3L3UA

Crystal structure of the hiv-1 integrase core domain to 1.4a
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
151
structure length
151
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Crystal structure of the HIV-1 integrase core domain in complex with sucrose reveals details of an allosteric inhibitory binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
total genus 54
structure length 151
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3l3uA00
1KFSA 4CF8A 1R0AA 1D9DA 4B9TA 4H8KA 3M8PA 1CXQA 4FW1A 4Z4FA 1LWFA 1RDAA 2IAJA 4O5BA 1IKYA 4CJVA 3V4IA 3SQ1A 1SKSA 2F8SA 3QEWA 1C0UA 1RCHA 1TKZA 4Y1DA 4M3YA 2XO7A 4FLWA 1REVA 4ID5A 3JYTA 3VQ5A 2EHGA 3AVBA 4CK1A 5HRRA 3ITHA 1NK7A 1YT3A 4M3XA 4FLUA 1NJYA 4CJ3A 1JKHA 4MFBA 5C24A 4FZZA 1Q9XA 1S1XA 1IKVA 1SUQA 4CJUA 3E01A 4FLTA 4E1NA 3PV8A 2GUIA 2PYLA 4M3WA 1I39A 4FJNA 1EXQA 1X9WA 3O3FA 2XY5A 3OYFA 3NAEA 4DU3A 1FK9A 3LP3A 1RDDA 3VQPA 4DTOA 2YHBA 3OYIA 1HNVA 2O4GA 4NYNA 4LD0A 2HMIA 4OJRA 2HNDA 4AHVA 1T8EA 3OYBA 4KHSA 3LANA 4CEAA 1U47A 3AO4A 1JLAA 3S3NA 3L8BA 4HCBA 1JL1A 4QOZB 3NHGA 4DTMA 1J54A 1X1PA 4HTUA 3HL8A 3RR8A 3IAYA 3RR7A 3TAPA 4KKOA 1JLFA 4M3ZA 1CZ9A 2VWKA 4Q0BA 3NF7A 4FJ7A 4E7HA 1LAWA 2QKBA 4IG0A 4BWMA 1QSSA 2XY7A 4FJHA 1L3SA 1CLQA 3SUNA 4CGGA 3CG7A 1U4BA 2Z1IA 1WN7A 5HBMA 4CJ5A 2W42A 4DQQA 3SNNA 3OS1A 4OKKA 2ATQA 3KTQA 4FJJA 2G8IA 3D0PA 3M8RA 1RT6A 3HSTB 4EZ9A 2BGGA 1ZBFA 4CECA 4YFUA 1NK9A 4I9QA 3HVRA 3TANA 3NCIA 3F73A 3LPUA 3QEPA 3MAQA 4F2SA 3HJFA 3THVA 2AJQA 3AVJA 4BE0A 3K5MA 1J5OA 1QHTA 1Q9YA 3OYNA 5FDLA 3QINA 3RMCA 3OVNA 1A5VA 4CIGA 4EP4A 3KK3A 1YTUA 3FFIA 3PY8A 1TKTA 3NGIA 3I0RA 4FYDA 3AA4A 4NCGA 4M3RA 5CY4A 4ELVA 3PUFA 2B4JA 1BGXT 3MXJA 4UQGA 4E1MA 3DLGA 1S1VA 2QKKA 1KVAA 4FK0A 1Z26A 4FM2A 1XI1A 1RBVA 3DI6A 1RTJA 2OYQA 1JL2A 1HYVA 1RT2A 1ZBUA 3LP0A 3LWLA 1QS4A 4W5RA 1FKPA 3ULDA 4AHUA 2HHQA 1U49A 1MU2A 3LZIA 3LAMA 1TKDA 3DLKA 1SL2A 4CHYA 3LDSA 3HK2A 5K14A 3NF6A 1WSGA 1RT1A 1WAFA 3OYDA 4DSJA 1RTIA 3M8SA 3VQ6A 4DTJA 3IG1A 5JS2A 4I2QA 3VQAA 3SUQA 2DY4A 4RW9A 1RNHA 4EP5A 5FROA 3DRPA 5FRMA 2OZSA 3SCXA 4F3TA 4N41A 1S1WA 1TK0A 4ELTA 4JRPA 4Y1CA 1HQEA 3SQ2A 3O3GA 2FBTA 4E89A 1X9SA 1IKWA 2YNFA 4FLXA 4KV8A 4Z4IA 1TKXA 1QSYA 1C0MA 2X6SA 4CGFA 4B8CA 4KHWA 1UWBA 3NE6A 1ITGA 1HMVA 1BQMA 3KLFA 4K8ZA 4C8MA 3K2PA 4N56A 3U3GA 2DFFA 4W5QA 2BE2A 3AVHA 4Z4GA 2Z1JA 3RRHA 2VWJA 1KLNA 3OYHA 3IRXA 1BQNA 3KLIA 3V1RA 1HPZA 1K6YA 1TL3A 4W5TA 3S3MA 1T03A 4FJ9A 4CHPA 4C8NA 4JS5A 1L3UA 4B9NA 2E6LA 2D0AA 3NBPA 3OYAA 4J2BA 4C8KA 1NOZA 2QK9A 1W0HA 4FLVA 4B9MA 4CF9A 2HHSA 2LSNA 3AVIA 4OLBA 1CXUA 2YHAA 3I0SA 1ZBHA 1LWCA 4DU4A 1VSLA 3KKRA 2IC3A 3AVLA 1RDBA 1VRUA 4JRQA 1RT5A 3UIQA 2Q3SA 3BGRA 4N47A 2RPIA 2VG6A 4R5PA 2HHWA 4YNQA 3ZT3A 3M8QA 1LWEA 3SJJA 4CERA 3TAGA 4G1QA 2E4LA 1D9FA 5SWMA 3CM5A 1LW0A 4K8XA 4CJRA 2P5GA 2YKNA 4AHRA 1VSMA 4PWDA 2HHUA 2PYJA 3A2FA 3LALA 4O4GA 3MXMA 3PX0A 1L3TA 4CJPA 4AHTA 4DF4A 1Z25A 3DM2A 2YNGA 1S6PA 1HYZA 1VSKA 3DLRA 4HVJA 3VQBA 1TAQA 1D5AA 4DQPA 5HRSA 3MEEA 2ZE2A 4CFBA 3KK2A 3MEDA 2P5OA 4IFYA 2D5RA 4FW2A 3RMAA 4F4KA 2XY6A 4CJ4A 1L3VA 4GW6A 4Z0UA 4DFJA 3K5OA 3AA3A 4W5NA 3ZSYA 2ITGA 1NK6A 3ALYA 2HNYA 3SYZA 1QE1A 1RDCA 2G8FA 4KHUA 4BE2A 4HCCA 2BDPA 4M3UA 4KTQA 1BCOA 3CFOA 1WLJA 3KLEA 1VSFA 1VSEA 1KSPA 5E41A 3BDPA 2G8WA 1FKOA 2FC0A 1G15A 4CESA 4DFKA 1VSHA 1WAJA 1BI4A 1RTHA 5HP1A 1Q8IA 4W5OA 5J2MA 1BCMA 5J2QA 4PA1A 4CF0A 4CE9A 2R7YA 4DWIA 1BL3A 3HXMA 2P1JA 1S1TA 3QERA 2HHXA 1BIUA 3PX4A 1BISA 1J53A 3AO3A 3ISNC 1HJRA 1VSDA 3AVGA 4DU1A 1FXXA 3O4NA 2Y1JA 4F8RA 4NYFA 3QESA 4B9UA 4FZXC 4DTRA 4DQRA 4LSNA 4PY5A 3ZT2A 4DTUA 4DSLA 1T7PA 3NH1A 1C1AA 1RT3A 3D45A 2KZMA 4RW8A 1KFDA 4IG3A 4O0JA 3TAFA 1LV5A 4FM0A 2DTUA 5KGWA 3V81A 2OPPA 3L3UA 3MECA 3NF8A 1C1CA 4ICLA 2YV0X 4RW6A 4XIUA 4CEEA 4CEQA 4KTZA 1TV6A 3HP6A 3HT3A 2KZZA 3CFRA 1XC9A 3PO5A 1EETA 1KVBA 3VN5A 2F96A 5DMRA 3TAMA 4OKJA 1S9GA 4CGDA 4DS5A 1NJZA 2OPSA 1WSHA 4I9LA 2X6NA 3DLHA 1S5JA 4EZ6A 4CJWA 2EX3A 3ASMA 5T7BA 4CCHA 1NKCA 3K5NA 4PQUA 3HYFA 4RW7A 4CHNA 2OA8A 3P5JA 1JLEA 3CQ8A 1N6QA 1KVCA 4F3OA 3OY9A 1SKWA 1IO2A 3HVTA 4E7JA 4AHSA 5EU7A 3ZSQA 4M42A 1S6QA 4M41A 2Z1GA 3OYKA 4DFMA 4BDPA 4FJIA 3G10A 4O44A 3OJUA 1WNSA 4E7IA 3HO1A 4WE1A 1S1UA 3ZT0A 2YKMA 4BWJA 3AVMA 3QEVA 1EKEA 3TARA 4KB0A 4FK4A 3QNOA 2HVIA 4MQ3A 4FJGA 3TAQA 1C6VA 3T19A 1NK5A 5JS1A 1C0TA 1NOYA 1RT4A 4LH5A 3U6FA 4E19A 2KW4A 1HRHA 5C25A 1KCFA 4DTSA 4ZTFA 2HB5A 5HLFA 3O4QA 3V1QA 4B9SA 3C6TA 4Z4CA 2QXFA 1VSJA 1VSIA 3L2VA 1I3AA 3V1OA 3ZT4A 1SL0A 1F21A 1WSEA 1BIZA 3U3YA 2VG5A 4CJFA 5J2PA 1B9DA 3AVKA 4CFAA 4O55A 3SV4A 2OPQA 1CZBA 1GOBA 1UA0A 3L2WA 2HNZA 1JLQA 3NGYA 3LZJA 4IKFA 4KHYA 4TSXA 3ZSVA 4IDKA 4FLYA 2I5JA 5FRNA 4J2EA 4DSFA 3I8DA 1ASVA 4DG1A 3KK1A 1U45A 3LWMA 4CEFA 3O3HA 3K58A 2HVHA 1NKEA 4KPYA 2G8VA 4KI6A 3NF9A 3RWUA 1DLOA 4E3SA 3AO1A 4CIFA 3CYMA 3ZSOA 3OYCA 3SI6A 1QTMA 4KRFA 3B6PA 1TK5A 4CHZA 3EYZA 3VQDA 3NH0A 4BDZA 1EP4A 4FM1A 5CYMA 2FBVA 5KGXA 3TR8A 2Y1IA 2F8TA 4I7FA 2DFEA 5HRPA 5J1EA 2JGUA 3VQCA 5C42A 3SPYA 4L8RB 3NDKA 4KFBA 2OZMA 3OYGA 2IDOA 4H4MA 3QNNA 3AA2A 2DFHA 3SUOA 3DYAA 3NGZA 4BE1A 4FJXA 4DQSA 2GV9A 3B6OA 1Y97A 3OS2A 3L3VA 4AHCA 2HHTA 4BACA 4KB1A 1XHXA 2OPRA 1EX4A 2FBXA 3RMBA 3AVFA 5KRSA 4CHOA 5CZ1A 1YVUA 1KLMA 3RTVA 2HW3A 4CEOA 3L2QA 3SQ0A 1RBRA 1X9MA 1VRTA 4FVMA 3OYLA 3VQEA 2YNHA 3P1GA 1ASUA 2A1SA 1JXBA 3LP2A 2NUBA 4GMJB 1HYSA 3DLBA 2RKIA 3LPTA 4CEZA 1O1WA 1N5YA 2G8HA 1RBTA 3KKSA 5D3GA 2YNIA 4ID1A 3T3FA 3V9SA 1JLBA 3HP9A 4DSKA 1UA1A 2IS3A 2D0CA 2ZQBA 4CJTA 4CEBA 1U04A 4J2DA 2X74A 3G0ZA 3LAKA 3QLHA 4OGEA 4CJQA 4ZTJA 4CFCA 4FJ5A 1GOCA 4FCYA 4E7LA 1L5UA 3RMDA 1ZBLA 2G8KA 4DSEA 2KTQA 2G8UA 3TABA 2XHBA 3VQ8A 3OJSA 4JLHA 2BANA 2WONA 3VA3A 3IS9A 4KREA 5J2NA 1ASWA 3EZ5A 1TGOA 3MXIA 5CZ2A 4CJEA 4KI4A 4CF2A 3DRRA 3OYJA 1ZBIA 1IKXA 4B3OA 4HHTA 3CM6A 2XY8A 3OYMA 3L2UA 4F2RA 1JLCA 4OLAA 1QQCA 1B9FA 1T05A 1KRPA 2RN2A 4CJSA 3PX6A 5HROA 4C8LA 1SL1A 4DQIA 4FK2A 2JLEA 3AVNA 3NFAA 4DS4A 3L2RA 4HUGA 4OKEA 4E7KA 3AV9A 4FXDA 3V9ZA 1S9EA 2FBYA 3DMJA 3AO5A 3HPOA 3SZ2A 2D0BA 1WSJA 1ZYQA 2ETJA 1RTDA 3AVCA 2KFNA 1W9HA 3QEIA 1RBUA 3ZT1A 3F9KA 4BDYA 1RILA 2IGIA 1IG9A 4DF8A 3QIPA 2X78A 1A5XA 5SZTA 2GBZA 1BHLA 3T1AA 4B9VA 3KD1E 1RBSA 4Q5VA 4B08A 4CGIA 4B9LA 2O4IA 4C8OA 2WOMA 4CGJA 4FJ8A 1DTQA 1WSFA 3NH2A 4B8AB 4FJLA 3VQ9A 4M45A 4DLEA 3PO4A 4J2AA 3HM9A 3ZSZA 4DTNA 3DOLA 4ELUA 3DOKA 1TVRA 5DK5A 1NK8A 4NCAA 3QETA 4CGHA 4O0IA 4DLGA 4FLZA 1TK8A 1UOCA 1JLGA 3VA0A 1RT7A 1HQUA 3AA5X 3K5LA 1BI4B 3KLGA 4M3TA 4CJLA 4LY7A 3AVAA 1WSIA 3WNHA 1YTAA 4CEDA 4CJKA 1DTTA 4OPKA 4HUEA 3SV3A 1LW2A 1J9AA 4RW4A 4CK2A 5HRNA 2PY5A 3VQ4A 3H08A 1JXEA 1D8YA 2KFZA 5KRTA 4JS4A 3WNFA 4Z4HA 1VK0A 1HNIA 3HPHA 4HUFA 4LSLA 4DMNA 1NK4A 4I2PA 3MEGA 4LH4A 4RG8A 3S9HA 2B5JA 1SV5A 3VQQA 3TWHA 3SUPA 1U48A 4KAZA 4CK3A 3K57A 4KHNA 4AILC 3WNEA 1LAVA 3OS0A 4N76A 4GVMA 1UAXA 3AO2A 4OGCA 3VQ7A 3KLHA 1NJWA 4CHQA 3QEXA 2B6AA 2HHVA 2XRIA 4KTWA 4PUOA 4AH9A 2ZD1A 3ZSXA 3TI0A 3JSMA 1TAUA 2IOCA 2E6MA 3ZSWA 3SQ4A 1GOAA 4DTXA 4OPJA 2PZSA 4ZHRA 3KJVA 4E0DA 4CFDA 3V9UA 4DTPA 4KO0A 3EY1A 2Z1HA 4FJKA 1XWLA 2RF2A 3DLEA 4H4OA 5KI6A 3ZSRA 3KD5E 3SPZA 4CIEA 1B92A 1NJXA 1IH7A 4OVLA 4N5SA 2KQ2A 3HPGA 3V6DA 3CFPA 1XHZA 3ZCMA 3C95A 4IBNA 1NK0A 4KHQA 1A5WA 3KIOA 4DFPA 3V9WA 1C1BA 3S3OA 4NCBA 1SKRA 3V9XA 1TL1A 5CYQA 4Z4EA 5I3UA 4IFVA 3C94A 3C6UA 4DSIA 3TAEA 5I42A 4FJMA 1QSLA 3LP1A 4QCLA 1KTQA 3P83D 3K59A 1NKBA 2VG7A 3RRGA 2P51A 3DRSA 3QO9A 4FZYA 3WNGA 3QIOA 5KTQA 3OYEA 2A1RA 4QAGA 4CF1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KFSA 3CCQN 4X64K 2F4VK 1R0AA 1D9DA 3D2FA 3TSQA 3T69A 4WQ5C 5EOYA 4H8KA 3M8PA 4IFEA 4GKKK 4CJVA 1SKSA 3H1VX 4FWOA 1OVYA 1IBKK 1C0UA 4MO4A 4M3YA 2XO7A 3J80O 2O8DB 4PKGA 1RDUA 4CK1A 5HRRA 1NJYA 1TUUA 4FZZA 1SUQA 1NGFA 4FLTA 2PYLA 4M3WA 2GUIA 2ZJPL 4FJNA 1EXQA 1RGIA 1RDDA 4DQ8A 2YHBA 2VGNA 3OYIA 2UXBK 4XH4A 4LD0A 4GNIA 4OJRA 4BRLA 1T8EA 1U47A 3U4LA 3AO4A 3NHGA 1Q82O 1JLFA 5BRDA 2UXDK 4IG0A 3E66A 1L3SA 2ASMA 4CGGA 3SUNA 2O8CA 3H3OB 5AQYA 3KWGA 4CJ5A 4DB3A 3HTVA 1R59O 4CBUA 3M8RA 1RT6A 4EZ9A 4JKGB 4CECA 3HVRA 5GAGP 1OH5A 3LPUA 4IWVA 4JKFA 3MAQA 2UUAK 4F2SA 4H0OA 2A6AA 3OVNA 2JWLA 3ZEUB 3NGIA 3I0RA 3AA4A 4NCGA 2P9PB 2NZTA 2Q97A 4ISEA 2B4JA 1BGXT 3CCLN 1EO1A 2NNWA 1JCEA 4FK0A 3D2EB 2V7YA 1N36K 4RCHA 2HHQA 3TSPA 4CHYA 1DGKN 3HK2A 5K14A 1QVFM 2E88A 1RT1A 4WQ4C 3AY9A 2PBDA 3IG1A 1RNHA 5FROA 3DRPA 4F3TA 4LC9B 1S1WA 1TK0A 3O9UA 3CMEN 4JRPA 4ELTA 4BRMA 2FBTA 2NRHA 2V52B 5FLXO 2O8CB 4FL9A 1UWBA 1NGIA 4K8ZA 4A2BA 4BR5A 4BVPA 4YHHK 2P9UB 3ENHA 3OYHA 1N34K 2YJEA 1HPZA 4NLCA 4W5TA 3S3MA 3EE8A 4CHPA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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