3AVMA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Recombination/inhibitor
molecule keywords Integrase
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avmA00
4JS5A 3DOLA 2O4IA 4BDPA 3ZT2A 4I7FA 4E1MA 1I3AA 4F3TA 1HPZA 3OYNA 4ZTJA 4W5TA 1WSIA 3E01A 3ZT4A 4B8CA 3OYKA 5C24A 4LH5A 4LSNA 5T7BA 4FJ7A 3PX4A 1SKRA 2D0BA 2HNDA 4CF2A 1HYSA 4O5BA 3OY9A 3TI0A 5HRPA 2E6MA 4OVLA 1RBTA 2FBVA 1Y97A 3SYZA 4B9LA 4DTOA 3QEXA 4FLVA 1YTUA 1ZBIA 3DRRA 4W5OA 4HUFA 2G8IA 2W42A 2YNFA 2HHXA 2GBZA 3T1AA 1CXQA 3NGYA 3ZSXA 4CGGA 3NE6A 4DSIA 4FJGA 3SQ2A 4F2RA 3VQDA 1A5XA 1FKPA 4QAGA 3SUNA 4DTPA 3DOKA 1MU2A 4H4MA 5JS2A 4CFAA 4Q5VA 1IKWA 1LWCA 1JKHA 3CG7A 4C8OA 3TAMA 2EX3A 2HB5A 5J2QA 4CEOA 1LWFA 1WSJA 4CJPA 3OYEA 3IG1A 3ZT0A 3VQCA 4B08A 4FJIA 2KFNA 4RG8A 1RDCA 3VQ6A 1QTMA 2HHVA 3AA5X 1KVBA 1BIZA 3HP6A 3MEEA 4G1QA 3LWLA 3G0ZA 4OLAA 2YKNA 4OJRA 1UA1A 3V6DA 4BDYA 1I39A 4QCLA 1KCFA 4H8KA 4M3YA 1RT4A 3AA2A 1Q9XA 1XI1A 1JLAA 4BACA 3QINA 3LALA 4DTXA 2XY8A 2D5RA 4KHWA 2KTQA 4DU4A 2FBTA 3V4IA 3SPYA 4DSJA 1T05A 2E6LA 1NK5A 3M8QA 4FK0A 2X6NA 3A2FA 1TV6A 3L3UA 3CFPA 3SNNA 3VQ9A 1YVUA 2KW4A 1RT2A 3ISNC 4E7IA 5FRMA 3OS1A 4CK1A 1TK5A 1KFSA 3I0RA 2G8WA 3ZSRA 4CE9A 4EP5A 4OKEA 4E1NA 4OGCA 3NH0A 5KI6A 3EZ5A 4E7KA 1NOYA 1W9HA 1WN7A 4NCAA 5JS1A 1D5AA 1UAXA 1WSEA 2Z1HA 1JLEA 3B6PA 4CF1A 4DF8A 3VN5A 1KVCA 1LAVA 3NF6A 4ZHRA 2G8VA 3RR7A 4FYDA 2XRIA 3QIOA 1NJWA 3SZ2A 3PO5A 1QHTA 1BHLA 1EXQA 3SUQA 2D0AA 3NHGA 1IG9A 3C95A 4CEAA 3RWUA 1LWEA 4FXDA 4DMNA 3AVAA 3OYBA 2OA8A 2P5OA 3UIQA 4FLXA 4DSLA 3QEIA 4FK4A 2IAJA 3OYMA 2DFEA 4ICLA 3AV9A 4DFKA 4KO0A 1SUQA 4M3UA 1HMVA 2Y1JA 2OZSA 3ZCMA 4E0DA 3NH1A 2DFFA 2DFHA 1FXXA 1JL2A 4CK2A 4Y1DA 1RT1A 3OYIA 3TAFA 4FK2A 4C8MA 1NK7A 1ZBHA 3RMAA 3ZSWA 1L5UA 1VSHA 4CFBA 4HCCA 1WLJA 1RTJA 4RW6A 2YHAA 4HUEA 3CYMA 4IG0A 2OPQA 2HHTA 4IFYA 2FBYA 2Z1IA 3HO1A 1C6VA 2P1JA 1T03A 4UQGA 3D45A 4RW8A 3PV8A 2A1SA 2X74A 1FKOA 4DF4A 1C1AA 2RKIA 4M41A 4CFCA 4N76A 2Q3SA 1BQMA 2ZE2A 3AO5A 4EZ6A 4K8XA 1SL0A 4KKOA 1TAQA 3CFOA 1RTHA 4M3WA 4CECA 2G8UA 2KFZA 4O0JA 5DK5A 1EKEA 1RBUA 4O44A 3SQ0A 4AHRA 3NCIA 1JLGA 4DSEA 1B9FA 2HHUA 3KLHA 3V9ZA 3QEVA 4KI6A 1GOBA 1TGOA 2O4GA 3DMJA 3SV4A 3AVKA 2QK9A 3C94A 3SI6A 5HP1A 3P83D 1SKSA 2ZD1A 2OYQA 4CESA 3T3FA 3LP2A 4CJSA 2HHWA 1J9AA 4DLEA 4QOZB 3SJJA 3JYTA 4LY7A 3LAKA 4E7LA 4BE0A 4CIEA 4CGDA 1J53A 1K6YA 1BI4A 4DQQA 1TKDA 3PO4A 3G10A 1VSEA 4RW4A 3OYDA 4FCYA 4FZYA 3AO1A 1D9FA 3RMDA 1F21A 4FJHA 3IS9A 3DLHA 3MAQA 4CERA 2Y1IA 3V81A 3AVCA 3RMCA 3QEWA 3AVBA 3C6TA 2HVHA 3KLIA 3MEGA 1NK9A 2VWJA 1EP4A 3K58A 3KD5E 4AHVA 4JRQA 4FJXA 1J54A 1RT7A 1X1PA 3PUFA 2E4LA 3VQ8A 3CQ8A 1ASVA 4Z4IA 2DTUA 1U04A 4IFVA 3OJUA 4CIFA 4R5PA 4DTSA 1HYZA 4HUGA 1KTQA 2FC0A 3HPOA 3HSTB 4OGEA 3O4QA 4OLBA 3AVHA 3DLRA 3K57A 4E7HA 1BGXT 1S9GA 3V1OA 4CGIA 4DTJA 3KTQA 1RTDA 1SL1A 3KK1A 4ZTFA 1ZBFA 4W5NA 4XIUA 3MEDA 1U49A 2HHQA 4HCBA 3S3NA 4EZ9A 3K5LA 2F96A 2YNIA 3TAEA 2X78A 2G8FA 3ASMA 3DLEA 1TK8A 4KI4A 3RTVA 4B9TA 4B9VA 3BDPA 4CK3A 3KK3A 1S1TA 2ZQBA 3DLGA 4CJVA 4BE2A 1X9WA 2YNGA 4Q0BA 4DS4A 5HLFA 1RBVA 2VWKA 3M8RA 4N41A 4AHCA 1U47A 3P1GA 4E19A 1BCMA 2PZSA 3S9HA 4Z4EA 4BWJA 4M3ZA 5EU7A 3S3MA 4F4KA 3OVNA 2DY4A 1O1WA 3AVMA 4J2AA 2IC3A 4IDKA 3K2PA 3P5JA 4CF8A 3DYAA 4Y1CA 4CHYA 1UWBA 3AVIA 1L3TA 1Z25A 4IBNA 4CJ5A 4PWDA 4NYFA 1Z26A 3LPTA 3SQ4A 4HVJA 1B9DA 2B5JA 5J2PA 3AVFA 2YNHA 5DMRA 2RF2A 1REVA 3V9XA 1RDAA 2G8KA 3HK2A 1LAWA 1S6QA 4CEZA 3OJSA 2NUBA 1RNHA 3MXIA 3L2VA 3LZIA 1R0AA 1L3VA 5HBMA 4CHPA 4CIGA 2XHBA 3QNNA 3HL8A 4EP4A 1BCOA 3KJVA 3VA3A 4C8LA 1UOCA 3AO4A 1ASWA 3LAMA 2XY7A 1JXBA 4KB1A 1ITGA 5CZ2A 3ZT1A 4FZZA 4CEQA 3NGIA 3IRXA 1A5VA 3SV3A 3MECA 2QKKA 1NJYA 2BDPA 3LPUA 4DFJA 4CJQA 5J2MA 1S1XA 2RN2A 1N6QA 2P51A 3TARA 4KB0A 3CM6A 3KLFA 4DU1A 3SUOA 3SCXA 4M42A 3HM9A 3VQ5A 4Z4CA 4JLHA 4DTRA 1NOZA 1RDDA 1CLQA 1WNSA 1CXUA 3LDSA 3QEPA 3IAYA 1HQEA 3OYFA 3NF8A 3AA4A 4MFBA 3KKSA 1SKWA 4CFDA 3HVTA 4KHQA 3QESA 2XY5A 1KVAA 1BI4B 3HPHA 2ITGA 4M3TA 3EY1A 2Z1JA 1C0TA 3TR8A 4WE1A 4DQPA 2PYJA 5K14A 3AVNA 4I9LA 1VSMA 3SQ1A 4B9NA 4PQUA 2BANA 4FLYA 2JLEA 3KD1E 1VSKA 3DRPA 5C25A 4I9QA 2GUIA 2I5JA 3I0SA 2IGIA 2YKMA 3V9UA 3PY8A 4CJKA 4DS5A 1DLOA 2WOMA 4ID1A 2KZZA 4AHTA 2LSNA 3V1RA 3JSMA 3DI6A 5FROA 3F73A 2ETJA 2X6SA 1KSPA 1S1UA 3QERA 3FFIA 3HP9A 1JLBA 4RW9A 4B8AB 4ID5A 4PA1A 4H4OA 4DTNA 4CHNA 4O0IA 1SL2A 4M45A 4CCHA 4FJJA 1RBRA 2BGGA 1IH7A 4J2EA 1RILA 3ZSVA 2Z1GA 3LWMA 1L3SA 4B9MA 3HVRA 1NJZA 3DLBA 4CGHA 4FW1A 1VK0A 3T19A 1B92A 2HNZA 3VQ7A 3U3YA 1XHZA 3NGZA 1BQNA 3OYAA 5CZ1A 4DQSA 1QSYA 5D3GA 3L2UA 1ZYQA 1RTIA 1KLMA 3F9KA 3NF7A 3HT3A 4BE1A 4E7JA 1NK6A 1RT3A 3VA0A 4IKFA 3QO9A 4N5SA 4L8RB 3SUPA 1ZBLA 4CHQA 4I2PA 1L3UA 1CZ9A 1EETA 1S6PA 1JL1A 1HNVA 2XY6A 2PY5A 3KIOA 4C8KA 2F8SA 3QETA 1WSHA 4CGFA 3RRHA 1NKCA 3VQAA 1XHXA 1TKTA 1YTAA 4CJLA 4LSLA 3ZSOA 3KLGA 3L3VA 5HRSA 2F8TA 2KQ2A 3MXMA 5CY4A 4CGJA 4KAZA 1WAJA 4M3XA 1QS4A 3AO2A 4CEEA 2QKBA 1VSLA 1S1WA 5I42A 4CHOA 4CJ3A 1UA0A 1DTQA 4FJLA 3NDKA 3AVLA 3D0PA 4KTQA 4PUOA 2R7YA 1GOCA 1LW0A 3VQBA 3NAEA 3DLKA 1GOAA 4RW7A 3ZSZA 4CEFA 4FJMA 3M8SA 4JRPA 3L2QA 2D0CA 4FM1A 3NFAA 1C1BA 4TSXA 4NCBA 3VQ4A 4FM0A 1QSSA 5HROA 1BL3A 5CYMA 1VRTA 3TAGA 4KHSA 2AJQA 4W5QA 2GV9A 2HNYA 3ITHA 3OYGA 4DTUA 1NJXA 1DTTA 4HTUA 4FJKA 4CF0A 5CYQA 3DRSA 4IG3A 1JXEA 1CZBA 3H08A 4AHUA 4Z4GA 5KRSA 1RBSA 1WSFA 1YT3A 4M3RA 1NKBA 3ALYA 1TKZA 1HNIA 1Q9YA 3THVA 4AHSA 2WONA 1C1CA 1WAFA 4W5RA 4BDZA 3C6UA 5KGWA 1JLCA 4Z4FA 1LW2A 3KK2A 1IO2A 1X9MA 3WNHA 4KHYA 1RCHA 4DLGA 4J2DA 3O3GA 4F8RA 3OYJA 4DWIA 1WSGA 4PY5A 4ELTA 1HRHA 2OPRA 3BGRA 1S9EA 4OKJA 4N47A 3U3GA 4FZXC 1TVRA 4DQRA 3O3HA 2B4JA 3NH2A 3MXJA 4CJWA 1KFDA 2BE2A 3CM5A 4JS4A 4F3OA 4FJ5A 2HHSA 1VSDA 3QLHA 4DTMA 2B6AA 2YV0X 1N5YA 2KZMA 2VG7A 3LANA 3L2RA 1KLNA 4CJ4A 4ELVA 3ZSQA 5KRTA 3TAQA 5C42A 1BIUA 5E41A 4Z4HA 3I8DA 2ATQA 3V9SA 2QXFA 1S1VA 4Z0UA 1JLFA 3WNEA 5J2NA 4CJFA 1RT5A 5KGXA 2IDOA 4KREA 2VG5A 3TAPA 2IS3A 1S5JA 1QQCA 5FRNA 2HW3A 1U4BA 4KRFA 2VG6A 5KTQA 4B3OA 4KV8A 3LP1A 1TKXA 2OPSA 4CHZA 2HVIA 4DQIA 4O55A 5FDLA 1RT6A 1RDBA 1U45A 3OS0A 2HMIA 3L2WA 3HXMA 3ULDA 1NKEA 2OPPA 4KFBA 3V1QA 4J2BA 2IOCA 1ZBUA 1HYVA 1A5WA 3AA3A 4DU3A 1D8YA 4FLUA 3OYLA 1BISA 3TANA 4OKKA 1TK0A 3K5NA 3DM2A 4FM2A 1T8EA 1QE1A 1VSIA 3OS2A 4FVMA 4HHTA 2XO7A 2EHGA 1X9SA 1KRPA 4K8ZA 3U6FA 1LV5A 1D9DA 4FJNA 3LP0A 4CEDA 4DFMA 4CEBA 4O4GA 4KHNA 3RRGA 4CJUA 1XC9A 3L8BA 1XWLA 4OPKA 4YNQA 4NYNA 3ZSYA 3VQQA 4E3SA 1HJRA 3V9WA 4GVMA 4B9SA 1NK0A 5SWMA 4CJTA 4KHUA 3HYFA 4FJ9A 3M8PA 3HJFA 2G8HA 2OZMA 3K5MA 3KLEA 4FLWA 1VRUA 1T7PA 3EYZA 5J1EA 1JLQA 3CFRA 4AILC 3OYCA 4DSFA 4LD0A 4AH9A 4DSKA 4E89A 3VQPA 4CJRA 4F2SA 3HPGA 4C8NA 5HRNA 4OPJA 3WNFA 3PX0A 3TABA 3LP3A 2P5GA 1J5OA 4CF9A 4YFUA 3OYHA 4DFPA 4B9UA 4FW2A 1ASUA 1VSFA 1FK9A 3SPZA 3RR8A 1C0UA 1EX4A 3QIPA 3AO3A 1NK8A 4KTWA 5HRRA 1IKVA 4MQ3A 4CJEA 4FJ8A 1SV5A 3NBPA 3B6OA 4KTZA 4DG1A 2RPIA 4I2QA 3AVJA 1TL1A 3O3FA 4FLTA 4ELUA 4GMJB 1U48A 2JGUA 3LZJA 1C0MA 3TWHA 4NCGA 3PX6A 1HQUA 5I3UA 3KKRA 1G15A 1IKYA 1W0HA 2FBXA 4FLZA 3QNOA 3O4NA 1TAUA 4KPYA 3VQEA 4LH4A 1QSLA 5SZTA 3S3OA 2PYLA 1Q8IA 2A1RA 2YHBA 1IKXA 3WNGA 1NK4A 1VSJA 1TL3A 4GW6A 3K5OA 3K59A 3ZT3A 3RMBA 4BWMA 3NF9A 3AVGA 4N56A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JS5A 2O4IA 3G25A 4Y0WA 1ATRA 4ZTJA 3AY9A 3OYKA 3S41A 3OBWA 4LSNA 1HYSA 2HNDA 4H5NA 2FBVA 4X62K 1J5EK 4DTOA 2Q0RA 1LCUA 3QEXA 4FLVA 4WYBA 4HUFA 1QQNA 2G8IA 3T1AA 3ZSXA 4FJGA 4DSIA 1E3MA 4JI0K 1MU2A 1IKWA 3CG7A 2Q2RA 2KHOA 3H1VX 1LWFA 1WSJA 4CJPA 3OYEA 2OTLN 3ZT0A 4MDAA 4FJIA 2QTDA 4RG8A 1HKBA 2HHVA 3HP6A 3LWLA 3CC2N 4OLAA 3G4SN 3TSPA 4BDYA 4B1ZA 3AA2A 1Q9XA 1XI1A 2RHKA 3HRGA 3C0BA 2F7TA 4DTXA 3MX2A 3R6MA 5ADXH 4KHWA 2W6LA 3V4IA 5CR4A 3SPYA 1T05A 4CZLA 1K9MO 2X6NA 1VQNN 1LOTB 4E7IA 1RT2A 3OS1A 3DLLL 1TK5A 3F2KA 2ZF5O 4E1NA 4E7KA 3N4QA 1ZBSA 2E1ZA 1NGCA 3EE9A 1UAXA 2Z1HA 1LAVA 1Y64A 2WTUA 3CD6N 1NJWA 5AQOA 4JK8A 1QHTA 1BHLA 3ZEUB 1BU6O 4IDHA 3RWUA 2NRRA 4DMNA 3OYBA 2V52B 2OA8A 1HPMA 2P5OA 4FLXA 3QEIA 2NLXA 2UUCK 4DR1K 4JHDA 4ICLA 3BY5A 2CGJA 3NH1A 1BOTO 5KQDA 3CJAA 4JK9A 1JJ2M 1L5UA 3H3OB 5BR8K 4RW6A 2O8DA 4HUEA 4M7YA 2OPQA 3VTIA 2A1SA 4LF9K 2Q3SA 3U4LA 3AO5A 4I6MA 1SL0A 4KKOA 3WXKA 1RTHA 2QW9A 4CECA 2KFZA 5M1KA 3CCLN 4AHRA 4DR5K 1JLGA 2GTDA 3KLHA 3V9ZA 3QEVA 3O1WA 3SMSA 3CCSN 1GOBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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