5HRSA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k + a124n + t125a mutations complexed with gsk0002
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSNAVKAACWWAGIKQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 51
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrsA00
2D0BA 4O44A 4ZTJA 3BDPA 3KLGA 1NK4A 1HNVA 4KHUA 4DSEA 1WSJA 1TL1A 3HM9A 4DU4A 3NF9A 3T19A 4F2RA 1S1UA 1NKEA 1NK7A 1RILA 1FXXA 3KK3A 3HVRA 4BDYA 4PQUA 1KVAA 4CFAA 4C8LA 3C95A 3NH1A 3MEEA 3VQAA 1XI1A 3VQ9A 1NJYA 1JLGA 2D5RA 1RCHA 2PZSA 3DI6A 3AA4A 4W5QA 1KRPA 4KTZA 4OJRA 3C6TA 3HPHA 5HP1A 1Z26A 1RT1A 3OYDA 4CK3A 2VG6A 3QIPA 4FM1A 3S3NA 3VN5A 2DFEA 1DTTA 3DLRA 3HL8A 4KB1A 2QXFA 4Z0UA 4B9TA 4L8RB 4C8MA 4CFDA 4BE1A 3CG7A 2Z1HA 3KLHA 4HTUA 2O4GA 4E1NA 4AHSA 3AA2A 3MECA 4N56A 1W9HA 2BDPA 4FZZA 1IKXA 3NE6A 4DQIA 3DLHA 1Z25A 3LDSA 2G8UA 3G10A 3VQBA 3RRGA 1ZBUA 2LSNA 4Z4IA 2KZMA 3AO2A 3AVHA 4ZTFA 3OYGA 3AVLA 1SL0A 1ZBLA 4O0JA 4Z4HA 2JLEA 4HHTA 3LP0A 1VRTA 3VQ7A 1HYZA 2PYJA 3L2QA 1WSHA 2WOMA 3QIOA 3OYBA 3VQ6A 5D3GA 1EETA 3SQ2A 3NDKA 1JLBA 2Y1IA 1TKZA 2P51A 1JL1A 3NH2A 4DLGA 3PV8A 5CYMA 1R0AA 3ZSRA 4AHCA 4FLXA 4CHZA 1BI4B 4FJ9A 4NYNA 2E6MA 4NCGA 3V1OA 4CHNA 4CESA 3DRRA 3HYFA 4B8AB 4ID1A 4F3TA 1LV5A 4FJJA 1CZ9A 4RW8A 3ZT2A 4CEZA 3KIOA 4AH9A 3P5JA 3V9UA 1D9DA 1WSGA 2E6LA 3DLGA 1VSMA 3I0RA 3I0SA 4CEAA 4CF8A 2OZMA 4KHYA 4CGIA 3TAEA 3PY8A 4B8CA 1C0TA 4BACA 4QAGA 4JRPA 1SKSA 2Z1JA 4DTXA 3DLKA 1WLJA 2F96A 4FJMA 1U47A 1ITGA 1BCMA 2HNZA 1Q8IA 3O3GA 3OJSA 4IFVA 1TK5A 2G8IA 4EP4A 2OPPA 3RMDA 4CEEA 4FJNA 1WSIA 2B5JA 3OYLA 4N5SA 4DLEA 4FW2A 2Y1JA 1W0HA 1D5AA 1O1WA 4LH4A 3V4IA 2I5JA 2KZZA 4CGDA 3MEDA 4OPJA 3WNEA 3AVIA 4CGGA 4DG1A 3O3HA 2OPQA 4O55A 3VQDA 2HB5A 4CF9A 3OYMA 4KAZA 3HPGA 4W5NA 1RTHA 1S1VA 3H08A 4CE9A 4DS5A 3SUQA 1YTUA 2DFFA 3AVKA 4H4MA 2X78A 3SUPA 3RMAA 2X6SA 1MU2A 1TV6A 5DK5A 5J2NA 5C42A 1NK9A 2XY5A 5K14A 1HRHA 1KTQA 5HRSA 4R5PA 3EZ5A 3SUOA 3PUFA 1LAVA 1BIZA 3NF8A 1JKHA 3OYKA 4FJ5A 4DU3A 1Q9YA 4YFUA 3HPOA 4KHSA 4B9LA 1VSHA 1RTIA 2HNYA 1NJZA 1SL1A 2OA8A 3LWMA 3O4NA 5HRNA 1D9FA 3AVAA 4HUGA 3G0ZA 1HYSA 3RMBA 2X6NA 4ID5A 3OYAA 2YKNA 1XC9A 3SQ4A 4DFKA 4IG0A 3QEIA 3HXMA 4CIGA 3SV4A 2HVHA 1NKBA 4NCAA 2HHTA 1WSFA 1QE1A 1VSEA 3MXIA 3VQCA 4CGFA 3KLEA 3HSTB 4OGCA 3AVCA 5EU7A 4OPKA 5J2PA 3PX6A 3TANA 1QQCA 1X9SA 3KLIA 1N6QA 1BQMA 5DMRA 1G15A 1IG9A 3D0PA 1T7PA 4M42A 4FK2A 5C25A 2IAJA 3JSMA 4FLYA 4FW1A 3ZSWA 3DMJA 4CEBA 3NCIA 3T3FA 3DRSA 4F2SA 2P5OA 1KVCA 4FJGA 4E0DA 2GV9A 3DRPA 4IBNA 1A5VA 2YNIA 3LWLA 3VQ8A 4CJTA 3KK2A 5HROA 1L3VA 4BDZA 3PO5A 1C6VA 3OYCA 1TKDA 3NGYA 2P1JA 4AHRA 2YNGA 1S6QA 2RPIA 4H4OA 1ASWA 4M3UA 4AHVA 3L2UA 1X9MA 2FBVA 1UOCA 3DLEA 4TSXA 2YHAA 5KRTA 2W42A 4J2EA 4PY5A 4ELVA 1YVUA 4FVMA 4F8RA 4N41A 3RR8A 3ITHA 4O0IA 1XWLA 4G1QA 3SQ1A 5HRRA 5FROA 1B92A 3ZSZA 2XY8A 2B6AA 3NF7A 3LAMA 4CGHA 1ASVA 4O4GA 3DLBA 4CECA 3F9KA 4LSLA 3CFRA 4FJ7A 1S1WA 1NKCA 3TAGA 2IOCA 2EHGA 1L5UA 4CF0A 4BDPA 2KQ2A 3QEXA 4PA1A 1CLQA 4CK1A 1SUQA 3VQ4A 3OS2A 3K5LA 1VSIA 4I7FA 2OPSA 3DM2A 1TKXA 1RDDA 4CJSA 3VA0A 4DMNA 3QO9A 4OKEA 1B9FA 1S5JA 3L2VA 4E7KA 5FRNA 2HVIA 4CK2A 4DU1A 4FXDA 1GOCA 4W5RA 3V9ZA 4JS5A 3HJFA 4DTSA 1D8YA 1RT5A 2YKMA 1WAJA 3AVBA 2DFHA 4B9SA 3CYMA 4GVMA 4F3OA 1J5OA 1BCOA 1SV5A 4DS4A 5FDLA 1U4BA 1HQUA 1TK0A 4HCCA 2Z1GA 2HNDA 1RT4A 2XHBA 3CFPA 2B4JA 3FFIA 1WSEA 1WAFA 3ALYA 3OS1A 2QKBA 4K8ZA 2X74A 2KW4A 4OKJA 4AHTA 1BL3A 4Q5VA 1ZBIA 4CJKA 5HRPA 2F8TA 2P5GA 4CFBA 5I3UA 3IRXA 4KB0A 1DTQA 2ITGA 3OYJA 4HVJA 1YT3A 4ELUA 3LZJA 1ZYQA 4M3TA 1S9GA 4B9MA 3LP3A 4FLUA 2WONA 3AO3A 2XY6A 1NK5A 4FM0A 1L3SA 1EXQA 3AO4A 1KCFA 1BIUA 5I42A 4CCHA 3U6FA 4F4KA 4O5BA 3CM5A 4FJLA 4WE1A 3AA3A 3ZT3A 3K59A 4CHQA 4EZ9A 1UWBA 2G8FA 2IS3A 4DSLA 2KTQA 1QSLA 1IKWA 1NK0A 2HHXA 4FK0A 5FRMA 2BANA 4I2PA 3OS0A 4AILC 2ETJA 1WNSA 2VG5A 4CJLA 3QNNA 3QERA 4CJQA 3L3UA 1RTJA 3QESA 4HUFA 4Z4CA 3B6OA 1RDBA 3ASMA 4OVLA 1TAQA 5CZ2A 1RT6A 3E01A 4FM2A 4NCBA 3AVFA 3SV3A 3SI6A 3S3OA 3ZT1A 1BQNA 1S6PA 3L2WA 4DTMA 3ZSQA 4DTPA 3B6PA 4BWMA 1GOAA 1VSDA 3RRHA 2ATQA 3QEVA 2RN2A 1RDAA 3BGRA 4RW6A 1QHTA 4M3RA 1IH7A 4EZ6A 4KO0A 3MAQA 3HK2A 4ELTA 1QSYA 3V9WA 3TI0A 2DY4A 3QEPA 1BISA 5J2MA 4CJ4A 1NK8A 3A2FA 2PYLA 3ISNC 4RW4A 1VRUA 1QS4A 3VA3A 4CHOA 1QSSA 4IG3A 1C0MA 1VSJA 4I9QA 2HHQA 3ZSXA 4CJRA 2XRIA 3DOKA 3V81A 3M8PA 1RT7A 3ZSYA 1HNIA 3THVA 3K5MA 4DFMA 4E7HA 2HHSA 3ZT0A 4IDKA 4FJKA 3HVTA 1J53A 3MXJA 2GUIA 3LPUA 1JLFA 2PY5A 3VQPA 4KFBA 3PO4A 1HMVA 2XO7A 1NOYA 1RBTA 1VSLA 1EKEA 3NF6A 3OYHA 3OVNA 3LAKA 4MFBA 1BHLA 3T1AA 4CEDA 5HBMA 1KSPA 1TVRA 2OYQA 4KTQA 1TL3A 3K5OA 4BE2A 4KPYA 2IDOA 1S1TA 1TGOA 3KKSA 2IC3A 5KTQA 4DSJA 3CQ8A 4CFCA 4IFYA 3PX4A 3CM6A 5CY4A 1GOBA 1FKOA 1XHXA 4ZHRA 5J2QA 3PX0A 5SZTA 1I39A 1J9AA 2QKKA 4KKOA 3SCXA 3TAPA 1U49A 3KTQA 1REVA 2A1SA 2BGGA 1JL2A 4DQSA 5SWMA 5KI6A 4JS4A 3MEGA 1JXEA 1VSFA 4FK4A 3SPZA 1JLEA 4DSIA 1CXUA 3NFAA 3SZ2A 1Y97A 3HP9A 3L3VA 4LY7A 3AV9A 3HO1A 3CFOA 3K2PA 4LSNA 1FK9A 3IS9A 1KVBA 1S1XA 2VG7A 4E7IA 1RT3A 4IKFA 4FJXA 1N5YA 2R7YA 2YNFA 1T8EA 4DTOA 4CHYA 4Z4EA 1BGXT 4NYFA 4CEFA 5KRSA 2HHUA 1S9EA 2Q3SA 4OKKA 3LZIA 4DF4A 2HHWA 4KHWA 3AO1A 4M3XA 1LWCA 3K57A 4CJPA 3SYZA 3KD5E 3S9HA 2HW3A 1KLNA 2O4IA 3AO5A 2A1RA 2AJQA 1X1PA 3OYEA 1L3UA 4B9VA 3UIQA 2QK9A 3V9SA 4KRFA 3S3MA 4ICLA 3SJJA 3QINA 3AVJA 4GW6A 1JLCA 3M8QA 1EP4A 4CJ3A 4I2QA 3V9XA 3AVGA 1UAXA 4CJFA 4FLTA 3WNGA 2JGUA 3DYAA 3OYNA 1C1CA 1T05A 1KFDA 1WN7A 5JS2A 4JRQA 4CF2A 1J54A 1A5WA 4DSFA 3LP1A 3P1GA 3VQEA 2NUBA 3QNOA 3ZSOA 4DTNA 1JLAA 3SQ0A 4QCLA 4CIEA 4E19A 4J2AA 1TKTA 4E7LA 4J2BA 3OYFA 3ZSVA 4CJWA 1RDCA 2GBZA 3HP6A 3TABA 2D0CA 4HUEA 4FJIA 3EY1A 3TARA 4E1MA 4DSKA 1QTMA 3DOLA 1KFSA 4FZXC 3LALA 4GMJB 4DTUA 2E4LA 1CXQA 2YHBA 4K8XA 3V6DA 3VQ5A 4DQPA 3U3YA 5JS1A 4E89A 4FJ8A 1JXBA 2G8WA 2OZSA 1X9WA 4CERA 1U48A 3NHGA 1RBSA 1LWFA 4CJEA 4KI4A 1YTAA 2FBYA 3C6UA 4Y1DA 4Y1CA 1TK8A 5CZ1A 5T7BA 4RW7A 3QEWA 3NGIA 3WNHA 4UQGA 3RTVA 1L3TA 4C8OA 4Q0BA 1RBRA 4DTJA 4AHUA 4I9LA 5E41A 1EX4A 4BWJA 3L2RA 4LD0A 4KI6A 1BI4A 1C1BA 3KLFA 3RR7A 2VWJA 4CEQA 1I3AA 1CZBA 4FCYA 3NH0A 5KGWA 4OGEA 1VK0A 3O4QA 1FKPA 4KREA 3OY9A 4C8KA 1HYVA 3M8RA 1DLOA 3NBPA 4DFJA 4KHNA 1NJXA 3LANA 1NK6A 4J2DA 4Z4GA 4N47A 4M3WA 1LWEA 2ZE2A 1RT2A 4RG8A 1NOZA 4M45A 4CJVA 1C0UA 4FYDA 3K5NA 1IKVA 5CYQA 4YNQA 3D45A 4CEOA 2VWKA 4E7JA 4FLZA 2YNHA 2RF2A 1A5XA 4W5TA 1HJRA 4QOZB 3O3FA 3OYIA 2D0AA 4CJ5A 4W5OA 4DWIA 3WNFA 2IGIA 3JYTA 1LW2A 5J1EA 3F73A 2HMIA 3TAQA 2G8HA 1RBVA 1RNHA 3LPTA 1U04A 4M41A 3TAFA 1Q9XA 4N76A 2KFZA 3RMCA 1VSKA 4C8NA 4M3ZA 2G8KA 3ULDA 3SNNA 3V1QA 1IKYA 4LH5A 4OLAA 3EYZA 1B9DA 1XHZA 3HT3A 3RWUA 4KHQA 4CJUA 2ZD1A 4KTWA 4DTRA 1RBUA 2ZQBA 2DTUA 4DQRA 1LW0A 4FLWA 4H8KA 4B9UA 3IAYA 2HHVA 1SKWA 4HCBA 4CIFA 3V1RA 4CGJA 3TWHA 1UA1A 4KV8A 3VQQA 3ZCMA 3KJVA 3MXMA 5HLFA 4FLVA 2YV0X 2XY7A 1ZBHA 1RTDA 3OJUA 3M8SA 4BE0A 4DF8A 4FJHA 2FC0A 3AVNA 4OLBA 3AVMA 3KKRA 3SPYA 1K6YA 2RKIA 2Z1IA 4JLHA 3QETA 1U45A 2G8VA 4B9NA 3KK1A 1HQEA 3TAMA 3KD1E 3C94A 1NJWA 4M3YA 3P83D 3NAEA 5C24A 4B3OA 1ZBFA 4Z4FA 4E3SA 3TR8A 4DQQA 3SUNA 1ASUA 3ZT4A 1F21A 1UA0A 4PUOA 2KFNA 4RW9A 3QLHA 3K58A 4CHPA 1TAUA 2EX3A 1KLMA 2FBTA 3LP2A 3NGZA 3IG1A 3I8DA 1C1AA 1LAWA 2FBXA 4EP5A 1HPZA 3U3GA 5KGXA 1IO2A 1JLQA 4B08A 4CF1A 2OPRA 4MQ3A 3L8BA 1SL2A 4PWDA 3AA5X 1T03A 4XIUA 4DFPA 2F8SA 1SKRA 2BE2A 4FZYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ZTJA 3KLGA 1HNVA 2UXCK 4CD1A 4F2RA 4LFAK 1NKEA 1NK7A 1JCFA 3HVRA 1TUYA 3VOVA 3CJ9A 2IVPA 4B1WB 2D5RA 1RCHA 3DI6A 4W5QA 4A59A 5BRFA 2Q1NA 4KTZA 3HPHA 4JNEA 5F1XA 4Z0UA 4CFDA 3KLHA 3UE5A 4YOVA 3AA2A 4BR9A 5LMNK 5LJVA 2P9LA 3LDSA 2P9LB 3VQBA 2KZMA 5HL7L 3AVHA 3CI5A 4FWMA 1SL0A 4K42A 4Z4HA 4KBOA 2JLEA 3VQ7A 3R9PA 3OYBA 1EETA 4DLGA 2NNWA 3GBTA 2NRRA 4BRQA 1HLUA 4FLXA 4CHZA 3F5TA 4NYNA 2FXUA 4NCGA 3CCRN 4CESA 4B8AB 4DR5K 4RW8A 1U6ZA 1VQMN 1WSGA 3NVMA 1D9DA 2OZMA 4B8CA 4IOXA 3DLKA 2F96A 2HNZA 2G8IA 2OPPA 5H1SQ 4CEEA 3CF5L 4MLHA 5KQ8A 5LJWA 4N5SA 5HOOA 3CCUN 3WNEA 4CGGA 2OPQA 4O55A 4YOXA 2HBJA 3OYMA 4BGBA 1RTHA 1S1VA 2E2OA 2V7YA 4H4MA 4PL8A 2GELA 2D1KA 3FZHA 5AQVA 2X6SA 1TV6A 2CGKA 5I9EB 1HRHA 5HRSA 4IO8A 1HKCA 4Y0WA 5FPMA 1GLDG 2BUPA 1S3XA 2GUPA 3OYAA 1NMDA 5AQZA 3SQ4A 4DFKA 4IG0A 2HVHA 2HHTA 3DXMA 1QE1A 1VSEA 4FOIA 3KK7A 2P9UB 3DXMB 3VQCA 1YAGA 4CGFA 4EHUA 3KLEA 3AVCA 5J2PA 1N6QA 3PSFA 3VF6A 1IG9A 5AQNA 4LF8K 1G15A 3MMVA 2O8FA 5AFUH 4RTFD 5C25A 2O8FB 3JSMA 3HOSA 4FW1A 3DMJA 4FJGA 2GV9A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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