5HRSA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k + a124n + t125a mutations complexed with gsk0002
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSNAVKAACWWAGIKQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 51
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrsA00
3ZSQA 3B6OA 3F73A 3NE6A 3VQ7A 4HUFA 4CGFA 3VQCA 3SV3A 3QESA 4ZTFA 2IGIA 3QIOA 2YNFA 5HROA 4GW6A 1I3AA 4FW1A 1JLQA 2BDPA 1BIUA 3SUNA 4FJHA 3TR8A 4RW6A 1LWFA 4DFMA 2RN2A 2DY4A 1L3VA 2ITGA 4C8OA 4I9LA 4J2AA 5KRSA 1KSPA 3OYKA 4KV8A 4W5NA 4CESA 2EX3A 1N5YA 1RCHA 4B9UA 3T1AA 1IKXA 3DLKA 1ASUA 5HRNA 3M8SA 4F3TA 3ZT4A 3VQQA 4W5OA 3TARA 1WSJA 2KFNA 4KHSA 4FXDA 4J2DA 3OJSA 4C8LA 4DS5A 1TVRA 3K5MA 4N41A 1XHZA 3MEGA 3AA4A 4CFDA 4FCYA 4H4MA 3L2WA 3V1OA 3OYNA 4Z0UA 4PQUA 3DM2A 1NK0A 1TK8A 1HPZA 1NK7A 4BWMA 4R5PA 2RKIA 3OYMA 4AHCA 4EZ9A 3O3HA 5C42A 3TAMA 4CK3A 3DLHA 1IH7A 5KRTA 2EHGA 4CGGA 2PYJA 4UQGA 3RMDA 1GOAA 4CGDA 3TAPA 1D9FA 4O0JA 2XHBA 3NHGA 1IKWA 1C1AA 4O4GA 3NH2A 2KTQA 4OVLA 4JRPA 4FJ9A 5I42A 2BANA 1LW2A 1NOZA 2B4JA 4FLUA 3KD5E 1ZBHA 1EP4A 3AO2A 3M8PA 1DTQA 4BDZA 4LY7A 4DFJA 1WSEA 4C8NA 1HJRA 3SUPA 1T8EA 1RT4A 3IG1A 4MQ3A 4BE1A 2B5JA 1W0HA 5HLFA 3KKRA 4W5RA 3ZSVA 3L2UA 2ZQBA 3C94A 3MEEA 1U47A 1T05A 4F4KA 1RBSA 1WSHA 3S3OA 2IOCA 4QAGA 3AVNA 3G0ZA 4AHVA 3HVTA 4IDKA 2W42A 3IAYA 1NK9A 1KTQA 3QETA 4B8AB 1VRUA 4XIUA 3BDPA 3TWHA 2JGUA 4FJNA 3ASMA 1J53A 1RTIA 2XY5A 1T7PA 4FJ5A 1BCMA 3MECA 1YTAA 2Q3SA 3OY9A 2HHWA 4DSEA 5KTQA 4HUGA 4KI4A 1CXUA 1HQEA 4HVJA 5C25A 3DLGA 5SZTA 4CERA 4B8CA 2D0BA 2XY8A 5HBMA 1IO2A 2ZD1A 4FLWA 2QKKA 2Z1HA 4M3XA 5FROA 3THVA 5FDLA 1K6YA 3CFRA 3SJJA 4KHWA 3OYJA 4KHYA 1TKTA 4IKFA 4ELVA 4KTZA 1QS4A 2HNDA 4DTSA 1ITGA 3U3YA 3SNNA 4N5SA 4DSFA 4DSLA 3DRPA 4CEEA 3K5LA 2X6SA 3AA3A 3QEPA 4Q5VA 2PY5A 1QTMA 2OZMA 3U3GA 4N56A 1LV5A 2G8HA 4FW2A 4LSLA 3NH0A 2QKBA 1FKOA 1BI4B 1JLAA 4DG1A 4LH5A 1X9MA 4FLXA 1G15A 4CF0A 4CJWA 3LP3A 4GMJB 1KLNA 3DLEA 4HCBA 4DFPA 1A5WA 1CZBA 3H08A 1RT5A 1UOCA 4Z4CA 1KVBA 3HPOA 4KHUA 4B9NA 1Y97A 4FK0A 1D5AA 3QNNA 4I2QA 4CHNA 2IAJA 4L8RB 3L3VA 4DTXA 2Y1IA 4NYFA 1KFSA 2KFZA 4DTPA 4DQIA 4CJRA 3L2RA 3LP2A 3I0SA 3MXIA 1L3UA 4Z4IA 3P83D 4FJ8A 2OYQA 3ZSZA 2IC3A 1EKEA 1WN7A 1FK9A 3V9WA 2HW3A 1ASWA 3HXMA 1EXQA 4DWIA 4I9QA 5CZ2A 1ZBFA 3KK1A 1TL3A 3AVLA 4FJGA 3HPGA 3ZSWA 4E19A 4FJKA 3LP0A 1KLMA 4K8XA 2A1SA 1WNSA 5CZ1A 4KREA 3HT3A 4CJ5A 1U04A 2Z1JA 3K57A 4FLYA 3V9SA 2DFFA 3SYZA 4DQPA 4KAZA 4QCLA 3K2PA 1J54A 4IFVA 2X78A 1VSJA 2RF2A 1WAJA 4FJXA 3AO1A 1X9WA 2XY6A 3TAGA 2HHUA 3DRSA 3JSMA 1W9HA 4KI6A 1J5OA 2OPQA 1NKCA 3HK2A 1C0UA 4E7HA 1J9AA 1B9DA 1KFDA 1DTTA 3AVMA 4YNQA 2HNYA 1RDAA 4CJ3A 3QEIA 1WLJA 3AVBA 1TKDA 3HM9A 1S6QA 4KB1A 3SV4A 2FBTA 1KRPA 4M3RA 3OYEA 1UAXA 3DOKA 4DTOA 3DMJA 1RTDA 4IG0A 1JL1A 4O55A 3NF8A 4EP5A 5CYMA 4Z4HA 3SQ2A 1A5XA 1RT2A 4CJTA 4DU3A 4E7KA 4M3ZA 1VSIA 4M3YA 3OYFA 3NGYA 1VSMA 3WNFA 1C0MA 5CYQA 4CHOA 4OPKA 2YV0X 4BDPA 3VQ8A 4E1NA 1IG9A 3RR7A 3OS1A 1BCOA 3ALYA 3F9KA 3WNGA 3K58A 1NK4A 4H8KA 3G10A 3LWLA 1NK8A 4K8ZA 1NK5A 4ID1A 4PY5A 1F21A 4OGEA 3HL8A 3SUOA 2VG6A 4AHUA 2YKNA 1HYZA 3AVCA 1BQNA 4DSJA 1TGOA 4CGJA 3V1RA 4TSXA 5FRMA 2ATQA 3NF9A 4CEQA 4FK4A 1ZBLA 4OLBA 1C1BA 2P5GA 1TAUA 1BQMA 2DTUA 2GBZA 1GOBA 1VSEA 3DI6A 4FZZA 1JL2A 3LWMA 4Y1CA 1U45A 1S6PA 1S5JA 4CEOA 3PX0A 1BISA 3RMCA 3I8DA 3LALA 4OKEA 1T03A 4CJ4A 3LZIA 1NJXA 1D8YA 2PYLA 1SV5A 1TKXA 3VA0A 4N47A 2A1RA 2F8SA 4LH4A 1KVCA 2B6AA 2KQ2A 3NGZA 4E1MA 4DF8A 2HMIA 4FJIA 3HO1A 4CGHA 1UA1A 3NF7A 5HRPA 4CHQA 1WSGA 2NUBA 1TKZA 3V1QA 4AHSA 1L5UA 1HQUA 1S1WA 5K14A 4CFBA 3KD1E 4KTQA 2HNZA 4O0IA 4RG8A 3UIQA 1GOCA 1TAQA 4J2EA 4CHPA 2IDOA 4EZ6A 4CFCA 2OPRA 4C8MA 1KCFA 3V6DA 4Z4FA 2G8UA 1TV6A 4OPJA 1JLFA 2F8TA 2KZMA 3O3GA 3U6FA 1BGXT 4CF9A 4CIGA 2D0CA 1S9GA 2RPIA 1R0AA 4AHRA 3TAEA 1UA0A 1Q9YA 3IS9A 3SQ4A 4CHYA 4IG3A 5KGWA 5HP1A 1MU2A 3FFIA 1VK0A 3OS2A 2HVIA 3QEXA 4CJSA 4CJKA 2D5RA 3NGIA 3TI0A 4I2PA 2OZSA 3MAQA 2YHAA 4NCBA 3CM6A 4IFYA 3EZ5A 4JS5A 3ZT0A 3NAEA 4KHQA 1EETA 4NCGA 3OYDA 4DMNA 4JS4A 4M42A 3TANA 4OKJA 3OYAA 4ICLA 3O3FA 4NCAA 2R7YA 3DRRA 5D3GA 2OPSA 4HTUA 5J2QA 3PY8A 4FZXC 4KHNA 3OYLA 1QE1A 3T3FA 4JLHA 3EY1A 4FYDA 1B92A 4AH9A 3QEWA 3V81A 4M45A 1TL1A 2YNIA 5EU7A 3K5NA 1RBRA 4KO0A 3KK2A 4FLVA 3KLEA 1RDCA 2VWKA 3AVGA 4PUOA 3L2QA 4FVMA 3M8QA 3QO9A 4HUEA 4C8KA 1VSLA 3ISNC 3VQBA 4DTJA 3TAQA 2QK9A 3AO4A 3ZSOA 2LSNA 3AVFA 1XI1A 3CFPA 2G8WA 1L3SA 1IKVA 1HMVA 4RW9A 4AHTA 4F2RA 2HHVA 3D0PA 4F2SA 1RBUA 3VQAA 3VQ4A 1UWBA 4FJMA 4FLTA 3AVKA 4CJVA 3JYTA 4F8RA 3AV9A 4CIFA 1WSIA 3VQEA 3TAFA 3O4NA 3OYCA 2YNGA 1VSFA 4OJRA 3QEVA 1ZBUA 1O1WA 5HRRA 3KLHA 3DLRA 3RWUA 1C6VA 4FJLA 4EP4A 2YNHA 4DTUA 1FKPA 2VG5A 1Z25A 1VRTA 3C95A 1RDDA 3MEDA 4YFUA 4FM0A 1SKWA 1SKRA 1ASVA 1RBVA 4B9MA 4O5BA 4AILC 3B6PA 4MFBA 1SL0A 5JS2A 4LSNA 1HYSA 2HHQA 3LANA 1X9SA 3K59A 3WNHA 4E0DA 4JRQA 5J2MA 2G8IA 3TABA 1C0TA 3VQDA 4CEFA 3KLIA 4FM1A 2KW4A 3HP9A 3OYGA 4QOZB 1RT3A 2XRIA 3CYMA 3NCIA 1CZ9A 1FXXA 3AO3A 4BE0A 4J2BA 2G8FA 2E6LA 4ID5A 4O44A 4Z4GA 1REVA 3RMAA 2Y1JA 4M3UA 3LPTA 4Y1DA 4CEDA 4B9VA 1D9DA 3P5JA 4B9TA 3QERA 3S3MA 1LAVA 2DFEA 2IS3A 3RMBA 4CEZA 3PO4A 3NH1A 3M8RA 3AVIA 3LDSA 4BACA 1XC9A 1B9FA 3AVJA 4CF2A 4CJPA 1U48A 1SL2A 4M41A 3MXJA 4NYNA 3D45A 2ZE2A 3I0RA 2HHXA 2BE2A 4CIEA 4FLZA 2VG7A 3KJVA 1ZYQA 4Q0BA 3QLHA 1SL1A 3ZCMA 1IKYA 3RR8A 3KTQA 3ZT1A 5KGXA 3HPHA 4KB0A 4DFKA 1WSFA 1A5VA 4CE9A 1N6QA 3ZSXA 1JLGA 4CGIA 3SQ0A 1JLBA 1QHTA 1I39A 2X74A 2GUIA 1BIZA 4KTWA 4CEAA 3V9ZA 4E7IA 2XO7A 4DQRA 5SWMA 3AO5A 4CF8A 5J2PA 1LWEA 4ZHRA 1RTJA 4E3SA 3SQ1A 3SPZA 1JLEA 2G8KA 2P5OA 5J2NA 2Z1GA 2Z1IA 3AVAA 1RT7A 1YVUA 4GVMA 3SZ2A 3SI6A 2G8VA 2FBXA 3E01A 4LD0A 1VSHA 3V9XA 1LW0A 4CJEA 4E89A 4CECA 1U49A 1NK6A 1Z26A 3QNOA 1SKSA 4B08A 4IBNA 3NFAA 4W5TA 1U4BA 3VN5A 1YTUA 4CCHA 1QSYA 5T7BA 3OS0A 1WAFA 4OKKA 2O4GA 5FRNA 2HB5A 1NKEA 4ELUA 4OLAA 4F3OA 3IRXA 2OPPA 4ELTA 1S1VA 2HVHA 4CFAA 3VA3A 3KK3A 1QSSA 2WOMA 3QIPA 3OYIA 2E6MA 3L2VA 4M3TA 4Z4EA 4DF4A 4B9SA 5DK5A 3K5OA 2PZSA 4DTNA 3PX4A 5CY4A 3OYHA 3LAKA 3EYZA 3NBPA 4HHTA 2O4IA 1C1CA 2QXFA 3PO5A 3NF6A 5JS1A 4DU1A 3S3NA 1JXEA 3ULDA 1QSLA 3C6TA 1QQCA 2BGGA 5HRSA 1NOYA 3KKSA 3DLBA 4FZYA 1CLQA 4WE1A 4CF1A 4I7FA 1HNVA 4DTMA 4DU4A 1L3TA 3L8BA 1S1XA 4BDYA 1JKHA 2P1JA 4KKOA 3VQ9A 3HVRA 3CM5A 5E41A 4FJJA 4RW4A 1RDBA 3AA5X 4E7LA 4DS4A 1TK5A 1NJWA 3MXMA 3LP1A 3HYFA 4CK2A 3OYBA 4W5QA 4ZTJA 2JLEA 4DSIA 1RT6A 4OGCA 3ZT3A 4CEBA 3LZJA 4DTRA 3SUQA 3PUFA 4KFBA 3O4QA 4B3OA 3AA2A 2YKMA 5C24A 3OVNA 2HHSA 3AVHA 5DMRA 1BL3A 3RRHA 4BWJA 3OJUA 1JXBA 4H4OA 2HHTA 4HCCA 3KLFA 4FM2A 4DLGA 1NKBA 3ITHA 3PV8A 2GV9A 5I3UA 1VSDA 1S9EA 1HRHA 3LPUA 1VSKA 3VQ5A 3SPYA 3CFOA 4PA1A 4FJ7A 4CJFA 4N76A 2P51A 1ZBIA 2I5JA 1XWLA 4DQQA 4G1QA 3DOLA 1HNIA 1S1TA 1HYVA 3S9HA 2DFHA 3VQ6A 1JLCA 1RBTA 1YT3A 4M3WA 3KIOA 1DLOA 1XHXA 2X6NA 3BGRA 3HP6A 3NDKA 1BHLA 4KPYA 1RT1A 5KI6A 4E7JA 2VWJA 2FC0A 3CG7A 3RTVA 2E4LA 3DYAA 2AJQA 2F96A 4CHZA 3V4IA 2XY7A 3ZT2A 4PWDA 2KZZA 2FBVA 1NJZA 1KVAA 3VQPA 3KLGA 3V9UA 1RNHA 2FBYA 2ETJA 4DLEA 3HJFA 4B9LA 3A2FA 1Q8IA 3PX6A 5J1EA 3CQ8A 4RW8A 3P1GA 4BE2A 1X1PA 4CJUA 1BI4A 1RTHA 2OA8A 3C6UA 1SUQA 4DQSA 1CXQA 1S1UA 3SCXA 1LAWA 2YHBA 4CJLA 3T19A 4RW7A 3ZSYA 3L3UA 3LAMA 4CJQA 4KRFA 2D0AA 1TK0A 3HSTB 4DSKA 3RRGA 4FK2A 1LWCA 3WNEA 2WONA 3QINA 1NJYA 1Q9XA 4CK1A 1EX4A 1RILA 3ZSRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZSQA 3H3NO 1QQNA 3QESA 3KWIA 4GW6A 4DV1K 1I3AA 1JLQA 4KHPK 2A42A 3THWB 2NLXA 5KRSA 3U8XA 4A59A 1KSPA 2VGNA 2QWPA 2CGLA 1N5YA 2VGMA 3EKUA 1ATNA 4BRHA 1ASUA 4W5OA 3IUCA 1JCFA 3TARA 4N41A 1XHZA 2UXDK 4Z0UA 1HPZA 2ZGYA 5D3GA 4AHCA 5H1SQ 3O3HA 4CGGA 1GOAA 3EEQA 3T7ZA 1C1AA 4O4GA 4JRPA 5I42A 3CERA 1HJOA 1EP4A 2QWNA 2O8BA 4BDZA 2F9WA 1WSEA 4C8NA 1DEJA 1T8EA 3IG1A 1EWQA 3KKRA 3ZSVA 2ZQBA 4BQLA 3MEEA 4FWPA 4YOWA 1YUWA 3HVTA 2F4VK 3E9OA 1TUUA 2JGUA 4FJ5A 2XY5A 4CZFA 2AA4A 1YTAA 3CJ1A 4DSEA 1HQEA 5SZTA 3DLGA 4B8CA 2NRZA 1VQPN 4MO4A 2ZD1A 1Q81O 1TKTA 3VOVA 3F2KA 3U3YA 3QEPA 3AA3A 4Q5VA 3MMVA 2QKBA 3HZ6A 4LH5A 4FLXA 5AJ3K 4YORA 4CJWA 4BRCA 3VETA 3DLEA 1RFQA 4HCBA 4DFPA 4GKKK 2IVPA 4BR4A 1RGIA 1KVBA 4B9NA 4A62A 3THYA 1KAYA 3L3VA 4NYFA 4CJRA 3LP2A 4JI5K 3I0SA 3MXIA 4Z4IA 1EKEA 3HXMA 2J4RA 4G9ZA 5CZ2A 1ZBFA 2YHWA 3IMXA 3ZSWA 3LP0A 3T69A 5LMNK 1WNSA 4KREA 4CJ5A 2Z1JA 2RF2A 3DLLL 1W9HA 1NKCA 1C0UA 3ZETB 1J9AA 3O1WA 1KFDA 4YNQA 2HF3A 3QEIA 4H0OA 3AVBA 1Z05A 1S6QA 4KB1A 5DM7L 4M3RA 4M7XA 4O55A 4WFAL 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3ZSQ A;  3H3N O;  1QQN A;  3QES A;  3KWI A;  4GW6 A;  4DV1 K;  1I3A A;  1JLQ A;  4KHP K;  2A42 A;  3THW B;  2NLX A;  5KRS A;  3U8X A;  4A59 A;  1KSP A;  2VGN A;  2QWP A;  2CGL A;  1N5Y A;  2VGM A;  3EKU A;  1ATN A;  4BRH A;  1ASU A;  4W5O A;  3IUC A;  1JCF A;  3TAR A;  4N41 A;  1XHZ A;  2UXD K;  4Z0U A;  1HPZ A;  2ZGY A;  5D3G A;  4AHC A;  5H1S Q;  3O3H A;  4CGG A;  1GOA A;  3EEQ A;  3T7Z A;  1C1A A;  4O4G A;  4JRP A;  5I42 A;  3CER A;  1HJO A;  1EP4 A;  2QWN A;  2O8B A;  4BDZ A;  2F9W A;  1WSE A;  4C8N A;  1DEJ A;  1T8E A;  3IG1 A;  1EWQ A;  3KKR A;  3ZSV A;  2ZQB A;  4BQL A;  3MEE A;  4FWP A;  4YOW A;  1YUW A;  3HVT A;  2F4V K;  3E9O A;  1TUU A;  2JGU A;  4FJ5 A;  2XY5 A;  4CZF A;  2AA4 A;  1YTA A;  3CJ1 A;  4DSE A;  1HQE A;  5SZT A;  3DLG A;  4B8C A;  2NRZ A;  1VQP N;  4MO4 A;  2ZD1 A;  1Q81 O;  1TKT A;  3VOV A;  3F2K A;  3U3Y A;  3QEP A;  3AA3 A;  4Q5V A;  3MMV A;  2QKB A;  3HZ6 A;  4LH5 A;  4FLX A;  5AJ3 K;  4YOR A;  4CJW A;  4BRC A;  3VET A;  3DLE A;  1RFQ A;  4HCB A;  4DFP A;  4GKK K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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