3AVMA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Integrase
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Recombination/inhibitor
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avmA00
4EP4A 3QNNA 1S1VA 2YHAA 3AVLA 4CEQA 3O3GA 4I9LA 5CZ1A 1HYVA 4CIFA 3H08A 5KI6A 4CGGA 3RMCA 1JXEA 1MU2A 1FKPA 2HNDA 1ASWA 2IS3A 3OVNA 3ULDA 3OYIA 3HPHA 3SUNA 3SPYA 2WOMA 3MAQA 3F73A 1BQMA 1YTUA 1J9AA 2YNFA 4CHNA 2Z1IA 4DU3A 4CF1A 1J5OA 4RW8A 1YTAA 1NK8A 4B08A 2KFZA 4WE1A 4FM1A 3DYAA 4AHTA 4NYNA 4M41A 2DY4A 1UAXA 3KKSA 4ELVA 4OVLA 3O4NA 2IOCA 4FLWA 4DTRA 1B9FA 1HMVA 1QQCA 2OPQA 4CGDA 3AA4A 3CFPA 1RT5A 4GW6A 3QEXA 2HB5A 4E0DA 4OLBA 2Z1GA 2IC3A 4UQGA 3RRGA 2W42A 3C6UA 4W5OA 4DQIA 3LPTA 1JKHA 3MEDA 4CJKA 3KK1A 3AO4A 1VSMA 4J2AA 3KLHA 1C1CA 4FVMA 1RDDA 5E41A 3WNEA 4ZTJA 2P1JA 2NUBA 3CM6A 4I2PA 3DRRA 4ELTA 1VSDA 4FJ8A 4W5NA 1C1BA 1HQEA 3DOKA 4H4MA 4CJPA 3CQ8A 4DS4A 4LSLA 5HRSA 1KRPA 4DSJA 4CJ4A 4DSKA 1N5YA 3KK3A 4G1QA 4CIGA 1DTTA 4CJSA 4CJWA 3DRSA 3O3HA 1JLGA 3OYAA 1IKYA 4JRPA 3RMDA 1TKDA 1TVRA 3PUFA 3AVGA 4CK3A 3NH0A 2PY5A 2F96A 3WNHA 2E6LA 1U48A 3NBPA 3NH1A 4W5TA 1S9GA 1NK9A 3CYMA 3K5OA 1WSFA 4B9LA 1CXUA 2O4GA 1SKSA 3BDPA 4FJXA 4CCHA 3SQ4A 3I8DA 3ALYA 4FJIA 3AVAA 4Z4FA 4HHTA 3ZT2A 4LH5A 3QIPA 4KPYA 4KREA 3L3UA 4OLAA 4ID1A 3NF7A 4PQUA 1KTQA 3ZSXA 1REVA 5C42A 1SKWA 2KZMA 3MEGA 2IGIA 1NJYA 5KGXA 3OS2A 1W9HA 3OS0A 1B9DA 3A2FA 3ZT1A 3VA3A 1VK0A 2FC0A 2XRIA 3AVCA 3T3FA 2DFHA 5KRSA 4DTPA 4QOZB 1U04A 2YKMA 3SJJA 4OKEA 5KTQA 2BDPA 1RTIA 4YNQA 4GMJB 2PYLA 2GBZA 4BDYA 3SYZA 4CHQA 4CERA 3VA0A 4Z0UA 3OJSA 4DF8A 1L3UA 4IFVA 3K5LA 1GOBA 3TR8A 1KFDA 4LSNA 3KKRA 1TKZA 3L2QA 4DTOA 2HMIA 3I0SA 3LALA 3M8RA 4O55A 2D0AA 3B6PA 3SV3A 2Q3SA 5DMRA 4HTUA 2HVHA 1C0TA 3WNGA 5KRTA 1JLAA 2G8HA 1A5WA 4KHNA 3K57A 1S9EA 3VQ4A 4B3OA 3D0PA 1TAQA 1NK5A 4FK2A 4Z4EA 1JLQA 1D9DA 1TL1A 3L3VA 1W0HA 3DLRA 2KQ2A 3S9HA 4NYFA 3VQQA 3HSTB 3CG7A 4O4GA 3TAMA 4NCAA 2EHGA 3ASMA 1TK8A 4DF4A 1SV5A 1WSEA 5CYQA 2BGGA 1CLQA 1EX4A 1IKXA 2RF2A 2FBVA 4FJ5A 3DMJA 1SUQA 4NCGA 4GVMA 2YKNA 3OS1A 3OY9A 1QS4A 3RMBA 5KGWA 4CFAA 4CHZA 3TARA 4MFBA 4RW4A 1RTDA 4HCCA 1LWFA 3DLBA 4FJ7A 2PZSA 4ICLA 3ZSOA 3OJUA 4OKKA 3NF9A 2XHBA 4CEFA 4E7IA 3DM2A 3ZT4A 1A5VA 1ITGA 3TWHA 4E89A 2VG6A 1ZYQA 4F3TA 1QE1A 1QHTA 3VQ9A 2ZQBA 1RBTA 3DLEA 4Y1DA 3HP9A 4B9SA 4FJKA 4FYDA 4DFMA 1JLBA 4FW1A 4M3YA 3K5NA 1ASUA 1A5XA 1Q9XA 4CECA 1L3VA 1Y97A 1WSHA 3KLFA 4F4KA 4OPJA 4C8NA 3SQ2A 3FFIA 4E7LA 3P1GA 1L3SA 1WLJA 3DLKA 4M3RA 1BIZA 1NOZA 3C95A 2OYQA 4AHRA 4N76A 4CEEA 1SL1A 2VG5A 3PX6A 4J2BA 2HHUA 2VG7A 4O44A 3NGIA 1TKXA 2YNHA 3MXIA 3AO5A 4KB1A 4ID5A 1S6PA 3TANA 3MXMA 1RBVA 3V81A 2BE2A 2FBYA 3V1RA 2VWKA 5CYMA 3F9KA 3LP3A 1BGXT 1DLOA 3AO1A 4H8KA 3K59A 4E7KA 2BANA 3KIOA 2G8WA 3U3YA 4KKOA 4IG0A 4IDKA 2XY5A 1LW0A 3AV9A 4DU1A 4O0IA 1S1UA 1LV5A 4EZ6A 2QK9A 4FJ9A 3D45A 1RT3A 2FBXA 3AO2A 3SUPA 3SQ1A 2KW4A 2GUIA 3AO3A 3SCXA 3DLGA 2HNZA 1O1WA 4CJ5A 4CJRA 1ZBLA 3KD1E 4FJHA 1G15A 1EETA 5J1EA 2I5JA 3AVNA 4Y1CA 1Z25A 4ZHRA 3NH2A 3LDSA 4CHPA 4DLGA 1TGOA 1VSHA 4DWIA 3HYFA 3OYLA 1TK5A 2ZE2A 4OGEA 4BWMA 4E1MA 1ZBIA 2G8KA 3RTVA 2ZD1A 3AVMA 4CHYA 4JS4A 4E19A 4AHVA 4QCLA 1GOCA 1CXQA 3S3NA 4CFBA 1L5UA 2ATQA 4FJGA 1VSIA 4I9QA 1YVUA 2XY8A 4CEAA 1T03A 1Q9YA 1B92A 1RTHA 4BE1A 3QEIA 1BISA 5FRMA 1X9SA 1JL2A 4PA1A 4CEBA 1XHZA 2G8FA 5HROA 3RR7A 4CJTA 1ZBFA 3KLIA 3OYNA 1L3TA 1T05A 4C8OA 4OJRA 2YHBA 2Z1JA 1SKRA 4B9NA 4RG8A 3NAEA 1S6QA 4N56A 1YT3A 3V9UA 1NK7A 3OYDA 4Z4CA 4FLZA 1C1AA 1NKCA 3K2PA 2YV0X 3ZSRA 4BACA 3KLEA 3TAEA 4KHWA 3T19A 2A1SA 3SQ0A 3QEWA 4CF9A 4CF2A 2HHQA 1RBUA 4HUGA 4PWDA 3HL8A 3JYTA 1D5AA 3VQEA 3CFRA 2R7YA 4DU4A 1KFSA 4CK2A 1IG9A 4DQRA 4FJJA 1RT1A 2OPSA 4N5SA 1LWEA 2Z1HA 3LAKA 4Z4HA 1HRHA 3V1OA 1VSLA 2GV9A 1WSGA 3QETA 4C8LA 3VQ6A 3V9SA 3EYZA 1T7PA 4CJLA 3NE6A 4DS5A 3OYKA 2HNYA 1S1TA 1HQUA 3AVHA 4CGIA 4DTUA 3SUQA 1XI1A 2G8UA 5HBMA 4FZXC 5HRRA 4M42A 1SL2A 5K14A 1WAJA 4OPKA 2HHWA 3I0RA 5SWMA 1U45A 2KZZA 2E4LA 3DRPA 3G0ZA 2G8VA 4KHSA 4IG3A 2XO7A 4MQ3A 3NGYA 2JLEA 3M8SA 4CEDA 4DTXA 4FJNA 2HVIA 4BE0A 1JLEA 5FROA 3OYHA 4CFCA 3JSMA 3SV4A 1NJZA 3P5JA 1K6YA 3VQ7A 2HHTA 4N41A 4QAGA 1UOCA 3OYGA 3HPOA 1BIUA 4B9TA 1UA0A 3MECA 4M3WA 4KTQA 1WNSA 5JS1A 1RNHA 4M45A 4Q0BA 4K8ZA 3ISNC 4LY7A 4KI6A 5CZ2A 4KO0A 1R0AA 1BHLA 2E6MA 3LAMA 2ETJA 4TSXA 5HLFA 1BL3A 3AVBA 3LZIA 3SNNA 1N6QA 4F2SA 3L2RA 1BQNA 4KHYA 1LWCA 3HVTA 4FXDA 1CZ9A 4FLVA 3RR8A 3PO4A 2X6SA 3NF8A 1DTQA 3CFOA 1IKWA 1BCMA 5J2NA 3TAGA 3SPZA 4HUFA 4LH4A 2B4JA 1JLCA 3L2UA 2Y1JA 3V9XA 1LAWA 3LWMA 4KTZA 1TKTA 3LP2A 3ZSQA 4RW9A 3QEPA 2HHSA 4B9UA 1F21A 3OYJA 2QKBA 2QKKA 4DQSA 5FRNA 1KVCA 3CM5A 4DFJA 5I3UA 3U3GA 4CESA 3TAQA 1S1WA 4CJ3A 4OGCA 4FLYA 1UA1A 3T1AA 4CHOA 2XY7A 1BI4B 4DSLA 4CGJA 4CGFA 1RT6A 3VQDA 4FLTA 4I7FA 4DTMA 1VSEA 4DSEA 3M8PA 4N47A 4FLXA 1VRUA 3ZCMA 1T8EA 3OYFA 2VWJA 4FM2A 2EX3A 1I3AA 3WNFA 4M3UA 1VRTA 4CEOA 4IKFA 1RT4A 2IAJA 1NK6A 3B6OA 3IRXA 2RKIA 4JLHA 1KSPA 2DFEA 4JRQA 2HW3A 1KVBA 4IFYA 4FZZA 4DTJA 5J2QA 3ZSZA 2B6AA 1NJWA 2PYJA 3DLHA 2KTQA 1WAFA 2AJQA 4J2DA 1FK9A 1VSJA 5FDLA 3TAPA 1NJXA 5I42A 3NFAA 2D0CA 1HJRA 3AA5X 1RBRA 4CE9A 3V4IA 1C0MA 3HP6A 3SZ2A 4E7JA 4CGHA 1QSYA 4F2RA 4JS5A 2D0BA 4DLEA 4DSFA 3K5MA 4XIUA 4AILC 1U4BA 3K58A 1QSLA 1LAVA 4BDZA 3ZSYA 3HPGA 1VSKA 3EY1A 4KHUA 3AVJA 1HNVA 4FCYA 1SL0A 1RT7A 1HYZA 1FKOA 2D5RA 3AA2A 5T7BA 4DTNA 4RW6A 4Z4GA 4CFDA 4FZYA 3L8BA 1WSJA 1Q8IA 4F3OA 2RN2A 5J2PA 3VQ8A 2OPRA 3S3OA 1I39A 2OPPA 1Z26A 3ZT3A 1HPZA 1WN7A 2DTUA 3IS9A 4C8MA 1U49A 3G10A 5C25A 4CIEA 4KTWA 2P5OA 4W5RA 1U47A 3V6DA 1GOAA 1ASVA 3PX4A 4ELUA 4R5PA 3NGZA 3TI0A 1EXQA 1NK0A 2B5JA 4CJFA 4AHCA 4KHQA 4ZTFA 1EKEA 1TV6A 4FK4A 3OYBA 3QINA 3DI6A 5SZTA 4KI4A 1LW2A 3LPUA 3MXJA 3SUOA 3HO1A 3SI6A 1FXXA 3VQAA 4O5BA 4NCBA 4BE2A 4B8CA 4AH9A 2O4IA 5D3GA 1XWLA 5HP1A 2QXFA 3OYCA 4DG1A 4E1NA 3BGRA 3PX0A 2IDOA 4RW7A 3VN5A 3VQCA 5CY4A 2P5GA 3HJFA 5EU7A 2HHXA 4KB0A 3QIOA 3LZJA 1JLFA 1S5JA 1J53A 4DFPA 3MEEA 5DK5A 4CF0A 3PV8A 1NKBA 4CK1A 3UIQA 4Z4IA 1UWBA 1S1XA 2X6NA 4FLUA 1IKVA 1RTJA 3V1QA 4CF8A 4K8XA 4LD0A 3L2WA 4HCBA 1RBSA 2DFFA 1KCFA 1TK0A 1EP4A 4HUEA 1CZBA 1RDAA 3C94A 3M8QA 3ITHA 1NKEA 4B9MA 3OYMA 4E3SA 3V9WA 3KK2A 4M3TA 1RDCA 1X1PA 4EP5A 1WSIA 3KJVA 3PY8A 2G8IA 5HRNA 2WONA 3O3FA 3NDKA 3LWLA 3VQPA 1NOYA 4FM0A 1HYSA 3THVA 1RILA 3QEVA 1JXBA 3KD5E 4KFBA 1TL3A 4FJMA 1C6VA 3P83D 4F8RA 2X78A 4CJQA 2X74A 1C0UA 2YNGA 3HT3A 3VQBA 2RPIA 4CJEA 3HM9A 4OKJA 4O0JA 3U6FA 1KVAA 3KLGA 1ZBHA 3AVKA 3VQ5A 3QNOA 3ZSVA 3NCIA 4M3ZA 2Y1IA 2A1RA 1X9WA 1QSSA 1KLNA 3AA3A 4DFKA 1RDBA 1BI4A 4IBNA 3S3MA 4AHSA 3AVFA 2ITGA 3E01A 3ZT0A 3RRHA 3QERA 5JS2A 4PY5A 3RMAA 1XHXA 3O4QA 1XC9A 3QO9A 4H4OA 1KLMA 4FW2A 4J2EA 2LSNA 3QLHA 4BDPA 4L8RB 2F8TA 4CEZA 5HRPA 3KTQA 4DQPA 3LANA 4AHUA 1X9MA 5C24A 4B9VA 2XY6A 3HK2A 2HHVA 1ZBUA 1RCHA 4C8KA 3OYEA 3V9ZA 3L2VA 4DSIA 1BCOA 4CJVA 4KAZA 1QTMA 4BWJA 4I2QA 3HXMA 4DTSA 1RT2A 3C6TA 2F8SA 2YNIA 3IAYA 4FK0A 3RWUA 4CJUA 4KV8A 3QESA 1HNIA 4KRFA 1IO2A 4M3XA 4YFUA 3AVIA 2OZMA 2OZSA 3ZSWA 5J2MA 3TABA 4DQQA 1JL1A 3NHGA 3PO5A 4Q5VA 4B8AB 1NK4A 2FBTA 1J54A 1VSFA 4PUOA 4W5QA 2OA8A 1D8YA 2KFNA 1IH7A 3DOLA 3LP1A 4DMNA 3IG1A 4HVJA 3EZ5A 4E7HA 3TAFA 4FJLA 4EZ9A 1TAUA 3NF6A 3LP0A 2JGUA 1D9FA 2P51A 3HVRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EHTA 3M3ZA 1S1VA 4CEQA 3O3GA 5M1KA 5CZ1A 2E88A 3OVNA 3C6AA 4M63C 3OYIA 3HPHA 3J7ZO 3MAQA 3F73A 2YNFA 2Z1IA 1YTAA 4C1NK 3DYAA 4AHTA 5AQQA 4JKHA 4DTRA 4CGDA 3QEXA 2IC3A 2JWKA 3RRGA 3C65A 2W42A 1ZBSA 4DQIA 4BQLA 1QQMA 3MEDA 3AO4A 4EIAA 2BTFA 1P8ZA 3KLHA 5EX5A 1RDDA 4AM7A 3WNEA 5E41A 4FJ8A 3DRRA 1C1BA 1DT9A 3EL2A 4H4MA 4CJPA 3BY5A 4H5VA 3CQ8A 4LSLA 1KRPA 3THYB 4CJ4A 4DSKA 3GL1A 2P9IA 4FWOA 1K8AO 3K9KA 3VEOA 4CJWA 3O3HA 3OYAA 4DHYA 1TVRA 3VESA 2ZJQL 2E6LA 4CBWA 1U48A 4W5TA 3CYMA 1WSFA 2V52B 2QI2A 3U8XA 3VGLA 1KAXA 3DWLA 5C42A 3CETA 1SKWA 2O8FB 3MEGA 4CBXA 3UKRA 1NJYA 5KGXA 1B9DA 3A2FA 2FC0A 2XRIA 3IMXA 4BRAA 2DFHA 4QOZB 2FXUA 3U9DA 4DV1K 3CCVN 3SJJA 5KTQA 2PYLA 4JI4K 3P38A 3CCEN 1L3UA 2Q97A 4IFVA 1NGEA 3K5LA 1GOBA 3G71N 1TKZA 3CCLN 4BRHA 1Q7YO 3SV3A 5DMRA 1GLJO 1JLAA 3THXA 1NGJA 2G8HA 3DXMB 3K57A 4DKWA 3D0PA 4H0YB 1VHXA 2FLOA 1TL1A 5AQVA 1NU0A 3S9HA 4LFBK 3HSTB 3CG7A 3TAMA 3ASMA 4DR7K 3LDQA 3DMJA 3OY9A 2E8AA 2O8EA 2OCEA 4E7IA 3QDKA 1A5VA 1ITGA 3ZT4A 4F3TA 3DLEA 4FJKA 4DFMA 5AQNA 2Q1NA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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