1GLLO

Escherichia coli glycerol kinase mutant with bound atp analog showing substantial domain motion
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
498
structure length
494
Chain Sequence
EKKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSWTLVEVLAKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of Escherichia coli glycerol kinase variant S58-->W in complex with nonhydrolyzable ATP analogues reveal a putative active conformation of the enzyme as a result of domain motion.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Phosphotransferase
molecule keywords GLYCEROL KINASE
total genus 163
structure length 494
sequence length 498
chains with identical sequence Y
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1gllO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1gllO01
2VCPA 3SMPA 4FPAA 1QQNA 2DPNA 1C0GA 2YJEA 1SZ2A 1HKGA 4MO5A 4WYBA 3FZMA 1S3XA 4JHDA 3VPZA 4BRKA 1QQOA 4XEIA 4AM7A 5EOYA 3BF3A 4FWQA 1SQKA 3LDQA 4BR7A 4BG9A 3U9ZA 1YXQA 3GE1A 4H0YB 3CJ7A 3LDNA 4YDUA 2Q2RA 1ATNA 3ZX0A 1ATSA 4I6MB 3CJ1A 1HKBA 4FWOA 3FFKB 4BRPA 1ZBSA 3O80A 4PL8A 4CBUA 1T6CA 2ASOA 1NGIA 5TKYA 4QS7A 3WUHA 1KAYA 1QQMA 4BC2A 1WUAA 3RSEB 4BGBA 3R9PA 2GTDA 4EFHA 5EX5A 4CD3A 2BTFA 3CJ9A 5AQSA 1NGDA 3VGKA 5KQDA 2P9PB 4C23A 3O8MA 3JXUA 4A2BA 1Z05A 5BPLA 3B8AX 5BRHA 5FPNA 3LM2A 1BUPA 3UKRB 1RFQA 5AQTA 1NGAA 4IXCA 1TUUA 3O6WA 4NB4A 1Q18A 2F9WA 3MN9A 4O5FA 3VGLA 3U4LA 2P9NA 1GLBG 3CERA 3ZEUA 5AZJA 1TYQB 3ZETA 4JAXA 4ISFA 3H3NO 2GEMA 3A8YA 4FWNA 3WT0A 2YCHA 2HF3A 4WQ4C 4NO7A 4BC5A 2HMPA 3U8XA 4BQLA 1GLJO 4ISEA 2GELA 3QMLA 1MWKA 3DJCA 3VEYA 3QBXA 2P9UA 1S22A 2VWBA 2E88A 4RCHA 1KAXA 1E4FT 4BRMA 1SAZA 4H5VA 2J4RA 2EWSA 3AAQA 4FWSA 1NGGA 3BF1A 2NLXA 4WQ4A 3GOIA 4BR5A 4M7YA 4CZFA 4H0TB 3O5BA 2A42A 1MWMA 3D2FB 1E4GT 4RTFD 3QFUA 1QZ6A 2I7NA 1NMDA 3A5NC 4B1XB 4CZLA 2QWQA 3AARA 3D2EB 4BR2A 2PBDA 2E1ZA 4H5TA 1BWFO 1HPMA 3A5LC 4CBWA 1LCUA 4BRGA 5AQLA 2PAVA 5JMVA 2V7YA 4CD1A 1NLVA 4H03B 1IG8A 4K25A 3LDLA 3UKRA 3UE5A 4BR4A 4IZ9A 1U2VA 2FSNA 5B8HA 4A2AA 3H46O 5F0XA 3O08A 4O8KA 2QWLA 4YDUC 4IWVA 5AQGA 4QS9A 3D2FA 4DHYA 3LM9A 4IO8A 2W40A 3H3OB 2I7PA 3EO3A 2NRHA 4BRFA 5BRFA 4BVPA 2QWMA 5BPNA 3VERA 4B9QA 2AP1A 3QB0A 3M1FA 3SK3A 4M63C 4H5WA 3CHWA 4JNEA 3VEWA 5FPMA 1H1VA 3MN6A 3IUCA 2P9IB 3UKUB 4BRQA 3ATVA 1DGKN 3R8EA 5BRDA 3O1BA 1T6DA 1TYQA 2YHXA 3HSCA 4XH4A 5AQYA 4A61A 1NGHA 3FGUA 4I6MA 4A62A 4FWRA 3O1WA 4MLHA 3GDQA 1K8KA 4B1VA 4JHDB 2YHYA 4BR0A 1TUYA 4B1YB 1T44A 3AY9A 1NM1A 4CZMA 5AQXA 5AQOA 2HF4A 2GWJA 4BC4A 4WQ5C 2A41A 3KZBA 2Q0RA 5BN8A 4PKGA 4JD2A 2CGLA 1V4SA 3QICA 1XUPO 2CGJA 5AQQA 3FR0A 1X3MA 1X3NA 3ZX3A 3GL1A 5AZIB 5KPRA 3WXJA 2E20A 3DXMB 3MN7A 1R59O 3H6EA 2ASMA 3KVGA 3QDKA 1MDUB 5JICA 3F9MA 5E84A 3DXKB 1RDWX 3C7NB 3JS6A 3QFPA 4MO4A 2BUPA 1NWKA 3L6QA 5JLFA 3MN5A 3VESA 3VEZA 4ISGA 2P9PA 5E26A 1D4XA 2ZWHA 4XH5A 1XC3A 3ID8A 4AM6A 2P9LA 1BDGA 2IIRA 5AQKA 5AQPA 3WXKA 4MLEA 2VYPA 1BA1A 2P9LB 4FO0A 3EN9A 3I8BA 4DQ8A 2V7ZA 5JLHA 4CZEA 2YI1A 5BR9A 2Q1NA 1G99A 2V52B 5BN9A 1ESVA 3FZFA 4EHTA 3CJCA 4KBOA 3A0IX 4BVOA 3FE1A 2FSJA 4FPBA 5FPEA 3VEXA 3ENOA 3OHRA 2CH5A 4Z94A 3DXKA 4H0XB 3D2EA 5ADXH 4EAHD 3CQXA 3RSEA 2QM1A 4M7XA 3ATUA 4H5RA 3UKUA 3ENHA 3MK6A 3DXMA 3H1QA 2NZTA 1BOTO 3MDQA 3KHYA 5BPMA 4BREA 2QWNA 3P4IA 1DEJA 2F9TA 2WUSA 2GWKA 2P9UB 4FWKA 3LL3A 1GLLO 2HOEA 5FPDA 3C7NA 3WEEA 5BREA 2Q0UA 4XH1A 3ZX2A 1HKCA 3A5MC 3FZHA 5ELZA 4IJNA 4GY2B 5AQHA 5AZIA 2CGKA 3GBTA 5AQFA 1NGJA 5LY3A 1KXPA 3EKSA 2P9KB 3WQTA 4IJAA 2E2OA 4PKIA 3WXLA 3J8AA 3TU5A 5AQVA 2P9SB 1ZC6A 4H0PA 4BRHA 4QS8A 4CZGA 2P9IA 4DB3A 3C0BA 1J6ZA 5ADXA 1Z6RA 1NGFA 3A5OC 4CZJA 2CH6A 3CJAA 4JN4A 4H0OA 4K42A 2Q31A 4BRDA 3L0QA 1JCGA 2E8AA 4FWMA 3WQUA 2ASPA 3MMVA 1V4TA 5EXWA 3O4WA 3H1VX 4B1WB 3HBTA 1NBWA 4WQ5A 4F9OA 3TPQA 4CZKA 5LJVA 4FL9A 4CZIA 5KQ8A 4PKHA 4CI6A 4BRNA 4JD2B 3ZETB 4B1ZA 2OANA 4EIAA 2ZGYA 1YVNA 2E1YA 3HI0A 4H0VB 4FOEA 2QWRA 3M6GA 5AQIA 3CETA 4BRIA 1OKJA 4FWLA 4L3QA 1X9JA 3VETA 4BRAA 5AQUA 1YAGA 4BGAA 3D7EO 5AQJA 2D4WA 1QZ5A 3CIPA 2A3ZA 2W41A 4GNIA 1BU6O 2IVNA 1IJJA 3HM8A 1ZXOA 3BUZB 3M3ZA 3VOVA 5I9EB 2QXLA 3QBWA 1RGIA 2UYTA 4BRCA 3R6MA 3EL2A 3CJBA 1BO5O 1NGCA 1GLFO 1YUWA 2H3GX 1U6ZA 1NGEA 3VF4A 1ATRA 2ITMA 2FLOA 4HTLA 1WOQA 1GLAG 5AFUH 2ZGZA 3AAPA 5AQNA 3EKUA 3VGMA 4BR9A 2FXUA 5F1XA 1U2VB 2AA4A 1HUXA 3HZ6A 5AFUA 3CI5A 2IVOA 2FSKA 4CJ7A 1DKGD 2GUPA 2D0PA 1HX1A 3H45C 4FSVA 4J8FA 4Y0WA 3BP8A 3I33A 3WEEB 2P9NB 3EZWA 1NGBA 2A40A 1Y64A 2P9KA 2ZF5O 2D0OA 3IDHA 5F2RA 5AQMA 3LDPA 2QWPA 3VF6A 4H5NA 5KPZA 2Q97A 2P9SA 1C0FA 5AQWA 1BA0A 4BRLA 2QWOA 3FZLA 2YJFA 3SMSA 3FZKA 1HJOA 5LJWA 1JCEA 3VEOA 3HTVA 4K43A 2D1KA 3BEXA 3W3DA 4RWTA 1GLEG 3U9DA 1KAZA 2E2PA 2E2NA 3GG4A 4EHUA 3VEVA 2Q36A 4E1JA 2FF6A 2V51B 4CZHA 4PL7A 3G25A 3ULEA 1CZAN 3SJHA 3FLCO 2KHOA 4CBXA 1XQSC 3DAWA 4BQZA 1HLUA 3LDOA 1P8ZA 5EY4A 4BC3A 3DWLA 3W0LA 5CE3A 3UB5A 2IVPA 2FF3B 5AZJB 3ZEUB 3L4IA 1GLCG 3S41A 3CQYA 4K41A 2QW9A 4B1UB 1GLDG 3IFRA 5AR0A 1JCFA 3IMXA 3ULEB 4BG8A 4BROA 4FOIA 1MA9B 1BG3A 3MCPA 4HWIA 4DCHA 2E2QA 2A5XA 2YHWA 1K8KB 3VF2A 5AQRA 2A6AA 1QHAA 4LC9B 5EVZA 3VENA 1EQYA 5AQZA 4FWPA 3SLCA 3WXIA 1LOTB 5KPTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VCPA 4FPAA 4F3OA 5CZ2A 4CF2A 1NK0A 4XEIA 4CEOA 1QSYA 3BF3A 4FWQA 4N56A 5GINA 3LDQA 4BR7A 1SL0A 4IFVA 4DF4A 3C95A 3HRGA 3LDNA 4JKAA 1ATNA 4FZXC 3G6EN 1HKBA 5J2PA 3TI0A 2ASOA 1NGIA 5TKYA 3AVJA 3OS2A 1QQMA 5CR4A 3CPEA 4BC2A 3DLLL 2XRIA 2GTDA 1EWQA 4W5OA 3AVGA 3MXMA 1C0UA 5AQSA 3VGKA 5KQDA 4OLAA 4LFBK 4KHUA 3JXUA 3AV9A 4CIFA 4DMNA 4J2BA 1BUPA 1NGAA 4QOZB 3I56N 1C0MA 3O6WA 4NB4A 2WONA 3DYAA 2F9WA 2F7TA 1B92A 3HPHA 3PIOL 1KTQA 3O4NA 4JAXA 4KTWA 4ISFA 4BE0A 3A8YA 3WT0A 2YCHA 1DTTA 2HMPA 1VK0A 1S1XA 3CQ8A 3O9QA 3QBXA 3T7ZA 4BRMA 4RCHA 1E4FT 4DQQA 2FBYA 4OO1J 4F2RA 3AAQA 3O9UA 1C6VA 4WQ4A 1EWRA 1KVAA 2WBNA 4BR5A 1HNIA 4CERA 1QSLA 3AO5A 4ZTJA 2I7NA 4CK2A 3EE8A 4B1XB 2OTLN 3AVMA 2QWQA 3AARA 4BR2A 4HCCA 1BWFO 2HHQA 1NK4A 2PAVA 4CD1A 1WSGA 2PZSA 1JL1A 3LP1A 3UKRA 4O4GA 3UE5A 2YNHA 4GW6A 1B9DA 1XWLA 4Z0UA 1NNEA 4KTZA 3DLEA 2QWLA 4QS9A 1HYSA 4M42A 3ASMA 2W40A 4DS4A 3EO3A 1BISA 3BDPA 4BVPA 1K9MO 3VERA 2NRRA 1RTIA 4NYNA 4FZYA 4H5WA 3F9KA 1ZYQA 4DV5K 4JNEA 4BDYA 1FJGK 3SNNA 4IEIA 1XNRK 1JLAA 5FPMA 2VWKA 2HBJA 3MN6A 4B9VA 3VQPA 2OZMA 3UKUB 4BRQA 4DSFA 3ATVA 1DTQA 4CF1A 1YT3A 4F4KA 4A5AA 1C1BA 4FW1A 3VN5A 4FJLA 1UOCA 1UA1A 5JVGL 3FGUA 4A62A 4FWRA 2QTDA 2B6AA 2HNZA 1K8KA 3ZCMA 4B1VA 1NK5A 1G15A 3L3VA 3AY9A 2P51A 3OW2M 1FXXA 5K14A 3QEWA 3NGYA 1F21A 2RPIA 1XUPO 2CGJA 3SBGA 3GL1A 3DXMB 3HSTB 3MN7A 3H6EA 3P1GA 3QDKA 1MDUB 1J53A 5JICA 3F9MA 4DS5A 4LF4K 5E84A 1LV5A 3SAGA 4JK9A 2BUPA 1JL2A 5JLFA 4KH4A 4ELUA 3VESA 2UU9K 4ISGA 5E26A 1IV0A 1OVYA 4XH5A 4CJKA 3ID8A 3LAMA 4NXMK 5C24A 5H1SQ 4C8MA 3DOLA 2KTQA 4FLZA 2V7ZA 1Q9XA 2YI1A 4DV7K 4KFBA 3FZFA 4KPYA 3O3HA 2DTUA 4N47A 4FPBA 4DSLA 3ENOA 3OHRA 2CH5A 4Z94A 3DXKA 4FJ7A 3THXA 1WSIA 3D0PA 4F2SA 4DF8A 4LFAK 5JVHL 3NAEA 3HOSA 1ASWA 1RT4A 5HROA 1VHXA 4BDPA 4DTOA 3V9UA 1NK7A 4KHQA 3BY5A 3KHYA 3KWGA 2UUCK 2GWKA 2P9UB 5FRNA 3LL3A 4LSNA 5FPDA 3C7NA 5HP1A 4BACA 2Q0UA 3ZX2A 4JI0K 3TAPA 5KI6A 1TAQA 1HKCA 4RW7A 3KLHA 3FZHA 5ELZA 4IJNA 4B8AB 3GBTA 3CCMN 3RMBA 3P83D 3ZSXA 2YNIA 3EKSA 4IJAA 4PKIA 4K0KK 1TK5A 3WNGA 3VQQA 2HVIA 3TU5A 2P9SB 3EZ5A 1ZC6A 4ILGB 1VSEA 1ASVA 3OBYA 3MWPA 5HL7L 2XY6A 1JKHA 4FM2A 4X66K 4LSLA 3CF5L 3IRXA 4CEDA 1EKEA 4FK2A 4K42A 4NCGA 4BRDA 1NOYA 4JKGB 4MFBA 3A2FA 1LAWA 5EXWA 1CLQA 2HHXA 1OH7A 2F8TA 2HHHK 3TPQA 2QEXN 5LJVA 5JS2A 3LP0A 4CF0A 4FL9A 4CZIA 3SQ0A 3HT3A 4IFYA 3ZETB 1NK9A 4B1ZA 1YVNA 2E1YA 5C12A 1OKJA 4L3QA 2HSTA 5HBMA 3VETA 3FFIA 2F96A 3D7EO 2Z1IA 3E1YA 4CE9A 4BY9C 3SAHA 4ILHA 1VSHA 4FLXA 4N41A 1KCFA 1QZ5A 1RTDA 4B9TA 4GNIA 1X9SA 1S6QA 3HM8A 3VOVA 3ZYYX 4X64K 4HUEA 5I9EB 4ILJA 2NRWA 2UYTA 4BRCA 5A2QO 3CJBA 4KB0A 1NGCA 1HNVA 1NJIO 1GLFO 1S1TA 2VWJA 3OYDA 1TKZA 1YTAA 3CMAN 1HMVA 1VQ9N 1GLAG 4R79A 5DMRA 3V9XA 4I2QA 4CEFA 2FXUA 3CM5A 3HVRA 3HZ6A 3CCQN 3OYMA 1Q81O 3TAMA 3CFRA 1JXEA 1DKGD 2JGUA 2Q3SA 2D0PA 1S72N 3QINA 2P9NB 4CJEA 1NKEA 1C0TA 4CF8A 1VQNN 1NGBA 2A40A 2PFUA 2ZF5O 2D0OA 4OJRA 4M3TA 1TKXA 4O0IA 5AQMA 2QWPA 4H5NA 4FJJA 3C6TA 4CHZA 2YJFA 2VG5A 3LP2A 5AJ3K 1JCEA 4C8KA 5HRNA 1LWEA 3VEOA 3W3DA 3VTIA 1KAZA 2E2PA 4EHUA 4DV2K 2UXBK 4E7HA 2Q36A 4CJ5A 2V51B 4KH5A 3TAFA 4DSJA 3ULEA 3QEXA 1WB9A 1XQSC 4DU1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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