3D0PA

Insights into rna/dna hybrid recognition and processing by rnase h from the crystal structure of a non-specific enzyme-dsdna complex
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
publication title Insights into RNA/DNA hybrid recognition and processing by RNase H from the crystal structure of a non-specific enzyme-dsDNA complex.
pubmed rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 43
structure length 134
sequence length 134
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2008-05-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3d0pA00
1RBVA 3U6FA 1YVUA 1L5UA 4HTUA 5FDLA 3HPGA 5HBMA 1BIZA 5E41A 2Z1IA 3RTVA 4CJLA 3NH1A 4G1QA 2PY5A 2KZZA 1RBUA 4HCBA 1WLJA 3AVBA 3KLHA 2AJQA 1KCFA 3K2PA 2E6MA 3LPTA 4Y1DA 1IO2A 2R7YA 4FZXC 3HPOA 2WOMA 4HHTA 3PV8A 2OYQA 4CECA 4Z4GA 2LSNA 5I42A 3OYHA 3RRHA 4OKJA 3SUQA 2E6LA 4W5QA 1LW0A 4CJRA 2ZQBA 4CF8A 4YFUA 3OYLA 2ETJA 4Y1CA 4DTMA 4CHOA 4H4MA 5J2MA 2ITGA 3CFOA 4GVMA 1QSYA 1NJWA 2HNYA 3PO5A 1R0AA 1J54A 4W5RA 4GW6A 1T8EA 2DTUA 4IG3A 4FLXA 2EHGA 3AO4A 3V9ZA 1IKVA 1JLCA 1LAVA 1RDAA 4ID5A 4KTQA 3SZ2A 4I7FA 4CHQA 1ZBFA 3KTQA 1TK5A 4M3YA 1X9SA 4O44A 3NF7A 1HQUA 4N47A 5FROA 4CJPA 1QS4A 1A5XA 3G10A 3SQ4A 1NJXA 3O4QA 4MQ3A 5KGXA 1UAXA 4AHSA 4CK1A 4Z4FA 4KTZA 3TR8A 1F21A 2FBYA 3MXMA 5KTQA 3HYFA 1NJYA 3NF8A 4I9QA 1JKHA 3AVKA 5CY4A 3MAQA 4DWIA 3VQPA 4EZ9A 2XY6A 4FJIA 4CEZA 4O0IA 3OJUA 2VWKA 4DQQA 3RRGA 1LWEA 4FXDA 1WSJA 2YKNA 4DTXA 4B9TA 2FBVA 3NH2A 1EX4A 3SV3A 5EU7A 4H4OA 3KKSA 3VQ9A 4DQSA 1VSFA 3TANA 2G8FA 1QTMA 5J1EA 4FJ7A 3V9UA 3F9KA 4DSEA 4CGGA 1S1TA 1JLBA 3OJSA 2YNIA 1CZBA 1RT6A 1BCOA 3M8SA 3CFRA 4CJEA 4BE0A 1KLNA 4C8KA 2IAJA 3HM9A 1N5YA 3QESA 4FJMA 4C8LA 4AHCA 4CK2A 1D9DA 3KK3A 1KSPA 3NAEA 1GOBA 3S3MA 3ZSYA 3OYIA 2P51A 4PUOA 3AVMA 4HUGA 2HHTA 1YTUA 4DSLA 2D5RA 4DFJA 3NCIA 4FYDA 2YV0X 4W5TA 3LZIA 1UA0A 1KVBA 2P1JA 4JRPA 3JSMA 4FZZA 4DTPA 3AVCA 4AH9A 2G8VA 3C95A 1GOAA 3TAFA 4QOZB 1VSEA 3L2QA 3NDKA 2OPSA 4CGIA 5J2PA 3AVIA 3HVRA 1WSIA 3ZT4A 4JS5A 2DFEA 5FRNA 2W42A 2XY7A 1BISA 1ZBHA 2IOCA 1HJRA 4O55A 3CFPA 4FLVA 3DLKA 4FJLA 1KFDA 4DLGA 2P5OA 3VQCA 3OYKA 4Z4HA 3KK2A 3SQ0A 5CYMA 3MXJA 3DOLA 4CHNA 1KRPA 4B9VA 1TK0A 3T19A 1IG9A 3TI0A 4E7HA 5SZTA 1DTQA 2D0BA 4CGHA 1T05A 3HK2A 1N6QA 1T03A 5CZ1A 3RWUA 2G8IA 3ZSOA 1RBTA 4CF9A 3LP1A 3D45A 1QSSA 3U3YA 4DQRA 4RW7A 4FCYA 3VN5A 2BDPA 3AO1A 4HUFA 1HYSA 1UWBA 4IDKA 1VSKA 2XY8A 1TV6A 1VSJA 1RT3A 2E4LA 3OYJA 4FK4A 3IAYA 4ELVA 3QETA 2OPPA 4OJRA 1EKEA 3L2RA 3V9WA 4W5OA 3OS1A 4F3OA 2PZSA 4B9UA 3AVHA 1C0MA 4CJQA 2B5JA 1U04A 3KLIA 4KTWA 2KW4A 4KRFA 4M42A 4Q0BA 1TAQA 1XHXA 3DLGA 3SUPA 2YNGA 3I0RA 4FLZA 4C8OA 5D3GA 1KTQA 1WSFA 1DLOA 2X78A 2Q3SA 1S1WA 1SKRA 3VQ7A 4BWMA 4FM2A 4FJXA 4E3SA 3EZ5A 4CGDA 1VRTA 2G8UA 3P5JA 3KD5E 3MXIA 5DMRA 2KFNA 1TAUA 3RMCA 3SCXA 4DF4A 4PA1A 3SV4A 3QO9A 4JLHA 2O4GA 2Z1JA 4CJFA 3ULDA 3TAQA 3DRSA 4OLAA 3TARA 2G8KA 1BQNA 4AHVA 4DS4A 3AVJA 3VQDA 4KFBA 1HNVA 2DFHA 3LAKA 3LP0A 2HNDA 4KKOA 3MEDA 1NKCA 3IRXA 3NF9A 4RW6A 1TL3A 1JLFA 2I5JA 5T7BA 4NYFA 4E1NA 2IC3A 1JLQA 4DTJA 2IDOA 3VQBA 4E0DA 4M3RA 1FXXA 3DI6A 1J5OA 1VSLA 1X9WA 2B6AA 1A5VA 4O4GA 5KI6A 3K5NA 3PX0A 1WAFA 4PWDA 2VWJA 4GMJB 4FK0A 1QE1A 3WNEA 4KI4A 3ZSWA 2X6SA 1IKYA 3CG7A 3K59A 1WSEA 1ASWA 3LPUA 4OKKA 1HMVA 1CXQA 1B92A 4KV8A 4DFPA 1U48A 3PO4A 3RMAA 4HVJA 3NFAA 4DQPA 3ZSRA 5KGWA 4F3TA 1HYZA 3C94A 4H8KA 2GUIA 4RW4A 4CERA 1LAWA 4CJWA 3KLFA 4LH4A 4CEQA 4B08A 4CHZA 1MU2A 4CJUA 1XI1A 3S3NA 2ZE2A 2G8WA 1Z26A 3DYAA 3OYDA 4Z4EA 5KRSA 1YT3A 3K5LA 4BWJA 1VK0A 4K8XA 1HRHA 4Z4IA 2VG5A 4FJ5A 3K5MA 1U4BA 2OA8A 4FJKA 3OVNA 1S1VA 3LWLA 4FM0A 5K14A 3ISNC 4DTUA 3PUFA 1WSHA 2OZMA 1NK7A 4HCCA 4KHYA 2BGGA 1HYVA 2KQ2A 4W5NA 1JXBA 1CLQA 4NCBA 3AV9A 1C1CA 4LY7A 4CFDA 1C0TA 3MECA 3P1GA 1RBSA 2X74A 3WNGA 3TWHA 3OYNA 3CQ8A 1SL0A 2HW3A 3OS2A 4NCGA 3HP6A 4M3XA 4E89A 2A1SA 5SWMA 2XO7A 2X6NA 3IS9A 5CYQA 4N56A 2A1RA 3L3VA 4LSLA 1IKXA 3HJFA 1BI4A 3HT3A 1LV5A 3HXMA 4B9NA 3EY1A 4DTOA 1SV5A 1TKDA 3A2FA 1FKOA 1Z25A 3VQ8A 4EZ6A 1Q8IA 3T3FA 4E1MA 3HSTB 1XWLA 3ZSZA 4J2EA 3H08A 3ZCMA 4DTRA 4J2BA 4E7KA 4KPYA 2HHWA 4B3OA 2VG6A 3IG1A 1RDDA 3O3GA 4I2PA 4ZHRA 1JL2A 3ITHA 4JS4A 3D0PA 4DG1A 4DS5A 2GBZA 3HVTA 1QSLA 4FZYA 2QKBA 1TKZA 1IH7A 4CFBA 2OPRA 3AVAA 4FLUA 1NK0A 1Q9XA 1HQEA 4QAGA 2D0CA 3S9HA 1SKSA 4PY5A 1EXQA 1KVAA 4B9MA 1S5JA 5J2QA 1NKEA 4C8MA 2NUBA 1UA1A 4CEFA 4B8CA 4CJ3A 3P83D 4C8NA 3TAGA 3QIOA 4CEEA 3NE6A 4FW1A 5I3UA 4Q5VA 2FBXA 1L3UA 4M3ZA 3SQ2A 1RTIA 3VQ4A 4CGJA 1NKBA 2P5GA 4RW8A 4CJ5A 2BANA 2QKKA 4O5BA 4K8ZA 3ASMA 3T1AA 3NGIA 3AO2A 4KHWA 1FK9A 3OS0A 4CHYA 1C0UA 2HHXA 3V9XA 1LW2A 4N5SA 3S3OA 4FLYA 4CFCA 1C1BA 4AHTA 4L8RB 4FLWA 1RT1A 1TL1A 3AO5A 3NBPA 2RPIA 1KFSA 4CF1A 4Z4CA 3K57A 1ASVA 2YNHA 4F8RA 2OZSA 1RDCA 2RF2A 1SL1A 1RTJA 4FJJA 5HRRA 1RCHA 3ZT0A 3KLGA 1S1XA 4RW9A 2JLEA 3V6DA 1NK6A 2O4IA 4OKEA 4KB1A 4FJ8A 3QEXA 2HHVA 1VRUA 1WNSA 3FFIA 3QEWA 4CHPA 4N76A 4PQUA 2YKMA 1TKXA 1REVA 3L2VA 3NF6A 4QCLA 4CJ4A 4KO0A 4E7IA 3G0ZA 3HP9A 1ZBLA 4AHRA 3KK1A 4EP4A 5JS2A 4B9SA 2ZD1A 3O3FA 1TKTA 2HVIA 3EYZA 4F2RA 3E01A 2YHAA 4FLTA 3SNNA 2FBTA 4DSJA 4BDZA 1TK8A 3VQQA 3BDPA 5CZ2A 1RT7A 1U47A 2IS3A 3ALYA 4YNQA 3HL8A 1NK8A 3NGZA 4O0JA 4NCAA 3LP3A 4M3TA 1UOCA 3QIPA 4J2DA 3L2UA 4F2SA 3QNNA 4AILC 4CJSA 1D8YA 2QK9A 4LH5A 5HROA 3VQ5A 1U49A 3V1RA 1G15A 3OYBA 4DMNA 2IGIA 4E19A 3AO3A 3VA0A 3SUNA 4DQIA 4J2AA 4KHNA 3LP2A 1RILA 3TAPA 1FKPA 2KTQA 4Z0UA 1DTTA 3LANA 4IFYA 4KAZA 3DLBA 2HMIA 3RR7A 1S9EA 2KZMA 4DSFA 2HVHA 2HHSA 2FC0A 4IFVA 4EP5A 1ZYQA 1JLEA 1YTAA 2ATQA 5C25A 2D0AA 2Y1IA 1L3SA 2OPQA 2QXFA 4M45A 2BE2A 3K58A 1XHZA 4DU4A 2F8TA 4OPKA 3AA3A 3AVFA 1ZBIA 1NK9A 3DLHA 3V4IA 1S6PA 3LDSA 3CM5A 1C6VA 1JXEA 4R5PA 2HNZA 4CCHA 3B6OA 1LWFA 5HRSA 3SJJA 2WONA 2F96A 3C6UA 1S9GA 3LWMA 3O4NA 4IG0A 4CJVA 2XHBA 3KD1E 3M8QA 1VSMA 2B4JA 3AA4A 4ICLA 2Z1GA 1CZ9A 3V1OA 4CIGA 4CF0A 3LALA 4M41A 4DFKA 3OYCA 3QEPA 4OLBA 1BCMA 4KHQA 4DSKA 1BQMA 4IBNA 1XC9A 1NK5A 2VG7A 4CESA 3L2WA 1NK4A 1BGXT 5J2NA 1ZBUA 1NOZA 1BIUA 1I3AA 2HB5A 2Z1HA 3QEIA 1QHTA 3KIOA 1Q9YA 4FJGA 3QNOA 1BHLA 3CYMA 3VQAA 3SPYA 1BI4B 5DK5A 4E7LA 1D9FA 1S1UA 1BL3A 4BE2A 1NJZA 4CEAA 4KB0A 4JRQA 1RT2A 5HLFA 4XIUA 4OGEA 4CJTA 3F73A 3PX6A 1B9DA 3ZT3A 3MEEA 4HUEA 3PY8A 3DMJA 4DSIA 5KRTA 3OYEA 1CXUA 1J53A 3HO1A 3L8BA 4N41A 4UQGA 4RG8A 3ZT1A 1VSDA 4CFAA 4ZTJA 1RBRA 4FJNA 1TVRA 1X1PA 1KLMA 3SI6A 4CEOA 2RKIA 4ID1A 3DLRA 1HNIA 1RTDA 3OYMA 1B9FA 4BDYA 4AHUA 1WSGA 4KHUA 5FRMA 1VSHA 3LAMA 3ZSQA 4B8AB 1HPZA 2PYJA 4ELUA 3AVGA 4ZTFA 1GOCA 1I39A 4CEBA 5C42A 3KJVA 3RMBA 3C6TA 3AVNA 1JL1A 1TGOA 3RR8A 4NYNA 2YNFA 4LSNA 1SL2A 4BE1A 2Y1JA 1NOYA 1S6QA 4DU1A 4LD0A 3DRRA 3AA2A 3ZSXA 4DFMA 3KKRA 1WN7A 2YHBA 3KLEA 2HHUA 3DM2A 1LWCA 3BGRA 3SYZA 3V1QA 2HHQA 3OYFA 4CGFA 2F8SA 5HRPA 3TAEA 5HP1A 4DU3A 3O3HA 3V81A 4CE9A 3NH0A 3AA5X 3QINA 5C24A 3WNFA 4KI6A 3SUOA 1RNHA 4FW2A 3VA3A 1EP4A 1W0HA 4OVLA 1ASUA 4BDPA 1JLGA 1QQCA 4KHSA 3VQ6A 2PYLA 3L3UA 1X9MA 3SPZA 1SUQA 3PX4A 3MEGA 4I2QA 4OGCA 2KFZA 2DY4A 3I0SA 1K6YA 4CF2A 4OPJA 3OYGA 3OYAA 1RT4A 3VQEA 1J9AA 3CM6A 3TAMA 3U3GA 5HRNA 2RN2A 1L3TA 1C1AA 3ZT2A 2XRIA 4CIEA 1A5WA 2EX3A 3WNHA 3HPHA 4TSXA 1L3VA 3TABA 1T7PA 4F4KA 1KVCA 3DRPA 4FJ9A 1IKWA 4I9LA 3UIQA 1JLAA 5JS1A 4E7JA 3NGYA 3SQ1A 4CIFA 3V9SA 4CJKA 3JYTA 3THVA 4ELTA 3AVLA 3M8RA 4FM1A 2JGUA 3ZSVA 3OY9A 1RT5A 3DLEA 3QERA 4KREA 3DOKA 1SKWA 4CK3A 1RDBA 3K5OA 1Y97A 4DF8A 4M3WA 4IKFA 2G8HA 3RMDA 1EETA 2GV9A 3QEVA 1VSIA 3M8PA 1RTHA 4MFBA 4FK2A 4M3UA 4WE1A 2DFFA 4DTSA 4B9LA 1U45A 1WAJA 2XY5A 3B6PA 4FVMA 3NHGA 4DLEA 4BACA 4FJHA 1O1WA 1D5AA 3LZJA 1W9HA 1ITGA 3QLHA 3I8DA 4CEDA 4DTNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3P39A 1L5UA 3HPGA 5HBMA 5E41A 4XH5A 3TTCA 5HOOA 4HCBA 5C2DA 4BR7A 3AVBA 3OA9A 1JCGA 1KCFA 3VOVA 4JHDA 3SMSA 3SUQA 1KXPA 2E6LA 5LY3A 4YFUA 3PO5A 1R0AA 1T8EA 3GOIA 2GWJA 4GW6A 2HBMA 3OHRA 2FSNA 3CPEA 4ID5A 3SZ2A 2JWLA 4O44A 4CJPA 4A57A 2F9WA 3G10A 2W6KA 2QXLA 4AHSA 3O8MA 2FBYA 2YJFA 4EHUA 4DV3K 4BRDA 1IG8A 5CY4A 4B9QA 4FJIA 3RRGA 4FXDA 1WSJA 2FBVA 1VQ6N 4H4OA 3KKSA 1O13A 1X3MA 3I56N 1Q82O 4DSEA 4CGGA 1BDGA 1RT6A 1BCOA 4YOUA 3QESA 3CCUN 1GOBA 1E4GT 4PUOA 3PIOL 5AQYA 2D5RA 3NCIA 2P9SB 2HBJA 4WF9L 3JSMA 4FZZA 1GOAA 1QZ6A 3LDQA 5FRNA 1BISA 2BUPA 4O55A 1KFDA 4DLGA 4FWKA 4PKGA 3GDQA 3SQ0A 3L0QA 1YJWN 4CGHA 1RDUA 3G71N 3RWUA 4CF9A 3U3YA 1YITN 4RW7A 3AO1A 1HYSA 3FZKA 1VSKA 1TV6A 3OYJA 4FK4A 5BPMA 4BC4A 1EKEA 3L2RA 3V9WA 4W5OA 2HOEA 4F3OA 3T1HK 3AGKA 3KLIA 1TAQA 2ASMA 3I0RA 4BRLA 1S1WA 1SKRA 3W3DA 3VQ7A 4BWMA 4E3SA 4CGDA 2FF6A 3P5JA 3KD5E 3MXIA 3CC2N 2KFNA 1TAUA 4JKBA 4PA1A 5C12A 2O4GA 2Z1JA 3DXMA 4OLAA 4AHVA 4DS4A 3KK7A 3VQDA 4LFCK 3A8YA 1D4XA 3LP0A 1IBMK 2ZJQL 3IRXA 4DR5K 4HWIA 1JLFA 4GKJK 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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