The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
116
|
structure length |
116
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
30
|
| structure length |
116
|
| sequence length |
116
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4AQY K; 1FJG K; 4LFC K; 4X66 K; 4KHP K; 5LMU K; 4DR1 K; 1HNZ K; 4NXM K; 4DR6 K; 2UXD K; 4CVN E; 4X65 K; 4DUZ K; 4DV5 K; 1J5E K; 4NXN K; 4DV4 K; 2ZM6 K; 4DV3 K; 3T1Y K; 1XMQ K; 4JI2 K; 1N36 K; 4JYA K; 4JI7 K; 4DR2 K; 2E5L K; 4GKK K; 4JI1 K; 5A2Q O; 4CW7 B; 3J81 O; 1HNX K; 4GKJ K; 4LF6 K; 4JI0 K; 4DUY K; 5LMN K; 2VQE K; 4LFA K; 4LF7 K; 2UUB K; 2VQF K; 4DR3 K; 4OX9 K; 1XMO K; 2UUC K; 3T1H K; 4LF8 K; 4DR4 K; 1IBK K; 3JAM O; 4LF4 K; 4B3T K; 1IBL K; 4B3M K; 4DV1 K; 4B3S K; 1IBM K; 4K0K K; 1N34 K; 4LF5 K; 3OTO K; 4V19 S; 4LF9 K; 4JI4 K; 1N33 K; 2UXB K; 1I94 K; 1XNR K; 5BR8 K; 1N32 K; 4DR7 K; 4DV6 K; 4JV5 K; 3J80 O; 4DV0 K; 4DV2 K; 4B3R K; 4DR5 K; 2UUA K; 4DV7 K; 4JI8 K; 5IT9 O; 3J7Y P; 2HHH K; 4X62 K; 4JI5 K; 4X64 K; 1HR0 K; 1XNQ K; 5LL6 Z; 5IWA K; 4JI3 K; 4JI6 K; 2UU9 K; 2UXC K; 1HNW K; 4LFB K; 5AJ3 K; 5FLX O; 4YHH K; 4YY3 K; 2F4V K; 3J7A P; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YAG A; 3GOI A; 2NRT A; 1YJW N; 4FVU A; 1RBT A; 1BA1 A; 5M1P A; 4RW9 A; 3DWL A; 4NXM K; 4IOC L; 4B1W B; 4IOX A; 4FWP A; 2YX6 A; 1X9M A; 3EE9 A; 3V9X A; 1S1V A; 2WC9 A; 3S3O A; 4E7I A; 2FBV A; 2P51 A; 1K8A O; 1QZ6 A; 3NF6 A; 3C7N A; 3GBT A; 1BIZ A; 3EEQ A; 5EX5 A; 1EX4 A; 4KHY A; 2ZWH A; 4E7K A; 4Q0B A; 1HQE A; 3BP8 A; 2RHK A; 4B9U A; 5D3G A; 4XIU A; 1OVQ A; 2QXL A; 4O8K A; 1C0U A; 1TUU A; 4CFC A; 4N47 A; 2AA4 A; 4FJK A; 5CY4 A; 1YIT N; 4H5R A; 5E26 A; 3HI0 A; 1C0F A; 5AQR A; 4BR4 A; 4U7B A; 5AQT A; 2E20 A; 1HYZ A; 3LPU A; 3WXI A; 3MN7 A; 1LCU A; 5I42 A; 2KKZ A; 4EP5 A; 3U3Y A; 4M3R A; 2Y1J A; 4FK0 A; 4C8M A; 1WNS A; 4FO0 A; 3TTF A; 4H0P A; 3VQD A; 4HUF A; 3UKU B; 1XC3 A; 4KTZ A; 3EZ5 A; 1SL0 A; 3O3G A; 3E66 A; 3OYM A; 1GLC G; 4YOT A; 4OPJ A; 1N33 K; 1ZBI A; 4DTP A; 1N32 K; 4IFE A; 3KK1 A; 1W2B M; 4ISG A; 4GV3 A; 2PYL A; 1RBU A; 3ZET A; 4CHP A; 3J80 O; 1MDU B; 3DXK B; 1FKP A; 3VEO A; 3PV8 A; 3SMS A; 4Y1C A; 1IV0 A; 4E1M A; 4JRP A; 3J7Y P; 4EIA A; 5AQQ A; 4M42 A; 4XH1 A; 4DSL A; 1K8K A; 3NHG A; 1I3A A; 3O4W A; 4CJU A; 3EKS A; 2D4W A; 4FLX A; 1RTI A; 1QQO A; 1QHA A; 3PX6 A; 2UU9 K; 4KTQ A; 4FWS A; 3O9S A; 4JKE A; 2YNG A; 1HQU A; 3SUN A; 4IG0 A; 2PFU A; 4B9N A; 1IKX A; 2P9P B; 4DTX A; 1NGB A; 1Q8I A; 1NNE A; 1HMV A; 2NLX A; 4J8F A; 4FM0 A; 4DV5 K; 4BG9 A; 2Z1I A; 3OVN A; 1KLM A; 2NUB A; 4AIL C; 1WSJ A; 1NWK A; 2GWJ A; 4CFB A; 1C1C A; 4CJK A; 4FJX A; 4PL8 A; 3OS1 A; 1J9A A; 1Z26 A; 1Q18 A; 3QES A; 4GVM A; 3K2P A; 3IFR A; 2VYP A; 3TWH A; 3TSU A; 4JI1 K; 4CHY A; 1HKC A; 1YJN N; 2G8K A; 3R1X A; 1MWM A; 5T7B A; 1TK8 A; 5HLF A; 3F9M A; 4H0V B; 1REV A; 3ISN C; 2UUB K; 2VQF K; 1T6C A; 1VQ8 N; 3CJ9 A; 4OX9 K; 3BF1 A; 3O9Q A; 3VN5 A; 1EQY A; 4DB3 A; 4NYF A; 3NVM A; 1TYQ A; 2YHX A; 1J5O A; 2KZM A; 4WFN L; 4H0X B; 1IBK K; 3ULD A; 3JAM O; 1T44 A; 3CD6 N; 1RFQ A; 1TAU A; 1NKB A; 5BPL A; 3OYH A; 3LP1 A; 2F7T A; 4B3S K; 2HOE A; 4QAG A; 1ZBF A; 3SMP A; 1BG3 A; 1Q81 O; 4RG8 A; 1S1U A; 4BRP A; 1S6P A; 4V19 S; 1TL1 A; 1I94 K; 1VSF A; 4JLH A; 3O08 A; 4IFV A; 2QA4 N; 4QOZ B; 1ATS A; 1RGI A; 4E3S A; 2IC3 A; 3THW A; 3KK7 A; 1ZBH A; 3LAN A; 4FLW A; 1RDC A; 3HST B; 1HNI A; 1V4S A; 2BAN A; 3DLK A; 5AQZ A; 3TAE A; 4BC3 A; 3EYZ A; 4IXC A; 5LJW A; 2P5G A; 1IKW A; 1IKY A; 4R79 A; 1UWB A; 1S22 A; 4EP4 A; 3ENB A; 3HXM A; 3L6Q A; 2ASM A; 2UXC K; 3VQB A; 2E88 A; 2DTU A; 2KTQ A; 1HNW K; 4CEF A; 3CER A; 3RWU A; 3DOK A; 3FZM A; 3CCL N; 1S1W A; 2ATQ A; 3LZI A; 4B1Z A; 5HRR A; 3WNG A; 4BWJ A; 4DTN A; 4DSJ A; 1KRP A; 4I2P A; 1NM1 A; 4AHV A; 4F2S A; 3O6W A; 3QNO A; 1JLF A; 3C6A A; 4F3O A; 1SQK A; 2Z1H A; 1BWF O; 4BGB A; 5AQN A; 3OYF A; 3QLH A; 3QEX A; 3E01 A; 3CPE A; 3DLR A; 3ZT2 A; 1GLJ O; 3J8A A; 4M3U A; 2VG7 A; 3E1Y A; 4DHY A; 3SAF A; 3PLA A; 4KH5 A; 4BQZ A; 4F3T A; 1W9H A; 1X3M A; 4CZI A; 3KLG A; 1QVF M; 3C6U A; 2ITG A; 3SJJ A; 5HRO A; 2ZQB A; 2NRR A; 3FE1 A; 1L5U A; 2X78 A; 4LF8 K; 1TVR A; 4AHT A; 4FYD A; 4K43 A; 2A1R A; 4I2Q A; 1BU6 O; 1QS4 A; 1VSE A; 1WSI A; 4OJR A; 1JLG A; 2P9U B; 3PO4 A; 2ZGY A; 3ZT1 A; 2OPQ A; 3FFI A; 4K8Z A; 3I33 A; 2QWN A; 1XNR K; 5EXW A; 3SZ2 A; 4N41 A; 1B9F A; 3O9T A; 3L3U A; 4FL9 A; 4DV2 K; 3TAG A; 5FPD A; 2Q0U A; 2UUA K; 3KWG A; 4DV7 K; 5IT9 O; 3H6E A; 1KD1 O; 2W6K A; 4A62 A; 4FWM A; 4CED A; 3SLC A; 1WBD A; 3SCX A; 2QWM A; 4FLY A; 4DTU A; 3VF4 A; 5KQD A; 4CJ7 A; 4CZE A; 3PO5 A; 3LAM A; 1QHT A; 4JI6 K; 3VQ8 A; 1NKE A; 3GE1 A; 3O5B A; 2XO7 A; 1RTH A; 4MDB A; 1A5W A; 1MWK A; 5AJ3 K; 4RWT A; 3ZX3 A; 3TAR A; 3WEE A; 3K5M A; 1WOQ A; 3THY B; 2OPS A; 4XEI A; 2FBT A; 1NK6 A; 4A2A A; 4IWV A; 4X65 K; 1BOT O; 2ZE2 A; 2P9I A; 1JKH A; 3TTD A; 2Y1I A; 4NXN K; 3O8M A; 1LWC A; 3IKM A; 1P90 A; 4PHT X; 3AGK A; 1HJR A; 4BAC A; 2ZJR L; 1VSJ A; 4AHC A; 3B8A X; 3VQE A; 1G15 A; 1R59 O; 2ZGZ A; 3UIQ A; 2X6N A; 2GBZ A; 3WQT A; 5A2Q O; 3MN5 A; 3NGY A; 3L2R A; 1U48 A; 5AQI A; 3QFP A; 3ITH A; 5GAG P; 1RBR A; 2Q31 A; 4KFB A; 4DSI A; 4Z0U A; 3NF9 A; 1YF5 L; 2V7Y A; 1UA0 A; 2YI1 A; 2QKB A; 2YNI A; 4BRD A; 4DSF A; 4GNI A; 4QS7 A; 5F1X A; 1EET A; 4L8R B; 1C0G A; 3AA4 A; 3WUH A; 3SAG A; 1BCO A; 1UOC A; 4A57 A; 4CJV A; 3K57 A; 2HBJ A; 4GY2 B; 3BF3 A; 1RDU A; 5C25 A; 4MLH A; 1F21 A; 4BRG A; 1JXE A; 4B9M A; 3A5N C; 4CJP A; 4O55 A; 4LF9 K; 4BDZ A; 4FJG A; 2UXB K; 1QE1 A; 2E2N A; 2Q2R A; 5AQK A; 5KRT A; 3CF5 L; 4DQQ A; 3WEE B; 1XWL A; 1VSI A; 4B9V A; 1NG9 A; 5I9E B; 4JI8 K; 3AAQ A; 1YXQ A; 2OZS A; 4JI5 K; 2P9N B; 4E1J A; 3ZCM A; 5ADX H; 3SQ2 A; 4FM1 A; 4JD2 A; 2GV9 A; 4JKD A; 2DPN A; 2WBN A; 1VRU A; 4OKK A; 1YI2 N; 2PYJ A; 5FLX O; 2GUP A; 2B4J A; 1C1A A; 4BC4 A; 4YOX A; 4DQ8 A; 2YKM A; 3BEX A; 4M3Z A; 3AAP A; 3D6R A; 4EZ6 A; 4ELT A; 3VQ6 A; 1CLQ A; 1L3S A; 2E2Q A; 3J7Z O; 4DFM A; 4FWR A; 2IVO A; 4DUZ K; 1J5E K; 4ZTJ A; 3MXI A; 4BR9 A; 1VQL N; 4BC2 A; 4BRQ A; 2P9L A; 2F96 A; 4CEQ A; 2HHV A; 3EO3 A; 2OCE A; 4HTU A; 3H45 C; 1VQN N; 3I0R A; 4EFH A; 3G4S N; 2CGK A; 3HM8 A; 2F9W A; 4DS4 A; 3O1B A; 2NRZ A; 1NMN A; 3SJH A; 3K0S A; 3AO1 A; 5HBM A; 4GKK K; 2XY8 A; 4BE1 A; 3OW2 M; 4CFD A; 1RT4 A; 1NJI O; 5EVZ A; 3M6G A; 5M1K A; 3HL8 A; 3TAF A; 2BTF A; 2D0P A; 4Z4C A; 3NGZ A; 1L3T A; 3CI5 A; 4Z4E A; 1QQN A; 3K9J A; 3AVB A; 3V4I A; 3M8P A; 4DTO A; 1HPM A; 1VQK N; 1TKZ A; 5BR9 A; 3CCJ N; 3KD1 E; 3WT0 A; 1GLF O; 5BRH A; 3SUQ A; 2A5X A; 3SYZ A; 3SUO A; 3MK6 A; 3AVG A; 1JLB A; 3NGI A; 2LSN A; 1U4B A; 4YDU C; 3CJ7 A; 4C1N I; 4F2R A; 1BA0 A; 1BHL A; 1TK5 A; 2BE2 A; 3TAP A; 1RT3 A; 2OTL N; 2D0B A; 2ZF5 O; 3LAL A; 1NGI A; 3M8S A; 3R8E A; 4M63 C; 4C8N A; 1W97 L; 1BGX T; 3HYF A; 4KI4 A; 2P9S B; 4BVO A; 3KLH A; 4LC9 B; 4FWQ A; 2HHH K; 4KAZ A; 3SI6 A; 3WQU A; 4CF9 A; 2P9K B; 5AZJ B; 2XY5 A; 2A42 A; 4K42 A; 3THX A; 1HX1 A; 3RVC A; 2OTJ N; 3I0S A; 2FF6 A; 3CG7 A; 2I7P A; 4CGG A; 1RIL A; 4NB4 A; 1NGA A; 3ENO A; 2HB5 A; 4FM2 A; 1ILY A; 3CFO A; 3AO2 A; 5DMR A; 4BRI A; 5E84 A; 3R3L A; 3CCM N; 3U9D A; 5AQV A; 3SQ4 A; 3T69 A; 1QSS A; 1U6Z A; 3RRG A; 1HNZ K; 4CGJ A; 1NK5 A; 2HHT A; 3H3N O; 2W42 A; 3GDQ A; 2YHA A; 4DV4 K; 4Q5V A; 3V9S A; 3VA3 A; 3MX2 A; 3I8D A; 4O0I A; 4K8X A; 1VSM A; 4JK9 A; 3QIN A; 5J2M A; 1N36 K; 1XHZ A; 4KO0 A; 5I3U A; 2HMP A; 1TKT A; 5JIC A; 3WXK A; 1VSK A; 1WLJ A; 3ZSV A; 1ASW A; 2WUS A; 3NCI A; 4AHR A; 2O8E B; 4CES A; 4AH9 A; 1HUX A; 2YKN A; 4ELV A; 4CE9 A; 3CJA A; 5JS1 A; 4UQG A; 2KFN A; 3RR8 A; 4Z4I A; 3F9K A; 4H8K A; 2FLO A; 1KSP A; 1GLA G; 3AY9 A; 1NK0 A; 1SKR A; 5GAE P; 2HHQ A; 1SZ2 A; 2NZT A; 3THX B; 1W7A A; 4O5B A; 4NO7 A; 5FPE A; 4A2B A; 1KTQ A; 4FCY A; 3SQ0 A; 2CGL A; 1Y64 A; 3LM2 A; 1KAX A; 4LF4 K; 2UYT A; 5LY3 A; 3LPT A; 3SUP A; 2WON A; 3VEV A; 5GAH P; 3DMJ A; 4FJH A; 2HW3 A; 1VQM N; 1LWE A; 4K0K K; 4JRQ A; 5KGW A; 4BR2 A; 4DQR A; 3LDO A; 3PX0 A; 3UKR A; 5TKW A; 1A5V A; 1CZB A; 4YDU A; 4AM7 A; 1XC9 A; 3RMC A; 1VRT A; 4JV5 K; 1C0M A; 3HPG A; 4MO4 A; 3VEZ A; 3PIO L; 2W6L A; 3O9R A; 2G8H A; 5FRN A; 4CZF A; 1NLV A; 4LH5 A; 4NLB A; 2HHU A; 3FLC O; 4FZX C; 1WUA A; 5KPT A; 4I9L A; 3VOV A; 5AQL A; 4YOW A; 1HJO A; 4B1V A; 4DQP A; 1IO2 A; 4IDH A; 2OZM A; 2Q36 A; 3LP2 A; 1WSG A; 5AFU A; 4FWL A; 1D9F A; 1HYS A; 4B1X B; 3AA5 X; 4YY3 K; 3AVL A; 4FPA A; 4LFC K; 2Z1J A; 1BI4 B; 2WTU A; 1Q9Y A; 3VGM A; 4CIG A; 2EWS A; 5JMV A; 3EN9 A; 3E9O A; 3LP0 A; 4B1Y B; 2JGU A; 1T8E A; 3VQP A; 2QKK A; 4ICL A; 4FLV A; 1HKG A; 4DMN A; 4B8A B; 4CER A; 4KI6 A; 2P9K A; 2E5L K; 2O8C A; 1JL1 A; 4IOA L; 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4U67 L; 2YV0 X; 3P5J A; 2JWK A; 4PKG A; 1IH7 A; 4FWO A; 4Z94 A; 5CHI A; 4JYA K; 3HSC A; 4CHZ A; 1R0A A; 4FPB A; 2QI2 A; 2RKI A; 3CM6 A; 3EY1 A; 1RTJ A; 4FSV A; 1VQ7 N; 4FLU A; 3S9H A; 3V6D A; 1GOB A; 1NOY A; 2V51 B; 1HLU A; 3V1Q A; 4FLZ A; 3UB5 A; 4GKJ K; 1KVB A; 4O44 A; 2BDP A; 4BVP A; 4IKF A; 2D1K A; 5AQS A; 4E89 A; 1JCG A; 3V81 A; 4OLB A; 2OPP A; 2O4I A; 3VEN A; 2GEM A; 1VSL A; 5FRM A; 1XI1 A; 4B3T K; 1J6Z A; 3QML A; 1Q86 O; 4OO1 J; 3LWL A; 3WXL A; 2E8A A; 5AQW A; 3I56 N; 1IBM K; 2I7N A; 4MDA A; 4DG1 A; 4OKE A; 1L3U A; 5GIN A; 1ZXO A; 2F8S A; 1EO1 A; 4JI4 K; 2GWK A; 3KLI A; 4C8K A; 1UA1 A; 1NGF A; 1SKW A; 5KPZ A; 3AVJ A; 3DJC A; 5AZI B; 3BGR A; 1LAV A; 1K8K B; 3QBW A; 2P9N A; 1NK4 A; 2RE2 A; 1Y97 A; 1NGE A; 1FK9 A; 1IG9 A; 3H1V X; 3QIC A; 5IWA K; 3V9W A; 1NJZ A; 1BDG A; 3TPQ A; 4KRE A; 2AJQ A; 3A0I X; 4DS5 A; 4ILG B; 3KZB A; 3R6M A; 2E1Z A; 3AVK A; 4E7J A; 1J53 A; 2W40 A; 3HT3 A; 1BI4 A; 4MQ3 A; 2P9S A; 4EAH D; 4RTF D; 5LMU K; 3QEW A; 4DR1 K; 1GLB G; 4DR6 K; 2CH6 A; 3KLF A; 3CCS N; 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