1J53A

Structure of the n-terminal exonuclease domain of the epsilon subunit of e.coli dna polymerase iii at ph 8.5
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
174
structure length
174
Chain Sequence
RQIVLDTETTGMNQIGAHYEGHKIIEIGAVEVVNRRLTGNNFHVYLKPDRLVDPEAFGVHGIADEFLLDKPTFAEVADEFMDYIRGAELVIHNAAFDIGFMDYEFSLLKRDIPKTNTFCKVTDSLAVARKMFPGKRNSLDALCARYEIDNSKRTLHGALLDAQILAEVYLAMTG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for Proofreading during Replication of the Escherichia coli Chromosome
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase III, epsilon chain
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 58
structure length 174
sequence length 174
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1j53A00
4AHSA 2GBZA 4W5TA 1X9MA 1RTHA 1IG9A 4CJ5A 5J2NA 3TAFA 3LWMA 3NHGA 1L3TA 4FZYA 2FBTA 2LSNA 5HRRA 1DTTA 4CFDA 1JLGA 1ZBUA 3CM5A 4FZZA 3K59A 1WNSA 2X6NA 4KHSA 3CG7A 4DSEA 4FYDA 4E19A 2G8HA 2VG6A 4KV8A 1BIUA 1NKEA 4RW6A 2B6AA 2OPPA 5J2QA 4E0DA 2X74A 4B08A 4CIEA 1SKSA 5CYQA 3RTVA 4E3SA 4Y1CA 2D5RA 4NCBA 1RILA 3NFAA 1I39A 4L8RB 2Z1JA 3RMBA 4F2SA 3OYMA 4KKOA 3AO4A 4DTSA 4H4MA 1NKCA 1HNVA 3SQ2A 4J2BA 3KLIA 3VQPA 1NJYA 1NJZA 4M3YA 4JRPA 4CFCA 1Z25A 4N5SA 1WSJA 4E7HA 4KHUA 4E89A 1NKBA 1S9EA 3NGZA 1BQNA 1BL3A 3NGIA 4IDKA 5CY4A 2WOMA 4O0JA 3S3OA 4IBNA 1HYSA 3OJSA 2HNDA 2F96A 1WSHA 4PA1A 3KK3A 5EU7A 2YHAA 1RNHA 2YV0X 4O5BA 3T19A 4CGHA 3L2UA 1A5VA 3HM9A 1T7PA 3AVFA 4YNQA 1S1VA 3OJUA 4DU1A 2PYLA 3DRSA 4F2RA 2BGGA 3LALA 4M3XA 2KQ2A 4I2QA 3LP0A 2OA8A 1TKXA 2ZQBA 3OYLA 2ITGA 4DQQA 1NK0A 3TAPA 1TV6A 3QNOA 3TAEA 4OLAA 1CZ9A 2DFHA 3ULDA 1ASVA 1T05A 1TK5A 3SPZA 1IH7A 4CF9A 3U6FA 5HRSA 1RTIA 2Z1GA 4N76A 4FJHA 2HHXA 3ZCMA 4FLTA 4E7LA 4CECA 3LDSA 1YT3A 3S9HA 5KRSA 3I8DA 1S1UA 4ID5A 2A1RA 1LV5A 2HHUA 3OS0A 1VSKA 4CJTA 4OLBA 4DFKA 3TAGA 4FZXC 2G8WA 4FLYA 3MEEA 3V1QA 1U04A 3OYDA 1U47A 1SL0A 4BDPA 4K8XA 4M42A 3PY8A 1QSYA 1SL2A 2XY6A 4Z4FA 3HPGA 3DYAA 4DTUA 1NJWA 4CHPA 1BCOA 3NGYA 3ZT1A 4DLEA 3T3FA 3RWUA 2P51A 3QNNA 1KTQA 4UQGA 4AHCA 4H4OA 3B6OA 3UIQA 1TAQA 4RW8A 4LSLA 1S9GA 3OYFA 3ZSZA 1NK6A 1BI4B 4KO0A 4HCCA 3AV9A 2R7YA 3HPOA 3V1RA 4CGDA 2DFFA 3IS9A 4HVJA 2QKKA 3ISNC 3SV4A 1B9FA 1UOCA 4DSFA 3KD1E 4K8ZA 4EZ6A 2IS3A 4CIFA 3OS2A 2OYQA 3QEVA 3OYGA 3RRGA 4Q0BA 1JKHA 5KI6A 5CZ1A 3LAKA 4CERA 2BANA 4FW1A 3HJFA 1CLQA 4B9VA 3I0SA 1WSIA 3PO5A 1XWLA 1J53A 3QEXA 4AHTA 4GW6A 3V9XA 1HYVA 4FJMA 4AILC 4M3UA 3LZIA 5I3UA 5KGWA 3DLHA 3M8RA 2HNYA 1HNIA 2E4LA 1HPZA 3NF7A 4BE2A 4DSJA 4KHQA 1L5UA 4CGFA 1W0HA 2IC3A 3OYBA 4W5QA 3NCIA 4NYNA 3SYZA 3S3NA 3KIOA 4NCAA 2D0BA 1TKZA 4IFYA 3SCXA 4M3ZA 4F4KA 3VA3A 4B9TA 4IFVA 2IGIA 4JLHA 4O4GA 1JLFA 5C42A 5J1EA 1TKTA 1VRUA 1IKWA 4CCHA 3PX4A 3SJJA 4QOZB 4KFBA 3DLRA 1ITGA 4WE1A 3LPTA 4GVMA 4Z4IA 4KPYA 3K5MA 4F3OA 3TR8A 1KFDA 3DM2A 4DWIA 3AVGA 4B9MA 1BISA 4CEFA 3DI6A 3QEPA 3HSTB 3F9KA 1FKOA 4I9LA 2KTQA 4ICLA 4FW2A 3TARA 1S6QA 3WNEA 3HVRA 1J9AA 1Z26A 2HB5A 1LW0A 3DLKA 1O1WA 4BE0A 1VSHA 5I42A 3LZJA 1GOCA 1WLJA 1WSEA 1YVUA 3B6PA 4DQSA 4FM0A 4CEZA 3SQ4A 1J54A 1RDCA 1TL1A 2D0CA 2E6LA 3KJVA 4AH9A 5K14A 3DLGA 1HRHA 2RN2A 2PZSA 1RT3A 1RT2A 4FJLA 1RDDA 1RDAA 4OKEA 3LP2A 3PX0A 4DFPA 4LH4A 2YKMA 4FLUA 2EHGA 4RW7A 4CF1A 3TANA 3PX6A 3L2VA 2Z1HA 3U3YA 4LD0A 3CFRA 2IAJA 4OPKA 4FCYA 1X1PA 4OKKA 3AVJA 1UAXA 4LH5A 3RRHA 3AVBA 1ZBFA 3RR7A 3V4IA 1EXQA 2HVIA 4CJVA 3OYKA 3AVLA 1Y97A 5C25A 2DFEA 3O4QA 1GOBA 1SKRA 1F21A 4FVMA 3OYNA 1D9FA 1C1BA 1TK8A 1TKDA 3EZ5A 5E41A 4M3RA 3KLHA 1NK8A 5DK5A 1EKEA 1VSJA 1VSLA 2QK9A 2HNZA 5FROA 2HHTA 4DQPA 3AVMA 2G8FA 3MECA 4FLWA 5CZ2A 4KTWA 3VQ7A 4B8CA 3SZ2A 4E7KA 1C1AA 4KRFA 1JLBA 1NJXA 1R0AA 3MEGA 4HTUA 1HQEA 3FFIA 1S1WA 3ZSQA 3NDKA 5KRTA 4DTRA 4O0IA 1SKWA 1C1CA 3QINA 2RKIA 3NF6A 2VWKA 4DTJA 4BE1A 1TL3A 2QXFA 4RG8A 5KGXA 4N47A 4BDYA 4BACA 4OKJA 3SNNA 4Z4CA 1LWCA 1RBRA 1QTMA 4CHZA 4M3WA 4ZHRA 2Y1IA 3SI6A 2QKBA 4O55A 4GMJB 2O4IA 5HLFA 4JS5A 2X6SA 4CJSA 3CQ8A 2Q3SA 1T03A 4CEOA 1REVA 4CEDA 4CF0A 5HRNA 1EX4A 3KKSA 3LP3A 3KLEA 4OVLA 3AO3A 3NBPA 1YTAA 3JSMA 4RW9A 4DU3A 3HVTA 3QESA 4EZ9A 5HROA 1J5OA 2YHBA 3TABA 3KLGA 4CEEA 4E1MA 1S6PA 4MFBA 3SUPA 3DRRA 5HBMA 3PO4A 1NK4A 1HMVA 1HYZA 1JXBA 3BGRA 3M8QA 4CJ4A 1UA1A 4CESA 3TAMA 1SUQA 2JGUA 4NYFA 1BIZA 4FLVA 4FJGA 3AA4A 3V9SA 3LPUA 1CZBA 1LWEA 3NF8A 3ZSYA 3AVKA 1NK9A 4DSLA 4FJXA 4QCLA 4PY5A 4XIUA 5SZTA 3K5LA 1U45A 4ID1A 4DSKA 1YTUA 1TVRA 3THVA 1ZBLA 2BDPA 3QERA 4FJ9A 3ASMA 3L8BA 4CJRA 1BI4A 1QS4A 1DTQA 4I2PA 1HQUA 4B3OA 1JXEA 2ZD1A 2KFZA 3AVHA 4G1QA 1NOYA 4TSXA 4KHNA 4LSNA 5DMRA 5FRNA 1QE1A 4CGGA 1FXXA 3K5OA 3L2WA 3TWHA 3KK2A 2D0AA 4C8KA 3VQCA 3LAMA 4FJNA 1FKPA 4Z4HA 5JS1A 1C0TA 1B92A 1TGOA 4LY7A 3G0ZA 1N5YA 1C0UA 4E7JA 3DLBA 4KB1A 4CJFA 1MU2A 3MXJA 3ZT0A 4OGCA 4PUOA 1VSMA 3K58A 4FJKA 1CXQA 4BWJA 4Z4GA 1LAWA 2ETJA 4CHOA 4DFJA 4IG0A 3IRXA 1RBSA 4B9NA 3OVNA 3C6TA 4ZTFA 3SUOA 3HO1A 3M8PA 1SV5A 3WNFA 2G8UA 1RT7A 2HW3A 4M3TA 3QIPA 1QHTA 3K57A 3A2FA 5J2MA 4N56A 3BDPA 4FJ5A 3VA0A 4CE9A 3P83D 2XY8A 4FJJA 3F73A 4HUEA 1RBTA 2YNGA 3CFOA 3WNGA 4CGJA 4CK2A 1KVAA 3VQAA 4F3TA 4CJEA 4CJWA 3KD5E 1FK9A 3RR8A 3OYCA 3SQ1A 4DTNA 3V81A 3RMAA 3QO9A 2G8VA 2F8TA 2I5JA 4CFAA 3MXMA 2DY4A 3VN5A 4DU4A 4DTPA 1EETA 3H08A 4CHNA 4DS4A 3SV3A 2FC0A 4Z4EA 2DTUA 4CJLA 4DSIA 1WSGA 4C8OA 3PUFA 3ALYA 4W5NA 4DQRA 1VRTA 1B9DA 4CGIA 4CJKA 2G8KA 3KLFA 2Y1JA 3QEIA 2FBXA 1L3VA 3E01A 4Y1DA 3AVIA 2E6MA 2KZZA 4M41A 2Z1IA 4DTOA 3C6UA 2KFNA 2XY7A 3AA2A 3KK1A 1Q8IA 3TI0A 3SUNA 3NH1A 4DF4A 3VQDA 1D5AA 1XHXA 3CYMA 1HJRA 2O4GA 1SL1A 3HT3A 3L2RA 4EP5A 2PYJA 1C6VA 2HHQA 3LP1A 4E7IA 2GV9A 5J2PA 3TAQA 1S1TA 4ELTA 3OY9A 1RCHA 1LW2A 4C8NA 1WAFA 2RF2A 3CFPA 4FJIA 4Q5VA 3V1OA 4OPJA 1JL2A 1IKYA 2IDOA 3VQ4A 3P1GA 4FM1A 2KZMA 3HL8A 3L3UA 2BE2A 4EP4A 4CF2A 1L3SA 3OYJA 3WNHA 3M8SA 1NK5A 1UA0A 4FXDA 1ASUA 1ASWA 1K6YA 1KCFA 3V9ZA 1BHLA 3C94A 5HRPA 4F8RA 2AJQA 3MEDA 4W5RA 1IKXA 2WONA 3QLHA 1KVBA 1X9WA 1VSDA 4C8LA 4KI6A 4MQ3A 3ZT3A 4I7FA 5HP1A 1VSEA 4FLXA 1ZYQA 1CXUA 1ZBHA 1TK0A 3NH2A 2OZSA 2ATQA 3RMDA 1RBVA 1I3AA 5CYMA 1LWFA 2YNHA 3O4NA 4CHQA 2OPRA 3SPYA 3SQ0A 4KB0A 2OZMA 4DS5A 1IKVA 4CJQA 1NK7A 3HYFA 5FDLA 4O44A 1KVCA 2B5JA 3ZSRA 2IOCA 3OYAA 2XHBA 3SUQA 1A5XA 3DMJA 4M45A 3IAYA 1VSIA 4NCGA 3D45A 4DMNA 3VQ5A 3V9UA 3QETA 1UWBA 4CHYA 3AVAA 4DTMA 1GOAA 3VQQA 1RTDA 3NE6A 4BWMA 3ZT2A 1RDBA 5KTQA 1Q9YA 1KRPA 3OS1A 1L3UA 1S5JA 3S3MA 4DQIA 3DOKA 1NOZA 1JLQA 4HCBA 4KTQA 1U49A 3ZSOA 3LWLA 1U48A 2VWJA 3ZSXA 4B9LA 4Z0UA 3AVNA 3HPHA 2HHVA 2X78A 3MXIA 4R5PA 3HXMA 1KFSA 1WAJA 1KSPA 3VQ9A 4FLZA 4CFBA 1WN7A 2PY5A 1WSFA 1Q9XA 1BCMA 4JRQA 4FJ7A 4KREA 3ITHA 4RW4A 2RPIA 2P1JA 3VQ6A 5FRMA 4CEQA 1RT6A 2VG7A 2HHSA 4CK3A 2XRIA 4AHUA 4DG1A 4KHYA 4HHTA 4B9UA 3O3FA 2W42A 3DLEA 4YFUA 1A5WA 1D8YA 2KW4A 3AO2A 4IG3A 2HVHA 1RT5A 2YNFA 4FJ8A 3OYHA 1RTJA 2FBVA 4CEAA 1KLNA 3C95A 4OGEA 2GUIA 4DF8A 4KTZA 4PWDA 1RT4A 1KLMA 3VQBA 3L2QA 3ZT4A 3O3GA 4KAZA 2OPQA 3KKRA 4ZTJA 1XHZA 1T8EA 1DLOA 3AA5X 3HP6A 4DLGA 3AO5A 3NF9A 5SWMA 4FK2A 4FK0A 3O3HA 2XY5A 3KTQA 1TAUA 4J2DA 1JLAA 1X9SA 1EP4A 4OJRA 4CIGA 4KHWA 1XC9A 3HK2A 4AHRA 4IKFA 2HHWA 2YKNA 1JLEA 3G10A 3OYEA 3V9WA 4DFMA 3QEWA 2XO7A 2G8IA 4CF8A 4W5OA 4FM2A 3IG1A 4B9SA 3AO1A 1VSFA 2F8SA 1BGXT 4CJUA 1VK0A 2A1SA 4CJPA 4HUGA 1BQMA 5C24A 4BDZA 3I0RA 2B4JA 1RBUA 4H8KA 3NH0A 3U3GA 4CK1A 3ZSWA 3EYZA 2JLEA 4HUFA 1D9DA 4JS4A 3T1AA 4I9QA 1W9HA 2EX3A 3AA3A 3LANA 5JS2A 3VQEA 3PV8A 1IO2A 2NUBA 1QSLA 2ZE2A 4PQUA 5T7BA 3AVCA 1S1XA 3EY1A 4KI4A 4C8MA 1C0MA 3JYTA 1JL1A 3MAQA 5D3GA 4J2AA 2P5GA 1QQCA 4E1NA 3RMCA 4ELVA 1N6QA 4N41A 2YNIA 3OYIA 3K2PA 3P5JA 1ZBIA 4CJ3A 4J2EA 3D0PA 4FK4A 1RT1A 1JLCA 1LAVA 2OPSA 3ZSVA 2P5OA 3QIOA 3VQ8A 3CM6A 4ELUA 3HP9A 1G15A 3V6DA 3DOLA 4B8AB 3DRPA 4CEBA 2HMIA 4DTXA 4AHVA 3NAEA 4QAGA 1QSSA 1U4BA 3K5NA 2FBYA 2VG5A 1XI1A 3L3VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W5TA 4CJ5A 5J2NA 3NHGA 2VQEK 1JLGA 1ZBUA 1GLDG 2HOEA 3CM5A 4BR4A 4BRQA 4KHSA 3CG7A 3HRGA 4AF1A 2G8HA 2YJEA 2NRTA 1BWFO 2B6AA 4JKAA 1W97L 4AM6A 1RILA 3RMBA 1FW6A 1NMDA 1KC8O 3AO4A 4H4MA 1NKCA 1HNVA 4J2BA 2P9SA 4IXCA 4M3YA 3IMXA 4A2BA 4CFCA 1IG8A 4ISFA 4BC3A 1Z25A 4N5SA 3WEEA 3VGMA 3S3OA 4YOWA 3BF1A 2Q97A 3LDNA 4PA1A 1RNHA 4O5BA 3T19A 5M1QA 4X65K 1A5VA 4GV3A 4K25A 3IFRA 1T6CA 4I2QA 5AQYA 2UXCK 3CJ1A 4QS7A 1CZ9A 4GNIA 3BEXA 1TK5A 1IH7A 4N76A 4FJHA 4FLTA 4E7LA 1RGIA 5KRSA 3I8DA 4PKGA 4ID5A 1LV5A 1RFQA 2D0PA 3OS0A 4JK9A 1U2VB 5LJVA 4K8XA 5JICA 3MEEA 3V1QA 1U04A 4Z4FA 3LM2A 1GLEG 1NGGA 3FZMA 4CHPA 1BCOA 3ULEB 3GG4A 2P51A 3QNNA 1KTQA 4UQGA 3T69A 4H4OA 4QS9A 1S9GA 3OYFA 1NK6A 4DKWA 1K8AO 4KO0A 2GX9A 3SV4A 1WBDA 4BRFA 4J8FA 2O8EA 1VQ7N 3VGKA 2P9PA 1JKHA 2BUPA 5CZ1A 5CR4A 4CERA 2WTUA 1NBWA 4M3UA 1HYVA 4FJMA 3ZX3A 5KGWA 4C23A 2QWMA 3M8RA 1HNIA 2E4LA 4WQ4C 3O08A 3A8YA 1W0HA 4OPAA 4DV5K 1NGDA 3O9RA 4W5QA 3SYZA 4F9OA 3HZ6A 4JLHA 5C42A 1VRUA 1IKWA 4YHHK 5BRHA 3CPWM 4QOZB 4KFBA 5AZJB 4OX9K 2YX6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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