1NM1A

Crystal structure of d. dicsoideum actin complexed with gelsolin segment 1 and mg atp at 1.8 a resolution
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
372
structure length
364
Chain Sequence
DVQALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHTKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYMMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLAYVALDFEQEMATAASSSALEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESAGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYGNVVLSGGTTMFPGIADRMNKELTALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Structure of Non-Vertebrate Actin: Implications For The ATP Hydrolytic Mechanism
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Actin
total genus 118
structure length 364
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1nm1A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1nm1A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1nm1A03
3A0IX 3G25A 1P8ZA 5BPNA 1H1VA 3WEEA 3QB0A 2YJEA 2Q0UA 4IXCA 1C0FA 3WXKA 3ATUA 4YDUA 4YDUC 4BR7A 5FPNA 4XH1A 2FLOA 4FWKA 3VEOA 3R9PA 4BGAA 3MMVA 4QS7A 2P9LA 2NRHA 3FFKB 5B8HA 3DAWA 3MN9A 4HTLA 4JN4A 3A5MC 3W3DA 4M7XA 4BQLA 1BA1A 3HZ6A 5BRHA 3SMSA 3TPQA 4BVOA 4BRLA 3QFPA 1KXPA 4KBOA 1E4GT 3FZKA 2AP1A 3I8BA 1G99A 4B1YB 2QWPA 4H0PA 1ZXOA 2IVOA 3D2EA 2YHWA 5AQRA 2Q2RA 5EOYA 4I6MB 4H0VB 2FSJA 3CJBA 1X3NA 3VETA 5FPMA 4JHDB 2VYPA 4BRCA 4H5WA 3WT0A 2FF3B 3QFUA 2ZGYA 1K8KB 2YHXA 2J4RA 4MLEA 5FPEA 4CZKA 3ZX0A 4WYBA 3ULEA 5AQHA 5AQSA 4BRGA 3U4LA 1S22A 5JLFA 4CD3A 4JHDA 1D4XA 3FZMA 5AQIA 4BC4A 4B9QA 2P9IA 2IVPA 3RSEA 2KHOA 2QWRA 3QMLA 5KPTA 4ISGA 3VF6A 1TYQA 3ENHA 3KZBA 3VESA 5AZJA 3CIPA 3IMXA 4BRHA 2CGLA 3TU5A 2D1KA 4FWOA 4H5NA 2ZWHA 1X3MA 4FWPA 3O6WA 4XH4A 1DKGD 1KAYA 5EXWA 4MO4A 3UKUA 3WQTA 4BG8A 2ASPA 2A6AA 5AQWA 1YAGA 3BEXA 4CI6A 5KQDA 3O5BA 3VF4A 1NGHA 2E2NA 3M3ZA 1EQYA 4NO7A 3SMPA 4BR9A 1MWMA 1NGAA 1Y64A 2GELA 1HPMA 1C0GA 1NGIA 2E2PA 3DWLA 4H03B 1BUPA 1NGJA 2HMPA 5BPLA 3MN7A 2QXLA 1RGIA 3CJAA 4M63C 4BGBA 4A62A 2YCHA 3FE1A 2ASMA 1NWKA 4WQ4C 4JD2A 4L3QA 3H3NO 3HI0A 3IUCA 3GDQA 3C7NB 5JMVA 2YHYA 5AQVA 5KPZA 2YJFA 3VEWA 4B1ZA 3WXLA 4FWLA 2HF4A 1NMDA 4H5VA 2GEMA 4PL8A 4RTFD 2A3ZA 1HLUA 4CBWA 3DXMA 4QS9A 2V7ZA 3MDQA 2EWSA 4E1JA 4MO5A 3O1BA 5AQUA 1T6CA 1GLCG 1DEJA 4CJ7A 4DB3A 4QS8A 2V52B 1X9JA 4BREA 4AM6A 2D0OA 3CQYA 4CZLA 2A42A 2P9UA 3R6MA 1QZ6A 1MDUB 5AQZA 2FF6A 4EHUA 4BC3A 2A41A 2F9TA 3AAQA 4BRQA 3B8AX 3A8YA 4B1XB 5KPRA 3H1VX 4A2AA 2E1ZA 2QWQA 2ZGZA 4FWQA 5BRDA 3UKRB 3VEYA 3W0LA 1SAZA 1GLLO 2D4WA 3L4IA 3VF2A 4IWVA 4BRKA 4Y0WA 3CJ1A 2UYTA 2QM1A 3LDQA 1IJJA 1WUAA 4H0TB 5AQTA 3VEZA 5AFUA 4WQ5C 2NLXA 2E88A 3GE1A 4BRFA 3DXKB 3FZFA 1LCUA 3SLCA 3VPZA 2VCPA 4F9OA 3M6GA 1ESVA 2ITMA 3SJHA 1BO5O 2YI1A 3O8MA 4FOEA 3U9ZA 2P9NB 2PBDA 3F9MA 4BRPA 5AZIB 4I6MA 2E1YA 1Z05A 2CH5A 4BQZA 3ZEUB 4CD1A 2Q36A 1HUXA 3H6EA 3O4WA 3FZHA 4IJNA 2V7YA 5AQXA 4B1WB 4BC2A 4CZJA 4PKIA 5AQPA 1QQNA 3KHYA 3HM8A 2QW9A 1WOQA 1K8KA 5JICA 2P9KB 1GLAG 5AR0A 1J6ZA 3CERA 5AFUH 3WUHA 1MA9B 1RDWX 5CE3A 2HOEA 5BN8A 3ZEUA 4IJAA 3C0BA 3LDPA 4MLHA 4BRAA 2IVNA 4FL9A 2V51B 4K25A 4DQ8A 5AQFA 4H0YB 4CBUA 4PL7A 2CGJA 2PAVA 3CJ9A 2P9KA 5F1XA 4BR4A 2OANA 1IG8A 3MCPA 4BRMA 3ZX2A 2P9PB 1TUYA 3ID8A 2E2QA 3LM2A 1BA0A 2NZTA 3ENOA 4NB4A 5EX5A 3QBWA 1R59O 4HWIA 3A5OC 4RWTA 2DPNA 1HKBA 4BR0A 1NGEA 1HKGA 3GL1A 3VGLA 1ATRA 3ZETB 2Q1NA 1BWFO 2GTDA 2P9PA 3A5NC 3WQUA 4RCHA 1JCFA 4FO0A 2VWBA 1CZAN 2A40A 4BG9A 3MN5A 3VEXA 2W41A 1DGKN 1QHAA 5AQQA 1RFQA 3ATVA 2FXUA 2FSKA 3BF3A 1XC3A 2E8AA 1TUUA 1LOTB 3ZETA 4BRIA 4WQ4A 3MN6A 1GLBG 5BR9A 1ATSA 4BR5A 5EY4A 4Z94A 1ZBSA 1NGFA 3H46O 3QDKA 3D2FB 1NBWA 3LL3A 5FPDA 1HJOA 2BTFA 4AM7A 5TKYA 4ISEA 5AQNA 3IDHA 2W40A 3ZX3A 4DCHA 3U9DA 3C7NA 5KQ8A 1HX1A 3O1WA 3D2FA 4CZIA 5JLHA 2A5XA 2Q31A 1ZC6A 3J8AA 3WEEB 3AY9A 3FLCO 3JXUA 3WXIA 2GWKA 5AQLA 3QBXA 3FZLA 3P4IA 4H5RA 1KAXA 4B1VA 1GLEG 1GLFO 3LDOA 3LDNA 5ADXA 3AARA 3QICA 1NM1A 1GLDG 1YXQA 5AQGA 2QWNA 2D0PA 2P9LB 3BUZB 4FWNA 3VERA 3GOIA 3CJ7A 4FOIA 1GLJO 2E20A 3CHWA 1ATNA 3FGUA 4FWSA 3L0QA 1S3XA 2F9WA 4BRNA 3VENA 4ISFA 4FWMA 2QWMA 4WQ5A 1NLVA 5BN9A 1NGGA 3HBTA 3O80A 4C23A 4CZHA 4DHYA 5LJWA 5LJVA 3UKRA 5LY3A 2P9SB 3D2EB 1YUWA 4IO8A 5E26A 5BREA 3CI5A 5F2RA 3EZWA 3SK3A 3BF1A 4BROA 4K41A 2QWOA 3EL2A 4EHTA 5ADXH 2ZF5O 5ELZA 3VGMA 2GUPA 2QWLA 4BRDA 3DXKA 3D7EO 1JCEA 2P9SA 1U2VB 5F0XA 3CQXA 3ULEB 2HF3A 5BPMA 3VEVA 3AAPA 3GG4A 3KVGA 5AQOA 2IIRA 1Z6RA 2CGKA 2P9NA 4PKHA 4H0XB 5AZIA 4FPAA 5AQJA 5AQKA 4H0OA 2P9IB 4O5FA 3RSEB 1BU6O 1SQKA 4BR2A 1U2VA 1NGDA 5E84A 3UB5A 3CETA 3EKSA 2Q97A 3M1FA 1TYQB 1U6ZA 3VOVA 1BG3A 3HSCA 4A2BA 4IZ9A 5AZJB 2AA4A 1BOTO 5I9EB 2BUPA 4FPBA 4CZGA 2I7PA 3S41A 1QZ5A 3A5LC 1V4SA 3UE5A 1NGBA 4XEIA 3EN9A 1E4FT 3UKUB 4J8FA 4K43A 1XQSC 1XUPO 5AQYA 3CJCA 2Q0RA 2E2OA 3HTVA 4CBXA 4B1UB 1T44A 5AQMA 1KAZA 4FSVA 2I7NA 1JCGA 3O08A 4FWRA 5BRFA 2GWJA 3WXJA 2ASOA 1T6DA 1HKCA 4CZMA 4JNEA 1V4TA 2FSNA 5EVZA 4CZFA 4A61A 3H45C 3H3OB 1MWKA 1QQMA 4K42A 3DJCA 3OHRA 4JD2B 4PKGA 3U8XA 3EKUA 1NGCA 4CZEA 1SZ2A 1QQOA 3JS6A 4EAHD 3LM9A 3BP8A 3VGKA 4BC5A 3L6QA 3GBTA 3FR0A 3DXMB 3R8EA 3IFRA 3MK6A 1BDGA 4H5TA 4GNIA 1YVNA 2WUSA 4EFHA 3LDLA 4O8KA 4EIAA 3EO3A 2CH6A 1OKJA 4BVPA 4JAXA 4LC9B 2H3GX 3H1QA 3I33A 4M7YA 1Q18A 2P9UB 4GY2B 4XH5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HM9A 3OA9A 3AVBA 3L8BA 3G10A 3V1OA 1H1VA 2G8VA 2HBJA 1EP4A 4EP4A 4I9QA 1JLBA 3SPZA 5FPNA 5CY4A 4LSLA 4DV2K 1JL1A 2NRHA 3FFKB 4B9VA 3DAWA 3NE6A 3A5MC 1Z25A 3W3DA 4BQLA 1BA1A 3F5TA 4B9SA 1NK5A 1OH6A 1UAXA 3QFPA 5HROA 1E4GT 3BZKA 4M3YA 1BQMA 3I55N 3I8BA 2QWPA 1B9FA 1VRTA 4IG3A 1IKXA 3PX0A 5HRPA 5FPMA 4JHDB 4JS4A 1SUQA 4BRCA 4DTNA 4RG8A 2ZGYA 3M8PA 3CM5A 4MLEA 5FPEA 4CZKA 1N32K 4WYBA 5GIOA 3AVFA 1IV0A 3C94A 3U4LA 2HB5A 4YOWA 1S22A 4CD3A 3HVRA 3DLKA 1IKYA 4HTUA 4G9ZA 2ITGA 2KHOA 4E7LA 2RF2A 1EO1A 4I7FA 3S3MA 4C8KA 4JEPA 3HPOA 1QS4A 3ENHA 3KZBA 3PO4A 1RDBA 3KWGA 4BRHA 2CGLA 1W97L 1BQNA 3TU5A 4AHCA 1TGOA 3EE8A 4BE1A 4KTWA 2WBNA 2HHHK 4BDYA 4PQUA 1NKEA 5EXWA 5IWAK 4MO4A 1W2BM 1JXBA 4YHHK 2A6AA 3BEXA 1FKPA 2UUBK 3KLEA 1VSIA 5SZTA 2PYLA 5C15A 4E7IA 3K5LA 3PSFA 1C0GA 4E89A 4I9LA 1NGIA 1NKBA 3QIOA 4DR3K 5CYMA 4DR2K 4E7JA 3FE1A 4WF9L 4R79A 1D9DA 3L2QA 1NK0A 1NWKA 4YORA 4WQ4C 4KO0A 3LPUA 3H08A 3ZSWA 5CZ2A 1P90A 3K57A 5KPZA 1KLMA 3AO1A 2YJFA 4W5OA 1DT9A 3DRRA 4FWLA 3K58A 2GEMA 1VQNN 4RTFD 3T1AA 1C0TA 3DXMA 4IOXA 1XC9A 1NOYA 3C95A 5FRNA 3C6UA 1Q9YA 3O1BA 3AO4A 5AQUA 4KHSA 1GLCG 3CYGA 2Y1IA 3TAQA 2KZZA 4QS8A 2V52B 5C2DA 3CCQN 1QZ6A 2X6NA 5AQZA 3THWA 2FF6A 4M3UA 2A41A 3LP1A 4DU3A 3B8AX 1SKSA 2Q3SA 1QSYA 1C0UA 5E41A 2E1ZA 3NGZA 1RT2A 3UKRB 3W0LA 1A5WA 2RPIA 4DUZK 1SAZA 3L4IA 3VF2A 4FM0A 3VQ4A 4Y0WA 3DM2A 3RR7A 3SBGA 3CCRN 4H0TB 1ZBIA 5AQTA 2YNGA 3ZT4A 4UQGA 1W7AA 5I3UA 3NF6A 2KKZA 3M6GA 2OPPA 2OPSA 3UIQA 4LH4A 4BDPA 4JRQA 4M41A 3O8MA 2D5RA 2PBDA 4FCYA 2E1YA 4CEBA 4RW9A 4BQZA 3T3FA 2ZD1A 1XWLA 3ZEUB 3VTHA 3O4WA 2V7YA 4B1WB 2JGUA 3N4PA 4PKIA 1QQNA 3HM8A 3SAGA 2P9KB 4NYFA 1J6ZA 3CERA 5AFUH 4IBNA 2YHBA 2HOEA 4DSIA 4AQYK 4F8RA 1VQLN 4MLHA 4BRAA 3AA3A 4MDAA 4FL9A 1D9FA 2V51B 2ZQBA 3QESA 4PL7A 3CD6N 5F1XA 3ZX2A 1TUYA 1BA0A 4AILC 4O8UA 3FFIA 4NB4A 3CCEN 1R59O 3LALA 4DQIA 4YFUA 4I2PA 4JKAA 4BR0A 5M1NA 1ATRA 1OH8A 3QO9A 1XHXA 1SS6A 2ZJPL 1X1PA 3CC2N 4CJSA 4LSNA 2YNFA 3WQUA 4JV5K 1VQ9N 4JK7A 4BG9A 3MN5A 4NLBA 2W41A 2FBVA 3QLHA 1DGKN 4DG1A 3QEIA 3O9UA 1RFQA 4BRIA 1TUUA 3K5OA 4B3SK 4I2QA 4DS5A 1L3SA 1ATSA 2YKMA 5EY4A 1ZBSA 1NGFA 4FJ8A 3D2FB 3JYTA 4IEEA 3LL3A 1YF5L 3PIOL 4JKFA 1VSEA 1WBBA 4FJHA 1XI1A 1KVCA 5TKYA 4J2BA 3IDHA 1WSEA 2X74A 2B4JA 3K59A 1JXEA 4KHQA 3J8AA 4NCBA 3FLCO 3WXIA 2GWKA 3FZLA 1KCFA 3P4IA 5H1SQ 4GV9A 3CFRA 5D3GA 1GLEG 1VSMA 5ADXA 2OA8A 4DV5K 3E01A 1GLDG 1YXQA 3NBPA 2VQEK 2D0PA 3GOIA 1GLJO 3K5MA 3VENA 4DQPA 1ZBLA 4CEOA 2XY6A 4CK3A 4Z4EA 3M8SA 3MXMA 4ELTA 4HVJA 3V9UA 1JJ2M 2P9SB 1L5UA 1VK0A 4LF4K 1S9GA 4X65K 3EZWA 2BDPA 1LWFA 2HW3A 2OPQA 3THXA 3DRSA 2ZF5O 4Z4HA 1S1UA 2QWLA 3V9XA 1XNRK 3D7EO 1U2VB 1ZBHA 3HP6A 3HK2A 1TL3A 5BPMA 3AAPA 2IAJA 3OYIA 4DSLA 1TKZA 3PY8A 4H0XB 4ILHA 5AQJA 1BL3A 3K9KA 4JI7K 1BU6O 3D6RA 5E84A 3UB5A 4HUFA 3P5JA 2HNDA 5CR4A 4CJEA 1BG3A 3L2RA 3LAMA 2AA4A 3VN5A 3VQQA 5I9EB 2BUPA 4FVMA 3S41A 3AVIA 1QZ5A 5KTQA 2LSNA 4ICLA 4AHTA 3L2UA 4OKKA 2NRRA 3E9LA 1XUPO 3K2PA 1CZBA 4CF1A 3KD1E 5AQYA 2E2OA 4IFEA 4FM2A 1QQCA 4MDBA 3KLHA 4FLZA 3RTVA 2GWJA 2YKNA 3I0RA 2BANA 1HKCA 4JNEA 5T7BA 4G1QA 1VQ8N 5HOOA 4A61A 4GMJB 3H45C 1RBVA 1RILA 1QQMA 3V1QA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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