The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
116
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structure length |
116
|
Chain Sequence |
b'KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
30
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LFA K; 4B3R K; 2UUA K; 1I94 K; 4CW7 B; 4LF8 K; 2UUB K; 4JI5 K; 1XMQ K; 4B3M K; 4X66 K; 1J5E K; 4JYA K; 4JI2 K; 4DR3 K; 1N36 K; 4K0K K; 1HNX K; 2UU9 K; 4NXN K; 4JI0 K; 4LFB K; 2ZM6 K; 4DV5 K; 4NXM K; 5LL6 Z; 3T1H K; 1HNW K; 4DR4 K; 4DR6 K; 1IBM K; 1HNZ K; 3J81 O; 4LF5 K; 4JI6 K; 2UXD K; 4B3T K; 3J7A P; 4JI7 K; 4X62 K; 5LMN K; 4YHH K; 4AQY K; 4B3S K; 1IBK K; 4JI8 K; 4DR1 K; 4X65 K; 4DV3 K; 4DV6 K; 2UXC K; 1XMO K; 4JV5 K; 4LF7 K; 4LF9 K; 2UXB K; 4DR7 K; 1N33 K; 4GKK K; 3T1Y K; 1XNR K; 4CVN E; 1IBL K; 4LF6 K; 1XNQ K; 4DR5 K; 2E5L K; 1N34 K; 5AJ3 K; 3J7Y P; 4V19 S; 3J80 O; 4X64 K; 4LFC K; 3OTO K; 4JI3 K; 4DR2 K; 3JAM O; 4DV7 K; 2VQF K; 4KHP K; 4DV0 K; 2VQE K; 2F4V K; 1FJG K; 2HHH K; 5BR8 K; 4DUY K; 4GKJ K; 1HR0 K; 2UUC K; 4DUZ K; 5LMU K; 4YY3 K; 5IT9 O; 4LF4 K; 4JI4 K; 5IWA K; 4DV2 K; 5A2Q O; 5FLX O; 4OX9 K; 1N32 K; 4DV1 K; 4DV4 K; 4JI1 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1F21 A; 2F9W A; 2HNZ A; 1JJ2 M; 5C42 A; 3TSU A; 2UUA K; 2NRX A; 4CGD A; 3SZ2 A; 4CF9 A; 4AHC A; 1SQK A; 3CG7 A; 4CK2 A; 4DF4 A; 3CC4 N; 4RWT A; 1NKB A; 3TU5 A; 4JK8 A; 1VQL N; 3ZSQ A; 3OYA A; 4I6M A; 2RF2 A; 5CR4 A; 5KQ8 A; 1EO1 A; 4IO8 A; 2PYL A; 4C8N A; 2FXU A; 4DFP A; 5C25 A; 3V9W A; 1RDC A; 2A3Z A; 3ZX0 A; 4H0T B; 1Z25 A; 2PYJ A; 1SZ2 A; 4BC5 A; 4DB3 A; 5AFU A; 2ZM6 K; 4FW2 A; 4CGI A; 4JKG A; 2DY4 A; 2BTF A; 2GX9 A; 4NLC A; 4B8A B; 4C23 A; 2P9I B; 1N5Y A; 5KI6 A; 3HBT A; 2IGI A; 3LWM A; 4ZTJ A; 3AVM A; 3EEQ A; 3MXM A; 1FKO A; 4H0Y B; 4BWJ A; 1U48 A; 5AQO A; 3BP8 A; 4MO5 A; 4BY9 C; 1KLN A; 3CI5 A; 3QNN A; 3K5L A; 3WT0 A; 3JSM A; 4J2E A; 3P4I A; 4CGF A; 1RNH A; 4QOZ B; 4CZH A; 2XY7 A; 5LJW A; 4FZZ A; 3HOT A; 2BUP A; 4XEI A; 1QQO A; 3AVJ A; 3E1Y A; 3M8R A; 4V19 S; 3A5M C; 3DM2 A; 3K58 A; 4CIF A; 3QEP A; 4Z4F A; 1HQE A; 4H4O A; 3TAN A; 1T44 A; 2QWN A; 4ILG B; 2HHX A; 4OPK A; 3CC2 N; 5BPL A; 5C24 A; 3SPY A; 4JHD B; 3RMC A; 4K25 A; 5EU7 A; 4AF1 A; 3DJC A; 2I7P A; 4YDU A; 4BRN A; 1B9F A; 3KK3 A; 3HVT A; 1D9F A; 4H5N A; 4KHW A; 3HJF A; 2QEX N; 4LF4 K; 1C0M A; 4A61 A; 5J1E A; 4O5B A; 1N32 K; 3OS2 A; 3LWL A; 1RTJ A; 2GV9 A; 1DTT A; 1R59 O; 3MX5 A; 4CE9 A; 4KRF A; 2YNG A; 4BC4 A; 4CZE A; 1VQ8 N; 3TSQ A; 3I55 N; 1HQU A; 3L4Q A; 2P51 A; 1YJN N; 2E88 A; 4U67 L; 4JI5 K; 1NGE A; 2AP1 A; 4CHP A; 3AO1 A; 1EWQ A; 3THY B; 3CFO A; 4DTM A; 1A5W A; 4IOX A; 3ATV A; 4FWR A; 4FLZ A; 3UIQ A; 4IEI A; 3PO4 A; 1IG8 A; 1K9M O; 4DV5 K; 1LWE A; 4MFB A; 3TAF A; 1XI1 A; 4WFA L; 5C12 A; 1NJX A; 1WUA A; 3SV4 A; 3O4N A; 4DCH A; 4LH4 A; 4C8K A; 2HST A; 4B3T K; 3DLG A; 1HYV A; 3RSE A; 3Q7C A; 2FSN A; 4BR2 A; 4DQ8 A; 4YHH K; 1SL0 A; 4L8R B; 4OPA A; 2VWJ A; 3K59 A; 3W3D A; 4JI8 K; 5BRH A; 3P83 D; 2HHS A; 1BCO A; 4DV6 K; 2QTD A; 1NWK A; 3PIO L; 4CEC A; 3UKR B; 1NGH A; 1T6C A; 3B6O A; 4G1Q A; 2ZGY A; 1EP4 A; 2IIR A; 4DR7 K; 3OYI A; 1XNR K; 3FZH A; 3OYL A; 4CJU A; 2RKI A; 4IWV A; 2E4L A; 3ZYY X; 4FJL A; 3CJB A; 3LDL A; 1QHA A; 4FM2 A; 1VQ9 N; 1YHQ N; 1NM1 A; 2HNY A; 5AZI A; 2Y1I A; 3L2Q A; 2P5G A; 5AQL A; 3QFU A; 2VQE K; 2WBN A; 5AZI B; 2FBT A; 3HPH A; 2OYQ A; 1Z26 A; 1X9W A; 3VQP A; 1YVN A; 2JWL A; 4KTW A; 4PA1 A; 5F2R A; 4JI4 K; 5JIC A; 4HCC A; 5GAG P; 2OTL N; 1RBR A; 4JKD A; 1JL2 A; 3I33 A; 2ASP A; 4B3R K; 3ZLJ A; 4FLX A; 1WAJ A; 1QZ6 A; 3CCJ N; 4RW4 A; 5JS2 A; 5FPD A; 1I94 K; 4DSK A; 4ELV A; 4A5B A; 1S9G A; 1QVG M; 3VQE A; 2Z1I A; 3KD5 E; 3CET A; 1RFQ A; 1ZBI A; 4JD2 B; 4CHQ A; 1XUP O; 3ATU A; 4BC2 A; 3VEZ A; 4BRG A; 4IOA L; 3HOS A; 1LAW A; 3SI6 A; 2FSK A; 3HSC A; 3ZSV A; 4PL8 A; 1YXQ A; 1U45 A; 1IKW A; 3F73 A; 4YFU A; 3WXJ A; 4DQI A; 5JVH L; 3F5T A; 4KI6 A; 3THX B; 2P9U A; 1Q82 O; 4J2B A; 1U49 A; 1WSE A; 4X62 K; 1IKY A; 4GNI A; 4KI4 A; 1NGF A; 3H3N O; 4FWO A; 4ILH A; 1OH7 A; 4I9L A; 4CFA A; 4CCH A; 4DTX A; 4OKK A; 3SCX A; 2FBY A; 3OHR A; 1REV A; 4Y1C A; 3GBT A; 4CEO A; 1WN7 A; 3AA2 A; 4KH5 A; 4KKO A; 5AR0 A; 2IS3 A; 5C2F A; 1VAZ A; 1TYQ B; 1W97 L; 3WXM B; 2BE2 A; 1ATR A; 2O8B A; 4DKW A; 4F3O A; 2HVH A; 5CZ2 A; 5AQY A; 4FVM A; 3TAQ A; 1J6Z A; 1OVY A; 4CJR A; 2CGJ A; 3NVK A; 3LDP A; 3I0S A; 3VGM A; 4Z4G A; 3BGR A; 1JLF A; 3M1F A; 1XC9 A; 3WEE B; 5AQH A; 4YOY A; 4GKJ K; 3QFP A; 3VEN A; 3EY1 A; 2P1J A; 3LP2 A; 4YOX A; 1Q81 O; 4GMJ B; 1HYS A; 2LSN A; 1C0G A; 4AM7 A; 4CGG A; 2GUI A; 1RIL A; 4FW1 A; 3CCS N; 2OZS A; 1I39 A; 4EZ6 A; 2HOE A; 3FFI A; 3L8B A; 4FLU A; 3LP3 A; 4CJQ A; 4LFA K; 2A1S A; 4PL7 A; 5E41 A; 3HK2 A; 4OPH A; 3A5N C; 4PKH A; 3RVC A; 1GOB A; 4DTO A; 1T6D A; 1WSF A; 2KLA A; 2Q31 A; 3LAK A; 4AHT A; 3OS0 A; 1S1U A; 5FDL A; 3VES A; 1JLA A; 1K8A O; 4FWM A; 3TAR A; 1NG9 A; 4M7Y A; 2QI2 A; 1QSY A; 4CZF A; 4FWS A; 2HBK A; 1E3M A; 4WQ5 A; 1TKT A; 4PKG A; 1C0U A; 3BZC A; 3G4S N; 3K57 A; 1U6Z A; 3QEW A; 1HNX K; 4QAG A; 3T1H K; 4FWL A; 4DR4 K; 4DR6 K; 3O9T A; 1YF5 L; 2RPI A; 4M7X A; 1IBM K; 1TAU A; 3WQT A; 4K8Z A; 2O8F A; 2F8S A; 1KAX A; 2F7T A; 4CGJ A; 4JI7 K; 3NFA A; 4PQU A; 4G9Z A; 4AQY K; 3H6E A; 4H03 B; 4JS5 A; 3IS9 A; 5AQX A; 3QES A; 2WTU A; 3EZW A; 3DLE A; 2Q0U A; 2HBM A; 3BUZ B; 4RCH A; 3CXC M; 1XWL A; 4WCE L; 4FM0 A; 2YHY A; 2P9L B; 4DTR A; 4OLB A; 4GKK K; 3T1Y K; 4YOR A; 1EET A; 4CES A; 1NJW A; 3WUH A; 4K42 A; 4KH4 A; 3N4P A; 2VG5 A; 1NGB A; 4M3X A; 3HRG A; 3TAM A; 3OTO K; 4JI3 K; 4DTS A; 3I8D A; 1X9J A; 4DS4 A; 4AHR A; 3VQC A; 2I7N A; 1L3T A; 4KHP K; 3G25 A; 5GIO A; 1VSE A; 1JXB A; 4BDP A; 2QWQ A; 1FJG K; 1S3X A; 3U3G A; 4CJK A; 3LM2 A; 1RDB A; 4BRM A; 1S6Q A; 4FJ8 A; 3RR7 A; 4B9V A; 3THW A; 3V9Z A; 3CIP A; 4KHQ A; 4BGA A; 4Z0U A; 3AAP A; 1ASV A; 1WBB A; 1K8K A; 4BRQ A; 3OS1 A; 2GUP A; 4FPA A; 4U7B A; 2YNH A; 4RW6 A; 1GLC G; 4DWI A; 4JRQ A; 4IJN A; 4WF9 L; 4Z94 A; 4CJT A; 3OW2 M; 1YTU A; 4CJL A; 3A5O C; 3NGZ A; 3ID8 A; 5SZT A; 2IDO A; 2FF6 A; 1U2V A; 3O9R A; 3QIP A; 4CJW A; 1JCF A; 3VQ5 A; 5F0X A; 4HTL A; 4BE0 A; 1ILY A; 1X9M A; 2FLO A; 1J5E K; 3ENO A; 4JI2 K; 3TTD A; 5KPR A; 3EN9 A; 4WFB L; 4WE1 A; 4FK2 A; 3KLG A; 4FO0 A; 2B6A A; 5K14 A; 4NXM K; 3CC7 N; 1RT6 A; 2YV0 X; 1IV0 A; 2Q1N A; 1P90 A; 4E1N A; 3WXI A; 1RT1 A; 1RTD A; 4KRE A; 1YTA A; 1VQP N; 3J81 O; 2HHV A; 4LF5 K; 4I7F A; 3MCP A; 4DU3 A; 3ZSW A; 4CZI A; 3UKU B; 2G8W A; 3D45 A; 4CF8 A; 1TAQ A; 5AQT A; 2QWR A; 1C0T A; 3DRS A; 4ELT A; 1GLJ O; 1CZA N; 4CEB A; 1BUP A; 3O1W A; 1NJZ A; 1WNS A; 3H3O B; 2Q36 A; 1TKX A; 4FK0 A; 5J2Q A; 5AQM A; 1XMO K; 5CHI A; 3BF3 A; 3A0I X; 2ZD1 A; 3LZJ A; 3CCE N; 3O8M A; 2YNI A; 3TSP A; 2RN2 A; 3S41 A; 5HOO A; 4BRF A; 3ZEU A; 2QKK A; 3NF6 A; 2YJF A; 3ZEU B; 4H0O A; 3SQ0 A; 2P9P A; 3CYM A; 4IKF A; 3PSI A; 3JAM O; 3C0B A; 3ID6 A; 4YOU A; 5BN9 A; 4B9M A; 1FXX A; 1V4T A; 2W41 A; 4FOE A; 4BGB A; 4KHU A; 2A6A A; 1B92 A; 4BG8 A; 4DQP A; 2NRH A; 3DRR A; 5JLH A; 3VOV A; 5ELZ A; 1JLG A; 3O08 A; 1HX1 A; 1BWF O; 5FLX O; 3OY9 A; 1U47 A; 3E9O A; 4KAZ A; 5AFU H; 3SMP A; 3OYD A; 4MQ3 A; 3MED A; 3O3H A; 3CM5 A; 3DWL A; 2D0O A; 4KO0 A; 4CIE A; 3HM8 A; 3AVK A; 1IG9 A; 3DXK A; 1Z05 A; 2EX3 A; 1XC3 A; 2IVO A; 3QER A; 3ZT0 A; 2E1Y A; 3LPT A; 3ZSZ A; 3QBX A; 2QW9 A; 3AA5 X; 5T7B A; 1YI2 N; 1ZXO A; 4FVU A; 4DR3 K; 2QA4 N; 4C8M A; 4DTJ A; 3V1O A; 2GWJ A; 1TUU A; 1N36 K; 1LWF A; 3GOI A; 5BRE A; 2CGK A; 3MN5 A; 1S6P A; 3H46 O; 3OJS A; 1WSG A; 3HL8 A; 5EY4 A; 1HNZ K; 1HUX A; 3J7A P; 4E19 A; 1QVF M; 4OLA A; 1HNI A; 4FJ9 A; 3I56 N; 2XO7 A; 2Q0R A; 3PUF A; 3ZT4 A; 4GY2 B; 2B4J A; 1QQN A; 4BRD A; 1FKP A; 1IBK K; 4I6M B; 5AQZ A; 3O3G A; 3CCL N; 4M3Z A; 1W9H A; 2NRT A; 1VQ7 N; 1HYZ A; 3NMU A; 3L0Q A; 3L3U A; 2ZJR L; 4E1M A; 2HW3 A; 2V7Z A; 1N33 K; 4IDH A; 2BAN A; 4CVN E; 4JKG B; 3DI6 A; 1IBL K; 1XNQ K; 1NK7 A; 3PX4 A; 4CJ5 A; 2D4W A; 5KRT A; 4X64 K; 3RRH A; 3F2K A; 1HKG A; 4Z4H A; 3L2V A; 2PAV A; 3D2E A; 3VN5 A; 4O8U A; 3DRP A; 3JS6 A; 3KVG A; 1R0A A; 1KFD A; 4PWD A; 4K43 A; 4CFD A; 3SLC A; 1SKW A; 2IC3 A; 2IVP A; 1KCF A; 1BI4 A; 3AAR A; 3T1A A; 2Z1G A; 2F96 A; 3QEI A; 4H0X B; 3VEW A; 4CD1 A; 5AQV A; 3WNG A; 4A62 A; 4DV4 K; 4H8K A; 3SBT A; 1O1W A; 1RT2 A; 4M3Y A; 3B6P A; 3FGU A; 4CFB A; 1GOA A; 3AO5 A; 3THV A; 3LPU A; 4MLH A; 3SK3 A; 1OH6 A; 2NRV A; 1XHZ A; 5KRS A; 4ELU A; 4E1J A; 1JLB A; 1XMQ K; 3AV9 A; 4CBW A; 1BGX T; 2ZWH A; 3V9U A; 4I2P A; 4LSL A; 1KTQ A; 3ZT3 A; 2E2Q A; 2I5J A; 5DM7 L; 3V6D A; 2P5O A; 4YOT A; 5LL6 Z; 4W5T A; 1HNW K; 4O8K A; 1ZBU A; 3C6H A; 1T05 A; 5HRO A; 4GVM A; 3O4Q A; 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4PY5 A; 3UB5 A; 2OPP A; 1GOC A; 4AHU A; 2F8T A; 2A42 A; 3NF9 A; 3EKS A; 2VWB A; 1ZBF A; 3KK2 A; 1HNV A; 3BZK A; 5M1F A; 3AVC A; 4Z4E A; 5CZ1 A; 5TKY A; 3KLH A; 5F1X A; 2YJE A; 3CF5 L; 5HLF A; 5HRP A; 2F9T A; 1GLB G; 2AJQ A; 4H4M A; 4W5Q A; 3K5O A; 2YCH A; 1TL3 A; 3NH0 A; 3TPQ A; 2QKB A; 3SAG A; 3NH2 A; 2D0A A; 5KTQ A; 3AY9 A; 3LZI A; 5GAD P; 3A5L C; 1EWR A; 2OAN A; 3LAM A; 3WQU A; 3JXU A; 3KLI A; 1SS6 A; 2P9K A; 5LY3 A; 2P9S A; 1VSH A; 3I8B A; 4DS5 A; 3OYK A; 3VET A; 1NOY A; 3CMA N; 3FZK A; 2V51 B; 5B8H A; 1C1B A; 2P9U B; 4B1Y B; 1M90 O; 3K0S A; 2G8K A; 2PZS A; 4KBO A; 2E6L A; 3FE1 A; 4J8F A; 3CJC A; 4BAC A; 4O0J A; 2YHX A; 1C0F A; 2RHK A; 1DKG D; 2D1K A; 2DTU A; 1DGK N; 2WUS A; 3C6T A; 2NRR A; 1DT9 A; 3PY8 A; 4FJJ A; 4DV2 K; 4WQ4 C; 3CME N; 1ZBH A; 1GLE G; 2XY5 A; 4M3T A; 3T7Z A; 3VEY A; 4JI1 K; 2O8B B; 1ATS A; 2VG7 A; 3HPG A; 4BE2 A; 2W6L A; 1WOQ A; 2PFU A; 3MX2 A; 4BG9 A; 4FLW A; 1RCH A; 3VEO A; 1HRH A; 5FRN A; 3SQ2 A; 4H0V B; 3M5R A; 1X3M A; 1OKJ A; 2KZZ A; 4M3R A; 4LD0 A; 2A1R A; 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