1ITGA

Crystal structure of the catalytic domain of hiv-1 integrase: similarity to other polynucleotidyl transferases
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
155
structure length
142
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the catalytic domain of HIV-1 integrase: similarity to other polynucleotidyl transferases.
pubmed rcsb
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 44
structure length 142
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1itgA00
3AO1A 1RBVA 3DLEA 4JRPA 5JS1A 3L2QA 3MAQA 3VA3A 4FLZA 3SV4A 3JSMA 5J2MA 3OJSA 3QEWA 3KK3A 1VRTA 1DTQA 4O0JA 3NGIA 3CFPA 4DSEA 1QSYA 3UIQA 4FJ8A 4KHYA 1IKVA 4Z0UA 3AVCA 3K2PA 4F4KA 4DLEA 4FLVA 1BIUA 4ID1A 3VQ9A 2G8IA 2KZMA 1JLBA 2YNIA 3NF8A 2G8HA 1C1AA 3LWLA 1REVA 1NJXA 4M42A 2G8FA 3RRHA 3IAYA 3U3GA 3OS1A 3AO5A 4ZHRA 3V9SA 2I5JA 2Z1JA 3AVMA 1TKZA 3IS9A 5C25A 1GOCA 3S3MA 3LDSA 3OYIA 4FJIA 4UQGA 3V9UA 3MXJA 1HPZA 1TV6A 3BDPA 2PYJA 1K6YA 3VA0A 2OPPA 1A5WA 4LH5A 1CZ9A 3E01A 5HP1A 4CEZA 4IFVA 4Z4EA 4KRFA 3HK2A 1RDCA 4CJWA 4E7KA 3MEDA 3IRXA 2DTUA 4E7HA 5K14A 4Y1CA 1TAQA 3HP9A 2P5OA 4CF2A 4RW8A 3I8DA 4CGDA 4CF9A 4JS5A 1IH7A 3AA2A 4FM1A 4E19A 3L2WA 2OPSA 3AVKA 4M45A 1L3VA 4O55A 2G8KA 4KREA 3O3FA 4FLYA 1TKTA 3L2VA 4NYFA 1XWLA 3P83D 2DFHA 4Q5VA 4FK0A 3U3YA 2HHXA 1WSEA 4ICLA 5C42A 4DQIA 3HPHA 5HBMA 1T03A 4FK4A 2KQ2A 3M8RA 1Z25A 1KVBA 3BGRA 1IKXA 4H4MA 4CJ5A 4B9NA 1TL3A 2DFEA 3G0ZA 1WN7A 3QEXA 3KLFA 2P5GA 1RT6A 1RDBA 4KPYA 2D0AA 4CJLA 2HHQA 2D5RA 4R5PA 4OKKA 1Q8IA 3DLBA 3TARA 4H4OA 3TAPA 1LWCA 2QKKA 4KKOA 1EKEA 3IG1A 4CEBA 4CESA 3SCXA 4C8KA 1Q9YA 4KHQA 4M3TA 3SNNA 4DTRA 4G1QA 4CHNA 5CY4A 3EZ5A 3PX6A 3OYLA 3TAQA 1KSPA 4FJ9A 4KI4A 1NJYA 2KTQA 2HHWA 4GMJB 3NF6A 1LAWA 4CJVA 4W5RA 4FLXA 1JXEA 1TK0A 5CYQA 2Q3SA 3DM2A 4AHUA 3HXMA 4M3UA 5I3UA 4QOZB 4RW9A 4DSJA 1C0MA 1VRUA 4BACA 2OPQA 4C8MA 3SPZA 1IKYA 4FJ5A 3AA5X 4KHUA 2WOMA 4KB1A 5KGWA 3L2UA 4IBNA 1QSLA 4CEQA 3HM9A 1XC9A 4N76A 1J9AA 1MU2A 3C6UA 3OVNA 3S3OA 3ALYA 5DMRA 4C8NA 3V1QA 5KI6A 2F96A 3WNFA 1BQMA 1RDAA 3D45A 4CEEA 4BDYA 1RCHA 3NDKA 3VQEA 4CEOA 4FJNA 4F3TA 4ELVA 3NBPA 5JS2A 1KVCA 2A1RA 4FJJA 4CK1A 1C0TA 2YHBA 1L3UA 1JL2A 1IKWA 1RBRA 4DWIA 3HJFA 2ITGA 4KHWA 3M8PA 1ZBFA 4N5SA 1RT5A 2D0CA 3LZJA 4BDPA 2GUIA 4F8RA 4DQQA 1YVUA 1LAVA 5CZ2A 3HPOA 1WNSA 1IO2A 3LALA 1VSIA 3ZSZA 4HUEA 3SV3A 4CHQA 3WNEA 1RTHA 2FBYA 4FJKA 1ASWA 4DS4A 1VSEA 5EU7A 3O3HA 1U48A 3ZSQA 3VQDA 2DY4A 3P5JA 1FXXA 3NAEA 4BE2A 4KAZA 4N41A 4CFBA 3CQ8A 5E41A 4DU1A 3V81A 2XY7A 3CFRA 1WSIA 1RBTA 1SV5A 1RDDA 3LAKA 4CJQA 3A2FA 3O3GA 4LH4A 3QEVA 2G8WA 1BISA 4CFDA 3K5LA 1NOYA 1B92A 1WAFA 1EXQA 1NKEA 1BHLA 4OJRA 3L3VA 4CFCA 2QKBA 2KFNA 4CJSA 1XHXA 3KLHA 4E3SA 1HNVA 1WSJA 1NK9A 1RTDA 3OYKA 3VQ8A 1TGOA 4KTZA 3AVIA 3CG7A 1NJZA 1NK0A 1QE1A 3NH0A 4ELUA 4OLBA 1Z26A 4CGHA 3M8SA 3NGZA 2B6AA 3S3NA 1NK8A 4B9VA 4F3OA 1QQCA 3TANA 1BCMA 1S1VA 3OYAA 4M3ZA 3LP1A 1L3TA 2IAJA 1KFSA 2FBTA 4BE1A 4LY7A 4N47A 1W0HA 2OZSA 2EX3A 4PQUA 4IG3A 4FM2A 4HHTA 3HYFA 4I2QA 4HUGA 2BGGA 4CECA 4HCBA 3OYEA 1YTUA 4KV8A 4RW4A 3WNGA 4W5TA 4FLTA 2RN2A 4CHYA 2VG7A 3MECA 1NK7A 4IG0A 2HVIA 1CLQA 3CYMA 3TABA 1WSHA 2XY5A 3NH1A 4I9QA 1X1PA 4AILC 3VQBA 1KFDA 1W9HA 2RKIA 4I9LA 3KLEA 3HT3A 3RRGA 3VQCA 2HNYA 3TR8A 2A1SA 3RMBA 1DTTA 3VQPA 2G8VA 4DSFA 1GOAA 3AVBA 2VG5A 4M3YA 1BI4A 4CK3A 3OJUA 2YNFA 4ZTFA 1BI4B 1QS4A 3KKRA 1RBSA 1NK5A 3NHGA 4K8XA 2Z1HA 4E1NA 3CM5A 1X9MA 1C1CA 2ZD1A 3NFAA 3ZSRA 3JYTA 2Z1GA 3ASMA 3WNHA 3K5MA 3OY9A 1UA1A 1T8EA 4AH9A 1EETA 3F9KA 4JLHA 4CF1A 1JLFA 1BL3A 4W5QA 4DSIA 1D9DA 3SZ2A 1U45A 1TK5A 4DLGA 2BANA 4DF8A 3KJVA 1NKBA 4DF4A 3L3UA 3EY1A 3MXMA 3ZT0A 1C6VA 1JL1A 1SL2A 4EP5A 2VWJA 4J2BA 4RW6A 1SKWA 3DRPA 1RTJA 5J2QA 4DTNA 3ISNC 2FBXA 2JLEA 2EHGA 4ID5A 3KD5E 5KRTA 4F2RA 1BGXT 3QNOA 5KGXA 4LSLA 3KKSA 1HYSA 3QLHA 4DU3A 1I3AA 4RW7A 3TAMA 1DLOA 1S9EA 4AHRA 4M3XA 3HPGA 3QERA 1QHTA 1LW2A 5FRMA 4KTWA 1NJWA 2E6LA 5HRRA 1HYZA 1TVRA 3ZT2A 4DS5A 3DLKA 4FM0A 4DTPA 2Y1IA 3PO4A 1B9DA 3RR8A 4DQPA 2HHSA 3RMDA 3SUNA 4CJKA 1A5XA 2DFFA 1S6PA 4IDKA 1KCFA 3CFOA 1LWEA 3OS2A 5D3GA 4JRQA 3HVTA 2VWKA 3SYZA 1JKHA 1BIZA 3CM6A 3OYFA 4MQ3A 4CK2A 4DFMA 1YT3A 3G10A 3VQQA 3RWUA 3D0PA 2D0BA 3DLHA 4BWJA 3QINA 1RILA 3QEIA 3NH2A 3TAEA 5SWMA 4B08A 3EYZA 4RG8A 4HVJA 4YNQA 3DMJA 1WSGA 4QCLA 4I2PA 3V4IA 1JLGA 2Y1JA 3VN5A 4NYNA 4CF0A 1WLJA 2YHAA 4YFUA 4LD0A 4FLWA 3KTQA 1WAJA 3QESA 2HMIA 1I39A 3ZSXA 1SKSA 2O4IA 3TI0A 1RBUA 4E7IA 3KLIA 4DSLA 4FCYA 1XI1A 4N56A 2IC3A 4FW1A 1ASUA 4B8CA 4CGJA 3LPTA 1S1XA 1VSLA 4CGGA 5HROA 4BWMA 3ZT1A 4AHSA 3RTVA 4B9MA 3V9XA 1RTIA 3ZSVA 3ZSOA 3QNNA 3RMAA 4KO0A 2PY5A 3ULDA 4CEFA 2WONA 3NGYA 3AO2A 1UA0A 3QEPA 3LP2A 1S1TA 2X6NA 4W5OA 3LWMA 4NCAA 4FYDA 3VQ7A 1SL1A 4FZYA 3TWHA 3AVJA 3OS0A 3TAGA 4EZ6A 1U04A 3LANA 5KRSA 4E1MA 1S1UA 2LSNA 2FC0A 1JLQA 3KIOA 3LP3A 4CHPA 3OYJA 2W42A 1RNHA 4DQRA 1ZBUA 1N5YA 2HHVA 3L2RA 3AVFA 3OYBA 4I7FA 1F21A 3AO4A 4PY5A 2BE2A 4O44A 4FJXA 5SZTA 2HW3A 2HVHA 1VK0A 4FZXC 3C95A 2IS3A 1KTQA 4XIUA 3KK2A 1C1BA 3SUOA 3LAMA 3MEEA 1XHZA 3HVRA 3DRSA 1S5JA 1ZBIA 3DOKA 2ETJA 2ZE2A 4E7JA 4HTUA 1S1WA 3ZT4A 4CF8A 2QK9A 3DLGA 3ITHA 4M41A 4Z4IA 3QIOA 3PY8A 4TSXA 2IOCA 3M8QA 2BDPA 3MEGA 1VSJA 4B9TA 1UAXA 3C6TA 1RT3A 2E6MA 4JS4A 3C94A 3VQ5A 1TKDA 2PYLA 3VQ6A 4CEAA 3DLRA 3FFIA 3NF9A 4CE9A 4CJRA 3VQ4A 1R0AA 3S9HA 4PA1A 3K59A 2AJQA 1D8YA 2O4GA 3RR7A 4Y1DA 4C8OA 1EP4A 2YKNA 4PUOA 1ZYQA 3AA3A 4J2DA 1ZBHA 1LV5A 4E7LA 3H08A 2OPRA 4DFPA 1UWBA 3THVA 1JLEA 1J5OA 4ELTA 2RPIA 3I0RA 4OGCA 1LWFA 1RT4A 3SQ0A 3DRRA 4LSNA 4CJTA 1YTAA 1CZBA 2X74A 3SUQA 4CGIA 3SPYA 4FJHA 2HHTA 1G15A 4CJFA 2Z1IA 4E89A 3OYNA 3MXIA 3V6DA 1RT1A 4GW6A 1T7PA 1C0UA 5CZ1A 1HQEA 2HNDA 3DYAA 1UOCA 1L3SA 1QTMA 2YNGA 1HQUA 1RT7A 5J2NA 2B4JA 4DTJA 1NK4A 4CFAA 1FKPA 2ZQBA 4CGFA 3PX0A 2IDOA 2IGIA 3V9ZA 3DOLA 4AHTA 1HJRA 4ZTJA 1VSFA 3KK1A 2GBZA 4CJ3A 4MFBA 2E4LA 2YV0X 1HRHA 3B6OA 1X9SA 4CEDA 4OKJA 4O5BA 2YKMA 4QAGA 3AVGA 1WSFA 3K57A 1T05A 4KHNA 4IFYA 2HB5A 4NCGA 2FBVA 3P1GA 1Q9XA 4KFBA 2QXFA 5FDLA 2XO7A 1J54A 3O4QA 1VSHA 1CXQA 4CJ4A 3KLGA 1KLMA 3AVNA 3AA4A 5I42A 3HO1A 1LW0A 4E0DA 4F2SA 5FROA 4DU4A 4CHOA 5T7BA 1B9FA 2OZMA 5DK5A 4Q0BA 4KB0A 3AVAA 1TK8A 4OVLA 5HRNA 1EX4A 1NKCA 1SKRA 1SUQA 3V9WA 4B8AB 1S9GA 1GOBA 1VSKA 1TL1A 1X9WA 4B9UA 4OLAA 2HHUA 3SQ4A 4CIGA 4B9LA 3PX4A 4Z4GA 3F73A 1Y97A 3HSTB 5HRSA 2KW4A 3OYGA 4DG1A 1U47A 4DTMA 2XY8A 2RF2A 3SQ2A 4NCBA 1QSSA 3KD1E 4AHCA 1JLAA 3VQAA 3L8BA 3HL8A 1VSMA 1ASVA 4CJEA 1ITGA 1RT2A 4KI6A 2B5JA 5HRPA 4DSKA 4OPKA 4CHZA 3QETA 4CJUA 2F8TA 1JXBA 3PUFA 3K58A 3U6FA 1U49A 4WE1A 1NOZA 2P1JA 3SUPA 4FJGA 5KTQA 1VSDA 3QIPA 3PV8A 4FW2A 4OGEA 3T19A 1CXUA 3HP6A 4FJLA 4HCCA 4FJ7A 3AV9A 1N6QA 4FXDA 2HNZA 5CYMA 3ZSYA 3ZSWA 1HMVA 1L5UA 3T3FA 4L8RB 5J1EA 2KFZA 4EP4A 3SQ1A 3SJJA 4KHSA 3NE6A 2G8UA 1O1WA 3LPUA 3NCIA 1TAUA 1S6QA 4FVMA 2JGUA 2YNHA 4GVMA 3ZCMA 5C24A 4DFKA 3LP0A 3QO9A 4Z4CA 4Z4HA 2R7YA 1J53A 1KVAA 4CJPA 4EZ9A 4FK2A 2KZZA 4B9SA 4CIFA 3OYDA 3O4NA 3K5NA 4DTSA 3AO3A 4DQSA 1HYVA 4M3WA 2OA8A 4IKFA 4CIEA 4H8KA 5HLFA 2X6SA 3K5OA 1HNIA 3DI6A 3I0SA 3RMCA 2F8SA 5J2PA 1TKXA 2P51A 3V1RA 4O4GA 3AVLA 1D5AA 4C8LA 4DFJA 4CCHA 3B6PA 3AVHA 4BE0A 2XY6A 3LZIA 1ZBLA 1JLCA 2X78A 2PZSA 2ATQA 4Z4FA 4J2EA 4M3RA 4FZZA 4W5NA 4OPJA 1A5VA 1KLNA 3OYCA 4FJMA 4PWDA 2GV9A 5FRNA 1FKOA 1U4BA 4O0IA 4HUFA 1SL0A 1NK6A 4K8ZA 4DTOA 4OKEA 3T1AA 2NUBA 4FLUA 2VG6A 4DTUA 4DTXA 4B3OA 4AHVA 1D9FA 3OYMA 1KRPA 1FK9A 3ZT3A 3PO5A 4BDZA 3SI6A 3NF7A 4J2AA 4CERA 3OYHA 4DMNA 2OYQA 2XHBA 1BQNA 2XRIA 3V1OA 3TAFA 1BCOA 1IG9A 4KTQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YOVA 4JRPA 5JS1A 3L2QA 3T7ZA 4BQZA 1HUXA 1DTQA 3J7ZO 1K73O 1QSYA 4Z0UA 3AVCA 4X66K 2G8IA 4ID1A 2G8HA 4ISEA 1NJXA 3IAYA 4ZHRA 3CC4N 3KHYA 2I5JA 1HKBA 2DPNA 1O13A 5BPMA 5TKWA 3I55N 1TV6A 4RTFD 1SS6A 1K6YA 3OA9A 4H5WA 3A5OC 3VA0A 3E01A 2AP1A 3THWA 5ELZA 3O9SA 4Z4EA 2CGKA 2NRVA 3THWB 2P9IA 4E7KA 3CC7N 3IRXA 5K14A 2UXCK 2GUPA 4RW8A 3I8DA 4CF9A 3AA2A 1WOQA 1RFQA 4M45A 2G8KA 1G99A 4XH5A 3O3FA 3CI5A 4FPBA 3HPHA 4YOXA 2A40A 3VGLA 4H4MA 3BGRA 4CJ5A 3G25A 4B9NA 5EOYA 1HNWK 3QEXA 2D0AA 2HHQA 4R5PA 1LWCA 1HR0K 4KKOA 1KSPA 3OYLA 4GMJB 1LAWA 4W5RA 5LY3A 4RCHA 5CYQA 2Q3SA 3DM2A 3KWGA 4M3UA 3EEQA 1M1KO 5AR0A 5LJWA 4H03B 1IKYA 1XQSC 3VEYA 4IBNA 3HM9A 1J9AA 3MX2A 1MU2A 3S3OA 4A61A 1E4FT 3VEVA 4CZGA 2CH6A 4BDYA 1RCHA 1BA1A 4CEOA 2IVNA 4F3TA 4ELVA 5JS2A 2YHBA 1L3UA 2IIRA 4C23A 4WQ4C 4KHWA 3M8PA 3WXIA 1RT5A 4BDPA 3BP8A 4F8RA 4DQQA 2NRHA 5CZ2A 3HPOA 1WNSA 5FPNA 3LDOA 4CHQA 2FBYA 4NLCA 4FJKA 4EAHD 1NJIO 4JKEA 2DY4A 2WTUA 4I6MA 4CFBA 3V81A 4I6MB 1RDDA 4O5FA 4LH4A 3K5LA 1B92A 3PIPL 1WAFA 1BHLA 4OJRA 1VHXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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