2ZQBA

Crystal structure of a psychrotrophic rnasehi variant with sextuple thermostabilizing mutations
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
152
structure length
149
Chain Sequence
ELKLIHIFTDGSCLGNPGPGGYGIVMKYKGHTKEMSGGFSLTTNNRMELLAPIVALEALKEPCKIILTSDSQYVRQGIMTWIHGWKKNGWMTSNGTPVKNVDLWKRLDKAAQLHQIDWRWVKGHAENERCHQLARAAAEANPTQIDTGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Destabilization of psychrotrophic RNase HI in a localized fashion as revealed by mutational and X-ray crystallographic analyses
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Shewanella oneidensis
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 44
structure length 149
sequence length 152
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2008-08-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2zqbA00
3LZJA 3VN5A 3ZSZA 3P5JA 1QE1A 1S1VA 5DMRA 3ZT0A 4CK2A 3G0ZA 4CJRA 3SPYA 3TI0A 3V4IA 1BI4B 1BI4A 2XY7A 1NKEA 4DQPA 1KVAA 3SPZA 2W42A 4CHQA 4DTOA 3SUOA 3CFRA 1RNHA 3RMAA 2FBYA 2BE2A 4FXDA 2X6NA 3KLHA 3V81A 3OS2A 3RWUA 3NF9A 1RTDA 1RT4A 1VSHA 5HRSA 4FM0A 2YHAA 2KTQA 4UQGA 4E7IA 2HHVA 1RDAA 4HCBA 4CGIA 4F2SA 3S9HA 4K8XA 3BGRA 4NYFA 4CJ3A 1NK9A 2KW4A 3L8BA 4HVJA 4H4OA 4E7HA 4I9LA 3S3MA 1X9MA 2G8HA 1C1CA 2OPRA 4KKOA 4DF8A 4W5TA 3AO4A 2D0BA 3CM6A 4FJIA 4GVMA 3HXMA 1NK8A 3P1GA 3KD1E 3L3VA 3DYAA 1NJWA 3DLHA 4E0DA 4N5SA 3KLGA 4DQSA 4W5QA 1W9HA 2IAJA 1RBVA 2HVIA 5E41A 2PZSA 1UOCA 1ZBUA 1C1AA 2ATQA 4EP5A 3HPGA 3QO9A 4NYNA 1Z25A 3O3HA 2B4JA 3KLEA 4L8RB 4F3OA 4M3UA 4J2DA 1RBUA 1BCMA 3KIOA 4DFKA 4DWIA 2EX3A 3M8SA 4CHPA 5J2NA 3RR7A 1XHXA 3QNNA 2WOMA 4QAGA 4DTJA 3PV8A 4W5NA 3MEEA 1BHLA 2Y1JA 1S1UA 1FKOA 3ZSYA 2ETJA 2XY5A 4F2RA 4AHVA 4KHSA 4IFVA 3HVRA 3OYKA 4KB0A 4CEZA 1HYSA 2HHUA 2GV9A 1LWEA 4FLTA 1NJXA 3PX4A 1QTMA 5KGWA 5FRNA 2BGGA 2KQ2A 3OJSA 4K8ZA 4Z4EA 2IGIA 3PX6A 3V1OA 2KFZA 1WSGA 4DF4A 4CEFA 4CEBA 4B9UA 3OS0A 3IRXA 4B9VA 1WAFA 3F9KA 2I5JA 1BIZA 4DQIA 1ITGA 1VSEA 4FLZA 1U45A 3WNHA 4QOZB 3ZT2A 1NKCA 4CJPA 2KZMA 3RMDA 1NK0A 3AV9A 4ID1A 4O5BA 3OYJA 4FYDA 4CJ4A 5HP1A 1JLCA 1SKSA 3SYZA 4IG3A 2Z1GA 3AA4A 2Q3SA 4GW6A 5J2PA 1L3SA 1X1PA 3AVAA 4CEEA 3M8QA 4M3XA 3NGIA 3O4NA 1EKEA 4DU1A 4B9TA 4CEQA 4IG0A 3SQ1A 1UA0A 2NUBA 1NK4A 1W0HA 3VQ7A 4DG1A 4JS5A 1O1WA 2BANA 3HSTB 1KRPA 1VSFA 3QEIA 3MEDA 2HHXA 1U04A 1SL0A 4O0IA 5CZ1A 3G10A 4FLYA 3C95A 1L5UA 3C6TA 4KHUA 4OVLA 3AA2A 1NJZA 3DMJA 4EZ9A 5CZ2A 3CFPA 3OYMA 1VSKA 4FZYA 4LD0A 3L2WA 2G8VA 3DLGA 1VRUA 4RW4A 4CHYA 1Q8IA 2A1SA 3K59A 1TL3A 1VSLA 3AO1A 4OJRA 4W5OA 2G8KA 3DI6A 4H4MA 3KK3A 1EETA 4FJNA 1ASUA 1UAXA 3VQDA 3HK2A 3OYHA 4CJVA 3ZSWA 4CESA 4CF0A 3U6FA 2HHSA 4CECA 1B92A 3JSMA 4KTZA 3O4QA 1X9WA 1ZBFA 1S5JA 4C8MA 3SUQA 2PYJA 4CCHA 1EP4A 3CG7A 4OKJA 2RKIA 2D0CA 4KFBA 1QSYA 4CF1A 1SUQA 4RW9A 3PUFA 4CEAA 4Z4CA 4DTRA 3C94A 4KTQA 3LALA 3TANA 3LWLA 2A1RA 3P83D 4NCAA 3AVCA 3SQ0A 1UWBA 1KLMA 3D45A 1Z26A 2LSNA 3SV3A 4M3TA 2Z1IA 4HCCA 1EX4A 3U3GA 3HPOA 1YT3A 1LWFA 1WNSA 2G8WA 3ZSOA 4E7LA 4B9LA 1RT3A 3I0RA 4CGJA 3K57A 3K2PA 3V9WA 5JS2A 3RR8A 3NAEA 1JLAA 2G8FA 3TWHA 1TKDA 1HRHA 4E1NA 4M3ZA 1VSJA 4O55A 3NCIA 3QLHA 4DU3A 1WN7A 4CFBA 3BDPA 1HNVA 1JXBA 1SV5A 4CHZA 1GOCA 3NH0A 4DFJA 1KFDA 3EY1A 3OYCA 3D0PA 2D5RA 3V1QA 1TK0A 1CZBA 3T19A 4DFMA 1VK0A 4CFCA 3K5LA 4DLGA 3AVJA 4CJEA 4OPKA 3KTQA 1SL1A 1SKWA 1IH7A 4KI4A 5C42A 3SI6A 3OS1A 3I8DA 4B3OA 1NJYA 3VQQA 1SKRA 5J1EA 1C6VA 2F8SA 1F21A 1DTQA 3OYIA 1C0MA 1JLEA 1ZYQA 4KRFA 4M45A 2O4IA 3ZT4A 3WNEA 5KTQA 3DLKA 3NF6A 2XRIA 4CIGA 4Z4FA 1KTQA 3AVBA 1L3UA 4KHYA 3OYFA 2OZSA 2YNFA 2XY8A 4PWDA 1RT1A 5EU7A 1KCFA 3NH1A 2XO7A 1C0TA 1TV6A 3NF8A 4FLUA 1A5XA 4ZTJA 4CERA 2Z1JA 4BWMA 2AJQA 2KZZA 5I42A 3QERA 2HW3A 1T7PA 5HBMA 3S3OA 4PQUA 1KVCA 2RF2A 3SJJA 5KRTA 1R0AA 3PO5A 2OYQA 1WSFA 4FLWA 2VWKA 1BQMA 1IG9A 4CJWA 3SUPA 1EXQA 2QXFA 3KKSA 1ASWA 2OPPA 2OZMA 3L2UA 1NK6A 4FW2A 2ITGA 4FJ8A 2QK9A 1S1WA 4BDYA 5KGXA 1S9GA 3LP0A 4DTPA 2FBVA 3AA3A 3RRHA 3T3FA 1N6QA 1U48A 3DRPA 3L3UA 2IC3A 5CYQA 2X78A 4M41A 3V1RA 4RW7A 3HVTA 3F73A 1WSHA 3LAMA 3IS9A 3LP3A 3M8PA 1KVBA 4B8CA 4KI6A 3LZIA 3ULDA 4FK0A 1VSMA 2GUIA 1CXUA 4XIUA 1TAQA 4FJKA 4CJUA 4HHTA 1NOZA 2O4GA 4DMNA 5C25A 1ZBIA 2E4LA 2DFEA 1BQNA 4LSLA 4JS4A 2E6MA 4OLAA 1D5AA 3HYFA 3CFOA 4BE1A 3AVLA 4BACA 2ZE2A 4FJHA 3OYAA 4B8AB 4CJSA 1LW0A 2P51A 4FLVA 1WAJA 4IDKA 1IKWA 4R5PA 3QETA 4EZ6A 4FZXC 1WSIA 5HRPA 4FJMA 1YTUA 1K6YA 4CF2A 4O0JA 4WE1A 2JLEA 4AHUA 3B6OA 3ITHA 3ZT3A 3TAPA 1ZBLA 1S9EA 1YTAA 4GMJB 1S1TA 2X74A 3KK2A 1XWLA 4DSJA 3L2VA 1TKXA 4Y1DA 3K5MA 2D0AA 4B9NA 1LWCA 3QIPA 4CJTA 2QKKA 4PA1A 4CE9A 1QQCA 1L3VA 4DSFA 4NCBA 2HMIA 4PUOA 3VQEA 4FZZA 1RTIA 1RTHA 4CF8A 4DSKA 4N41A 3SZ2A 4O4GA 4FJ9A 4ICLA 4M3YA 4AHSA 2RN2A 4CIEA 4KTWA 5FROA 4E7KA 3ZCMA 4E1MA 3ALYA 2B5JA 4BWJA 2VG6A 1FKPA 4Y1CA 4DS5A 4E3SA 1T05A 1NKBA 1RT6A 3HL8A 3WNFA 4E19A 4FJGA 3SQ4A 1FK9A 3KLIA 4ID5A 4I2PA 4Q5VA 1S6PA 4FM1A 1QSLA 3SV4A 3TAFA 1D8YA 1TAUA 3DRRA 1UA1A 2VG7A 1D9FA 3QEXA 3NBPA 1J53A 3LP1A 4M42A 2DTUA 3QNOA 3OYBA 3K5NA 1A5WA 3AO2A 4B08A 4DU4A 2EHGA 2P5GA 3NGYA 5HROA 4BE2A 1BL3A 2FBXA 1I3AA 2FBTA 2Z1HA 5FRMA 3TAGA 1RBRA 4IKFA 3KK1A 1JL2A 2OPQA 4CGFA 3MAQA 3RMCA 1JLFA 1JLBA 1TK5A 1G15A 5FDLA 4DSLA 3DLEA 3NGZA 3VQAA 4I9QA 1IKVA 3C6UA 1U4BA 2X6SA 4DTMA 1NOYA 3RTVA 3NFAA 5HLFA 4FK2A 4LH4A 4RG8A 1IKYA 1CZ9A 3B6PA 3OVNA 3OYLA 4ZHRA 4Z0UA 5KRSA 4KB1A 1J9AA 2BDPA 1DLOA 3NH2A 3JYTA 3KD5E 1VRTA 4I2QA 1TKZA 4AH9A 4CJKA 2DY4A 3ZSXA 4JLHA 4KPYA 3QEPA 4DQRA 4KO0A 3VA0A 2VG5A 4E89A 1XI1A 1U49A 2ZD1A 1HYVA 4ELVA 4N76A 1JL1A 3KLFA 4AHRA 1GOBA 4NCGA 3LDSA 3U3YA 4OKEA 1KFSA 3ZSRA 4KV8A 4KHWA 3LP2A 4N47A 1NK5A 3I0SA 1ZBHA 4CK3A 1RT2A 1S6QA 1VSIA 1WLJA 4CHNA 2YNIA 4YFUA 4HTUA 3VA3A 4ELUA 4O44A 4CJFA 2FC0A 3AVNA 4JRPA 1T8EA 5CY4A 1L3TA 3OY9A 4FLXA 1N5YA 1RT5A 2YNHA 4CF9A 2Y1IA 4KHQA 3V6DA 4C8OA 3AO3A 3ZSQA 1RBTA 3KKRA 1GOAA 1HJRA 4LSNA 4Z4GA 4KHNA 4BE0A 1RCHA 1HNIA 2GBZA 3MECA 4CK1A 3RRGA 5KI6A 3HM9A 1FXXA 1QS4A 4AHCA 3T1AA 3LPTA 1JLQA 1IKXA 2OA8A 1DTTA 4H8KA 4F3TA 2QKBA 4Q0BA 1MU2A 5DK5A 3AVFA 3WNGA 4OGEA 3TARA 3ISNC 2RPIA 1KLNA 1LV5A 4DFPA 3CYMA 4CJLA 4C8LA 1KSPA 4FJXA 1CXQA 3HP6A 3K58A 4DLEA 3HJFA 1JKHA 1BGXT 2JGUA 3VQ4A 3QESA 1XHZA 3AA5X 4DSEA 1HQUA 4IFYA 4I7FA 1J54A 3TR8A 1WSJA 3VQ6A 4BDZA 3OYEA 3AO5A 4N56A 4FM2A 3TABA 2ZQBA 5SZTA 3NHGA 1VSDA 2P1JA 4M3WA 4C8KA 1HMVA 3DLRA 4G1QA 4F4KA 2B6AA 3V9UA 2E6LA 4HUEA 3HO1A 5J2QA 3FFIA 2R7YA 1NK7A 1X9SA 4IBNA 3CQ8A 3PY8A 3QIOA 2YKNA 4B9SA 1CLQA 2HHWA 3LWMA 4LY7A 5D3GA 3L2QA 2IDOA 2IS3A 3ZT1A 4CFDA 3O3FA 3CM5A 3IG1A 3MXJA 4ZTFA 2HHQA 1LAWA 4CGHA 4CJ5A 2HNDA 3HT3A 3DM2A 3DOKA 3QINA 3M8RA 2YHBA 3V9SA 3IAYA 5CYMA 1HPZA 4CJQA 3NF7A 4OKKA 4Z4HA 3V9XA 1C1BA 3O3GA 3E01A 3AVMA 1Q9YA 2HB5A 4OPJA 1Y97A 4E7JA 3AVHA 4CEDA 3TAEA 3AVIA 4RW6A 4CIFA 3OYNA 1TKTA 4FK4A 5HRRA 1J5OA 4C8NA 5JS1A 3LPUA 3VQ8A 3S3NA 3SUNA 4B9MA 1QHTA 3HP9A 1RDCA 3RMBA 3VQCA 4J2AA 4CHOA 1D9DA 4M3RA 3K5OA 3VQPA 3SCXA 3SNNA 1RT7A 1SL2A 2XY6A 3ZSVA 2VWJA 1ASVA 4FJ5A 5I3UA 1JXEA 2G8IA 2F96A 3KJVA 4FJLA 3QEVA 4OGCA 3NE6A 3HPHA 4DS4A 1HYZA 2PY5A 4AHTA 2G8UA 4ELTA 3DOLA 2HVHA 4MQ3A 4LH5A 1BISA 3LAKA 4CGGA 2HNYA 3QEWA 3LANA 1RILA 3A2FA 4CFAA 1TVRA 4MFBA 4AILC 2IOCA 4YNQA 3EZ5A 1RDBA 4J2BA 4DTXA 1BCOA 3TAMA 1I39A 1B9FA 4CEOA 4DSIA 1TK8A 2HHTA 4HUGA 2P5OA 1IO2A 4FW1A 4TSXA 4F8RA 4Z4IA 3OYDA 3MEGA 2F8TA 2HNZA 4J2EA 3EYZA 1REVA 1RTJA 1T03A 4DTNA 3DRSA 5SWMA 1BIUA 4KAZA 1LW2A 5C24A 4FCYA 2XHBA 1XC9A 1YVUA 3DLBA 1TGOA 4CGDA 3VQ5A 1TL1A 1A5VA 4FJJA 2YNGA 2KFNA 4DTUA 4PY5A 3SQ2A 1B9DA 3THVA 5J2MA 1QSSA 4OLBA 1C0UA 4EP4A 3V9ZA 3AVGA 1RBSA 3OJUA 3MXMA 2WONA 1LAVA 3VQ9A 3PX0A 2PYLA 1WSEA 5HRNA 2OPSA 3ASMA 5K14A 3UIQA 2YV0X 1JLGA 4DTSA 1Q9XA 4QCLA 4BDPA 5T7BA 2YKMA 1S1XA 4KREA 4FVMA 4DQQA 4W5RA 3NDKA 1RDDA 3MXIA 3PO4A 4HUFA 4JRQA 2DFHA 3TAQA 2DFFA 4RW8A 4FJ7A 3VQBA 1HQEA 3H08A 1U47A 3AVKA 3OYGA 3L2RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LZJA 2ASPA 1S1VA 4CK2A 1L3UA 2VWBA 1EO1A 4FWOA 4QS7A 3SUOA 4PHTX 3RMAA 2HSTA 3DXKA 1E4GT 3V81A 1RTDA 1VSHA 5HRSA 4FM0A 2KTQA 1RDAA 4CGIA 3CCLN 3S9HA 3ATVA 3BGRA 4CJ3A 5M1FA 3BP8A 1NK9A 1RFQA 3E66A 2G8HA 1X9MA 4OPAA 4W5TA 1HLUA 1NK8A 1HX1A 2JWKA 1NJWA 4FWPA 2P9NB 2P9NA 1YJWN 5C12A 5E41A 3CJBA 1UOCA 1ZBUA 1SQKA 5LMUK 3QO9A 3QDKA 1Z25A 2BUPA 1QQMA 3VOVA 5GAEP 4M3UA 4XH4A 1RBUA 4DFKA 4KBOA 4JKGB 1XHXA 4DTJA 3MEEA 1BHLA 2P9IB 2P9IA 1S1UA 4MO4A 3UKUB 1T3VA 4AHVA 4KHSA 2HHUA 4CEZA 2BGGA 2Q1NA 2KQ2A 3OJSA 4LF4K 3MN6A 4Z4EA 2QA4N 3CQYA 3OS0A 1WAFA 3F9KA 4GV9A 1VQ8N 4DUZK 4WFAL 2VYPA 4FLZA 3U9DA 3WNHA 2GELA 1NKCA 4C1NI 4BG8A 3RMDA 4JD2A 4IEEA 3OYJA 1MA9B 4CJ4A 3AA4A 3ATUA 1X1PA 4CEQA 2HOEA 1UA0A 3TSQA 1KRPA 3BUZB 1SL0A 4JI0K 5CZ1A 3OW2M 1L5UA 3C6TA 4OVLA 3EKSA 3OYMA 4FZYA 4LD0A 5AQVA 4X64K 3L2WA 1Q7YO 1TL3A 3LDNA 1VSLA 2E1ZA 2G8KA 4FWMA 1EETA 4ILJA 3CF5L 4K41A 3ZSWA 2WFBA 3JSMA 4KTZA 1X9WA 3SUQA 4CCHA 3WXIA 4CBUA 3CG7A 3PIOL 5F2RA 1QSYA 4DTRA 5JLFA 4B3MK 4KTQA 4FPBA 4YDUC 1UWBA 3VEVA 3AAPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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