2ZQBA

Crystal structure of a psychrotrophic rnasehi variant with sextuple thermostabilizing mutations
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
152
structure length
149
Chain Sequence
b'ELKLIHIFTDGSCLGNPGPGGYGIVMKYKGHTKEMSGGFSLTTNNRMELLAPIVALEALKEPCKIILTSDSQYVRQGIMTWIHGWKKNGWMTSNGTPVKNVDLWKRLDKAAQLHQIDWRWVKGHAENERCHQLARAAAEANPTQIDTGY'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Destabilization of psychrotrophic RNase HI in a localized fashion as revealed by mutational and X-ray crystallographic analyses
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
source organism Shewanella oneidensis
molecule tags Hydrolase
total genus 44
structure length 149
sequence length 152
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2008-08-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2zqbA00
2YNGA 1WLJA 1NK7A 3QEXA 3TR8A 3IRXA 2KZZA 4KKOA 4QOZB 4OPJA 4FXDA 2DTUA 4CJTA 3F9KA 2Y1JA 3S3NA 2A1SA 1LW2A 4W5TA 1JLGA 4FJLA 1HJRA 3HYFA 4CEOA 2RKIA 4MQ3A 4KRFA 2YHAA 5K14A 1S6PA 4F3TA 3G10A 3DLEA 2FBTA 1CZ9A 3SQ2A 4DTNA 1QSYA 4DQRA 5I42A 3AVGA 3TAMA 2X6NA 3V9ZA 3AVIA 4KB0A 4OLBA 3I0RA 1C6VA 3OYDA 4DS4A 3RRGA 2KZMA 3C6TA 1NKCA 1NK6A 3DLKA 1Q9YA 3DMJA 3QETA 1L5UA 2HHVA 3NGYA 4O5BA 3KD5E 4UQGA 3OYGA 3OJSA 1HQEA 1ZBLA 3DOKA 3K59A 1L3VA 4M3YA 1TAUA 3PX6A 1JLFA 4DSLA 1K6YA 5JS2A 4W5NA 4KO0A 1RCHA 5KRSA 2O4GA 4DTOA 3PUFA 4JS5A 2PYLA 1RTHA 3SQ0A 1TKDA 4EP5A 3OYAA 1S1UA 2E6MA 2G8WA 3K5MA 3WNFA 3DLGA 3LP1A 3LZIA 3LZJA 4AHSA 2OZSA 2ZQBA 4CF2A 2PZSA 4C8MA 4DWIA 1MU2A 3V9SA 4BE1A 2DY4A 2Z1JA 2DFFA 1WSEA 3K5NA 2OPSA 3NF6A 3QESA 4H4OA 5CZ1A 4BE0A 1NK9A 4M3RA 3NE6A 3OS1A 2F8SA 5HRRA 1X9SA 3VQ5A 4OLAA 1F21A 4E3SA 4B9MA 2YKMA 1LW0A 1LAVA 1BGXT 4LD0A 3WNEA 5HROA 2IS3A 1KFDA 4KPYA 4CE9A 4B9SA 4FLVA 1RBSA 3C95A 4CEEA 2VG5A 1WSFA 3C94A 3QERA 1NJYA 2AJQA 4B9VA 2WONA 4FJ5A 3MXJA 2KFNA 1HPZA 3KTQA 4FJNA 2YHBA 2OPPA 1J53A 1XWLA 4NCGA 1L3SA 1JLQA 1SKRA 2O4IA 3OYLA 4HCCA 1LWFA 4IFYA 1ASWA 4ELVA 1KCFA 4M3UA 1C0UA 4B8CA 3QEIA 4LH4A 3SNNA 1VSJA 3JYTA 4AHCA 3EZ5A 4E89A 1QTMA 3K58A 4TSXA 1SUQA 3OJUA 4GW6A 5KTQA 1W0HA 4FJHA 2RN2A 4B08A 3AVCA 1FKPA 3OS0A 4OVLA 3VQBA 5C25A 4NYNA 3CFPA 3RWUA 4FJ9A 2HHXA 3NH0A 2XY5A 4O4GA 2FC0A 4E1MA 4LSNA 4EZ9A 4FJMA 5CYQA 5E41A 2G8KA 1BL3A 1ASVA 4FK2A 4FW1A 4CIFA 3M8RA 5C24A 1RDBA 3I8DA 3ZSOA 2HNYA 4FZXC 3I0SA 2HHTA 1SKWA 3OYCA 4BWMA 3FFIA 4JRQA 3OYHA 1N6QA 1KVAA 4I7FA 1DTTA 3NHGA 1NOYA 1WSIA 3P1GA 1NJZA 4CEFA 1CXUA 2HVHA 5DMRA 3VQ7A 2HHQA 3S3OA 4NYFA 4OKEA 1KRPA 1JL1A 1IH7A 1ASUA 2YNHA 4CIGA 2QK9A 1YTAA 3MAQA 3LWMA 5SZTA 4N41A 4KHUA 4DLGA 1JXEA 2YNFA 4B9TA 4W5OA 3AA4A 1S1WA 4CGGA 3T3FA 5KI6A 4CERA 3NF9A 3QEVA 1NK4A 3QNOA 3P83D 3AVJA 1SL1A 4M3XA 1RT6A 1TV6A 4B9LA 2BE2A 1TKZA 2G8HA 1C1CA 5HBMA 3OYMA 1HYSA 3H08A 4HVJA 1T7PA 1IKXA 1IKWA 1ITGA 3VQ8A 4O0IA 4IBNA 3BGRA 3KLEA 1D5AA 1U4BA 1JLEA 1BHLA 1B92A 1NK8A 1X9MA 3THVA 3ZSXA 4KTWA 1X9WA 1VK0A 1LAWA 3SPZA 1XC9A 4F4KA 1EP4A 4GVMA 1D9DA 3CYMA 3DRSA 4FLUA 2HNZA 3L3VA 2XO7A 3OYBA 1QHTA 3KK2A 3AO3A 1RDAA 2XY7A 4C8OA 4H8KA 4HHTA 1KTQA 3LDSA 4ELUA 4KV8A 4EP4A 4J2EA 1S9EA 2OYQA 4CFAA 1BIUA 4CHOA 3HO1A 3QO9A 1RT7A 4FCYA 4JRPA 3OYNA 1WSHA 3AVKA 4C8NA 2IC3A 1WN7A 1TK0A 4Y1CA 3NGZA 3L2QA 4CF8A 3RMAA 1ZYQA 1KFSA 3ZT3A 1S9GA 1RNHA 1UOCA 3TI0A 2QKKA 4M3ZA 3K57A 4N76A 2BANA 4H4MA 4B3OA 2QKBA 2YNIA 4AHRA 2G8IA 4HTUA 4KAZA 3U3YA 4LH5A 3SUOA 3SUPA 1C0MA 3V81A 4J2DA 4FK0A 3HVRA 4DU4A 1XI1A 1T8EA 3OYEA 1SL2A 1QSLA 3ZSWA 4B9UA 3ZSZA 4KTQA 2G8VA 2KW4A 5EU7A 4DTSA 5J2NA 4RG8A 1Q8IA 3WNGA 3HM9A 3TABA 4FVMA 1LV5A 2G8UA 4AHUA 3TARA 5HLFA 1BCOA 4YFUA 4DFJA 4BDPA 3QEPA 5FRNA 1JXBA 4OGEA 3VA0A 3PO4A 2P51A 1EKEA 3V4IA 3SPYA 5CY4A 2KTQA 2F8TA 1QSSA 4DTUA 4OPKA 4CFCA 3NH2A 1FXXA 3LALA 4RW8A 4XIUA 1ZBIA 4LY7A 3LPTA 4I2PA 2FBXA 1UWBA 4O55A 1UA0A 1L3UA 1X1PA 4CEZA 5KRTA 4KREA 1Z26A 3NF7A 4JLHA 4CIEA 2IAJA 2VWJA 4FLYA 3BDPA 1RT1A 4KHQA 4B8AB 4E19A 1GOBA 1ZBFA 2DFEA 2X74A 4ICLA 3V1OA 4CJRA 3OYKA 3SQ1A 3MXMA 1U45A 2W42A 2PYJA 3PX0A 1DLOA 3DYAA 1IO2A 4CHZA 1IG9A 4I9QA 3SYZA 2D0CA 2Z1GA 2EHGA 4BE2A 1UAXA 2B6AA 3AVBA 3PV8A 4CCHA 4CECA 4CJWA 2X78A 4FJ7A 2VWKA 3HVTA 2BDPA 3QNNA 4HCBA 4HUFA 3AA2A 1NK5A 4J2AA 4Y1DA 4AH9A 4Z4FA 2GBZA 2KQ2A 3SI6A 1TKTA 3ITHA 3M8QA 3L2VA 4CF1A 1SL0A 4EZ6A 3LAMA 4YNQA 1S1VA 1C0TA 1QQCA 4CK2A 4OGCA 2G8FA 1I39A 3P5JA 4Z4GA 1HMVA 1KVBA 4Z0UA 2YV0X 1XHXA 3CFRA 3QLHA 3DRRA 4DSEA 1HNVA 2D5RA 5T7BA 2B4JA 3DM2A 4ZTFA 1JKHA 2D0BA 3RTVA 4CESA 4CGFA 1JL2A 3AVAA 4DQQA 4DSKA 1WNSA 1Y97A 3T19A 1BCMA 2EX3A 3V6DA 3OY9A 3B6PA 3VQQA 3E01A 3G0ZA 1XHZA 4E1NA 3AV9A 4CJQA 4PA1A 3NDKA 1BISA 4DTXA 3LAKA 4CGDA 4F2RA 3KKSA 4DU1A 3ALYA 3UIQA 3RR7A 3VQCA 3NBPA 3SUNA 1BIZA 5D3GA 4FZZA 5J2MA 1EETA 1BQMA 1TK8A 3AO4A 1D8YA 2GV9A 4O0JA 3ZCMA 3HP6A 2XRIA 2P5OA 1HYVA 2HB5A 4IKFA 3O4NA 4FLWA 4BACA 3HJFA 1J54A 4CHPA 5J1EA 1UA1A 5CYMA 3MEEA 5CZ2A 4I2QA 3EY1A 4HUEA 2VG7A 3CM5A 1L3TA 2GUIA 4FJGA 2HHUA 4E7IA 1NJWA 3OYIA 2HVIA 2ZD1A 3O3GA 3OYFA 1N5YA 4E7HA 2ATQA 4DQSA 1KSPA 1J5OA 4W5RA 1W9HA 2OPRA 4PUOA 2P5GA 1B9DA 3NAEA 4CGIA 4E7LA 1TAQA 3QIOA 3WNHA 3ASMA 4DFMA 3TAEA 4CJ5A 1I3AA 3AVFA 2IGIA 4CEDA 2RPIA 3VQAA 4Z4EA 1B9FA 2XY8A 4FW2A 4F2SA 4KHSA 4NCAA 1IKVA 4M42A 4FZYA 3VQPA 3KD1E 3LWLA 4BDZA 3SV4A 4DSFA 3DOLA 3PO5A 1JLAA 3ZT1A 3HP9A 1VSLA 5J2PA 4DQIA 3CM6A 2QXFA 4L8RB 4OJRA 5J2QA 2IOCA 1HRHA 3NCIA 4DFKA 3VQ9A 1DTQA 2ETJA 4CJSA 3MXIA 1J9AA 5HRPA 3NGIA 5DK5A 1TVRA 1VRTA 1CZBA 4RW6A 1CXQA 1NOZA 2XHBA 3SCXA 4DLEA 4FLTA 3V9WA 4CEAA 4FM0A 1A5WA 2JLEA 3M8PA 4BDYA 3RR8A 1FK9A 1RTJA 4FLXA 4DQPA 5JS1A 4C8KA 4MFBA 3ZT2A 3HPGA 4DU3A 1C1AA 4CJKA 4N56A 2BGGA 3K2PA 1ZBUA 3CG7A 1BQNA 4CJFA 3O3FA 1U49A 3DRPA 3NFAA 4CJLA 3HT3A 3U3GA 2R7YA 1BI4B 4KB1A 4RW7A 4IG0A 3DLHA 1S1XA 4E0DA 1TL1A 3O4QA 4GMJB 3TAGA 3DLBA 1T03A 3HPOA 2YKNA 4CK3A 1BI4A 1NJXA 1RTDA 2OA8A 3AO2A 4KI4A 4CJ4A 1YVUA 5FROA 3L2UA 1GOCA 4ZTJA 1YTUA 4R5PA 2WOMA 4DG1A 3TWHA 3RMBA 3SV3A 4HUGA 1S5JA 1HYZA 1Z25A 4CHYA 4Z4IA 1D9FA 2PY5A 4FYDA 5KGWA 4JS4A 2KFZA 3KK3A 1A5XA 3RRHA 2VG6A 3ZSRA 4I9LA 1T05A 1RBRA 3HK2A 5HRSA 4CFDA 3T1AA 3AVMA 3RMCA 4F3OA 4FJ8A 3AO1A 3VN5A 1HQUA 4KTZA 4FM1A 1RBUA 3A2FA 4CJPA 1KLMA 4KHNA 3EYZA 4K8XA 3TAQA 1VRUA 1S6QA 3KLGA 1WAJA 1S1TA 3AVHA 2D0AA 3AO5A 4IDKA 4K8ZA 3QIPA 1RBVA 4RW9A 4W5QA 3NF8A 5FRMA 4CHNA 4FJIA 3ULDA 1R0AA 4CJVA 3CFOA 3LP2A 4OKKA 4Q5VA 1RILA 4IFVA 4DS5A 1U47A 1FKOA 2HW3A 3S9HA 3L3UA 2HNDA 2Z1IA 4FLZA 2OZMA 2I5JA 4G1QA 3V9XA 3KK1A 3SQ4A 2E6LA 1NKBA 1VSMA 3QEWA 3HXMA 3HSTB 3MEDA 5FDLA 4DSJA 3PX4A 3V9UA 2HMIA 4QCLA 1SV5A 2Z1HA 3L8BA 4E7JA 4FJKA 3VQDA 1QS4A 3MECA 4RW4A 4CFBA 2X6SA 2Y1IA 5I3UA 3KJVA 5HP1A 3KKRA 4CEBA 1C1BA 4FM2A 4DSIA 4Z4CA 4PQUA 4Q0BA 1JLCA 4M3WA 3OS2A 2JGUA 3IAYA 4E7KA 3TAFA 3DLRA 4O44A 1LWCA 3JSMA 1WSJA 3TAPA 1WAFA 1U48A 4KI6A 3LP3A 1TK5A 1TGOA 4CJEA 1KVCA 4KHYA 3S3MA 3ZSVA 1REVA 1G15A 2IDOA 2LSNA 3CQ8A 1NK0A 4DFPA 3M8SA 1QE1A 1TKXA 2FBYA 3KLFA 2FBVA 3D0PA 4ELTA 3U6FA 4IG3A 1RTIA 2ZE2A 1IKYA 1RT4A 4PY5A 3TANA 1WSGA 1RBTA 3ISNC 3KLIA 3SJJA 2XY6A 4ID1A 4FJJA 1CLQA 1EX4A 1O1WA 1LWEA 2HHWA 3OVNA 4NCBA 2P1JA 3SZ2A 3VQ6A 3IS9A 1Q9XA 4F8RA 4J2BA 1SKSA 3L2RA 3KIOA 2DFHA 4AHTA 2B5JA 2RF2A 4WE1A 2F96A 3V1QA 5HRNA 4N5SA 4B9NA 4AHVA 3VA3A 1RDDA 1YT3A 1RT5A 3MEGA 4M45A 4M3TA 4KFBA 3ZT0A 4PWDA 3RMDA 1RT3A 3K5LA 4M41A 3ZSYA 4DMNA 4CJ3A 3HPHA 4OKJA 4Z4HA 3LANA 4CGHA 3KLHA 4C8LA 3PY8A 4LSLA 4BWJA 3L2WA 2NUBA 1JLBA 1RT2A 4ID5A 2HHSA 2Q3SA 3ZSQA 1VSDA 5SWMA 3LP0A 4CJUA 3V1RA 4AILC 4CEQA 3LPUA 2E4LA 3C6UA 1NKEA 4FK4A 3VQ4A 3HL8A 3F73A 4CGJA 3B6OA 1KLNA 4CK1A 3AA3A 4FJXA 4DTMA 1VSFA 3NH1A 1A5VA 1HNIA 3IG1A 4DTRA 3D45A 3VQEA 3AA5X 4CF0A 3O3HA 1ZBHA 4KHWA 4DTJA 4DF8A 4ZHRA 3ZT4A 1U04A 2OPQA 3QINA 4CF9A 1VSEA 4DTPA 3AVNA 3OYJA 1VSHA 3DI6A 1VSIA 4QAGA 3K5OA 4DF4A 1RDCA 1TL3A 2A1RA 4N47A 5C42A 1GOAA 2ITGA 1VSKA 3SUQA 1EXQA 4CHQA 5KGXA 3AVLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C6HA 3CQXA 4KKOA 2AP1A 4W5TA 5AQXA 1JLGA 3PSIA 4FJLA 4K0KK 4DR1K 3HYFA 2RKIA 4MQ3A 3CMEN 3Q7BA 1S6PA 4XH1A 4DTNA 1G99A 1DGKN 3V9ZA 3AVIA 2O8CB 3RRGA 4CD3A 1NK6A 5E26A 4JKGA 3DMJA 3MN9A 2GTDA 3QB0A 4O5BA 4CZJA 1C0GA 4DSLA 3IMXA 3VENA 1K6YA 1NBWA 3C65A 4B1XB 2O4GA 3PUFA 4RCHA 1OH8A 2E6MA 3LP1A 4AHSA 2HOEA 2ZQBA 4C8MA 1QQOA 4DWIA 4EHTA 2DFFA 2OPSA 2E5LK 4H4OA 1NK9A 4IO8A 2NRWA 3NE6A 2F8SA 3A0IX 1YITN 4B1ZA 1HX1A 3VQ5A 4BRGA 4OLAA 4B9MA 4A5BA 5AQGA 5IWAK 1KFDA 2PAVA 4CE9A 5C10A 4CEEA 1NJYA 3EKUA 3DJCA 4FJNA 2YHBA 2OPPA 1L3SA 2O4IA 3OYLA 1ZXOA 1ASWA 3QEIA 5M1OA 1VSJA 4AHCA 4E89A 1SUQA 3E66A 1VQLN 4FJHA 5C25A 3U4LA 3CFPA 4JI3K 2XY5A 3AGKA 2FC0A 1E4FT 4FOIA 4E1MA 3CERA 3O8MA 1OH7A 2G8KA 5AZIB 2GWJA 5ADXH 3KWIA 1RDBA 3M3ZA 3ZSOA 3A5NC 3I0SA 1SKWA 4JNEA 4KBOA 4BWMA 3OYHA 2A40A 1WSIA 3P1GA 2HBJA 4CEFA 1FW6A 1CXUA 2HVHA 5AQIA 3GL1A 1IH7A 4A2BA 2QK9A 4JI6K 3O1WA 4H5TA 4KHUA 3NMUA 1LOTB 1S1WA 3T3FA 4CERA 3QNOA 4M3XA 1RT6A 1SQKA 1EO1A 1TKZA 2QM1A 1T7PA 4O0IA 4IBNA 1U4BA 1X9MA 4WF9L 2WBNA 4KTWA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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