1GLLO

Escherichia coli glycerol kinase mutant with bound atp analog showing substantial domain motion
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
498
structure length
494
Chain Sequence
EKKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSWTLVEVLAKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords GLYCEROL KINASE
publication title Crystal structures of Escherichia coli glycerol kinase variant S58-->W in complex with nonhydrolyzable ATP analogues reveal a putative active conformation of the enzyme as a result of domain motion.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Phosphotransferase
total genus 163
structure length 494
sequence length 498
chains with identical sequence Y
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1gllO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1gllO01
3VEVA 2E88A 4BRMA 4Y0WA 2H3GX 4I6MB 4CD3A 4DHYA 5BR9A 4HTLA 3ULEA 3O08A 2ZGZA 5AR0A 2OANA 4IO8A 5BRHA 5JICA 2ASPA 4B9QA 3IUCA 4LC9B 1HUXA 4ISEA 4CZIA 1QZ5A 4DQ8A 1HPMA 4FOEA 5EOYA 5AQFA 2E1ZA 3VEXA 3O1BA 1RDWX 3CERA 5KPTA 3BF3A 1U6ZA 1GLCG 3SLCA 4JN4A 5LY3A 2QXLA 1ZC6A 3LDOA 1KAZA 5AQPA 3VGKA 2ASOA 4JD2A 3EO3A 3HSCA 3RSEA 3ZETB 3TPQA 3QBWA 4JAXA 1YXQA 3WEEA 1NGFA 5BREA 2UYTA 1V4SA 5AFUA 1NGEA 3FZKA 2F9TA 5AQGA 1HJOA 3FFKB 4MLEA 5LJWA 3CETA 4M7XA 1OKJA 4FWRA 4WQ4C 1ATSA 1QQNA 1YAGA 4ISGA 3WXLA 3R9PA 1GLFO 1HLUA 3ATVA 4WQ5A 1DKGD 4M63C 4BRGA 3H1QA 5JLFA 3ZX3A 1RFQA 3DXMA 4BVOA 3EKSA 2P9IA 1GLDG 3VESA 4RTFD 1MA9B 1BO5O 3WQUA 4XH4A 4BC4A 4E1JA 2D4WA 2QWRA 1HKBA 3WXJA 4F9OA 4XEIA 2A42A 4XH1A 2D0PA 1JCFA 5AQQA 1NGJA 2GELA 5EXWA 3H3OB 4A2BA 5F1XA 1S3XA 3VGMA 3WUHA 1BUPA 1IJJA 1SQKA 4ISFA 5AZIB 3WXKA 4CZMA 2P9LA 3M3ZA 3TU5A 2YJFA 2V51B 3H3NO 3D7EO 4YDUC 2YJEA 3BUZB 4IZ9A 1U2VB 4GY2B 3FGUA 1WUAA 4B1WB 4BRNA 3LDQA 4BQZA 2PAVA 5F2RA 2QWQA 1X3NA 3CJ9A 4FO0A 4GNIA 2VCPA 3G25A 2BUPA 2IVPA 3C7NB 4IWVA 2FXUA 2P9UB 1BA1A 1HKCA 2HF3A 5AQWA 1BA0A 1MDUB 1G99A 3ZX2A 5BN8A 4BG8A 3UB5A 3VPZA 1EQYA 1XQSC 3DXKA 3AARA 1KAXA 3UKUB 3W3DA 4BRKA 4NO7A 3D2FB 5AQSA 3CIPA 3GE1A 4FWNA 4XH5A 4JHDA 3U8XA 4B1UB 1TYQA 2Q31A 3FZMA 3LM9A 3A8YA 3DWLA 4WQ4A 5AQTA 4DB3A 5BRFA 1YVNA 3O80A 4O8KA 2GWKA 3HI0A 5FPMA 1P8ZA 3D2EB 3MN7A 4QS7A 2E8AA 1ATRA 3H1VX 2YCHA 1J6ZA 5EX5A 2IVOA 1NLVA 4NB4A 4QS9A 4BG9A 4BC2A 3BF1A 1BWFO 3CJCA 2EWSA 2WUSA 3FZFA 3R6MA 2YHYA 3QDKA 4BRCA 3A5NC 3C0BA 2NLXA 4K43A 4IXCA 1TUYA 3U9ZA 4H0XB 1SZ2A 2YI1A 3HTVA 1XUPO 4BR9A 4C23A 5KQDA 2W41A 4CZFA 4I6MA 1R59O 4BR2A 2FF6A 3LL3A 5AZJB 2VWBA 3M1FA 3MDQA 4FWPA 5B8HA 3CJBA 4YDUA 3L6QA 2P9NB 3AAPA 4BROA 3FZLA 3CJ1A 5AQZA 4FPAA 3IMXA 1JCGA 5AQYA 3KHYA 4FWOA 2YHXA 4HWIA 1K8KB 3MN9A 2FSJA 3WEEB 1KXPA 4BR7A 1CZAN 1ZBSA 5JLHA 4B1YB 5BRDA 3VETA 5AQJA 3QICA 4CZLA 5BPLA 3CI5A 2GWJA 4MO5A 1ATNA 3ZETA 3GL1A 4O5FA 3A5LC 2VYPA 4H5VA 1GLBG 4IJNA 2GEMA 2QWNA 4H0TB 4BR0A 4RWTA 3ZX0A 4CZGA 2P9PA 4EIAA 5LJVA 3ENOA 4PKIA 5AQNA 3S41A 1GLLO 4BC5A 2Q1NA 3B8AX 4PL8A 4CBUA 5KQ8A 3DXMB 4BR5A 5I9EB 4FOIA 1NWKA 1BDGA 5E84A 2E1YA 4FWQA 3A5MC 3FZHA 3VERA 3ATUA 4BGAA 4BQLA 4B1ZA 5TKYA 5AQRA 4CZEA 2E2OA 1RGIA 1DGKN 3EN9A 4EHTA 2HMPA 3A0IX 4FWKA 3VENA 4PL7A 2P9LB 5E26A 3H46O 1HX1A 5KPZA 3O1WA 1IG8A 4KBOA 3LM2A 3VF6A 5EY4A 4CD1A 3KVGA 1NM1A 4JNEA 4FPBA 3BP8A 4CZHA 3CQYA 1NGAA 1NGBA 2E2PA 5AQUA 4CI6A 2I7NA 1QQMA 3L0QA 3WT0A 3FE1A 4H5RA 2E20A 3JXUA 1WOQA 4EFHA 3U4LA 2P9SB 3QMLA 3WXIA 5FPEA 3DXKB 1NGIA 3C7NA 5AQXA 4CZJA 3UKRA 2HF4A 5EVZA 3DAWA 3VEZA 4A2AA 4B1VA 4JHDB 4PKHA 1V4TA 3O5BA 2D1KA 2AA4A 3DJCA 3LDNA 4PKGA 1GLEG 4L3QA 1D4XA 2QWOA 1C0FA 3FLCO 3U9DA 3VEWA 3D2FA 4H5WA 3ZEUB 2P9KA 2Q97A 5FPNA 4WQ5C 2CGLA 3LDLA 2E2QA 4B1XB 2Q0UA 2FF3B 5BPMA 2ZGYA 1QZ6A 4K25A 4DCHA 4FSVA 1Z05A 2A6AA 3O4WA 4BRDA 3D2EA 3H45C 3H6EA 1YUWA 2GUPA 5ADXH 1T6DA 1E4GT 3ULEB 3GBTA 5FPDA 2CH5A 4AM6A 2FSNA 2F9WA 1XC3A 3CQXA 3WQTA 3LDPA 3L4IA 4IJAA 5AQLA 4H5NA 1E4FT 2A3ZA 4AM7A 5F0XA 1BG3A 2IIRA 1DEJA 5AQIA 3MCPA 3KZBA 1C0GA 1ZXOA 1QHAA 2KHOA 2NRHA 4JD2B 4RCHA 2ITMA 3RSEB 4BGBA 2V7ZA 2QWLA 1BOTO 4CBWA 4QS8A 3MK6A 2V7YA 5AZJA 4FWSA 2E2NA 4EAHD 2HOEA 3O6WA 1LOTB 1HKGA 2J4RA 2V52B 4EHUA 2A41A 2P9NA 1T6CA 2Q36A 1Q18A 1S22A 4BRQA 3VEYA 4BRPA 4H0VB 4FWLA 3VF2A 4BRAA 1K8KA 3MN5A 2QWPA 2Q0RA 5AQKA 1SAZA 2NZTA 3EZWA 2PBDA 2P9PB 3AAQA 3R8EA 3I8BA 3IFRA 1NGDA 4BRLA 4BR4A 2D0OA 2P9IB 3P4IA 1Z6RA 4J8FA 2CGJA 5ELZA 4WYBA 4BRIA 1BU6O 3SMPA 3CHWA 3MMVA 4BRHA 3IDHA 3SMSA 2QM1A 2IVNA 4H0YB 3ENHA 4A62A 4H03B 2GTDA 1NBWA 1LCUA 5JMVA 3J8AA 3EKUA 3O8MA 3QFUA 1JCEA 2AP1A 3GG4A 3QFPA 2ZWHA 3HBTA 2QWMA 4CBXA 3VGLA 1KAYA 1TUUA 2CH6A 2BTFA 3MN6A 2W40A 3VOVA 2YHWA 2FLOA 3CJ7A 2QW9A 2ASMA 3HZ6A 4Z94A 5AZIA 2Q2RA 5ADXA 3BEXA 5AQHA 5CE3A 5AQMA 3ID8A 1NGCA 5AFUH 3HM8A 1U2VA 5AQOA 1NGGA 4H0PA 5BN9A 4BREA 5KPRA 3A5OC 1X3MA 2DPNA 3GOIA 4M7YA 4BC3A 1X9JA 1T44A 2P9UA 1NGHA 1MWMA 1TYQB 3CJAA 4K42A 1NMDA 2A40A 2A5XA 2CGKA 3UKRB 3JS6A 4BVPA 3UE5A 3F9MA 3QB0A 5AQVA 3UKUA 1MWKA 4MO4A 2P9SA 3I33A 3QBXA 3W0LA 3AY9A 3VEOA 4MLHA 3M6GA 3FR0A 1QQOA 2ZF5O 4K41A 3EL2A 2I7PA 2P9KB 5BPNA 4FL9A 4CZKA 1ESVA 3VF4A 4FWMA 2FSKA 1Y64A 3OHRA 1GLJO 3GDQA 4H0OA 3ZEUA 3SK3A 4BRFA 1H1VA 4A61A 4CJ7A 3SJHA 4H5TA 1GLAG
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EEQA 4Y0WA 4B9SA 4N5SA 3AVHA 4KFBA 1HNVA 4IG0A 1RT5A 4HTLA 4R79A 3K0SA 4H8KA 3O08A 5JICA 4XIUA 4IO8A 4B9QA 4LC9B 2VQEK 3RTVA 1IBKK 2E1ZA 2F7TA 3O1BA 1RDWX 3CERA 4ILGB 4FK0A 1GLCG 1XI1A 5LY3A 1QTMA 3LDOA 1ZC6A 2OPSA 1KLMA 1KAZA 2ZM6K 2O8CA 2FBXA 3HYFA 3RVCA 3TSPA 5J2MA 3O9SA 4LF8K 4JKEA 4AHTA 3PY8A 4FLVA 3TPQA 3SUPA 4I7FA 3B6PA 1YXQA 1NGFA 5BREA 2UYTA 2O4GA 4CJQA 5AFUA 2HHXA 3FZKA 4OPJA 5AQGA 4PA1A 4JKCA 2IOCA 1HJOA 4MLEA 3CETA 4LF4K 4WQ4C 3HXMA 3AVGA 1RT6A 4CIFA 4JI7K 3R9PA 3Q7CA 1L3SA 3C6AA 4M63C 4J2EA 3OYFA 1WBBA 5JLFA 2QKKA 3ZX3A 4Z4CA 4LFAK 3AO2A 4CJRA 1MA9B 3DLKA 3WXJA 4F9OA 4DMNA 3QERA 3ZLJA 5AQQA 4CJ3A 4A2BA 3H3OB 4BE0A 4MFBA 2HNDA 3WXMB 3WUHA 1BUPA 4JI3K 4CJWA 3AA3A 1TL3A 4M3TA 2BDPA 4CZMA 2P9LA 2VGMA 4CJUA 2V51B 4GY2B 3OW2M 2HHHK 3LDQA 3MWTA 3HRGA 5F2RA 2O8EA 4CEFA 1X3NA 2E4LA 3SNNA 2BUPA 3ZSZA 2FXUA 2ZJPL 3V9SA 3SV3A 1BA1A 3RRGA 1EETA 3F73A 1G99A 1RCHA 1N36K 2HBJA 3VPZA 5D3GA 3AARA 3VN5A 1S9GA 4N47A 1NKEA 4NO7A 3D2FB 1TKDA 4CK1A 3TAEA 4E7KA 4AQYK 4WQ4A 3V9XA 4DV1K 3DMJA 5TKWA 4DB3A 4DWIA 4IOAL 3QEPA 3O80A 2GWKA 2DFHA 4DV6K 1M90O 4IG3A 3D2EB 2E8AA 1S6QA 2HBKA 1S1XA 2YCHA 4DV4K 4CECA 5KGWA 4QS9A 4BDPA 2YKNA 4BG9A 4BC2A 1HNWK 1D5AA 2WUSA 3AGKA 1NK7A 4I2PA 2YHYA 2NLXA 4RW7A 4K43A 3O4NA 4IXCA 1YI2N 3C95A 1TUYA 2P5OA 1QVFM 4H0XB 2Z1JA 4C23A 1R59O 4Q5VA 3OYMA 2ATQA 2FF6A 5AJ3K 2VWBA 5LMNK 3M1FA 3MDQA 3HSTB 4FWPA 3CJBA 3L6QA 3HT3A 2P9NB 1RT4A 1S1UA 3AAPA 5HP1A 3RMDA 1VSJA 3CJ1A 1NKCA 5AQZA 3IMXA 3OJUA 4DR7K 4HWIA 3OYNA 3VTIA 4O0IA 5JLHA 4B1YB 5BRDA 1EKEA 1Q9XA 4B3RK 4FLTA 4MO5A 3J7ZO 1ATNA 3GL1A 4O5FA 3RRHA 1FJGK 4E7JA 1TK5A 3A5LC 4RWTA 4FCYA 3MAQA 4N56A 3EY1A 4EIAA 2VWJA 4DF8A 1RTHA 2Q1NA 3B8AX 1XHXA 1IKYA 1IG9A 2UUCK 3PX0A 2WBNA 4OPKA 4PWDA 2D5RA 3QIPA 5E84A 2GX9A 4JK9A 1KCFA 4B9LA 3JAMO 4CERA 4BGAA 2I5JA 4BQLA 5KI6A 4CZEA 3KLEA 4E3SA 4DG1A 1RGIA 3VQ8A 3K2PA 3AVMA 3FFIA 1ZYQA 3M8PA 4FWKA 4Z4EA 1TV6A 1K9MO 5KPZA 5SWMA 4KBOA 2YNFA 3LM2A 1J54A 1NJIO 1NM1A 3SI6A 4JNEA 3LP2A 4JKHA 4NYFA 3OYKA 1RTJA 1NGAA 2E2PA 4OX9K 4DSJA 4F4KA 2YV0X 2I7NA 4DTMA 4E19A 3WT0A 2AJQA 1KFDA 4EFHA 4CFDA 3Q7BA 3U4LA 3QMLA 4EZ6A 3WXIA 5FPEA 3R1XA 3KLGA 3P38A 3E9PA 2HF4A 4DV7K 4CJ5A 3DAWA 4QAGA 3VEZA 4A2AA 4B1VA 4JHDB 3LDNA 3SBTA 4CK2A 3QEIA 4PQUA 5GIOA 4CFAA 4CF8A 3IAYA 4ELTA 3D2FA 4H5WA 3N4PA 4FXDA 1N6QA 1EWQA 4B9TA 1RT3A 3LDLA 4B1XB 3QETA 3HM9A 3L2UA 2GV9A 2NRZA 4JS5A 3O4WA 3KK3A 3D2EA 4X66K 1N32K 3NVKA 1FXXA 3ULEB 1QHTA 1D8YA 3DM2A 3OYHA 3M8RA 4ZHRA 1NK8A 1RBRA 3CYMA 3P5JA 3THXB 2HVIA 4PY5A 2A3ZA 3MX2A 4AM7A 1RDBA 4CEDA 1U47A 3KZBA 3PIPL 1RBSA 2HHWA 2DY4A 4DFJA 4JD2B 4M3WA 4C8OA 1S5JA 2UXCK 1RTDA 3CC2N 2V7YA 4FWSA 2HOEA 3SAGA 2J4RA 3KKRA 2P9NA 4DTPA 1ZBLA 4CVNE 1S22A 4O55A 4FJLA 2DFFA 4DFPA 4YOUA 2O8DB 1LAVA 4Z4IA 4FWLA 3OYIA 4BRAA 4B3SK 3D0PA 2BANA 5AQKA 1T8EA 2D0BA 4QOZB 3DLGA 3G0ZA 4BRLA 3L3VA 4BR4A 3P4IA 2P9IB 1UOCA 1HMVA 3NGYA 3H08A 3NAEA 2KZMA 4JKBA 4GW6A 4WYBA 4ILJA 1ZBFA 3IDHA 3SMSA 3OYDA 3RMBA 4M3UA 1VQ4N 4H0YB 4A62A 1SKSA 4RW6A 3QO9A 2WONA 4ZTJA 4B9VA 2GTDA 4Z4GA 1SL0A 4F3TA 3CQ8A 4Q0BA 4JYAK 3AVNA 5GAHP 3HBTA 2QWMA 1C1CA 1TUUA 2W6LA 2BTFA 3VOVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1LCU A;  5JMV A;  4FM0 A;  2AP1 A;  4KAZ A;  1B9D A;  3HP6 A;  5CYM A;  3QFP A;  2ZWH A;  2RE2 A;  1DLO A;  2W40 A;  4CHP A;  1YHQ N;  2QW9 A;  4Z94 A;  2O8E B;  5AZI A;  4FJH A;  2FBY A;  5ADX A;  3PO4 A;  3AA4 A;  5KGX A;  5AQM A;  1EO1 A;  1NGC A;  4DSF A;  3HOT A;  4E1N A;  2O8F B;  3TAM A;  4NYN A;  4BRE A;  4M3Z A;  1EWR A;  3AVI A;  1S6P A;  3OBW A;  2VGN A;  2UU9 K;  2HHU A;  4M7Y A;  3GOI A;  3C65 A;  3V9U A;  4FW2 A;  2P9U A;  1ZBI A;  2NRX A;  1MWM A;  3TAG A;  2A5X A;  2A40 A;  2QI2 A;  2E6M A;  4BVP A;  1QSL A;  1WNS A;  5AQV A;  4M3X A;  3I33 A;  5I42 A;  3TWH A;  2OZS A;  1QQO A;  4K41 A;  1N8R O;  5J1E A;  3EYZ A;  3O3H A;  4B8A B;  2UXB K;  1ESV A;  1RTI A;  2UXD K;  3VF4 A;  4FWM A;  1ZBH A;  1CZB A;  4CFC A;  3OHR A;  4JKD A;  3O9R A;  3VQ6 A;  4AHR A;  4LD0 A;  3V9Z A;  4IOX A;  3SJH A;  2WC9 A;  3KTQ A;  3NFA A;  1TKZ A;  1GLA G; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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