1ITGA

Crystal structure of the catalytic domain of hiv-1 integrase: similarity to other polynucleotidyl transferases
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
155
structure length
142
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the catalytic domain of HIV-1 integrase: similarity to other polynucleotidyl transferases.
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Dna integration
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
total genus 44
structure length 142
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1itgA00
1NJYA 2F8SA 2DFEA 3CM6A 3OYAA 3T19A 4E89A 4DTOA 4DF4A 4FJ5A 4ZHRA 5FROA 3PO5A 1HNVA 5DMRA 4Z0UA 4CJTA 2O4IA 4HUFA 2IC3A 4KTWA 3DI6A 1BQMA 1KFDA 2XRIA 1S1XA 4CHNA 3O3FA 1J5OA 4PWDA 2EHGA 3DLRA 4AHVA 1KFSA 3ASMA 3LP2A 4RW7A 2E4LA 1KVAA 3CG7A 3LP0A 5J2NA 1JL2A 1Y97A 1CZ9A 3KLFA 1SKRA 3LANA 3QNOA 2WOMA 2PY5A 1LV5A 4B3OA 3VA0A 1LWEA 4CHQA 3NGZA 1EETA 1RT6A 2D0BA 3LZIA 1GOAA 1BI4A 4Z4GA 1D8YA 3L2RA 3SPZA 2KZMA 4OPJA 4FJMA 3E01A 2HHTA 4M41A 3OYFA 1RNHA 1X9MA 3LZJA 3SUOA 2I5JA 4J2DA 4DFJA 2VWJA 5HROA 3TAFA 3VQDA 3ISNC 4KHWA 1RTJA 5HRPA 1WSGA 1W0HA 5KRSA 1UOCA 3PX6A 3NE6A 4E7KA 2HVIA 3AVIA 4ID1A 2HHQA 4M3ZA 2E6LA 1WAFA 1S5JA 1TKXA 5I3UA 3AVNA 2RKIA 2BGGA 3ZSRA 3ZCMA 3QLHA 3HVTA 3OYBA 3OJUA 2ATQA 3KK2A 3C95A 3L2UA 3TAQA 1O1WA 2A1RA 1IKVA 3C6TA 2Z1IA 2FBTA 3RMBA 1TKDA 2FBYA 4BDPA 4FJHA 3VQ6A 4FK4A 4FJ7A 1NK9A 2D0CA 3NHGA 2P51A 4OKJA 4DTSA 2ZQBA 4CHZA 4CJ3A 3OS1A 2YKNA 5J2QA 4O0IA 3TAGA 1RT2A 1FXXA 1TGOA 4G1QA 4CECA 3L2QA 3V9WA 1SL2A 1YT3A 3KKSA 4B9NA 2F8TA 3KK1A 3P5JA 2XY8A 3NGYA 2F96A 5HP1A 1QSSA 3DRRA 3VQ7A 2YNFA 4E7IA 1KVBA 4CESA 2XY7A 5J2MA 3V81A 3D0PA 3IRXA 4M3RA 2X6NA 1TAQA 4DLGA 3C6UA 1KLNA 3QEIA 4F2RA 2O4GA 4CJEA 5FDLA 3ZT4A 1RBUA 3QNNA 4CIEA 1C1CA 3RMDA 4FZYA 2YNIA 1RT5A 2X78A 2JLEA 3M8QA 4R5PA 1T03A 4W5OA 5CYMA 3QEVA 1TK8A 3PY8A 1DLOA 1HNIA 4DS5A 3BGRA 3AO1A 1HYZA 4HCCA 4EP4A 3SV3A 3V4IA 3DOKA 3L3VA 4GMJB 2OPRA 3HYFA 4M45A 1WAJA 4CF0A 4CGFA 4I2PA 3AV9A 3K5LA 4B9MA 4J2BA 1S6QA 4CEDA 4DF8A 4FLYA 1NJWA 3KKRA 1S9EA 4E7LA 1BIUA 2DY4A 3V6DA 1L3VA 5JS1A 2VG7A 4FJJA 3DLHA 2IDOA 1R0AA 4Z4FA 3KD5E 3CYMA 3WNHA 4CEQA 4HUEA 2KW4A 3KD1E 1CZBA 4PUOA 2IS3A 1RBSA 2G8FA 2IOCA 4Z4IA 4IDKA 4QCLA 4CJLA 3V1QA 1BGXT 1N6QA 4OGCA 3DYAA 2WONA 3IG1A 4W5QA 3F73A 1QSLA 2YNHA 4CIFA 4EZ9A 4KFBA 4NYNA 4DTRA 1XHXA 1B9DA 4FW2A 3VQ8A 3TAEA 1QTMA 2P5GA 1TK0A 1HYVA 2XY6A 4NCGA 3QESA 1UA1A 2HMIA 3NGIA 1U49A 3KLHA 3L8BA 1HRHA 3RR8A 4H4MA 2KTQA 1JXBA 4DU3A 1EP4A 3HP6A 4IFVA 3AVAA 1QHTA 1SKSA 4CEBA 4FJLA 3OYJA 2GV9A 1Q9YA 1HMVA 4DQSA 4CF1A 3RMAA 4E0DA 4CF9A 4CHYA 4DQIA 3SPYA 3MEGA 1MU2A 1S1WA 2D5RA 1T7PA 3KTQA 1VSHA 1RBTA 4F2SA 1YVUA 3ZT2A 3EZ5A 2LSNA 4N5SA 2G8KA 1Q9XA 4IG3A 5KI6A 5KRTA 3O3GA 3RTVA 4HVJA 3CQ8A 2X74A 3V1RA 1JLAA 3LAKA 2ZD1A 4M3WA 4M3XA 1TAUA 1VRUA 3JSMA 1BL3A 3K5MA 2GUIA 1TL3A 3AA2A 4FZXC 3ZSVA 3MEDA 1C0TA 4NCAA 2HNYA 4B08A 4CK3A 3SUPA 1SL1A 1WSHA 4FK2A 1GOBA 5KTQA 1JLQA 4DS4A 3SZ2A 4KPYA 5HBMA 4O0JA 1QQCA 1REVA 4M3YA 2EX3A 2XY5A 2KZZA 4DSLA 3V9UA 1LAVA 1B9FA 3WNEA 3M8RA 3M8PA 3G0ZA 1S1UA 4DSEA 3AVKA 1NK4A 4KAZA 3VN5A 2BDPA 2HHUA 1QSYA 1F21A 4IKFA 3LWMA 1NK6A 3UIQA 3OYCA 3CM5A 4WE1A 2QKKA 3PX4A 3AA4A 5C25A 1KLMA 3AO4A 4B8AB 3QEPA 1T8EA 5HRSA 2X6SA 1KRPA 4KO0A 3AVMA 3K58A 5K14A 4GW6A 1C1BA 3AO3A 1J53A 4FVMA 2P1JA 3ZT0A 1WN7A 4CF2A 4HUGA 3LALA 4DG1A 1TVRA 3RRGA 4F4KA 3VQAA 2RPIA 3NF6A 4B9TA 3ALYA 1BCOA 1ASVA 3NCIA 1L3UA 3AVBA 4LSNA 5C42A 3TABA 3LAMA 2HHXA 4RW8A 2YKMA 3DRPA 3P83D 4TSXA 3LP3A 4CJ5A 2D0AA 4OVLA 4CK2A 1D5AA 1CXUA 1KTQA 3OY9A 4Z4EA 3QERA 2HB5A 2PZSA 2Y1JA 4CEZA 1C0MA 3OYEA 2ETJA 1HQUA 3AO5A 4E1NA 1WSEA 4KTQA 2OPPA 1IG9A 4LD0A 3NH0A 4DFKA 4DSKA 4C8NA 4ICLA 3NAEA 4XIUA 4CGJA 4DQRA 2HNDA 1IKWA 2XHBA 2G8VA 3NH1A 4KREA 1ZBUA 4AHRA 1TK5A 4FYDA 4DLEA 3PX0A 1Q8IA 2OPQA 2OPSA 3HSTB 1BISA 3ZT1A 3SUQA 4FLZA 3DLKA 3SNNA 2B5JA 1SL0A 1VK0A 1S6PA 4DFPA 3B6PA 4ZTFA 4CEEA 3S3MA 1XI1A 4FJGA 4CGIA 1S1VA 2G8IA 4LY7A 4FLUA 1NOZA 2KQ2A 4Z4HA 4ID5A 4JLHA 3OS0A 1IKXA 2YHAA 4M3UA 5FRNA 3L3UA 1JLBA 1RTHA 5HRRA 3OYNA 3EYZA 4B9LA 1Z26A 1RCHA 3C94A 3SI6A 2IGIA 4Q0BA 5E41A 4EP5A 2B6AA 4I2QA 3K5OA 3NH2A 1T05A 3AVCA 3LDSA 4N56A 1A5VA 1W9HA 4CFCA 3CFRA 2HVHA 4RW9A 1FK9A 4IG0A 4OKKA 3RRHA 1LWCA 4ZTJA 4FK0A 3NF7A 4ELUA 2HNZA 1YTAA 4CGGA 4KHQA 4O4GA 2QXFA 3K57A 4OKEA 1LAWA 4C8LA 1ZBHA 2HHSA 1HQEA 3OYMA 4AHSA 2Y1IA 3ITHA 4UQGA 3TARA 3HO1A 1G15A 1LWFA 3AVLA 4K8XA 2BANA 4F8RA 1EXQA 4B8CA 3VQ9A 1IKYA 1S9GA 4CEFA 4CFAA 4YNQA 3S3NA 3OYKA 2XO7A 3VQCA 1BI4B 3I0SA 5KGXA 3KJVA 1D9FA 2G8WA 1RT3A 4GVMA 4I7FA 3HXMA 4CJRA 3OJSA 2DFHA 4B9SA 1C0UA 4CJQA 5CZ1A 2R7YA 4KKOA 3TWHA 3V9SA 4RG8A 5T7BA 4CJFA 1NKBA 3NF9A 4FJ9A 2KFZA 1FKOA 3ZSQA 2HW3A 5HRNA 3KLGA 4DWIA 4FJXA 2HHWA 1HJRA 1SV5A 3VQQA 1LW0A 3SV4A 1ASUA 3HK2A 1A5WA 3LPUA 3U6FA 2B4JA 4JRPA 2HHVA 3LP1A 4OGEA 2PYJA 1L5UA 4HHTA 3BDPA 3PUFA 1ITGA 3MAQA 1RT1A 4PA1A 4IFYA 4RW4A 5HLFA 2FBVA 2ZE2A 2OZSA 3DLGA 2G8HA 1WSIA 1X1PA 2Z1JA 3HPGA 1B92A 3QETA 4CJPA 3ZSXA 1BCMA 3K5NA 2OA8A 1UWBA 3QIPA 1EKEA 4C8MA 2GBZA 3M8SA 1L3SA 3LWLA 4KHSA 2PYLA 3MEEA 4FZZA 1VRTA 4E7HA 3HP9A 4M3TA 4OLAA 1ZBFA 3G10A 3NF8A 1WNSA 1J54A 2YV0X 3I0RA 4FW1A 3DMJA 3WNGA 4ELVA 3ZT3A 3RWUA 4M42A 1HYSA 4BE1A 3DM2A 3AVJA 2FBXA 1U04A 3AVFA 4DTMA 3FFIA 3VQPA 1TKZA 3QINA 4HCBA 3HL8A 2Z1HA 4HTUA 3SJJA 2KFNA 5CY4A 4BWMA 1KCFA 2DTUA 4FCYA 4W5TA 4BDYA 4FM1A 4CJKA 4CJWA 1J9AA 1JLFA 1RT4A 1VSDA 4QAGA 2RN2A 3ZSYA 1VSLA 4CJUA 3THVA 3QO9A 4H4OA 3VA3A 1BQNA 1JLCA 4W5RA 1FKPA 4Y1CA 5CYQA 4W5NA 4FM2A 3V9XA 1NK8A 3V9ZA 1TKTA 2Q3SA 4E3SA 4Q5VA 3TANA 4O5BA 2QK9A 1NJZA 3TI0A 4DTXA 1QE1A 1Z25A 4CEAA 3VQ5A 4KI6A 3K2PA 1WSFA 1DTTA 3D45A 4BDZA 4FLVA 3DLEA 1RDDA 1X9WA 4JRQA 3SYZA 4CJVA 4AHUA 4B9VA 3EY1A 1QS4A 4CHOA 1A5XA 3QEWA 3DLBA 4IBNA 4KB0A 4OPKA 1I39A 3KLEA 5J1EA 1BIZA 4KHNA 3ULDA 4RW6A 3CFPA 4LH5A 1K6YA 1WLJA 3ZSZA 4DTJA 4AILC 3U3GA 3SQ0A 3LPTA 1RDAA 1IH7A 1RDBA 3QIOA 1KVCA 4AHTA 1JLEA 1JXEA 5CZ2A 2FC0A 1LW2A 3VQ4A 1DTQA 1C1AA 2Z1GA 4DQQA 4K8ZA 3ZSWA 4O44A 1JKHA 1RT7A 4FLXA 3SQ2A 3MXMA 4C8OA 4ELTA 3HPHA 4JS5A 4DU4A 4FXDA 4DSIA 1GOCA 3HM9A 4MFBA 4NCBA 5SWMA 1JLGA 4CGHA 3U3YA 1RILA 4KHYA 5C24A 3AA3A 4CEOA 3A2FA 4FLWA 1U47A 3P1GA 1VSJA 3V1OA 3OVNA 1XHZA 2NUBA 4CJ4A 1UAXA 5FRMA 3VQBA 3PO4A 4CCHA 4DSJA 4L8RB 4E19A 3F9KA 3WNFA 4N76A 1SUQA 3S3OA 1I3AA 1YTUA 4KV8A 3ZSOA 4CHPA 1VSKA 4O55A 4YFUA 5J2PA 3TAMA 2BE2A 3SCXA 1NKCA 2OYQA 1XWLA 1NJXA 4F3TA 1RTDA 3T1AA 3TR8A 4CE9A 4DMNA 3RR7A 4KI4A 1CLQA 4CFBA 4KB1A 3DRSA 4CK1A 4KHUA 4CGDA 2DFFA 3OYDA 1XC9A 2G8UA 4FLTA 5KGWA 1ZBIA 3NDKA 4DFMA 4LH4A 2W42A 3TAPA 4Z4CA 4C8KA 4FJNA 3MXIA 3HJFA 3I8DA 1C6VA 1NKEA 4KTZA 1NK5A 1U48A 1RBVA 1NK7A 1WSJA 4CJSA 4EZ6A 1S1TA 3L2VA 4BE0A 4DTUA 4FJIA 4QOZB 3VQEA 4J2AA 1VSEA 4OLBA 4CERA 4AH9A 4MQ3A 3IS9A 5I42A 5D3GA 4CIGA 5SZTA 4JS4A 3CFOA 3AVGA 1N5YA 3MECA 4NYFA 2E6MA 3QEXA 2RF2A 3O4QA 4BE2A 4CF8A 1NOYA 2QKBA 4N47A 4E7JA 3NBPA 3L2WA 1ZBLA 1NK0A 1VSMA 2P5OA 1ASWA 3O4NA 4Y1DA 3HPOA 1RTIA 3OYIA 3T3FA 2VG6A 4KRFA 5EU7A 3S9HA 4PQUA 4OJRA 5DK5A 3JYTA 4FJ8A 2A1SA 4BWJA 2YHBA 3AO2A 3SQ4A 4BACA 3KIOA 3HVRA 1VSIA 4J2EA 4E1MA 4DTPA 3KLIA 1HPZA 4LSLA 4I9LA 4AHCA 1L3TA 4FJKA 1EX4A 1U4BA 1X9SA 4F3OA 3SQ1A 4DSFA 4FM0A 3O3HA 4DQPA 1IO2A 4H8KA 1ZYQA 3AA5X 3SUNA 4DU1A 1SKWA 3OYLA 3NFAA 3DOLA 3PV8A 1RDCA 5JS2A 4CFDA 1RBRA 1TL1A 3OYGA 2AJQA 1KSPA 3AVHA 2JGUA 1JL1A 4B9UA 1VSFA 3RMCA 2YNGA 2VWKA 1U45A 3HT3A 1D9DA 2OZMA 1TV6A 3OS2A 4I9QA 3OYHA 3IAYA 3KK3A 2VG5A 3B6OA 2ITGA 4PY5A 4DTNA 1CXQA 3MXJA 1BHLA 2IAJA 3K59A 4N41A 3H08A 1UA0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CM6A 4DF4A 5FROA 3BZKA 4Z0UA 3WQUA 2O8FB 4EIAA 1KFDA 3HOSA 1S1XA 1J5OA 1KFSA 3ASMA 4YOYA 3SBTA 3KLFA 2NRXA 3VF2A 3QNOA 1YXQA 3VA0A 1LWEA 4CHQA 3SMSA 1J5EK 4B1YB 1RT6A 2D0BA 1KAYA 1BI4A 3G25A 4DR6K 5GAEP 4OPJA 4FJMA 3CPEA 1NBWA 1RNHA 3LZJA 4JK8A 2HHHK 3VENA 3TPQA 1RTJA 1KXPA 1ATSA 5KRSA 3FFKB 5FPMA 2BGGA 3ZCMA 3OJUA 4O8KA 1HJOA 1IKVA 5F0XA 2O8BA 1K73O 1V4TA 4FK4A 1OVYA 4BRGA 3SAFA 2VGMA 5AQRA 2E2QA 2Q97A 4OKJA 1ATNA 2YKNA 2NNWA 1M90O 1YT3A 3MX2A 4AM6A 3VQ7A 5J2MA 4M3RA 3QEIA 4F2RA 5FDLA 1TYQA 4FZYA 2YNIA 4FOIA 4U7BA 3CMEN 2JLEA 1TK8A 2F9TA 3AO1A 4EP4A 2Q0RA 3SV3A 4M45A 4CF0A 4CGFA 3AV9A 4CEDA 4FLYA 3CHWA 4E7LA 2A41A 2DY4A 1P90A 1L3VA 4Y0WA 1G99A 2IDOA 1R0AA 4LF8K 2IS3A 3THYB 4PKGA 2IVNA 2H3GX 3F73A 1QSLA 5C10A 4DTRA 1GLBG 1XHXA 1U2VA 2E2OA 4FW2A 5IT9O 3N4PA 4FPBA 2P5GA 3CCQN 2EWSA 1HYVA 4NCGA 4WQ4C 3EE8A 4EHUA 3GG4A 3RR8A 2KTQA 1JXBA 1X3NA 4DU3A 5BN8A 3H1VX 3AVAA 1QHTA 4CEBA 3OYJA 1Q9YA 2IVOA 1QHAA 1T7PA 3F2KA 2ZJRL 1OH6A 1RBTA 3CJCA 4JI1K 3VEWA 1YUWA 4PL8A 1Q9XA 2O8CB 4IG3A 3O3GA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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