3OA9A

Effector domain of influenza a/duck/albany/76 ns1
Total Genus 30
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
30
sequence length
114
structure length
114
Chain Sequence
YITDMSIEEISREWYMLMPRQKITGGLMVKMDQAIMDKRITLKANFSVLFDQLETLVSLRAFTDDGAIVAEISPIPSMPGHSTEDVKNAIGILIGGLEWNDNSIRASENIQRFA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords Non-structural protein 1
publication title A Transient Homotypic Interaction Model for the Influenza A Virus NS1 Protein Effector Domain.
pubmed doi rcsb
source organism Influenza a virus
total genus 30
structure length 114
sequence length 114
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-05
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.330 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3oa9A00
3L4QA 3EE9A 3O9SA 3O9UA 2KKZA 3O9RA 3F5TA 3M5RA 4OPHA 3P38A 3D6RA 3KWGA 3RVCA 2RHKA 2GX9A 4OPAA 3O9QA 3EE8A 3KWIA 3OA9A 3O9TA 3P31A 3P39A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1H1VA 4N47A 5H1SQ 5M1PA 1Z6RA 4BVPA 1BGXT 3K2PA 1S6QA 4DTPA 4B8CA 2P5GA 2E1ZA 1BA1A 2KLAA 2OA8A 2B6AA 3SQ2A 4FSVA 3AGRA 4B3MK 4NXMK 3HO1A 4DR7K 4JI5K 1RNHA 5FRNA 3HSTB 1J5EK 1QHTA 4AM7A 4BC2A 5SWMA 1UA0A 2ATQA 5BPNA 3QEIA 2J4RA 2F9TA 2OPSA 5GIPA 4DMNA 4FOEA 3F73A 2BDPA 3SJJA 4M3ZA 2IVOA 2IVPA 3NBPA 1VQMN 5DK5A 4JI0K 3RSEB 2P51A 3T19A 1NU0A 1BHLA 1RT6A 4DF4A 4CF9A 4DSIA 2QA4N 4KFBA 3VEVA 3K58A 4CJWA 3VQCA 1D5AA 1GOCA 4RG8A 3EN9A 3QB0A 3TAQA 3P83D 2JWLA 4DG1A 3MN7A 1FXXA 1Y97A 1JXEA 4BC5A 1Z25A 4CHZA 4KHUA 2KTQA 3VETA 5IT9O 2YNGA 3U3YA 3ULEB 4DFJA 5J2QA 1ZC6A 1K8KA 4IKFA 2P5OA 3K0SA 4JKFA 1N36K 3L0QA 3PO5A 1VAZA 4AHCA 4IFEA 4LF4K 1ATRA 3MAQA 1CZBA 3M6GA 4G9ZA 4LF8K 4FWPA 5CY4A 5IWAK 1JLGA 2UYTA 4FW2A 1SQKA 3AVBA 2YHYA 1YF5L 4BRMA 3T1AA 3F9MA 4YORA 3J80O 4MDAA 1ASVA 3CI5A 1X9JA 2HBLA 5BREA 3OYAA 3TTCA 3BZCA 1BDGA 5AQKA 3ZETB 3KLHA 1C0GA 3NVKA 1JCEA 3C0BA 3JYTA 1TUUA 2HHUA 1VSEA 4DV7K 1QSLA 4FZZA 1NGCA 1R0AA 3U9ZA 5AQHA 3MWTA 3DLGA 3UE5A 1YVNA 4CIEA 1NKEA 3FE1A 1IO2A 1DT9A 4QS8A 1E4GT 3HK2A 2F96A 3ATUA 3KK3A 2FLOA 1NJIO 4BG8A 4Z94A 4IOCL 3NDKA 5JS1A 4BQZA 3OBYA 3KK2A 1SS6A 4FM2A 3VF6A 3H1VX 3SBGA 1YIJN 4DUZK 1KVCA 2X6SA 2HMIA 5HOOA 3L2UA 2HHVA 4DR6K 3A5OC 4JKAA 4IXCA 3PSIA 1C1BA 2ZGYA 4J2BA 1WBBA 1LW0A 3TTFA 1BOTO 4A57A 3HT3A 3V9SA 4H0XB 1HNXK 4CHYA 3S3MA 4IDKA 4GKKK 4IEEA 4K42A 1YHQN 1LV5A 1SUQA 3LL3A 1WSIA 3KK1A 3SZ2A 5JVGL 2AA4A 5AZIB 4OPAA 4LF9K 1Q81O 3CQYA 3FZHA 3SBTA 4DLEA 2YNFA 3AARA 4CEDA 1MDUB 3VQ4A 1SKRA 1EO1A 4CGJA 2HSTA 2P9UA 4CERA 4E7KA 3BUZB 2VGNA 1DLOA 4CVNE 1WSHA 2WTUA 4DSFA 4H0YB 3MX2A 4Y0WA 1CLQA 1S22A 3RRHA 4BY9C 2PYJA 4I9LA 2ZJQL 3L6QA 1Q8IA 4CGIA 1L3VA 1X1PA 3QINA 4ISGA 1NK7A 2VQFK 4DTNA 1GOBA 4GKJK 2UUBK 4M3WA 5T7BA 1XC3A 5EXWA 2E6MA 2ZM6K 3O3FA 3EY1A 4FJLA 3V9XA 1TGOA 2IOCA 1RBSA 3ID8A 1TYQB 4OVLA 5KQ8A 1KQSM 3VQ6A 4MQ3A 3SQ0A 4IFVA 4PA1A 4HUFA 1X3MA 3ALYA 1UAXA 4LFCK 4FM0A 3AGKA 3SUOA 1VSIA 1CZAN 3RSEA 3DM2A 4CHOA 4IZ9A 3IUCA 1W97L 2FC0A 2YHXA 2ASPA 3QICA 1NKCA 3BY5A 3DXMB 2O8BB 3G10A 3AVLA 5KRTA 5J1EA 3MXIA 4BRQA 5AQWA 5KTQA 4BDZA 3CMAN 1RBRA 3CCEN 3UB5A 5FRMA 1T6DA 3ULEA 1KC8O 1W2BM 1YT3A 3HTVA 3ULDA 1K6YA 4B3SK 2CGJA 3O4WA 3LP1A 4RW6A 1TKTA 4JKGB 3CCRN 1N32K 4YNQA 2HW3A 4GMJB 2YCHA 4FPBA 1ZYQA 1YJ9N 3C95A 4KPYA 3VQ9A 4OLAA 4JRQA 3H45C 1XI1A 4Z4GA 1NGHA 4MFBA 1VSFA 4YOVA 4PUOA 4CJEA 3WQUA 4YHHK 3ZYYX 3EZWA 4ID1A 1G15A 4KH6A 3BF3A 2NRVA 4K8XA 3ZETA 4BRCA 3VQ8A 3ZSOA 3MN9A 5CHIA 4F3OA 3SNNA 4O5BA 3PLAA 1HUXA 4X64K 3N4PA 4B1UB 4IFYA 1VHXA 4CI6A 1VQPN 5B8HA 2HB5A 1WNSA 5JS2A 4B1WB 3CM5A 3DAWA 2VG6A 4EP4A 3QEVA 4BE0A 3K57A 1A5WA 1BWFO 1WAJA 3L2RA 1T8EA 4G1QA 3IMXA 4KH5A 1XNRK 3HPHA 4CW7B 2HF4A 4FWKA 4B3TK 4MLEA 1LAWA 4J2DA 4HUGA 4JKHA 1HQEA 2XY5A 3ASMA 3NGZA 1P8ZA 1S9EA 3KTQA 4C8OA 4WCEL 1KFDA 5JLFA 3MECA 1TVRA 1FKOA 4BROA 3SAFA 4OKEA 2OANA 4C8MA 2Z1IA 1U48A 3L4IA 4RW7A 4A2AA 1T44A 1YUWA 3J7YP 4LFBK 1ZBUA 3CJ9A 3FR0A 3NAEA 4CECA 3OYNA 4E7IA 3VERA 1VQ7N 3V9ZA 5AZIA 4E3SA 4AHUA 1WSFA 4K43A 2OYQA 1SL2A 4W5TA 4I6MB 1IKXA 1Q86O 4PKHA 2KKZA 1ATSA 3HP6A 4KI4A 1W7AA 4KHWA 3AO1A 1L5UA 3A5MC 2CH6A 5DM6L 2Y1JA 1YJNN 1XNQK 3CCJN 3S3OA 1BISA 2A1SA 1QSYA 4FWSA 4HTLA 3OYKA 4BWJA 3MN5A 3CHWA 4DB3A 1NJYA 4M41A 4BR0A 2HHWA 2D0CA 5JLHA 3LM9A 1BIUA 3VF4A 4K41A 3NH2A 1VSLA 2E2QA 1HKGA 1U45A 1K73O 1WSEA 4IOAL 3SPZA 1KVBA 3IRXA 4H5TA 5F1XA 4DV1K 5M1NA 4JRPA 1GLFO 4FJ8A 2G8IA 3C94A 1RBUA 2QXLA 1GLAG 3CJ1A 3E9OA 4DS4A 1GLJO 2DFHA 1X9MA 5HRSA 1TYQA 4DTMA 4IO8A 1BI4B 1KRPA 5HBMA 5AQXA 2D1KA 2EWSA 1I39A 3T1HK 2B4JA 3TSQA 1BO5O 3A5NC 1GLCG 2VWBA 4JHDB 4OO1J 4QS9A 1JJ2M 3THWB 3I8BA 5SZTA 3MDQA 4GVEA 4CJFA 3DXMA 4OPKA 2O8BA 2IDOA 4A5AA 2VCPA 3ZT0A 1A5VA 3JSMA 1RTHA 3LPTA 2D5RA 1VSKA 3DOKA 3L8BA 2VG5A 1IG8A 1BL3A 1JLEA 2JGUA 3TABA 4BGAA 3S3NA 3TAFA 4DQ8A 1IBKK 4JKGA 4JI1K 5AJ3K 4J2EA 1XUPO 2ZGZA 1RDWX 5KPRA 4Z4EA 1BG3A 3OYMA 2W42A 3WNGA 2IVNA 3ZSVA 3RR8A 3NHGA 1K8AO 2GWKA 4DLGA 1KVAA 3B6OA 2HVHA 3SAHA 4WQ5C 1QQCA 4CEQA 3DLRA 3NF8A 3DYAA 2GTDA 4DR4K 5ADXH 3DMJA 4B8AB 1TK5A 1REVA 3LPUA 3M8QA 1FW6A 3MMVA 3TU5A 4DFPA 1NOYA 3IS9A 1VSHA 5AQYA 2FSJA 4CHPA 3HSCA 4CJ5A 2ITMA 3LP2A 3WXIA 4QCLA 3CQ8A 1RBTA 4O4GA 2FSNA 3NF6A 4GY2B 1QVGM 4BC3A 2ITGA 4I9QA 2BE2A 4WE1A 3ITHA 3U6FA 2IGIA 1C0MA 2QWMA 4OGEA 3S41A 3CM6A 5AQVA 2RKIA 1NK4A 1BQMA 3TANA 3EKUA 4JI7K 5C42A 1RDUA 4CEEA 4O5FA 2PZSA 4Y1DA 5M1OA 5BR8K 1HNZK 5JMVA 3AO5A 4KTWA 4FLTA 3C65A 3OJSA 2ASMA 1KAXA 1WN7A 3D2EB 3WT0A 4DCHA 2QI2A 2RHKA 4B9SA 1T6CA 1HKCA 5GINA 3HXMA 3R9PA 3HOTA 3RWUA 5KI6A 4NYFA 3WXLA 1N6QA 3IAYA 1HQUA 1I94K 3AVNA 4I6MA 3MX5A 3E1YA 3ZX0A 4RCHA 1B9FA 3LP3A 4CF2A 2XRIA 3O1BA 1IG9A 4KH4A 2GWJA 2Q36A 2WC9A 5TKWA 3K9KA 1MA9B 4CJLA 1NGFA 4CE9A 2UUAK 1YI2N 3M8SA 3V1QA 1OKJA 1W0HA 4E0DA 4KHSA 1A5XA 4NYNA 1ZBSA 4Z4CA 3SPYA 1HPMA 3DI6A 4BRFA 1QVFM 2A6AA 3U4LA 2IIRA 4DV2K 1NGAA 4PKIA 1VQ8N 1E4FT 1GLEG 3ZSQA 5LY3A 2HHTA 2EX3A 1VRUA 3OYLA 5I3UA 4DF8A 3J7ZO 3KLGA 1QQNA 2PFUA 2PBDA 3NGIA 3CCSN 1HNIA 1BI4A 3SJHA 3TI0A 3E66A 4O55A 2A1RA 3VQBA 2O8DB 2GUIA 3SCXA 2AJQA 4JHDA 5AQFA 2D0PA 3TAEA 1BA0A 3THWA 3C6UA 1BCMA 1D9FA 4RW8A 3UKUB 1Y64A 4BRIA 1QHAA 1LAVA 5BPMA 1M90O 1ZBHA 3J8AA 3M3ZA 4ILGB 1U47A 1S1VA 1NK8A 3SV3A 3MCAB 3H3OB 2KZMA 4W5OA 3VPZA 2QWLA 5KPTA 1YVUA 3QERA 2ZE2A 3IKMA 3KLFA 3HM8A 1S1TA 1MWKA 1NM1A 4FLVA 3EE8A 5AZJB 3SUNA 5C2FA 4PQUA 4FWOA 1HPZA 4AHRA 3VEYA 5FDLA 4C8KA 5LJVA 3DOLA 3D45A 4NXNK 3D7EO 3OYFA 1YTUA 3HPGA 3EL2A 3VQ7A 4KV8A 4CZMA 3OYHA 1ITGA 1JL2A 2OPRA 1S5JA 4CBWA 1VQLN 5A2QO 3GE1A 4KTQA 1TKXA 3QO9A 2OZSA 1O13A 3V1OA 1J6ZA 3FZFA 4H8KA 4OPJA 4BE1A 3SLCA 4CIFA 4CGFA 1VQKN 1IBLK 4RW4A 4CF8A 1SKSA 3BZKA 4OKJA 3TSPA 2WONA 4BC4A 3LDSA 4PHTX 2E8AA 1EP4A 3CJBA 3I0RA 5AQIA 4HCBA 2UXCK 4PL8A 4BR7A 1NLVA 4H5WA 3BF1A 4AF1A 5E26A 3AVIA 5FROA 3KKSA 1ZXOA 5CYQA 1KLNA 3B6PA 2E4LA 3CCVN 3ZCMA 3V6DA 3CCMN 1VSJA 1UOCA 1RT1A 5HLFA 1NGGA 3V9WA 1WLJA 4B1VA 3D2EA 3LANA 2LSNA 1LW2A 2OTJN 4FJKA 3QBWA 5K14A 5EVZA 1RTJA 3QIPA 3O4NA 4FXDA 2P9IB 2CGKA 3ZX2A 2W40A 5GAEP 3SMSA 5J2NA 3VTIA 1RT4A 4CEAA 4X65K 3QNOA 2YX6A 1U49A 4JK9A 3CJAA 4CK1A 3PO4A 1N34K 1MU2A 4BRGA 3NF9A 3O6WA 4B08A 3O3HA 1TK8A 2A42A 4X66K 3V9UA 1L3SA 2YKNA 3DLBA 4JI2K 3ZSWA 3I33A 3R6MA 5BR9A 4LD0A 2HHQA 1RT5A 1RTDA 4DSJA 3LDQA 2P9LB 4JEPA 4UQGA 1HNVA 3VA3A 4CBXA 4XEIA 1LCUA 3JXUA 1OH7A 4EHUA 3LWLA 1XC9A 3O5BA 3T3FA 4PL7A 2A5XA 3VQQA 1HX1A 1RFQA 3ZLJA 4E7LA 4H5VA 3OS0A 3EE9A 5AQLA 5EU7A 1QS4A 3WNEA 2P9PB 1XQSC 2O8EB 5KQDA 3AA4A 4NCBA 3BGRA 2HHHK 4HVJA 4CIGA 2O8DA 4FYDA 1UA1A 3LZJA 2FBTA 4FJHA 3WEEB 2D0OA 4OLBA 1QZ5A 4CFDA 4NLCA 2E5LK 1IV0A 3UKUA 4AILC 2BTFA 4Z4HA 4FW1A 1Q82O 4EFHA 4CEFA 3HOSA 4LF6K 4OKKA 4HHTA 3L2QA 1JL1A 4B1XB 1J9AA 4E89A 2YI1A 3EEQA 1ASWA 4MLHA 1LOTB 1I3AA 3TPQA 3K5MA 1B92A 1OH8A 1CXUA 2O4GA 4EIAA 2KW4A 2NRHA 2NRXA 4E1NA 4ILJA 3KWIA 5AQSA 2E2NA 5AZJA 4WYBA 2G8VA 2OPPA 3AO2A 2FSKA 5AQGA 1WUAA 4DQRA 1XHZA 4MO5A 4M3XA 1N8RO 3OYJA 3VGKA 1S1WA 3SUPA 1RDBA 3DXKB 3WNFA 4YDUC 2Z1HA 3HYFA 4CZEA 3CCLN 1NG9A 4B9NA 3A5LC 1EKEA 2HBKA 3SV4A 3OYEA 1S1XA 1XMQK 2YNHA 4A5BA 3SYZA 4GV3A 3PSFA 3Q7CA 2V51B 1Q7YO 3CPEA 1NNEA 3WQTA 4IDHA 4F3TA 3NMUA 3OJUA 3QMLA 1E3MA 1D9DA 3OA9A 5E41A 4A62A 2PAVA 2PY5A 1KCFA 3DLKA 4HTUA 1EX4A 5KPZA 1BU6O 2HBJA 2BH1A 3VA0A 3B8AX 1HYZA 3WXJA 4K8ZA 1KD1O 1ESVA 4BDYA 1KAYA 1G99A 4I2PA 1RDCA 4CZJA 3M8RA 1U04A 3G71N 4LF7K 1HKBA 4PY5A 3K5OA 3THYB 3AO4A 3CCUN 2VQEK 5C25A 5J2MA 3GL1A 3ENOA 1QSSA 4DR3K 3EO3A 4AHTA 4ISFA 2P9IA 1S9GA 1C1CA 2V7ZA 4FCYA 3CJCA 3H08A 2ZJPL 3TR8A 2NRTA 4IJNA 5FPMA 5HRPA 2ZF5O 5GAGP 4B9VA 4FZYA 3O4QA 4YDUA 4JLHA 4AH9A 1HNWK 4CZGA 3K5NA 4O8KA 3OS2A 3SAGA 4CJKA 1Q9YA 3M1FA 2HNDA 3L2WA 1HRHA 4FZXC 2VYPA 2HBMA 4JKEA 1YTAA 4B9TA 4DR2K 2A3ZA 3V4IA 1RBVA 2P9LA 2VGMA 4CJUA 4DV5K 4M7XA 3KWGA 1NGBA 1SAZA 4FLZA 1J54A 3KKRA 4WFAL 4CEBA 2GX9A 1NBWA 5LMUK 2QTDA 3CPWM 3QFUA 3KZBA 3L4QA 3OTOK 1R59O 3MK6A 2XY7A 4M3RA 3O1WA 3LZIA 4QAGA 1XMOK 3AA2A 1KLMA 3R8EA 3PX6A 2P9PA 3LAKA 2O8EA 4FJ5A 4UY8O 3ID6A 1VQ6N 4DV4K 4KTZA 1NK0A 4FWMA 3K9JA 4C23A 2ETJA 5DMRA 1WSGA 3P4IA 4FOIA 3WEEA 2ZQBA 3CFRA 2O4IA 4ID5A 1HLUA 3VEXA 4FLXA 4DHYA 5BRDA 3CG7A 1WAFA 4A2BA 4H5NA 3O9SA 3PY8A 5HL7L 2QWQA 4DQSA 4QOZB 1TUYA 5AQUA 2YHBA 2G8HA 1L3TA 3F5TA 1HR0K 2OZMA 1ASUA 3NGYA 4XH5A 4CFCA 1EETA 3FGUA 3QFPA 4DU1A 4V19S 3G4SN 3AVGA 2P9SB 4ICLA 2YJFA 4KB1A 4FK4A 2E2PA 1WOQA 4KREA 1S6PA 3QNNA 3PUFA 1YJWN 3DWLA 1NK6A 3ZEUB 4CEOA 4CFBA 3G6EN 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3L4Q A;  3EE9 A;  3O9S A;  3O9U A;  2KKZ A;  3O9R A;  3F5T A;  3M5R A;  4OPH A;  3P38 A;  3D6R A;  3KWG A;  3RVC A;  2RHK A;  2GX9 A;  4OPA A;  3O9Q A;  3EE8 A;  3KWI A;  3OA9 A;  3O9T A;  3P31 A;  3P39 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1H1V A;  4N47 A;  5H1S Q;  5M1P A;  1Z6R A;  4BVP A;  1BGX T;  3K2P A;  1S6Q A;  4DTP A;  4B8C A;  2P5G A;  2E1Z A;  1BA1 A;  2KLA A;  2OA8 A;  2B6A A;  3SQ2 A;  4FSV A;  3AGR A;  4B3M K;  4NXM K;  3HO1 A;  4DR7 K;  4JI5 K;  1RNH A;  5FRN A;  3HST B;  1J5E K;  1QHT A;  4AM7 A;  4BC2 A;  5SWM A;  1UA0 A;  2ATQ A;  5BPN A;  3QEI A;  2J4R A;  2F9T A;  2OPS A;  5GIP A;  4DMN A;  4FOE A;  3F73 A;  2BDP A;  3SJJ A;  4M3Z A;  2IVO A;  2IVP A;  3NBP A;  1VQM N;  5DK5 A;  4JI0 K;  3RSE B;  2P51 A;  3T19 A;  1NU0 A;  1BHL A;  1RT6 A;  4DF4 A;  4CF9 A;  4DSI A;  2QA4 N;  4KFB A;  3VEV A;  3K58 A;  4CJW A;  3VQC A;  1D5A A;  1GOC A;  4RG8 A;  3EN9 A;  3QB0 A;  3TAQ A;  3P83 D;  2JWL A;  4DG1 A;  3MN7 A;  1FXX A;  1Y97 A;  1JXE A;  4BC5 A;  1Z25 A;  4CHZ A;  4KHU A;  2KTQ A;  3VET A;  5IT9 O;  2YNG A;  3U3Y A;  3ULE B;  4DFJ A;  5J2Q A;  1ZC6 A;  1K8K A;  4IKF A;  2P5O A;  3K0S A;  4JKF A;  1N36 K;  3L0Q A;  3PO5 A;  1VAZ A;  4AHC A;  4IFE A;  4LF4 K;  1ATR A;  3MAQ A;  1CZB A;  3M6G A;  4G9Z A;  4LF8 K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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