4YORA

Crystal structure of a trimeric exonuclease phoexo i from pyrococcus horikoshii ot3 at 1.52a resolution.
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
227
structure length
227
Chain Sequence
b'MRIVAADTGGAVLDESFQPVGLIATVAVLVEKPYKTSKRFLVKYADPYNYDLSGRQAIRDEIELAIELAREVSPDVIHLDSTLGGIEVRKLDESTIDALQISDRGKEIWKELSKDLQPLAKKFWEETGIEIIAIGKSSVPVRIAEIYAGIFSVKWALDNVKEKGGLLVGLPRYMEVEIKKDKIIGKSLDPREGGLYGEVKTEVPQGIKWELYPNPLVRRFMVFEITS'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords 3-5 exonuclease PhoExo I
publication title Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus horikoshii
molecule tags Hydrolase
total genus 66
structure length 227
sequence length 227
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yorA00
4YOUA 4YOVA 4YOYA 4YOXA 4YORA 5CHIA 4YOWA 4YOTA 4O8UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YF5L 3QIPA 4RW8A 1D5AA 3ASMA 2A1SA 1NJYA 4DFMA 1WUAA 3FZMA 3SAGA 1YUWA 3CHWA 1NGBA 4K41A 5C2FA 3JYTA 2QWRA 5KI6A 2HHHK 4M3UA 3HK2A 1WSJA 4X65K 2NNWA 4FSVA 4IDHA 2HMPA 4CFAA 1Z26A 4C1NK 3LZIA 4YFUA 4BDPA 2Y1IA 4DR4K 1NLVA 2A41A 4OKEA 2X74A 5BN8A 4LFBK 4BRLA 4QAGA 1NKCA 4DV0K 4NXMK 5ADXH 4DKWA 3VQAA 4EAHD 2KZMA 4JKGB 3CD6N 3HSCA 3OYCA 3CFPA 3AVAA 3VF6A 4CJ3A 3DLEA 3V9UA 4B1YB 3AA2A 1QHAA 1W0HA 1ZBLA 1BO5O 3E9PA 2QWPA 5AQFA 4X66K 2F8TA 1VSEA 4LF8K 5JS1A 4ELVA 4CZHA 3WEEB 3OYAA 1IKWA 2FC0A 3H6EA 4BRFA 3OTOK 3THYA 3IAYA 1ZC6A 4N76A 1RBRA 4BR4A 1W97L 4FPAA 1IKYA 3NF7A 2Z1IA 2WC9A 5AQYA 1Z6RA 4C1NI 4LF6K 1RGIA 5KRSA 1NGAA 2QWLA 4A62A 4E1NA 3RR8A 1FKPA 1LWFA 5AQSA 1IKXA 3AV9A 3HL8A 2O8DB 4JKDA 1NWKA 1S1TA 2F9WA 1NGIA 2CH5A 3Q7CA 4CJVA 3O9QA 2IDOA 4KHSA 2HNYA 4DTOA 4ICLA 3DXKB 1WSHA 2KW4A 3U3GA 4CBXA 4YOXA 4NB4A 4DTJA 4DFKA 4JEPA 4B9UA 1D9FA 3KWIA 2QM1A 3SPYA 3ATUA 2H3GX 4DR5K 1U49A 1Z05A 2WFBA 5C24A 5AZIB 4IJAA 3VTHA 2OPSA 3T1HK 1SL2A 3ID8A 4FYDA 3M6GA 3AVKA 2P9UA 3LP0A 3ZX3A 4ISEA 3U3YA 3KTQA 3ZCMA 1NJIO 5AQXA 4ELTA 3SZ2A 4LF7K 5IWAK 4KHQA 4C8KA 5GIOA 1W2BM 4I9LA 4E7HA 3T19A 3G71N 1WBBA 3K9JA 4AH9A 3UIQA 5M1QA 1RCHA 4DR3K 1IO2A 1E4GT 2P9LB 2IIRA 3J7AP 3LM2A 4DHYA 1ATRA 1YVNA 3EL2A 1NJZA 2E2OA 3QICA 3NF9A 2VWBA 4GV9A 5JLFA 3ULDA 3CCVN 1OKJA 3SCXA 3DAWA 4JK7A 3K5OA 2EX3A 3P38A 3QIOA 1DKGD 4F2RA 2ZJQL 3AVCA 3ZSOA 4F8RA 3T3FA 3RMAA 3KLEA 3KWGA 3AVNA 2VG6A 4Z4EA 2RF2A 4FWKA 3VQ5A 1CXUA 1R59O 3WXIA 1NNEA 3QBXA 4QCLA 1T7PA 2XY8A 2PBDA 3K5LA 4DSJA 1UAXA 4FK4A 1SKWA 1QVFM 3MEGA 5LL6Z 4B3MK 2P9IA 4KO0A 3LL3A 5LJWA 4BR7A 5H1SQ 1OVYA 5BPNA 2VQFK 4E7LA 1C0UA 2O4IA 1ATNA 3WUHA 2YKNA 4JLHA 4XH5A 3NF8A 4JKEA 3VQCA 1LV5A 3N4PA 3G4SN 3IS9A 3QEIA 2VWKA 3C65A 4O4GA 1P8ZA 4LF4K 2HBJA 3VQPA 5FRNA 4TSXA 1N34K 4J2EA 4WF9L 1BI4B 4DWIA 4CESA 4NYFA 2NRVA 4HVJA 4JKFA 4DCHA 4BR2A 2P5GA 5BPLA 2OPRA 3FZHA 3UKUB 3RMCA 4DTXA 3M8RA 4H5RA 1ATSA 3CC4N 2F9TA 3J7YP 3BDPA 4J2AA 1RTHA 4CJLA 4IO8A 4J2BA 4WQ5C 4O0IA 4FCYA 4CEQA 4JKBA 4Y1DA 4FLTA 2FSJA 4CVNE 3L3VA 5JS2A 2HW3A 4ZTFA 4K8XA 3C6AA 3O9RA 4KH4A 1YITN 1XHXA 2YHXA 3AVMA 2HBKA 3L2UA 3VGMA 1O13A 1RDWX 4DFJA 2YJFA 5KQDA 3SAFA 4IEEA 2F8SA 3P83D 4JS5A 3DLHA 4M45A 4ZTJA 3SUQA 3A2FA 4ILJA 3ZSXA 2HOEA 3ID6A 3TTCA 1TKXA 4DUYK 5AQPA 4CJQA 4B9QA 3RR7A 4YHHK 2ZF5O 2ZGYA 2GWKA 5GAEP 2O8CA 1C0MA 3TARA 4K25A 4B1UB 3DXMA 4H03B 2IVNA 4NO7A 1GOAA 3PX4A 2AJQA 3ZEUA 5M1OA 4JI5K 4IFVA 3D2FB 3KLIA 5J2QA 4FJXA 1VK0A 4BROA 3AVIA 3WXMB 1HYZA 1VQMN 4Q0BA 1A5XA 3OYEA 4XH4A 4GKJK 2ETJA 5AQUA 4PUOA 3CFRA 2YNHA 2VCPA 1EQYA 2QWQA 4FWSA 1BCMA 2VQEK 3A8YA 1WSFA 4WFBL 4PQUA 3J80O 4GNIA 1Q8IA 1U04A 5SZTA 4JI0K 1HQUA 4HWIA 4E89A 2E1YA 2FLOA 4JKHA 3EO3A 1YAGA 4LH4A 4CF2A 5EVZA 2ZQBA 3OS0A 3DLGA 3J81O 3NBPA 4FM2A 1EX4A 4DF8A 2Q1NA 1XNQK 2HF3A 2V7ZA 2VGNA 2HVIA 2X6SA 2ATQA 3AO3A 2YHAA 2A5XA 3MCAB 4FJIA 2DFHA 5M1PA 5AQLA 4FJNA 1NM1A 1JCGA 2IVOA 1N33K 4N41A 3E9OA 3CM5A 1JLFA 3VQQA 1YJWN 1X9SA 2UUAK 4IEIA 5KGWA 1QHTA 2D1KA 3AVFA 3WNHA 4BREA 4I2QA 4GV6A 3VQ4A 4FJJA 2XY6A 3EYZA 4EFHA 2QXFA 3OYLA 2ZE2A 4HTLA 4FW2A 5EXWA 3CC7N 3W0LA 1CZAN 1HJRA 3BZKA 4E3SA 4CD3A 3FZKA 3O4WA 3DI6A 1S5JA 4JI8K 2Q0UA 3SLCA 2ASOA 4OJRA 2A42A 4BGBA 3AVJA 1RT4A 2ASMA 4DV3K 3LP3A 1SUQA 4E1MA 5LY3A 3T7ZA 1YJNN 1OH5A 1S1UA 3T69A 4CBWA 4BE1A 4F2SA 4KHYA 4BE2A 5HL7L 1J5EK 5LMUK 4OLAA 3R1XA 4IDKA 4CGDA 1VSKA 3R3LA 1NGJA 3K9KA 4CZJA 4CJUA 1TK0A 4Z4HA 3THXA 1JJ2M 2OZMA 2HBMA 3LANA 4FVMA 4RW4A 4RCHA 2W41A 2QWMA 2WUSA 1SQKA 1C0TA 3D45A 1HX1A 2P9PB 5C10A 4B9VA 2Q31A 2P9KB 3NCIA 2LSNA 3CPWM 1T8EA 4OVLA 4OPHA 1GLCG 1NGDA 2DTUA 1H1VA 1BDGA 4IZ9A 4I9QA 1QQCA 3LAMA 4QS9A 3AO1A 1WSGA 2F96A 4Y0WA 3VEOA 4EP4A 3E66A 1LAVA 4CZGA 1VSLA 3D2FA 5HP1A 4FW1A 5D3GA 1YJ9N 5EY4A 1XQSC 4B9TA 1JKHA 4EIAA 3IFRA 3ALYA 2D4WA 3GOIA 2PYLA 1BL3A 3ZX2A 1RT6A 1HKBA 4Z4GA 3H1QA 4IOAL 1BIUA 4JI2K 4M42A 1MDUB 3CM6A 5AZJA 3K59A 2JWLA 2BH1A 3K58A 1T44A 3QLHA 3TTFA 1BA1A 2CGKA 4KI6A 2G8HA 4F4KA 4KHUA 1DTTA 4H4OA 4E1JA 1I3AA 3V1QA 4FWRA 3F2KA 3KK3A 5TKWA 3TSUA 3UB5A 1LWCA 5A2QO 3MN9A 4NLBA 2OA8A 2IGIA 1CZ9A 3BF1A 1ZBHA 2V7YA 2XRIA 2FF3B 4O44A 3THVA 2E2PA 3DOKA 4JRQA 5CZ2A 1BOTO 4BQZA 3ZSRA 2CGJA 4DQIA 4CZEA 5SWMA 2W6LA 4KTWA 3CI5A 2KZZA 4CFBA 3SAHA 1ASWA 1V4SA 1HNZK 4O8UA 4B1VA 4DSKA 1KCFA 4A61A 1WAJA 5AQOA 1JLCA 1HMVA 1C1AA 1RDCA 3QEXA 1S72N 2UXDK 1ZBFA 2RPIA 3NH0A 4DTNA 4YDUA 4KBOA 3D0PA 4BVOA 4CBUA 5FPDA 1SS6A 3SQ1A 2E20A 3TPQA 1QVGM 3LPUA 2E6MA 4HCCA 1QQMA 4CEEA 4KHPK 3B6OA 3ZSZA 4G1QA 3ULEB 4H4MA 4KI4A 2QXLA 2HF4A 4MLEA 2WTUA 2KFNA 2XY7A 3C7NA 2D0BA 2P9KA 1UA0A 1P90A 4FM1A 3M8PA 4JK8A 4CF1A 4YOVA 2XY5A 2P9NB 2PYJA 2QWNA 1L3UA 3MECA 3RRHA 1FW6A 4K0KK 4FJMA 2BTFA 4Z4IA 5HRSA 1RFQA 3V1RA 3OYJA 3A5LC 4DTSA 4EZ9A 2YX6A 3DMJA 3SUOA 3CETA 3CXCM 4DSFA 1NU0A 3HVRA 3BZCA 1VRUA 2Q2RA 4JHDA 1OH8A 1TL1A 1K73O 4DSEA 4BGAA 3S3OA 4FJ8A 2KHOA 3UKRA 1E3MA 5GIPA 5EOYA 5AQZA 3TU5A 3HJFA 1KD1O 5BRFA 3OW2M 5KPTA 1VQ5N 1GLDG 2Q0RA 3VPZA 5J2PA 1XWLA 1QS4A 4DG1A 4CFCA 3PLAA 2Q36A 4BDZA 5DM6L 5KPRA 1TAQA 4WE1A 3N4QA 3BEXA 2Y1JA 3LWLA 3MX5A 3ZSYA 3TTDA 5FROA 4RTFD 2QTDA 1S1VA 5BREA 3DLBA 5FRMA 1G99A 1JL1A 1NGEA 1WSIA 2GELA 4BRKA 3IRXA 3I8BA 3C95A 4CEDA 5IT9O 1ZBUA 3QB0A 4MO4A 4YOUA 3SJJA 2Q3SA 1V4TA 4DU3A 3ZETA 4BG9A 2E2QA 3VEWA 2Z1HA 4BR0A 1KC8O 2FBVA 4MDBA 3D6RA 4FJKA 4LD0A 2O8BB 4NYNA 1RTJA 4M3RA 4FJGA 1LW2A 4WQ4C 1OVQA 4Z0UA 2YNGA 3G0ZA 3P4IA 3CERA 1EWRA 1NGGA 3NGIA 3BP8A 3G6EN 4FZZA 3VESA 4CZKA 4ID1A 1HJOA 4JI6K 4CEFA 4JKAA 1QQOA 4YY3K 3AVGA 4A57A 5BR9A 2UXBK 3SUPA 2PAVA 1QZ6A 2WONA 4FO0A 4JI1K 3DOLA 3KK1A 4DQ8A 1NJXA 1T6CA 5C25A 3UE5A 3WXKA 4CD1A 2NRTA 2OANA 1Q9XA 1FJGK 1UWBA 4KKOA 3THWB 2QKKA 1C6VA 5ADXA 4M3YA 4YORA 1RILA 4M3ZA 4KTZA 3QFPA 4W5RA 3JS6A 3SQ0A 4HUFA 4E7KA 1S9EA 4CERA 3CJCA 3LDQA 1HNVA 4C8MA 2E5LK 4IG0A 1TVRA 3HTVA 5AQJA 1N6QA 3KJVA 3I8DA 1S1XA 3BY5A 4W5OA 1VQ7N 1N8RO 4JD2B 3P31A 4N5SA 5MLCQ 4CJRA 2VYPA 2I5JA 2E1ZA 1U6ZA 3V6DA 1FKOA 2B6AA 3R6MA 2BE2A 4EHUA 2I7NA 3EE9A 5TKYA 4WCEL 1SZ2A 3LDSA 3CMAN 1YIJN 1HRHA 1RT1A 5JVGL 3FLCO 5BR8K 1Q18A 1IG8A 4JKGA 2BUPA 1HUXA 3VERA 4BRGA 1KXPA 3VN5A 5I3UA 4GVMA 4R5PA 3TSQA 5HRNA 1A5VA 4FLZA 4EZ6A 3K2PA 3IMXA 3WXJA 5BN9A 4FLVA 3OA9A 1JLQA 5EU7A 4H0VB 4ZHRA 3CJ9A 3WEEA 1ZBSA 3NVKA 3H3OB 3VQDA 2QI2A 1DGKN 2X78A 1LW0A 3VENA 3RMDA 3MN6A 1MWMA 3CF5L 3ENBA 3CJ7A 3OYDA 4DQSA 3OS2A 4CGJA 2E88A 1IJJA 4ELUA 3GBTA 4PA1A 2ASPA 3RMBA 4GVEA 1OH7A 4DLEA 4W5QA 1EKEA 2HB5A 3TWHA 1BWFO 4HUGA 1B9FA 3M1FA 2O8DA 3PV8A 1XNRK 4BC4A 2KLAA 4CK1A 1L3SA 3LZJA 3SBTA 1HR0K 3PIPL 3L2WA 4CGGA 2NRHA 4M3TA 3DXKA 1FXXA 4IJNA 2NZTA 1XHZA 3VQBA 4DUZK 1L3TA 3DM2A 4OLBA 4NLCA 1BQMA 1KLMA 4BY9C 1HYVA 4GKKK 3AY9A 3QDKA 2DPNA 2XO7A 3VGKA 2IOCA 3ZT3A 4XIUA 3NE6A 3MXJA 2HSTA 4M63C 5AZIA 1HYSA 2O4GA 1XUPO 3S41A 4U67L 3THWA 4C23A 4PY5A 1QZ5A 3O4QA 3KD1E 3EZWA 4BRMA 2EHGA 4FOIA 4MQ3A 4B3RK 1SAZA 3JAMO 2PY5A 3KZBA 3DJCA 3O4NA 4KHNA 1NKEA 1D4XA 4DR2K 4W5TA 3OYNA 2OZSA 4IWVA 2FXUA 1NK8A 1W7AA 3TAEA 1U2VB 5M1NA 3NDKA 4WYBA 5E26A 3O6WA 1XMOK 4JD2A 5AQMA 2P9LA 3LDNA 1KAZA 1X1PA 1ZXOA 4B3SK 4K8ZA 4JNEA 3P1GA 1BG3A 1DTQA 1VQNN 4BRAA 2G8KA 3NHGA 3L2RA 1JL2A 4L8RB 3MWPA 1ZYQA 4A2BA 4E7JA 4CHQA 3O08A 2FF6A 4AHRA 1BGXT 3PSIA 3U6FA 3OS1A 4DS4A 2GTDA 5CYMA 3E01A 3ZLJA 5JVHL 5C0YA 3AAPA 3D7EO 3SYZA 3ZSWA 1RTDA 4FWOA 1B92A 5AFUH 5HLFA 1N32K 2HHXA 4QOZB 4UQGA 1HKGA 4BRQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YOU A;  4YOV A;  4YOY A;  4YOX A;  4YOR A;  5CHI A;  4YOW A;  4YOT A;  4O8U A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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