3MCPA

Crystal structure of glucokinase (bdi_1628) from parabacteroides distasonis atcc 8503 at 3.00 a resolution
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
363
structure length
355
Chain Sequence
MMYTNDNRIVMTLDAGGTNFVFSAIQGGKEIADPVVLPACADCLDKCLGNLVEGFKAIQAGLPEAPVAISFAFPGPADYQAGIIGDLPNFPSFRGGVALGPFLEDIFGIPVFINNDGSLFAYGEALTGVLPEINRRLREAGSTKRYKNLLGVTLGTGFGAGVVIDGELLRGDNAAGGYVWCLRNKKYPEYIVEESVSIRAVMRVYAERSGDAGARTPKEIFEIAEGIRPGNREAAIAAFEELGEMAGDALASAITLIDGLIVIGGGLSGASKYILPVLLKEMNAQTGMMQKEVYDLDEEKSFAGFARGEAVEVLVPGTNRKVGYDPCKRIGVTFSKQGANRSIAMGAYVFALNHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of Glucokinase (BDI_1628) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 3.00 A resolution
rcsb
molecule keywords Glucokinase
molecule tags Transferase
source organism Parabacteroides distasonis
total genus 100
structure length 355
sequence length 363
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3mcpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3mcpA02
4Y0WA 2FSKA 2HF3A 3QBXA 5BPMA 1MA9B 3A5LC 2FLOA 3D2FB 3I8BA 3UKUA 4EFHA 5JLHA 5FPEA 1V4SA 3EN9A 3LL3A 1T6DA 4BRPA 3VERA 5AQPA 4BRDA 3J8AA 5BPLA 1QQNA 1ZBSA 3HTVA 3MDQA 3LDOA 1HKBA 5KPZA 2Q97A 1R59O 1T44A 1H1VA 1Y64A 3A5MC 2P9IB 3DXKB 4GNIA 1C0FA 4BG9A 5BRHA 1HLUA 5AQMA 4DHYA 3BEXA 4M7XA 3LDPA 3ENHA 2P9KA 1BUPA 5BN8A 4H0OA 4FWQA 2ZGZA 2YCHA 3O4WA 1XQSC 4WQ4C 3O5BA 2GEMA 4K25A 3TU5A 3VPZA 2P9NA 3CJAA 3FZHA 2E2NA 1TYQB 3GBTA 2D0PA 2GWJA 2BUPA 3EKSA 3FR0A 5JICA 3CJCA 4IZ9A 1RGIA 1ATSA 4EHUA 5KQDA 5BPNA 2AA4A 2ZWHA 5EX5A 2DPNA 5BN9A 3QFUA 2YHYA 4PL7A 1LCUA 3A8YA 3A5NC 4LC9B 1G99A 1QZ5A 2P9IA 1KAZA 3DXKA 4CI6A 4BRHA 3FE1A 3VEYA 3WXJA 4BQZA 4BR0A 1DKGD 4Z94A 5BREA 3VF4A 3O1BA 1Z6RA 4K41A 4BR7A 3EKUA 4DCHA 2W40A 2GUPA 4BGAA 4I6MB 2QWLA 3A5OC 4EIAA 3GG4A 2IVPA 2J4RA 1LOTB 2CGLA 4PKGA 4FWOA 4BROA 3EO3A 3O1WA 4H0YB 4ISEA 4A2BA 3GE1A 2ASMA 5E84A 3WXIA 5BRDA 5AZJB 4MLHA 5AQOA 3HSCA 3A0IX 4E1JA 1S3XA 2A5XA 3AAPA 3MK6A 2YJEA 1RFQA 1YVNA 4FPBA 4B1YB 1WUAA 3BF1A 4A61A 5KPRA 2Q0UA 4ISFA 4IJAA 2CH6A 4JHDA 4XH4A 3UKUB 1QQMA 1NM1A 2I7NA 5JMVA 4RTFD 2EWSA 2Q36A 4CD3A 3LDQA 4IJNA 4PKIA 4BRMA 3WQUA 1V4TA 3H45C 3H6EA 3IDHA 4I6MA 3ATVA 3CETA 3KZBA 3FZKA 1KXPA 1GLJO 4MO4A 3FZFA 1EQYA 3O8MA 5AQIA 4FWKA 3R6MA 5F0XA 3DXMB 3LM2A 2P9KB 2E2QA 3CJ9A 4B1XB 2PAVA 3VEWA 4IXCA 5AQXA 3M1FA 3CJ1A 3O08A 5AQLA 2P9SA 2P9NB 5AQSA 4BC4A 3C0BA 4K42A 1X3NA 3CI5A 2A41A 4EHTA 4CBUA 2QWQA 3LM9A 5F1XA 2QWOA 5AQWA 1NGHA 1E4FT 4BRGA 4H5VA 3O6WA 3VGLA 4M7YA 3EL2A 2PBDA 2QWMA 4IO8A 4IWVA 2E1ZA 1HX1A 2GTDA 4FSVA 3DXMA 3AY9A 2F9TA 3H3NO 4F9OA 1E4GT 2ASPA 5AQNA 5BRFA 3VENA 2D0OA 4CBXA 4NB4A 3ZX0A 3VOVA 4XEIA 3CQYA 3HZ6A 3CHWA 4BRKA 2P9PA 3IUCA 5EXWA 5AQYA 3SLCA 2F9WA 1NBWA 4FWPA 3RSEA 4QS8A 5I9EB 4BRLA 4YDUC 3FZLA 1ZC6A 1U2VA 2VCPA 1JCFA 4JAXA 4FWLA 2E1YA 4H0XB 3W3DA 4PL8A 1IG8A 4AM7A 4FWNA 3FLCO 2IIRA 2V7ZA 5AQTA 4BVPA 1T6CA 4BRQA 3L4IA 1JCGA 5AQFA 3CJ7A 3KVGA 4JHDB 2HF4A 2ZGYA 2VYPA 3ZETA 1ATRA 3CIPA 3FGUA 3MN5A 3C7NA 4FO0A 4K43A 1BDGA 3WEEB 1DGKN 3OHRA 1BA1A 4H03B 3SMPA 4JNEA 5FPNA 1HKCA 2QWPA 1GLAG 5AQVA 1Q18A 5AQJA 2WUSA 4WQ5C 4H5RA 4O5FA 4BR9A 3SJHA 5FPMA 5KPTA 1NGCA 3CQXA 3GOIA 3QB0A 1XUPO 3U8XA 3MN7A 4CZHA 1NLVA 2UYTA 3IMXA 2HMPA 1NGEA 2A3ZA 3BUZB 3ENOA 2GWKA 1ATNA 4NO7A 1K8KA 5AQUA 3ZX3A 5AQKA 4BRNA 2P9SB 4H5WA 3WXKA 2I7PA 5KQ8A 4DQ8A 4BR2A 1X9JA 3U9DA 2FSNA 1KAXA 1NGIA 4FWSA 4H5NA 4XH1A 3QDKA 4BR5A 4B1ZA 4GY2B 1BA0A 3R8EA 3JS6A 1NGGA 3WEEA 2IVNA 3VEZA 3QICA 4WQ4A 3EZWA 3GL1A 2BTFA 3DAWA 4FWRA 3ZX2A 1NMDA 2E20A 2YI1A 5ADXA 2OANA 3LDLA 2FXUA 5E26A 4FOEA 4WYBA 1DEJA 3SK3A 4MO5A 1YXQA 2FF6A 2W41A 3VEXA 4CZKA 4H5TA 3BP8A 3VF2A 2CGJA 1MDUB 3D7EO 2QWNA 4XH5A 5AR0A 1GLLO 4B1VA 2V52B 3ID8A 5JLFA 3L6QA 4QS9A 2ITMA 1Z05A 2P9PB 1U6ZA 4ISGA 5AQHA 4CD1A 2GELA 3RSEB 2AP1A 4BR4A 2D1KA 1BU6O 5LY3A 1NGJA 1U2VB 4B9QA 4CZJA 4B1WB 5AZIA 5ELZA 2Q31A 3QFPA 3UB5A 2NLXA 3SMSA 3HBTA 3ATUA 4HTLA 2Q1NA 1GLFO 1KAYA 3VEOA 4KBOA 3ZETB 2ZF5O 1MWMA 2P9LA 3C7NB 3I33A 2H3GX 1YAGA 2CGKA 3JXUA 3D2EA 2Q2RA 4FPAA 4JN4A 5TKYA 4H0VB 1JCEA 4BGBA 2QM1A 4M63C 3UE5A 1TUUA 5EY4A 4B1UB 3MCPA 3VGKA 5BR9A 1HUXA 5AQZA 2IVOA 4AM6A 2Q0RA 3HM8A 1X3MA 3G25A 1TUYA 3O80A 3UKRB 4JD2A 5B8HA 3H1VX 4CBWA 4CZEA 1SAZA 1K8KB 3H46O 4FL9A 2NZTA 5EVZA 4O8KA 1QHAA 3VGMA 5AQRA 3ZEUA 1GLDG 4CZLA 5CE3A 1D4XA 3WQTA 2E8AA 5AFUA 1C0GA 3KHYA 3AARA 5AQQA 2VWBA 3M3ZA 3FZMA 4CZGA 1NGAA 1BOTO 3M6GA 3S41A 1QZ6A 4BRCA 4CZMA 3H3OB 1GLCG 5ADXH 1SZ2A 2YHXA 2A6AA 1HPMA 3MN9A 3QMLA 3D2FA 1ZXOA 1MWKA 5LJWA 4BC3A 3IFRA 3P4IA 2YJFA 2E88A 4HWIA 4H0TB 4BQLA 3VETA 1BG3A 3B8AX 1BO5O 4RWTA 4PKHA 4BRAA 4BVOA 3MMVA 2YHWA 1WOQA 3AAQA 3BF3A 3U9ZA 1QQOA 3U4LA 1S22A 3UKRA 1NWKA 3CJBA 3LDNA 2P9UB 4J8FA 4MLEA 1ESVA 2ASOA 2NRHA 3VF6A 4DB3A 3HI0A 2A42A 3QBWA 3VEVA 3ULEB 3DWLA 1OKJA 2KHOA 4FWMA 3WT0A 2E2OA 3H1QA 1IJJA 3FFKB 5AQGA 3DJCA 1NGFA 2V7YA 1TYQA 5AZIB 4A2AA 1YUWA 1HKGA 3MN6A 4BREA 4CJ7A 4BC2A 3VESA 4BG8A 1NGBA 5LJVA 5F2RA 4YDUA 2QXLA 3GDQA 2P9LB 2E2PA 4QS7A 3D2EB 4FOIA 4A62A 1BWFO 4H0PA 4CZIA 4L3QA 2QWRA 3W0LA 4C23A 1SQKA 2P9UA 2D4WA 5EOYA 1RDWX 1GLEG 4BRFA 3R9PA 1P8ZA 3ULEA 3F9MA 2A40A 3WUHA 4JD2B 4BC5A 1GLBG 3TPQA 5AFUH 4RCHA 2FSJA 4WQ5A 2CH5A 5AZJA 1XC3A 2V51B 3CERA 3ZEUB 2HOEA 4CZFA 3WXLA 2FF3B 1HJOA 1CZAN 1NGDA 3L0QA 1J6ZA 4BRIA 4EAHD 2QW9A 5FPDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BPMA 3I8BA 4IDKA 3LL3A 1T6DA 3OYGA 5HLFA 4RG8A 5BPLA 3J8AA 1FW6A 3TAEA 1HKBA 5KPZA 3QNOA 1H1VA 4C1NI 2KQ2A 4GNIA 3I0RA 4BG9A 1NK9A 3O9UA 4X62K 4FJ5A 1TKZA 3N4QA 3PSIA 4FWQA 4J2BA 1U4BA 3G4SN 1TK5A 3KKSA 3VPZA 4EP5A 4B08A 3FZHA 1TYQB 4E19A 2D0PA 4GKJK 4DV7K 4OKJA 3HK2A 2GWJA 3OS0A 3EKSA 3FR0A 4EP4A 4IEIA 3HSTB 4CFDA 5C25A 4QCLA 3AO3A 4DLEA 4PL7A 4ICLA 3ZSOA 3A5NC 4DV3K 1VSEA 3P31A 4LC9B 4L8RB 1VQ5N 4AHSA 2P9IA 2Z1HA 1BL3A 3WXJA 4BR0A 3ZSRA 1NKCA 4Z94A 1HQEA 2W40A 3S3OA 3CFRA 3GG4A 2IVPA 2J4RA 3I55N 3SAFA 3O1WA 4H0YB 1RT1A 4YOVA 4A2BA 3V6DA 2IS3A 1CZ9A 5E84A 5BRDA 3QEPA 4HCCA 5AQOA 2ZD1A 4E0DA 4FLTA 2RPIA 4DSLA 1F21A 3AAPA 3ISNC 2YJEA 3VQ6A 2GUIA 4B9MA 4MFBA 3T19A 4WFAL 1JLBA 4JHDA 2KW4A 4CW7B 3G71N 2EWSA 1BQNA 3LDQA 4DTXA 4PKIA 3RMBA 5FRNA 2KZZA 1JL2A 4BRMA 5KGWA 1V4TA 3H45C 3T1YK 2G8HA 1HMVA 1Q8IA 2P5GA 4YOXA 3FZFA 3O8MA 4FWKA 2F8SA 3O4QA 5F0XA 3DXMB 4GVEA 3TTDA 4LF9K 1WSIA 3CJ9A 3OYNA 3IKMA 4MDBA 3TSUA 4C8LA 4CJ3A 4M3TA 3L2QA 5M1PA 3DOLA 5AQLA 2P9NB 4BC4A 3CPWM 3SV3A 5HBMA 5HROA 4CJSA 1NU0A 1CXQA 2OTJN 3VQAA 3VQPA 5LL6Z 4ZHRA 5F1XA 4E7JA 2P51A 3NVMA 3EL2A 4BWMA 1VQ6N 2E6MA 2PBDA 3V4IA 2QWMA 4JI1K 1VHXA 4IWVA 4FJHA 4DFPA 3L2WA 3WNHA 3K9KA 1WSHA 4A59A 1KVCA 3H3NO 1JLQA 1NJIO 2ASPA 5AQNA 5C42A 4FZXC 4FXDA 1C1AA 4FLVA 2QTDA 1TV6A 5GAHP 5EXWA 1NBWA 4FVMA 4YY3K 3KLFA 4LSNA 3FZLA 4KI4A 1JCFA 4E89A 4JAXA 2E1YA 4JKAA 4AM7A 4F4KA 1N6QA 4F2SA 4FCYA 5C2FA 3V9ZA 3L4IA 4DTMA 1HNVA 1IKVA 2HF4A 3LZJA 4ELUA 4BWJA 4Q5VA 4CGDA 3WEEB 4LF8K 2YNFA 1BA1A 1BI4A 1SKSA 4JNEA 1HKCA 3PX0A 4KHQA 3SJHA 5M1NA 1WB9A 4JKCA 3A2FA 1NOZA 3CQXA 3QB0A 1RT3A 1S9EA 4H4OA 2B5JA 3V9UA 4FLZA 2A3ZA 3EYZA 1UWBA 4XIUA 1X9WA 2X74A 2GWKA 2HHXA 5C12A 4BRNA 4H5WA 4LF6K 4DQ8A 4HUFA 2O8EA 1JLFA 3E9PA 4E1NA 4M3UA 1DTTA 1NGIA 4H5NA 4XH1A 1S1TA 3MWTA 3QDKA 3OVNA 3PIPL 3R8EA 4DSEA 1NK8A 1D5AA 1EP4A 3EZWA 3KK3A 2BTFA 1NKEA 1KVAA 3B6OA 3DLHA 4Z4HA 4FK4A 2X6NA 3EE9A 3LDLA 2FXUA 1YXQA 2W41A 4HUGA 4WF9L 4H5TA 5M1QA 4CVNE 2CGJA 5HOOA 4B8CA 4XH5A 1GLLO 3ASMA 1NK6A 3ID8A 3DLRA 5C0YA 2ITMA 2XY7A 1J9AA 5EU7A 4IG3A 2ZJQL 4BDZA 4U7BA 5LY3A 3SV4A 1U2VB 5KTQA 1CLQA 2QK9A 4CZJA 5AZIA 2Q31A 3SPZA 1VQNN 1YI2N 3OYDA 3UB5A 3CFOA 3QO9A 4DV0K 3TAPA 3ATUA 4HTLA 3DLLL 1U47A 4KBOA 4N47A 3CC2N 5FROA 3SUNA 1QVFM 2A1SA 4BE1A 3PUFA 2Z1IA 4I7FA 5J2PA 3BGRA 4OKKA 4O5BA 3UE5A 1VSJA 1YJWN 1REVA 4DU3A 3K5OA 5B8HA 4LF4K 3H46O 3HOSA 4FL9A 1SKWA 4KHPK 2XO7A 1DT9A 3AO2A 1GLDG 2HHVA 1S1VA 3QESA 1S1WA 1D4XA 4H8KA 1RDCA 3WQTA 4HTUA 3O3HA 2D0AA 5AQQA 4LFAK 2VWBA 3FZMA 3M6GA 3S41A 4BRCA 3KWIA 3K5MA 2YHXA 3MN9A 1MWKA 1W9HA 4KAZA 4BQLA 1LWEA 3RRHA 1BG3A 4FJNA 3UIQA 4ILHA 2O4GA 3TSQA 4JI4K 4E7IA 1WOQA 3AAQA 4WFNL 1NJXA 1QQOA 4JK7A 2OCEA 5CZ2A 2O8DA 3LDSA 4EZ6A 5IWAK 4DV5K 1ESVA 2OPRA 3CXCM 3OYCA 3O9TA 1G15A 3WT0A 3QETA 4FVUA 1W97L 3ZT3A 3FFKB 4YNQA 1TYQA 2A1RA 4C8KA 4YHHK 1VSFA 2Q3SA 1RBRA 4CJ7A 1MU2A 3TARA 4BG8A 4TSXA 4DQPA 5LJVA 5F2RA 1BIUA 1ASVA 3T1HK 4CESA 3LP1A 4OLBA 2F8TA 2E2PA 3SQ0A 3KD1E 1XC9A 1LAWA 2YX6A 4CZIA 4E1MA 4FJIA 4I2QA 2EX3A 2D4WA 2DY4A 4HUEA 1N34K 5EOYA 3MECA 3I8DA 4CJEA 1P8ZA 4B3RK 1NNEA 1TL3A 3F9MA 4GV3A 4HCBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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