3DXMA

Structure of bos taurus arp2/3 complex with bound inhibitor ck0993548
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
414
structure length
399
Chain Sequence
GRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKEVMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSKPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
publication title Characterization of two classes of small molecule inhibitors of Arp2/3 complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 3
total genus 130
structure length 399
sequence length 414
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 3dxmA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dxmA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dxmA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3dxmA04
2P9SA 2P9LB 3CJ9A 1J6ZA 3VPZA 4AM6A 2KHOA 3B8AX 5BREA 1Q18A 1HLUA 1GLEG 5JLFA 3DJCA 3ZETA 3I8BA 4CZGA 3AARA 5AQKA 5EX5A 3O4WA 4EFHA 5AQSA 3J8AA 4PKGA 1GLBG 4MO5A 5FPDA 5AQXA 3H46O 2VYPA 4FWOA 4EAHD 1NGCA 2P9PA 4BVOA 2QWLA 3HI0A 5I9EB 3U8XA 5KPZA 4C23A 2Q0UA 4FOEA 1IG8A 4BRGA 3QFUA 1HKCA 5AFUH 3TPQA 4FO0A 3UE5A 2FSKA 3VOVA 4DQ8A 4IXCA 1QQNA 3FE1A 2AA4A 4Y0WA 4FWQA 3O08A 3LDPA 3ZX3A 2VCPA 2ASMA 3ZEUA 2P9NB 2WUSA 5BRDA 2P9IA 3S41A 5FPNA 1BO5O 3CETA 2D0OA 4IO8A 4RWTA 4H03B 4BG9A 2GEMA 3VENA 1ZC6A 4BC4A 3JXUA 1C0FA 3W0LA 1X3MA 2Q2RA 5ADXA 2QWNA 1ATRA 3VEZA 1R59O 2DPNA 3KHYA 5CE3A 2V51B 2YHWA 4CBUA 5AQRA 4EIAA 4JD2A 4BRIA 3BEXA 3AAPA 5AQMA 5ELZA 4JHDA 1KXPA 1S3XA 1LCUA 3HTVA 2W41A 1ZBSA 4ISFA 1TUUA 3EN9A 4FSVA 4RTFD 2YHXA 1C0GA 2E8AA 5AQOA 3H45C 2YHYA 2FSNA 3O80A 1WUAA 2ASOA 4BQZA 5AQZA 4GY2B 4CZEA 3QFPA 3A5OC 3AAQA 4CZJA 1YXQA 4BR0A 4BRCA 4H0PA 1XQSC 1E4GT 5F0XA 5F1XA 4CD1A 4I6MA 3D7EO 2QWOA 3UKUB 4ISEA 4NO7A 4BREA 4BRAA 3WQTA 4MLHA 3RSEB 5AQWA 2D1KA 2ASPA 2V52B 2E2OA 3CQYA 2Q1NA 4JAXA 3LM2A 3FZHA 3ENOA 1ESVA 2P9SB 1HX1A 3P4IA 3VEVA 4WYBA 4BC2A 2FLOA 1QQMA 2E20A 3O1BA 1HKBA 1GLAG 3R8EA 5BRFA 4BR2A 1HPMA 3MN7A 1QHAA 4B9QA 3F9MA 4BRNA 1NGJA 5KPTA 4K25A 2P9PB 1BA1A 2QWQA 5FPMA 2NRHA 5BRHA 1SZ2A 3W3DA 1Z05A 2GUPA 3U4LA 1BUPA 3KZBA 4BQLA 3CJAA 5AQTA 2IVOA 3DWLA 1U6ZA 3QMLA 3WQUA 4BC5A 3GE1A 3L4IA 3MDQA 4O8KA 3LDNA 4FWSA 2E2NA 2F9TA 5F2RA 2V7YA 5AQYA 1V4TA 3VEXA 1GLDG 2QM1A 3ZEUB 2YCHA 4CBWA 1NGHA 2P9IB 4HWIA 5AQPA 2PBDA 4H0YB 2CGLA 1ZXOA 5AQNA 1MA9B 1YAGA 1S22A 4BR4A 3D2FA 4PKIA 4FPAA 3WXKA 4JNEA 4CZKA 2IIRA 4DCHA 3A5MC 1RFQA 5JMVA 1QQOA 2VWBA 3FZKA 3QICA 3H1VX 4JD2B 3UKRA 4JHDB 5E26A 3VEOA 5AFUA 1DGKN 4KBOA 1GLFO 3GBTA 4FWRA 4IJAA 4FWLA 5AQIA 1X3NA 5TKYA 4FWNA 2HMPA 2BUPA 3QB0A 5AQHA 4CZMA 2E2PA 3FZLA 1NMDA 4CZIA 4K43A 1NLVA 4YDUA 3SMPA 1NM1A 2Q36A 1NGGA 4H5RA 2D4WA 5ADXH 2Q0RA 4I6MB 5JICA 4CJ7A 3LL3A 5BR9A 3G25A 3H3NO 3ID8A 4K41A 5BPMA 4XH1A 4A61A 5EOYA 1ATSA 1BOTO 3WT0A 1T6DA 4MO4A 4BR5A 3U9ZA 4H0XB 2QXLA 3A5LC 2A40A 3FLCO 4IWVA 2A5XA 3FGUA 2A6AA 3ULEA 3MN5A 3CHWA 2YI1A 3CJ7A 1X9JA 4NB4A 1TUYA 4H5TA 1BDGA 1NGEA 3IMXA 5AR0A 3VGKA 3C0BA 3C7NA 1SAZA 3M3ZA 3M6GA 3IFRA 3VEWA 3O6WA 5AQJA 5KQDA 4BVPA 3EZWA 4B1UB 3R9PA 5BPNA 3DXKB 3LDOA 2V7ZA 1KAZA 4BRLA 3ZX0A 3A0IX 4CBXA 2HF3A 3IDHA 3VF2A 4F9OA 1LOTB 1DKGD 2FXUA 1RGIA 3CERA 3M1FA 1GLCG 4BR9A 3ZX2A 4A62A 2HF4A 4BGBA 2QWRA 4MLEA 3VF4A 4LC9B 4QS9A 5LJWA 3GDQA 4BG8A 4B1WB 3EO3A 3QBXA 1U2VA 1BWFO 3LM9A 4BRPA 3EL2A 3DXKA 2ZGYA 1P8ZA 4FWPA 3BF1A 2NLXA 2E1ZA 3D2FB 4CZHA 4CZLA 1WOQA 3CJCA 3GL1A 1RDWX 1V4SA 1YVNA 1Z6RA 2P9KA 3L6QA 1NGIA 4E1JA 3ATUA 1EQYA 2GWJA 4H5NA 5FPEA 2HOEA 2D0PA 3MN9A 4JN4A 1T44A 3QBWA 1OKJA 4ISGA 4Z94A 3UKRB 2Q97A 2A42A 2P9UA 3D2EA 3LDQA 4BGAA 4FWKA 3I33A 1GLLO 1G99A 2AP1A 2E2QA 3AY9A 2F9WA 3QDKA 4FWMA 3WUHA 1CZAN 2E1YA 1TYQA 1K8KA 4H5VA 4K42A 4GNIA 1JCFA 3WXLA 3CIPA 1Y64A 3KVGA 4WQ5C 4BC3A 4BRFA 3ENHA 3JS6A 5KQ8A 3BP8A 5AZIA 4B1ZA 1NWKA 3HBTA 4QS8A 5AQFA 2I7PA 3O5BA 4QS7A 4YDUC 3SJHA 4BRMA 3OHRA 5AQVA 2GWKA 5BN8A 1JCGA 2QW9A 2OANA 2ZWHA 3MMVA 4O5FA 2UYTA 1HJOA 2FSJA 4IJNA 3WXIA 3VEYA 4M63C 4A2BA 3CJ1A 3IUCA 3WEEA 3VGLA 4DHYA 1DEJA 2ITMA 1MWKA 2IVNA 2CH6A 5AZJA 3EKUA 2FF3B 3MK6A 4WQ5A 1BG3A 5AQGA 2YJFA 4PKHA 2P9LA 3ULEB 1MWMA 2IVPA 1NBWA 4FL9A 5E84A 4DB3A 1BA0A 3C7NB 4H0VB 3VGMA 3DXMB 1H1VA 1T6CA 1KAXA 2I7NA 5EXWA 3FZFA 1NGBA 3HSCA 4CI6A 5B8HA 5LJVA 3SMSA 3FR0A 1E4FT 3VERA 4FPBA 2BTFA 3SK3A 4CD3A 4H0TB 4WQ4C 3R6MA 4BROA 4H5WA 5EVZA 3A5NC 4IZ9A 3MCPA 1ATNA 1XUPO 2J4RA 2PAVA 4BRHA 4EHUA 3EKSA 4M7YA 4B1XB 3H6EA 4EHTA 3VESA 1YUWA 3MN6A 4BR7A 4A2AA 2P9NA 3DXMA 1QZ6A 2ZF5O 2EWSA 4PL7A 1U2VB 2A3ZA 3WXJA 3FZMA 4WQ4A 3BF3A 3HM8A 2GTDA 5AQUA 2GELA 2QWMA 2P9KB 5KPRA 3LDLA 3GG4A 4M7XA 3TU5A 1HKGA 3O8MA 2Q31A 1D4XA 2FF6A 4AM7A 4BRQA 1SQKA 2W40A 2CH5A 1JCEA 3H3OB 4HTLA 1NGFA 2P9UB 1NGAA 3D2EB 4RCHA 1IJJA 2NZTA 3H1QA 4FOIA 4L3QA 4XH5A 4CZFA 3VETA 2CGJA 1TYQB 1K8KB 5BPLA 3CQXA 2ZGZA 4BRDA 5JLHA 3CJBA 4BRKA 3U9DA 1HUXA 2E88A 3ATVA 1NGDA 3HZ6A 3UB5A 3DAWA 1MDUB 2A41A 2CGKA 3CI5A 4B1YB 5AZIB 3VF6A 1KAYA 4XEIA 3BUZB 1QZ5A 2H3GX 3ZETB 1BU6O 4XH4A 5LY3A 1GLJO 3UKUA 1XC3A 4B1VA 2YJEA 3A8YA 3SLCA 2QWPA 4H0OA 3FFKB 3O1WA 3WEEB 3RSEA 3L0QA 5AQLA 5AZJB 5AQQA 5BN9A 3GOIA 4PL8A 5EY4A 4J8FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CJ9A 5KRTA 1I3AA 4KO0A 2A1RA 2KHOA 2HHSA 4CZGA 5EX5A 3O4WA 2UUCK 1GLBG 2HVIA 1S9GA 3SUPA 4FWOA 3SAFA 2O4IA 3CM5A 2QWLA 3NGIA 1TV6A 3SQ2A 4OPJA 1TKTA 4WFNL 4AF1A 3KLIA 2HW3A 3AVMA 4BRGA 1EO1A 3T3FA 4KTWA 4OPHA 4FZZA 3VOVA 5DM6L 5J2QA 1QQNA 4YNQA 3SV3A 3O08A 4J2EA 3CCJN 4DFJA 2X74A 4C1NK 2WUSA 4IOXA 3VA0A 1VQON 2O8DA 5FPNA 1BO5O 1VSEA 1VSLA 3CYGA 1BQMA 1ZC6A 2VG6A 2WONA 1VQ6N 3JXUA 1S1VA 3CCSN 3OVNA 5CHIA 3SI6A 4LF7K 2OZSA 3RMDA 4OLBA 1X3MA 2Q2RA 3IRXA 3EZ5A 2QWNA 1R59O 1TL3A 2DPNA 2IC3A 5CE3A 2YHWA 4JD2A 1UAXA 3OYNA 3BEXA 3T19A 4RW9A 3AAPA 3LZJA 4JHDA 4DU4A 1S3XA 3RVCA 2W41A 1IKWA 4FSVA 2ZM6K 1C0GA 5AQOA 2YHYA 3O80A 1X1PA 4BQZA 5AQZA 2UXBK 2RF2A 4CZEA 1BI4A 2NRXA 3E66A 4BR0A 4H0PA 1XQSC 1E4GT 5C42A 5F1XA 4DU3A 3E9PA 2BGGA 2G8UA 3EYZA 3SBTA 1VQPN 3SJJA 2BH1A 4GKJK 3UKUB 3TAGA 4JI0K 2HVHA 4NO7A 4C1NI 1FKOA 1S5JA 3RSEB 5AQWA 1Q8IA 3VQCA 2E2OA 3CQYA 1KC8O 2Q1NA 3E1YA 4JAXA 4HUFA 2PY5A 3NAEA 4N41A 1C1AA 3V6DA 4RW7A 3SPZA 2FLOA 4NCGA 5GIPA 4DSJA 4I2QA 3RRGA 3TAQA 2GX9A 4PUOA 4CGIA 1S6PA 4BRNA 2P9PB 1BA1A 4OX9K 5FPMA 5BRHA 1SZ2A 3U4LA 3VQ6A 3CJAA 4NXNK 2HHHK 5AQTA 2X78A 3QMLA 2QKBA 3CFRA 4BC5A 4UY8O 3MDQA 1S9EA 4FWSA 4FVMA 2F9TA 4JRQA 1T05A 1SS6A 1RBRA 2F96A 2YCHA 3OYJA 2P9IB 3PSFA 2WC9A 3F2KA 3SBGA 1GOBA 3OY9A 3HP9A 3QIPA 2O8FA 5EU7A 4DV6K 3VN5A 4CESA 3PX0A 5M1QA 4X62K 4RW4A 3H1VX 2HSTA 1F21A 3LP0A 3KLGA 3NMUA 1DTTA 3UKRA 1DGKN 4CJWA 1GLFO 3GBTA 3L3VA 4FWRA 4ILGB 4DSKA 4FWLA 1C6VA 4CZMA 1HR0K 1NMDA 4CZIA 1YT3A 1JL1A 3RTVA 4K8XA 4IFYA 1HPZA 4DV7K 4YDUA 4JI1K 4LH5A 4OGEA 4H5RA 1UA0A 4FJMA 3QERA 1VQLN 3ID8A 2OZMA 1RDAA 3R3LA 1REVA 4HCCA 4XH1A 4Z0UA 4JI3K 1ATSA 4YOXA 1BCMA 2RPIA 3A5LC 2KFZA 4IWVA 4DTOA 3FGUA 4MQ3A 4CJRA 4WFAL 5MLCQ 3CHWA 2YI1A 3CJ7A 4YOWA 1BDGA 3VGKA 1NG9A 3M8RA 1RTIA 3EZWA 3SZ2A 3CCEN 4C8OA 3FFIA 4FJXA 2ZD1A 2F4VK 1A5WA 3SPYA 1Y97A 4CF8A 5JVGL 3ZX0A 3NHGA 4ELVA 4CBXA 3IDHA 3NE6A 3L2UA 5FRNA 2O4GA 4B9LA 3IG1A 3CC7N 3TABA 4LD0A 3VQDA 1WSHA 4BGBA 2QWRA 4MLEA 3SUNA 4OKKA 3WNFA 4QOZB 5LJWA 3GDQA 4BG8A 1VHXA 3EO3A 3LM9A 1BCOA 3P39A 5KGWA 2NLXA 1VQNN 2PYJA 4FZYA 1OH7A 1EWQA 3D2FB 1NMNA 3LANA 4M3YA 4CZLA 3CJCA 3GL1A 3O9TA 1LV5A 4KI6A 1L3SA 2P9KA 3L6QA 1NGIA 3ATUA 3HPOA 5FPEA 4LSLA 4GKKK 1NOYA 2D0PA 4RG8A 3QBWA 4KHYA 1NK9A 4CHZA 1K9MO 4FJJA 3D2EA 3LDQA 3M8QA 5DM7L 2G8WA 3V9ZA 2XRIA 1J53A 2AP1A 3AY9A 3QEVA 2NNWA 1VQ9N 1FKPA 1CZAN 1TYQA 2KZZA 2UXDK 3J80O 3KWIA 1NJZA 4N56A 4DTPA 4BC3A 1S6QA 1QSYA 3BP8A 5AZIA 3HBTA 3CCQN 5AQFA 1N6QA 3VQ9A 2IOCA 4QS7A 1SL2A 1C0UA 3OHRA 5AQVA 3PX4A 3PY8A 1OVYA 5BN8A 3HP6A 4OPAA 2OANA 3ZSYA 4C8NA 2HHUA 4Z4FA 3CJ1A 4DHYA 3B6PA 3DMJA 3NVKA 2CH6A 5AQGA 2JWKA 1BG3A 2ETJA 4KPYA 3OYIA 4FXDA 4IG3A 2IVPA 4Z4GA 5KGXA 3H08A 3NF6A 4A57A 4H0VB 2HHIA 3VGMA 3DXMB 3LPUA 3V1RA 3MCAB 4DFPA 4ID5A 5EXWA 4FK0A 3CCUN 3TWHA 4CI6A 5LJVA 3SK3A 3OYHA 3VQ8A 3AA5X 2W6KA 3ASMA 4WQ4C 2WTUA 4DV1K 3A5NC 1ATNA 4BRHA 2J4RA 4M7YA 3H6EA 3VESA 1YUWA 3MN6A 3QNNA 4JK9A 3OBYA 5A2QO 1Z26A 2KKZA 1U2VB 2JWLA 2A3ZA 4F3OA 4JS5A 4M3XA 4JLHA 3PUFA 1XMOK 2GTDA 1Q9YA 1VK0A 2GELA 1TKZA 3U6FA 2EHGA 5J2NA 1XC9A 4Q0BA 5KPRA 3LDLA 2JGUA 4M42A 2KLAA 4IEEA 1N5YA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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