3AVMA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Integrase
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Recombination/inhibitor
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avmA00
3NFAA 5KTQA 3HPHA 2F8SA 4KHNA 1LW2A 1X9MA 1SL2A 3P5JA 4F3OA 1ZBHA 4QAGA 1DTTA 1BI4A 1SKWA 5FDLA 1VSFA 2Q3SA 3NHGA 4DFMA 4Q0BA 2RKIA 3HVRA 1JLGA 1RBUA 3LALA 3C95A 3F9KA 4B9TA 4ELVA 1QHTA 2P5GA 3DRPA 4DS4A 1VSKA 4DTSA 2QKKA 4HHTA 4FK0A 2HNDA 4O55A 4LD0A 4KTWA 3L2RA 1JLFA 3HXMA 4AHSA 4FM0A 3ZCMA 1C0UA 4PA1A 5JS1A 4DTUA 4N56A 4O4GA 3BGRA 3NH2A 1KFDA 1QQCA 1HRHA 3QNNA 3V9WA 3L8BA 3LZJA 1UAXA 2F96A 2IDOA 4DFKA 3TANA 2X6NA 3AVNA 3DM2A 2XY7A 3HPOA 3QNOA 2P51A 1JXBA 1NOZA 4PQUA 2XRIA 3VQBA 3WNGA 4CFDA 2E6LA 3NBPA 3PX0A 1HJRA 1MU2A 2XY8A 3AVBA 1IKYA 3QINA 4CGFA 3PY8A 5D3GA 1TGOA 4LH5A 3VQEA 4CFAA 3CFRA 1ZBFA 1X9WA 1YTUA 4E7LA 4IBNA 1W0HA 2IC3A 3OYHA 1D8YA 3SUQA 4HUGA 3S9HA 2DFEA 4I9QA 3SUOA 2HHXA 1TKZA 3VA3A 3AV9A 4AILC 4DQRA 4CGHA 4I2QA 3CM5A 1KVBA 4CK3A 4KHWA 3DOLA 3HL8A 3QEVA 4O44A 1EX4A 2B6AA 2Z1IA 1T05A 4DLGA 3AVFA 4B8AB 3DI6A 4F2SA 4FLWA 2RPIA 1SKRA 2KW4A 1KLMA 2ZE2A 1Q8IA 2KZZA 1RT5A 4CESA 4HCBA 4G1QA 3KIOA 3KLHA 4Q5VA 1NJZA 4Y1DA 4E19A 4FZYA 2FC0A 1SUQA 2FBVA 4M3YA 4M3ZA 3OJUA 4CCHA 1CXQA 3LANA 4NCBA 3TAMA 1BCOA 2D5RA 3G0ZA 4JLHA 3VQ7A 4CJRA 4YFUA 3O3FA 4W5RA 3HM9A 3QESA 1BQNA 1X9SA 3DLHA 1TKTA 4OGCA 2DTUA 3E01A 4CERA 1WAFA 3K59A 3KD5E 4KO0A 4N5SA 3S3OA 1YT3A 2A1RA 4AHCA 5J2QA 1L3TA 3HJFA 1XWLA 5SZTA 4CEOA 3PX6A 1XC9A 4DSKA 3ZT4A 4N47A 1RTIA 4CE9A 4M3WA 4OPJA 2HHUA 3SPYA 3WNHA 3QETA 3HSTB 5K14A 4E7HA 3OVNA 4RW9A 2XY5A 1SKSA 4MQ3A 3NCIA 4BE2A 4DSJA 2YHBA 4FXDA 2G8VA 4E89A 3K5LA 3I0SA 3MXIA 2YNGA 1C1BA 1O1WA 2LSNA 4MFBA 4DU4A 4J2DA 4JS5A 3SV3A 4FVMA 4NYFA 1JLEA 3VQAA 5HRRA 2HB5A 4CFBA 1TAQA 1NOYA 1NK4A 1RBSA 2D0BA 2AJQA 3K57A 1QE1A 2KFZA 2O4GA 4ID5A 3HYFA 3AO2A 4B9UA 3T19A 3RWUA 4KAZA 4KTQA 1CZBA 3WNFA 3KKSA 3VA0A 4E0DA 2Z1JA 4DWIA 3ZSZA 3O3GA 3OYFA 4RW6A 4CJFA 4FLTA 4DU1A 1TK5A 1JL2A 3M8RA 1B92A 1Q9YA 1KVCA 3VQ8A 3O4QA 5C42A 3QEWA 3EZ5A 3H08A 3NF9A 4DU3A 2NUBA 4CHQA 2IAJA 1RT4A 1RBRA 3AA5X 4TSXA 1NK9A 5E41A 4E1NA 1JLCA 1XHXA 1BIUA 1CZ9A 3DLKA 4F8RA 1KSPA 3L2WA 4OKJA 4CHPA 4CF2A 4DSEA 4Z4IA 3DRSA 3AO5A 4RW8A 4OGEA 1EP4A 1LAVA 3L3VA 3DLGA 3ZSYA 1RTHA 1WN7A 3EYZA 4DTJA 3TAPA 1S6PA 2HNZA 4HUFA 1SL0A 3RMCA 4Z4FA 2DY4A 4ELUA 1R0AA 4AHVA 1BCMA 1J53A 1WSJA 1RDDA 1S5JA 5HROA 4CGDA 3QIOA 4FM2A 1ZBIA 4EZ6A 2FBXA 1HYZA 4PWDA 4CJQA 3DLEA 4FJ7A 3BDPA 4PUOA 4M3TA 5FRMA 3OYDA 2FBYA 3JSMA 1XI1A 4K8ZA 4JRQA 4IFVA 3IAYA 4IG3A 4BWMA 4DQQA 4FW1A 2OYQA 4KHUA 5FROA 4AHTA 3IG1A 3P1GA 4XIUA 3AVIA 1IH7A 2XHBA 3QEXA 4NCAA 4FJ9A 1VK0A 1TAUA 1RT1A 3JYTA 2HW3A 4Z4GA 1LWFA 1RCHA 3K5NA 3SQ2A 1T7PA 3RTVA 3LP2A 3HK2A 3NF8A 4M45A 1ASVA 3SCXA 4ELTA 4FJMA 1RILA 2P1JA 1YVUA 1IKVA 4KHQA 2HHSA 1NJXA 4CEDA 4O0JA 3KLEA 1TKDA 4LSLA 3V1RA 3KKRA 1REVA 3U3GA 3TAEA 1NKCA 3L2QA 1WSGA 1GOCA 2KZMA 1CLQA 4CJLA 2QK9A 2VG5A 3MEEA 1SL1A 4CIGA 3HVTA 4FLUA 1S1VA 2ZD1A 5CYQA 1DLOA 1S1XA 3V1OA 3AVKA 3M8SA 1NKEA 4CJTA 4DF8A 1VSDA 1JLBA 4CJPA 1A5XA 4M41A 2GUIA 3L2VA 1BL3A 4O0IA 1KVAA 3AA4A 4BDZA 1K6YA 2DFHA 3AO1A 4IKFA 3PX4A 4KI4A 4KHYA 2WONA 3HP9A 3LPUA 3VQ9A 4CFCA 3OS0A 2HHQA 3ZT0A 1WSEA 4B9SA 1WLJA 3C6UA 3TARA 3SJJA 3KTQA 3U6FA 3TWHA 4EZ9A 4C8NA 4KRFA 1S1WA 2IGIA 2FBTA 1VRUA 4F2RA 1ITGA 3SQ0A 1EXQA 2EHGA 3B6OA 4FJ5A 4KTZA 2YNHA 1HNIA 2X78A 3K2PA 4CGGA 4CJUA 2GV9A 3NGIA 3S3NA 3D0PA 3DOKA 4CEZA 4W5TA 4B9MA 1EETA 1LWEA 1LW0A 4HUEA 3V9ZA 1VSLA 3MAQA 4I7FA 4CK2A 1RBVA 3AVMA 5I3UA 1GOAA 3A2FA 4CF9A 5HRNA 5CY4A 3OYEA 2PZSA 4FJKA 2YNFA 4M3RA 4CF8A 3TABA 4DG1A 1T8EA 3OYMA 1VSIA 2QXFA 3L2UA 1J9AA 1LAWA 1LWCA 5J1EA 2GBZA 4CIFA 3ZT2A 1D9DA 1IKWA 5J2PA 1KFSA 1FXXA 3NGZA 2Y1JA 2O4IA 4HTUA 1L5UA 4B3OA 3PO5A 1HQEA 2ATQA 1A5WA 4JS4A 4R5PA 1QS4A 4KFBA 1JL1A 3AVCA 3LPTA 4AH9A 3QEIA 1RDBA 4RW7A 4CGIA 1QSYA 1VRTA 5KGWA 1F21A 3KLFA 2HNYA 2WOMA 3U3YA 1RTDA 2G8KA 2PYJA 4E7IA 3DLRA 1WNSA 4CF0A 2HMIA 4CEBA 1X1PA 5KRTA 1G15A 3OYCA 3RMAA 3C94A 4FJNA 3ZSQA 4KREA 5C24A 3MXJA 2E6MA 2G8FA 4B9NA 3RMDA 2HHTA 1S6QA 1DTQA 4Z4HA 1TK0A 4DMNA 2YV0X 1BIZA 2YHAA 4FK2A 4BACA 4DSFA 2OPPA 3KJVA 3NH1A 3SYZA 5SWMA 4M3UA 3SQ1A 4OLAA 4CF1A 3L3UA 2Y1IA 4DTRA 3MXMA 1Y97A 3HPGA 4N76A 3G10A 2G8UA 4N41A 1BGXT 3OS2A 3CQ8A 4FJJA 3M8PA 1FKPA 2YKMA 3RR7A 3TAQA 4DLEA 2I5JA 1UA0A 3OYGA 3V4IA 1NK7A 4WE1A 1U48A 3LWLA 1RT3A 1VSEA 5KGXA 1HMVA 1TKXA 3KK2A 3PUFA 4ZTFA 2A1SA 4DFJA 1L3UA 3OYBA 4CJ3A 1LV5A 3PO4A 1HYVA 4GMJB 5KRSA 3SPZA 4L8RB 4CGJA 4Y1CA 4FCYA 1L3VA 1JKHA 4FLXA 4H4OA 1WAJA 1U49A 3ZSRA 4F4KA 1RTJA 1TL3A 1UOCA 1WSFA 3OYNA 4CEFA 4FLVA 1A5VA 1GOBA 5HBMA 5DMRA 5HRPA 4DF4A 1U47A 2Z1HA 3HO1A 2EX3A 3THVA 1ZBLA 2PY5A 3ZSVA 1BISA 4CEQA 5C25A 4CJ4A 1NJWA 3AA2A 2KFNA 4AHRA 1RT6A 1UA1A 3O4NA 4KB1A 4KHSA 2JGUA 4J2BA 3ZSWA 3TAGA 1Z25A 2JLEA 2RF2A 4FLYA 4ZTJA 4O5BA 3VQQA 4YNQA 4DTMA 4EP4A 4OLBA 3V1QA 1KCFA 4CK1A 4BE1A 3F73A 2HHVA 2E4LA 3D45A 4CECA 4IFYA 2G8WA 3M8QA 1NK0A 1TVRA 4EP5A 4M42A 3OY9A 4DS5A 2VG7A 1HQUA 4CHYA 3AVAA 4DQPA 3P83D 3O3HA 1BHLA 1CXUA 1RDCA 1NKBA 3LDSA 2XO7A 3CFPA 1NK8A 4NCGA 2IS3A 4W5QA 2D0CA 4OKKA 2D0AA 3TI0A 4FK4A 4CIEA 3QIPA 4W5OA 3S3MA 4BWJA 4UQGA 3OS1A 3ULDA 5HLFA 4FZXC 3QEPA 3DYAA 3CYMA 1TK8A 1L3SA 1IG9A 3RRHA 3VQCA 3HT3A 1J54A 3SUNA 4FJXA 1WSHA 2DFFA 2RN2A 1YTAA 4JRPA 2HVHA 4M3XA 3SUPA 3ALYA 1RBTA 1U45A 4BDPA 4DTNA 1JLAA 1ZBUA 1RNHA 4DSIA 3IS9A 3I0RA 4GW6A 3OYLA 4DQIA 4K8XA 3IRXA 4CJ5A 1S9EA 3AO3A 2XY6A 3FFIA 3QLHA 4HVJA 5HP1A 3VQ6A 4FJLA 4C8LA 2ZQBA 3KK3A 3LZIA 1IO2A 3VQ5A 2R7YA 4FZZA 1S9GA 1JLQA 2VWKA 3LP1A 2YKNA 4ICLA 2F8TA 3AA3A 4CJWA 1J5OA 3AVJA 4FM1A 3QERA 3NGYA 1U04A 4CJKA 4CJSA 3NH0A 4E7JA 4FJIA 5KI6A 2HVIA 4IG0A 4Z4CA 1UWBA 3LP3A 3VQDA 3SZ2A 1EKEA 3K58A 1SV5A 1T03A 3AVGA 4NYNA 1B9DA 4LH4A 3SI6A 2OPSA 3ZT1A 4F3TA 3AVLA 2VWJA 4J2AA 3TAFA 4DTOA 1XHZA 2PYLA 2BGGA 2BDPA 4E1MA 4C8OA 3KLIA 1IKXA 2P5OA 4CJVA 3AVHA 4FJHA 4PY5A 1RT2A 4FYDA 3K5MA 2Z1GA 3VQ4A 2W42A 4BDYA 2B5JA 2ITGA 3K5OA 3DMJA 2B4JA 2QKBA 3KD1E 4KI6A 1NJYA 4OJRA 3NE6A 4J2EA 1ASUA 2X74A 3ITHA 1S1TA 3V9SA 4C8MA 4CHZA 1TV6A 1C1AA 2OPQA 4KB0A 4HCCA 3DRRA 4IDKA 1JXEA 4OPKA 5J2MA 2X6SA 1QSLA 1FK9A 2G8HA 1NK6A 3RRGA 2VG6A 4H4MA 1N5YA 4QOZB 2G8IA 4CHNA 3NF6A 2HHWA 4FW2A 1W9HA 3OYAA 3HP6A 4BE0A 4I2PA 4RG8A 5CYMA 5FRNA 4FJ8A 5J2NA 4I9LA 3QO9A 4LSNA 3MEGA 1U4BA 3CM6A 4OVLA 5JS2A 3NDKA 1C1CA 4CHOA 3SNNA 3PV8A 3LAKA 3T3FA 3DLBA 1B9FA 4B9VA 4KV8A 3MEDA 3ASMA 4DFPA 5HRSA 1S1UA 5EU7A 1TL1A 3LWMA 3KK1A 1Q9XA 1I39A 3B6PA 3V9XA 3OJSA 1ZYQA 1VSMA 3ZSXA 4B9LA 3AO4A 3CFOA 1C0TA 4FLZA 1Z26A 5DK5A 5CZ2A 4CEAA 4DSLA 4W5NA 1KLNA 2IOCA 1ASWA 4CEEA 2BANA 4AHUA 4DQSA 2KTQA 1C0MA 3ZT3A 3C6TA 3TR8A 3NAEA 5T7BA 3OYJA 3LAMA 1FKOA 1VSJA 3SQ4A 3V81A 4OKEA 1KRPA 3EY1A 3RR8A 4FJGA 1BQMA 4E3SA 3VQPA 2OZMA 3ISNC 2OA8A 5I42A 2ETJA 2BE2A 1C6VA 1RT7A 2OPRA 3CG7A 3MECA 3ZSOA 4LY7A 4CJEA 1D9FA 1KTQA 3V9UA 4KKOA 1N6QA 4KPYA 4E7KA 4RW4A 4Z4EA 2KQ2A 5CZ1A 4B8CA 1NK5A 4ZHRA 3OYIA 1HPZA 3V6DA 1VSHA 4C8KA 4DTXA 3T1AA 1HYSA 1WSIA 3WNEA 3KLGA 1HNVA 3OYKA 3UIQA 3NF7A 3I8DA 4H8KA 2YNIA 3SV4A 4QCLA 1I3AA 4ID1A 4B08A 1D5AA 4Z0UA 1RDAA 3LP0A 4DTPA 4GVMA 1QSSA 3RMBA 2OZSA 1BI4B 1QTMA 3VN5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BVPA 3HPHA 2F8SA 3P31A 1X9MA 3QMLA 1ZBHA 1P90A 5AQKA 3PSIA 5TKWA 3HZ6A 2Q3SA 4GKJK 5C2FA 5M1NA 4DFMA 1VQ7N 2F9TA 3C95A 2P9SB 4ELVA 1Q7YO 1QHTA 4JAXA 2P5GA 4DTSA 4HHTA 4O55A 4LD0A 3R3LA 3BUZB 2P9SA 5AQSA 3BZCA 2VWBA 1T44A 4DTUA 4O4GA 3NH2A 4EHTA 1NMNA 2F96A 1Z6RA 2HF4A 2O8FB 4ILGB 2P9PB 4CFDA 1N33K 4CJ7A 3PX0A 4CGFA 3QINA 4GNIA 3M5RA 1KAZA 4CZFA 4JI5K 1ZBFA 4RTFD 1YTUA 3TPQA 4IBNA 2O8FA 2IC3A 2P9PA 3SUQA 4HUGA 3O9SA 4JKGB 4AILC 1GLEG 4LF4K 2E20A 1EX4A 2B6AA 1T05A 3AVFA 3L0QA 3DI6A 3LDLA 4F2SA 4JKGA 4HWIA 5GADP 3I33A 2FBVA 4B1YB 4M3YA 3OJUA 3ZX3A 3TAMA 1BCOA 2D5RA 3VQ7A 3O3FA 3QESA 3T1HK 2UUAK 1ILYA 2P9IB 4OGCA 3VF4A 1HNXK 1YF5L 3K59A 3S3OA 3JXUA 1NGAA 5SZTA 3L4IA 2P9IA 2VCPA 4DSKA 4DV5K 2XY5A 3P38A 4DSJA 4A59A 3K5LA 2G8VA 1O1WA 1NGJA 1HX1A 1YUWA 3VQAA 5HRRA 5FPEA 1RBSA 3FZKA 2JWKA 4A61A 1HR0K 3VA0A 3WNFA 3KKSA 3WQTA 3R6MA 1I94K 1TK5A 1ATRA 3M8RA 1B92A 4JN4A 3VQ8A 3NF9A 3P4IA 3AA5X 4NO7A 4TSXA 2HMPA 3RSEB 2CH6A 1XNRK 4CHPA 4CF2A 3DRSA 3AO5A 4OGEA 3BF3A 1RTHA 4K0KK 3RSEA 1S6PA 4A5BA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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