3H1VX

Human glucokinase in complex with a synthetic activator
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
446
structure length
446
Chain Sequence
MVEQILAEFQLQEEDLKKVMRRMQKEMDRGLRLETHEEASVKMLPTYVRSTPEGSEVGDFLSLDLGGTNFRVMLVKVGEGEEGQWSVKTKHQMYSIPEDAMTGTAEMLFDYISECISDFLDKHQMKHKKLPLGFTFSFPVRHEDIDKGILLNWTKGFKASGAEGNNVVGLLRDAIKRRGDFEMDVVAMVNDTVATMISCYYEDHQCEVGMIVGTGCNACYMEEMQNVELVEGDEGRMCVNTEWGAFGDSGELDEFLLEYDRLVDESSANPGQQLYEKLIGGKYMGELVRLVLLRLVDENLLFHGEASEQLRTRGAFETRFVSQVESDTGDRKQIYNILSTLGLRPSTTDCDIVRRACESVSTRAAHMCSAGLAGVINRMRESRSEDVMRITVGVDGSVYKLHPSFKERFHASVRRLTPSCEITFIESEEGSGRGAALVSAVACKKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Glucokinase
publication title The design and optimization of a series of 2-(pyridin-2-yl)-1H-benzimidazole compounds as allosteric glucokinase activators.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transferase
total genus 172
structure length 446
sequence length 446
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2009-04-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF03727 Hexokinase_2 Hexokinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h1vX02
3.40.367.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Hexokinase; domain 1 Hexokinase; domain 1 3h1vX01
3MMVA 5BPLA 3C7NB 5FPNA 3VF4A 5AQSA 4FWOA 5AQRA 5FPMA 1X3NA 1MDUB 4FWPA 3B8AX 1NGDA 3H46O 1TUYA 1NM1A 2Q2RA 4GNIA 4H0TB 2DPNA 3H6EA 4H5TA 5JICA 4BR4A 2D1KA 3CQYA 4M7XA 5EY4A 2ITMA 1P8ZA 4BC3A 3QBXA 4BGBA 2QW9A 3D2FB 3IMXA 1X3MA 4B1XB 4CZMA 3HBTA 2OANA 2FSNA 4GY2B 4FPAA 3F9MA 1KAYA 3VGMA 4B1VA 1Q18A 3ZETA 4ISFA 3DAWA 1ATRA 4WQ4A 5BRDA 4IWVA 3FLCO 3VF6A 3VGLA 3H1QA 3QMLA 1NGEA 3CJ9A 3VEYA 2P9SA 3O5BA 3DXMB 4J8FA 1RDWX 3QFUA 5AZJA 4F9OA 4BRHA 2QWPA 3AAQA 4JAXA 1HUXA 5AQKA 1WUAA 4FOEA 5AQHA 4A62A 1Z6RA 4FPBA 2P9IB 1NGAA 3IFRA 2I7PA 2P9KB 4BREA 3CJ1A 4B1WB 1NGFA 4CZHA 2GUPA 4BR0A 4XEIA 1GLAG 4XH5A 5KPTA 4ISGA 4I6MB 4IJAA 4FOIA 5BPMA 2VYPA 3AAPA 3VPZA 2Q0UA 3UKUA 4B9QA 5KPZA 4BG9A 4H5NA 3ZX0A 4WQ5A 2AP1A 1QQMA 2GEMA 4CD3A 5AQIA 4BRGA 1E4GT 4WQ4C 5AQZA 2IIRA 5EOYA 2E8AA 3QBWA 4CZFA 1K8KB 3H3OB 5AQPA 1IJJA 4CJ7A 4H5VA 3O80A 2YI1A 3ZEUA 3M6GA 5E84A 3FGUA 1BOTO 3BP8A 2P9PB 1BUPA 3CHWA 1Z05A 2ZGYA 4H0YB 1TYQB 3IUCA 4LC9B 4A2BA 2FF3B 2PBDA 2ZF5O 3VOVA 1RFQA 2QWMA 1IG8A 3FZKA 2EWSA 3SK3A 4AM6A 2ZGZA 4O5FA 5AQNA 3VESA 4RWTA 1BA1A 4WQ5C 3O4WA 3VGKA 3HI0A 2V52B 2FXUA 4QS8A 4CZIA 3A8YA 1U6ZA 3DXMA 4PKHA 1HKGA 3R9PA 3ENOA 1Y64A 1SZ2A 2YHXA 3M3ZA 4KBOA 3WQUA 2HOEA 4AM7A 3QDKA 5BRFA 4DQ8A 4BROA 2E20A 3JS6A 3TPQA 2P9IA 3DXKB 2Q31A 3DWLA 3WEEB 2A40A 4JHDA 3RSEA 3ID8A 2QXLA 4EAHD 3WXKA 1LCUA 4BRAA 4CZJA 1GLLO 5AFUA 3GBTA 4K42A 5AQGA 4B1ZA 2BTFA 1ZBSA 1G99A 1U2VA 5BREA 2NZTA 4H0VB 1BA0A 3CERA 4XH4A 2CGLA 3BF3A 2QWQA 4FL9A 5F0XA 4H5WA 3BF1A 5CE3A 3WUHA 2QWLA 4CI6A 1ESVA 1SAZA 3LM9A 5AZIB 4PL8A 5EVZA 1QQNA 2IVNA 4M7YA 3LDNA 2FSJA 3UE5A 4CD1A 5AQMA 2I7NA 2YCHA 3FR0A 3SLCA 4FWKA 4E1JA 4PL7A 2A3ZA 3P4IA 4O8KA 4B1YB 1YXQA 3U9ZA 2NLXA 2A42A 3WXIA 2F9WA 1T6DA 4IJNA 1BU6O 5B8HA 4K43A 5AQYA 1J6ZA 4CZLA 2CH5A 5TKYA 3GG4A 5JLHA 3KVGA 4BRIA 4BQZA 2GELA 4JNEA 1ATSA 1DKGD 3VEXA 4CZEA 2QWNA 3S41A 1T6CA 3ZX2A 4BG8A 3D2EA 5F1XA 1MWMA 2E1ZA 2Q0RA 5BN8A 3HTVA 3U4LA 3AY9A 4BC2A 4DB3A 3GE1A 3O6WA 2YJFA 3VETA 5EX5A 3L6QA 1GLEG 3HZ6A 4PKGA 3MK6A 2IVPA 1HJOA 4XH1A 3SMSA 1NGHA 1MA9B 2CGJA 3KZBA 3VEVA 4A2AA 3GL1A 1GLFO 2P9LB 4CBWA 1BG3A 2FSKA 5I9EB 2VCPA 1GLCG 1NGJA 5E26A 1EQYA 3O08A 3C7NA 3WXLA 3L0QA 5AQVA 1ZXOA 2QWRA 4H03B 4BR2A 1QHAA 2E2NA 2P9NB 3ATUA 3U9DA 5AQOA 5JLFA 3ULEB 2FLOA 2W41A 1QZ5A 4BR9A 2KHOA 3OHRA 4MLEA 3GDQA 5AQTA 4H0OA 3MCPA 5BPNA 3CQXA 5KPRA 2Q97A 3D2FA 1CZAN 2V7YA 1YVNA 4MO4A 2Q1NA 3IDHA 1NGGA 4QS9A 4BRQA 3MN6A 1LOTB 4BRDA 2VWBA 4BRCA 1QQOA 2UYTA 4IZ9A 4FSVA 4MLHA 3ZETB 4FWNA 1DGKN 3CJ7A 3EL2A 2GWJA 3LDOA 1ZC6A 4B1UB 3VEOA 5FPDA 1DEJA 4Y0WA 4NO7A 3TU5A 5BRHA 3D7EO 4K25A 4ISEA 3EKSA 3UKRB 5AZJB 3UB5A 1NGBA 4BQLA 3FZHA 4DHYA 4PKIA 3CETA 2P9KA 3L4IA 3MN5A 5AR0A 3HSCA 1HKBA 4I6MA 3EN9A 1KAZA 1XC3A 3ENHA 2D4WA 2E2OA 2QM1A 1BDGA 2CH6A 3MN7A 5LY3A 5FPEA 2YHWA 1JCGA 2E88A 3DJCA 2V51B 4YDUC 3EZWA 2ZWHA 4HWIA 2ASPA 4RTFD 3W3DA 4EHTA 1T44A 3VF2A 3O1WA 1NGIA 5AQFA 3CJAA 1NLVA 1K8KA 4BVOA 1GLJO 3LDPA 2E2QA 3WXJA 4A61A 3A5OC 5F2RA 3AARA 4FWLA 2D0PA 4HTLA 3G25A 1GLDG 2P9NA 2Q36A 5BR9A 3CIPA 4IO8A 5LJVA 5AFUH 1V4TA 3ULEA 3W0LA 2AA4A 1JCEA 2CGKA 5JMVA 2P9UB 2P9PA 4CZGA 3H1VX 3R6MA 4BGAA 2F9TA 3ZEUB 1TYQA 3WT0A 3LM2A 4JD2B 1GLBG 1X9JA 2A5XA 3ZX3A 1S22A 4RCHA 3FZMA 3MN9A 4H5RA 3SJHA 2V7ZA 3A0IX 3CI5A 1NWKA 3VEZA 3C0BA 4BC4A 3LDLA 3I33A 2WUSA 2BUPA 2D0OA 2A6AA 1YAGA 3WQTA 3FE1A 1OKJA 2PAVA 5AQUA 2GTDA 4BRLA 3O8MA 3QFPA 4EFHA 1JCFA 4H0PA 4IXCA 4CBXA 3EKUA 3FFKB 3O1BA 3UKRA 3U8XA 4Z94A 1XUPO 3DXKA 2FF6A 5ELZA 2YJEA 3I8BA 5KQ8A 4QS7A 1WOQA 3WEEA 1S3XA 3MDQA 2H3GX 3H3NO 4EHUA 1D4XA 3KHYA 4BRNA 3QB0A 1TUUA 3BEXA 1YUWA 2E2PA 4JHDB 3RSEB 2YHYA 3A5MC 3VENA 5AQJA 5ADXA 1ATNA 4FWSA 1U2VB 4CZKA 1HKCA 3ATVA 4BRMA 5LJWA 4EIAA 5AQWA 2E1YA 5AZIA 2HF4A 1BWFO 5BN9A 3CJCA 1E4FT 4M63C 2ASMA 4YDUA 4BR7A 1C0FA 2QWOA 1H1VA 4BRKA 2P9UA 4H0XB 1NGCA 4FWQA 3J8AA 4FWMA 5ADXH 4FO0A 4JD2A 2NRHA 4C23A 4L3QA 1RGIA 1QZ6A 4K41A 2A41A 3R8EA 3VEWA 2HMPA 1HPMA 2P9SB 5AQLA 2ASOA 2GWKA 2IVOA 3CJBA 4BVPA 4FWRA 1NMDA 5AQQA 3GOIA 3FZFA 2HF3A 5AQXA 3A5LC 1V4SA 1R59O 4BC5A 3D2EB 3M1FA 4WYBA 3SMPA 4BRPA 4BRFA 1HLUA 3LDQA 3LL3A 4NB4A 4JN4A 4DCHA 1KXPA 3UKUB 1XQSC 3H45C 3BUZB 3VERA 1MWKA 3A5NC 2P9LA 1BO5O 2J4RA 3JXUA 3FZLA 3QICA 2W40A 1KAXA 4BR5A 1C0GA 1SQKA 3HM8A 1NBWA 4MO5A 5KQDA 1HX1A 4CBUA 5EXWA 3EO3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DLGA 3PUFA 5BPLA 5J1EA 4FWOA 4CHYA 5H1SQ 2UXCK 4CCHA 5FPMA 3QEXA 1WSIA 4DTJA 4H0TB 3H6EA 4H5TA 4JRPA 2F4VK 4BR4A 5EY4A 1NK0A 3T69A 3J81O 4CERA 4JEPA 3M8RA 2VGNA 2IC3A 4CK1A 1HNXK 1NJZA 3CXCM 3S3MA 4B1VA 4RW9A 4ISFA 1X1PA 2BH1A 1KVAA 5BRDA 1RT4A 4IWVA 3FLCO 3VF6A 3H1QA 4WFNL 4DR2K 1KLMA 3VEYA 2P9SA 3CM6A 5AZJA 4DS5A 2QWPA 4JK7A 4JAXA 4ICLA 3JSMA 5DMRA 1VAZA 2ZM6K 3TAPA 3QLHA 1HYVA 3KK7A 5AQHA 1RT2A 2LSNA 3DOLA 3D0PA 3CM5A 4CJEA 4B9NA 3V4IA 3QNNA 5SZTA 1NGFA 1XNRK 4BR0A 2RN2A 1TVRA 4ISGA 4I6MB 4WFAL 3SQ2A 4FOIA 1QTMA 4OLBA 1NOYA 3Q7BA 5BPMA 3AAPA 3UKUA 4B9QA 3F2KA 3THWB 5KPZA 1UA1A 5CYMA 1QQMA 5C24A 1T03A 4XIUA 4WQ4C 5EOYA 3QBWA 3AO4A 4CZFA 3HJFA 3H3OB 1IJJA 3T7ZA 4CJ7A 1SKWA 2O8BA 3BDPA 3HP9A 4H5VA 3M6GA 3FGUA 4PA1A 3BP8A 4BE1A 2P9PB 3T3FA 4M3WA 3LP1A 4LC9B 1NJYA 2FF3B 2ZF5O 3OYLA 1RFQA 3CCLN 4DLEA 3NFAA 3CC4N 2D0CA 1YT3A 5J2PA 3SK3A 1JXEA 3L3VA 3MEDA 1DLOA 4IKFA 4ILHA 4E7LA 4CHQA 1S6PA 1ASUA 2IDOA 3HYFA 3VESA 3DLEA 5IT9O 1BA1A 4WQ5C 4CZIA 3VGKA 3HI0A 2FXUA 4IDHA 4JKGA 1U6ZA 3HPOA 3DXMA 1CXQA 1RTJA 4IO9L 1CLQA 4FVUA 3SBTA 2W42A 4HVJA 4BROA 1IKXA 1IV0A 3CCVN 3DXKB 3ISNC 4C8NA 4JHDA 3RSEA 4CFBA 3ID8A 3AA3A 2YNIA 1S1XA 3AVKA 3OYCA 3E9OA 3KWGA 4BRAA 3HPHA 3P39A 4CZJA 2KFNA 3DLBA 1S6QA 1U2VA 4DG1A 4X65K 1YHQN 3RWUA 4H0VB 4CGGA 4GV6A 4KH4A 3CERA 3TABA 3BF3A 4BDZA 4OPJA 5F0XA 4DF4A 4WCEL 3BGRA 2G8FA 2QWLA 1ESVA 3LM9A 5AZIB 4PL8A 1RBUA 3LDNA 4AHUA 4RW4A 1EO1A 3FR0A 2NRZA 3KLEA 3NDKA 4EP4A 4K8ZA 3NVMA 1N6QA 4O8KA 5DM6L 1J5EK 4B9LA 2NLXA 3NVKA 3VQPA 4AHVA 4CGJA 5TKYA 5FRMA 4CEDA 2X74A 4BQZA 1LW0A 1ATSA 1QE1A 4CHZA 1BL3A 2OPSA 4FJ9A 2E1ZA 3RRGA 4CIFA 3HTVA 2OPRA 2DFHA 3MECA 4CF8A 5EX5A 1GLEG 4PKGA 2HNDA 3SAFA 4E0DA 1TKZA 1SKRA 2DFFA 3QEPA 2O8EA 4HUEA 4DTPA 3LALA 4CBWA 1ZYQA 3SPZA 1BG3A 3NCIA 1GOCA 1NMNA 1GLCG 1EQYA 3WXLA 4H03B 1QHAA 1BIZA 5AQOA 1I39A 1U47A 2HHXA 5KTQA 5AQTA 5BPNA 3KD5E 4DUYK 1YJ9N 3D2FA 1HRHA 4FVMA 1X9WA 4MO4A 3VQBA 1EWQA 2Q1NA 4N47A 2NRRA 4BRQA 2VWBA 2ZJRL 3V1RA 3NBPA 1EXQA 1VQMN 1YTUA 3ZETB 1DGKN 4MFBA 3AVBA 3RMBA 2GWJA 1XMQK 3LAMA 5FPDA 4RW8A 4FJHA 4CF0A 1W9HA 4BQLA 3L2VA 1I94K 1VQ4N 4JRQA 2P9KA 2G8KA 3MN5A 5C42A 4FXDA 2HHUA 3ULDA 2KTQA 4AILC 3ENHA 1VQNN 4KHYA 4CJ3A 5FROA 3L8BA 3H08A 4FLVA 4M3YA 3DJCA 1ZBFA 1RCHA 2V51B 4CK3A 3EZWA 3B6PA 3D6RA 4DR3K 4RTFD 4EHTA 1T44A 1NGIA 3LP2A 4DQSA 4BVOA 3A5OC 2NUBA 4IEIA 5FDLA 2OYQA 4HTLA 1WAJA 1LAWA 4IO8A 1ITGA 1VRUA 1FW6A 1VQ8N 5JMVA 4BGAA 3ZEUB 2NNWA 3MEEA 1TYQA 2XY6A 2HHWA 3CG7A 3LM2A 4JD2B 1VQ5N 4C1NK 2KFZA 1K8AO 4E3SA 3N4QA 4H5RA 1JLCA 3A0IX 3VEZA 1SV5A 4CIEA 4PHTX 3SI6A 1W2BM 4DTRA 4ID5A 1IBKK 2D0OA 2EHGA 3LWLA 3FE1A 2GTDA 4CEOA 4BRLA 3R3LA 4DMNA 3O8MA 5GAHP 3QFPA 5C25A 3ENBA 3K9JA 3C65A 3RR8A 3HOTA 2ATQA 2ZJPL 3HK2A 2QI2A 4CGIA 4Z94A 3SAGA 2WONA 2HVIA 1XUPO 1WB9A 3I8BA 3WEEA 2WFBA 1S3XA 3V81A 3TAQA 3H3NO 1D4XA 1NKEA 1X9SA 4H4OA 2HVHA 1YUWA 2E2PA 1C1AA 3A5MC 3LP0A 5SWMA 1NK7A 3THXA 4FLZA 4JI7K 3L2QA 5LJWA 1WNSA 4GW6A 2E1YA 3OTOK 3UIQA 2NRTA 2HF4A 5BN9A 4YDUA 3SNNA 1XMOK 2QWOA 1H1VA 2D0BA 4YOTA 1E3MA 1NGCA 1RBVA 2O8CB 4FJLA 4HUFA 3J8AA 4FWMA 4E1MA 3IG1A 4B08A 4M3RA 2YNFA 4YNQA 2A41A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3ZT4 A;  1X9M A;  4KHQ A;  4GV9 A;  1UA0 A;  4KO0 A;  4CZK A;  4BRM A;  5GAE P;  4DKW A;  4J2E A;  4EIA A;  2X6N A;  5AQW A;  3VQ9 A;  2JGU A;  3AV9 A;  5FLX O;  2QEX N;  4FW2 A;  3V9W A;  4B9T A;  2GUI A;  5ADX H;  4FO0 A;  3HP6 A;  4FJN A;  2G8H A;  3QIO A;  4YOU A;  4C23 A;  3DLK A;  1QZ6 A;  3RMC A;  4W5N A;  3E66 A;  5C10 A;  4YOW A;  5AQL A;  4BDY A;  4CF2 A;  1NMD A;  4DV5 K;  1XNQ K;  1RIL A;  3O9T A;  1IH7 A;  1JLA A;  5HL7 L;  3KLG A;  1RTD A;  1R59 O;  4UQG A;  3D2E B;  3PIO L;  3I0S A;  3M1F A;  2WOM A;  4DTS A;  2KLA A;  3SAH A;  5KRT A;  3LL3 A;  4NB4 A;  1A5X A;  2HB5 A;  4JN4 A;  4DCH A;  4OVL A;  4DV0 K;  3NH0 A;  3TSP A;  1S5J A;  3BUZ B;  1DTQ A;  5M1O A;  2P9L A;  1BO5 O;  4CJ5 A;  3EYZ A;  4B9V A;  4DQR A;  2O8F B;  3KKS A;  3DYA A;  4BR5 A;  1C0G A;  4O5B A;  4AHC A;  5M1F A;  1TKD A;  4F2S A;  2WTU A;  1HX1 A;  1IKY A;  3EO3 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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