3NF6A

Structural basis for a new mechanism of inhibition of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nf6A00
4CEZA 3MAQA 4F2RA 1S1XA 2D0BA 4K8ZA 4CEBA 2RKIA 1VSLA 4I9LA 4G1QA 1XI1A 2DFEA 4BE0A 3OY9A 3VQ9A 3AO4A 4E7KA 4Y1DA 4FCYA 1NKCA 3O3GA 1TKXA 3TR8A 3O3HA 1JLCA 4LY7A 4N56A 3ITHA 3LZJA 4NYFA 4CJFA 5SWMA 2HVHA 4CEFA 4CJLA 4DTJA 4PQUA 4CGGA 4B9TA 4CHZA 3SUQA 1TAUA 1KFDA 3C6TA 3L2WA 2QKBA 3VQQA 1S1TA 1WSIA 4DSEA 1CZBA 5C25A 4C8OA 4J2BA 4N76A 2ETJA 3PX4A 1EP4A 1KCFA 2DFFA 4HHTA 1RT4A 2Q3SA 4KFBA 1LW0A 3WNFA 4H8KA 3QESA 4B9UA 3DLKA 4FJNA 4HVJA 1L3SA 3SV3A 3QIPA 2ATQA 2KFZA 1TKZA 4CF1A 4KTWA 3NBPA 4FZXC 3SUNA 4CGIA 5CZ1A 1U47A 3RWUA 3P5JA 4L8RB 1NK6A 1UOCA 4FJMA 4CGFA 4DLGA 1XHXA 3QERA 1YTAA 5HRNA 4Y1CA 1HYSA 4CIFA 4BWJA 2P5GA 4CEOA 2B4JA 1GOBA 4CK3A 1D5AA 1U04A 3VQ7A 3LP1A 5HRPA 3G10A 3AO2A 4OJRA 2EHGA 4RG8A 2Z1GA 2FBTA 3CFOA 3G0ZA 3AA3A 3CG7A 3CQ8A 1ZBIA 3PX6A 3NFAA 2W42A 4KHUA 1S1VA 3TAMA 3S3NA 3HP6A 4ICLA 2Y1IA 1KRPA 1S1UA 3AVGA 1JL1A 1TKTA 1QSLA 4CHNA 2A1SA 4CJKA 4FJ7A 3S9HA 4AHVA 1JXEA 4E19A 5KRTA 1SUQA 4DTXA 1HRHA 4FJLA 4Z4GA 3L8BA 4HUGA 4O4GA 4HTUA 4FLYA 3BDPA 4M42A 3WNEA 4FLVA 3ZSYA 1NK8A 3AA5X 2HB5A 3VQBA 4E7HA 4CFBA 4ID5A 3QEVA 1IKXA 1NK0A 5KI6A 4EZ9A 4CEEA 4F2SA 1RBUA 1RCHA 3LANA 3ZCMA 3I0RA 3LDSA 3RRGA 3B6OA 4CGDA 1BI4B 1B9FA 5SZTA 1T8EA 4O5BA 4RW9A 3DLRA 1RT7A 2KQ2A 3SNNA 4KB1A 3PV8A 3ZSXA 4FM2A 3NAEA 3CFPA 2BDPA 2YHBA 3K5MA 5JS1A 4M41A 3ZSQA 1SV5A 3DLBA 2YHAA 3UIQA 3LAMA 3KLHA 3KLFA 3CYMA 3SV4A 1Q8IA 4CJQA 3RMDA 3SI6A 1C1BA 1HYVA 3OYFA 1BGXT 1L3VA 3SPYA 1NK7A 2FBVA 3M8PA 4FJXA 1RDDA 1WLJA 4CIEA 1Z26A 3PO5A 2OZSA 3DMJA 3AVKA 4W5OA 4ELVA 4AH9A 2ZD1A 1CZ9A 2QXFA 5KRSA 1LV5A 4NCAA 3M8SA 1XC9A 3RR7A 1S9GA 3ZSZA 1TK8A 1BIZA 4B08A 1BISA 1CLQA 2ZQBA 2PYJA 4IFVA 2DTUA 3V9ZA 4LH4A 4B9NA 2LSNA 2O4GA 1TAQA 2OPPA 4CJ3A 4IKFA 3ZT2A 1RT1A 2BANA 3QETA 5I42A 3OYDA 1IKYA 4F3OA 2IOCA 2EX3A 5DK5A 2E6LA 5E41A 1RBTA 1RTJA 5J1EA 1ASUA 1TV6A 4DQPA 1L3TA 4CHPA 4FLXA 3V9XA 3ZSVA 4DTRA 1JLGA 1VSMA 2HVIA 1KTQA 3OS1A 4CF9A 4I2QA 4OVLA 4E3SA 4KTQA 1ZBUA 1KVAA 1EXQA 3KKSA 2OPQA 1BL3A 4KREA 5HLFA 5C24A 3D45A 3K2PA 4CFCA 1NJYA 1NOYA 4E89A 4MQ3A 2YNFA 4Z4HA 1JL2A 4UQGA 1Y97A 3L2QA 1SL1A 4QCLA 2XO7A 3HXMA 3K5OA 4CJRA 3SYZA 3AVHA 3OVNA 4CFDA 1N6QA 4ID1A 2QKKA 3KD5E 1TVRA 2HHXA 4CJ5A 1ASWA 3QNOA 3VA3A 1HNIA 1WN7A 4CESA 3DM2A 4DTMA 2XY5A 3S3OA 1SKSA 4FJHA 3KTQA 4DSLA 2D5RA 1JLAA 4CK1A 4B9SA 2KZMA 1Q9XA 1RILA 4TSXA 4CHOA 4DQQA 3NF8A 3DLEA 3U3YA 2YKNA 4PA1A 4FW1A 3NH1A 4KV8A 2OZMA 1ZYQA 3VQ8A 4DFPA 4B8AB 1JXBA 1NK9A 3QEPA 3NF7A 3T19A 3K58A 4CGJA 5J2MA 4FK4A 4FM0A 3KK3A 1TKDA 1ZBHA 4DSJA 3L2VA 2AJQA 4DFKA 4OLBA 2A1RA 1RNHA 2HNDA 4C8NA 4CF8A 3JSMA 3CM5A 4JS4A 1KLMA 2FC0A 2HMIA 1VSJA 2HHTA 4I9QA 3DRPA 2DFHA 4KAZA 4FYDA 2Z1JA 2RPIA 3OJUA 4DU3A 4FZYA 4Q5VA 1VRUA 4WE1A 1L3UA 2F8SA 3CM6A 5T7BA 2G8UA 3OYAA 2YKMA 3I0SA 4CJUA 3M8QA 3DLHA 3D0PA 3PO4A 3KJVA 4KI6A 1LW2A 5HROA 3CFRA 3VA0A 1N5YA 1BI4A 3C94A 2OPSA 1KFSA 1FKOA 2Z1HA 3LALA 3LWMA 3OYBA 3TARA 3HYFA 3KLGA 4C8MA 3K57A 3NGZA 4F3TA 1XHZA 1C0UA 5EU7A 3HO1A 3AVCA 3AVJA 2PZSA 4BACA 4KRFA 4DSFA 1RTIA 3NGYA 4GW6A 2G8WA 1ASVA 2HHSA 4CF2A 1EKEA 3SCXA 3QO9A 4O0JA 4DMNA 4FK2A 4Z0UA 3U6FA 4JS5A 1NJZA 1NKBA 1IO2A 1W9HA 1HJRA 1IH7A 2VG5A 4CFAA 5D3GA 3TAEA 2XHBA 2HHUA 1RTHA 1U49A 2OYQA 2Y1JA 3P1GA 3DRSA 3ZSOA 1RBSA 5KTQA 3JYTA 4B9LA 3KLIA 1JLFA 4DF8A 3TAPA 4E7IA 4DFMA 4IG0A 4FZZA 2RN2A 3OYLA 4DU1A 4OPKA 1RBRA 4OPJA 3PUFA 1JLBA 1RT3A 4CJVA 1IKWA 3OYIA 4DTNA 4KHQA 3WNHA 3V81A 1HPZA 3SPZA 3RRHA 3IG1A 4FM1A 4CF0A 3QNNA 5J2QA 2HNYA 3VQDA 4HCCA 1HMVA 4LSNA 1MU2A 3VQAA 1BCMA 2VG7A 5KGWA 1WSHA 4CJSA 1BIUA 2IGIA 4CIGA 2WONA 4W5TA 3VQ4A 1BQNA 1O1WA 2HHQA 3SQ0A 4CEDA 3HL8A 4BWMA 4PUOA 1REVA 3LP0A 1GOCA 4ZHRA 4Z4IA 4PWDA 5HRSA 1FK9A 4FJKA 1W0HA 4H4MA 4FLZA 3M8RA 1X9MA 3AA2A 2VWKA 4B8CA 1NK5A 4C8KA 5CY4A 4GVMA 4QAGA 4DTOA 1R0AA 1T7PA 4FJJA 1B92A 3T1AA 4N41A 2G8IA 2E4LA 3I8DA 4AILC 4OKJA 1TL3A 4ZTJA 1FKPA 4HUFA 4AHRA 3ZT4A 1Z25A 3HVRA 4W5RA 4NYNA 2VG6A 3K59A 3F73A 1NJXA 4M3TA 1SKRA 3S3MA 1EETA 1KLNA 1WAFA 1ITGA 5J2NA 1NKEA 1WSFA 4MFBA 3VQEA 3OS2A 3OYMA 3HT3A 1NOZA 3OJSA 3AVLA 2G8HA 1YTUA 1VSIA 1RDCA 5HRRA 1JLEA 2IDOA 4DLEA 4E7JA 2ITGA 3V6DA 4RW6A 4AHTA 4Z4CA 2DY4A 5CYQA 2X6SA 3AO1A 1A5XA 2XY6A 1WSJA 3NH0A 3AO3A 2R7YA 4FJIA 3SQ4A 1I3AA 3HM9A 3QEXA 1NJWA 2XRIA 1QTMA 2IS3A 4EP4A 2JLEA 2BGGA 1YT3A 4JRQA 3OYNA 4DS5A 4FLTA 1DTQA 4N5SA 3QEWA 3HP9A 3C95A 3O4QA 5K14A 3TABA 4H4OA 2G8KA 3NDKA 1TK0A 4EZ6A 4KB0A 4BDPA 4HCBA 3ULDA 2BE2A 2OA8A 3QEIA 1C6VA 1VRTA 4FLUA 1HYZA 4CCHA 2F8TA 1HQEA 4J2EA 1GOAA 4IG3A 3MEEA 2X6NA 3ZSRA 4C8LA 4M3WA 1D9DA 4CJWA 4JRPA 3VN5A 2P51A 3E01A 4B3OA 1RDBA 3KK1A 3TWHA 3HPGA 3OYJA 2KTQA 1D9FA 1JLQA 3EYZA 3KKRA 2YV0X 1B9DA 3AA4A 3NHGA 5FRNA 1S5JA 3ZT3A 3AVIA 1J54A 3TAGA 4KKOA 3VQCA 3V9SA 3B6PA 1TK5A 2HHVA 4FW2A 4M3UA 4CGHA 3AVFA 3L2UA 4BDYA 4CECA 2Z1IA 4LH5A 3VQ5A 3NF6A 4JLHA 3V1QA 3ZT1A 2IC3A 1RT6A 4FXDA 1RDAA 3EZ5A 4BDZA 1C0TA 1S9EA 1ZBFA 4M45A 1TGOA 3WNGA 3PY8A 3DI6A 2NUBA 3NCIA 1RT2A 3VQ6A 4DTPA 4FJ8A 1G15A 2E6MA 2YNGA 4LD0A 3NE6A 1SL0A 3AO5A 1IKVA 1D8YA 3RTVA 4OKKA 3AVMA 4YNQA 2GBZA 1JKHA 4O55A 3MXMA 4M3RA 3V1RA 4FVMA 2G8VA 3IAYA 3C6UA 2GUIA 2D0CA 1CXQA 1RTDA 1A5WA 2X78A 4E0DA 3LAKA 3RMAA 4FJGA 3SUPA 4M3XA 3IS9A 3SQ2A 1U4BA 4FJ5A 1VK0A 1VSEA 4DQIA 4OGCA 4DG1A 1BQMA 1C0MA 3KLEA 1DTTA 4F4KA 4O0IA 4E7LA 1J9AA 4W5QA 3OYEA 4BE1A 5J2PA 5DMRA 4DFJA 4CERA 3OYHA 4DTUA 4CJPA 3THVA 1QSYA 2G8FA 1A5VA 4AHUA 4AHCA 3O3FA 4Z4EA 4DQRA 3LPUA 2P5OA 3V1OA 3ASMA 3TANA 3HSTB 3OYGA 3LZIA 1HQUA 1S1WA 4CEQA 5KGXA 3AVBA 2JGUA 5I3UA 3LP2A 4RW7A 4CJTA 4BE2A 4KI4A 5FRMA 1WNSA 4PY5A 4J2DA 1F21A 3V9WA 4DSKA 3SZ2A 2HHWA 1RT5A 4N47A 4FJ9A 3DYAA 4AHSA 2HNZA 3AVAA 3SQ1A 4GMJB 4DQSA 4B9MA 2IAJA 4F8RA 2OPRA 4OKEA 1U45A 4DTSA 2HW3A 5CZ2A 1VSFA 3MXJA 1CXUA 4R5PA 3HK2A 4IFYA 1T03A 2FBXA 1S6PA 2KFNA 1QQCA 1LAWA 2F96A 1LWFA 3U3GA 3RMCA 3ZT0A 1UAXA 5HBMA 2VWJA 1J5OA 3HJFA 1BCOA 4NCGA 1VSKA 3A2FA 3AV9A 4DWIA 3RMBA 3MECA 1ZBLA 2PY5A 1VSHA 3NGIA 1QS4A 2XY8A 1KVBA 3H08A 2QK9A 3K5NA 4Z4FA 4KTZA 4O44A 1C1CA 1UWBA 3DRRA 3OYKA 3SJJA 4ELUA 1RBVA 5FROA 3PX0A 4CJ4A 2B5JA 1T05A 4DU4A 4M3ZA 1I39A 3AVNA 5HP1A 3BGRA 4DS4A 2GV9A 3DOLA 3LWLA 1SKWA 3KD1E 1SL2A 1KVCA 4KHYA 4K8XA 4FK0A 4CEAA 3QINA 4CE9A 1HNVA 3HPOA 1KSPA 4Q0BA 3V9UA 1X9SA 3IRXA 3V4IA 4KHSA 1XWLA 2RF2A 3L3VA 1UA1A 1FXXA 4B9VA 3MXIA 4M3YA 1WSGA 3DLGA 4NCBA 3MEGA 3OYCA 4IDKA 2KW4A 4RW8A 1J53A 1QSSA 3TAQA 4OGEA 5CYMA 1Q9YA 5JS2A 3NF9A 4KHNA 3P83D 3T3FA 4RW4A 1DLOA 1WAJA 1X1PA 2I5JA 3ALYA 4FLWA 3OS0A 1YVUA 3KK2A 1L5UA 3TAFA 4OLAA 3FFIA 1K6YA 4E1NA 2D0AA 2FBYA 3QLHA 4XIUA 1X9WA 1S6QA 1QE1A 3ISNC 3HVTA 3NH2A 3L2RA 1LAVA 4ELTA 4HUEA 1LWEA 3TI0A 1QHTA 1WSEA 2YNIA 3LPTA 3O4NA 1EX4A 1TL1A 4IBNA 3F9KA 4DSIA 3K5LA 3L3UA 4ZTFA 3VQPA 2XY7A 4CHQA 4I2PA 4CK2A 4I7FA 1BHLA 4KHWA 2PYLA 4DF4A 2B6AA 4YFUA 3HPHA 4LSLA 3RR8A 1UA0A 4KO0A 1LWCA 4W5NA 2ZE2A 1VSDA 2P1JA 4E1MA 2YNHA 3EY1A 1U48A 4J2AA 2KZZA 4EP5A 4KPYA 2O4IA 2X74A 3LP3A 3SUOA 3DOKA 3QIOA 5FDLA 3MEDA 4CHYA 3ZSWA 3KIOA 2WOMA 5C42A 1NK4A 4QOZB 4CJEA 1C1AA 1IG9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZF5O 1WBDA 4EHTA 3QBWA 1S1XA 1XI1A 2HF3A 4BE0A 3LM2A 3AO4A 3SLCA 4E7KA 5KQDA 1IV0A 3LZJA 4O5FA 5GAEP 3CCRN 4CJLA 3P38A 5F1XA 1VQLN 3UE5A 4CHZA 1NGEA 4BRPA 3MDQA 3C6TA 3L2WA 3EKSA 1S1TA 4DSEA 4LF8K 1CZBA 3TTFA 5C25A 1EP4A 1KCFA 3TSQA 3SBTA 1LW0A 4B9UA 4FJNA 3QIPA 2KFZA 2QTDA 2P9SB 4CF1A 1QQOA 3P5JA 1NK6A 4A61A 4AM6A 4CGFA 4BR7A 1KQSM 3QERA 2AA4A 4CEOA 5ADXA 4CK3A 3VQ7A 3LP1A 3AO2A 4OJRA 2Z1GA 1ZBIA 4JN4A 3PX6A 2W42A 1S1VA 4CZLA 4R79A 1S1UA 3AVGA 1TKTA 4CHNA 1YI2N 2W41A 4FJ7A 5CHIA 4Z4GA 4E19A 5KRTA 3ULEA 5EX5A 1HRHA 4M42A 3WNEA 4YY3K 4DR7K 3H1VX 2P9PB 2ZGZA 4H0XB 3MMVA 4ID5A 1KAXA 4YDUA 1RCHA 3RRGA 5BRFA 5FPEA 4CGDA 1BI4B 1B9FA 4WQ5A 4KB1A 2RHKA 5AQMA 3NAEA 3CFPA 3ZSQA 1SV5A 3VEXA 3KLFA 1KC8O 3QBXA 3RMDA 1C1BA 1HYVA 3OYFA 3FZLA 3SPYA 4LF4K 4CIEA 4W5OA 4ELVA 5KRSA 4UY8O 1TK8A 3CETA 1BIZA 4B08A 1SQKA 2OPPA 2IVNA 3D7EO 3FR0A 4H0YB 4JHDA 2BANA 4YOUA 5HL7L 2IOCA 3HRGA 2E6LA 4WYBA 1RTJA 4I6MB 4B3SK 1ASUA 5TKYA 1KTQA 1OKJA 4OVLA 4E3SA 3ZETA 1KVAA 1FJGK 4CFCA 2HHHK 4B1ZA 3C0BA 3KWGA 4MQ3A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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