4FWKA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with amp
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
molecule keywords Propionate kinase
total genus 133
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwkA02
3CJ1A 4GY2B 5TKYA 3VEWA 2W40A 3C7NA 3UE5A 3WT0A 1NGHA 4FOEA 2IVPA 3CJCA 5F0XA 3O08A 2YJEA 4JNEA 4A2AA 2QWQA 3CQYA 3UKRB 3O4WA 2A40A 5AQIA 2CH5A 2IVOA 4FWKA 4BRGA 3EO3A 3SK3A 4WQ5A 4PKHA 1NGDA 3O8MA 2E2NA 4J8FA 5AQPA 2CH6A 5BRDA 1K8KB 4K43A 1RDWX 1WOQA 4FWRA 4BG9A 3SJHA 4BVPA 3AAQA 3I8BA 3IFRA 5F1XA 2ZF5O 3ULEB 4H0TB 1DEJA 4BREA 3TPQA 4CBUA 4BRKA 5JICA 4IZ9A 5AFUH 3UKRA 3S41A 3MN5A 3FR0A 2E20A 2V52B 3O6WA 4B1XB 4Z94A 5E84A 2F9WA 2AP1A 1JCGA 1K8KA 2CGLA 1RFQA 5AZJB 2ZGYA 5BREA 2V7YA 2P9PB 4GNIA 3O1BA 2D0PA 1QHAA 3VGLA 4BRAA 4A2BA 1J6ZA 3WQTA 4FWPA 4FWMA 4H0YB 4BRLA 4M7XA 3FGUA 1GLCG 1E4GT 3SLCA 2Q97A 4YDUA 4BRIA 4EHTA 4DHYA 4K42A 4DB3A 4FL9A 3D2EB 5JLHA 2FLOA 1T44A 2NZTA 4B1VA 1YVNA 3VEYA 3ATVA 2GWKA 3HTVA 5AZJA 2QWRA 2A41A 1GLLO 3ZETA 1MWKA 1YXQA 3G25A 4C23A 5BPMA 1NGEA 5AFUA 3MN7A 4WYBA 1GLAG 3LM2A 4XH5A 5BRHA 4IXCA 4JAXA 3U4LA 1V4TA 3GE1A 3F9MA 4B9QA 1QQNA 4H5VA 3JXUA 1Y64A 2GELA 5KPRA 2PAVA 3C7NB 3MDQA 4BGBA 5E26A 2P9KB 2CGJA 3GOIA 4HWIA 4Y0WA 5CE3A 1BU6O 1GLJO 4BVOA 3SMSA 5FPNA 4IWVA 3CJ9A 2P9NA 3O5BA 3ULEA 3O1WA 3VEZA 4IO8A 3UKUA 1NGCA 2P9IA 3KVGA 1TYQA 4WQ5C 2Q36A 4PKGA 5AQHA 1JCFA 5AQVA 3SMPA 4BR4A 4BROA 4O5FA 3I33A 1S3XA 5BRFA 2V7ZA 2D0OA 3L0QA 4NB4A 1V4SA 2F9TA 3QDKA 2E1YA 5LY3A 3WXIA 3MK6A 4H03B 4CZFA 2I7NA 3LDPA 3AARA 2QWNA 4DQ8A 3A5MC 3ENOA 5FPEA 4XH1A 1SZ2A 1ATSA 4MLEA 5AQKA 1H1VA 4CZMA 1IG8A 3CERA 2FF3B 3KHYA 2Q0UA 4QS7A 1NGAA 4BRPA 5AQGA 4BR9A 3QBWA 4JD2B 1R59O 1HKCA 1NBWA 4EIAA 4M7YA 4BRMA 2OANA 3H46O 3IDHA 3VEXA 1ZXOA 3A5NC 1TYQB 5BPNA 5AZIA 3LM9A 4L3QA 1MWMA 4H5NA 2WUSA 3H1VX 4BC5A 3QFUA 4CZGA 4CD3A 4PL7A 2H3GX 1GLBG 2FSNA 3VESA 1HPMA 2IIRA 3FFKB 3GBTA 3QBXA 3U8XA 3HI0A 3U9ZA 1C0FA 1YUWA 3A5OC 3ZX2A 1HLUA 3RSEA 3M3ZA 5EX5A 3UB5A 4O8KA 4BC3A 2P9PA 3WQUA 2A6AA 3D2FB 4FWLA 2FXUA 1DKGD 2YJFA 1JCEA 4K41A 2YHYA 1GLDG 2A3ZA 4EAHD 5EOYA 2AA4A 2ZWHA 3QMLA 4H0OA 4CZLA 3WXLA 4FWSA 4I6MB 5AR0A 4BQZA 5B8HA 4QS8A 2UYTA 3M1FA 2E88A 1U2VA 3VENA 3VETA 2P9LA 4BRFA 1NGFA 3A0IX 3H3NO 1LCUA 1WUAA 3ENHA 1BA0A 4XH4A 1NGGA 5AQYA 4H5RA 3CI5A 2GTDA 4AM7A 4H5WA 1HJOA 3VF6A 4A61A 3WEEA 1XC3A 4JN4A 4H0PA 5ELZA 3DXKA 3H1QA 4HTLA 5EY4A 5BN9A 3CJ7A 5KQ8A 1ZC6A 4BC2A 3GL1A 1RGIA 2E2OA 3VPZA 2E1ZA 3BF1A 2QWOA 2ASMA 3M6GA 4FWQA 1OKJA 1QZ5A 4FWOA 3DWLA 3B8AX 5AQZA 4KBOA 1NGJA 1NGIA 1HX1A 3FE1A 4WQ4C 4BR0A 3A8YA 1D4XA 1BOTO 2E8AA 2NLXA 5LJVA 3CIPA 3H6EA 4B1YB 4H0VB 2A5XA 4MO4A 2P9LB 1BA1A 4ISEA 5EVZA 1T6CA 2YI1A 3EL2A 4BRQA 1CZAN 3HSCA 2ZGZA 4FO0A 2I7PA 4NO7A 1QQOA 1QZ6A 1S22A 2GEMA 2P9NB 1KXPA 1E4FT 3MN6A 3CQXA 4CI6A 1TUYA 2QW9A 2HMPA 3QICA 4RTFD 1BWFO 3DAWA 5ADXH 3ZX3A 4CZIA 3IMXA 4BGAA 3ZEUB 4M63C 2D4WA 4EFHA 5KPTA 3HZ6A 1YAGA 2ITMA 2W41A 3TU5A 2QWMA 4FOIA 3C0BA 4QS9A 3LDLA 2P9KA 3EKSA 3MCPA 1Q18A 3WXKA 4A62A 1X9JA 2FSKA 2HF4A 3BF3A 3GDQA 3D7EO 5AQWA 3R8EA 3DXMB 3EKUA 1MDUB 4B1WB 3FZKA 5AQXA 1ESVA 1NWKA 5JMVA 2FF6A 1U6ZA 3DXKB 3ZEUA 1BG3A 3HM8A 2QWPA 1EQYA 1HKGA 2DPNA 1HUXA 3H45C 4BQLA 2FSJA 3MN9A 5F2RA 2GUPA 4CJ7A 3QFPA 3VEVA 3JS6A 4FWNA 2Q2RA 2P9IB 4DCHA 3VF4A 1XUPO 2E2QA 3D2EA 3GG4A 3R9PA 1ATRA 1NGBA 2YCHA 3OHRA 4FSVA 1X3NA 2KHOA 4E1JA 3FZMA 4I6MA 3AY9A 4BR5A 4JHDA 4BR7A 3A5LC 3D2FA 1KAYA 3H3OB 4WQ4A 4BRDA 2ASOA 4FPBA 1BO5O 1TUUA 3MMVA 2NRHA 3R6MA 3CHWA 1XQSC 3KZBA 2J4RA 3LDOA 3VOVA 1GLFO 3FZFA 5EXWA 3EN9A 3WEEB 2PBDA 1U2VB 3ATUA 2QXLA 1NMDA 4RWTA 4BRNA 4XEIA 3U9DA 4JHDB 3VGKA 4BC4A 2Q1NA 3BUZB 4RCHA 2V51B 2YHXA 1BDGA 5AZIB 1T6DA 4BR2A 1Z6RA 3W3DA 3BP8A 4ISFA 4AM6A 4EHUA 3WXJA 2D1KA 5AQRA 3QB0A 4CZJA 4CBWA 1MA9B 5BPLA 3P4IA 3WUHA 1ATNA 4BG8A 1IJJA 3DJCA 3L4IA 1GLEG 3VEOA 2BUPA 1C0GA 2E2PA 1NM1A 5AQUA 2Q0RA 3O80A 4MLHA 1LOTB 2QM1A 3FZHA 4BRHA 3RSEB 3CJAA 2P9SB 1BUPA 4K25A 4F9OA 4PL8A 3L6QA 5FPDA 3CETA 3LL3A 2BTFA 2GWJA 3DXMA 5AQJA 1X3MA 5LJWA 3VERA 1SQKA 4FPAA 1QQMA 1DGKN 2YHWA 5AQOA 4CZEA 2P9UB 5AQSA 1NLVA 5KPZA 5BR9A 3FZLA 3IUCA 3EZWA 4JD2A 5BN8A 2VYPA 4LC9B 2Q31A 1SAZA 3ZX0A 5AQFA 4BRCA 2IVNA 2VWBA 4MO5A 5AQMA 5AQTA 3VF2A 3J8AA 2HOEA 4PKIA 4IJNA 1P8ZA 1G99A 1HKBA 2ASPA 4CD1A 3LDQA 5AQQA 4CBXA 5KQDA 5AQNA 5AQLA 2P9UA 5JLFA 3AAPA 4IJAA 4B1UB 4H5TA 2P9SA 3LDNA 4CZKA 4ISGA 2A42A 2QWLA 3HBTA 3FLCO 4H0XB 3VGMA 5I9EB 3CJBA 4CZHA 5ADXA 2EWSA 3UKUB 5FPMA 4YDUC 3W0LA 3BEXA 1KAZA 1ZBSA 1KAXA 1Z05A 3ZETB 2CGKA 3ID8A 2VCPA 4B1ZA 2HF3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CJ1A 4GY2B 1SL1A 3P1GA 5HROA 4FOEA 3CYMA 4JS4A 4QCLA 2FBXA 3HP9A 2CH5A 1D5AA 1T3VA 2X6SA 4C8MA 1Q82O 2OYQA 3WNHA 3P31A 4H4OA 3NE6A 3AAQA 3E9PA 3E9LA 1SS6A 5F1XA 3TAPA 3HVTA 3ULEB 3SQ1A 3TPQA 3V6DA 4E7JA 1U4BA 3MN5A 3OW2M 2HHVA 1VQ4N 3U6FA 2E6MA 4B1XB 2Z1GA 3O3GA 2HHUA 1RFQA 1RT4A 2V7YA 2HNYA 1QHAA 3HOSA 1J54A 4F4KA 4FWPA 4H0YB 2R7YA 4OGEA 3SYZA 1RILA 4M7XA 3TAFA 3TAGA 4M3UA 1GLCG 1LAVA 2GX9A 4DQRA 3V1QA 4JI5K 4K42A 4LY7A 4FL9A 1Y97A 1C1AA 2GWKA 3HTVA 4CJRA 4LF4K 5AZJA 1ZBUA 1MWKA 4DWIA 3DLEA 1YXQA 3G25A 5AFUA 1VQLN 4FLWA 4BDYA 3SV3A 3THXA 4JKDA 1T7PA 3V1OA 4CJVA 1D8YA 2HVHA 4DV6K 4M3ZA 1U49A 5DM7L 1BI4A 3NMUA 2HHXA 1O13A 4RW4A 2WONA 2VG5A 5KPRA 5KI6A 3C7NB 4PA1A 3CM5A 1WBDA 4M3XA 3O9UA 4CHNA 1C1CA 1RBRA 3GOIA 3SMSA 3K2PA 4ID1A 4IWVA 2P9NA 4K8XA 4BE2A 1C0TA 5JS1A 2O8FA 1Z25A 1LW0A 1R0AA 4BROA 5BRFA 4DV0K 1V4SA 1WLJA 2ZE2A 3MK6A 4N47A 2I7NA 3AARA 1VSLA 4ID5A 1LW2A 2WBNA 1J5OA 1S9GA 4CJKA 5FPEA 4J2DA 3Q7CA 1ATSA 2FF3B 2FBTA 2QA4N 3HT3A 1IO2A 3KK7A 5HRPA 1VRUA 4JD2B 5SWMA 2Z1JA 1NK7A 4EIAA 1NK0A 3MEDA 4M7YA 2KQ2A 3IDHA 1HYVA 1VAZA 4KV8A 1UA0A 5BPNA 1VSKA 5AZIA 2BE2A 1MWMA 1HNZK 1NMNA 5C42A 4FJGA 2H3GX 5M1FA 2G8WA 1WB9A 2IIRA 3I55N 3QBXA 4N76A 3U8XA 3HI0A 4HUGA 1HLUA 4CEAA 2WTUA 2D0AA 3CFOA 1WSEA 1IKWA 4RW9A 1EWRA 1DKGD 3NH0A 3CCEN 1F21A 2YHYA 2A3ZA 4YOXA 3LWLA 3KLEA 4H0OA 1NKBA 4DU3A 4FWSA 5B8HA 2XY5A 1QS4A 1N5YA 3VQCA 3M8SA 2DFHA 1VQ9N 2KFZA 1VQON 3H3NO 3ENHA 3T1AA 4XH4A 5M1NA 1NGGA 4ZTFA 3VQ7A 3MXIA 5GIPA 1HJOA 3VF6A 4V19S 2OPSA 3L2VA 2O4IA 3TAQA 4YFUA 4DQSA 5BN9A 2P5OA 5KQ8A 4C8KA 4E7HA 4PQUA 1HNWK 1GOAA 4FJJA 2O8EA 5AQZA 2DFFA 3HL8A 2ZQBA 2W42A 1KQSM 4DR7K 5C0YA 4YOVA 4BR0A 1S1XA 4CFDA 4KH4A 3S9HA 4FZYA 1JL2A 3MXMA 4H0VB 4M41A 4LF8K 1BA1A 4ISEA 3PSFA 4O0IA 1QQOA 2HNDA 1YTUA 3OA9A 4BE0A 1KXPA 1E4FT 3ZT2A 5LL6Z 4DR6K 4FM1A 2BANA 4Y1CA 3VQEA 1SKWA 5E41A 4DFKA 5ADXH 1DTQA 4PWDA 2IDOA 4IOCL 2HBJA 4NYNA 3C0BA 2JWKA 1C6VA 1NJWA 3MCPA 4YHHK 1X9JA 4CIGA 1IV0A 3SAGA 5C10A 3DXMB 4FW2A 1MDUB 4B1WB 1A5VA 4CE9A 1ESVA 3AVGA 5JMVA 2A1RA 1U6ZA 2JLEA 4CJEA 3I8DA 3LDSA 1HKGA 3OYEA 4BQLA 2UXCK 3TSPA 4DTNA 1VQKN 3QFPA 4DFJA 3O3HA 4JKAA 3MWTA 3PUFA 2B4JA 4DLGA 3D2EA 3CXCM 1YT3A 1NGBA 5CR4A 1VQNN 3OHRA 4B9TA 1ZBHA 3G6EN 4CJSA 3TSQA 4O0JA 1QSLA 3KKSA 3PO4A 1KAYA 1BO5O 2HSTA 4BDZA 2J4RA 3VOVA 4OPHA 3L2WA 3ATUA 2QXLA 3TTDA 3ITHA 1FKPA 2P1JA 4BRNA 3LPTA 4XEIA 4CJWA 1W7AA 2UXBK 3VGKA 5AZIB 1TKZA 3NVMA 4AHUA 4FJHA 1OH5A 4BR2A 3KD1E 1C0UA 3DYAA 3W3DA 5C25A 4DU1A 3BDPA 4EHUA 3WXJA 3V81A 5AQRA 3QLHA 4DSFA 1ASWA 3M8PA 1YVUA 1LV5A 4IG0A 2LSNA 4KFBA 3ULDA 3TTCA 3MX5A 3WUHA 1QTMA 1IJJA 3L4IA 3VEOA 4W5RA 3ZT1A 2E2PA 1NM1A 3J7AP 3DLKA 1WNSA 1EP4A 4BRHA 4DLEA 4Z4HA 4GKKK 2O8DB 3CJAA 2HBLA 1XMQK 3AO5A 4K25A 2KZMA 4DQPA 4CK3A 2BDPA 2OA8A 3DLHA 2BTFA 3KK3A 5LJWA 1X9WA 3VERA 1VSJA 3CC4N 1DGKN 2YHWA 5AQOA 3VQ4A 1NLVA 3IUCA 1KVCA 4EP4A 2HBKA 2GV9A 4X62K 2P51A 4FVMA 2YX6A 4JLHA 5AQMA 3VF2A 4AHSA 2HOEA 4Z4GA 4OLAA 4FJ7A 1BQNA 4FK4A 4DR4K 4AHCA 1G99A 3PX4A 2WC9A 1HKBA 4CHZA 5KTQA 4E7LA 1VSMA 3WNGA 3THYB 4RW6A 5LMUK 1S1WA 5AQNA 4AF1A 2A1SA 5J2MA 3KJVA 1U45A 2E5LK 4H5TA 3E1YA 1UAXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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