The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
66
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sequence length |
189
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structure length |
189
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Chain Sequence |
b'PAMNSVFSGLDMLILLPYERRGTRLVVEDYRPDHIYCIGADFGKNQDYSVFSVLDLDTGAIACLERMNGATWSDQVARLKALSEDYGHAYVVADTWGVGDAIAEELDAQGINYTPLPVKSSSVKEQLISNLALLMEKGQVAVPNDKTILDELRNFRYYRTASGNQVMRAYGRGHDDIVMSLALAYSQYE'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Phage terminase large subunit
|
| publication title |
Viral genome packaging terminase cleaves DNA using the canonical RuvC-like two-metal catalysis mechanism.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Thermus phage g20c
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| molecule tags |
Viral protein
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| total genus |
66
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| structure length |
189
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| sequence length |
189
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-10-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CPE A; 5M1O A; 5M1P A; 3C6A A; 5C2D A; 4IDH A; 5M1N A; 5C15 A; 4IEI A; 5C10 A; 5C2F A; 4IEE A; 4IFE A; 5M1F A; 5M1K A; 3C6H A; 5M1Q A; 5C12 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5MLC Q; 1EO1 A; 3LM9 A; 3VOV A; 1C1A A; 4DUZ K; 3H1V X; 5AQQ A; 4DV5 K; 5JS2 A; 3SBG A; 3AVC A; 1GLJ O; 4BR2 A; 1JLF A; 4FLT A; 5FRN A; 1C0M A; 1JCG A; 4CZG A; 2XY6 A; 4LF4 K; 3L4Q A; 4K41 A; 4FLX A; 5AQW A; 2QXL A; 3KWI A; 5LMU K; 1TV6 A; 1JKH A; 1Q18 A; 3RRH A; 1OH5 A; 3TSQ A; 1C0U A; 2HBL A; 3N4P A; 4PKI A; 3N4Q A; 4E7H A; 2GEL A; 2GUP A; 3KK1 A; 4LFA K; 4JD2 B; 1RNH A; 4JEP A; 2XO7 A; 4BDZ A; 4KH4 A; 2QM1 A; 3C6A A; 3WUH A; 4YNQ A; 3G71 N; 3I0R A; 1TKD A; 3T7Z A; 5HOO A; 5J1E A; 3QLH A; 1U04 A; 3QBX A; 2WUS A; 3AVI A; 3NBP A; 2OPR A; 3B6P A; 3WNE A; 4XH5 A; 3SQ0 A; 3KLE A; 4IDK A; 4ZTJ A; 4LSL A; 1X9M A; 4W5N A; 3MN5 A; 4BRL A; 1DGK N; 4U7B A; 2FBX A; 4BRO A; 3K5O A; 1XNQ K; 4JK8 A; 4B3O A; 4CGD A; 4WFN L; 4CZJ A; 1G15 A; 4JRQ A; 1WNS A; 2IAJ A; 4A57 A; 1L3S A; 3SPY A; 2YI1 A; 3L8B A; 4FWL A; 3LPU A; 2P9P A; 4CIG A; 1A5X A; 3CCQ N; 3THW B; 2I5J A; 3NMU A; 5HRR A; 3DAW A; 3BY5 A; 4CHO A; 3SMP A; 4DQ8 A; 1CXQ A; 3VQA A; 1TUY A; 1V4T A; 4CW7 B; 3QB0 A; 3NF9 A; 4OKJ A; 3I8D A; 3CIP A; 1JJ2 M; 1YIT N; 3GOI A; 4FLV A; 3VGM A; 4JI3 K; 3KKR A; 2QWL A; 3DI6 A; 3CJC A; 2IDO A; 3DLR A; 1C0G A; 1HPM A; 2PBD A; 4JKC A; 1FXX A; 1D8Y A; 1BUP A; 5LY3 A; 4N76 A; 5AQX A; 4WQ4 C; 3RR7 A; 2I7N A; 4CEQ A; 3TU5 A; 5C24 A; 4RW4 A; 4AM6 A; 4E1N A; 3QFU A; 3ZLJ A; 1KLM A; 2FF3 B; 1IBM K; 4CK3 A; 4Z0U A; 4IWV A; 3TI0 A; 2XHB A; 4FPB A; 2P5O A; 4FZZ A; 2NRX A; 4B9M A; 4DTM A; 1QVF M; 3O9U A; 1TYQ B; 3E66 A; 2GV9 A; 3EL2 A; 3ZET B; 4O8U A; 4B1Y B; 1N6Q A; 1T3V A; 4OJR A; 5AQO A; 4CF2 A; 4ID1 A; 2P9N A; 3DMJ A; 4B08 A; 3RMA A; 4DWI A; 4YFU A; 3ASM A; 3H6E A; 3MN9 A; 1YF5 L; 1TKT A; 3OYK A; 3ISN C; 4YOT A; 4ZTF A; 3H45 C; 4CF8 A; 3QIN A; 5BRD A; 3MX5 A; 3UKU B; 3I8B A; 4JKG A; 1DTT A; 3V9W A; 5DM7 L; 4JNE A; 4FZX C; 3ZSW A; 1YT3 A; 4FLW A; 2FSN A; 2CH5 A; 3BP8 A; 1YXQ A; 1X9J A; 4IG3 A; 1TAQ A; 1IBK K; 1E3M A; 2QKB A; 3QIO A; 1WB9 A; 4C23 A; 2O4G A; 1JXE A; 2BGG A; 1FK9 A; 4CD1 A; 1NK6 A; 1UA1 A; 3PX0 A; 4RCH A; 4DHY A; 4YHH K; 1SKR A; 5AFU H; 1NJW A; 5FRO A; 1VQ5 N; 3C95 A; 3D2E A; 2KQ2 A; 1LWE A; 3CC4 N; 1NK9 A; 1GLC G; 4FL9 A; 5EVZ A; 2EX3 A; 1Q81 O; 3I33 A; 3FGU A; 3IDH A; 1CZB A; 3SAH A; 5F0X A; 1SS6 A; 1EWQ A; 4MLH A; 1BA0 A; 2OTJ N; 4DTP A; 1BQN A; 1IO2 A; 4MO5 A; 3VQ9 A; 2UU9 K; 2DTU A; 1Q82 O; 4NB4 A; 2E88 A; 3RMB A; 4N56 A; 1CZ9 A; 4ZHR A; 5A2Q O; 3A8Y A; 4FK0 A; 2VWK A; 4CJP A; 3P4I A; 4FXD A; 4CBX A; 3KLI A; 1KAX A; 4F3T A; 4BVO A; 4HCC A; 3OS2 A; 4GKK K; 3G4S N; 3LAM A; 1X3M A; 1I94 K; 4M3Z A; 3K2P A; 3CQX A; 1D9D A; 2P1J A; 2PZS A; 2OCE A; 3KD1 E; 1IBL K; 2QK9 A; 4H0Y B; 2E2N A; 1IKY A; 4CHP A; 3KLF A; 2O8F A; 4ISF A; 2JWK A; 5DK5 A; 5C15 A; 4ILG B; 1S22 A; 3AVK A; 2KHO A; 1NLV A; 1GOC A; 3VQ4 A; 4CE9 A; 1RFQ A; 3L2U A; 4BRM A; 1S6Q A; 1NWK A; 2HNZ A; 3I56 N; 1RIL A; 3O9S A; 3HP6 A; 4JLH A; 3HI0 A; 1A5W A; 2WBN A; 3VGK A; 4FJ8 A; 2OPS A; 4IEE A; 2KZZ A; 3ZT3 A; 3JXU A; 3P1G A; 1A5V A; 4DR2 K; 1FW6 A; 2OTL N; 1J5O A; 4JI5 K; 3C0B A; 2G8H A; 4JD2 A; 3RSE A; 3D2F A; 3KZB A; 4CFB A; 5KGX A; 3VF6 A; 1YI2 N; 3NDK A; 1NGB A; 4CJ5 A; 5KPZ A; 1U49 A; 3WNF A; 1TAU A; 3LDL A; 1FKO A; 4LH4 A; 4CFA A; 2GBZ A; 3PLA A; 1IH7 A; 4PKH A; 2EWS A; 5AQK A; 4KB0 A; 3VN5 A; 1SQK A; 4UQG A; 4DTX A; 3V9Z A; 3VA3 A; 4FJH A; 4NLC A; 3ZEU B; 3EE8 A; 1XHX A; 3R6M A; 1SZ2 A; 4IOX A; 4DR4 K; 3H3O B; 1YUW A; 3DRP A; 5BRH A; 1SL2 A; 1N5Y A; 1O1W A; 2CGK A; 5J2N A; 3S41 A; 1Z6R A; 2X6N A; 3DRS A; 3O4W A; 3LPT A; 2UXC K; 1VSE A; 3CME N; 3LZJ A; 1J53 A; 4F2S A; 1RT7 A; 1GOA A; 3C7N B; 3G6E N; 1XC9 A; 3BUZ B; 1T6D A; 1T6C A; 4DF4 A; 2QKK A; 1RDW X; 4CGH A; 3OVN A; 3CCJ N; 1KFS A; 2OYQ A; 2PFU A; 2E20 A; 1IKX A; 2ASO A; 1QZ6 A; 5EY4 A; 2GTD A; 1ZBI A; 3LAL A; 5M1O A; 2VQE K; 1ITG A; 2IGI A; 1S3X A; 1NMD A; 4DFM A; 4X64 K; 1NK8 A; 2E5L K; 3OYN A; 3ENH A; 2DPN A; 4A5A A; 4YOX A; 3BZK A; 2G8U A; 4CZH A; 3V6D A; 1BDG A; 3FZH A; 3QDK A; 2OZS A; 3U9D A; 3VES A; 4CHN A; 2G8K A; 3UKR A; 2RE2 A; 3AA4 A; 3NAE A; 1WOQ A; 5CYM A; 1BCO A; 1WSG A; 2VWJ A; 3HVT A; 1NG9 A; 3OA9 A; 4Q5V A; 2FBT A; 1BCM A; 4FSV A; 3CCU N; 1N34 K; 2HBM A; 2W41 A; 3OS1 A; 4NCB A; 3VET A; 1U48 A; 1SAZ A; 4W5R A; 3DXK A; 3IMX A; 3FZL A; 3OYC A; 3MWP A; 4DS5 A; 3JYT A; 3V81 A; 3O08 A; 4BRN A; 2ZGZ A; 4H4O A; 3WXM B; 2NRV A; 4Z94 A; 4CJ4 A; 1W0H A; 3OYH A; 2P9S B; 2J4R A; 4IJA A; 3ZT4 A; 4R5P A; 4RW7 A; 4KBO A; 4O5F A; 5HLF A; 4CF0 A; 2FC0 A; 2AP1 A; 4N41 A; 4DR3 K; 1ZC6 A; 3HT3 A; 1BGX T; 5JIC A; 2P9P B; 1QTM A; 2E4L A; 2NUB A; 4FW2 A; 3CCL N; 2QXF A; 2B6A A; 1VQO N; 4DMN A; 3HPO A; 4KHY A; 2O8B B; 3A0I X; 4JHD B; 3CYM A; 4AQY K; 1HNW K; 4O0J A; 1WN7 A; 1J5E K; 3AA2 A; 4H0X B; 3RR8 A; 3CHW A; 3TTD A; 4C1N K; 3D7E O; 4WFB L; 4MDB A; 5GIN A; 3C6T A; 3KLH A; 4AHT A; 4C8L A; 1Q9X A; 2EHG A; 1BA1 A; 3EZW A; 3DLE A; 1YVN A; 4FJG A; 1NBW A; 2HVI A; 1BIS A; 3IAY A; 4FWQ A; 3MED A; 4NYF A; 1ASU A; 4BR9 A; 4H0V B; 1WBD A; 1BG3 A; 4J2E A; 4KHP K; 4N5S A; 1JLQ A; 4GVM A; 1NMN A; 4GW6 A; 3VQ7 A; 1B9D A; 4Y1D A; 3SK3 A; 4KHW A; 4K43 A; 1C1B A; 5CHI A; 2HOE A; 1LW2 A; 2Q31 A; 3FE1 A; 3OW2 M; 2ASM A; 3EZ5 A; 1YAG A; 4WE1 A; 4OGE A; 4I2Q A; 4IDH A; 5AQV A; 4FJ7 A; 4H0T B; 2VQF K; 1K9M O; 3VEN A; 3O6W A; 1S9G A; 4CJ3 A; 3NF7 A; 1WSH A; 3IFR A; 5AQN A; 3ULE B; 3RMC A; 4OLB A; 1HR0 K; 5EXW A; 3KKS A; 4E7K A; 3CER A; 2V7Y A; 4M63 C; 5M1Q A; 3SQ2 A; 4H8K A; 4M3T A; 4DQI A; 4KAZ A; 1NK5 A; 4JV5 K; 1VSF A; 3HST B; 3UIQ A; 5CZ2 A; 1MA9 B; 1KC8 O; 4OKE A; 3AO1 A; 1S1V A; 3H1Q A; 1QHT A; 4JKG B; 2BUP A; 3FZK A; 3SAF A; 4X65 K; 3AGR A; 2YNF A; 4K8X A; 3H08 A; 1X9W A; 1Y97 A; 3PSF A; 1VAZ A; 1HYS A; 3HOS A; 4B9N A; 4YDU C; 2CGJ A; 1NGI A; 3OYI A; 4FOE A; 4CEB A; 5C42 A; 3AAQ A; 4C8K A; 3AVA A; 3CQY A; 1G99 A; 1H1V A; 4KRF A; 1NJZ A; 4WYB A; 3O1W A; 1BU6 O; 3TTF A; 3D2E B; 2WOM A; 2UUB K; 2Q1N A; 1XQS C; 4GVE A; 4JYA K; 1DT9 A; 4FWO A; 3WXL A; 2UYT A; 3O1B A; 4ISE A; 4FWR A; 3ZEU A; 3PIO L; 4DSI A; 1U6Z A; 4JAX A; 1YTA A; 4XH1 A; 2KZM A; 3VQ5 A; 4MFB A; 1QQN A; 4WCE L; 4KH5 A; 2XY8 A; 3QEW A; 4OPA A; 2BH1 A; 5FPE A; 2A42 A; 3GBT A; 3A5O C; 3FFK B; 5D3G A; 2KFN A; 2YNI A; 5KRS A; 4DCH A; 3J7A P; 5K14 A; 3CQ8 A; 4GY2 B; 2O8F B; 2OA8 A; 4DR5 K; 4OKK A; 1JLA A; 5GIO A; 1MDU B; 1OVQ A; 2RKI A; 3O4N A; 3NGY A; 4MQ3 A; 4U67 L; 4LD0 A; 4OO1 J; 3MEC A; 2ZJP L; 3MXJ A; 3BF3 A; 4M45 A; 1WSF A; 3J7Z O; 5AQL A; 3ATV A; 1X3N A; 5IWA K; 4YOW A; 3KK2 A; 1JL2 A; 3QES A; 4IFE A; 1RDA A; 5C2F A; 3L2Q A; 1S6P A; 1LWF A; 4IOA L; 2O4I A; 3QBW A; 4J2A A; 3NHG A; 4CJU A; 3HM9 A; 2HHU A; 3AGK A; 1BO5 O; 3AAR A; 4YOV A; 3ENB A; 4ID5 A; 4BR4 A; 5LJW A; 3OYB A; 4AIL C; 3K0S A; 2RPI A; 3RSE B; 1VQM N; 2P9K A; 3ZSY A; 5HP1 A; 4JK7 A; 3D2F B; 4IZ9 A; 3AAP A; 3P31 A; 1HKC A; 5KTQ A; 1J54 A; 2D0O A; 3BGR A; 3I0S A; 4PL8 A; 5AR0 A; 4FVM A; 3V9X A; 3VER A; 5F1X A; 3F2K A; 2UXD K; 1VSJ A; 2UUA K; 4BGA A; 3ZSO A; 1KLN A; 4B1U B; 1T05 A; 3LWM A; 4GKJ K; 1HJO A; 3GE1 A; 3NH0 A; 3V1O A; 3SAG A; 3CD6 N; 3OJS A; 2Z1I A; 2P9S A; 3SQ4 A; 3CPE A; 1RTH A; 4FWS A; 5AZI A; 3AA5 X; 5KPR A; 3H46 O; 3CXC M; 1D4X A; 3VEW A; 3DLB A; 1Y64 A; 3OYL A; 4DSL A; 2O8E A; 3QML A; 4DV1 K; 4H0P A; 1DLO A; 4CJF A; 4FJ5 A; 2O8B A; 1HPZ A; 5GAG P; 4JHD A; 1NK0 A; 3DYA A; 3LL3 A; 3AVN A; 3DXM A; 4DLE A; 3HPG A; 2PYJ A; 5I42 A; 2KKZ A; 2F9W A; 2WFB A; 1SL0 A; 4FLY A; 3G10 A; 1UA0 A; 5SWM A; 1GLA G; 5AQH A; 3CJB A; 1HMV A; 4CZE A; 1VQL N; 4BE1 A; 5E41 A; 2Y1J A; 3O4Q A; 3CC2 N; 3O8M A; 1KRP A; 2D1K A; 4PHT X; 3OBW A; 2VG5 A; 3UKR B; 4KHQ A; 1HYV A; 4FO0 A; 3EEQ A; 4ILJ A; 4OX9 K; 4CIF A; 2X74 A; 4N47 A; 4BRC A; 3PY8 A; 1T03 A; 4NXM K; 4E7L A; 4QS7 A; 4BWM A; 3ZSR A; 2YNG A; 1HKG A; 4OGC A; 2HHS A; 3LDN A; 3DXK B; 3P38 A; 2XY7 A; 2A40 A; 4FJK A; 4B9V A; 1WSE A; 1RBS A; 3VEX A; 1R0A A; 4M7X A; 3SQ1 A; 2YHY A; 4Y1C A; 1C1C A; 5AQG A; 1LCU A; 3ULE A; 1EX4 A; 4DTU A; 2W40 A; 4Q0B A; 3R8E A; 5BR9 A; 3SUQ A; 4RWT A; 4H5R A; 1NOZ A; 1GOB A; 3TAM A; 1RDD A; 2BTF A; 1NJX A; 4NO7 A; 1ZBU A; 2PY5 A; 3IUC A; 4CBU A; 3WEE B; 4CEO A; 3LDS A; 4CZM A; 3DLL L; 3FZM A; 3SI6 A; 5C25 A; 1KQS M; 1EQY A; 1XNR K; 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3OY9 A; 3LDQ A; 3LDP A; 3HO1 A; 2BAN A; 3CET A; 3PX6 A; 2FSK A; 3EN9 A; 4JI0 K; 1T8E A; 4Z4E A; 4IFY A; 4HUE A; 1NGD A; 4WQ5 C; 4B1V A; 4OPH A; 3EKS A; 1V4S A; 2IVP A; 2FF6 A; 1IKV A; 4CHY A; 2D0P A; 1XHZ A; 3VF2 A; 2UUC K; 3K9K A; 2NRR A; 4KHS A; 1B92 A; 3PX4 A; 2G8I A; 2NLX A; 4HVJ A; 3QNO A; 3CCS N; 4BRI A; 3ATU A; 1ZBS A; 4CZI A; 4PUO A; 2ZJR L; 4O0I A; 5ADX H; 3CPW M; 4HTL A; 4EP4 A; 1BQM A; 1EET A; 1QSY A; 4IXC A; 4E19 A; 4WF9 L; 1YHQ N; 5I3U A; 1N8R O; 3HOT A; 1HLU A; 2E2P A; 1NU0 A; 2YKN A; 3SLC A; 3F73 A; 2D0C A; 3WQU A; 4KO0 A; 5AQJ A; 3GL1 A; 2VYP A; 4FM1 A; 2FBY A; 3ID8 A; 3NFA A; 3THY A; 2A1S A; 3TAE A; 4CK1 A; 3T3F A; 3IKM A; 3T69 A; 4E1M A; 5GAH P; 2VCP A; 4OPK A; 4LF7 K; 4Z4I A; 3J81 O; 3NF8 A; 2NRH A; 4M3W A; 5FPD A; 4CZK A; 3ITH A; 3AO5 A; 1LAW A; 4IKF A; 1VSK A; 2QWN A; 4DR6 K; 3M1F A; 1LWC A; 3LM2 A; 4RW6 A; 3LP0 A; 1KAY A; 1XWL A; 4NLB A; 1ZXO A; 1JCE A; 2IVO A; 1P90 A; 3CFR A; 2Y1I A; 1RTD A; 1F21 A; 4XIU A; 4WQ4 A; 4DTR A; 1EKE A; 1NGF A; 4I9L A; 2P9K B; 4DV4 K; 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