The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
66
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sequence length |
189
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structure length |
189
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Chain Sequence |
PAMNSVFSGLDMLILLPYERRGTRLVVEDYRPDHIYCIGADFGKNQDYSVFSVLDLDTGAIACLERMNGATWSDQVARLKALSEDYGHAYVVADTWGVGDAIAEELDAQGINYTPLPVKSSSVKEQLISNLALLMEKGQVAVPNDKTILDELRNFRYYRTASGNQVMRAYGRGHDDIVMSLALAYSQYE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Viral genome packaging terminase cleaves DNA using the canonical RuvC-like two-metal catalysis mechanism.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Phage terminase large subunit
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| molecule tags |
Viral protein
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| source organism |
Thermus phage g20c
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| total genus |
66
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| structure length |
189
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| sequence length |
189
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-10-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4IDH A; 5M1P A; 3C6H A; 5C2D A; 5M1K A; 5C12 A; 5C10 A; 5C15 A; 4IEI A; 5C2F A; 5M1O A; 5M1Q A; 5M1N A; 5M1F A; 3CPE A; 3C6A A; 4IFE A; 4IEE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3RMA A; 4CJQ A; 3VGL A; 3VQB A; 2OCE A; 1P8Z A; 4OKJ A; 5M1Q A; 1KAX A; 4E1N A; 4KHQ A; 1JCF A; 2O8C B; 4DUY K; 4B3M K; 1HYZ A; 3A2F A; 1BQM A; 4K0K K; 1RT4 A; 2LSN A; 4GNI A; 1X3M A; 4DG1 A; 3MCP A; 1Q18 A; 1Q8I A; 2FBV A; 3RVC A; 2DFF A; 4WQ4 A; 4FJX A; 1TL3 A; 4DR5 K; 4CIF A; 2UUB K; 3NCI A; 4KAZ A; 2Q36 A; 3FZL A; 4ID1 A; 5FPM A; 2NUB A; 1VSM A; 1ZBS A; 1JLA A; 3HSC A; 1XMQ K; 3QDK A; 3TAB A; 4DR6 K; 4LH5 A; 3GG4 A; 5FRM A; 1LAV A; 3AAQ A; 1HNZ K; 4W5O A; 1HYV A; 4BRP A; 3THY B; 2KFZ A; 5LJV A; 3OYD A; 4H0X B; 3OYE A; 3QIN A; 3V1Q A; 1VQL N; 4H0T B; 4A57 A; 4I2P A; 5AQT A; 4CF0 A; 2VWJ A; 3SJH A; 2IVO A; 3RSE A; 4GMJ B; 3U9D A; 1RT7 A; 2E4L A; 1BCO A; 3KVG A; 4B9T A; 4FJG A; 3C6H A; 3RR8 A; 3V4I A; 3AA5 X; 3EY1 A; 4PUO A; 3MXM A; 2D0P A; 3DRS A; 4DR1 K; 3CCR N; 2PYL A; 4BDP A; 3J7A P; 2G8W A; 4NYF A; 4K8Z A; 4X64 K; 4H0Y B; 3H1V X; 2YNI A; 1GOB A; 1RBU A; 4B1X B; 1ZBF A; 1VSE A; 4NYN A; 4J2E A; 3CMA N; 5HP1 A; 1BGX T; 1NMN A; 4MO5 A; 1VK0 A; 4JKE A; 1RDW X; 2XO7 A; 1OKJ A; 5JLH A; 3KK7 A; 1VSI A; 2GWJ A; 4IOA L; 1KAY A; 3IMX A; 5MLC Q; 5C15 A; 5JVH L; 1TK5 A; 3S9H A; 1S6P A; 4GY2 B; 4WYB A; 3AA4 A; 4JKG A; 3KLF A; 5E41 A; 4LH4 A; 3M6G A; 1W9H A; 3PIP L; 3EKS A; 1QVG M; 4DSE A; 1NU0 A; 5AZI A; 1NGA A; 1ZXO A; 4M41 A; 2IVP A; 3B6O A; 3EEQ A; 3JS6 A; 4HUF A; 4M3Y A; 4FWO A; 3U9Z A; 3HRG A; 4J2D A; 3MXI A; 2FBT A; 3OYH A; 1I39 A; 3ZX2 A; 3SZ2 A; 1TKZ A; 2P9U A; 3VGK A; 3THV A; 2W42 A; 4FWS A; 3H3N O; 3SAF A; 2XHB A; 3RWU A; 1RFQ A; 3THW B; 5C2F A; 4KI6 A; 4KHY A; 3P38 A; 3ENH A; 4CHY A; 4PL7 A; 2E1Y A; 3OYJ A; 4DTR A; 1WB9 A; 1X9S A; 1B92 A; 4MQ3 A; 1O1W A; 4MLE A; 3WXK A; 1RTD A; 1U45 A; 4LF5 K; 1IO2 A; 2DFE A; 2O8E A; 2B5J A; 1NK7 A; 5C0Y A; 1Z25 A; 1NGD A; 4YOW A; 3LDO A; 3QLH A; 4B9U A; 3I0S A; 3R8E A; 3BY5 A; 3RR7 A; 3J80 O; 3HI0 A; 2E8A A; 4BE1 A; 1YAG A; 2GTD A; 4M3U A; 3VF4 A; 3HP6 A; 5DMR A; 1CXQ A; 4JS4 A; 4CZG A; 4BRH A; 4BR5 A; 4B9M A; 5BR9 A; 3VEN A; 3V9Z A; 3CI5 A; 2F8S A; 5KQD A; 1JKH A; 1IG8 A; 3SV4 A; 1YUW A; 3F9M A; 2G8I A; 2D0A A; 3SBT A; 5IWA K; 5EXW A; 1X9W A; 2E2O A; 4FVM A; 4DLG A; 3NAE A; 3V9W A; 3P31 A; 1WBD A; 1CZ9 A; 4ILJ A; 4XH5 A; 4BWM A; 4ZTF A; 3CPW M; 1YVU A; 4DU4 A; 2HF4 A; 2ZGY A; 3KLE A; 4O0J A; 5EY4 A; 1T03 A; 1IKX A; 4FK2 A; 1EP4 A; 3SI6 A; 1VQ7 N; 1C0F A; 4CBW A; 3DI6 A; 3QIO A; 4GV6 A; 5AQX A; 4CJ4 A; 2OZS A; 3VER A; 3IAY A; 2G8F A; 3D2F B; 4JKC A; 1K9M O; 1LAW A; 1IBL K; 3AAP A; 4BR2 A; 4DQI A; 3OYM A; 1KD1 O; 3WXL A; 1S1X A; 2PZS A; 1MDU B; 3O9T A; 1RTJ A; 3DYA A; 3ZSV A; 3NF7 A; 3AVH A; 3KKS A; 1VQP N; 4X65 K; 3Q7B A; 2I5J A; 2ZE2 A; 4NB4 A; 4DQP A; 4PKI A; 1LWE A; 4BQL A; 3HOS A; 4YOR A; 3OA9 A; 4GV3 A; 5KRS A; 1KXP A; 2HNZ A; 2D0C A; 3E9L A; 3KHY A; 3M3Z A; 3CCS N; 1L3U A; 3ULE A; 2E5L K; 4FWP A; 1KRP A; 2QKK A; 2HMP A; 1RGI A; 3MN6 A; 4CGD A; 4UY8 O; 1I3A A; 3MED A; 4M3R A; 3CCV N; 3I8D A; 2WBN A; 1XC3 A; 4WE1 A; 4YFU A; 1HR0 K; 3E1Y A; 1HPM A; 1N32 K; 4BRL A; 3SMP A; 4M3W A; 4BE2 A; 3DM2 A; 2Q1N A; 2QXF A; 4C8O A; 3WQT A; 1TAQ A; 3HO1 A; 3MAQ A; 1BI4 B; 3QEW A; 5HRO A; 3DLH A; 4LC9 B; 3HBT A; 1RBV A; 2UU9 K; 4CF1 A; 2BUP A; 1Y97 A; 2KKZ A; 4JN4 A; 2OZM A; 3ENB A; 4Z4I A; 4LF6 K; 1UA0 A; 3FZH A; 4CJE A; 3HL8 A; 4CEF A; 3SQ2 A; 4GVM A; 4CJ3 A; 1HKG A; 2F96 A; 5F0X A; 4A5A A; 4DTM A; 3OS0 A; 3MWP A; 1YI2 N; 3VEO A; 5HRR A; 4HVJ A; 4FWN A; 1HQU A; 4IBN A; 4Q5V A; 4IG0 A; 5KGW A; 4LFC K; 4C8K A; 1S1W A; 3OJU A; 3FZM A; 3HYF A; 3HVT A; 1RT3 A; 3AVJ A; 1NK4 A; 4CE9 A; 4E7L A; 1REV A; 4KTZ A; 1U04 A; 4CIG A; 2WC9 A; 3CCE N; 2JLE A; 3LDS A; 1SKW A; 4NCB A; 3D2E B; 3C6U A; 2E6M A; 3QBW A; 5K14 A; 4OLB A; 4N76 A; 5CYQ A; 3U8X A; 1ASV A; 2W6L A; 4B1V A; 3QIC A; 1N34 K; 1WUA A; 4CJ5 A; 2UXC K; 1RTH A; 4FOI A; 4DV7 K; 2B6A A; 3ATV A; 1RBT A; 4BRA A; 4XEI A; 4JS5 A; 1NKC A; 3GL1 A; 3VQQ A; 4CF9 A; 3OTO K; 4N41 A; 4OPJ A; 4FJ5 A; 4KB1 A; 1W97 L; 3DLL L; 4FJ9 A; 3P4I A; 2P1J A; 4I6M B; 1VQK N; 4KTQ A; 3AA2 A; 4IJN A; 4FO0 A; 3VTI A; 3H3O B; 4BC3 A; 1D8Y A; 3EZ5 A; 3BZK A; 2QWQ A; 2CH6 A; 4RW7 A; 1MWK A; 4DV1 K; 4CJV A; 1C1B A; 5GAH P; 1OH8 A; 4DV2 K; 3CER A; 4CGF A; 4IJA A; 5M1O A; 1V4T A; 4I2Q A; 1Y64 A; 4JI3 K; 3MDQ A; 3IUC A; 4YOU A; 3S41 A; 1VSH A; 1Q9Y A; 4MO4 A; 1D9D A; 4NXM K; 3VET A; 3TTC A; 3S3M A; 3VGM A; 3UKU A; 4A59 A; 5AQV A; 1L3S A; 2HHQ A; 1DLO A; 5EX5 A; 1BOT O; 3VQP A; 1E4F T; 3SK3 A; 3NGZ A; 1KSP A; 3L4Q A; 4CD3 A; 2AJQ A; 3VQE A; 2QA4 N; 4CHN A; 4CJK A; 2PAV A; 1ZBU A; 3MN9 A; 1Q81 O; 3D2F A; 1A5W A; 3MX2 A; 5KRT A; 3QIP A; 3AGR A; 5J1E A; 3NBP A; 3MXJ A; 2QWL A; 5AQY A; 4JKB A; 2B4J A; 4OPA A; 1NK8 A; 4W5Q A; 1ZBL A; 5LY3 A; 1QQM A; 4RCH A; 2IIR A; 2FBX A; 4DU3 A; 1T44 A; 1P90 A; 4DSI A; 5SZT A; 3T1Y K; 4CER A; 1TYQ B; 4CBX A; 4FJI A; 5BR8 K; 1LW2 A; 2A40 A; 5AQW A; 4PQU A; 3HZ6 A; 3VQ5 A; 3DLK A; 4CZK A; 3WNE A; 2P5G A; 1W0H A; 3QEI A; 1J6Z A; 4FPA A; 4KHN A; 4DQR A; 4HCC A; 2X78 A; 4JI1 K; 3OYI A; 3SAG A; 4H0V B; 2JGU A; 1BI4 A; 1G99 A; 1X3N A; 3LDQ A; 5JMV A; 4BR0 A; 2IGI A; 4BRD A; 3JXU A; 5C10 A; 1SUQ A; 4DCH A; 5KPT A; 1E4G T; 1WSH A; 3LL3 A; 3RSE B; 4Z94 A; 1VRT A; 1VQ4 N; 3TAQ A; 3DXM A; 3L3U A; 1NK5 A; 3LZI A; 2Z1J A; 3V81 A; 1VQO N; 3WT0 A; 3DOL A; 1IJJ A; 2H3G X; 3ID8 A; 1DKG D; 5BPM A; 4QS8 A; 2VG6 A; 4FJK A; 4B08 A; 1OVY A; 3CM6 A; 2X6N A; 3BF1 A; 3OY9 A; 2CGK A; 4M7Y A; 5AQJ A; 2ZM6 K; 3CCM N; 3LM9 A; 4GKJ K; 4N56 A; 4F2S A; 3AO5 A; 4F4K A; 5FLX O; 3TAP A; 3PX4 A; 3O4W A; 4B3O A; 4QOZ B; 1J54 A; 4FLZ A; 3QEX A; 3W0L A; 1N36 K; 4ELT A; 1VSJ A; 4IKF A; 4BRN A; 1BA0 A; 2ZWH A; 3I55 N; 3SJJ A; 4BRC A; 4NO7 A; 4DB3 A; 3OYB A; 4I6M A; 4CFB A; 1QQO A; 3L2W A; 1M1K O; 1KFS A; 3ZT2 A; 4PWD A; 4ZHR A; 3THX A; 3K9K A; 2IAJ A; 4FJ7 A; 3O3F A; 1N6Q A; 1Z6R A; 5AQP A; 4O0I A; 4JI5 K; 3KK1 A; 3K5O A; 1XQS C; 3CG7 A; 4H5W A; 5JS2 A; 3AVI A; 2J4R A; 4ISG A; 1QZ6 A; 2P9U B; 1RDD A; 2GEL A; 3VQD A; 2DTU A; 2YHB A; 4IFY A; 4H5N A; 4JI0 K; 5DK5 A; 2NLX A; 5FPN A; 4WFN L; 3SUN A; 5HL7 L; 4DTO A; 3M1F A; 4CGJ A; 3CC2 N; 3AVK A; 1K6Y A; 2G8H A; 4J8F A; 2OPR A; 2Q3S A; 2I7N A; 2ITG A; 4KPY A; 4BG8 A; 3SUO A; 4FJL A; 3CJA A; 3RMC A; 2X74 A; 4FJM A; 3TR8 A; 3OJS A; 1VAZ A; 3NH0 A; 4Y1D A; 3F2K A; 4C8L A; 4J2B A; 2HOE A; 3L3V A; 2ASP A; 3NVM A; 1ILY A; 2FXU A; 1S9G A; 5KGX A; 5HLF A; 4JRQ A; 1HUX A; 1TYQ A; 1RTI A; 3GDQ A; 4M63 C; 2BTF A; 1JLF A; 2UYT A; 4F8R A; 2VGN A; 3CQX A; 3AO3 A; 4M7X A; 2Y1J A; 1XUP O; 1YF5 L; 2Q31 A; 1F21 A; 5SWM A; 3C94 A; 1S3X A; 4DR3 K; 2ZQB A; 4KH5 A; 4AIL C; 4EZ6 A; 2D0O A; 3AVM A; 2ASO A; 3ID6 A; 1IKV A; 5BRF A; 5I42 A; 2D0B A; 2YNH A; 3BP8 A; 4LF8 K; 4W5N A; 3EO3 A; 3CME N; 1DGK N; 3DOK A; 3SPY A; 4X66 K; 1G15 A; 1MA9 B; 5AR0 A; 1MWM A; 1RIL A; 1L5U A; 4DV5 K; 2YHX A; 3KWG A; 4JAX A; 4DKW A; 2WON A; 4H8K A; 3MWT A; 1SS6 A; 3R6M A; 3RRG A; 4NLC A; 2QW9 A; 5M1P A; 3AVL A; 5AQZ A; 3ULE B; 4CBU A; 3SUQ A; 3WXI A; 4BRF A; 1QSL A; 4J2A A; 4YHH K; 4Z4F A; 5AFU A; 3MCA B; 5FRO A; 3VA3 A; 4B8A B; 3CF5 L; 1JXB A; 4ELU A; 2OTJ N; 4BE0 A; 3K5N A; 3OYC A; 3VEW A; 2P9P A; 4ILG B; 3EE9 A; 3F5T A; 1HNV A; 1IH7 A; 2YNF A; 2BDP A; 2DFH A; 3ZET A; 4K43 A; 3DLR A; 5EOY A; 3CCQ N; 1JLQ A; 2W41 A; 4IOX A; 2VWB A; 1QSY A; 3ZYY X; 1BIZ A; 3H6E A; 5FDL A; 4CK3 A; 4M3Z A; 1T3V A; 2RHK A; 5DM6 L; 2EX3 A; 4FK0 A; 4KH4 A; 2FSN A; 5LL6 Z; 2IS3 A; 1VRU A; 4IFV A; 4CHO A; 4R79 A; 1VQM N; 3L4I A; 4OX9 K; 3ZSX A; 1ZBI A; 1HJR A; 5BPN A; 1C0G A; 1J5E K; 4CJL A; 2VWK A; 5C12 A; 2E2P A; 3OHR A; 3ZLJ A; 5HOO A; 1OH6 A; 1RBS A; 3M8Q A; 3O4Q A; 5AZJ A; 4EHU A; 1K73 O; 1NJZ A; 3CJ7 A; 1J5O A; 1U2V A; 2WUS A; 1ITG A; 4OKK A; 3VQA A; 1HKC A; 3DJC A; 1WSG A; 3KK3 A; 4XIU A; 4X62 K; 2V51 B; 4CEE A; 1T8E A; 2V7Y A; 4EHT A; 5M1K A; 2O4I A; 3NMU A; 1WSI A; 2NRW A; 3S3O A; 1QVF M; 1LCU A; 3LP0 A; 3B8A X; 1U47 A; 2HST A; 4E89 A; 2YJF A; 3ISN C; 5JLF A; 3TAN A; 5AQK A; 1E3M A; 4DSF A; 1SKR A; 1BL3 A; 4DFP A; 1RDA A; 4DR4 K; 3UIQ A; 1C0U A; 5AQO A; 1WSF A; 4GW6 A; 4AHR A; 4PHT X; 3AVF A; 1U6Z A; 1HRH A; 3NH2 A; 2OPP A; 3FZK A; 3L2R A; 3VTH A; 5TKW A; 1RDB A; 1C0M A; 4M45 A; 4V19 S; 4B3T K; 3O8M A; 4W5T A; 1DT9 A; 3B6P A; 3WQU A; 2CGJ A; 4CF8 A; 3EN9 A; 3QFP A; 2HMI A; 4KBO A; 5CZ1 A; 3GBT A; 3UKU B; 4L3Q A; 3TAF A; 4WFB L; 3O3H A; 2UUA K; 4CES A; 1VSF A; 4JI4 K; 1SKS A; 1IKY A; 1JJ2 M; 4ZTJ A; 1IKW A; 1JL1 A; 3ZSR A; 2BE2 A; 4HTU A; 4AHC A; 4RW8 A; 3WNG A; 2BAN A; 3E9P A; 3VQ9 A; 1TVR A; 4JKF A; 3KD1 E; 4Z0U A; 3HK2 A; 5KI6 A; 2YHA A; 2KQ2 A; 3RRH A; 4H03 B; 1ATS A; 4CF2 A; 4B3R K; 4O5F A; 2FSK A; 4BRQ A; 3FZF A; 4H5R A; 1EET A; 5J2M A; 4DQQ A; 1HJO A; 3CIP A; 1JL2 A; 3A0I X; 4AH9 A; 2VQF K; 1NJW A; 1WBB A; 4K25 A; 3G6E N; 2ZGZ A; 4O5B A; 3K58 A; 3V1O A; 4M42 A; 1UOC A; 3R3L A; 4DF4 A; 2A1R A; 4JI6 K; 1O13 A; 1KVB A; 4IO9 L; 5AQL A; 4JEP A; 4E1M A; 4BDZ A; 4CZM A; 3VF6 A; 1L3V A; 1KVA A; 3A8Y A; 4MFB A; 3QB0 A; 3OBY A; 4KHU A; 2QWR A; 3O9U A; 2P9I B; 4CCH A; 3VF2 A; 2RPI A; 4CJR A; 4FYD A; 1WAF A; 3CJC A; 4L8R B; 3MMV A; 3UKR A; 3A5M C; 5AQN A; 1JLB A; 2YKN A; 3FE1 A; 3ZEU A; 3PUF A; 4RW6 A; 1NGC A; 4MDB A; 3FGU A; 4OKE A; 1U49 A; 1NGE A; 3SMS A; 1QTM A; 1CZB A; 4BRO A; 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