The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
114
|
structure length |
114
|
Chain Sequence |
YITDMSIEEISREWYMLMPRQKITGGLMVKMDQAIMDKRITLKANFSVLFDQLETLVSLRAFTDDGAIVAEISPIPSMPGHSTEDVKNAIGILIGGLEWNDNSIRASENIQRFA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Transient Homotypic Interaction Model for the Influenza A Virus NS1 Protein Effector Domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Influenza a virus
|
| molecule keywords |
Non-structural protein 1
|
| total genus |
30
|
| structure length |
114
|
| sequence length |
114
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-08-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3L4Q A; 3P39 A; 3D6R A; 3O9T A; 3O9Q A; 3F5T A; 4OPA A; 3M5R A; 3KWI A; 4OPH A; 3EE8 A; 2KKZ A; 3O9U A; 2RHK A; 3KWG A; 3O9S A; 3O9R A; 3EE9 A; 3OA9 A; 3P38 A; 3RVC A; 3P31 A; 2GX9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3K5M A; 4DLG A; 4H0Y B; 2GBZ A; 3IAY A; 4ELV A; 3LL3 A; 1N33 K; 1NJX A; 5FPE A; 3RMB A; 1A5W A; 3C65 A; 3H3N O; 4W5Q A; 1JLQ A; 2E1Y A; 4YOY A; 3OYH A; 1NJI O; 2BDP A; 2OZM A; 3TAR A; 3L4I A; 4MDB A; 1HPM A; 1KLN A; 3VQQ A; 4KHQ A; 2P9K B; 4DTU A; 3PIP L; 4DLE A; 3V81 A; 3NHG A; 4K8Z A; 3MDQ A; 3QEX A; 1GOA A; 4FK2 A; 5CZ1 A; 2CGJ A; 1GLC G; 1X9M A; 4PUO A; 3RTV A; 3TSU A; 2EX3 A; 4XEI A; 4CES A; 3O3H A; 3L2Q A; 2GEL A; 4C1N I; 2Q36 A; 1NMN A; 5LMN K; 2AJQ A; 2HHT A; 4B1Z A; 4BC4 A; 4CD1 A; 5F0X A; 4CD3 A; 1JLF A; 1BDG A; 3KLE A; 4JYA K; 4CHY A; 2D0C A; 5EXW A; 2G8V A; 4DR4 K; 3PY8 A; 4Z4H A; 5HP1 A; 4CGG A; 4DTS A; 4AF1 A; 4KHS A; 3RR7 A; 3A8Y A; 3MXM A; 3DWL A; 3V1O A; 1S22 A; 3KKR A; 3EL2 A; 2Y1I A; 2FF3 B; 2GTD A; 3J8A A; 3PO4 A; 1VQ8 N; 4CVN E; 3THX B; 4CFB A; 1UAX A; 3WQU A; 3ITH A; 2XHB A; 4FLY A; 1XHZ A; 4CBU A; 3HPO A; 1E3M A; 4LF8 K; 5AQQ A; 1J6Z A; 1RTD A; 5E26 A; 2A1R A; 4GV6 A; 2G8W A; 4AHS A; 1T3V A; 3A5O C; 2IDO A; 4FWN A; 3VET A; 3AAP A; 1QTM A; 3TPQ A; 4IDH A; 3ZEU B; 3PO5 A; 3UB5 A; 5H1S Q; 1BIU A; 2OPQ A; 2W6L A; 4JK9 A; 3LDO A; 3SBT A; 4YDU A; 4H5R A; 3AAQ A; 5AQL A; 4K0K K; 4KH4 A; 3SQ4 A; 4FJK A; 1KVA A; 1YJN N; 2PFU A; 3THV A; 1EX4 A; 2PYJ A; 1CXQ A; 2P5O A; 1QE1 A; 4M3T A; 1BHL A; 2E5L K; 1KD1 O; 2ZJQ L; 2F8S A; 4CK1 A; 2O8F A; 1Q8I A; 1C0M A; 4H8K A; 4M3X A; 3O08 A; 1D8Y A; 1KRP A; 4NYF A; 5FRN A; 3AA3 A; 4CIF A; 3V9Z A; 1TYQ A; 3MWP A; 3SZ2 A; 1EP4 A; 3VEY A; 1DT9 A; 2W40 A; 3VQ5 A; 3KVG A; 4DQR A; 4LSL A; 3VTH A; 3KLH A; 3EZW A; 4PKG A; 2EWS A; 1X3N A; 1KQS M; 2XY8 A; 4BRH A; 4CJP A; 2YNH A; 2P9L B; 4DV4 K; 1YJW N; 2UUB K; 3AY9 A; 3QIN A; 4W5O A; 1RT4 A; 4OPH A; 3THY A; 3S3M A; 2OPS A; 1VSM A; 4C8N A; 4JKG B; 4CI6 A; 2G8I A; 2ZGZ A; 5KQD A; 4EIA A; 1WSI A; 3OYG A; 4G1Q A; 2HVH A; 3MN6 A; 4BRN A; 3CFO A; 4O4G A; 4Z4F A; 3B6P A; 1HR0 K; 1K6Y A; 2Z1J A; 2UXB K; 4B1U B; 3I8B A; 3C6T A; 4E0D A; 3MWT A; 2YNF A; 4WQ4 C; 1MA9 B; 1XNQ K; 1DTQ A; 1RDD A; 1Q18 A; 1BIZ A; 1C6V A; 3HST B; 3VQA A; 3O9U A; 4IO9 L; 3LM9 A; 1K73 O; 5C25 A; 1OH5 A; 2XRI A; 3VEX A; 4FWS A; 2NRX A; 4NLB A; 5KRS A; 3ZSO A; 5A2Q O; 1NGD A; 2O8E B; 3OYI A; 4GMJ B; 3CMA N; 2HST A; 2HOE A; 5GIP A; 3KLG A; 2QXF A; 1TVR A; 3AVF A; 3ZT3 A; 1RT5 A; 1JKH A; 3UKU B; 3QES A; 3L3U A; 1YAG A; 2Q2R A; 2LSN A; 3WXK A; 3U9Z A; 1KAZ A; 1FKP A; 1VSK A; 3SQ2 A; 4GKK K; 4BVO A; 3OA9 A; 3VA0 A; 3RVC A; 4M3Y A; 2E2N A; 3P31 A; 4FWP A; 3ZX0 A; 4BRE A; 2RKI A; 3G6E N; 4DKW A; 2OPP A; 1WOQ A; 1WSE A; 3EKU A; 4DSL A; 4AHV A; 2ZWH A; 3CC2 N; 5DK5 A; 1OVY A; 2X74 A; 3D7E O; 4CHZ A; 1KFS A; 3H08 A; 3WEE B; 1JLG A; 3VF2 A; 4I2P A; 2E8A A; 5AQU A; 5KGX A; 1Q86 O; 4AIL C; 2OTJ N; 1NM1 A; 2RE2 A; 4OLA A; 1D4X A; 1Q9Y A; 3SMS A; 1NKE A; 2QKB A; 2F96 A; 2E4L A; 1KVB A; 3KD5 E; 4RW9 A; 5AQW A; 2JGU A; 5CHI A; 3I33 A; 1HNW K; 4DCH A; 4H5V A; 4LFA K; 4KH5 A; 3THW A; 1SL0 A; 4OO1 J; 5KPR A; 3SYZ A; 4KB1 A; 3VER A; 1Q7Y O; 4CW7 B; 4DU4 A; 2VWB A; 3WXL A; 4YOT A; 4QS9 A; 3A5M C; 1J9A A; 1S1T A; 5JMV A; 1SS6 A; 2DFF A; 1QSL A; 1NG9 A; 4NCG A; 3SAG A; 4F3O A; 2VG5 A; 3AGK A; 4BWJ A; 4H0O A; 2A3Z A; 3VEN A; 5GAE P; 5E41 A; 2A41 A; 4H5T A; 5BPN A; 1TKT A; 4KHU A; 1OKJ A; 3OBW A; 2Q31 A; 3SBG A; 1DLO A; 2E88 A; 4E1M A; 5KGW A; 4B9M A; 1IKV A; 4FWR A; 3ZLJ A; 1IKY A; 4BQZ A; 3MCA B; 4BWM A; 1KC8 O; 4OJR A; 4JK8 A; 1BI4 B; 3CQX A; 4FLT A; 2QWP A; 4YOW A; 1VQP N; 1K8K B; 1U47 A; 1NGJ A; 3AVB A; 3QML A; 4YOX A; 4IOX A; 5IT9 O; 3R3L A; 1YT3 A; 2Q0R A; 2A6A A; 4DQ8 A; 1TKX A; 1NGH A; 4FVM A; 3QER A; 2CH6 A; 1C0U A; 5C12 A; 3B6O A; 1BA0 A; 5LJW A; 5C24 A; 4FJX A; 5AQJ A; 1RNH A; 3NF8 A; 1UA0 A; 3VEZ A; 2FSN A; 3ISN C; 3F73 A; 4JS4 A; 1NGB A; 3EO3 A; 3HT3 A; 1Q9X A; 1IV0 A; 4JRP A; 4OKK A; 1IBL K; 2HMP A; 1HMV A; 1SAZ A; 3ULE B; 4CER A; 4Z4E A; 1NOZ A; 3O9R A; 3A5L C; 3DLH A; 5HLF A; 5ADX H; 1HQU A; 2P5G A; 5T7B A; 3O3F A; 4CZK A; 1QVG M; 4JI2 K; 3CCM N; 1LW2 A; 1BGX T; 4BRF A; 4E89 A; 1VRT A; 3SUO A; 3AVI A; 3CD6 N; 1HLU A; 4CHP A; 3DRP A; 3VF6 A; 1S1W A; 4FWM A; 3QIC A; 3H1Q A; 1NK4 A; 4GV3 A; 3SQ0 A; 3LDN A; 4FOE A; 1RBR A; 3V9U A; 4BR5 A; 3G10 A; 2D0O A; 4K41 A; 2F9W A; 4BR7 A; 1HNZ K; 4DR3 K; 1SUQ A; 4M41 A; 3RMA A; 4IFV A; 3DLL L; 2KZZ A; 3KZB A; 4JKC A; 5CYQ A; 4F3T A; 1XC3 A; 1K9M O; 4KFB A; 4RW7 A; 4K8X A; 4GKJ K; 2DPN A; 3CME N; 2WON A; 1GLF O; 4Q5V A; 3VGL A; 1ATN A; 3NF6 A; 3T1Y K; 1ASW A; 3VQ9 A; 4AM7 A; 3NGZ A; 4DV3 K; 1ZBL A; 4LF5 K; 1GLE G; 4RG8 A; 4IO8 A; 4DV2 K; 4FSV A; 4HUE A; 4NLC A; 3HYF A; 4MO5 A; 4FL9 A; 1Z26 A; 4QS7 A; 4LF6 K; 3K57 A; 2ZJP L; 4FCY A; 3H3O B; 4LH4 A; 2F7T A; 4ID1 A; 3KKS A; 5DMR A; 3CC4 N; 4FLU A; 3ID6 A; 4EHT A; 1SV5 A; 1ZYQ A; 5AQR A; 4F2R A; 1RT7 A; 1XHX A; 2P51 A; 3TTD A; 2DFH A; 4J8F A; 4BRC A; 2P9N A; 4FPA A; 3OS0 A; 1HNX K; 3DLK A; 1RDB A; 5TKY A; 4WFN L; 5DM7 L; 5B8H A; 4FLW A; 1ATS A; 3AA2 A; 5AQF A; 2CGK A; 2O8C A; 1G99 A; 1RT1 A; 5FLX O; 5M1Q A; 3NVM A; 2FBV A; 3F9M A; 4NXM K; 3ENO A; 2QW9 A; 4JS5 A; 4OPK A; 3OYM A; 3MEE A; 4Z4G A; 3WNE A; 3LM2 A; 4FJJ A; 3K9J A; 4B3T K; 4GVE A; 2NLX A; 1NKB A; 3OYN A; 4B9N A; 3S3N A; 4O5F A; 4FJL A; 5AZJ B; 4LFC K; 4XH1 A; 3CFP A; 2HNY A; 3MAQ A; 1KLM A; 3L3V A; 3NH2 A; 1L3T A; 3KK7 A; 1Z6R A; 3D2F B; 4DR5 K; 4F4K A; 2HHQ A; 1RDW X; 3VEW A; 4H03 B; 1IO2 A; 3CJB A; 4A57 A; 3VQ6 A; 5AQV A; 1R59 O; 2QWO A; 3FR0 A; 3K58 A; 3B8A X; 4I7F A; 3DXM B; 4WYB A; 5C2F A; 3HM8 A; 3V6D A; 1U4B A; 1YF5 L; 4CEC A; 2OTL N; 3CJA A; 4BC3 A; 3NDK A; 5CYM A; 1I3A A; 3AVC A; 3C7N A; 3V1Q A; 1WNS A; 4FWK A; 3O1W A; 4WFB L; 4KV8 A; 5J2N A; 3OBY A; 3Q7C A; 3UKR A; 1V4S A; 4CEA A; 2YHB A; 3QIP A; 5AQT A; 4Y1D A; 3T69 A; 2OPR A; 4C8K A; 4IG3 A; 5KRT A; 5SZT A; 2UXC K; 5GAG P; 1BO5 O; 1WAJ A; 3QFU A; 1HKC A; 4YHH K; 1IBM K; 1QQO A; 5GAH P; 1WSH A; 1SL1 A; 1WSF A; 5EY4 A; 3MN5 A; 3NE6 A; 3U4L A; 1MDU B; 4AHC A; 3L2W A; 3L0Q A; 1FKO A; 4X66 K; 3LDQ A; 3QO9 A; 1BQN A; 3PSF A; 4L8R B; 3NH1 A; 4RCH A; 2A5X A; 4WE1 A; 4EAH D; 4UQG A; 3CYM A; 3P83 D; 2UYT A; 4JHD B; 2HMI A; 3RSE B; 4KHW A; 3RWU A; 3DXK A; 4C8M A; 3OVN A; 3FZM A; 1BCM A; 4B3S K; 3G25 A; 2FBX A; 2X78 A; 3JYT A; 2YI1 A; 3QEW A; 4DS4 A; 4CZF A; 1YVN A; 4FWL A; 1JXE A; 3HSC A; 3J7Y P; 3DI6 A; 4DV5 K; 5CZ2 A; 1FW6 A; 4DFJ A; 4CEB A; 4AHT A; 1RGI A; 4E1J A; 2IOC A; 1BWF O; 1J5E K; 3CM6 A; 4JAX A; 3KLI A; 4DUZ K; 1GLB G; 3OYK A; 2E2O A; 4HUF A; 1IBK K; 2UU9 K; 1WUA A; 4WF9 L; 4KI4 A; 2QWN A; 1YVU A; 4JD2 B; 4IFE A; 4BE1 A; 3OYD A; 4CZH A; 1TKD A; 4E3S A; 5BRH A; 4WQ5 C; 4M42 A; 3AVK A; 3WXM B; 4BDP A; 4CFA A; 3AA4 A; 4E19 A; 3JS6 A; 3CJC A; 1ZBS A; 1E4G T; 1HQE A; 2NRH A; 3DLR A; 4JKD A; 1T05 A; 3DM2 A; 3M6G A; 4EZ9 A; 5HBM A; 3MCP A; 3VPZ A; 3M3Z A; 3IMX A; 4BRQ A; 2VYP A; 2D1K A; 3TAM A; 1Q82 O; 4CGJ A; 1U2V A; 2Q97 A; 4AHR A; 4DF4 A; 1SQK A; 4YNQ A; 4JKA A; 2ASP A; 5BRE A; 2QA4 N; 1NMD A; 1RBU A; 3MED A; 3M8Q A; 4BGA A; 1L3U A; 3WNH A; 3ZSW A; 2NRV A; 3RR8 A; 2HF4 A; 3MEC A; 4DV6 K; 3PX6 A; 4A5A A; 2WTU A; 3EYZ A; 3CCS N; 4Z94 A; 1QHT A; 4DV0 K; 2VGM A; 1MWK A; 4BR0 A; 2I7P A; 1TKZ A; 1SKS A; 4RW6 A; 3ZEU A; 1NU0 A; 4FWQ A; 1JXB A; 1KTQ A; 3HXM A; 5JLF A; 1NNE A; 1TV6 A; 4JI8 K; 1ZBU A; 3VQP A; 4CJE A; 4PQU A; 1CZ9 A; 2IVN A; 1RBV A; 5M1N A; 2BTF A; 2GUI A; 1IG8 A; 4BRD A; 4X62 K; 4PL7 A; 1DEJ A; 5EVZ A; 3K0S A; 1I94 K; 2G8U A; 4FJN A; 2YJF A; 3LP2 A; 3O6W A; 5EU7 A; 3NH0 A; 3LP0 A; 4Y1C A; 1KFD A; 4CJL A; 4B1X B; 1J5O A; 3CET A; 1NJW A; 2E20 A; 2RF2 A; 4ISG A; 1DTT A; 4PKI A; 4BRI A; 4LD0 A; 2G8F A; 3MN9 A; 3ZET A; 4BR9 A; 1N36 K; 2IIR A; 4DV7 K; 2F8T A; 4Q0B A; 1QSY A; 3HPH A; 3IKM A; 1VSJ A; 4FYD A; 3EZ5 A; 4CGF A; 3OTO K; 3I8D A; 3ATV A; 3OS1 A; 2QKK A; 3CHW A; 3R6M A; 4FW2 A; 2ATQ A; 5LMU K; 4OKE A; 1W0H A; 5AQS A; 2P9L A; 4WQ4 A; 2ZQB A; 4OKJ A; 2RHK A; 4HCC A; 1RDA A; 1EO1 A; 1BQM A; 1N32 K; 3H46 O; 4E7L A; 1VQ7 N; 4B9S A; 3E1Y A; 2RN2 A; 1IKW A; 1HX1 A; 1RT6 A; 1TUU A; 1JCG A; 4BG9 A; 5LY3 A; 1X9J A; 2UUA K; 3O4W A; 5J2P A; 4ID5 A; 3FZL A; 4JKG A; 3E66 A; 1C0G A; 4B1V A; 2QTD A; 2OCE A; 4DG1 A; 3O9T A; 1HYV A; 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3AAR A; 1JLB A; 2KW4 A; 2QWL A; 1XMQ K; 2PZS A; 1W97 L; 1CZB A; 3LAL A; 3AVA A; 1W2B M; 2V51 B; 4DWI A; 3ZT4 A; 4NB4 A; 3HL8 A; 1U6Z A; 1S1V A; 4U67 L; 1A5X A; 3T1A A; 4JNE A; 3WQT A; 5M1P A; 4CJ5 A; 4CE9 A; 4I9Q A; 1WSJ A; 4AH9 A; 3P1G A; 4JEP A; 1U49 A; 4DR6 K; 3TU5 A; 4ISE A; 4BAC A; 4BRO A; 1P90 A; 4IOA L; 1RT2 A; 2YNG A; 1B92 A; 4J2E A; 3QBW A; 2AP1 A; 3AV9 A; 5JS1 A; 1TAU A; 2RPI A; 4DTX A; 1L5U A; 1NK9 A; 2VG7 A; 5EOY A; 4NCA A; 4O0J A; 4QAG A; 3SPY A; 4E1N A; 3O4Q A; 4CGH A; 3ZSZ A; 3ZCM A; 4B9T A; 3W3D A; 4CFC A; 4A2B A; 1YJ9 N; 1KVC A; 3NVK A; 3A5N C; 1JCF A; 1BI4 A; 3QEV A; 3G71 N; 4ELU A; 2G8K A; 4IDK A; 3P4I A; 3NGI A; 2CH5 A; 2ZD1 A; 4MLE A; 5F1X A; 1RTI A; 4B1W B; 3SJJ A; 3HJF A; 1RFQ A; 3A2F A; 3SUQ A; 2IS3 A; 3CF5 L; 3ZT2 A; 1WBB A; 2BH1 A; 5BR9 A; 4DV1 K; 3AVG A; 2XY7 A; 2HHU A; 4KH6 A; 2KHO A; 2GWJ A; 2VQE K; 3ZT0 A; 1QHA A; 3VES A; 3L2V A; 4DFK A; 4YOV A; 3OJU A; 3NF7 A; 3ULE A; 5HRP A; 4DTN A; 3L8B A; 4A2A A; 3LZJ A; 1S6Q A; 3WT0 A; 1SKW A; 1E4F T; 1EXQ A; 2YHA A; 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