3VQ7A

Hiv-1 in core domain in complex with 4-(1h-pyrrol-1-yl)aniline
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
151
structure length
145
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPYVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
total genus 54
structure length 145
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq7A00
3KIOA 4BE0A 1VSLA 4CJLA 3DRSA 5HRSA 3OYCA 4FM0A 1NJZA 3T19A 1ZYQA 4W5TA 5FROA 4CEOA 4JRQA 2D0AA 3LALA 4M3UA 4E0DA 3P83D 4CGHA 1S5JA 4HVJA 3IS9A 3ZSRA 3KJVA 1QQCA 1RT4A 4GMJB 1F21A 4CGJA 3L2VA 3QEWA 4IDKA 3SUOA 1ITGA 4CJWA 1YVUA 3QERA 1IKWA 2DFEA 2PYJA 1LAWA 5CYQA 4CIGA 1SKRA 3OYKA 4JLHA 5I3UA 2G8UA 3HM9A 3SV4A 4UQGA 3IRXA 4E1MA 3AO1A 4LSNA 2P5OA 4KO0A 3SYZA 3VA0A 4YNQA 3SUQA 4DWIA 4EZ9A 4B9TA 3MECA 4N5SA 4Z4GA 4ZTFA 3LAKA 4CGIA 4FJXA 4DSIA 4W5OA 4E7JA 1W0HA 4N41A 3C6UA 2EHGA 1VRUA 4AHVA 3AVKA 4FW1A 3NBPA 4ELVA 2G8IA 3OS1A 1VSJA 4O44A 3QNOA 1ZBHA 3AA4A 1LAVA 1HRHA 3V9XA 3QNNA 1U47A 3IG1A 4F2RA 4Z4HA 1C6VA 1KSPA 2QKBA 1QS4A 2ZD1A 3NFAA 4Z4CA 4BACA 3OYHA 4FJMA 2DTUA 3I8DA 4WE1A 1NOYA 4FJNA 1GOCA 4Z4FA 1D5AA 1WSGA 2O4GA 3F9KA 3H08A 3NH0A 3RMDA 3OYAA 1NK8A 4CJEA 4E1NA 4CJKA 1KVAA 2RPIA 4DFJA 3QINA 4KRFA 4CF8A 4CGFA 3D45A 3K5NA 2OPQA 1RTDA 4Z4IA 2Z1JA 1BI4A 4E7IA 2EX3A 3KK3A 3NGZA 1VSKA 3HSTB 3ALYA 3AVGA 3KKSA 3AVCA 4FJLA 1TAUA 2E4LA 4DQPA 3K2PA 2HHVA 4HHTA 4IFYA 2P5GA 5KGXA 2B4JA 3V9SA 3AVIA 4G1QA 3ZT2A 1S1TA 3OYGA 4FZYA 4OLAA 3V9UA 4CCHA 2RKIA 4M3WA 1XWLA 3V9WA 1WSFA 4C8LA 1T8EA 4AHCA 1DLOA 4MFBA 1RTHA 3CFPA 1CZBA 4FZZA 3ASMA 4DQIA 4NCBA 2AJQA 3OYIA 3PV8A 1XHZA 1QTMA 3KK1A 1A5XA 3TR8A 4DTOA 3MEDA 3QEXA 1TK5A 4FZXC 3VQ7A 4CGGA 1TVRA 3ZSZA 4FJ5A 3NGIA 4PY5A 4CJSA 2BANA 3RR7A 3RRGA 3HL8A 1BI4B 4K8ZA 5CY4A 1WSIA 1A5WA 3L3UA 5EU7A 3RMAA 5FDLA 3KLIA 4B8CA 4W5QA 2PYLA 3ZCMA 4FJGA 3OYBA 1X9MA 3AO5A 3LANA 3K58A 4W5NA 1NK4A 1CZ9A 2I5JA 3SUPA 4M3ZA 3L3VA 1RT2A 1RT6A 3MXMA 2G8KA 1SV5A 3KD1E 1JLFA 4QOZB 4B8AB 3VA3A 3I0SA 4N47A 1Z26A 4CJRA 1J54A 1HNIA 1IKVA 4KTZA 1RBVA 2JLEA 3QETA 2Y1IA 3TANA 2Q3SA 3V1RA 2Z1GA 1N6QA 1EXQA 4CK2A 2HNYA 5CZ2A 3PX6A 1XI1A 5DK5A 3ZSYA 1TL3A 1RT5A 1RDCA 3DLBA 3RR8A 3M8PA 3K5MA 4ELUA 4OKEA 1RILA 4M45A 3V4IA 4AHSA 3DI6A 3VQQA 4KI6A 1C0TA 4H8KA 3T1AA 3PO5A 5HLFA 5J2PA 4CHNA 1NK5A 1NJXA 2YV0X 4HCCA 4KHWA 1S1WA 1HMVA 4RW6A 1N5YA 3TAEA 3AVBA 3L8BA 1SL1A 3KLEA 1J9AA 1YT3A 2IS3A 3NH1A 2XHBA 3NHGA 1QHTA 3ZSWA 4DTNA 1NK9A 1T03A 2FBVA 4CEZA 4DLEA 1U45A 4M3TA 3KKRA 1HYSA 1JKHA 3ZSOA 3KD5E 1RTJA 3NE6A 1Z25A 3HK2A 1HPZA 4NYFA 1IO2A 1KFDA 4CJQA 3O3HA 3VQAA 1GOAA 4DU1A 1RBUA 4KI4A 5E41A 4DQSA 1NK7A 1FXXA 3SNNA 4DMNA 1X9SA 4F4KA 3AVLA 4YFUA 4BE2A 4KHNA 1LW0A 1FK9A 3L2RA 3FFIA 3NCIA 2HHSA 4DTMA 4FYDA 3AO2A 3T3FA 3HPGA 4DTUA 4ELTA 2HHWA 3V1QA 1KVCA 1S1XA 3KLGA 4FXDA 1Q9XA 4FM2A 2OZSA 4CFCA 4DU4A 3O3GA 4OGCA 4E7LA 4KHUA 2KZZA 4DTPA 1KRPA 4J2BA 3OS2A 4OKKA 1IKYA 1NK6A 4M41A 4NCGA 4ZHRA 2Y1JA 3ISNC 3MEGA 4ICLA 2P51A 1RDAA 3PX0A 3S3MA 1FKPA 3TAGA 4LH4A 5HBMA 3JYTA 4E7HA 1BCMA 4DFMA 3ZSVA 2WOMA 2KW4A 5KRTA 4Q5VA 4FVMA 4O4GA 4DTRA 5HP1A 3I0RA 2VG5A 5HROA 4CF2A 2OPPA 2ETJA 3QO9A 3HPOA 3SCXA 1NKCA 1IG9A 5FRNA 3VQ4A 3TWHA 4CGDA 1ZBFA 4DG1A 3SJJA 1WAFA 3DRRA 1T05A 3QIOA 4CE9A 2A1RA 2DY4A 2ATQA 3TAMA 1S1VA 1DTQA 4OJRA 1U04A 3D0PA 4FJJA 1C1AA 3LDSA 4PUOA 4DQQA 1HYVA 1X9WA 1U49A 4CF1A 4EZ6A 4BWMA 1JL1A 3WNHA 4LY7A 4DFKA 3HYFA 1BQNA 4FJ9A 1SUQA 1JXEA 1I3AA 4LH5A 1TKZA 1VSHA 3NF9A 4KHYA 5SZTA 3VQDA 3CQ8A 2GBZA 4OPKA 2IOCA 3V1OA 1WNSA 2VG6A 4CJUA 4DTXA 4BDPA 1QSLA 1VSIA 4FLYA 4FW2A 1JL2A 2GV9A 3A2FA 4CESA 3M8QA 4BDYA 2XY5A 2G8WA 1FKOA 4CF9A 3OJSA 1C1CA 4KV8A 4J2DA 4KTWA 4GVMA 2P1JA 2VWJA 3DM2A 4FK4A 5KTQA 4XIUA 4LSLA 1TL1A 3VQEA 3CYMA 5JS2A 1NJYA 2KFNA 3CFOA 4RW9A 3SQ4A 1KLNA 3DLEA 3OYJA 3U3YA 4J2AA 3LAMA 4CJ3A 4CHOA 2KZMA 3OYFA 2YHBA 1MU2A 3DYAA 3RWUA 4FJHA 2W42A 1RNHA 3AO4A 4DF4A 4N56A 3DOKA 1IH7A 3AV9A 3AVNA 3DLRA 1EKEA 3NF6A 4IG0A 4DFPA 3QEVA 4DSJA 1RDDA 1C0UA 3OYDA 4B9SA 4DSKA 4IKFA 3OYMA 4B9UA 4FM1A 3HPHA 1S9GA 3ZSXA 3WNFA 2OA8A 1RT7A 2RN2A 4KREA 1JLBA 1NOZA 2HB5A 2RF2A 3DOLA 3LWMA 4Z0UA 3DLKA 4E3SA 1W9HA 4PQUA 2HHXA 4C8KA 4RG8A 4OLBA 2PZSA 1CLQA 2E6LA 4B9VA 3K5OA 4DTJA 4JS4A 4CIEA 1KVBA 3ZSQA 3O3FA 4KTQA 4CEEA 1HQEA 3AVFA 2LSNA 3QESA 3MEEA 3S9HA 1WSEA 3LZIA 1VSMA 1IKXA 2IC3A 1L3VA 1ASVA 3SI6A 3C95A 2B6AA 4M3RA 1U48A 3CG7A 3LPTA 2QK9A 1BISA 2YNIA 4AH9A 5CZ1A 3TAQA 1HJRA 1BGXT 1TV6A 3SUNA 2XRIA 4EP4A 3V9ZA 3OJUA 3VQ6A 4CHZA 2QKKA 3U6FA 1RT3A 2YNGA 3TAFA 1VSFA 1VRTA 4AHUA 1TGOA 1GOBA 3KLHA 3LP3A 1KCFA 2Z1HA 2D0BA 1KTQA 4EP5A 4HUGA 4DTSA 4IG3A 1L3TA 4I9LA 3L2QA 3SQ2A 2YNHA 3P1GA 4CEFA 4OKJA 3RTVA 3AO3A 1RBRA 2OPSA 2OPRA 1TAQA 1JLGA 2OZMA 4I2PA 1BL3A 1ASWA 3DMJA 4H4OA 2XY6A 4FK2A 2F8TA 4KHQA 4I9QA 1HQUA 1ZBUA 5KGWA 3EZ5A 2HVHA 5KI6A 2DFHA 2KTQA 1CXUA 4CEDA 3ZT1A 3RRHA 3QIPA 1C1BA 2FBTA 4DSEA 4AHTA 1CXQA 4AHRA 3L2UA 1B92A 1SL2A 3VQCA 4FLZA 4DSLA 1LV5A 4K8XA 1LWCA 1O1WA 1VSDA 3VQPA 4I7FA 3ZT4A 4OPJA 4QAGA 4I2QA 4BWJA 4N76A 5T7BA 1NKEA 4FLXA 3MXIA 5FRMA 3NF7A 3BGRA 4PA1A 4DU3A 4KB1A 4DF8A 4CJ4A 2XO7A 3K5LA 3OS0A 1NK0A 4CJTA 1J53A 3V81A 3ULDA 3VQ5A 1T7PA 3ZT3A 1TKXA 4PWDA 4CF0A 1REVA 1DTTA 3LP1A 3HP6A 4IBNA 3VQ8A 1D8YA 2ZQBA 3LPUA 4FLVA 2G8VA 1WAJA 1Y97A 1WSHA 4MQ3A 1S1UA 5DMRA 2G8HA 4O55A 4KKOA 1LWEA 1NKBA 4CERA 4F3TA 1VK0A 3ZT0A 1SKSA 4FLUA 4FK0A 3HVTA 4DSFA 3HP9A 3PO4A 5CYMA 1YTUA 5J1EA 1LWFA 3KLFA 1TK8A 2F8SA 3OYEA 4BDZA 4DS4A 4KHSA 3VN5A 5I42A 1BHLA 3G0ZA 2IAJA 3LP0A 4CHYA 2HW3A 1HYZA 4HUFA 4Q0BA 3DLHA 2DFFA 3QEIA 3AA2A 2JGUA 3AVAA 3O4NA 3P5JA 1UA1A 3E01A 3NDKA 3AA3A 2ITGA 4CEAA 4CEBA 5K14A 3OYNA 1ZBLA 4CHQA 1L5UA 1WN7A 1UAXA 4ID1A 1WLJA 2HHQA 4HTUA 2YKNA 4ID5A 1RDBA 3AVMA 2HVIA 2Z1IA 4FJ7A 3LZJA 1B9FA 2XY7A 1WSJA 4CIFA 1I39A 4FJ8A 1L3SA 3MAQA 4E89A 1L3UA 4J2EA 4RW8A 1D9FA 3IAYA 4M3XA 1D9DA 1YTAA 3WNGA 2BGGA 1BQMA 1VSEA 1C0MA 4DQRA 3TARA 4CFBA 3CM5A 2BE2A 3ITHA 3CFRA 4Y1DA 3U3GA 3PY8A 3NH2A 2BDPA 1TK0A 3HJFA 4LD0A 4O0IA 2WONA 1RT1A 3OVNA 4DLGA 4C8OA 4M42A 1Q9YA 1RTIA 3G10A 4GW6A 3S3NA 3KTQA 4B9MA 2HHUA 4FJIA 5J2NA 1RCHA 2QXFA 4B08A 3RMBA 3SPZA 2X78A 3M8SA 2F96A 4Y1CA 2YKMA 3DRPA 1JLQA 1UOCA 2FC0A 1RBSA 2X74A 1U4BA 1UA0A 4KB0A 4F3OA 2X6NA 1EP4A 4TSXA 4H4MA 4BE1A 4ZTJA 1HNVA 3B6PA 3VQ9A 1Q8IA 4B9NA 2X6SA 3OYLA 1B9DA 5HRRA 3C6TA 2KFZA 2R7YA 2G8FA 1X1PA 4F8RA 3PUFA 3NGYA 1BIUA 1EX4A 4E19A 3PX4A 1XC9A 5JS1A 3CM6A 3B6OA 3DLGA 1ASUA 2OYQA 2ZE2A 3TAPA 3HT3A 4B9LA 4M3YA 1RBTA 1S6QA 2E6MA 1J5OA 1TKDA 4CECA 4KAZA 1JLEA 4O5BA 3LWLA 3TI0A 4NCAA 3V6DA 4B3OA 4KPYA 1A5VA 5C25A 1JLCA 4RW7A 3SQ0A 1XHXA 3THVA 5C24A 3UIQA 4F2SA 5KRSA 1TKTA 4Z4EA 4NYNA 2HNDA 3EYZA 2VWKA 1SKWA 4KFBA 2D0CA 2O4IA 4CJVA 3EY1A 4L8RB 3QLHA 4JRPA 2HNZA 2YNFA 4CJPA 3SQ1A 4RW4A 1KLMA 3BDPA 5SWMA 2D5RA 3MXJA 3AVJA 5HRNA 3SPYA 1JLAA 3VQBA 2XY8A 1ZBIA 1BIZA 1UWBA 2FBYA 4O0JA 4CJ5A 4JS5A 1NJWA 1S9EA 1QSSA 4CK1A 4IFVA 1LW2A 4CHPA 4FLWA 3S3OA 4R5PA 2VG7A 1JXBA 2B5JA 3AVHA 4AILC 1S6PA 2YHAA 1SL0A 3K57A 5J2MA 5D3GA 2NUBA 3K59A 4FJKA 3OY9A 3NF8A 3LP2A 1EETA 1BCOA 4C8MA 4CJFA 3HVRA 2HMIA 4OVLA 3O4QA 4C8NA 4OGEA 3SZ2A 2GUIA 3WNEA 4CFDA 3L2WA 3RMCA 3QEPA 4HCBA 2HHTA 1G15A 5HRPA 4E7KA 2A1SA 3KK2A 3JSMA 1K6YA 4HUEA 3M8RA 3F73A 4DS5A 2PY5A 3HO1A 3AA5X 4CEQA 1QE1A 4CFAA 3SV3A 2FBXA 3C94A 4FLTA 5J2QA 3NAEA 3TABA 2KQ2A 5C42A 4CK3A 2IGIA 4W5RA 3HXMA 1QSYA 1KFSA 4QCLA 1R0AA 2IDOA 4FCYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJLA 2QXLA 3OYCA 3T19A 5C15A 2Q36A 2D0AA 3BZKA 4M3UA 3ZEUB 1Z05A 1JJ2M 1RT4A 1F21A 3ENOA 3SUOA 4CJWA 4DHYA 2DFEA 1LAWA 4CIGA 1SKRA 2HBLA 3FFKB 2HBMA 4JLHA 4B9QA 1G99A 3SV4A 4UQGA 3IRXA 4WFNL 2P5OA 4KO0A 4DWIA 1LCUA 3EKSA 4H0PA 4DV7K 4B9TA 4JKHA 4ZTFA 4DSIA 3C6UA 2EHGA 3VMFB 4ELVA 1MDUB 3UB5A 1ZBHA 3V9XA 3R1XA 1KSPA 2QKBA 4FPBA 4Z4CA 2O8BA 3OTOK 4WE1A 1X3NA 3HBTA 2O4GA 1ZC6A 3QDKA 1VQNN 4CJKA 3QINA 3IDHA 2W6KA 4FOEA 2Z1JA 4E7IA 3DLLL 3KKSA 2E2PA 4KHPK 3AVCA 1YI2N 4FJLA 4HHTA 4IFYA 2P5GA 2GTDA 2B4JA 5KGXA 4G1QA 3D2FA 4CCHA 2RKIA 3CERA 4C8LA 4BRHA 4MFBA 4FSVA 5BR9A 3VEZA 2HSTA 5AZJB 1CZBA 3ASMA 3OYIA 1QTMA 4H03B 1XMOK 5AQTA 3THWA 4CJSA 1BI4B 3DWLA 3S41A 1WSIA 1N34K 4C23A 4W5QA 4ILGB 2PYLA 2KLAA 1QQMA 1X9MA 3AO5A 3LANA 2I5JA 3DXMA 2O8EA 3KD1E 1EO1A 1JLFA 1VQ7N 1Q7YO 2NRWA 1K8KA 3H3NO 3I0SA 3BUZB 3D6RA 5IT9O 3VTIA 1MWMA 4F9OA 1XI1A 1HUXA 3ZSYA 4BGBA 1RT5A 3I56N 3RR8A 4ELUA 2QWNA 3VQQA 4JKGA 5EX5A 4H8KA 3T1AA 3EL2A 3TAEA 3CCMN 2A6AA 2XHBA 1QHTA 4DR6K 4M3TA 1Z6RA 3KKRA 3DAWA 1RTJA 3NE6A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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