1ITGA

Crystal structure of the catalytic domain of hiv-1 integrase: similarity to other polynucleotidyl transferases
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
155
structure length
142
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the catalytic domain of HIV-1 integrase: similarity to other polynucleotidyl transferases.
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Dna integration
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
total genus 44
structure length 142
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1itgA00
3NDKA 4KKOA 2HHTA 1S1WA 3QEXA 2YKNA 1I3AA 2E6LA 3C6TA 3DI6A 3V9WA 1UA0A 1SKSA 2KTQA 3LP3A 3RR7A 4QCLA 3TR8A 3PV8A 4R5PA 2YHBA 3ZT1A 4DU3A 3DRRA 4W5TA 3LPUA 1RDCA 4QAGA 3ZSXA 1HJRA 1RTIA 3SQ0A 1J5OA 3HL8A 2BANA 2B4JA 2EHGA 3CYMA 3DOKA 3JYTA 2YNIA 4KHQA 4ELUA 3SJJA 4H4OA 3QETA 3ALYA 1JLQA 3OYJA 1NK4A 1WSHA 3L3UA 3DMJA 5HRRA 3NGYA 4CEOA 4DTOA 1JLFA 1VSDA 2GBZA 4E7IA 3KJVA 1B92A 4DTMA 2B5JA 3D45A 3LAMA 4O4GA 4CF1A 1LAVA 3QIOA 4IFYA 5JS1A 3HT3A 1WNSA 4I2PA 4ZTFA 5KI6A 3HPGA 1N6QA 4N47A 2XY6A 1KVBA 4ID1A 1IKYA 1VSFA 1I39A 4LSLA 4GW6A 3LP0A 3ZSZA 4KTWA 3JSMA 4B9MA 1JL2A 4I9LA 5C25A 3K5NA 4CFCA 1TKXA 3OYDA 3MXMA 1X9SA 4CEDA 2HMIA 1ZBFA 3B6PA 4CJTA 2FBYA 1TK0A 1EX4A 2VG7A 1TKTA 1WSEA 3HPHA 3IAYA 5FRNA 3DLBA 2HHWA 4CEFA 3VQDA 4CEZA 4E89A 1QSSA 3AVBA 4B9LA 4LY7A 2ZE2A 4M41A 1FXXA 3EYZA 4I2QA 1CZ9A 2G8FA 4WE1A 3HXMA 3KK3A 4CEBA 5HRPA 1NJXA 3VA3A 4B9VA 3OVNA 1R0AA 1A5XA 1S5JA 4C8NA 4DF8A 4CIFA 4CJRA 3KKSA 5T7BA 4DLEA 1REVA 5J2PA 3C6UA 3V9UA 3THVA 1G15A 4CJ5A 3PY8A 3DRPA 1EXQA 2G8KA 3QNNA 3ZSYA 4OKKA 1UA1A 4J2DA 4BE0A 1U04A 3I8DA 4FM1A 1F21A 3OS0A 1SKRA 3NF9A 3LDSA 4OPKA 3HP9A 1GOCA 3TWHA 1S9GA 2R7YA 4CEEA 3A2FA 4NCAA 1RT1A 4CFDA 3L2RA 2VWJA 3CFOA 4CJVA 1QQCA 4CJPA 3VQ4A 1QSYA 1ASWA 4YNQA 2HB5A 4J2AA 4FJJA 3S3MA 4FJKA 5CZ2A 3L2WA 2WONA 3P5JA 3OYCA 4RW6A 1YT3A 4CJQA 4HVJA 5J2QA 3RRGA 3HVTA 3NFAA 3OYMA 1WSFA 3E01A 4JS4A 3SQ4A 4CJEA 4AH9A 3O3GA 1RT5A 1KSPA 2IOCA 4FXDA 3OYEA 2P1JA 3T1AA 3VQ5A 4B9SA 3RMDA 5FDLA 4M3YA 2RF2A 1T03A 1VSJA 4B08A 1Q9YA 4NCBA 1WAJA 1JXEA 3DLGA 4KV8A 4JRQA 1BCOA 3VQBA 3UIQA 1S1VA 4CF8A 3AA4A 5KGXA 2YKMA 4KHWA 1BI4B 1BI4A 1EKEA 4OVLA 3K59A 1ZBHA 1CXQA 1LWFA 4IFVA 5DK5A 5KRSA 1FKPA 3OS1A 3T3FA 1KFSA 1C1AA 1S1TA 2XRIA 3QNOA 3HVRA 3PO5A 1VSMA 4DSIA 1JLGA 4DFMA 3U3GA 1U45A 3NGIA 2KFZA 4DSFA 3NCIA 4FJXA 4FCYA 2OPRA 3HYFA 2JLEA 4B9TA 1X1PA 1XHXA 3NH0A 2PZSA 4DQIA 3AVCA 1O1WA 3IS9A 1WLJA 4DLGA 1VSHA 2XHBA 1NOZA 3P83D 4BDYA 1DLOA 4LD0A 4E1MA 2VWKA 3LP1A 1S9EA 4Y1CA 4FJMA 4KRFA 5CYMA 1Y97A 3G10A 1HNVA 4N56A 3SCXA 3WNGA 1ASUA 4C8KA 4HCCA 3QEVA 1ZYQA 2O4GA 2PYJA 1GOBA 4CE9A 4CHQA 3HPOA 1BQMA 4F2RA 3VQCA 4FW1A 2QKBA 3DOLA 3SPZA 2F8SA 3DRSA 3WNEA 4XIUA 5K14A 2PYLA 4UQGA 4KHUA 5KGWA 3FFIA 4Z4CA 4RW7A 4FJIA 1IKVA 1HNIA 1LAWA 4B3OA 4PWDA 2KW4A 5JS2A 3M8SA 1MU2A 4CIEA 1K6YA 3RRHA 3PX0A 2P5GA 4FJ7A 4FYDA 3DLRA 1RNHA 3MECA 4C8OA 3V4IA 4CJFA 5C24A 3OYGA 1JLAA 2O4IA 1CXUA 1RTJA 4CGIA 4PA1A 4BACA 5KTQA 4CERA 3OYLA 3SV3A 4C8LA 1VSLA 1U47A 2PY5A 2P51A 4HHTA 1U4BA 4OJRA 1TKDA 2P5OA 4Z4IA 4NCGA 1N5YA 4Z0UA 1VK0A 2BE2A 4CK1A 1NOYA 4ELTA 4F8RA 5HLFA 1D9FA 5HBMA 4KB0A 3V1QA 3LZJA 4FLVA 1NKEA 1KCFA 4KO0A 4M3ZA 3HP6A 2YNFA 4BE2A 2XY7A 1QHTA 3KLIA 3KLFA 2E4LA 4DTSA 3HJFA 3QO9A 2RN2A 4NYFA 1J9AA 3SQ1A 3G0ZA 2I5JA 4CJLA 3KIOA 3S9HA 2YV0X 4FM2A 1XI1A 3KTQA 1IKWA 1YVUA 2VG6A 3LALA 1VRTA 3AO4A 3AO2A 3MXJA 4EP4A 2NUBA 4W5RA 3OS2A 4FLYA 2HNYA 1W0HA 1KVAA 3AO3A 5CYQA 3ZCMA 4E7KA 3V6DA 5KRTA 3QEWA 4E3SA 1WSIA 4KHYA 1SL0A 1LW2A 4LH4A 4Q5VA 3NAEA 4B8AB 4EZ6A 2OYQA 4FJ8A 4M3UA 3TARA 2FBXA 1L3SA 4ELVA 2HW3A 1RBUA 4KREA 2ITGA 4CJ3A 4BE1A 1NK6A 4G1QA 4FLZA 1L5UA 4DU4A 3CQ8A 1KRPA 4FK0A 3AVHA 4DG1A 2XY5A 3SZ2A 3SUOA 3VQ8A 3K57A 4Y1DA 2FC0A 4DTNA 1SL2A 4K8XA 4Z4FA 3KLHA 3S3NA 2IC3A 1L3VA 5DMRA 2ETJA 4FJNA 3VN5A 4DWIA 4ZHRA 4FK2A 4E1NA 3K5LA 1RBRA 3NH2A 4L8RB 3AVFA 3O3HA 1BL3A 1BQNA 4O0IA 3SUPA 3V1OA 4FJ5A 3EZ5A 2Z1HA 3L2UA 1L3UA 3RTVA 3QERA 3SPYA 4OGCA 1C1CA 1ZBUA 1KFDA 3LAKA 3WNHA 2HVIA 3K58A 1IKXA 3KLGA 2XO7A 2DFEA 4GMJB 1RDDA 3AA5X 4FW2A 4CGFA 4KAZA 1L3TA 3AVJA 2OZMA 4PQUA 1C0MA 4B8CA 1T7PA 1TK8A 3H08A 3RMBA 3AVGA 1BCMA 4BWJA 3C95A 4Z4GA 2HNDA 3VQ9A 3WNFA 4AHVA 5HROA 3TAFA 1HYVA 4ICLA 1SUQA 3KK1A 1NKCA 3AVMA 1QTMA 4CEAA 4J2BA 2HHQA 3B6OA 2GV9A 1KLNA 1LW0A 2VG5A 3CM6A 3LWLA 3VQAA 1TGOA 2YNHA 3ZT3A 5CY4A 3KK2A 4HUGA 3LZIA 3NE6A 2DTUA 1VSIA 3KKRA 3ZT4A 3OYNA 1QSLA 2HHUA 4FZZA 3TABA 4AHRA 3PUFA 1RTDA 4C8MA 4FJ9A 1NK5A 3VQPA 2X78A 1XWLA 4CJKA 1BIZA 1HPZA 3CM5A 2B6AA 2ZD1A 4J2EA 1QS4A 4MQ3A 4AHSA 3V81A 4I9QA 4N5SA 2HHVA 2BDPA 3V1RA 3K2PA 1D9DA 1BIUA 1NJWA 4JS5A 1W9HA 3VQEA 4H4MA 3EY1A 2Y1IA 3I0RA 2F8TA 3TAMA 1TV6A 4F2SA 3P1GA 1KLMA 1BHLA 4ID5A 4M3RA 1D8YA 1ZBIA 4CGGA 3L3VA 3AVAA 2ZQBA 3NF7A 4AHTA 3NHGA 4OPJA 1T05A 1S1XA 4O0JA 3MXIA 1ZBLA 4N41A 1JLEA 4FLXA 3BGRA 1NJZA 2D0BA 3O4NA 4MFBA 4CJWA 4Z4HA 3M8RA 3F73A 2OPQA 4F4KA 4E7LA 1XHZA 2IS3A 2YHAA 2HNZA 1RCHA 2IGIA 3CG7A 3TAEA 3TANA 1FK9A 4E7HA 1U49A 4CEQA 3C94A 3ZT0A 1TL3A 4E0DA 3VQ7A 4FLWA 3OJUA 4KHNA 4JLHA 1C0TA 1EETA 1KTQA 3SYZA 2XY8A 1RT3A 4HCBA 4DU1A 2OA8A 2ATQA 4ZTJA 2JGUA 3OYAA 2G8UA 1UOCA 4GVMA 3OYIA 3LPTA 4CF0A 3DLEA 2X6SA 1IH7A 4RW4A 4DTJA 2G8WA 4DF4A 5FROA 4CJUA 4FLUA 1VSEA 4DTUA 1BGXT 1U48A 3BDPA 3KD1E 3SI6A 1Q8IA 1RTHA 2FBTA 3MEEA 1WSJA 2OPSA 2A1RA 3HO1A 4OKEA 4KI6A 2RKIA 2X74A 2Z1GA 3DYAA 1A5VA 1S6PA 4IKFA 4K8ZA 3ZSQA 4CIGA 3QESA 2G8HA 3L8BA 4FLTA 4AHCA 2HVHA 4CJ4A 2WOMA 1TKZA 4O5BA 3RMAA 3O3FA 3ZSOA 4DQQA 3ITHA 4OKJA 4F3OA 3VQ6A 1Z26A 5D3GA 1J53A 1YTAA 3NF6A 1DTTA 5J2NA 4QOZB 3AVKA 3SQ2A 3NGZA 1T8EA 4NYNA 1NKBA 3QEPA 3DLKA 3OYKA 3M8PA 4DFKA 3HK2A 3NBPA 1Z25A 3MEDA 1WAFA 1RILA 4CFBA 3L2QA 1LWEA 3TI0A 1LV5A 4N76A 1HMVA 4CK3A 3M8QA 4OLAA 2G8IA 4AILC 4FZXC 4FJHA 4KB1A 4TSXA 3ULDA 3PX4A 4CFAA 4DFPA 3AO5A 2Z1IA 5FRMA 4O55A 4DFJA 1NJYA 2YNGA 5I3UA 4EZ9A 1B9DA 4HTUA 4BDZA 3U6FA 1A5WA 1XC9A 2QKKA 4EP5A 2RPIA 4LH5A 1HQEA 4CF2A 1SL1A 4CCHA 3IRXA 1TAQA 2IDOA 4DSEA 3NH1A 4CJSA 4CGJA 4DTXA 1J54A 1HQUA 1SV5A 2Z1JA 3LWMA 1SKWA 1VSKA 1EP4A 3OJSA 4DS4A 2OZSA 2KZMA 1X9MA 4FM0A 2DFHA 4CK2A 4CHPA 4CF9A 2AJQA 4KTZA 4CHZA 1RT7A 2BGGA 1RDBA 4CGDA 1X9WA 3QIPA 1WN7A 1IG9A 1TL1A 3ISNC 3CFPA 3PX6A 2G8VA 2D0CA 4B9NA 3QEIA 2KZZA 2QXFA 3RMCA 1VRUA 1BISA 3AVIA 2KQ2A 5HRNA 3AV9A 1RBVA 4E7JA 5I42A 4Z4EA 1RT2A 2D0AA 3F9KA 3HSTB 4HUEA 2EX3A 1HYZA 3S3OA 4KI4A 4M3WA 3HM9A 3KLEA 4AHUA 1NK0A 3RR8A 3K5MA 3ZT2A 1KVCA 4KFBA 1C1BA 5CZ1A 1TVRA 5EU7A 3PO4A 5SWMA 2QK9A 3V9ZA 3KD5E 4RG8A 4CECA 1JXBA 4OGEA 1JLBA 4IBNA 4BWMA 5C42A 1ITGA 4W5QA 4O44A 3ZSVA 5HRSA 3D0PA 1RBSA 4DS5A 4IG3A 3L2VA 3MEGA 1NK9A 1Q9XA 3OYFA 2OPPA 1WSGA 2Q3SA 1TAUA 4CGHA 4OLBA 5SZTA 3O4QA 4KHSA 4I7FA 4FZYA 2IAJA 5J2MA 1GOAA 1NK7A 3VQQA 4JRPA 4CESA 3DLHA 3AA3A 2FBVA 3SV4A 3I0SA 5J1EA 4DSJA 3TAQA 4H8KA 3CFRA 1JL1A 4BDPA 4LSNA 3NF8A 3VA0A 3AA2A 4RW8A 4CHNA 4DQSA 4FJGA 1QE1A 1RT6A 3IG1A 3QLHA 1IO2A 3K5OA 2KFNA 3AVLA 3SNNA 2DY4A 1JLCA 2DFFA 1RDAA 2LSNA 2X6NA 3RWUA 2D5RA 1TK5A 2E6MA 4M3TA 4Q0BA 1RT4A 2HHSA 4KPYA 4HUFA 3SUQA 2W42A 4DQPA 1C0UA 3ASMA 4FK4A 1ASVA 1HRHA 4DTPA 3TAPA 4F3TA 4M42A 2HHXA 1CLQA 5HP1A 4FJLA 4FVMA 3AVNA 3T19A 4E19A 4YFUA 4M45A 4W5OA 3OYBA 3QINA 3V9XA 4PUOA 3OY9A 1LWCA 1CZBA 3AO1A 3MAQA 4RW9A 3LANA 2GUIA 3DM2A 4IG0A 1NK8A 4B9UA 4DSKA 4W5NA 1RBTA 4CHOA 3OYHA 1B9FA 3SUNA 1UAXA 1UWBA 3ZSWA 1YTUA 2F96A 4CHYA 4KTQA 4DTRA 3ZSRA 3LP2A 4IDKA 1JKHA 4DMNA 5E41A 1FKOA 4DSLA 1D5AA 4DQRA 3V9SA 1S6QA 2Y1JA 1HYSA 3U3YA 3TAGA 2A1SA 1C6VA 1DTQA 4M3XA 4PY5A 1S1UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQMA 4N41A 3C6TA 2KTQA 3DXMA 3LP3A 4QCLA 2YHBA 4DU3A 3THYA 4W5TA 3DJCA 4KBOA 3HL8A 2B4JA 3DOKA 4ELUA 2RHKA 2UYTA 3ALYA 3OYJA 1Q81O 3NGYA 4DTMA 4A62A 2PFUA 4O4GA 2QEXN 4LFCK 5JS1A 4X66K 1WNSA 2O8CB 2OTJN 3I8BA 1YAGA 1I39A 2NRTA 5AQZA 4B9MA 4DQ8A 5ELZA 4IEEA 1JL2A 3MXMA 4CFCA 4CD1A 4CBUA 4A2BA 3B6PA 1NGJA 2VG7A 1WSEA 3DLBA 4H0XB 4CD3A 3VQDA 4CEZA 1NU0A 4DV1K 5M1FA 3NVMA 1HR0K 1N33K 4E1JA 4I2QA 4WE1A 3KK7A 1NJXA 5HRPA 1YHQN 4B9VA 3OVNA 1Q82O 4C8NA 4DF8A 3HBTA 5T7BA 3ENBA 1ZC6A 2KLAA 4OKKA 2E1ZA 3O9QA 4H0PA 4J2DA 4FWPA 1F21A 1SKRA 1GOCA 1S9GA 2R7YA 4CEEA 4BROA 4NCAA 3SLCA 3L2RA 1QQCA 3QBWA 5GIPA 1QSYA 1GLLO 3D6RA 4YNQA 4YDUC 2A42A 4IDHA 4FJJA 4FJKA 3L2WA 2NZTA 1EWRA 2ITMA 4CJQA 4HVJA 4DUZK 4IJAA 1WSFA 3IFRA 1WOQA 2IOCA 4FXDA 2HBMA 3VESA 3ZLJA 2P1JA 3T1AA 3WXIA 5FDLA 3ZX0A 1HNXK 4GKJK 1Q9YA 1VQPN 4KV8A 3CCSN 3DXKB 3FGUA 4LFAK 1ZBHA 4KHWA 4OPAA 1BI4A 3D7EO 1LWFA 3OS1A 2JWKA 3HVRA 3U3GA 4JK8A 1XHXA 1O1WA 4NXNK 3IS9A 2VGNA 4JHDB 2HBLA 1W97L 4B1YB 1YVNA 3K9KA 4LD0A 3LP1A 3WXMB 1GLEG 4CZMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5AQM A;  4N41 A;  3C6T A;  2KTQ A;  3DXM A;  3LP3 A;  4QCL A;  2YHB A;  4DU3 A;  3THY A;  4W5T A;  3DJC A;  4KBO A;  3HL8 A;  2B4J A;  3DOK A;  4ELU A;  2RHK A;  2UYT A;  3ALY A;  3OYJ A;  1Q81 O;  3NGY A;  4DTM A;  4A62 A;  2PFU A;  4O4G A;  2QEX N;  4LFC K;  5JS1 A;  4X66 K;  1WNS A;  2O8C B;  2OTJ N;  3I8B A;  1YAG A;  1I39 A;  2NRT A;  5AQZ A;  4B9M A;  4DQ8 A;  5ELZ A;  4IEE A;  1JL2 A;  3MXM A;  4CFC A;  4CD1 A;  4CBU A;  4A2B A;  3B6P A;  1NGJ A;  2VG7 A;  1WSE A;  3DLB A;  4H0X B;  4CD3 A;  3VQD A;  4CEZ A;  1NU0 A;  4DV1 K;  5M1F A;  3NVM A;  1HR0 K;  1N33 K;  4E1J A;  4I2Q A;  4WE1 A;  3KK7 A;  1NJX A;  5HRP A;  1YHQ N;  4B9V A;  3OVN A;  1Q82 O;  4C8N A;  4DF8 A;  3HBT A;  5T7B A;  3ENB A;  1ZC6 A;  2KLA A;  4OKK A;  2E1Z A;  3O9Q A;  4H0P A;  4J2D A;  4FWP A;  1F21 A;  1SKR A;  1GOC A;  1S9G A;  2R7Y A;  4CEE A;  4BRO A;  4NCA A;  3SLC A;  3L2R A;  1QQC A;  3QBW A;  5GIP A;  1QSY A;  1GLL O;  3D6R A;  4YNQ A;  4YDU C;  2A42 A;  4IDH A;  4FJJ A;  4FJK A;  3L2W A;  2NZT A;  1EWR A; 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 3QIP A;  2NRH A;  3ISN C;  4B9N A;  3WXL A;  4WQ5 C;  1BIS A;  3C7N B;  3AV9 A;  1RBV A;  4IEI A;  3HST B;  3F9K A;  1QVF M;  3HM9 A;  4UY8 O;  3CIP A;  4KFB A;  1C1B A;  2QK9 A;  4PL8 A;  3G71 N;  4CEC A;  1JXB A;  4OGE A;  1JLB A;  1QQM A;  5C42 A;  3LDP A;  3ZSV A;  4IG3 A;  3MEG A;  4AM6 A;  3W0L A;  4DHY A;  1NK9 A;  3AY9 A;  3J8A A;  2NNW A;  3O4Q A;  3NVK A;  5J2M A;  1NK7 A;  3VQQ A;  4CES A;  4DSJ A;  2YI1 A;  5M1N A;  1JL1 A;  4DQS A;  4CHN A;  3C6H A;  1HNZ K;  1RT6 A;  4JV5 K;  3IG1 A;  3QLH A;  4EIA A;  1NMD A;  4FSV A;  4M3T A;  2D5R A;  1TK5 A;  2W42 A;  3C65 A;  4DTP A;  1HRH A;  4WFB L;  3SAH A;  1NGC A;  4E19 A;  4YFU A;  4CZE A;  3AO1 A;  1RDW X;  3LAN A;  1KD1 O;  3OBW A;  1NK8 A;  3GL1 A;  5IT9 O;  1YF5 L;  3N4Q A;  3ZET A;  2CH6 A;  4KTQ A;  3ZSR A;  3LP2 A;  5BR8 K;  1S6Q A;  1HYS A;  4LF6 K;  3TAG A;  2UUA K;  1DTQ A;  3L2Q A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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