2GELA

2.05a crystal structure of salmonella typhimurium yeaz, form b
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNNGTINAHFELCPREHTQRILPMVQEILAASGASLNEIDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGANLPMIGVSTLATMAQGAWRKTGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDAQGVWQGEETEAVLKPERVGERLKQLSGEWATVGTGWSAWPDLAKECGLTLHDGEVSLPAAEDMLPIASQKLAAGETVAVEHAEPVYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Characterization of Salmonella typhimurium YeaZ, an M22 O-Sialoglycoprotein Endopeptidase Homolog
pubmed doi rcsb
molecule tags Chaperone
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords Putative Gram negative resuscitation promoting factor
total genus 66
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence G
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gelA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gelA02
3KHYA 2ASOA 3D2EB 4FWSA 1MWMA 4B1YB 1HKBA 2VCPA 3QBWA 1QZ5A 3LDNA 4IJAA 5FPEA 3HM8A 3IFRA 4K25A 3EO3A 4JD2B 2KHOA 1MA9B 3AY9A 2I7PA 1BG3A 3FR0A 2IVOA 1IG8A 4FSVA 4CZLA 2VWBA 2D0OA 5AFUA 3IUCA 1WUAA 2YHWA 1NGEA 4GY2B 1Q18A 3J8AA 2Q97A 3HSCA 3BF1A 2E2NA 4BGBA 5BN9A 4H5WA 4H0YB 3MN5A 2P9KA 4BRIA 1HLUA 4BC5A 1YAGA 3OHRA 2FSNA 5KPZA 3R6MA 5AQFA 5AQSA 4E1JA 3UKUB 3FGUA 5KPTA 4DQ8A 1GLEG 2J4RA 5AQXA 3ZETA 5AZJA 5LJVA 4B1ZA 1BUPA 5JLHA 3IDHA 4FPBA 3SMSA 4CZEA 3C7NB 4H5VA 4WQ5C 3A5OC 2Q2RA 3BF3A 4FOEA 2E2PA 2P9IB 3UE5A 3GL1A 3TPQA 2ZF5O 5FPMA 4H0TB 4BVPA 2Q31A 1TYQB 5AQKA 4BRDA 1LCUA 2P9SB 2A6AA 1TUYA 4B1VA 3MN7A 4JHDA 5AZIB 3SLCA 5TKYA 2E20A 1KAXA 3FZHA 5EY4A 5AQZA 2HMPA 5AQGA 4C23A 1GLLO 5I9EB 1HX1A 3ZX2A 1MWKA 2QW9A 5BRFA 5AFUH 1V4TA 1NGBA 3WXIA 3D2FB 2VYPA 5KQ8A 4Y0WA 3VGKA 3CQXA 2V51B 3VF2A 3CJCA 3D7EO 2BTFA 5F2RA 3FZFA 4H5RA 3VENA 2ZGZA 3A5NC 1GLAG 3DXMA 2CH6A 2A42A 2HOEA 4PKHA 3GG4A 3U9ZA 5BN8A 5AQLA 2FF6A 3FLCO 3RSEB 3I33A 1U2VA 4H0PA 1IJJA 3GE1A 5KPRA 1GLBG 2GWKA 2E2OA 2Q36A 4FO0A 3L6QA 4EAHD 2QWMA 1QQMA 4M7YA 3ULEA 2E2QA 3L4IA 4CZHA 3HBTA 4M63C 5CE3A 1E4GT 4MLEA 3FE1A 5JLFA 4A2BA 4BGAA 1JCFA 1V4SA 3QMLA 1WOQA 5JICA 1CZAN 3M1FA 4I6MB 4CBWA 3O8MA 1NGAA 2Q0RA 1OKJA 2P9UB 1DKGD 3WXJA 3BP8A 1NGJA 2P9NA 3ZEUB 4FL9A 3FZMA 3TU5A 2ASMA 2ASPA 2CGJA 1Y64A 1HUXA 3CIPA 4FWMA 3ZX3A 3LL3A 4B1WB 1MDUB 4EFHA 4WQ4C 5BREA 1T6CA 3G25A 1NM1A 1RDWX 1NBWA 3AAPA 2QWQA 4BR9A 2UYTA 5AQWA 3WT0A 4F9OA 2QWOA 4KBOA 2W41A 2GTDA 3KVGA 1ZXOA 5EVZA 4B1UB 3H6EA 4L3QA 1T6DA 3FZLA 3BUZB 4BR5A 5BRDA 4BR7A 2D4WA 1NGGA 2H3GX 2FSJA 5FPNA 3UKUA 1P8ZA 3O6WA 3QBXA 4MO4A 1X3MA 3LM9A 5ADXA 5JMVA 3SK3A 4JN4A 2D1KA 4BC4A 4BRNA 4YDUC 3U8XA 4CBUA 3FFKB 3H3NO 2BUPA 3SJHA 3QICA 2NZTA 5EXWA 4CBXA 2A3ZA 3C0BA 5KQDA 5BPMA 1QQOA 1TYQA 3H3OB 3MMVA 2EWSA 5F1XA 3QB0A 2P9SA 3WEEA 3O4WA 3CJ9A 4CZKA 3EL2A 5AZIA 1R59O 1BO5O 2W40A 4PL8A 4BRAA 5FPDA 3CJ1A 2P9PA 3H1QA 3I8BA 5LJWA 1C0FA 2GWJA 1SZ2A 1HJOA 4H0XB 5EX5A 4B1XB 1E4FT 2QWLA 1BA0A 3QFPA 2F9TA 3M6GA 4CI6A 3BEXA 3CETA 4EIAA 2QWNA 4NO7A 4H0VB 4BC3A 3SMPA 2P9KB 3QFUA 3DWLA 5BR9A 1BDGA 2V52B 4H03B 3DXKA 3VEVA 2ITMA 4BQZA 1X9JA 2E88A 2E1YA 3CJ7A 4XH4A 3ZETB 3ID8A 5AZJB 4BRPA 3UB5A 4O8KA 4AM6A 1QQNA 4IZ9A 1GLCG 3WXLA 4FWNA 1TUUA 3ATVA 3FZKA 4BRGA 2FXUA 4CD3A 3S41A 3MN9A 4HWIA 4FWOA 5ADXH 1J6ZA 2GELA 2ZGYA 3R9PA 4PKGA 3EKUA 4BROA 4BRLA 4BC2A 1K8KA 3VEZA 3LDLA 2QWRA 1BU6O 3A8YA 4FPAA 3VGLA 1HKGA 4QS8A 1QHAA 3ATUA 1JCEA 3MN6A 1NGFA 1ATSA 1LOTB 4PKIA 2Q1NA 3U9DA 4FWRA 1GLFO 1NGIA 1NWKA 3ZEUA 3LDQA 3CJBA 3CQYA 2E1ZA 1ZBSA 4WQ4A 4BVOA 3DXMB 4JNEA 4AM7A 5AQOA 3HZ6A 2A41A 1XQSC 1BWFO 4CZMA 3D2EA 3O08A 1ZC6A 5ELZA 2IIRA 4BR4A 2OANA 3MK6A 2PAVA 5AQHA 4JD2A 3VETA 3VPZA 5BPLA 4BRKA 1X3NA 4IWVA 3HTVA 2P9LB 5AQNA 1YUWA 4FOIA 3A0IX 3ULEB 3WXKA 1Z05A 2V7YA 1H1VA 5AQMA 4JAXA 2NRHA 2GUPA 3LDPA 4RWTA 4Z94A 1SAZA 1NGDA 2WUSA 3A5LC 1BOTO 1Z6RA 4WYBA 4CJ7A 4IO8A 4DHYA 1S22A 1HKCA 4RCHA 1KAZA 2QXLA 1ATRA 1DEJA 3UKRB 5AQVA 5AQJA 4BR0A 4A61A 1QZ6A 2GEMA 2P9NB 3VERA 1KAYA 3AAQA 4B9QA 2QM1A 1G99A 4WQ5A 2FF3B 4CD1A 3IMXA 1GLJO 2D0PA 3C7NA 5B8HA 2P9IA 1KXPA 2DPNA 3VEYA 5AQIA 2YI1A 3O5BA 3CI5A 4GNIA 4K43A 3R8EA 4FWKA 3VGMA 3VF6A 1NLVA 3O1BA 4K41A 3A5MC 4MLHA 5AQPA 5EOYA 2YJEA 4CZIA 4K42A 2F9WA 3M3ZA 4M7XA 2CGKA 3JXUA 5BRHA 1SQKA 2AA4A 1JCGA 3D2FA 3GDQA 1DGKN 4H0OA 4PL7A 5AQYA 3LDOA 3LM2A 4J8FA 3VEWA 4CZJA 2E8AA 3MCPA 5BPNA 4ISEA 4BREA 1D4XA 3AARA 3WQUA 4BG9A 3ENOA 3JS6A 4ISGA 3GOIA 4QS9A 3VOVA 3HI0A 4XH1A 3WEEB 3DAWA 4CZFA 4FWQA 5F0XA 3RSEA 3W0LA 2A5XA 4A2AA 3ZX0A 3U4LA 2IVPA 3GBTA 2P9PB 4H5NA 4IXCA 2AP1A 1S3XA 2I7NA 1NGCA 3MDQA 1C0GA 1HPMA 4BR2A 4A62A 2IVNA 3EN9A 4CZGA 1ESVA 4O5FA 4JHDB 3DJCA 2A40A 3VESA 3VEXA 3F9MA 2YHYA 4RTFD 2QWPA 3H46O 1BA1A 3DXKB 4I6MA 5E26A 3EKSA 4BRQA 2Q0UA 3ENHA 2YHXA 2P9UA 5LY3A 3W3DA 4EHUA 3VF4A 4HTLA 3VEOA 3QDKA 4XEIA 4BG8A 3O1WA 2FSKA 4DCHA 3H1VX 4FWLA 4EHTA 2V7ZA 3EZWA 5AQRA 4XH5A 4FWPA 4H5TA 4LC9B 4QS7A 1RGIA 2CGLA 3CJAA 4BRHA 2P9LA 2YCHA 3L0QA 4BRMA 4IJNA 4BRFA 3H45C 4NB4A 3WQTA 3P4IA 3O80A 4MO5A 5AQTA 1U2VB 2ZWHA 5AQQA 3WUHA 5AR0A 1K8KB 4ISFA 1YXQA 1NGHA 3CHWA 3B8AX 1GLDG 2CH5A 5E84A 1U6ZA 2HF3A 1NMDA 1ATNA 3CERA 2NLXA 4BQLA 1XC3A 3UKRA 2FLOA 2YJFA 4BRCA 1RFQA 1XUPO 3KZBA 2HF4A 1YVNA 1EQYA 2PBDA 4YDUA 5AQUA 4DB3A 1T44A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1A5WA 1ZYQA 3AVIA 4FWSA 3BDPA 1MWMA 1HKBA 1S1UA 2VCPA 1UWBA 4J2EA 4K0KK 3HM8A 3DLEA 3OJSA 1RBUA 1EWQA 1MA9B 3CC2N 3AY9A 1RDUA 1BG3A 2IGIA 2IVOA 3FR0A 1BIZA 4B3SK 1QSYA 1LAVA 1VSMA 1W7AA 2VWBA 4ELUA 4LH4A 2HNDA 2YHWA 3P39A 2Q97A 3DRSA 1IO2A 1Z25A 4LSNA 3TAGA 4DU4A 5BN9A 2DFFA 1SKRA 5J2QA 3K5NA 3QIOA 2FBYA 4BRIA 1HLUA 4CEBA 3RWUA 5KPZA 3R6MA 5AQFA 4E1JA 2XO7A 5KPTA 5AQXA 3G4SN 3LP0A 4C8OA 4FZXC 4FPBA 4H5VA 4WQ5C 4JK7A 4FOEA 5CY4A 2E2PA 4IO9L 3MEEA 3CCUN 2FC0A 4F3OA 2NUBA 2Q31A 1TYQB 4LF4K 4BRDA 3SAFA 4ELTA 3IKMA 4B3RK 1ZBFA 5AZIB 3CQ8A 3B6PA 4JKFA 3FZHA 2RHKA 4NYNA 5AQGA 1RILA 1VRUA 4FYDA 3N4PA 3OW2M 2OPQA 3AVBA 1TK5A 5BRFA 3DLKA 5HLFA 3TABA 3TARA 4AQYK 3O9QA 3CJCA 5F2RA 4H5RA 3HP6A 3A5NC 2CH6A 2HBLA 3HM9A 1UOCA 3HSTB 2Z1GA 3U9ZA 3RR8A 2FBTA 5BN8A 3VN5A 2QEXN 5HL7L 4E7LA 2RN2A 1T3VA 4QOZB 3OYIA 3K2PA 1JL2A 4E7KA 3L6QA 4RW8A 3ULEA 3ZT4A 3NGZA 2GX9A 3HBTA 3VQCA 3VA3A 3FE1A 1SL2A 4E1MA 2X6SA 4A2BA 3V4IA 1JCFA 4N47A 3R3LA 3AVLA 3M1FA 3HOTA 1NGAA 2O8EB 4E7IA 1U48A 4AHTA 1Q82O 1ASWA 2OA8A 2P9NA 3ZEUB 4LH5A 3PX0A 3FZMA 4CGIA 3TSUA 1HUXA 3OJUA 3S3MA 4B1WB 1BHLA 5DK5A 4O0JA 3G25A 1RDWX 4F8RA 4FK2A 4CJVA 4DTNA 2QWQA 4IOAL 5AQWA 3EYZA 4WF9L 2QWOA 3ENBA 5EVZA 4L3QA 3KJVA 2BDPA 1XNQK 1EXQA 4CJPA 3THVA 2A1RA 2H3GX 1R0AA 3LANA 2FSJA 1P8ZA 3QBXA 3ZSQA 1S1TA 1RTHA 4JEPA 3AV9A 3THXA 3SK3A 4JN4A 4BC4A 1RTDA 5C10A 3OYDA 4DUYK 4DFKA 3H3NO 4E7JA 4CF8A 4CGDA 4BDZA 1JLEA 1DTTA 5KQDA 4LF8K 5FRNA 2P9SA 3WEEA 1QSSA 4IOCL 4CZKA 1TL3A 1VQ7N 4Y1CA 5FPDA 3CJ1A 2YNGA 2GWJA 4CIGA 1SZ2A 5LMNK 4FLWA 3LP1A 3VQ7A 4H0XB 3WNGA 4E7HA 1J53A 1HPZA 3LAKA 3M6GA 3QEXA 3VTIA 1RNHA 2QWNA 4NO7A 5HOOA 3SMPA 2P9KB 3O4NA 2QKBA 2ITMA 2E88A 3CJ7A 4KFBA 4XH4A 3ZETB 3ID8A 3HRGA 4WFAL 4IZ9A 2KFNA 3WXLA 4FWNA 1TUUA 1LAWA 3NH2A 4BRGA 3Q7CA 1BISA 2RE2A 4IFVA 4HUEA 3ID6A 2ZM6K 1RT5A 3EKUA 2VWKA 4BRLA 4YOXA 1NJWA 2EHGA 5CZ2A 1KFSA 4BY9C 3VGLA 1JCEA 2P51A 2IAJA 4KI4A 2ZE2A 3SZ2A 4FWRA 1JLFA 1NWKA 3RMAA 4M3YA 5J2MA 3I56N 3CJBA 4DR4K 3P83D 3CQYA 1CXQA 1TAUA 1WLJA 3DXMB 1NK0A 4JNEA 1VSLA 5DMRA 5GINA 1VQLN 4H8KA 3HVTA 3O08A 4RG8A 4CJ4A 1BQMA 3NGYA 2IIRA 3OYMA 4CHPA 3MK6A 2PAVA 4CHNA 1FJGK 4KTZA 4FOIA 3A0IX 3ZCMA 4R5PA 4KHQA 3QEPA 3CM6A 5AQMA 2G8HA 5CZ1A 1F21A 5M1KA 4RWTA 3LDPA 3M5RA 4HCBA 1Q86O 5LMUK 3VQ9A 4QAGA 4FJ9A 1HNVA 3AGRA 4DV5K 1T8EA 2WOMA 3VERA 1WAJA 4U67L 4DKWA 3O3FA 2B6AA 3SI6A 2QM1A 1NK4A 4CD1A 3T19A 4FM0A 3NVMA 2PFUA 4J2BA 3ITHA 1W2BM 1Q7YO 2DPNA 1QVGM 1NK8A 4CW7B 2XHBA 1KLMA 4GNIA 3R8EA 2XY8A 4FWKA 1BI4B 3O1BA 3LALA 4BWMA 2YKMA 1XMQK 4CZIA 2XY7A 5LL6Z 1RTJA 4OX9K 3F5TA 4JS5A 4FLVA 1JCGA 3HJFA 5AQYA 2X74A 4CFBA 1Q81O 3MCAB 4J8FA 4X64K 4ILJA 1XC9A 2E8AA 1FKPA 1SL0A 4ISEA 4BREA 2O8BB 4BG9A 3WQUA 4WCEL 3JS6A 1C0MA 3GOIA 3VOVA 1VQ5N 3HI0A 1NJYA 4GV3A 1VQ4N 1HQEA 1B9FA 3DAWA 3OYEA 3W0LA 4HCCA 4A2AA 4AH9A 3J7AP 3ZX0A 5C42A 1REVA 4GVEA 3I55N 3MEDA 3LP3A 3T1YK 2HBKA 3MDQA 1C0GA 4FVUA 5KGWA 2IVNA 3VQQA 4KI6A 3TSPA 3AA2A 3CM5A 1YF5L 3U3YA 1RBVA 4ZTJA 4RTFD 4GVMA 4IOXA 2JGUA 1BA1A 3DXKB 5E26A 5KGXA 3K5MA 4FM1A 5M1NA 2YHXA 4AHCA 4CESA 4EHUA 4HTLA 4W5QA 4FLUA 2QKKA 1CXUA 2VQFK 4X66K 3H1VX 4EHTA 2V7ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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