The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
66
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sequence length |
189
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structure length |
189
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Chain Sequence |
PAMNSVFSGLDMLILLPYERRGTRLVVEDYRPDHIYCIGADFGKNQDYSVFSVLDLDTGAIACLERMNGATWSDQVARLKALSEDYGHAYVVADTWGVGDAIAEELDAQGINYTPLPVKSSSVKEQLISNLALLMEKGQVAVPNDKTILDELRNFRYYRTASGNQVMRAYGRGHDDIVMSLALAYSQYE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Viral genome packaging terminase cleaves DNA using the canonical RuvC-like two-metal catalysis mechanism.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Thermus phage g20c
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| molecule tags |
Viral protein
|
| molecule keywords |
Phage terminase large subunit
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| total genus |
66
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| structure length |
189
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| sequence length |
189
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-10-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5M1F A; 5M1K A; 5C15 A; 4IEE A; 3C6H A; 3C6A A; 4IDH A; 4IEI A; 5M1O A; 5M1Q A; 4IFE A; 5M1N A; 5M1P A; 5C12 A; 5C2D A; 5C2F A; 3CPE A; 5C10 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5KPR A; 3QNN A; 4CHQ A; 3DLB A; 4OGC A; 4NO7 A; 3O5B A; 5KTQ A; 3CCE N; 3CJ7 A; 2A41 A; 4M3T A; 4J8F A; 1WAF A; 1JLA A; 2NUB A; 2O8F A; 2FF3 B; 3SMP A; 4BAC A; 4ISE A; 3HXM A; 5BPL A; 1M90 O; 3SQ0 A; 4CEQ A; 2NRH A; 1VSF A; 3ZSO A; 3EO3 A; 1GLF O; 3L3V A; 1NMN A; 2KZM A; 4WQ4 C; 3F5T A; 3P39 A; 3ZX2 A; 1EKE A; 3G71 N; 1VRT A; 5HRP A; 4EP5 A; 4W5O A; 1I3A A; 3TWH A; 1NKC A; 1X9M A; 1D9F A; 3H6E A; 2VWB A; 4CFC A; 4HCC A; 3IFR A; 5DMR A; 3RSE A; 1QZ5 A; 1HNI A; 3KLF A; 3MEC A; 1ZBL A; 5AZJ B; 1SL2 A; 1RBU A; 3ZSY A; 1RBT A; 3EYZ A; 3V1O A; 1CZ9 A; 3O4N A; 1IV0 A; 5CHI A; 4H0V B; 2HNY A; 1NGG A; 4DTX A; 1NWK A; 1BOT O; 3QNO A; 5I3U A; 2KHO A; 3HRG A; 4KHS A; 3TPQ A; 3OYH A; 4FWM A; 4JI0 K; 4F9O A; 4NLC A; 5KQ8 A; 1MWK A; 1FJG K; 4DWI A; 3I33 A; 2Q36 A; 3LAL A; 3MCA B; 5JIC A; 2P9U A; 4FW1 A; 1A5X A; 3Q7B A; 3A0I X; 3AVA A; 4B8A B; 1TAU A; 5SZT A; 3VQD A; 4QOZ B; 1S1T A; 4CHZ A; 4Y1C A; 3V9W A; 4F3T A; 2UUB K; 2X6S A; 3U4L A; 1RT5 A; 1NK5 A; 1VQ5 N; 4DV7 K; 1N6Q A; 3ATU A; 4JRQ A; 3OS1 A; 3NF9 A; 4O4G A; 4BRN A; 3LP3 A; 4R5P A; 2I7N A; 4MO5 A; 2VWJ A; 4C8N A; 4Y1D A; 4CJF A; 4N47 A; 4Z4E A; 5GAG P; 1FK9 A; 1RDD A; 3CCR N; 1N33 K; 2OYQ A; 1KC8 O; 2E2P A; 4CVN E; 3WNG A; 3WQU A; 3NDK A; 3QEI A; 4YOR A; 4Z4G A; 1NGI A; 2BGG A; 3OYN A; 5AQM A; 5KRT A; 4LH5 A; 2VYP A; 1T3V A; 1VHX A; 3CCJ N; 2BTF A; 2PZS A; 2IDO A; 5JS2 A; 3C6U A; 4JKB A; 3PSI A; 4N76 A; 4CJ5 A; 2R7Y A; 1NJW A; 3WUH A; 1NOY A; 1SL1 A; 2HVH A; 1HNZ K; 3QIC A; 5HOO A; 1WBD A; 1TK5 A; 3U9Z A; 4HUF A; 3KK7 A; 5HL7 L; 3WNF A; 1OH7 A; 1JJ2 M; 4J2E A; 4BC4 A; 1XMQ K; 3V9S A; 1XHX A; 5AQH A; 2JWL A; 1TGO A; 1QS4 A; 5JVH L; 3HOS A; 1ITG A; 1D4X A; 3L6Q A; 4IXC A; 4CHN A; 4EHU A; 4AIL C; 4DFP A; 3LL3 A; 4DS4 A; 2JWK A; 4BE0 A; 2QWM A; 1LAW A; 3PO4 A; 3K5N A; 4FZY A; 1XQS C; 4CF8 A; 3VQ8 A; 1YJ9 N; 4FWP A; 3M8S A; 3EZW A; 1VSM A; 3UKR A; 4FJK A; 1QZ6 A; 3NGZ A; 4LF4 K; 4EZ6 A; 2F4V K; 3N4P A; 2QWL A; 3A8Y A; 1VQ4 N; 2HOE A; 3WXL A; 4IO8 A; 1W2B M; 4LF9 K; 5TKW A; 1TL3 A; 2YHW A; 2ZGY A; 5HRS A; 2F9W A; 3WXJ A; 4BRG A; 1NK7 A; 1HKC A; 2IC3 A; 4DQR A; 2BH1 A; 3AVI A; 4ELU A; 3TAE A; 2E2O A; 3MMV A; 4NCA A; 2YHY A; 3VES A; 3AO5 A; 1VRU A; 3NF8 A; 1HNX K; 3J8A A; 3OTO K; 3IUC A; 3VQC A; 3CME N; 3DRS A; 2G8I A; 3TTC A; 3KKS A; 2E1Z A; 3ZSR A; 1J54 A; 4CFD A; 4RWT A; 4CGJ A; 5BRF A; 4DTM A; 3TAG A; 4EFH A; 4EHT A; 2AP1 A; 2E8A A; 3SUN A; 3QBX A; 3SQ4 A; 3G6E N; 4MLH A; 1LOT B; 5J2N A; 1BIS A; 4A5A A; 4BVO A; 1C0U A; 2P9K B; 4DV0 K; 3SZ2 A; 3MED A; 3LM2 A; 1N5Y A; 3PX0 A; 3LZJ A; 3MXJ A; 3I56 N; 1HJR A; 1C6V A; 5AQX A; 2YKN A; 3FE1 A; 4FL9 A; 1MA9 B; 3AO2 A; 4YOY A; 3IKM A; 3E9L A; 3KK1 A; 4JKG B; 3AVC A; 3M8R A; 2A5X A; 3OS2 A; 1QQC A; 2X6N A; 1GLL O; 3MCP A; 3EN9 A; 3AO1 A; 4X64 K; 5M1F A; 1NK0 A; 1GLB G; 4LH4 A; 3RRH A; 3OYM A; 1T6D A; 4FXD A; 3AAR A; 2GX9 A; 4M45 A; 4OGE A; 1VSI A; 5I42 A; 1TKZ A; 5FPN A; 3NH0 A; 2QKK A; 2GEL A; 4CED A; 4CJP A; 1MDU B; 5HLF A; 1QQN A; 1QSY A; 1JLG A; 2QI2 A; 4CK2 A; 3DXK B; 4NLB A; 1QHT A; 3CET A; 2LSN A; 5AQK A; 3CXC M; 3THX B; 1MU2 A; 5AQS A; 3ZLJ A; 3OBW A; 4CGG A; 3ENH A; 3OVN A; 4OX9 K; 1JXB A; 3AVG A; 4CJR A; 3SNN A; 3CHW A; 3OBY A; 4JHD A; 3VEO A; 2UU9 K; 2VGM A; 4KHP K; 4DU4 A; 1W97 L; 3U8X A; 3PX6 A; 2UYT A; 2P9L A; 3THW B; 3M3Z A; 3M8Q A; 3S3O A; 3LDN A; 3HK2 A; 3O9S A; 1WSJ A; 4CD1 A; 1VSJ A; 4CJV A; 3ENB A; 1X9J A; 4H5N A; 1RTH A; 2E88 A; 1NKB A; 1IKY A; 2PAV A; 3DLK A; 1YAG A; 3E9O A; 4BWJ A; 3N4Q A; 2OPS A; 4KB0 A; 4BRD A; 5K14 A; 1VQM N; 4DQQ A; 5B8H A; 1UWB A; 2QXL A; 3HPH A; 2P9N B; 4N5S A; 2G8W A; 4IZ9 A; 3RR8 A; 1GLA G; 1YJW N; 2UUC K; 4LFC K; 4AM6 A; 1ESV A; 3KTQ A; 3QBW A; 1WLJ A; 4IFE A; 3ISN C; 4PL7 A; 3OYF A; 2Q1N A; 4PKI A; 1SQK A; 4YFU A; 1IH7 A; 2YX6 A; 3QB0 A; 1OVY A; 1HRH A; 3AAQ A; 1QE1 A; 1QSS A; 3OJU A; 3CJA A; 3QDK A; 1RTD A; 2O4I A; 3DOK A; 1KRP A; 3C7N A; 1T03 A; 3CC2 N; 3QEP A; 3HPO A; 1JCE A; 4FWN A; 4HCB A; 4WYB A; 3P38 A; 4B3O A; 4HTU A; 3K9K A; 2NRR A; 4ZTF A; 4O8U A; 3NGI A; 5LMU K; 1RFQ A; 1NBW A; 3K9J A; 1HLU A; 3WEE B; 3G4S N; 4A62 A; 2VG7 A; 5AZJ A; 3O08 A; 1ILY A; 2HHW A; 2CH6 A; 1KTQ A; 3ZT2 A; 5C25 A; 4B9U A; 4YNQ A; 1SKR A; 3D0P A; 3DOL A; 4BY9 C; 3F9K A; 2O8E A; 2D1K A; 5JVG L; 3I8D A; 3ZT4 A; 4FLU A; 2HW3 A; 1VSH A; 1Q8I A; 5HRO A; 3AVB A; 3AA5 X; 1LWC A; 3O9T A; 3VOV A; 3AO3 A; 1KVA A; 3CD6 N; 1RT1 A; 4AF1 A; 4H0X B; 2KQ2 A; 1Y64 A; 4JI5 K; 5C15 A; 2OCE A; 4CJT A; 4DQI A; 4CER A; 2HHU A; 5J2M A; 3TAN A; 4GV3 A; 1CXU A; 3ID8 A; 4CJ7 A; 4M3W A; 4L3Q A; 4AHR A; 3CC4 N; 1KXP A; 3AVK A; 1FXX A; 3UKU A; 3VEN A; 3MXM A; 3O80 A; 4KV8 A; 5D3G A; 1W9H A; 3EY1 A; 4B08 A; 5BR8 K; 1YF5 L; 2E4L A; 4PWD A; 2QXF A; 4AHT A; 5JS1 A; 3L4I A; 1C1B A; 5J2P A; 1NGE A; 4FJX A; 4BE1 A; 4CJS A; 1NGA A; 5GAE P; 4A2B A; 1NOZ A; 3O1B A; 4FJN A; 4A57 A; 2A1R A; 3NAE A; 4CZM A; 3SJH A; 4CEB A; 2B6A A; 5SWM A; 3TAB A; 4XEI A; 1E4G T; 3OYK A; 4UY8 O; 4M3R A; 4JKE A; 3LP0 A; 4CK3 A; 3MXI A; 3TTF A; 3MEE A; 4A2A A; 5AQN A; 3CFO A; 5CE3 A; 3DM2 A; 3DLG A; 5CYQ A; 2IVO A; 1VQK N; 3VQP A; 1WSI A; 3D2F A; 5KI6 A; 5GIO A; 4BR9 A; 4NXN K; 4HHT A; 1RTJ A; 3IRX A; 4FWL A; 3C0B A; 4O5F A; 5HRR A; 3DLR A; 1JKH A; 1QVF M; 1LWF A; 1RDA A; 1L3V A; 4FWS A; 2WFB A; 5AJ3 K; 5TKY A; 3CPE A; 1NMD A; 1Y97 A; 4DQP A; 4E1N A; 2VG5 A; 4RW8 A; 5BN8 A; 2HBL A; 3TAM A; 3GOI A; 3HT3 A; 4FPB A; 4AM7 A; 4K42 A; 4YDU C; 2HHT A; 3PV8 A; 4DTJ A; 1VQ9 N; 1LW2 A; 1NGJ A; 1ASU A; 2HHH K; 3V81 A; 3H45 C; 3JYT A; 3ALY A; 4OPH A; 3QO9 A; 4B9V A; 1Q82 O; 4DV1 K; 1UA0 A; 4WQ5 C; 3ZSX A; 1JLB A; 4JAX A; 3ZT3 A; 2HMP A; 4X66 K; 1VQN N; 4MLE A; 3VQ9 A; 4Y0W A; 4EZ9 A; 4KI4 A; 4H4O A; 5BPM A; 2JLE A; 4ISG A; 3SBT A; 4ELV A; 2HF3 A; 3TTD A; 3HOT A; 3NGY A; 4E7K A; 2CGK A; 1ZBS A; 3C65 A; 2D5R A; 2WBN A; 3JXU A; 1U2V A; 3U6F A; 1S5J A; 1G15 A; 5AQR A; 3OW2 M; 3NF6 A; 1A5V A; 3CF5 L; 5FPE A; 4KBO A; 1IKX A; 1NGF A; 2YHX A; 3T1A A; 4HWI A; 2IVP A; 1K73 O; 3VF4 A; 1RBV A; 2XY5 A; 4IG3 A; 4H4M A; 4JI7 K; 4H0T B; 1ATR A; 5KQD A; 2PYJ A; 4LSN A; 1RDB A; 4F2S A; 2P51 A; 4OLA A; 1TUY A; 4LF5 K; 3TI0 A; 4DSL A; 1O13 A; 1ZXO A; 4LFB K; 3V9U A; 5LL6 Z; 3SAG A; 3FFI A; 1HKG A; 3CQ8 A; 1BWF O; 3HPG A; 4DF8 A; 3FZM A; 3MWT A; 3CPW M; 1RDC A; 1N8R O; 4JV5 K; 2HBM A; 1CLQ A; 3VQ6 A; 3DMJ A; 4CJW A; 3UE5 A; 4KHQ A; 1X9S A; 1TK0 A; 4CF2 A; 1WB9 A; 4U7B A; 2YNG A; 2P1J A; 1N34 K; 3SCX A; 3QFU A; 3C94 A; 4I6M A; 2RE2 A; 4WFN L; 3T1Y K; 4DSI A; 3WXM B; 1VSL A; 4Z0U A; 4OJR A; 3ID6 A; 1XMO K; 3SPZ A; 2IGI A; 1TKX A; 3G0Z A; 1DT9 A; 3OY9 A; 3LDP A; 3DWL A; 1YIT N; 2YJE A; 3A5N C; 1VSK A; 4JD2 A; 4H0O A; 4FPA A; 1XHZ A; 2YKM A; 2BAN A; 3AA3 A; 3OHR A; 1BI4 A; 1TVR A; 2QA4 N; 1BIU A; 1ZYQ A; 2G8F A; 1NGD A; 4B1X B; 4IKF A; 4JS4 A; 2ZM6 K; 2Q0R A; 2G8U A; 4DR3 K; 1OH8 A; 5M1P A; 4TSX A; 3ATV A; 1FKO A; 3J7Z O; 4KH5 A; 1L3S A; 4CJ4 A; 2KKZ A; 4NYN A; 1S9G A; 1NK4 A; 1VQP N; 3HM9 A; 3NCI A; 3MEG A; 3LPU A; 3THW A; 4FJI A; 4CIF A; 1TAQ A; 1EO1 A; 3PO5 A; 5GAH P; 2NRV A; 2A42 A; 1BL3 A; 1Q18 A; 4BDP A; 5JMV A; 3HP6 A; 1L3U A; 1I39 A; 3VQA A; 1GLJ O; 3P5J A; 3SLC A; 1D8Y A; 3BGR A; 2YNF A; 2GWJ A; 2DPN A; 4KHW A; 3KVG A; 3TAR A; 4JRP A; 1I94 K; 2JGU A; 5E84 A; 1C1C A; 3ZYY X; 3BP8 A; 4BG9 A; 1GLD G; 2GUP A; 3VEY A; 4B3R K; 3RR7 A; 3KHY A; 4DQS A; 3C6H A; 3O4W A; 4KRE A; 2VQF K; 4A61 A; 1ZBU A; 2NLX A; 2PY5 A; 2H3G X; 5EX5 A; 4IWV A; 2YV0 X; 4O0I A; 2UUA K; 1S1U A; 1S9E A; 1QVG M; 3HBT A; 4BRL A; 4LY7 A; 4JNE A; 4RW6 A; 1SKW A; 4CGH A; 2DTU A; 1BI4 B; 3FLC O; 1XC3 A; 1WUA A; 3CCU N; 2EHG A; 4FWK A; 3O3H A; 4FLT A; 3K5L A; 1UAX A; 4PHT X; 2XY6 A; 3DAW A; 2OA8 A; 1GOB A; 3EKU A; 3VQ4 A; 4YOU A; 3LDS A; 1T05 A; 2HND A; 3TAP A; 1C0M A; 5ADX A; 1KCF A; 3V4I A; 2Y1I A; 3B8A X; 2QKB A; 3F9M A; 3TSQ A; 4IOA L; 1S72 N; 2O8E B; 4BR7 A; 1YTA A; 4FVU A; 3RMA A; 3NBP A; 4K8X A; 1REV A; 4YOX A; 4G9Z A; 2O8B A; 2YJF A; 4K8Z A; 1EX4 A; 3F2K A; 5C0Y A; 5EOY A; 2E1Y A; 1G99 A; 3O3G A; 5M1O A; 4OPJ A; 3ZSW A; 1NNE A; 4E1M A; 2ASP A; 1NK6 A; 1TKT A; 1JCG A; 5J1E A; 2RN2 A; 1VAZ A; 4IG0 A; 5AQT A; 3JS6 A; 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3QIN A; 3VMF B; 2D0A A; 3O9Q A; 1KFD A; 4WFA L; 1KAY A; 5AQY A; 1BGX T; 3ZET A; 2O8D A; 2QM1 A; 4GY2 B; 2P9I A; 3P1G A; 3AVF A; 1Q81 O; 2YI1 A; 3I0S A; 1KVB A; 4LD0 A; 5C12 A; 5C2D A; 4IEE A; 2V52 B; 5CYM A; 3ULD A; 3EZ5 A; 4I7F A; 1W7A A; 4OKK A; 2PFU A; 2IS3 A; 1NGC A; 1TYQ B; 2P9P B; 1YHQ N; 2B5J A; 4JN4 A; 4DF4 A; 4PKH A; 2WTU A; 1QSL A; 4NB4 A; 3SPY A; 4I9Q A; 4M3Z A; 4U67 L; 2WUS A; 2FSN A; 3QLH A; 4LF6 K; 4CEF A; 2G8V A; 2WON A; 4CI6 A; 1RTI A; 3KIO A; 3S3N A; 1A5W A; 3CJ1 A; 3QFP A; 4B1U B; 4CK1 A; 5DM6 L; 3E1Y A; 4R79 A; 1XNR K; 3AVJ A; 4C8L A; 1CZB A; 4RG8 A; 4BRI A; 4DKW A; 5LY3 A; 1C0G A; 4DFK A; 1NM1 A; 4YY3 K; 3SUP A; 3PY8 A; 2HHX A; 3VQ7 A; 4DG1 A; 4W5T A; 3GE1 A; 1KAZ A; 2P9K A; 3HL8 A; 3SQ2 A; 1BCM A; 4M3X A; 4FLV A; 4A59 A; 4CFB A; 3JSM A; 1MWM A; 1SS6 A; 2GUI A; 4J2B A; 3DLH A; 1HYZ A; 4ZTJ A; 3GDQ A; 5EVZ A; 4CZH A; 4CJK A; 1Q9Y A; 1LV5 A; 4B9L A; 3H1Q A; 1QTM A; 4GV9 A; 4BRQ A; 3AGR A; 3VA3 A; 3LM9 A; 2OZS A; 2EX3 A; 1RT6 A; 3J7A P; 2A40 A; 3PSF A; 5EU7 A; 1S6Q A; 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