4YORA

Crystal structure of a trimeric exonuclease phoexo i from pyrococcus horikoshii ot3 at 1.52a resolution.
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
227
structure length
227
Chain Sequence
MRIVAADTGGAVLDESFQPVGLIATVAVLVEKPYKTSKRFLVKYADPYNYDLSGRQAIRDEIELAIELAREVSPDVIHLDSTLGGIEVRKLDESTIDALQISDRGKEIWKELSKDLQPLAKKFWEETGIEIIAIGKSSVPVRIAEIYAGIFSVKWALDNVKEKGGLLVGLPRYMEVEIKKDKIIGKSLDPREGGLYGEVKTEVPQGIKWELYPNPLVRRFMVFEITS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords 3-5 exonuclease PhoExo I
publication title Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus horikoshii
molecule tags Hydrolase
total genus 66
structure length 227
sequence length 227
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yorA00
4YOUA 4YOWA 4YOYA 4YOXA 4YOVA 5CHIA 4YOTA 4O8UA 4YORA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RDDA 1XQSC 3AVLA 1WUAA 3OYDA 5FRMA 3I0RA 4B1ZA 4IOAL 1WAJA 2CGJA 2QWMA 4M63C 1JLBA 4AILC 3K5NA 3KKRA 3TWHA 3GBTA 5KPRA 4B3TK 4KI4A 3VQ5A 3H45C 4DHYA 3KK7A 3DXKA 4X65K 2HOEA 1P8ZA 2D5RA 3DLHA 1ASUA 2EX3A 3TSUA 3A2FA 4FJKA 5C2DA 1HYZA 5AFUH 4JK8A 2ZM6K 4W5RA 1KVBA 2YNIA 3AO5A 3FR0A 1YIJN 4AHSA 3ZSQA 3VEZA 2AA4A 2DTUA 5BPNA 4RW6A 2ASOA 3J81O 4DTXA 1SKRA 3KK3A 4DFJA 2YHWA 3ZSOA 4M42A 3OJSA 1Q18A 2X6NA 4H0YB 4QAGA 4M3WA 3NE6A 3QEVA 3UB5A 1N5YA 1TKXA 2KKZA 1XMOK 1N34K 4FSVA 4CGFA 4BC4A 3LDOA 5AQHA 2P1JA 1X9MA 2Q97A 3TAFA 3CG7A 3HXMA 4CD1A 2HHWA 4F3OA 3FFKB 3AVHA 1KLMA 4C8NA 1XHXA 3ATUA 3OYHA 1IG8A 3EEQA 3KJVA 1XUPO 4KREA 4B3MK 4PY5A 5MLCQ 4WFBL 2B6AA 1E4GT 5ADXH 4JI1K 4KHSA 3OYBA 1QZ6A 3DXKB 3CC4N 1CZBA 4DKWA 1D4XA 4M3UA 5C10A 3PO5A 3L2QA 1ZBLA 1L5UA 3MXJA 3KWGA 2HNZA 3ATVA 4YOXA 4GY2B 1G15A 4DSEA 1I3AA 4J2AA 4BE2A 4DMNA 4DQ8A 2HHQA 2XHBA 1VSMA 1LW2A 1HR0K 4H0OA 4FWLA 4DV0K 5HRNA 1VK0A 1EKEA 2V52B 1O1WA 4CEFA 3SAHA 4KTWA 4PUOA 2JGUA 2G8VA 1KFDA 4M7YA 1WB9A 5EY4A 5AZIB 2NUBA 1VQ7N 1FKPA 4Y0WA 4N41A 2YHAA 5HBMA 3CM5A 3ZETA 3HJFA 1RILA 3H3NO 3FLCO 4BRHA 4FJ9A 3WNFA 1CZ9A 2I7PA 3W0LA 4X66K 2HF3A 3O9RA 1ZBFA 2NRWA 5GADP 4FW2A 4N5SA 4FM0A 3R3LA 4IO9L 3TAMA 2O8CA 1QS4A 1HKGA 1IH7A 3O4QA 3AVMA 3L4IA 4B3RK 1RT2A 5HOOA 1HMVA 4ILHA 4K8ZA 3IKMA 2Q36A 1QVFM 4GKKK 2OZSA 1T3VA 2P9LA 1RDBA 3TSQA 2HHXA 3T7ZA 1IV0A 4OJRA 4BRAA 4U67L 3C6AA 4FCYA 4BDZA 4A2AA 4E1JA 4EFHA 3ITHA 4DLEA 5E84A 3QIPA 3HP6A 2A5XA 5KPTA 1EP4A 4LH5A 3O80A 3U4LA 4XEIA 5SWMA 4H5VA 2F8TA 3LDNA 4CZEA 3IUCA 4B8CA 4DTSA 1NGGA 3E1YA 2VGNA 2KFZA 4W5TA 3VEOA 4I2PA 2P9UA 4J2BA 2HHUA 1REVA 2IDOA 4E19A 4CHOA 3CD6N 4FVMA 4FPAA 3ZETB 3SI6A 2QTDA 4CEOA 4HUFA 4CEQA 3HPHA 5F1XA 1HX1A 4DR3K 3CJBA 3CM6A 4JK9A 3ID8A 2P9IA 2F4VK 3V9XA 4DWIA 1RT3A 4H0PA 4K8XA 2O8CB 4KPYA 1VSIA 2P51A 2YV0X 3ENBA 4DUYK 2YX6A 1LAWA 1M1KO 4YFUA 4WFNL 3V1RA 1LCUA 2P9LB 5AQNA 4LSLA 1HPZA 1VSFA 5DMRA 1NMNA 3UKRA 3M8RA 3ZSZA 2W42A 1S1TA 1S1XA 3EZ5A 4FWOA 2D0OA 3TSPA 4IKFA 2HVIA 5CYQA 3DYAA 4IFEA 3HPGA 4KRFA 3CQYA 3I0SA 2OPQA 3CFOA 4FO0A 4BREA 3VQ4A 2UU9K 5D3GA 4IDHA 3QLHA 3ZT3A 4H4MA 4CGGA 4BRGA 3C7NA 2P9UB 3LWLA 4B9LA 3E9LA 2XO7A 3HOSA 5AQRA 4RG8A 3WT0A 1LV5A 3FGUA 2IOCA 4CJVA 3LALA 2XY7A 3VENA 4XH5A 3SK3A 2IIRA 3R9PA 2JWLA 3O9TA 3O4WA 4DR4K 3ASMA 1NK7A 5BRDA 4EHUA 1LOTB 3D45A 4LF9K 2HSTA 3VQPA 2P9IB 4B9QA 3OYEA 3HO1A 1NBWA 3C95A 4NYFA 3NHGA 2D0CA 2XRIA 5JICA 2UUAK 1ZBIA 4E7KA 1B9FA 4FLZA 4BC2A 1KLNA 1TVRA 1JKHA 3I8DA 4FZYA 4KKOA 4E7JA 3PX0A 1KFSA 2DPNA 1HPMA 1TGOA 3ZLJA 1Q9XA 1ASVA 4CFCA 3UKRB 4K0KK 1MWKA 1XC3A 4DU3A 2PZSA 2A6AA 2E2NA 1R59O 1RCHA 4EP5A 4Y1DA 4A57A 1QTMA 3AO1A 1EQYA 2YHXA 4QS8A 2KHOA 3NAEA 1HKBA 4QCLA 3L4QA 4KH5A 2G8FA 4KHQA 2YKMA 1YJNN 1DTTA 3I33A 2NRTA 1N32K 4H5NA 5FPMA 3K5LA 2F8SA 3NGYA 4H8KA 3EY1A 2QM1A 4B3SK 1BU6O 1CZAN 3C7NB 5AJ3K 3E9PA 4ZTFA 1S72N 5ELZA 1NJIO 1XHZA 1OH7A 5HRPA 3AV9A 1VQKN 4MFBA 4BVOA 3EKUA 3Q7CA 4AHTA 1KCFA 1JLGA 1NKBA 4DR2K 2W6LA 1UAXA 2QWQA 2FF3B 1BGXT 2YKNA 3OJUA 4CE9A 2IVPA 4O44A 3M8QA 1ZBUA 4KHUA 4KBOA 5C24A 1KVAA 3SUNA 1Q9YA 1E4FT 1R0AA 4WE1A 2CGKA 3ULEA 1TK8A 1VQ6N 1U48A 3VQ9A 4PKGA 1SQKA 3FZFA 2Q3SA 3CC2N 4CHNA 3QIOA 1RTDA 1HLUA 3ZSRA 3TR8A 2V7ZA 3OBWA 1C1CA 2BGGA 3BZCA 3VQ8A 3WXMB 1WLJA 3TAPA 2OPRA 2DY4A 4LFAK 2AJQA 4CK1A 1CLQA 3L2WA 3NGIA 3ZT4A 5B8HA 3QESA 3THVA 4G9ZA 4RW4A 3SZ2A 5AR0A 4CFDA 5HRSA 4NCAA 1WBDA 1NM1A 3SLCA 4LF4K 1JXBA 1VSKA 4JN4A 1E3MA 3VERA 4LC9B 2XY5A 3PSIA 3VQ7A 4BQLA 4QS7A 3ZX0A 3K5OA 4FJJA 1U49A 2HBMA 4ZTJA 4NCBA 3TTDA 5IT9O 4FJ7A 3GE1A 3KZBA 4C8LA 2OPSA 4BR4A 3BP8A 1S3XA 2FLOA 1NGJA 4BG9A 2A1RA 1FKOA 4DCHA 1WSIA 4ID1A 3SPZA 3J7YP 3UKUA 3O4NA 1VQLN 3CCLN 2E6MA 4MLHA 3QO9A 1QQCA 3QB0A 1BQMA 4IJAA 2E1YA 1KXPA 3VTIA 4FW1A 4I7FA 4E7HA 4J8FA 4JS4A 2NRRA 1S9GA 1LWEA 3VEWA 3CJAA 3ULEB 4FM1A 3OYGA 4AF1A 3O9SA 3VETA 4H4OA 3IS9A 3O5BA 2OZMA 1BIUA 1BDGA 3O9UA 3QMLA 4K41A 3MEEA 3DAWA 2HBJA 1RDUA 2BUPA 2ZF5O 3T19A 2WOMA 2UXBK 4UQGA 4CJ5A 1KRPA 4JI6K 3EO3A 2OCEA 4DV4K 5AZJA 2DFEA 4DR1K 2QWOA 1YAGA 5AQYA 3ZT1A 3CMEN 3SAGA 3RSEA 4Z0UA 1S5JA 3G6EN 4EP4A 4NO7A 4ICLA 4BRDA 4CJQA 1ZXOA 1A5WA 1TKTA 3QEXA 2H3GX 4FM2A 3NH1A 2QWLA 5AQPA 2P9SA 2VGMA 3V9SA 2YCHA 2NRHA 2UUCK 3HP9A 3MECA 3KHYA 1QQMA 3CMAN 3Q7BA 3UKUB 1G99A 1K8KA 4CJ7A 1QHAA 1C6VA 4A62A 5GAGP 1C0UA 4OKJA 4IG0A 4JKBA 1VQMN 4BRLA 4CF8A 1KSPA 1FK9A 3AVIA 2G8HA 1JCGA 2Y1JA 1Z6RA 3VA3A 3HM8A 2E6LA 1RBSA 4GVEA 2D0BA 1IKXA 5M1PA 2QI2A 1SL0A 2A40A 3BF1A 1NK9A 4LH4A 3T1YK 3DLKA 3HVTA 4XH1A 5AZJB 1BQNA 2HHVA 4AH9A 3SQ1A 3M5RA 5J2NA 2OTLN 4B1VA 1QQNA 4AHRA 4N76A 3RSEB 3HPOA 4B9SA 1D5AA 3LPTA 3V9ZA 1GLFO 4BY9C 4DS4A 3CXCM 4AHVA 5BRHA 4M3TA 1NGEA 2Z1IA 3KD1E 4FLUA 1WBBA 4FXDA 3U9ZA 4LFCK 4B8AB 2P9SB 1ASWA 4KHPK 1W2BM 3ID6A 5BPLA 4MLEA 4OLBA 4EZ9A 4BRFA 3DOLA 1SKSA 3TTFA 1EWQA 1VSHA 3WXKA 4RW8A 1K8KB 3SCXA 4DTOA 3C6HA 4L3QA 1GLBG 1YVNA 1KAZA 3C0BA 1RBRA 2UXCK 4WQ5C 1NGIA 4O8UA 3MN5A 3M1FA 1NG9A 3U6FA 4DV6K 4CIGA 5KPZA 4CEEA 4F2RA 4JI2K 1U2VA 3BY5A 3AVNA 4DG1A 5CZ1A 3DJCA 3O08A 3P31A 4IJNA 3PSFA 4YOYA 3EKSA 2VG6A 4JI5K 4ZHRA 4KHWA 4ELTA 3PX6A 3OYIA 2NZTA 3ZEUA 3P39A 3AVFA 4RW7A 4DU4A 2IC3A 4FLWA 1RTHA 4CJPA 3HVRA 5EU7A 3TAEA 3H6EA 1IBLK 1RTJA 4MQ3A 2V51B 3WNGA 3VEXA 4CHYA 2OPPA 1J53A 3IAYA 4FOIA 3IMXA 5KGWA 1T05A 2HNYA 5M1KA 4YNQA 5CR4A 3BF3A 2E20A 2YHYA 3NCIA 3MDQA 4C1NK 3NF9A 4FPBA 5AQUA 3RMBA 4JKHA 1VQPN 5E26A 4OGCA 2WFBA 3MEGA 4FLTA 1L3SA 4A2BA 1DLOA 3HSCA 2GTDA 4JKAA 5FPEA 3HZ6A 4DF4A 4CJSA 1C0MA 3S3NA 2FBVA 3K5MA 1XNQK 2A1SA 4BDYA 4NXNK 4DQQA 4CIEA 1O13A 1VQ8N 1BO5O 2Z1GA 2O8FA 5KGXA 3LL3A 4O0JA 5M1FA 4CZHA 2WBNA 1NK5A 1FW6A 4I9LA 2WC9A 4DF8A 4CK2A 3QEIA 1KAXA 4JKGA 2W40A 1U2VB 4DU1A 3RMCA 2P9KA 3RMDA 4L8RB 5FPNA 3HM9A 3SBTA 3B6PA 4IZ9A 2VYPA 3WQTA 3ZEUB 1HYVA 4Z94A 1YTAA 3ZYYX 4LFBK 3G10A 4LY7A 5HL7L 1JLQA 3MWTA 2R7YA 2HHHK 3HI0A 3U3GA 3FE1A 2HBKA 2P9PA 1T6DA 2AP1A 4DSJA 5C2FA 4CW7B 1LW0A 1YF5L 3KTQA 1X1PA 3AA3A 3VQEA 1ZYQA 4IXCA 4GNIA 4DV7K 1GLJO 1IBMK 4CJLA 4E7IA 3EE9A 2PFUA 3MN7A 5M1NA 4JI3K 4CZIA 3D6RA 2HHSA 4Z4FA 4FWPA 4K42A 4DV2K 3H1VX 2IAJA 4B1UB 3SQ0A 3ZSXA 1RT6A 4JEPA 3N4QA 3RRHA 1V4SA 5JLFA 3K58A 2D0AA 1NOZA 1OKJA 4JV5K 1BOTO 5J2PA 4ISFA 3LDSA 3QBWA 4LF5K 3QICA 4JKEA 1HNWK 2O8FB 4M3XA 3TARA 3ENHA 4CHPA 2PYJA 3QINA 3LDQA 3JXUA 4PL8A 1ILYA 1JCFA 3VEVA 4DQPA 2ZJPL 3KWIA 4DQIA 4JKGB 3J8AA 2ZGZA 5BR8K 2P9KB 4HUGA 3AA4A 3DMJA 5TKYA 4F8RA 1N6QA 3DXMA 4FJIA 4EHTA 3F73A 1CXUA 4JS5A 3CPEA 1NGHA 4FVUA 2ZJRL 2P9PB 4IEEA 3G25A 5C12A 3I56N 4HCCA 1XC9A 1U6ZA 5KRTA 3A5LC 5LJWA 4Z4EA 4CZMA 5EVZA 4BRMA 4AHUA 4GKJK 3VF2A 3EN9A 3U9DA 1M90O 2B5JA 4I2QA 3ULDA 3QFPA 5BR9A 2VG5A 4Z4IA 1FJGK 4KFBA 3JSMA 3KLEA 4KB1A 3KVGA 4CGDA 4AM7A 5GIOA 2XY6A 5BN9A 3PO4A 4GW6A 4CGJA 3FFIA 2O8EA 1S6PA 2I7NA 4JNEA 5J2QA 3AVGA 2BDPA 3CJCA 3LP1A 4BRQA 4IOCL 2RPIA 1RDWX 3WEEA 1RT4A 1LAVA 2P9NA 2IGIA 4DTNA 2BH1A 1U47A 3QEWA 5DK5A 2QW9A 3OYJA 4CD3A 3NVKA 1QSLA 3PUFA 3M8SA 3D7EO 3O6WA 1MU2A 4CZJA 1BHLA 2GUIA 4OVLA 1SS6A 4AHCA 5GAHP 3DXMB 4DB3A 3S41A 1RDAA 3OYKA 1SAZA 4DSKA 3RTVA 3V6DA 3A0IX 4NLBA 4JI7K 3AAPA 1ZBHA 1HNXK 5EX5A 1TK5A 1CXQA 4WQ5A 1SZ2A 3J80O 1GLLO 5FPDA 3QFUA 1HNVA 4I9QA 1YUWA 2CH6A 3EZWA 3F9KA 4IWVA 1TV6A 1NNEA 3SQ2A 3TPQA 1HNIA 4JKCA 1MDUB 3FZLA 3MCAB 4CBXA 3PIOL 4DLGA 1S22A 1YJ9N 1Z26A 3VEYA 1C0FA 2DFFA 1Q8IA 4CF1A 2KQ2A 1BWFO 3VQDA 3VGLA 3GDQA 5DM7L 2O8EB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YOU A;  4YOW A;  4YOY A;  4YOX A;  4YOV A;  5CHI A;  4YOT A;  4O8U A;  4YOR A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1RDD A;  1XQS C;  3AVL A;  1WUA A;  3OYD A;  5FRM A;  3I0R A;  4B1Z A;  4IOA L;  1WAJ A;  2CGJ A;  2QWM A;  4M63 C;  1JLB A;  4AIL C;  3K5N A;  3KKR A;  3TWH A;  3GBT A;  5KPR A;  4B3T K;  4KI4 A;  3VQ5 A;  3H45 C;  4DHY A;  3KK7 A;  3DXK A;  4X65 K;  2HOE A;  1P8Z A;  2D5R A;  3DLH A;  1ASU A;  2EX3 A;  3TSU A;  3A2F A;  4FJK A;  5C2D A;  1HYZ A;  5AFU H;  4JK8 A;  2ZM6 K;  4W5R A;  1KVB A;  2YNI A;  3AO5 A;  3FR0 A;  1YIJ N;  4AHS A;  3ZSQ A;  3VEZ A;  2AA4 A;  2DTU A;  5BPN A;  4RW6 A;  2ASO A;  3J81 O;  4DTX A;  1SKR A;  3KK3 A;  4DFJ A;  2YHW A;  3ZSO A;  4M42 A;  3OJS A;  1Q18 A;  2X6N A;  4H0Y B;  4QAG A;  4M3W A;  3NE6 A;  3QEV A;  3UB5 A;  1N5Y A;  1TKX A;  2KKZ A;  1XMO K;  1N34 K;  4FSV A;  4CGF A;  4BC4 A;  3LDO A;  5AQH A;  2P1J A;  1X9M A;  2Q97 A;  3TAF A;  3CG7 A;  3HXM A;  4CD1 A;  2HHW A;  4F3O A;  3FFK B;  3AVH A;  1KLM A;  4C8N A;  1XHX A;  3ATU A;  3OYH A;  1IG8 A;  3EEQ A;  3KJV A;  1XUP O;  4KRE A;  4B3M K;  4PY5 A;  5MLC Q;  4WFB L;  2B6A A;  1E4G T;  5ADX H;  4JI1 K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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