4YORA

Crystal structure of a trimeric exonuclease phoexo i from pyrococcus horikoshii ot3 at 1.52a resolution.
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
227
structure length
227
Chain Sequence
b'MRIVAADTGGAVLDESFQPVGLIATVAVLVEKPYKTSKRFLVKYADPYNYDLSGRQAIRDEIELAIELAREVSPDVIHLDSTLGGIEVRKLDESTIDALQISDRGKEIWKELSKDLQPLAKKFWEETGIEIIAIGKSSVPVRIAEIYAGIFSVKWALDNVKEKGGLLVGLPRYMEVEIKKDKIIGKSLDPREGGLYGEVKTEVPQGIKWELYPNPLVRRFMVFEITS'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 3-5 exonuclease PhoExo I
molecule tags Hydrolase
source organism Pyrococcus horikoshii
publication title Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I
pubmed doi rcsb
total genus 66
structure length 227
sequence length 227
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yorA00
4YORA 4YOVA 4YOYA 4YOXA 4YOUA 5CHIA 4O8UA 4YOWA 4YOTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2G8FA 3VGLA 3AVBA 3P31A 2YHXA 3CMAN 1F21A 1K73O 4YOXA 3OYMA 5EX5A 4DFKA 3JYTA 4DV3K 3V9XA 4BR2A 5FPDA 3QESA 1OH7A 1HNZK 4OPJA 3J80O 2W40A 2HHVA 2BUPA 2G8WA 1B92A 4K8XA 3MN9A 5H1SQ 3AY9A 1KFDA 3ATVA 3V1QA 1SL0A 1M90O 4IO8A 1S6PA 3LDLA 1QQNA 1D4XA 3QBXA 3WT0A 3CFRA 2HMPA 5FRNA 4KTQA 1JXEA 3KD1E 1NKCA 2OPRA 4N5SA 4FJIA 3MN5A 4H0PA 5M1QA 2AP1A 3KVGA 4FW1A 4CIEA 4W5OA 3CC7N 4DUYK 3IRXA 3KHYA 2QWQA 1NJWA 3BF1A 4B9TA 1UOCA 3FLCO 4DTOA 4Y1CA 3OBWA 3NGZA 2PZSA 2E6LA 2NNWA 1VSJA 4KHQA 3CJBA 3QB0A 2QWMA 4ZTFA 2UXCK 2UUCK 5CE3A 2VQFK 3AVJA 1HNIA 4BGAA 3P38A 4I9LA 3ZT4A 4B8CA 5BPMA 5CYMA 2DTUA 4IOCL 2ZQBA 3J7AP 4BWMA 4HUGA 1Q81O 1JJ2M 3GBTA 5AFUH 4PKIA 1VSLA 2VQEK 3OYGA 3VQBA 1Q9YA 1CZBA 4A5BA 1VRTA 4KI6A 1OH6A 1JKHA 3SCXA 4JYAK 1TKXA 3H1VX 4E7JA 4BQZA 3MWPA 5BN8A 1RBRA 5AQYA 4C1NK 3O4WA 3IKMA 1QSSA 3L2RA 2ITMA 3O9QA 1IJJA 3SUNA 3OYFA 3I56N 2JWLA 4OVLA 4B3RK 3KLEA 1DLOA 2KKZA 4YDUA 4LFAK 5C0YA 3D0PA 1NBWA 1P8ZA 1J5EK 1GLJO 1RTDA 4CIFA 1RCHA 1UA0A 1B9DA 4HTLA 4ID1A 3ZYYX 4CESA 2Z1JA 4BE0A 4AHCA 3RTVA 3SV4A 3T1AA 4NCBA 2BE2A 5C24A 2KTQA 1FXXA 2AJQA 5LMNK 3HYFA 4GY2B 1YTUA 3BY5A 1TUYA 4HVJA 4GW6A 4OX9K 3J81O 1MWKA 4BRKA 5F2RA 3L3VA 1QHAA 4KHWA 1RDUA 2IVOA 1KAZA 2FXUA 4CZFA 3EE8A 3J8AA 4Y0WA 4CGHA 3IG1A 1H1VA 4BC5A 3AAQA 1WSHA 4DS4A 4A5AA 3DXMB 5CR4A 1HNXK 5AQQA 1JLFA 4KI4A 2FF6A 3PO5A 3H1QA 3O4QA 1U47A 2Q97A 3MN7A 1KFSA 4M3YA 3O9RA 3EL2A 3MX5A 3PY8A 4E19A 2DFEA 3AA4A 3WXMB 3TTCA 1Q8IA 2DFHA 4CEDA 4M3TA 1EKEA 3O9TA 4DR3K 1JLCA 1T44A 3PX4A 2G8VA 4DHYA 4BC3A 2ZE2A 3A0IX 4FWNA 3QLHA 1E3MA 4FJKA 4CK1A 1HKBA 3FR0A 1K8KB 1ZXOA 2HF4A 3H3NO 2QM1A 2B6AA 1J5OA 3VEWA 1W7AA 4JNEA 4RCHA 4FLVA 1U4BA 2HVHA 3GL1A 1Q18A 1Z6RA 3EZ5A 3SV3A 3VQEA 2IGIA 3RMBA 2WFBA 1WLJA 1D9DA 4AH9A 3BP8A 4XEIA 2X78A 3K5OA 3KK3A 3VA3A 2QK9A 4JEPA 3VQ6A 4AM7A 4M42A 3DI6A 1REVA 2ZJPL 4DS5A 4FPBA 4BRMA 1C0GA 3RWUA 2O8DB 2FBVA 2HNYA 4JLHA 2PBDA 2WOMA 2O8EB 2HMIA 2NLXA 3VQ9A 3RSEA 1JLQA 4DFMA 3QEIA 1JCEA 4GNIA 1ZBIA 3A2FA 4M7YA 2A6AA 3VQAA 1YJ9N 2F7TA 3HSTB 4O44A 4QCLA 1TL1A 1WSJA 3FGUA 1W97L 2PYJA 4Z4EA 4FLTA 3CQYA 1S6QA 3VTHA 4CF0A 1WSEA 3LDPA 3CD6N 5CHIA 4JKGB 4CEZA 3FE1A 2ZM6K 3JXUA 1IBKK 1LW0A 3CCMN 4DMNA 4BDYA 1MDUB 4YNQA 3AARA 1IG8A 1ZYQA 5K14A 3ULEA 3ZCMA 3HJFA 3CC2N 5AQLA 1XC3A 1VQ5N 1KSPA 1LAVA 4DQQA 1LW2A 3R1XA 4DV0K 4CHPA 4OO1J 4Z4CA 5C2DA 4DF4A 3OYHA 2O8DA 4CEAA 1VSIA 4DV7K 2XO7A 4BVOA 2P9LA 3V9UA 3EZWA 4CJFA 4IEIA 1ATSA 1BOTO 1HQEA 3PLAA 3NH1A 4BRLA 1CZAN 3QFUA 3MCPA 1TL3A 1KVAA 3OYNA 2WC9A 4M3XA 3VGMA 5EXWA 2OPPA 3RMDA 1LWCA 4O8KA 1ZBSA 4DV5K 3TTDA 2FBTA 3F73A 1X9JA 2D0PA 5JVHL 1RT1A 3VGKA 3M3ZA 1YHQN 4IBNA 3QNOA 4B9MA 2PAVA 3U6FA 4KHYA 4QOZB 2O8CB 1LOTB 2A3ZA 3AA2A 4EHTA 2HVIA 4JKEA 3SQ0A 3HSCA 1RBUA 1TYQA 1RBTA 4CBUA 2O4GA 2WTUA 4RW8A 4IXCA 1J54A 2J4RA 4KAZA 1RTHA 4CZGA 3AVGA 3K0SA 1NGDA 1UA1A 4PY5A 3TABA 3A8YA 1NJXA 4QS8A 1LV5A 5AFUA 3SAGA 3OTOK 3ID8A 3CQ8A 1FKOA 1ILYA 1YUWA 2O8FB 2F8TA 1XNQK 4CJUA 2P51A 5ADXH 2DPNA 3DXMA 3HXMA 3KWGA 4JI3K 2RE2A 4U67L 3E9PA 3HK2A 3PSIA 2PY5A 4BR7A 1NLVA 3MAQA 2E1YA 3PV8A 3K5LA 2UXDK 2IVPA 3K5MA 4FWMA 1S1VA 2IOCA 3THVA 1A5VA 1QQCA 3K2PA 3D7EO 2W6LA 2YJEA 1J6ZA 4ELUA 3DOKA 3NFAA 1GLDG 1TK8A 1T05A 3SLCA 1N32K 5BPNA 1TUUA 3KK2A 1GOAA 2P9PA 4CJSA 4YORA 4X65K 4E3SA 4KHSA 3SJHA 4G1QA 2KHOA 1RT4A 1T7PA 1XC9A 2G8UA 3MEGA 4MLEA 4R5PA 1HYSA 1OH5A 4LF7K 3SPZA 3E9OA 4DSLA 2VWKA 3A5MC 1QQMA 2QWOA 3DLEA 4LSNA 4CW7B 3SI6A 3VQ7A 3AA3A 1EO1A 4LC9B 3HPOA 3VQ5A 4J2DA 3MX2A 1VK0A 3NF6A 3V81A 4JD2A 3Q7CA 2RKIA 3HM8A 1VSHA 4CI6A 5FPEA 2F9TA 1SQKA 1V4SA 4L3QA 4B1WB 5AQOA 4KH4A 1N6QA 2D0AA 5AZIB 1IBLK 3DRRA 3LL3A 3WQTA 1U45A 4BRAA 5E26A 5HP1A 4C8KA 5AQRA 1E4GT 4ISGA 3CHWA 4FLZA 1KAXA 2YX6A 1A5XA 4FWLA 1RT3A 2Q0UA 3LDQA 3OYJA 2KFNA 4FO0A 3ENOA 3H08A 1O1WA 4BRGA 5AQFA 4WFNL 1NM1A 4A2BA 3QNNA 3NBPA 3DAWA 3S3OA 1BO5O 4LF8K 4JKHA 4FWPA 3ZSVA 4DR7K 4DKWA 3BGRA 3CJ9A 3MXJA 4YY3K 3U3GA 1EWQA 1Q9XA 4CBWA 5DMRA 4IJAA 1S1WA 5SZTA 1GLLO 4IWVA 4BREA 1Z25A 1YITN 1VQ7N 3C6AA 2F9WA 2QXFA 4FWSA 1L3VA 4LF6K 3SK3A 2BTFA 1VQON 3ZX2A 4BG8A 1S5JA 3H46O 4CFDA 4CJ7A 2OA8A 3S9HA 3ZLJA 1RDDA 1CZ9A 1T03A 5CZ2A 4DQRA 5BPLA 2OCEA 3ZSYA 4A61A 4YOWA 3LZJA 4IG3A 2QTDA 4I6MA 3HT3A 2EX3A 1GOCA 3A5LC 5KTQA 4ID5A 3HI0A 1IKVA 2Q0RA 3A5NC 3UKRB 3L8BA 1JL2A 5CY4A 3CCJN 4FZZA 1TK0A 3DLGA 1EP4A 2XY8A 3I8BA 4BROA 3O9SA 5HRNA 1BIUA 4B1UB 4BE1A 2OTJN 4EFHA 4IKFA 2I7NA 2ZD1A 1HYVA 2I5JA 4BG9A 3DLKA 3H45C 1VSKA 3ZETB 3C6HA 3KLHA 1C6VA 2YCHA 1YAGA 4HHTA 3TSPA 4O0IA 2X6NA 3SUOA 4O8UA 1GLEG 2P9SA 2OZSA 3OJUA 2YNGA 2UUBK 3WEEA 3MEEA 5KGWA 4ZHRA 1L3TA 4YHHK 3QO9A 4F2SA 1R0AA 4FCYA 4FYDA 4B9VA 3HP9A 1BI4B 3ZSQA 1J9AA 4H0XB 5J2PA 1Q86O 3LWLA 3VETA 2XY5A 5GAHP 3V4IA 5M1FA 4N56A 2F96A 3L4QA 4GKKK 1DKGD 3M8PA 1SAZA 3D6RA 4O5BA 1DT9A 1MWMA 2CGKA 3DMJA 3U9ZA 4EAHD 3FFIA 3MECA 4DSEA 4FWKA 3VERA 4QS9A 5CZ1A 4OGCA 1NJZA 3KJVA 4M3WA 3UB5A 4H0TB 4MLHA 3VEZA 3WNFA 2VG6A 3QBWA 5E84A 4HTUA 4NCGA 2IVNA 4CJTA 1X9SA 5EVZA 3RR7A 1ITGA 1VQ8N 4FJLA 1BG3A 4DLEA 4I2QA 2P5OA 3C7NA 2UYTA 2HSTA 4GV3A 4MDBA 2E20A 2NRHA 3QIOA 2HHTA 3CM5A 1YVUA 2ZWHA 1XMQK 2Q1NA 4RW9A 3GDQA 2P9NA 4LH4A 3TARA 1GLCG 4F9OA 2A40A 1NKBA 3O4NA 3CIPA 3WXLA 1HNVA 1RDCA 2ZJRL 4DTUA 4BC2A 3M8SA 3QINA 4JRPA 1IBMK 5M1KA 3LP2A 1JLAA 1WBDA 4B8AB 3A5OC 5JS1A 2E2OA 3K9JA 4C23A 4JI7K 2ZF5O 2V52B 5LJVA 1BCOA 4B9SA 4ZTJA 2GWJA 2XY6A 2O4IA 3SNNA 2H3GX 1FK9A 4J2AA 5MLCQ 2YNHA 4BR0A 4K8ZA 1WBBA 2Q31A 3O9UA 3DLLL 4CVNE 1OVYA 4C8NA 1T8EA 3CJCA 4BR9A 3EYZA 4NCAA 3TSUA 1K9MO 4WCEL 4IG0A 3S3MA 4KB1A 1WAFA 3ISNC 5I3UA 1HJRA 1Q82O 1YIJN 2JLEA 1HYZA 2ATQA 4FLUA 4IO9L 4JKDA 4MO4A 3V9SA 4JHDA 2GUPA 4N41A 4DQPA 1HUXA 4DR4K 2P9KA 3NGYA 3AVHA 3WEEB 5JMVA 1WSIA 3DM2A 3HL8A 3LP0A 1SKSA 4FVUA 4NLBA 3G71N 3FZKA 1LWFA 5KPRA 4LF5K 2AA4A 4TSXA 4J2EA 3OA9A 3C65A 2KLAA 4XH5A 4FOIA 1VRUA 3VF2A 4W5NA 3OS2A 3TWHA 3FFKB 2O8CA 4W5QA 4BRHA 3ALYA 3I0RA 3R9PA 1YJWN 4JI8K 4WF9L 1S3XA 3QEWA 4CJEA 2B5JA 2XHBA 1TKTA 1QTMA 1RTJA 1OKJA 4CJPA 2HNDA 5JVGL 3L3UA 1IV0A 1XHXA 3LM2A 1RTIA 1KRPA 4FOEA 3QEVA 2E5LK 4KV8A 4NO7A 5HRRA 1LWEA 2Q3SA 3P4IA 4MO5A 1K8AO 4FK0A 4DU1A 1NWKA 3JS6A 4KRFA 2UU9K 3G25A 4NXMK 3HVTA 3G6EN 3LP1A 2QW9A 3OYEA 3TR8A 4H5VA 3NDKA 3MXIA 2X74A 3L6QA 2QI2A 5J2QA 5IWAK 3E66A 4CE9A 4PA1A 1XUPO 1NU0A 3OY9A 1ZBFA 5JS2A 4CK2A 3VQ4A 3V9WA 3SYZA 1HLUA 3WNHA 3AO1A 3LAMA 3CFPA 1RT2A 4CGGA 3P83D 4UQGA 4C1NI 5DM6L 5AQJA 1NNEA 5HL7L 4C8MA 3HZ6A 4Z4HA 2QWNA 2YI1A 5J2MA 3QEXA 1A5WA 3OS0A 5GINA 5AQZA 3PX6A 3NE6A 5JLHA 1DEJA 3VQCA 4DQIA 1K6YA 4W5RA 4KO0A 3EY1A 4LFBK 5GAGP 3F9KA 4LFCK 3MWTA 3SMPA 3HPHA 1BA1A 4K0KK 5FDLA 2CGJA 3T1HK 1ATNA 1WSFA 1JCGA 4CBXA 3TTFA 2BDPA 4DTJA 5BN9A 4KREA 3V9ZA 4B3OA 4DSFA 4JKCA 1BCMA 3AVKA 1QVFM 1N34K 2XY7A 1QSLA 3HBTA 5AQKA 3BDPA 2PYLA 3R6MA 4M3UA 2YNIA 4I7FA 2FBYA 3VF6A 1RFQA 1BU6O 3LZIA 3O08A 2PFUA 5AZJB 4EZ6A 3EKSA 4JK7A 3H3OB 4CEFA 3NF8A 2YKMA 3SUPA 5AQPA 1SKRA 4PKGA 3CETA 4JAXA 3V1RA 1Y97A 5BR9A 1ASVA 1IG9A 3VEXA 2A42A 4QAGA 3PIOL 4RG8A 1W0HA 3P5JA 5JICA 4L8RB 4FM0A 4CEEA 3WQUA 2JGUA 2VWBA 4JN4A 1EWRA 3OYBA 1RDWX 2ASMA 3ZSZA 5ADXA 1HQUA 5FLXO 1M1KO 3EN9A 1C0TA 4H5WA 1ATRA 3RVCA 3L2VA 1GLBG 3KK1A 4DTRA 3M1FA 2HHXA 4FJGA 1HJOA 4FLWA 3VEOA 1J53A 1RGIA 4H0VB 4KHNA 4MQ3A 1SKWA 3KZBA 3ULEB 4BACA 3ATUA 1GLFO 3I33A 1HKCA 3NF9A 3DXKB 4YOVA 2HOEA 1KCFA 3ID6A 4DV4K 4FJNA 1JL1A 2P9IB 4H4OA 4OPHA 2Q2RA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YOR A;  4YOV A;  4YOY A;  4YOX A;  4YOU A;  5CHI A;  4O8U A;  4YOW A;  4YOT A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2G8F A;  3VGL A;  3AVB A;  3P31 A;  2YHX A;  3CMA N;  1F21 A;  1K73 O;  4YOX A;  3OYM A;  5EX5 A;  4DFK A;  3JYT A;  4DV3 K;  3V9X A;  4BR2 A;  5FPD A;  3QES A;  1OH7 A;  1HNZ K;  4OPJ A;  3J80 O;  2W40 A;  2HHV A;  2BUP A;  2G8W A;  1B92 A;  4K8X A;  3MN9 A;  5H1S Q;  3AY9 A;  1KFD A;  3ATV A;  3V1Q A;  1SL0 A;  1M90 O;  4IO8 A;  1S6P A;  3LDL A;  1QQN A;  1D4X A;  3QBX A;  3WT0 A;  3CFR A;  2HMP A;  5FRN A;  4KTQ A;  1JXE A;  3KD1 E;  1NKC A;  2OPR A;  4N5S A;  4FJI A;  3MN5 A;  4H0P A;  5M1Q A;  2AP1 A;  3KVG A;  4FW1 A;  4CIE A;  4W5O A;  3CC7 N;  4DUY K;  3IRX A;  3KHY A;  2QWQ A;  1NJW A;  3BF1 A;  4B9T A;  1UOC A;  3FLC O;  4DTO A;  4Y1C A;  3OBW A;  3NGZ A;  2PZS A;  2E6L A;  2NNW A;  1VSJ A;  4KHQ A;  3CJB A;  3QB0 A;  2QWM A;  4ZTF A;  2UXC K;  2UUC K;  5CE3 A;  2VQF K;  3AVJ A;  1HNI A;  4BGA A;  3P38 A;  4I9L A;  3ZT4 A;  4B8C A;  5BPM A;  5CYM A;  2DTU A;  4IOC L;  2ZQB A;  3J7A P;  4BWM A;  4HUG A;  1Q81 O;  1JJ2 M;  3GBT A;  5AFU H;  4PKI A;  1VSL A;  2VQE K;  3OYG A;  3VQB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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