3D0PA

Insights into rna/dna hybrid recognition and processing by rnase h from the crystal structure of a non-specific enzyme-dsdna complex
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Insights into RNA/DNA hybrid recognition and processing by RNase H from the crystal structure of a non-specific enzyme-dsDNA complex.
pubmed rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 43
structure length 134
sequence length 134
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2008-05-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3d0pA00
4QAGA 4CGGA 3P1GA 4Z4FA 4CFCA 1TL3A 3AO3A 3WNFA 3SI6A 4DS5A 2I5JA 4OVLA 4PY5A 3L2WA 4J2DA 3LAKA 4W5RA 4E7KA 1C1CA 3O3FA 1UA0A 2G8KA 4LSLA 4B3OA 2BANA 1VSEA 4I2PA 3ZT2A 3BGRA 3V9UA 1RBRA 4I2QA 1RBVA 1HQEA 3CYMA 4I7FA 4AH9A 4BDPA 2IOCA 1KTQA 3LP2A 2IS3A 4ZTFA 2QXFA 5HBMA 1J53A 1Z25A 2HHVA 3KIOA 3TAPA 4CJTA 1QTMA 4FW1A 1CZBA 1NK8A 1BGXT 5E41A 3H08A 4DU3A 4FJKA 4EP5A 3K58A 3S3NA 4CCHA 1F21A 5HRNA 4OKEA 4DTSA 4FM2A 1GOBA 3B6OA 3NE6A 1BCMA 1EP4A 1XWLA 4H4OA 3SV4A 1B9DA 3OYIA 5FDLA 1RT7A 4H8KA 3SNNA 1RTDA 3DLHA 2HHSA 3SUPA 2RPIA 3DRRA 4KHQA 3OJSA 1VSKA 3MECA 3HVRA 3V81A 2XY5A 3DLBA 2P5GA 4RW7A 1ZBLA 3SQ0A 1JKHA 2E6MA 1VSJA 3TAEA 1U4BA 4DQQA 1S9GA 3QEVA 4ZTJA 1KVAA 1JLFA 1S1UA 1LAVA 2Q3SA 2YKNA 3ITHA 4M3RA 3PX6A 2X78A 1LWEA 3D45A 3ZSRA 3BDPA 4XIUA 2O4GA 2VG6A 2HHTA 3TAFA 2OA8A 3LP1A 4CJ5A 3M8PA 3L2QA 2FC0A 3L2RA 1IKXA 5CY4A 1NK4A 1X9MA 2IAJA 3TAQA 2FBXA 1WNSA 4HTUA 4F3TA 1JLGA 4CEOA 2RN2A 3DOKA 4E89A 4FJGA 2KZMA 3TANA 4O4GA 4DLGA 3OYDA 4FJ8A 1CXUA 1JLQA 3CFOA 3DLGA 4IDKA 4FK2A 4I9QA 3CM5A 4Z4CA 1S1XA 5KRSA 3V9XA 1XC9A 1QSLA 3HVTA 4GW6A 2ZQBA 4AHVA 4FM0A 3VQ6A 2NUBA 3RR7A 4NCAA 3KK3A 1TK5A 4FM1A 1N6QA 1JLAA 4FXDA 4PWDA 3DMJA 2KTQA 2D5RA 4CHOA 5KRTA 4E7IA 2RKIA 3LP0A 3LZIA 2HNZA 3OVNA 1TK8A 1Q8IA 1RT4A 1D9FA 2YNGA 2G8WA 2HMIA 4Y1DA 3KKRA 3U6FA 1K6YA 4M3TA 3O3HA 4C8NA 4CEZA 4CF1A 3EYZA 4CK2A 2X6SA 1HQUA 3VQCA 3TARA 3VN5A 4Z4EA 3WNEA 1TV6A 3U3YA 4F2SA 1ASVA 5JS1A 4DMNA 4CK3A 2ATQA 1S5JA 1S1WA 4M45A 4BACA 1SL0A 4B9UA 4OJRA 2D0CA 4N41A 4JRPA 4BE0A 2WONA 3SQ4A 3SCXA 2GUIA 5HRSA 4M3YA 4DQIA 1FXXA 1QSYA 5FROA 1A5VA 4EP4A 3AVNA 1D5AA 1LW0A 1TGOA 2EX3A 4O0JA 4AHRA 1ZBUA 1RTIA 4C8OA 2OPRA 2G8UA 3ZT0A 2IDOA 2IGIA 1NKBA 1QS4A 4CHNA 3C94A 4Q5VA 4KRFA 1TKXA 1X1PA 2DFFA 3NH1A 3QO9A 3QEPA 3ZSVA 4ZHRA 5JS2A 3TR8A 1RTHA 4KV8A 4O55A 5KI6A 4N76A 3ASMA 3NH2A 4FLWA 3AVJA 2YV0X 1BI4A 3AO4A 2XRIA 4O44A 4DTXA 1YTAA 1BHLA 4CK1A 3CG7A 3K57A 3SQ1A 1L3VA 3HJFA 4CJRA 3KK2A 3HK2A 3K5MA 3NF9A 3ULDA 2DY4A 1VRUA 3VQAA 1A5XA 3AA5X 3KD5E 4B9SA 3NCIA 3LDSA 1R0AA 4B8AB 1FK9A 4FZYA 4W5NA 3DI6A 1ASUA 1JL1A 3K5OA 4CHPA 4CF2A 2XHBA 3LPUA 4K8XA 3VQDA 4QOZB 4IG3A 3ZSXA 1EKEA 1YVUA 2OYQA 3RRGA 4FZXC 2BE2A 1KLMA 4DU4A 3EZ5A 3L3UA 1HMVA 2E4LA 4HUEA 1G15A 2A1SA 3ZT4A 1ASWA 4CGDA 2XO7A 4KHUA 4FJMA 2P5OA 2OPQA 3OYEA 3AA2A 1WSJA 3MEGA 4CESA 4LH5A 4B08A 4EZ6A 2XY8A 4CJPA 4DFKA 1J54A 3NBPA 1C1AA 3IAYA 3HP9A 4NCBA 4CJEA 4H4MA 4JS5A 1I39A 1RDDA 4ICLA 1RILA 4OPKA 3RRHA 1RT3A 1I3AA 3MEDA 3NF8A 4KKOA 4FLZA 4MFBA 3V9WA 4IFVA 3S9HA 5J2PA 3VQ5A 1HRHA 4G1QA 4LD0A 1BQMA 2FBVA 2HNYA 3HPOA 4M42A 1D9DA 2PYLA 4FCYA 4KTQA 5J2QA 4KTWA 4DSFA 4DSEA 2PY5A 4TSXA 4B9NA 1KVBA 1C0UA 3O4QA 3SPZA 1DTTA 1UWBA 2G8VA 2HW3A 2X74A 4FVMA 4B9VA 3NHGA 3RMCA 1UOCA 3OYLA 1KFSA 3VQ9A 4DSKA 3AVCA 2YHAA 1ZBHA 2HVHA 1B92A 3V1QA 1NJXA 1IG9A 4CGFA 1O1WA 1TVRA 1BIUA 4YNQA 3OYAA 1BIZA 3RTVA 5K14A 2P51A 1GOCA 3AO1A 3PUFA 5DMRA 4DTRA 3K5NA 3S3OA 2ETJA 4KB1A 2YNFA 3AA4A 2G8HA 1S1TA 4KB0A 1HYSA 4CF0A 3KLHA 3CFRA 4HCCA 4KREA 1MU2A 1RBUA 3TAGA 3T1AA 4CEFA 1NOZA 3F73A 1SL2A 3A2FA 4OKKA 3K2PA 4Z4IA 4C8LA 3V1OA 4E7JA 4EZ9A 4OLAA 1JLBA 4RW6A 4B8CA 1UA1A 1KFDA 4Y1CA 5D3GA 4GMJB 2Z1HA 2B4JA 3DLRA 1VSMA 3AO5A 4BE1A 3DRSA 3ZT1A 2VG5A 1RNHA 1DTQA 1SUQA 2A1RA 1VSDA 2P1JA 1NKCA 1LV5A 3AO2A 4CGIA 1RT2A 1N5YA 3AA3A 4F3OA 1EXQA 4FJNA 5HROA 1J9AA 1S6QA 2D0AA 3OYKA 4HUFA 4F2RA 4CERA 4LH4A 3HP6A 4CIFA 3M8SA 4IKFA 1HYZA 4KI6A 4CHYA 4FLYA 4DTMA 4CJLA 1WAJA 4E1NA 1BCOA 4CJFA 1NK0A 2FBYA 2PZSA 4O0IA 3KK1A 3VQ8A 4AHTA 1TAQA 1WLJA 4KFBA 3VQEA 4CJWA 4KAZA 4CJ3A 4ID5A 4LY7A 3VQPA 4W5QA 1L3UA 3KTQA 2DTUA 1NK7A 4CE9A 4PA1A 3NGYA 1NK6A 1ZBIA 2E6LA 4DTOA 3QNNA 1VSFA 4CGHA 5I42A 4DF8A 1CZ9A 3QIPA 4LSNA 4N56A 3LWLA 4Z4GA 3KLEA 4M3ZA 4B9TA 4IFYA 3AVLA 2F8SA 3SUQA 1Z26A 3OS0A 4DQSA 3ZSOA 3QESA 3V6DA 4UQGA 1BI4B 1U45A 1TAUA 1FKPA 1BL3A 3KLIA 3L2UA 1REVA 2VG7A 2PYJA 5HP1A 3NFAA 1CXQA 4DTUA 4DQPA 1SV5A 2G8IA 3I8DA 4FJ7A 1DLOA 2GV9A 4C8MA 1RT6A 1RDAA 4N47A 4CFBA 3KKSA 4CJSA 3KD1E 4HHTA 3HSTB 4FK4A 4CIGA 3DOLA 1BQNA 3K59A 1RBTA 4FLXA 1GOAA 5DK5A 2OZMA 4B9LA 3SPYA 4CJ4A 3NGZA 3SJJA 5T7BA 3LWMA 1RT5A 1QSSA 4J2AA 4QCLA 1BISA 1EX4A 3HPGA 4FJLA 1LWFA 4O5BA 4DFMA 4JS4A 1A5WA 1HYVA 2DFHA 4WE1A 3TABA 4ID1A 3PY8A 4BDZA 4HCBA 4CECA 3AVHA 2HHUA 3ZSQA 3AVBA 3O3GA 1TKDA 1C6VA 3JSMA 2VWJA 3T3FA 1QHTA 3IG1A 3VQ7A 4AHUA 3KLGA 1JLEA 3IS9A 4FK0A 1VSLA 1D8YA 3QLHA 4PQUA 1NJWA 3SV3A 4DU1A 1RT1A 4DF4A 1RDBA 2ITGA 3M8QA 3NF7A 2YKMA 3HPHA 4CJQA 1SKRA 3FFIA 4E0DA 3NDKA 2RF2A 1C1BA 3CQ8A 3RR8A 3IRXA 4RW9A 3SUNA 4FLUA 4DSLA 5SZTA 4DFJA 2HHQA 1VK0A 3P5JA 1LAWA 1T03A 1JXEA 3MXMA 3LPTA 5J2NA 1LWCA 3ZSWA 3I0RA 5FRNA 3ZT3A 1YTUA 2HHWA 3AVFA 3S3MA 1IKVA 1QQCA 3T19A 4JRQA 2ZD1A 2WOMA 3ZCMA 5HRPA 4YFUA 3SYZA 4GVMA 2FBTA 5J2MA 5KGWA 5KTQA 3AVMA 5EU7A 1B9FA 4KTZA 2BDPA 3OYMA 5HLFA 4OPJA 1XI1A 4DWIA 4M3UA 2Z1IA 2G8FA 4OLBA 2Z1JA 2OPPA 3C6TA 3TWHA 3CFPA 3QERA 3TI0A 1IO2A 3P83D 5FRMA 1NJZA 3VQBA 4DQRA 3LZJA 3DLKA 1C0MA 1HNIA 4E19A 4KHWA 3OYJA 1KCFA 4F4KA 2HHXA 4OKJA 3QNOA 1KSPA 1ZBFA 4J2BA 4M41A 4J2EA 4CHZA 1NOYA 2QKKA 4JLHA 3JYTA 3QEIA 3HL8A 4IBNA 1W9HA 3KJVA 1HPZA 4RG8A 2R7YA 4NYFA 3LP3A 1J5OA 4DTJA 4FJ5A 3MAQA 4IG0A 3RMBA 1HJRA 1RBSA 3OYCA 1L3TA 2QK9A 3VQ4A 2B6AA 5CZ2A 1JL2A 2YNHA 4OGCA 3PO4A 4BWJA 2KQ2A 4HVJA 4DG1A 4CEBA 2QKBA 3RMAA 1IH7A 1WSHA 3AVIA 4DTNA 1VSHA 2F8TA 4KPYA 4F8RA 4FJHA 4BE2A 4FJIA 1WSIA 2KFNA 1T05A 2JLEA 3UIQA 3NF6A 3QINA 4FJJA 3I0SA 3B6PA 3OJUA 5SWMA 1QE1A 1KLNA 4FJ9A 1TL1A 2B5JA 1JLCA 2F96A 4CEDA 5J1EA 1L5UA 1FKOA 3L8BA 4E7HA 4FJXA 2LSNA 3CM6A 2OPSA 4C8KA 4FW2A 4NCGA 3V1RA 4HUGA 1JXBA 1S6PA 3WNHA 4R5PA 4L8RB 3ALYA 3G0ZA 4OGEA 4CFDA 4Z0UA 4FYDA 1YT3A 4W5TA 2KZZA 1IKWA 3LALA 4DLEA 3U3GA 4W5OA 3OS1A 1ZYQA 2BGGA 1NJYA 1TKTA 1RDCA 1U04A 2KW4A 3M8RA 1Q9YA 3PO5A 2XY6A 4KHSA 4KI4A 3AVAA 3QETA 1NK9A 3OYNA 4E7LA 4CEEA 3HT3A 5I3UA 3LANA 5C25A 2YHBA 3NH0A 1LW2A 2DFEA 1TKZA 1CLQA 3PX4A 3AVKA 4CEQA 1VRTA 3WNGA 1SL1A 1NKEA 1RCHA 2KFZA 3NGIA 3K5LA 3QEWA 1L3SA 4DSJA 1TK0A 1Y97A 3TAMA 3G10A 4MQ3A 3OYFA 3VA3A 1EETA 4CGJA 4AHSA 4AHCA 3SZ2A 1W0HA 5CYMA 3RMDA 3L2VA 4CJUA 1C0TA 3OS2A 4DSIA 1VSIA 1SKWA 3C6UA 1KVCA 4BWMA 3D0PA 2HNDA 4M3WA 4N5SA 3OY9A 3AVGA 4CEAA 5C24A 4DS4A 1KRPA 1UAXA 3HYFA 3ZSYA 5KGXA 4ELUA 3DM2A 4FLTA 4FZZA 3KLFA 4ELVA 2AJQA 3LAMA 3O4NA 5CZ1A 4FLVA 1NK5A 3DRPA 4KO0A 3ZSZA 4DFPA 1S9EA 1WSEA 1Q9XA 2HVIA 3L3VA 2VWKA 2Z1GA 1SKSA 3DLEA 1XHXA 4CF8A 1U49A 2OZSA 4Q0BA 3AV9A 3OYGA 2X6NA 1WAFA 1WSFA 4CJKA 4AILC 4ELTA 4CFAA 1IKYA 4KHYA 4CF9A 4E3SA 3NAEA 4RW4A 2JGUA 3DYAA 4K8ZA 2O4IA 3V9SA 4CIEA 4Z4HA 2EHGA 1U48A 4CJVA 3HO1A 2W42A 1HNVA 3MEEA 1U47A 3RWUA 4KHNA 3SUOA 5HRRA 2Y1IA 3F9KA 2ZE2A 4BDYA 1X9SA 4I9LA 3QIOA 3HM9A 5C42A 3V9ZA 2Y1JA 1T7PA 3EY1A 3MXIA 5CYQA 3HXMA 1T8EA 3VQQA 1WSGA 3PX0A 4DTPA 4B9MA 2IC3A 4M3XA 1RTJA 3E01A 3VA0A 4PUOA 3V4IA 2HB5A 2D0BA 3THVA 1X9WA 1WN7A 4CHQA 1S1VA 3ISNC 2XY7A 3MXJA 3OYBA 2GBZA 1XHZA 3PV8A 3C95A 3QEXA 4NYNA 4RW8A 1ITGA 3SQ2A 3OYHA 2YNIA 4E1MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ASOA 5EY4A 3WNFA 3SI6A 5DM6L 4J2DA 4E7KA 4WQ4C 4B3OA 4ILGB 3DJCA 3CYMA 4BDPA 4I7FA 4CZLA 1I94K 2IOCA 1KTQA 2GX9A 4ZTFA 4BGAA 4X64K 3KIOA 4FW1A 5E41A 3H6EA 4EP5A 3K58A 4CCHA 3U8XA 5HRNA 4OKEA 4DTSA 4FM2A 3B6OA 5KQ8A 1EP4A 3SV4A 3OYIA 3MN9A 1RTDA 2Q1NA 3EEQA 4CW7B 4NXMK 2FLOA 3DRRA 3V81A 4BRDA 4IOCL 2V7YA 1NGIA 2E6MA 4AM7A 3SJHA 3O5BA 1BG3A 2YJEA 4M3RA 3ITHA 2P9UB 2WUSA 3U9DA 3THWA 3WT0A 3U4LA 4CJ5A 2FC0A 1IKXA 4BRLA 2FBXA 3DOKA 3J80O 3U9ZA 3OYDA 4IEEA 3W3DA 3CFOA 3DLGA 4FK2A 5AQUA 4I9QA 5KRSA 4FM0A 4DV5K 4A62A 4DR3K 1KD1O 2KTQA 4H03B 2D5RA 4CHOA 3OVNA 2D4WA 2HMIA 3FZHA 4Y1DA 3DAWA 5AQTA 5F2RA 4JYAK 3ULEB 3VF6A 4RWTA 2X6SA 3TARA 3VN5A 1TV6A 4E1JA 2ATQA 4DR6K 4JRPA 2WONA 4F9OA 2HBLA 3A8YA 3AVNA 4AF1A 4BC3A 1YHQN 3MWTA 5CHIA 2QWNA 1EWRA 3H45C 2IGIA 1NKBA 2CGKA 5AQPA 4KRFA 1TKXA 4IDHA 4LFBK 2VYPA 3QEPA 4ZHRA 5JS2A 5ADXA 4KV8A 2O8BB 2E20A 2XRIA 4QS9A 4O44A 1NGCA 2YHYA 3K57A 3KK2A 3D6RA 1D4XA 3EN9A 1VRUA 3VQAA 1A5XA 3DXMB 1R0AA 2ZJQL 3DI6A 4IFEA 1JL1A 3EZWA 4CHPA 2XHBA 3VQDA 3MX2A 2UUAK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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