4FWKA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with amp
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Propionate kinase
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
total genus 133
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwkA02
3SMSA 4QS7A 1QZ5A 3CERA 1ATSA 3DXMA 5EOYA 2UYTA 3CIPA 1ZXOA 2NZTA 3GL1A 4IJAA 5E84A 2P9PB 1X3NA 3WUHA 3WXJA 2QW9A 1WUAA 2D4WA 2A40A 3LDLA 4AM6A 4BC3A 2EWSA 2Q31A 3CJ7A 3HTVA 4BQLA 2P9NB 3JXUA 2E2PA 5AQQA 4FWSA 1BUPA 4XH5A 2FF6A 4CZHA 3LDQA 4FWLA 3VEVA 2V52B 1NGCA 4BR9A 3J8AA 1MWKA 2E1ZA 2P9NA 3BUZB 3H1QA 4H0OA 5BREA 1ATNA 3O08A 2V51B 4BR4A 3H6EA 2FXUA 3CQXA 3FGUA 4FWKA 4QS8A 3U9DA 4BRHA 2A3ZA 4B1VA 4EFHA 4BROA 3VF2A 3DXKA 2D0PA 3OHRA 3O1BA 4WQ4A 2Q0UA 4EHTA 5AFUA 5EXWA 3CJ9A 4E1JA 3IDHA 2A41A 2ZGYA 5F2RA 2QXLA 3KVGA 2GUPA 3ATVA 1X9JA 3H3OB 4DB3A 4RCHA 3CJAA 1YAGA 2NRHA 3AARA 4F9OA 1NGHA 4A62A 4JHDB 4LC9B 1BA0A 2P9KB 4MLEA 4BG9A 3VERA 1BWFO 2KHOA 4HTLA 4CBUA 2HMPA 5TKYA 5KPZA 4CZEA 5KPRA 2HF4A 4WQ5C 5KPTA 4BC5A 4BR7A 4RWTA 3ATUA 4BRDA 4CD1A 1H1VA 4JD2A 4JHDA 2F9TA 4FWNA 1NGDA 2P9KA 1DGKN 3MN5A 3U8XA 3IMXA 2Q2RA 1C0GA 5F0XA 1P8ZA 4JN4A 5EX5A 2QWQA 3MMVA 4CD3A 5I9EB 1ESVA 2ASOA 1QZ6A 2ZF5O 4BRAA 2BUPA 2QWLA 2GELA 4WYBA 4H0YB 2FSNA 4QS9A 1JCFA 3A8YA 4FWRA 3UKRA 3BEXA 1RFQA 1X3MA 3W0LA 4M7XA 5FPNA 1BO5O 1YXQA 5AQPA 3JS6A 4B1ZA 3VGKA 2AA4A 3VESA 4HWIA 1U2VB 1HPMA 4JAXA 1RGIA 4BVPA 2W40A 4FOEA 3WEEB 4BC2A 1OKJA 3ID8A 2ASMA 3U4LA 3ZETB 1CZAN 1BU6O 3O8MA 4BRFA 1NWKA 1S3XA 3FE1A 5AZIA 4BRQA 1ATRA 2HF3A 3ENHA 3VOVA 3DXMB 1MWMA 1NGJA 4H5TA 3WEEA 1MDUB 5AQSA 5FPEA 3EO3A 2A5XA 3FZFA 2E8AA 3UKUB 3WQUA 4PKIA 3IUCA 3O6WA 1QQMA 2ITMA 1C0FA 2BTFA 3AY9A 3VETA 4BGBA 4CZLA 1XC3A 5BPLA 1ZC6A 1GLAG 2VCPA 2YHWA 2F9WA 1J6ZA 4H0XB 3UKUA 2CH5A 2Q97A 2QWPA 2VWBA 5AFUH 1Z05A 3WXLA 3UE5A 1NGIA 1XQSC 4L3QA 3A5OC 3WT0A 5AQMA 2YCHA 3O4WA 3ULEA 4BQZA 4DHYA 2E88A 4FPAA 3S41A 4CBWA 3HSCA 3DXKB 2P9IA 2E20A 5BPMA 3LL3A 3CI5A 5BRDA 1HUXA 1BOTO 1YUWA 4XEIA 4FOIA 4B1UB 4A61A 1GLBG 1GLCG 3VEWA 3TU5A 5AQKA 3ZX0A 4BRMA 1XUPO 4FSVA 5LY3A 2FLOA 4H0TB 4JNEA 4B9QA 2CGLA 1JCEA 3L4IA 3SJHA 3KHYA 2AP1A 1KAYA 1Y64A 3EL2A 1K8KA 5E26A 3AAQA 1QQOA 4BR2A 2WUSA 4JD2B 3LM2A 3C0BA 5AQUA 2P9UA 3L6QA 5JICA 5EY4A 2ZWHA 4YDUA 4DCHA 3FZLA 3LM9A 3DWLA 4B1XB 4BRGA 5AZJA 1T6DA 3O5BA 2Q1NA 1TUYA 1NGAA 2QWMA 3BP8A 3GBTA 3GOIA 3H1VX 3I33A 3CJCA 2YJFA 2E2QA 3EKSA 3MK6A 1KXPA 4BRNA 2D1KA 3A5MC 5B8HA 1R59O 5LJVA 1IJJA 3R8EA 3L0QA 2P9LA 3MCPA 3UKRB 1D4XA 2YHYA 5KQ8A 4IZ9A 3FZKA 3VENA 1V4TA 4XH4A 5BN8A 2CGKA 3MN6A 2I7NA 2Q0RA 2ZGZA 4C23A 3LDOA 1HKGA 3EZWA 3VGLA 4BR5A 1QHAA 4BG8A 4FWMA 1LCUA 3QMLA 3VEOA 2GEMA 4M63C 4PL7A 3KZBA 2GWKA 4CI6A 3FFKB 4BRCA 2IIRA 3D7EO 3DAWA 2QM1A 2CH6A 2V7ZA 5AZIB 4A2BA 1GLFO 2QWRA 4Z94A 5AQYA 2E1YA 5EVZA 1V4SA 3U9ZA 5KQDA 3M6GA 4Y0WA 2Q36A 3ZX2A 5LJWA 1DKGD 5BN9A 4PKGA 4BRIA 4K42A 3AAPA 2ASPA 3FZMA 3CHWA 2QWOA 3EN9A 4WQ4C 2YI1A 2QWNA 3DJCA 4B1WB 2IVNA 4BRKA 1WOQA 3C7NA 3CETA 3HZ6A 3G25A 4IXCA 3A5LC 4IWVA 4ISGA 1NMDA 2GWJA 4FO0A 1NM1A 1ZBSA 4H5VA 3FLCO 3IFRA 4FWOA 2D0OA 4ISFA 4BC4A 1BG3A 1NGBA 2DPNA 3ULEB 4K25A 3FR0A 4PKHA 5AQIA 3UB5A 2CGJA 3VPZA 4WQ5A 1SQKA 2P9IB 4AM7A 1E4FT 3MDQA 5ADXA 3SK3A 1NGEA 1DEJA 3GDQA 3BF1A 3HBTA 4H5NA 5AQZA 2PAVA 3CJ1A 5BR9A 4RTFD 1Q18A 3VEYA 3QBWA 2P9SA 3P4IA 1KAZA 4EIAA 2HOEA 3VEXA 5BPNA 4GNIA 2IVOA 4K43A 1NGFA 4M7YA 2NLXA 3ZX3A 3QICA 4B1YB 4CJ7A 1NGGA 2P9PA 1K8KB 1NBWA 5JMVA 1TUUA 3HM8A 5ELZA 3H45C 5JLFA 4NO7A 3VEZA 3MN7A 3WXIA 5FPMA 3M3ZA 2P9UB 1GLDG 1YVNA 1KAXA 3BF3A 3H46O 3VF6A 2V7YA 5AZJB 3WQTA 4BR0A 5AQGA 3H3NO 4CZMA 3R6MA 2FF3B 2GTDA 1EQYA 3SLCA 4H0VB 1IG8A 4H5RA 1GLLO 1GLJO 5FPDA 5AQVA 1GLEG 2H3GX 4FWPA 1T6CA 4CZIA 5AQLA 2PBDA 3ZEUB 4H5WA 4BRLA 2P9LB 4A2AA 4BREA 1NLVA 3F9MA 4EHUA 1SAZA 2E2OA 1U6ZA 3B8AX 4MLHA 4DQ8A 1HKCA 4O8KA 1MA9B 4FPBA 3A5NC 3ZEUA 4XH1A 3VGMA 3VF4A 4BVOA 3D2FB 4BRPA 4H0PA 3O80A 4CZGA 1JCGA 3I8BA 5AQXA 2I7PA 2YHXA 3QFUA 3RSEB 4CZJA 3D2FA 3FZHA 4GY2B 4O5FA 2A6AA 4ISEA 1E4GT 4MO4A 4K41A 5AQRA 4CZFA 3LDPA 1BA1A 2J4RA 5BRHA 3GG4A 3GE1A 2IVPA 2W41A 1LOTB 2E2NA 5AQTA 5F1XA 3HI0A 3RSEA 1G99A 1TYQB 4PL8A 3LDNA 4MO5A 5JLHA 1SZ2A 1HJOA 3M1FA 1T44A 3C7NB 1Z6RA 4I6MB 2FSJA 5ADXH 3QBXA 1HLUA 3CQYA 3EKUA 1TYQA 3TPQA 2A42A 4KBOA 1S22A 3D2EB 3ENOA 5AQJA 4EAHD 2FSKA 4I6MA 5AQHA 5AQWA 3W3DA 4FL9A 2OANA 3A0IX 3SMPA 1QQNA 3O1WA 3CJBA 4NB4A 4YDUC 1RDWX 1U2VA 3D2EA 4J8FA 4CBXA 5BRFA 2YJEA 3MN9A 4CZKA 5CE3A 1BDGA 4FWQA 5AR0A 4IJNA 4IO8A 3WXKA 1HX1A 3QDKA 5AQOA 3QFPA 4BGAA 3ZETA 3QB0A 2P9SB 5AQNA 4H03B 2VYPA 1HKBA 3R9PA 5AQFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K59A 2E6LA 4RW6A 3ZSXA 3ZT2A 4QS7A 2W6LA 4YNQA 4LFAK 3DXMA 2A1SA 2YNFA 5EOYA 3CIPA 1D9FA 3GL1A 2I5JA 3PSFA 4B3RK 3E9PA 4OKEA 1B9DA 3CCSN 2YNHA 4M41A 4Z4CA 2D4WA 3K58A 2A40A 4FJ8A 3M8SA 3QINA 1N8RO 4BC3A 2Q31A 3AO4A 1VQ7N 4FM0A 4BQLA 2P9NB 4CEZA 1B92A 2E2PA 3V1OA 4W5RA 3E1YA 3AVFA 4FWSA 4Q0BA 4XH5A 3VQPA 4CEDA 1VSEA 4FWLA 1VK0A 1RBUA 1X9WA 2DTUA 1NGCA 4BR9A 4H0OA 5BREA 3ZT3A 3O08A 3CQXA 4QS8A 4C8NA 2OYQA 4M3RA 4BROA 3C6UA 3VQ9A 3ASMA 1BQNA 1EP4A 1TKTA 1RT3A 1WAJA 3CJ9A 3IDHA 1X9MA 3O3FA 3T1YK 5F2RA 2BGGA 2GUPA 3ATVA 3AA4A 4I9QA 3OYGA 3V9ZA 3AARA 1NGHA 1RCHA 3QIPA 4BG9A 4DR5K 2KHOA 1JL1A 4HTLA 2HMPA 5TKYA 3RMBA 1IBLK 4PY5A 5C2FA 2GV9A 1RTHA 3I0SA 3OS0A 3RMDA 3MWPA 1NK6A 4BC5A 4BR7A 1WBDA 2E4LA 4BRDA 2IAJA 4IOXA 4JHDA 4DTOA 2P9KA 3ISNC 2XRIA 1Z25A 1NOYA 1K6YA 1ESVA 3MXJA 3KLFA 3T69A 4BRAA 4OGEA 1TK8A 5SWMA 3CF5L 2G8HA 3HPOA 4GVEA 2IS3A 3QNNA 3A8YA 3MEGA 3BEXA 1X3MA 1NK9A 4AHTA 1S1WA 4CJTA 5AQPA 4B1ZA 1NJYA 1J9AA 3HVRA 3LALA 4JAXA 2OZSA 3PIOL 2YKNA 4BVPA 4IOAL 3K5MA 4BC2A 1J54A 3ID8A 1CZAN 3C65A 3AGRA 1XMQK 3NHGA 3P83D 1ATRA 3TI0A 5KTQA 3ENHA 4OVLA 3JAMO 4E7IA 4JKGB 2XY6A 4WE1A 3FZFA 2Z1IA 3OBWA 4AHCA 5CYMA 1EX4A 3IUCA 1C0FA 4AF1A 2BTFA 3AY9A 4CZLA 1RT1A 5BPLA 1D8YA 2VCPA 1K9MO 4FJJA 1J6ZA 4JI0K 3CC7N 2ZJPL 3OYDA 4IEEA 3VN5A 3DRRA 3E01A 1VQ4N 2QWPA 3BY5A 5AFUH 1Z05A 1R0AA 3UE5A 5AQMA 3CCQN 5CZ2A 5J1EA 1IKWA 3ULEA 3BZCA 4W5QA 4BQZA 3WNEA 2RHKA 1E3MA 3S3NA 2E88A 1KD1O 3WNHA 2KFNA 3FFIA 3CC2N 4E7KA 1WSEA 3QO9A 5J2MA 2HMIA 2E20A 5BPMA 3CI5A 1TKXA 1BOTO 3NBPA 2HHVA 3T1HK 2JGUA 4FOIA 4QOZB 1GLBG 4GV3A 1GLCG 2VWJA 3VEWA 1T8EA 3ZX0A 4BRMA 1S9EA 4WFAL 4W5TA 2B6AA 4DTUA 4J2AA 3C94A 4BE1A 4CEQA 5CHIA 2IOCA 1JCEA 1DLOA 3SJHA 4FCYA 2AP1A 1G15A 3SV4A 4KFBA 2G8WA 1SS6A 5E26A 1N6QA 4JD2B 3C0BA 5JICA 2LSNA 4KPYA 2ZWHA 4AILC 4CJKA 1HQEA 1KVAA 4B1XB 1UOCA 5FROA 1NJXA 1NGAA 2BH1A 3GOIA 4CJQA 1YT3A 4NYFA 3I33A 3O9UA 3DRSA 2KTQA 3SUQA 4BRNA 3M8QA 3A5MC 1FKPA 5B8HA 4DSKA 3EYZA 1R59O 4OPKA 5LJVA 1QS4A 1FXXA 3THYB 3L4QA 4XH4A 1VQON 5IT9O 3V9WA 3MN6A 5AJ3K 1Q9YA 3ZYYX 4MQ3A 4CFCA 4DUZK 3VGLA 4BG8A 4LF4K 1LCUA 4OO1J 4K8ZA 2GEMA 4M63C 1S1VA 3KZBA 1C6VA 4YOVA 2P5GA 2QM1A 3HL8A 2HNDA 2QWRA 2O8FB 4Z94A 4N56A 5D3GA 4CF0A 3M6GA 2XY8A 5CY4A 5TKWA 4BRIA 3OYFA 1ZBLA 3KLGA 3VQ4A 1S5JA 3EN9A 3VQDA 1WSFA 1WSIA 3CFOA 3KWIA 3RMCA 3MXIA 4OPHA 4DS4A 4BE2A 2BDPA 3H08A 4IWVA 2HSTA 3EEQA 4ISGA 4FO0A 4FM2A 3VQ7A 2ZJQL 4ICLA 4H5VA 3F5TA 3IFRA 4BC4A 1NGBA 4A5AA 3DLRA 4PKHA 3NF7A 4WQ5A 3OYBA 4AM7A 4IDKA 4B9MA 1BIUA 5ADXA 3KIOA 1K8AO 4LF5K 4CFAA 3Q7CA 4PA1A 3HBTA 5AQZA 1NNEA 3SV3A 4DSEA 1Q18A 2VG6A 3VEYA 3P4IA 4FM1A 3T1AA 3VEXA 5BPNA 2NRZA 4R5PA 2ITGA 2GBZA 3NH1A 4K43A 4M7YA 1VQKN 3ZCMA 4CEOA 4FXDA 5ELZA 3D0PA 1L3VA 4FW1A 4NO7A 3MN7A 3WXIA 4DTJA 2O8DA 3L3UA 4C1NK 3BF3A 1OH6A 3VF6A 1VSDA 5IWAK 3AVJA 3P39A 3TARA 3DLHA 2W6KA 4JRQA 2GTDA 5HOOA 4CHOA 4H5RA 5FPDA 2QA4N 5AQVA 3KJVA 1GLEG 4FWPA 1KC8O 3NVKA 4DTSA 3AO1A 3M8RA 1UA1A 3F9KA 1X1PA 4HHTA 4DV6K 4CK1A 2DFEA 2W42A 3EZ5A 2B5JA 4EHUA 1VQLN 1YI2N 3OY9A 4H8KA 4W5OA 3MWTA 1P90A 1U6ZA 1WN7A 4MLHA 3MX2A 4N41A 2OPPA 3AVIA 4O8KA 1XHZA 4FPBA 3G71N 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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