4BRKA

Legionella pneumophila ntpdase1 n302y variant crystal form iii (closed) in complex with mg umppnp
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
TNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISYLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 124
structure length 359
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brkA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brkA02
3QB0A 1ATSA 2W41A 3CJ1A 1P8ZA 3CERA 1SAZA 1GLAG 2YJEA 3O5BA 1TYQB 4FO0A 1BG3A 4H0OA 4Y0WA 5AQMA 3U9ZA 4E1JA 4JN4A 5AQPA 1D4XA 3TPQA 4BRQA 4MO4A 3VEZA 3L6QA 2A6AA 4BGAA 3AY9A 3O6WA 3LDLA 5FPNA 4C23A 2D1KA 3AAPA 1GLDG 3H3NO 1J6ZA 4BC5A 5KQDA 4M63C 2QWRA 5E26A 4QS8A 4H5VA 4B9QA 4EFHA 3CIPA 2GTDA 4H5NA 2E88A 3O4WA 4I6MA 4K43A 2ZGYA 3CJCA 1NLVA 5BPNA 1K8KA 3FE1A 2I7NA 3FGUA 4PKGA 4PL8A 2NRHA 3DXMA 5AQSA 5EY4A 3QFPA 3EKUA 1QQNA 4I6MB 5BRHA 4PL7A 3VF2A 3D2EA 4BRHA 3HBTA 1YUWA 3CJAA 1K8KB 3C7NA 1JCFA 3DXMB 1QQMA 2GEMA 1E4GT 2FF3B 2VYPA 1BDGA 3VETA 3H45C 2FSJA 3R6MA 1DGKN 1ZXOA 3MMVA 3H1QA 2YHWA 3C7NB 4XH5A 1HKGA 3VPZA 5BN8A 1KXPA 2YHYA 3A5LC 5EVZA 3SMSA 5BN9A 1NM1A 3WUHA 1KAZA 1HLUA 3F9MA 3O80A 3UKUA 3H1VX 3ZX0A 4BROA 5I9EB 3GL1A 2IIRA 5AQJA 1QZ6A 3SK3A 1TUYA 2HF4A 5KPZA 4FSVA 2YJFA 4O8KA 4CZMA 2QWMA 3HSCA 4CZKA 2V52B 3UKUB 2I7PA 5BREA 1GLBG 3IFRA 3MDQA 3QBXA 5ADXH 3HM8A 3J8AA 5AQXA 3FZLA 5FPEA 4DB3A 1BA0A 3VEVA 2E2OA 2E20A 5AQZA 3M3ZA 4MO5A 1Q18A 3C0BA 4AM6A 4BRNA 1KAYA 2VWBA 2P9PB 5F2RA 3EN9A 4XH4A 3CETA 5AFUA 5AQTA 2YI1A 2F9TA 2HOEA 3DWLA 4BR4A 4H5TA 3WT0A 4BC2A 4FWNA 4JD2A 5AQFA 3VOVA 4A61A 3R8EA 2GUPA 2CGJA 4BGBA 3LDNA 1S3XA 2YCHA 4JHDA 4H5RA 1RFQA 2OANA 4BRLA 2A41A 3A8YA 4BR7A 5AQQA 4JD2B 4CBXA 2J4RA 2E8AA 2IVOA 5AQWA 1RDWX 1WOQA 2IVNA 4IXCA 4BRPA 4EHTA 4JHDB 2FLOA 4RTFD 2A3ZA 4H0XB 4M7XA 4BRDA 5AQRA 4F9OA 1HKBA 3HZ6A 4BG8A 3FR0A 2ZGZA 5KPRA 4IWVA 1BWFO 2ASPA 3WEEA 3ENOA 2YHXA 4WQ5A 5BR9A 1ATRA 1V4TA 3TU5A 4BR0A 3A0IX 4QS7A 4HWIA 4A62A 1JCGA 3W0LA 4BG9A 3WEEB 3SJHA 2V7YA 2E2QA 4BRAA 1LCUA 4KBOA 5LJWA 3BF1A 3ZETA 4EIAA 3RSEA 4H0TB 2NLXA 4FWKA 4CZGA 2D0OA 4CZIA 3ZX2A 1YAGA 2EWSA 2P9KA 4FOEA 5KPTA 2ZF5O 1SZ2A 3FZFA 2E2PA 2Q2RA 5FPDA 1GLCG 3FZMA 3JS6A 1Y64A 3CQYA 3O1WA 3VEYA 2ASOA 1YXQA 3ZETB 5JLHA 5JMVA 3RSEB 1NGDA 2Q31A 4BR9A 2A5XA 4IJAA 3VEWA 3WXLA 4K41A 3BEXA 3LL3A 4ISGA 4J8FA 2P9KB 2P9LA 2Q97A 4M7YA 4DQ8A 4ISEA 1MA9B 1BO5O 2D0PA 2QWQA 2IVPA 4EAHD 3CI5A 3D2EB 4YDUC 4AM7A 2P9UA 3OHRA 4H0YB 4B1UB 1HKCA 4LC9B 1OKJA 3FZKA 5F1XA 4FWMA 5JLFA 2DPNA 2P9LB 4CBWA 4EHUA 3CJ7A 4L3QA 2P9NA 2E1YA 5BPMA 1QHAA 4GY2B 2A40A 1BUPA 1U2VA 2PBDA 1NGIA 1C0GA 2FSKA 2P9UB 4GNIA 3S41A 2KHOA 3O1BA 5AZJA 3CHWA 2FF6A 3MN7A 2GWKA 3CJBA 4XEIA 2AA4A 3O8MA 2P9NB 2CH5A 1DEJA 5AQKA 3O08A 4CZFA 3MK6A 4FWPA 4PKHA 2CGLA 2QWLA 3R9PA 1U2VB 3I33A 4CI6A 4O5FA 5AZJB 4YDUA 2QM1A 3GBTA 2A42A 3MCPA 5LJVA 4JAXA 3WQTA 4CD1A 3H6EA 4A2AA 5E84A 1NGBA 5AQNA 4DHYA 3LDOA 3WXKA 5BRFA 3WQUA 4BREA 3U9DA 2QXLA 3H46O 3A5OC 3CQXA 2NZTA 1NGAA 1ZC6A 2BTFA 2GWJA 3IMXA 2ASMA 4WQ5C 5AQLA 5B8HA 1Z05A 3EZWA 5AFUH 4CZEA 1X9JA 5AQIA 4B1WB 1LOTB 2FXUA 3EL2A 1BA1A 1GLEG 3IDHA 3VERA 3L0QA 3GE1A 4CJ7A 2CGKA 3M1FA 5FPMA 3A5MC 1GLJO 5AZIA 3VENA 1JCEA 1V4SA 4BRFA 3KHYA 3QBWA 4XH1A 2HMPA 3I8BA 1NGJA 4WYBA 4BRGA 5BRDA 1IG8A 3QDKA 1Z6RA 1CZAN 3MN5A 4HTLA 4FWLA 5AZIB 5EX5A 1NGFA 4ISFA 4BRCA 3VF6A 3GG4A 3VGLA 1NBWA 2UYTA 1NGHA 1NWKA 1SQKA 3D7EO 5AR0A 4CZLA 4PKIA 1QZ5A 5AQGA 4RWTA 4BRIA 1XUPO 2P9IA 3QFUA 1E4FT 3AAQA 4MLHA 2QWPA 3VGMA 5ELZA 4BC4A 4K42A 5AQVA 2H3GX 5AQUA 2HF3A 4BRKA 1NGCA 2CH6A 3U8XA 4CZJA 2P9IB 2FSNA 3QICA 1YVNA 5KQ8A 1BU6O 1KAXA 1RGIA 3AARA 5BPLA 1XC3A 1X3NA 4NB4A 1GLLO 2P9SA 1EQYA 5AQYA 3BUZB 3FFKB 4A2BA 3DJCA 4BRMA 4BR2A 3GOIA 4H0VB 4Z94A 2Q0UA 3KZBA 1DKGD 1T44A 4FL9A 3UB5A 2D4WA 4FWQA 4RCHA 4BVPA 2P9SB 2F9WA 2ITMA 4BQZA 3UKRA 2WUSA 3P4IA 4B1ZA 4WQ4C 3VF4A 1ATNA 2AP1A 2VCPA 4FPAA 1T6DA 3LM9A 3VEOA 4H03B 3DAWA 3W3DA 3ATUA 5CE3A 3FZHA 1ZBSA 4H0PA 3ENHA 4CD3A 3VEXA 3UKRB 3U4LA 3JXUA 4BVOA 5JICA 2ZWHA 3BP8A 3EO3A 3DXKA 1HUXA 4FOIA 1MWKA 1MWMA 3IUCA 4K25A 3G25A 4IZ9A 4JNEA 4CBUA 4FPBA 1NMDA 3M6GA 3BF3A 1R59O 2E2NA 4IJNA 4B1YB 4B1XB 3ZX3A 3LM2A 4BR5A 4QS9A 3VGKA 3B8AX 3DXKB 1HJOA 3FLCO 5TKYA 5EOYA 2GELA 5ADXA 4WQ4A 2Q36A 1MDUB 1NGGA 3QMLA 4IO8A 3WXIA 3EKSA 2W40A 1HX1A 1NGEA 3HI0A 4B1VA 3ID8A 4H5WA 1G99A 3CJ9A 1U6ZA 3UE5A 3D2FA 3L4IA 3A5NC 1BOTO 2Q0RA 1S22A 2QWNA 3ATVA 2P9PA 3GDQA 4FWOA 5AQOA 4FWSA 4BQLA 2Q1NA 1WUAA 2E1ZA 2PAVA 2V51B 5AQHA 3KVGA 5LY3A 3D2FB 2QWOA 3WXJA 3ULEA 4BC3A 2V7ZA 5F0XA 1TUUA 3SMPA 3SLCA 1XQSC 1T6CA 3ZEUA 4CZHA 1C0FA 3MN9A 4MLEA 3HTVA 2QW9A 2BUPA 1GLFO 3ULEB 1QQOA 5EXWA 1TYQA 4NO7A 1ESVA 1HPMA 3VESA 3LDQA 3ZEUB 1IJJA 1H1VA 4DCHA 4FWRA 3H3OB 1X3MA 3MN6A 3LDPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ATSA 1P8ZA 3CERA 1WSHA 3T7ZA 1RT7A 2I5JA 1U4BA 4Z4IA 2RF2A 3LANA 4U7BA 3DOLA 1YTUA 2YKNA 4E1JA 4JN4A 1D4XA 4BACA 2KTQA 2A6AA 4BGAA 4CE9A 5GIPA 3VQBA 3K5OA 3H3NO 4BC5A 5JS2A 3HPGA 4LF8K 4QS8A 4H5VA 3OA9A 4B9QA 3CIPA 3ID6A 4F2SA 4FJGA 2IGIA 1ASWA 5GINA 3V9XA 1S1XA 4FJLA 4I6MA 2QXFA 3CJCA 1NLVA 5BPNA 4R79A 4JI2K 4X62K 3CCQN 4JKEA 2NRHA 2KW4A 4EP4A 2YHAA 2BGGA 1IBMK 3QFPA 4B9LA 3EKUA 3SAHA 3UIQA 4A59A 2W6KA 3LP0A 3OYDA 1K8KB 4DV1K 3DXMB 3WNEA 4Z0UA 1BDGA 2VG5A 3AO3A 4DLEA 3VETA 2FSJA 1VSLA 3OYAA 4JI0K 1VSDA 3MMVA 3CC2N 3C7NB 1VRTA 3A5LC 3SMSA 4CEEA 5HROA 4DR2K 4J2DA 3K5MA 1KAZA 3F9MA 3VA0A 4BROA 3GL1A 1SL0A 2IIRA 1D8YA 3NF6A 1RDUA 3AO1A 3VMFB 2O4GA 4HCBA 1RDBA 3NBPA 4BY9C 2HF4A 5KPZA 3T3FA 4C1NI 4E1NA 4CZKA 2HNZA 4OPJA 2I7PA 3D0PA 5BREA 1KLNA 3QBXA 3JYTA 4JK8A 4HUFA 4FZZA 1SL1A 5AQXA 4NXMK 1CXQA 4WE1A 4DB3A 2F8TA 1LW0A 3HRGA 3BZKA 1XC9A 5AQZA 4PHTX 1KQSM 4RW9A 4DV6K 3NFAA 4DKWA 5AFUA 5AQTA 3K5LA 2VQFK 4BR4A 3NH0A 1EXQA 4JD2A 3F9KA 5AQFA 3RVCA 4JHDA 3ZT0A 2OCEA 3KK3A 3QO9A 2A41A 3A8YA 3CCJN 1KRPA 1RDWX 3OJSA 2WOMA 2FLOA 1BCOA 2A3ZA 4IOAL 3KK7A 4BG8A 3K58A 2OZSA 4Q5VA 1NK5A 2R7YA 1U48A 5E41A 1M90O 3S3NA 4BR0A 4ID5A 4QS7A 4HWIA 4A62A 2UXBK 4M3UA 3SV3A 4FJNA 4BG9A 1NG9A 3T1AA 4NLBA 1BCMA 4F2RA 4DTRA 2BE2A 4IG0A 4H8KA 3MWTA 3ZETA 4EIAA 3RSEA 3AO4A 4LSLA 3E66A 4CZGA 4DQRA 1C0UA 3BZCA 3EE8A 4FOEA 5KPTA 1VQLN 4C8OA 3CQYA 3KLIA 4KH6A 1XHXA 2YX6A 2RE2A 5JLHA 5JMVA 1ZBHA 3DLBA 4ELVA 2Q31A 4BR9A 2A5XA 3AA4A 4IJAA 3VEWA 4DFPA 4J8FA 1KTQA 4DQ8A 3I0RA 4YOYA 4OX9K 4LSNA 4ISEA 3CXCM 3BY5A 1VQPN 1BO5O 3CI5A 2OYQA 4KB1A 2P9UA 3OHRA 4B1UB 1OKJA 1G15A 4AILC 1BUPA 1NGIA 3NF8A 3B6OA 1NU0A 4CCHA 2KHOA 3Q7CA 4CEZA 4FZYA 2GWKA 1X9MA 1JJ2M 2P1JA 1IG9A 2P9NB 4CF9A 5HRSA 1DEJA 3C94A 4CF0A 2F8SA 4FW2A 2CGLA 1U2VB 4A5BA 4DR1K 3N4QA 4YDUA 3GBTA 4FJMA 3T1YK 3V1OA 5LJVA 3H6EA 1Z26A 5E84A 1NGBA 2LSNA 1FK9A 5M1FA 1ILYA 4DHYA 1J54A 3WXKA 4IFVA 4DV5K 4CJ5A 4KTQA 4DFJA 3WQUA 3ZT3A 3AVJA 1U47A 3H46O 3A5OC 4CK2A 2PY5A 3THWA 3LPTA 4X65K 3IMXA 2HNYA 4I7FA 2ASMA 3WXMB 4Y1CA 2HHXA 5AQLA 2UXDK 1Z05A 1VK0A 2ETJA 3AVLA 2P5OA 3CFOA 1ZBFA 2OPPA 4CJEA 1P90A 5M1NA 4F8RA 3SAGA 4CJ7A 1XNQK 3M1FA 5FPMA 4FW1A 3E1YA 1GLJO 4OPHA 4YOTA 4BRFA 4DV0K 3KHYA 4XH1A 4BRGA 3MXMA 5JVGL 1RT3A 4CJ4A 1CZAN 1RDAA 1SS6A 3RMBA 4E1MA 5AZIB 3K9JA 3OBWA 4CESA 4B3TK 1RNHA 4CERA 3GG4A 5CYMA 3S3OA 2UYTA 1NGHA 1OVQA 2VGMA 3D7EO 4CFBA 3L8BA 5FRNA 2HB5A 1E4FT 3AAQA 1A5XA 3VGMA 3I8DA 1BHLA 5AQUA 4JLHA 3IG1A 1Q86O 4DUZK 3MEEA 3QICA 1S72N 1YVNA 3OTOK 4FLTA 3AARA 1FXXA 1XHZA 2O8EB 4KH5A 4NB4A 2X6SA 1EQYA 3CM6A 3DJCA 4BR2A 4FJ7A 5BR8K 3GOIA 3V1RA 4Z94A 4FM1A 3KZBA 1DKGD 1T44A 3ZSRA 1YVUA 4FWQA 4E7LA 2F9WA 2ZJPL 4ELUA 3EZ5A 2WUSA 3QETA 4U67L 3AGKA 2VCPA 3CFRA 3VEOA 4CK1A 4H03B 4CEFA 3DAWA 4DQSA 3ATUA 3CCUN 3FZHA 2XO7A 1ZBSA 4PWDA 3VEXA 3UKRB 3BP8A 3L2RA 1HUXA 3AVFA 4JS5A 1MWKA 3TWHA 4GVMA 1DTQA 3O9UA 4CHQA 4IJNA 4KFBA 4BR5A 3VGKA 2GBZA 1L3UA 4GW6A 4B3RK 4DU1A 1HJOA 5ADXA 3OYFA 2YNIA 3NVKA 1NGGA 4IO8A 3OVNA 3G4SN 3QNNA 4HTUA 1G99A 3D2FA 3NHGA 1WSEA 2ZJQL 1BOTO 4KTWA 1S22A 1J53A 2QWNA 3NF9A 3U3YA 4WF9L 2WFBA 2E1ZA 4E7KA 3LZIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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