4BRKA

Legionella pneumophila ntpdase1 n302y variant crystal form iii (closed) in complex with mg umppnp
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
TNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISYLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Legionella pneumophila
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 124
structure length 359
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brkA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brkA02
2QWNA 1TYQB 2E8AA 4JAXA 4WQ5C 3CHWA 3DXMA 4PL7A 2P9LA 2ASPA 4PL8A 4DCHA 1NGEA 3AAQA 3VF6A 3CI5A 3VEXA 2ASMA 4RTFD 5BRFA 1GLCG 1LCUA 3QBWA 3WT0A 2W41A 4FWPA 4K25A 2DPNA 4BROA 1NMDA 2CGJA 3BEXA 2VWBA 1J6ZA 3BUZB 3A5MC 3EKSA 2D0PA 4WYBA 4A61A 4WQ4C 4JN4A 2AP1A 3UE5A 4XH1A 1Q18A 2Q1NA 3ULEB 1KXPA 4L3QA 1YXQA 2BTFA 5FPNA 3R8EA 1TYQA 5AQNA 2P9LB 4ISGA 3CERA 4M63C 3C0BA 4H0XB 1BWFO 4EAHD 2QM1A 1NGCA 4IJNA 4H5VA 2QXLA 4FPBA 3UKRA 1ZC6A 3QICA 3VGKA 1YAGA 4CZLA 3AAPA 4IXCA 4AM7A 3EZWA 4JNEA 2FXUA 3CJBA 5BREA 3A5OC 3ZX2A 3SLCA 3SMSA 3A5NC 3ATVA 3LM2A 1NGGA 3KZBA 4CZMA 1RFQA 2E2PA 2ZGZA 1YVNA 1IG8A 3MN9A 3O8MA 4F9OA 1JCFA 4ISFA 5AQYA 3FFKB 3U8XA 1JCEA 3VF2A 3WEEB 2GWJA 2GWKA 5AQUA 4BRAA 1SZ2A 1MWKA 2HF4A 2E88A 4BGAA 2QW9A 4BRKA 4CZFA 2Q31A 3EL2A 4M7YA 3GOIA 3MN7A 3WXLA 3QB0A 3WQUA 3MCPA 1YUWA 2FSJA 1MDUB 3CQXA 5AQWA 1TUYA 3H3OB 2KHOA 5AZIB 3QFPA 4EHTA 4MLHA 3QDKA 2FSNA 3WUHA 3WEEA 2Q36A 1MA9B 4CZGA 3ZETB 1NLVA 5AFUH 3VEOA 4B1UB 3CQYA 1NGFA 3QMLA 4CZEA 1XC3A 2W40A 3J8AA 2Q2RA 3W3DA 1KAXA 3VESA 4FPAA 3VGLA 4EIAA 3ZEUA 1HLUA 1ATNA 1Y64A 1H1VA 3S41A 3VEYA 4NB4A 1DKGD 3M1FA 4EFHA 2GUPA 4H0TB 2D0OA 4H5WA 3CJ1A 2QWLA 5E26A 5AQRA 3SJHA 4JHDA 3LL3A 5ELZA 1BG3A 2D4WA 3VOVA 3F9MA 1BA0A 4PKHA 1U6ZA 4PKGA 3VENA 5KPRA 3RSEB 2VCPA 3FZLA 2P9PB 2I7PA 5AZJB 2E1YA 4Y0WA 1ZBSA 3IUCA 1X3NA 5FPDA 2FF6A 3U9DA 4BGBA 3ID8A 4IWVA 4QS9A 4BRQA 4CJ7A 1MWMA 2QWRA 4WQ5A 3UKUA 3RSEA 1IJJA 2FLOA 4H0YB 2IVNA 2QWPA 5AZJA 4BQZA 3MN5A 2Q0UA 2P9SB 3BF1A 4H5RA 1HUXA 4J8FA 4C23A 5KPZA 3QFUA 1HX1A 4FOEA 2HMPA 3WXKA 1KAYA 3CIPA 2IVPA 2V52B 5AQMA 2NZTA 1C0GA 5EX5A 1LOTB 3U4LA 4B1XB 3CJ9A 1ATRA 2E2QA 3A5LC 2GELA 5AQGA 4A2BA 2ZGYA 4IZ9A 2WUSA 1HKBA 2YJEA 4RWTA 5AQTA 1E4GT 1GLDG 4CBWA 3D7EO 1K8KB 2P9UA 3GE1A 3H1VX 3HM8A 1CZAN 2A3ZA 4FO0A 4KBOA 4QS7A 5AQIA 3I33A 4B9QA 2GEMA 4H0OA 3MMVA 1XUPO 3HTVA 2EWSA 3DXKA 2A5XA 5JLFA 3GL1A 2YHWA 2IIRA 3ZX3A 1X9JA 2V51B 4XH5A 5EOYA 1GLBG 5AQLA 4K41A 4FWOA 3HSCA 2J4RA 2P9IA 3MK6A 5AR0A 5EXWA 3LDQA 2CGLA 1BA1A 4H03B 4AM6A 3DXKB 1R59O 2ZWHA 4BRHA 5ADXA 3DAWA 3H45C 5TKYA 2A41A 4GY2B 4B1WB 1QZ6A 4BR5A 3GBTA 2QWMA 2A40A 3BF3A 4H0PA 2QWQA 4M7XA 3KVGA 4MO5A 4QS8A 2A6AA 3ZETA 4BRNA 4I6MB 2YI1A 2NRHA 5BR9A 3OHRA 4XEIA 3LDPA 4YDUC 1NGIA 1WUAA 3EKUA 5AZIA 3R9PA 2IVOA 4HWIA 3AARA 3MN6A 5AQXA 1RGIA 3B8AX 4EHUA 4BG9A 2CGKA 3H46O 3GG4A 3O1BA 3VEVA 1TUUA 2HOEA 3G25A 5ADXH 4Z94A 4FWLA 3SK3A 1Z05A 4CI6A 1NWKA 1ZXOA 5LY3A 3D2EA 3L4IA 1WOQA 3FZMA 1BUPA 4H5NA 4H0VB 4A62A 2P9IB 3FZHA 1U2VB 4BR7A 4BVPA 1NGHA 4CZJA 1BOTO 1GLJO 1SAZA 3A0IX 2A42A 1BU6O 2P9NA 2PBDA 4K42A 5BPMA 4FSVA 4BR4A 5I9EB 4FWNA 3LDLA 4BR9A 1K8KA 1BDGA 3IFRA 3CETA 3LDOA 4DB3A 3O1WA 4JD2A 4IO8A 5FPMA 2F9WA 3FLCO 3FZKA 3JS6A 5F1XA 2CH6A 5BRDA 1NBWA 5JLHA 3DJCA 1QQMA 3WXIA 4DHYA 4IJAA 1QHAA 5EVZA 3CJ7A 1QZ5A 1T6CA 3A8YA 4CZKA 1SQKA 3FR0A 5BPLA 5AQFA 4E1JA 4MLEA 4BRGA 2YCHA 4BREA 1DEJA 1QQOA 3H6EA 1DGKN 4GNIA 2ITMA 5LJWA 4JD2B 4BVOA 2OANA 3AY9A 2E2NA 3M6GA 2P9SA 2Q0RA 4B1YB 3ATUA 3GDQA 4BR0A 3ZX0A 5AQKA 1RDWX 4BRMA 1C0FA 3IDHA 4FL9A 3CJCA 2YJFA 3VEZA 3VPZA 2AA4A 3LDNA 2ASOA 5AQJA 3H1QA 2ZF5O 1XQSC 5JICA 3W0LA 3DXMB 4CZIA 4A2AA 4O5FA 5F0XA 4BC5A 2FSKA 1V4SA 1Z6RA 3QBXA 5AQOA 5KPTA 1S3XA 3L6QA 4BR2A 3VETA 3HZ6A 4BC3A 5KQ8A 4DQ8A 2E20A 1HKGA 4LC9B 1S22A 5F2RA 4JHDB 4B1ZA 5BN8A 1OKJA 3DWLA 4PKIA 5AQPA 4CBUA 5B8HA 3R6MA 4HTLA 3TPQA 2E1ZA 4XH4A 5AQHA 2HF3A 1JCGA 3D2FA 3WXJA 3VGMA 1GLLO 2YHYA 5AQSA 5LJVA 1NGAA 1T44A 4BG8A 1T6DA 3UKUB 3O6WA 4NO7A 4FOIA 4K43A 3I8BA 1KAZA 3SMPA 2VYPA 1U2VA 3M3ZA 4RCHA 4B1VA 3TU5A 5KQDA 4BRFA 1V4TA 5BN9A 4BRDA 3EO3A 5EY4A 4BRLA 2P9NB 3ULEA 3D2EB 1HKCA 2E2OA 1NM1A 3ENOA 3C7NA 1ESVA 1GLAG 4YDUA 4H5TA 2CH5A 2UYTA 3HBTA 4FWRA 1X3MA 1NGDA 2F9TA 4CD3A 2QWOA 4CD1A 3VEWA 3O4WA 4FWKA 5AQZA 3CJAA 1HJOA 2V7ZA 4BRIA 3VERA 2YHXA 1GLEG 3O80A 3ZEUB 1HPMA 1P8ZA 1BO5O 5AQVA 2I7NA 3EN9A 4FWMA 2BUPA 4I6MA 3JXUA 5BPNA 1GLFO 5E84A 1NGBA 3C7NB 4ISEA 1EQYA 2GTDA 3O5BA 2PAVA 1NGJA 3O08A 4FWSA 5AFUA 4BC4A 5JMVA 1ATSA 4MO4A 2NLXA 3WQTA 3VF4A 5BRHA 4BRPA 3KHYA 2D1KA 2Q97A 5FPEA 4FWQA 3HI0A 2P9PA 4CZHA 3LM9A 3L0QA 4BC2A 3BP8A 3ENHA 1QQNA 2P9KA 3UB5A 1D4XA 2V7YA 3MDQA 4O8KA 5AQQA 4WQ4A 5CE3A 3H3NO 3IMXA 3D2FB 2P9UB 3FGUA 4CBXA 3P4IA 4BRCA 2H3GX 3FZFA 3UKRB 2FF3B 4BQLA 3U9ZA 3FE1A 1G99A 1E4FT 2P9KB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4J2EA 4WCEL 4CW7B 5CYMA 3DXMA 2P9LA 2ASPA 4LH5A 3L2UA 3D6RA 4PL8A 1J5EK 3NH0A 1VK0A 1LCUA 3WT0A 3SYZA 1OVQA 4I9QA 1LWFA 3KWGA 3A5MC 4E0DA 3CC4N 4Z4IA 3UE5A 2AP1A 4XH1A 2XY5A 1Q18A 1U48A 4HUGA 1C1CA 3I55N 3D45A 1YXQA 2NRZA 2BTFA 4DSIA 3CERA 1XMOK 1IBMK 4IJNA 4CJVA 5HRRA 1N6QA 4FJLA 3QICA 3G0ZA 3IS9A 4AM7A 4DFJA 2FXUA 1N5YA 2ZJQL 3CJBA 3A5OC 2HVIA 5KGWA 1WAJA 3E9OA 3CD6N 4E7KA 2WC9A 4CZMA 2E2PA 1LV5A 2LSNA 1KVBA 4DU1A 4OVLA 1A5VA 1JCFA 4E7IA 4ISFA 5AQYA 3HP6A 4DTMA 4BRAA 4W5TA 2G8KA 2G8WA 3V4IA 3FFIA 4BGAA 4BRKA 4CZFA 1BL3A 2VG5A 4DV0K 1XHZA 1VQMN 1WLJA 4LFCK 1MDUB 4M3WA 4CEQA 3SAHA 4DV5K 5AZIB 4WF9L 3DLBA 3QFPA 3SAFA 3OYIA 2FSNA 1S1UA 3WEEA 3ZT4A 1QSSA 2Q36A 3M8RA 4FJ9A 2B4JA 4CZGA 3VEOA 5GIOA 3CQYA 1NGFA 3T7ZA 1ZBLA 1NJZA 3EE8A 1XC3A 3J8AA 5M1OA 3VQDA 2W42A 3ENBA 4FPAA 4EIAA 3ZSXA 1SKWA 3OYKA 1VQNN 3P83D 4NB4A 2WONA 1T03A 4H5WA 3THXA 3AV9A 2YKNA 3CG7A 4JS5A 3RMCA 3SJHA 4DQSA 4OPKA 1BQNA 1VSFA 1I94K 1BG3A 3VQ4A 4CJ4A 2D4WA 3L2QA 4KPYA 3OTOK 4CJEA 1Q81O 4PKHA 2JWLA 4CEEA 3K5OA 4PKGA 3CCMN 3VENA 4MQ3A 3RSEB 1FKOA 4X64K 5AZJB 1N33K 4Y0WA 1ZBSA 5FPDA 1WN7A 2O8CA 4I7FA 4BGBA 4BWJA 2FBYA 3NMUA 2HBMA 1J54A 2HHHK 4JI7K 2NRRA 4QS9A 4BRQA 1TV6A 4WQ5A 4QCLA 1IJJA 2FLOA 1WAFA 4KAZA 1SV5A 4H0YB 2Q0UA 4YY3K 5J2NA 1L3UA 3QFUA 3ZSYA 3V9XA 2HMPA 3O4NA 2X78A 1KAYA 3CIPA 3VQQA 3OY9A 1VSIA 4DV3K 1NJWA 3LP2A 3A5LC 1L3SA 4M45A 2WUSA 2HHUA 4DTUA 2KW4A 5AQTA 1E4GT 4F3TA 1D5AA 3AVBA 3D7EO 4PY5A 4FO0A 3H1VX 4KBOA 4JYAK 3LP1A 3I33A 2JGUA 3HTVA 3DXKA 2YHWA 4GV9A 1RDCA 1X9JA 2V51B 4LFBK 5EOYA 4F2RA 1GLBG 4JK8A 2KLAA 3HPGA 3PV8A 3HSCA 2YHBA 5EXWA 1YTAA 4FK0A 4Q0BA 1RBVA 4Z4HA 4V19S 3J7AP 4N47A 4DR3K 5HLFA 5TKYA 2OTLN 1QZ6A 2A40A 2QWQA 4M7XA 2A6AA 1IH7A 2HHSA 2ZJPL 3LAKA 3EKUA 5LMUK 1SL1A 2IVOA 1OVYA 4HWIA 4JRPA 5C24A 3PIOL 3B8AX 4FM0A 3NE6A 2CGKA 3EYZA 3OYCA 2HOEA 3AGKA 2P1JA 4CI6A 1ZXOA 4W5OA 3CC2N 3L4IA 4CECA 5LMNK 3P1GA 4CHNA 4IKFA 4I2QA 5CZ1A 1GLJO 3EY1A 1SAZA 1SS6A 1RTJA 4DFPA 5BPMA 3P38A 3CM6A 5I9EB 4KH4A 1K8KA 4CK1A 3O3HA 4RW4A 3THYA 4E7JA 3FZKA 4KI6A 3MWPA 2CH6A 1S6PA 4NXNK 5JLHA 3AVHA 3LALA 4Z0UA 3WXIA 4IEEA 4CK2A 1RDDA 3VQEA 5C25A 3A8YA 4CZKA 4DR4K 5BPLA 4B3SK 4MLEA 4BRGA 1KRPA 4IDHA 5C12A 4BREA 2ZJRL 1QQOA 2ITMA 4JD2B 2OANA 3ASMA 4MFBA 5TKWA 3B6OA 2P9SA 4B1YB 3K9JA 3RR7A 1Z25A 4I2PA 5AQKA 4IO9L 3CFRA 3KK1A 4Z4GA 2P5OA 3MEEA 2VQFK 2OPRA 1QS4A 2E6MA 1FKPA 2F96A 3H1QA 3QNNA 4DR1K 5HP1A 1RT1A 3T1AA 1IKVA 1TGOA 2X6SA 2YNIA 4CZIA 4DF8A 5F0XA 3T1HK 1W2BM 1V4SA 1Z6RA 3QBXA 3I0SA 1RT7A 4QAGA 5KPTA 4YOWA 4Y1DA 2KFZA 2E20A 3I8DA 3QEWA 1HKGA 4CEZA 3SPZA 4DS4A 2O4IA 3AO5A 3MX5A 5BN8A 4CBUA 3R6MA 4E3SA 1NKCA 1VSJA 2B5JA 3OS2A 4CEDA 1RCHA 2WOMA 5AQSA 4AHSA 3QEIA 3CMEN 3TSQA 3AA4A 3AVCA 3V9ZA 4B9UA 1T6DA 1VSHA 4G1QA 3ZSQA 3PLAA 3P31A 1UWBA 1E3MA 3TU5A 1TKXA 5KQDA 4BRFA 1V4TA 5BN9A 5EY4A 1U45A 4JK9A 3L2RA 3VQCA 4CGJA 4IFEA 3C65A 4FCYA 3HRGA 3C7NA 5CYQA 4OKKA 1GLAG 4YDUA 4CGDA 4R5PA 4I9LA 4H5TA 3QEXA 2UXBK 1WNSA 3HBTA 1KVAA 1X9WA 2F9TA 4ILJA 1DTTA 4DF4A 1RILA 5AQZA 4IFVA 5HL7L 4A57A 1SL0A 4F4KA 1N32K 2YHXA 4JV5K 1GLEG 4CERA 4AF1A 1BO5O 4DSEA 1EETA 4FZXC 1NG9A 1HPZA 4GV3A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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