4CJLA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
154
structure length
149
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKYSAGERIVDIIATDIQT'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
total genus 55
structure length 149
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjlA00
3LWLA 4CGIA 3NAEA 3S9HA 4F2SA 4M3YA 1QTMA 1NJYA 3T1AA 4IKFA 4I2PA 5HRRA 3KLGA 1S1WA 4DTJA 2P5GA 1BHLA 4DLEA 5J2MA 4M3UA 1X1PA 2D0BA 4F3OA 3KKRA 3LPTA 4BWJA 3M8SA 4DTRA 3KK1A 1JLCA 1Q9YA 1C0TA 2G8KA 1SKWA 2B4JA 4CF1A 3SCXA 3PX0A 5CZ1A 4PQUA 3ZSYA 1T7PA 1BI4B 3KLIA 4K8XA 3TARA 5CYQA 3CFRA 2OPRA 4CF9A 3SI6A 1ZYQA 4NCAA 5C25A 1WSIA 1WN7A 2HNYA 2G8IA 1O1WA 2QXFA 2HHTA 4KFBA 1IO2A 1RTIA 4O44A 2JGUA 4KHQA 2XY7A 1VSMA 3NF6A 1KLNA 1D9DA 3DM2A 4E1MA 5E41A 3RWUA 1FXXA 4W5OA 1UWBA 2IC3A 3LP3A 4CJTA 4I7FA 4MFBA 3SZ2A 3U6FA 1BISA 4CE9A 1KFSA 4FZZA 1BQNA 4CJSA 2IDOA 5KRSA 4CF8A 5KTQA 4BE0A 3I0RA 3SQ2A 4KHUA 2VWJA 4HTUA 1D9FA 2YKMA 2LSNA 3VA0A 3VQ8A 3KLEA 3L2UA 1RNHA 4CJPA 3AVHA 3V9XA 3PO5A 4PA1A 5D3GA 1JLGA 3AVBA 1NKEA 3VQCA 3DLEA 2G8FA 3FFIA 4CJKA 4DQPA 3IAYA 4FK0A 4M3TA 4CGFA 3ZSQA 4R5PA 3ZT2A 3NF8A 2WONA 5SWMA 4KB1A 1FK9A 5FROA 4CECA 3DOKA 2YNFA 3OYIA 4KPYA 3VQPA 4CEAA 4CJ3A 3EZ5A 2YNHA 1U48A 2X6SA 5HLFA 4B9VA 2Y1IA 4FM0A 1C1CA 5K14A 5FDLA 2GV9A 4CIGA 3V9WA 4DS4A 4IBNA 4IFVA 1TAUA 2P51A 3AVKA 3IG1A 2XY5A 1GOCA 3RR7A 4CEEA 1R0AA 4FYDA 3HM9A 1TK8A 2BE2A 3TANA 1K6YA 3NE6A 1IKXA 3HSTB 1EX4A 3C6UA 3AVNA 3L3UA 3ITHA 4Y1CA 3JYTA 3ZSRA 3AVCA 5I42A 2HMIA 1LW2A 1WSFA 4CJ5A 3CFOA 4OVLA 4DFPA 1NK4A 1J5OA 3DLHA 1S6QA 3AO5A 3ALYA 4CEDA 3P5JA 1IKVA 5CYMA 4FM1A 4DFJA 3OYFA 4W5NA 2FBXA 4CGJA 1HQUA 1KTQA 1KVAA 1WLJA 4B9TA 1RT4A 4E1NA 4CHPA 3QNOA 1T8EA 4KHNA 2OA8A 4M41A 4W5TA 4B9LA 1RT1A 3MEGA 3SUOA 3OS1A 3U3YA 1C0MA 4FVMA 3MEEA 2BGGA 3SPYA 3KK2A 3HVTA 4CHZA 1W0HA 3NGIA 1SKSA 3IRXA 3KJVA 2VG7A 2HHUA 4J2AA 1NK8A 2P1JA 4FJXA 4FJJA 3ZT3A 4FLVA 1TK0A 1IH7A 1Q8IA 3V1RA 3OYLA 3HK2A 3L3VA 2HHVA 4KKOA 2Z1IA 5T7BA 4OKEA 2W42A 1WSEA 4Q0BA 4DU4A 1Q9XA 1C1BA 1BL3A 4AHVA 3M8RA 4M3RA 1KLMA 1LW0A 1WSGA 4HCCA 4CJVA 3OYJA 1ASUA 2OPPA 3TABA 1RDCA 2YHAA 3OYHA 1WAJA 1REVA 4J2BA 3TAGA 4CJQA 3NH1A 1C6VA 3AO3A 1JLEA 4FW2A 3P83D 1Z25A 5HRSA 3OYDA 3SQ1A 5HBMA 2RPIA 3M8QA 4UQGA 4DSFA 4HCBA 4B8CA 3V4IA 1ZBIA 1J54A 3AVGA 4W5RA 3L2QA 1RILA 4CFCA 4DTPA 1EXQA 4KHSA 3VQQA 3I8DA 3WNHA 1RTHA 1WSHA 1U4BA 1NK5A 1L3UA 2P5OA 4FJIA 4BE1A 2IAJA 3LP0A 1NKBA 4H4MA 1GOBA 1BCOA 2IOCA 4DFMA 3K2PA 4BWMA 3NGZA 2KZZA 4FJ7A 4CHOA 4CEOA 4ID5A 4PWDA 4RG8A 1XWLA 3L2RA 3LZIA 3MAQA 2YV0X 4FM2A 3QINA 4CJUA 4LH4A 3VQ7A 4DTUA 4M3ZA 2JLEA 4G1QA 4IFYA 3D45A 4C8LA 4O0JA 4Z0UA 3PO4A 1U04A 4E7HA 1JLQA 3F9KA 3V9SA 2O4GA 4MQ3A 1TKZA 4CESA 3KLFA 1BIZA 1KVCA 2XO7A 3TAPA 1BQMA 4CFDA 1U49A 3AO2A 4FXDA 4HVJA 4ZHRA 1F21A 2NUBA 1KSPA 4FZYA 5HROA 4ELVA 4CERA 4AHUA 4DSLA 4HUEA 4Z4FA 1HMVA 1ITGA 1UAXA 1VSIA 4M45A 2HB5A 4FJLA 2YKNA 4GMJB 2F8SA 5I3UA 3MECA 2D0CA 4M3WA 2HHWA 1YVUA 3QLHA 1X9WA 1CZ9A 2KW4A 3E01A 3RMCA 3SYZA 4PY5A 2HW3A 2D0AA 4WE1A 4BACA 3WNFA 3WNGA 4FK4A 1HYSA 1JKHA 3HVRA 2FC0A 5EU7A 3OYEA 2FBTA 2HNZA 1A5WA 3AA4A 3L2WA 3G0ZA 1KRPA 2F8TA 1NOZA 1EETA 1VSJA 4ELTA 3SUQA 3DRPA 4LH5A 4BDZA 4FJ5A 3OYNA 2VWKA 3ZSXA 2HHXA 3VQEA 4M3XA 4IG3A 1G15A 4O4GA 4OKKA 2Q3SA 3NH2A 1L3SA 3TAMA 3S3MA 3P1GA 3OYBA 4CF0A 4F3TA 4DTOA 1ASWA 1ASVA 4DU3A 5J2NA 4NCGA 3TAEA 4FJNA 3AVAA 3V9ZA 2Z1JA 1DTQA 1CXQA 1RBRA 3O3HA 3CQ8A 5JS1A 4DU1A 3DLRA 3A2FA 3KD1E 1RBSA 2ITGA 3QEVA 2DFFA 1QE1A 3SPZA 2KTQA 5DK5A 3DRSA 1JLAA 3VQ5A 3HO1A 5KI6A 3ZT0A 3MXJA 3VQBA 3JSMA 4ZTJA 5HRPA 1NJXA 1UA1A 3AVJA 1VSHA 4E7KA 3QO9A 5J1EA 1L3TA 3OYKA 4E7JA 1WNSA 1JXBA 1HPZA 4BDPA 2DFEA 5HP1A 4NCBA 1RTJA 3QEXA 4DSKA 3KIOA 4AHTA 2XRIA 3AVFA 3HP6A 3LWMA 3EYZA 1YT3A 4EZ6A 3SQ4A 3DRRA 2HVHA 4NYFA 1TL3A 1YTAA 2VG6A 3QETA 4JRPA 4OKJA 3NF9A 3QEPA 4Z4CA 5CY4A 3SUPA 4CCHA 3O3GA 5SZTA 1NKCA 2WOMA 4FCYA 4E7LA 1S9EA 1D8YA 4CJ4A 4BE2A 4FLXA 1SL2A 2OZMA 4DWIA 4DSJA 3OYAA 4DMNA 3NGYA 4ELUA 4Z4IA 3BDPA 1TAQA 3RRHA 3RMAA 1CZBA 1UOCA 3OS0A 3D0PA 3C6TA 1LV5A 4KTZA 2YNGA 2KQ2A 3V1QA 3AO4A 3RRGA 3O4NA 4CHYA 2QKBA 1B9FA 2FBVA 3C95A 3OVNA 4JS4A 4ID1A 3AA2A 1QS4A 4N47A 4B08A 3U3GA 4OLBA 4O0IA 3KK3A 5KGXA 3K58A 1U47A 1RTDA 1BGXT 3AA5X 1QQCA 3ZSZA 2RN2A 3QEWA 3AVMA 2HHSA 2KZMA 1VSDA 1LWCA 3CG7A 1LWEA 4DF4A 2PYLA 2GUIA 3RMDA 4CEZA 3RR8A 4RW8A 3ISNC 1TVRA 1S1XA 4CFBA 2GBZA 1NK9A 4KHWA 4QAGA 1VK0A 3K5LA 1C1AA 4J2EA 1IKYA 1B92A 5DMRA 4F8RA 1S1VA 4FW1A 4O55A 4CFAA 3HYFA 2RKIA 3NFAA 1ZBFA 2QKKA 4QCLA 3MXIA 3DI6A 1X9SA 4Y1DA 2G8VA 3VQ9A 4E0DA 5C24A 1ZBLA 3UIQA 1TK5A 4B9UA 1SV5A 3VN5A 3NBPA 2Y1JA 1LWFA 3DOLA 3LZJA 2AJQA 4CGGA 3IS9A 4CHQA 3K57A 4EP5A 3OS2A 3RTVA 1NJWA 4GVMA 3ZSWA 3DLKA 2RF2A 4KI6A 4I2QA 1KCFA 3I0SA 4N56A 4IDKA 3PX4A 4BDYA 4OJRA 1LAWA 4LSLA 3HPHA 3NH0A 4CIFA 2OPSA 1HRHA 2DFHA 2HNDA 1IKWA 3AVLA 2F96A 4CK3A 4E7IA 2A1RA 3ZCMA 5J2PA 4B9MA 4QOZB 1I3AA 2PYJA 3SV4A 4KV8A 3HPOA 2QK9A 1RBUA 4FLUA 2ZE2A 3NDKA 3QIOA 3HT3A 3PX6A 4DQRA 3V1OA 4DQIA 4JLHA 1JL1A 2IGIA 2OYQA 1JXEA 3DLBA 3BGRA 3QIPA 4E89A 3TWHA 4CIEA 4E19A 3F73A 1DTTA 4N76A 4B3OA 1RBVA 3DMJA 4DFKA 3HPGA 4YNQA 3CM6A 4JS5A 3SV3A 3VA3A 3SQ0A 4DSEA 3SJJA 1ZBHA 3O4QA 4CJFA 4CEBA 4YFUA 1S1TA 3PV8A 1NK7A 1RBTA 2D5RA 4KHYA 1TGOA 1RCHA 3ULDA 2X6NA 4LSNA 4KTWA 4RW6A 1SKRA 1RT7A 1JL2A 5J2QA 3VQ4A 4DG1A 3G10A 4EZ9A 4M42A 1VSFA 3OJSA 1ZBUA 1S9GA 2YNIA 4FK2A 2KFNA 4HHTA 4H8KA 4FJ9A 2XHBA 1XHXA 1RDAA 4FLYA 2I5JA 4CK1A 4Z4EA 3AO1A 3PUFA 3PY8A 3LAMA 4I9QA 3LP2A 4K8ZA 2FBYA 4IG0A 4RW9A 1L5UA 3HJFA 2X74A 2PY5A 1HQEA 4KTQA 1RT3A 4DTNA 1KVBA 2E4LA 2ZD1A 3OYCA 4DTMA 4Z4HA 1FKOA 4DQSA 4C8KA 4F4KA 4KREA 4PUOA 5CZ2A 4E3SA 4Z4GA 3TAQA 2DY4A 3MXMA 4AHRA 2BANA 4KO0A 4EP4A 4HUGA 2E6LA 4O5BA 3L8BA 2IS3A 3MEDA 2E6MA 1B9DA 3K5NA 3QEIA 2BDPA 4C8MA 3THVA 4RW4A 2G8WA 1J53A 3TI0A 1C0UA 4NYNA 3B6PA 1BIUA 1EP4A 4LD0A 2EX3A 4CGHA 5KRTA 4DS5A 3SUNA 2A1SA 3VQ6A 5JS2A 2ZQBA 4AHCA 4AILC 1QSLA 4FZXC 1QSYA 4DSIA 3ZSVA 1W9HA 3VQAA 3LALA 1FKPA 3HL8A 1RT2A 3LAKA 4OPKA 1IG9A 1NOYA 1QHTA 4XIUA 1KFDA 4FJ8A 1MU2A 4CJEA 4FLZA 3LP1A 3OYMA 3B6OA 1XC9A 4CJLA 3KLHA 4HUFA 1D5AA 3HXMA 4L8RB 1X9MA 1RT5A 3M8PA 1J9AA 3ZSOA 4Q5VA 1BI4A 2HVIA 2YHBA 1N6QA 1LAVA 4FJMA 2DTUA 3KTQA 1DLOA 1VSLA 3ZT4A 1VRUA 5C42A 1WSJA 2ETJA 2XY8A 5HRNA 3OYGA 3NCIA 4DQQA 2VG5A 1N5YA 3T3FA 3LPUA 4AH9A 3LDSA 4GW6A 3S3OA 1S6PA 3AVIA 4AHSA 1A5XA 1SUQA 3K59A 1QSSA 1HNVA 1U45A 1VSKA 1HJRA 4C8NA 4CJRA 2KFZA 1NJZA 4TSXA 3QERA 3S3NA 3TAFA 1NK6A 1RDDA 4FJGA 1TKDA 3V81A 1BCMA 4KRFA 1YTUA 2EHGA 4KB0A 4N5SA 1JLBA 4DLGA 2XY6A 4N41A 3AV9A 4DTXA 2X78A 1RDBA 3ZT1A 3CFPA 1JLFA 1Z26A 3H08A 4CHNA 4CJWA 4CF2A 3VQDA 2O4IA 3ASMA 4KAZA 2G8UA 1TL1A 3DYAA 4C8OA 3QESA 3SNNA 3WNEA 3OY9A 1HNIA 3DLGA 2Z1GA 3L2VA 4I9LA 1GOAA 1HYZA 4B9NA 3KD5E 4KI4A 4OGEA 4B8AB 2OPQA 4CEQA 3RMBA 2G8HA 4F2RA 2PZSA 4FJKA 3OJUA 3K5MA 2B5JA 4J2DA 1S1UA 3K5OA 1CXUA 1VSEA 1RT6A 1VRTA 3V9UA 1WAFA 1TKXA 2B6AA 3NF7A 4ICLA 1SL1A 1T05A 4DTSA 2ATQA 3AA3A 1XHZA 3V6DA 3CM5A 4RW7A 4W5QA 3O3FA 3LANA 4OPJA 2OZSA 1CLQA 3EY1A 4FLWA 5FRNA 5KGWA 4CGDA 4CEFA 1HYVA 3TR8A 4LY7A 3T19A 1T03A 3C94A 5FRMA 1Y97A 4CK2A 3KKSA 3NHGA 4FJHA 1EKEA 1S5JA 3QNNA 1XI1A 1SL0A 4B9SA 1A5VA 2Z1HA 2R7YA 4OLAA 4JRQA 1TV6A 4ZTFA 1L3VA 2HHQA 4OGCA 1I39A 4DF8A 3HP9A 4FLTA 1NK0A 1UA0A 3CYMA 4H4OA 1TKTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3S9HA 3NAEA 4IZ9A 1NJYA 2YJEA 3T1AA 5GAEP 2P5GA 4CI6A 1QZ6A 5J2MA 3S41A 3LPTA 1JLCA 3SCXA 1OH7A 3PX0A 1ZBSA 1T7PA 2FF3B 3J7ZO 3SI6A 1W2BM 5C25A 2G8IA 2P9UA 2QXFA 2HHTA 3E66A 1RTIA 4O44A 1VSMA 3NF6A 5E41A 3RVCA 2IC3A 3LDNA 3EO3A 2IDOA 4BE0A 1HKCA 3SQ2A 1M1KO 4KHUA 2VWJA 5AQMA 3VEYA 3L2UA 3PO5A 3OHRA 4NLBA 3AVBA 3DLEA 4M3TA 1HPMA 2WONA 4HWIA 3OYIA 2YNFA 4PL7A 4CEAA 3EZ5A 2YNHA 2Y1IA 4BRNA 1YITN 3UE5A 1H1VA 1XNQK 2BE2A 1FJGK 2QW9A 5KPZA 1NGBA 3C6UA 3L3UA 5I42A 3THWB 3D2EB 3ZSRA 3AVCA 1NK4A 4IFEA 3JXUA 4BQLA 4IEIA 4W5NA 4CGJA 1KTQA 1RT4A 4E1NA 3LDOA 3R3LA 4OPHA 4W5TA 3MEGA 3OS1A 2GEMA 3U3YA 5M1PA 4FVMA 3W3DA 4DV5K 3MEEA 4FWSA 4JI6K 3NGIA 4IOCL 1NK8A 2P1JA 5JLHA 1GLLO 4M7XA 3V1RA 1W7AA 1YIJN 4KKOA 4OKEA 3I55N 1WSEA 5LY3A 2VWBA 4BR7A 3CMAN 4AHVA 4M3RA 3OYJA 1ASUA 4RWTA 2YHAA 3CCSN 3G71N 1REVA 3OBYA 4CJQA 5CE3A 1Z25A 4JD2B 5M1NA 2O8CB 3SQ1A 3EKUA 5HBMA 4HCBA 4B8CA 4WQ4A 1TYQA 2QWRA 1NGHA 4KHSA 2F9WA 1NK5A 4V19S 4BE1A 3J7YP 2KZZA 3CJ7A 4LF9K 4ID5A 3RSEA 4CZGA 1J5EK 4LH4A 4M3ZA 4G1QA 1X3NA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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