1ITGA

Crystal structure of the catalytic domain of hiv-1 integrase: similarity to other polynucleotidyl transferases
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
155
structure length
142
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Crystal structure of the catalytic domain of HIV-1 integrase: similarity to other polynucleotidyl transferases.
pubmed rcsb
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
total genus 44
structure length 142
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1itgA00
1IG9A 3S3MA 2OPSA 1NK0A 1X1PA 1LV5A 1L3UA 4KHYA 3OYCA 1FXXA 1TKXA 4DFJA 1SL1A 4C8MA 3SQ0A 1HJRA 2QKKA 3AA3A 2D0CA 2P5GA 3OYDA 4PY5A 4KPYA 3DLKA 3AVBA 1EXQA 3P5JA 3UIQA 4DG1A 4RW9A 4HCCA 1HRHA 2XO7A 3TARA 3WNEA 4DQSA 2A1RA 3SPYA 1D9FA 2XHBA 4CERA 2D0BA 4CHYA 4ID5A 1UOCA 1TV6A 3VQ5A 3QETA 4LY7A 4G1QA 4L8RB 3I8DA 3OYGA 5CZ2A 5KTQA 4DMNA 4Z4IA 1EKEA 2YKMA 1JXEA 2YNHA 1X9WA 2Y1IA 4ELUA 1BCMA 4CJKA 5HRPA 3M8SA 1T8EA 3AV9A 3ZT1A 2BANA 2BE2A 3NFAA 4OGEA 4PA1A 1WSFA 4FW1A 4FVMA 3RMDA 2VWJA 3PY8A 4HCBA 4KREA 3QEWA 4H8KA 1WLJA 3AVCA 3OYMA 5JS1A 1ASVA 3AO1A 5FRNA 4CGHA 5KI6A 4UQGA 3O4QA 4FCYA 4AHVA 5FROA 3RR7A 4M3ZA 4TSXA 3MEDA 4CEOA 3CYMA 4DFPA 4B8CA 1HQEA 1G15A 1XWLA 1NJXA 3HO1A 1JLGA 4J2DA 3LALA 4Y1CA 1J9AA 1VRUA 3PV8A 2XY6A 2HW3A 1TK5A 3V9XA 2ITGA 4DTSA 3SNNA 4O55A 3IS9A 3PX4A 3SUPA 4DSIA 2W42A 3K5MA 1S1XA 3DLHA 2HVHA 4HUEA 3KLEA 1S6QA 1UAXA 3SQ4A 1SL0A 2R7YA 3DMJA 3KK1A 3LDSA 2KFNA 4W5OA 4ZTFA 4M3UA 4LSNA 4CJWA 3VA0A 1QE1A 1RBUA 4IFYA 1FKOA 1RDDA 3AVNA 3K5OA 3OYIA 4AILC 4FJ5A 5JS2A 3SUNA 3AVAA 1A5XA 2X78A 3VQBA 4YFUA 4AHTA 4KAZA 4I9LA 4FW2A 3PO4A 4FJNA 4IFVA 1BL3A 2VG7A 3TAFA 1NKCA 3DLRA 1MU2A 3HVTA 4EP4A 4FZZA 3AVLA 4I2QA 4CJEA 3AVJA 1TK0A 2RN2A 1NJYA 1L3TA 4B9LA 1RTDA 2BGGA 4YNQA 4FYDA 2KZZA 2D0AA 4OKEA 4DU4A 1XHXA 3PX0A 1S5JA 1T03A 4DS5A 2E6LA 3AA5X 4E7LA 3KIOA 3VQPA 4CF9A 3OS2A 1BHLA 4CK3A 4FLZA 2WOMA 3E01A 2DFFA 4NCAA 4KI4A 4GMJB 3ZSXA 1Z26A 1LWEA 3LZJA 4M3WA 1HNVA 1SUQA 2DFEA 4E1MA 2OPQA 1CXQA 3ZT3A 4W5QA 4CE9A 1TVRA 1ZBLA 3ZCMA 5SWMA 2YNIA 4CJ5A 4BDZA 4B9SA 1WSJA 4FJIA 3D0PA 4NYNA 3CFOA 1BIUA 3CFPA 1WSEA 3NF9A 4FLYA 3RTVA 1RBRA 1LW2A 3OS1A 3VQ4A 2HNZA 3QEXA 1RDBA 1JLCA 3U6FA 4AHRA 1HNIA 5I3UA 1VSFA 3NGYA 4J2AA 2B6AA 3WNHA 4AHCA 2VWKA 4CJTA 3V4IA 5DK5A 3A2FA 1JLFA 3D45A 3V9ZA 2HNYA 1GOBA 3ZSRA 4OKKA 3DRSA 1BI4B 2P5OA 1WSIA 3HSTB 4OGCA 1RDAA 1REVA 2IGIA 4DFKA 4KTWA 3HJFA 3CM6A 1VSDA 1KTQA 2X6SA 4KO0A 2G8HA 4LH4A 2DFHA 3L2VA 4F2RA 1L3SA 1VRTA 3VQEA 3NH2A 4FK4A 2HHSA 2HHTA 4KB0A 3TI0A 4O44A 3VQDA 4E19A 4Q0BA 1NK9A 1Z25A 2HHQA 1NK7A 2YNGA 4HHTA 3V81A 4Z4FA 4BDYA 3IRXA 3NAEA 4HVJA 1NK8A 4FJLA 4FZYA 4M3RA 4JRPA 1S1WA 4CJ4A 4W5TA 1J5OA 4DQPA 1Q8IA 3LAMA 1IKYA 1VSMA 3LP3A 1LW0A 1RT4A 2FBYA 4KV8A 4AH9A 4CGFA 3O3HA 3KK3A 3I0RA 3TAGA 4FJ8A 1W0HA 4FXDA 1DLOA 2RKIA 4RW4A 1VK0A 2QK9A 1KLMA 1EETA 4DTPA 2Z1GA 1DTTA 3L8BA 1Y97A 1QTMA 5J2QA 3HPOA 4LH5A 4CF0A 3L2RA 2O4GA 1HYSA 4E7HA 3LAKA 4QCLA 1F21A 4XIUA 1SKWA 3HPGA 1NKBA 3LZIA 2PYJA 4CFBA 3SZ2A 3LWMA 3H08A 5J2NA 1TGOA 4B9TA 4CF8A 3K5NA 4FLVA 4DSEA 2HHUA 1U49A 2Z1HA 4JS5A 1KVBA 5HBMA 3AO3A 3NF6A 4LD0A 3EZ5A 3K59A 3SQ2A 3MAQA 4K8XA 1RT2A 1JLAA 4EZ6A 1NK5A 4PQUA 4EZ9A 1JL2A 3AO4A 3ZSVA 1UWBA 3G0ZA 5HRRA 2PY5A 3ZSQA 4B9NA 1VSEA 2OZSA 1S9GA 3VQ6A 1HQUA 3HK2A 3OVNA 3AO2A 1LAWA 3LP2A 4FJXA 3LWLA 1YT3A 3NDKA 2KW4A 3CFRA 3AVGA 4Z4EA 4FM0A 1C1AA 3ALYA 4CEDA 4MFBA 2IAJA 3AVMA 1T7PA 1VSIA 4E0DA 2JGUA 3KLFA 3DLEA 5CYQA 3O4NA 5CY4A 4I9QA 3MEGA 3KK2A 4DTMA 4RW6A 4FZXC 3CG7A 3NH1A 1LAVA 3NCIA 3MECA 3DLBA 1CXUA 3U3YA 2VG6A 3ZSZA 4BACA 1UA0A 4HTUA 4CGDA 2GV9A 3B6OA 3OYAA 2EX3A 3DRRA 1VSHA 3OYLA 1C0TA 4CHZA 3CQ8A 3LANA 4Z0UA 3O3GA 2FBVA 3K2PA 3RMCA 4C8KA 4KTZA 3OJSA 2Z1JA 2XY7A 4CJVA 4CJSA 3KD5E 1BIZA 3BDPA 4PWDA 2DTUA 2RF2A 3P83D 1XI1A 4KRFA 3NGIA 1QSSA 1C1CA 4N76A 3OY9A 1WAFA 1RT3A 3RMBA 1U4BA 3AVIA 4F3OA 4N47A 4KHSA 3NBPA 4C8LA 1S9EA 5I42A 2KFZA 1EP4A 3OYFA 3SV4A 3QEPA 4DF8A 4JRQA 1KFSA 3HM9A 4ELTA 2FC0A 3SV3A 2YKNA 1Q9YA 4J2EA 1RT6A 2E4LA 1VSKA 1WSGA 1BQMA 4W5RA 4BE0A 4DQIA 4FJGA 3ZT0A 4DF4A 2ETJA 2X6NA 1YVUA 4I7FA 5E41A 2IOCA 1N6QA 4DSFA 3OYEA 4DSKA 3L2QA 1RT5A 3ZT2A 3DM2A 4CGGA 4FJ9A 2Q3SA 1JXBA 2I5JA 4F4KA 5KRTA 4CHPA 5HRSA 3V6DA 1ZBIA 4Z4HA 4DS4A 2ZE2A 4CGJA 3KKSA 2FBTA 1C0MA 3SUOA 3ISNC 2G8FA 3HXMA 3M8RA 4JLHA 4WE1A 1NJWA 2EHGA 3SQ1A 3ZSWA 3T3FA 3TANA 4Z4CA 2HHVA 4GW6A 1ZBUA 1D9DA 1U48A 4M3YA 3OYHA 3DI6A 4CECA 4DQQA 2XY8A 1NJZA 3JYTA 4DTRA 1A5WA 3P1GA 1QSYA 1GOCA 1I39A 1RDCA 4OKJA 3NF8A 4AHUA 4CHNA 1NK6A 3KD1E 3B6PA 1KCFA 1ZBFA 3HT3A 1D5AA 1TAQA 3F73A 1HYZA 3V9WA 3ASMA 2G8VA 3KTQA 4M42A 5J2MA 3QINA 3VQAA 4CJPA 1ASUA 3KLHA 3I0SA 4F2SA 1ZYQA 4OLAA 4FJ7A 1HYVA 4O4GA 3K5LA 1SL2A 4N41A 5HRNA 2F96A 4KI6A 4LSLA 4AHSA 4CFDA 4DSLA 1IKWA 4CK2A 4DTUA 4ICLA 4E3SA 4RG8A 4E7KA 4DTOA 1W9HA 4NYFA 1B92A 4FM2A 1S1TA 1S6PA 4QAGA 3AO5A 5FDLA 2PYLA 4DWIA 2E6MA 4CEBA 3MEEA 4BWMA 3L2WA 3EY1A 4CEAA 3TABA 3MXMA 1N5YA 2OPPA 4KHQA 1J53A 3O3FA 3TWHA 1U45A 5HROA 2NUBA 4KFBA 3T19A 4DTJA 3THVA 5J2PA 3ULDA 3V9UA 2D5RA 5C25A 1IKVA 1B9DA 2G8UA 3VQ8A 1BISA 5SZTA 1KRPA 3QERA 4CIGA 3SPZA 4KB1A 1JLQA 1I3AA 4DQRA 2DY4A 2OYQA 1XHZA 4H4MA 4C8NA 3OYKA 4E7JA 1QHTA 3LPTA 3C6TA 4CK1A 2G8KA 2IC3A 3RRHA 3C94A 3S9HA 2BDPA 3HPHA 1RBVA 1TKZA 3OYJA 1JKHA 4CF1A 4FJHA 1BGXT 3V1RA 3NE6A 3DRPA 2P51A 3KJVA 3MXJA 4DLGA 3S3NA 3HVRA 1T05A 4KHWA 4FJKA 3SI6A 2XY5A 1BCOA 4CF2A 5CZ1A 3VQQA 3RMAA 4CJLA 2PZSA 1SV5A 1TKTA 2GBZA 3V1QA 5HLFA 4OPJA 3C95A 3QEIA 1CZ9A 4CESA 4CEQA 4Q5VA 2HNDA 1Q9XA 1A5VA 1QSLA 4HUGA 4KKOA 1LWFA 4CCHA 2F8TA 2QKBA 4F8RA 3S3OA 1RTIA 1TAUA 1DTQA 3JSMA 5DMRA 4FJJA 4E7IA 1VSJA 3QIOA 3PX6A 2XRIA 2HB5A 3CM5A 5T7BA 1X9MA 5KRSA 3NH0A 3ITHA 3C6UA 3IAYA 1K6YA 3EYZA 2G8IA 3HP9A 2YHBA 1O1WA 1KFDA 1NK4A 4FLWA 1SKRA 2Y1JA 4M41A 1YTAA 2YHAA 1ASWA 3K58A 2P1JA 3QEVA 4ZTJA 1JL1A 4Y1DA 3G10A 1VSLA 2HMIA 1RNHA 2ATQA 3AA4A 3MXIA 3AA2A 1RTJA 2Z1IA 1IKXA 1JLBA 4B08A 1U04A 4CHQA 4M3TA 3DOKA 4CHOA 1IH7A 4PUOA 4CFAA 1WNSA 4FLTA 2A1SA 4NCGA 4DLEA 3VQ9A 4B8AB 1YTUA 1RBSA 1WN7A 3AVFA 3ZT4A 3SJJA 4BE2A 1KSPA 2ZD1A 3TAPA 1RCHA 1KVAA 3KLIA 1KVCA 3F9KA 4N5SA 3M8QA 4R5PA 3QIPA 2B4JA 4ID1A 4CJQA 4RW7A 2X74A 4DTNA 3NF7A 4CJFA 3SUQA 3QLHA 4CIEA 4ELVA 2RPIA 1IO2A 3AVKA 2YNFA 4OPKA 4DU1A 4BDPA 1LWCA 2HHWA 3L2UA 3QNOA 2KZMA 1UA1A 3LP1A 5K14A 5KGWA 3BGRA 3VQCA 1KLNA 3RWUA 5KGXA 4GVMA 4FLXA 1NOZA 4IBNA 3WNGA 3LP0A 3OYNA 4NCBA 1S1UA 3KKRA 4IG3A 3TR8A 5D3GA 4KHUA 1S1VA 3PUFA 2AJQA 3V9SA 1HPZA 3L3VA 3DLGA 1ZBHA 4CEEA 1TL1A 1C1BA 1RTHA 5C24A 4BWJA 4FM1A 4IKFA 3DOLA 4B9VA 2OZMA 4IDKA 3NHGA 3AVHA 1U47A 3U3GA 2ZQBA 4QOZB 4OJRA 2WONA 2GUIA 1WAJA 4O5BA 4EP5A 4KTQA 4E89A 3DYAA 3LPUA 4CFCA 3RR8A 1FK9A 2B5JA 3VA3A 1NOYA 4OLBA 3FFIA 4CIFA 3T1AA 1XC9A 2HHXA 4ZHRA 2YV0X 1J54A 1JLEA 1FKPA 1QS4A 4IG0A 1C0UA 1GOAA 3M8PA 3HL8A 4DTXA 4DU3A 2G8WA 4N56A 3VN5A 4C8OA 3OJUA 1CZBA 2IDOA 3OS0A 2VG5A 4KHNA 4CEZA 4JS4A 3V1OA 4B9MA 1R0AA 4Z4GA 4B9UA 3TAQA 3KLGA 4M45A 1TL3A 1TKDA 2HVIA 4RW8A 3QNNA 3IG1A 1L5UA 1RT1A 2IS3A 1EX4A 3TAEA 4F3TA 4DFMA 4I2PA 1NKEA 4O0JA 5CYMA 2LSNA 2KQ2A 5EU7A 3L3UA 4CEFA 5FRMA 4FLUA 1QQCA 3OYBA 4B3OA 3VQ7A 4CGIA 3K57A 3SCXA 2FBXA 3ZSYA 4HUFA 3QO9A 4CJ3A 5C42A 3QESA 1ITGA 2JLEA 3HYFA 2KTQA 1HMVA 2OA8A 4O0IA 2OPRA 3HP6A 1BQNA 1RT7A 3WNFA 4E1NA 1X9SA 4CJRA 4J2BA 1TK8A 3SYZA 4H4OA 4DSJA 4M3XA 5J1EA 4FJMA 4W5NA 1D8YA 1RBTA 4FK0A 1CLQA 3NGZA 4MQ3A 4K8ZA 3TAMA 1L3VA 1BI4A 4OVLA 3ZSOA 2F8SA 1B9FA 1WSHA 5HP1A 1C6VA 4CJUA 2QXFA 4FK2A 2O4IA 3RRGA 4BE1A 3PO5A 1RILA 1SKSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IG9A 3FGUA 3S3MA 1NMDA 1LV5A 1TKXA 3JXUA 2QKKA 2D0CA 4PY5A 3VEVA 3DLKA 3O08A 1EXQA 3CIPA 2HSTA 3CJAA 2XO7A 3TARA 1D9FA 5BN8A 2OTJN 2A42A 5KTQA 4Z4IA 4ELUA 3AV9A 4FPAA 1I94K 4OGEA 2GX9A 4BRFA 1QVFM 2VWJA 3TSQA 1ASVA 1DEJA 1NLVA 4DV3K 1HJOA 5BR8K 4CGHA 2QI2A 5KI6A 4UQGA 3RR7A 2D1KA 4TSXA 4CEOA 3CCMN 2EWSA 4EIAA 4B3SK 1NJXA 4KHPK 1GLLO 3IFRA 4FWSA 4Y1CA 2CH6A 4LF7K 2HW3A 4CI6A 1TK5A 3PX4A 1WUAA 4DSIA 3SQ4A 3TTDA 4CZLA 3ULEA 2KFNA 3VA0A 1QE1A 1RBUA 5JVGL 4IFYA 3OYIA 3AVNA 2P9LA 4PL8A 2ZJRL 2P9IB 2BUPA 2P9KA 4YFUA 1VQKN 2O8FB 4FW2A 3DLRA 5AQUA 1TK0A 3AVJA 1L3TA 4B9LA 1XNRK 4IOAL 2IVPA 1E3MA 4MLEA 2GEMA 2E6LA 3KIOA 3VQPA 4FSVA 4FLZA 4JKGB 2DFFA 3CCQN 1LWEA 1SUQA 1ZBLA 2D0PA 4CE9A 2YJFA 4FJIA 4DR3K 2FSKA 5AQQA 1RDBA 3U6FA 2JWKA 1HNIA 3D6RA 2VWKA 1WOQA 3A5NC 3V9ZA 3G4SN 4KTWA 4F2RA 3HOTA 4QS8A 3VQEA 1GLDG 2HHTA 4BRCA 1ILYA 2PFUA 1QHAA 3L0QA 4JHDA 4HHTA 4Z4FA 2Q0RA 4B1XB 4FJLA 1S1WA 3A0IX 3LP3A 4CGFA 3O3HA 4RTFD 3U4LA 2RKIA 3L8BA 1Y97A 5AJ3K 2E2PA 3HRGA 3LAKA 3CQXA 1TUUA 3DJCA 4I6MB 1NKBA 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 3ID8 A;  4ELV A;  2RPI A;  3AVK A;  4HTL A;  4DU1 A;  3K9J A;  2HHW A;  3QNO A;  3VQC A;  5HOO A;  1KLN A;  4JI3 K;  5ELZ A;  5AQG A;  4FLX A;  3WNG A;  1VQM N;  4FWR A;  4CZI A;  4NCB A;  1S1V A;  3DLG A;  3PIO L;  4CEE A;  1TL1 A;  1C1B A;  2QA4 N;  3DOL A;  2OZM A;  2GEL A;  4WYB A;  2GUI A;  1ATS A;  3DYA A;  3E1Y A;  2P9I A;  3LPU A;  4CFC A;  1KXP A;  1FK9 A;  4JKF A;  4OLB A;  3T1A A;  1KAY A;  1XC9 A;  1BU6 O;  1JLE A;  3Q7B A;  4CD1 A;  5JLF A;  4DV2 K;  1QS4 A;  4J2E A;  2G8W A;  3HL8 A;  4N56 A;  3VN5 A;  2IDO A;  3MN9 A;  3SK3 A;  5ADX H;  4B9M A;  5BN9 A;  1R0A A;  3SMS A;  3KLG A;  3FZM A;  1ZXO A;  4RW8 A;  3T69 A;  1EX4 A;  4F3T A;  4X62 K;  3L4I A;  4LF8 K;  5AQT A;  4HUF A;  1K8K A;  2BTF A;  4CJ3 A;  1NNE A;  4GVE A;  3O80 A;  1H1V A;  2GWK A;  3SJH A;  4FK0 A;  2F8S A;  3ZSO A;  5HP1 A;  1YJN N;  1KQS M;  1IBM K;  3PO5 A;  3WQT A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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