4YORA

Crystal structure of a trimeric exonuclease phoexo i from pyrococcus horikoshii ot3 at 1.52a resolution.
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
227
structure length
227
Chain Sequence
MRIVAADTGGAVLDESFQPVGLIATVAVLVEKPYKTSKRFLVKYADPYNYDLSGRQAIRDEIELAIELAREVSPDVIHLDSTLGGIEVRKLDESTIDALQISDRGKEIWKELSKDLQPLAKKFWEETGIEIIAIGKSSVPVRIAEIYAGIFSVKWALDNVKEKGGLLVGLPRYMEVEIKKDKIIGKSLDPREGGLYGEVKTEVPQGIKWELYPNPLVRRFMVFEITS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords 3-5 exonuclease PhoExo I
publication title Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus horikoshii
molecule tags Hydrolase
total genus 66
structure length 227
sequence length 227
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yorA00
4YOWA 4YOUA 4YOVA 5CHIA 4YOXA 4O8UA 4YOYA 4YORA 4YOTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RDDA 2DFEA 3ZT3A 3AVNA 4I9LA 4DTMA 3DXMB 4FWSA 3I0RA 1CXUA 4CZFA 4H5VA 3SQ0A 2OYQA 4KTQA 1P90A 2IOCA 1GLBG 3DXKB 2ASMA 2O8CB 4GW6A 1Q82O 5EX5A 3SQ4A 4DS5A 1GLLO 2P1JA 1TK8A 4PKHA 3ALYA 3KKSA 2Q3SA 4KTZA 1G99A 4H5TA 3CQ8A 3AVHA 2QWLA 3HI0A 3RTVA 4OPHA 5AQFA 3HRGA 2D0CA 4BR5A 3CCQN 1A5XA 1N8RO 3ULEB 3ZX3A 3TSQA 3ZEUB 2VWBA 3EL2A 3VEOA 3LDSA 3PO5A 2G8HA 2A1RA 2VGNA 1QTMA 3BZKA 3TTFA 5FRNA 4H4MA 4JI2K 3NDKA 3T1AA 4KB0A 3RVCA 4Z4HA 3E9OA 1V4TA 3PSFA 4CEOA 1QQCA 4AHVA 3R6MA 4DSFA 3LWMA 4FPAA 4IKFA 3ZSRA 1XI1A 4MLHA 3FZLA 1U2VA 3OTOK 4CIFA 3ZLJA 1LV5A 2O8BB 3ENBA 3GBTA 4M3ZA 1SL1A 3VEWA 4FL9A 5AR0A 5M1OA 3D2FB 1OH8A 1RT1A 3T1HK 2ZD1A 1JCGA 3OBYA 3AVIA 3U8XA 1ASVA 2O8DA 2RE2A 1HQUA 3QIOA 4QS7A 3SUPA 4B9LA 4BRFA 3SJJA 4BRMA 3O08A 1S9EA 1WSHA 4BRPA 2XY8A 5AQJA 5AQSA 1VAZA 5C24A 2A6AA 2CGKA 1VQNN 3QESA 4B9MA 2P9LA 5KGWA 5KQDA 5I42A 1WUAA 2GELA 3AO1A 4W5OA 3IFRA 2GWJA 1RBSA 4I2PA 1JLGA 3DOLA 2FBYA 3LDOA 4F2SA 2HHHK 3QFPA 1SS6A 1BA0A 4CCHA 2HHXA 1BA1A 1XUPO 2HF3A 1VSDA 3ID8A 5IWAK 3VQ8A 3V9UA 2OANA 4FK2A 4DLEA 4PHTX 4YDUA 4B1XB 1XQSC 1J9AA 5AQNA 4O5FA 3RR8A 5FPEA 4BGAA 3VGKA 3T7ZA 3NCIA 2KKZA 3D2EA 4FO0A 3I33A 3KWGA 3UE5A 4FK0A 3SPZA 3AVLA 5CYMA 4NLBA 4NXNK 1BG3A 1QQOA 2FSNA 3VQ4A 5BPMA 2O8FB 3RRGA 1DT9A 3ZX0A 4CJFA 2FC0A 3I56N 3VQEA 5F1XA 4H0OA 3MECA 4L3QA 1N34K 3LAKA 1HNWK 1VQ5N 1I39A 1NGDA 1LWEA 3CJ7A 4LC9B 1D4XA 1RTDA 4LD0A 2UXBK 1YVUA 5JS2A 4FJHA 5GAGP 4B9UA 2Q2RA 1V4SA 4ISEA 3NMUA 4XH4A 1S3XA 3PSIA 4JKEA 1IBLK 5CY4A 1DTQA 4DR2K 4B1WB 3NVMA 4H5NA 3ATUA 4KREA 4FOIA 4CGFA 4DQSA 4CE9A 3ZSXA 3JS6A 4FJMA 1FJGK 2F96A 2HNYA 4BG9A 4CHNA 1C1CA 3MXIA 2G8FA 1SQKA 4KAZA 4JK9A 2E2QA 4IDHA 2DFHA 1YAGA 1ZBUA 4WQ5A 4BE1A 2OTJN 1NK9A 4O4GA 2KQ2A 4GVEA 4K42A 3GG4A 3QDKA 1OKJA 4JRQA 1Q18A 2KHOA 1YITN 1VSEA 4BWJA 2ZJRL 3CMAN 5HL7L 1UOCA 3TWHA 3A5LC 3A0IX 3EY1A 4LF6K 1ESVA 3ID6A 1RDBA 1IKVA 2E6LA 3AVMA 1K8AO 4NCBA 4JKDA 5JLHA 3NH1A 4CEBA 1L3VA 3S3MA 4NO7A 4E7HA 4JAXA 4QS8A 1TKZA 1KVCA 2Q31A 4DV0K 2E6MA 1RTIA 3L6QA 4DR4K 4GV6A 1CZ9A 4BWMA 2ZJPL 1U04A 4BRGA 2NRZA 2UXDK 3M8SA 4A2AA 2HBKA 4JV5K 5BN9A 1RT3A 3SV3A 5BPLA 3TI0A 4KI4A 1HYVA 4NCGA 4CEEA 4QOZB 1JJ2M 4FWNA 2BUPA 4HUGA 1TAUA 4B3TK 4YDUC 4DV6K 1NKBA 4K41A 1KVAA 1SAZA 2O4GA 1QHTA 3CD6N 2VYPA 4Z4IA 3QNNA 2E2OA 4R5PA 4O55A 1VQ4N 2B4JA 3RR7A 1ZXOA 5AQLA 3KZBA 3MXMA 4OPJA 2GX9A 3ZETB 3ZT1A 5DM6L 2HVHA 1NGBA 3P39A 1JLCA 3MEEA 5AQPA 1K8KB 3TAEA 4N41A 4DR3K 3O9TA 2VCPA 1T7PA 1W7AA 1YHQN 4O8UA 3KK2A 1BHLA 2UYTA 4DTRA 2OPRA 4JKGA 4OKKA 2F4VK 1NK5A 3L2QA 5M1FA 3TU5A 4Z4EA 3RWUA 2ZWHA 4L8RB 4M42A 1GLAG 4FM0A 1KAXA 1HNVA 1YI2N 2IVPA 2HSTA 4BRCA 3J81O 3HK2A 3DXMA 4KB1A 2Z1IA 3SJHA 4KHNA 1C0FA 3AO5A 2QI2A 3HXMA 4C8KA 3DXKA 1WAFA 3D45A 3DRSA 2O8CA 3AARA 1HX1A 3UKRB 4H0YB 4WQ5C 3VERA 1ZYQA 2BANA 2OPQA 1ITGA 3SBTA 4WFBL 2Y1JA 1NJWA 4JYAK 1OVYA 3AO2A 1HQEA 5KRSA 1E3MA 4M63C 1IV0A 3QERA 3J80O 3ULEA 2CH5A 3ZEUA 1TVRA 3HPGA 2JWKA 3DLLL 1S72N 1HKBA 3ASMA 4HUEA 3HO1A 4JI1K 4Y1DA 5EOYA 4FLTA 3KTQA 4FJ7A 1IH7A 4X62K 2P9NB 4OGCA 4BDPA 3HOTA 1NLVA 3TSPA 4ISFA 3WXKA 1U4BA 1XNQK 1VQPN 5CZ1A 3VQAA 4DTOA 3SUQA 4WE1A 4OPAA 4KHUA 2VQFK 3ZSWA 5HLFA 1KLNA 4OJRA 1K6YA 1CXQA 3SAFA 1L5UA 3IDHA 4W5NA 1NGAA 3H1QA 4FLXA 4DR6K 1W0HA 4BC2A 5C2DA 3BF1A 4DR1K 4KRFA 5GADP 3D2FA 4LFAK 3KD5E 1I94K 1Q8IA 1KAYA 4JN4A 1VQON 3WUHA 1MWMA 4QAGA 1XNRK 4GY2B 2YJEA 1EWQA 1GLDG 3OYNA 3NF6A 4HTUA 1U45A 1VQ6N 3W3DA 4JKBA 2XY5A 1DEJA 1R0AA 1SZ2A 5HRNA 2PAVA 2PY5A 4MO5A 4FVMA 3KHYA 2G8KA 2FBVA 4DCHA 1ZBHA 1NGIA 3SK3A 4H5RA 4OGEA 4PKIA 3R9PA 3CCSN 4PL8A 4FJ9A 4FK4A 1HRHA 4Q5VA 3NVKA 3QETA 4CZKA 3QEWA 1FK9A 4FLZA 1C1AA 1NG9A 1Q9XA 3AVJA 4MQ3A 3CCRN 4JKFA 1VSIA 4YOXA 3L2VA 4B08A 3AVFA 3SQ1A 4FWPA 3B6PA 5CHIA 3OHRA 2FSJA 4CJEA 2P5GA 3KVGA 1NK6A 5SZTA 3VQ7A 3OW2M 3THWB 2GV9A 3WT0A 1LWCA 3L2UA 5J2MA 5SWMA 3VEZA 4FLWA 1SL0A 2IC3A 1KTQA 1X9JA 1SKRA 4C8NA 4A62A 3MCAB 4JI8K 1NGJA 1NWKA 4CIEA 4IFVA 4CERA 2QW9A 3HTVA 3ITHA 3CFOA 2GBZA 4GKKK 2YKNA 3QEVA 2B5JA 4GV3A 1QVFM 4FW1A 2HNZA 4EZ6A 4B1VA 1WAJA 5JVHL 3R1XA 4FJLA 3E01A 3CQYA 1J6ZA 3HVTA 4E7KA 2DTUA 1OVQA 1TL1A 3UB5A 3L3VA 3CMEN 4KO0A 3CCUN 4A57A 4JLHA 2XRIA 3WNEA 4CK3A 4FM1A 4BRAA 2F8TA 3TAPA 2E88A 2P9KB 1XHXA 3BEXA 5LJVA 3BF3A 2GTDA 4RCHA 2HBMA 3CETA 3L3UA 3U3GA 3L0QA 3WNHA 4WQ4A 2A5XA 1JCFA 4CGGA 3P31A 3DLRA 2IVNA 5FDLA 4NB4A 1C1BA 1WSFA 4GV9A 3CF5L 3AA5X 1RCHA 2ZGYA 5DK5A 3OS1A 3LP0A 3CERA 4DU1A 1X3MA 4YOTA 4H4OA 4A59A 1R59O 3HJFA 2E1ZA 4XEIA 1XMOK 5AQTA 1RT4A 1Q7YO 1TGOA 2KZMA 5ELZA 4BRDA 4FWOA 4Z94A 3D0PA 1C6VA 4HWIA 3VQPA 4CJSA 3B8AX 3ZYYX 4MLEA 3U4LA 1IBKK 1S1UA 1JXEA 4UQGA 3L8BA 3K57A 2WUSA 2OTLN 3O1BA 3THYB 4M3RA 4FZYA 4QS9A 5BREA 2EX3A 1SKSA 4JI5K 4KHWA 2QKBA 1NK0A 4DV2K 1ATNA 3IMXA 3LDQA 1ATRA 1IBMK 3DLGA 4CECA 2P9IB 1ZBFA 3U6FA 4CJQA 1XC9A 1DLOA 2KFNA 5AZIB 3ZSZA 3AA3A 2D0AA 1GOAA 5GAEP 4PL7A 4HTLA 4B3SK 3VQ6A 1LAWA 3VEXA 2OPPA 2FBTA 3V1QA 5AQXA 3ZETA 1NBWA 3MXJA 2LSNA 4A2BA 3OBWA 3F2KA 3MWTA 4IG0A 3WNFA 3DLEA 2E8AA 3VEVA 1YTAA 1K8KA 4E7LA 3MEDA 4Y1CA 5D3GA 3CI5A 4TSXA 4RTFD 5EVZA 2YNHA 4J2EA 2EWSA 2NRHA 1NMDA 3AO3A 3J8AA 1KSPA 5J2PA 4LF8K 2E2NA 4ELTA 4B8CA 2XY6A 2VG5A 2YHXA 3ATVA 3F5TA 3Q7BA 4BRHA 4AHSA 5KGXA 5BRFA 1S6PA 4DTSA 4WQ4C 3FFKB 1UA0A 3QBWA 4QCLA 5BR9A 1KLMA 4RW6A 3L2WA 5JVGL 2HHVA 4LH4A 3VPZA 1BCOA 3CJ9A 4NXMK 3UKRA 5GIPA 2V7ZA 3VA3A 4OKEA 3LL3A 2G8WA 1X9WA 1VQ7N 3M8PA 4IOAL 5MLCQ 4EP5A 3GE1A 4KBOA 1Q86O 1IO2A 4BRNA 2CGLA 4BRQA 1RFQA 2J4RA 3AVBA 2NRXA 4AHCA 3PX4A 5AQQA 3JXUA 2QTDA 4B3OA 4DFMA 2G8IA 1D9DA 1S1TA 1WSEA 2F9TA 1DKGD 1BL3A 5F2RA 1VK0A 2P9SB 3S9HA 5K14A 1ZBIA 2AA4A 1FKOA 3MDQA 1ZC6A 3WEEB 5C15A 2P9NA 2IGIA 4ID1A 3FLCO 1BI4B 3QMLA 4DSEA 1RT2A 3ZCMA 2YNIA 3VGMA 2Z1HA 4CF2A 2F8SA 1HJRA 5C42A 3QBXA 1T3VA 2XO7A 3OA9A 1K9MO 1U47A 4JHDB 2ZJQL 4H0XB 3MX2A 2Q1NA 4CHPA 3A5MC 3WXMB 2VWKA 1TYQB 3H1VX 3MN9A 3OYGA 5C0YA 1IKXA 4F2RA 1L3UA 1IJJA 3LM2A 4CEAA 4CZGA 1HR0K 4Z4CA 1RDCA 4B8AB 4JEPA 4GNIA 4OVLA 5GINA 3OVNA 5HOOA 4M41A 1G15A 4MDBA 3QO9A 3DOKA 4DTPA 2GUIA 4G9ZA 4J2AA 4HVJA 3OYMA 2P9PB 4AHRA 2GUPA 2WC9A 3VOVA 5HRPA 4KHSA 3VN5A 1XC3A 1SV5A 1QZ6A 2FF3B 1QHAA 4JI4K 2HMIA 2UXCK 1S5JA 5C12A 1QSYA 2VWJA 1SKWA 1NOZA 3WQTA 1NJYA 3G25A 4DU3A 1RTHA 2KTQA 1WBBA 1KFSA 1KVBA 3AA4A 4E0DA 1T44A 2KZZA 4CJRA 3OS0A 3H3OB 4YOWA 1WSIA 3CM5A 1D9FA 3AVCA 1KRPA 4JI0K 3SZ2A 3K2PA 3O4NA 3FE1A 4K8ZA 2ASPA 3MX5A 3DAWA 1WN7A 4IZ9A 4E19A 2HBLA 3L2RA 2B6AA 2IDOA 3GDQA 5AQWA 2CH6A 3THWA 4M3WA 2UUAK 3ULDA 3TARA 3CHWA 4I7FA 5JICA 1QVGM 4JKCA 4FJGA 2FBXA 3VQDA 3WQUA 4JI3K 4PUOA 4H0VB 4BR4A 2P5OA 4DR5K 4YHHK 2DFFA 1YF5L 1QQNA 3MMVA 3OYKA 4B9TA 3LPUA 3DRPA 5E84A 2IVOA 1TAQA 4KH5A 2QK9A 3V81A 3PX6A 4EHTA 3B6OA 5TKYA 3O5BA 3PLAA 2EHGA 2Q0UA 1NGCA 1Y64A 2HOEA 3LWLA 2P9KA 5AQKA 4DV5K 1FW6A 4FJKA 4M3XA 1GLCG 1MU2A 3V9SA 4ILHA 3OYJA 2D0OA 3KJVA 2BH1A 1CZAN 3SYZA 1E4FT 1WSJA 3M1FA 2BE2A 3E9PA 3TABA 3HSTB 3O3HA 3NBPA 5AQHA 3NH0A 1MA9B 3EO3A 2WOMA 4AM7A 1M1KO 3VQ5A 3K5MA 1VSLA 5KI6A 1QZ5A 2UU9K 1BU6O 4KFBA 2D0BA 1LW2A 1EWRA 1NGGA 1NKCA 1DGKN 1IG8A 5AJ3K 3BGRA 2H3GX 1JLEA 3U9DA 4KKOA 4DV3K 1TK0A 4PY5A 5KPZA 3EKUA 4O5BA 4CFCA 3I8BA 3CJAA 5GIOA 1ZBLA 4Z0UA 4DFPA 3J7AP 2A3ZA 3SUOA 5LL6Z 3EZ5A 3RMAA 3N4PA 5DM7L 1X1PA 1T05A 5A2QO 3C6HA 1RBUA 4B3MK 4DSKA 4IOCL 1NJXA 1Z25A 3CC2N 3W0LA 3C65A 3HPHA 2W41A 1T6DA 1C0TA 3A8YA 4B9NA 4DQRA 1REVA 3THYA 3LDPA 4CZMA 2OCEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YOW A;  4YOU A;  4YOV A;  5CHI A;  4YOX A;  4O8U A;  4YOY A;  4YOR A;  4YOT A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1RDD A;  2DFE A;  3ZT3 A;  3AVN A;  4I9L A;  4DTM A;  3DXM B;  4FWS A;  3I0R A;  1CXU A;  4CZF A;  4H5V A;  3SQ0 A;  2OYQ A;  4KTQ A;  1P90 A;  2IOC A;  1GLB G;  3DXK B;  2ASM A;  2O8C B;  4GW6 A;  1Q82 O;  5EX5 A;  3SQ4 A;  4DS5 A;  1GLL O;  2P1J A;  1TK8 A;  4PKH A;  3ALY A;  3KKS A;  2Q3S A;  4KTZ A;  1G99 A;  4H5T A;  3CQ8 A;  3AVH A;  2QWL A;  3HI0 A;  3RTV A;  4OPH A;  5AQF A;  3HRG A;  2D0C A;  4BR5 A;  3CCQ N;  1A5X A;  1N8R O;  3ULE B;  3ZX3 A;  3TSQ A;  3ZEU B;  2VWB A;  3EL2 A;  3VEO A;  3LDS A;  3PO5 A;  2G8H A;  2A1R A;  2VGN A;  1QTM A;  3BZK A;  3TTF A;  5FRN A;  4H4M A;  4JI2 K;  3NDK A;  3T1A A;  4KB0 A;  3RVC A;  4Z4H A;  3E9O A;  1V4T A;  3PSF A;  4CEO A;  1QQC A;  4AHV A;  3R6M A;  4DSF A;  3LWM A;  4FPA A;  4IKF A;  3ZSR A;  1XI1 A;  4MLH A;  3FZL A;  1U2V A;  3OTO K;  4CIF A;  3ZLJ A;  1LV5 A;  2O8B B;  3ENB A;  3GBT A;  4M3Z A;  1SL1 A;  3VEW A;  4FL9 A;  5AR0 A;  5M1O A;  3D2F B;  1OH8 A;  1RT1 A;  3T1H K;  2ZD1 A;  1JCG A;  3OBY A;  3AVI A;  3U8X A;  1ASV A;  2O8D A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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