3MCPA

Crystal structure of glucokinase (bdi_1628) from parabacteroides distasonis atcc 8503 at 3.00 a resolution
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
363
structure length
355
Chain Sequence
MMYTNDNRIVMTLDAGGTNFVFSAIQGGKEIADPVVLPACADCLDKCLGNLVEGFKAIQAGLPEAPVAISFAFPGPADYQAGIIGDLPNFPSFRGGVALGPFLEDIFGIPVFINNDGSLFAYGEALTGVLPEINRRLREAGSTKRYKNLLGVTLGTGFGAGVVIDGELLRGDNAAGGYVWCLRNKKYPEYIVEESVSIRAVMRVYAERSGDAGARTPKEIFEIAEGIRPGNREAAIAAFEELGEMAGDALASAITLIDGLIVIGGGLSGASKYILPVLLKEMNAQTGMMQKEVYDLDEEKSFAGFARGEAVEVLVPGTNRKVGYDPCKRIGVTFSKQGANRSIAMGAYVFALNHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Glucokinase
publication title Crystal structure of Glucokinase (BDI_1628) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 3.00 A resolution
rcsb
source organism Parabacteroides distasonis
molecule tags Transferase
total genus 100
structure length 355
sequence length 363
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3mcpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3mcpA02
1TUYA 4BRNA 5TKYA 1ZXOA 2F9WA 2D0PA 2HF3A 4M7YA 4H0OA 3L4IA 1V4SA 3A5NC 3A5MC 4M7XA 2P9IA 4O5FA 4RWTA 3MDQA 5ADXA 3MMVA 4CBUA 3VF4A 1KAZA 4QS7A 2ASMA 1H1VA 4BC4A 5AZIB 4BGBA 3A0IX 4H0VB 2OANA 3DXMA 3FZFA 2DPNA 2NZTA 3SMSA 1SAZA 3FE1A 3GG4A 1KXPA 4YDUA 1X3MA 5E84A 5AQGA 4BVPA 1QQNA 1QQMA 2FSNA 4GY2B 4BR7A 1BWFO 2ASOA 2E2NA 3CQYA 1T6CA 2FSKA 1DEJA 3D2FA 5AQSA 1GLFO 1HX1A 3UB5A 1KAXA 1NGCA 1ATSA 4BR5A 3W3DA 1NMDA 1GLJO 2YI1A 3BUZB 4E1JA 3P4IA 2QWNA 2W40A 2IVPA 3O08A 4FWPA 3ZX2A 4BR9A 1NGFA 2Q97A 4BRAA 4EHTA 5KPZA 1ATRA 1LCUA 3FLCO 4XH4A 4H5NA 2FXUA 3I33A 5JLFA 2ITMA 1BA0A 5B8HA 3H1QA 4BRCA 3EKSA 3RSEB 3LDQA 2D4WA 3GBTA 4B1YB 3DJCA 3FR0A 3MN9A 5BPMA 3ZETB 1HLUA 1LOTB 1ZC6A 3CJCA 4DCHA 1QZ5A 3M6GA 5AQWA 2QWLA 3CJAA 3HZ6A 4BRLA 1QQOA 1NGHA 2GWKA 4JN4A 4FWSA 3ULEB 1P8ZA 4FWLA 2YHYA 3O5BA 5I9EB 5BREA 1GLBG 3WEEA 1NGEA 1IG8A 4O8KA 4EAHD 3ZEUB 3FFKB 3O4WA 1R59O 2Q2RA 3FZKA 3H3OB 2Q0RA 2QWPA 5EVZA 4FO0A 4BRMA 5EXWA 3U4LA 1NGIA 3VEZA 5AQMA 4IZ9A 1TYQB 3ZX3A 4MLHA 2KHOA 4CZFA 4CZHA 5LY3A 3CHWA 3KVGA 3CIPA 3LDPA 4QS8A 5AQQA 3RSEA 4H03B 3MCPA 1SQKA 1GLDG 3C0BA 3ZETA 2Q0UA 3HM8A 4EFHA 3DAWA 4AM7A 2IIRA 3LDLA 3U8XA 5AZJB 1EQYA 3BF3A 1KAYA 3O6WA 2GEMA 3LL3A 2ZGYA 4BQZA 3ULEA 1WOQA 4FWQA 2BTFA 4IJAA 4K43A 3U9ZA 4Y0WA 3ZEUA 3EO3A 1X3NA 5BN9A 4BREA 1QHAA 4NO7A 3ENHA 3HI0A 2A42A 2P9LA 5FPDA 5AQYA 5F1XA 3VGMA 4BC3A 2CGKA 1YUWA 5AQHA 4BRFA 1TYQA 5FPEA 4FOIA 3BF1A 3HSCA 3O1BA 3C7NB 3O80A 4JHDB 5AQOA 1OKJA 4FSVA 3IFRA 2E2QA 5KQ8A 3FZHA 4DQ8A 3O1WA 1MA9B 1NBWA 2E20A 2H3GX 1NGJA 4KBOA 4C23A 1YAGA 3H46O 3MN6A 1BA1A 3VEVA 3GOIA 1NLVA 1S22A 4BC2A 2A5XA 1Z05A 3AY9A 4NB4A 3FGUA 4EIAA 1SZ2A 1HPMA 1DKGD 3IUCA 1HKBA 2UYTA 5AZJA 3WEEB 3L6QA 2VCPA 2YCHA 2NLXA 3MK6A 2I7PA 3QDKA 3QICA 2E88A 1BUPA 5JICA 3BP8A 1HJOA 3ENOA 5AQXA 3VESA 4WQ5C 4JD2B 5BRFA 4FWNA 3QFUA 3VOVA 5BR9A 5AQLA 3UKRB 2EWSA 3CJ1A 4L3QA 5AQRA 4I6MB 3HBTA 5CE3A 2PAVA 3VEWA 4WQ4C 4RCHA 4JNEA 1ESVA 5AQZA 1G99A 2HMPA 3C7NA 1DGKN 4JHDA 4ISEA 3F9MA 4FWRA 3BEXA 1RGIA 3KHYA 5ELZA 4BR4A 3EZWA 3VEYA 3OHRA 4BG9A 2P9SB 3VPZA 4EHUA 4FPAA 4H0PA 4BRPA 3VENA 1ATNA 4B1ZA 3UKUB 3SK3A 3MN5A 4HWIA 3R6MA 4RTFD 4ISGA 3M3ZA 3TPQA 4A2BA 2P9KB 3W0LA 4A62A 3J8AA 5AR0A 2E1ZA 3ZX0A 4FWMA 5LJVA 1TUUA 2P9LB 2Q1NA 4YDUC 3G25A 4PKGA 2YHXA 5AQFA 2CH6A 4JD2A 5FPNA 4BRHA 4BC5A 2V7ZA 2ZGZA 2FSJA 2A6AA 2VWBA 3UKRA 5JMVA 4I6MA 4BGAA 4CBWA 2YJEA 3CJ7A 4H0YB 3D2EB 1RFQA 4B1WB 5BPNA 3ID8A 5AQVA 4IJNA 1ZBSA 1MDUB 4BRKA 4FPBA 4BRGA 2E8AA 2ZWHA 2GELA 3VGLA 4ISFA 2P9PB 2P9SA 3WXIA 4AM6A 4H5VA 1NGDA 4BRQA 2GWJA 3VETA 2NRHA 2QM1A 1BDGA 1J6ZA 3UKUA 3GE1A 1K8KB 3VEXA 4IWVA 1RDWX 4H5TA 4MLEA 2P9KA 2CGLA 4H5WA 5KPTA 3AAQA 3CERA 4H5RA 2HF4A 3CI5A 2QWOA 4B1UB 3LDOA 4IXCA 1U2VB 2A40A 2WUSA 1NWKA 1Y64A 1CZAN 5AQIA 4MO5A 2VYPA 4DB3A 2A3ZA 3DXKB 3ATUA 4XH1A 3VERA 4XEIA 2W41A 3L0QA 2E1YA 3H1VX 3SMPA 5AQNA 5KPRA 2ZF5O 5AQKA 4CI6A 1GLLO 3A8YA 5F2RA 1XQSC 3D2EA 4PL7A 4PL8A 3CQXA 3ATVA 1NGGA 1T6DA 1X9JA 1QZ6A 3VEOA 2QWMA 3EN9A 1YXQA 3R8EA 1NGAA 2ASPA 2FF3B 2P9PA 4FWKA 2D1KA 5AQPA 3QFPA 4F9OA 3FZMA 2QWRA 3IMXA 3CJBA 3H45C 2QWQA 2V51B 2P9NB 5BRHA 3DWLA 2HOEA 1K8KA 3VF6A 4K41A 5AQUA 1D4XA 5FPMA 4BG8A 3QB0A 3WXKA 4LC9B 4HTLA 3JXUA 5ADXH 2QXLA 4BR2A 3MN7A 1U2VA 1BOTO 3AAPA 3AARA 3CETA 3R9PA 1GLCG 4BR0A 3WQTA 3UE5A 3DXKA 4BVOA 4B1VA 4CZGA 1E4GT 4CZEA 3FZLA 4A61A 3LDNA 3O8MA 4H0XB 3EL2A 4J8FA 5BRDA 1NM1A 1T44A 4BROA 2D0OA 3VF2A 4K25A 3H3NO 5LJWA 4XH5A 3SJHA 4B9QA 4FWOA 3GL1A 3A5OC 2FF6A 2V52B 1NGBA 2P9UB 1Q18A 3QMLA 1XC3A 4JAXA 3HTVA 4PKHA 2Q31A 5AZIA 4CD3A 2P9NA 2GTDA 2V7YA 5JLHA 2IVOA 3LM9A 4CZLA 1GLEG 5F0XA 1WUAA 2FLOA 3WXJA 4GNIA 2J4RA 3M1FA 1MWKA 3VGKA 2PBDA 1JCFA 3D7EO 5BPLA 2I7NA 1JCGA 2IVNA 4IO8A 3WQUA 4B1XB 5E26A 4WYBA 4BQLA 1E4FT 3I8BA 4K42A 4BRDA 2Q36A 4A2AA 5AQJA 3KZBA 1V4TA 3A5LC 4H0TB 2AA4A 2F9TA 4DHYA 4MO4A 4PKIA 3QBWA 5AFUA 3IDHA 1BG3A 2P9IB 3U9DA 1U6ZA 4Z94A 1YVNA 3S41A 1BU6O 4CD1A 5KQDA 1IJJA 1MWMA 1HKGA 3QBXA 4CBXA 3WUHA 4CZMA 4CZIA 2CGJA 2P9UA 3CJ9A 5EY4A 3GDQA 2E2OA 4FL9A 3DXMB 2AP1A 3WT0A 5EX5A 2E2PA 4CZKA 1HKCA 2GUPA 4M63C 1BO5O 2YJFA 5AQTA 1C0FA 1S3XA 2YHWA 3SLCA 4WQ5A 5AFUH 2QW9A 5EOYA 1Z6RA 4QS9A 1C0GA 2A41A 3H6EA 4CZJA 5BN8A 3TU5A 2BUPA 3B8AX 3D2FB 2CH5A 3LM2A 4CJ7A 3EKUA 4WQ4A 3WXLA 1JCEA 1HUXA 1XUPO 1GLAG 4BRIA 3JS6A 4FOEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1M90O 1TUYA 1N32K 4CJTA 4BRNA 1U04A 3TANA 2HB5A 1XMOK 4UY8O 2F9WA 3RTVA 2HF3A 4H0OA 4OPJA 4ZTJA 4O5FA 2O8CA 3MDQA 5CY4A 1VHXA 4CBUA 3VF4A 1KAZA 5JVGL 3SYZA 3AA3A 4IG3A 4CVNE 4BC4A 3HM9A 4B3SK 3D6RA 3PY8A 1HPZA 3C6HA 1JLFA 3FZFA 4AQYK 1JLCA 1SAZA 3GG4A 3OBWA 2DFHA 2ZD1A 4DUZK 1XHZA 2FSNA 4BR7A 1UWBA 4PHTX 4JI2K 3QETA 1BL3A 2FSKA 2VG5A 1DEJA 4AF1A 3CCUN 3QEPA 3TARA 4H4OA 5AQSA 3UB5A 1BCOA 4DTPA 2HHSA 4IOCL 4KTZA 4W5TA 4LFAK 4O5BA 1WSHA 3ZT3A 4WF9L 1SS6A 4B9SA 3KWGA 4IOXA 2HVHA 1QVFM 3ZX2A 3SUQA 5KPZA 3QEWA 1ATRA 4H5NA 2OPQA 4DSLA 1JLQA 1S6PA 3H1QA 4JI4K 5B8HA 2HHWA 1FKPA 3F2KA 3EKSA 3NF9A 1SV5A 1VSEA 1NK7A 3LPTA 3KK7A 4DR1K 1Z26A 1LOTB 3C6AA 1BIZA 3L2RA 4DR6K 1QZ5A 1YT3A 3M6GA 2WONA 3T1HK 2RHKA 3CJAA 3HZ6A 4JN4A 4YOYA 2RN2A 3P83D 5T7BA 1P8ZA 3VQAA 2UUBK 2E4LA 5BREA 3ZSRA 3CD6N 3V9UA 3DLGA 4OGCA 3ZEUB 1VQ9N 2P1JA 3NH2A 1R59O 2Q2RA 3R1XA 3H3OB 2QWPA 1CZBA 4OPAA 4JKDA 1LV5A 3U4LA 1JXBA 1NGIA 3VEZA 1XC9A 1N36K 2YKNA 4IZ9A 2O8BB 1ZYQA 4N41A 2W6KA 4JKHA 3ZT0A 2KZMA 4BACA 2KTQA 1TYQB 3TI0A 4OVLA 4I2QA 4GKKK 4CZHA 1J5OA 1IV0A 4DQPA 4E19A 1TK0A 2RKIA 3RSEA 2ZE2A 1X9SA 4JYAK 4QAGA 3SQ1A 3RR8A 3U8XA 4YORA 4MFBA 4LFCK 2HHQA 3SBGA 3SUNA 1KAYA 2E5LK 2HHVA 3SAHA 4KAZA 3LL3A 4KKOA 3ULEA 2ZJQL 4M41A 4JKEA 2BTFA 4JKCA 4Y0WA 4FJKA 1TL3A 3ENHA 5C12A 4KH5A 3HI0A 2O4IA 3DLBA 1NJZA 3KLHA 1QE1A 5AQYA 5F1XA 3VQ7A 3CCSN 1YF5L 1CXQA 3F5TA 4DTNA 4JI5K 3LAKA 4FOIA 3J7YP 4Z4HA 5KGWA 1IKYA 2KLAA 3OYAA 1J53A 5KQ8A 1U4BA 4XIUA 3O1WA 3AO1A 2H3GX 2E20A 3MN6A 1BA1A 1NLVA 1S22A 4X64K 3FGUA 3MEDA 4CEZA 2HBLA 1YITN 2B6AA 2VCPA 3THXB 2P5GA 3HYFA 3E9OA 4LF4K 1Q82O 4OX9K 3QDKA 5HL7L 1JLGA 1K8AO 2ZM6K 1G15A 3SV4A 4E1MA 1HJOA 3ENOA 3VQ6A 3G4SN 3S3OA 4FWNA 5BR9A 2XY7A 3T69A 5HRSA 2UXDK 3VEWA 4JKGA 2F4VK 1X1PA 4RW4A 1NOZA 4G9ZA 4O44A 3C7NA 4FWRA 4NYNA 3OYFA 2O8EA 4BR4A 2P9SB 4FPAA 4H0PA 3PIOL 3VENA 1WSEA 2WBNA 3LALA 1VK0A 3SK3A 3MN5A 3R6MA 3VQ9A 3MXIA 3TPQA 2YHBA 1VRTA 4GV3A 4B3TK 3CF5L 2E6LA 2IC3A 2E1ZA 1GOCA 4QCLA 3ZYYX 1NKEA 4KRFA 1TUUA 4B8AB 1NJYA 2VQEK 5FPNA 4FJNA 4FZZA 4E0DA 1BGXT 1HYSA 2FSJA 5AJ3K 3UKRA 4I6MA 1RT1A 4CGDA 2VGNA 1HRHA 4CF2A 3QERA 1KLNA 3ID8A 2OZMA 1WLJA 1ITGA 4IJNA 3JSMA 4M3UA 4BRKA 2E8AA 4ISFA 1DT9A 1YVUA 3J80O 4H5VA 3OYIA 2R7YA 4B8CA 1BDGA 1J6ZA 3OYCA 4CGGA 1HJRA 3OVNA 4IWVA 3D0PA 5KPTA 1SUQA 1VSKA 3AAQA 3CI5A 1LWCA 4HTUA 5C0YA 1D8YA 4ZTFA 3O3FA 2WUSA 3OS2A 3O3HA 4BE2A 3RMCA 3AV9A 5GINA 4MO5A 3T1YK 2VYPA 4K8ZA 4DV2K 3ATUA 2NRXA 2F96A 5J2MA 2HVIA 2E1YA 3H1VX 3SMPA 5AQNA 4CECA 3SAGA 1GLLO 1RBTA 5F2RA 4IO9L 4CFCA 3VEOA 1QZ6A 3P5JA 2QWMA 3EN9A 1JL2A 1WAJA 4KREA 4CK1A 2ASPA 4R79A 2GX9A 4CJKA 2P9PA 3EYZA 1RT4A 1NU0A 2D1KA 3QFPA 5AQPA 3FZMA 4DR5K 4GKJK 3WNGA 3CCEN 3LP2A 3TAMA 1RT7A 1RILA 4F2SA 4UQGA 3QESA 1O1WA 1TV6A 4HTLA 5ADXH 3MN7A 3SCXA 3AAPA 4Z4GA 1BHLA 1JKHA 3G10A 4OLBA 4E7LA 1HYVA 4LSLA 4CJVA 1QS4A 4KV8A 1ASWA 3EE9A 2PYJA 1UAXA 4IFYA 4CZEA 3SQ0A 5HOOA 3FZLA 1RTJA 3L2WA 3QO9A 3EL2A 4J8FA 3PX0A 3PX6A 2G8FA 3VF2A 4E89A 4K25A 3NVKA 3ZT2A 1CLQA 4CJWA 3QLHA 1UA1A 4FWOA 1L3VA 1W97L 3GL1A 3A5OC 2V52B 3ZSYA 4OGEA 4AHVA 5JVHL 3IRXA 4FM2A 4JAXA 3V1RA 4B9UA 2HNZA 2X78A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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