3D0PA

Insights into rna/dna hybrid recognition and processing by rnase h from the crystal structure of a non-specific enzyme-dsdna complex
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease H
publication title Insights into RNA/DNA hybrid recognition and processing by RNase H from the crystal structure of a non-specific enzyme-dsDNA complex.
pubmed rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 43
structure length 134
sequence length 134
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2008-05-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3d0pA00
1A5VA 1RT7A 4PUOA 4JLHA 3K5LA 3P1GA 1KVBA 4QAGA 3S3OA 4G1QA 2PYJA 2F8TA 1NOZA 1J5OA 4FJNA 2XY6A 2YKMA 4CESA 1C0MA 4JS5A 4DSJA 1LWCA 1C1CA 4YFUA 2KQ2A 2OA8A 4ELVA 4M3YA 1L3SA 3SQ4A 3LPTA 4O4GA 1BQNA 1UWBA 5FROA 4Z4HA 4CEFA 2DTUA 3HYFA 3MECA 1BCMA 1I39A 4B3OA 2IDOA 3OYJA 3AO5A 3SV3A 1CXUA 4CHOA 3OJSA 5HBMA 3HM9A 4CJEA 4KO0A 4Z4GA 2W42A 4KHUA 3ZSRA 3QINA 4GVMA 1T8EA 3NCIA 4CHYA 3F73A 5DK5A 4F8RA 3LPUA 4LH5A 2HHWA 4NCBA 4HCCA 3AVIA 4KI4A 5FRNA 2YNFA 4FJJA 4I2PA 4KFBA 3V81A 3K5MA 1SKWA 1KRPA 4CJQA 4NCGA 3D45A 1D5AA 3CG7A 2ZQBA 4CEQA 1QSSA 1NJZA 4FK0A 4KRFA 2Z1JA 1TGOA 3TAMA 4I2QA 1N6QA 3HT3A 3AVFA 5HRSA 3DRRA 5HRPA 3HXMA 4F4KA 3O3GA 3QNOA 3VN5A 2PYLA 1DTQA 2ZD1A 3AVBA 1JL2A 1JLBA 1QS4A 1S1TA 1RT6A 3CFPA 4DG1A 4HUFA 3LALA 4OPJA 1EKEA 4MFBA 2Y1IA 2HVHA 1SKRA 1SKSA 1QQCA 1JLGA 4C8NA 4EP4A 3JYTA 2ETJA 1L3UA 3O4QA 3PY8A 3OYFA 3PX4A 4KHWA 4Z0UA 1BHLA 4Z4EA 1EXQA 3WNHA 2B5JA 3ZCMA 3FFIA 1ZBIA 2HVIA 1X9SA 3TAFA 2RN2A 3HP6A 3HPHA 3VQBA 4BDPA 1EX4A 4CHNA 4JRQA 1NK5A 1T7PA 1GOAA 4FJHA 2BANA 2EX3A 4CGHA 4HHTA 3L3VA 1VK0A 4CEEA 4FLZA 3RMDA 3OYNA 4BE1A 2YNGA 3IG1A 4E3SA 2OPRA 3DLRA 4E7LA 3DM2A 3KLFA 1HNVA 2HW3A 2XHBA 1A5XA 1VSHA 4CERA 1L5UA 4O5BA 3NGIA 4CEAA 1YVUA 1SL0A 3TR8A 3AVKA 4I9QA 1LWFA 5I42A 4N76A 4HUGA 3ZSQA 3OYHA 2X6SA 1NKEA 4KB0A 2LSNA 3RWUA 5KGXA 3OYEA 3ISNC 2KFZA 2IOCA 4CJTA 4CEDA 5J2MA 3LZJA 4ID1A 2IS3A 1TVRA 3NGZA 1BL3A 3HVRA 4KTWA 3SUQA 1CZBA 5FDLA 4LY7A 4DTJA 3OYBA 4J2AA 3VQAA 4I9LA 5DMRA 1XC9A 4B9VA 3DMJA 4FXDA 3K58A 2RPIA 1NKBA 4RW4A 1B9DA 1W9HA 4YNQA 1ZBLA 3RMCA 4M3XA 2BE2A 3KK1A 1UA0A 4B08A 5HRRA 1TK8A 5I3UA 1IH7A 2ITGA 1FKPA 4CF1A 3ZT2A 3AVCA 1NK8A 2VG7A 4DFKA 1WN7A 1BIUA 3ZSWA 4CJKA 4C8LA 1QTMA 1KLNA 5EU7A 4AHRA 3DYAA 3V9WA 3HPGA 3BGRA 5SZTA 1JXBA 2FC0A 4F2RA 3NHGA 1ZBUA 3VQDA 4CJPA 3ZSXA 4DTOA 2HNZA 4AHSA 1WSFA 4H4MA 3KJVA 4J2DA 1TL3A 4K8XA 3QIPA 3HSTB 3U6FA 1RDBA 3OVNA 4CJLA 3HO1A 3LAMA 3AO1A 3AVHA 4Q5VA 3ZSZA 4RW7A 3QERA 1YT3A 5CYMA 1WSIA 3VA3A 1BI4A 2O4GA 4M45A 3OYDA 4CFBA 2RKIA 4NYNA 2FBTA 4M41A 4DQSA 1O1WA 4F3OA 3MXIA 4CJUA 4FJGA 4FLTA 2P5OA 1S1XA 3SNNA 4J2EA 4M3ZA 4FJ5A 4RW6A 3OYAA 2IAJA 2P1JA 2G8WA 4IFYA 4FZYA 1MU2A 3OS0A 4DTPA 4BWMA 1RBVA 3PX6A 2HNDA 4ZTJA 3AA4A 4DSEA 3EY1A 4CGGA 4C8KA 1BISA 4H4OA 1XHZA 4RW9A 4CK1A 4KHYA 3HJFA 3H08A 3NF6A 4Y1DA 4CGIA 3SQ1A 1TL1A 1LAWA 2XO7A 4Z4IA 3AV9A 1G15A 2P51A 3L2VA 4KKOA 2EHGA 1ITGA 4DSIA 2Q3SA 3UIQA 4FJKA 1ASVA 1TKTA 4W5RA 3G0ZA 3DLEA 4KTZA 5T7BA 1TV6A 3AVGA 4TSXA 3MAQA 1KCFA 2JLEA 3VQ4A 2OPQA 4DWIA 4NYFA 2IC3A 4CF2A 2KFNA 4B8CA 2VWJA 1KVCA 4DTUA 2KZMA 1GOCA 3DLKA 3OYMA 4IG3A 2HHVA 2GUIA 2P5GA 2YHAA 2A1RA 3K5NA 4Z4FA 1S1VA 4FLVA 5KTQA 4DSFA 2RF2A 4CHZA 3NDKA 2G8IA 4CJ4A 4RW8A 1VSMA 4N5SA 4B9UA 1QSLA 4W5QA 1S6PA 1J53A 3SZ2A 4C8MA 4EZ6A 1LAVA 4DF4A 1NK7A 4KREA 4DLEA 4AHVA 2GBZA 3KLHA 5J2PA 1TAUA 4HCBA 4F3TA 1REVA 2HHQA 2HHUA 4GW6A 2VG5A 4DU3A 1IKWA 1HYZA 3E01A 1WNSA 3I0RA 4E19A 3THVA 4L8RB 2OZMA 2E6LA 4M3WA 2KW4A 4AHUA 3OS2A 1RT2A 3KD5E 3VQ5A 4DLGA 1LW2A 4DFMA 4CGJA 3AO3A 3KKRA 4AILC 4DTMA 2Z1IA 2QK9A 1LWEA 4DTSA 3TAPA 1TK5A 2HNYA 4FZZA 3SUPA 3SYZA 4KHSA 4CGFA 4KHNA 1BQMA 3AVNA 3B6PA 3LZIA 4CJ3A 1NK4A 3L3UA 1BCOA 3QEWA 3LAKA 3SPZA 5JS2A 1XWLA 4BWJA 4BE0A 4DQRA 3PV8A 4E0DA 4CFDA 2HHTA 1WSHA 2HMIA 1ZBFA 3ASMA 1BI4B 4DS5A 1Y97A 1HPZA 2XY5A 3PX0A 3MEGA 1RDAA 4CK2A 3QEIA 4OKKA 3RMAA 3VQ9A 1CZ9A 2XRIA 3PO4A 4DSKA 1C0TA 3QNNA 3TI0A 3OYKA 3C6TA 3EZ5A 3AA5X 4E1NA 4EZ9A 2ATQA 4B9MA 4OKJA 4E1MA 3NE6A 4FLYA 5D3GA 4ICLA 3WNFA 1U47A 4FCYA 3AVLA 1Q9YA 5J2QA 1RTDA 1S9GA 3K5OA 3WNGA 3AVJA 1VSDA 3L2WA 1YTAA 3NAEA 1RDDA 4IBNA 4J2BA 2O4IA 3SQ2A 1RT4A 4E7JA 5K14A 4R5PA 2OPPA 2YV0X 4E7HA 1WSGA 4CJVA 4KB1A 1NOYA 3TARA 5C25A 1HQUA 3O4NA 4W5TA 3CM6A 1X1PA 3V4IA 1I3AA 4DTXA 1XI1A 1L3TA 1HQEA 3DLHA 4KI6A 4M3UA 1C1BA 3D0PA 3V1OA 2Y1JA 5HROA 4CF8A 1VSKA 3L2UA 5J2NA 2X78A 1RBRA 1YTUA 3LP0A 3O3FA 4IFVA 3T1AA 4DTNA 1UA1A 1KFDA 3M8RA 1N5YA 4DQIA 4CIFA 4ZHRA 1EETA 4LD0A 4E89A 1U48A 4N41A 3P83D 2YNIA 2G8KA 4M3TA 4RG8A 1RT1A 4CECA 4B8AB 1R0AA 1UOCA 3RRGA 4FYDA 4CHQA 1ASWA 1DTTA 3DOLA 3I0SA 1JKHA 2JGUA 3V1QA 4BDZA 4H8KA 3V9SA 1ZBHA 3SQ0A 4ID5A 1ASUA 3M8SA 3TABA 1KTQA 1Z25A 2DFFA 4CHPA 4KV8A 2BDPA 1JLAA 3SUOA 2IGIA 4CCHA 1J9AA 3WNEA 2Z1HA 1U49A 1VRTA 5KRTA 4O44A 1LW0A 1RBTA 3ZT0A 3KK2A 5HP1A 4CJFA 3EYZA 1RT3A 2R7YA 3IRXA 4KAZA 1IKYA 1C6VA 1SL2A 3TAEA 4AHTA 3RRHA 4EP5A 3OYGA 1HNIA 1RNHA 3MXJA 4FJXA 1KFSA 2G8UA 4E7IA 4KTQA 4DSLA 3KD1E 2E6MA 2X74A 4CFCA 4DU1A 3T19A 4B9LA 3LP3A 1JLCA 3KLIA 1C0UA 3ZT4A 4W5OA 3OYCA 1L3VA 2DY4A 1IG9A 5SWMA 3AVMA 3QEVA 2KTQA 1EP4A 1B92A 3QEPA 4B9TA 2DFHA 4E7KA 3S9HA 3K59A 2FBYA 3I8DA 3P5JA 3QO9A 2ZE2A 1WAFA 4DFJA 3HPOA 3QESA 1X9WA 3NF7A 1VSLA 3HP9A 3NFAA 4FVMA 3CYMA 1QSYA 1C1AA 1RTIA 3KTQA 4JS4A 1RBSA 4LSLA 3HK2A 2GV9A 3V9UA 4FK4A 1HJRA 2BGGA 3VA0A 2B4JA 2WONA 4FLUA 1BGXT 3NF8A 1IKXA 4CF9A 1X9MA 3VQPA 1HYSA 3B6OA 2D0CA 3QLHA 3U3GA 3VQ6A 4KHQA 1RTJA 3NGYA 3VQQA 4B9SA 1U45A 1B9FA 3K2PA 1RTHA 1TAQA 4GMJB 3NH1A 1NKCA 1SUQA 2I5JA 1S1UA 4C8OA 1FKOA 3DRPA 4IKFA 3V9ZA 4CJSA 4CGDA 3AO2A 5CZ1A 2G8VA 1TK0A 1T05A 3SCXA 3DLGA 2Z1GA 4O55A 4CJ5A 3OJUA 3L8BA 4DQQA 3ITHA 3NF9A 3MXMA 4F2SA 4LSNA 4FZXC 4PQUA 2D0AA 1HYVA 1U4BA 2YHBA 3V1RA 4LH4A 1NK6A 5CY4A 3VQEA 4PA1A 1QE1A 3DOKA 5KI6A 3PO5A 2QKBA 2YNHA 5C24A 5FRMA 1UAXA 2XY7A 2E4LA 3ALYA 3IS9A 1T03A 4Q0BA 1S6QA 4M42A 4KPYA 3MEDA 4I7FA 4O0JA 1F21A 1RDCA 2F96A 4BDYA 1W0HA 1VSIA 1WAJA 4O0IA 4DQPA 3LWLA 1SV5A 3VQ7A 3RMBA 4OLBA 3LWMA 1NK0A 4DU4A 3KIOA 4QCLA 1VRUA 3S3NA 3DI6A 1TKZA 1JLEA 4CIEA 4HTUA 4OGCA 4FJ9A 3AA2A 3QETA 1Q8IA 3AO4A 1RBUA 3RTVA 1KLMA 3LP1A 1S9EA 2FBVA 2QKKA 4PY5A 3JSMA 3M8PA 4BACA 4CEZA 3ULDA 2F8SA 3ZSVA 3CFOA 5JS1A 1KSPA 3PUFA 2HB5A 3DLBA 1D9FA 5CZ2A 4CK3A 1TKXA 2D5RA 4WE1A 3QEXA 2A1SA 4FW1A 4UQGA 4MQ3A 2HHSA 4ZTFA 4FJ8A 2HHXA 3TANA 1GOBA 1Z26A 4Y1CA 1VSFA 3AA3A 3DRSA 4HUEA 4AHCA 3SPYA 4FLWA 5HRNA 1LV5A 4FK2A 4CF0A 4QOZB 3LP2A 1NJWA 3ZSOA 4N56A 3NH2A 3L2QA 2OPSA 3RR7A 3C95A 4CJRA 3LANA 1RCHA 2X6NA 3SV4A 3U3YA 1JL1A 4IG0A 4OGEA 3T3FA 4B9NA 1FK9A 1IO2A 5KGWA 1S5JA 4K8ZA 4FM0A 1J54A 1QHTA 3A2FA 4CIGA 3KLGA 1ZYQA 3VQCA 1NK9A 3M8QA 3L2RA 3TWHA 2VG6A 1K6YA 1CLQA 1IKVA 3SJJA 4OJRA 4JRPA 4DTRA 3G10A 2WOMA 2VWKA 4FLXA 2PZSA 2XY8A 2FBXA 4FJ7A 2NUBA 2OZSA 1U04A 4OVLA 3S3MA 3QIOA 1VSEA 1FXXA 1JLFA 4OPKA 4W5NA 4OKEA 3OS1A 3KK3A 4DS4A 3V6DA 3SI6A 3NH0A 2KZZA 2AJQA 1SL1A 4CEOA 3HL8A 3ZT3A 4N47A 3O3HA 3KKSA 5E41A 5C42A 4DF8A 1D8YA 4CFAA 3SUNA 1Q9XA 3ZT1A 5KRSA 5CYQA 3F9KA 4XIUA 3CFRA 4CJWA 2B6AA 4DMNA 5HLFA 1WLJA 3V9XA 2PY5A 1NJYA 4FJMA 3ZSYA 1WSEA 4NCAA 4IDKA 4FJLA 4PWDA 3OYIA 3NBPA 2G8FA 4M3RA 1BIZA 3OY9A 1D9DA 4HVJA 3LDSA 4FW2A 3OYLA 3RR8A 1WSJA 1RT5A 4OLAA 1KVAA 4Z4CA 3K57A 4DFPA 3TAGA 4ELTA 3KLEA 4AH9A 1VSJA 3AVAA 3TAQA 1JLQA 1NJXA 4CE9A 1HRHA 2DFEA 5J1EA 4BE2A 2D0BA 4CEBA 1A5WA 1DLOA 1XHXA 2QXFA 1TKDA 3HVTA 3MEEA 3CQ8A 1S1WA 3C6UA 4FJIA 2YKNA 1CXQA 2G8HA 3IAYA 1RILA 4ELUA 1HMVA 1JXEA 3CM5A 3C94A 3VQ8A 4FM1A 4FM2A 3BDPA 2OYQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NRXA 4PUOA 3CIPA 5AQTA 1NOZA 2XY6A 1S72N 4JS5A 1LWCA 1KAYA 2AP1A 4CEFA 3I55N 5BPNA 2IDOA 3AO5A 3SV3A 1VQMN 1CXUA 3HM9A 1ZBSA 3MDQA 3VEOA 3C65A 3HOSA 3QINA 3NCIA 3H3OB 3BUZB 3LPUA 3QICA 5LJWA 4KI4A 2KLAA 4I2PA 4KFBA 4CJQA 3D45A 3P4IA 4PL7A 4FK0A 1TGOA 1U2VB 3HT3A 3S41A 2E8AA 5HRPA 4F4KA 2NRHA 2PYLA 1DTQA 4HUFA 1JL2A 2E2PA 2YJFA 1EKEA 2Y1IA 3H45C 1QQCA 3JYTA 3OYFA 5CE3A 4Z0UA 1EXQA 1XUPO 3ZCMA 2Q1NA 1X9SA 2RN2A 4BVPA 4BDPA 1EX4A 4CHNA 4CGHA 2VGMA 2UUAK 3L3VA 3TTCA 4A62A 3OYNA 3IG1A 3O9RA 2ASPA 4JD2B 4CEAA 3VF2A 4I9QA 3AVKA 3OW2M 1LWFA 4N76A 4MDAA 4HUGA 3ZSQA 3OYHA 3LDQA 2QWOA 3RWUA 3D2FB 3ISNC 3SAGA 4NXMK 4IZ9A 4O8KA 5BRHA 3KWIA 4ID1A 2IS3A 1BL3A 3HVRA 4DTJA 4LY7A 5DMRA 5AQRA 2HF3A 3DMJA 1SS6A 1NKBA 1W9HA 4C1NK 4YNQA 3OBWA 1TK8A 4CF1A 1NK8A 1WN7A 2DPNA 1QTMA 3TPQA 3DYAA 3V9WA 3HPGA 3FE1A 5SZTA 4F2RA 5JMVA 3NHGA 4CJPA 4B3SK 3C7NB 3TSQA 3KJVA 4FWQA 3L4IA 1TL3A 2F9WA 3IDHA 4K8XA 3HSTB 3M1FA 4DB3A 3OVNA 4BQLA 3AVHA 3AY9A 5LY3A 4Q5VA 1WSIA 5GAEP 3VA3A 2FLOA 2H3GX 1E4FT 2RKIA 3PSFA 3CPEA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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