1ITGA

Crystal structure of the catalytic domain of hiv-1 integrase: similarity to other polynucleotidyl transferases
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
155
structure length
142
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
publication title Crystal structure of the catalytic domain of HIV-1 integrase: similarity to other polynucleotidyl transferases.
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Dna integration
total genus 44
structure length 142
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1itgA00
1ASUA 2NUBA 3B6OA 4E7KA 4AHCA 3SV4A 1HJRA 4H4OA 4M3UA 1HRHA 2BDPA 2ATQA 4QOZB 3HO1A 4I9QA 4M45A 1BL3A 1FK9A 3P83D 4KTZA 3VA3A 4JS5A 4ELVA 3LPUA 3KD1E 4F2SA 4FK0A 1Y97A 3I0RA 1REVA 2DY4A 3KLFA 3OYGA 2HW3A 4KB1A 5I3UA 4KAZA 5FDLA 4Z4CA 3DOKA 1B9FA 1KVBA 2HNYA 1RTJA 3LDSA 2HMIA 4DQIA 1ASVA 4NCBA 1S1TA 4E89A 4W5TA 4XIUA 1RT6A 1SL2A 4DSIA 2BANA 3ZSVA 4DTSA 3HPGA 3S3NA 3LAKA 3QNOA 1BHLA 5SZTA 1XC9A 1SL1A 1N6QA 4CF8A 1JL1A 1GOBA 1S1XA 5J2PA 4I2QA 1JLQA 1CZ9A 3L3UA 4OKJA 4N76A 3M8RA 4Q0BA 1WSIA 3DYAA 3HSTB 1RTDA 3ULDA 1SKWA 3QLHA 1S1UA 3P1GA 3RMBA 4OKKA 3V6DA 2ITGA 3VQ8A 2WOMA 2FBVA 3S3MA 3QEPA 4J2AA 4FJ8A 2KFZA 1S9EA 1O1WA 3DRRA 1ZBLA 1SKSA 4KREA 3HK2A 1A5XA 1I39A 2VG5A 3B6PA 3ZSZA 4OVLA 3L2VA 4DTPA 3HL8A 1YTUA 3VA0A 5KTQA 4FZXC 2YKMA 3ZSQA 4FLXA 3OJSA 4DSEA 5FRNA 4M3YA 4OPJA 4DQRA 4CEZA 1KSPA 3NF9A 4PY5A 1IKWA 4FK4A 4CGJA 5HRRA 1WAJA 3AVLA 1ASWA 3QEVA 3SPYA 4KHQA 4N5SA 3DI6A 3AO3A 2ZQBA 4O5BA 4FJMA 4E3SA 1NK5A 5KRTA 3PX0A 4FLVA 3LALA 5HBMA 1NK6A 3KJVA 3NH1A 1IO2A 4LH5A 4LSNA 3OYDA 4ID5A 2X78A 4CJEA 2PYLA 4CIGA 2IOCA 2KQ2A 1Z25A 3WNGA 2OZMA 1VSEA 4E7LA 1HQEA 3QERA 1JLFA 2YNFA 1EETA 3TR8A 3NF7A 2VWJA 4IFVA 4ELUA 3L8BA 1RT5A 4CJQA 1L5UA 4CE9A 3WNHA 1VSMA 3AVFA 1SL0A 1EP4A 1L3SA 2KTQA 3CM6A 3KIOA 2AJQA 4M3ZA 1J9AA 2E4LA 4CEEA 4FJJA 1JLAA 4WE1A 1RBUA 4DFPA 3O3FA 5CYQA 3T1AA 4JLHA 1EKEA 3ZT3A 2G8FA 1NOYA 4FLZA 1UOCA 1NK9A 3QEXA 4F8RA 3DLRA 3PY8A 1T05A 2G8VA 4ZHRA 1LWFA 3VQ6A 3K5NA 1D9FA 3MEGA 4F3TA 4B9NA 2D0CA 4Z4GA 1Z26A 4ICLA 1C0UA 3OYCA 2A1SA 4OGEA 4O0IA 2IAJA 4M3RA 3ISNC 3NHGA 2A1RA 1RDAA 2IGIA 3KLGA 4JRQA 1LV5A 3K58A 1WAFA 1SUQA 3TANA 3HVTA 4DTMA 3SUQA 1U04A 4Z4FA 3K57A 1YTAA 4PA1A 4FK2A 4DTOA 3K5MA 1WSFA 5DMRA 4AHTA 5K14A 3PV8A 1TKDA 4F3OA 4KO0A 5I42A 3U3GA 4KHUA 1FKPA 2B5JA 3AA3A 3QETA 1W0HA 2P51A 3AVBA 1J5OA 4O44A 2HHXA 1F21A 3AVCA 1TKZA 4EZ6A 1WN7A 1IKXA 4E7JA 4CK1A 4DTJA 5HRPA 1BIUA 1X1PA 2GV9A 1JL2A 4FXDA 1HPZA 2KFNA 3DMJA 4YNQA 4DLEA 2P5GA 4DSLA 1R0AA 4E0DA 2OPPA 3L2UA 1T8EA 1VSFA 4Z4EA 3RWUA 3C94A 4CEFA 3LP0A 4AILC 3QESA 3D45A 2HHUA 4HHTA 3MXJA 4B8AB 3A2FA 5C24A 4JS4A 1L3VA 1TAUA 4B9TA 1C0MA 2BE2A 3U3YA 4MFBA 2YKNA 4DTUA 2HHSA 1UA1A 3QIPA 3KK3A 3SQ4A 3ZSRA 1RILA 4N56A 3IRXA 1U45A 2G8UA 4PUOA 3H08A 4BDZA 4DG1A 4J2BA 4EP4A 4FVMA 4FM2A 3L3VA 1IH7A 2D0AA 4C8NA 3PUFA 4DU3A 4N41A 4FJNA 1BQMA 3IS9A 4CF0A 1DTTA 3K59A 4DQQA 3ALYA 3MXIA 5JS1A 3VQ5A 3SUNA 1TK0A 1JXBA 1Q9XA 1EXQA 1JXEA 3VQ4A 2GUIA 3TAMA 2ETJA 1ITGA 3V1RA 4ZTJA 3QEIA 3VQDA 4CJRA 3SI6A 4FYDA 4DFKA 4CGHA 4EP5A 3V1QA 2Z1JA 1RBSA 1BIZA 2X74A 1NK0A 1LWCA 1Q8IA 1YT3A 4NCAA 1W9HA 3KK1A 5J2MA 3HJFA 3V9XA 3ZT1A 4KHNA 1BISA 1C1CA 1VRTA 4CJLA 4FJ7A 3V4IA 1VSJA 4FJIA 4QCLA 2VG7A 3MECA 3RR7A 3ZT4A 1RT4A 3TWHA 1QQCA 4I7FA 3O4NA 4GVMA 5CZ2A 1CZBA 4AHSA 3NH0A 4LSLA 5J2NA 3NBPA 1C0TA 3LPTA 4KKOA 3VQAA 2O4IA 1WSHA 1DTQA 4KB0A 5KGXA 3LP2A 4GW6A 2E6MA 3HP9A 2ZE2A 3L2WA 3LP1A 4OJRA 3V81A 4O0JA 1A5WA 4KTWA 3SJJA 4KI4A 3OYHA 1UWBA 4B9UA 3G0ZA 2RN2A 2IC3A 3OYKA 1RDDA 2RF2A 3KLHA 3DLHA 1B92A 3VQEA 4W5OA 4KHYA 4CHOA 2XO7A 3AVHA 3AVKA 3HT3A 3TARA 1MU2A 3AA2A 3ASMA 2RKIA 4CF1A 1NKBA 3KTQA 1RTIA 2E6LA 4FCYA 3V9WA 1KCFA 3RRHA 3U6FA 3PX4A 3TAGA 4K8ZA 3C95A 1S1WA 4Z0UA 1KRPA 1BI4A 3UIQA 2Z1IA 4B9VA 3D0PA 3PO4A 3M8SA 4W5RA 3I0SA 3HM9A 3CQ8A 3OYAA 4HVJA 4B3OA 4OGCA 4FW1A 4CIEA 4GMJB 3RMCA 4C8MA 4E19A 4E1MA 2XY7A 1KVCA 3VQPA 1X9MA 4NCGA 2YNIA 4CEDA 4FJLA 1QS4A 2GBZA 4HUGA 3PO5A 1RTHA 4DFMA 1WSGA 4CJ3A 3QNNA 1RBVA 3LWMA 4AHUA 5T7BA 2Z1GA 3NH2A 3QO9A 1FXXA 1RT1A 4IG3A 3K5LA 3S3OA 2I5JA 3JYTA 3TAFA 1YVUA 4I2PA 2XY6A 4CHNA 4DSKA 4IKFA 3EYZA 4ZTFA 4OLBA 3WNFA 4DTNA 2YNHA 1XI1A 4Y1CA 1LWEA 2IDOA 4W5NA 4F4KA 4DQPA 4FLUA 2LSNA 4IBNA 2HVHA 1RT3A 4CECA 1KLMA 4Z4HA 4LY7A 1VSDA 1K6YA 1TL3A 2KZMA 2VWKA 3NCIA 4CJSA 3SQ1A 3TABA 1CLQA 4DLGA 2PZSA 3RRGA 3KKRA 3NGZA 1LAWA 3CFOA 3NGIA 2DTUA 4RW9A 3LP3A 1NKCA 4E7HA 4BWMA 2RPIA 1GOCA 2QXFA 3M8PA 4OKEA 1NK8A 4C8KA 1BCMA 2FBXA 1JKHA 3AO5A 5HRNA 3EY1A 2HNDA 2EX3A 2Y1JA 3LZJA 1QSLA 3DOLA 4DU4A 5SWMA 4ELTA 1X9SA 4FJKA 3AO2A 3SUOA 2HB5A 1VSLA 4FJGA 1S6QA 1IG9A 3KLEA 4E7IA 2XHBA 4H4MA 4DTRA 5CYMA 3KKSA 2F96A 2OPSA 1TL1A 4LH4A 1RNHA 4CEQA 4CF2A 2YHAA 2G8HA 2QK9A 3SQ2A 3SNNA 1QSYA 4KI6A 1XHXA 1JLBA 3OVNA 1N5YA 4CJTA 1BQNA 5KI6A 3JSMA 2F8TA 4CESA 2DFFA 3C6UA 3OYJA 3OYBA 4AH9A 1ZYQA 4CGIA 4QAGA 1QHTA 4CFCA 3ZSXA 2OPQA 4AHRA 4CJ4A 1FKOA 2P5OA 3E01A 1NK4A 3THVA 1WLJA 3DLKA 3CG7A 5CY4A 2Z1HA 2XRIA 4IFYA 4OPKA 3OS2A 4RW6A 4F2RA 1I3AA 1HQUA 4Y1DA 3BDPA 3SQ0A 1VSIA 3NGYA 4CJWA 2FBYA 4BE2A 1HNVA 3AVJA 3F73A 3S9HA 3TAQA 4M3WA 1U48A 4IDKA 3BGRA 4MQ3A 1VSKA 2X6SA 1NOZA 4C8OA 5D3GA 1ZBFA 1RT2A 3MEDA 1RT7A 1T03A 1J53A 4CIFA 4CHQA 4PQUA 1TGOA 1NJZA 1DLOA 4LD0A 3SV3A 1JLCA 4DTXA 5HROA 4KFBA 4AHVA 1S9GA 2P1JA 3NAEA 3OS1A 3HP6A 2G8WA 2Q3SA 2OZSA 4CFDA 3SUPA 2Y1IA 2R7YA 3AO1A 4JRPA 1ZBUA 3V9UA 4CGFA 3OYIA 4CJFA 1RBRA 4R5PA 4DS4A 3ZCMA 5KRSA 1X9WA 4B9LA 4TSXA 4FZYA 4CHYA 2B4JA 1L3UA 1T7PA 1HYSA 1LAVA 4YFUA 3RMDA 5FRMA 1SV5A 4BE0A 4FLTA 3O4QA 1J54A 3MAQA 3AVNA 4L8RB 1JLGA 3HVRA 2XY5A 3LZIA 1BGXT 3VQBA 3VQQA 1HMVA 3AA4A 3DLEA 4DFJA 1Q9YA 3OJUA 3L2RA 3AVMA 5EU7A 1S6PA 4RG8A 1A5VA 3CFPA 3FFIA 3CYMA 1TK8A 3KK2A 1XWLA 2F8SA 1EX4A 2YHBA 2D0BA 3NF8A 4I9LA 4CGDA 4DU1A 3QEWA 1C1AA 1TKTA 4CHPA 2HHWA 4CK3A 2ZD1A 1KFDA 4HTUA 4B08A 4CF9A 2G8KA 3KD5E 3LAMA 4FM1A 2FC0A 4KV8A 1XHZA 1S5JA 2O4GA 3VN5A 1ZBHA 3CFRA 2YNGA 3ITHA 4CJPA 1IKYA 4DSJA 3G10A 3O3HA 3TAEA 1WSEA 5KGWA 3RTVA 3T3FA 1NJXA 1KTQA 2W42A 4M42A 2FBTA 4RW4A 1VRUA 3ZT0A 4HUEA 2HHQA 3ZSYA 2HHVA 3RMAA 5C25A 2WONA 3OYLA 5HRSA 3NDKA 3SYZA 4B9MA 4C8LA 4FJ9A 3NF6A 5CZ1A 4HCCA 4DMNA 3ZSWA 3OYEA 5HLFA 1QTMA 4CGGA 1CXQA 4BACA 5J2QA 3QIOA 4M3TA 4NYNA 3RR8A 1NK7A 4FJHA 1ZBIA 3CM5A 3AA5X 3DM2A 3NFAA 2DFEA 3AVAA 2BGGA 4ID1A 4CJUA 4BDPA 3OYNA 4Z4IA 1B9DA 1RDCA 1D8YA 3QINA 4FZZA 4FJ5A 4DF4A 3HPOA 3T19A 1NJYA 3DLBA 2KW4A 1LW2A 1BCOA 3HYFA 1WNSA 3VQ9A 1C6VA 3ZSOA 3AO4A 1NKEA 2YV0X 4CJVA 3V9ZA 1D5AA 4B8CA 4CJKA 4DS5A 3L2QA 4B9SA 4FJXA 3C6TA 3ZT2A 1NJWA 1KLNA 4UQGA 4CHZA 3LANA 4H8KA 3M8QA 4W5QA 5HP1A 5JS2A 5DK5A 3OYMA 4N47A 1TVRA 3EZ5A 5C42A 3MXMA 1D9DA 2PYJA 3IAYA 4OLAA 1S1VA 3HPHA 1WSJA 3HXMA 4G1QA 4DSFA 3KLIA 1BI4B 4DWIA 4CEOA 3OY9A 1RBTA 1TKXA 4CJ5A 4FM0A 4CFAA 2IS3A 3V9SA 4KPYA 3TI0A 2OYQA 3SZ2A 3MEEA 4CERA 1G15A 4KTQA 1HYVA 2X6NA 4RW7A 3WNEA 4BDYA 1U49A 4CK2A 3I8DA 1UAXA 4KRFA 3AVIA 2EHGA 2DFHA 3V1OA 1KFSA 4K8XA 3OYFA 1TAQA 3VQ7A 4J2DA 4E1NA 2G8IA 4EZ9A 1LW0A 1U47A 4HUFA 3LWLA 3P5JA 2KZZA 3VQCA 3AVGA 3SPZA 2HVIA 1C1BA 1KVAA 4BE1A 1UA0A 3DLGA 2HHTA 2XY8A 4RW8A 1QSSA 1CXUA 1L3TA 3F9KA 4Q5VA 2PY5A 4CEBA 1VK0A 4BWJA 4CEAA 3TAPA 4O55A 4KHWA 4PWDA 4FLWA 2JLEA 4J2EA 1RDBA 4CFBA 2VG6A 1TV6A 3DRSA 3DRPA 3O3GA 1U4BA 1SKRA 1QE1A 4IG0A 1JLEA 4CCHA 3OS0A 2QKBA 4KHSA 4NYFA 4DQSA 4DF8A 1TK5A 4M41A 3NE6A 4FLYA 3AV9A 1GOAA 3PX6A 2JGUA 1VSHA 4FW2A 4M3XA 3K2PA 5FROA 1IKVA 5J1EA 4O4GA 2B6AA 3K5OA 2QKKA 2OPRA 3IG1A 4HCBA 3SCXA 2OA8A 1RCHA 2HNZA 2D5RA 1HNIA 5E41A 1HYZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NGFA 3B6OA 4AHCA 4DV2K 4M3UA 4QOZB 4I9QA 3SBTA 3P83D 5AFUA 3GDQA 3VGMA 3LPUA 3SBGA 2JWLA 3I0RA 2DY4A 3CHWA 5IT9O 3FZFA 2UXBK 1Q86O 3GG4A 4KAZA 4FPBA 3G4SN 3PSIA 5FDLA 3DOKA 2F7TA 4H03B 4NCBA 1S1TA 4XIUA 2BANA 1HR0K 3HPGA 1BA1A 3CCMN 1N6QA 2CGKA 5J2PA 1JL1A 1GOBA 4N76A 3M8RA 3CC2N 4Q0BA 3TSPA 3ULDA 3H1VX 4BRCA 1TUUA 3RMBA 1RGIA 3V6DA 2HBJA 5FLXO 2FBVA 3S3MA 4J2AA 2KFZA 5C2FA 1S9EA 3DRRA 3UKUA 1ZBLA 1SKSA 3P31A 1A5XA 1I39A 1HKCA 2VG5A 4KH6A 4JKCA 3L2VA 4DTPA 2YKMA 5EXWA 2RHKA 1VQ7N 4A59A 4OPJA 2F9WA 3Q7BA 4DQRA 1TUYA 1KSPA 4PY5A 3JAMO 4KHQA 1SZ2A 3AO3A 2ZQBA 4FJMA 5CHIA 1WUAA 3FGUA 3PX0A 4AM7A 1MWKA 3H3NO 4LH5A 2YHYA 4WQ4A 5JLHA 1YJ9N 4E7LA 4FWRA 3TR8A 4IFVA 1M90O 2E8AA 3I56N 1L3SA 1IBKK 5LY3A 4M3ZA 2E4LA 4CEEA 3O3FA 3T1AA 4JLHA 1EKEA 2G8FA 1NK9A 1UOCA 1VQMN 4FVUA 5AQJA 4OPHA 4CJ7A 4ZHRA 3AARA 2YI1A 4F3TA 4B9NA 1ZBSA 4ICLA 3OYCA 2A1SA 4O0IA 2IAJA 3N4QA 3CCRN 1VQ4N 1SUQA 5EY4A 4DTMA 3SUQA 4G9ZA 3K57A 4BR0A 1LOTB 4PA1A 3K9JA 5ADXA 3NVKA 2Q0RA 3LDNA 1TKDA 4KO0A 1NGDA 4DCHA 2B5JA 2GUPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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