4YORA

Crystal structure of a trimeric exonuclease phoexo i from pyrococcus horikoshii ot3 at 1.52a resolution.
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
227
structure length
227
Chain Sequence
MRIVAADTGGAVLDESFQPVGLIATVAVLVEKPYKTSKRFLVKYADPYNYDLSGRQAIRDEIELAIELAREVSPDVIHLDSTLGGIEVRKLDESTIDALQISDRGKEIWKELSKDLQPLAKKFWEETGIEIIAIGKSSVPVRIAEIYAGIFSVKWALDNVKEKGGLLVGLPRYMEVEIKKDKIIGKSLDPREGGLYGEVKTEVPQGIKWELYPNPLVRRFMVFEITS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords 3-5 exonuclease PhoExo I
publication title Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus horikoshii
total genus 66
structure length 227
sequence length 227
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yorA00
4YOYA 4YOWA 4YOXA 4YOUA 4O8UA 4YOTA 5CHIA 4YORA 4YOVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IVNA 2P9PB 2YCHA 1T6DA 3NMUA 4X65K 3E66A 1YJ9N 1L3SA 3VESA 2XO7A 2RN2A 4LF4K 4EHUA 3F5TA 3SAHA 4LF5K 2QK9A 4Y1CA 1L3TA 3LDNA 1UA0A 4DWIA 4IDKA 4CK1A 3AA3A 3ALYA 3ZEUA 2QWQA 4CJTA 1BG3A 2BTFA 1W97L 2IIRA 1WSEA 1VQ7N 2E1YA 3THVA 3V9WA 2V7ZA 3C95A 1S5JA 2KKZA 3HM8A 3CCSN 4M7XA 3LDPA 2RKIA 5CYMA 1LCUA 1QSYA 5C2FA 2ZWHA 4BRCA 1OH6A 3C0BA 5DK5A 4CJ7A 3C6UA 1IKXA 4E1JA 3VOVA 4I6MB 1N5YA 5M1KA 3A8YA 3CC4N 3ZSZA 3RSEA 4DF8A 2YNFA 5AJ3K 1U6ZA 1UWBA 2ASOA 2VWKA 3RMCA 3VF4A 3ZSXA 4M3XA 4FYDA 4DV6K 4CK3A 4DV0K 1OH8A 5AFUH 3ZT2A 4IOXA 1KQSM 4FL9A 1IJJA 4YHHK 4GV3A 4CIFA 5BPLA 3J8AA 1GOAA 1TKDA 2QKKA 2GUIA 3BEXA 4CVNE 3K5LA 4DQRA 4KHWA 1XMQK 1R0AA 1FXXA 4NCGA 3WNHA 3O4QA 1JXEA 5BRDA 3D2FB 1TVRA 2HBKA 4CJPA 1JCGA 4CJ4A 4X62K 4CD3A 3A5NC 4PL7A 1C0MA 2O8EA 3K58A 4CIEA 4AILC 4B9TA 5F2RA 4KTZA 3EE9A 1FJGK 4JI2K 5BRFA 3CJCA 3NBPA 3FFKB 4EIAA 4PY5A 3EN9A 2XRIA 5ADXA 1DTQA 1YVUA 2P9PA 2ZJQL 4FWNA 4FW2A 3VQBA 4R5PA 5AQIA 2VQFK 2Y1JA 1T44A 2V52B 3SBTA 3SUQA 4LFBK 4JHDB 3KK2A 3C65A 4DF4A 5DM6L 4DB3A 4FWPA 2GELA 4FOIA 4EP5A 4KREA 5C2DA 1KTQA 5AQSA 5AQZA 1NJXA 4BC2A 1X9SA 5GAEP 5DMRA 4DTXA 2V7YA 3TTFA 3CMEN 5LMUK 3T3FA 4JN4A 1RT3A 3MXJA 2PY5A 4C8MA 4CFBA 5GAGP 1S1TA 4BE2A 3CFRA 3DYAA 4B3TK 3KK1A 4N56A 4CIGA 1QQNA 1BIZA 4CBUA 4KHSA 5FRMA 3C6HA 3CIPA 1T05A 3QNOA 1VAZA 1XUPO 3V1QA 4I6MA 1JXBA 1ASWA 3S3MA 4OKEA 2ZQBA 4CEZA 1N34K 1WN7A 2WTUA 4K25A 1GLLO 4OLAA 3MX5A 3VTIA 1K8KB 3VEYA 5FPEA 4YOXA 1NOYA 4KB1A 1NK4A 2DY4A 3CJ9A 3DRSA 3V1OA 4ID1A 1FKPA 3RMAA 1EQYA 3H1QA 2I7PA 2DFEA 3AVCA 4CFDA 1NBWA 1JCEA 1HQEA 5J2PA 4PA1A 5CHIA 2G8FA 3EZWA 2GBZA 4O5BA 3KZBA 3L3VA 3FZMA 1XC9A 3D2FA 3DXKB 4K43A 3H1VX 2B6AA 1SL1A 3HXMA 3CG7A 5I9EB 4W5QA 3A5OC 3K9JA 1SL2A 4DFPA 1K6YA 3LM9A 4YOUA 1SV5A 2E2QA 3V9ZA 2I5JA 3VQAA 4FPAA 2HBLA 2IOCA 2NRXA 3ZSQA 3ZETB 5LJVA 2QWMA 3IG1A 3KK3A 3JSMA 4KBOA 2W6KA 3HSCA 1O13A 5DM7L 1VRUA 4JHDA 2P9KB 2KFNA 4OGEA 3SAFA 4CHNA 1S1XA 4CGIA 3G4SN 2VG7A 1NK8A 4IG0A 4BWJA 3GG4A 3I56N 4CJSA 4DR6K 3DRRA 4B9VA 4ILJA 4K0KK 2VYPA 3NDKA 2NRZA 3DJCA 1EWQA 1GLBG 3SCXA 4LSNA 4N5SA 4DR2K 2HHHK 4CGJA 3AVIA 3DMJA 4WYBA 4DR3K 3KJVA 2Z1GA 3OYKA 1HYSA 2XHBA 4CEBA 1I39A 5TKWA 2HVHA 4H5TA 1HUXA 3HPGA 3OA9A 1K8KA 2E2PA 4DTPA 2CGJA 5MLCQ 1QTMA 1TKZA 5HLFA 5C24A 5I42A 4BGAA 4GY2B 4J2AA 4H4MA 3IRXA 3QB0A 3NAEA 3LAMA 5AQKA 1EXQA 4OKJA 2Q31A 3P1GA 2O8FB 3U6FA 3O80A 1Y64A 2QXFA 4BR7A 3MEGA 2HNDA 4KB0A 1WSIA 2D5RA 3DOLA 5AQUA 3T1YK 3O9RA 3DXKA 5E84A 1WB9A 1GLFO 1HKGA 3WNEA 1YXQA 1EX4A 4B8CA 1IG9A 1ITGA 2AJQA 4DLEA 4DG1A 2KHOA 4I2QA 4TSXA 4KTWA 5M1QA 3HJFA 4DQSA 2OANA 1ZXOA 3QEXA 3LZIA 1VQON 2P9SB 3B6PA 4JAXA 3ZETA 4FJXA 2P1JA 4FLXA 4AH9A 2E4LA 3OYCA 3V9UA 2P9KA 3FGUA 1VSEA 1RDDA 4BROA 1CLQA 4G1QA 3R3LA 3VQ4A 1X9JA 1M90O 4A61A 1S9GA 2BUPA 3QIPA 3V9SA 2HVIA 3BGRA 3D0PA 3ENOA 2NRVA 3TAMA 1WSHA 4B9UA 2YKMA 5KPTA 3ID8A 1L3UA 3CM6A 3QBWA 1ZC6A 4LH5A 1WSFA 3SMPA 4PKIA 4DCHA 3I8DA 2KQ2A 4H5RA 5GADP 2OZMA 4A59A 1X3NA 5KTQA 5JS2A 3VTHA 4DTJA 2IAJA 5FPNA 2WOMA 2YHBA 2A3ZA 1Q81O 3OYGA 3G71N 1YAGA 1MWMA 4YNQA 3HP9A 3OYMA 5E41A 3SUPA 4LFCK 2B5JA 4Z4IA 2FBTA 2G8KA 3A0IX 1VK0A 3NF8A 3OYEA 3O08A 1WSGA 4QOZB 1NJZA 4KTQA 4JK8A 4R79A 3KWGA 2WFBA 1CXQA 1M1KO 3O1WA 3AVGA 2HNZA 1WOQA 1XC3A 3G25A 3MXMA 1UA1A 4CE9A 1CZ9A 3ISNC 4Q5VA 2D0CA 1K8AO 3B6OA 5AQQA 4DTSA 4YOTA 1TYQB 1T3VA 5B8HA 4BDZA 1U04A 2UXBK 2O8FA 2BDPA 2KTQA 4FJIA 1Q9XA 3RTVA 2UYTA 1EETA 2KZZA 4DUYK 4HUEA 4JI3K 4HVJA 4GW6A 3LANA 4DV3K 3K0SA 1VSFA 1C6VA 3PO5A 5ADXH 1S1UA 4IKFA 4H0YB 1BUPA 3WQTA 4OPAA 2XY7A 2UUAK 5C0YA 4H0OA 1SKSA 3OYHA 1LW0A 1S9EA 2QKBA 4EFHA 3LM2A 4IG3A 3DWLA 5IWAK 4XIUA 4FWMA 3JXUA 1NGIA 2Q36A 1U47A 3ZT4A 2P9SA 3FE1A 3TI0A 3CI5A 3ITHA 4FWQA 3DLLL 4M3WA 5GIPA 1RGIA 3FR0A 3PUFA 2YI1A 4DUZK 4J2DA 1F21A 4FJMA 3HL8A 1NGDA 2ZM6K 4DTOA 3WNFA 3RWUA 4DV5K 3ZT0A 3QMLA 1H1VA 1VQKN 3CJBA 2RPIA 5BR8K 2GV9A 2QI2A 4I7FA 3K2PA 4DFKA 4BACA 4ISGA 2P9UB 2IGIA 3CJ7A 1RTDA 5CYQA 3I55N 3OY9A 1JLBA 5BN8A 4DSIA 4LF7K 3UKRB 5JICA 2G8IA 4FLZA 4ISFA 1GLCG 4WFNL 4F4KA 1BO5O 4KH6A 5HP1A 4CGHA 4CJRA 4RW4A 3SQ2A 2ZF5O 2G8WA 3NH1A 2HHVA 3MWTA 1ZBHA 3ASMA 5AQHA 1QVFM 2BANA 1KVBA 2NUBA 2QWRA 4CZEA 2VWJA 3RR7A 2F4VK 3CCQN 4B9LA 3CCEN 4OGCA 3CPEA 3HP6A 3DLRA 4F2SA 3AVBA 4IO8A 3AA4A 4N47A 1TYQA 1ZYQA 3VEXA 5C42A 1BL3A 3MXIA 1Y97A 4DSKA 3AAPA 4L8RB 1E4GT 1RDBA 1D4XA 2W41A 4FJGA 4WF9L 3DLBA 1GLDG 5AQXA 1JLGA 3L6QA 2X78A 3V81A 4N41A 4JI8K 3G0ZA 3CCVN 4F9OA 1EKEA 1SAZA 4IJAA 4CI6A 3O4WA 3R6MA 3DLKA 4M3ZA 2V51B 4DTUA 2NRRA 4AHCA 4CZKA 1VQ9N 1XMOK 2E20A 2HF3A 4IOCL 4BREA 2O8BB 3AV9A 3DLEA 4RCHA 1HNZK 1S1VA 4NXMK 2BH1A 2P9IB 2X6SA 5KGXA 2F9WA 2CH5A 3CCMN 5D3GA 1RT7A 3P39A 2HW3A 3E9OA 4JKEA 2R7YA 3ENHA 4B9QA 1NJIO 2NNWA 2FBVA 1YUWA 4CF2A 2GWJA 3KVGA 1G15A 3O9QA 3V9XA 4L3QA 4CGGA 1BQMA 2P9UA 1REVA 3LWLA 4J2EA 3A2FA 2D0PA 3LDQA 2A5XA 1VQ5N 4JNEA 2ZGYA 4EAHD 5KRSA 1KLMA 3UKRA 3R8EA 4DR1K 1G99A 4CJQA 3NF6A 3OBYA 4X66K 1GLJO 2DPNA 4O8UA 3KKRA 2ASMA 2I7NA 3OBWA 2E2OA 4N76A 3TAFA 3PX6A 3K59A 3H08A 3AGRA 3FZHA 4MO4A 2D0AA 1BA1A 1RBUA 3VQPA 4EP4A 3PO4A 4FM0A 3NVKA 3ULDA 4MLEA 2KFZA 1KVAA 1VSJA 1HJOA 4FSVA 3K5MA 2G8HA 3L2RA 3O9UA 4XH4A 5FPDA 1WLJA 3O8MA 1QVGM 4E1MA 4BG8A 3CXCM 3RMDA 5LL6Z 1SKWA 1HYZA 4AQYK 2YJFA 4DTNA 3AO4A 1HNXK 3D7EO 3M3ZA 2FC0A 2QTDA 3NF7A 4JKDA 2P9NB 4F8RA 1T8EA 3HO1A 4FWLA 3I0SA 2YV0X 3SPYA 2CH6A 3WXLA 2WBNA 3QIOA 1TKTA 4DV1K 5FLXO 4C8LA 1LWFA 3O9TA 3K57A 3CPWM 5AQFA 3HK2A 3SNNA 4YOVA 3A5MC 2JGUA 3W0LA 4RTFD 4Z4FA 4CERA 1LV5A 3R9PA 3JYTA 2O8BA 1KVCA 4NLBA 1C0GA 5BRHA 1UOCA 2GWKA 2EHGA 1TK8A 2P9IA 1L3VA 4BDPA 4UY8O 3HBTA 4IOAL 1UAXA 1VHXA 4NCAA 3T1HK 2O8CB 2HHQA 2F8SA 3P83D 4CESA 2HF4A 4JI4K 4YY3K 2EX3A 5AQYA 5KQ8A 3O3GA 1X9WA 5M1FA 2IDOA 4A62A 4FK0A 1R59O 3J7YP 3KK7A 4IDHA 1NNEA 2OCEA 3AO3A 4CCHA 4A5BA 5EXWA 1IBMK 3M8QA 4FWRA 4RW8A 4F3OA 4E0DA 1BI4B 3PIOL 4PQUA 2IVOA 1EP4A 1CZBA 4YOWA 5AZIB 1IKVA 4KI6A 4FO0A 3OJSA 2Q0RA 4KKOA 4CJ3A 3N4QA 1RT2A 4BRAA 1WNSA 3R1XA 3KHYA 5FDLA 1K73O 3V6DA 1Q9YA 1MU2A 2O4IA 4AHVA 3DLGA 3VQCA 4MDAA 2OYQA 4FJNA 3CYMA 1JLQA 3LDLA 4OPJA 3KD5E 1RT6A 1KCFA 4ZTFA 1JJ2M 2HHTA 2Q0UA 4CZFA 5LMNK 3VGMA 4M42A 1RFQA 4JYAK 3PIPL 4JRPA 3ZX3A 1HNVA 3H3NO 4H0VB 2P9LB 5LJWA 1QQCA 2P9NA 4CFAA 3L2QA 4BRDA 1ZBLA 2A42A 3VGKA 2FBXA 4XEIA 1XWLA 4OPKA 5EOYA 2ITMA 2QA4N 3U3YA 2FXUA 3ZX0A 1TK5A 5JS1A 4DU3A 3NHGA 3AGKA 3SJJA 4EZ9A 3AVMA 3QLHA 2FSKA 2HHSA 1RBRA 1TL1A 3L2UA 1BQNA 4IJNA 2QWLA 3QEIA 3E9PA 3TAEA 3MN6A 4BRLA 3WQUA 4CEOA 1ESVA 4DS5A 4M3YA 1LAVA 4M3UA 4CFCA 3IMXA 3TABA 4PKHA 5IT9O 5A2QO 4DQ8A 3C7NB 3VENA 3IKMA 2QWPA 4B3RK 1JCFA 3VQQA 1Q7YO 5BPNA 4RW7A 5J1EA 3ZSOA 1NJYA 1C0UA 3AVNA 3Q7CA 2YHWA 2O8CA 4NYFA 5BREA 4F3TA 4FXDA 3E1YA 3IAYA 3MEDA 3KLGA 4Z4HA 2Q97A 2O8DB 2GUPA 1E3MA 1MDUB 3SK3A 4CEDA 2BGGA 3BUZB 2YHAA 3C94A 4HCBA 2YNHA 4B1WB 3ENBA 4H4OA 3GE1A 1NGAA 4IFYA 4M7YA 1NK5A 5KI6A 2NZTA 1OH5A 4CW7B 1VQPN 3L2VA 3KTQA 3U4LA 4BRGA 3D6RA 5SZTA 4DSJA 4W5OA 1BI4A 1RBVA 5CE3A 3HSTB 4CD1A 5AZIA 5HL7L 4ICLA 1VQ6N 1RTJA 3TANA 1C1BA 2DFHA 1TUYA 1Q18A 5TKYA 3SJHA 4K42A 2NRTA 3AAQA 2OPSA 4YDUC 4BR4A 5AQRA 4YOYA 2P5OA 2FBYA 1VRTA 4C1NI 1WSJA 2B4JA 3U8XA 2PFUA 1YTUA 3KLIA 2P9LA 3TSUA 3AARA 1XI1A 4FJJA 2ITGA 1WAJA 4WQ5C 2PBDA 3ZSRA 4BE1A 1RILA 4FPBA 1LOTB 4BR0A 3F9MA 2Q3SA 1LWCA 1ZBIA 4M45A 4LSLA 4CJEA 4M41A 5EY4A 1VQ8N 1T6CA 4BWMA 4B9NA 5EVZA 4FZYA 1VQNN 3OS2A 1NGEA 3C6TA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YOY A;  4YOW A;  4YOX A;  4YOU A;  4O8U A;  4YOT A;  5CHI A;  4YOR A;  4YOV A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2IVN A;  2P9P B;  2YCH A;  1T6D A;  3NMU A;  4X65 K;  3E66 A;  1YJ9 N;  1L3S A;  3VES A;  2XO7 A;  2RN2 A;  4LF4 K;  4EHU A;  3F5T A;  3SAH A;  4LF5 K;  2QK9 A;  4Y1C A;  1L3T A;  3LDN A;  1UA0 A;  4DWI A;  4IDK A;  4CK1 A;  3AA3 A;  3ALY A;  3ZEU A;  2QWQ A;  4CJT A;  1BG3 A;  2BTF A;  1W97 L;  2IIR A;  1WSE A;  1VQ7 N;  2E1Y A;  3THV A;  3V9W A;  2V7Z A;  3C95 A;  1S5J A;  2KKZ A;  3HM8 A;  3CCS N;  4M7X A;  3LDP A;  2RKI A;  5CYM A;  1LCU A;  1QSY A;  5C2F A;  2ZWH A;  4BRC A;  1OH6 A;  3C0B A;  5DK5 A;  4CJ7 A;  3C6U A;  1IKX A;  4E1J A;  3VOV A;  4I6M B;  1N5Y A;  5M1K A;  3A8Y A;  3CC4 N;  3ZSZ A;  3RSE A;  4DF8 A;  2YNF A;  5AJ3 K;  1U6Z A;  1UWB A;  2ASO A;  2VWK A;  3RMC A;  3VF4 A;  3ZSX A;  4M3X A;  4FYD A;  4DV6 K;  4CK3 A;  4DV0 K;  1OH8 A;  5AFU H;  3ZT2 A;  4IOX A;  1KQS M;  4FL9 A;  1IJJ A;  4YHH K;  4GV3 A;  4CIF A;  5BPL A;  3J8A A;  1GOA A;  1TKD A;  2QKK A;  2GUI A;  3BEX A;  4CVN E;  3K5L A;  4DQR A;  4KHW A;  1XMQ K;  1R0A A;  1FXX A;  4NCG A;  3WNH A;  3O4Q A;  1JXE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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