4FWKA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with amp
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Propionate kinase
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
total genus 133
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwkA02
5AQSA 5FPMA 5LJVA 3SMSA 5AQTA 1QZ6A 4BC5A 3UE5A 1NGBA 4H5VA 5BN8A 2NLXA 2P9LA 1BO5O 5KPZA 5BREA 5LY3A 5KPRA 5KPTA 2Q36A 4FWQA 3FZMA 1NGJA 3MK6A 3D2FB 5BRHA 2VWBA 4FWMA 5AQGA 3VEVA 1GLFO 2A3ZA 2IIRA 3LL3A 1S22A 3VOVA 5AQJA 4HWIA 1ZBSA 2HMPA 3AARA 5AQMA 2ASPA 1BA1A 3O1WA 2D0OA 2FSJA 2WUSA 2A6AA 3AAQA 3O4WA 2BUPA 1BU6O 1D4XA 1J6ZA 3VENA 2FF3B 3C0BA 4BGBA 2KHOA 4MO5A 2GWJA 2VYPA 4BRAA 2A41A 3MN9A 3CERA 4ISFA 4BROA 1NGCA 3BP8A 3R8EA 3UKUA 3GG4A 1NM1A 3ID8A 2Q1NA 2GELA 1NGFA 3KZBA 1GLDG 1Y64A 1SZ2A 4IXCA 1T6DA 5KQ8A 4CZHA 1QQNA 4L3QA 4FOIA 4BC2A 4H0YB 4BR0A 3U9DA 3VEOA 4GY2B 4BR9A 5JLFA 4I6MA 3GBTA 3R6MA 3JXUA 3H3NO 1NWKA 4FWPA 3LDNA 1KAZA 4PL7A 1MA9B 2GWKA 1SAZA 2QWQA 3ATUA 3L0QA 4IWVA 4BRQA 1HJOA 4Z94A 1TYQB 4NO7A 1GLBG 3FZFA 4NB4A 1S3XA 5FPNA 4DCHA 3LM2A 5EOYA 4RCHA 5KQDA 1HKGA 4E1JA 2P9NB 3JS6A 4A62A 3CQYA 3AAPA 1GLCG 4IJAA 2P9SB 3DXKB 3EKUA 2E8AA 2AA4A 1OKJA 3O8MA 3F9MA 4BR2A 5AFUH 1MWKA 4EHUA 3U4LA 5BRFA 3VGKA 4EIAA 4BVOA 2P9UA 4H03B 4FPAA 3FFKB 1NMDA 4CZLA 1HKCA 2A42A 1WOQA 2GUPA 5EY4A 4BC4A 4CBWA 4FWOA 4CD1A 1V4SA 4BRGA 1TUUA 3RSEA 3VEYA 3MCPA 4WQ5C 3EZWA 1BDGA 2CGKA 4MLEA 3A5LC 3DXMA 1HKBA 3H46O 1BG3A 4JD2A 1JCFA 1GLJO 5AQHA 3KHYA 3CQXA 3LDOA 3M6GA 3QDKA 5BPNA 2ASMA 4J8FA 2YHWA 4EHTA 4FL9A 3H3OB 5AQNA 2Q2RA 1NBWA 4JN4A 5AQIA 1CZAN 2V7ZA 3FGUA 3SLCA 3WXIA 2E1ZA 3QFUA 4BRPA 1HUXA 2QXLA 4EFHA 3WUHA 4H0PA 5AQKA 4CZKA 3VESA 4CJ7A 4CZEA 1QQOA 3LM9A 2J4RA 5TKYA 1H1VA 3ZETB 3D2EA 1Z6RA 3D2FA 3VEWA 1HLUA 3C7NB 1NLVA 3EL2A 3WXLA 2NRHA 5JLHA 1IG8A 2P9IB 2CH5A 3M3ZA 5ELZA 1YXQA 1KXPA 4WQ5A 1Q18A 5AQUA 3SJHA 1RFQA 3VEZA 4QS7A 5ADXH 3BF3A 4B1XB 2E1YA 1T6CA 5AQYA 3ULEB 3CHWA 4C23A 2FLOA 4H0XB 4H0TB 3O1BA 1U6ZA 4BRIA 5AZIB 4FWSA 5AQRA 3TPQA 4BG8A 2AP1A 3WEEA 3GL1A 2QWLA 1NGHA 3WQTA 4XH5A 4BG9A 3J8AA 1K8KA 3EN9A 2P9LB 4BGAA 1YUWA 2GEMA 1E4GT 4FWLA 4K42A 1DKGD 3VERA 3UKRA 1SQKA 3CJCA 4CI6A 3FZLA 4BC3A 3AY9A 3D7EO 1NGGA 3H1QA 4XH4A 5B8HA 1NGEA 5AZJA 1GLEG 2Q0RA 4M7XA 3CETA 1E4FT 2E2QA 4H5TA 3SMPA 3UB5A 1WUAA 4PKGA 2NZTA 4IZ9A 1LCUA 3CJBA 1G99A 4F9OA 3IUCA 4Y0WA 2W41A 2FSKA 2CGJA 3S41A 4HTLA 3FZHA 4JHDA 5LJWA 3BF1A 3LDLA 4RWTA 3FZKA 3UKUB 5AQWA 2A40A 3ZEUA 4CZFA 2HOEA 3ENOA 4H0VB 5AFUA 2P9PA 4MLHA 5AR0A 4BR7A 3HM8A 1NGAA 1YAGA 2ITMA 3VF4A 4BRFA 1ATNA 3G25A 2BTFA 5BPMA 2QM1A 3LDPA 5AQPA 3U9ZA 4BRHA 3CJAA 1ESVA 3KVGA 2P9KA 3A8YA 2Q0UA 1U2VA 5EX5A 2I7PA 3QFPA 4PL8A 3ZX3A 3R9PA 1QHAA 1RGIA 4IJNA 2H3GX 4RTFD 3O6WA 2CH6A 4BR5A 2FSNA 1BWFO 4B1VA 1R59O 3FLCO 4B1ZA 4ISGA 1BA0A 3HSCA 2D1KA 4PKIA 3OHRA 3O80A 2DPNA 4O5FA 3VF2A 2ZF5O 3MN6A 3CI5A 3O5BA 3B8AX 3BUZB 4FOEA 3TU5A 5BR9A 4K25A 3CJ9A 3GOIA 4XEIA 5E26A 3MMVA 4IO8A 3BEXA 4K41A 4H5RA 3L4IA 3L6QA 3U8XA 1MWMA 2V51B 5JICA 4FPBA 4WQ4C 3I8BA 4BRNA 3A5MC 3DAWA 3RSEB 4AM6A 5JMVA 1ZXOA 4FO0A 3VEXA 3EO3A 5F2RA 3DXMB 1IJJA 1QQMA 4JD2B 5AQQA 2YJEA 1BOTO 4QS8A 1YVNA 5ADXA 1JCGA 5AQLA 2VCPA 2I7NA 3HZ6A 1NGIA 1QZ5A 3DJCA 1C0FA 1ZC6A 3CIPA 5AQZA 3VF6A 2A5XA 3H45C 2PAVA 3A5NC 1C0GA 3DWLA 3MN5A 3VGMA 2QWOA 5EXWA 4BRMA 2W40A 1DEJA 4FWNA 1HPMA 5FPEA 2UYTA 3IFRA 4PKHA 5AQXA 2YI1A 1V4TA 2E2NA 4A61A 4EAHD 1GLAG 5BPLA 3IDHA 3D2EB 3ZX2A 1LOTB 3ZX0A 3CJ1A 4H5WA 4CD3A 2YJFA 3QICA 2QWPA 5AQFA 2HF4A 2D0PA 4K43A 2E2PA 2IVNA 4WQ4A 4H5NA 3WXKA 1TUYA 4A2AA 2ZWHA 2QW9A 2CGLA 1X3MA 4FSVA 3VGLA 3QBXA 1EQYA 4BRDA 3W3DA 4DQ8A 2F9WA 3ATVA 1TYQA 1ATRA 5F1XA 3LDQA 3WEEB 2QWNA 2PBDA 5F0XA 1JCEA 4BRCA 2P9NA 1K8KB 3W0LA 5AQVA 3HBTA 2EWSA 3VPZA 3UKRB 3QBWA 2P9SA 3DXKA 1X9JA 2V52B 3I33A 4CBUA 4JAXA 4M7YA 4WYBA 1KAYA 1RDWX 1GLLO 3HI0A 5AZJB 4KBOA 2V7YA 3GDQA 2FXUA 4YDUC 3SK3A 4M63C 5CE3A 1XC3A 1T44A 4JNEA 5AQOA 4BRLA 4I6MB 1XQSC 4O8KA 3VETA 4CZGA 2Q97A 1MDUB 2HF3A 4JHDB 2E20A 4BVPA 3MN7A 1Z05A 4CBXA 3M1FA 2FF6A 4BQLA 2OANA 4DHYA 3ZEUB 4BRKA 2QWRA 2P9PB 4XH1A 1DGKN 4BQZA 4ISEA 1ATSA 2Q31A 3H1VX 4CZIA 3FE1A 4BR4A 2GTDA 2YHXA 4GNIA 4DB3A 2IVPA 2QWMA 2YCHA 2E2OA 3CJ7A 3HTVA 4QS9A 3O08A 1NGDA 3P4IA 2ASOA 3QMLA 3ZETA 4FWRA 2P9KB 2P9UB 1U2VB 2D4WA 1BUPA 3WT0A 5E84A 3GE1A 1HX1A 3C7NA 3A5OC 3ENHA 5I9EB 2YHYA 4YDUA 3FR0A 4FWKA 2F9TA 4A2BA 1KAXA 5BN9A 5FPDA 4B1WB 1XUPO 2E88A 2P9IA 2ZGYA 4B9QA 5BRDA 2IVOA 4LC9B 3WQUA 3H6EA 4BREA 3MDQA 4B1UB 4MO4A 5EVZA 4B1YB 3IMXA 1X3NA 3WXJA 4AM7A 4CZJA 2ZGZA 3ULEA 3EKSA 3A0IX 4CZMA 1P8ZA 3QB0A 4H0OA 5AZIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4J2DA 1X9WA 4E7IA 5AQTA 4C8OA 3UE5A 3OBYA 4B3RK 3H08A 1XMOK 4H5VA 3SUNA 4UY8O 4DWIA 2P9LA 4Q0BA 5KPZA 5BREA 4BACA 1KVBA 1GOAA 3CCLN 3MWPA 4RG8A 4KHQA 2A3ZA 4Y1DA 3VOVA 2HB5A 3K0SA 4I9LA 5AQJA 4M3RA 1ZBSA 2HMPA 3WNEA 1BISA 3O1WA 2D0OA 3G71N 1RDUA 2WUSA 3O4WA 3R1XA 1BU6O 3I55N 1D4XA 1U04A 4LF4K 1P90A 4BRAA 4LF9K 2HBMA 1TKTA 4LF7K 1NGCA 3VA0A 4F3TA 4E7LA 3DLGA 3UKUA 2YNFA 1KRPA 2QKKA 2Y1JA 2GELA 3KZBA 2XY5A 3AVFA 4CJKA 1SZ2A 4IXCA 1KQSM 3OYCA 4C8MA 1KVAA 3OYEA 3ID6A 4BR0A 3DLBA 3HM9A 3SI6A 2X6NA 4I6MA 4RW9A 2KFZA 1J53A 3H3NO 3L8BA 1K6YA 4AF1A 3IG1A 1XNQK 2B5JA 4YHHK 4PL7A 2GWKA 4FK2A 1NJXA 4RW4A 1REVA 4BRQA 2Z1IA 3SAFA 3FZFA 5CY4A 4X62K 2DY4A 2X6SA 5M1QA 5KQDA 1HKGA 1UA1A 3G6EN 4CJPA 4F3OA 4A62A 4JYAK 3CQYA 1UOCA 3QLHA 4ELUA 3DXKB 1IG9A 3F9MA 4FJNA 3SAGA 4EHUA 3U4LA 3RR8A 4EIAA 1YJWN 4DTUA 4FPAA 3KLFA 1NK4A 1HKCA 2A42A 4IFEA 4DR1K 5EY4A 4CBWA 1HNXK 4M3WA 3B6PA 3RSEA 3VEYA 3O3FA 1BDGA 3A5LC 4FM2A 3CM5A 1B9FA 3KHYA 4C1NI 1QVFM 3LDOA 3QDKA 1BCMA 2NRVA 3I0SA 4FL9A 5HL7L 1IKYA 3H3OB 1SL2A 1IBMK 2EHGA 4JN4A 4Z4FA 2HNDA 5AQIA 4DMNA 4CEDA 1CZAN 2V7ZA 3FGUA 3SLCA 3WXIA 4FLXA 3QO9A 1UA0A 2QXLA 1FKOA 4H0PA 5AQKA 4CFCA 3OJUA 4BDYA 2OTJN 3VESA 4CJ7A 4CZEA 3I56N 3ZETB 3D2EA 4CEEA 5HRSA 3IS9A 4GVMA 3THVA 3DLLL 2NRHA 4R5PA 5JLHA 4B08A 3PX0A 1IG8A 2P9IB 3AA2A 4FJKA 4CJEA 4DUZK 4QS7A 1O1WA 3WNGA 4KHPK 1NK9A 3LWLA 2WTUA 1ZBUA 5KGWA 3KLHA 4O55A 4BRIA 4CFAA 4FWSA 5AQRA 3T1HK 4JI8K 4JI1K 4FLTA 5HRRA 3WQTA 1NGHA 3OYNA 4LF6K 1S1XA 4WE1A 3TSUA 3K5MA 3EN9A 4DQRA 1XMQK 4FWLA 5DMRA 4JRPA 4K0KK 4CW7B 3UKRA 1Q7YO 2O8DA 3AGKA 3AY9A 4LFAK 3AVIA 3D7EO 5B8HA 3C94A 5AZJA 2Q0RA 1WSGA 1NG9A 4M7XA 3CETA 3MEDA 3THWB 2NRRA 1VSIA 2DFHA 1WUAA 2BGGA 3KWGA 4PKGA 4IZ9A 1VQ9N 1OH7A 3KWIA 3VA3A 2W41A 3U3GA 4RW8A 2IDOA 3IKMA 4CF0A 4YOVA 1BQNA 4G9ZA 4A5BA 4C8LA 4HHTA 2A40A 1RDAA 2P9PA 3VF4A 2GV9A 4DSFA 1A5WA 4BRFA 5I3UA 3TAEA 4FM0A 3NGIA 2BTFA 3ZSOA 5BPMA 3V9WA 1NK6A 4E89A 5JS2A 4Q5VA 3U9ZA 2P9KA 1A5VA 3F73A 1JLBA 4B8AB 3QFPA 4PL8A 3DLHA 3ZX3A 3AO2A 1L5UA 1GOBA 1IO2A 3K58A 3C6AA 3CCJN 4DSKA 4DSIA 2HHWA 4BR5A 2FBXA 1BWFO 4B1VA 4CHOA 1Q82O 3QEPA 4DF8A 2D1KA 4PKIA 3O4QA 4M3UA 1C0MA 1VSJA 3O80A 5IWAK 4IKFA 2RN2A 4O5FA 2ZD1A 3CI5A 3O5BA 4CECA 1RDDA 3BUZB 4FOEA 3TAPA 3CJ9A 2G8IA 4DR2K 3MMVA 3OJSA 4GV9A 3CC2N 3VQ9A 2NRTA 3L4IA 4KH6A 1VQLN 4CJTA 3DAWA 4CIGA 4DLGA 4GV6A 4PHTX 3VEXA 1IJJA 1QQMA 2OYQA 2YJEA 3PX6A 1L3SA 4DR3K 5LMUK 2VCPA 4C8NA 1C0FA 1K9MO 2A5XA 3A5NC 3F2KA 3VGMA 1W2BM 5EXWA 2W40A 5J2MA 4FWNA 3HPGA 4AHVA 5HRPA 2PFUA 1V4TA 4DSJA 4OGCA 4OPAA 3C65A 2YJFA 1HNIA 2QWPA 5DM7L 4CGGA 5GIPA 3VQBA 4NCAA 4KV8A 4WQ4A 4CE9A 2ETJA 1O13A 4U7BA 1UAXA 2I5JA 3K5OA 4IDHA 1NKCA 3M8SA 2OA8A 4I9QA 4YOWA 4J2EA 4W5OA 4Z4IA 3L3VA 3CXCM 4JK8A 1RT1A 3W3DA 1ATRA 1XNRK 1WSJA 3WEEB 1ASUA 3AGRA 4IBNA 5C2DA 1RDBA 3W0LA 3AVHA 5AQVA 4N47A 3D0PA 4FJHA 2EWSA 4OKEA 2A1SA 3DXKA 2V52B 3HL8A 4FK0A 3AA5X 4WFAL 1K8AO 4Z4CA 3QNNA 3QNOA 2XY8A 4IEEA 4J2AA 1NKEA 4JNEA 4I6MB 4LH5A 3NCIA 1VSDA 4O8KA 1VQ6N 4CZGA 3EE9A 3PLAA 4I2PA 4CBXA 3M1FA 3P39A 4DHYA 1CLQA 3ZEUB 2DFFA 4JI6K 4DFMA 3CFOA 1DGKN 1K73O 4UQGA 1RBUA 4BR4A 1VRTA 2QWMA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5AQS A;  5FPM A;  5LJV A;  3SMS A;  5AQT A;  1QZ6 A;  4BC5 A;  3UE5 A;  1NGB A;  4H5V A;  5BN8 A;  2NLX A;  2P9L A;  1BO5 O;  5KPZ A;  5BRE A;  5LY3 A;  5KPR A;  5KPT A;  2Q36 A;  4FWQ A;  3FZM A;  1NGJ A;  3MK6 A;  3D2F B;  5BRH A;  2VWB A;  4FWM A;  5AQG A;  3VEV A;  1GLF O;  2A3Z A;  2IIR A;  3LL3 A;  1S22 A;  3VOV A;  5AQJ A;  4HWI A;  1ZBS A;  2HMP A;  3AAR A;  5AQM A;  2ASP A;  1BA1 A;  3O1W A;  2D0O A;  2FSJ A;  2WUS A;  2A6A A;  3AAQ A;  3O4W A;  2BUP A;  1BU6 O;  1D4X A;  1J6Z A;  3VEN A;  2FF3 B;  3C0B A;  4BGB A;  2KHO A;  4MO5 A;  2GWJ A;  2VYP A;  4BRA A;  2A41 A;  3MN9 A;  3CER A;  4ISF A;  4BRO A;  1NGC A;  3BP8 A;  3R8E A;  3UKU A;  3GG4 A;  1NM1 A;  3ID8 A;  2Q1N A;  2GEL A;  1NGF A;  3KZB A;  1GLD G;  1Y64 A;  1SZ2 A;  4IXC A;  1T6D A;  5KQ8 A;  4CZH A;  1QQN A;  4L3Q A;  4FOI A;  4BC2 A;  4H0Y B;  4BR0 A;  3U9D A;  3VEO A;  4GY2 B;  4BR9 A;  5JLF A;  4I6M A;  3GBT A;  3R6M A;  3JXU A;  3H3N O;  1NWK A;  4FWP A;  3LDN A;  1KAZ A;  4PL7 A;  1MA9 B;  2GWK A;  1SAZ A;  2QWQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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