3OA9A

Effector domain of influenza a/duck/albany/76 ns1
Total Genus 30
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
30
sequence length
114
structure length
114
Chain Sequence
YITDMSIEEISREWYMLMPRQKITGGLMVKMDQAIMDKRITLKANFSVLFDQLETLVSLRAFTDDGAIVAEISPIPSMPGHSTEDVKNAIGILIGGLEWNDNSIRASENIQRFA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Non-structural protein 1
publication title A Transient Homotypic Interaction Model for the Influenza A Virus NS1 Protein Effector Domain.
pubmed doi rcsb
source organism Influenza a virus
molecule tags Viral protein
total genus 30
structure length 114
sequence length 114
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-05
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.330 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3oa9A00
3O9QA 3O9RA 3M5RA 3D6RA 4OPHA 3P38A 3O9UA 3L4QA 3EE9A 4OPAA 3OA9A 2GX9A 3O9TA 3KWIA 2RHKA 3F5TA 3KWGA 3RVCA 3P31A 3P39A 3EE8A 3O9SA 2KKZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IVOA 1YF5L 4ILJA 4KKOA 1K9MO 1KAXA 4RW7A 3ZYYX 1HQEA 3HBTA 4LSLA 5AR0A 4R79A 3JSMA 4M3RA 1RBVA 3HRGA 4FK0A 4K8ZA 4DV4K 4CEAA 3CCLN 3AA2A 2YKNA 4DU1A 4J2BA 3BEXA 4BVPA 4ELVA 2ZF5O 1QHAA 1L3TA 3P31A 4XEIA 1HKCA 3LP1A 4HVJA 1QVFM 2HNDA 2QXFA 3SJJA 4B1VA 3K2PA 5CZ2A 1RNHA 4C1NK 3QEWA 1ATNA 2UUCK 4RWTA 1RBRA 5J2MA 2HHHK 4FLUA 3SUOA 3R3LA 4CJ3A 4H0PA 4OPAA 4AHRA 1J5OA 3WXMB 3CC2N 2HHQA 4AF1A 4CBUA 1EX4A 1HQUA 3F73A 4H4MA 4Z4HA 5D3GA 1HKBA 3IRXA 4UQGA 4K25A 1NK4A 2G8IA 4DF8A 3T3FA 3OYMA 2ZJPL 1GLAG 4NCGA 3L4QA 1TYQA 3THWA 4KHYA 2KZMA 2YJEA 2VWKA 5GIOA 4BQLA 2YHBA 5M1QA 4PKHA 3VPZA 3BZKA 4FJ9A 4BR5A 2FC0A 5C10A 3LDSA 2HBLA 4Y1DA 1OH7A 5C24A 2NRXA 3QNNA 3DXMA 3VGKA 3SBTA 1NJIO 4CGGA 4A2BA 2HBKA 4PL7A 2E1YA 2IVPA 5LY3A 1RBUA 1WSJA 1C6VA 1U48A 2GTDA 4FWLA 1TL3A 5BR9A 3IFRA 3TWHA 3LL3A 4DG1A 1OKJA 1R0AA 4M3TA 2E88A 2VGNA 2XHBA 2OZSA 5BN8A 3LP3A 2QK9A 2YNFA 4H5NA 4KHNA 3MWPA 3AGRA 4WQ5C 3RTVA 1BWFO 4BG9A 2G8UA 4IEEA 3L2WA 3NF7A 2UXCK 4AHVA 2E1ZA 4H0OA 4EHTA 3QBWA 3ZSZA 4AHSA 4JI1K 2FF6A 2LSNA 1ILYA 4K8XA 4DTXA 4H0VB 1JL1A 5CYQA 4DTMA 2YNIA 4DTRA 4N76A 1JXBA 3KLGA 1WAFA 2EHGA 3ZX0A 5AQHA 4NLCA 2O8EA 1RTHA 1BOTO 3LM9A 3M6GA 4ZHRA 3O3HA 2G8VA 1RT3A 3MN9A 2YCHA 5KGWA 3VTIA 3AVCA 4MQ3A 1C0UA 3HSCA 5IWAK 2YI1A 4CF8A 3NMUA 5CYMA 4PKGA 3CQYA 2P5GA 3MN5A 2VQFK 2IIRA 3NF9A 2CGJA 1B9DA 2ZD1A 2O8EB 3LDOA 4E7HA 1SL2A 4GKKK 3ZT2A 1S3XA 3EY1A 4R5PA 5EY4A 4CI6A 4BRKA 4JRQA 3E01A 2FSNA 5KPZA 2D0PA 3CERA 3P83D 1OH6A 4PKIA 4XH1A 4FZXC 3K5NA 2E6LA 2HHVA 4FJNA 2UXDK 1FKOA 1KVAA 3QEXA 3G10A 3CXCM 5J2QA 1NG9A 4HUEA 3MMVA 4IKFA 3SQ1A 2E4LA 4O8UA 2WC9A 1GLCG 4E7KA 4OPJA 3C65A 3VQ7A 3C95A 3HYFA 3I33A 5AQIA 1TUUA 3NVKA 3AO2A 2OCEA 4YOYA 3CQ8A 1WSHA 4M3YA 4CZGA 1CZAN 3QFUA 3R8EA 2Q1NA 1TUYA 4X66K 5AQPA 3H1QA 5F0XA 4Y1CA 4F3OA 4BC5A 1RDBA 1TKZA 3TSPA 2RKIA 2FBVA 3HJFA 3L8BA 4Z0UA 3J8AA 5JLFA 1QTMA 4CZJA 4K0KK 3THXA 1VQ9N 1BI4A 3ITHA 3ZSOA 3TAEA 3OJUA 3CM5A 5BREA 3EKUA 1WSEA 3L0QA 1DKGD 1T7PA 5AQMA 1JCEA 1Q18A 3TAGA 4CJ5A 1HPZA 3I8DA 1U4BA 3BP8A 3AO4A 3K5OA 4EHUA 1LAWA 3D45A 3OYAA 3RR7A 1YITN 2PY5A 3THXB 1BI4B 1BHLA 3LDNA 2D5RA 1O13A 1QQMA 4KBOA 1IBLK 5HP1A 4B1ZA 4F3TA 3KTQA 4LF8K 4Z4FA 4KH4A 3OVNA 3HP9A 1IG9A 2HNYA 4O44A 4DQSA 3DLGA 4CJ4A 4CFBA 1C1BA 4CJUA 1Q86O 2RE2A 4OX9K 4M63C 3CIPA 3AO3A 3VQCA 2P9UA 4CZIA 3VETA 3ID6A 5AQRA 1NJXA 3DLHA 4JI4K 4A5BA 3OTOK 3VQ5A 4DHYA 3GE1A 5HRNA 4FOEA 1DEJA 1G15A 1ZBSA 3AO1A 4FJGA 3HL8A 4CIEA 5LMNK 3TR8A 2VG7A 3TAFA 2KFZA 4B9SA 3J7AP 1BO5O 1WSIA 4XIUA 1I94K 4PY5A 5AQGA 1NK5A 4DV5K 4L8RB 3F9KA 4CESA 1KLMA 1Q8IA 2P9UB 2DFFA 4H0XB 2UYTA 3VQPA 4ID5A 4CGDA 3DMJA 2OPSA 2AP1A 3TTDA 1EXQA 3LAKA 3GOIA 1CXUA 3C6TA 3E9PA 3TPQA 5HROA 4HCCA 4QS7A 1TV6A 3KWIA 3OYBA 5JVGL 1VQPN 4YDUA 3MXJA 1IH7A 3KWGA 4Z4CA 2PYJA 3HO1A 5KI6A 4JYAK 4B3TK 1QQCA 5M1OA 1KRPA 1JLEA 3SQ4A 3SPZA 1F21A 2Q0UA 2P51A 4IJNA 3J7YP 5SZTA 3GDQA 1P8ZA 3D2FA 4O0JA 4JK9A 3ASMA 4BRHA 3KLFA 3CPEA 3V9ZA 2QWLA 4FJMA 4EAHD 1TAQA 5C2DA 3OYCA 2BTFA 5BRDA 1VSEA 5C2FA 1DTTA 3VTHA 3N4QA 3CJ1A 3OBYA 3K5LA 4I2PA 3WNEA 4DSFA 4NXMK 1SKWA 3IMXA 5KPRA 3IKMA 4E89A 3O5BA 3EKSA 3A0IX 3DJCA 5CR4A 4DQIA 5AQWA 2X6SA 3BF3A 3D2FB 3HPHA 1QS4A 4MDBA 1FW6A 4H5TA 1EP4A 3VESA 3TU5A 2GBZA 3UB5A 1NM1A 4IXCA 4CJ7A 5KRSA 2KLAA 4FSVA 4CJPA 4JK7A 4OVLA 5J1EA 2P9LA 1DLOA 3VF4A 2WBNA 4FCYA 4I9LA 1YIJN 3CCSN 4FM0A 1GLEG 2IGIA 4BR7A 2QEXN 4DKWA 1BIZA 4JI8K 3W0LA 3GL1A 3ENBA 3LZIA 3NBPA 4AHUA 4BR9A 3SMPA 4GV3A 4FJKA 4DB3A 1L3SA 5LJWA 3E9LA 5BR8K 1TKDA 3J7ZO 3ENHA 3H3OB 3E1YA 1TKTA 5GIPA 5BPMA 1U45A 3AA4A 4JKGA 3AVHA 1Q7YO 1S1XA 3OYHA 2GV9A 4DFPA 3OY9A 4PUOA 2NRTA 4BVOA 4KPYA 4MO5A 1XNQK 2A6AA 2IOCA 4JD2A 2UUAK 3SI6A 3E9OA 1LWCA 3SJHA 2QW9A 1ZBHA 3NVMA 1E4FT 2KZZA 3WXKA 4X62K 3VQ4A 4KTQA 4BR4A 2FXUA 1LW2A 2GWKA 3VQ9A 4E7IA 1JKHA 1T6DA 3CC4N 2RN2A 1SAZA 5E26A 3U6FA 4DSLA 3DLEA 1RTIA 1BISA 1NK7A 1T05A 4DCHA 3B6PA 2A41A 4H4OA 2PZSA 4Z4EA 1NOYA 1NGBA 4E1MA 1NK9A 2Q36A 2HHTA 2QWPA 3QO9A 1BL3A 4DFKA 1ATSA 1BUPA 1RT5A 4CEQA 1U49A 4IO8A 1X9WA 4I9QA 3ZT0A 2X6NA 4CJTA 3A5NC 4LFBK 4PWDA 5KRTA 3VQBA 3VA0A 1OVYA 3PV8A 4KAZA 2E8AA 2OPRA 4CJVA 2V7YA 3MN6A 4CGHA 1JLFA 2AJQA 1NGGA 4Q5VA 4H03B 4WCEL 2ZJQL 4QS9A 3NGYA 3K0SA 4LH5A 2IVNA 4GKJK 4DV3K 3VEOA 3VQAA 3CJ9A 3CM6A 1V4TA 4JEPA 3SV4A 4BDPA 4FPAA 5AQFA 1KD1O 2AA4A 4DV0K 4BRCA 3WEEA 1S1UA 2F7TA 1QHTA 3KZBA 3MCPA 4B9LA 3O3FA 1VSLA 2O8CB 4FVMA 3VEZA 4CZHA 5KQ8A 4FW2A 2B6AA 4CHZA 3CCJN 2OA8A 4KHSA 2XY7A 4YFUA 4KI4A 4WYBA 2IS3A 1A5XA 2F9TA 1JCFA 4U67L 1S22A 4BC2A 2VYPA 3O80A 3RMBA 3TAPA 1QSSA 2ZE2A 4L3QA 2G8KA 3WEEB 3T19A 3FZKA 2EWSA 1ZXOA 2OYQA 4H5WA 2KHOA 4BRDA 4IO9L 3O8MA 4G1QA 1IG8A 5EX5A 1YVNA 3FGUA 4HTLA 1BG3A 2KKZA 3L3VA 3GG4A 1MU2A 4B08A 4DUYK 4HTUA 3SAGA 3ZSYA 3CG7A 3OS2A 4PL8A 5BPNA 2HF4A 4WE1A 3K57A 4BROA 1NGDA 4MFBA 4WQ5A 2OPQA 4CFCA 4EZ6A 4IOCL 3HI0A 1MDUB 5JICA 3R9PA 1I3AA 4LC9B 1T8EA 3JS6A 4DR4K 3CJCA 4O4GA 1S1VA 2A5XA 1NMNA 3CCMN 3T7ZA 3B6OA 4CJQA 1X3MA 1GOCA 3ISNC 1KFDA 1D9FA 1Y64A 1U2VA 1RDDA 4A61A 3NE6A 1NLVA 4H0YB 5KTQA 4KTZA 3LPUA 1U47A 1OH5A 4H8KA 3SV3A 5BN9A 2J4RA 1O1WA 2I7PA 5AJ3K 2VQEK 4EZ9A 3RSEA 1FXXA 3QBXA 4CJKA 4K42A 4NYNA 3SYZA 5AZIA 3O9UA 1OH8A 4WF9L 4DV2K 2Q31A 3G6EN 1S1WA 1U2VB 4CEEA 4QOZB 3FFKB 1KTQA 2VCPA 4FWMA 2PAVA 3ATUA 2Q0RA 1EWRA 3THVA 1MA9B 3RSEB 1VQLN 3O9RA 5LJVA 4J2EA 4CBWA 3V6DA 3AAQA 4JI2K 2OTLN 3P38A 1VQMN 1TYQB 3THWB 4CD1A 3LM2A 1LV5A 4QS8A 2WTUA 3MEEA 2E2OA 3S9HA 2YHWA 2H3GX 1S5JA 1MWMA 4KB1A 2BH1A 1KC8O 1KLNA 4F2SA 1KVBA 2BGGA 3WNGA 3DXMB 4MDAA 4H5RA 3QMLA 5M1NA 3SUPA 3LALA 4J2DA 5B8HA 4GV6A 5CY4A 4G9ZA 3I0RA 4LFCK 4KRFA 2A3ZA 1P90A 4BE2A 3LP0A 1IBMK 5AQKA 2UU9K 3TSUA 1NGJA 3BGRA 3VEWA 3U9ZA 2NUBA 4FWNA 4CE9A 3ZSQA 1Q81O 4A2AA 3SQ0A 4DQQA 1JLGA 1HX1A 5MLCQ 5AZJA 1NKEA 2D0CA 5J2NA 2DTUA 4C1NI 2OZMA 3LDPA 2KQ2A 1EETA 2YV0X 4ISEA 3OS0A 4GVMA 3BY5A 2QA4N 2CH6A 4QAGA 4BWJA 4B8AB 3PX4A 3CFOA 3CI5A 4OJRA 4A57A 4EIAA 3KD1E 4WQ4A 1K8AO 4CJEA 4M3XA 1GOBA 3O1WA 3HP6A 1TKXA 3V1RA 1KVCA 3AVLA 3FZHA 5HRPA 4OKEA 1JLBA 4JN4A 3W3DA 4F9OA 2ITGA 4LD0A 4Z94A 3FE1A 1SZ2A 2F8TA 4DR7K 3T1HK 1J53A 1HJOA 2BE2A 3C0BA 3RMDA 1FK9A 3RR8A 3PIPL 2FSKA 4JHDA 1S72N 5BRFA 1KXPA 1YAGA 2ZGZA 5K14A 1YJ9N 1XNRK 3KKSA 3IAYA 4RW4A 2E2PA 2YX6A 4F2RA 3DAWA 2IAJA 3I56N 3CYMA 3QIPA 2HVIA 1D4XA 3UKRA 1VK0A 4BR0A 1N8RO 3BDPA 1KAYA 4CHYA 3THYA 2YHAA 2YHXA 2QKKA 2OTJN 3QLHA 4LFAK 3ZT4A 4HUGA 3OHRA 5AQZA 4C8MA 3IDHA 2IDOA 4BRGA 2ZQBA 2F9WA 4YOWA 3OJSA 1TK8A 1IV0A 3T1AA 2Z1IA 4DFMA 4KB0A 1SS6A 3AAPA 3L2QA 1TAUA 2QWRA 5FPEA 3OYKA 4FWPA 1EKEA 2JGUA 3UKRB 4JKFA 5AQVA 3V9UA 2F4VK 2O8DA 3OYNA 4YOTA 1SQKA 2QM1A 5JLHA 2OPPA 2YKMA 4FLVA 3G4SN 1ZC6A 1NGCA 2W6KA 5DM7L 1BQMA 1UAXA 1VQ6N 2NRZA 4CF9A 3TI0A 3WT0A 4CVNE 1XI1A 3A5LC 1IBKK 3C7NA 3N4PA 5AQTA 4W5NA 4XH5A 1NMDA 5HBMA 1Q9XA 3ZSRA 4J2AA 4JKAA 1C0GA 1SL0A 3CHWA 1Q82O 3T1YK 2QWQA 1C1AA 4M41A 3QESA 1LAVA 4DQRA 1M1KO 3O9SA 4HHTA 2KFNA 3S3MA 1Z6RA 2P9PA 3C7NB 4NO7A 4K43A 1BA1A 1XHXA 3FZFA 3HPGA 2A1RA 4E7LA 3M8SA 1QSYA 1HNVA 4KREA 4IJAA 4JAXA 4IOXA 1HPMA 1FKPA 5FRMA 3TABA 3LAMA 1LWFA 3QETA 1HR0K 3FR0A 4K41A 3KK1A 4NLBA 3P39A 4PQUA 1IO2A 3MWTA 4M3WA 4B9MA 2P9PB 2F8SA 1WNSA 2F96A 1RBSA 3ENOA 2UUBK 4HUFA 3SCXA 1XWLA 3O4QA 4CEDA 3ULDA 2O4GA 3SNNA 3ZLJA 3OA9A 3C6AA 1QQNA 1S1TA 4CJRA 2XY5A 1NBWA 1XMOK 1NK0A 4CIGA 3SUQA 4YOVA 2WONA 4O5BA 1N32K 1NNEA 4FK4A 4FJ5A 4CGIA 1VQON 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3O9Q A;  3O9R A;  3M5R A;  3D6R A;  4OPH A;  3P38 A;  3O9U A;  3L4Q A;  3EE9 A;  4OPA A;  3OA9 A;  2GX9 A;  3O9T A;  3KWI A;  2RHK A;  3F5T A;  3KWG A;  3RVC A;  3P31 A;  3P39 A;  3EE8 A;  3O9S A;  2KKZ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2IVO A;  1YF5 L;  4ILJ A;  4KKO A;  1K9M O;  1KAX A;  4RW7 A;  3ZYY X;  1HQE A;  3HBT A;  4LSL A;  5AR0 A;  4R79 A;  3JSM A;  4M3R A;  1RBV A;  3HRG A;  4FK0 A;  4K8Z A;  4DV4 K;  4CEA A;  3CCL N;  3AA2 A;  2YKN A;  4DU1 A;  4J2B A;  3BEX A;  4BVP A;  4ELV A;  2ZF5 O;  1QHA A;  1L3T A;  3P31 A;  4XEI A;  1HKC A;  3LP1 A;  4HVJ A;  1QVF M;  2HND A;  2QXF A;  3SJJ A;  4B1V A;  3K2P A;  5CZ2 A;  1RNH A;  4C1N K;  3QEW A;  1ATN A;  2UUC K;  4RWT A;  1RBR A;  5J2M A;  2HHH K;  4FLU A;  3SUO A;  3R3L A;  4CJ3 A;  4H0P A;  4OPA A;  4AHR A;  1J5O A;  3WXM B;  3CC2 N;  2HHQ A;  4AF1 A;  4CBU A;  1EX4 A;  1HQU A;  3F73 A;  4H4M A;  4Z4H A;  5D3G A;  1HKB A;  3IRX A;  4UQG A;  4K25 A;  1NK4 A;  2G8I A;  4DF8 A;  3T3F A;  3OYM A;  2ZJP L;  1GLA G;  4NCG A;  3L4Q A;  1TYQ A;  3THW A;  4KHY A;  2KZM A;  2YJE A;  2VWK A;  5GIO A;  4BQL A;  2YHB A;  5M1Q A;  4PKH A;  3VPZ A;  3BZK A;  4FJ9 A;  4BR5 A;  2FC0 A;  5C10 A;  3LDS A;  2HBL A;  4Y1D A;  1OH7 A;  5C24 A;  2NRX A;  3QNN A;  3DXM A;  3VGK A;  3SBT A;  1NJI O;  4CGG A;  4A2B A;  2HBK A;  4PL7 A;  2E1Y A;  2IVP A;  5LY3 A;  1RBU A;  1WSJ A;  1C6V A;  1U48 A;  2GTD A;  4FWL A;  1TL3 A;  5BR9 A;  3IFR A;  3TWH A;  3LL3 A;  4DG1 A;  1OKJ A;  1R0A A;  4M3T A;  2E88 A;  2VGN A;  2XHB A;  2OZS A;  5BN8 A;  3LP3 A;  2QK9 A;  2YNF A;  4H5N A;  4KHN A;  3MWP A;  3AGR A;  4WQ5 C;  3RTV A;  1BWF O;  4BG9 A;  2G8U A;  4IEE A;  3L2W A;  3NF7 A;  2UXC K;  4AHV A;  2E1Z A;  4H0O A;  4EHT A;  3QBW A;  3ZSZ A;  4AHS A;  4JI1 K;  2FF6 A;  2LSN A;  1ILY A;  4K8X A;  4DTX A;  4H0V B;  1JL1 A;  5CYQ A;  4DTM A;  2YNI A;  4DTR A;  4N76 A;  1JXB A;  3KLG A;  1WAF A;  2EHG A;  3ZX0 A;  5AQH A;  4NLC A;  2O8E A;  1RTH A;  1BOT O;  3LM9 A;  3M6G A;  4ZHR A;  3O3H A;  2G8V A;  1RT3 A;  3MN9 A;  2YCH A;  5KGW A;  3VTI A;  3AVC A;  4MQ3 A;  1C0U A;  3HSC A;  5IWA K;  2YI1 A;  4CF8 A;  3NMU A;  5CYM A;  4PKG A;  3CQY A;  2P5G A;  3MN5 A;  2VQF K;  2IIR A;  3NF9 A;  2CGJ A;  1B9D A;  2ZD1 A;  2O8E B;  3LDO A;  4E7H A;  1SL2 A;  4GKK K;  3ZT2 A;  1S3X A;  3EY1 A;  4R5P A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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