2ZQBA

Crystal structure of a psychrotrophic rnasehi variant with sextuple thermostabilizing mutations
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
152
structure length
149
Chain Sequence
ELKLIHIFTDGSCLGNPGPGGYGIVMKYKGHTKEMSGGFSLTTNNRMELLAPIVALEALKEPCKIILTSDSQYVRQGIMTWIHGWKKNGWMTSNGTPVKNVDLWKRLDKAAQLHQIDWRWVKGHAENERCHQLARAAAEANPTQIDTGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease HI
publication title Destabilization of psychrotrophic RNase HI in a localized fashion as revealed by mutational and X-ray crystallographic analyses
pubmed doi rcsb
source organism Shewanella oneidensis
total genus 44
structure length 149
sequence length 152
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2008-08-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2zqbA00
1S1TA 3SI6A 3NH2A 4DLEA 4CJFA 1HMVA 3VQ9A 2DFEA 2WONA 1TK5A 1C0TA 1S1UA 4ELVA 4RW4A 2BGGA 1D5AA 3RR7A 1KCFA 1HJRA 3SPZA 3CFPA 1ZBHA 1EXQA 4W5OA 1TK0A 2EHGA 3TR8A 3NDKA 1RCHA 3TAFA 1S1XA 4F8RA 2ZD1A 3DLKA 2VWKA 4E3SA 1Z25A 2JGUA 2BE2A 1VSDA 4C8MA 4Z4IA 3SZ2A 1ZBFA 4BDYA 4KO0A 3KLEA 1VK0A 3K59A 1JLBA 4E7JA 5KTQA 4CHQA 3OYEA 2R7YA 5J2PA 4AHSA 1CZ9A 1EKEA 3LPUA 3ZSXA 5T7BA 3AO1A 2OPSA 1IO2A 4DTSA 2XY8A 3QNOA 3THVA 1ZBUA 3PX0A 3CM6A 1WSHA 4CFBA 1ITGA 1RDCA 4KTQA 4FXDA 3AA3A 1B9DA 1S5JA 4RW6A 4WE1A 1KVCA 4GVMA 4DFKA 4OKJA 3F73A 3V1QA 1C1CA 4DG1A 5SWMA 5DK5A 1NK8A 4DFMA 4EZ6A 2X74A 1WN7A 3O3FA 1QQCA 1RBTA 4FM0A 1U49A 4E7IA 3DLBA 4FLUA 3KK1A 2VG6A 1KTQA 2P5OA 3ZT4A 3OYNA 2D0BA 3TWHA 1Q9XA 2HNZA 4ID1A 3TAEA 2YKMA 3RRGA 3KLFA 3VA0A 3P5JA 1YTUA 1TL3A 3ITHA 4DQPA 2IOCA 4BWMA 4CJ5A 3ZT0A 3M8PA 2PYJA 3VQDA 2KFNA 4FK0A 3LALA 1F21A 4M3TA 2PY5A 4DTOA 4KB1A 4IFVA 4LH4A 1T7PA 2ETJA 1BI4B 1UWBA 1DTTA 1JLGA 3OYIA 1LWCA 2OZMA 4N41A 3S9HA 5FRMA 1YTAA 1U04A 1KFDA 1B92A 4K8XA 4UQGA 4PY5A 1IG9A 4QCLA 1Z26A 1RT1A 2FBVA 4RG8A 1L3TA 2FBXA 2OZSA 3QESA 4CJUA 3TI0A 2Z1IA 3DM2A 4CEDA 4N56A 1KFSA 4HHTA 4CIFA 2G8KA 3AVAA 1FXXA 4K8ZA 1TGOA 4FJJA 2DY4A 1NK5A 3L2WA 4B8CA 3BGRA 3HVRA 1J54A 3L3UA 1IH7A 1SL2A 4OVLA 3F9KA 1S9GA 4FJIA 4KRFA 4N47A 4CGGA 5KRSA 3RWUA 3AVBA 3S3MA 3QLHA 1VSKA 3SUNA 2F8TA 1W9HA 4E7LA 3SUPA 4PQUA 4CJVA 4CF9A 3O4NA 1X1PA 1VSLA 5DMRA 3S3NA 1I3AA 5K14A 4DQRA 4RW8A 2F8SA 1TAQA 2HMIA 1C6VA 1ASWA 1WSFA 4DU1A 3OYDA 3KD1E 4C8LA 4J2BA 3VQ4A 2OPRA 3OYCA 4F4KA 1EP4A 1JXEA 1BQNA 2IC3A 3AO2A 4CJQA 1NK0A 1VSJA 4KI6A 3LAMA 4CHYA 1XC9A 4B9MA 2XY7A 4B9UA 4DWIA 1ZYQA 2EX3A 3LP0A 4ELUA 2B5JA 3NFAA 1HYVA 4Y1DA 3C94A 4N5SA 1SKRA 3TARA 2X6SA 2YV0X 2HNDA 1XWLA 1WSEA 4E89A 4R5PA 2HNYA 3PX4A 4CEFA 4AHRA 5FDLA 4FJLA 5JS2A 1RBSA 4KHYA 3AV9A 1VSHA 4I2QA 2PZSA 4OGEA 1NK4A 4OLAA 2W42A 4HCCA 1YVUA 4CHOA 1S1VA 3AA4A 4ZHRA 4DFJA 2NUBA 3DI6A 1NKCA 1G15A 3K57A 3OYHA 3VQCA 4HTUA 4FZZA 3C6UA 4Z4CA 4DTJA 1KSPA 1LW0A 4FW2A 3LANA 1NKBA 4M41A 1JLCA 1IKYA 4B8AB 1VSIA 3QEWA 1JLAA 4KTZA 5SZTA 2B6AA 2FC0A 4CGJA 4EP5A 2O4IA 1I39A 4DSEA 4DTMA 3VQ8A 1NJWA 1HYSA 3C6TA 3I0SA 3PO4A 1FKPA 2E6MA 3A2FA 4CGDA 3ISNC 5HRPA 3P1GA 2P5GA 4XIUA 4H4OA 4HUEA 3SUOA 1KRPA 1UA1A 4GMJB 4E7KA 3DLGA 3ZSQA 4CJKA 3NF8A 2HHWA 1KLNA 5J2MA 4KHNA 4KI4A 4E19A 1XHXA 3ZSOA 3SCXA 5E41A 2IAJA 1QSYA 2OPQA 3HYFA 3VQQA 4CGIA 1VRUA 4ZTFA 2G8HA 3BDPA 4M3UA 4FVMA 1SV5A 4JS4A 1C1BA 1SUQA 2RN2A 4IBNA 4KKOA 4JLHA 3MXIA 1O1WA 3NGYA 2GV9A 4CEZA 2VG7A 1HNVA 3L2QA 3P83D 4LD0A 4E0DA 3M8SA 3D0PA 3HK2A 2BANA 3SQ2A 2X78A 1IKVA 5J1EA 4OPJA 1SL1A 1WLJA 4QOZB 4EZ9A 3CQ8A 3T19A 4C8KA 3ZT2A 3L2RA 3OYFA 4AHCA 4DMNA 4MQ3A 1BGXT 2BDPA 4TSXA 4FLXA 2ZE2A 4W5QA 3B6PA 3AVHA 3V1OA 4Z4FA 1BCOA 5FROA 3HPOA 3HJFA 3AO5A 3AVIA 1TKTA 1WAFA 2WOMA 2KTQA 3K2PA 4FK4A 5CYQA 4AHTA 1J5OA 1Q8IA 4LSNA 2QK9A 2G8WA 3V9ZA 4DSLA 1WSJA 1RBVA 3V9WA 1S6PA 1JL2A 3HP6A 1RTDA 3LWMA 3KIOA 3K5MA 4DS4A 3T3FA 3RMCA 5HROA 3SNNA 2HVHA 2D0AA 4DSJA 1ASUA 3QO9A 4KAZA 3V9XA 1IKXA 4CEEA 4FCYA 1U47A 1Q9YA 2YHAA 3ZSYA 1D9FA 4J2AA 5D3GA 2IDOA 3OY9A 2QKKA 3SQ0A 4ID5A 2IGIA 1U48A 5HRRA 3OYLA 4DTPA 3PY8A 2Z1GA 3TANA 3NF7A 4NCBA 4Y1CA 1DTQA 3ZT1A 1QTMA 4KV8A 1NK9A 4FJ8A 5J2NA 4OKEA 4W5NA 4I9QA 1QSLA 4AHVA 3OJSA 4ICLA 2X6NA 3MAQA 3WNGA 1CLQA 1RTIA 1UOCA 4DQSA 3VQEA 3OS2A 4FLZA 1RDBA 2YKNA 1D9DA 4FZXC 3AVCA 4FYDA 3ZCMA 1SKWA 3EY1A 4CK1A 1L3UA 5C42A 3C95A 1C0MA 1LAVA 4CJ4A 1JL1A 1KVAA 3TAQA 3O4QA 4AILC 4QAGA 1QS4A 4J2DA 3SUQA 4Z0UA 4OPKA 3I0RA 4BDZA 3TAPA 5CZ1A 3V6DA 1RILA 3V81A 4DF8A 3RR8A 4CECA 3G0ZA 3DLHA 2HHVA 4O5BA 3AO4A 2GBZA 3AA2A 5CZ2A 4FJHA 4E1MA 3QETA 3OYJA 3DMJA 3O3GA 4ZTJA 2DTUA 2D5RA 3LP1A 3PUFA 1VSFA 2JLEA 3NE6A 3LP2A 1KLMA 3QNNA 3LZIA 2FBTA 2LSNA 4DU3A 3DOLA 3T1AA 5KRTA 4YNQA 3L3VA 1BIZA 5KGWA 4KHWA 3JSMA 4N76A 3NCIA 1VRTA 3HXMA 4BE2A 4PUOA 3FFIA 4EP4A 4DF4A 2HB5A 4CF0A 2XY5A 1CXQA 3CYMA 3VQBA 3NGZA 3AA5X 1TKDA 3L2UA 4OGCA 4W5TA 4YFUA 4KREA 4CESA 3PO5A 3QIOA 4AH9A 3KK3A 4Q0BA 1RBUA 4CJEA 4NCAA 1LAWA 1J53A 1JLQA 2ATQA 3ULDA 4KFBA 1REVA 3SYZA 4KHUA 1RTHA 2KZZA 4H8KA 3DRPA 3K5OA 4CGHA 3KLGA 3QEPA 1NK7A 4OJRA 4DSIA 3MEDA 4Z4HA 4OLBA 4CERA 3KK2A 4IDKA 4AHUA 4CK3A 4FJ7A 1DLOA 3HL8A 3WNHA 2B4JA 1L5UA 2OYQA 3DOKA 3MECA 1JLEA 1WAJA 3ASMA 3EYZA 4Z4GA 2F96A 3ALYA 3HM9A 1CZBA 1HQEA 4B9NA 3M8QA 1S1WA 4FJ5A 4FJNA 4DTUA 3AVKA 2O4GA 4FLWA 3QINA 4CIGA 2A1SA 1NJXA 2VWJA 2OPPA 4JRQA 4IFYA 2YHBA 4LH5A 4B08A 1RDAA 1SL0A 4B9TA 4CHZA 4BACA 2KZMA 4E1NA 2E4LA 3CG7A 2XY6A 1JXBA 3OYBA 4M3YA 2HHSA 3NAEA 2OA8A 4CJSA 2A1RA 4KB0A 4IKFA 3V9UA 3AVGA 1UA0A 1S6QA 1VSMA 3VQ7A 1TKXA 1W0HA 3HT3A 4PA1A 1BISA 1NJZA 5C24A 1TL1A 3NGIA 2DFHA 2E6LA 3DRSA 4BWJA 1GOAA 1LWFA 1RBRA 3ZSRA 3DLEA 2KW4A 3H08A 3RRHA 4RW9A 4PWDA 3MXJA 2Q3SA 4KPYA 1N6QA 1EETA 4CE9A 3QERA 3WNFA 2P51A 4FM2A 3HSTB 3RMBA 3OS0A 4CJTA 2HHUA 1J9AA 1C1AA 1RT4A 4M3RA 3KJVA 4H4MA 1N5YA 4B9VA 4M3ZA 3VA3A 4DU4A 3AVJA 3G10A 1A5WA 1NKEA 2HVIA 1HYZA 3HPHA 1VSEA 3OJUA 4MFBA 1LWEA 3OVNA 1WSIA 3AVNA 3VN5A 2YNGA 3IG1A 1QSSA 5I42A 4BE1A 4LSLA 4KHQA 4FJGA 3E01A 4CJLA 4F2RA 3AO3A 2D0CA 5HBMA 2HHQA 4BDPA 3K5LA 1RDDA 4NYNA 1SKSA 4CFAA 3RMAA 1JLFA 3KTQA 4NYFA 1XHZA 3SQ1A 4CJ3A 3D45A 3NHGA 3CFOA 1QHTA 4DQQA 3QEVA 3LP3A 4O0JA 4JS5A 5EU7A 5HLFA 1D8YA 1UAXA 2ZQBA 1WNSA 1C0UA 4M3XA 3QIPA 5C25A 4FJKA 4J2EA 2Z1JA 1ZBLA 2RPIA 3SPYA 2GUIA 2G8VA 3ZT3A 2KFZA 4CFDA 2RKIA 2Y1IA 2RF2A 4M42A 5J2QA 1U4BA 2HHTA 4CF8A 5CY4A 3AVLA 3I8DA 3HVTA 4CFCA 1U45A 1BCMA 2YNFA 3RTVA 1LV5A 1WSGA 1B9FA 4FJ9A 4O4GA 1CXUA 1NJYA 1T03A 4FM1A 4DFPA 1YT3A 3NF6A 1IKWA 1X9MA 3PX6A 1Y97A 3LPTA 3U3YA 1RNHA 5FRNA 4M45A 4NCGA 3SQ4A 4HUGA 3WNEA 4KHSA 1BI4A 4C8OA 4DSFA 1HPZA 3LAKA 2KQ2A 4Z4EA 4IG3A 3HO1A 4CCHA 1RT6A 3ZSZA 1BQMA 4DTRA 3LDSA 4FLYA 3NBPA 1X9SA 2YNHA 4LY7A 4CJPA 3KKSA 1T8EA 4DSKA 1HRHA 3SV4A 3L8BA 4FZYA 3MEEA 1NK6A 4I2PA 4W5RA 4DS5A 1TK8A 5HRNA 4FLVA 2AJQA 3CFRA 4O55A 3VQPA 3LWLA 4M3WA 1NOYA 2P1JA 4FW1A 3AVFA 2IS3A 4CIEA 4DQIA 4IG0A 1XI1A 3IS9A 1TVRA 4O0IA 3OS1A 4B9SA 3NH1A 3S3OA 4CHNA 2ITGA 2XO7A 2QXFA 3V1RA 4L8RB 3TAGA 4CJRA 1LW2A 4CK2A 4F3OA 3EZ5A 2HHXA 1BIUA 3U3GA 1R0AA 3UIQA 5HP1A 3OYMA 4KTWA 4I7FA 3V4IA 3AVMA 3MEGA 4ELTA 2XRIA 3KLHA 1KVBA 1BL3A 4B3OA 4DTXA 3VQAA 1K6YA 2QKBA 2DFFA 2I5JA 1A5XA 3U6FA 1X9WA 3OYKA 1RT3A 1BHLA 3DRRA 4F2SA 2HW3A 4BE0A 4B9LA 4CEBA 1FK9A 3VQ6A 3LZJA 3SJJA 4HVJA 2YNIA 3HP9A 4Q5VA 1GOBA 4JRPA 3RMDA 1A5VA 1HQUA 3K58A 1T05A 3K5NA 1TAUA 1MU2A 4CJWA 3KD5E 1RT5A 4OKKA 3TAMA 5KGXA 1RTJA 1TV6A 4CEQA 1JKHA 3ZSWA 4GW6A 1FKOA 4O44A 1ASVA 2FBYA 4CEAA 3DYAA 2PYLA 5JS1A 4RW7A 1QE1A 5HRSA 4HUFA 1HNIA 1TKZA 2G8IA 1L3VA 3B6OA 3IRXA 4CF1A 3M8RA 1RT7A 2Z1HA 3L2VA 2XHBA 3OYAA 5KI6A 4FJXA 3MXMA 3TABA 3NF9A 3SV3A 4CF2A 3VQ5A 4HCBA 4I9LA 3PV8A 2G8UA 3O3HA 1EX4A 3KLIA 3V9SA 4C8NA 1NOZA 4FJMA 3JYTA 1ZBIA 3QEIA 4DTNA 4CHPA 3CM5A 2G8FA 2VG5A 5CYMA 3QEXA 5I3UA 4F3TA 3NH0A 3KKRA 1L3SA 1GOCA 4E7HA 3ZSVA 4DLGA 3IAYA 4CEOA 2Y1JA 1S9EA 3OYGA 4FK2A 3HPGA 4CGFA 3DLRA 4FLTA 4G1QA 1RT2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJ7A 5C0YA 4JAXA 3FZLA 3KHYA 2P9KB 3SK3A 3QFPA 4ILJA 1NG9A 1C0TA 3IMXA 1NNEA 2BGGA 3DXMB 2ZJRL 3RR7A 1KCFA 1HJRA 4KBOA 3CFPA 4W5OA 3TR8A 1FW6A 3TAFA 1WOQA 2ZD1A 2JGUA 2BE2A 2QWRA 3SZ2A 4BDYA 1VK0A 3K59A 1JLBA 4H03B 4E7JA 3EO3A 5KTQA 1N8RO 1NGEA 5J2PA 4AHSA 3ZSXA 5T7BA 4DTSA 2XY8A 2Q2RA 2UXDK 3THVA 3PX0A 5BREA 1BUPA 5CE3A 4KTQA 5E84A 4FXDA 3Q7CA 4C23A 5C15A 4RW6A 2IVOA 4DUZK 1YIJN 5LMNK 4DFKA 3THYA 2KKZA 4DFMA 4EZ6A 4O8KA 1RBTA 1G99A 4FM0A 4DCHA 4A5BA 3KK1A 3QB0A 3NMUA 3TAEA 3KLFA 5GIOA 1YTUA 3TU5A 3TPQA 2IOCA 5KPTA 2PYJA 4FK0A 3LALA 2PY5A 4IFVA 5LJVA 4H5RA 3VMFB 1KFDA 3CQXA 1IG9A 1RT1A 2FBVA 2Z1IA 1QZ6A 1X3NA 1E3MA 4BQLA 4OPHA 1RGIA 3SAGA 3AVAA 3TTFA 2A5XA 5JLHA 1M90O 3VTHA 2DY4A 2ASPA 4AQYK 1NK5A 1J54A 3L3UA 5AZJB 1SL2A 4KRFA 4N47A 2F8TA 1HNWK 4PQUA 4CF9A 3LL3A 3O4NA 3VEZA 5DMRA 2FXUA 1I3AA 1KC8O 3VEYA 2F8SA 2UUBK 4BC5A 5JVGL 2HMIA 1WSFA 3OYDA 2IIRA 2UXBK 1HUXA 4H0YB 3VQ4A 4F4KA 2YHXA 3A0IX 4CD1A 4IOXA 3CCSN 1NK0A 1VSJA 1XC9A 3CPEA 4LC9B 1ZYQA 5F1XA 2B5JA 4C1NK 3C94A 2X6SA 1Q82O 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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