1J53A

Structure of the n-terminal exonuclease domain of the epsilon subunit of e.coli dna polymerase iii at ph 8.5
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
174
structure length
174
Chain Sequence
RQIVLDTETTGMNQIGAHYEGHKIIEIGAVEVVNRRLTGNNFHVYLKPDRLVDPEAFGVHGIADEFLLDKPTFAEVADEFMDYIRGAELVIHNAAFDIGFMDYEFSLLKRDIPKTNTFCKVTDSLAVARKMFPGKRNSLDALCARYEIDNSKRTLHGALLDAQILAEVYLAMTG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for Proofreading during Replication of the Escherichia coli Chromosome
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
molecule keywords DNA polymerase III, epsilon chain
total genus 58
structure length 174
sequence length 174
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1j53A00
4AHCA 4CJRA 3SQ1A 1XWLA 4CGHA 4FJGA 1JLAA 4CEDA 2OA8A 4FJMA 4FYDA 3SV3A 1U4BA 3NAEA 1JLGA 3DI6A 4OLBA 4KHUA 4ZTJA 1BHLA 4AH9A 1QE1A 3CFPA 3U3YA 4FLTA 3VN5A 3SYZA 4FJIA 1EX4A 4CF2A 3JSMA 1UA0A 4E7IA 2DFEA 2X6SA 3HPGA 3CG7A 1D8YA 1VRUA 1YT3A 3KK2A 4DSEA 2YKNA 4CECA 2HW3A 1QSYA 4PQUA 1XI1A 4I2QA 1IKXA 2BGGA 1U49A 2VG6A 4HUFA 2EX3A 4Z4FA 1TKTA 4LH5A 1YTAA 3NF6A 4C8MA 3TARA 3TAQA 4DLGA 4M3WA 4M3YA 4IKFA 3AVBA 1LW2A 2ZQBA 1NK8A 4F2RA 5K14A 3PX4A 3KLHA 3V1QA 3O4NA 1WSJA 3QO9A 4BE1A 2VWJA 4DU1A 3V6DA 1KFSA 4CJ3A 3TANA 1QSLA 1TKZA 3ZSYA 3SJJA 2B4JA 4H4OA 4B8CA 4DF8A 4NYNA 4FJHA 4MQ3A 3QNNA 1XC9A 3AVAA 4KO0A 1CXQA 1UOCA 1U45A 3ISNC 4GVMA 1KTQA 2WONA 4M3TA 1HYVA 3CFOA 1HRHA 4FLUA 1BIUA 5J2MA 2XY6A 3WNFA 3QEWA 3DYAA 3K58A 2DFFA 4E89A 3EY1A 3SCXA 4BE0A 1HNIA 4CK1A 3RMBA 1XHXA 3OJSA 1RTJA 4FLXA 1NKBA 4DFKA 1HQUA 4Y1CA 5J2QA 2AJQA 3QIPA 4BDYA 1RCHA 3SNNA 3UIQA 3HM9A 1S6PA 3ASMA 4DS5A 3KD5E 2G8WA 1W0HA 3KLFA 4ELVA 3LZIA 4F4KA 3HVRA 3AO3A 4FLYA 4KREA 4FW2A 1TGOA 3CQ8A 1X9WA 4I7FA 4OVLA 2A1RA 3BDPA 4IFVA 1C0MA 3U6FA 1LW0A 3RTVA 3S3MA 2G8KA 3IG1A 3HL8A 4E1MA 4EP4A 4L8RB 3AVLA 2ETJA 1JL2A 2OPQA 4LSLA 3ZCMA 3KLIA 4KTWA 4OGCA 1TV6A 2OPPA 3NBPA 4CFCA 3ZT2A 4HUEA 1B92A 3B6PA 3L3UA 1NK9A 4FZXC 3K5OA 3M8RA 4FLWA 1C6VA 3DMJA 1T05A 1KRPA 4DSLA 1FKOA 4DTPA 1IO2A 3DRPA 4FLVA 1ZYQA 4FLZA 3O3GA 1QS4A 4RG8A 4J2AA 3SV4A 3FFIA 3IRXA 1WSHA 4B9MA 1RBUA 1GOBA 1X1PA 2Q3SA 3MEGA 4OKEA 4ZHRA 2IDOA 3VQ9A 4KTZA 4CJVA 3T3FA 2HMIA 1C1BA 4B9LA 3CM6A 4NCAA 3KIOA 1C0TA 1LWEA 4CFBA 4YFUA 4BACA 3MEDA 1BCMA 1S1UA 4OGEA 2PYJA 4KHYA 4FCYA 2HHUA 4CJWA 1IG9A 4FJ9A 4KI6A 4CF0A 4AHVA 4CGIA 4DTNA 1S6QA 3I8DA 1LWFA 3HP9A 2YV0X 5DK5A 2B5JA 3EZ5A 4DFMA 4YNQA 4W5NA 1C1CA 3NDKA 1HPZA 1VK0A 4FM2A 4N47A 3AV9A 3KKSA 3C95A 3ZSZA 5SZTA 4RW8A 1Q9YA 4ELTA 3KJVA 3NE6A 1RBRA 2KQ2A 3AVNA 1SKSA 4KB0A 2HNDA 1B9DA 3ZSWA 4ID5A 3D0PA 5KRSA 1U48A 1BL3A 1REVA 2DFHA 3K5LA 4IFYA 3DLRA 1NK4A 4FJNA 5HP1A 2QKBA 1O1WA 3SQ4A 4F3OA 3AO1A 4Q0BA 1RT2A 1ZBLA 1NJZA 3RR7A 3F73A 1RDCA 3SUPA 4J2DA 3HXMA 3V1RA 1NKCA 3PX6A 1ASVA 1J54A 4WE1A 3SUQA 4CESA 1WSEA 4ZTFA 2G8HA 1LAWA 4R5PA 3CM5A 1RBSA 3WNGA 4FJJA 3RRHA 3NH1A 3AO5A 1WAJA 3DLEA 2D5RA 4DFJA 2PZSA 3LP1A 1QQCA 1NK0A 1NOZA 1TL3A 3VQEA 3QEVA 1RNHA 3OS1A 2RN2A 1HYSA 1ASUA 1SUQA 1VRTA 4B9SA 4O55A 3L8BA 1NK5A 4FK0A 4BDZA 3I0RA 3QESA 4DU4A 2F8TA 1EKEA 2KTQA 3S3NA 2YNGA 5CZ1A 4CFDA 3RMDA 1T7PA 4F3TA 2NUBA 2HHTA 4CIFA 3NFAA 3TAEA 3LDSA 4PA1A 1TK8A 4F2SA 1VSMA 4KHWA 4CGFA 4Z4HA 2HHSA 3HYFA 3U3GA 4M41A 4DTJA 3VQ4A 4W5OA 3PO4A 3HVTA 3RRGA 2HHXA 1KCFA 1KSPA 3NF9A 2QK9A 4QAGA 4DSJA 4KRFA 3RWUA 4CF8A 1RT6A 3KKRA 4AHSA 1JLCA 2KFZA 3AVGA 1DTQA 2OZSA 1B9FA 1WSIA 3PO5A 2KFNA 1HYZA 2BE2A 3VQ6A 1BCOA 4CGDA 4DFPA 5HROA 4FXDA 1JL1A 3QERA 4AHRA 1I39A 1VSFA 4I2PA 3KTQA 2HB5A 1KVCA 2X6NA 4DSIA 3RMCA 3LP2A 4O5BA 3VQBA 1X9SA 5KGWA 2XO7A 3HP6A 1L3UA 4O4GA 3NHGA 2YNFA 3MXIA 3LAMA 2HVIA 4Y1DA 4DMNA 1WSGA 1WN7A 3OYAA 3P5JA 4OPJA 2QKKA 3ZT0A 4CHPA 5C42A 4IDKA 1R0AA 4CJKA 2Y1JA 1S1XA 1S1WA 1T8EA 1VSIA 2HHWA 4CK2A 4Q5VA 4CHNA 3OYMA 1A5VA 1JKHA 1ZBUA 3LP3A 4AHUA 4DG1A 2G8VA 4ID1A 3ITHA 3F9KA 1NK7A 3TWHA 2ZE2A 2HNYA 5CYMA 1ASWA 4HHTA 3AVMA 3O3HA 1WNSA 4KFBA 2W42A 2IS3A 1U47A 4DLEA 1RBVA 1SL1A 2KZZA 4ICLA 3OY9A 2D0AA 2OPRA 3A2FA 1HJRA 1FXXA 3AVHA 4DSKA 4JRPA 3RR8A 5KGXA 4O0JA 4E7KA 2O4IA 1CZ9A 3C94A 2Z1JA 2YKMA 4DQRA 4DQPA 1BIZA 1QHTA 1A5WA 3OYHA 2FBTA 4CEOA 3KLGA 3E01A 4B9UA 3VQQA 3OYLA 4KTQA 4Z4EA 3DRRA 3H08A 5HRSA 4UQGA 2XY8A 3T19A 4JS4A 4Z0UA 3S3OA 1BQMA 1RDBA 1LAVA 1WSFA 1ITGA 4HVJA 3PY8A 5HRNA 4DQQA 3ZT3A 3AO4A 4JS5A 1HQEA 4DTRA 4M42A 4E1NA 3D45A 3L2RA 3SPZA 1L3VA 3DOLA 1TK0A 3TR8A 4FZZA 3HK2A 2X74A 3THVA 5JS1A 3C6UA 1F21A 2PYLA 4CGJA 1Z26A 3IAYA 4C8KA 2G8FA 3AVCA 4N5SA 3DOKA 4FJXA 5J1EA 4OPKA 3EYZA 1NOYA 2RKIA 3I0SA 1DTTA 3L2VA 3LP0A 4PUOA 4F8RA 3SUOA 4BDPA 2HHQA 5D3GA 4M3UA 3HJFA 1SL0A 2E4LA 4CJUA 1J53A 1CXUA 4RW4A 2KZMA 3NGYA 3SPYA 3OYJA 3KK3A 1JLQA 3M8QA 4CEZA 4CEBA 4DSFA 3O3FA 4KHSA 4DTSA 1KVBA 4B9NA 3ZSXA 3M8SA 1VSJA 4M3RA 1LWCA 3ALYA 2RPIA 3VA0A 3P83D 5KTQA 3V4IA 3QEXA 3L3VA 4CE9A 1IH7A 3AA5X 3DLHA 2D0BA 4CF9A 4FVMA 1JXBA 1Y97A 4O44A 4KI4A 1J9AA 1RTIA 3TAFA 3MECA 2BDPA 3KK1A 4DWIA 2OPSA 2XY7A 3IS9A 1TAQA 3LWMA 3SQ2A 5I42A 5FRMA 4Z4GA 1Q9XA 1N5YA 3QNOA 1A5XA 1TKDA 3P1GA 4C8LA 4XIUA 4FM0A 4E7HA 3LPTA 4MFBA 1ZBFA 3WNEA 2Z1HA 4O0IA 2F8SA 4GW6A 4M3XA 5C24A 3MAQA 4DTOA 4EZ6A 1RTHA 1C0UA 3WNHA 1VSDA 4J2BA 2ATQA 3NCIA 3M8PA 3TABA 4K8ZA 1IKYA 3AVKA 3VQ5A 3G10A 1IKVA 1BGXT 1EP4A 3V1OA 1KLMA 3AVIA 5HRRA 3LWLA 1D9DA 4JRQA 1RDAA 4W5QA 4LSNA 4CJPA 3MXJA 4M45A 4B8AB 3SZ2A 4E0DA 2X78A 3T1AA 4CJEA 4FJKA 1GOAA 1Z25A 1L5UA 3AA2A 4FK4A 4KB1A 3DLBA 4E3SA 2E6LA 2KW4A 4N41A 2RF2A 3DM2A 5J2PA 5FRNA 2Z1GA 2VG5A 3VQCA 2P51A 1FKPA 4IBNA 5T7BA 4E19A 4DF4A 2GV9A 3OJUA 1RT7A 4B9VA 3V9ZA 4FJ7A 1X9MA 4W5RA 5DMRA 2IGIA 2YHAA 3K57A 4DQSA 4HCBA 4PWDA 3OVNA 5HLFA 4NYFA 4BWMA 4J2EA 1RT1A 1SKWA 1XHZA 1D5AA 3TAGA 1BQNA 3NGIA 3KLEA 3LPUA 1NJYA 3OYEA 4B3OA 4I9LA 4N56A 1VSHA 1DLOA 1CLQA 4K8XA 3C6TA 3V9UA 4CHYA 2IAJA 2ZD1A 2FBVA 1TL1A 1KFDA 4IG0A 4CJQA 3V81A 2QXFA 1RTDA 2P5GA 1G15A 2A1SA 2VG7A 2XRIA 3ZT1A 3VQ8A 1MU2A 3QLHA 5CZ2A 1S1VA 3QEIA 3SI6A 1RDDA 2EHGA 3MXMA 1JXEA 1U04A 3SQ0A 1LV5A 1S9GA 4CFAA 3OYNA 1WAFA 3K2PA 3QINA 3PX0A 2P5OA 1QTMA 2FC0A 1L3TA 4C8NA 3HPHA 4CEQA 4ELUA 2YHBA 2YNIA 3DRSA 2Y1IA 4CHOA 3QEPA 4KHQA 3O4QA 4B9TA 4CJSA 2R7YA 4TSXA 1W9HA 1NKEA 4QOZB 4E7JA 4FK2A 1UAXA 1KLNA 4CJLA 2Z1IA 3BGRA 5JS2A 4CJFA 3OS0A 3TI0A 2HVHA 1VSEA 2IOCA 4CHZA 4KHNA 1SV5A 2DY4A 5I3UA 1VSKA 1TK5A 1K6YA 5CYQA 1BISA 2JLEA 4W5TA 2P1JA 4IG3A 5J2NA 4PY5A 2E6MA 1S1TA 1HMVA 3HSTB 4LY7A 3VQDA 2OYQA 3OYBA 4KPYA 1NJWA 1SL2A 1I3AA 3K59A 3S9HA 2HHVA 1TAUA 4FJLA 4HUGA 3V9XA 4DU3A 1HNVA 1L3SA 1ZBHA 1JLEA 4E7LA 4FW1A 4CERA 4HTUA 3ZSRA 3TAMA 2OZMA 3ULDA 3SUNA 4LH4A 1YTUA 4LD0A 2LSNA 3ZSQA 3RMAA 2FBXA 2IC3A 3NH0A 1C1AA 4CEAA 3OYFA 1RBTA 3NH2A 1RT3A 2VWKA 3AA3A 3V9WA 1SKRA 2HNZA 3VQ7A 4OJRA 4CK3A 4EZ9A 4G1QA 1S9EA 3AVFA 4H4MA 4CGGA 3K5NA 1UA1A 1NJXA 4I9QA 1GOCA 3DLKA 4AILC 1RILA 2BANA 3K5MA 2G8IA 4CEEA 4AHTA 1JLFA 3CYMA 1JLBA 3HPOA 4C8OA 1UWBA 5E41A 4FZYA 4FJ5A 4N76A 3DLGA 1KVAA 1YVUA 2F96A 4JLHA 2I5JA 5C25A 5FDLA 4FJ8A 4KV8A 1CZBA 4CCHA 1ZBIA 4FM1A 3JYTA 3OYDA 3AO2A 4OKKA 5HRPA 3HT3A 2GUIA 1RT4A 3L2WA 4DTMA 1BI4B 2PY5A 1NK6A 3KD1E 3V9SA 4HCCA 1EETA 1TVRA 5FROA 3PV8A 4CJTA 4B08A 2B6AA 2GBZA 4CF1A 2XHBA 4DS4A 1RT5A 3VA3A 2O4GA 5KRTA 3OS2A 3OYIA 3LANA 3AA4A 3PUFA 3ZSVA 3HO1A 1Q8IA 4KAZA 3L2UA 1BI4A 4DQIA 4M3ZA 1FK9A 3NF8A 3TAPA 1QSSA 4Z4CA 4CIEA 2ITGA 5HBMA 2XY5A 3LZJA 3MEEA 5SWMA 5CY4A 5KI6A 2YNHA 4GMJB 3AVJA 4DTXA 1J5OA 3LALA 3OYGA 3QETA 3L2QA 3B6OA 4NCBA 1T03A 3NF7A 1WLJA 4OLAA 4OKJA 2JGUA 1D9FA 1IKWA 1EXQA 4CIGA 3G0ZA 4RW7A 4BE2A 4CEFA 4BWJA 2FBYA 4CHQA 4CJ5A 3OYCA 2D0CA 4NCGA 4DTUA 4Z4IA 4EP5A 2WOMA 4RW9A 1S5JA 3OYKA 1TKXA 3ZT4A 3VQPA 1N6QA 2DTUA 2G8UA 3LAKA 3NGZA 4RW6A 3QIOA 3CFRA 4H8KA 3VQAA 4CJ4A 4QCLA 3ZSOA 1VSLA 4KKOA 5EU7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AHCA 2P9KA 3SV3A 3DI6A 4DQ8A 4KHUA 1BHLA 3CFPA 3U4LA 2UUAK 4FLTA 3VN5A 4E7IA 2X6SA 3CG7A 4H5TA 4PQUA 2BGGA 4I2QA 1Q86O 1U49A 2EX3A 3DJCA 3VOVA 3TAQA 4M3YA 4IKFA 1LW2A 2YCHA 5BN9A 3PX4A 5LMUK 3O4NA 4DU1A 2HSTA 3V6DA 5KQ8A 3AAQA 4CJ3A 3ULEB 2B4JA 2P9UB 4NYNA 1XC9A 3AVAA 4KO0A 1CXQA 3TTCA 3JAMO 2WC9A 4L3QA 1T44A 1HYVA 1HRHA 3EEQA 4FLUA 4DUYK 4HWIA 2XY6A 3K58A 4EAHD 2DFFA 1HNIA 4CK1A 3RMBA 1XHXA 1ATRA 4IO8A 5AZIB 2JWKA 1HQUA 3W3DA 5C2FA 2QI2A 3QIPA 4OPHA 3EN9A 1JCFA 2G8WA 3KLFA 1YVNA 3J7ZO 4K25A 3LZIA 3HVRA 4FLYA 1YI2N 1M1KO 3AY9A 1X9WA 4GV6A 1ZC6A 1OVYA 3BDPA 4IFVA 1C0MA 3U6FA 2NRRA 2HOEA 3I8BA 4M3TA 3AVLA 2OPQA 1JJ2M 3PLAA 5GAGP 1NU0A 3EZWA 4FZXC 1YAGA 3M8RA 4FLZA 4J2AA 3SV4A 3FFIA 1GOBA 1XMOK 2HMIA 3CETA 1E4FT 1GLFO 2IDOA 3CM6A 1C0TA 1BA1A 4KHYA 4B3RK 4FCYA 4CF0A 5AQKA 3HP9A 2YV0X 4DFMA 2B5JA 5AR0A 4NXNK 3HM8A 1C1CA 4JKAA 3O08A 1RDUA 3NDKA 4BR5A 1OKJA 4N47A 3ZSZA 5SZTA 5LL6Z 3KVGA 3NE6A 2KQ2A 3E9PA 4A2BA 3D0PA 3WXIA 1BL3A 3TSUA 4IFYA 3R9PA 4Q0BA 3ZETB 3F73A 2G8HA 4CESA 4A61A 4FJJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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