3MCPA

Crystal structure of glucokinase (bdi_1628) from parabacteroides distasonis atcc 8503 at 3.00 a resolution
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
363
structure length
355
Chain Sequence
MMYTNDNRIVMTLDAGGTNFVFSAIQGGKEIADPVVLPACADCLDKCLGNLVEGFKAIQAGLPEAPVAISFAFPGPADYQAGIIGDLPNFPSFRGGVALGPFLEDIFGIPVFINNDGSLFAYGEALTGVLPEINRRLREAGSTKRYKNLLGVTLGTGFGAGVVIDGELLRGDNAAGGYVWCLRNKKYPEYIVEESVSIRAVMRVYAERSGDAGARTPKEIFEIAEGIRPGNREAAIAAFEELGEMAGDALASAITLIDGLIVIGGGLSGASKYILPVLLKEMNAQTGMMQKEVYDLDEEKSFAGFARGEAVEVLVPGTNRKVGYDPCKRIGVTFSKQGANRSIAMGAYVFALNHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of Glucokinase (BDI_1628) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 3.00 A resolution
rcsb
source organism Parabacteroides distasonis
molecule tags Transferase
molecule keywords Glucokinase
total genus 100
structure length 355
sequence length 363
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3mcpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3mcpA02
1JCEA 2QWLA 4EHUA 3VGMA 3JS6A 4M63C 5AQPA 1JCFA 4H0VB 1NGJA 4MLHA 1GLAG 2GELA 2VYPA 3UKRA 3VETA 3KHYA 1GLCG 1U6ZA 2QWRA 3LDQA 4Y0WA 1WOQA 1ZBSA 1GLDG 2PAVA 5EVZA 1NGEA 4L3QA 1SQKA 3MN6A 2V7ZA 2ZGYA 2FSNA 4BC5A 4BGBA 1X3MA 3HTVA 3R9PA 2FLOA 2D0PA 3S41A 5F2RA 4QS7A 4IZ9A 1GLEG 2NRHA 3CI5A 3H1QA 3CIPA 5AZIA 2QWNA 1NGDA 3A5OC 3H6EA 4CZLA 1HKCA 3WEEA 5LJWA 1MDUB 4QS8A 2ZGZA 3C7NB 1IJJA 3VERA 1CZAN 1XUPO 1YVNA 3WXJA 4A2BA 5AQJA 5AQOA 4F9OA 1NGBA 1Q18A 1ZC6A 3UKRB 1X3NA 3R6MA 3UKUA 3U9DA 4PKHA 5EX5A 5FPMA 5KPTA 5BN9A 3U8XA 2Q1NA 3GBTA 3HSCA 5AZIB 3VPZA 1MA9B 1NGGA 3CJCA 3WUHA 4M7YA 3M6GA 4BRPA 4O5FA 4KBOA 5AQQA 3UE5A 5F0XA 1KAYA 3F9MA 5AQIA 3DXKA 3O6WA 4FWSA 3ZEUA 3HM8A 3CETA 3IDHA 4BRCA 2QWMA 3EKUA 4IWVA 4NB4A 5AQSA 2CH5A 4WYBA 2WUSA 4WQ4A 4WQ5C 3O8MA 3VEZA 1TUUA 1T44A 5B8HA 3QMLA 2E2PA 4JN4A 3RSEB 4JD2B 4XH5A 3SMPA 1WUAA 3DAWA 4BR9A 4CZHA 1Z6RA 4RTFD 2BUPA 4I6MA 2IIRA 3ID8A 5I9EB 3WT0A 4H03B 2CGJA 5AQMA 1BA1A 2A42A 2KHOA 1SZ2A 2IVOA 3KZBA 2F9TA 3LDLA 4FWPA 5AQRA 3TPQA 2FXUA 2A3ZA 3EKSA 3BEXA 3QFUA 3ENOA 4H0OA 3AY9A 1NGFA 3MN7A 1NGAA 4B1XB 4PL8A 3GOIA 3D2EB 4B1VA 4CI6A 2A41A 1E4FT 4IO8A 4BRNA 2NLXA 3MN5A 2CGKA 2W41A 4JHDA 2ASPA 4B1UB 4JNEA 5BPLA 3O4WA 3J8AA 2YHXA 3MCPA 3MMVA 4YDUA 5BRDA 5KQDA 2E8AA 2GWKA 2EWSA 1HPMA 5ELZA 1S3XA 5AFUA 1GLLO 1SAZA 5AZJA 4CZIA 3EZWA 4ISEA 5AQWA 4CZGA 2V7YA 4WQ5A 4CZEA 2GUPA 5AQKA 3ZX3A 1MWKA 5E84A 4BRGA 3OHRA 4B1ZA 4BRHA 2NZTA 1BO5O 2D4WA 4H0PA 5CE3A 1TYQA 2E2NA 4RWTA 3ATVA 3FZKA 5JLFA 3IMXA 3JXUA 3U9ZA 1GLJO 4BVOA 3BF3A 4CZFA 4H5TA 3SK3A 3FR0A 2FF6A 2QW9A 1QHAA 3GE1A 3L4IA 4JHDB 5BR9A 3BUZB 4FWOA 2IVNA 2I7PA 2QWOA 4BROA 3VGLA 2HOEA 3FZLA 4K41A 5AQUA 2OANA 5ADXH 2ASOA 3VF4A 5BRHA 3G25A 5F1XA 4GNIA 5EXWA 2HF3A 4H0XB 4FWQA 4FPBA 3SMSA 3WEEB 5AQZA 4FWKA 1DEJA 2AA4A 4Z94A 4A62A 2P9IA 3CJ9A 3H3OB 4NO7A 2CH6A 1HLUA 3U4LA 3FFKB 1LOTB 3GG4A 2YI1A 3LDOA 4PKGA 2E1YA 4CBUA 3SLCA 3FE1A 3MN9A 2Q97A 4HTLA 3H3NO 1ATNA 1DKGD 2H3GX 2W40A 4ISGA 3L0QA 3LL3A 3VESA 4BQLA 3QBXA 1XC3A 5AQLA 4BC2A 1Y64A 4BR5A 3WXLA 3VEXA 4BRIA 1RFQA 4PKIA 4BRFA 2E2QA 3CQYA 3W0LA 2D1KA 3FZMA 3DXKB 3CERA 1HX1A 4CD1A 4RCHA 4BR7A 2YHYA 4CBXA 3H45C 2Q31A 4XH4A 4YDUC 3DXMB 1GLFO 4AM7A 3QDKA 4H5VA 2HMPA 5TKYA 4FL9A 5AQGA 4BG8A 3CJ7A 3WXIA 3ULEA 3ZETA 2D0OA 3EN9A 3W3DA 4E1JA 3UKUB 3IFRA 3A0IX 3IUCA 3HI0A 3H46O 2GTDA 4XEIA 1IG8A 3I8BA 5AQVA 1BA0A 1V4SA 4BVPA 1U2VA 1NM1A 1H1VA 4FWLA 2YJFA 4IJNA 4BRDA 3C7NA 3D7EO 3L6QA 4C23A 1BDGA 3A8YA 5BRFA 3UB5A 2P9PB 2ITMA 5BPNA 3EO3A 2I7NA 2QWPA 4WQ4C 4PL7A 1ATRA 5E26A 5EOYA 3D2FB 3TU5A 4EHTA 4BC3A 4A61A 1NLVA 4CBWA 3QBWA 4K43A 1DGKN 2P9LA 3LDNA 3ZX2A 1ESVA 4DHYA 3O1BA 1S22A 4H5RA 3VF2A 3M3ZA 1LCUA 2Q2RA 4BR2A 1NWKA 4FWRA 3AAQA 4BQZA 2YHWA 3GL1A 1BU6O 2P9PA 1C0GA 1P8ZA 3O1WA 1ATSA 3VEOA 4BREA 3CJAA 1YUWA 1QQNA 2ASMA 2A5XA 2Q0RA 4IJAA 1BOTO 4K25A 3D2FA 2YJEA 4FOEA 2IVPA 2P9IB 1RDWX 4BRAA 1TYQB 3FLCO 4H5WA 4BR0A 3MK6A 5AQXA 2DPNA 3AARA 4IXCA 2E2OA 3WQTA 2V51B 3VOVA 2V52B 4JD2A 1Z05A 1BWFO 4A2AA 4FOIA 2AP1A 2J4RA 4BR4A 3GDQA 3VEWA 3VEVA 1D4XA 4CZJA 3FGUA 1HUXA 4ISFA 4B1YB 1NGHA 3A5LC 4M7XA 3ENHA 4O8KA 1V4TA 3B8AX 2QM1A 4BRMA 2BTFA 1KXPA 2Q0UA 1J6ZA 1GLBG 4QS9A 1QQOA 5AQHA 5JICA 1E4GT 4MO5A 3QB0A 2QXLA 2GEMA 1C0FA 3EL2A 3MDQA 4BG9A 4LC9B 2P9KB 3BP8A 5FPDA 1BG3A 4DQ8A 4J8FA 1RGIA 1NMDA 2VCPA 4CD3A 3QICA 5AFUH 3WXKA 1JCGA 3LM2A 5ADXA 4CZMA 4BRKA 1HKGA 3ATUA 3WQUA 3A5MC 3ZX0A 4HWIA 2YCHA 4DB3A 3I33A 2P9NB 3CQXA 2HF4A 3KVGA 3LDPA 5FPEA 2VWBA 5AQYA 1T6DA 5AQFA 1HJOA 2A6AA 4K42A 4B1WB 5AR0A 3RSEA 5JLHA 3CHWA 4FPAA 2P9KA 2E88A 4EAHD 3O80A 3CJ1A 4BC4A 1R59O 3FZFA 3HZ6A 1BUPA 5FPNA 3CJBA 4FO0A 2P9SA 5LY3A 3ULEB 3P4IA 2E1ZA 5BPMA 5LJVA 2ZWHA 4JAXA 2A40A 3DWLA 2E20A 4FWNA 5EY4A 3ZEUB 1EQYA 3BF1A 1U2VB 3H1VX 4EIAA 4CZKA 2P9UB 2UYTA 4GY2B 2FSJA 3D2EA 4DCHA 5KQ8A 1NGCA 4MLEA 4H5NA 2CGLA 5KPZA 4B9QA 4BRQA 1HKBA 5JMVA 2P9LB 2Q36A 5AQNA 3VGKA 5BN8A 1QQMA 2QWQA 2GWJA 2P9NA 3AAPA 4BRLA 1NGIA 2FSKA 3VF6A 1ZXOA 4EFHA 3VEYA 3VENA 3DJCA 4CJ7A 5KPRA 1QZ5A 2P9UA 3O08A 3O5BA 4BGAA 1YXQA 2FF3B 1OKJA 3FZHA 5BREA 1K8KB 2F9WA 1KAZA 4FWMA 5AQTA 2ZF5O 4XH1A 1KAXA 4H0YB 1T6CA 3R8EA 3M1FA 1QZ6A 1K8KA 3DXMA 1XQSC 3QFPA 1YAGA 1G99A 4MO4A 2P9SB 3C0BA 1X9JA 3ZETB 1MWMA 3A5NC 4H0TB 1NBWA 4AM6A 2PBDA 5AZJB 4I6MB 3LM9A 4FSVA 3SJHA 3HBTA 1TUYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1I3AA 1HR0K 4EHUA 3VGMA 1LWEA 3RMAA 4JKAA 1NGJA 4MLHA 2ZM6K 3KLFA 4L8RB 3KHYA 1N34K 1C0TA 1U6ZA 2QWRA 4JK7A 3TANA 1T03A 5J2MA 1WOQA 3QEWA 1GLDG 5EVZA 1NGEA 4L3QA 3U3GA 1NJXA 3MN6A 2ZGYA 2FSNA 4BC5A 4NYFA 2HVIA 4YOTA 1D8YA 4DTRA 5F2RA 3CI5A 1IV0A 3H6EA 1HKCA 4JV5K 1LAVA 3LP2A 4QS8A 2ZGZA 3ZSOA 3QIOA 5M1OA 3CFOA 3SUNA 3WXJA 4F9OA 4CEFA 1NGBA 1ZC6A 2X6SA 3LWMA 3VA0A 2Z1JA 3CG7A 1VAZA 4WE1A 3U8XA 1BCMA 4LD0A 3HSCA 2UUAK 4E7KA 3I0RA 4M7YA 3WUHA 1B92A 4MDAA 3LPUA 3VQCA 3QNOA 4YOUA 3F9MA 5AQIA 3S3MA 3O6WA 5H1SQ 3OBWA 1D9FA 1OH6A 2E4LA 4AF1A 3Q7CA 3TTFA 2XY6A 4PUOA 4DF8A 4BY9C 4IWVA 3L2UA 4AHTA 3O8MA 4ICLA 3VEZA 4HHTA 4JN4A 1LW2A 2YNHA 3HPGA 3MEGA 4V19S 1DT9A 4FZZA 4BR9A 4CZHA 1Z6RA 2BUPA 1XC9A 4FLWA 1S1XA 1TKXA 2HNYA 1BA1A 5AQMA 2FBVA 3RMBA 2IVOA 3KZBA 2F9TA 4F2SA 4H0OA 3AY9A 3ZT4A 3SYZA 3HOSA 3THYA 3AVLA 3L8BA 4DR2K 1WSFA 2A41A 3NH1A 3E9LA 4BRNA 2O8EB 4KH6A 3BZCA 2CGKA 1L3SA 2W41A 3J81O 2ASPA 4N76A 4OKKA 4KHYA 4JNEA 3O4WA 3ZSXA 1S5JA 2E8AA 2GWKA 1CZBA 4JI7K 4LH5A 5AQWA 1NK7A 4WQ5A 4DS5A 4C8KA 2A1RA 4CEEA 5AQKA 4BRGA 1ILYA 3CCVN 2YHBA 4H0PA 3ZT0A 3AO2A 3DRPA 5JLFA 1RTIA 3CPWM 1VQ9N 4BVOA 1KCFA 2X6NA 3I8DA 3FR0A 4KHUA 3CPEA 3DLBA 2P1JA 2NRXA 4N47A 2B6AA 1LAWA 4F8RA 4DTSA 1S6QA 1JXEA 3VGLA 5DM6L 5GAHP 2OANA 5ADXH 4AQYK 1GOAA 4FK2A 2RE2A 1ZBIA 4FJMA 4N41A 3HP9A 3QEPA 4FPBA 3ZSYA 3NHGA 4KHQA 1DEJA 4Z94A 1CLQA 3J80O 3K2PA 2VG5A 2W6KA 1N6QA 3H3OB 3O9RA 1JLGA 2WOMA 3C95A 5J2QA 2XY7A 1JLFA 1NKBA 2G8IA 2HNDA 3OY9A 3GG4A 4PKGA 1VHXA 4FJLA 2IDOA 3WNFA 5HRRA 2Q97A 4DV4K 3MXJA 3L0QA 4OLAA 1C1BA 1XC3A 5AQLA 1W9HA 4IEIA 3SBTA 1ZYQA 3JSMA 1SL2A 1JLCA 3KLHA 4IG0A 4FJKA 4BR7A 3QESA 1RILA 4FL9A 4DUYK 5C25A 1TVRA 1KRPA 4CIFA 3ULEA 3ZETA 3TI0A 2D0OA 1VQ4N 3W3DA 1BGXT 2FBYA 3RMDA 3IUCA 1SKWA 3HI0A 2O8DA 2GTDA 3I8BA 5AQVA 1YI2N 3NF6A 3TAPA 3OYNA 4BVPA 1FKOA 1U2VA 4CF9A 1I94K 1H1VA 2O8BB 1S6PA 4BRDA 3C7NA 3UB5A 3TSUA 1HYSA 5BPNA 2QWPA 2PFUA 2YKMA 4WQ4C 4PL7A 5EOYA 3VQQA 3QO9A 4A61A 3WXMB 4KH5A 4K43A 4WCEL 2O8FB 3K5OA 1JL2A 3LDNA 4CHOA 3ZX2A 3SUQA 1U48A 2O8EA 4YNQA 1W7AA 3VF2A 1W2BM 4NYNA 2P9PA 1C0GA 3O1WA 3THWB 3VEOA 4C1NI 4FLTA 1YUWA 4K25A 3CJAA 2A5XA 4IJAA 1BOTO 1BL3A 1T8EA 4BWJA 3RRGA 4BRAA 3VQAA 4FLZA 4UY8O 1TYQB 3FLCO 4H5WA 1S1TA 4W5NA 4OJRA 2E2OA 5HBMA 1VRTA 3VOVA 3OJSA 3CCJN 1IBLK 4MFBA 4M3XA 3QINA 4BR4A 4MDBA 3VEWA 1D4XA 1LWCA 2F8TA 4CZJA 3A5LC 3ENHA 4O8KA 1V4TA 2QM1A 3AGKA 1RNHA 4B9MA 3NGYA 4DMNA 1QQOA 4B9SA 1RT6A 4AHRA 3OYJA 2BANA 4MO5A 2GEMA 1VSFA 3CC2N 3AGRA 1J53A 3MDQA 4BG9A 5SZTA 4IOXA 4LC9B 1BISA 1ASWA 3C6HA 3BP8A 2VCPA 1NMDA 3NF7A 4CD3A 5GADP 4CJQA 1KFSA 5AFUH 5GINA 3VQDA 4BRKA 1ZBLA 1X1PA 1NOYA 5D3GA 4CEDA 2VGMA 5KRTA 2EX3A 2IAJA 3J7AP 3O3GA 2HF4A 2QKKA 3AA3A 1B9DA 3SPYA 3AA5X 2VWBA 4H4MA 4DLEA 3O3FA 4DKWA 3P5JA 3NGIA 1HJOA 4K42A 4B1WB 1M90O 4C8NA 4EZ9A 4FPAA 4B9UA 2E88A 4EAHD 1NJIO 4I9LA 5C0YA 3CJ1A 4CGJA 2G8KA 1R59O 4FLYA 3BY5A 3G6EN 1WLJA 2KFNA 3JYTA 2E6LA 1JXBA 5A2QO 1O1WA 1VQPN 1WB9A 4DSLA 3TSPA 2RHKA 3BF1A 4DTJA 4JKFA 2HSTA 1IKVA 4CECA 3ZCMA 4CZKA 2UYTA 2ZJRL 3SAGA 3D2EA 3SJJA 1LWFA 4DTXA 3DRSA 5KQ8A 4H5NA 4JI2K 3PUFA 3RTVA 2FC0A 3TTDA 4CF0A 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1QVFM 3TARA 4NB4A 2CH5A 1SKSA 1QVGM 1KC8O 4KO0A 1TUUA 3KD1E 5B8HA 3NF9A 3OYDA 2GX9A 3TWHA 3OYBA 1HYVA 4I7FA 3KLIA 1J5EK 4DTPA 4I6MA 2IIRA 3ID8A 3CC4N 4U67L 3WT0A 4GV9A 3HSTB 3NVMA 3KK1A 3LDLA 5AQRA 4FWPA 1NG9A 1GOCA 2OYQA 2FXUA 3EKSA 3OS1A 1TK8A 1NGAA 5EU7A 3CCRN 4HUGA 1T3VA 3IS9A 3GOIA 5GIOA 4B1VA 3AO3A 4IO8A 4IDKA 3CFPA 2QI2A 2HHWA 1RBRA 4DV5K 4HVJA 4FLVA 4O44A 5CYQA 1XNRK 1TAUA 4DU3A 2YHXA 4FM2A 4YDUA 1BI4A 2EWSA 4CERA 4CVNE 5ELZA 3OW2M 1SAZA 5AZJA 4CZIA 3MAQA 2KZMA 3SQ2A 4CZGA 5I3UA 4FJ9A 4CHYA 3OYIA 1T7PA 5E84A 4LF5K 3OHRA 2BE2A 3CCEN 4FW2A 2E2NA 4OKEA 3ATVA 3WNGA 1EXQA 3IMXA 2AJQA 2IOCA 3BF3A 4CZFA 4H5TA 1VQMN 4BWMA 2QW9A 1REVA 1XMQK 4O0JA 3KK2A 4FVMA 1YTAA 4BACA 1TKTA 2VWJA 3EE9A 4FWOA 2Q3SA 4CJSA 1IBMK 4BROA 3FZLA 3CM5A 1T05A 5AQUA 2ASOA 3KIOA 3VQPA 1Y97A 3G25A 1JLAA 1TK0A 2NUBA 1YF5L 3AVGA 4X66K 4NLCA 3ASMA 1U04A 5AQZA 3RMCA 4O8UA 4A62A 4LY7A 3HO1A 2HHTA 3CJ9A 4ILGB 3DLLL 3LZJA 1VQ8N 4NO7A 1HLUA 3FFKB 4PY5A 3LDOA 2E1YA 4CBUA 3E1YA 3ZSVA 1QS4A 3U3YA 2XRIA 2HBLA 4BDZA 4OX9K 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JCE A;  2QWL A;  4EHU A;  3VGM A;  3JS6 A;  4M63 C;  5AQP A;  1JCF A;  4H0V B;  1NGJ A;  4MLH A;  1GLA G;  2GEL A;  2VYP A;  3UKR A;  3VET A;  3KHY A;  1GLC G;  1U6Z A;  2QWR A;  3LDQ A;  4Y0W A;  1WOQ A;  1ZBS A;  1GLD G;  2PAV A;  5EVZ A;  1NGE A;  4L3Q A;  1SQK A;  3MN6 A;  2V7Z A;  2ZGY A;  2FSN A;  4BC5 A;  4BGB A;  1X3M A;  3HTV A;  3R9P A;  2FLO A;  2D0P A;  3S41 A;  5F2R A;  4QS7 A;  4IZ9 A;  1GLE G;  2NRH A;  3CI5 A;  3H1Q A;  3CIP A;  5AZI A;  2QWN A;  1NGD A;  3A5O C;  3H6E A;  4CZL A;  1HKC A;  3WEE A;  5LJW A;  1MDU B;  4QS8 A;  2ZGZ A;  3C7N B;  1IJJ A;  3VER A;  1CZA N;  1XUP O;  1YVN A;  3WXJ A;  4A2B A;  5AQJ A;  5AQO A;  4F9O A;  1NGB A;  1Q18 A;  1ZC6 A;  3UKR B;  1X3N A;  3R6M A;  3UKU A;  3U9D A;  4PKH A;  5EX5 A;  5FPM A;  5KPT A;  5BN9 A;  3U8X A;  2Q1N A;  3GBT A;  3HSC A;  5AZI B;  3VPZ A;  1MA9 B;  1NGG A;  3CJC A;  3WUH A;  4M7Y A;  3M6G A;  4BRP A;  4O5F A;  4KBO A;  5AQQ A;  3UE5 A;  5F0X A;  1KAY A;  3F9M A;  5AQI A;  3DXK A;  3O6W A;  4FWS A;  3ZEU A;  3HM8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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