1ITGA

Crystal structure of the catalytic domain of hiv-1 integrase: similarity to other polynucleotidyl transferases
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
155
structure length
142
Chain Sequence
b'DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
publication title Crystal structure of the catalytic domain of HIV-1 integrase: similarity to other polynucleotidyl transferases.
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Dna integration
total genus 44
structure length 142
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1itgA00
1S6QA 1QE1A 4HUGA 1RT5A 1SV5A 1TAQA 1U04A 1NK8A 4ID1A 1GOAA 3AO1A 4GVMA 4KKOA 2Q3SA 4KRFA 1S1VA 4OVLA 4M3ZA 1RNHA 2JLEA 3EZ5A 2QKBA 4B9LA 2X74A 3WNEA 4BWJA 2Z1GA 2OPRA 4CJWA 2HHSA 2OPSA 3LP3A 3T19A 4FM0A 1D8YA 1JLCA 3DLBA 4Q0BA 3ULDA 1W9HA 3K5OA 3AVFA 4N41A 4HHTA 4DTSA 3C6TA 1NK7A 4O4GA 4E7KA 3CYMA 3AVIA 3VQ7A 2GBZA 2YKMA 1JLQA 3MEDA 4CERA 1VRUA 3QINA 4H8KA 3LP2A 3ZSQA 2GUIA 1RT4A 2D0BA 3TAFA 4B9TA 4K8XA 3L2QA 3KK1A 1IKWA 5I42A 2G8IA 3KD1E 1L3SA 1KLNA 3ZT0A 1CXUA 4DTNA 1TK0A 1NKEA 3O4NA 4B8AB 3QNOA 2XY8A 1IO2A 4Z4FA 4ELVA 3OYHA 1BI4A 1SL2A 4ZTJA 5KI6A 1RTIA 2D0CA 1HYSA 1XC9A 4LH5A 1NJYA 3TI0A 2ZD1A 4NCBA 2PYJA 4CFCA 4DFJA 4CJQA 2XO7A 4E7JA 1NK9A 4CF1A 2HHWA 1ZBFA 3LP1A 4KB1A 1ZBUA 5C24A 4W5QA 3QEIA 2HHTA 1KLMA 3C95A 1RBUA 4FJKA 4DU3A 1JLFA 2G8WA 4DSKA 4CHZA 5HROA 1GOCA 1S1WA 4DG1A 1CZBA 5J2PA 3ZSRA 5HBMA 3ZT2A 4CJKA 3L2UA 3TWHA 3CQ8A 1U4BA 4KHNA 1A5VA 4M45A 1FKOA 4OJRA 3MXMA 3AVBA 4FJ7A 4FK0A 1TAUA 3TAPA 4AHVA 1J54A 1LAVA 3LP0A 4ID5A 4OKKA 3VA3A 4DFMA 4PA1A 3HL8A 1RT2A 4YFUA 3SNNA 1U49A 1FXXA 4IKFA 4O55A 4AHCA 1RDAA 1C1AA 1DTQA 4CGDA 4J2AA 4DTPA 3MXIA 2D5RA 2BDPA 3AVHA 2OZSA 3TR8A 3PO4A 5J2QA 3F9KA 2AJQA 3VQEA 5J1EA 1Q8IA 2G8VA 3IAYA 1VSMA 1RTDA 3OY9A 3BGRA 4FZZA 3DLRA 3DMJA 4OPKA 3OYEA 4EZ6A 2RF2A 4CJEA 4CHNA 4ZHRA 1NJZA 3HJFA 2I5JA 3KK3A 4B08A 1K6YA 1YT3A 3AA3A 3OJSA 1LW2A 3K5LA 4OKEA 3RRGA 3D45A 3M8SA 4CJ5A 2DFFA 4CF0A 4FJ8A 1IKYA 3O3FA 1KRPA 3L2RA 4CCHA 4CGGA 3PUFA 4FLVA 1VSIA 3RMAA 1KVAA 4JRQA 1DLOA 3T1AA 4DF8A 3RMBA 4KHUA 4NYNA 4E89A 3HP6A 4FJIA 2KZZA 4RW6A 1QQCA 3QERA 4N76A 2QKKA 4CEQA 3L8BA 2OZMA 4OKJA 5FDLA 1BQNA 4CIGA 3SPZA 1TK8A 1X1PA 2JGUA 3QIPA 4BDZA 4J2BA 3SQ4A 1B92A 4NCAA 4OLBA 4M3UA 3NF7A 1S1TA 4PUOA 1CLQA 3VN5A 5FRNA 4KTZA 4CIEA 5C25A 5HRNA 2HNZA 1BISA 5FRMA 1Y97A 3IRXA 4DTJA 4AILC 4CJRA 3S9HA 3WNHA 4DSLA 2G8UA 4KI6A 3AVMA 4CK3A 4B9VA 3LAMA 1LV5A 3K5NA 2FBVA 4BE2A 3V9ZA 4E1NA 1WSGA 2O4GA 4CEDA 4CJLA 4OPJA 3F73A 1LWCA 1MU2A 1ASVA 5D3GA 2WOMA 4KV8A 4KHWA 4O44A 4E1MA 4RW7A 3AA2A 4LY7A 4CJ3A 2NUBA 3NGIA 2P1JA 2F96A 4K8ZA 1YVUA 2HNDA 3B6OA 3RMDA 1L3UA 2YNHA 3QLHA 2FBTA 3V9WA 4CFAA 3CM5A 1QSLA 3OVNA 1J9AA 3SV3A 4CFBA 1VSLA 1RT1A 3AA4A 5DMRA 1XI1A 2ETJA 4CEFA 4CJTA 4CEOA 3OJUA 4FCYA 1L3TA 4CGFA 3A2FA 1J53A 4C8OA 4AHSA 4EP5A 2DY4A 4DMNA 1WLJA 1HPZA 3U3GA 4FVMA 4Y1DA 3OS2A 3ZSYA 4FLXA 4E7IA 4KO0A 2YNFA 4QAGA 3ZT1A 1TKDA 2HHVA 1NKBA 3SUPA 4TSXA 3MXJA 3P1GA 2HHXA 2IS3A 1EXQA 1C1BA 3NF6A 2Z1IA 3KLIA 3OYIA 3ZSXA 3QESA 3VQ8A 4CECA 2A1RA 3I0RA 4M3XA 1VSEA 2BE2A 4AH9A 4DU1A 4F3OA 2F8TA 4M3RA 4DWIA 1RT3A 3MECA 5KRTA 4KB0A 1C0UA 3OYNA 3JSMA 4DQIA 5FROA 3HXMA 3NF8A 1RTHA 3OYCA 2G8HA 2HHQA 4W5RA 4FLZA 3H08A 3SUOA 1QSSA 3QEXA 3DRPA 4YNQA 2QK9A 3LALA 2E6LA 5CZ1A 1RBRA 4CHQA 4LSNA 3SPYA 2IC3A 2FC0A 5C42A 3TAQA 1UOCA 1LWFA 2RPIA 4DSEA 4GW6A 4KREA 1Z25A 1JL1A 3BDPA 1VSHA 4IG3A 2OYQA 3HO1A 4BE1A 2RN2A 2KZMA 1RBVA 1HQEA 3P83D 4LD0A 3LWMA 2EX3A 5SWMA 2A1SA 4M41A 3AO2A 2FBYA 4W5OA 4FM2A 2HW3A 1WAFA 2YNGA 3V9SA 3NCIA 4DQPA 4FJHA 1ITGA 1BI4B 1SKWA 1NKCA 3VQQA 2WONA 2XRIA 4CE9A 3RR7A 1RT6A 3TABA 3KJVA 1Q9XA 4LH4A 4DTOA 2O4IA 1HMVA 1L5UA 1EX4A 1BHLA 1X9MA 3LPTA 1VK0A 3LANA 3QIOA 3NH2A 2E4LA 4JS5A 3EY1A 3VQ5A 2Y1JA 2X78A 3KIOA 4FJLA 4DLEA 4F3TA 3VQ4A 3K57A 1QSYA 3AVKA 3L3UA 4FZXC 3WNFA 3OS1A 3O4QA 1RDCA 2XY5A 4DU4A 1J5OA 4F2SA 1BIZA 1VSKA 2HNYA 2OPPA 4HCBA 2GV9A 4C8LA 1FK9A 4W5TA 4PQUA 1IKXA 1KFDA 1WSEA 1NK4A 4FXDA 4CFDA 3IG1A 5K14A 4CJFA 4O0IA 1EETA 3ZT4A 4DFKA 2BANA 3DRSA 2HHUA 3B6PA 4DTMA 1BQMA 4Z4IA 1C0MA 2G8KA 3KTQA 4OLAA 1VSDA 3WNGA 3TAMA 3KLFA 4E19A 5HRPA 3V9XA 3VA0A 1N5YA 1NJWA 2PZSA 4FJNA 3SCXA 3V9UA 1ZYQA 2FBXA 1WSHA 3NDKA 2RKIA 5HRRA 2IAJA 3NAEA 2ATQA 4E0DA 3C6UA 1WN7A 1FKPA 4AHRA 4WE1A 1S6PA 1TGOA 1I3AA 1ZBLA 1BIUA 2E6MA 1L3VA 4FZYA 3HP9A 3V1QA 1IH7A 1U47A 4F4KA 4DF4A 3OYKA 3K58A 4DTUA 4FW1A 3OYJA 4HUEA 3SQ2A 4J2EA 5SZTA 1KVBA 1RBSA 2DFHA 3KKSA 3RWUA 3DM2A 4FJ5A 4FJXA 2DTUA 1VRTA 4B3OA 4CGIA 4DLGA 4ELUA 3DRRA 1W0HA 1HJRA 3NHGA 5J2MA 1HYVA 3TAGA 1IG9A 3P5JA 1KCFA 3QO9A 1XHZA 4FW2A 4C8NA 3K2PA 4CHOA 4BDPA 1RDBA 3ZSVA 4CEEA 5HLFA 3OYMA 2YV0X 3ZT3A 4Z4HA 3ZCMA 1T8EA 4DQSA 5CYQA 1SUQA 3M8PA 1WNSA 2ITGA 1NK0A 4CHPA 4GMJB 3AO5A 1HYZA 1TKXA 1B9DA 4AHTA 4FLWA 1Z26A 3QEPA 4CEBA 4B9SA 2IOCA 4H4OA 1G15A 4E7HA 1O1WA 3KD5E 2Z1HA 4C8KA 4JLHA 4I9LA 3THVA 4HTUA 4KTWA 4KFBA 3O3GA 1ZBIA 1S5JA 1RILA 1TL1A 4CJUA 1SL0A 1NJXA 5T7BA 4CIFA 2W42A 4CEZA 4RW4A 1HQUA 2VG7A 4E7LA 1T03A 2F8SA 2B4JA 5JS2A 4CJSA 3SUNA 2BGGA 3ASMA 1CXQA 1UA1A 3M8QA 3LAKA 3HPGA 4G1QA 3LZJA 1N6QA 2PY5A 4OGCA 4IDKA 3DLKA 4UQGA 3MEEA 4MFBA 4CEAA 4CGHA 3S3NA 3HPOA 3HK2A 3PX6A 3AVAA 2B6AA 4F8RA 3RTVA 1RDDA 2HB5A 4E3SA 3PX0A 4MQ3A 2YHAA 4IBNA 3SV4A 4JS4A 4CJVA 3V4IA 4CJ4A 1HNIA 1JKHA 1WAJA 3KKRA 3ALYA 4FJ9A 1TK5A 1A5XA 4HVJA 1DTTA 1S9EA 2LSNA 1C6VA 1I39A 5KTQA 2VG6A 3RR8A 3M8RA 4IFYA 4C8MA 4HCCA 2DFEA 4LSLA 3HVRA 4BE0A 4FJMA 1JL2A 2Z1JA 3QETA 4DSJA 4KAZA 4EP4A 1ASUA 4W5NA 3AVLA 3DLGA 1NK6A 1TKZA 1KTQA 2OPQA 3VQ9A 3L2WA 4IFVA 1U45A 3HYFA 1BCOA 4DSFA 4CJPA 4M3YA 3OYBA 1JXEA 3L3VA 3CFPA 3LZIA 4DTXA 4KPYA 2ZQBA 4DS5A 1C1CA 4F2RA 1TV6A 4Z4CA 2YNIA 2KQ2A 3VQDA 3NGZA 3S3OA 1NK5A 3DLHA 5E41A 4CESA 1VSJA 3VQPA 4Z0UA 3OS0A 1SKSA 3I8DA 2Y1IA 5KRSA 3O3HA 1BL3A 3HM9A 4RW9A 4N47A 4NCGA 3AA5X 5HRSA 3D0PA 4DS4A 4R5PA 3T3FA 3V81A 4CK2A 2XHBA 4B9NA 4M3WA 3SZ2A 3PO5A 3V1OA 3E01A 3AVCA 4QCLA 3G10A 3U6FA 1IKVA 1UAXA 4FYDA 3U3YA 3CM6A 4ZTFA 4DFPA 4B9UA 4N5SA 1RT7A 3ITHA 3ZSZA 3K5MA 1T7PA 4KHYA 1YTAA 1RTJA 3AVJA 4CF8A 3DOKA 3NGYA 3NE6A 3QEVA 2QXFA 2YHBA 2ZE2A 3CFRA 2D0AA 1CZ9A 4FJGA 1X9SA 1S1XA 1JLBA 1WSFA 4M3TA 3OYLA 1JLAA 4PWDA 3RRHA 3V1RA 3HVTA 1JXBA 4O0JA 4B8CA 3LDSA 5KGWA 3HPHA 3VQBA 2VG5A 2VWKA 2HVHA 2IGIA 2KW4A 1RBTA 1KFSA 3CG7A 2IDOA 3DOLA 4Q5VA 3HT3A 3SYZA 5JS1A 5CY4A 3KK2A 1TVRA 4CHYA 5CYMA 3G0ZA 4NYFA 2P5OA 4FJJA 3SUQA 4IG0A 2OA8A 2EHGA 4OGEA 5I3UA 3NF9A 3OYFA 4KTQA 1REVA 3PX4A 3EYZA 2P51A 4DQQA 4O5BA 3AO3A 1NOYA 1QHTA 4Z4EA 4KHSA 4H4MA 1C0TA 1LW0A 3TARA 3NFAA 2XY6A 3QNNA 4Z4GA 4I7FA 3NH0A 4I2QA 1D9FA 3C94A 1XWLA 2R7YA 4QOZB 1X9WA 1F21A 4BDYA 4DSIA 5KGXA 4FK2A 2PYLA 1JLGA 3ZSOA 4CF9A 4L8RB 3SQ0A 3ZSWA 1EKEA 3FFIA 1ASWA 1HNVA 1D9DA 4BACA 5HP1A 4RW8A 3AVGA 4ICLA 3OYGA 1SKRA 4DQRA 3HSTB 4AHUA 4CK1A 5DK5A 4N56A 4FLYA 3PV8A 2B5JA 3KLEA 4EZ9A 3TAEA 1TL3A 4I9QA 1YTUA 4RG8A 3JYTA 3AO4A 1R0AA 1S9GA 1GOBA 1QS4A 1LWEA 1BCMA 5CZ2A 2VWJA 3PY8A 2XY7A 1RCHA 2KFZA 1XHXA 3NBPA 1A5WA 4KHQA 1ZBHA 3OYAA 1NOZA 1B9FA 3UIQA 2P5GA 4J2DA 2X6NA 2KTQA 4DTRA 3VQCA 3RMCA 3VQAA 1VSFA 1T05A 1WSJA 1QTMA 1UWBA 1UA0A 3TANA 1TKTA 1EP4A 3DI6A 3DLEA 1U48A 3OYDA 4CF2A 2X6SA 4B9MA 1LAWA 4I2PA 4XIUA 2G8FA 4KI4A 3S3MA 4FK4A 4CGJA 2HVIA 4ELTA 3MEGA 3K59A 3LPUA 1HRHA 5EU7A 3DYAA 4JRPA 1S1UA 3MAQA 3SI6A 1BGXT 1KSPA 4Y1CA 4FLUA 2HMIA 3VQ6A 3KLGA 1JLEA 4FLTA 2KFNA 1SL1A 4BWMA 3NH1A 4FM1A 1KVCA 1D5AA 4HUFA 3SQ1A 3SJJA 4M42A 1WSIA 4PY5A 2YKNA 3AVNA 1Q9YA 3ISNC 3I0SA 3IS9A 3L2VA 3LWLA 3QEWA 3V6DA 5J2NA 3KLHA 3CFOA 3AV9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1S6QA 1TUUA 1RT5A 1U04A 1NK8A 1V4TA 3AO1A 4KKOA 1RNHA 2JLEA 4B9LA 1HPMA 2HHSA 2OPRA 2OPSA 2RE2A 4N41A 3K5OA 4DTSA 3CYMA 1LCUA 1JLQA 1QQMA 3TAFA 1RT4A 4BRDA 3L2QA 3KK1A 3VF6A 2G8IA 1KLNA 4LFCK 3ZT0A 1NKEA 3QNOA 2XY8A 3M3ZA 5AJ3K 1IO2A 1SL2A 4JI5K 5KI6A 4DCHA 3VPZA 4X64K 1HYSA 4LH5A 2NRVA 4CFCA 4DFJA 2XO7A 3LP1A 3QFUA 5C24A 3VERA 4W5QA 5AZIA 1GOCA 1VQ8N 1VHXA 4DG1A 3CC4N 2O8CA 4MO5A 4EIAA 5HBMA 2OTLN 1XNQK 5B8HA 1U4BA 4FK0A 1TAUA 1LAVA 2QW9A 3VOVA 4PA1A 3HL8A 3O4WA 3SNNA 4M63C 1ILYA 2YI1A 2O8BB 2ZGYA 5BPNA 2D5RA 5LY3A 4CW7B 2OZSA 5M1FA 3PO4A 2VYPA 3UKRB 1XNRK 5J1EA 3AGRA 5KPZA 1RTDA 5BRDA 2O8CB 2ASOA 3DMJA 4CZJA 4EZ6A 2RF2A 4GVEA 1JJ2M 1DEJA 4ZHRA 1NJZA 3HJFA 3CC7N 1K6YA 3BF1A 3RRGA 1KAXA 3D45A 3M8SA 4CJ5A 3VMFB 3CC2N 2W41A 2P9SA 1IKYA 3O3FA 3CCRN 1KRPA 3PUFA 4I6MA 5M1QA 1YHQN 2IVPA 4DF8A 4KHUA 2KZZA 4E89A 3VF4A 1QQCA 5KQDA 2NRRA 1BQNA 2FF3B 2JGUA 3QIPA 3SQ4A 5EVZA 4CJ7A 3P39A 5FRNA 4KTZA 2F7TA 2P9SB 3NVMA 4H0OA 4DTJA 1VQLN 4I6MB 2G8UA 1XUPO 3AVMA 4DV2K 3V9ZA 4OPJA 3ID8A 1MU2A 3CJCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3DOL A;  2IDO A;  3HT3 A;  2UXD K;  5CY4 A;  3D2F A;  4CHY A;  3G0Z A;  3B8A X;  3CD6 N;  4IG0 A;  2OA8 A;  4WQ4 A;  1WB9 A;  3NF9 A;  2PBD A;  1REV A;  2YJF A;  2IIR A;  5AZJ B;  4Z4E A;  4NLB A;  4AQY K;  2XY6 A;  3BZK A;  4YDU C;  5E26 A;  4GKJ K;  4DSI A;  3TTD A;  5KGX A;  1QHA A;  3D2F B;  1BG3 A;  1JLG A;  4CF9 A;  3KVG A;  1EKE A;  4JYA K;  3FFI A;  3QBW A;  4RW8 A;  5C12 A;  1SKR A;  4DQR A;  4IO8 A;  4N56 A;  1YTU A;  4FLY A;  2B5J A;  4RG8 A;  1R0A A;  1S9G A;  4AM6 A;  1QS4 A;  4OPA A;  3PY8 A;  2XY7 A;  3IDH A;  4H03 B;  4KHQ A;  3OYA A;  2E2N A;  1B9F A;  3UIQ A;  2P5G A;  2X6N A;  3RMC A;  1VSF A;  5AQK A;  1UA0 A;  3TAN A;  3DI6 A;  1U48 A;  1N34 K;  4CF2 A;  2X6S A;  5AQT A;  3PSI A;  4FK4 A;  4EHT A;  4ELT A;  2A5X A;  3K59 A;  1JCF A;  4JRP A;  3MAQ A;  1JLE A;  1EWR A;  4M42 A;  3SQ1 A;  3HBT A;  3ISN C;  3LWL A;  3V6D A;  3GG4 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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