The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
116
|
structure length |
116
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
30
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4CVN E; 4LF9 K; 2UXB K; 5IWA K; 4GKK K; 1XNQ K; 4DV5 K; 1XMQ K; 2UUB K; 4LF6 K; 4K0K K; 2HHH K; 4JI8 K; 4DR6 K; 4YHH K; 4JI1 K; 1IBK K; 4DR5 K; 4DV4 K; 2ZM6 K; 4DV0 K; 4B3S K; 4JI4 K; 4JI7 K; 4LF8 K; 1HNX K; 5FLX O; 5LL6 Z; 3J80 O; 2UXD K; 4JI5 K; 3OTO K; 4LFA K; 4LFC K; 2F4V K; 1J5E K; 4B3M K; 1IBL K; 1IBM K; 4KHP K; 5BR8 K; 4DV1 K; 5IT9 O; 4YY3 K; 1HNW K; 3J7A P; 4LF7 K; 4X65 K; 4V19 S; 1I94 K; 4JI6 K; 2UUC K; 2VQF K; 4DV7 K; 4DUY K; 4DR7 K; 4DR3 K; 4CW7 B; 1HR0 K; 4LF5 K; 4DV3 K; 1XMO K; 1XNR K; 1HNZ K; 3JAM O; 4OX9 K; 4JV5 K; 4GKJ K; 4JI2 K; 4NXM K; 2VQE K; 4DV6 K; 2UUA K; 4JYA K; 3J81 O; 4B3R K; 4DV2 K; 4NXN K; 2UXC K; 4DR4 K; 1N32 K; 4LFB K; 4JI3 K; 5LMU K; 4X66 K; 1N34 K; 4X62 K; 2UU9 K; 1FJG K; 4LF4 K; 5LMN K; 2E5L K; 5A2Q O; 4DUZ K; 4DR2 K; 1N36 K; 4X64 K; 4AQY K; 3J7Y P; 3T1H K; 4DR1 K; 3T1Y K; 5AJ3 K; 4B3T K; 4JI0 K; 1N33 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NJI O; 4BAC A; 3HVR A; 2I5J A; 2ZWH A; 1HNV A; 2QWP A; 4WQ4 C; 4KAZ A; 4HUF A; 1ZBI A; 3HPG A; 1NWK A; 3NF6 A; 4RW4 A; 3DLE A; 1S6Q A; 2A6A A; 1VQ6 N; 5K14 A; 4WQ4 A; 1X1P A; 3QER A; 1BOT O; 2GUI A; 1KAY A; 4KO0 A; 3OW2 M; 1OKJ A; 3EO3 A; 1F21 A; 3OBY A; 4NYN A; 4Q0B A; 2IC3 A; 2NRZ A; 2FBX A; 1HNX K; 3AAQ A; 3DXK A; 5AZJ A; 3BDP A; 3KD5 E; 2GEL A; 3E01 A; 4N41 A; 1L5U A; 4FJ9 A; 3LM2 A; 1VQ9 N; 3OYK A; 3KLI A; 4DSK A; 3LPT A; 1BIZ A; 2ZJP L; 1BA0 A; 3VTI A; 3O9T A; 2Q0R A; 3O1B A; 4QS7 A; 3VQ8 A; 4CIF A; 3NF8 A; 1XUP O; 4RW9 A; 4ILJ A; 3H1V X; 4BE2 A; 2UYT A; 1MU2 A; 3AVI A; 5F1X A; 4DQP A; 3R3L A; 1CLQ A; 2LSN A; 2NZT A; 2ZGY A; 5CZ2 A; 2FF6 A; 3CQ8 A; 2CGL A; 2E1Y A; 4H8K A; 3O4W A; 4E7H A; 4U7B A; 3O9U A; 2CH6 A; 4FZY A; 4B1W B; 3TSP A; 2WTU A; 1XMO K; 2GTD A; 2P9U A; 5DM7 L; 1Q18 A; 3A5M C; 3THW A; 2F7T A; 4LY7 A; 3VQP A; 4DU4 A; 4OKK A; 4OX9 K; 1U49 A; 3ZET A; 4H5W A; 4BR2 A; 3DLR A; 1HJO A; 5GAG P; 3PLA A; 1QSY A; 1K9M O; 1SL0 A; 3N4P A; 1VSJ A; 2XY5 A; 4F3T A; 4DTS A; 1YUW A; 2VG6 A; 1GLC G; 1NKC A; 4JK9 A; 3MCP A; 2GUP A; 2D0P A; 3VET A; 5BRH A; 3VQB A; 2UU9 K; 1RFQ A; 4XEI A; 3D2E A; 4KTQ A; 3LP2 A; 5AR0 A; 4OO1 J; 4FM2 A; 5JS2 A; 3PX0 A; 1RGI A; 3WXM B; 4H0P A; 1YTA A; 3NH2 A; 3A8Y A; 1LCU A; 4DR1 K; 4FJL A; 3RRH A; 4JRP A; 2PAV A; 4JI0 K; 3ID8 A; 1ZBF A; 3C6H A; 4BY9 C; 4CVN E; 1HMV A; 4BC3 A; 4EZ9 A; 1XNQ K; 4CED A; 3SJJ A; 5GIP A; 3OYA A; 1Q82 O; 4B1Y B; 3VEY A; 5AQU A; 4WFB L; 3P31 A; 3ZEU B; 3SJH A; 2X6S A; 4IO8 A; 3TAR A; 4EZ6 A; 2O8C B; 3CJ9 A; 1KVA A; 1U2V A; 3HO1 A; 2GV9 A; 1EO1 A; 3RMD A; 5J2M A; 4OPK A; 4PKG A; 2FBT A; 2VG7 A; 3CET A; 2O8F B; 3QML A; 4PQU A; 4HUE A; 3K5O A; 5AQX A; 3QBW A; 3QEW A; 2OCE A; 3TAN A; 1VK0 A; 1IG8 A; 3J7A P; 1C0U A; 3IAY A; 2OA8 A; 4RW7 A; 3KK3 A; 1KVC A; 4DUY K; 4DR3 K; 1FXX A; 4OPJ A; 5BRD A; 3CHW A; 1NK5 A; 1VQK N; 3AVM A; 2QKB A; 4H0T B; 4RW6 A; 2OPP A; 1BWF O; 4FJ7 A; 3EL2 A; 1ASV A; 3WQT A; 1EKE A; 1VRT A; 4H5T A; 5JMV A; 3KWG A; 4ZTJ A; 3NFA A; 3FZL A; 2YKN A; 3SAG A; 3OYB A; 4KBO A; 1EWR A; 4BDP A; 5AZI B; 1SV5 A; 2KKZ A; 4FWP A; 4AIL C; 5AQO A; 3QEI A; 4ID5 A; 3R8E A; 4X62 K; 3BEX A; 1NKB A; 5LY3 A; 2FXU A; 4DQI A; 1BI4 A; 2P9S A; 2YV0 X; 1GLJ O; 4E3S A; 4BWM A; 4AHS A; 5C0Y A; 2Q2R A; 3UIQ A; 3T1Y K; 1D4X A; 4PKI A; 1X9W A; 4JS4 A; 4E7J A; 4W5N A; 1NKE A; 1X9M A; 3M6G A; 1YVN A; 3D45 A; 2ITG A; 3O9R A; 3WXI A; 1QQN A; 4YOU A; 4CK1 A; 3OYF A; 4DS5 A; 3HI0 A; 2J4R A; 4LF6 K; 3LDP A; 4KRE A; 2Q31 A; 2YNG A; 2DPN A; 1WSE A; 4JI1 K; 4Z94 A; 5EX5 A; 4I6M A; 1KAX A; 4JKA A; 3M8S A; 4DR5 K; 4FXD A; 1D5A A; 4CZM A; 4L8R B; 1OH7 A; 1LW0 A; 2WOM A; 3JYT A; 2AA4 A; 3AA2 A; 4R5P A; 3MN9 A; 1LAW A; 2A5X A; 3JS6 A; 3KIO A; 3HM9 A; 1HPM A; 3LZI A; 3L2Q A; 4CIE A; 4J2E A; 3E9P A; 3MXI A; 3V4I A; 4RW8 A; 3J80 O; 4CJ4 A; 3OVN A; 1NM1 A; 4BDY A; 3AVH A; 1DT9 A; 2P9N B; 4MO4 A; 1REV A; 2B4J A; 3NH0 A; 2O4G A; 1DTT A; 1IKW A; 5EXW A; 1HJR A; 1BGX T; 2OPS A; 1IBM K; 2VGN A; 3IMX A; 4JKD A; 4OGC A; 2ASM A; 4DV1 K; 5IT9 O; 4YY3 K; 4NYF A; 3AAR A; 3AVA A; 3P83 D; 1ASW A; 4KHQ A; 5AQH A; 1D9D A; 3QFP A; 3G71 N; 1WUA A; 3FFK B; 5AQS A; 3ULE A; 3H3O B; 3THX A; 2EWS A; 1TUY A; 3AY9 A; 4KH6 A; 2HF3 A; 1RNH A; 4O8U A; 2G8V A; 4FWL A; 5TKY A; 4J8F A; 4KI6 A; 3SAH A; 3P1G A; 4JN4 A; 3ZSX A; 4UY8 O; 3G25 A; 3ISN C; 1V4T A; 3VQD A; 1S9E A; 3ZSQ A; 3EKS A; 2KFN A; 1HRH A; 2ZJQ L; 4DR4 K; 4CZH A; 5AQJ A; 4IEI A; 1NGF A; 4CF9 A; 3DM2 A; 5LMU K; 3V1R A; 1YT3 A; 2Z1G A; 1VQO N; 3HP9 A; 3ATU A; 3I0R A; 3K9K A; 4KHS A; 2XRI A; 5F0X A; 3VA0 A; 1W97 L; 2GBZ A; 2XY7 A; 3CXC M; 1S72 N; 3AVN A; 3THY A; 4DCH A; 4B9L A; 3HOS A; 1Q9X A; 1ZBS A; 4AQY K; 1EP4 A; 3SV4 A; 3PX4 A; 4JKF A; 4FK0 A; 5C24 A; 4DQS A; 3LL3 A; 5AQN A; 2Z1H A; 3CJ7 A; 3C6T A; 1K8K B; 1NG9 A; 5AQK A; 4BR7 A; 4U67 L; 1KD1 O; 3CME N; 4CJ3 A; 4DR6 K; 4FCY A; 4E7I A; 1HKB A; 4CGH A; 4CJR A; 4B3S K; 3QIP A; 4XH1 A; 1RBT A; 4CFB A; 4MDA A; 4ILG B; 5HRN A; 2YNF A; 4HWI A; 1JL1 A; 4BQL A; 1UA1 A; 3G6E N; 5AQM A; 1SL1 A; 4B9Q A; 4YOX A; 4L3Q A; 1NGC A; 4IEE A; 2A42 A; 4M3T A; 4CJP A; 1C0G A; 4DTU A; 5LJW A; 4OKE A; 2YHY A; 3FLC O; 3WNH A; 2NNW A; 3VQE A; 1C1C A; 3OJS A; 4CJ5 A; 4BRL A; 4BR4 A; 4OGE A; 3AGR A; 3MMV A; 3O3F A; 3FFI A; 4BVP A; 3QNO A; 1JCG A; 4CJE A; 2P9I B; 3DXM B; 5M1F A; 1ASU A; 1VSL A; 1U4B A; 2O8E A; 3C0B A; 3AA5 X; 2DFH A; 3SNN A; 2X6N A; 4F8R A; 1YF5 L; 3M8P A; 2X74 A; 5M1P A; 1KLM A; 3CC2 N; 5KRS A; 3CPE A; 4KI4 A; 2VG5 A; 3GOI A; 4CZF A; 4ISE A; 5GAD P; 4B3R K; 3KWI A; 1DTQ A; 1HLU A; 1L3T A; 4KHU A; 2V52 B; 2E88 A; 4A2A A; 1FKO A; 3CJB A; 4DFJ A; 4E1J A; 4NCG A; 1YTU A; 3TI0 A; 2Z1I A; 4K43 A; 3ZT3 A; 3Q7C A; 4I2P A; 4DUZ K; 3TAB A; 2G8W A; 3ZSW A; 1UAX A; 2B6A A; 3MCA B; 4FJM A; 3LWM A; 4DKW A; 4RG8 A; 2QI2 A; 2RF2 A; 4IO9 L; 1TGO A; 4AM7 A; 1N33 K; 3SUN A; 2E6M A; 4QS8 A; 5GIN A; 5BN9 A; 5CZ1 A; 5J1E A; 3NAE A; 3K5M A; 4LF9 K; 3QBX A; 1KQS M; 5C42 A; 3EZ5 A; 1Q8I A; 4DV5 K; 3THV A; 3B6O A; 3S3M A; 4W5O A; 3OY9 A; 3SUP A; 3MN6 A; 3MXJ A; 4IG0 A; 2ZD1 A; 1VQ4 N; 4LF8 K; 3ALY A; 4WE1 A; 4DSI A; 1TYQ B; 2HOE A; 5J2Q A; 4O5B A; 1FKP A; 3KZB A; 4KHW A; 4WF9 L; 1GLL O; 4JAX A; 3WEE A; 3V9U A; 3RSE B; 4JS5 A; 2QWR A; 2HW3 A; 2IVO A; 3LDL A; 1XHX A; 4K41 A; 3ZX3 A; 4LFC K; 1N5Y A; 1WLJ A; 4B3M K; 4EHU A; 4ELT A; 2ZE2 A; 1TV6 A; 2W40 A; 1NK7 A; 1S9G A; 4K25 A; 3UKU B; 3P39 A; 3CMA N; 1NGH A; 4X65 K; 5AQV A; 3HT3 A; 4FK4 A; 4M7X A; 4JI6 K; 1QHA A; 4YFU A; 4PL7 A; 4M45 A; 2A1S A; 2Q3S A; 4H0O A; 1T03 A; 4CK2 A; 4CZK A; 2BAN A; 4W5R A; 3I56 N; 4FWR A; 4FPA A; 1VSE A; 2VWK A; 3CCU N; 4Z4C A; 4CJS A; 2NLX A; 4Z4G A; 2E1Z A; 4AF1 A; 3RTV A; 4FLT A; 3MWP A; 3ITH A; 5AQP A; 3NH1 A; 3S9H A; 1RIL A; 4DTJ A; 2WBN A; 3T19 A; 3VQ7 A; 1HKG A; 1LW2 A; 4JK7 A; 3CCE N; 3FZM A; 1V4S A; 5AFU A; 4B9T A; 5J2P A; 5A2Q O; 2QXF A; 3AVG A; 4AHU A; 1D9F A; 3NMU A; 3TTD A; 4YOY A; 3QES A; 2D0A A; 3U9Z A; 4OPA A; 2QEX N; 5FPD A; 1N36 K; 3C7N B; 5AQY A; 3TAQ A; 3J7Y P; 2PBD A; 3ENH A; 2JLE A; 1H1V A; 1BO5 O; 4XH4 A; 4IFE A; 4FJI A; 4AHC A; 2WC9 A; 3L6Q A; 4IZ9 A; 4C8M A; 3ZSO A; 3WXJ A; 1ZBU A; 4WFN L; 3UKR B; 4C8O A; 3G0Z A; 1XQS C; 4KRF A; 4JI8 K; 4NO7 A; 3BGR A; 2RE2 A; 1HQE A; 4DV4 K; 2EHG A; 1M90 O; 4JI4 K; 1LWC A; 3O4N A; 5KQ8 A; 4LSL A; 4NLC A; 4H5N A; 3E9O A; 2NRR A; 2QWQ A; 4BE0 A; 3CJC A; 3MXM A; 4FJN A; 2FSJ A; 3ZSV A; 1SKW A; 1EET A; 3H6E A; 2P9L A; 2B5J A; 3SAF A; 3ZLJ A; 4HVJ A; 3OTO K; 3DMJ A; 2E20 A; 3MWT A; 2IIR A; 5BPN A; 2RN2 A; 5BR8 K; 4CBX A; 4GW6 A; 4CHZ A; 1MWM A; 1NGE A; 4JRQ A; 3M3Z A; 1TUU A; 4GNI A; 1RDC A; 4FPB A; 1I94 K; 2OTJ N; 1SS6 A; 3CCM N; 3RMC A; 3KLE A; 4O8K A; 3K57 A; 3PUF A; 2VGM A; 4BRN A; 3DLB A; 4DU1 A; 3PY8 A; 1JLQ A; 5EVZ A; 3HST B; 3AO5 A; 2GWK A; 3OYI A; 4E89 A; 3S3N A; 3SI6 A; 3U8X A; 3AVK A; 3HVT A; 4Z4I A; 4BRO A; 3O9Q A; 5BRE A; 4IOC L; 3R9P A; 4B3O A; 1TVR A; 4KB1 A; 1BQM A; 3A5L C; 3T1A A; 1FJG K; 3EN9 A; 4PUO A; 4CES A; 1Q9Y A; 5KPR A; 3M1F A; 5KRT A; 4F4K A; 2AJQ A; 5JLH A; 1S3X A; 2G8K A; 1IKY A; 3ZYY X; 4FJ8 A; 4AHV A; 1ILY A; 4JHD A; 1WAJ A; 4A59 A; 4K42 A; 1CZ9 A; 5AQT A; 1NU0 A; 4DF4 A; 3LAN A; 5ADX A; 3BUZ B; 2IGI A; 4DTX A; 1J9A A; 4LH4 A; 3O5B A; 3V9X A; 2QM1 A; 4NCB A; 2HNZ A; 1C0T A; 1LWF A; 3OA9 A; 4BRE A; 2HNY A; 1HKC A; 3TAP A; 3TTF A; 2IVP A; 4CZJ A; 3L2U A; 3AVF A; 4JKG A; 3QEX A; 3EZW A; 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1NK0 A; 4HHT A; 4B9V A; 2HVI A; 4CD1 A; 3O3H A; 4RTF D; 4CGI A; 3P4I A; 2BTF A; 3BZK A; 1VSK A; 3C6U A; 4DV0 K; 4F9O A; 3O6W A; 3I8D A; 2QWN A; 5AZJ B; 3DXK B; 3O4Q A; 1MWK A; 2IDO A; 1GLA G; 3DLH A; 3C6A A; 4DSL A; 3AVJ A; 4XH5 A; 2PY5 A; 1YXQ A; 1X9J A; 3EKU A; 1IKV A; 1KFD A; 2P9I A; 3GL1 A; 3MAQ A; 1QSL A; 2CGK A; 2Q97 A; 4DG1 A; 4R79 A; 1SKS A; 2FLO A; 1RTD A; 1RBV A; 3DRR A; 4JNE A; 1U6Z A; 4B8A B; 1CZB A; 4BR0 A; 3WUH A; 3GE1 A; 4CJK A; 4LH5 A; 3WQU A; 4CD3 A; 1RBR A; 4IFV A; 2ITM A; 3AVC A; 3TSQ A; 5E41 A; 1YIT N; 1Q7Y O; 2YJE A; 2O4I A; 1SZ2 A; 3CCV N; 4JEP A; 3CPW M; 3NF7 A; 1VQ5 N; 4O0I A; 2P9U B; 3THW B; 3RMA A; 3CER A; 4BWJ A; 3D7E O; 1NJZ A; 4I9Q A; 3ZET B; 3DI6 A; 4QS9 A; 3D2F A; 5HRS A; 1RBS A; 3HL8 A; 4BRF A; 3CQY A; 3AO4 A; 4DQ8 A; 1NLV A; 3L2W A; 2E2P A; 4FLX A; 3WXK A; 1QQC A; 1Z26 A; 2NRV A; 2A1R A; 3VQ6 A; 3D2E B; 2QWL A; 2A40 A; 3Q7B A; 5HRO A; 1UOC A; 3R6M A; 1W9H A; 4N47 A; 3NDK A; 1KVB A; 3LP3 A; 4AHR A; 3PIP L; 1J54 A; 3S3O A; 1Z25 A; 4CGG A; 5AFU H; 4FOI A; 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