The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
|
sequence length |
116
|
structure length |
116
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
29
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-12-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV2 K; 4JI0 K; 4GKK K; 4DV3 K; 4X62 K; 1FJG K; 4X65 K; 4DR5 K; 4JYA K; 2UXB K; 4DR2 K; 1HNW K; 1HR0 K; 4DV5 K; 4JI4 K; 4LFC K; 1N33 K; 2UXD K; 4X66 K; 5FLX O; 1XNQ K; 3JAM O; 2E5L K; 3J81 O; 2HHH K; 4LF5 K; 1HNZ K; 4JI5 K; 4JI1 K; 4DR3 K; 1HNX K; 2UU9 K; 4CVN E; 1XNR K; 1IBK K; 3T1H K; 5IT9 O; 4LF8 K; 4LFA K; 4DUZ K; 4X64 K; 2UXC K; 4JI7 K; 4DR7 K; 4YHH K; 4DV4 K; 2UUA K; 2UUC K; 5AJ3 K; 3J80 O; 4OX9 K; 5BR8 K; 4B3R K; 3J7Y P; 1I94 K; 1N32 K; 4AQY K; 4DV1 K; 1IBL K; 5IWA K; 4GKJ K; 1XMQ K; 5A2Q O; 4LF6 K; 4B3S K; 2F4V K; 2UUB K; 1N34 K; 4DR1 K; 3T1Y K; 5LMU K; 4JI6 K; 4NXM K; 5LL6 Z; 4NXN K; 4KHP K; 1IBM K; 4JI3 K; 4LF9 K; 2VQF K; 1XMO K; 2VQE K; 4JI8 K; 5LMN K; 4DR6 K; 4JI2 K; 2ZM6 K; 4DV0 K; 4K0K K; 4LF7 K; 4JV5 K; 4DUY K; 4DR4 K; 4B3T K; 1N36 K; 4B3M K; 4LF4 K; 1J5E K; 4V19 S; 3J7A P; 4CW7 B; 4LFB K; 3OTO K; 4YY3 K; 4DV7 K; 4DV6 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1TUU A; 1VRT A; 4WQ4 A; 3WNF A; 2BUP A; 1EXQ A; 3ZX2 A; 1T3V A; 4DFK A; 4AM6 A; 4R79 A; 3HOS A; 1K8K A; 4LD0 A; 5J2P A; 4RW4 A; 4FW2 A; 2YHB A; 2ASM A; 2VGN A; 4PQU A; 1SL1 A; 1F21 A; 4MQ3 A; 3IKM A; 3O5B A; 1JL2 A; 2JGU A; 1S1W A; 3CET A; 4ISG A; 1REV A; 2Q2R A; 1KLM A; 1VQ4 N; 4BAC A; 3CJ7 A; 1IBK K; 1TGO A; 4FZX C; 3HJF A; 2PBD A; 4H0P A; 3QEV A; 4YHH K; 3KZB A; 1G99 A; 3LP3 A; 5EVZ A; 3WT0 A; 2QWN A; 4OPK A; 3QEP A; 2G8I A; 1CXQ A; 4IFY A; 3WNE A; 4CF0 A; 4LY7 A; 3NF9 A; 4M7Y A; 4CF2 A; 4B1U B; 5IWA K; 1S6Q A; 1U49 A; 1XWL A; 1RGI A; 4FJL A; 1TL3 A; 3O6W A; 4E89 A; 3RMD A; 1DT9 A; 3RWU A; 2E4L A; 4HUG A; 1TK5 A; 2OAN A; 3O3F A; 4NCB A; 3AVI A; 3LP2 A; 2OPQ A; 4B3O A; 3K9J A; 4BE2 A; 4DTJ A; 1HYZ A; 4MFB A; 4N5S A; 3QBX A; 4M3W A; 4O8K A; 2G8W A; 4WFA L; 1C0T A; 4IG0 A; 3H08 A; 2DFF A; 3TTC A; 5BRF A; 1Q82 O; 1NU0 A; 4BC5 A; 4F8R A; 5M1Q A; 1VQ7 N; 5DMR A; 1K8K B; 3OJU A; 5LY3 A; 3AAP A; 3QER A; 1OKJ A; 1RDB A; 2NRV A; 4JD2 A; 3B6O A; 4DQQ A; 2GEL A; 4IDK A; 2GUP A; 1SKS A; 3CCQ N; 4CJP A; 2QWO A; 3K5N A; 3UB5 A; 2D1K A; 1IG8 A; 2FBT A; 3BF3 A; 3L2U A; 1RDD A; 3EY1 A; 4X65 K; 3CCS N; 4M3Y A; 1EX4 A; 4CZJ A; 4DTS A; 4JKG A; 3T1A A; 2RF2 A; 4PL7 A; 3FE1 A; 3L3V A; 2V51 B; 1VSF A; 5FPM A; 3SUN A; 2AP1 A; 3ULE A; 1HKB A; 3HBT A; 2O8E A; 1RCH A; 3AVJ A; 4CIG A; 4XIU A; 4Q0B A; 1D9D A; 2NRH A; 4DLG A; 4H03 B; 4J2B A; 2RE2 A; 1K6Y A; 4MO4 A; 3SUO A; 2Q0U A; 4CEA A; 1NM1 A; 4DKW A; 4LF8 K; 4CJF A; 4CBX A; 1HYS A; 4GV6 A; 4WFN L; 3NHG A; 4ELU A; 3GBT A; 3HSC A; 4CGD A; 3U4L A; 4B1W B; 3I56 N; 1S1U A; 4GV3 A; 4DG1 A; 1VQK N; 1ESV A; 2BTF A; 2OZM A; 1CLQ A; 3DLL L; 2OCE A; 3S3N A; 1VQ6 N; 3TAM A; 1M90 O; 1XUP O; 4OPH A; 1ILY A; 1JXB A; 4BDY A; 3BZC A; 4GMJ B; 4KHQ A; 3OJS A; 4DU1 A; 2FBV A; 1T03 A; 1NKE A; 3QO9 A; 5BPN A; 5K14 A; 2D4W A; 3VA0 A; 1SZ2 A; 4DR1 K; 1R0A A; 1TK0 A; 3KK1 A; 5FRO A; 2KKZ A; 1T8E A; 5FPN A; 3OYJ A; 5C25 A; 4JS5 A; 3K9K A; 3MXI A; 4CFD A; 5AQG A; 3K0S A; 1HQE A; 3VGM A; 2X74 A; 2YI1 A; 5LMN K; 4OO1 J; 1S9E A; 2OPR A; 4JKG B; 3UKU A; 5KPT A; 4DFM A; 1LCU A; 4OGE A; 4B3M K; 1HPM A; 3ULE B; 1J5E K; 5AQQ A; 4A61 A; 4BRQ A; 2W42 A; 1VQN N; 2PY5 A; 3MN7 A; 4CZF A; 4FLZ A; 2E6L A; 3KK7 A; 4AHT A; 3QEI A; 3CC2 N; 1XC9 A; 3SCX A; 1BHL A; 1I3A A; 5J1E A; 4M42 A; 3NMU A; 4BC4 A; 1IG9 A; 4Y0W A; 3KLH A; 4FLV A; 1RBS A; 5GAG P; 5HLF A; 4BG9 A; 3KLF A; 3TAG A; 1KFS A; 3CJ1 A; 5JIC A; 2I5J A; 3ULD A; 1JLB A; 3VQQ A; 4DQI A; 3AO2 A; 3OS2 A; 4CJ5 A; 3JAM O; 1Q9Y A; 4FZZ A; 4B08 A; 1JJ2 M; 3ZT1 A; 4O55 A; 3UIQ A; 3DRS A; 1SL0 A; 5C15 A; 1XNR K; 4YOR A; 2P9N B; 3M3Z A; 4W5Q A; 3THX A; 1NKB A; 4I9L A; 2OPS A; 2VG7 A; 5AQV A; 3E1Y A; 4LH4 A; 4DR7 K; 4WQ4 C; 4B1Y B; 4E3S A; 3AA4 A; 1QVG M; 1NGC A; 1BDG A; 5AQX A; 2Q3S A; 4B3R K; 3LDQ A; 5EU7 A; 4JK9 A; 2XRI A; 3J7Y P; 4PUO A; 3SQ4 A; 2O8B A; 2RKI A; 2G8U A; 4DTO A; 3RRG A; 3OYL A; 1Y64 A; 3UKU B; 4CZL A; 5AQM A; 1G15 A; 2HVI A; 4CZM A; 4B3S K; 1JCE A; 1DGK N; 4IO8 A; 2ZJQ L; 4BRO A; 2Q36 A; 2KHO A; 4FWN A; 1U2V A; 3HK2 A; 4FLU A; 2IS3 A; 3U9D A; 4DU3 A; 1SKR A; 3LAM A; 3A5L C; 4NXM K; 1TAQ A; 1VSK A; 1D9F A; 1HX1 A; 1U45 A; 3HYF A; 1BGX T; 2RPI A; 5AQO A; 2HMP A; 4DF8 A; 2VWJ A; 2ZF5 O; 3VF6 A; 5HOO A; 4JK8 A; 3RMA A; 1BA0 A; 4BC2 A; 2VG6 A; 3TWH A; 4CJ3 A; 3PX0 A; 4LF4 K; 4V19 S; 5CYM A; 4I2P A; 3CFP A; 4CHO A; 2QKK A; 3CJC A; 3I0R A; 2Y1J A; 4MO5 A; 4WE1 A; 3ZYY X; 1H1V A; 4JI0 K; 4N47 A; 3QNN A; 2B5J A; 3TU5 A; 3AO1 A; 3R8E A; 5HRP A; 4OPA A; 3NF6 A; 3PO5 A; 1C0U A; 4GVE A; 3L4I A; 4KFB A; 3NFA A; 1QVF M; 3V1R A; 4DHY A; 3WNG A; 2BE2 A; 4H5V A; 2D0O A; 2VWK A; 3CG7 A; 4K8X A; 2YHX A; 1X9S A; 3KKR A; 2WBN A; 1NJZ A; 5DK5 A; 3AO4 A; 3AVN A; 3S3O A; 3WXJ A; 4JI5 K; 5HRN A; 3NH2 A; 3AVL A; 1NG9 A; 1GLF O; 3DLE A; 4FYD A; 2E6M A; 4YFU A; 3OW2 M; 4CJQ A; 4FK4 A; 2NUB A; 3V9X A; 3PX4 A; 1YJW N; 3BDP A; 5I9E B; 1LWE A; 2F9W A; 1NJW A; 2A3Z A; 4CK1 A; 4B1X B; 3JYT A; 1U2V B; 2UXC K; 2BDP A; 3OHR A; 1TKZ A; 2FSK A; 5KQ8 A; 1BL3 A; 2P9K A; 5C2D A; 3ITH A; 1YUW A; 4FJ7 A; 1C1C A; 2Q97 A; 3NGZ A; 3U8X A; 1T6D A; 4FPB A; 3C7N A; 3DOK A; 1Z25 A; 3TI0 A; 2XY7 A; 1R59 O; 3ZSW A; 4N76 A; 1C0F A; 4FO0 A; 4B1V A; 4MDA A; 1JLA A; 4ILJ A; 4HUF A; 3SPY A; 2E8A A; 3EYZ A; 4DTU A; 3CCL N; 2G8V A; 3QIC A; 3GG4 A; 5JS2 A; 3L2W A; 3AGK A; 4EHU A; 2KZM A; 3OYH A; 2RHK A; 3SLC A; 5JVG L; 3THW A; 4IJA A; 3SMP A; 4FXD A; 1VHX A; 4DTX A; 1NK5 A; 4C8L A; 4DFP A; 4QAG A; 2FLO A; 1RBR A; 1QHA A; 1YXQ A; 1ZBU A; 3P31 A; 3OYG A; 2HVH A; 3VQ7 A; 3SMS A; 4DR6 K; 3ZT3 A; 3K59 A; 5I3U A; 1QQM A; 2PFU A; 3ZSX A; 1Z26 A; 2NRT A; 1MDU B; 1TKD A; 4CJS A; 3VQB A; 4B9T A; 4I9Q A; 2P9U A; 5J2Q A; 4RW7 A; 3MCA B; 1DLO A; 3SK3 A; 4EHT A; 1KC8 O; 5M1P A; 3FFI A; 2FBX A; 1Q8I A; 3TR8 A; 1BOT O; 3TAR A; 4GKK K; 1JLC A; 1SQK A; 1XHZ A; 4B8C A; 3KK2 A; 3BUZ B; 3VTI A; 3CPW M; 4IZ9 A; 4M3R A; 4Z4G A; 3O9Q A; 2GX9 A; 1ZBF A; 4DR2 K; 2IGI A; 3CF5 L; 4FVU A; 4BRH A; 3E9O A; 4FWO A; 1TVR A; 5FLX O; 3DAW A; 3N4Q A; 4HTL A; 4J8F A; 4LSL A; 2HNY A; 3J81 O; 4BRE A; 1RBV A; 2QA4 N; 4ELT A; 3C7N B; 3VQ9 A; 4C1N K; 2UU9 K; 1VK0 A; 3VQC A; 4RWT A; 4BG8 A; 1WBB A; 3FZF A; 2I7N A; 3HPG A; 3U9Z A; 4F3T A; 3AA5 X; 3THW B; 3G10 A; 3LZI A; 4BR9 A; 4H5R A; 4M3X A; 5AQW A; 4YOY A; 3M8P A; 4DTN A; 3NVK A; 4FWQ A; 1JCF A; 3AAR A; 1W9H A; 4FJG A; 3A8Y A; 4CED A; 1U4B A; 3J7Z O; 1SAZ A; 3NF8 A; 3MK6 A; 2E1Z A; 3LPT A; 5C24 A; 5GIO A; 3I55 N; 3KJV A; 4KO0 A; 4PA1 A; 4FJJ A; 3EE9 A; 4CZK A; 1Y97 A; 3DXM A; 5LMU K; 1DKG D; 1RT2 A; 2W41 A; 2NRW A; 4E7L A; 3LWL A; 4CJV A; 3LP0 A; 3VGL A; 1HUX A; 3NH0 A; 5AQN A; 1QQN A; 4I6M A; 4CE9 A; 3RMB A; 4K42 A; 1KAZ A; 3LDL A; 4K0K K; 1LV5 A; 3D45 A; 2ASP A; 3TPQ A; 3NBP A; 3EO3 A; 1NK4 A; 1JL1 A; 3CM6 A; 3HT3 A; 1WBD A; 3QDK A; 2O4I A; 4R5P A; 1QE1 A; 3VEV A; 2R7Y A; 3SZ2 A; 3IG1 A; 3IMX A; 1KD1 O; 3O80 A; 2ETJ A; 2O8C B; 3HO1 A; 2JWL A; 1QSY A; 2V7Y A; 1WSI A; 3LAN A; 4DV7 K; 5HL7 L; 3O08 A; 3P39 A; 1HRH A; 1BWF O; 4EZ9 A; 3KD1 E; 3DWL A; 4H0Y B; 5GAH P; 3VTH A; 2UXB K; 4AF1 A; 4A59 A; 3I8B A; 2HF3 A; 5C12 A; 3TTD A; 3CJ9 A; 2HMI A; 4G9Z A; 3S41 A; 1NGI A; 3TAQ A; 4EZ6 A; 3MWP A; 2P9S A; 1WN7 A; 4BRG A; 2F7T A; 4ZTF A; 3E9P A; 3VGK A; 3SI6 A; 3CC4 N; 4JKH A; 3AV9 A; 3MCP A; 4FOE A; 4DUZ K; 2RN2 A; 2A1R A; 3DYA A; 1VQL N; 2YV0 X; 1U48 A; 3DXM B; 1OH7 A; 4IOA L; 2KLA A; 3ZSQ A; 1BIZ A; 4CIE A; 2B4J A; 4QOZ B; 4CEO A; 4DQ8 A; 1W2B M; 4BGB A; 3RSE A; 5AZJ A; 1C0M A; 4WF9 L; 4PY5 A; 4O0J A; 5CHI A; 4BR0 A; 4FK0 A; 1QQO A; 4H5W A; 4I6M B; 4IJN A; 3O4Q A; 3G4S N; 4B9L A; 4B9Q A; 4FJ9 A; 1X1P A; 1XMQ K; 2GTD A; 3VQA A; 5HRS A; 2HOE A; 4C8O A; 1NNE A; 4KKO A; 3L3U A; 1KCF A; 1YAG A; 2D0P A; 4EFH A; 5FRN A; 1VSD A; 3VQ4 A; 4HTU A; 4B8A B; 4KTZ A; 5T7B A; 4IXC A; 1BIS A; 2FSJ A; 3IAY A; 4DSJ A; 5CR4 A; 3ENH A; 3RR8 A; 3HXM A; 1S1V A; 1A5W A; 1OH5 A; 5KTQ A; 3CJA A; 1C1B A; 3B8A X; 5EXW A; 3OYB A; 4KB1 A; 1IKV A; 2WFB A; 3GL1 A; 2A5X A; 4DCH A; 4KHW A; 2NZT A; 3ISN C; 1TAU A; 4DSE A; 3OYI A; 4WFB L; 2P9S B; 1KVB A; 1FKP A; 3C95 A; 1SL2 A; 3NE6 A; 5EY4 A; 4LSN A; 5AQH A; 1RTI A; 5CYQ A; 1JKH A; 3ATV A; 3HPO A; 3VEW A; 2P5O A; 2GBZ A; 4YOT A; 2KW4 A; 4F4K A; 4WQ5 C; 4PKI A; 1UWB A; 3ATU A; 3QLH A; 3VER A; 3VQ6 A; 1BQN A; 3A0I X; 1GOC A; 2ZJR L; 3CXC M; 5AZJ B; 4BWJ A; 3RSE B; 4A62 A; 3L2Q A; 1ZC6 A; 2D0A A; 4DSI A; 1RBU A; 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1KAX A; 3L0Q A; 1VSM A; 2O8E B; 1P8Z A; 2O8D B; 1K73 O; 4JI1 K; 1NGH A; 1XHX A; 2YKN A; 2F9T A; 3MN5 A; 1ITG A; 3E01 A; 1OVY A; 2OYQ A; 3PX6 A; 3W3D A; 1ASW A; 3C65 A; 4JAX A; 3OS1 A; 1NK0 A; 4AHC A; 4LFA K; 4Y1D A; 4CJR A; 4M7X A; 2HBM A; 4E1J A; 3QNO A; 2QWM A; 2QW9 A; 1RFQ A; 5BR9 A; 1RBT A; 4A5B A; 2OA8 A; 3KHY A; 1WB9 A; 2VWB A; 4FWS A; 3DOL A; 1YI2 N; 3ZSV A; 4IFV A; 3F9K A; 4JEP A; 5AQK A; 3PO4 A; 3WUH A; 4Q5V A; 1S72 N; 2P1J A; 3K5M A; 2Z1I A; 1VQO N; 5TKY A; 1N34 K; 4CZH A; 4YNQ A; 4TSX A; 2DY4 A; 3G25 A; 4NO7 A; 4NCA A; 3DXK A; 4BGA A; 4FM1 A; 3AY9 A; 5LL6 Z; 2E1Y A; 5M1N A; 3FLC O; 4KHP K; 2QWR A; 4HVJ A; 1Q86 O; 1KSP A; 4XH5 A; 3ASM A; 2VQF K; 4CJU A; 2IDO A; 4A2B A; 5BRD A; 2KTQ A; 4C8K A; 5AR0 A; 4DUY K; 3M8Q A; 1QQC A; 1CZA N; 1QZ6 A; 4CGH A; 2QKB A; 1VSL A; 3HVT A; 4CFC A; 4ZHR A; 5B8H A; 3T3F A; 4XH4 A; 4LFB K; 1EWR A; 3C6H A; 3SYZ A; 3KLE A; 2KFZ A; 4YOX A; 1BA1 A; 4PHT X; 2Z1J A; 2DFE A; 4E7H A; 4DWI A; 2G8K A; 4KH4 A; 3CI5 A; 3WEE A; 4IOC L; 2IVO A; 4FJN A; 3SBT A; 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