4YORA

Crystal structure of a trimeric exonuclease phoexo i from pyrococcus horikoshii ot3 at 1.52a resolution.
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
227
structure length
227
Chain Sequence
MRIVAADTGGAVLDESFQPVGLIATVAVLVEKPYKTSKRFLVKYADPYNYDLSGRQAIRDEIELAIELAREVSPDVIHLDSTLGGIEVRKLDESTIDALQISDRGKEIWKELSKDLQPLAKKFWEETGIEIIAIGKSSVPVRIAEIYAGIFSVKWALDNVKEKGGLLVGLPRYMEVEIKKDKIIGKSLDPREGGLYGEVKTEVPQGIKWELYPNPLVRRFMVFEITS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus horikoshii
molecule tags Hydrolase
molecule keywords 3-5 exonuclease PhoExo I
total genus 66
structure length 227
sequence length 227
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yorA00
4YOTA 4YOXA 4O8UA 4YOUA 4YORA 4YOWA 4YOVA 4YOYA 5CHIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AVHA 4OJRA 1KFDA 1U04A 4PKIA 4FLTA 4PKHA 1QVFM 2DTUA 3MWPA 1X3NA 2YHXA 4Y0WA 4XIUA 4MDBA 2V52B 4EIAA 3HO1A 3U3YA 2Z1IA 4MO5A 3ITHA 3NF8A 3NGIA 4ISGA 4A59A 3LALA 3ID6A 4YOXA 4C1NK 4DR3K 3SMSA 4H5RA 1Y97A 1RDUA 2PAVA 1JCFA 3ZSXA 1C6VA 1ZXOA 1U49A 2QWNA 4CGIA 1QTMA 2HBLA 4DHYA 1Q86O 2X6SA 3AO1A 5JS2A 4IJAA 2W40A 2XY8A 4PHTX 4CBXA 3ENBA 5FDLA 4CCHA 3WXJA 4EP4A 4K25A 5A2QO 4A61A 1SL0A 1NWKA 1HKBA 1NGGA 3U4LA 4B1YB 2DFHA 4JLHA 4AHUA 3JS6A 1REVA 4HWIA 1DTTA 3U9DA 3KK2A 4FZYA 5IT9O 4DG1A 3VTHA 4CIFA 3KHYA 3CJ1A 2YJFA 1N6QA 1NK8A 1NLVA 3CC2N 3FLCO 3HK2A 4UY8O 4M7XA 2O8FA 3DOLA 3E9OA 2Q2RA 3R6MA 1HYVA 1C0MA 4ICLA 2O8BA 1M90O 1YVNA 4CGDA 3DXMB 3SNNA 1S1WA 2NRZA 3NMUA 4FLXA 5J1EA 3ULDA 2HNYA 3CD6N 4CHQA 3O80A 5KTQA 4E7KA 3NGYA 4DV1K 4LC9B 3CCUN 2P9NB 3H1VX 3HBTA 1BU6O 1RT4A 3ULEB 3MCAB 4JD2A 2IGIA 4K43A 3HTVA 3AAPA 3C7NA 4MLHA 4KAZA 2KQ2A 1RDAA 3AVJA 4IWVA 3VETA 2WOMA 4FJXA 1HUXA 2ETJA 3NFAA 1WB9A 5M1NA 5CZ1A 1HYSA 2J4RA 1X9WA 2WONA 4JEPA 4CJEA 2D0PA 4W5NA 3L3UA 5EOYA 4YY3K 4FPAA 4V19S 2QKKA 3DYAA 4EHUA 1L3UA 3QNNA 4ILHA 1RTIA 4BR2A 1L3TA 3SV4A 1QQMA 2F9WA 1GLBG 3CCMN 1ASVA 1U48A 3AVGA 3HOTA 4LSNA 1D5AA 1NGFA 1GLAG 3O4NA 5AQLA 4IO9L 4HUFA 1X9JA 4AHVA 3J7AP 1QSLA 4NCAA 3OBWA 2ZE2A 3AVBA 4CEFA 5E41A 4GKJK 4O4GA 3QEPA 2GBZA 2BH1A 2P9NA 4C8LA 4FJ8A 3T1HK 2F4VK 3QMLA 4CBWA 5KPRA 3VQ6A 4JI1K 4FOEA 5JICA 3VOVA 1BA0A 4IG0A 1VQNN 3CC7N 2FBXA 4DUZK 2OZMA 5BR9A 4B9NA 4FJGA 4IFYA 1T3VA 2X78A 4L3QA 2YNGA 4JI0K 1GLLO 4HCCA 2ITMA 3VPZA 2QWMA 1QQNA 4DSIA 1HX1A 3VEWA 1ZC6A 2HBJA 3HVRA 4BY9C 4CESA 3LDSA 4DSJA 2GWKA 1OH8A 3TWHA 2GEMA 3VQCA 3T3FA 4CZFA 1SZ2A 3LANA 1SAZA 3WNEA 5M1FA 4I6MA 5AQFA 1ESVA 1RGIA 1NGIA 3HSTB 1JL2A 3Q7BA 3K57A 1ATNA 3VQ7A 4GV3A 1Q7YO 3G25A 5AQMA 1T8EA 4CE9A 2VGMA 2FF6A 4PY5A 5HRRA 2E6MA 2IAJA 3H3NO 3LDLA 4KHWA 4FM0A 2G8HA 1GLEG 2VGNA 3HT3A 1BQNA 3QICA 3AVCA 3HPGA 4JYAK 3VF4A 3PIOL 4FK2A 3SUOA 2GUIA 1F21A 5CR4A 5FLXO 3RMCA 4IFEA 5HRSA 3QB0A 3ALYA 3VEYA 2UYTA 1BDGA 4A62A 4A5BA 2HHUA 4E19A 3THWA 1KVAA 1BISA 1ZBUA 4X65K 5FRNA 4BQZA 1SKWA 5TKYA 4CF8A 1NJZA 3TU5A 1WLJA 5C12A 4DSKA 4RW7A 3SUQA 4QAGA 4JKGA 4BRHA 1HQEA 3FGUA 3GE1A 5KRTA 3WUHA 1E4GT 5M1OA 3O1BA 4CEOA 4CJ4A 4GVEA 4AM6A 1NK0A 4M7YA 3WXKA 1JJ2M 1DT9A 3CQXA 4R5PA 1QZ6A 3KK1A 4DV0K 3O3HA 4IEIA 4CEBA 4H5NA 3LDNA 3VQ8A 1RT2A 3AGRA 2HHVA 3UE5A 4O8UA 3KK7A 2O8EB 3RVCA 1W7AA 2RF2A 4XH1A 1KXPA 5DM6L 4B08A 1ILYA 3QNOA 4B1VA 5ADXA 1VK0A 3DLKA 2A1RA 4CI6A 1LWEA 4GVMA 2G8WA 4B1XB 1EO1A 4Q0BA 2Z1GA 2GELA 2KFNA 3LL3A 1IKXA 5DM7L 2IS3A 3HXMA 3OHRA 1TK0A 1LW0A 3SQ1A 3KLGA 3EN9A 3G4SN 5FPNA 3SAGA 3E01A 3P5JA 2CH5A 2UXBK 1M1KO 4BR7A 4BC2A 1IJJA 1ZBSA 1O1WA 4FVUA 1HRHA 2G8VA 3PO5A 4CJ3A 2UXCK 1WAFA 3BF3A 4ILGB 1E4FT 2HMPA 5BRFA 2Y1JA 3O5BA 5HLFA 4H5VA 3KVGA 1T7PA 1X3MA 5AZIA 1DGKN 3M8RA 1IBKK 4CFAA 3ZX2A 3F9KA 1ZBIA 5ADXH 3O3GA 1RNHA 3OYLA 4OLAA 5AQKA 1K8KA 1Z26A 4B9UA 4CEEA 1KFSA 4JK9A 2VCPA 3T1AA 4RW8A 3CJ9A 1RBRA 3HPHA 3SLCA 4B9TA 3NH0A 4J2DA 3GOIA 2P9IB 3VA0A 5LL6Z 4OKKA 4HVJA 3V9SA 3OJSA 1YXQA 2YCHA 1NGAA 1RBVA 5EXWA 4CZGA 4DSFA 4I9LA 2KLAA 1HNWK 1JLEA 3KLHA 1RT6A 3THYB 3SBGA 5E26A 2QKBA 4E1JA 1FKPA 3HSCA 1HQUA 4JN4A 4DLGA 3GBTA 3LZJA 4ISFA 1TK8A 1HJOA 4BE0A 5EU7A 3SPZA 4NCBA 3TI0A 2GWJA 3FR0A 4FM1A 1JL1A 5ELZA 5BREA 3CJ7A 5AZJA 1QQOA 4MQ3A 1YTUA 5GIOA 3OS1A 2FF3B 3THXB 4MDAA 1TV6A 4KBOA 4N56A 4RG8A 4GNIA 1VQ4N 1BIUA 5FPMA 1Z05A 4O5BA 3CFOA 2FSNA 3VQ5A 2BANA 1JLGA 5GAGP 5EY4A 3CC4N 4FJKA 3KK3A 4E89A 2OCEA 4DQ8A 4G1QA 2ASMA 3WXLA 1I94K 4XH4A 3SAFA 4CJ5A 2UXDK 5AQJA 4YOVA 2QW9A 4Z4CA 5LJVA 5K14A 4AQYK 3DM2A 1Q9YA 3RMBA 3FZHA 4JRQA 4F2RA 2FXUA 1K9MO 3V6DA 2HVHA 3ID8A 1D4XA 4KV8A 4I7FA 4DV4K 4JI8K 1UAXA 4IZ9A 4DFKA 2QM1A 4M3ZA 2BE2A 2IVOA 3EZWA 3OY9A 3H46O 2AJQA 1BL3A 3E9LA 2PY5A 4R79A 1YITN 3UKRB 4KO0A 3S3MA 1KTQA 5LMUK 2DFEA 3K5NA 1XMOK 1RT1A 4UQGA 4FWMA 4CIGA 2RE2A 4Z4FA 3O9UA 1KC8O 3F73A 1RTJA 2RKIA 2ZJRL 4JV5K 4K0KK 2A41A 3QIOA 2D0AA 3K5MA 1P8ZA 4H0XB 2HHWA 1LWFA 4FWQA 3ZSVA 1EETA 3NE6A 3EEQA 1V4TA 3CCVN 3VGMA 3CFPA 3TANA 3OYHA 1NK9A 2E2PA 3S3OA 2E88A 3BF1A 3ISNC 4JKEA 5JS1A 4WQ5C 2VWKA 1UA0A 2YNIA 2HBKA 5C42A 5FROA 1NGJA 1RDDA 2NZTA 3K5LA 3R1XA 3RTVA 3SV3A 4O44A 5JLHA 1I3AA 5AQVA 2YI1A 5C25A 4NYFA 4M3UA 3O9TA 2WUSA 4NXMK 4N47A 2VYPA 2OPQA 5AQUA 2PYJA 2KFZA 3SQ2A 4TSXA 2NRWA 1S3XA 2D5RA 4IXCA 5KRSA 1TUYA 4ELTA 1V4SA 1VSFA 2QWLA 3MN5A 2ZJQL 5J2PA 3WXIA 5KPZA 2ZF5O 2YNFA 5HOOA 3H1QA 2JWLA 4KH4A 1JLAA 1JKHA 4CHNA 4C8KA 1HMVA 3THXA 3QETA 1Q82O 1YHQN 1VQ8N 1N33K 2A1SA 3BEXA 4BRIA 4CEDA 4KI4A 5BRHA 3DXMA 3P38A 4HUGA 3CQYA 4B9VA 4PUOA 1EP4A 2P9KB 3V4IA 1VSKA 2FBVA 3ZSRA 3QEVA 3C94A 2OZSA 2X74A 4FWOA 4JI5K 4FW2A 1S9EA 1NNEA 3VQDA 4DCHA 3ZSWA 1OVQA 1H1VA 3R8EA 3THYA 4FWKA 1BOTO 3CI5A 4OPKA 4H4MA 1KAYA 3DWLA 2ASOA 2ASPA 3HZ6A 5JVHL 2YJEA 3D7EO 1RBSA 4N5SA 5F1XA 5AZIB 2V7ZA 1XI1A 3EYZA 3FZMA 4C8OA 3O9RA 3TTCA 4OGEA 3VN5A 5AQYA 2P9IA 3LWMA 3DLBA 4I9QA 3L4QA 5DK5A 4C8NA 4FJJA 1EQYA 5I42A 5KPTA 1NK4A 3L8BA 1T03A 1KVBA 1NGDA 3PX0A 4Q5VA 2OA8A 4N76A 1FW6A 4MO4A 5EX5A 2P5GA 3SJJA 1NJIO 4BRDA 3IMXA 4E7JA 3DLHA 1XNRK 1YUWA 2QK9A 3OA9A 4DFPA 1WSHA 1SUQA 3O4QA 2P5OA 4J8FA 4RWTA 4CFCA 4GW6A 3AVKA 1SKSA 3G10A 3CPWM 1QHTA 1P90A 1IKYA 4ZHRA 4NLBA 2VWBA 3LAKA 3MN7A 5CYMA 3OYJA 1RDBA 1ZBFA 4BDYA 2XY6A 4AH9A 1U6ZA 3VQAA 3G6EN 1DEJA 4CK2A 4YDUA 3R9PA 1U4BA 4CFBA 4BVOA 1N34K 3TPQA 3KKRA 2R7YA 3OS0A 5FRMA 3HJFA 3KLIA 1YF5L 4CGJA 1DKGD 3VENA 5E84A 1TUUA 3NVMA 3CMEN 5CYQA 4KTQA 3CCSN 4C1NI 4LF9K 1IBLK 4L8RB 2KW4A 4Y1DA 3BZKA 2HSTA 4NB4A 4EHTA 3E9PA 4FWLA 2YHAA 4FPBA 2HNDA 3UKUA 1NMDA 2VG5A 5KQ8A 1NOYA 4IO8A 1ASWA 3DLGA 1YAGA 4CF9A 3PSFA 3D45A 3TAQA 3VQBA 3E66A 2P9LA 3SJHA 3H08A 2B4JA 2OANA 4BC5A 4NLCA 2F8SA 3KD1E 1FXXA 3K9KA 3MAQA 4DTPA 3O9SA 2YKNA 3QFPA 3MDQA 2OPRA 2ATQA 3MXJA 1G99A 4FLUA 4DTOA 3AVMA 4DR2K 2P1JA 4W5OA 2ZQBA 1D9FA 1VAZA 1C1CA 3MXIA 4B8AB 1NMNA 2HOEA 5BN9A 4B3OA 1KLMA 4WYBA 4EFHA 1KVCA 4CEAA 3CFRA 4B8CA 2VG6A 2PYLA 3AO5A 5J2MA 4OPHA 1ASUA 1W2BM 3VERA 4BR4A 3JAMO 1C0TA 4LD0A 2FSJA 4DV2K 1Q81O 1OVYA 4DWIA 1C1BA 4F3TA 3VTIA 2UUBK 3IDHA 5AQTA 1QE1A 2QWQA 1XNQK 1VQMN 4H5WA 4BR0A 2O8EA 3DAWA 3TAGA 1RBUA 3C6AA 3CCQN 5C2FA 3KKSA 1VSJA 3UB5A 5F0XA 2IIRA 4YOTA 4DTMA 1JXEA 1IO2A 3QERA 4DU1A 5BPMA 3IAYA 2NRXA 2JLEA 4KH5A 2F7TA 1R0AA 3EE8A 3GG4A 4M3TA 1HYZA 1RCHA 3VEVA 3BP8A 3KLEA 4KB1A 3RWUA 4FJNA 4DS5A 3ZCMA 4J2AA 2D0OA 3ZSYA 3G0ZA 4BC4A 4E7HA 3MX2A 3MX5A 4OPJA 4JK8A 3CG7A 4YOWA 3SUPA 4QOZB 2E2OA 4BRGA 2PFUA 3ATUA 3C6TA 5C2DA 3KTQA 1NGEA 3P1GA 5CHIA 2XO7A 4IG3A 4JS4A 1RTHA 4ID1A 4ISEA 5I9EB 1FK9A 4B1WB 1XWLA 2Q1NA 1B9FA 2KZZA 2IOCA 1W97L 3MK6A 1ZBLA 4BWMA 3U8XA 3GDQA 4DTUA 2Y1IA 1N8RO 4U7BA 1HNXK 3OYAA 2UU9K 1EWRA 3L2UA 3NDKA 4IKFA 1NGCA 3VEZA 3G71N 1T05A 3J80O 2E2QA 1TAUA 4LH4A 2GUPA 2W6LA 3JXUA 1WSIA 1WUAA 2AP1A 4CEZA 3LDPA 2Z1HA 4LF6K 3NH1A 1C0FA 4DSLA 4FJHA 2BUPA 4JS5A 4H4OA 4WQ5A 3TSQA 3OYEA 5HL7L 3ZEUB 3PX4A 3HRGA 3FZLA 3S41A 5MLCQ 4FVMA 1A5VA 4Z4IA 4QS8A 4KRFA 4RW4A 3WNGA 3OYCA 3NCIA 2VQFK 2ZJPL 1JLBA 4J2EA 4M45A 3TARA 2KHOA 3AVIA 3VA3A 1RDWX 3QESA 2WBNA 1U47A 4KHNA 3VESA 4LFBK 1IV0A 3CIPA 1NU0A 2E6LA 3T19A 4K41A 4M3XA 2QXLA 3RMAA 3NF6A 3LM2A 1JCGA 4AF1A 4JI3K 2OPSA 3KIOA 3SBTA 1K73O 4FXDA 4LFCK 4H0OA 1I39A 4JI4K 1VRTA 3W0LA 4O0IA 4IJNA 3A0IX 1SQKA 4CK1A 1LAVA 5CE3A 3TAEA 4RW9A 5BN8A 1RILA 4FWSA 5CY4A 3L3VA 3F9MA 3N4QA 5AQGA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YOT A;  4YOX A;  4O8U A;  4YOU A;  4YOR A;  4YOW A;  4YOV A;  4YOY A;  5CHI A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3AVH A;  4OJR A;  1KFD A;  1U04 A;  4PKI A;  4FLT A;  4PKH A;  1QVF M;  2DTU A;  3MWP A;  1X3N A;  2YHX A;  4Y0W A;  4XIU A;  4MDB A;  2V52 B;  4EIA A;  3HO1 A;  3U3Y A;  2Z1I A;  4MO5 A;  3ITH A;  3NF8 A;  3NGI A;  4ISG A;  4A59 A;  3LAL A;  3ID6 A;  4YOX A;  4C1N K;  4DR3 K;  3SMS A;  4H5R A;  1Y97 A;  1RDU A;  2PAV A;  1JCF A;  3ZSX A;  1C6V A;  1ZXO A;  1U49 A;  2QWN A;  4CGI A;  1QTM A;  2HBL A;  4DHY A;  1Q86 O;  2X6S A;  3AO1 A;  5JS2 A;  4IJA A;  2W40 A;  2XY8 A;  4PHT X;  4CBX A;  3ENB A;  5FDL A;  4CCH A;  3WXJ A;  4EP4 A;  4K25 A;  5A2Q O;  4A61 A;  1SL0 A;  1NWK A;  1HKB A;  1NGG A;  3U4L A;  4B1Y B;  2DFH A;  4JLH A;  4AHU A;  3JS6 A;  1REV A;  4HWI A;  1DTT A;  3U9D A;  3KK2 A;  4FZY A;  5IT9 O;  4DG1 A;  3VTH A;  4CIF A;  3KHY A;  3CJ1 A;  2YJF A;  1N6Q A;  1NK8 A;  1NLV A;  3CC2 N;  3FLC O;  3HK2 A;  4UY8 O;  4M7X A;  2O8F A;  3DOL A;  3E9O A;  2Q2R A;  3R6M A;  1HYV A;  1C0M A;  4ICL A;  2O8B A;  1M90 O;  1YVN A;  4CGD A;  3DXM B;  3SNN A;  1S1W A;  2NRZ A;  3NMU A;  4FLX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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