1GLLO

Escherichia coli glycerol kinase mutant with bound atp analog showing substantial domain motion
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
498
structure length
494
Chain Sequence
EKKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSWTLVEVLAKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Phosphotransferase
source organism Escherichia coli
publication title Crystal structures of Escherichia coli glycerol kinase variant S58-->W in complex with nonhydrolyzable ATP analogues reveal a putative active conformation of the enzyme as a result of domain motion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCEROL KINASE
total genus 163
structure length 494
sequence length 498
chains with identical sequence Y
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1gllO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1gllO01
2GWKA 3BF3A 5BN9A 1Z6RA 3VOVA 2QWOA 4FWRA 5FPDA 4H0VB 2WUSA 4FWMA 3SK3A 4XH1A 3WQTA 3LDOA 2ZGZA 3M3ZA 5EXWA 4BRNA 4H5RA 3FZLA 1ZBSA 2P9IA 4PL8A 4A2BA 4BRPA 4CZIA 3QB0A 3H6EA 2YI1A 2IVPA 3CJBA 2E2QA 4NB4A 3FLCO 4MO4A 4WQ4C 5F1XA 2P9SA 2FLOA 2V52B 4CI6A 2E88A 5AQQA 2E8AA 4B1UB 5JMVA 3CJCA 4JAXA 4WQ5A 5AQFA 3QICA 1BDGA 3CJ1A 4IO8A 3I8BA 2CH5A 1ATNA 4EFHA 3MN6A 2GUPA 4O8KA 4QS7A 3EZWA 1QZ6A 1BUPA 5AQPA 4I6MA 1MWKA 1HLUA 1QQNA 1LCUA 5AQJA 3BF1A 3ATVA 1K8KB 5AQOA 5JLFA 5I9EB 2D0PA 4PL7A 1XC3A 1KAYA 3IDHA 3R6MA 2P9PA 2NRHA 1NBWA 4H5TA 1KAZA 4DHYA 3TPQA 5BRDA 1NMDA 3AARA 4J8FA 4JN4A 2HMPA 1J6ZA 3C7NA 4FSVA 1NGBA 5TKYA 5B8HA 1X9JA 3SMSA 4JHDB 5BPMA 4CBUA 1R59O 1GLEG 1YUWA 3QBXA 4Y0WA 4AM7A 4BC3A 2ZGYA 3L4IA 2QWNA 3ULEB 1YVNA 5BPNA 1QHAA 4EAHD 2W40A 1KAXA 4M7YA 3KZBA 3IMXA 3VGMA 2HOEA 3MDQA 4YDUA 4BC5A 4B1WB 1ATRA 4BRKA 4K43A 2VYPA 4FO0A 3EKUA 2ASPA 1V4TA 2BTFA 3DXKB 2YCHA 5BRFA 3CI5A 3D2FB 3AAPA 1RFQA 3JS6A 2V7ZA 3FR0A 3HTVA 3MCPA 4PKGA 5BRHA 5BR9A 5JICA 3L0QA 4CZEA 4JNEA 4CBWA 5AZIB 4F9OA 2KHOA 4BRAA 3H1QA 4FWNA 3GBTA 2P9KB 3VERA 1OKJA 4BQLA 4CBXA 2YHXA 3R9PA 1T6DA 2PAVA 3GDQA 3CQXA 4FL9A 3LDPA 5KPRA 3UKUB 2FF3B 1BO5O 2A5XA 3CETA 3ZEUB 3MN5A 3JXUA 5BREA 1BOTO 3R8EA 3GE1A 4GY2B 5F2RA 1IJJA 3LL3A 3VESA 5LY3A 3L6QA 5AQKA 5E84A 1ZXOA 2NLXA 4PKHA 3RSEB 2W41A 2IIRA 5AQVA 3CJ7A 4L3QA 3HI0A 1H1VA 3F9MA 2J4RA 1NGEA 1GLLO 3GOIA 3ID8A 5AQGA 4FWLA 3WXIA 3UKRB 4B1VA 4BGAA 2CGLA 3CHWA 1BG3A 4AM6A 2ITMA 1Y64A 3CIPA 1JCFA 4RWTA 4JD2B 1U2VB 4M7XA 1EQYA 4B1YB 4BR7A 2A3ZA 2P9LA 3ULEA 4BRCA 3FE1A 3H3OB 2QXLA 3CERA 3GL1A 1WUAA 1LOTB 3VEYA 5AZJB 2IVOA 3H46O 3HZ6A 5EX5A 5EY4A 4BR2A 2UYTA 3IUCA 5KPTA 5F0XA 1GLBG 1WOQA 2E2PA 4MO5A 1TYQB 4E1JA 1NGGA 3CJ9A 3D2FA 2E2NA 3B8AX 1V4SA 2Q1NA 1MA9B 4H03B 1T6CA 2A41A 1E4GT 2PBDA 4HTLA 5AQIA 3VGLA 3D2EA 4XH4A 1U6ZA 3DJCA 3FZMA 4BR9A 5EOYA 4H0TB 2E1YA 1GLDG 3CJAA 1ZC6A 4KBOA 2P9NB 3D7EO 3WQUA 5FPNA 1SAZA 2Q97A 3QFUA 3DXMB 3UKUA 4BC2A 2QWLA 5AQXA 4HWIA 3ZEUA 3GG4A 4WQ4A 3ZETA 3DAWA 3C0BA 3O08A 5AQSA 3VEOA 4BREA 3RSEA 3I33A 1HJOA 4CJ7A 2YHWA 3VENA 1BU6O 3A5MC 3ATUA 3O5BA 4H5WA 2HF4A 1TUYA 2FSKA 4B9QA 1GLJO 5ELZA 5ADXA 4O5FA 3U9DA 1NWKA 1G99A 2D1KA 2BUPA 3WEEB 4ISFA 3VEVA 3UKRA 1HKCA 5JLHA 2Q0UA 3FZHA 3LM2A 1HUXA 3WXLA 1HX1A 3U9ZA 4CZMA 4BR5A 5KQDA 3WUHA 2F9TA 2Q36A 3FGUA 4JD2A 3H3NO 1BA1A 2P9IB 1NGFA 3M1FA 3A5LC 1GLAG 1HKGA 4NO7A 4K42A 2DPNA 2ASOA 3CQYA 4EHTA 2FXUA 4CZLA 2P9SB 4IJAA 1KXPA 3VPZA 4IWVA 3TU5A 3ENOA 3LDLA 5FPMA 3A5OC 4RTFD 1TYQA 1ATSA 3HBTA 4H5NA 3QDKA 2P9UB 4BVOA 4I6MB 3O4WA 1CZAN 2E20A 1TUUA 5BPLA 3O8MA 1K8KA 3KVGA 2F9WA 3VEWA 4DCHA 4BRMA 2GWJA 4BRFA 4K25A 4FWQA 2D0OA 4CD3A 2P9PB 1P8ZA 3H1VX 4FPAA 1JCEA 2E2OA 2A6AA 3O6WA 3C7NB 4JHDA 2ASMA 5AQMA 3QMLA 2E1ZA 4M63C 2IVNA 1RDWX 1DKGD 3IFRA 4B1XB 3W3DA 3OHRA 3U8XA 1S3XA 2CH6A 4BR4A 2YHYA 3EO3A 2YJFA 3KHYA 1NLVA 4DB3A 1NGAA 4H0OA 3A8YA 1IG8A 4FWOA 5AFUA 3ZX3A 4BRIA 4B1ZA 3WEEA 1E4FT 2EWSA 4FWKA 4A61A 1YAGA 4EIAA 4BQZA 1HKBA 3AY9A 5AQZA 5BN8A 4A62A 4H0YB 1BWFO 4BRQA 3DXKA 4IJNA 3VEZA 1GLCG 2Q31A 2QM1A 4IXCA 1RGIA 1DGKN 3AAQA 4BRLA 4EHUA 3A0IX 5LJVA 3DWLA 4LC9B 5AZIA 2AA4A 3O80A 3VGKA 3FZKA 3ENHA 2P9KA 4BG8A 4FPBA 4CZFA 4H0XB 1NGIA 2H3GX 3VF2A 5ADXH 3HSCA 3QFPA 3BEXA 1SQKA 2Q2RA 3SLCA 4BR0A 4RCHA 2P9UA 1GLFO 3BUZB 1HPMA 4ISGA 1NGHA 1QQOA 2A40A 2FSJA 5KQ8A 3M6GA 1BA0A 4YDUC 5AQTA 1D4XA 3EL2A 4CZKA 4XH5A 4A2AA 3SMPA 4BRGA 4BRDA 3UE5A 4FOIA 1X3NA 4CD1A 1NGDA 3A5NC 3SJHA 5AQRA 3FFKB 4K41A 4XEIA 3VEXA 1MWMA 1XQSC 1DEJA 3UB5A 3H45C 3BP8A 1X3MA 3J8AA 5AQLA 2V51B 3S41A 3QBWA 1NGCA 3LDNA 4BC4A 2VCPA 2YJEA 4QS9A 4FWPA 2CGJA 1QZ5A 2ZF5O 3VF4A 1YXQA 2HF3A 5LJWA 2QW9A 2AP1A 1U2VA 2I7PA 4WYBA 4C23A 3LDQA 4ISEA 1T44A 2FF6A 2P9LB 3HM8A 2GEMA 4MLHA 1ESVA 3MN7A 1JCGA 3WXJA 1XUPO 3O1BA 5AQNA 4FWSA 4PKIA 5AZJA 5AR0A 5EVZA 1NGJA 4Z94A 2GELA 1S22A 2ZWHA 3WXKA 1Z05A 1NM1A 2V7YA 4BG9A 3EKSA 1MDUB 1C0FA 1SZ2A 5E26A 3MMVA 2OANA 3D2EB 2Q0RA 2VWBA 3MK6A 4BGBA 2FSNA 5CE3A 2GTDA 4BRHA 4MLEA 4BROA 2I7NA 4FOEA 3MN9A 4GNIA 2P9NA 4QS8A 3LM9A 5AQUA 5AFUH 3G25A 3DXMA 3FZFA 3U4LA 2QWMA 3VF6A 5AQWA 4CZGA 4DQ8A 4CZJA 3O1WA 4BVPA 3ZX2A 3ZETB 2NZTA 3ZX0A 4WQ5C 5AQHA 1C0GA 4H0PA 3W0LA 2QWPA 2QWRA 4CZHA 3P4IA 2CGKA 2D4WA 5KPZA 4H5VA 5FPEA 3EN9A 1QQMA 2A42A 2QWQA 3VETA 5AQYA 1Q18A 3WT0A 4IZ9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BN9A 3SPZA 3VQDA 1KVBA 4E7HA 4H0VB 2AJQA 3WQTA 3DRSA 2Q3SA 1LWFA 5I42A 3J81O 3CMEN 3IG1A 3IRXA 1HNVA 1DTQA 4BRNA 3E9OA 4CF1A 3KKSA 4DTXA 2O8EA 1ZBSA 2P9IA 4BRPA 3E01A 2Z1JA 2IVPA 4AHTA 2WOMA 1L3VA 4JYAK 4B8AB 5KRTA 5MLCQ 2FLOA 1D9FA 2E8AA 4F8RA 4CFAA 1BQNA 4JKGB 3CJCA 4WQ5A 3QICA 3HVRA 4IO8A 2CH5A 1ATNA 3LWMA 3MN6A 4NCGA 3VQ9A 1KLNA 1C1AA 4RW7A 1BUPA 4FVMA 4JKDA 1NJWA 1MWKA 3U3GA 1QQNA 1NJXA 3BDPA 1BGXT 4CEZA 4KPYA 4DV6K 1NKBA 4NYNA 2HHTA 3R6MA 4DHYA 4KI6A 3TABA 3TPQA 1WN7A 5BRDA 1NMDA 3AARA 3LPTA 4J8FA 4ZTFA 2HMPA 2GV9A 4CVNE 4CJTA 5TKYA 4M3YA 1NKCA 5BPMA 3M8QA 4B9VA 4AHSA 4JKBA 1T3VA 4DQQA 1XC9A 3AVCA 1L5UA 2E6MA 4Y0WA 3HM9A 4O4GA 3ULEB 1JKHA 2YV0X 3L2RA 1YVNA 4ID5A 4X66K 3SI6A 3AA4A 3KZBA 3K0SA 4YDUA 4CGGA 1YITN 4CJUA 4BRKA 4QCLA 4K43A 3P5JA 3CYMA 2VYPA 4FO0A 1I3AA 3RR7A 1QVFM 2V7ZA 3HTVA 1WBBA 3G6EN 2DFFA 1K73O 3UIQA 2PFUA 3LWLA 1IKYA 3L0QA 1C1CA 2FBXA 4JNEA 4E0DA 4ELTA 2XY6A 3AVJA 3OYJA 3VERA 4JKGA 3KLGA 2ZJPL 3THYA 5EU7A 1OKJA 1VK0A 2PAVA 4I9LA 3CQXA 4W5QA 1VHXA 3ZEUB 4FM0A 3JXUA 2HBKA 4DUYK 2FC0A 3VQPA 1CLQA 1FW6A 3GE1A 4GY2B 4B8CA 2O4IA 5F2RA 3DLEA 3ULDA 3LL3A 5LY3A 3DOLA 3AVFA 2W41A 2OPPA 3KKRA 5AQVA 2R7YA 4DF8A 2O8DA 3TANA 4L3QA 1H1VA 1S1UA 4BE2A 4DTRA 3GOIA 4CHZA 4FWLA 4CEEA 4K0KK 5M1FA 1C0UA 4C1NK 2O8BB 3SV3A 3CHWA 2QI2A 2ITMA 1Y64A 3L2QA 1WNSA 4O44A 1U2VB 4M7XA 4B9TA 3HVTA 3NF8A 4DV0K 1TKDA 3ULEA 2NRVA 2QXLA 3QNNA 3GL1A 1WUAA 4H8KA 3VEYA 3K5LA 4CIEA 1YIJN 3H46O 2UUBK 3CCRN 3OYIA 1X9MA 5EY4A 2UYTA 3OYMA 5KPTA 1GLBG 3CJ9A 3EYZA 1LWCA 4XH4A 4Z0UA 4KHWA 5HOOA 5FRMA 4WF9L 4H0TB 3L3UA 4FJHA 4M3UA 4DU4A 3L2UA 1Y97A 1S6PA 2QWLA 2W6LA 3LP0A 5KI6A 1SL2A 3ZEUA 4YOTA 4LFAK 4KH5A 4DR1K 1M90O 3PX6A 3OBWA 3GG4A 4DSFA 2HBJA 1EO1A 1RTHA 4AF1A 3OBYA 4BREA 3O9UA 2YHWA 1B9DA 1EWQA 1VSKA 2G8FA 1TUYA 2UXDK 1SKRA 4DS5A 4JKHA 1GLJO 4B9QA 4FM1A 4O5FA 2QKBA 4FYDA 3O4QA 5CYMA 1U48A 2A1SA 2Q0UA 4Z4EA 2OTLN 2EHGA 3SAHA 3AVAA 3OW2M 4BR5A 5KQDA 2RPIA 5J1EA 3FGUA 4BWMA 3TTCA 1NGFA 2XO7A 5HRPA 5FLXO 3K58A 1OVQA 1W0HA 3CF5L 4CZLA 5IWAK 2P9SB 2KFZA 3M8PA 1NK7A 1HMVA 3TU5A 4MFBA 3WNGA 4DTJA 4RTFD 4AH9A 4R79A 1LWEA 2X6NA 1KTQA 3THWB 3QDKA 2P9UB 4CJPA 3O4WA 1CZAN 2YNHA 4DCHA 4BRMA 4JKFA 4BRFA 4BY9C 5C2FA 4Y1DA 4CD3A 5J2MA 3D0PA 3TAFA 1ASWA 4JS4A 2O4GA 2DTUA 4RW8A 3T3FA 3M8SA 4KHUA 5AQMA 3QMLA 5GAGP 3RMBA 5LL6Z 1GOBA 5DMRA 3IFRA 4B1XB 1NK0A 2F8SA 4OJRA 3TSUA 4JI7K 2YHYA 3EO3A 2NRTA 4GV6A 3A8YA 1IG8A 4FWOA 3TR8A 4I2QA 3ZX3A 4BRIA 2RN2A 1RILA 1E4FT 2EWSA 3NDKA 3AVGA 4A61A 4EIAA 4FJIA 1HKBA 4J2EA 3VTHA 4DV4K 4H0YB 2OA8A 4IJNA 5GIOA 1JLFA 2QM1A 3DRRA 1NU0A 4IXCA 4DR3K 3AAQA 5TKWA 4BRLA 4EHUA 5LJVA 3VQQA 5AZIA 4YY3K 2AA4A 3VGKA 2OZSA 2KQ2A 4FPBA 4CZFA 4FLVA 1CZBA 4B9NA 1BHLA 1QS4A 2B4JA 1BL3A 3HSCA 4N56A 2P9UA 1GLFO 1BCOA 2RE2A 4KHYA 4ISGA 4CIGA 1T8EA 1VQ4N 5E41A 3SQ1A 3L8BA 3K5MA 5LMNK 3ZSVA 3S9HA 3SMPA 4BRGA 3OYAA 3UE5A 1TKTA 3TAEA 1SKWA 3ASMA 1Q86O 3CCJN 1XWLA 1KCFA 4OLAA 5AQRA 1VQ8N 3ZT0A 1ITGA 3VEXA 3DLRA 1DEJA 3UB5A 1VQ7N 3MX5A 3H45C 1JLBA 3J8AA 3MXJA 1NKEA 3QBWA 1I39A 1RDBA 2VCPA 1SL0A 2A1RA 4FWPA 3TAGA 4N41A 1GOCA 4ILHA 2ZF5O 1S6QA 3QETA 3P39A 4OO1J 1VSFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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