The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
116
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structure length |
116
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
29
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-12-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1N32 K; 2UU9 K; 4JI1 K; 4DR5 K; 4X64 K; 1IBL K; 4AQY K; 4B3R K; 4LF4 K; 4JI7 K; 4YY3 K; 5LL6 Z; 4X65 K; 2VQF K; 1HNZ K; 4JI0 K; 1N33 K; 4DV5 K; 5A2Q O; 4JI3 K; 4LF9 K; 4JI5 K; 4LF5 K; 4B3M K; 4JI8 K; 5LMU K; 4X62 K; 4DV7 K; 1XMQ K; 4GKK K; 1HNX K; 5AJ3 K; 2ZM6 K; 4DR7 K; 4B3T K; 4B3S K; 4LFA K; 1IBM K; 5BR8 K; 3J81 O; 4X66 K; 2UXD K; 4JI4 K; 4JI2 K; 4DUZ K; 3J80 O; 4DV2 K; 2VQE K; 4DV4 K; 4LFB K; 2HHH K; 4JV5 K; 2UUB K; 4GKJ K; 4DV0 K; 1HR0 K; 4DV3 K; 4DUY K; 3T1Y K; 4CW7 B; 4OX9 K; 4LF7 K; 3J7A P; 2UXB K; 4CVN E; 1XNQ K; 4DV6 K; 4LF6 K; 1FJG K; 4DV1 K; 4DR1 K; 2UUC K; 2UUA K; 3JAM O; 4JI6 K; 1I94 K; 5FLX O; 4KHP K; 3T1H K; 5LMN K; 1N34 K; 2E5L K; 4YHH K; 4JYA K; 4V19 S; 4NXM K; 5IT9 O; 4DR4 K; 1XMO K; 5IWA K; 1HNW K; 4LFC K; 4DR2 K; 4DR6 K; 4DR3 K; 3OTO K; 1IBK K; 2F4V K; 1J5E K; 4NXN K; 4LF8 K; 1N36 K; 4K0K K; 3J7Y P; 1XNR K; 2UXC K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4J2A A; 2CH6 A; 5KPR A; 3TAP A; 3TAB A; 3DRS A; 1SS6 A; 4FM2 A; 3GOI A; 5AZJ B; 4EP4 A; 3WEE A; 3UB5 A; 5KGX A; 4KTZ A; 4MDA A; 4DCH A; 4FJJ A; 1X9J A; 3DM2 A; 3IMX A; 2YKM A; 4MQ3 A; 4ID1 A; 3QER A; 3SI6 A; 3O9S A; 2FC0 A; 3H3N O; 2IVN A; 3U3G A; 4ELV A; 3QIP A; 3VEW A; 3KIO A; 4J2D A; 2D0C A; 3W0L A; 1TYQ A; 3OYL A; 1NG9 A; 5HRP A; 4FZX C; 3FGU A; 5AJ3 K; 3ZSX A; 5AQR A; 2HBL A; 2D0P A; 5AQM A; 3TAF A; 2FF6 A; 1IBM K; 1VRU A; 2YJE A; 3DXK A; 4A59 A; 3MN9 A; 3TSP A; 3MN7 A; 1H1V A; 4CJV A; 3VQ6 A; 1JLQ A; 1T03 A; 4BGA A; 4W5R A; 4BDY A; 5F2R A; 2OYQ A; 4J2E A; 2P9K A; 2XY7 A; 4XEI A; 4H0Y B; 2Y1I A; 4GNI A; 4M63 C; 3VQE A; 4CJ7 A; 2HB5 A; 3HJF A; 3MK6 A; 4IZ9 A; 3SUN A; 2RHK A; 3AVF A; 3LDL A; 1QHT A; 3JAM O; 3OY9 A; 1LWF A; 4DSJ A; 4Z4E A; 2Q3S A; 4FJG A; 3O9U A; 1YVU A; 4CEB A; 3M5R A; 4BRD A; 1D8Y A; 4LY7 A; 3UKR A; 4JD2 B; 4JKB A; 1L3U A; 3VQB A; 2CGK A; 1KAZ A; 3TAG A; 1D9F A; 4BG9 A; 4CK2 A; 1RT1 A; 3A2F A; 4ZHR A; 1VSD A; 1EO1 A; 4ISF A; 3PO4 A; 5AQP A; 1VSK A; 4BRM A; 1CLQ A; 4FVM A; 1N32 K; 3D2E B; 3OA9 A; 2W41 A; 5KPT A; 4CGF A; 4DWI A; 3OS2 A; 4L8R B; 3CCU N; 4B3R K; 4B1W B; 3V9Z A; 3OW2 M; 2P9I B; 4FZZ A; 1JLF A; 1JXE A; 3EO3 A; 3TAQ A; 5BRE A; 4M3W A; 2BGG A; 1VQ8 N; 1HNZ K; 4N76 A; 2ZGZ A; 4OPK A; 4MO5 A; 5CYQ A; 4PWD A; 2H3G X; 4DLE A; 3CJ1 A; 5LMU K; 5ADX H; 3CFR A; 3RMA A; 4Y1C A; 4DFK A; 2ZM6 K; 1HNX K; 2E2O A; 1NGD A; 4OPH A; 3SUQ A; 2QKB A; 4FZY A; 4CJU A; 3H3O B; 4EIA A; 3I8B A; 1YUW A; 3NF9 A; 3DLK A; 2ZF5 O; 2NRV A; 2QA4 N; 1U04 A; 3OYD A; 5CHI A; 1S9E A; 3CCQ N; 3QEX A; 3LPT A; 3MWT A; 2HOE A; 2UUB K; 2XY8 A; 4CK3 A; 4CBX A; 5CE3 A; 4RG8 A; 3FFI A; 1X1P A; 4DV3 K; 4BR0 A; 1GLJ O; 4AH9 A; 3ZT2 A; 1DT9 A; 2QKK A; 2G8V A; 3VQ5 A; 4EFH A; 1VSM A; 1XQS C; 4W5O A; 1TL1 A; 2DTU A; 4W5N A; 4CJW A; 4DTM A; 2FBY A; 2Z1I A; 4RTF D; 3VF4 A; 4CZJ A; 5HOO A; 4BAC A; 3MEE A; 3IFR A; 3DLL L; 2EHG A; 3ZSQ A; 5CY4 A; 4GMJ B; 4XH1 A; 4KHU A; 3LP2 A; 3U8X A; 4JKD A; 1GLD G; 1WBD A; 2ZQB A; 3ZET B; 3ZSO A; 2QWP A; 3RSE B; 1OH5 A; 1JCF A; 3AV9 A; 1J5E K; 4NCA A; 5CYM A; 3VTI A; 4CFC A; 4CHZ A; 1C0G A; 2PBD A; 3D45 A; 3QIC A; 1X9S A; 3C95 A; 2RE2 A; 2F8S A; 1TKX A; 2GBZ A; 4QS8 A; 2KHO A; 1K6Y A; 3ATU A; 5J2P A; 4Z4F A; 5AQW A; 2GWJ A; 3DXM A; 3L2V A; 4F3T A; 4CJT A; 1HQU A; 1EKE A; 3NH0 A; 2BE2 A; 4YY3 K; 1Q9Y A; 3KK1 A; 4NCG A; 4I9L A; 2V52 B; 1BCM A; 2HHU A; 4H5R A; 1ZBS A; 1KAY A; 1RDD A; 3UKU B; 4WYB A; 2W42 A; 3R6M A; 5AQJ A; 4DKW A; 4NYF A; 4KFB A; 1R0A A; 5KRS A; 4BRG A; 2E2Q A; 3L4Q A; 2Z1J A; 2IC3 A; 4O0I A; 3LL3 A; 4E7L A; 1JXB A; 1NWK A; 4FPA A; 4MDB A; 3T1A A; 4WE1 A; 4JN4 A; 2YX6 A; 3AVA A; 5JVG L; 1HKB A; 3RR7 A; 3QBX A; 3I55 N; 2D0B A; 2E2P A; 4BE0 A; 2E88 A; 3DMJ A; 4ISE A; 3NDK A; 4M3Y A; 4CFB A; 4DSI A; 3A5L C; 5DMR A; 4B8A B; 4RW4 A; 2VG6 A; 2P9L A; 3T1Y K; 3QET A; 5BPM A; 2G8U A; 1S6Q A; 3PX6 A; 4FJ8 A; 1W9H A; 1WN7 A; 2P9N B; 2E6L A; 4HUE A; 3W3D A; 3CF5 L; 2Q36 A; 5FRN A; 2AA4 A; 2NRZ A; 4E89 A; 5AZI A; 4CES A; 4DR1 K; 1DLO A; 4B1V A; 3H08 A; 3I0S A; 2XO7 A; 2HST A; 3SAH A; 4HCC A; 3QO9 A; 3THW B; 2OAN A; 1B9F A; 3THY B; 3IDH A; 4FM0 A; 5J2Q A; 2ITM A; 4YHH K; 1QVF M; 4NB4 A; 5KI6 A; 3MX2 A; 4KTQ A; 3UE5 A; 1XC9 A; 4BRO A; 3AVL A; 4LH5 A; 2GWK A; 3BP8 A; 3WT0 A; 1OH8 A; 4OLA A; 1ITG A; 3O4Q A; 2ASP A; 4JKC A; 1HYZ A; 3J7Y P; 3K5N A; 4FK0 A; 1A5W A; 1RT2 A; 2J4R A; 4DS4 A; 2HHQ A; 3G6E N; 4DTP A; 1D4X A; 3K5L A; 1NJW A; 1KRP A; 4JAX A; 4O5F A; 1O1W A; 3TSU A; 4CF8 A; 4LF4 K; 3P4I A; 3LPU A; 5AQS A; 4CHN A; 3U9Z A; 4A61 A; 2I7N A; 3LAK A; 2ZE2 A; 4JNE A; 4FK2 A; 1HKG A; 4U67 L; 3CMA N; 3V6D A; 4DSL A; 4DTS A; 2GEL A; 4LF5 K; 4Q0B A; 2NRR A; 2Q0U A; 4DV7 K; 1QE1 A; 3OYB A; 3GE1 A; 4FWK A; 3U9D A; 1U48 A; 3FZH A; 3L0Q A; 4DTR A; 2AP1 A; 3LP1 A; 4NO7 A; 3CJB A; 1BA1 A; 3CXC M; 3TAR A; 1UOC A; 3LDN A; 3VES A; 1WOQ A; 3VEX A; 1BGX T; 4FJX A; 4HTU A; 4CJQ A; 4DV2 K; 3EN9 A; 4RW6 A; 4H0T B; 2PY5 A; 1QSL A; 3CJ9 A; 4GVE A; 4CJP A; 1NK8 A; 4BRF A; 1C1A A; 4KH4 A; 3E01 A; 2A6A A; 4N47 A; 1VQL N; 4KI6 A; 4ILH A; 4JKG A; 4DUY K; 1U45 A; 3VF2 A; 5HBM A; 4WCE L; 4KHS A; 1QQC A; 3KK2 A; 4FJ9 A; 4OKE A; 1B92 A; 2P9K B; 3VGL A; 1JJ2 M; 2FSJ A; 3SAG A; 3EKS A; 2OTL N; 1JLB A; 4BWJ A; 5HL7 L; 1NGB A; 1S9G A; 1LCU A; 5F0X A; 3HPG A; 2IAJ A; 2QWN A; 3VEO A; 5D3G A; 1BI4 A; 4H5V A; 4YOT A; 3TAE A; 3C7N B; 3DLB A; 3CJA A; 1RFQ A; 2I7P A; 4BRL A; 4B9T A; 4QCL A; 2NLX A; 4BC3 A; 4CBW A; 3HVT A; 2VWK A; 2O8D B; 5I3U A; 1NK6 A; 4PHT X; 3EKU A; 3MN6 A; 5EVZ A; 1Q81 O; 2KKZ A; 3UKR B; 1QQN A; 1OH7 A; 3T3F A; 1KXP A; 2W6L A; 2FBT A; 3NMU A; 4DTJ A; 4F2S A; 2F4V K; 2OPP A; 4O8U A; 4OVL A; 2UXC K; 1U4B A; 4KH5 A; 4JI1 K; 1RBV A; 4DR5 K; 1WSG A; 1EP4 A; 3QLH A; 4HCB A; 3IAY A; 3AO4 A; 5HLF A; 1Z25 A; 4FLZ A; 5C12 A; 3ID8 A; 4X65 K; 4GW6 A; 1W97 L; 4CGD A; 3O4N A; 4KPY A; 1T3V A; 2BUP A; 1QSY A; 2P5G A; 4JI0 K; 4CZM A; 1D9D A; 1S72 N; 1QZ6 A; 2YNF A; 4KHY A; 2GTD A; 4W5Q A; 3P1G A; 3BY5 A; 1KFS A; 4B3M K; 3SYZ A; 5DK5 A; 4KHW A; 3RRG A; 5LY3 A; 3VEV A; 1WSF A; 4U7B A; 3Q7C A; 5FRO A; 1KQS M; 1TVR A; 1IKW A; 4IJA A; 3PX0 A; 3AGK A; 1CZ9 A; 3LDS A; 1K8A O; 3IUC A; 4YFU A; 4ISG A; 3ZT3 A; 3K9K A; 1FK9 A; 3MXJ A; 2F9W A; 3OYK A; 3CPW M; 4FWP A; 4DV0 K; 1S1T A; 3CIP A; 1E4F T; 2OZM A; 4C8L A; 3AVM A; 1VSI A; 5C2F A; 4EZ9 A; 3EZ5 A; 3PV8 A; 3C6A A; 3LZI A; 3K5M A; 3ATV A; 4LSL A; 1EWQ A; 3ENH A; 3MMV A; 4FJM A; 2P51 A; 3MAQ A; 4NCB A; 4FW2 A; 3O9T A; 4BR7 A; 1VAZ A; 3OS1 A; 1E4G T; 2P1J A; 1LW0 A; 2G8I A; 1WAJ A; 1Q18 A; 2ATQ A; 3C0B A; 5AR0 A; 2E4L A; 3MDQ A; 1QVG M; 3HVR A; 1VRT A; 2F8T A; 3KZB A; 1CZB A; 3SUP A; 1KAX A; 3SK3 A; 4BRH A; 3EE8 A; 3KD1 E; 3L2U A; 5AQO A; 4M3R A; 2X6S A; 3VPZ A; 3CC4 N; 1V4S A; 4KHN A; 1ZC6 A; 3A8Y A; 4CEC A; 1C6V A; 2HBK A; 3KWI A; 2HHV A; 4B08 A; 4E7I A; 4F3O A; 2ITG A; 1VQK N; 3DLR A; 3VF6 A; 3FZK A; 3SQ2 A; 3T19 A; 4X64 K; 3ZX0 A; 5E84 A; 2XY6 A; 4OGC A; 1A5X A; 3ZT1 A; 2YHX A; 1U6Z A; 3V9W A; 3M8Q A; 3RWU A; 1YI2 N; 1SKR A; 3LZJ A; 4YNQ A; 1X9M A; 4C8N A; 2O8E A; 4QOZ B; 2P9S A; 4GKK K; 4BR5 A; 4JLH A; 5KQD A; 2WUS A; 3NGZ A; 4BE1 A; 2D5R A; 2O8B B; 3HO1 A; 1TAU A; 2QTD A; 3R3L A; 3K58 A; 4JKE A; 4CZE A; 4X66 K; 3OJS A; 2BDP A; 1RTD A; 3SPZ A; 4DG1 A; 3MCA B; 3L2W A; 2EX3 A; 2A42 A; 1Y97 A; 4BRC A; 2QXF A; 2XHB A; 2JGU A; 2A40 A; 3P31 A; 3VQD A; 4E7H A; 4JV5 K; 1VSE A; 3N4P A; 3O1W A; 4BC2 A; 2HHT A; 2PFU A; 3TR8 A; 4CJE A; 4M7X A; 3J7Z O; 4J8F A; 4IG0 A; 2KQ2 A; 5M1N A; 1HNI A; 3C94 A; 3D6R A; 3BDP A; 1Q9X A; 2GX9 A; 1CZA N; 3SAF A; 3PO5 A; 1LV5 A; 1RBT A; 3L2R A; 4B1U B; 2O8F A; 1S1V A; 1XHX A; 2B5J A; 1IKY A; 2E1Y A; 3SMS A; 1TKZ A; 3A0I X; 5JMV A; 2B6A A; 5TKW A; 4IDK A; 2YCH A; 4KV8 A; 3CCM N; 5C0Y A; 1RDW X; 4KTW A; 4AF1 A; 1TAQ A; 1MA9 B; 2V7Z A; 4CJS A; 3QEW A; 1RIL A; 4FOE A; 4DQI A; 4M7Y A; 3P39 A; 4I6M B; 4M3X A; 4IOA L; 1OVQ A; 3SBT A; 2WOM A; 4CJ5 A; 4B1X B; 3O4W A; 5GAH P; 2O4G A; 3AVG A; 3MN5 A; 3TTC A; 1J5O A; 1BQN A; 1Y64 A; 4E3S A; 3L8B A; 1M1K O; 3OYF A; 5AQU A; 1T8E A; 4RW8 A; 3SNN A; 3HM8 A; 2BTF A; 4B3O A; 2IIR A; 4KBO A; 4FCY A; 5LL6 Z; 3F9K A; 2ASO A; 3DJC A; 3CHW A; 4JRP A; 5FPD A; 3WXK A; 1G15 A; 3WXI A; 1N8R O; 3R9P A; 3VQ9 A; 3CC7 N; 4AHC A; 1SZ2 A; 4FK4 A; 1NM1 A; 2G8K A; 3ZEU A; 4F2R A; 5JIC A; 4K43 A; 4M42 A; 2YNG A; 5FRM A; 1IV0 A; 4RW9 A; 1YTA A; 3J81 O; 4ICL A; 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2F96 A; 5M1K A; 4Z4I A; 4IFE A; 3V4I A; 1KD1 O; 5M1O A; 3AAQ A; 4FVU A; 4Z4C A; 1BQM A; 3HTV A; 3G71 N; 1ZBF A; 4LFA K; 2OPQ A; 3QFP A; 1M90 O; 3OYC A; 4BQZ A; 5TKY A; 1JLE A; 4KAZ A; 3PX4 A; 2QWL A; 4B9M A; 4FJ5 A; 1VQ6 N; 3L4I A; 3H46 O; 3RVC A; 4FL9 A; 4M3U A; 3LAM A; 1ILY A; 4FWM A; 3VEN A; 1GOC A; 1NJY A; 3ZT0 A; 2JWK A; 2WTU A; 2HVH A; 3C6T A; 1NKE A; 4PQU A; 4O44 A; 2PAV A; 1T44 A; 3BF1 A; 3O3G A; 3ULE B; 2A41 A; 3T69 A; 4LF6 K; 1NMN A; 4FJH A; 1IO2 A; 1I3A A; 3P5J A; 2WFB A; 4KO0 A; 5BRF A; 4XH4 A; 4WFA L; 4C8K A; 3ZT4 A; 4BRI A; 4XH5 A; 5AZJ A; 2IDO A; 1BOT O; 1C0T A; 5JS2 A; 1IH7 A; 2HF4 A; 4XIU A; 2GUI A; 1YIJ N; 4B9V A; 2WON A; 1EET A; 2DFF A; 1WAF A; 4NLB A; 4BQL A; 5J2M A; 4CF9 A; 4N41 A; 4DTX A; 4JKF A; 1C0U A; 1WNS A; 1NGE A; 3ITH A; 5AFU A; 2ZJP L; 4OKJ A; 3TSQ A; 3K2P A; 3VGK A; 1DKG D; 4KHQ A; 4F8R A; 3PIO L; 4CGI A; 1SAZ A; 2FLO A; 3THX B; 2HNY A; 2UU9 K; 4FW1 A; 4A5B A; 1W2B M; 1NOZ A; 3KTQ A; 3AO3 A; 4YOU A; 1ZBH A; 2NRX A; 1VQ9 N; 1S1W A; 3AA4 A; 3CFO A; 1EX4 A; 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