1ASWA

Avian sarcoma virus integrase catalytic core domain crystallized from 20% peg 4000, 10% isopropanol, hepes ph 7.5 using selenomethionine substituted protein; data collected at-165 degrees c
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
REPRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHFER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Dna integration
source organism Avian sarcoma virus
publication title High-resolution structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE
total genus 53
structure length 152
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1aswA00
4M41A 4CJKA 2IGIA 1SL1A 4DTPA 3I0SA 4H4MA 2IAJA 3LALA 4PWDA 1ZYQA 1YTAA 4DSEA 3HVRA 3NHGA 1RT5A 1TKXA 4DWIA 3SJJA 4CERA 2KTQA 4MFBA 2X6NA 3DM2A 1KSPA 1KFSA 1FKOA 3ZSRA 4KHNA 4FYDA 1NOZA 3AO2A 3SUNA 3SPYA 4K8XA 5J2QA 4N56A 2DY4A 3HK2A 1TAUA 4B9TA 4JLHA 4CCHA 1Z25A 3IRXA 5I3UA 3OYDA 3VN5A 4RW7A 3ZT4A 2GBZA 4CGFA 1GOCA 1ASVA 3V1RA 1YT3A 4CJSA 1NKCA 2G8WA 3BDPA 1G15A 3SV4A 4CIGA 1NK4A 3SI6A 1RTJA 4OVLA 4CJUA 2VWJA 2VWKA 5HBMA 3ZCMA 3LDSA 1RBRA 3K5MA 4CFDA 1C0MA 2X74A 3QEIA 1D9DA 4EZ6A 3OYKA 2RN2A 3AVMA 3DRPA 3CFPA 3RR8A 4UQGA 2HHXA 3RMAA 4KB1A 2OYQA 4DSKA 1TAQA 3KIOA 2AJQA 1YVUA 1Q9YA 2B5JA 1VK0A 2P1JA 4I9QA 3C6UA 4AHVA 1RT7A 4LH4A 4EP5A 3OYGA 4LD0A 4IBNA 4E7IA 1SKSA 1D9FA 4DFMA 1QE1A 3OJSA 3ZSOA 2W42A 3L2QA 3L8BA 4K8ZA 4OKEA 3ULDA 1BHLA 3JSMA 1LV5A 3OJUA 4ZHRA 3QESA 4OLBA 4Q5VA 2WONA 4J2BA 1QS4A 4F3TA 1QHTA 4I2PA 1TL3A 1CZ9A 3ZSWA 3OYFA 5KGWA 3F73A 2XY7A 2D0CA 3S9HA 4W5TA 4AHUA 3LAMA 3SPZA 4CJWA 3MXMA 3V9WA 1RDDA 4EZ9A 3SQ4A 3OVNA 1VSJA 4DU1A 1IO2A 4I2QA 3MEEA 2VG7A 3ZSQA 4HUFA 1L3UA 4F2RA 1JKHA 4M3XA 1RT6A 1S1UA 4QOZB 3LANA 5HRPA 3EYZA 3NE6A 2HHWA 5SWMA 4AHSA 3ZT2A 4FXDA 3KLGA 4W5QA 1I39A 4CHZA 1S6QA 3NAEA 5J1EA 4DLGA 3V9UA 4CEQA 2DFEA 1RDBA 2JGUA 3O4QA 4CK2A 1A5VA 3G0ZA 1NK9A 3RR7A 2P5GA 4DFPA 1KCFA 2OPSA 4M3ZA 3VQ9A 4HHTA 3AVBA 2YNIA 4O4GA 5KTQA 5HP1A 4FLWA 3THVA 1KRPA 4KPYA 1SKRA 4CECA 1HNIA 3NGZA 4IFVA 4FW1A 3OYMA 3OS0A 3DLRA 4M3WA 4PA1A 1VSHA 3KJVA 2XO7A 3QETA 4C8LA 1FXXA 3D45A 4MQ3A 4LH5A 4B8AB 1X9SA 2BDPA 1S1XA 4DSFA 1C1BA 1U47A 1J54A 4B9LA 3DLHA 4C8KA 4IG3A 3G10A 3M8RA 3PX0A 4AHTA 3DRRA 4CJFA 3NH2A 1X9WA 1JLFA 3HT3A 1RBSA 3QIOA 1EKEA 2NUBA 3ALYA 3DMJA 2GV9A 1KTQA 2G8UA 1C1CA 3HXMA 4DF4A 4FJ9A 3SQ1A 1FK9A 4BE0A 3PO5A 2DFFA 5C42A 1HYSA 1I3AA 4CHNA 4Z4GA 1BISA 3K5OA 2Z1JA 4KRFA 1ZBLA 4E19A 3NFAA 4JS5A 1T8EA 3F9KA 2RPIA 4CEDA 3AVAA 4KHWA 3V1OA 2G8HA 3EY1A 1C0TA 2Y1JA 3KK3A 3AVJA 4PY5A 5CY4A 2G8FA 4N47A 1NK5A 1KVBA 3KLHA 3U3GA 5T7BA 4O0JA 2HHSA 3QIPA 1RDAA 1RTIA 3NBPA 4DQRA 2KZZA 3CM6A 4DTXA 4Z4FA 1IKWA 5DMRA 1VSFA 1D5AA 4BWMA 1WN7A 1RNHA 1NOYA 4FLTA 4Z4CA 5HRNA 2Q3SA 2RKIA 3VQDA 3LWLA 4M3RA 4M45A 1QTMA 3I0RA 3QLHA 5K14A 1U45A 1NJYA 1HMVA 5FDLA 4C8MA 3LP1A 2G8KA 3HP6A 4CFAA 1JLQA 2QK9A 4CGHA 2EX3A 4OPJA 4Q0BA 2JLEA 1LAWA 4LSNA 1WNSA 4E7HA 3HO1A 1S6PA 2OPQA 3KLIA 3H08A 5C24A 4AH9A 4KFBA 4JRPA 4F3OA 5FRNA 2HHUA 1JL2A 3HJFA 2QXFA 4HCCA 1DTTA 2GUIA 4M3UA 4TSXA 4CJ3A 3AVGA 4FJXA 4M3YA 4M3TA 1WLJA 3RWUA 4OLAA 4HUGA 1VRUA 1T7PA 5KI6A 2IOCA 3LP3A 4G1QA 1VSLA 4ID1A 3AA4A 3TR8A 3NF7A 4CGIA 2E6LA 4QAGA 4O0IA 1REVA 3LWMA 4JS4A 1UOCA 1WAFA 1NJZA 1SL0A 5FRMA 2HNZA 3U6FA 4DQSA 2KFZA 1VRTA 4CIFA 2Y1IA 2E4LA 2FBVA 3TAMA 2R7YA 4CFCA 4OGEA 1L5UA 4Z4HA 4AHRA 4CGDA 2OPPA 4I9LA 3QEVA 4CE9A 3LP0A 5EU7A 1NK6A 2KW4A 1XWLA 4ICLA 3LPUA 4HCBA 1WSIA 4FW2A 3MEDA 3VQ8A 1TK8A 1SL2A 1RT1A 3C6TA 1Y97A 4FJ8A 4E1NA 1TKTA 1RCHA 3M8SA 3QNOA 4DTUA 3CFRA 1CXQA 2XY6A 1D8YA 4DTSA 1CZBA 1X1PA 4O44A 1HPZA 2F8SA 4FJ7A 3OS1A 2YHBA 3E01A 4FK0A 3ZT1A 3LPTA 4B9NA 4OGCA 2Z1HA 4RW8A 1JLGA 3HSTB 3ASMA 2RF2A 1U04A 4EP4A 1ITGA 2DFHA 4FJKA 4CF9A 4FZXC 3AVCA 4QCLA 3HPGA 1KFDA 3T1AA 1QSYA 4CK3A 2D0AA 1L3TA 2EHGA 4KTWA 4PUOA 1LW0A 3AO5A 4RW6A 3VQ4A 4CEEA 4DFJA 5CYMA 3ZSYA 3SCXA 1BIUA 3CFOA 4FM1A 1QSLA 4R5PA 4DTJA 2PY5A 4OJRA 1Z26A 1HNVA 3MAQA 4C8NA 4CFBA 1RTHA 3B6PA 3ZSZA 3KD5E 1JLCA 5CZ2A 3K58A 2QKBA 4IFYA 4DTOA 1EETA 1VSKA 1KVAA 1VSIA 4CJLA 4J2EA 1ZBFA 2KFNA 4CEOA 1ASUA 2HVHA 1S1WA 4E7JA 2XY5A 3EZ5A 3CG7A 3KKSA 1K6YA 4FZYA 2YNHA 3QO9A 3L2VA 4GMJB 4IDKA 4KTZA 4Y1CA 3K5LA 2DTUA 2OA8A 1CLQA 3T19A 3CYMA 4BDYA 4AHCA 3MXIA 1BIZA 1TVRA 1U48A 3NF8A 4ELTA 1BI4A 1JLEA 5J2PA 1EX4A 3U3YA 1RT3A 3O3GA 1MU2A 4B3OA 4KHYA 1ZBUA 2ITGA 4LY7A 3S3OA 4H4OA 4OPKA 2D0BA 3NGIA 3TAEA 3WNGA 3PX4A 4CF1A 4FLYA 2HVIA 1IKYA 1KVCA 1LWCA 3LP2A 1U4BA 4FLUA 3AA2A 5E41A 4E1MA 4E7KA 3KTQA 4ELVA 2YV0X 2G8IA 3M8PA 1JLBA 1TK5A 4CHOA 4CJVA 1WSEA 3OYJA 2XRIA 1S1VA 2BGGA 5SZTA 3P5JA 3AVIA 2HHVA 3SV3A 4W5NA 3S3MA 2F8TA 3OS2A 1WSJA 2VG5A 3QEPA 1R0AA 3VQBA 4DFKA 1XC9A 1X9MA 1QQCA 4FM2A 1C6VA 2XHBA 4FJMA 2D5RA 4ZTFA 3AVLA 2LSNA 3P83D 3ZSXA 1UWBA 4FJJA 2O4IA 1F21A 3A2FA 4DSIA 1NK7A 1HYZA 3C95A 5HRSA 3SZ2A 3NDKA 4CGJA 2F96A 3VQ7A 4Y1DA 4AILC 1NKBA 4OKKA 1NK8A 2PYJA 3NH0A 4BE1A 1N5YA 2HHQA 3VQQA 4KHUA 4CHPA 4CJEA 1L3VA 4Z4EA 4B8CA 1JLAA 1C1AA 1VSEA 2HB5A 4B9UA 1RDCA 4HTUA 2X6SA 4C8OA 1EP4A 1VSDA 3AVKA 1U49A 3TI0A 3IG1A 3DOLA 2QKKA 1ASWA 3M8QA 3PV8A 4ELUA 4FLXA 2XY8A 1BL3A 2OZSA 2WOMA 1BGXT 3RRGA 4BDZA 4W5RA 4CEZA 1S9EA 1TV6A 4KI6A 5JS1A 3AO3A 4E3SA 1LAVA 2OPRA 4FJNA 3SUPA 1SV5A 2ZD1A 4L8RB 4FCYA 5D3GA 4FJ5A 1IH7A 4IG0A 4DS5A 4DSJA 1NJXA 2HW3A 3DLEA 3AV9A 3TWHA 4OKJA 3OYAA 2ZQBA 2KQ2A 4RG8A 3PX6A 4RW9A 4NCGA 3MECA 4KV8A 2B6AA 3T3FA 3MXJA 3ITHA 4ID5A 3DOKA 4B9SA 4DTMA 1XHXA 4YNQA 3L2WA 4HUEA 4FVMA 3VQ6A 1S1TA 2ETJA 3V9SA 4BWJA 4ZTJA 2A1SA 3VQ5A 3JYTA 1HQUA 2HNYA 3AVFA 3VQPA 3V81A 2FBYA 4NYNA 4CK1A 1B92A 1TGOA 1W0HA 4O55A 3KLFA 3K57A 1XI1A 3V9XA 1NKEA 1LW2A 1O1WA 3I8DA 2P51A 3SYZA 1EXQA 3TABA 1A5WA 3HL8A 3ZSVA 4CJQA 3KLEA 4J2AA 1WSHA 4CHYA 4DQIA 4CHQA 4GW6A 2YNFA 3L3VA 3HM9A 1GOBA 1CXUA 1LWFA 5KGXA 4H8KA 3V6DA 1W9HA 4RW4A 1NK0A 3V4IA 1N6QA 3TAGA 1Q9XA 1BQNA 4DLEA 4FJLA 5J2MA 2KZMA 1HQEA 3TAQA 4CF0A 4DG1A 3ZT3A 4CJPA 5J2NA 5HROA 4KI4A 1JXBA 3VQAA 3MEGA 3P1GA 4FJIA 4CESA 4CJRA 4KKOA 3SUOA 2Z1GA 1RBVA 2BE2A 3RMCA 1ZBIA 3K59A 3KK2A 3TAPA 3DLKA 3B6OA 4Z0UA 4PQUA 3ISNC 3PUFA 3AVHA 1Q8IA 4N41A 4W5OA 3VA3A 4FZZA 2X78A 3OY9A 3NF9A 1YTUA 1UA1A 4KB0A 3V1QA 3HP9A 1S5JA 3L3UA 5FROA 1J53A 4B08A 4DSLA 3TARA 3OYBA 2VG6A 1UAXA 4FLZA 1ZBHA 3WNFA 3LAKA 3K5NA 1BCOA 4CEAA 4LSLA 3OYEA 4BACA 4FLVA 2OZMA 1UA0A 2IDOA 4KO0A 3KKRA 3LZIA 3UIQA 4J2DA 1TK0A 1TKZA 3C94A 1QSSA 4E0DA 3D0PA 4DTRA 4KREA 1BCMA 3AO4A 1DTQA 1HJRA 4DQQA 3PO4A 3HPOA 4FJHA 3AA3A 1XHZA 5HLFA 3TAFA 1TL1A 3OYCA 4CJ4A 1HYVA 3PY8A 1VSMA 5HRRA 4DF8A 3HPHA 1RTDA 5CZ1A 1WSFA 3DRSA 3SNNA 1IG9A 5KRTA 3IAYA 4CGGA 2IS3A 2YKMA 3NF6A 1J9AA 3WNHA 4CJTA 5CYQA 3OYNA 3V9ZA 1KLMA 3QEXA 2P5OA 4FK2A 3QERA 3CQ8A 1SUQA 4DMNA 3HVTA 4M42A 2ATQA 4JRQA 1RT4A 2O4GA 3RTVA 4E89A 3RRHA 4F4KA 4E7LA 4KHSA 4CF8A 1RBUA 3SQ2A 3L2UA 3S3NA 1IKXA 4HVJA 1FKPA 4BDPA 3KD1E 4CJ5A 4CF2A 2I5JA 4N76A 1B9DA 1IKVA 2PYLA 2ZE2A 5JS2A 3LZJA 2YKNA 3RMBA 1WSGA 3AVNA 1RBTA 1JL1A 1JXEA 3BGRA 4CIEA 3RMDA 4YFUA 3NGYA 1GOAA 2YHAA 4N5SA 4NYFA 3NH1A 1RILA 2BANA 3O3HA 3OYHA 3NCIA 3SQ0A 1S9GA 2HMIA 4B9MA 1BI4B 4KTQA 4FK4A 4CEBA 1C0UA 3OYIA 2YNGA 5I42A 2G8VA 3AA5X 2HHTA 3AO1A 4WE1A 2B4JA 2FBTA 2FBXA 1RT2A 1T03A 1KLNA 4IKFA 3SUQA 1BQMA 3K2PA 4DS4A 1J5OA 4F2SA 4KAZA 4Z4IA 1B9FA 1WAJA 1DLOA 1HRHA 4DU4A 4DU3A 3L2RA 4O5BA 3QEWA 2IC3A 2A1RA 4FM0A 1NJWA 3QINA 4NCAA 4NCBA 3VA0A 1T05A 4I7FA 2HNDA 2E6MA 2PZSA 3DLBA 4F8RA 1LWEA 4KHQA 3ZT0A 5C25A 4XIUA 3TANA 3FFIA 1L3SA 3DLGA 4FJGA 3VQEA 5DK5A 2Z1IA 3DI6A 3OYLA 2FC0A 4DQPA 3HYFA 3O3FA 1TKDA 4B9VA 3O4NA 4GVMA 4DTNA 1SKWA 5KRSA 4BE2A 1A5XA 3IS9A 3QNNA 4CEFA 3WNEA 3DYAA 3VQCA 3CM5A 3KK1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NNEA 1SL1A 3J8AA 4DTPA 2GWJA 4K43A 2X6NA 4KHNA 1RGIA 3SPYA 4K8XA 3PIOL 1TAUA 4J8FA 2VQFK 4B9TA 4JK8A 1MWMA 2WFBA 4RW7A 4BR9A 3V1RA 5GIOA 2W41A 3FZFA 4O5FA 5LMNK 2G8WA 4BROA 2UXCK 1G15A 3SV4A 4OVLA 3VGKA 4CFDA 3QEIA 3HTVA 2Q0RA 4M7YA 4PL7A 2HHXA 3D7EO 4UQGA 3RR8A 4KB1A 1T44A 2B5JA 4LH4A 5EY4A 4MDBA 4LD0A 4IBNA 4O8KA 4E7IA 1K8AO 1M1KO 2W42A 3OJUA 3QESA 4OLBA 1QS4A 4OPHA 3ZSWA 5KGWA 3TTCA 3CCUN 3EO3A 1KAYA 3MN9A 2E5LK 3CPEA 3V9WA 1QVGM 1IO2A 4F2RA 1JKHA 1S1UA 3NE6A 4FXDA 3FZKA 3H3OB 4CHZA 4JI1K 3MK6A 3WXJA 3RR7A 4GKKK 2P5GA 4JI6K 1HKCA 1KCFA 4H0YB 2IVOA 3OTOK 5KTQA 2UXBK 4X64K 3UKUA 4IFVA 1BA0A 4LH5A 2BDPA 5AZIA 1S1XA 1C1BA 1U47A 4B9LA 4IG3A 3M8RA 2P9KB 1X9WA 4O8UA 5BRFA 2NRRA 5KPRA 3HXMA 2IVNA 2P9IA 4DF4A 3SQ1A 4BE0A 2DFFA 1I3AA 3R3LA 2OTJN 3K0SA 4BQLA 1T8EA 1W97L 2G8HA 3EY1A 4PY5A 3KK3A 3AVJA 5CY4A 2G8FA 4LF9K 3LDLA 2YJEA 5AQNA 3QIPA 1RDAA 1RTIA 3NBPA 4BC5A 1WN7A 4BREA 4JHDB 4M45A 1VQMN 1HMVA 4H0TB 1XNQK 3Q7BA 4JD2A 4Q0BA 2JLEA 4LSNA 1BOTO 3KLIA 3UKRA 2HHUA 4KFBA 5FRNA 4TSXA 1E3MA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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