4CJLA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
154
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjlA00
4R5PA 1JLEA 4IDKA 1ITGA 3MAQA 3DLBA 5SZTA 4JS5A 1T05A 4F2RA 1QE1A 4FJ5A 1L3SA 3K5OA 2OPSA 4DQQA 4M3YA 2G8KA 5KGXA 4KHWA 1S5JA 3QIOA 2HHXA 5KGWA 5E41A 3DLKA 5C25A 4FLZA 1C6VA 5HBMA 4ID5A 3DLHA 1SV5A 3HK2A 1RT4A 3L2UA 2D5RA 4B8CA 2B6AA 4B9NA 4EZ6A 4F4KA 1IKWA 1KCFA 1BISA 4CJ4A 4ELUA 3OS0A 5DMRA 4FLYA 3V1RA 1C1CA 3QLHA 3OJUA 3OYHA 4DF8A 1NK7A 1Z26A 3LZJA 1S1UA 3CFOA 4Y1CA 3D45A 4ZTFA 4FJNA 2JGUA 2RF2A 4CJSA 3AVMA 4NCAA 2KZZA 1WSJA 4EP5A 1BL3A 4RW4A 2JLEA 4CJPA 4JRPA 3ZSZA 3U6FA 5HRRA 1WAFA 3TAMA 4DFPA 3RMAA 1LAVA 4RW9A 3V81A 1R0AA 4MFBA 3ZSQA 5EU7A 4B9TA 4B9VA 3S3OA 1FXXA 3V9ZA 1LWEA 4KV8A 3QEPA 3OYFA 2IOCA 5KRTA 4CJTA 3ZSOA 3AO4A 4IG3A 1KFDA 3SNNA 4FZYA 2HHTA 4F3OA 1MU2A 1WSEA 4CF2A 1VRUA 1BCOA 2GV9A 4DTSA 1JLQA 4FLWA 4AHRA 3AO3A 3AVNA 1Q9XA 1RT1A 3AA4A 3AO5A 4N5SA 2WOMA 4GVMA 3V1OA 3SYZA 3MXIA 4FXDA 4LH5A 4M3UA 1RDAA 1SKRA 4CFDA 4KHYA 3IS9A 3KKRA 1WLJA 3SUNA 2Z1JA 3PX4A 2G8FA 4DU1A 3SPZA 3THVA 1FKOA 2BE2A 4DSIA 1D9FA 3DYAA 4CEFA 4O5BA 3ASMA 4CCHA 4DTMA 2KFNA 5K14A 2X74A 2HHUA 4FJXA 3AO1A 3WNGA 4H8KA 3OYMA 1NK9A 4KHUA 4FK4A 1KLNA 4W5QA 4QAGA 3F73A 3LWMA 4FJ9A 4JRQA 4KB0A 1KSPA 5J2NA 4OLBA 3KJVA 3HT3A 2XY6A 1L3UA 3AVIA 3VQCA 1XC9A 3VQ7A 3MECA 1L5UA 4CIFA 1LV5A 4Z4EA 2IGIA 4N47A 4I9LA 3U3GA 1KVBA 3K59A 3PX0A 1S9GA 4DLGA 1YVUA 4DSKA 4KRFA 4PWDA 1B92A 4FW2A 4M41A 2XO7A 3AVGA 4CGJA 4BE1A 1BHLA 4E7HA 2G8UA 5CZ1A 3RMDA 1SL0A 3CFPA 4PQUA 4DTPA 1FK9A 4RW7A 1U45A 1UA0A 4LSLA 4DSLA 2BDPA 2YNHA 2GBZA 3O4QA 3HPOA 4DU3A 4EP4A 4DQPA 4YFUA 4DTOA 4DS4A 3KLFA 1QSYA 3TR8A 4CGFA 3SQ0A 4M3TA 2NUBA 2XY8A 3AVLA 1I3AA 1C0UA 3OYDA 1ASUA 1HQUA 4CJLA 4W5RA 3PO5A 4CJEA 1KTQA 3ITHA 4RG8A 5CYQA 4CJRA 3TANA 3O3HA 4M3RA 4JLHA 3S3NA 1TK8A 3RRGA 2D0CA 2G8HA 2HMIA 3VQPA 3CM6A 1BCMA 4KFBA 4CF9A 1VSIA 1RT2A 2ZD1A 2LSNA 1RDCA 1VSFA 3LPTA 4FM2A 4ELTA 3NE6A 4HHTA 4CK3A 4KREA 1KFSA 1D8YA 1U04A 3SUQA 2BGGA 1SL1A 1XWLA 3M8QA 3AVAA 5T7BA 4ZTJA 2DY4A 2KTQA 4DQSA 4FJJA 3SJJA 3HL8A 3RTVA 4AHCA 2KQ2A 4CIEA 1RTHA 1B9DA 2HNZA 2E6LA 3LZIA 3M8SA 3TWHA 3QNNA 3DOKA 1HPZA 2OZMA 4CERA 5DK5A 3L2WA 1KVAA 3QIPA 2F96A 4Z4IA 3LALA 4DMNA 1WN7A 2VWJA 4KTWA 1IH7A 3B6PA 4CJ5A 4OGEA 3AO2A 3V9SA 2EHGA 1ASWA 4CJUA 1UA1A 1J53A 1JLAA 3H08A 5CY4A 5HRNA 3OYCA 3QNOA 1C0TA 3EYZA 3MXMA 4C8LA 1EKEA 2D0BA 3T1AA 4Q0BA 3PUFA 1RBTA 1ZYQA 4W5TA 4BDZA 3WNHA 3NH2A 1XI1A 4CIGA 3RMBA 1BQNA 2RPIA 3VQEA 5J2MA 1VRTA 5JS2A 1SKSA 1NKCA 3NF9A 4FLTA 1JKHA 1WSHA 4Z4CA 4AHTA 1Q8IA 2PY5A 1VSKA 4NYNA 3LP1A 4DTUA 5J1EA 1FKPA 1RDBA 2FC0A 4KKOA 3VQDA 4CF8A 3KLEA 4CEAA 1TK5A 3VN5A 3KTQA 1YTAA 4PUOA 5D3GA 4CESA 2XY7A 2R7YA 1RBRA 3P1GA 4DSFA 4CJFA 3IG1A 1D9DA 4J2DA 4FK2A 3TAEA 1BQMA 2FBXA 3BGRA 4B9LA 4L8RB 2A1SA 1ZBUA 2YHBA 1TAUA 4C8NA 2OA8A 3NGIA 1NJZA 4F8RA 2YNIA 2RN2A 4Q5VA 2KFZA 3T19A 4DTXA 4KHQA 3L2QA 1NJYA 3M8PA 1EETA 1ZBHA 4OGCA 3NF7A 3S9HA 4N56A 3KIOA 2IDOA 4IFYA 4KHSA 2KZMA 1T7PA 3MEGA 3HVTA 4MQ3A 4DG1A 1VK0A 2E4LA 2YKMA 1LW2A 1S9EA 3I0RA 1U49A 3DRSA 4FYDA 2ATQA 2X6SA 3QINA 3TABA 1RT7A 4ID1A 1TGOA 1RNHA 4CF0A 4CK2A 3OYAA 1HYZA 3VQ4A 4CJKA 3C94A 1GOAA 3ZT2A 4CFAA 4AHSA 4YNQA 3SQ1A 1NKEA 4KB1A 2HW3A 3RWUA 4FW1A 4E1NA 3KLGA 2YHAA 2AJQA 3NF6A 3OYKA 3K2PA 4C8MA 4FJGA 4OPJA 3QEXA 2I5JA 1NKBA 1K6YA 1W0HA 1C1AA 2G8WA 3OYLA 2ZQBA 4C8KA 3K5LA 1LWCA 3V9WA 4IKFA 4FJLA 2HHQA 4O4GA 3RMCA 1SL2A 4ICLA 4J2EA 5CZ2A 3PX6A 4BWMA 4E7LA 3SQ2A 4DFMA 3AV9A 1WAJA 4H4MA 4LH4A 4FCYA 1I39A 4CEBA 4CHQA 4M3ZA 1JL2A 4FZXC 5KTQA 3P5JA 4DLEA 1WSIA 1UAXA 3NH1A 4CK1A 2FBYA 4FM1A 1NK8A 2P5GA 1BI4A 1JLFA 1QQCA 1ZBFA 3DI6A 2VG7A 1RT3A 4FM0A 2Z1GA 3HSTB 3QERA 2Q3SA 4M45A 1KRPA 5FRMA 3NGZA 4NCGA 3C6UA 3V4IA 3O3FA 1VSEA 5FROA 3V1QA 4DSJA 3CM5A 2PZSA 3LP0A 2Z1IA 1UOCA 3ZT0A 3ZSVA 4J2AA 1JLCA 3HXMA 1IKVA 2OPQA 4KTQA 1NOZA 1VSLA 3V9UA 1J5OA 4BE2A 4CJVA 3TAPA 4ELVA 1A5XA 2XRIA 2QKBA 5KI6A 4E0DA 1RTJA 4Z4GA 4M42A 4CGGA 3DOLA 2ITGA 3MXJA 1JXEA 5FDLA 2B4JA 3VQ9A 4DQIA 1RDDA 1UWBA 1NJWA 4I2QA 3VQQA 1W9HA 5HRSA 4BDYA 5CYMA 3LAKA 4CFCA 4F3TA 3RR8A 3IAYA 1CZBA 3DRRA 3IRXA 2FBVA 3NDKA 3D0PA 5J2PA 1NK5A 3MEDA 4CEEA 4FLVA 4FVMA 4O0JA 4AH9A 3PO4A 3ZSYA 3QEIA 2EX3A 4B3OA 1KLMA 4CJWA 3AVKA 5C42A 1QTMA 2IAJA 4B8AB 4JS4A 4O44A 3NFAA 4DFJA 1T03A 4B9MA 3AA5X 3NF8A 3OYEA 1REVA 4HUEA 3SCXA 1EP4A 3ZT4A 4DQRA 5I42A 4K8ZA 1ZBIA 1RTDA 4E7KA 1X9MA 3K57A 2DFFA 4N76A 2F8SA 3CG7A 1U48A 2F8TA 1HRHA 1NK6A 4W5OA 1S1XA 1CXQA 4BWJA 4CEZA 2P5OA 2G8IA 4PY5A 4FJIA 2IC3A 4Z0UA 1BGXT 4CGHA 4DS5A 1S1VA 1CLQA 4GW6A 4FLUA 4E7JA 1DTQA 1O1WA 3WNFA 4HUFA 2A1RA 3FFIA 2GUIA 3LANA 3V6DA 5I3UA 1RCHA 4J2BA 4OLAA 5HROA 1VSHA 3HJFA 4I2PA 4RW6A 2HB5A 1HQEA 2QXFA 1QS4A 1Z25A 4GMJB 5J2QA 3TAFA 3VQ6A 1IG9A 3NBPA 1TKDA 3ZT1A 2XY5A 3I8DA 5HP1A 3VQAA 1WSGA 4FJKA 3OS2A 1QHTA 3ZSRA 2P1JA 3KLIA 3C95A 3OYJA 1HJRA 4OKEA 3OY9A 3F9KA 4KPYA 1JXBA 4DTRA 2Y1IA 5KRSA 1GOBA 3LPUA 3OYBA 2XHBA 4DTJA 1TVRA 2O4IA 1LWFA 3MEEA 4IG0A 2ZE2A 1NK4A 4Z4FA 3VQ8A 4FJ8A 3DLGA 3VA3A 2VG6A 3HVRA 3RRHA 2PYJA 1F21A 4CEQA 3KKSA 4I9QA 3DRPA 3OVNA 1S6PA 3LP2A 3SUOA 3O3GA 3VQ5A 5FRNA 1TAQA 3M8RA 4CHYA 1HYSA 2HHSA 4E7IA 1U4BA 2HNYA 2Y1JA 2YKNA 1A5WA 1DLOA 3LDSA 4DWIA 2OYQA 4Y1DA 1JLBA 1JL1A 4HVJA 4XIUA 2RKIA 1TL3A 3HPGA 1QSSA 4LY7A 1JLGA 2HHWA 1VSMA 4AILC 2DTUA 3ZT3A 3JYTA 4CJQA 4F2SA 1XHXA 1B9FA 4OVLA 4NCBA 3KD1E 2BANA 1RILA 4B9SA 1YTUA 3NH0A 1CXUA 3PY8A 2HVIA 3TI0A 1S1TA 3LAMA 2VG5A 4H4OA 4TSXA 3EZ5A 3SV4A 3HO1A 1HMVA 3DMJA 4IBNA 4OKKA 2W42A 1T8EA 1WNSA 1EXQA 4CHZA 2DFHA 3AA3A 2YV0X 1RT5A 1QSLA 1CZ9A 2FBTA 4CFBA 3VA0A 3DLEA 3TAGA 1YT3A 1N5YA 3NCIA 1BI4B 3WNEA 1EX4A 1G15A 1LAWA 1TKTA 3CQ8A 2X78A 1L3TA 4QOZB 3QO9A 4E1MA 3HM9A 4OJRA 4KI4A 1S1WA 3VQBA 1TL1A 2OPPA 4CHPA 4LSNA 4CECA 1X9WA 1C0MA 4E19A 4QCLA 1IKXA 3SI6A 1HNVA 3K58A 4N41A 4WE1A 1Q9YA 3HP6A 4EZ9A 3BDPA 5SWMA 4I7FA 4BE0A 1J54A 1SKWA 3KK1A 1ZBLA 1X9SA 3DLRA 3AVCA 4FJHA 4CHOA 1WSFA 1IO2A 3L2RA 2KW4A 1RTIA 1U47A 3T3FA 4FJMA 4KHNA 1VSJA 1RBVA 1GOCA 3K5NA 1LW0A 3ULDA 3U3YA 4LD0A 3QETA 4OKJA 1L3VA 3O4NA 4HCCA 2HHVA 3L2VA 2G8VA 3OYIA 1Y97A 3G10A 5C24A 1A5VA 3KD5E 1XHZA 1D5AA 2B5JA 4PA1A 4BDPA 4FZZA 3LP3A 2VWKA 2YNFA 5JS1A 3HP9A 1N6QA 3ALYA 3HYFA 2HVHA 4AHVA 4CE9A 1BIUA 3K5MA 4AHUA 3SQ4A 3NGYA 3TAQA 3E01A 4CHNA 1IKYA 3G0ZA 4BACA 4DSEA 1HNIA 3QEWA 1SUQA 1TV6A 2QK9A 4KO0A 4FK0A 3KLHA 2ETJA 3ISNC 4CEDA 2X6NA 3AVJA 2P51A 3AVBA 3SZ2A 1TKXA 2Z1HA 3HPHA 3NAEA 3CYMA 3OJSA 4DFKA 5HLFA 4RW8A 3OYGA 4HCBA 2D0AA 3OS1A 3ZSXA 3OYNA 4KAZA 1J9AA 4DTNA 3C6TA 3UIQA 4DF4A 4NYFA 3CFRA 1BIZA 4E89A 3DM2A 3LWLA 3I0SA 4CF1A 2WONA 4KTZA 4K8XA 1X1PA 2IS3A 3EY1A 4CJ3A 3SUPA 4CEOA 3KK2A 3QESA 2OPRA 4C8OA 4O55A 1S6QA 3KK3A 3ZSWA 3QEVA 4CGIA 4UQGA 3JSMA 1VSDA 4KI6A 3SV3A 3S3MA 4HUGA 4W5NA 2QKKA 4G1QA 3B6OA 2YNGA 5HRPA 1NJXA 4M3XA 1RBSA 4B9UA 2E6MA 4DU4A 3P83D 4ZHRA 1DTTA 1HYVA 4O0IA 4M3WA 4B08A 4FLXA 2O4GA 1KVCA 3V9XA 3SPYA 1TK0A 2OZSA 3AA2A 3AVFA 3ZCMA 3L8BA 4HTUA 2PYLA 3RR7A 1NK0A 4FJ7A 3L3VA 4Z4HA 4OPKA 3A2FA 4E3SA 1RT6A 3PV8A 1NOYA 3TARA 3AVHA 1ASVA 4CGDA 4IFVA 2DFEA 3NHGA 1TKZA 1RBUA 1C1BA 3L3UA 2HNDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DEJA 2V7ZA 1ITGA 2P9IB 3MAQA 1MWKA 4FJ5A 4FWSA 2FSJA 2FF3B 4H0TB 3CMAN 4CW7B 4BROA 5KGWA 5E41A 5C25A 3H1QA 4ID5A 3DLHA 1RT4A 2D5RA 4B8CA 3FZLA 4BR9A 5DMRA 1C1CA 3CCEN 3E9OA 1K8KB 1HNWK 3D45A 3MX5A 3VEVA 1WSJA 2JLEA 3ZSZA 3P31A 4LFCK 4MFBA 2E88A 3BF1A 1LWEA 4KV8A 3QEPA 3OYFA 4LF5K 4CJTA 3ZSOA 3AO4A 1KFDA 3WQUA 3SNNA 4F9OA 1WOQA 1BCOA 4A2BA 1RT1A 2A5XA 4YDUC 2FSNA 4LH5A 4M3UA 4CFDA 4KHYA 1BO5O 3S41A 2Z1JA 4GKKK 4DU1A 3EZWA 3THVA 2BE2A 2UU9K 4DSIA 4FWNA 1D9FA 4CEFA 4RWTA 3ASMA 4CCHA 2KFNA 1JCEA 5K14A 2HHUA 3WNGA 4FK4A 5DM7L 4CVNE 4W5QA 4RTFD 4FJ9A 4JRQA 4OLBA 3IUCA 1XC9A 4Z4EA 3VQ7A 1L5UA 4CIFA 1NGGA 2IGIA 2P9UA 3L4QA 3U3GA 3CCSN 2A41A 4PWDA 4Y0WA 3J7AP 4FW2A 4M41A 3ULEA 4DR7K 4BE1A 3RMDA 2VGMA 3CFPA 5AQGA 5MLCQ 3MWPA 4LSLA 2GBZA 1BDGA 3EE8A 3CCVN 5AQIA 4YY3K 1RFQA 1H1VA 1P8ZA 1RGIA 3AVLA 4A2AA 3OYDA 2V51B 4RG8A 2NRVA 5AZJB 4DR3K 2D0CA 3MMVA 1BCMA 5JVGL 1VSIA 1Q86O 4BR7A 4YOWA 3O1BA 1VSFA 3FZMA 3LPTA 4FM2A 4X66K 4JI1K 1KFSA 1CZAN 2NRWA 4DV0K 3SUQA 4CZEA 3AVAA 4IEIA 4FJJA 4AHCA 1B9DA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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