4FWKA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with amp
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
b'FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Propionate kinase
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
total genus 133
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwkA02
4K41A 2E1YA 1T6DA 1GLEG 2YCHA 1HKBA 3HTVA 2HMPA 3VEOA 3VERA 5BRDA 3A5MC 3SMSA 4A62A 5BPLA 4FO0A 4JNEA 2IVOA 5E84A 1JCFA 2GELA 3O08A 4FOEA 4ISEA 3EKSA 5E26A 3U9DA 1R59O 5I9EB 2AA4A 4JAXA 4NB4A 2NZTA 3ZX0A 2P9NA 5ELZA 3LDNA 3VF2A 1HLUA 1J6ZA 3ZX2A 2P9PB 3SMPA 4FWRA 3VENA 1BA1A 1MA9B 2A5XA 1TUUA 3IDHA 4YDUA 1X3MA 4EFHA 1Q18A 4CD1A 4FPAA 4EHTA 2Q31A 4JD2B 3H3OB 3C7NB 2E2QA 2Q97A 3CJAA 3QFPA 3LL3A 3O5BA 5AQJA 4KBOA 2IIRA 4IO8A 4B1VA 1X3NA 4PKHA 4CZGA 3M3ZA 2ZGYA 1YAGA 3O1BA 3VETA 4AM7A 1ZC6A 2P9LA 2FSJA 3H1VX 1GLCG 2YJFA 4BQLA 1GLDG 3MN5A 3DXKA 1LCUA 3WQUA 2ZWHA 5AQOA 5BPNA 4K42A 3A5LC 5ADXA 1BOTO 3SLCA 2QM1A 3LM2A 4A2AA 3JS6A 1ESVA 1GLFO 1QQNA 2E8AA 1NGJA 1U2VA 1NGFA 4XEIA 3M6GA 3TU5A 4WYBA 2D1KA 4B1XB 4PL7A 3R6MA 3R8EA 3I33A 1YVNA 4PL8A 3D2FB 4EHUA 4EIAA 4BR4A 1Z6RA 3UKUA 3CJ9A 3D2EB 3ZEUB 3D2EA 2Q1NA 1NGEA 3D7EO 4C23A 3C0BA 3FZFA 2FF6A 3VEXA 3ATVA 2PAVA 1NMDA 4WQ5A 4QS7A 1E4GT 2E2OA 4CZEA 3VESA 4AM6A 3QB0A 2BUPA 5BR9A 3MMVA 4J8FA 2FLOA 1MDUB 2NRHA 3HSCA 5AQHA 5FPNA 2IVNA 5AZIB 2KHOA 3LDQA 3BEXA 1BDGA 4H5TA 5KQDA 3A5OC 1HKCA 3DXKB 4FOIA 1BUPA 3EZWA 4GY2B 4B9QA 3KZBA 5BN9A 4BVPA 1SZ2A 2V52B 2QW9A 1U2VB 3H6EA 3L6QA 4FWLA 3VF6A 4IWVA 2HOEA 3ZETB 4JHDA 3H1QA 3BF1A 3QICA 4FWKA 3ZX3A 3L0QA 5JLFA 4BRAA 4WQ5C 1MWMA 5AQNA 5AQWA 3QBXA 4WQ4A 5AQGA 3VEVA 2P9LB 2YHWA 3A8YA 4CJ7A 3HZ6A 3DAWA 2Q0UA 2E2PA 2P9UA 2QWLA 1BU6O 3IUCA 5AQFA 3VF4A 5BPMA 4JHDB 2QWQA 2V51B 1SQKA 3O8MA 3QFUA 1RFQA 4B1YB 4M7XA 4H5RA 1C0GA 1TYQB 1Y64A 1G99A 3FZMA 3VGMA 4BR7A 4MLEA 5AQPA 4CZHA 2VYPA 2F9TA 2P9KA 2YHYA 2A41A 2CGLA 3WEEB 3QMLA 4RTFD 1X9JA 2H3GX 5F0XA 3AARA 4BR9A 1HJOA 5AQKA 3EN9A 1SAZA 1IG8A 4M63C 3UE5A 1NLVA 1RDWX 4Y0WA 5F1XA 2FSNA 1ATNA 1JCEA 3CQYA 5BN8A 4CZJA 4XH4A 3IMXA 5LY3A 3GDQA 4CBXA 5AQXA 3VEZA 3WXLA 5AZIA 3HM8A 3O80A 1H1VA 1HKGA 3EO3A 2P9KB 4H0XB 4DHYA 4QS9A 4GNIA 4K25A 3U9ZA 4FWOA 2CH6A 2GUPA 3W3DA 3KHYA 4FWPA 4BRQA 4DB3A 4BRHA 2WUSA 3CETA 2DPNA 1ZBSA 3CJ1A 5JLHA 3GE1A 3FFKB 1DGKN 1T44A 2QWNA 3ATUA 3H46O 3VEWA 2GWKA 4CBUA 4E1JA 3RSEA 5AZJB 3UKRA 5JICA 4IZ9A 1BG3A 4B1WB 3SK3A 1QHAA 4JD2A 4BRGA 2I7NA 1K8KB 4BC3A 2YHXA 3CERA 5FPDA 5KPTA 2YJEA 4CI6A 3ZETA 3GG4A 2CH5A 1BO5O 4ISFA 1GLJO 1WUAA 1NGDA 1LOTB 4BR5A 1QZ6A 4BGAA 3ENHA 5AQLA 2V7ZA 4A2BA 4Z94A 3H3NO 4M7YA 3LDLA 2P9NB 5AR0A 3S41A 4YDUC 5EX5A 3BUZB 1BA0A 4BG9A 2QWOA 3MCPA 4MO5A 1KAXA 5AQVA 1C0FA 1MWKA 4ISGA 1NBWA 1TUYA 2F9WA 1RGIA 4I6MA 1ATRA 2QWPA 2P9IB 2ASMA 2GEMA 5AQSA 4BGBA 1S3XA 3O6WA 4H0TB 5AQTA 2Q36A 5EY4A 1K8KA 1YXQA 2VWBA 2GTDA 2AP1A 3H45C 2E20A 3FR0A 3MK6A 3AAPA 3TPQA 2CGKA 3FZHA 4F9OA 4CZKA 3FGUA 1KXPA 4CZIA 3A0IX 2QXLA 3UB5A 5BRFA 5BREA 4BROA 1DEJA 2P9SB 3GL1A 3ZEUA 4RCHA 2ASPA 1XUPO 3CHWA 3J8AA 4CZFA 3MN9A 4IJAA 1IJJA 4IXCA 5EOYA 4FSVA 3ULEB 4CZMA 1ZXOA 1NWKA 3D2FA 2FXUA 2P9IA 3OHRA 2A40A 5KPZA 1GLBG 1XQSC 3CIPA 1V4SA 3EKUA 1D4XA 2A42A 3VGKA 3DWLA 3U4LA 3LDOA 3LDPA 5ADXH 2QWRA 1HUXA 4FL9A 4BC5A 3C7NA 3W0LA 1S22A 4BR2A 4JN4A 5F2RA 5LJWA 3CJBA 2ZGZA 5FPEA 5AQMA 4A61A 4DCHA 3MN6A 5AQRA 2Q2RA 4L3QA 3U8XA 4LC9B 4BC4A 4BRNA 4MLHA 3FZKA 3P4IA 3RSEB 4PKGA 2IVPA 3G25A 4B1UB 1GLAG 3GOIA 2A6AA 2UYTA 4H5WA 3VPZA 2P9UB 4O5FA 4XH1A 3WUHA 1JCGA 2E88A 4BRDA 1EQYA 4BRKA 4FWMA 1TYQA 4BG8A 1E4FT 3O1WA 3BF3A 4H0OA 4NO7A 3I8BA 4BREA 1HPMA 2EWSA 1GLLO 3MDQA 4K43A 4H5NA 1NGIA 3CQXA 2NLXA 3LM9A 4FWSA 3WXKA 3IFRA 2HF3A 4CZLA 4RWTA 1KAZA 4MO4A 2A3ZA 5TKYA 1Z05A 2V7YA 5AQQA 2YI1A 4BRCA 5EXWA 4FWNA 2QWMA 3EL2A 4BRLA 4BQZA 3MN7A 1OKJA 2CGJA 3DXMB 3CI5A 2D0OA 3M1FA 5EVZA 3ULEA 3SJHA 1QQOA 1NGHA 1BWFO 3A5NC 3JXUA 3BP8A 2OANA 3WQTA 1T6CA 4CD3A 4BC2A 4O8KA 1YUWA 5AQUA 2P9SA 5FPMA 2ZF5O 3DJCA 3HI0A 3WXIA 2BTFA 1ATSA 3QDKA 4H5VA 1QQMA 1NGCA 3FLCO 4DQ8A 5JMVA 2D4WA 1V4TA 4FWQA 5B8HA 4B1ZA 3GBTA 3AY9A 3F9MA 3FE1A 3VOVA 4EAHD 4QS8A 4I6MB 2E1ZA 2P9PA 2E2NA 5LJVA 4BRIA 3L4IA 5AQYA 1P8ZA 2W41A 1XC3A 3B8AX 4HWIA 2ITMA 3QBWA 1NM1A 4BRMA 5CE3A 1NGAA 3R9PA 4BVOA 5AFUA 2D0PA 4BRFA 3WXJA 4XH5A 4PKIA 3AAQA 4BR0A 4CBWA 3UKUB 3UKRB 3ENOA 5AZJA 5BRHA 2W40A 5KPRA 1KAYA 5KQ8A 3DXMA 1NGBA 4WQ4C 3CJ7A 1QZ5A 1CZAN 3VGLA 2GWJA 5AQZA 1HX1A 5AFUH 1NGGA 5AQIA 4IJNA 4FPBA 2ASOA 1WOQA 3KVGA 4BRPA 3VEYA 2I7PA 4H03B 4H0YB 2PBDA 3WT0A 3FZLA 2Q0RA 4H0PA 2HF4A 3ID8A 2J4RA 2FF3B 3O4WA 1DKGD 2FSKA 4H0VB 3HBTA 2VCPA 4HTLA 3CJCA 3WEEA 1U6ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JI7K 1RT6A 1T6DA 1HKBA 4LF8K 2HMPA 3QO9A 4ZTJA 1VQ8N 2BGGA 1KD1O 3QINA 3A2FA 5C2DA 3U3GA 1ASVA 4O4GA 2KLAA 4L8RB 3U9DA 2LSNA 2YV0X 4LF5K 3ZLJA 5I9EB 2NZTA 4DTRA 4LF4K 3ZX0A 4DV0K 3LDNA 3VF2A 4CEFA 1RBUA 3VN5A 2HVIA 2DTUA 1RTHA 3VENA 4KRFA 4ILGB 4HHTA 3CCUN 1Q81O 4JKEA 1TUUA 3AO3A 3HYFA 1N5YA 1IKYA 1BISA 1X3MA 3I55N 3EE8A 3TANA 1Q18A 3MAQA 4FPAA 3LZJA 3ZSWA 2E2QA 1Q9XA 2NUBA 3DLRA 3ALYA 1Z25A 1X9MA 4KBOA 2IIRA 4CGHA 4B1VA 1EP4A 3K5MA 4AHUA 2ZGYA 1WBDA 1K6YA 1ZC6A 2P9LA 4CW7B 1TKTA 3SUOA 1GLDG 3T19A 5AQOA 5BPNA 1ITGA 2Z1JA 3QETA 2QM1A 1K9MO 1ESVA 1QQNA 4B3OA 3CC4N 2DFEA 3VQBA 1U2VA 1XI1A 3TU5A 2D1KA 3R6MA 5JS2A 3I33A 3AVKA 1RTJA 4N5SA 4M3XA 4BR4A 3UKUA 4DV7K 5HRRA 4CK1A 3SJJA 3JYTA 2FF6A 4DS4A 3VEXA 3THVA 1D8YA 4WQ5A 4CEBA 3SZ2A 5J2MA 3ZT4A 4E7JA 2NRRA 4RW6A 4AM6A 3QB0A 3BZCA 3KK7A 1NK5A 2BUPA 4N41A 1I3AA 2WFBA 2F96A 2XY8A 4J8FA 3TI0A 2FLOA 5AQHA 4JKFA 2HHQA 2KHOA 1TK8A 3O4NA 3TTDA 3QIPA 4GKKK 4FZXC 3DXKB 4FOIA 1QSLA 1WN7A 4DMNA 3EZWA 4B9QA 2QA4N 4GV3A 3QEVA 1KSPA 2VGMA 3CM5A 4IWVA 3SBGA 1OH6A 3NGIA 3BF1A 3QICA 4FK2A 2X6NA 3ZX3A 5JLFA 1L5UA 4BRAA 4WQ5C 4DR4K 4B08A 3VEVA 4WQ4A 2HHUA 1VRTA 2VGNA 2YHWA 3A8YA 3CC7N 1NK0A 2JLEA 5AQFA 3G6EN 1SQKA 3QFUA 4FK4A 4H5RA 1ZBHA 1TYQB 5KRTA 4EP4A 4W5TA 1JLEA 2NRXA 2HBMA 3D45A 1XC9A 2F9TA 3OJSA 2A41A 2CGLA 1VK0A 2IAJA 4JI1K 1KVBA 2OZMA 1UA1A 2H3GX 3AO1A 3OYHA 4BR9A 5AQKA 1HJOA 3K2PA 3LALA 3UE5A 1NLVA 4BDPA 4LFAK 3SCXA 5BN8A 4NLBA 4CBXA 5AQXA 3VEZA 5J2NA 5AZIA 4NLCA 5GADP 1H1VA 2XY7A 2P9KB 3SUNA 4GNIA 1I94K 2CH6A 1A5VA 1KVAA 4BRHA 3KK2A 4B9VA 1WSGA 3OYFA 1N34K 4OX9K 3ZSOA 1HJRA 5LL6Z 2GWKA 4E1JA 3OYNA 4DU3A 4O5BA 1BQNA 2WOMA 3RSEA 4FJXA 2XHBA 4B1WB 4IO9L 4BRGA 4CGJA 4QOZB 5KPTA 1SL2A 3DOKA 4B3RK 2YJEA 4PHTX 2HSTA 3ZETA 3GG4A 3F9KA 5C2FA 1N33K 4BR5A 1NOYA 1KLMA 1RDDA 4JI4K 4B3MK 4YDUC 1W9HA 1BA0A 5GINA 4BG9A 3VQDA 1L3TA 3MCPA 4NYFA 2YNFA 1C0FA 3B6PA 4ISGA 4Y1DA 3TARA 3AVGA 3E01A 1ATRA 2QWPA 3PIOL 2UUCK 3V1RA 4ID5A 1CZBA 2G8HA 3O9SA 4KREA 4BGBA 4DSIA 1S3XA 2HHSA 3AGRA 1S1TA 1JXBA 1YF5L 3I0RA 3LP0A 4CGDA 4CJTA 4DV1K 3H45C 3IS9A 3AAPA 2KTQA 3TPQA 4RW7A 2CGKA 3FZHA 1HNXK 1S9GA 4CZIA 1KXPA 3CFPA 3P83D 3KLGA 1YT3A 2ASPA 3CHWA 3QERA 4IFEA 4WFNL 4YOUA 3NH2A 2YHBA 2PZSA 4FK0A 3K59A 5GIOA 4OGEA 3HP9A 4DR3K 4Z4FA 2FXUA 3TAGA 1GLBG 3EKUA 4DQIA 4B9NA 3DWLA 3WNGA 1YITN 4NCGA 3T3FA 3M8SA 3SAHA 3C7NA 1J5EK 3W0LA 4CF8A 5FPEA 4A61A 4DCHA 3HPGA 5BR8K 1XWLA 3RRGA 3NDKA 3RSEB 3QEPA 5KRSA 3GOIA 1EO1A 2P9UB 4DR2K 2HNDA 3WUHA 4KB0A 2GX9A 3CM6A 4FWMA 4BRKA 1C1CA 4PUOA 4JI3K 1TYQA 3SPZA 1VQMN 1E4FT 3O1WA 3BF3A 4H4MA 2XO7A 1D9FA 4H0OA 3KD5E 4EZ9A 1GLLO 3KJVA 2NLXA 3FFIA 5FLXO 2HF3A 3K57A 2DFHA 3PX6A 4RWTA 4DU4A 1IBKK 3I8DA 1SL0A 4U67L 1WLJA 4JKBA 4X65K 5AQQA 5HLFA 1KFDA 2NRTA 4FWNA 1VSLA 2WTUA 1ZBLA 3K5LA 4NCBA 3EL2A 3P5JA 3MN7A 3PSIA 1OKJA 4OKEA 2OZSA 4UQGA 2D0OA 4FM2A 1VQ4N 1RDCA 3F5TA 4JV5K 3NHGA 2VQEK 1CXUA 1NGHA 1BWFO 4EZ6A 2OANA 3VTHA 4CD3A 3VQ8A 4HCBA 3LANA 4N47A 4CK3A 1IKWA 1JKHA 5FPMA 2ZF5O 4YNQA 4JEPA 3WXIA 3THYB 1ATSA 3L2RA 4DUYK 3FE1A 4Z4GA 2UU9K 4BDYA 3NF8A 2ZJRL 5HRSA 1ZBFA 1HNZK 4FW1A 2P9PA 3NF6A 2YX6A 3AO4A 1HNWK 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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