4FWKA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with amp
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
molecule keywords Propionate kinase
total genus 133
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwkA02
5AZIB 1S3XA 3QBWA 1J6ZA 5LJWA 2H3GX 4FWNA 4M7XA 2D4WA 3QDKA 1OKJA 1BUPA 3GDQA 5TKYA 4BRAA 2E2QA 4BRPA 4I6MA 4PKIA 2FSJA 3SLCA 2P9NB 1YUWA 5ELZA 2E8AA 2Q1NA 4JHDB 2FF6A 1T44A 4BG8A 4RCHA 4CZGA 1X3NA 1T6CA 3C7NA 5BN8A 3A5LC 4H0YB 5F0XA 1EQYA 1ATRA 2YHYA 3I8BA 3VEZA 1U2VA 4BROA 1JCFA 2UYTA 3O8MA 3CJ1A 3WT0A 2GTDA 3CJAA 3DXKB 1IG8A 4PKHA 4WQ5C 5EY4A 2ITMA 4A2AA 2E20A 3O80A 4BGBA 3JS6A 1BDGA 5EX5A 3CQYA 4BC5A 3H45C 3KZBA 1BU6O 2IVOA 3JXUA 3SMPA 5AQGA 1V4SA 3RSEB 3U9DA 3MN5A 1LCUA 3AY9A 5AQQA 2P9UB 3O4WA 4BG9A 2YI1A 2A41A 2V52B 4JD2B 3ULEA 4BR2A 3DXKA 4BRMA 2FSKA 2V7YA 3EN9A 3AAQA 2ASPA 2D1KA 3H46O 2BUPA 2IVPA 3ZEUA 4CZFA 3MCPA 3UKUB 4A62A 3U4LA 1ZC6A 3HBTA 2AP1A 5AQJA 3A5MC 3LDQA 3VPZA 2P9NA 4H5TA 2YHWA 4BRLA 3R6MA 4JHDA 2QW9A 2QM1A 4CZMA 1HUXA 3FZKA 1XC3A 3VEOA 2ASMA 4ISGA 4JNEA 4BC4A 4RTFD 3FGUA 4H03B 3MK6A 4HTLA 3CHWA 4BRKA 4B1WB 1HPMA 1NGJA 1IJJA 5AQPA 5EXWA 3WUHA 4WQ4A 1SQKA 5AZIA 4RWTA 3O1BA 3KHYA 2W40A 1X9JA 1HKCA 4CZHA 5BPNA 3A5OC 3CQXA 2ZGYA 4FPBA 3O1WA 2V51B 2V7ZA 3EO3A 4EIAA 5JICA 3GE1A 4IXCA 3WEEA 3R9PA 1K8KA 3EZWA 5AZJB 3WXJA 3G25A 4K41A 4NO7A 1R59O 4MLHA 4Y0WA 1MA9B 5AR0A 3VERA 2HOEA 3MMVA 3ID8A 3C7NB 3FZFA 3D2EA 4Z94A 2A3ZA 1HKGA 3ULEB 2PAVA 2HF4A 2Q31A 3FZLA 3J8AA 3FE1A 3IMXA 5KPRA 1QQMA 1G99A 2Q0UA 4IJNA 2QXLA 3RSEA 2NRHA 2NLXA 3EKSA 3LL3A 4QS7A 3UKRB 4CD1A 4EHTA 3ZETA 4DHYA 2J4RA 5ADXH 1Y64A 4LC9B 4BR4A 4EHUA 5FPNA 5B8HA 3BEXA 3DJCA 1Z6RA 2Q2RA 2NZTA 4YDUA 3R8EA 3QFPA 4H5WA 3UKRA 5AZJA 2YHXA 4YDUC 1NGCA 3ZX2A 4J8FA 2YJFA 4H5VA 4ISEA 2D0PA 5AQWA 2A5XA 4FWLA 4A2BA 1BO5O 2E2PA 5AFUH 1NM1A 4AM7A 2YCHA 5F1XA 2E1ZA 3SK3A 2E2NA 2GUPA 4H0OA 4BC2A 4BQLA 5AQKA 4EAHD 1MDUB 2P9SB 5AQTA 4K42A 3CERA 5AQVA 4H0XB 4IZ9A 2I7NA 3VESA 2IIRA 3QB0A 5JLHA 2P9LB 4M7YA 5BN9A 4FWMA 3IUCA 1GLBG 1BOTO 2P9KB 4CZJA 3CIPA 1NGFA 3LM2A 1QQNA 1YXQA 5AQOA 4CBWA 2P9KA 3VOVA 3OHRA 3DXMB 4CJ7A 4L3QA 3LDLA 3VEVA 3HTVA 1U6ZA 4IO8A 5BPLA 1NBWA 2P9LA 5KPZA 4FO0A 3DWLA 3VF4A 3P4IA 5AQUA 4PL7A 4QS9A 3ENHA 4C23A 2QWMA 3QICA 4FOIA 2WUSA 3W0LA 3VENA 3FZHA 5AQMA 4BQZA 3CJBA 3EKUA 3IFRA 4NB4A 3VF2A 5AQZA 4CI6A 5E26A 4B1VA 2D0OA 1GLEG 4I6MB 4FWRA 3VEWA 3AARA 4F9OA 2FLOA 4MO4A 4BR9A 2YJEA 1DKGD 1MWKA 4IJAA 4CZKA 2Q36A 4H0TB 4BRDA 5AQXA 3BP8A 1HX1A 3D2FB 4BREA 5ADXA 3VEYA 1DGKN 1HJOA 3LDPA 2DPNA 3F9MA 3H1VX 1ZXOA 5AQIA 4BVOA 4BRHA 4BRFA 3LDOA 1HLUA 3MN7A 2GELA 4WYBA 5EVZA 3BF3A 5FPDA 2A40A 3D7EO 3L0QA 5AQRA 1TUYA 4KBOA 4H0PA 3VF6A 2CGLA 2EWSA 4XH5A 4E1JA 5CE3A 2QWNA 3VEXA 5AQNA 3TU5A 4BRQA 1GLLO 3H3NO 2ASOA 3CJ9A 1KAYA 3CETA 5EOYA 4B1XB 3VGKA 2P9PB 1BWFO 1YVNA 5AQYA 1JCGA 4DQ8A 2FXUA 4CD3A 4CZEA 1YAGA 3WXKA 4H0VB 3WXIA 1CZAN 1S22A 4FWKA 4GY2B 3HI0A 3KVGA 5LY3A 4BRCA 3L6QA 4FSVA 5KQDA 2E2OA 2ZWHA 2FSNA 1TYQA 1V4TA 3QFUA 1U2VB 4B9QA 2CGKA 4H5NA 3A0IX 2QWPA 5LJVA 1HKBA 1NGAA 2OANA 1DEJA 2CH6A 4WQ4C 4B1YB 2AA4A 2I7PA 3I33A 1ATNA 2P9SA 3O6WA 2CH5A 2ZF5O 3U9ZA 1WUAA 4JN4A 1D4XA 5E84A 2ZGZA 2GWKA 5AQFA 4FWOA 1Q18A 3WEEB 2KHOA 3ZEUB 1NWKA 1GLFO 1TYQB 2A6AA 1H1VA 3DAWA 4QS8A 4BR5A 4K25A 4WQ5A 4JD2A 4FWSA 4BC3A 1BA0A 1MWMA 1XUPO 3ATUA 4FL9A 1NMDA 3IDHA 4MO5A 1NGEA 5KPTA 4FWPA 3O5BA 3H6EA 2E88A 3D2FA 5BREA 4B1UB 3FLCO 2VYPA 4BRNA 4PL8A 4MLEA 3ZX3A 4EFHA 3BF1A 1QZ5A 3ATVA 2GWJA 3WQTA 1JCEA 3MDQA 3SMSA 3AAPA 1BA1A 2A42A 4BVPA 3GBTA 1ESVA 3TPQA 4CZLA 3H3OB 3MN6A 5F2RA 4H5RA 1GLDG 5JLFA 2P9IB 4O8KA 3O08A 1E4FT 3FZMA 4BR7A 3DXMA 3M1FA 4FOEA 5I9EB 3HZ6A 4AM6A 1NGIA 2GEMA 2PBDA 4CBXA 1NGHA 1LOTB 5AQLA 5AFUA 3GG4A 3SJHA 3LDNA 1KAXA 2QWQA 4HWIA 3UB5A 3ENOA 3W3DA 4ISFA 1E4GT 1SZ2A 1KXPA 4O5FA 3BUZB 3HM8A 2W41A 1BG3A 4FPAA 2Q97A 1P8ZA 2QWLA 3B8AX 3VETA 1QQOA 4XEIA 2BTFA 2F9WA 2HMPA 2E1YA 2Q0RA 4JAXA 3D2EB 1RFQA 1SAZA 5BRFA 1ATSA 5BRHA 3CJ7A 3UKUA 1NGBA 3FR0A 2IVNA 3QMLA 1NGGA 1ZBSA 5BR9A 5AQSA 3A5NC 1XQSC 3CI5A 4DB3A 5FPEA 2QWRA 5BPMA 1RGIA 4GNIA 4DCHA 3CJCA 1C0FA 4BR0A 3M6GA 3LM9A 3GOIA 4XH4A 3ZETB 3C0BA 2P9UA 4PKGA 5AQHA 3L4IA 3H1QA 2P9IA 1RDWX 4A61A 5JMVA 4XH1A 4FWQA 3WXLA 3A8YA 4BRIA 1GLJO 4IWVA 3GL1A 1GLCG 2P9PA 1Z05A 3VGLA 3FFKB 1NLVA 3UE5A 4BGAA 1GLAG 2F9TA 3QBXA 5BRDA 2FF3B 2CGJA 3EL2A 3HSCA 4K43A 4CBUA 5KQ8A 4CZIA 4B1ZA 1QHAA 1NGDA 4M63C 2HF3A 2VCPA 1K8KB 1QZ6A 1C0GA 2VWBA 3S41A 3U8XA 4BRGA 1T6DA 3MN9A 1TUUA 5FPMA 3ZX0A 2QWOA 3M3ZA 3WQUA 1X3MA 3VGMA 1KAZA 1WOQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AZIB 3O3FA 4H4OA 2NNWA 4CJSA 5HRNA 1VQ5N 4FM1A 4M7XA 3QDKA 3RMDA 4KHWA 4NXMK 1BUPA 4BRAA 4FLTA 1YVUA 3ZT1A 2FSJA 3SLCA 3OYBA 2HNZA 4RCHA 1C0MA 1EQYA 1A5WA 2PY5A 1U2VA 1JCFA 3KK3A 1JLBA 1VK0A 4PKHA 4WQ5C 4NCGA 2PYJA 2WFBA 4JKCA 2E20A 3M8QA 3CQYA 4BC5A 3H45C 1TKTA 1U45A 2OTLN 4ZHRA 1KQSM 5M1NA 3JXUA 3U9DA 1F21A 4IBNA 3PX0A 2HNYA 2P9UB 1HR0K 3SQ1A 3O4WA 4BG9A 3SAFA 4C8LA 2YI1A 2A41A 4JD2B 1LAVA 4FK0A 3ZSXA 4BRMA 4FLXA 1BI4B 1YITN 4CZFA 2UUBK 3MCPA 2B6AA 2AP1A 2QI2A 3WNEA 4WF9L 3CD6N 3V9ZA 1YTAA 3LDQA 1KVCA 1NJIO 1TL3A 4KTWA 3KK7A 4DTUA 3UIQA 2QW9A 4CZMA 3TABA 2VQEK 4CJ4A 3V4IA 4GV3A 4ISGA 4JNEA 4DV2K 1HYZA 1QS4A 3QEPA 2FBXA 3DLEA 1OH8A 1RBVA 4BRKA 5EXWA 3OYFA 3QEVA 3THVA 1IKVA 1Q81O 1X9JA 1HKCA 3VMFB 1TVRA 1D8YA 4FJMA 4FPBA 3O1WA 1VQ7N 3ZSRA 4EIAA 4DR5K 2BDPA 4GKKK 5CYQA 1K8KA 1D5AA 2B5JA 1VQMN 2W42A 4NO7A 5C42A 4MLHA 1A5XA 2O4GA 3C7NB 3D2EA 2ZM6K 4E7HA 2HF4A 5CY4A 3I56N 5JS2A 2W6KA 4YHHK 4FZYA 1X1PA 1VRTA 4FW2A 5GAEP 2NLXA 1Z25A 5K14A 4B3MK 4X65K 4CD1A 3VQCA 5CYMA 3RMBA 3NGIA 4CIFA 4DV1K 4EHUA 3DJCA 5J2NA 1T7PA 2QKBA 3TARA 3CMAN 5C2DA 3DRRA 4YDUC 4CW7B 3TTFA 4J8FA 5HP1A 1L3SA 4ISEA 2D0PA 1E3MA 5DMRA 1KLMA 4A2BA 1BO5O 2E2PA 4B8CA 5F1XA 4GV9A 3SK3A 2E2NA 3HXMA 4H0OA 4JS5A 2HBLA 2BH1A 1DLOA 1KC8O 4K42A 3OS2A 4C1NI 1TGOA 4H0XB 2P9LB 3HP9A 4M7YA 5BN9A 3SNNA 4DR2K 3IUCA 2UXCK 1D9DA 1GLBG 4F2RA 1NGFA 3RWUA 4CBWA 2HHHK 3LDLA 3VEVA 4IEIA 3K0SA 5BPLA 1TL1A 1EETA 4FO0A 3DWLA 3TAPA 4C23A 3ENHA 3F73A 3W0LA 2WUSA 1RTIA 3FZHA 4LY7A 3L2VA 2VG6A 4ILGB 4N41A 2NUBA 4CI6A 2VG5A 4B8AB 4FJ9A 5FROA 3K9KA 2D0OA 1GLEG 4I6MB 1REVA 1S1VA 3RRHA 3OYKA 2YNHA 3N4PA 4BR9A 5JVGL 4AH9A 4KI6A 5GAHP 4NYNA 4CZKA 4DFJA 4BRDA 4Z4GA 3PY8A 4M3WA 1ZXOA 3DRPA 3MN7A 2GELA 3BF3A 3OYEA 5FPDA 2D5RA 3L2RA 4H8KA 2A40A 3HPOA 3L0QA 1WAJA 4CEEA 1JL2A 4XH5A 4E1JA 3I55N 4IG3A 2QWNA 4B9SA 2HHUA 1GLLO 3CJ9A 1RDCA 1BWFO 4YOYA 2XO7A 3HO1A 4OPJA 4CECA 4CZEA 4B9NA 3CCMN 3T19A 4H0VB 4DQQA 1W7AA 2JWLA 4IFEA 3O9RA 4BDYA 3C6TA 3KVGA 4IG0A 4CFDA 4F3TA 4F3OA 3U3GA 4CEZA 1TYQA 4DLGA 3AA2A 5M1OA 3CPEA 3EYZA 2GV9A 4C8NA 1JLQA 1HKBA 4Z4EA 1JLAA 4KI4A 2CH6A 4Z4IA 2Y1JA 2QTDA 4KB0A 3O6WA 4KTQA 1JJ2M 1D4XA 4CEFA 3TWHA 2YNFA 1QSLA 2NRRA 4IEEA 1Q18A 4I7FA 2KHOA 1NWKA 1N5YA 1TYQB 5J2PA 1TKDA 3TTCA 1SV5A 2YKMA 4CJTA 1XUPO 1ASUA 1VSLA 3IDHA 5DK5A 1QSSA 3D2FA 5GINA 4AHRA 4E19A 2O8DA 5AJ3K 4I2QA 1JLFA 4NYFA 4FZXC 4KRFA 2D0BA 3MX5A 4MLEA 3ZX3A 3BF1A 1WAFA 5KI6A 1JCEA 4JV5K 1T3VA 3LP3A 2OYQA 3RMAA 3AAPA 4CFBA 1BA1A 4KB1A 3GBTA 4CZLA 1T05A 5F2RA 4OPAA 2VG7A 4H5RA 2QKKA 2P9IB 4O8KA 4LF6K 1J53A 3FZMA 1BQMA 4DTPA 1RTJA 3M1FA 1U04A 5LMUK 4AM6A 3V9XA 4CBXA 3TSPA 4I9LA 3SJHA 5AFUA 1XHXA 3LDNA 4J2BA 3IKMA 4DMNA 1W0HA 1KAXA 4DTRA 1UA1A 1JLCA 3K5NA 2VGNA 4E1NA 3ALYA 4N76A 1O13A 3DLKA 4FM2A 3K59A 3VQ9A 1BG3A 4DUZK 2QWLA 3NVMA 4XEIA 4E7LA 4JKGA 2E1YA 3VQ6A 2XRIA 1RBSA 1RFQA 1SAZA 5BRFA 1ATSA 1R0AA 3CJ7A 3UKUA 1NGBA 4FLVA 2IVNA 3QMLA 5FDLA 4JI7K 1NGGA 3IAYA 1ZBSA 1XQSC 3CI5A 3TSUA 4GNIA 4JKEA 1XHZA 3KLHA 2OPRA 4BR0A 4CF9A 2ITGA 3K9JA 3ZETB 1ASWA 4DS5A 3LP0A 5KRSA 2HVIA 4IOXA 2P9IA 4EP5A 1XI1A 2IAJA 3ITHA 4XH1A 1VSDA 3WXLA 4BE0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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