BA0A 3UKRA 2VYPA 2P9IB 4BRGA 3AAPA 1XQSC 4IO8A 3QICA 5EY4A 1SQKA 1HUXA 4H0PA 2P9PA 5CE3A 3CJ7A 2A41A 3A5NC 3C7NB 1LOTB 1GLLO 4H03B 4IJAA 3R9PA 2NZTA 2E2OA 4ISGA 1XC3A 3HI0A 3ENHA 4M7XA 1KAXA 4RTFD 3WXJA 2GWJA 3B8AX 4FWMA 5AQOA 3A0IX 1E4FT 4FOEA 1HPMA 4H5RA 3GE1A 4A2AA 2PAVA 2P9KA 1BA1A 2FLOA 1YXQA 1IG8A 3O1BA 3UKUB 4H0XB 1QQOA 2Q36A 5FPDA 1DKGD 1NMDA 2IVOA 1QQMA 4WQ4C 5AQPA 2GELA 3UKRB 4PL7A 5F1XA 1KAYA 2IVNA 3CJAA 1Q18A 3SMPA 4B1UB 4BQZA 3EO3A 3M1FA 4EFHA 3IUCA 3A5LC 4FWOA 2P9PB 1MDUB 2QXLA 4K43A 1QZ5A 3KVGA 4FO0A 4BRHA 3D2EA 3H45C 3I8BA 3VEZA 1NGFA 3DJCA 3MN5A 3LDPA 3VGMA 4IWVA 3FZHA 4H5VA 2HF4A 3VESA 1X3MA 3VOVA 4BGAA 4BC2A 4RWTA 2P9KB 2YJEA 1NGGA 4H0VB 1QHAA 2QM1A 3EKSA 4CZJA 2FSKA 2V7ZA 3ULEA 2HOEA 1RFQA 3KZBA 1NGCA 4BRMA 2ITMA 3VERA 5KQ8A 4K25A 3GOIA 1GLEG 5EX5A 2YHWA 3BF1A 4B1YB 3MMVA 5AQXA 3HBTA 3LDQA 3SJHA 2ZF5O 5AQUA 4EHTA 1D4XA 1ESVA 1MWKA 2E2PA 3D2EB 1GLFO 3W3DA 3WUHA 5LJWA 3MN6A 5FPMA 1WUAA 3GDQA 1TUYA 3HTVA 4XH4A 5JLFA 2D0OA 5KPZA 3ENOA 3LDLA 3CJBA 4BQLA 2ZGZA 2WUSA 2QWPA 4PKHA 1NM1A 1HX1A 4BC3A 3QMLA 1JCEA 4DCHA 1T6CA 5BRHA 3ULEB 3BF3A 1XUPO 4CBUA 4H5NA 3MK6A 4FL9A 4PKIA 2Q0UA 5B8HA 3FZMA 3W0LA 1SZ2A 4I6MA 2CGLA 1DEJA 3L4IA 3WQTA 3BP8A 3O1WA 4BRQA 4BRPA 4C23A 3FZFA 4Y0WA 4BVPA 3FLCO 3VGKA 3O4WA 2GEMA 5AQKA 3VF4A 1V4SA 5EOYA 4O5FA 5TKYA 2V7YA 3FGUA 4BRIA 2QWOA 5AZIA 3EN9A 1GLJO 1V4TA 4FOIA 2VCPA 4JAXA 4B9QA 1NGBA 3A5MC 5ADXH 3U8XA 2P9NA 2D4WA 3WXKA 3M3ZA 3LM9A 2AA4A 3DXMA 4IJNA 2H3GX 3DAWA 4ISFA 1GLAG 3VEVA 4F9OA 4H0TB 4H5WA 4CZFA 1U2VB 4BROA 4MO5A 4I6MB 4B1XB 4BR2A 1R59O 1C0GA 3SLCA 2ASMA 5LY3A 4BRDA 4FWQA 3CERA 3TPQA 3LL3A 5AFUH 2HF3A 1ZBSA 5AQMA 3L0QA 2Q31A 3RSEA 1TYQA 4CJ7A 3O80A 2ZWHA 3QB0A 3GG4A 2D1KA 5AQVA 5AZIB 2P9SB 3VGLA 1NWKA 1QZ6A 4BREA 4FSVA 4WQ5C 5BRFA 2ZGYA 2P9NB 1BDGA 4BVOA 4BRKA 4QS8A 2GWKA 4H0OA 2F9TA 2CGJA 4YDUC 3DXMB 4BR7A 4XEIA 4CD3A 2V52B 3U4LA 3VEXA 1JCFA 4FWRA 5LJVA 2QW9A 3SMSA 1S3XA 3GBTA 4JD2A 4A61A 1P8ZA 2E1ZA 3WXLA 3FZKA 4B1WB 3MN7A 3RSEB 4BGBA 1TYQB 4J8FA 5AQWA 2CH5A 3VF2A 3VPZA 5BPLA 3CIPA 3FE1A 4WQ4A 2F9WA 2E2NA 4BR4A 3A8YA 5BPNA 4O8KA 1T44A 3CJCA 3ZEUB 2YCHA 3O5BA 3R6MA 4NB4A 5I9EB 5KQDA 4DQ8A 5FPEA 3IMXA 2QWLA 3SK3A 3AY9A 2IVPA 4H0YB 4JD2B 4BR5A 5E26A 2FSJA 4QS9A 3EKUA 4CD1A 2EWSA 3D7EO 4CZIA 1ATNA 3O8MA 4FPAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XHBA 5HOOA 4M7YA 5SZTA 4UQGA 2NRRA 3MCAB 3J81O 3QBXA 1GLCG 3ZSVA 1QHTA 3QDKA 3G6EN 4FWSA 1TKZA 2E1YA 2YX6A 4LC9B 3CFPA 3HPGA 1W97L 4LF6K 2JLEA 1YITN 4QS7A 3D2FA 1JXBA 4EIAA 4L3QA 1LAVA 3O3HA 3DYAA 1IBMK 2KTQA 2YNHA 4AM6A 1SL2A 1WSEA 1ZC6A 2W6LA 2P9LA 4BRCA 4IG3A 2P1JA 1WAJA 4JHDA 4C8OA 3LZIA 3O9QA 3ZT0A 5EVZA 4CFAA 1OH5A 3NF7A 1C0MA 1M90O 4C8LA 2O8CA 5BPMA 4FJNA 2QWQA 3SUNA 4CEZA 3V9ZA 1B9FA 1WSIA 5AQLA 5M1OA 3QEVA 4JI1K 1HNWK 3VF6A 3M5RA 3RWUA 3KK7A 1HKBA 4PHTX 2GUPA 2XO7A 1HMVA 1IKXA 4LSNA 4Y1CA 4KBOA 2VWKA 4C1NK 4BG8A 3OBYA 2Q97A 4A57A 4MLEA 4FM0A 1RGIA 1S1UA 2VG6A 4K8XA 2BTFA 2Q0RA 3E9OA 3PSIA 4BRAA 2IAJA 4XH1A 1KAZA 3VQDA 4NCGA 4E1NA 2YHYA 3HP6A 1JKHA 1MU2A 4IDHA 3I56N 3CETA 2P51A 3BEXA 3WEEB 4N76A 3T3FA 1FKOA 3NH0A 4PKGA 5BREA 3VQ5A 3VQAA 4EAHD 1VSJA 4FWKA 4LH5A 4CJRA 2RF2A 3LAKA 1XHXA 1YJNN 3SQ0A 2G8WA 1R0AA 4B9TA 3CHWA 4CJWA 3NFAA 4CZHA 3VQ7A 2D0CA 3ZX0A 4YDUA 4CEBA 4FW2A 1HYVA 4KRFA 2E4LA 1BWFO 2QKKA 5ELZA 4BC5A 4JEPA 1W0HA 4DLEA 4DTNA 2DPNA 4M63C 4TSXA 4PL8A 4BR0A 1VSEA 3PX4A 3K5NA 1VQ7N 1NJWA 3U9DA 2O4IA 5ADXA 3N4QA 4AHUA 1BISA 4AH9A 1BQMA 3HXMA 3IDHA 3VEWA 5CYMA 2NUBA 2O8FA 3U9ZA 4YNQA 4HVJA 1SL1A 1YUWA 1Q9YA 1VSLA 3LANA 1QE1A 2A40A 2Q2RA 5EXWA 3OYKA 2OANA 1TAUA 2YI1A 4JI4K 4U67L 2WTUA 1NOZA 4IFEA 4HUFA 5AQSA 2ZQBA 3ZETB 4A62A 2HMPA 4CJFA 1TK8A 5H1SQ 3QEIA 3AARA 1WBBA 4GKJK 1T7PA 1RBUA 1UOCA 1RCHA 4GMJB 3KHYA 3OBWA 1X9JA 1QVFM 3KTQA 4IEEA 4DB3A 4CJQA 4KFBA 1CZAN 5HLFA 4CERA 4DR5K 1SUQA 2AP1A 3GL1A 4E19A 3V6DA 1TVRA 1LWFA 1ITGA 4B3TK 4OKKA 1WB9A 3PO4A 3ATUA 4JKHA 3T69A 3NGIA 3CYMA 5D3GA 1G99A 3EZWA 4OO1J 3SCXA 4DSEA 2HHHK 3UKUA 1OH7A 1RT4A 4DV7K 2X6NA 3THYB 4KKOA 1SKSA 4FLYA 4GVMA 3AAPA 1XQSC 4DU3A 4FZXC 4CHOA 3AVIA 2WBNA 3TTFA 3PX0A 3RTVA 3C7NB 4IJAA 1GLLO 2NZTA 4RW8A 3C6UA 1BCMA 1IKWA 4ICLA 2GWJA 3B8AX 5HBMA 3A0IX 3CC4N 4YFUA 4CJSA 3GE1A 3PV8A 1TL1A 4JK8A 5J2PA 2PAVA 1FJGK 4O0JA 1YXQA 3ZSOA 5M1PA 1VQ8N 3O1BA 2Q36A 1NMNA 3DRSA 1TKXA 2IVOA 4F3TA 1VQ6N 4PUOA 3T7ZA 5AQPA 3ZSQA 4B8CA 3NBPA 2G8HA 1L3VA 4CIFA 2IVNA 1Q18A 3BGRA 4B9VA 3EO3A 1KD1O 1BI4B 5FRMA 3A5LC 4FWOA 2P9PB 3OA9A 2QXLA 3VQ8A 3V9XA 2Z1JA 5K14A 3I8BA 2OYQA 4KV8A 3DJCA 3QO9A 1VRTA 4FYDA 2HF4A 4BC2A 2B4JA 2YJEA 2BANA 4H0VB 1QHAA 4WFBL 3T1HK 4BDZA 5C10A 2HOEA 2HNDA 1IG9A 1BIUA 1JLEA 3KZBA 1YT3A 4K25A 1GLEG 2YHWA 4B1YB 4W5RA 1N6QA 3LDQA 3PIOL 1NNEA 3MWTA 2ZF5O 1KVBA 4CECA 4FW1A 4EHTA 4WF9L 1D4XA 1ESVA 4JKGA 2QA4N 3D2EB 1Q81O 3CFOA 1U47A 2IDOA 3MN6A 3KKRA 1WUAA 3GDQA 3HTVA 3ENOA 1ZBIA 2QWPA 5BRHA 3LP3A 1RTDA 3L3VA 4H5NA 3MK6A 4FL9A 1K8AO 3FZMA 3W0LA 3TSUA 3ZSXA 1DEJA 3WQTA 1QS4A 5M1QA 3OYAA 4AHRA 3NVKA 4BRPA 4YOXA 2G8VA 4DR6K 4JI2K 4Y0WA 4BVPA 2HVIA 3O4WA 5AQKA 3VF4A 3VA0A 3HL8A 2KZMA 2V7YA 3CPEA 1J5EK 1ZBUA 5AZIA 5LMNK 1J54A 4OPAA 1N8RO 1RTIA 1A5VA 4CF1A 4F4KA 3WXKA 3OS2A 3LM9A 4IJNA 1VSFA 1ILYA 3NH2A 4ISFA 4CHPA 1GLAG 4H0TB 4CZFA 4BACA 1U2VB 5LY3A 4B1XB 3SLCA 2ASMA 3L3UA 3G0ZA 3MX2A 4FXDA 2O8EA 2Q31A 3RSEA 3CF5L 1TYQA 5LMUK 1RILA 1IKVA 2VG7A 3DRRA 5TKWA 4BREA 1TKDA 4WQ5C 3KKSA 3TAPA 3HYFA 4QS8A 1I3AA 4H0OA 4Q0BA 2CGJA 3DXMB 4Z4FA 3R3LA 2KQ2A 4CD3A 2V52B 3NGYA 4G1QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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