4FWKA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with amp
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate kinase
total genus 133
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwkA02
1NGIA 3WXKA 4AM6A 1H1VA 1NGFA 3D2EB 1YXQA 3IMXA 3LDPA 1NGJA 1YVNA 4FSVA 5E26A 1GLDG 4B1XB 3O8MA 5BR9A 5LJVA 2UYTA 5AQGA 4QS9A 3AAQA 4DCHA 1BG3A 5AQFA 3RSEB 4L3QA 3VEOA 3VEWA 2V51B 3DAWA 3HTVA 5TKYA 2HMPA 3GBTA 3MN7A 3FZMA 3UKRA 3WQTA 1Z05A 2D0OA 3FR0A 3W3DA 1NWKA 3P4IA 4FPAA 4XH1A 4PL7A 4BC4A 3VPZA 2E2PA 5AZJB 5AFUA 5BN8A 2AA4A 2NLXA 3DXMB 5FPDA 1GLBG 2QWLA 3U4LA 1ESVA 1IG8A 3H1QA 1XQSC 3ZETA 3GG4A 2P9KB 2E1YA 4H5RA 2ASMA 4EFHA 3DXKB 3O1BA 1IJJA 3D2FA 3MMVA 3LDNA 3C7NB 2FF3B 2P9IA 4A62A 1BUPA 2Q36A 5AQSA 3HI0A 2ASPA 4FWMA 4FWKA 3AY9A 3QFPA 4BG8A 2ZGYA 3WXIA 4RWTA 1RGIA 1KXPA 2BUPA 1C0GA 3QICA 2GWKA 1LCUA 5CE3A 3J8AA 5AFUH 2P9PB 4BQZA 2CH6A 5AQKA 2HOEA 4EHUA 4GNIA 2F9TA 4RCHA 2Q0UA 4BRIA 2YJFA 4B1UB 4Z94A 2IIRA 2YHWA 3A8YA 5AQLA 1DKGD 2YJEA 5BRDA 4JN4A 3ZX2A 1T6DA 4KBOA 1JCFA 4M63C 5LJWA 3I8BA 4WQ4C 5AQQA 3CERA 4CJ7A 3EO3A 2P9NB 2GTDA 3GDQA 3O08A 1RDWX 3UE5A 4H0YB 3R9PA 1QQOA 2QWQA 1U2VA 2IVOA 3VESA 5EVZA 3BP8A 4BR0A 4AM7A 4BC2A 1LOTB 2A41A 3LDQA 3AARA 2GUPA 4M7YA 5BPMA 3WQUA 3L4IA 1NBWA 2ZGZA 3D2EA 4CZJA 4FWLA 2IVNA 4CZLA 4CZEA 3FZLA 3U9ZA 2I7PA 3KZBA 2A3ZA 3A5NC 3EL2A 3VGLA 3ZEUB 5JMVA 1TUUA 5KPRA 5JICA 3RSEA 1OKJA 2E2OA 4H0VB 3VEVA 3H45C 2D0PA 4CI6A 1MWKA 5AQTA 5BRFA 1V4SA 5AQVA 5AQHA 1GLAG 3JXUA 3H6EA 2AP1A 4C23A 3VEZA 1SQKA 4EHTA 3FLCO 5AZJA 1BOTO 2GELA 4BC5A 5AQYA 1ZXOA 3IFRA 5KPTA 4FO0A 3DXMA 2Q31A 4H5WA 4O8KA 2H3GX 3ATUA 3ULEB 1GLEG 5AQUA 3HM8A 3W0LA 2E20A 4CD1A 3FE1A 1DGKN 3DXKA 4FWRA 1E4FT 3C7NA 4WYBA 3M6GA 4XH5A 2VCPA 5ADXH 3WXJA 2QXLA 2A5XA 1NGGA 3LDLA 3VENA 2E8AA 2J4RA 2Q97A 2V52B 5F2RA 5AQIA 1X3MA 3CIPA 1BDGA 2A6AA 1XUPO 3O6WA 3VF6A 3ZX0A 4B1WB 1BO5O 2D1KA 2P9PA 1HLUA 1G99A 2YCHA 4NO7A 3LDOA 5I9EB 4MO4A 4PKGA 1BA1A 4BROA 2QWPA 3A5OC 3VOVA 3A5MC 1SZ2A 3O4WA 2V7YA 3ZX3A 4F9OA 1NGAA 1GLJO 5AQPA 2Q2RA 2P9NA 3JS6A 3LM9A 1GLCG 2A42A 3HSCA 3QMLA 4M7XA 1Q18A 5AQWA 3BF1A 1R59O 2QW9A 3WEEA 4CBXA 3MCPA 4H0OA 1J6ZA 2ITMA 4BR2A 2QWNA 1E4GT 2P9SB 2CGJA 4H0TB 5AZIB 3FFKB 4FWPA 3U9DA 4BRMA 3CJ1A 3DJCA 4BRHA 4I6MB 3ZEUA 1U6ZA 4FPBA 1BA0A 3I33A 4NB4A 1V4TA 1Y64A 1BU6O 3ATVA 1SAZA 3MN6A 3AAPA 3VEXA 4JHDB 1NGDA 4E1JA 4MO5A 4BC3A 2P9LB 5E84A 3VETA 4DHYA 4BVPA 3QFUA 4BRFA 1RFQA 1ATSA 4BR5A 4Y0WA 3ULEA 5BRHA 2GWJA 1S22A 4JD2A 1HUXA 3CJ9A 3ENOA 5KQDA 5LY3A 3OHRA 1NGCA 2CGLA 3O1WA 3CJAA 4PKIA 4K41A 1QQMA 3FZHA 3FZKA 4A2BA 4BRCA 4PKHA 3M3ZA 3H46O 3B8AX 3O5BA 3WT0A 2QM1A 3CJBA 3G25A 3SMPA 3WXLA 2FXUA 2I7NA 4DB3A 4EAHD 4CZIA 1HX1A 1NGHA 3C0BA 4IXCA 5KQ8A 4FOEA 4CZKA 2Q0RA 4BGAA 4EIAA 5FPMA 1BWFO 4CD3A 3EZWA 2PBDA 2P9UB 3IUCA 2QWRA 1Z6RA 4H5TA 2NZTA 2FF6A 5B8HA 4CBWA 1K8KB 3EN9A 4B1YB 4H03B 4B9QA 2P9KA 2W40A 4WQ5A 1D4XA 3KVGA 3HBTA 3MK6A 4K43A 5BN9A 4FL9A 2FSKA 4IO8A 4J8FA 1WUAA 2HF4A 3EKUA 3GOIA 3CHWA 4H0PA 4BRAA 2QWOA 4FWSA 3U8XA 2P9SA 1YAGA 2PAVA 3F9MA 3MN5A 3R6MA 4H5NA 4B1ZA 3CJCA 5AZIA 5AQOA 3MDQA 2ASOA 2BTFA 5BREA 1MA9B 5AR0A 4BG9A 5BPLA 1QZ6A 3TPQA 4I6MA 4H0XB 1MWMA 4IZ9A 4YDUA 2CH5A 4BR7A 4CZMA 2EWSA 3UKUB 4HTLA 1MDUB 1DEJA 4JHDA 3QB0A 3WUHA 3VF2A 3DWLA 1T44A 2DPNA 4DQ8A 4BR9A 3VF4A 3M1FA 2P9LA 3L6QA 3HZ6A 3O80A 1HJOA 4FWQA 4K42A 3LL3A 4XH4A 1ZC6A 2GEMA 3QBWA 3VERA 2HF3A 1QQNA 4BGBA 4FWOA 1TYQB 3UB5A 4CZGA 1P8ZA 5AQZA 4JNEA 4IWVA 4BVOA 4JAXA 3R8EA 4CZFA 4LC9B 1QZ5A 3CQXA 4BRNA 4BRKA 2V7ZA 3CQYA 3A0IX 3KHYA 2E2QA 4BQLA 4QS7A 3SLCA 5F0XA 1JCEA 2ZWHA 2D4WA 2A40A 1KAXA 3A5LC 1NLVA 3GL1A 3FZFA 5FPNA 1HKCA 1X9JA 1NMDA 3L0QA 5FPEA 4ISEA 1CZAN 3MN9A 1TUYA 4QS8A 2P9UA 2WUSA 3D7EO 5AQJA 5AQMA 4A2AA 4A61A 5ELZA 5JLFA 1YUWA 1JCGA 2Q1NA 4CZHA 3S41A 4PL8A 4H5VA 2QWMA 1K8KA 2FLOA 2VWBA 3LM2A 3VGKA 4CBUA 3UKRB 2NRHA 3GE1A 3H3NO 4B1VA 1KAZA 2YI1A 1QHAA 3BEXA 2VYPA 4MLEA 3VGMA 4BRQA 3SJHA 1NGBA 3CJ7A 1ZBSA 4MLHA 3H1VX 5EXWA 3VEYA 2CGKA 3BF3A 3CI5A 3ZETB 1KAYA 4WQ4A 4BRLA 2F9WA 3BUZB 4HWIA 1NM1A 1C0FA 1XC3A 5AQNA 1S3XA 1ATNA 3D2FB 3IDHA 4FOIA 2ZF5O 1ATRA 3UKUA 3WEEB 4BRPA 2P9IB 3SK3A 5BPNA 4RTFD 1GLFO 5AQXA 1HKGA 2FSJA 4IJNA 5ADXA 1GLLO 4BREA 5F1XA 3CETA 1X3NA 5EOYA 3QDKA 4BRGA 4WQ5C 4BRDA 4XEIA 3EKSA 5JLHA 2YHYA 1TYQA 3ID8A 2E1ZA 4K25A 1EQYA 2E2NA 5KPZA 4GY2B 3ENHA 3TU5A 3H3OB 2KHOA 3FGUA 2IVPA 2OANA 5EX5A 4IJAA 2YHXA 4BR4A 4O5FA 2FSNA 4FWNA 4ISGA 4YDUC 5EY4A 1HPMA 2E88A 1HKBA 4ISFA 4JD2B 1U2VB 5AQRA 3QBXA 1NGEA 2W41A 3SMSA 1T6CA 1WOQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4C8LA 3PY8A 1NGFA 1YXQA 2GUIA 3IMXA 4FSVA 1XWLA 2UYTA 4I9QA 4CGGA 3AAQA 1BG3A 2YHAA 3OJSA 1T7PA 3T69A 1KSPA 1XNRK 4CJ4A 4FLZA 4AH9A 1WSJA 1Z05A 1TKTA 3W3DA 1NJIO 1HNZK 1NWKA 1C0MA 4B9LA 4PL7A 3VPZA 5AZJB 4YOXA 5AFUA 3MWTA 3DXMB 2D0BA 2DFEA 4B9SA 2QWLA 4ZTFA 4B8CA 3U4LA 2OZMA 1RT2A 1IG8A 1F21A 4CGFA 1XQSC 2F7TA 1SUQA 3GG4A 3EY1A 4DFKA 2P9KB 2E1YA 4RW8A 2ZM6K 3D2FA 2P9IA 3P83D 4A62A 1MU2A 1FKPA 2Q36A 3WNGA 4E7IA 4FWKA 2HVIA 4FJJA 4NCBA 4ICLA 4LF6K 4WCEL 3LWMA 1RGIA 4CEFA 1C0GA 3OW2M 4WF9L 1LCUA 4CEZA 4I2PA 2CH6A 3AVBA 3NDKA 1KVCA 3O4QA 1XC9A 1CLQA 2Q0UA 1U45A 3HK2A 1WSGA 3OA9A 3VQ5A 1DKGD 2YJEA 2UUCK 1TK5A 3AVGA 4CGHA 5KI6A 3CERA 3CCJN 2GTDA 3O08A 4IOXA 4H0YB 1QQOA 2QWQA 5DM7L 4EZ6A 2IVOA 3BP8A 4CF2A 4BR0A 4BC2A 2A41A 2VG7A 2GUPA 4CFCA 4C8MA 4CZJA 4CZLA 3FZLA 4O8UA 2I7PA 3FFIA 3IS9A 3SQ4A 4NXNK 3EL2A 4B3RK 1B9FA 1CZ9A 4K0KK 1C0UA 3MEDA 4YOYA 4KHPK 3O4NA 1Q9XA 1V4SA 2QK9A 1LAVA 3JXUA 3OBWA 1TAQA 2AP1A 4C23A 3DRRA 4HUEA 5AZJA 3Q7BA 4AHTA 1ZXOA 3CCLN 4E1MA 4A57A 3DXMA 1WSEA 1YITN 5AQUA 1QQCA 1E4FT 1WAFA 4CECA 1IBLK 3M6GA 4XH5A 3RRGA 1JLGA 2VCPA 3DOKA 2VQEK 5LMNK 1ZYQA 3WXJA 1SKSA 5HRPA 4CHZA 4IEEA 3KD1E 3DLRA 3MXMA 3M8SA 1D9FA 1LW0A 1XHZA 1N6QA 5C10A 2J4RA 5AQIA 3CIPA 1BDGA 2A6AA 3AA4A 5FLXO 1BO5O 4N41A 2D1KA 3ZT0A 4KREA 4CESA 4NO7A 3LP3A 2WOMA 1S1VA 4CEQA 4FJMA 4YOTA 3VOVA 2O8BB 4IFYA 1VK0A 1NGAA 4JI7K 3D0PA 3JS6A 3LM9A 1X1PA 3G0ZA 1RCHA 4M7XA 1I3AA 3DLGA 1RBSA 1WNSA 3PO4A 1R59O 5D3GA 3SAFA 4H0OA 3VQ4A 1J5OA 4KAZA 2QWNA 1E4GT 5DMRA 4BDZA 2CGJA 1X9WA 3V9UA 2UXDK 1YF5L 3DJCA 4I6MB 2O8EB 2ZJQL 4JV5K 2PZSA 4M41A 1NK9A 2HHTA 1V4TA 2D5RA 5CHIA 3SQ0A 1TAUA 4BC3A 4NLCA 1NJZA 2VG6A 4DHYA 4BVPA 3RMCA 2HMIA 4JKBA 4DU4A 1S6PA 5C12A 3E9LA 3CFRA 2GWJA 1S22A 3JYTA 4HVJA 5LY3A 1K73O 4LSLA 1QSSA 3O1WA 1VQ8N 3KK7A 3QLHA 1QQMA 3FZHA 4CHQA 4NYFA 3DLBA 4Q5VA 4JI1K 3SQ1A 1CZBA 3EE8A 1HR0K 1HQEA 3LALA 3AO1A 1JXEA 3NH1A 3WT0A 1W2BM 4CF0A 3G25A 3SMPA 3HJFA 3AVLA 3WXLA 3VQ6A 3OYNA 5CZ1A 2I7NA 4KTQA 1L3TA 2O8CB 1HX1A 1SS6A 2X6NA 3I55N 4IXCA 2EX3A 1E3MA 1YJ9N 5C15A 5KQ8A 4CZKA 3LPTA 5FPMA 4F3OA 1YTAA 1JL2A 2P9UB 2O8BA 2YKMA 4ILGB 1WSIA 4ELTA 1WBBA 1K8KB 3DM2A 4RW7A 4BACA 1D4XA 3KKSA 4H0PA 3EKUA 3GOIA 4IFEA 1M1KO 1ZBLA 1IKXA 4FWSA 1FK9A 4FLYA 4JS4A 3R6MA 3TAFA 1W97L 2ASOA 3PO5A 4FM0A 4I6MA 2O8EA 4A59A 4EP5A 1MWMA 4DR3K 4K8XA 4YDUA 1BHLA 4W5TA 4CJPA 3KK1A 2CH5A 3VQBA 1KC8O 4CZMA 3EE9A 3LZJA 3CMAN 2Y1JA 1Q9YA 3F5TA 4OX9K 3PX4A 2NRWA 2XY6A 4IBNA 2IS3A 4FWQA 4K42A 1IBMK 2HNDA 1N34K 4H4MA 1VQMN 2GEMA 4X64K 1S1UA 4BGBA 4FWOA 3BY5A 3MEEA 2P51A 2YX6A 5AQZA 5J2QA 4M3UA 3T3FA 3LP1A 3TSPA 1IG9A 4JAXA 3VQ7A 3L8BA 1N8RO 3K9KA 1QZ5A 4BRNA 2PYJA 4BRKA 3WNFA 3CQYA 3Q7CA 4BQLA 3HPHA 3SLCA 3F2KA 1JCEA 4JRQA 3L2RA 3E9OA 2O8CA 3FZFA 5FPNA 1HKCA 4AHRA 1NMDA 3L0QA 4FJ8A 4PY5A 1NNEA 4M3WA 1L3SA 4ISEA 1QE1A 2KZMA 3KK3A 1TUYA 4FJ5A 2RKIA 4NCGA 1QSYA 2P9UA 4NLBA 3D7EO 5AQJA 4Q0BA 2Q1NA 4CZHA 3S41A 1JLQA 4H5VA 2XY5A 4I9LA 1K8KA 2VWBA 3VGKA 3SPZA 1RTDA 3HL8A 3UKRB 4RW6A 4CF1A 2NRHA 3GE1A 3THXB 3TI0A 1BCOA 5J1EA 2KW4A 4FLWA 2YI1A 1CXUA 1TVRA 3SAHA 5A2QO 4KFBA 2Q3SA 3V6DA 4OKKA 1JXBA 1NGBA 3H1VX 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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