4CJLA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
154
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords INTEGRASE
total genus 55
structure length 149
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjlA00
2OPQA 3VQPA 3LZIA 3CQ8A 3TAGA 4Z4IA 1S9GA 3AVBA 4OKEA 4W5OA 4LH5A 1NK9A 4E1MA 4CJQA 4IG0A 2DFEA 3ZT2A 3E01A 1HQUA 1RT1A 2HNZA 3QIOA 1FKPA 1ZYQA 3SUOA 2X6NA 3ASMA 5KGWA 4BWJA 1U49A 1CXUA 4RW4A 3OYHA 2FBXA 4DLGA 1X9SA 1UA1A 1TKXA 3OYDA 3S3NA 3ITHA 3L2UA 4C8LA 2BGGA 1DLOA 1UOCA 4CEBA 4F2RA 2VG5A 4J2DA 2HHSA 3EYZA 1TK0A 2P5OA 1SL0A 2WONA 1YVUA 3KKRA 4F3TA 5FROA 4CHPA 4Z4HA 3TAQA 4H4OA 4RW6A 3ZCMA 3ZT1A 4GMJB 4NCGA 2Z1GA 1C6VA 3OYCA 3LWLA 4DTPA 2HB5A 1LAWA 3HSTB 2QKBA 1NJXA 4CCHA 2IOCA 2G8IA 1KRPA 2FBTA 4FJXA 3AVLA 4KB1A 2YNFA 2YNIA 3DMJA 2E6LA 4JLHA 3UIQA 4KTZA 4IBNA 4KHSA 4N5SA 4QCLA 1KFSA 5K14A 4M3XA 4CJVA 4B9NA 2E6MA 4CJSA 4F4KA 1WSFA 1C0UA 2GBZA 4BACA 3IRXA 1D5AA 3SV4A 3V4IA 4FZZA 3OYNA 4DQSA 4E3SA 3VQCA 1QS4A 3L3VA 3QERA 3QEPA 3HO1A 2OPPA 4DFKA 3AV9A 4CEEA 2FBYA 3K5LA 3V9ZA 1U48A 1TK8A 1VRUA 2BANA 1EX4A 3MEEA 3NF6A 4FJMA 4KI6A 3DOLA 3KD5E 1T7PA 4K8XA 3OJSA 2I5JA 1R0AA 4N47A 4CGDA 3M8RA 3PX0A 4CHNA 4I9QA 2P1JA 3AVIA 4O4GA 5SWMA 4FLXA 4ELUA 1CLQA 3M8PA 4MFBA 3OY9A 4QOZB 4DQQA 3OYJA 3ZSWA 1EXQA 1NKBA 4DWIA 3VN5A 2F96A 3I0SA 3SUQA 3TWHA 4R5PA 3KK2A 2GUIA 1IKXA 3EZ5A 1TKZA 3U3GA 4E1NA 3OYFA 1L3VA 2OZSA 3V9XA 4BWMA 4Z4GA 4IDKA 4FJJA 1BIZA 4CECA 4J2EA 1ASWA 1RDAA 4B9SA 1CXQA 1HRHA 4TSXA 3SQ4A 4HUEA 3CFOA 1I39A 5HRSA 3WNHA 4E7HA 1RTJA 1WSGA 4E7KA 4L8RB 2NUBA 3RMCA 4CGIA 3TARA 4FLZA 4GW6A 4CEOA 5J2PA 3VQEA 5HRNA 3K5NA 4IFYA 4B9UA 1C1AA 4JRQA 1W9HA 3AA3A 3TAMA 4CJPA 3V6DA 3QEIA 1B9DA 4AHSA 4G1QA 1HQEA 1KVBA 4W5QA 4E7LA 4CERA 5E41A 3OYKA 4LY7A 4DU3A 3V1OA 1Q9XA 4HVJA 2X74A 3OYLA 4HCCA 2Q3SA 1HNIA 1QTMA 3PX4A 1T03A 1W0HA 4CJRA 4LH4A 4H4MA 4FJLA 3RMAA 4FVMA 3TAFA 1A5WA 4OKKA 2IDOA 2XY5A 1C0TA 1S9EA 1RT4A 3AVFA 1NKEA 4CHQA 1RDCA 2O4GA 1K6YA 2Z1IA 4KKOA 1TK5A 5HRRA 3KK3A 4OLAA 2HW3A 4CJLA 5HBMA 2Z1HA 2YHAA 4O55A 5JS1A 2BDPA 3ZSZA 4ELTA 3KIOA 1NK5A 4BE0A 2PZSA 3HK2A 1RCHA 4DMNA 1L3SA 1QSSA 2F8SA 3O4QA 4B9VA 1VSMA 3MXIA 2YKNA 4MQ3A 1XWLA 1MU2A 3AO4A 1VRTA 4CK3A 4DTUA 2QK9A 3T3FA 3T1AA 1U04A 3O3FA 4PY5A 1NK8A 1QSLA 4OJRA 4UQGA 3NGIA 1REVA 1WLJA 2XY6A 2KZZA 4NCAA 3AA4A 4CHOA 2JLEA 1L5UA 2OYQA 4FXDA 4ZHRA 1ZBLA 2KQ2A 5CYQA 1DTQA 4KTWA 1XI1A 3AA5X 4LSLA 3LDSA 4Z4EA 1HNVA 2VWKA 1RBVA 3V81A 5KGXA 3M8QA 4FM0A 1KLNA 2G8WA 3DRPA 4M3UA 3AVAA 4QAGA 2RKIA 3AVMA 3BGRA 3DI6A 3RMBA 3SPZA 5CZ1A 4O5BA 4E0DA 3HVRA 3MEGA 1TV6A 4OGEA 1T8EA 1RDDA 1ZBHA 3VQ8A 2G8FA 3HP9A 3OS0A 2LSNA 4E89A 1ZBUA 5C24A 2PYJA 3NH0A 3SYZA 4CEQA 3KK1A 1LWFA 3P1GA 1XHZA 4FJ5A 1S1VA 4OPKA 1RBUA 5I42A 3G0ZA 3KTQA 1JLGA 2A1SA 2XO7A 2YNHA 2G8VA 2GV9A 1VSLA 3CYMA 3JYTA 1D9DA 2FC0A 4BE1A 1J5OA 4B3OA 4YFUA 4C8MA 1S5JA 4DF8A 2HVIA 1I3AA 2DFHA 5SZTA 3G10A 2X78A 3VQ6A 4CEDA 1HYVA 4CF9A 3MXMA 2PYLA 3A2FA 2ETJA 4DQIA 1J53A 3VQ9A 3IG1A 3V1QA 1VSIA 1KLMA 1Z26A 1VSHA 4CK2A 2P5GA 3FFIA 4CF0A 1BIUA 3PO5A 3C6UA 2P51A 3KKSA 1HPZA 3KJVA 4EZ6A 3V1RA 4FLTA 4DSFA 3H08A 3C95A 3L2VA 1KFDA 1X1PA 1BI4A 4BE2A 5HRPA 4OKJA 2HNDA 3D0PA 5J2NA 4B9TA 4KV8A 4W5TA 4M3ZA 1QE1A 4H8KA 2D0AA 2HMIA 1BI4B 1KCFA 1RT6A 4FW1A 5HROA 2EHGA 4CIGA 2G8UA 1D8YA 4KHUA 3K57A 3ULDA 1YTUA 4KRFA 2YHBA 4WE1A 3HP6A 1SL1A 3SV3A 4FZXC 4M42A 2ITGA 4DFPA 4OPJA 4DTJA 4E19A 2D0CA 4CGGA 4CJFA 4FJHA 3SUNA 3PY8A 1B92A 3DLEA 4PA1A 3I8DA 2ZD1A 4CF8A 3CM6A 1RT7A 4KO0A 3OS1A 5C42A 2B4JA 3P5JA 1LW0A 4FJKA 1GOCA 3NHGA 3QIPA 1L3UA 4M3WA 3LZJA 4AHRA 4CESA 4KPYA 4CJWA 3AVNA 3CFPA 4FJNA 4NCBA 3RWUA 1KVAA 3AVKA 4DTNA 4FLWA 3HPHA 4OVLA 4FK0A 4NYFA 4DQRA 5JS2A 4C8NA 1WNSA 3O3HA 1WSIA 4HHTA 4J2AA 1N6QA 3HVTA 2E4LA 2RPIA 3NBPA 4Z0UA 4O0JA 1JKHA 1IO2A 1Y97A 3HPGA 1S1WA 1J9AA 2Y1IA 3F9KA 4B9LA 4XIUA 2PY5A 4JS4A 4DTSA 2HHTA 2IGIA 1S1XA 1VSJA 3QEXA 1U45A 1S6QA 3SPYA 1HJRA 3I0RA 1S1UA 4CIFA 3AO1A 4AHVA 4EZ9A 4KAZA 1WSHA 3BDPA 3L8BA 2HHXA 4YNQA 3DLRA 4Y1CA 4FCYA 3KLEA 3QINA 1TL3A 3S9HA 1QQCA 3V9SA 4FJIA 1IH7A 3AVGA 3L2RA 3LPTA 1NJWA 3MEDA 1SKWA 4Z4FA 4CFCA 4DSKA 1RBRA 5FRNA 1RTDA 2OPSA 2XY7A 2B5JA 4KI4A 2YKMA 2W42A 1U47A 4M45A 2XHBA 3AA2A 1XHXA 3SI6A 2YV0X 4CHZA 1EETA 4CFBA 3TR8A 3QETA 3C6TA 1BCOA 3QLHA 2HVHA 3HM9A 2KW4A 1SKSA 3LP3A 4Q0BA 5DK5A 1RILA 2VG6A 5C25A 1JLCA 4FM2A 5J2MA 3TABA 4F8RA 3P83D 4KB0A 4KHNA 4DSLA 1GOAA 4CJTA 1NOYA 3DYAA 3K5MA 4FJ7A 4NYNA 3DLKA 3ISNC 4AH9A 3QO9A 2A1RA 3ALYA 3NF7A 4FZYA 1VSDA 4KFBA 3LWMA 3EY1A 4CK1A 1IG9A 4IKFA 3WNGA 1JXBA 3D45A 3HXMA 4DF4A 2KFNA 2O4IA 1FKOA 4KHQA 3O4NA 3TAPA 3B6PA 3NE6A 3VA0A 3TAEA 3WNEA 3K58A 3TANA 3NF8A 3O3GA 3S3OA 3PUFA 4CEFA 4W5RA 3MXJA 4CE9A 4CFAA 1O1WA 1TAQA 4DS4A 2F8TA 4CIEA 4F2SA 3HPOA 1TKTA 4KTQA 4BDZA 4CF2A 4CEAA 3SQ2A 4FK4A 4N41A 3MECA 2B6AA 3LP2A 4M41A 3SJJA 4M3TA 3AVCA 4KHWA 1SKRA 2OZMA 3F73A 3LPUA 1RTHA 3VQ4A 3OYAA 2FBVA 4DS5A 4HCBA 5CY4A 2HHVA 4BDYA 3HYFA 3DM2A 5EU7A 2OA8A 4EP4A 3K2PA 4DTOA 2EX3A 4HUGA 4O0IA 1XC9A 4FJGA 1U4BA 3AVHA 1IKYA 3LAKA 2R7YA 3SQ0A 4E7IA 1S1TA 2HHWA 1CZBA 5FRMA 3ZSYA 4DSJA 1Z25A 2OPRA 1ASVA 2RN2A 4I2PA 1VSFA 1NKCA 4DTXA 3MAQA 5J1EA 5CZ2A 2RF2A 1LW2A 3VA3A 1GOBA 3VQBA 3RRGA 4K8ZA 1ZBFA 4DG1A 4IFVA 1RNHA 1UWBA 4CJ5A 2AJQA 3LAMA 4C8KA 3OYGA 1IKWA 2Z1JA 1JXEA 5DMRA 3HJFA 5T7BA 4B8CA 1ITGA 4ID5A 4RW9A 3QNOA 1NK4A 1F21A 4ID1A 4FYDA 5KTQA 3OYMA 2HHUA 3CM5A 5HLFA 2QKKA 1BHLA 1VSKA 3K5OA 4FJ8A 1JLBA 4RW8A 4CGFA 1BISA 3NH2A 2KZMA 4CGHA 1FK9A 3PO4A 3ZT3A 3CG7A 4DU4A 1C1BA 1BQNA 1KSPA 2HHQA 2QXFA 4LD0A 1YT3A 3VQAA 4B08A 4E7JA 5HP1A 1JLFA 4ZTJA 2XRIA 3AO5A 3DRRA 4DU1A 1NOZA 1WSEA 3RRHA 1LAVA 2ATQA 4W5NA 3T19A 4FLVA 3V9UA 3ZSRA 1TL1A 4ZTFA 4CFDA 2DTUA 1WN7A 3QEWA 3SUPA 1A5XA 1BCMA 3IS9A 1RBTA 2X6SA 3U6FA 4FLYA 1HYSA 4J2BA 1KVCA 4FM1A 3PX6A 1RT3A 1IKVA 3SCXA 2DFFA 1C1CA 3HT3A 4PUOA 3SNNA 3S3MA 4DFMA 4N76A 1CZ9A 1EP4A 1NK6A 1NK0A 4DTRA 1BQMA 5KRSA 3TI0A 2IC3A 4O44A 3U3YA 4OGCA 1LV5A 2KFZA 1S6PA 3VQDA 1G15A 3LALA 3WNFA 1UAXA 4N56A 3SZ2A 4M3YA 2HNYA 1BL3A 3KLIA 4CJUA 3L2QA 5J2QA 2DY4A 1NJZA 2IS3A 3LP0A 4I7FA 3AO2A 3KLGA 3SQ1A 1TGOA 2D0BA 1EKEA 3ZT4A 1JLAA 1RT2A 3DRSA 3V9WA 5KRTA 3ZSQA 1B9FA 5CYMA 3DOKA 3L3UA 1A5VA 3RR7A 3VQ7A 1T05A 3KD1E 1VK0A 1Q9YA 1SL2A 3QNNA 3CFRA 1ASUA 5I3UA 1X9WA 4DLEA 2D5RA 3LANA 3NFAA 1N5YA 3OYIA 1NK7A 2Y1JA 3NAEA 4CGJA 1HMVA 4CJ3A 4CHYA 1X9MA 4KREA 3JSMA 3NGZA 2IAJA 4OLBA 4FW2A 1D9FA 1FXXA 3L2WA 2XY8A 4LSNA 3KLFA 4HUFA 1UA0A 4KHYA 3C94A 4ELVA 4B8AB 1TAUA 4M3RA 3VQ5A 2ZE2A 4FLUA 4DFJA 3RR8A 2G8HA 1JLQA 2VG7A 3NGYA 4DTMA 3ZSOA 4CEZA 3NCIA 4B9MA 3KLHA 4AHUA 1SV5A 3ZT0A 3ZSXA 3NF9A 3OVNA 3OJUA 1JLEA 4CJ4A 1NJYA 3DLBA 2G8KA 4AHCA 3PV8A 1QSYA 4IG3A 1Q8IA 4Q5VA 3NH1A 3ZSVA 2JGUA 3DLGA 1RDBA 1TVRA 4EP5A 4I2QA 2VWJA 1SUQA 1WSJA 3M8SA 4AILC 3IAYA 1WAJA 3K59A 1YTAA 4RG8A 4Z4CA 3NDKA 4JRPA 4Y1DA 1LWCA 4I9LA 4PQUA 3B6OA 1RTIA 4DSIA 2YNGA 4BDPA 1RT5A 2ZQBA 1JL1A 4ICLA 3QESA 1BGXT 4C8OA 3THVA 1VSEA 4PWDA 1LWEA 5KI6A 1HYZA 1L3TA 4FJ9A 3HL8A 1KTQA 2WOMA 4FK2A 4F3OA 2KTQA 1RBSA 4GVMA 1C0MA 4CJEA 3VQQA 1ZBIA 3AO3A 1DTTA 3DLHA 4CF1A 4CJKA 4HTUA 4DQPA 5FDLA 1J54A 1JL2A 2BE2A 4AHTA 1TKDA 4DSEA 4JS5A 3QEVA 3RMDA 3RTVA 4RW7A 5D3GA 1WAFA 1QHTA 3OYBA 3AVJA 3OS2A 3OYEA 3LP1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AVBA 4W5OA 1K8KA 1HKGA 4CJQA 2DFEA 1RT1A 2PAVA 3QIOA 1P90A 1I94K 1U49A 3ASMA 4DB3A 4NXNK 1UA1A 1TKXA 4C8LA 4BRCA 4F2RA 3C0BA 3EYZA 2P5OA 1SL0A 4A5AA 3KKRA 4RW6A 3TPQA 4ILJA 4NCGA 5AFUH 1IG8A 4FJXA 3HSCA 2YNIA 1IJJA 4KHSA 2JWLA 4FWQA 4M3XA 4CJVA 3K9KA 1C0UA 5AZJB 3IRXA 4FZZA 4LF4K 4BC3A 2FBYA 1TK8A 4DV2K 1EX4A 3VF4A 4K8XA 4YDUC 3OJSA 2I5JA 3M8RA 3PX0A 4CHNA 2P1JA 4NLCA 4O4GA 1GLBG 4QOZB 4K25A 5GAEP 3ZSWA 3CI5A 3J7YP 3TWHA 3KK2A 2GUIA 2E2NA 1IKXA 1TUUA 4BY9C 4B3TK 2OZSA 3V9XA 3WXJA 4Z4GA 2O8DB 4IDKA 3VTIA 1HRHA 1I39A 5HRSA 1WSGA 3TARA 2RE2A 2P9PB 4GW6A 4A59A 2HBLA 5HRNA 2CGJA 4IFYA 4B9UA 5F2RA 4B1UB 2Q2RA 3AA3A 3TAMA 1DGKN 4AHSA 4G1QA 5A2QO 1KVBA 5HL7L 4W5QA 4LY7A 3HRGA 2X74A 4HVJA 3OYLA 1QTMA 4CJRA 2Q0UA 3MN9A 4FVMA 3TAFA 4OKKA 1C0TA 3CCMN 5FLXO 4EHUA 3CJ1A 2VYPA 4OLAA 2HW3A 3NVKA 4CJLA 5HBMA 4BR7A 2Z1HA 4R79A 4A2AA 4ELTA 1NK5A 4BE0A 4DMNA 1L3SA 2F8SA 4JV5K 3O4QA 1VSMA 3CJCA 3MXIA 4MQ3A 2O8EB 3KWGA 3M6GA 3SAGA 4GVEA 5KQ8A 4UQGA 5AQJA 5I9EB 2KZZA 1VQKN 2JLEA 1L5UA 1ZBLA 3AA5X 3LDSA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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