3AVMA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avmA00
5J2QA 3H08A 4IFVA 2Z1JA 4C8NA 3OYIA 1HNIA 3V4IA 1C0MA 2ZQBA 2HNYA 4GVMA 4LY7A 4DTNA 4RW8A 4RW7A 1VSIA 1U48A 4FJLA 4FJNA 1NJZA 5CZ2A 1WNSA 2FBTA 1EX4A 1B9DA 1QS4A 4H8KA 1GOBA 1TKXA 2O4GA 4KO0A 1VSKA 3QINA 3VQAA 1R0AA 2OZMA 3VQ5A 1WSGA 5HRSA 4KHUA 1T7PA 4HUGA 4CGFA 3QEPA 4I9QA 4CEBA 1RTIA 3NE6A 1HQEA 4QAGA 1XI1A 1HQUA 5C42A 3KIOA 3IS9A 1IKVA 3NGYA 4L8RB 4CHPA 1S9GA 1L3UA 4AHVA 3BGRA 5I42A 4KHYA 4DF8A 1JLQA 1I39A 1RBUA 4KTWA 3MEGA 4JS4A 2E6LA 1SL0A 1NJWA 1QTMA 3DLHA 2IOCA 3D0PA 4K8ZA 3V1RA 3QERA 2JLEA 3LP2A 4CECA 3IAYA 3ZSXA 4DSFA 4CEOA 2HHXA 2ETJA 3SCXA 2YV0X 1BGXT 2IS3A 3RTVA 1NKCA 1LWFA 2IAJA 1FKOA 3NF6A 3HPOA 3OYBA 1IKWA 1IO2A 1BCMA 1VK0A 3TARA 3OYAA 4J2DA 2RF2A 1RT7A 2XY8A 1WSJA 4NYNA 1VRUA 4JLHA 4Q5VA 3IG1A 4LSLA 3OYHA 2ZD1A 3PX0A 3TAFA 3TAPA 2HHWA 3SQ1A 2GV9A 3PO4A 4FJHA 2DTUA 2HVHA 4M3XA 5C24A 4OKKA 3SPZA 3HVTA 1L3SA 1TKZA 3L8BA 3WNHA 1LAWA 1SL1A 1RDCA 4K8XA 1S1VA 4FJIA 3HL8A 2XHBA 3QEVA 4DLGA 3PV8A 3LP3A 4BACA 4RW6A 3MXIA 2XY7A 4CJEA 2KW4A 3SUNA 3LZJA 2HMIA 3AVKA 1L3VA 2G8KA 1YVUA 2OA8A 1S1WA 3KLFA 3KK3A 1EXQA 4OJRA 3K5LA 1A5VA 3LZIA 4IBNA 1NK5A 2F8SA 4FLXA 1SKRA 3RR8A 4FJ9A 4FK2A 4O0IA 1RT3A 1RT6A 3OVNA 3NH0A 1FK9A 2Y1IA 3PX4A 1L5UA 1VSLA 3MECA 4CJPA 4OLBA 4FJXA 5DK5A 2AJQA 1RT1A 4E7KA 5K14A 2QKKA 3AVNA 1HMVA 1X1PA 4KRFA 1S6PA 4R5PA 2FC0A 2PY5A 4KB1A 3LPTA 2KZZA 3KK1A 3MXMA 4H4MA 4GMJB 5KI6A 3OS2A 1VRTA 1RBSA 4FW2A 2DY4A 1UAXA 3QESA 1A5WA 4DSEA 2FBYA 3HPGA 4LSNA 1EETA 4CJTA 3SUQA 1TKTA 3V6DA 3HP9A 3V1QA 4ELUA 1S1TA 1C1AA 1VSEA 4E19A 4ZHRA 1HPZA 4GW6A 1LW0A 4DTXA 4KHNA 2HHTA 3F9KA 1MU2A 4BDYA 4O5BA 4DTOA 5HLFA 4KTQA 4I7FA 5KGXA 4FZXC 1JLFA 3CFRA 4FYDA 3TAEA 3OYKA 3HVRA 1D9FA 1SUQA 4AHCA 3VN5A 1U47A 4NCAA 2P5OA 1RCHA 5DMRA 4CF0A 1VSHA 1ASUA 4DS5A 3QNOA 1U49A 2GUIA 2Y1JA 2G8WA 4CF2A 3ZSRA 3PX6A 4ELTA 2YNIA 4FZYA 3QLHA 4BWJA 3QIPA 4ID5A 5FDLA 4LH5A 3ZSOA 4CEAA 4CESA 4FM2A 1J5OA 2BDPA 4Z4FA 4OLAA 4AILC 3QETA 4E3SA 1ASVA 2Q3SA 5I3UA 4B9UA 5JS1A 3T3FA 1NJYA 3NF9A 5CYQA 4E7JA 1QQCA 2G8FA 4W5RA 4B9MA 1NK8A 1L3TA 4DSKA 4FJMA 4O4GA 4Y1CA 3VQ6A 4CJUA 3EZ5A 4E1NA 4FLZA 3SNNA 1ZBUA 2YHBA 4F3TA 4DTUA 4EZ6A 3V1OA 2DFHA 4I9LA 4E1MA 1U4BA 2A1SA 3NBPA 3VQCA 4CIFA 3TI0A 4CJSA 4DFPA 3CM6A 1BIZA 3OYGA 2HHSA 4CJRA 2OZSA 2KZMA 4OPKA 4UQGA 2QXFA 3AV9A 3L2WA 3MEEA 3DOKA 3AO2A 2BE2A 2VWKA 4NCGA 3OYMA 4FLWA 1KVCA 1T05A 3NAEA 4EZ9A 4B9NA 4EP4A 3OYLA 2D0AA 4JS5A 1C1BA 3CM5A 4M3WA 4CK3A 3LAMA 4DQQA 1NJXA 3DLEA 1WSFA 4OGEA 3JSMA 1T03A 4CHOA 1TVRA 3RMCA 3KLIA 3DOLA 4AHSA 4FW1A 2OPSA 4B08A 2HVIA 1CLQA 1KTQA 3SV4A 4DTPA 3RMAA 4HHTA 1ZBLA 4F3OA 4IFYA 4KAZA 3OYJA 4FLVA 4MFBA 3L2RA 1S6QA 3V9SA 1Z26A 3M8RA 1ZYQA 4G1QA 4OVLA 3E01A 1IG9A 1KVBA 4DMNA 4PWDA 1S1XA 3ULDA 3L3VA 2YHAA 3KLGA 3KD1E 3AVGA 3MEDA 4CGJA 1BI4A 2DFFA 2HHUA 1BISA 4CEFA 1RNHA 4CHYA 4DFMA 4FCYA 1D9DA 4CK2A 1NK9A 3AVCA 1TK5A 1LWEA 3DYAA 1SL2A 4AHRA 2D5RA 3PUFA 5SWMA 2HNDA 4DSJA 5FRMA 4Q0BA 3OJSA 3ASMA 4FJKA 1WN7A 3AVAA 4CF8A 4Z4HA 4XIUA 3KK2A 4IDKA 1KRPA 4DFKA 1VSMA 1KFSA 1VSJA 3I0RA 4PA1A 4E89A 3QNNA 3CQ8A 3T1AA 4FJGA 3K5NA 4M45A 3SYZA 3KKSA 1X9SA 4Z4CA 3M8SA 4CJ5A 2O4IA 3L2UA 4IG3A 3L2VA 5CZ1A 1TL3A 3M8QA 5KTQA 1KSPA 3DI6A 3KKRA 3HT3A 1BIUA 1DTQA 4CF9A 2NUBA 2OPPA 1IH7A 3LWMA 2E6MA 2EHGA 5EU7A 4CEQA 3THVA 2P5GA 1G15A 1BQMA 1B92A 3O3HA 4B9TA 3DLGA 3NF7A 3I0SA 2A1RA 2QK9A 4DTMA 3ZCMA 1NK7A 3KD5E 4FJ7A 3ZSQA 1FXXA 3SJJA 3C6TA 3K5OA 4CJFA 4M41A 1Q8IA 1FKPA 4CHNA 4W5QA 1WSIA 3NH2A 3HP6A 1HRHA 1BQNA 3AO4A 1S9EA 4OGCA 3NGZA 3HXMA 3AVHA 2HW3A 1KLMA 3HM9A 4IKFA 2YKNA 3DM2A 2P1JA 4J2BA 2RKIA 4JRQA 1RBRA 1N5YA 1RDDA 3HK2A 2B6AA 1S5JA 2JGUA 1JLAA 1XHZA 2KFZA 3QEIA 4ZTFA 1CZ9A 2HHQA 1KFDA 4CJQA 4CJKA 3WNEA 2VG6A 3LP1A 3RMBA 2VWJA 4CIEA 4KI4A 3L2QA 1RDAA 1RT5A 3NHGA 4KI6A 4M3ZA 1XWLA 4I2PA 5HRPA 4CEEA 5E41A 3LWLA 4W5TA 3ALYA 3P1GA 4E7IA 1QSSA 4KKOA 3VQEA 4OKEA 1D5AA 3JYTA 1REVA 3LP0A 2IGIA 5FROA 2D0CA 3ZT1A 2LSNA 3K59A 1DLOA 1SKWA 4Z0UA 3OS0A 3NGIA 2FBXA 3AVBA 4TSXA 4CFBA 4FLYA 2PYJA 2FBVA 3KTQA 1TK0A 4E0DA 5J1EA 3AO5A 1RTDA 2F8TA 1Y97A 4CIGA 1C0UA 3CFPA 4FJ5A 3NF8A 1BI4B 4M42A 3WNGA 4DU1A 1KLNA 5T7BA 4CJ4A 3OS1A 1C0TA 2DFEA 3TAQA 4KV8A 1JXBA 2VG5A 4B9VA 3AVMA 3DLBA 1NKEA 4JRPA 4RW4A 1N6QA 1I3AA 3K58A 1NK6A 4BDZA 4CCHA 2WOMA 1TGOA 3AO3A 4RW9A 1HYZA 2X74A 3TAMA 4MQ3A 3ZSWA 5KRTA 4BDPA 4FXDA 1HYSA 2E4LA 4DQRA 3QO9A 4FK0A 3PO5A 4HCCA 3O3FA 2OYQA 3AVLA 4AHUA 4YNQA 3OYDA 1CZBA 1JLCA 4N47A 4ID1A 1WSEA 3TABA 1HJRA 1XC9A 1WLJA 1TK8A 2F96A 3MAQA 4M3YA 3EYZA 1JL1A 2IDOA 3B6PA 2R7YA 2D0BA 4F8RA 1C6VA 3SUOA 4CFAA 3SQ2A 1RDBA 3CYMA 5KGWA 3VQ7A 1LW2A 1W0HA 3PY8A 4C8LA 1KVAA 3FFIA 4CE9A 4J2AA 1LV5A 1U45A 2P51A 4ZTJA 3B6OA 3NDKA 4KREA 1EP4A 4H4OA 3V9WA 2QKBA 4W5NA 4DG1A 4FLTA 4FJJA 1NOZA 3C95A 1T8EA 1UA0A 4Z4IA 1B9FA 3HO1A 3OJUA 4DQSA 4FM1A 4FLUA 2GBZA 1YTAA 3VQ8A 3ZT0A 2XY6A 4BE2A 2YKMA 3DRRA 1QHTA 1RT2A 3K57A 1GOCA 2Z1IA 4NYFA 4B8CA 3K5MA 1X9WA 3QIOA 4B9LA 4F2SA 3SV3A 5SZTA 4OPJA 2XRIA 3SUPA 1QE1A 1IKXA 1WSHA 2EX3A 3DLKA 3G0ZA 3QEWA 2G8UA 3LAKA 4N41A 3ZT2A 4Z4GA 4CFDA 3I8DA 4FK4A 3P5JA 4F4KA 2X6SA 4PUOA 4DS4A 4QOZB 3BDPA 3RR7A 1CXQA 1QSLA 1ASWA 4KPYA 2G8IA 1GOAA 4DU4A 1ZBHA 1S1UA 1NK0A 1Z25A 1BL3A 4CF1A 3NH1A 2W42A 1QSYA 3ITHA 4RG8A 4HVJA 4F2RA 4KHSA 1YTUA 1RILA 1XHXA 3CFOA 1RBVA 3LANA 1JKHA 3SZ2A 4HCBA 3KLEA 4B9SA 3AA3A 3U3GA 5KRSA 3D45A 4LD0A 3M8PA 3EY1A 2XO7A 3A2FA 5J2MA 1UA1A 1WAFA 4C8OA 3G10A 1DTTA 3S3NA 1RT4A 1HYVA 3RRHA 1RBTA 1W9HA 1VSDA 3OYFA 1TAQA 4DQPA 1ZBIA 3UIQA 1O1WA 1HNVA 3V9UA 4CJWA 1UWBA 3TAGA 1TAUA 1YT3A 3WNFA 1NK4A 4FJ8A 2X78A 1LAVA 4O0JA 4N56A 4DF4A 4DWIA 3C6UA 4CGDA 4B3OA 4N76A 3AO1A 2X6NA 3VQDA 4DQIA 3DLRA 4HUFA 4BE0A 4CEDA 4CFCA 4HUEA 1LWCA 4J2EA 2Z1HA 3DMJA 3HPHA 1CXUA 3C94A 3V9XA 4CGIA 3RWUA 3DRPA 5JS2A 1TL1A 1JLGA 4HTUA 1K6YA 1RTJA 3ZSYA 4FVMA 1NKBA 3CG7A 4CEZA 4KHQA 2KFNA 2BANA 2BGGA 4OKJA 5FRNA 4LH4A 1JLEA 3DRSA 4CHQA 2RN2A 1KCFA 4EP5A 1VSFA 2HB5A 4CK1A 3SI6A 1C1CA 4PQUA 1J9AA 2RPIA 2PZSA 2KTQA 3AA4A 3O4NA 2OPQA 4CGHA 3VA0A 2OPRA 3V9ZA 2ATQA 3SQ0A 3AVJA 4DSIA 1EKEA 2YNFA 1ZBFA 4O55A 3VQPA 3LALA 4KHWA 3K2PA 4DLEA 4PY5A 1J54A 4C8KA 2WONA 1ITGA 3OYEA 3L3UA 3OYCA 1NOYA 3VQ9A 4E7HA 2ZE2A 3VQQA 3ISNC 3NCIA 2B4JA 3KJVA 1RTHA 2G8VA 1UOCA 2B5JA 1J53A 4KB0A 3ZT4A 3HJFA 1WAJA 1SV5A 1Q9YA 4YFUA 1X9MA 4NCBA 4DSLA 3RRGA 4Z4EA 5J2NA 4ICLA 3TWHA 5HRNA 3AA5X 3OY9A 3SQ4A 5HRRA 2YNHA 3HSTB 5CYMA 5D3GA 4IG0A 4DTSA 1TV6A 4M3UA 3ZSVA 5HP1A 3AVFA 3ZT3A 4M3TA 3O4QA 5HROA 3S9HA 4CERA 3VQBA 2G8HA 1D8YA 4N5SA 4I2QA 1TKDA 4CJLA 1Q9XA 3VQ4A 4WE1A 4BWMA 2IC3A 2ITGA 1JLBA 4M3RA 3LPUA 4FM0A 3V81A 3RMDA 3S3OA 3T19A 4FZZA 4O44A 3SPYA 2PYLA 2HHVA 4KTZA 5J2PA 1U04A 4QCLA 4BE1A 2VG7A 3TANA 4AHTA 4E7LA 5C25A 3U3YA 2HNZA 4CHZA 3LDSA 5HBMA 3TR8A 4CJ3A 1BHLA 3P83D 4DFJA 3AVIA 4C8MA 4B8AB 3OYNA 4AH9A 3QEXA 4DTRA 2Z1GA 3O3GA 2XY5A 3IRXA 2KQ2A 4CGGA 3F73A 3VA3A 4W5OA 3KLHA 3U6FA 4ELVA 1BCOA 3AA2A 2I5JA 1IKYA 4DTJA 4KFBA 4DU3A 3HYFA 3S3MA 1JL2A 3MXJA 3NFAA 1A5XA 2YNGA 1JXEA 1F21A 4Y1DA 5CY4A 4CJVA 1SKSA 3ZSZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z1JA 1EQYA 1VQ4N 1QS4A 2OCEA 1GOBA 3VGKA 4KO0A 3QINA 2VYPA 1R0AA 5HRSA 4KHUA 3R3LA 4X64K 4CEBA 1RTIA 2P9UB 1FW6A 4QAGA 2F9TA 3ID6A 3OBYA 1BG3A 4L8RB 1S9GA 1L3UA 5AR0A 5I42A 4KTWA 1RBUA 2KHOA 3MEGA 3OW2M 3V1RA 4CEOA 1VQ6N 3VF4A 2IS3A 3RTVA 1YAGA 3NF6A 4JKAA 3O9TA 4J2DA 3TARA 3C6HA 5HL7L 2RF2A 1QQNA 1RT7A 2CGLA 5DM6L 1VRUA 4JLHA 4Q5VA 3IG1A 4LSLA 3OYHA 4K41A 1GLDG 1X3MA 3M5RA 2HVHA 1K8KA 1XMOK 5C24A 1VQKN 3HVTA 1LAWA 3AAPA 1SL1A 3QEVA 4DLGA 3LP3A 4GNIA 2VWBA 3MXIA 3SUNA 1HUXA 4KH6A 3FZMA 2EWSA 3KK3A 4OJRA 2I7PA 4CBXA 3EEQA 4IBNA 2F8SA 3RR8A 1HR0K 1QZ6A 4O0IA 3OVNA 3D2FB 3CXCM 3MECA 4FJXA 5DK5A 1RT1A 3AVNA 1EO1A 1S6PA 4R5PA 1ZBSA 3M6GA 3KK1A 5BRFA 3LDLA 5MLCQ 3OS2A 1VRTA 1RBSA 1UAXA 1A5WA 4C1NI 3FFKB 5E84A 3V1QA 1YVNA 4ELUA 3CETA 5AQTA 2WTUA 1VSEA 1TYQB 4DHYA 4DTOA 1MU2A 5FPMA 5KGXA 1JLFA 3CFRA 3HBTA 4DR6K 3VN5A 2PFUA 1ASUA 4DS5A 2G8WA 4A2AA 3QIPA 4CESA 4FM2A 2BDPA 3O1BA 3IUCA 4E7JA 4W5RA 4BRNA 4X65K 1VQLN 3VQ6A 4FLZA 3SNNA 1VQ8N 3MK6A 5GAEP 4F3TA 3V1OA 2DFHA 4I9LA 1U4BA 4MDBA 3CM6A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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