The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
30
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JV5 K; 4LFB K; 4DUZ K; 4X62 K; 4NXM K; 4B3T K; 4JI3 K; 1N36 K; 4DR4 K; 1XNQ K; 4LF8 K; 3J81 O; 1XMO K; 4JI5 K; 5IWA K; 4JI7 K; 4DV1 K; 4JI4 K; 4LF9 K; 4LF4 K; 4DR2 K; 4DV3 K; 4DV4 K; 4DR7 K; 1N32 K; 3JAM O; 3J7A P; 4DV2 K; 4B3S K; 5LMN K; 4X64 K; 1N33 K; 1HNW K; 4DV7 K; 5FLX O; 4DR3 K; 5LL6 Z; 1J5E K; 1XMQ K; 4DV5 K; 1I94 K; 4CW7 B; 1HNX K; 4GKK K; 4LF7 K; 4JI0 K; 4LF5 K; 2UXB K; 5IT9 O; 4CVN E; 3T1Y K; 2UUC K; 4LFC K; 2VQF K; 5A2Q O; 4DR6 K; 5LMU K; 4K0K K; 4DUY K; 2E5L K; 4DR1 K; 4GKJ K; 4YY3 K; 2ZM6 K; 4DV0 K; 1IBK K; 3T1H K; 3J7Y P; 5AJ3 K; 4KHP K; 2UU9 K; 2VQE K; 4JYA K; 2F4V K; 1XNR K; 3J80 O; 4B3R K; 4JI1 K; 2UXC K; 4X65 K; 4X66 K; 4LF6 K; 4JI2 K; 1HR0 K; 5BR8 K; 2UXD K; 2UUA K; 4DR5 K; 1N34 K; 1HNZ K; 4NXN K; 1IBM K; 2HHH K; 4AQY K; 4OX9 K; 4JI6 K; 4JI8 K; 2UUB K; 1FJG K; 4YHH K; 3OTO K; 4LFA K; 1IBL K; 4B3M K; 4V19 S; 4DV6 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2OTL N; 4BG9 A; 3CFP A; 3AVK A; 1IJJ A; 1RT7 A; 3OYA A; 4I9L A; 2KW4 A; 1GOC A; 1ATR A; 1HX1 A; 4M7X A; 1V4T A; 3NFA A; 3HPH A; 3QEV A; 3ZET B; 4CJ5 A; 2IVN A; 3VMF B; 4O44 A; 1KC8 O; 4CGG A; 4E19 A; 3O80 A; 2JGU A; 4LF4 K; 1QS4 A; 3T69 A; 2BDP A; 1S9E A; 1ASW A; 1BI4 B; 3U3G A; 3AAR A; 4QAG A; 2D0C A; 1JKH A; 2OPQ A; 2WUS A; 5F1X A; 2HW3 A; 2GWJ A; 4HVJ A; 2P9K B; 4DTX A; 1JLA A; 2PBD A; 3M5R A; 4OKE A; 3ZSO A; 4E3S A; 4RW9 A; 1DLO A; 4CEZ A; 3D2F A; 4RW4 A; 2XHB A; 4GV6 A; 5H1S Q; 5HRS A; 3KK7 A; 3AVB A; 4C23 A; 4FYD A; 5FRN A; 2YHW A; 4DR6 K; 3I0S A; 1C1A A; 5LMU K; 1T44 A; 3A5L C; 4B9Q A; 3DXK A; 3CJ9 A; 4HUE A; 1BIS A; 4CBX A; 2ZM6 K; 3AGK A; 1HRH A; 4DV0 K; 3V4I A; 3IDH A; 3AA4 A; 1GLD G; 2FSJ A; 4CF0 A; 3SBT A; 1SUQ A; 3J80 O; 1Z26 A; 3LM2 A; 5CHI A; 3LPT A; 4O55 A; 3QIN A; 2W6K A; 3SLC A; 3H3N O; 4EAH D; 2QK9 A; 1TAU A; 1K9M O; 3G6E N; 1KXP A; 3VEZ A; 1KAX A; 1REV A; 2FBT A; 1VRU A; 1RTJ A; 5C24 A; 2NRW A; 3CPW M; 2RPI A; 1NJX A; 1QSL A; 4BRP A; 1R0A A; 3HOT A; 5CYQ A; 1TYQ B; 3G4S N; 4FPB A; 5C42 A; 3SUO A; 4BDP A; 1ZBS A; 2BUP A; 3VQ9 A; 3VET A; 4FJ8 A; 1BGX T; 1NMD A; 3QIC A; 4FM0 A; 3R6M A; 4JD2 A; 3T3F A; 3PY8 A; 2W40 A; 3V9U A; 1A5W A; 4AHS A; 1RDD A; 4CJK A; 3EZ5 A; 3OVN A; 3CMA N; 1WN7 A; 4H8K A; 3M3Z A; 4CJE A; 2IS3 A; 3QDK A; 3TI0 A; 3AVJ A; 4OKK A; 1ASU A; 1BIZ A; 2H3G X; 2KFZ A; 3TPQ A; 3OJU A; 2HMP A; 1UA0 A; 4DTM A; 4CJ7 A; 4PKH A; 5FLX O; 3SUN A; 4FOE A; 4C8O A; 3J8A A; 5J1E A; 1EX4 A; 1MU2 A; 3CCJ N; 1ASV A; 1HQE A; 5GAD P; 4FM2 A; 3M6G A; 4CK1 A; 4QS8 A; 4CW7 B; 3UKR A; 3MEE A; 3HBT A; 3ULE B; 3DLG A; 3C94 A; 5KGX A; 1M90 O; 1QQN A; 3AAP A; 4NLB A; 2E88 A; 3OYJ A; 4CGH A; 4W5O A; 1IV0 A; 4KH4 A; 2VG6 A; 1QQO A; 3KWI A; 1NU0 A; 3FZK A; 3HP9 A; 3O6W A; 2HHU A; 3EL2 A; 4CZE A; 3CM6 A; 3CCL N; 2KHO A; 3T1H K; 3SQ1 A; 4JHD B; 3T7Z A; 5AJ3 K; 4CBW A; 4IDH A; 5KGW A; 4CI6 A; 1RBR A; 4BRL A; 4YOU A; 2P1J A; 4DMN A; 2IDO A; 4NCG A; 1QTM A; 4BRD A; 4MO4 A; 4JS5 A; 3ZSX A; 4FOI A; 1VSJ A; 3ZSR A; 4RCH A; 2OA8 A; 1TUY A; 4FLX A; 3PO4 A; 3V6D A; 3CM5 A; 3CCE N; 3MK6 A; 4C1N I; 1D9F A; 1VQ4 N; 2YHA A; 4KPY A; 3KVG A; 1JLG A; 3FZL A; 1IG8 A; 4H4O A; 3NF7 A; 4DV6 K; 5J2M A; 2YJE A; 5BPL A; 4FWO A; 3JXU A; 5AQQ A; 1FK9 A; 5CZ2 A; 4DR4 K; 1XNQ K; 2P9P B; 4JKG A; 3NBP A; 4IWV A; 4YOW A; 1U2V A; 4DB3 A; 2CGK A; 3OYD A; 4CJF A; 1L5U A; 5BN8 A; 4CFA A; 4M3Y A; 2Z1I A; 3RR8 A; 4CK3 A; 3WEE B; 2YV0 X; 3IUC A; 3OS1 A; 3QEW A; 3TAQ A; 5AQV A; 5EX5 A; 2GEL A; 4GV3 A; 1SZ2 A; 1MWK A; 2O8C A; 1F21 A; 1NWK A; 4H5R A; 4N47 A; 3JS6 A; 1K8A O; 4BY9 C; 1YJN N; 3CFR A; 1NJZ A; 3U8X A; 3ITH A; 1IG9 A; 3V9X A; 4KRF A; 1X1P A; 1NKE A; 1SKS A; 1LAV A; 5AQU A; 4BRA A; 3QBX A; 1GLE G; 4BGB A; 3QNO A; 1RT4 A; 3QIP A; 3HST B; 2E6L A; 1RDC A; 4B9L A; 3SK3 A; 2E2P A; 4DQS A; 3RRH A; 4DQP A; 4BC3 A; 2V52 B; 4F9O A; 1LAW A; 4DWI A; 1SS6 A; 1YJ9 N; 1S1T A; 1NGC A; 1OVQ A; 4YDU A; 1HNI A; 4M63 C; 4IG3 A; 1IKX A; 1CLQ A; 4CJ4 A; 4EHU A; 1A5X A; 1HLU A; 1YTU A; 3V9Z A; 4HWI A; 3L2W A; 1HYZ A; 2A41 A; 5GAG P; 3BDP A; 3UKU A; 3OYL A; 5GIO A; 4B1X B; 2YCH A; 2P9N B; 3AA3 A; 2OZS A; 4AM7 A; 4JI2 K; 2VG7 A; 4JRQ A; 3QBW A; 4ID1 A; 1N34 K; 1U6Z A; 2RF2 A; 3VA0 A; 3THV A; 4E89 A; 2P5O A; 1IKY A; 2UYT A; 2GUI A; 3P83 D; 2V7Z A; 2DFE A; 2ETJ A; 2OPP A; 3VQ8 A; 5BN9 A; 3VQD A; 3A0I X; 2ZWH A; 5MLC Q; 4CJU A; 1NOZ A; 3HRG A; 1YIJ N; 4IG0 A; 4ZTJ A; 4RTF D; 3CC4 N; 1LWE A; 2IVO A; 3E9L A; 2HST A; 3TAB A; 4LFB K; 4JKD A; 4X62 K; 3NVM A; 1BG3 A; 3MXJ A; 4OVL A; 4BWM A; 5J2P A; 2O8B A; 5I9E B; 3QEX A; 3TAM A; 4JI5 K; 4DV1 K; 1RDW X; 1NGH A; 1S3X A; 4Z4H A; 4J2B A; 4BG8 A; 1JLQ A; 3ENH A; 5DM7 L; 5BPM A; 5LJW A; 3UIQ A; 5J2N A; 4OLA A; 1KLM A; 4YOY A; 4NO7 A; 1T6D A; 4PY5 A; 3B6O A; 4CD1 A; 3CXC M; 1NK6 A; 3EKU A; 1BA1 A; 4FW2 A; 2XO7 A; 2FF6 A; 3PX4 A; 4BRG A; 4DSE A; 2J4R A; 4MFB A; 3HP6 A; 1NGI A; 2PY5 A; 3P39 A; 5AQW A; 4Z0U A; 1ITG A; 1DEJ A; 1J5E K; 3QLH A; 5HRO A; 4BRF A; 4BQZ A; 5AZI B; 3HJF A; 3CC2 N; 1L3V A; 1S1U A; 4JLH A; 4IFE A; 4JKH A; 1RT2 A; 2FBX A; 1U04 A; 5AQO A; 5KPT A; 4FWL A; 3L8B A; 3MEC A; 3K58 A; 1TK0 A; 4A59 A; 4CFC A; 4CBU A; 4E1J A; 3L2V A; 1C6V A; 4H0P A; 4EHT A; 5GAE P; 5AQM A; 3RSE B; 2XY7 A; 4LSN A; 3OYC A; 5EXW A; 2XY8 A; 2IGI A; 1SL2 A; 3NMU A; 4Z4E A; 1SL1 A; 1JL1 A; 1VQO N; 1Q18 A; 5B8H A; 2ZJP L; 3LL3 A; 3AVG A; 3ZT4 A; 1VQL N; 1TL3 A; 4DSL A; 4ELT A; 4BDZ A; 1VK0 A; 4BR0 A; 2OPR A; 3WXM B; 4OX9 K; 4JI8 K; 1E3M A; 1S5J A; 2FLO A; 3S41 A; 2FF3 B; 4NYN A; 1UA1 A; 4FVM A; 3E66 A; 1CZ9 A; 3ATU A; 4B1W B; 3VTH A; 3RRG A; 4B3M K; 3HI0 A; 3O9T A; 2QM1 A; 4JKF A; 2WC9 A; 1YHQ N; 3I8D A; 3SQ2 A; 1HJR A; 2IVP A; 3ZT0 A; 4BRO A; 3AO5 A; 5BRD A; 3MAQ A; 4CIE A; 3NGY A; 3BGR A; 4B9N A; 2GWK A; 1S1W A; 2DTU A; 4I2P A; 4K41 A; 2QI2 A; 5AZJ A; 1OKJ A; 4W5N A; 4RW6 A; 3CFO A; 3THW A; 2VCP A; 1C0F A; 4QS9 A; 3RMB A; 4LC9 B; 3L3U A; 5KI6 A; 4Z94 A; 3J7A P; 2ASP A; 4H0T B; 5LMN K; 3FZM A; 4LY7 A; 3TTC A; 3OJS A; 3K57 A; 4CFD A; 3AA5 X; 4WQ4 C; 3O9U A; 1WBD A; 4DU4 A; 1NK5 A; 4FJ9 A; 3M8S A; 4FJN A; 4C8K A; 4CK2 A; 3WUH A; 4DU3 A; 4BRM A; 1BUP A; 1GLF O; 5M1K A; 3LDN A; 4ISF A; 3AY9 A; 3SAG A; 3P31 A; 5C2D A; 2UXB K; 5IT9 O; 3T19 A; 2KLA A; 4BRK A; 1B9F A; 3GG4 A; 3SNN A; 1HKG A; 1VSE A; 2W6L A; 3TSQ A; 3PLA A; 1GOA A; 3E9O A; 4DHY A; 5E41 A; 2OTJ N; 2YKM A; 2G8I A; 1IBK K; 3KIO A; 5DMR A; 4CED A; 5I3U A; 3DXK B; 3J7Y P; 4KHP K; 1GLJ O; 1UOC A; 2HHV A; 2A1R A; 4H03 B; 3VQ5 A; 3NF9 A; 4O8K A; 3VQ6 A; 4CHQ A; 4JRP A; 1OH8 A; 4CIF A; 3LP1 A; 3K5N A; 3NF8 A; 4CZI A; 2VWJ A; 4AQY K; 2BE2 A; 3IG1 A; 3RSE A; 4CE9 A; 3FE1 A; 4H5N A; 1Y97 A; 4OPH A; 2FXU A; 2NRH A; 4Y0W A; 1TVR A; 4KAZ A; 1CZB A; 2QWQ A; 2QWO A; 3IRX A; 3AVA A; 1YI2 N; 1WNS A; 1X3M A; 1WSF A; 2A6A A; 4WQ4 A; 4K8Z A; 2P5G A; 2Z1H A; 4CEF A; 5FPM A; 1N5Y A; 3VEY A; 1TK8 A; 5CZ1 A; 1DT9 A; 4FJL A; 2W41 A; 2KTQ A; 5AQF A; 4DUZ K; 3FLC O; 1MA9 B; 1HNV A; 4O5B A; 4OPK A; 1OH6 A; 5AQT A; 3VQ4 A; 2O4G A; 1RBU A; 4IFY A; 4BWJ A; 4CD3 A; 3E01 A; 2O8D B; 1KVB A; 4JI4 K; 3KD1 E; 3ZT2 A; 1YTA A; 1C1C A; 3O1W A; 4JD2 B; 3K0S A; 2I5J A; 3HT3 A; 1QHT A; 4C8N A; 4C8L A; 3NHG A; 3V9W A; 3QEP A; 4DF8 A; 4GVE A; 4RWT A; 2HHT A; 4CHZ A; 1KFS A; 3EN9 A; 3VTI A; 3D0P A; 1JJ2 M; 2G8H A; 2Q36 A; 4DTO A; 1N6Q A; 4FW1 A; 3ZT3 A; 5BRE A; 1GLL O; 3DAW A; 3C7N A; 4B1U B; 4GV9 A; 1DTQ A; 3MMV A; 4IXC A; 3VF4 A; 3VQP A; 4CJS A; 4FZZ A; 4GNI A; 3HO1 A; 5KTQ A; 4HTU A; 1VQN N; 4JI0 K; 4PHT X; 5AQG A; 3V1R A; 4E7J A; 3UKR B; 2QEX N; 1XWL A; 4IJA A; 4B8A B; 1WSI A; 2UUC K; 3O9Q A; 4CCH A; 1VQ6 N; 3QEI A; 1SQK A; 4RW7 A; 2AP1 A; 4F3O A; 1NG9 A; 3OYH A; 3MN9 A; 3MED A; 2ZF5 O; 4JK7 A; 1VQ9 N; 1QZ5 A; 3JSM A; 4XIU A; 3ZX2 A; 4PL7 A; 4B3R K; 5AFU H; 4FM1 A; 4LF6 K; 4IKF A; 5BR8 K; 3WXJ A; 2UUA K; 5JIC A; 1JXB A; 1JLC A; 1X9S A; 5BR9 A; 4HTL A; 4E7L A; 3WQT A; 4FJK A; 1M1K O; 1S72 N; 1NGG A; 4E1N A; 3ZSY A; 1ZBI A; 3NF6 A; 4RG8 A; 4CZL A; 4B9S A; 4CGF A; 1XUP O; 5KPZ A; 3NGZ A; 3ZLJ A; 2HNZ A; 4JN4 A; 1ZBH A; 4K8X A; 3TTF A; 2KZM A; 1LV5 A; 4N76 A; 1WUA A; 4FO0 A; 4DTP A; 5BPN A; 2QW9 A; 1HYS A; 5IWA K; 4EP4 A; 4YOX A; 4PA1 A; 4JKG B; 5AFU A; 1U2V B; 3PUF A; 4M3U A; 2ITM A; 1Q81 O; 2ASM A; 1HKC A; 4HCC A; 3RMA A; 3HVT A; 2O8C B; 5HRP A; 1QQC A; 1TKX A; 3J7Z O; 5T7B A; 2O8D A; 4N56 A; 4IEE A; 4DV7 K; 1RIL A; 4E0D A; 3P1G A; 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1SV5 A; 4N5S A; 2Q1N A; 2P9U A; 3G10 A; 3EY1 A; 5FRM A; 1N8R O; 3GBT A; 3CD6 N; 1HJO A; 1VSM A; 1S22 A; 1YT3 A; 4JK8 A; 4DR3 K; 4E7H A; 1GLC G; 4FLW A; 2HB5 A; 5LL6 Z; 3OS2 A; 3FZF A; 3LP2 A; 2F8S A; 5AR0 A; 3VN5 A; 1I94 K; 2BH1 A; 3C6U A; 3IS9 A; 4GW6 A; 3DM2 A; 3PX0 A; 4DQQ A; 2NNW A; 4F4K A; 1RTI A; 4AM6 A; 3OY9 A; 1T8E A; 3CQY A; 2E5L K; 1S1V A; 3O9R A; 3SZ2 A; 3DOL A; 3VQ7 A; 3SCX A; 3GOI A; 3SQ4 A; 2AA4 A; 4KFB A; 3KLE A; 3CHW A; 3CJ7 A; 4KKO A; 4KTW A; 1RTD A; 4YFU A; 1KLN A; 1U48 A; 4WE1 A; 3NH2 A; 1RDA A; 4AHV A; 5FPE A; 4CEA A; 3AV9 A; 2VG5 A; 4I2Q A; 1NK4 A; 4ELV A; 5HRN A; 3VEO A; 4M3X A; 4QOZ B; 3TAP A; 2WOM A; 4AHT A; 1LCU A; 2HHH K; 1KD1 O; 4BRQ A; 4FK0 A; 1FKO A; 4DF4 A; 4FJJ A; 3DLL L; 2E4L A; 2ZGY A; 3K9J A; 3HOS A; 3PIP L; 4LFA K; 4BVO A; 3P4I A; 1V4S A; 1NJY A; 3S3O A; 3WNG A; 4Y1D A; 4FJX A; 5F0X A; 2QA4 N; 3K2P A; 3L0Q A; 3E9P A; 3A2F A; 3VQB A; 4CFB A; 3NDK A; 4JI3 K; 3U3Y A; 1XI1 A; 5HOO A; 5AQH A; 3QNN A; 4I6M A; 2ATQ A; 2Q0R A; 4DFM A; 4CF1 A; 1RT1 A; 4CEC A; 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