3AVMA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Recombination/inhibitor
molecule keywords Integrase
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avmA00
1LV5A 1IKXA 3QEPA 3AVFA 1NJWA 2HHQA 5JS1A 3DYAA 4EP4A 3L8BA 1NKBA 3HP9A 4FLZA 3TAEA 2KFZA 4LH4A 5KRSA 2GUIA 3SPYA 5HLFA 1A5VA 4OKEA 2HNZA 3PO4A 1J53A 3SI6A 1DLOA 4CESA 3V6DA 1HPZA 4E0DA 1NOZA 1C0MA 2OPSA 4E7KA 4O4GA 4M3ZA 1GOCA 4CF8A 3L2VA 2D5RA 3K59A 1F21A 3LAKA 1A5XA 1ZBFA 4CJKA 3MEDA 1Q8IA 1S1UA 4BACA 3ZSXA 4EZ9A 1SL0A 4HVJA 4CCHA 4FVMA 3OYJA 1YT3A 2HNYA 3ZSWA 4RG8A 4K8ZA 2F96A 2WOMA 4M3TA 1KLMA 1RT2A 1MU2A 3QEWA 4KTZA 4E7HA 4LD0A 2BDPA 4CEOA 1VRTA 3M8PA 3LZIA 1I3AA 3C6TA 4CJUA 2Z1GA 2HW3A 4OVLA 5I42A 4BE1A 1HJRA 3RTVA 1NJYA 3THVA 3MXJA 2G8KA 2X78A 3SQ2A 5EU7A 1JXBA 2QXFA 2IC3A 2XY6A 4DFJA 3KJVA 4E7LA 3OS2A 2XY7A 4CHPA 2HHSA 3AVBA 1YTAA 4IFVA 4G1QA 1HMVA 5KGWA 4AHVA 4FZXC 1IH7A 1L3SA 3S3OA 3HSTB 3VN5A 1K6YA 3AVGA 3D45A 3QEIA 4WE1A 3F73A 1RBUA 3PUFA 2Y1IA 3LDSA 2JLEA 3TI0A 4GMJB 2A1RA 2HNDA 3O3GA 3SCXA 4CJ5A 5KI6A 4KPYA 3ZCMA 1QS4A 4N47A 3M8QA 1NJXA 4I2QA 4HUFA 2VG5A 3DLGA 3LWMA 3V9SA 3SUOA 4B9UA 1CLQA 5T7BA 3NF6A 3CFRA 1WLJA 3LAMA 3WNHA 1TKXA 4F3OA 5FRMA 3SNNA 3KK2A 4FCYA 4B9TA 4Z4GA 3G0ZA 3VQQA 3LANA 1U48A 2G8FA 4CFAA 1W9HA 2ZQBA 1VSFA 1W0HA 4PWDA 3CM6A 3O4QA 2O4IA 4CGDA 1TK5A 4B8AB 4CJVA 5DMRA 3SQ1A 5JS2A 1LW0A 3K5OA 3TAPA 2JGUA 3QIOA 1NK9A 5K14A 3VQ4A 3DLEA 4FJLA 3LPUA 4IDKA 1RT4A 5HROA 4O0JA 3AO5A 3QNOA 1A5WA 4CE9A 2G8HA 3KKRA 3ZT0A 4CHYA 3SV4A 4CJWA 4R5PA 4JS5A 1ASUA 4DLGA 4AILC 5J2PA 3K58A 1S6PA 1N6QA 2ATQA 4FJHA 4DQRA 3AVIA 4OLBA 2IOCA 1S5JA 4CJTA 3RMDA 1SL2A 4FJMA 2G8IA 1L5UA 4N41A 1Q9XA 3MECA 4BWJA 3T3FA 2B5JA 3HVRA 4FK2A 3SYZA 3TWHA 4BDYA 2E6LA 1D9DA 1X9WA 1FKPA 3VQBA 2FBTA 4KTQA 4CIEA 3LWLA 3ISNC 1XHZA 4BE2A 4FJNA 2OPPA 4OPJA 3QEXA 4EZ6A 1JLCA 3TAQA 4AHCA 1JXEA 5FDLA 2G8UA 3JSMA 1BL3A 4DU1A 4Z4IA 3DRSA 3SPZA 4J2EA 1U4BA 4UQGA 3MXIA 4CJ4A 4OLAA 3L2UA 1BIUA 2KZMA 4MFBA 4CFBA 4BDZA 3OYIA 5CZ1A 4HUEA 2Q3SA 4Y1DA 4DWIA 1HNIA 3CM5A 4E7IA 4FW2A 1TKDA 2IGIA 5FROA 4FJ7A 1JLEA 1UA1A 4ICLA 4JLHA 3VA3A 4B8CA 3KLFA 3DI6A 4FJJA 3VQ8A 4M3UA 4CEQA 4BWMA 4ID5A 3KK3A 3RMAA 2X6SA 4J2DA 2HVIA 1C0UA 4FLYA 3B6OA 3OYNA 1IKWA 1HQEA 4CEDA 2G8VA 4B9NA 5KRTA 3M8SA 2D0BA 3CG7A 4W5TA 3PX6A 1NK4A 4HCBA 1LAVA 3AA3A 3WNFA 3NAEA 4DSFA 3KTQA 4LH5A 4DSEA 2YKNA 3IG1A 3BDPA 3VQEA 4E1NA 1WSEA 5CYMA 5I3UA 1QSYA 1QQCA 3VQDA 1G15A 1KVBA 3QIPA 4DU3A 1LAWA 1L3VA 3IAYA 4J2AA 3KD5E 1U45A 1TV6A 3QO9A 4CJLA 1C1AA 3OS0A 3OYKA 1IG9A 3NH2A 4F3TA 1RCHA 5J2MA 3TANA 4CJRA 3PV8A 3K5NA 3SV3A 3V9UA 1RBVA 3RMCA 4RW4A 4Y1CA 1RDCA 3DLBA 3OYMA 3SQ4A 2AJQA 4W5NA 4DQIA 1WN7A 3P83D 1NK7A 2QKBA 3U3YA 4KFBA 4B9SA 3AV9A 1RDAA 1T7PA 1C6VA 1RT1A 3BGRA 4H4MA 5FRNA 3DOLA 4OPKA 5DK5A 3OJUA 3PX0A 3QERA 1B92A 4QAGA 4CFDA 2P1JA 4IG0A 4CJFA 2EHGA 4Z4CA 3SUQA 4LSLA 3DOKA 2FBXA 3NF7A 5E41A 3MAQA 3HO1A 4CECA 2HHUA 3VQPA 2GBZA 1S6QA 4J2BA 1DTTA 2XHBA 1VSDA 1NK8A 4FJXA 1TGOA 3V1QA 1J5OA 3OYEA 1IO2A 1RNHA 3HT3A 4DSJA 3KLEA 2HHVA 3V81A 3I0SA 4CERA 4CHZA 5C42A 3NGIA 4KAZA 1JL1A 1TAQA 1NK6A 2YNHA 1KRPA 1BCOA 1Q9YA 2HB5A 4L8RB 1IKYA 4F2RA 3LALA 2OZSA 4CGIA 1RBSA 3OYLA 1NKCA 4O5BA 4FM1A 4DTSA 4CF9A 4W5RA 4NCGA 3AA4A 1TKTA 2DFHA 5HBMA 4M3RA 4CEBA 3NCIA 4JS4A 1ASVA 3DRPA 1I39A 1RTDA 3HJFA 1S1VA 3RRHA 4PA1A 2DTUA 2RN2A 4W5OA 3S3NA 3SZ2A 2VG6A 2ETJA 1KFDA 3IRXA 3QESA 3TABA 4FZYA 4KHSA 4Q0BA 3HP6A 4FJKA 4M3WA 2YKMA 1SKRA 1S9GA 1WSJA 1QTMA 1QE1A 3VA0A 5SZTA 4OGEA 3NHGA 1RTIA 1VSHA 3KLIA 3VQ5A 4W5QA 4CJ3A 3ZSRA 2YNIA 5SWMA 3DLHA 3AO1A 4RW8A 1RT7A 3ZSQA 1FXXA 3K2PA 2P51A 4CEEA 3I8DA 3MEGA 4KKOA 1HQUA 1DTQA 1KTQA 1VSLA 4CEAA 4Z4HA 4DLEA 1QHTA 3EY1A 1WSHA 4KHUA 3HXMA 1NK5A 1BI4A 1ITGA 4M3YA 3K5MA 3QETA 1BQMA 2OPRA 1CXUA 2Z1JA 3AVCA 3L2WA 2RPIA 4I9LA 4B9VA 3E01A 2OA8A 4PUOA 2OPQA 4HCCA 3SJJA 3LP0A 3M8RA 4E3SA 1JKHA 3U6FA 3AVKA 3O3HA 3SUNA 1CZ9A 2IAJA 4CHOA 3FFIA 1IKVA 3L2RA 4DTUA 3OYHA 4DU4A 2E4LA 1SL1A 2X74A 3ZSZA 4FJIA 1VSEA 1O1WA 3V9WA 1NJZA 1SKWA 3EZ5A 4TSXA 2KZZA 1TAUA 1C0TA 2NUBA 3RRGA 3SUPA 3PO5A 3VQCA 2XY5A 4B9LA 3QNNA 2B4JA 3NGYA 2KQ2A 1RILA 3ALYA 3OS1A 2WONA 3DRRA 3CQ8A 1UA0A 1S9EA 2D0CA 2GV9A 3IS9A 4OGCA 1GOAA 4RW6A 4CF1A 1RT3A 4FZZA 2PY5A 2QK9A 4CHNA 1XC9A 1N5YA 2ITGA 1TL1A 1HYZA 4DQSA 1WNSA 5KGXA 3NGZA 1NOYA 4DG1A 1ZYQA 2XY8A 1XHXA 3NE6A 1TK0A 1KCFA 1VSMA 3HPGA 3P1GA 4I7FA 1FK9A 3CYMA 4AHTA 1VSIA 4FM2A 2QKKA 4M45A 4F2SA 1RTHA 2HHWA 3OYAA 4RW7A 4NYNA 1FKOA 3F9KA 4E89A 3ZT2A 2YHBA 4CJPA 3HPOA 4DS5A 1WAJA 1Y97A 4C8MA 1KLNA 4KB1A 1D5AA 4JRQA 5HRSA 2VWJA 1RTJA 3LZJA 3OYGA 2OYQA 4CK3A 2YHAA 4NCBA 3VQ6A 3V9ZA 4B9MA 1HYVA 3JYTA 2I5JA 2YNFA 3K57A 4E7JA 4DF8A 4N76A 4KRFA 1S1XA 2F8TA 4DS4A 3ZT4A 4DTRA 1X9SA 4PQUA 4BE0A 1X9MA 1JLGA 2HHXA 1VSJA 4KV8A 4YFUA 4E1MA 3C6UA 5CYQA 3HL8A 4DSKA 4K8XA 2RKIA 2X6NA 3RWUA 4GW6A 3WNEA 3OYDA 3SQ0A 3T19A 2BANA 2DFEA 3ASMA 3ZSVA 4KHNA 4FK4A 1U47A 1WSGA 1JLQA 2OZMA 1Z26A 2Z1HA 1S1WA 4XIUA 1SUQA 2Z1IA 4CIGA 1LW2A 3C94A 4I2PA 3QLHA 1RDBA 2D0AA 4H8KA 3V1OA 4N5SA 3O3FA 2A1SA 4KHWA 3WNGA 5C25A 4BDPA 1BI4B 3DLKA 3QEVA 2LSNA 1REVA 3UIQA 1LWCA 1JL2A 4Z4FA 2HVHA 1HNVA 1VSKA 3ZT1A 4CHQA 3HVTA 1BGXT 1RBRA 5CZ2A 1EP4A 1X1PA 4YNQA 3L2QA 3AVHA 1L3TA 5J2QA 1L3UA 3AO3A 4DF4A 3AA2A 2XO7A 3KLHA 1QSSA 3TAGA 2F8SA 1D8YA 4DSLA 3VQAA 5C24A 1VK0A 2Y1JA 3H08A 4IFYA 1YVUA 4OJRA 1EETA 4FM0A 4DQPA 4C8LA 1RT5A 3MEEA 3LP1A 3ZSYA 3K5LA 4FK0A 1WAFA 3V1RA 2O4GA 4CJQA 4E19A 3NH0A 4CGJA 3KLGA 1T03A 3VQ7A 2P5OA 1J54A 4CGGA 1Z25A 4O0IA 2VG7A 4DFPA 4ELVA 3NH1A 4F8RA 4PY5A 4EP5A 4DTJA 3DLRA 4LSNA 3AVJA 3AO2A 3TAMA 3NF9A 5J2NA 5D3GA 4DTOA 2DY4A 4IBNA 1BISA 3A2FA 4HUGA 3VQ9A 1BCMA 3NDKA 4HHTA 4KI6A 2R7YA 1R0AA 3AVLA 1RT6A 4ID1A 2RF2A 1RDDA 4ZHRA 3T1AA 3OYBA 1TKZA 3CFPA 3CFOA 3S3MA 3LP3A 4FXDA 4FW1A 4QCLA 4CF0A 4CK1A 4CJEA 1SKSA 1XI1A 3DMJA 3QINA 4C8KA 2KW4A 4KO0A 1NK0A 1C1BA 3ZSOA 3PY8A 3KD1E 4QOZB 3OVNA 4IG3A 3EYZA 3V9XA 3MXMA 4OKKA 4DTMA 1WSIA 3S9HA 5KTQA 4FLUA 5HRNA 4DTNA 3RR7A 1SV5A 4KI4A 4IKFA 4M41A 4KHQA 1JLAA 3HPHA 4KTWA 4CIFA 4KHYA 5CY4A 2HMIA 4ELTA 4DFKA 1ZBIA 4CK2A 3HK2A 1LWEA 4N56A 5J1EA 3D0PA 2VWKA 4AHSA 1TK8A 3AVMA 2IS3A 1UAXA 2YV0X 3OJSA 2FC0A 2IDOA 4B08A 3KIOA 2PZSA 1UWBA 3OYCA 3OYFA 2PYLA 1U04A 1JLFA 5HRRA 4I9QA 4CFCA 1T8EA 4Z4EA 1GOBA 4FLXA 1VRUA 4RW9A 4KB0A 3C95A 2KTQA 4F4KA 1C1CA 3L3UA 4OKJA 1RBTA 4CF2A 2DFFA 1ZBLA 4LY7A 1EX4A 4FLWA 4M3XA 4DQQA 1HRHA 4MQ3A 1KVAA 3AO4A 2FBVA 3AA5X 3OY9A 1TL3A 4C8NA 1CXQA 2B6AA 4FJ5A 4O44A 1ZBHA 1BHLA 3NFAA 3AVAA 1EKEA 3L3VA 4NCAA 3AVNA 3NF8A 2KFNA 2EX3A 2YNGA 3U3GA 5HP1A 2E6MA 4NYFA 2XRIA 4FLVA 4JRPA 3LPTA 2FBYA 3ITHA 2P5GA 4CEZA 4DSIA 2HHTA 3HYFA 3ULDA 4CEFA 4DFMA 1KFSA 4FJ8A 1QSLA 4CJSA 3RMBA 3TARA 4GVMA 1U49A 3G10A 3PX4A 1S1TA 1ZBUA 3LP2A 3P5JA 1EXQA 2ZE2A 4ELUA 5HRPA 4O55A 4AHUA 3V4IA 4AH9A 4FJGA 2W42A 1WSFA 3TR8A 4CGHA 3O4NA 4HTUA 1JLBA 4AHRA 4ZTJA 1TVRA 3DM2A 1B9FA 1LWFA 4Z0UA 4Q5VA 4CGFA 3HM9A 3RR8A 4B3OA 2G8WA 4DMNA 1HYSA 1J9AA 1T05A 4FLTA 1ASWA 1KSPA 2PYJA 1XWLA 3NBPA 1KVCA 4M42A 1NKEA 3KK1A 3KKSA 4KREA 1YTUA 3I0RA 2BGGA 1CZBA 4ZTFA 3TAFA 4C8OA 1D9FA 4FYDA 2ZD1A 3ZT3A 4H4OA 1BIZA 1B9DA 4DTPA 1BQNA 4FJ9A 4DTXA 3B6PA 2BE2A 1UOCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IKXA 4JKGA 3AVFA 3QEPA 5JS1A 1NGFA 3L8BA 1NKBA 2KFZA 2O8DA 5AZJA 4PHTX 4MLEA 1NNEA 4H0YB 5KRSA 2GUIA 4E0DA 4FVUA 1YUWA 3K59A 1T6CA 1F21A 4BACA 3CPEA 2UYTA 5AQXA 2NZTA 2E2QA 3M8PA 4CJUA 2HW3A 5BREA 1QQMA 3W3DA 1NGJA 5EU7A 3SQ2A 1VQMN 4JEPA 1SS6A 1HPMA 3U9DA 1YTAA 4IFVA 4G1QA 1N8RO 1K6YA 5LL6Z 3QEIA 1RBUA 2P9KB 3TI0A 1NGAA 2HNDA 3O3GA 3SCXA 1VQ7N 4KPYA 4BR7A 3DLGA 3V9SA 1CLQA 3NF6A 1VQ4N 1TKXA 1M90O 4FCYA 1IBLK 4PWDA 1VQNN 2IIRA 3CM6A 2O4IA 1YAGA 1TK5A 3I56N 5C2DA 4JAXA 3J7AP 3VQ4A 4IDKA 3VGMA 4FWSA 1BO5O 3CXCM 1P8ZA 3AO5A 3QNOA 1FW6A 4CE9A 5M1NA 3WXLA 4CJWA 4DLGA 1N6QA 3CCRN 2ATQA 4XH4A 5AZIA 3J8AA 1L5UA 4HTLA 3T3FA 1QZ5A 3HVRA 4WFNL 5HL7L 3SYZA 1D9DA 2F7TA 1JCGA 2KLAA 2YJFA 4CIEA 2HMPA 1KQSM 4EZ6A 1JLCA 2QWOA 1JXEA 2G8UA 3JSMA 4QS8A 4C1NK 1DT9A 1P90A 2QWNA 5AQGA 1OVYA 3SPZA 1U4BA 1N32K 2NRXA 3JAMO 2IVOA 4CFBA 4BDZA 4DUZK 4JHDA 4Y1DA 4DWIA 4CZLA 4H5RA 4ICLA 4JLHA 4B8CA 3KLFA 4FJJA 2V51B 5FPMA 3RMAA 3E9LA 2X6SA 4RTFD 3TSUA 1HQEA 2G8VA 4B9NA 3CG7A 4W5TA 1BOTO 3IFRA 4HCBA 4DSFA 4CBWA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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