3MCPA

Crystal structure of glucokinase (bdi_1628) from parabacteroides distasonis atcc 8503 at 3.00 a resolution
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
363
structure length
355
Chain Sequence
MMYTNDNRIVMTLDAGGTNFVFSAIQGGKEIADPVVLPACADCLDKCLGNLVEGFKAIQAGLPEAPVAISFAFPGPADYQAGIIGDLPNFPSFRGGVALGPFLEDIFGIPVFINNDGSLFAYGEALTGVLPEINRRLREAGSTKRYKNLLGVTLGTGFGAGVVIDGELLRGDNAAGGYVWCLRNKKYPEYIVEESVSIRAVMRVYAERSGDAGARTPKEIFEIAEGIRPGNREAAIAAFEELGEMAGDALASAITLIDGLIVIGGGLSGASKYILPVLLKEMNAQTGMMQKEVYDLDEEKSFAGFARGEAVEVLVPGTNRKVGYDPCKRIGVTFSKQGANRSIAMGAYVFALNHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Glucokinase
publication title Crystal structure of Glucokinase (BDI_1628) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 3.00 A resolution
rcsb
source organism Parabacteroides distasonis
total genus 100
structure length 355
sequence length 363
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3mcpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3mcpA02
3ID8A 4BRGA 1WOQA 2NZTA 3O8MA 4Y0WA 4JHDB 4B1WB 3A5OC 3ZX3A 1NM1A 4JD2B 1ZBSA 4DQ8A 4H0XB 3MDQA 1K8KB 5AQYA 3ULEB 3SJHA 4CZHA 2P9SB 3FFKB 3H1VX 4WQ5C 4YDUC 4CZMA 4H5RA 2P9UA 4DB3A 3W3DA 3A5LC 1BU6O 4BQZA 1U2VA 5BRDA 3ZETA 4M63C 1KAZA 2FSJA 3QMLA 3EN9A 1NGDA 3D7EO 3BUZB 5JMVA 4BQLA 3O08A 3VGMA 4BGAA 4FWQA 5AQKA 1RGIA 1NGGA 3WXJA 3CJ9A 1GLAG 3O4WA 2ZGYA 4PKIA 3U9ZA 2ASMA 3EL2A 2D0OA 4CZEA 3CETA 5AQVA 3O80A 5B8HA 4HWIA 3UKRB 1HX1A 1C0GA 4IXCA 3WUHA 3MN5A 3ULEA 5AQHA 1NBWA 4BR9A 4XH1A 2P9SA 3A5MC 1QZ5A 2D0PA 3CJAA 1TUYA 1DGKN 4NO7A 4PL7A 4FWMA 4A62A 1HKGA 3QB0A 4BRMA 3I33A 1ZXOA 3MN7A 2CGLA 4B1UB 1J6ZA 2GEMA 2Q97A 1GLLO 3I8BA 4FWOA 4CZFA 4A2BA 5AQQA 3DXMB 4XH5A 2QWRA 5BPMA 5FPMA 1DKGD 2FF3B 5E84A 4IJNA 4BREA 4BRDA 2IVNA 3R9PA 1NGEA 3VF4A 1KXPA 1NGHA 2E2QA 3WQUA 4CZGA 5BN8A 3SLCA 1XQSC 2E1YA 3A0IX 1RDWX 1Y64A 3UKUA 3UKRA 5BRFA 2A3ZA 3EKUA 4FL9A 4FOIA 2I7NA 4BC5A 1GLEG 3MN9A 4CBWA 1MWMA 2H3GX 2P9KB 4I6MA 1HKCA 5KPZA 4XH4A 1IG8A 2W41A 4BRLA 4F9OA 2IIRA 3FZKA 4BR2A 4H0VB 2V7YA 1C0FA 3QBWA 4B1ZA 1E4FT 3WQTA 3TU5A 3BF3A 3VEZA 1LCUA 1NGCA 5AQOA 4FWKA 4BR4A 1NWKA 3CIPA 5KQ8A 5JICA 3H3NO 4BRFA 2DPNA 2Q36A 4HTLA 1G99A 1Z6RA 2P9PB 3FE1A 5AQLA 4BVOA 4FOEA 4H5WA 5ELZA 2HMPA 1QQNA 1MA9B 3AAPA 4PKGA 2ZF5O 4BVPA 3QBXA 1XUPO 1E4GT 2V52B 3HTVA 5AQSA 3W0LA 3DXKB 1S22A 3GDQA 2AP1A 3CQYA 3GE1A 4H5TA 1QQOA 4FWNA 1YUWA 3LM2A 4MLHA 1NLVA 3EO3A 2Q0RA 2GUPA 4PL8A 4FWLA 1HPMA 1BDGA 5ADXH 1ZC6A 2P9PA 4CZKA 2YI1A 2IVOA 4O8KA 1BG3A 2FF6A 1JCFA 3GL1A 3GOIA 3VPZA 3FGUA 3KHYA 5LJWA 3D2EB 2V51B 4FPAA 3BF1A 3C7NA 2YHXA 1BA1A 5EVZA 4EAHD 3HZ6A 5FPEA 1QZ6A 5KPTA 2YJEA 4K25A 3FLCO 4RWTA 4A61A 1NGFA 1EQYA 3LL3A 2BUPA 5FPNA 2CH5A 3JS6A 3CJ7A 3H1QA 5AQWA 4BRCA 2HF3A 1H1VA 3WT0A 2ZGZA 1BOTO 2A41A 4JHDA 3U9DA 4WQ4A 3VGKA 2FSKA 4A2AA 4JD2A 1IJJA 4H5VA 4BRKA 3VETA 1K8KA 5BR9A 3H3OB 1KAXA 2GTDA 3O1BA 5AZJB 1CZAN 2QW9A 4EFHA 3L0QA 3UE5A 4O5FA 4GY2B 2QWQA 4ISGA 3P4IA 3S41A 3BEXA 2OANA 4IZ9A 3AAQA 3HM8A 2P9LB 4FSVA 3UB5A 1DEJA 1X3MA 1XC3A 2P9IB 4H03B 4KBOA 4QS8A 4CD1A 3IFRA 3FZFA 2F9WA 3ENHA 3TPQA 4MO4A 4CZJA 1R59O 5JLFA 5AQTA 1YAGA 2FXUA 2ZWHA 3IUCA 4ISEA 3FZLA 3CJ1A 3VESA 3VF6A 3IMXA 3WXIA 5BRHA 5AQPA 2QWPA 4BRIA 4DCHA 2PAVA 2W40A 5AQGA 3M1FA 4H5NA 4EIAA 3ATUA 2P9NB 3AY9A 3GG4A 5EXWA 3RSEB 4DHYA 5BPNA 1QQMA 4MO5A 5AFUH 1P8ZA 4FWSA 2P9LA 3L4IA 5AQZA 3VERA 1HUXA 3DXMA 4H0OA 2P9IA 3WEEB 2NRHA 1JCEA 2E1ZA 3EZWA 3HSCA 5EX5A 1S3XA 5LY3A 2YCHA 3LDOA 2HOEA 5EOYA 1ESVA 5EY4A 5KPRA 4H0YB 3QFUA 4H0TB 3VEWA 2CGKA 2E2OA 2J4RA 1HJOA 2Q0UA 4FWPA 5AQUA 3SMPA 4BC3A 3O5BA 5ADXA 4B1VA 4BRPA 1U6ZA 4BG8A 1BUPA 1GLCG 2QWNA 3L6QA 5F1XA 5AZIB 3DAWA 2QM1A 3M6GA 2P9NA 4RCHA 4EHUA 3OHRA 3RSEA 2E2NA 1NMDA 2P9KA 3VF2A 3ZEUB 4JAXA 1RFQA 4CI6A 4WYBA 3R8EA 2E8AA 1T6DA 5AQXA 3VEXA 3D2FB 2A42A 2GWJA 4MLEA 3ZETB 3ATVA 4BRQA 3WEEA 1GLBG 2KHOA 4BR7A 2FSNA 3H6EA 4BR0A 1GLDG 2ITMA 3FZMA 1ATSA 3FZHA 3ZX0A 4CD3A 1SZ2A 4AM6A 2A6AA 5I9EB 3QFPA 4B9QA 5F0XA 3R6MA 3LDNA 4J8FA 4WQ5A 3CHWA 3LDPA 5AQRA 3VEYA 4YDUA 4IWVA 4C23A 4JN4A 3F9MA 5AZIA 3CERA 2Q2RA 4H0PA 3U4LA 2E20A 4B1YB 3ZEUA 3CJBA 4CZIA 4LC9B 4IO8A 4RTFD 2Q31A 1GLJO 4FPBA 3DXKA 4M7XA 3MK6A 5JLHA 2ASOA 3D2FA 4PKHA 2D1KA 2A5XA 4CZLA 4QS7A 1JCGA 2QWOA 1OKJA 3FR0A 4CBUA 3QICA 5AQFA 1T44A 4E1JA 2WUSA 2F9TA 2VWBA 3C0BA 3DWLA 3ENOA 4WQ4C 4L3QA 2VYPA 3VOVA 1HKBA 4FWRA 4M7YA 1BO5O 1HLUA 1YVNA 5AFUA 3MN6A 5BPLA 1MDUB 3D2EA 5E26A 2CGJA 3UKUB 3KVGA 3A8YA 3LDQA 2A40A 2Q1NA 2E88A 4BRHA 3CQXA 1ATNA 3WXLA 4ISFA 5TKYA 2FLOA 3KZBA 4BG9A 1WUAA 3MMVA 4I6MB 5AR0A 4BGBA 3GBTA 1QHAA 1X3NA 1ATRA 2QXLA 3VGLA 5AQIA 1SAZA 4QS9A 1TUUA 4BC2A 3H46O 5AQNA 5AQMA 1NGAA 3EKSA 3HI0A 4BROA 4EHTA 3O1WA 3BP8A 2QWLA 5CE3A 2V7ZA 5AZJA 2CH6A 3A5NC 3VEVA 4BRAA 4K42A 5BREA 2ASPA 2BTFA 3G25A 3CJCA 4BC4A 2I7PA 3QDKA 3H45C 3MCPA 3M3ZA 1KAYA 3O6WA 3WXKA 2D4WA 1MWKA 3J8AA 4BR5A 1TYQB 2GELA 2YJFA 4CBXA 5BN9A 2UYTA 4FO0A 2AA4A 3LDLA 2QWMA 4K41A 3SMSA 1X9JA 1BA0A 3DJCA 3VEOA 1T6CA 3ZX2A 2PBDA 2HF4A 4JNEA 5FPDA 2E2PA 1GLFO 4K43A 4AM7A 1V4SA 4NB4A 2EWSA 2YHYA 1Q18A 3U8XA 3JXUA 5LJVA 3LM9A 2VCPA 1LOTB 1NGIA 4Z94A 3IDHA 1Z05A 4IJAA 5AQJA 1D4XA 2P9UB 1V4TA 4BRNA 5KQDA 4XEIA 3CI5A 3AARA 1U2VB 1NGJA 2NLXA 2YHWA 1NGBA 3VENA 4GNIA 1TYQA 2IVPA 4B1XB 3C7NB 4CJ7A 3SK3A 2GWKA 1YXQA 3HBTA 3B8AX 1BWFO 5F2RA 1SQKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ID8A 4PHTX 4DR4K 4CEZA 4Y0WA 4B9TA 1TL1A 1JLEA 2WBNA 3SQ1A 4H0XB 5AQYA 3SJHA 4B3RK 4JI3K 1S1VA 3FFKB 3H1VX 3SCXA 4WQ5C 4J2EA 4YDUC 4H5RA 3QEXA 2YX6A 4DB3A 3A5LC 4CF9A 4BQZA 3THYA 4CCHA 4JKGB 3D7EO 1IKXA 3M8QA 3PIOL 4M3YA 3LANA 4BGAA 2OCEA 5JVGL 3ZSZA 1Q9XA 4N76A 1WAFA 4E7JA 4IOCL 3CJ9A 2XY7A 3CC2N 1GLAG 3THWA 4LFCK 3U9ZA 1S6QA 3DLBA 1WSEA 5AQVA 1JXEA 4IXCA 4JKBA 4JYAK 4BR9A 2P9SA 3F9KA 2HMIA 3P83D 4DF4A 3V1RA 4FWMA 4A62A 1K9MO 3VQBA 1CLQA 1ZXOA 3MN7A 4IFEA 1HYZA 2GEMA 3NGZA 3HJFA 4HCBA 3V1QA 3ZT1A 3DXMB 4XH5A 2QWRA 3KKRA 1DKGD 4CJVA 3E9OA 1L3SA 5C25A 4BREA 1KVCA 2RF2A 2WONA 3IKMA 3WQUA 3B6OA 3AVKA 3SLCA 2DFFA 1RDUA 3K5NA 4DF8A 1VQNN 2A3ZA 4FOIA 5K14A 3NVMA 4BC5A 1GLEG 2UUBK 1L5UA 3QIPA 3MN9A 3RR7A 1E3MA 5C10A 2OZMA 2P9KB 5M1NA 5KPZA 1RBUA 3LWMA 2IIRA 1UAXA 4OKKA 3OYFA 2V7YA 1C0FA 3ITHA 2WTUA 4B1ZA 1HQUA 2JGUA 3VEZA 4KI6A 5AQOA 1NWKA 1FKPA 4FYDA 3CIPA 3L3VA 3PX0A 5JICA 4DSLA 2DPNA 1TK0A 1G99A 3FE1A 1O13A 1KFDA 4H5WA 4CK1A 1S9EA 4DV2K 3DRRA 4PKGA 2ZF5O 5C2FA 4RW8A 2OTLN 1DTQA 3QBXA 3QEVA 4I2QA 4DTMA 3V4IA 3HTVA 5KI6A 1HJRA 4CJ3A 4I9QA 3GDQA 1S22A 3CQYA 1U48A 3J81O 3P31A 1KQSM 3TAPA 2D0BA 1YHQN 3EEQA 4H5TA 2QI2A 3LM2A 3PX6A 4MLHA 3EO3A 2Q0RA 4BE1A 4DWIA 2WFBA 4FWLA 4EZ9A 4FLXA 1HPMA 1FJGK 2HB5A 3PSIA 1BQNA 1ZC6A 1XNQK 2HHVA 4CZKA 2IVOA 3LZJA 2BGGA 3ZSRA 3FGUA 2O8EA 4CGDA 4CIEA 3KJVA 3SZ2A 4FPAA 3CCEN 3CCVN 2YHXA 1BA1A 4IG3A 5DK5A 3HZ6A 5KPTA 4RWTA 4K25A 1KLMA 3LPUA 4IBNA 3OS2A 4Q0BA 2KZZA 4H4MA 2HHQA 4CJSA 4KTZA 1WAJA 1BOTO 5HLFA 3U9DA 3F5TA 4KB0A 2FSKA 3VMFB 1QE1A 4IDKA 3T1HK 1K8KA 3VQ9A 3CCMN 4CIGA 1IV0A 1KAXA 3M8PA 3HXMA 3ENBA 1CZAN 4JI0K 1K6YA 3L0QA 4J2DA 1YT3A 1NJXA 2OTJN 2F4VK 3P4IA 1FKOA 3BEXA 3KTQA 1SKRA 3HM8A 2P1JA 2P9LB 5CZ2A 4FSVA 1IO2A 1RBVA 1TV6A 3HP6A 4BDYA 3IFRA 1T8EA 3ENHA 2ZJQL 2YNIA 4MO4A 3OW2M 2YNHA 4B9LA 3VA0A 2F7TA 4JI1K 1YAGA 2FXUA 3IUCA 4ISEA 3VESA 3FZLA 3CJ1A 4PQUA 5BRHA 3LP2A 3VN5A 1XC9A 4J2BA 4KHNA 4DV3K 3GG4A 4DHYA 4DR3K 3SV3A 1CXQA 1SKWA 5BPNA 1RT4A 1QQMA 5M1PA 3T7ZA 1TKTA 2IC3A 5E41A 1VSKA 1JLBA 3TTCA 4CJRA 2IDOA 1RNHA 5EU7A 2P9IA 4KH6A 3WEEB 2VWJA 4DS5A 3EZWA 5EX5A 4X66K 1S3XA 5LY3A 1KTQA 2YCHA 1D9DA 3U3GA 3ZT4A 4H0YB 3VEWA 2CGKA 2J4RA 1S1XA 1U6ZA 2FBYA 2KQ2A 1S6PA 1GLCG 2QWNA 3HOTA 4C8OA 1BI4A 1NNEA 4RCHA 4EHUA 1P90A 4CESA 1T6DA 2PY5A 1NK6A 3VEXA 1HNWK 4MLEA 4CEQA 3ATVA 1UA1A 3G10A 2BDPA 2KHOA 2FSNA 2LSNA 4BR0A 3LPTA 5D3GA 3FZMA 4CEAA 3ZSOA 1HR0K 3FZHA 4DS4A 2NRVA 3QERA 2XY6A 4UQGA 5F0XA 1RTHA 1EETA 4EP5A 3VEYA 4J8FA 4WQ5A 3CHWA 4YDUA 2EHGA 4G1QA 3KD1E 4H0PA 3ZEUA 4CZIA 4LC9B 4CHZA 3DLEA 3OYKA 2HHHK 1GLJO 4FPBA 3AO4A 4CHOA 2QXFA 3D2FA 3AGRA 1LW0A 2VG5A 3I0RA 3NF7A 3FR0A 4DU3A 3QICA 4K8ZA 1T44A 4OLAA 3JAMO 4WFAL 2VWBA 3HPOA 3C0BA 5KRTA 2X74A 3E01A 4CIFA 3SV4A 4L3QA 1HKBA 4FWRA 4A5AA 2PZSA 4M7YA 1BO5O 1YVNA 5AFUA 1ZBIA 1Y97A 1SL0A 3NVKA 3N4PA 4PY5A 2FBVA 3G4SN 1Z25A 5M1OA 4OKEA 4OKJA 4JK7A 4KFBA 4BRHA 3EE9A 3E9LA 3WXLA 3S3OA 2RN2A 3KZBA 4BG9A 4BWJA 3WNFA 3EY1A 4DV5K 5AR0A 4FJ9A 3RMAA 3VGLA 1W0HA 2QXLA 1S5JA 4LFAK 4E7IA 4ILGB 4BC2A 2E6MA 3ISNC 1WSGA 3H46O 3PUFA 3EKSA 4EHTA 3CQ8A 2A1RA 1NOZA 5CE3A 2QWLA 1VQKN 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4M3W A;  4CJQ A;  4YOV A;  1NK4 A;  1SAZ A;  3VQ4 A;  3LP3 A;  4FXD A;  1TUU A;  2Z1I A;  1T7P A;  4DU1 A;  3HI0 A;  3HPG A;  1JLF A;  4ID1 A;  5C12 A;  3BP8 A;  4JI8 K;  1Q82 O;  4KH5 A;  2CH6 A;  2PFU A;  4MFB A;  3VQ6 A;  3G25 A;  3CJC A;  2I7P A;  1UWB A;  1S1U A;  3MXM A;  4KTQ A;  1QSS A;  3J8A A;  1TYQ B;  2GEL A;  1IKY A;  2YJF A;  3QNN A;  3A2F A;  1KD1 O;  2NUB A;  3OBY A;  4AHT A;  4E19 A;  4CBX A;  3OBW A;  1IG9 A;  3ZT3 A;  1VQL N;  3T19 A;  3AVA A;  2QWM A;  3SMS A;  2P5G A;  4WCE L;  1T6C A;  1EWR A;  4C8L A;  5KTQ A;  4CHN A;  5FPD A;  3HM9 A;  3V81 A;  3SUQ A;  4YY3 K;  3L3U A;  3OYH A;  3OYM A;  1NGI A;  2XO7 A;  4DMN A;  1Z05 A;  2P9U B;  4BRN A;  4XEI A;  1SL1 A;  4E7K A;  1KVA A;  4OVL A;  1U2V B;  1NGJ A;  1U4B A;  4GV3 A;  2G8F A;  3OYJ A;  4CJK A;  4JKF A;  2E6L A;  2IVP A;  4AQY K;  2GWK A;  1JKH A;  2O8B B;  3MX2 A;  3O9U A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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