The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
|
sequence length |
116
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structure length |
116
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
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| total genus |
25
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-12-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3T1H K; 1N36 K; 3J81 O; 4B3M K; 4GKK K; 4DR4 K; 3JAM O; 4LF6 K; 4JI4 K; 4V19 S; 4LF5 K; 4NXM K; 1J5E K; 4NXN K; 4LF8 K; 4LFA K; 4OX9 K; 4X64 K; 4JYA K; 4DR6 K; 4DR3 K; 4LF9 K; 2E5L K; 5A2Q O; 2UXD K; 2UU9 K; 1XNQ K; 1FJG K; 3T1Y K; 2UXB K; 5IT9 O; 4DV1 K; 4X62 K; 1IBL K; 2UUB K; 4B3S K; 1IBM K; 4DV2 K; 4JI3 K; 4X66 K; 1N32 K; 5LMN K; 4B3T K; 2UXC K; 1HNZ K; 4JI0 K; 2ZM6 K; 4K0K K; 2VQE K; 4AQY K; 4DV0 K; 2HHH K; 4DV4 K; 4LFB K; 1IBK K; 4DV6 K; 4DR1 K; 4LFC K; 4JI8 K; 5LL6 Z; 1HNW K; 4LF7 K; 5AJ3 K; 2UUA K; 3OTO K; 4X65 K; 1N33 K; 4YHH K; 4DUZ K; 1N34 K; 4DR2 K; 2UUC K; 4DV3 K; 4KHP K; 2VQF K; 5BR8 K; 4YY3 K; 3J80 O; 4JV5 K; 3J7Y P; 1XNR K; 5IWA K; 4JI7 K; 1HR0 K; 4JI2 K; 4DR7 K; 3J7A P; 4JI6 K; 5LMU K; 4DV5 K; 1HNX K; 4DV7 K; 1XMQ K; 4JI1 K; 5FLX O; 4LF4 K; 4DUY K; 4CW7 B; 4B3R K; 4CVN E; 4DR5 K; 1XMO K; 4GKJ K; 2F4V K; 1I94 K; 4JI5 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2A1S A; 4L3Q A; 4IFV A; 2VWK A; 4H0X B; 4EIA A; 3TSU A; 2X6S A; 4DR4 K; 3S3M A; 4CEB A; 1BL3 A; 1WSG A; 2Q3S A; 4BRL A; 5TKW A; 4MFB A; 4Q5V A; 4BRK A; 1IH7 A; 1BWF O; 3VEY A; 1X1P A; 4LF5 K; 4JKG A; 4H03 B; 4GV9 A; 4KTQ A; 2EWS A; 5BN8 A; 3K0S A; 2JLE A; 3VMF B; 1GLE G; 1B9D A; 3TAN A; 4WQ5 A; 3U3G A; 4B08 A; 2Q2R A; 3P39 A; 2D4W A; 1VQK N; 1QS4 A; 5BN9 A; 4KHY A; 2IS3 A; 1OH5 A; 5IT9 O; 3S3O A; 3PO5 A; 3GDQ A; 3DLL L; 5AQX A; 1NKE A; 4B3S K; 3MCP A; 4FLV A; 4CK2 A; 1LCU A; 1WSI A; 4FL9 A; 1OH8 A; 1U6Z A; 3L6Q A; 4H5V A; 5JVH L; 3G0Z A; 1ITG A; 3KK7 A; 3SMS A; 1TAQ A; 3RMA A; 3DLR A; 2NRW A; 4BC5 A; 4EP4 A; 4DFP A; 1FKO A; 3PSI A; 3MEC A; 2WBN A; 1W2B M; 4C1N I; 4XH5 A; 5ADX A; 3V1Q A; 1W97 L; 3P38 A; 3UB5 A; 3H45 C; 4WE1 A; 1XC3 A; 5CZ2 A; 5M1K A; 3IDH A; 4DUZ K; 1SKR A; 3QLH A; 4FWR A; 4BRC A; 3ZSQ A; 5KGW A; 4DQI A; 5BR8 K; 1J54 A; 4I2P A; 5M1N A; 2LSN A; 3UKR B; 1FXX A; 4E3S A; 4DSJ A; 5KQ8 A; 3CPW M; 2RN2 A; 1NJY A; 2YNH A; 3OYD A; 3H3O B; 3QEW A; 4PHT X; 1Q86 O; 3TSP A; 2GBZ A; 4ILJ A; 4AHV A; 2KW4 A; 1RTD A; 1RBV A; 1QQC A; 4CJ3 A; 3R8E A; 2HOE A; 4FW2 A; 4FJX A; 3VQ8 A; 3UKR A; 3CD6 N; 1TL1 A; 2OPS A; 4B1X B; 4DU1 A; 2F7T A; 3VQC A; 3DRR A; 3MN5 A; 1ZXO A; 5J2Q A; 1S6Q A; 4KO0 A; 3K57 A; 1V4S A; 3KVG A; 2QWR A; 3TTD A; 3AA4 A; 4FJ5 A; 2Z1J A; 4W5R A; 2UXD K; 4CJR A; 2FXU A; 3VEV A; 5DM7 L; 4R5P A; 4HHT A; 2UXB K; 3ENO A; 1E4F T; 2HHV A; 2JGU A; 4JHD B; 4J8F A; 4WFA L; 1NWK A; 2UUB K; 1C1B A; 3KD5 E; 4BDY A; 2DY4 A; 5AQO A; 3VTI A; 1J9A A; 2KLA A; 3U9D A; 1O1W A; 5FRO A; 3THY B; 5C10 A; 2ZM6 K; 2PFU A; 3DJC A; 4KAZ A; 3WXL A; 3BDP A; 3ZSO A; 2V7Y A; 3CI5 A; 2OPR A; 3V1O A; 3VQ9 A; 1RDA A; 1JL2 A; 5EU7 A; 2ZJP L; 1W9H A; 2E4L A; 3ZCM A; 4JHD A; 3OA9 A; 3AGR A; 3LDN A; 3AVK A; 4CBW A; 3QEX A; 3JYT A; 5AFU A; 4YHH K; 3MAQ A; 4FWQ A; 3LWM A; 2P5G A; 2F8S A; 5HBM A; 3MEE A; 4I2Q A; 4YOT A; 3THY A; 2UUC K; 4K25 A; 3VOV A; 3BP8 A; 4G1Q A; 3AVC A; 4ID5 A; 4H0Y B; 1BUP A; 3M8R A; 1BU6 O; 4KKO A; 5TKY A; 3SJJ A; 1GOA A; 1BIU A; 4CD3 A; 3AAP A; 3SV3 A; 2UYT A; 3PIP L; 2A40 A; 4B8C A; 3A5L C; 1C0U A; 4XH1 A; 4M3R A; 1RCH A; 1NM1 A; 2P1J A; 2NUB A; 3A5M C; 3H3N O; 3NHG A; 4YDU C; 3LDP A; 4AHT A; 5KQD A; 3J81 O; 4GKK K; 2X74 A; 3THV A; 3DM2 A; 3IAY A; 4KHQ A; 3SUN A; 3PX0 A; 4LF8 K; 4LFA K; 4BRA A; 4LY7 A; 1S9E A; 4IJA A; 1HRH A; 1ZBS A; 1VAZ A; 1NGG A; 3VQD A; 3VGM A; 5A2Q O; 1ATN A; 4JKB A; 3GE1 A; 3CC4 N; 5M1O A; 3CIP A; 1IO2 A; 3KWG A; 2NZT A; 1WBD A; 3AVA A; 4CZI A; 1VRT A; 2E2N A; 4C1N K; 3D45 A; 1RBR A; 1BOT O; 2G8W A; 5JLF A; 3RWU A; 3OYB A; 2Q0U A; 3WNE A; 3VEW A; 3C65 A; 4BVO A; 1DTT A; 3L2Q A; 3SAH A; 3P31 A; 3R1X A; 3F5T A; 2A6A A; 1NGB A; 2FSJ A; 3AVM A; 4LFC K; 3L2U A; 4KI6 A; 4JI8 K; 2Q31 A; 1IKW A; 2QM1 A; 1KFS A; 4KHN A; 1KAY A; 5KI6 A; 1VSE A; 3I8B A; 1YAG A; 3FZM A; 1B92 A; 3H46 O; 4BC3 A; 3AA3 A; 3LAM A; 3S41 A; 4FLY A; 1CLQ A; 4CGI A; 1YF5 L; 1GLJ O; 4DB3 A; 3IFR A; 2ZD1 A; 3LWL A; 3EKU A; 3SJH A; 3WQU A; 2NRV A; 2E1Z A; 1YTU A; 4DR7 K; 3F2K A; 3OYE A; 5CYQ A; 3FLC O; 5J2N A; 1M1K O; 4DWI A; 3O3G A; 1VQ9 N; 4E1M A; 1MA9 B; 4I9L A; 3O3H A; 4DQ8 A; 1NGC A; 3LDL A; 1NGE A; 1JJ2 M; 3WNG A; 5C0Y A; 3HSC A; 1LAW A; 4KHW A; 2Q1N A; 5AQY A; 1A5W A; 2ZJQ L; 3LM2 A; 4IFY A; 3I0S A; 1X3M A; 3ENB A; 5KPT A; 3CCS N; 3RTV A; 4JD2 A; 3AAR A; 3TI0 A; 4JKC A; 4RG8 A; 4CZH A; 1QQM A; 1WB9 A; 1J5E K; 3AVJ A; 3OYN A; 4EZ9 A; 1H1V A; 2P9I B; 3OYJ A; 4CZG A; 4Z4E A; 2QWM A; 4DR3 K; 5AQM A; 3C6A A; 5JMV A; 5DM6 L; 2QXL A; 2EX3 A; 4FZX C; 1TAU A; 3TSQ A; 5BRF A; 3IG1 A; 3PV8 A; 2HHS A; 4BC4 A; 3HRG A; 1TKX A; 4O4G A; 1Z05 A; 4X66 K; 1CXQ A; 3CFO A; 3MK6 A; 3CME N; 1U45 A; 3MED A; 1YVN A; 2GWK A; 1SV5 A; 4JAX A; 2IOC A; 3HPH A; 2P9I A; 4CGH A; 5BR9 A; 5AQP A; 3KLG A; 4UQG A; 3T19 A; 1JKH A; 5GAH P; 4IZ9 A; 4CJ5 A; 4JNE A; 3O3F A; 4H0V B; 1VRU A; 3CQX A; 1N6Q A; 3G6E N; 5LY3 A; 3NH0 A; 4IJN A; 5BRD A; 4FXD A; 4CHZ A; 4JRP A; 4N76 A; 3FZH A; 1DLO A; 3HVR A; 1A5V A; 4EHT A; 1EET A; 1KVB A; 3A2F A; 4JRQ A; 1JLC A; 4GV6 A; 3OY9 A; 1F21 A; 1GLL O; 3R6M A; 4CEE A; 2ASP A; 4YY3 K; 5FPM A; 1YJW N; 4JV5 K; 5HRN A; 3C7N B; 3EZ5 A; 1XNR K; 1HNV A; 4O8K A; 4BDZ A; 5K14 A; 4O44 A; 2E20 A; 3QFP A; 1SKS A; 3ZSR A; 1HNX K; 3DXM B; 4JK9 A; 2W6L A; 4O8U A; 3NH1 A; 3TU5 A; 2BE2 A; 4FJ9 A; 4BRP A; 2O8B B; 3G71 N; 4B3R K; 1VQM N; 4YFU A; 4Y0W A; 4CVN E; 5GIO A; 3OW2 M; 1BG3 A; 4DHY A; 4Z4C A; 1TKD A; 4ZTF A; 3ZLJ A; 4CHY A; 3MN7 A; 3K9J A; 2YKM A; 2P9K B; 3JAM O; 1QQN A; 4CJL A; 3C7N A; 5AQI A; 5FPN A; 4B9S A; 1N8R O; 1J53 A; 4E0D A; 1S1X A; 2OAN A; 1YXQ A; 2HMP A; 4IDK A; 4JK7 A; 4IFE A; 3DXM A; 5I42 A; 2HHU A; 3S9H A; 1VQ6 N; 4DSE A; 2O8B A; 4IO8 A; 3CQ8 A; 1I39 A; 3MXJ A; 3OYM A; 1S22 A; 3TWH A; 3HP9 A; 3VA3 A; 4U67 L; 1RT5 A; 3CJA A; 4ILH A; 2XO7 A; 3NDK A; 2VGN A; 1NJX A; 4WFN L; 4MLH A; 2FSK A; 4EZ6 A; 2P9K A; 3C0B A; 3A8Y A; 5AQV A; 4YOW A; 2PYJ A; 3BF3 A; 2E6L A; 5DMR A; 4I6M B; 4BE1 A; 4IOC L; 3SQ1 A; 4JI3 K; 5D3G A; 5AZI B; 3VEO A; 4CCH A; 3QEI A; 4FM0 A; 4JLH A; 4BRE A; 1VQO N; 3AV9 A; 3JS6 A; 2OZS A; 4B3T K; 1QZ5 A; 1ASV A; 1IKX A; 4FOI A; 3OJS A; 3C6U A; 3Q7B A; 4FZZ A; 1NK9 A; 2AA4 A; 4OPA A; 4LFB K; 3KLF A; 1YI2 N; 3P5J A; 3CYM A; 4OKK A; 5LJW A; 4WQ5 C; 4E1N A; 2ETJ A; 2HF4 A; 1HNW K; 4CD1 A; 2UUA K; 4I6M A; 4CEQ A; 5AZI A; 3ZSZ A; 4DSK A; 2ASM A; 2CH5 A; 2RPI A; 1BHL A; 4JS4 A; 2YX6 A; 3D2E B; 3QFU A; 1K8K B; 4KHP K; 4CGF A; 1BIZ A; 3DXK A; 4KH6 A; 4OPK A; 3BZC A; 4FJ7 A; 4BY9 C; 4W5Q A; 1FKP A; 1DGK N; 4M41 A; 4BR2 A; 1QE1 A; 4E1J A; 4R79 A; 5AQJ A; 4JI2 K; 4C8L A; 4BVP A; 2Q97 A; 5C42 A; 5AQU A; 3MXM A; 1BO5 O; 2J4R A; 3QDK A; 3SQ2 A; 1JLG A; 3HOS A; 4FK4 A; 4DR5 K; 3QB0 A; 3AO3 A; 5H1S Q; 1QQO A; 3D2E A; 5EX5 A; 1K8K A; 1EP4 A; 3LZJ A; 4FWL A; 2IDO A; 4A5B A; 2KKZ A; 3QER A; 2W6K A; 3AVH A; 3DOK A; 4BE0 A; 4BR7 A; 4B3M K; 1VSD A; 2OA8 A; 4F3O A; 4KI4 A; 4IG0 A; 3MX5 A; 1QVG M; 1VSL A; 4V19 S; 5ADX H; 4BG9 A; 2RE2 A; 3TAR A; 5KGX A; 1L3V A; 3ZT4 A; 1W7A A; 4CHO A; 2Z1I A; 3T69 A; 3TAP A; 1KAZ A; 3OYC A; 3LDO A; 3N4P A; 3THX B; 2QW9 A; 3V81 A; 1NGA A; 2B5J A; 3HT3 A; 2P9P A; 3T1Y K; 4HCB A; 4DTR A; 3NFA A; 4DU3 A; 4PQU A; 3K9K A; 2HHT A; 2X78 A; 4X62 K; 3VF2 A; 1QHA A; 4OLB A; 5FRM A; 1L3S A; 3K58 A; 4DQQ A; 2NLX A; 3CM6 A; 4QS8 A; 5AQN A; 2D0C A; 3HL8 A; 2UXC K; 4JN4 A; 1WSJ A; 2OTL N; 3THX A; 4CZM A; 1FK9 A; 3L4Q A; 1ZBU A; 5FRN A; 2WFB A; 1L3T A; 5KPR A; 4FVU A; 3HVT A; 5C2F A; 4LF7 K; 1SAZ A; 4CFA A; 3LDS A; 3OTO K; 2OTJ N; 5HL7 L; 1Q18 A; 3R9P A; 4FK2 A; 4E19 A; 3KLH A; 3QET A; 4DV3 K; 2X6N A; 1DKG D; 3D2F B; 4CGJ A; 4C8N A; 1NGD A; 2HNY A; 1HNI A; 4KH4 A; 2QWN A; 3DLE A; 2FSN A; 2IVN A; 4AF1 A; 1K73 O; 1S1U A; 1NK7 A; 1LV5 A; 1P90 A; 3TPQ A; 3OYG A; 3CMA N; 3HK2 A; 2E2P A; 2IVO A; 5LJV A; 4CZJ A; 4LF4 K; 3ZSW A; 1B9F A; 2BAN A; 1BCO A; 3ZT2 A; 2Z1H A; 5BPL A; 4BQL A; 1J6Z A; 4DFJ A; 2GEM A; 4NCA A; 1HX1 A; 3D2F A; 4IO9 L; 4DTX A; 3SUP A; 2O8E B; 3O1B A; 3IS9 A; 3BY5 A; 4BRO A; 2YNI A; 2DPN A; 3NGI A; 4BE2 A; 5J2M A; 1NKC A; 3CCE N; 4CF2 A; 3WXM B; 3U3Y A; 4EHU A; 4NXN K; 2HF3 A; 3TAE A; 4FJG A; 5AFU H; 4NLB A; 2OPP A; 1D8Y A; 4M63 C; 4FWP A; 2QI2 A; 3WXK A; 3E9P A; 2DFH A; 4PUO A; 3DRP A; 3WQT A; 2Y1I A; 2PYL A; 3LM9 A; 3CET A; 1XC9 A; 2P51 A; 2QWP A; 2IVP A; 1EKE A; 4KPY A; 2O8E A; 4PKG A; 3PSF A; 4CHQ A; 1WLJ A; 1RBT A; 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3ID8 A; 4ILG B; 3KKS A; 4CEA A; 3VQP A; 1OH7 A; 3IMX A; 1NJW A; 3KWI A; 5C12 A; 1DTQ A; 2OCE A; 4RW7 A; 4M45 A; 4B9N A; 3AO4 A; 3NGY A; 3IUC A; 4FOE A; 3D6R A; 2QEX N; 2ZJR L; 3CC2 N; 3AY9 A; 3LZI A; 4FPB A; 4DU4 A; 1HNZ K; 3M5R A; 3CXC M; 4DTN A; 4A62 A; 4DQR A; 4J2B A; 4AHS A; 3AO1 A; 3ENH A; 1QVF M; 4HTL A; 3FZF A; 3K2P A; 1RDC A; 2O8F B; 4CFD A; 3OYF A; 4BRH A; 3VQE A; 3HPO A; 1REV A; 3T3F A; 2E2O A; 3C94 A; 3V9X A; 1TKT A; 4FLW A; 1RBS A; 2HHW A; 4DR2 K; 3P83 D; 3OYL A; 2XY5 A; 3FGU A; 1NK4 A; 3OYH A; 4LD0 A; 3CPE A; 2HB5 A; 5JVG L; 3JXU A; 4CJW A; 1GLC G; 1RDU A; 3QEP A; 3KLI A; 2O8F A; 4HUF A; 4AH9 A; 4H4M A; 5AQH A; 3FFI A; 4FPA A; 1VSF A; 4OGC A; 4CW7 B; 1KXP A; 4ISF A; 4EP5 A; 1UA0 A; 3K5N A; 1NK8 A; 4J2D A; 2NRR A; 1YTA A; 4N56 A; 5EXW A; 5AQQ A; 4DTU A; 1T03 A; 1R59 O; 5SZT A; 1UWB A; 4JKF A; 4XH4 A; 4O55 A; 1RT4 A; 3GBT A; 3KLE A; 4ZHR A; 3CC7 N; 1TUY A; 1IJJ A; 1XUP O; 1GLB G; 4Z0U A; 2HBK A; 2RKI A; 4JYA K; 1D9D A; 3H08 A; 5I3U A; 2PBD A; 4WF9 L; 3SUO A; 3O80 A; 3ZSX A; 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